1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
4F9OA 3B8AX 5BRHA 4L3QA 2YI1A 4BGBA 3LDQA 4IWVA 3VGLA 3SMPA 3CJBA 4FPBA 1TUYA 3VEYA 1BA0A 2DPNA 3GG4A 4B1YB 4DCHA 3HSCA 3MK6A 3DXKB 4FWNA 1GLBG 3QICA 4PL8A 3SK3A 2P9NB 3VEZA 3MMVA 3FFKB 4BRQA 3ID8A 2A5XA 1JCGA 4BRLA 4EFHA 2VWBA 1LOTB 3UKUB 4EHUA 4BGAA 1K8KB 2BUPA 3KZBA 2QWMA 5AQKA 5AQVA 4M63C 2QWLA 4C23A 5KPZA 3A8YA 1NGJA 2Q97A 2YCHA 1V4TA 3I33A 4O5FA 2W40A 2CH5A 4CZKA 4FWKA 4IJNA 5AQRA 1JCEA 3O80A 4NO7A 3WEEA 5FPMA 2D0OA 2FLOA 3MN7A 2I7NA 3SMSA 3GOIA 3VGKA 4AM6A 2CGKA 3TU5A 4BR2A 3U8XA 5AQUA 4YDUA 2FF6A 1NGDA 2UYTA 3FZKA 4BQLA 3H46O 4FSVA 1X3MA 3I8BA 3A5NC 5EY4A 2P9LA 3ATUA 3ZEUA 2E2PA 3QBWA 1NWKA 3FE1A 4H5TA 1QQNA 3HI0A 3BF3A 3UE5A 3O4WA 3ZX2A 5AZIB 3D2EA 3VEVA 4HWIA 1T6DA 2D0PA 3C7NA 4H0YB 3DXMA 1BU6O 1MWMA 2P9SA 2YJEA 4I6MA 4CZHA 3EN9A 3TPQA 5EVZA 2A3ZA 1GLFO 2D4WA 3CJ9A 3WXJA 1SZ2A 4CZGA 5CE3A 3QMLA 4QS9A 3VPZA 5KQ8A 1Y64A 1R59O 2I7PA 2Q2RA 1NGAA 3SLCA 3CHWA 1WOQA 2Q1NA 3LDOA 4E1JA 3LDPA 2GUPA 3AAPA 4H5VA 4FWRA 4B1ZA 1YUWA 3VESA 1C0FA 4RCHA 4HTLA 4CBXA 4EAHD 2IVPA 3LDNA 4JN4A 5AR0A 2ITMA 3O8MA 2HMPA 3QFUA 4CJ7A 4DB3A 4BREA 5JICA 4JAXA 3GBTA 3IUCA 5AQWA 3DXKA 3VEWA 4FOIA 3CQXA 3IFRA 3VEXA 2ZGZA 2P9NA 3FZFA 4MLHA 5AQOA 4A62A 5AZJB 2GWKA 4DHYA 1QZ6A 5AQYA 4H03B 5JLHA 3UKUA 1ZC6A 1K8KA 1S3XA 3O08A 4H0XB 4IXCA 1NM1A 3UB5A 1S22A 3CERA 3BP8A 3KVGA 3HBTA 5AQTA 1HLUA 2FSJA 4BRCA 2A41A 2F9TA 3VOVA 1MDUB 1XUPO 3D2FB 3U4LA 4DQ8A 2IVOA 1X9JA 3AY9A 3U9DA 5LJWA 3H1VX 3H45C 4B1VA 1RGIA 4QS7A 1T44A 2ASMA 4WQ4C 3FR0A 3MCPA 5EOYA 2GWJA 3ENOA 3A5LC 4FWPA 1HX1A 1D4XA 5E26A 2HF3A 4H5RA 3GE1A 1NMDA 4J8FA 4KBOA 3C0BA 2PBDA 1HKBA 1HUXA 4BRDA 4XEIA 3S41A 1ATNA 2P9IB 2QWRA 4BROA 3WXIA 2PAVA 1ATSA 1ZXOA 1G99A 2NZTA 5AQXA 1JCFA 3H6EA 3H3NO 3J8AA 2ASOA 4WQ5C 2D1KA 3OHRA 5AZIA 1BWFO 2E20A 4BR7A 2CH6A 3VENA 3ZX3A 5TKYA 5ADXA 1Z6RA 1NGBA 4FOEA 2IVNA 2AP1A 1DGKN 5AQSA 2E1ZA 4CD3A 5FPEA 3LL3A 4M7YA 3ZETA 4BQZA 5BRFA 3O5BA 3O1WA 5AQGA 3MDQA 4CBUA 5BR9A 2YHWA 4K25A 1TYQB 5B8HA 3WXLA 2IIRA 5AQQA 4CI6A 1U2VB 1KAXA 1ESVA 2NLXA 3R9PA 4CZLA 3CJ1A 4XH4A 2FXUA 3LM9A 3M6GA 3ULEB 5FPNA 2FF3B 3O1BA 4A2AA 4K41A 4BR4A 2QWOA 2VYPA 3P4IA 4H5NA 4PKIA 5AQIA 4XH5A 4BRFA 2E2OA 4H5WA 5AQHA 5LJVA 3GL1A 1C0GA 1BUPA 2ZGYA 5JMVA 2P9PB 1NBWA 4CZIA 1BO5O 5EXWA 2E1YA 4BRNA 4EIAA 5AZJA 2HF4A 4IJAA 2V51B 4JD2B 4QS8A 3M3ZA 1GLLO 1NLVA 1Z05A 4A2BA 3HTVA 3CQYA 4XH1A 3BEXA 3M1FA 4NB4A 5AQJA 1X3NA 2CGJA 3AAQA 2E8AA 1BOTO 1OKJA 4BC5A 5BN8A 4CZMA 5KPTA 1KAYA 3D2FA 4GY2B 5AQFA 2YJFA 1MWKA 4PKGA 1NGGA 4FWQA 4JHDB 1YAGA 4YDUC 2Q36A 1ATRA 5AQNA 3DJCA 4A61A 2KHOA 5BPLA 3L6QA 3WQUA 1BDGA 1GLAG 2EWSA 2P9IA 4CBWA 3CJAA 4FWMA 3W0LA 3IMXA 2GTDA 1Q18A 2P9KB 2E2NA 3H3OB 2GEMA 4H0OA 5ADXH 4BRIA 2ZF5O 4CZJA 4BVOA 3O6WA 3VF2A 2F9WA 1GLEG 3CETA 4PL7A 4GNIA 2BTFA 2QW9A 4BG9A 1QZ5A 4FL9A 1HJOA 2E88A 2ZWHA 4H0VB 3VERA 4M7XA 4BR5A 1CZAN 5JLFA 3R8EA 2V7ZA 4PKHA 5KPRA 4MO5A 2VCPA 2ASPA 4AM7A 4BRGA 4WYBA 5BRDA 1TYQA 4FWSA 4ISGA 2P9UB 1NGFA 2Q0UA 3H1QA 1U2VA 4ISFA 2QWQA 3VGMA 1T6CA 1NGHA 1RDWX 2GELA 3ULEA 2E2QA 5AQLA 1BG3A 5F1XA 4B1UB 2QXLA 4LC9B 1E4GT 3ZX0A 5I9EB 2FSKA 4BRKA 4RWTA 4MO4A 3UKRB 2H3GX 3EO3A 5E84A 4BG8A 1YXQA 5BN9A 3G25A 3R6MA 3U9ZA 1P8ZA 3EKUA 1IG8A 2P9PA 2QWPA 3WQTA 1V4SA 2HOEA 3CJCA 2NRHA 2OANA 4JD2A 1TUUA 3DWLA 3IDHA 5AFUA 4H0PA 3F9MA 5EX5A 3CIPA 4O8KA 4JNEA 4FWLA 4BC3A 4ISEA 3AARA 4H0TB 2WUSA 3WUHA 1ZBSA 2A6AA 4B1WB 3QBXA 2AA4A 1E4FT 3RSEB 1IJJA 3FZMA 4BRHA 3A5MC 3QB0A 4EHTA 4IO8A 4B1XB 5AQZA 3VEOA 2A40A 1NGCA 4JHDA 1QQMA 5AQMA 3ENHA 4RTFD 3HM8A 3QDKA 4CZFA 5KQDA 3EL2A 1DKGD 2V7YA 4MLEA 2CGLA 3A5OC 1KAZA 3FGUA 3VF6A 4BRMA 1GLJO 3WXKA 3DAWA 2P9KA 5ELZA 3FLCO 3VETA 3BF1A 3KHYA 4Z94A 1QHAA 4BR9A 3L0QA 3BUZB 1RFQA 2A42A 3CI5A 2V52B 2YHXA 1DEJA 4BC4A 1HKCA 3ZETB 3CJ7A 3WEEB 4CD1A 1GLCG 4K42A 1BA1A 4FPAA 1GLDG 1EQYA 1SAZA 3ATVA 5FPDA 4WQ4A 1NGEA 4IZ9A 3GDQA 2J4RA 2P9UA 4Y0WA 1J6ZA 5F2RA 1LCUA 5LY3A 4BRPA 2P9LB 3ZEUB 1YVNA 1SQKA 3MN9A 3HZ6A 2Q0RA 3D7EO 1QQOA 2Q31A 3WT0A 3JXUA 1MA9B 1KXPA 5F0XA 3UKRA 3D2EB 3SJHA 4FWOA 4FO0A 4BRAA 2QWNA 5AQPA 5BPMA 4WQ5A 4CZEA 4BVPA 3C7NB 3DXMB 2W41A 1HPMA 3A0IX 2P9SB 4I6MB 4BC2A 3FZLA 5AFUH 5BPNA 2FSNA 2YHYA 3EKSA 1XQSC 1H1VA 3JS6A 4BR0A 3FZHA 1WUAA 4B9QA 3EZWA 4K43A 3L4IA 1HKGA 3VF4A 1NGIA 3MN6A 2QM1A 3MN5A 3QFPA 3W3DA 1U6ZA 3LDLA 5BREA 3RSEA 3LM2A 1XC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTDA 3B8AX 5MLCQ 5DK5A 4FJ9A 3SMPA 1N34K 4FPBA 1TUYA 3J7ZO 3GG4A 3PO4A 2WFBA 4B1YB 4KI4A 4FWNA 1RTIA 2W6LA 4AQYK 4AHVA 1HMVA 1TAUA 4PL8A 1LAVA 2P9NB 3MMVA 3ID8A 2A5XA 2IAJA 2VWBA 3UKUB 4B3MK 3SUOA 5KRSA 5AQKA 4IEEA 5AQVA 3TAEA 2QI2A 4OLAA 3ITHA 2Q97A 1V4TA 1EXQA 3HK2A 2HVHA 1VHXA 2CH5A 4R79A 4Z4GA 3NH1A 5T7BA 1ZBFA 4FM2A 2DTUA 4B3OA 3O80A 2G8IA 4NO7A 4JLHA 3WEEA 1J54A 2FLOA 3MN7A 1S1VA 3VGKA 4GV6A 2CGKA 3TU5A 1HNVA 5AQUA 2ZJQL 4BQLA 4CECA 3KKSA 4E19A 4FSVA 1X3MA 3I8BA 3SQ1A 3ATUA 4BACA 1NWKA 2UUAK 3U3YA 4LF6K 3AO5A 4YY3K 1W0HA 3O4WA 5AZIB 2G8WA 3SV4A 3SQ2A 4FVMA 5C42A 2ZD1A 3DXMA 3JYTA 2P9SA 2YJEA 3ZSVA 3MEDA 5DM7L 1O1WA 4CEEA 3DYAA 2D4WA 4CZGA 1BHLA 4KHWA 3VPZA 4FLTA 3WNFA 4E0DA 2HNZA 1NGAA 2B5JA 4MDBA 4DR7K 4JI5K 3CCVN 1BQNA 3LDOA 4CESA 3WNEA 3HSTB 4DF4A 4E1JA 4CK2A 3CQ8A 1HYZA 4HHTA 4O0IA 3HM9A 1ZBLA 3WNHA 4B3RK 4ILJA 2D0CA 4B1ZA 2G8KA 1YUWA 4HTLA 1IH7A 2DFHA 1X9MA 4B9UA 1IV0A 1NOYA 1NK6A 3LP3A 1XC9A 2ZGZA 5I3UA 3AA4A 4DV4K 4DQRA 4IFEA 2YKMA 1BCOA 3SZ2A 3THYA 4M3ZA 5C25A 3CERA 3EZ5A 1UOCA 2NRVA 3L3VA 1X1PA 4LF9K 3KVGA 4JKCA 3SAHA 2F8SA 4FZYA 2D0AA 4DV6K 2FSJA 2A41A 1XUPO 3D2FB 3MCAB 4UY8O 4LSNA 2O8CB 3H1VX 4QS7A 4WQ4C 2VGNA 1BL3A 3NGIA 3GE1A 4J8FA 3C0BA 1EP4A 4AF1A 2PBDA 3DLLL 1HKBA 3S41A 1Q86O 5CYMA 2PAVA 4IOAL 2OTLN 4N5SA 4E7IA 4FLXA 2NZTA 3MEGA 3H3NO 3J8AA 4KFBA 3TAPA 3O4NA 2D1KA 2G8HA 3I55N 1UA0A 3HOSA 5TKYA 3VQ7A 3OYAA 1RT3A 1Z6RA 3FFIA 4IOXA 1JLAA 3SAFA 3HPHA 2HHWA 3CCRN 5HOOA 3LL3A 3L8BA 4B9LA 3PSFA 3ZETA 3I8DA 4IBNA 5AQGA 3MDQA 1NK8A 3VTIA 4LY7A 5B8HA 4CI6A 1U2VB 1ESVA 3R9PA 4CZLA 4YNQA 1XWLA 3RMCA 3ULEB 3M6GA 2JWLA 1L3TA 2LSNA 4LF8K 3OYNA 4H5NA 3O3HA 2DY4A 4H5WA 3BZCA 5AQHA 4U7BA 4W5RA 5FLXO 5JMVA 4JI3K 1ZBUA 2QK9A 1QTMA 2OPRA 2DFEA 3OYFA 1BO5O 3HRGA 2ZQBA 3OYKA 4M3TA 3M3ZA 4JKGA 3DRPA 1OH8A 5LMUK 3CQYA 4V19S 3BEXA 2E8AA 1BOTO 1OKJA 4BC5A 5BN8A 2O8FA 1YI2N 4KRFA 1SS6A 1QHTA 3DRSA 3ZLJA 1RDUA 4YDUC 2OZMA 3K5MA 1ATRA 5AQNA 4A61A 2ZJPL 3Q7BA 1BDGA 4E7JA 4DFMA 1JLCA 1WAFA 3W0LA 3SUNA 2GTDA 3H3OB 2GEMA 4BRIA 1TK8A 2HHSA 2VWKA 1XHXA 2ZF5O 4CZJA 4BVOA 3O6WA 4IG3A 2KW4A 3I56N 3LWLA 2BTFA 2QW9A 2XY8A 3KKRA 3CC2N 2E88A 1ILYA 3VERA 4M7XA 3CD6N 3OS2A 4BR5A 1VRUA 3LWMA 1Z25A 1CZAN 5LL6Z 3OS0A 4DSFA 3SUPA 4TSXA 4J2AA 3O9UA 2V7ZA 3NH2A 5KPRA 4K0KK 2X78A 4QOZB 4YOUA 4FWSA 3TTFA 3H1QA 1L3UA 4ISFA 1K6YA 1NGHA 1Q9XA 4MFBA 1RDWX 5AQLA 4FJ7A 1JLFA 1BG3A 3K58A 3ULDA 2GUIA 4BDZA 4JYAK 1W9HA 2QXLA 5SZTA 1J5OA 4BRKA 4RWTA 3UKRB 1RTHA 2F4VK 3EO3A 4HUFA 5BN9A 3NAEA 1LV5A 3U9ZA 1VQMN 1KVBA 1HNIA 1IG8A 5SWMA 4CJEA 4CJQA 4F3TA 2HOEA 2OZSA 2JWKA 4B08A 3QEXA 3OW2M 1VQ6N 2OYQA 2E5LK 5EX5A 5I42A 1C0MA 3NHGA 3AARA 3T69A 1KCFA 2AA4A 1E4FT 3ZSOA 3NE6A 3FZMA 4J2BA 4LFAK 3QB0A 3TSPA 1IKXA 4B1XB 1KVCA 4OPAA 4JHDA 1KFSA 4GW6A 2ATQA 3EL2A 4LF7K 1C0TA 1DKGD 1YVUA 2CGLA 3A5OC 4CFDA 3FGUA 3VF6A 4BRMA 2HBMA 4KHNA 1GLJO 3OYCA 4FJMA 3FLCO 3R1XA 3TAFA 5IWAK 1K73O 3L0QA 4IFYA 3U3GA 3CI5A 2V52B 1U45A 5GAHP 3O9SA 3WEEB 4CD1A 1GLCG 4FPAA 2IC3A 3ATVA 1SAZA 4WQ4A 4LH5A 3PSIA 3HYFA 4CHZA 4IZ9A 3RTVA 3VQ8A 4DFPA 4DLGA 3S3MA 4Y0WA 3CCMN 4NLBA 4RW6A 4OO1J 1YVNA 4QAGA 3K5LA 3MN9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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