1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
b'KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
4CZHA 4K43A 2A40A 1MWMA 3CQXA 3FLCO 5AQKA 3A0IX 4H0XB 1P8ZA 2HF3A 3F9MA 5KQDA 4BVPA 1QQOA 1Q18A 2NZTA 3L4IA 3R9PA 3P4IA 3M6GA 4CBUA 2D0OA 3QBWA 1SQKA 1X3MA 5AQGA 2YJFA 3UKRA 2E2PA 2Q0RA 4MLEA 2YJEA 4B1YB 1H1VA 4FPAA 2F9WA 1JCEA 1QQNA 1YXQA 5JLFA 4K25A 4I6MB 3UKUA 3C0BA 1RGIA 1ZBSA 3O08A 1HLUA 5BN8A 4FWQA 2BUPA 3H46O 2FXUA 2IVPA 3WQUA 3H3NO 1BUPA 4BC3A 1G99A 4CZFA 4Z94A 3SMPA 2VWBA 2V51B 5KPRA 3FZLA 1C0FA 1LOTB 2D4WA 4BRFA 3D2FB 1SZ2A 3UKRB 1NBWA 2QM1A 2Q97A 4IJNA 5BRDA 2EWSA 4H0VB 1EQYA 4CZIA 4CD1A 5EXWA 3QFUA 3AAQA 4BC4A 3EZWA 4NB4A 4CI6A 3IUCA 3FE1A 1NGFA 2I7PA 2A5XA 3WQTA 5FPDA 1BO5O 3CIPA 1HUXA 2A3ZA 5AQSA 5LY3A 2QXLA 2E1ZA 3VF2A 3SK3A 5AQYA 2H3GX 5EOYA 5AQUA 3ATUA 4FWPA 3AY9A 3CQYA 4JHDA 3TPQA 4FWKA 4BRLA 3MN6A 4BR2A 2VCPA 4QS8A 3QFPA 2E2OA 5E84A 3EKUA 3WT0A 4BRPA 5FPEA 1YUWA 3BF3A 5AQLA 1OKJA 2PAVA 3VEVA 4A62A 5BRFA 1QHAA 3VETA 4H5NA 2IIRA 2V52B 4BC2A 3FGUA 1GLDG 1MA9B 3QBXA 4A2BA 5BPLA 3WXJA 1HX1A 3O4WA 1NGAA 4BRIA 3CJ1A 3KZBA 2P9UB 3WXKA 4JAXA 1GLFO 4B1UB 3SLCA 4BR7A 1TYQB 4O5FA 3ULEA 3ENOA 4H5RA 3ATVA 3GE1A 2Q36A 1BA0A 2VYPA 2ZGYA 3SMSA 2CGLA 5BPMA 5ADXA 1TUUA 3FZMA 2NLXA 2CGJA 3MCPA 1R59O 3C7NB 1DKGD 5JICA 3DAWA 4PKHA 2HMPA 4M7XA 4M7YA 4BRKA 4K41A 4QS7A 1NGDA 1BU6O 4HWIA 4H0TB 4H5TA 4XH1A 5EVZA 2GELA 2A6AA 3MN9A 5AZJA 3EO3A 4RCHA 2ASMA 5EY4A 2P9LB 5B8HA 2P9SA 1CZAN 4B1WB 3VGMA 3VOVA 2D1KA 5AQJA 3D7EO 5AQPA 4HTLA 1MDUB 5CE3A 3FR0A 5E26A 4IXCA 1GLAG 5F1XA 3QDKA 2HF4A 3LDNA 3R8EA 1YVNA 1GLLO 4PKGA 3FFKB 3H1VX 4AM6A 3MN5A 1LCUA 4BRQA 4CZGA 1WOQA 2F9TA 1ESVA 3O6WA 4BRGA 1S3XA 3FZFA 3GOIA 5BREA 1K8KB 4IJAA 4B1XB 4WQ4A 3OHRA 4BQLA 5AQNA 2E20A 4I6MA 1MWKA 2QWOA 3VEYA 5F2RA 3GBTA 5BR9A 5KPTA 1T44A 4EHUA 2Q31A 4YDUA 4F9OA 1DGKN 2Q0UA 3QB0A 1HJOA 1NGJA 4LC9B 1NWKA 3AARA 4NO7A 1NM1A 2CGKA 2A41A 3TU5A 1NLVA 4BG8A 5I9EB 5BN9A 3O8MA 2P9UA 1QZ6A 2YCHA 3L6QA 3UB5A 3O1BA 4FOEA 2ZF5O 4RTFD 4FO0A 1KXPA 3SJHA 3KVGA 3ZX2A 2E8AA 2ZWHA 1V4SA 5AQFA 1DEJA 5AZIA 1Z6RA 2IVNA 1X3NA 2Q1NA 4JHDB 3WEEA 4CZJA 3VEZA 1NGCA 4KBOA 3ZEUB 1GLBG 4XEIA 1KAYA 4BRAA 4ISEA 2CH6A 3VEWA 4FSVA 3LM9A 5AZIB 4RWTA 1Y64A 3M3ZA 3WEEB 5AZJB 3FZHA 3LDPA 4C23A 3HZ6A 1RDWX 3ZEUA 1GLEG 3ZX0A 3ZETB 3VF4A 1S22A 3HI0A 2E2QA 3IDHA 1NGGA 4BG9A 3H1QA 4BR9A 4DHYA 4MO5A 5F0XA 4XH5A 4FPBA 1NGHA 4BRNA 4BRCA 1C0GA 3CJCA 3LDLA 4M63C 3VEXA 4H5WA 4DCHA 3H45C 3VF6A 4O8KA 1GLCG 1ZC6A 4PKIA 2ASPA 4EAHD 4YDUC 3BF1A 2E1YA 3WUHA 4K42A 4CZLA 1HPMA 4EHTA 2FLOA 3KHYA 3ZETA 3DXMB 3H6EA 5AQTA 2P9LA 3WXIA 3QMLA 3EKSA 1IJJA 5AQZA 4BREA 2AP1A 3A8YA 4IWVA 5AQRA 2CH5A 3VGLA 2P9SB 2PBDA 3B8AX 5KPZA 1RFQA 3MMVA 4FWRA 1ZXOA 3DWLA 2UYTA 4PL8A 2AA4A 1J6ZA 2I7NA 4A2AA 1HKCA 5AFUH 1QQMA 5AQMA 1T6DA 4WQ4C 3VPZA 4PL7A 3CERA 1ATSA 1JCGA 3DJCA 1E4FT 2V7ZA 2P9NB 3CJ7A 5AQOA 5ADXH 2W41A 2FSKA 2QWRA 1NGEA 3J8AA 1U2VB 4BVOA 4CBWA 1NGBA 1QZ5A 3EN9A 4JN4A 2GTDA 1BWFO 5AFUA 2GWJA 2YHWA 3U9DA 4BC5A 2E88A 3C7NA 2GEMA 2NRHA 1E4GT 3MN7A 1NMDA 4FWSA 2QWQA 4MO4A 3HTVA 3RSEA 5AQXA 3MK6A 1V4TA 2OANA 2HOEA 3GDQA 4L3QA 5JLHA 1D4XA 3S41A 5KQ8A 3CHWA 5AQQA 4BRMA 2QWLA 4E1JA 3GL1A 2E2NA 1X9JA 3U8XA 3M1FA 2YI1A 3O5BA 2Q2RA 3FZKA 1NGIA 3G25A 1T6CA 5AQVA 1JCFA 3EL2A 1SAZA 3GG4A 1TYQA 1ATRA 4DB3A 3I33A 2A42A 4H5VA 4XH4A 3U4LA 3DXMA 4BGBA 4BR4A 3CI5A 4DQ8A 1IG8A 4H0YB 5ELZA 4CJ7A 2P9KB 3D2EA 3DXKB 3I8BA 4EIAA 4JD2B 4GY2B 4FOIA 3L0QA 3H3OB 3O80A 4EFHA 2KHOA 3BP8A 4ISFA 3CJ9A 2YHYA 4BROA 3LDOA 4FL9A 4H0PA 2GUPA 3MDQA 5AQWA 5LJVA 4BR5A 5BPNA 4WQ5C 2GWKA 5LJWA 5TKYA 3HSCA 4JD2A 4BR0A 5EX5A 3VESA 4GNIA 4BGAA 3LM2A 3A5LC 3UE5A 4FWOA 3VENA 5AQIA 3UKUB 3CETA 2P9IA 3A5NC 5FPMA 3VERA 4AM7A 3ZX3A 4H03B 1Z05A 3W3DA 2P9PA 4J8FA 2FF6A 2FSNA 3ENHA 3LL3A 4MLHA 1U2VA 3WXLA 3BEXA 3CJBA 2QWPA 2DPNA 2QW9A 3D2FA 5AQHA 4H0OA 3A5MC 5AR0A 2ASOA 4Y0WA 2QWNA 4FWNA 3R6MA 5JMVA 4CZKA 1K8KA 1ATNA 3VGKA 1U6ZA 4B1VA 2P9IB 1BA1A 3BUZB 2IVOA 2YHXA 3ULEB 1TUYA 4CD3A 3RSEB 2P9PB 2WUSA 4BRHA 2BTFA 3HBTA 1WUAA 4BRDA 4FWLA 3A5OC 1BG3A 3ID8A 1XUPO 4CZEA 1YAGA 2D0PA 5FPNA 1GLJO 3IMXA 4IO8A 4B1ZA 2P9NA 3JXUA 2ITMA 1KAXA 1HKGA 5BRHA 2J4RA 3VEOA 3HM8A 1XC3A 2W40A 4BQZA 4B9QA 3AAPA 1BDGA 4WQ5A 2FF3B 4IZ9A 4CBXA 3QICA 4FWMA 3U9ZA 1HKBA 3IFRA 4WYBA 1KAZA 1BOTO 2ZGZA 4JNEA 1XQSC 2V7YA 2QWMA 3O1WA 4ISGA 3W0LA 4CZMA 4A61A 3LDQA 2P9KA 3D2EB 3DXKA 3JS6A 4QS9A 3CJAA 2FSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSIA 4K43A 2HMIA 3CQXA 3FLCO 3A0IX 2G8HA 4N41A 1WSHA 2ETJA 4BVPA 4JKEA 3VQ8A 2YJFA 4B1YB 3T3FA 4W5NA 1YXQA 3MWTA 3EY1A 3LP3A 1LWCA 4I6MB 3C0BA 4AHTA 4FLXA 5HOOA 4MFBA 5BN8A 2BUPA 2IC3A 5CZ2A 4J2DA 3H3NO 1U04A 3SMPA 4B3OA 5KPRA 4ID5A 5IWAK 4CJFA 2R7YA 4Z4HA 3T19A 4E7LA 5C42A 1J53A 4KTQA 4NCBA 4KO0A 3UKRB 4IJNA 2X6NA 3MXIA 4H0VB 1EQYA 2E4LA 3THWB 4B9NA 4QAGA 2BH1A 4BC4A 4FLUA 1TK0A 3CF5L 4NB4A 1VSIA 3HP6A 4FM1A 2I7PA 1HUXA 4C8NA 2A3ZA 5LY3A 5JVHL 3AVMA 4YY3K 3SK3A 4CHNA 4LFAK 4B8AB 3MEGA 4JHDA 4BRLA 4CFBA 4ZHRA 3DLLL 1S1VA 3WT0A 4BRPA 4LY7A 5HP1A 1WSJA 4NCAA 1D9FA 3K9KA 4H5NA 5HRRA 2V52B 2UU9K 3FGUA 4A2BA 4ILHA 2Q3SA 4DV5K 2YNIA 3KZBA 3PX6A 4DFPA 3DLEA 2Q36A 4OPAA 3CC4N 3CFRA 3SMSA 3HOSA 2NLXA 2CGJA 4F3OA 2QI2A 2AJQA 3VTHA 3MCPA 3C7NB 3DAWA 4PKHA 4DR6K 1NGDA 2EHGA 4HWIA 5CZ1A 4N47A 4DQIA 3OYAA 5M1FA 3Q7BA 3MN9A 4M41A 5AZJA 2ASMA 3AA3A 3L3VA 3VGMA 1IKXA 4FM2A 2D1KA 1NK5A 4AHCA 1CZ9A 4CE9A 4HTLA 4JKDA 5CE3A 3FR0A 3K5MA 1GLAG 2NRVA 3R8EA 4PKGA 4CGGA 1X1PA 3VA0A 4FJ5A 4AM6A 4FLYA 3VMFB 3OYIA 4I7FA 1WOQA 3ITHA 1ESVA 1XWLA 3IS9A 1S3XA 1EXQA 1WB9A 3GOIA 3PIPL 3OS0A 3AO3A 3NGZA 1NJZA 3ASMA 4I6MA 3CPWM 3VEYA 3GBTA 1BI4A 1T44A 1ZBLA 4M3ZA 3NF8A 4Z4EA 1J5EK 3HPGA 3Q7CA 2Q0UA 2FC0A 4LC9B 3HYFA 2HBLA 2UXBK 2YHAA 3D6RA 4OKJA 3NFAA 1JL1A 4A59A 2CGKA 3TWHA 4BG8A 5I9EB 4FK0A 1YTUA 4HCBA 3IKMA 3L6QA 3UB5A 4CEDA 4FJNA 4AH9A 4K8ZA 2OPPA 4FOEA 3RTVA 1O1WA 4RTFD 4FO0A 1KXPA 4K0KK 3HM9A 4DTOA 2GX9A 2E8AA 3RRHA 1XI1A 1V4SA 4BWJA 3C6HA 5H1SQ 1Z6RA 1HYVA 3WEEA 4KB1A 4Y1DA 1NK9A 3TAGA 1KAYA 5T7BA 5SZTA 3KWGA 3I55N 4Q0BA 3QERA 1NMNA 3WEEB 4M42A 3FZHA 3LDPA 4KHUA 4I9LA 4YOVA 2VWKA 3ZX0A 1CZBA 4BR9A 3H1QA 4CF2A 5FRNA 4BRNA 4ILJA 4F2SA 1CXUA 1C0GA 4M63C 3KLHA 3CCLN 3S3MA 4CEBA 2XY7A 3KD5E 3B6OA 3H45C 3U6FA 1GLCG 3O4QA 3MEDA 3OYLA 3P38A 2B5JA 1NK4A 3WUHA 4CZLA 4K42A 3SAHA 3DOLA 2FLOA 2X74A 3K0SA 3WXIA 1NJIO 4JYAK 3QMLA 3OYBA 3WXMB 1IJJA 4RW9A 1ZBUA 3T1HK 3A8YA 4IWVA 2HVIA 4FJMA 3TR8A 3B8AX 4CJLA 3ZYYX 3DRPA 3MMVA 4FWRA 5GIOA 2IAJA 4FJGA 4M3UA 1S9EA 3HPOA 4Z0UA 3KK1A 2AA4A 3TTDA 5AQMA 1T6DA 1EKEA 4DSKA 4WE1A 1ATSA 3DJCA 4E7IA 1RNHA 3SAFA 1ITGA 5AQOA 4FLTA 4LH4A 2W41A 1NGEA 3J8AA 2G8KA 5J2PA 2ZE2A 1DT9A 3B6PA 4FJ7A 1YF5L 4PHTX 2XY8A 2WBNA 2GWJA 3U9DA 3VTIA 3THYA 2E6LA 1OVYA 4BC5A 3C7NA 3VQEA 4DQSA 1NMDA 3LPTA 4IDHA 3RSEA 3LZIA 3VQPA 5AQXA 4HUGA 4DTUA 1QVFM 2OANA 2HOEA 4L3QA 2YX6A 3O9RA 1RBRA 3CHWA 3O3GA 2O4GA 4DFMA 3GL1A 2O4IA 5HROA 1IBMK 1YHQN 2Q2RA 3FZKA 1NGIA 3QNOA 4CEFA 3ZSRA 1VSMA 3AVGA 4DS5A 3EL2A 1JL2A 1SAZA 3SUOA 1HNWK 2O8DB 2UUAK 1BIZA 3DLGA 4ICLA 1NK8A 4BR4A 1XHZA 4JI4K 4IFYA 4GV6A 3PO4A 4DQ8A 3OYGA 4OKKA 4N56A 1TKDA 3KK3A 4M3XA 3JYTA 4GY2B 4CJQA 3PY8A 3ZLJA 4CFAA 3BP8A 3L3UA 4FL9A 1VQ8N 3MDQA 3I56N 3TTCA 1SL2A 4X66K 4DSFA 4WQ5C 2GWKA 5LJWA 4JD2A 3AVLA 4KHWA 3THWA 1ZBFA 3SBTA 3TAQA 3LM2A 4B08A 4KTWA 3CFPA 1HR0K 3QEXA 3VENA 3HL8A 1C0MA 4F2RA 4JK8A 3ZX3A 4BACA 4DLGA 3W3DA 4JKHA 2NRWA 2P9PA 3L4QA 1VQON 4J8FA 2FSNA 3ENHA 3HVTA 3LL3A 1U2VA 2VGNA 4MLHA 4NCGA 4JI8K 3BEXA 2QWPA 2RN2A 3CMAN 4JI3K 4WF9L 1X9MA 4Y0WA 4FWNA 1C1AA 4CZKA 2BGGA 3VQQA 4E1MA 3VGKA 3TTFA 3SUNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WSI A;  4K43 A;  2HMI A;  3CQX A;  3FLC O;  3A0I X;  2G8H A;  4N41 A;  1WSH A;  2ETJ A;  4BVP A;  4JKE A;  3VQ8 A;  2YJF A;  4B1Y B;  3T3F A;  4W5N A;  1YXQ A;  3MWT A;  3EY1 A;  3LP3 A;  1LWC A;  4I6M B;  3C0B A;  4AHT A;  4FLX A;  5HOO A;  4MFB A;  5BN8 A;  2BUP A;  2IC3 A;  5CZ2 A;  4J2D A;  3H3N O;  1U04 A;  3SMP A;  4B3O A;  5KPR A;  4ID5 A;  5IWA K;  4CJF A;  2R7Y A;  4Z4H A;  3T19 A;  4E7L A;  5C42 A;  1J53 A;  4KTQ A;  4NCB A;  4KO0 A;  3UKR B;  4IJN A;  2X6N A;  3MXI A;  4H0V B;  1EQY A;  2E4L A;  3THW B;  4B9N A;  4QAG A;  2BH1 A;  4BC4 A;  4FLU A;  1TK0 A;  3CF5 L;  4NB4 A;  1VSI A;  3HP6 A;  4FM1 A;  2I7P A;  1HUX A;  4C8N A;  2A3Z A;  5LY3 A;  5JVH L;  3AVM A;  4YY3 K;  3SK3 A;  4CHN A;  4LFA K;  4B8A B;  3MEG A;  4JHD A;  4BRL A;  4CFB A;  4ZHR A;  3DLL L;  1S1V A;  3WT0 A;  4BRP A;  4LY7 A;  5HP1 A;  1WSJ A;  4NCA A;  1D9F A;  3K9K A;  4H5N A;  5HRR A;  2V52 B;  2UU9 K;  3FGU A;  4A2B A;  4ILH A;  2Q3S A;  4DV5 K;  2YNI A;  3KZB A;  3PX6 A;  4DFP A;  3DLE A;  2Q36 A;  4OPA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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