1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
5F2RA 4GY2B 5I9EB 4XH1A 2FF3B 5JMVA 2P9KB 3EKSA 4BR4A 3DXKB 1EQYA 3GG4A 1QZ5A 3LM2A 3GL1A 4JHDA 1TUYA 2HF3A 1CZAN 3I33A 3ULEB 3BEXA 1HUXA 4BRKA 4H0YB 4BQLA 3RSEB 1HLUA 4BRNA 5AQOA 3FR0A 4DB3A 1XC3A 2V7YA 1HPMA 4ISFA 2HOEA 2ZGZA 4BG9A 1BA0A 3M1FA 2YI1A 3O1BA 4FWMA 2CGLA 1QQMA 3BF3A 2E2QA 4A62A 5BPNA 1GLCG 4JD2A 3HTVA 4CBUA 4FPAA 5AFUA 4I6MA 5AQNA 1LCUA 4BR7A 3O5BA 4IZ9A 1DGKN 3O80A 3WT0A 4FWLA 2KHOA 1D4XA 3UKRB 3VEWA 3MN9A 3WXKA 4CZIA 2CGKA 5ADXH 4B1ZA 1MWMA 4EHUA 3DXKA 3A0IX 3H3NO 4H5WA 1NBWA 4CZMA 2PAVA 2V7ZA 3QMLA 4IJNA 2QWRA 4JAXA 3TU5A 3WEEB 2Q0UA 2FSNA 3VEOA 4BC5A 4WQ5A 5E26A 2Q0RA 4MLEA 3RSEA 1RDWX 2W41A 3JXUA 4B1YB 4CZJA 4BC2A 4BC4A 5LY3A 1U2VA 3D2FB 3MDQA 3VF2A 3DXMB 4PKIA 1BUPA 2E2NA 4BVPA 1NGEA 3DWLA 3QFPA 3FE1A 2F9TA 1NMDA 4XEIA 1ATRA 2YHWA 3L4IA 4B1UB 4DCHA 5BRHA 4JD2B 4DQ8A 1T44A 4PKGA 3FZHA 1Q18A 4BG8A 4YDUA 5LJVA 3O8MA 3OHRA 3A5MC 1DEJA 2A3ZA 3C7NB 5AZIA 4KBOA 1GLFO 2AA4A 2NLXA 1BG3A 3ATVA 3VGLA 3VETA 1NGDA 4H5NA 2QWLA 3O08A 4BGBA 4JNEA 1K8KA 4BRIA 4CD3A 5BRFA 1SQKA 1Z05A 3IUCA 3LL3A 2YJEA 2FSKA 4BR9A 4B1XB 2YHXA 2QWQA 3VEVA 5KQ8A 2E2OA 1OKJA 3DAWA 5FPNA 4CZKA 4FSVA 2I7NA 2D0PA 3WXIA 1T6CA 2ASMA 4H0OA 2BUPA 1IJJA 1J6ZA 1C0GA 3H46O 2AP1A 3FZKA 1HJOA 5AQSA 5EX5A 3HZ6A 2V51B 2IVPA 4YDUC 5BR9A 1NGFA 4CI6A 3WQUA 3ZEUA 2GWKA 2Q1NA 2YJFA 5AR0A 4E1JA 3D2EA 4ISEA 4ISGA 3O4WA 3ULEA 2E2PA 1YAGA 5AQYA 3MK6A 1QQOA 3H1QA 3H1VX 2UYTA 1BOTO 5AFUH 1GLDG 3VGKA 1YVNA 1NGGA 4BGAA 4HTLA 2QWMA 1E4FT 1G99A 2VWBA 2P9PA 1WUAA 3CHWA 1Y64A 3FFKB 4XH5A 3VOVA 5JICA 1ATNA 1GLEG 2Q31A 3MCPA 4NB4A 4JN4A 1HKBA 1Z6RA 5AQMA 3LDNA 1JCFA 3EL2A 4AM6A 2FXUA 4FWSA 1XUPO 3LDOA 4BRCA 1BWFO 1GLBG 1NGBA 3UKUB 3ENHA 5AZJB 3GBTA 3MN7A 3CJCA 3EKUA 4H0VB 3SK3A 3ZEUB 4GNIA 2P9NA 1GLLO 4DHYA 4IWVA 5BRDA 2QXLA 2V52B 3B8AX 2I7PA 3WEEA 1R59O 1YUWA 3U4LA 3W0LA 1ZC6A 5CE3A 1K8KB 4BRLA 3AAPA 2P9LA 3CQXA 5AQIA 3GE1A 2IIRA 3KVGA 4J8FA 3S41A 2A5XA 3DJCA 2CH5A 3VERA 4CZFA 1TYQA 2NRHA 4A2BA 4IO8A 4O5FA 4BR2A 3IMXA 3W3DA 2QWOA 5KPRA 1KAXA 1QHAA 3EO3A 3FZMA 4B9QA 3VESA 1BO5O 3SJHA 3KHYA 3UE5A 3EZWA 1WOQA 4C23A 4BQZA 2ZF5O 2E1ZA 3UKRA 1RGIA 3HM8A 3FZLA 4CZHA 3MN5A 3H45C 3HI0A 1X3NA 3A5LC 4BC3A 3CERA 3C7NA 5AQGA 3R8EA 1DKGD 2P9IB 3R9PA 1S3XA 2CH6A 4BRGA 5AQTA 4MO5A 3FGUA 2P9NB 3SMPA 5BPLA 1SZ2A 3QICA 3CJBA 1HKGA 5AQKA 4FO0A 1NGAA 4IJAA 2ZWHA 3A8YA 4CD1A 5AQHA 1KAYA 1GLJO 1SAZA 3LDQA 4FWPA 5TKYA 4QS8A 3ZX2A 5BPMA 4CJ7A 5AQUA 3DXMA 2VCPA 3FLCO 1E4GT 2A6AA 5FPDA 4PL8A 1TYQB 2Q97A 3EN9A 1IG8A 4FWOA 3WXLA 4BRHA 3FZFA 5FPMA 3C0BA 3A5OC 2W40A 2J4RA 3QB0A 3ATUA 4BR5A 3QDKA 3IFRA 5AQWA 2YCHA 3QBWA 3BP8A 4HWIA 1BDGA 3AAQA 1YXQA 2Q36A 1NGIA 5AQLA 2GTDA 4WYBA 3CJ9A 4M7YA 5AQXA 2WUSA 4BR0A 4RTFD 5B8HA 3ZX0A 2D0OA 2QM1A 3LM9A 5AQJA 2OANA 1KAZA 2P9SB 2A42A 2NZTA 2ITMA 3GOIA 1U6ZA 2YHYA 5EVZA 4MO4A 1P8ZA 3CJ7A 4H5TA 1NGHA 2QW9A 3UB5A 3VEXA 2P9UB 4WQ4C 4B1VA 4K41A 1HX1A 3WXJA 3A5NC 3WUHA 3O1WA 1ZXOA 3SLCA 4BRMA 1S22A 4Y0WA 5EXWA 5FPEA 4FOEA 2E1YA 3ZX3A 4CBWA 3P4IA 2IVNA 3BUZB 4FWKA 2H3GX 4CZEA 2QWPA 3MN6A 2EWSA 5F1XA 4FPBA 4RCHA 5BN9A 3LDLA 3UKUA 4FL9A 2FLOA 5AZJA 3D2EB 5KPTA 3QFUA 1BU6O 1LOTB 4JHDB 4RWTA 1QQNA 2PBDA 4CBXA 3ENOA 4K43A 3ZETA 4AM7A 1C0FA 2P9SA 2CGJA 5KQDA 2P9LB 3R6MA 5AQQA 3CJ1A 4BRFA 2E8AA 1RFQA 1T6DA 3AARA 3QBXA 5ELZA 2VYPA 4CZGA 3L0QA 5JLFA 2P9PB 4O8KA 1MWKA 4NO7A 4BROA 4M63C 2ASPA 5AQPA 1HKCA 3CJAA 4LC9B 3LDPA 1V4TA 4XH4A 3SMSA 3VENA 5KPZA 5BN8A 1TUUA 5EOYA 4FWQA 4H5RA 4PKHA 3GDQA 4H0XB 1ATSA 2E20A 2F9WA 3D7EO 4MLHA 4IXCA 2A41A 3VF4A 2P9KA 5BREA 4WQ5C 4BRQA 3MMVA 4EHTA 5E84A 4CZLA 2ZGYA 3VGMA 1X3MA 5AZIB 5LJWA 5EY4A 4B1WB 3WQTA 4FWNA 2ASOA 2HF4A 4L3QA 4H0PA 4EAHD 3VEZA 3ZETB 2DPNA 3I8BA 3HBTA 3M3ZA 4M7XA 3F9MA 1ZBSA 3M6GA 3U9DA 4Z94A 5ADXA 3J8AA 3TPQA 3O6WA 2P9UA 1GLAG 1X9JA 5AQVA 4EFHA 1MDUB 1U2VB 3CI5A 3AY9A 3CQYA 3D2FA 3H6EA 2D4WA 3U8XA 1NGJA 3CIPA 3BF1A 4BRDA 1KXPA 1XQSC 1H1VA 3G25A 3CETA 1BA1A 4BRAA 2GEMA 3H3OB 2GELA 2P9IA 3IDHA 3U9ZA 2GWJA 5AQRA 3JS6A 2BTFA 4QS9A 1JCEA 1ESVA 4FWRA 2HMPA 2E88A 3ID8A 2FSJA 3VEYA 1NGCA 4A61A 4K42A 1V4SA 2GUPA 2Q2RA 2A40A 4F9OA 4WQ4A 2D1KA 1NWKA 3L6QA 4BVOA 4H03B 4BREA 3KZBA 2FF6A 4A2AA 4QS7A 1NM1A 1NLVA 4FOIA 2IVOA 4BRPA 2QWNA 1MA9B 5JLHA 4H5VA 5AQFA 4I6MB 3VPZA 4PL7A 3HSCA 4EIAA 4H0TB 5AQZA 3VF6A 5F0XA 1JCGA 1QZ6A 4K25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXMB 1VSHA 5I9EB 3OYCA 4XH1A 4G1QA 2FF3B 4DSKA 4OO1J 1HQEA 3SCXA 3DXKB 3GG4A 3LM2A 4F4KA 1D8YA 4JLHA 3WNEA 3SAHA 4FJNA 4BRKA 1I94K 3K57A 4W5QA 4KHSA 4CFBA 2E6LA 4BQLA 1X9MA 3RSEB 3F73A 4QCLA 1C1AA 4WFBL 4FJ9A 4IOCL 4ISFA 2ZGZA 4CJ5A 3G71N 4RW4A 4FWMA 2YHAA 5LMUK 2CGLA 1QQMA 1GLCG 4DFMA 5C2DA 5M1KA 5AFUA 2HHSA 4YOXA 2ZJRL 2Y1IA 4KREA 1YT3A 4M3UA 4L8RB 1TV6A 1DGKN 2KHOA 3UKRB 1VQ6N 4PA1A 5ADXH 1S9EA 4DMNA 1Q9YA 3A0IX 4DTUA 3NH0A 1EXQA 4H5WA 4DR3K 1VRUA 3QMLA 2QWRA 3ZSOA 2Q0UA 3VEOA 1C0MA 4CF9A 3KK3A 4CERA 4MLEA 3NHGA 4MFBA 2WBNA 3JXUA 4YOTA 1S5JA 4BC2A 4BC4A 1KQSM 3NCIA 5KTQA 1U2VA 4PUOA 3HM9A 3VF2A 4U67L 1UWBA 4O55A 4YOWA 2Z1JA 2F9TA 2HHUA 4IEEA 1NMDA 1ATRA 4DCHA 1XI1A 5BRHA 1T44A 3PSFA 4PKGA 1Q18A 2F96A 4BG8A 1KTQA 3C7NB 3PX0A 4KBOA 1YITN 1TK5A 3VGLA 3ATVA 3OVNA 1NGDA 1GOAA 2QI2A 4KTQA 4YNQA 3QNOA 4CJFA 4BGBA 1K8KA 4MDBA 1IG9A 3T3FA 1NJYA 1Z05A 5C10A 3IUCA 4CW7B 3PO5A 1RDBA 2NRTA 5CYMA 4FW1A 3DAWA 5FPNA 2I7NA 3VQ4A 2D0PA 3WXIA 4KB1A 1T6CA 4I7FA 3I55N 2Z1HA 4DTSA 4PHTX 1C0GA 3HOTA 2Y1JA 5EX5A 3KK2A 4CEDA 3IG1A 2IVPA 5BR9A 1LWFA 3D0PA 4LH4A 1VSJA 4BY9C 3WQUA 3O4WA 4FW2A 3TI0A 5AQYA 4FXDA 1QQOA 4IG0A 3BZKA 3CYMA 1VK0A 1XNRK 1NGGA 2P5OA 3OYKA 1R0AA 1E4FT 3CG7A 1G99A 2VWBA 3E01A 3MCAB 1T7PA 2UUBK 1RT5A 4DU1A 3LWLA 4DQIA 3I0RA 3RMAA 4HCBA 3VOVA 1WSGA 2PZSA 4Q5VA 3KKSA 4B9SA 1KVBA 4DV7K 4DTJA 3QINA 1Z6RA 5AQMA 4JI0K 1IKWA 1JCFA 3EL2A 4CK1A 4I2QA 1O13A 4FJXA 4JYAK 3K9JA 3UKUB 3AVGA 3GBTA 3ZYYX 4W5OA 4DQQA 4F8RA 3KK1A 3SK3A 3ZEUB 1GLLO 3B8AX 2QKBA 3HP9A 1R59O 3U4LA 3OTOK 3W0LA 5CE3A 1YJWN 1REVA 1ASWA 2P9LA 3AVAA 3P38A 3CQXA 3GE1A 3OYDA 3AVLA 5FRMA 5DM7L 3ZSQA 4CZFA 4PY5A 1TYQA 2NRHA 1GOCA 2OPSA 4IO8A 4O5FA 3U3GA 3IMXA 3AA3A 1QHAA 3EO3A 3FZMA 4B9QA 2O8CA 3BZCA 3LPUA 2KQ2A 3VQ6A 3CXCM 3KHYA 3UE5A 2YNHA 2FBTA 4Z0UA 2EX3A 2E1ZA 2HSTA 3AGKA 3HI0A 3NH1A 3VQEA 3LP1A 1WSJA 3N4QA 2HNYA 1VSEA 1RTHA 3UIQA 4E7IA 3TAMA 1WNSA 4FK2A 4JI8K 5AQTA 2VG5A 4MO5A 2P9NB 2O8EB 1C0TA 4OGCA 2PYLA 3CJBA 1N5YA 3RWUA 3V1OA 1NGAA 2G8HA 1QSSA 3A8YA 1KAYA 4CJKA 1SAZA 5TKYA 1IKYA 3LDQA 1TL1A 1Y97A 3QEVA 1RT1A 5BPMA 4CJ7A 1LWEA 4NCAA 3FLCO 4JI1K 1E4GT 3BGRA 2Q97A 1K6YA 2E4LA 3WXLA 3F2KA 5GIPA 3J80O 1OH7A 3C0BA 2W40A 3QB0A 1E3MA 1Z26A 4AHRA 3IFRA 3LZIA 3O4QA 4DR7K 4HWIA 3LP0A 2Q36A 2GTDA 3CJ9A 4M7YA 1WAJA 4CEBA 4JKAA 3BDPA 4CJLA 1Q8IA 2ZJPL 3LM9A 2XHBA 5AQJA 3KLFA 1QVFM 2YNIA 1KAZA 2P9SB 1J54A 2A42A 1EETA 3H08A 4FLWA 2ITMA 2UXCK 3O4NA 1LWCA 4OKEA 2RKIA 3CCUN 4MO4A 1NGHA 2QW9A 2P9UB 4CEOA 4B1VA 4NYNA 3LANA 1KFDA 1YJNN 4KHNA 1IH7A 3SLCA 4A5BA 4FK4A 5FRNA 3M8PA 5KGXA 3VQ9A 3OW2M 1OVYA 3P4IA 4FWKA 3BUZB 2O8FA 2NUBA 2PYJA 1NOZA 5J1EA 1HMVA 1ZBIA 4RCHA 4FL9A 3VQ8A 5KPTA 5FLXO 3DLRA 4JHDB 5M1PA 1SKRA 3V9XA 4U7BA 2IGIA 2KFNA 4CGIA 4FLXA 4MDAA 4HVJA 1X9SA 1C0FA 3R6MA 5AQQA 1VQKN 4J2DA 4O8KA 1C0UA 4O5BA 4F2RA 3SAFA 1J9AA 4BROA 1U4BA 5AQPA 3T19A 3VQ5A 1NU0A 4XH4A 3VENA 4CGFA 5KPZA 3RMCA 2RE2A 2VGNA 2X6NA 5EOYA 3K5LA 4PKHA 2D0AA 4H0XB 4OPAA 4V19S 1BQNA 4IXCA 3VF4A 3HPGA 1OH6A 4BRQA 3MXMA 2WOMA 5E84A 4AHVA 1N6QA 3K5NA 4R5PA 1S6PA 5LJWA 5EY4A 2HNZA 3I56N 2FBXA 5SZTA 4HUEA 3AO3A 2ASOA 4X66K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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