1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
3S41A 1Y64A 1JCGA 4PKIA 4WQ4C 1XUPO 4CZLA 2QWRA 1JCEA 3GOIA 2ITMA 4H03B 3W0LA 1ZC6A 4ISFA 3SMPA 3FE1A 3IUCA 4ISGA 3GE1A 5AQGA 4CBXA 2E2QA 2QWPA 1YVNA 2E2NA 5LJVA 1YXQA 2FSJA 5TKYA 1WUAA 2J4RA 3F9MA 3GBTA 1KAZA 2P9UA 4XH1A 3GDQA 1H1VA 1X3NA 2ASMA 5AZIA 1J6ZA 3WT0A 3CJAA 2P9KA 3ZEUB 3LDQA 4HWIA 2FF3B 4MO4A 5AZJA 1X3MA 2P9NB 3ULEB 2QWMA 3ATUA 2F9TA 4IZ9A 3WXKA 2QWNA 3J8AA 3VF4A 3C7NA 3JS6A 3DXKA 3ENOA 5BRDA 1WOQA 3BF3A 3WXJA 1P8ZA 3DXKB 2P9LA 2P9SB 1V4TA 3KZBA 3BP8A 2YJFA 2PBDA 5AQPA 2Q31A 4A2BA 3GG4A 1KAXA 2A3ZA 3VEXA 1RDWX 3MDQA 2CGLA 3QBXA 2CH5A 4CD1A 1E4GT 2I7NA 4H0VB 5BREA 5AQRA 5BR9A 4H0TB 3QFUA 3LDLA 3R9PA 2I7PA 3VESA 2OANA 1Q18A 4BR5A 4XH4A 1S3XA 1NM1A 2ZF5O 1LCUA 1QZ6A 4FPAA 3AAPA 3VGLA 2IIRA 4O5FA 5AQQA 2CH6A 2GEMA 2VYPA 3WEEB 5AQFA 5AQSA 1ATNA 4AM7A 4C23A 5KPZA 3H1VX 3U9DA 5JICA 3DXMB 3CJCA 3SLCA 2NRHA 2E20A 5AQYA 4FWPA 2E8AA 2A42A 1SAZA 4K41A 3UKRB 1DKGD 5BN8A 1BA1A 3CQXA 3A8YA 4XH5A 4F9OA 4B1XB 1RGIA 3U9ZA 2GWKA 2YI1A 3SK3A 4FWMA 4RWTA 2HMPA 1GLEG 3VGMA 3FZFA 4MO5A 2NZTA 1ZBSA 3ENHA 4PL8A 4RCHA 3MMVA 4DB3A 3FFKB 2IVOA 3O4WA 3VEVA 1GLDG 1JCFA 1S22A 3M6GA 1NGCA 1OKJA 2E1ZA 4O8KA 1XQSC 1NMDA 1Z6RA 2E2OA 5CE3A 5AQIA 5AQMA 2GTDA 3U4LA 3UB5A 4BRIA 3ATVA 2CGKA 5AQOA 3DAWA 4BRCA 4IJAA 1D4XA 1HKCA 4BR2A 2Q2RA 3UE5A 4CZHA 4BRGA 2QWQA 1U2VA 3LM2A 4H5NA 4BRDA 4BQZA 3LM9A 1K8KB 3EKSA 3C7NB 4BR9A 3L0QA 3IFRA 4CZIA 1BUPA 3UKRA 1TYQB 2Q1NA 1DGKN 4ISEA 3R8EA 1KXPA 3HSCA 4FWSA 4L3QA 4RTFD 5EVZA 1BA0A 3BUZB 3VENA 3D2FA 2WUSA 3VEWA 3UKUA 3ZETA 2E2PA 4BREA 3MK6A 1U2VB 1IG8A 3LDPA 4J8FA 3RSEA 3CJ7A 3HBTA 5KQDA 4CZGA 2YHYA 3MN9A 2P9IA 5AR0A 2E88A 3DWLA 5FPEA 2V51B 3EN9A 5AQZA 4A2AA 4H0YB 5E84A 3UKUB 4H5VA 4JN4A 3HM8A 3ZX0A 4CZFA 4Y0WA 3KVGA 4LC9B 4BRPA 4FOIA 3VF6A 2GELA 3BF1A 4H0OA 4FPBA 1GLJO 1XC3A 2P9IB 3EO3A 1T6CA 4HTLA 3TPQA 5AQNA 5AQUA 3VOVA 2YHWA 1BO5O 4H5TA 4CJ7A 4FWRA 2FSKA 2AA4A 5AQLA 2QXLA 3VF2A 3P4IA 1TUYA 1GLFO 1GLBG 3OHRA 3GL1A 2NLXA 3VEOA 2QWLA 5KPTA 5AQKA 2P9NA 3ULEA 4M63C 1NGAA 1BWFO 1NGFA 2D0OA 3FR0A 3O5BA 1HPMA 2V52B 3QDKA 4EHTA 5ADXA 2AP1A 4H5WA 3L6QA 3WQTA 4K42A 4K25A 4KBOA 3WEEA 1ESVA 4YDUA 3CETA 3CJ1A 3VGKA 4WQ5A 1NGHA 5FPDA 1BU6O 1HKBA 2YCHA 4M7YA 4FWLA 1NBWA 4BVOA 4IXCA 4CZKA 4CZJA 5JLFA 4BR0A 2PAVA 3JXUA 3CERA 5JMVA 2IVNA 3VEYA 4H5RA 3A5LC 5BRHA 2P9LB 3VEZA 4FWOA 4PL7A 5EY4A 4BRAA 3C0BA 3H6EA 4DQ8A 5KQ8A 4BC5A 3SMSA 4GY2B 5AFUH 4BGBA 3A5OC 4A61A 3ZETB 1DEJA 1NWKA 5AQWA 3EL2A 1MDUB 4BG8A 5JLHA 1LOTB 2GUPA 2A40A 5FPNA 4I6MB 4H0XB 4BGAA 4XEIA 3AARA 1BOTO 4B1UB 1IJJA 2Q97A 3O6WA 2CGJA 1GLCG 5AQVA 2P9PB 1BG3A 4WQ5C 3FZHA 1HJOA 1QHAA 3FZLA 3QBWA 4QS9A 1NGBA 2E1YA 4JHDB 3QB0A 1MWMA 3M1FA 3TU5A 3O8MA 5FPMA 4IJNA 4B1WB 4JNEA 1QQMA 4BROA 2P9KB 3ZEUA 3WXIA 5AQXA 5EXWA 2IVPA 4EHUA 2EWSA 3O08A 5AQJA 4BRLA 1NGIA 5AZIB 3SJHA 5B8HA 1NGDA 1Z05A 2GWJA 4FL9A 4JHDA 3FLCO 1R59O 4EIAA 4BRNA 2A5XA 5LJWA 4EFHA 5I9EB 5BRFA 3CI5A 3U8XA 5E26A 3A5MC 4PKHA 3H45C 2FF6A 3LL3A 1YAGA 4FWQA 3ZX2A 4QS8A 3QMLA 4JD2B 4PKGA 5BN9A 4CD3A 3W3DA 4B1VA 1RFQA 2BTFA 5AFUA 1U6ZA 3O80A 2F9WA 4GNIA 4CZMA 3O1WA 5AZJB 1T44A 3D2EB 1TYQA 3EZWA 3H3OB 5BPLA 1GLAG 3G25A 2VWBA 2W40A 2ZWHA 4BRKA 4CZEA 3DJCA 2ZGYA 3MN7A 2P9SA 3EKUA 2UYTA 3ID8A 3VPZA 1X9JA 1K8KA 2Q36A 3CJ9A 1MWKA 3CHWA 4JAXA 3HZ6A 3L4IA 4MLEA 5ELZA 3AY9A 3I33A 4BC2A 2HOEA 5F2RA 4BRFA 4CBUA 4IWVA 4BRQA 3D2FB 2FSNA 4CI6A 1ATSA 3LDOA 3LDNA 1V4SA 3KHYA 1GLLO 4FSVA 4DHYA 5BPMA 3A5NC 4BR4A 1QZ5A 4BRMA 2FXUA 1NGJA 3BEXA 4FWNA 5LY3A 4M7XA 3D2EA 3VETA 4BC3A 3MCPA 2H3GX 3ZX3A 3IDHA 1CZAN 4AM6A 1MA9B 2D4WA 2D0PA 4B1YB 3WXLA 4YDUC 2ASPA 5ADXH 1ZXOA 5BPNA 3FZMA 4FOEA 4BG9A 3H3NO 3QICA 3CJBA 2Q0UA 3CIPA 5AQHA 1NGEA 4MLHA 2D1KA 1KAYA 4B1ZA 2ZGZA 2P9PA 2VCPA 3WQUA 4FWKA 4E1JA 1TUUA 4BVPA 1QQNA 4K43A 4QS7A 4BRHA 2BUPA 3D7EO 3O1BA 1EQYA 4BR7A 1NLVA 5EOYA 5F1XA 2DPNA 2YHXA 3WUHA 4B9QA 2HF3A 2A41A 4BQLA 2W41A 4WQ4A 2QM1A 3VERA 2ASOA 1HUXA 2QW9A 3MN6A 1G99A 2HF4A 3DXMA 4NO7A 2A6AA 1E4FT 2Q0RA 1HX1A 3M3ZA 2P9UB 3QFPA 4CBWA 3FGUA 3RSEB 2QWOA 4DCHA 5AQTA 1BDGA 3CQYA 1ATRA 3I8BA 2YJEA 2KHOA 1QQOA 3H1QA 3H46O 4FO0A 1SQKA 3HTVA 3MN5A 4H0PA 4BC4A 4EAHD 1SZ2A 1C0FA 5EX5A 3AAQA 3HI0A 4NB4A 5F0XA 3B8AX 4IO8A 4Z94A 5KPRA 4WYBA 2FLOA 4A62A 2V7ZA 4I6MA 1HKGA 1T6DA 1HLUA 3R6MA 1NGGA 2V7YA 1C0GA 3FZKA 3IMXA 4JD2A 1YUWA 3A0IX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BANA 4FJMA 3RRGA 1EETA 3GOIA 2ITMA 4FJ7A 1TKZA 1ZC6A 1RDAA 3FE1A 2O4GA 3ZT4A 1Q82O 3DLKA 3KLEA 2UXBK 5M1PA 1UAXA 4NXNK 3S9HA 2E2NA 1RBRA 3CPEA 4RG8A 4YNQA 4QOZB 1SL0A 2P9UA 4FK0A 1NNEA 5DM6L 1NJXA 3VQ4A 5AZJA 4FYDA 2P9NB 3F5TA 2QWMA 2YNGA 1KCFA 3WXKA 2QWNA 4O0JA 4W5RA 1RNHA 3HPGA 3THYA 4KFBA 1FW6A 4IOXA 1BQMA 3BF3A 4JK9A 3WXJA 4U7BA 3J80O 4DQPA 1O13A 2P9LA 2Z1IA 1NK4A 4WFAL 4DS4A 3KJVA 3GG4A 1YIJN 1RDWX 4B9NA 4FJNA 5CY4A 4NCGA 4FJ8A 1VQMN 2I7NA 3ZSZA 4JV5K 3QFUA 3ZSYA 2I7PA 1IO2A 3AVMA 4XH4A 1QTMA 1CXUA 4CJLA 2A1RA 1RDUA 1LCUA 3OYBA 3NMUA 2BDPA 1S1XA 4FZXC 4F4KA 5AQQA 4AHSA 5CYMA 4JKCA 4K0KK 3WEEB 5AQSA 4IG3A 3SBTA 3VMFB 4FWPA 2E8AA 3UKRB 4JI7K 3VTHA 1DKGD 4CIFA 2FBTA 1RGIA 4C8NA 2Y1JA 3PO5A 3PSIA 2YI1A 3SK3A 1D9DA 3E66A 4JI2K 1QHTA 4JI6K 3G6EN 4DSFA 1ZBSA 3ENHA 2HHSA 3MMVA 1HQEA 3KD1E 3FFKB 1KD1O 2IVOA 3CCLN 1L3VA 2DFFA 1D8YA 3IRXA 4CJTA 1JCFA 3M6GA 4CFBA 1Z26A 4DTJA 5HLFA 3VN5A 2D0BA 3L4QA 5DMRA 3WNEA 1NMDA 1WSGA 4OKKA 4X64K 1Z6RA 1TGOA 2E2OA 5CE3A 1RDCA 3HJFA 3NDKA 3U4LA 3UB5A 3I55N 4JRPA 2YX6A 4CECA 3CCMN 4BRCA 4DR6K 3UE5A 4BRGA 4H5NA 5GAHP 1T05A 4CIGA 3IFRA 1BUPA 2HHUA 2FBYA 1TYQB 3UKRA 4ISEA 3R8EA 4M42A 3KK7A 4FWSA 4L3QA 4RTFD 5EVZA 3S3OA 1BA0A 3O9QA 3E9LA 3VENA 3D2FA 1WSEA 3AVNA 3VEWA 4CVNE 3UKUA 2JWLA 1W7AA 4JI3K 3NHGA 3ZETA 2E2PA 4BREA 1A5WA 1U2VB 4KO0A 1W0HA 3THWB 4W5OA 2IOCA 4PA1A 1SKSA 4J8FA 3SZ2A 3HBTA 4U67L 5C2FA 3V9ZA 3OYHA 3U3GA 4CF1A 3DWLA 3EN9A 1G15A 5AQZA 1RTJA 3JAMO 4YFUA 2KW4A 3E9OA 4H5VA 1TKXA 3V81A 3ZX0A 4O4GA 4N56A 3SUQA 4DTPA 3VF6A 1WLJA 1RT5A 1YI2N 4HTLA 3TPQA 5AQNA 2KFNA 2OCEA 1W2BM 2OZMA 4CEOA 3CD6N 1J9AA 3MEEA 3ZSRA 3CMEN 3ZSWA 4FJLA 2FC0A 5J2MA 3VEOA 3P1GA 3LP1A 3OY9A 4JI1K 4E1MA 3O5BA 4OVLA 1HPMA 4EHTA 3QDKA 5ADXA 4H5WA 4DR7K 3WQTA 2O8BB 4TSXA 4K42A 3HP9A 4KBOA 4M3XA 3WEEA 1ESVA 3CETA 3CJ1A 4FLXA 4WQ5A 5I42A 1TVRA 4E3SA 1NBWA 4CZKA 4IXCA 4CZJA 4M3UA 1IV0A 5J2PA 1XMOK 2IVNA 2QK9A 1R0AA 4EP5A 4BRAA 3KK1A 3H6EA 3QLHA 4DQ8A 5KQ8A 4IOAL 3OYEA 5AFUH 3A5OC 4N41A 4QCLA 3RR7A 5JLHA 3DLEA 4FZZA 4B1UB 5CHIA 3KLFA 1SUQA 4DV3K 4CEQA 4CJ5A 3OYAA 4DF4A 2KZZA 4CW7B 4CJ4A 2OTLN 1QHAA 4K8XA 4RW7A 3ITHA 4JHDB 4CGHA 4Q0BA 1RBUA 1VSHA 4GW6A 4BROA 2XY6A 3P38A 1GOBA 5EXWA 5HRPA 4JEPA 4NYNA 2IVPA 2EWSA 5AQJA 4BRLA 1NGIA 5AZIB 4FJHA 4OPKA 1X9WA 4FL9A 2FBVA 1NKEA 3FLCO 3PSFA 4FW1A 4EIAA 3T1AA 1QVFM 2WBNA 3AVLA 1W9HA 1J53A 3OVNA 1ITGA 5GADP 5C0YA 3HXMA 5C24A 1NK8A 4FM0A 4E7JA 4PUOA 4CGDA 4B3OA 1Q81O 4AHTA 1J5OA 5BN9A 3W3DA 3P39A 1Y97A 1U6ZA 3O80A 5H1SQ 3NH0A 1WBBA 1K8AO 1DLOA 1T44A 3EZWA 4CZEA 2B4JA 3DJCA 4CK3A 4LY7A 4BDYA 2P9SA 3CXCM 4GKJK 4Q5VA 3PX0A 2Q36A 1YF5L 3NBPA 1MWKA 2XO7A 2X6NA 4EZ9A 3AY9A 3VQQA 4BC2A 3D6RA 4BRFA 4CBUA 1KC8O 4IWVA 1A5XA 4O44A 2GV9A 4DLGA 4CFCA 3A5NC 2ZQBA 4FWNA 4J2BA 3EE8A 3OS1A 4IDHA 3L3VA 3JYTA 3E1YA 4AM6A 4DR1K 3KLGA 2F4VK 3T19A 3DI6A 1NJIO 2ASPA 4NCAA 2HHHK 4F3TA 3FZMA 3HOSA 1BQNA 3CJBA 2Q0UA 4DR3K 4DSJA 1LW0A 3OJUA 4MLHA 4AHUA 1YJWN 3WQUA 4FWKA 1TUUA 3M5RA 1QQNA 2YNFA 3M8QA 5EOYA 4ILGB 3SUOA 1RDBA 2DPNA 3AVJA 3O4QA 1ZYQA 3AA4A 1K73O 1IKWA 1TK0A 4BE0A 4R5PA 3TABA 1VQLN 4OKJA 4NO7A 4DV0K 1E4FT 5CZ1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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