1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
b'KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
2YHWA 4JN4A 4H5VA 3M3ZA 3CI5A 4XH1A 4K41A 1D4XA 1IJJA 4YDUA 4K25A 2P9UA 4FL9A 3HBTA 1QHAA 4IO8A 3WXJA 1NGGA 1QQMA 3M1FA 1G99A 3QB0A 5KPZA 2YCHA 2HOEA 4RCHA 1YUWA 4H03B 3LL3A 2A3ZA 2E2OA 3D2FB 4XH5A 1BDGA 1C0GA 4B1YB 2E2QA 2ZGYA 3FZKA 3GG4A 4GY2B 5AZJA 4FWLA 4JHDA 4BR7A 2CH6A 2QM1A 4XH4A 5LJWA 2GEMA 3VETA 3VF2A 3BP8A 3WEEA 5KPRA 2P9NA 2CGJA 4FOEA 2FF6A 5AFUA 1GLFO 3LDOA 3U4LA 3KZBA 4BR5A 4DQ8A 2D0PA 4BVPA 5LY3A 2Q0UA 4FWKA 3DXKB 1HUXA 4WQ4A 4JHDB 4BR4A 3VESA 1BO5O 2FXUA 1U6ZA 4BC2A 4EIAA 3QFPA 5AZIA 4HWIA 2QW9A 3H45C 4H0OA 1T44A 3QBWA 5FPEA 2P9NB 2P9SA 1NWKA 4MLHA 5AQQA 3VGMA 5JMVA 4NB4A 4O5FA 1NGIA 2HF4A 5AQHA 4BRQA 3JXUA 3GE1A 4YDUC 2NRHA 2YHXA 1NGAA 4WYBA 1NGEA 3IMXA 3QFUA 3DWLA 5AR0A 1T6CA 3VEWA 2FSJA 3TPQA 5JLHA 2A5XA 3FZHA 3WXIA 4H5RA 3CJ7A 2J4RA 5TKYA 3O1BA 5FPMA 4BRCA 1P8ZA 3O6WA 3FE1A 1KAZA 2YI1A 4CZHA 4IJNA 4BR9A 4AM6A 2P9SB 2E1ZA 1QZ5A 5F2RA 1QQNA 1TYQA 2QWMA 3ZX2A 4DB3A 3F9MA 4FO0A 2D0OA 3MDQA 3ZETA 4BRNA 3CJAA 3H3OB 1BOTO 1YXQA 3EN9A 4H0PA 4JAXA 1NLVA 5EOYA 3FZLA 4AM7A 5AQKA 1OKJA 5ELZA 5JICA 3J8AA 3A5NC 4PL8A 1JCEA 4BG8A 5BRFA 5AQPA 3W0LA 1WUAA 1QQOA 3UKUA 4ISEA 1RDWX 4L3QA 2PAVA 1NGCA 4H5WA 4BRPA 4CZLA 1DKGD 4EHUA 2HF3A 4Y0WA 5EVZA 3VEZA 2P9IA 4E1JA 1HJOA 4CBXA 5I9EB 4KBOA 4WQ4C 2P9LA 2FSKA 3W3DA 1GLEG 2QWOA 3WQUA 4H0YB 5F1XA 1TUYA 4LC9B 1TYQB 4FWSA 4GNIA 2YJEA 2AP1A 5AFUH 3TU5A 3I8BA 4FWMA 3ZETB 3SK3A 3ENHA 4PL7A 1X3MA 1HKBA 3KVGA 3HTVA 1QZ6A 4CZJA 1LCUA 3A5OC 3MMVA 3S41A 4CZKA 4RTFD 3G25A 5AQFA 2VCPA 4MLEA 1E4FT 2E8AA 3MN7A 2YJFA 3GL1A 3H46O 2P9IB 2ZF5O 2NLXA 1NBWA 5BRDA 1YVNA 2IIRA 5AQRA 3MN9A 3H1QA 4FWPA 1SAZA 2A42A 3LDQA 2GELA 3ATVA 5AQLA 4BVOA 3VGKA 4FSVA 1WOQA 2P9KA 1S22A 2P9UB 5BN8A 5F0XA 1BWFO 5EY4A 4K43A 5AQXA 1V4TA 1X3NA 2PBDA 3ZEUA 3WXLA 5BRHA 2ZWHA 4I6MA 3VF6A 4BC4A 5AQOA 3AARA 2NZTA 3QICA 4F9OA 4DHYA 3FGUA 3CHWA 1ATSA 1LOTB 2E2NA 4H5NA 5BREA 3P4IA 4WQ5C 3A5LC 5AZJB 4HTLA 3CJ1A 3CQYA 3HM8A 4BRKA 5KPTA 1J6ZA 2V51B 5FPNA 1ZXOA 2P9KB 4IXCA 3O80A 2D1KA 3H1VX 5AQWA 3D2EA 3WEEB 1GLJO 4BRDA 1Q18A 1SZ2A 3CJCA 3LDPA 3LDLA 3UB5A 3LM9A 4JNEA 4Z94A 3L6QA 3MN5A 2FF3B 2UYTA 3ZEUB 2IVOA 1ZBSA 4I6MB 3WXKA 1Y64A 4BREA 2HMPA 3CETA 3VF4A 3WT0A 3AAQA 3VEOA 2Q36A 2W41A 2E20A 2QWPA 3CERA 1HPMA 4CZFA 1NMDA 2EWSA 3H6EA 1T6DA 3U8XA 5AZIB 2QWRA 4ISFA 3BF1A 3R9PA 3D2EB 1NGDA 4BRIA 1MWMA 4M63C 4CZGA 5BN9A 1ESVA 3BEXA 4EAHD 4BRMA 3O08A 2Q31A 2I7NA 5FPDA 2CGKA 1DGKN 2H3GX 2YHYA 3LDNA 3U9ZA 1HKGA 4FWNA 3VEVA 4DCHA 4EFHA 4MO4A 2ASOA 3H3NO 2ASMA 3A0IX 4B1ZA 3FFKB 3VENA 3BF3A 1NGHA 1NGBA 4BR2A 2Q97A 3C7NA 2A41A 4WQ5A 2GWKA 3ID8A 4CZIA 3SMSA 1NM1A 3AAPA 2E88A 3DXMA 3ZX3A 1E4GT 1GLAG 1CZAN 1XUPO 4A62A 3ULEA 3C0BA 4FWRA 5JLFA 3GOIA 4BRHA 4CBWA 3DJCA 4BRGA 3IDHA 4B1XB 3VPZA 3FZFA 3M6GA 4H5TA 5AQUA 3SJHA 1EQYA 1MWKA 1U2VA 3VGLA 5EX5A 1RFQA 1KAXA 4B1WB 1H1VA 3L0QA 4CZEA 4BRFA 3MCPA 3C7NB 3UKUB 4EHTA 5BR9A 2FSNA 3VOVA 2A40A 3HZ6A 2QWNA 4FPBA 3DXMB 3O8MA 2VWBA 5AQVA 3EL2A 5LJVA 4FWOA 3RSEA 3MK6A 2GUPA 4O8KA 3R8EA 3QDKA 1BA0A 2QWQA 2P9LB 3ULEB 5AQTA 5AQGA 3CQXA 4BRLA 2D4WA 4BG9A 4BQLA 4J8FA 3O1WA 1XQSC 4BQZA 5AQZA 2OANA 2Q0RA 1U2VB 4B1VA 3EO3A 1JCFA 1GLDG 2BUPA 4CZMA 1HLUA 4PKHA 3FZMA 4RWTA 3ZX0A 4QS9A 4A61A 1GLLO 4H0VB 1HKCA 3DXKA 4BRAA 1MA9B 3UKRA 5E84A 1Z05A 3RSEB 3MN6A 4BGBA 2AA4A 1NGFA 2I7PA 4FWQA 3VERA 5BPLA 1Z6RA 1RGIA 3CJ9A 3QMLA 3EZWA 3QBXA 2FLOA 4H0TB 5KQ8A 4BC3A 4CI6A 2GTDA 4PKGA 4PKIA 1K8KA 1YAGA 3FLCO 3JS6A 4XEIA 1DEJA 2IVNA 3EKSA 4JD2A 5BPMA 5CE3A 4IJAA 3OHRA 2WUSA 1ZC6A 2Q2RA 4QS8A 3CJBA 2V7YA 4QS7A 4K42A 5BPNA 3GBTA 1BU6O 5B8HA 2KHOA 2F9WA 3WQTA 3FR0A 4M7YA 5ADXH 3UKRB 3O5BA 1R59O 4CD1A 3B8AX 4A2AA 1TUUA 5AQJA 3U9DA 1K8KB 1BG3A 3DAWA 2W40A 5E26A 4JD2B 1SQKA 2DPNA 3SLCA 2V52B 3EKUA 2P9PA 1BUPA 2CGLA 2A6AA 1GLCG 4A2BA 3O4WA 1C0FA 2GWJA 2V7ZA 2ASPA 1X9JA 3GDQA 3IUCA 1ATRA 3AY9A 3I33A 1ATNA 1GLBG 3D7EO 3L4IA 4BGAA 4FPAA 1HX1A 3KHYA 2ITMA 3ENOA 4BR0A 4C23A 4NO7A 4CJ7A 4IWVA 5AQMA 3IFRA 5AQSA 3R6MA 4ISGA 4BC5A 5AQYA 2E1YA 3SMPA 4FOIA 5AQNA 4IZ9A 3HSCA 2BTFA 5ADXA 3A5MC 4MO5A 2QWLA 2QXLA 2Q1NA 1XC3A 2IVPA 3VEXA 2F9TA 2CH5A 2P9PB 3BUZB 3ATUA 3A8YA 1NGJA 3LM2A 5EXWA 4B9QA 1S3XA 5KQDA 3CIPA 1V4SA 2VYPA 3VEYA 4M7XA 3HI0A 4CD3A 1KAYA 4BROA 1KXPA 1IG8A 3D2FA 1BA1A 4H0XB 5AQIA 4B1UB 3WUHA 3UE5A 1JCGA 1MDUB 4CBUA 2E2PA 2ZGZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JN4A 4Z4GA 1B9DA 4DQSA 3NE6A 5JS2A 1HMVA 4JKFA 2G8UA 3M3ZA 2FBYA 1D4XA 2ZQBA 1IJJA 2P9UA 4DTSA 4IO8A 1QQMA 3IG1A 3M1FA 1DT9A 4FK4A 1G99A 1YJNN 1YUWA 3THYA 4NLCA 3LL3A 4JKDA 2ZM6K 1BISA 4I2PA 1BDGA 1JXBA 1C0GA 4X66K 3FZKA 4GV6A 3GG4A 4GY2B 1JLCA 2D0AA 4JHDA 3ZSYA 4O44A 1YI2N 2WONA 5LJWA 2GEMA 4DTMA 1XC9A 4CEOA 1RBTA 3VETA 3BP8A 2NRZA 5KPRA 1D5AA 4CJSA 2CGJA 1WSFA 1HYVA 2NRTA 3AVJA 4B9MA 4KHPK 3OYFA 3KZBA 1TVRA 4FLTA 2VG7A 4GW6A 4A5AA 3QEVA 2GBZA 5K14A 4FWKA 4KHWA 3KJVA 4Q5VA 4BR4A 3VESA 1BO5O 3OYJA 3SQ4A 4CHOA 4BC2A 3RMAA 3O9UA 4Q0BA 5GIOA 4FJ9A 1A5WA 3H45C 1U4BA 1T44A 3AV9A 1VRTA 3QBWA 3MXJA 5AQQA 5JMVA 1LWCA 1RDBA 2HF4A 5AQHA 3K9JA 3MX2A 3OBWA 3NDKA 4DV5K 2NRHA 2YHXA 1NGAA 4CEDA 2FSJA 2HHUA 2QTDA 4X62K 3TPQA 4A59A 1NK6A 2YKNA 2A5XA 3WXIA 2E5LK 4O4GA 4M3ZA 3MECA 3I0RA 3O1BA 4BRCA 1IKVA 3O6WA 5HLFA 5CR4A 4ELTA 3FE1A 4LF9K 4FJIA 2YI1A 1VQMN 4AILC 1QSYA 2P9SB 1TYQA 1ZBUA 2QWMA 4N41A 3F9MA 2D0OA 3VMFB 4PQUA 1EWRA 3CJAA 2G8IA 4H0PA 1NLVA 3SBGA 3FZLA 3QNOA 1JKHA 1J9AA 1OKJA 5ELZA 3J8AA 3V4IA 3A5NC 3AO4A 1JCEA 1J54A 4PL8A 1BIUA 3AA3A 1QQOA 1RDWX 3AVAA 3THWA 1CXUA 2P51A 5HROA 3ZSVA 4BRPA 3TI0A 1DKGD 4E1JA 1HJOA 4YNQA 1JLQA 3K5LA 4KAZA 2FSKA 3WQUA 4H0YB 5F1XA 1IBMK 2I5JA 3AVHA 5AFUH 3SK3A 3ENHA 4DF4A 1X3MA 1HKBA 3C65A 1QZ6A 1IBKK 3OS1A 3S41A 4CJUA 4RTFD 2O8BB 2QA4N 3G25A 1NG9A 1E4FT 5FROA 3SV4A 2O8FB 5J2NA 3GL1A 3LANA 2ZF5O 1YVNA 5AQRA 1M90O 3J7ZO 1SAZA 2A42A 3LDQA 3SUOA 3VGKA 4FSVA 3L2VA 3LALA 1E3MA 3OYBA 2P9KA 4E7HA 1JLEA 5BN8A 1WNSA 5AQXA 2YV0X 5BRHA 2YNHA 4DHYA 3RMCA 2E2NA 1KVBA 3SQ2A 1GOAA 3U6FA 5AZJB 1NNEA 3CJ1A 5HP1A 4ELVA 1RT7A 5JVGL 3OYEA 3T3FA 1VQPN 1ZXOA 5AQWA 3D2EA 4JI8K 4BRDA 1Q18A 3LDPA 3CJCA 4KB0A 3CXCM 4BACA 3U3YA 2NRWA 3L6QA 3MN5A 1NJWA 4CJ3A 2UYTA 4DFJA 1VQLN 4CGDA 4F8RA 3CPEA 3WNHA 4CGIA 3HYFA 3CETA 3WT0A 4X65K 3L2QA 3VEOA 4HUGA 2E20A 4KHSA 3T1HK 1S1WA 1NMDA 1B9FA 4BY9C 1T6DA 5AZIB 2QWRA 3CC2N 3VQ8A 3AA4A 1MWMA 1VHXA 4FLXA 4CZGA 4DV7K 3BEXA 4B3OA 4EAHD 5FPDA 2CGKA 3LDNA 1X9MA 4MO4A 1A5VA 2OZMA 1Z25A 3VENA 2P1JA 5CZ2A 3CMAN 3C7NA 2A41A 3V1RA 4WQ5A 2GWKA 1SL1A 3OYCA 3AAPA 2E88A 1YTAA 3NBPA 1GLAG 1CZAN 3V9ZA 4E0DA 2KQ2A 4A62A 4N76A 3KK1A 2OPSA 3GOIA 4BDPA 4BRHA 3IDHA 3VPZA 2HHHK 1TKXA 3VQAA 1U04A 4AHCA 1HJRA 1U2VA 3AO3A 3VGLA 4FM1A 4HCCA 3PIPL 2XY5A 5SZTA 4CZEA 4BRFA 1D9DA 2ATQA 3VOVA 4FJXA 2A40A 3HZ6A 3O8MA 4EZ6A 4DFMA 2ETJA 4FWOA 3RSEA 2GUPA 1BA0A 3ULEB 1VSFA 2HNZA 1EP4A 1IKWA 4ILGB 4BWJA 3SNNA 4BQZA 4UQGA 4OX9K 2OANA 2OTJN 1EKEA 4B1VA 2VWJA 1GLDG 2BUPA 3VQ5A 4PKHA 3PUFA 1NJYA 3LZIA 2KFZA 4LFCK 1LAVA 4B9VA 2Q3SA 1TGOA 5E84A 2I7PA 4FWQA 4BE1A 3QBXA 4H0TB 4CI6A 4PKGA 1YAGA 4FJHA 3JS6A 3PO5A 4Y1DA 4JKHA 4IJAA 1RBVA 3T7ZA 3RTVA 1ZC6A 2Q2RA 4QS8A 2HMIA 3CJBA 3CFOA 4Z4HA 3O9SA 2F9WA 3FR0A 4M7YA 1VSJA 2HNYA 1R59O 3NF9A 2YKMA 1TUUA 2XO7A 2ZJQL 2HHTA 3U9DA 3SUNA 4IDHA 5MLCQ 3LP3A 5E26A 1RT5A 2P9PA 4FLYA 4CHPA 1GLCG 4GVMA 5LL6Z 3KLGA 3OTOK 4JK9A 2BGGA 1X9SA 1IO2A 1ATNA 4OPAA 1WSHA 4FPAA 4DU3A 4Z4EA 4KREA 1K8AO 4BR0A 4FOIA 5AQNA 1IG9A 5ADXA 2QWLA 3L3VA 1J5OA 4W5RA 2CH5A 1NK7A 3TR8A 4CGGA 1NGJA 3ZSXA 4CEEA 4HTUA 4LF6K 1X1PA 3PIOL 2WOMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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