1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
4H0PA 1JCFA 4HTLA 4XEIA 4H0YB 1NGGA 3LDNA 4BQZA 4CZJA 5KQ8A 5FPEA 2QWQA 3H6EA 5EVZA 3EZWA 3OHRA 3WXIA 5AQJA 1DKGD 4CZMA 1T44A 1IG8A 3WUHA 3H1VX 1YUWA 3WXKA 2PBDA 1YVNA 4BR2A 2Q2RA 3O1BA 2QWMA 4FOEA 2GEMA 1YXQA 3CJCA 4AM6A 3ZETA 4M63C 1HKBA 4H03B 2YHXA 3VEVA 1KAZA 4ISEA 2GTDA 2EWSA 2QM1A 5BRHA 1E4FT 2W41A 2FSKA 2P9KB 3AARA 3GBTA 2FLOA 4FSVA 4RTFD 4IZ9A 3UE5A 3R6MA 4K42A 4WQ4A 3R9PA 1GLBG 5EX5A 3VF4A 3EO3A 5AQVA 1XUPO 2PAVA 2FF3B 4CBWA 3CJAA 2ASOA 4IWVA 2YJEA 3GOIA 4F9OA 1V4TA 2FXUA 4BR0A 2P9NA 3TU5A 1BU6O 1MA9B 4CZEA 5F2RA 4O5FA 1HPMA 3DAWA 5AQLA 3W3DA 4A2BA 2P9SB 3MCPA 3WT0A 5F1XA 3FLCO 5BR9A 2UYTA 1E4GT 2QWRA 3GL1A 5BPMA 3SK3A 4NO7A 2IVPA 2E2QA 4E1JA 4BRFA 3UKRB 2QWLA 2P9LB 2YJFA 3O5BA 4XH5A 1JCGA 2P9PB 4FWOA 2KHOA 3FE1A 4BGBA 3ULEA 3ID8A 3D2EA 5KPZA 5AQKA 2QW9A 4BG9A 2HF3A 5ELZA 4BGAA 1RFQA 4O8KA 4RCHA 3LDQA 2E88A 4BREA 3P4IA 4Y0WA 3VGLA 1QQNA 3SLCA 4JAXA 4YDUC 3GG4A 3VEOA 4RWTA 3AAPA 4BRAA 4BRKA 5FPDA 4JNEA 1XQSC 3BP8A 4PL7A 3MN9A 4DQ8A 2VYPA 1NGDA 1EQYA 3I8BA 4IO8A 3AY9A 2A6AA 1OKJA 4CBXA 2CH5A 5FPNA 1TUUA 4PKGA 3QMLA 3ZX3A 3QBXA 5AQTA 3F9MA 1NMDA 3LM2A 2CGLA 4PL8A 2P9IA 4DHYA 2Q0RA 1IJJA 1Q18A 5AQGA 1HKGA 4I6MA 5AQYA 3U4LA 4BC4A 1SAZA 3CHWA 4BVOA 3GE1A 5FPMA 2IVNA 4M7YA 3M1FA 5AQUA 3VF2A 1QZ5A 3B8AX 1GLDG 3FZKA 4B1YB 4KBOA 1LCUA 3KHYA 1BA0A 3H1QA 3CQXA 3VENA 3DXMB 3O6WA 1MDUB 4XH1A 4B1VA 4CD3A 3FZMA 1BWFO 4CZHA 3QICA 2A5XA 5KQDA 5E84A 4NB4A 4IJAA 1NLVA 1ZC6A 2IVOA 1RDWX 2E1YA 3H46O 4BR9A 1NBWA 2P9KA 4H5TA 3R8EA 4CZFA 3FR0A 3WXJA 1NGFA 1ATSA 3CETA 1GLEG 1NWKA 3VOVA 2CH6A 5AQHA 3M6GA 4A62A 3DWLA 1X3NA 2V52B 5AQQA 2HF4A 3LDPA 3C7NB 3D2FB 5AZIB 5AFUH 1CZAN 3AAQA 2P9SA 3CERA 5BRDA 1GLLO 5E26A 5BRFA 3KZBA 1ESVA 4FWNA 3O8MA 5LJVA 4BRHA 3QBWA 1YAGA 3VEXA 5AQWA 3VESA 2YCHA 3UKRA 2P9LA 3A5LC 5AQOA 2P9PA 5EOYA 1S22A 3UKUB 2VWBA 2ASMA 1NGJA 4ISGA 3A5NC 3LM9A 5AQIA 2E8AA 3BEXA 4BRPA 3O4WA 4B1ZA 4PKIA 3HZ6A 4WQ5C 1KAYA 2WUSA 2QWNA 1X9JA 4EAHD 3CIPA 4CZKA 3FZHA 5AQRA 2CGKA 2E2PA 3BUZB 4JHDB 2VCPA 4BC5A 1KAXA 5LJWA 4ISFA 3VGKA 4M7XA 1HJOA 2J4RA 3SMSA 3MDQA 1MWMA 3RSEB 3VPZA 2ZWHA 2GWKA 3HTVA 1TYQB 3MN7A 4BRDA 3A5MC 3IUCA 3WQTA 3U9DA 2IIRA 4BRMA 5BREA 3A0IX 4EHUA 2D4WA 1ZBSA 5JLHA 2QXLA 1NGAA 3L4IA 4CZLA 4CJ7A 4CI6A 2V7ZA 4YDUA 3CQYA 4JD2B 2HMPA 5AQNA 1GLCG 3I33A 1U6ZA 4DB3A 4H5VA 1Y64A 1XC3A 5F0XA 2I7NA 1GLFO 3L0QA 1KXPA 2D1KA 3CI5A 4BC2A 4IXCA 4MO5A 1NGHA 1BA1A 1QHAA 1C0FA 1U2VB 3MN5A 4A2AA 4IJNA 2E20A 1DEJA 4HWIA 3HBTA 2A3ZA 2V7YA 2FF6A 4K25A 5BPLA 5JICA 3ZX0A 3CJ7A 5I9EB 4CD1A 2FSJA 5AQZA 3DXMA 4B1XB 4H0XB 1JCEA 1NGEA 2D0PA 1WOQA 4WYBA 3H3OB 5BN8A 5ADXH 3EKSA 4BROA 5ADXA 5AZJB 3ENOA 5EY4A 2GUPA 2Q31A 3C0BA 3MMVA 5AQXA 3ZEUB 2ZGZA 4H5WA 3WEEB 4GY2B 4H5RA 3SJHA 5AQPA 4K41A 2Q0UA 2AA4A 4B1WB 3VEZA 1Z6RA 3GDQA 5KPRA 3IMXA 2HOEA 4BRIA 2NLXA 4BRLA 3C7NA 3HSCA 3D2FA 3CJBA 5AZIA 2NRHA 3IDHA 4FWMA 1HLUA 2BTFA 4CBUA 5B8HA 3CJ1A 4AM7A 3VGMA 2D0OA 3H45C 4BG8A 1BOTO 1HX1A 1NM1A 1K8KB 3ATVA 4BRQA 2W40A 3UKUA 2YHWA 4H0OA 3DXKB 1SZ2A 2P9UB 5AFUA 2YHYA 4B1UB 1P8ZA 1SQKA 5JMVA 3U8XA 4BC3A 3FZFA 4PKHA 3O1WA 1X3MA 3D7EO 3QDKA 5EXWA 4QS9A 3JS6A 1J6ZA 4WQ4C 4XH4A 3VERA 3U9ZA 1GLAG 3O80A 2Q1NA 3JXUA 2YI1A 1BO5O 4FWPA 3SMPA 1T6DA 4JHDA 1WUAA 1TUYA 4FPBA 2GWJA 4Z94A 3FGUA 2F9WA 4CZIA 4BRCA 1QQMA 3ZETB 1BUPA 1ATRA 3KVGA 4L3QA 5TKYA 4FWKA 1QQOA 5AQSA 3RSEA 4CZGA 1QZ6A 4FL9A 1D4XA 1BG3A 3DJCA 4FWQA 2QWPA 1TYQA 4FWRA 3QFPA 3HI0A 4FPAA 4BRGA 2FSNA 4EIAA 2GELA 3W0LA 3H3NO 5AR0A 4WQ5A 3LL3A 4BR4A 1H1VA 2Q36A 5KPTA 3EL2A 4BR5A 4JD2A 2V51B 4K43A 2ITMA 2ZGYA 4FWSA 2I7PA 2P9NB 2ZF5O 4QS8A 3G25A 3VEWA 3WQUA 2H3GX 4LC9B 1ATNA 4BRNA 4B9QA 5BPNA 1U2VA 2Q97A 5AQMA 1R59O 3LDLA 3QFUA 4J8FA 4C23A 3FFKB 2NZTA 4BQLA 3BF1A 3UB5A 4BR7A 1MWKA 3LDOA 2DPNA 1T6CA 4FOIA 2ASPA 4FWLA 4H0TB 2A41A 1NGIA 3WXLA 4EFHA 3ATUA 3MN6A 3EKUA 2E1ZA 3VETA 3ULEB 4EHTA 3CJ9A 3D2EB 4MLEA 2QWOA 3L6QA 3ENHA 4DCHA 5CE3A 5AZJA 3HM8A 5LY3A 4BVPA 3ZEUA 1DGKN 3EN9A 4GNIA 3O08A 3WEEA 3IFRA 3FZLA 4FO0A 3A8YA 5BN9A 2CGJA 4MO4A 1GLJO 3VEYA 4JN4A 4MLHA 1V4SA 1BDGA 1S3XA 1HUXA 3TPQA 3VF6A 1RGIA 2E2OA 2A40A 1ZXOA 3MK6A 1C0GA 1G99A 2BUPA 2F9TA 2OANA 3M3ZA 3QB0A 3S41A 4A61A 3A5OC 1NGCA 5AQFA 4H5NA 1NGBA 2P9IB 3BF3A 2A42A 4QS7A 3ZX2A 3J8AA 1HKCA 1K8KA 5JLFA 2E2NA 1LOTB 4H0VB 2AP1A 1Z05A 4I6MB 3DXKA 2P9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0PA 4XEIA 4HTLA 4H0YB 4CZJA 4BQZA 4GV6A 3WNHA 1BHLA 5EVZA 3EZWA 3OHRA 1NOYA 4BE0A 3C6AA 5C2DA 3G6EN 1QVFM 5AJ3K 4N5SA 1NU0A 1YUWA 2OTJN 3HRGA 4DV4K 4NLCA 3DLRA 4BR2A 3TAFA 4BWMA 4AHTA 3CJCA 1ITGA 3ZETA 1U45A 1LV5A 4H03B 3AVAA 4JI7K 4JKGA 3MX5A 1FW6A 4JRPA 1Q9YA 2EWSA 2ZJQL 5BRHA 1E4FT 2W41A 2ZM6K 3LZJA 5GADP 4ZTJA 1VQNN 3ZSOA 2FBVA 3AVKA 4IZ9A 3UE5A 2OPSA 4CECA 5DMRA 3EO3A 4UQGA 1T05A 3HP9A 2ASOA 3GOIA 4A5AA 2DFEA 2P9NA 4JK8A 3AVNA 5F2RA 4DSJA 1HPMA 3DAWA 3W3DA 5J2PA 1FK9A 1WAFA 4FYDA 2UYTA 1E4GT 1VQ7N 3SK3A 2KTQA 2DY4A 2E2QA 4E1JA 4BRFA 1J54A 1VQLN 2QWLA 3TAQA 2P9PB 1RDUA 4CGHA 3M8QA 3DLHA 2KHOA 3D2EA 5AQKA 4BG9A 4BGAA 2P5GA 3LDQA 1WBDA 3ZCMA 1YI2N 3SAFA 3IKMA 3P4IA 3VGLA 4B8AB 4X65K 1L3UA 4Z4FA 2ATQA 3CCQN 3HXMA 1KD1O 4B3OA 1UA1A 3AAPA 3NVMA 1XQSC 2XY7A 4PL7A 3V1RA 1TK8A 5HRRA 4I9QA 1HYVA 3I8BA 3KLFA 1B92A 4IO8A 3AY9A 3M8RA 2WONA 4CBXA 1TUUA 1RDBA 4PKGA 3NCIA 5FRMA 3QBXA 3K0SA 1OVYA 1NMDA 3F9MA 1VSHA 3RMDA 1S1WA 4DSLA 2Q0RA 3THYA 4FLVA 1KLMA 1HKGA 4I6MA 3MX2A 4CFDA 5CYQA 4DUZK 4B3TK 4U7BA 4XIUA 1N8RO 4KH6A 3IG1A 1SKWA 3HYFA 4WCEL 3M1FA 5AQUA 3QNNA 1QZ5A 3CYMA 4DTNA 1LWFA 1JXBA 1TAQA 3LP3A 4KBOA 1ASUA 1BA0A 2B6AA 2VG5A 4CJQA 1JL2A 4HCBA 3VENA 3O6WA 4CD3A 4XH1A 4B1VA 2UUCK 3RTVA 3QICA 5KQDA 4JKCA 4NB4A 1ZC6A 3AGKA 2E1YA 1MU2A 3H46O 3RR8A 1NBWA 1WSJA 4H5TA 5CZ2A 3N4QA 1NGFA 1N33K 3CETA 1GLEG 3NFAA 2CH6A 3VOVA 4A62A 1M1KO 3C7NB 4CHNA 5AZIB 3CFRA 3CERA 3KLEA 3L3VA 5E26A 1FKOA 4BRHA 3DOLA 3QBWA 3NDKA 3KD5E 2ZJRL 1YAGA 3VA0A 4HUFA 3UIQA 4CEBA 3K9KA 5AQOA 1TAUA 1S22A 1NJWA 1IG9A 1TKDA 2ASMA 4ISGA 3HVRA 3LM9A 3BEXA 4NLBA 4BRPA 2UXCK 1W0HA 3THXA 3EZ5A 1KAYA 4NYNA 2IS3A 4OPJA 1TKTA 1X9JA 3V1OA 3WNGA 4EAHD 3V6DA 3SQ4A 4KFBA 4KH5A 4KHPK 3BUZB 1BL3A 3KTQA 2KFZA 4JEPA 1CZ9A 4B3SK 3SMSA 2GWKA 2JLEA 1J5EK 1TYQB 2YX6A 3J7YP 4FW2A 3HM9A 4CEAA 1BI4B 3A0IX 5BREA 2D4WA 1NGAA 3L4IA 4YDUA 4EZ6A 2FBXA 3K2PA 1RILA 5HRPA 4NCGA 5AQNA 4OKJA 4DB3A 2RKIA 2I7NA 1L3SA 4KAZA 4Z4HA 2YNIA 2D1KA 4DTOA 2F96A 4JKEA 1K9MO 4IXCA 4MO5A 4LF5K 3O9RA 1NGHA 1JJ2M 4CW7B 1YT3A 1U2VB 2E6MA 3PSFA 2E20A 5C10A 1O13A 2ETJA 3HBTA 4G1QA 1WSHA 4K25A 5JICA 3MWPA 1JL1A 1XHXA 1JLQA 4X62K 2NRTA 4E1MA 3SQ0A 4LF7K 3OJUA 2E4LA 1FXXA 4WYBA 3HK2A 5BN8A 4CF1A 5ADXH 1X9MA 2DFHA 3OYMA 2IOCA 2OYQA 1LW0A 2ZGZA 1WSEA 4GY2B 5AQPA 1RBUA 4I2PA 4K41A 1HNWK 3QEPA 4B1WB 4W5OA 3RMCA 5KPRA 3IMXA 1EWRA 3D2FA 3IDHA 4FWMA 4JK7A 4CIEA 1HLUA 3TANA 4B9LA 1YJWN 4B9SA 1HNIA 1U04A 2D0AA 5FLXO 1RTJA 2EX3A 4LF4K 3CJ1A 4AM7A 2F7TA 3H45C 5CHIA 4CF9A 4FJ9A 2G8UA 1BOTO 1HX1A 2HHXA 2WFBA 3ATVA 1W97L 4CJ5A 3DXKB 5AFUA 2YHYA 4JKBA 4B1UB 2OPRA 3AA2A 4OGCA 4FLXA 5JMVA 3HJFA 4PKHA 3T3FA 1FJGK 3PX4A 2IAJA 2W6LA 3O9TA 3C6TA 2KW4A 3JS6A 3PUFA 1SUQA 5D3GA 4XH4A 3U9ZA 1RTHA 2VWJA 4YOYA 1WLJA 3V9ZA 4CJ3A 4JHDA 1TUYA 2GWJA 4DKWA 4PA1A 3AGRA 1QQMA 3K5MA 1Y97A 3AVBA 3DJCA 4LH5A 5J2NA 4FWQA 2QWPA 3DOKA 1EO1A 3K9JA 2FSNA 3WNEA 2UU9K 5K14A 2XO7A 4CFBA 1KVBA 1XC9A 4DR2K 4BR4A 4CIGA 3L8BA 3I55N 5FRNA 3AA5X 3EL2A 1VAZA 2V51B 4CGGA 3G0ZA 4H4MA 4FWSA 2I7PA 5JVGL 3OTOK 3NF8A 1NNEA 2VWKA 5A2QO 4BRNA 2A1SA 3QFUA 4C23A 3I56N 3IRXA 2NZTA 3BF1A 1BIZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NBP A;  1WNS A;  1U4B A;  4Z4I A;  1H1V A;  2ZQB A;  1WSG A;  4BR5 A;  4MFB A;  4M3T A;  2PFU A;  3SUQ A;  3DLE A;  1KSP A;  2B4J A;  3JSM A;  2ZF5 O;  4QS8 A;  3VEW A;  3CMA N;  3QLH A;  1YVU A;  4N76 A;  1ATN A;  1N5Y A;  1XMQ K;  3LDL A;  5BR8 K;  2R7Y A;  4BQL A;  3OYL A;  3OYI A;  3LDO A;  3NAE A;  4K0K K;  3KKS A;  4U67 L;  3HVT A;  4CGI A;  1NGI A;  3SQ1 A;  3WXL A;  3MN6 A;  3F2K A;  4BE2 A;  1OH5 A;  2E1Z A;  3PX6 A;  4CJ4 A;  1I3A A;  4DFP A;  2D0C A;  1NG9 A;  3CCE N;  3OYN A;  3VQQ A;  3LAL A;  3ZEU A;  3O08 A;  1TV6 A;  3EE9 A;  1O1W A;  4CIF A;  1BDG A;  3VQ5 A;  4OJR A;  3G10 A;  3VQ4 A;  4IFV A;  1VQ9 N;  3VF6 A;  3SPY A;  1RGI A;  2E2O A;  3MK6 A;  5C25 A;  1DTT A;  4F3O A;  3M3Z A;  4FLY A;  3HP6 A;  1OH8 A;  4ELT A;  4FZZ A;  5AQF A;  1XWL A;  1N34 K;  4FJG A;  2P9I B;  3O9U A;  3J8A A;  4DV1 K;  2E2N A;  3EE8 A;  4DV2 K;  3WNF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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