1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
1G99A 4Y0WA 3CJ9A 1TYQB 4K43A 4DB3A 2NRHA 3VEXA 1X9JA 2OANA 2J4RA 3QFUA 1NGHA 4C23A 3FZLA 3MMVA 1GLLO 3UKUB 1SQKA 2A42A 3WEEA 4BRGA 4RWTA 2HOEA 5ADXA 5JMVA 2IVNA 3CI5A 2CH5A 4XH1A 1U2VB 3WXJA 3FFKB 1GLEG 4FWOA 5AQFA 3DXKA 5AZJA 3H3OB 5E84A 4I6MB 1BO5O 2H3GX 4IWVA 2D1KA 3FLCO 5AQWA 4BC4A 4HTLA 3VF2A 4O5FA 3MN9A 5KQ8A 4CZJA 4CZMA 2VWBA 4B1VA 4CBUA 3EZWA 3O08A 3WUHA 2P9NB 3D2FB 3VEYA 5EOYA 4ISEA 3GL1A 3BF3A 4CZKA 5BR9A 4H0XB 3CJBA 5BPMA 3VF4A 4BR9A 5FPEA 3GBTA 3J8AA 1HJOA 2CH6A 4BR7A 5EX5A 1NMDA 3U4LA 1T44A 5AQRA 3A5MC 3QICA 4XEIA 5LY3A 5FPNA 1S3XA 5AQTA 2QWNA 3LDLA 3O4WA 2YJEA 2DPNA 2E20A 2IVPA 1NGEA 1Z6RA 2QXLA 2A6AA 3CQYA 3P4IA 5AQUA 2ZF5O 3WEEB 1SZ2A 4RTFD 3WT0A 4JN4A 5KPTA 1T6CA 3ZETB 3WQTA 4CD1A 4WQ5C 2NLXA 4XH5A 4FWNA 2Q2RA 3DXKB 1NLVA 1BG3A 3U8XA 4K42A 4H0YB 5EXWA 1X3MA 3VESA 2HF3A 4BR5A 1MWMA 2FSJA 1ATSA 4H0TB 5JLFA 4CZFA 5BN8A 5LJVA 5KPRA 3CIPA 3CJ1A 2I7NA 1S22A 2GEMA 5AFUA 1C0FA 2IIRA 4FWMA 1HLUA 2ZWHA 4B1UB 2Q0UA 4CD3A 2E2NA 3VEZA 1DGKN 5FPDA 3LDQA 2QWPA 3VF6A 3L6QA 1H1VA 1E4FT 4BRIA 1KAZA 3HTVA 2E2PA 3I33A 3L4IA 4WQ4A 4H0PA 2QWQA 3CHWA 1K8KA 2VYPA 3VPZA 1GLAG 4MO4A 1XC3A 3H1QA 5AQXA 4B1WB 3ZX3A 4MO5A 4FWSA 4H5WA 2E1ZA 4LC9B 5AR0A 4B1XB 1RFQA 3R8EA 2YI1A 1ATRA 4FSVA 3A0IX 4EHUA 2QWOA 5F1XA 5AQGA 3CERA 3SMPA 5ELZA 4FWQA 4JD2B 4YDUA 3GG4A 2ZGYA 3ZEUA 3VENA 1KAXA 2AP1A 4HWIA 3ULEA 4BQLA 3O5BA 2E1YA 1ZC6A 3BF1A 3TPQA 2FSNA 3H3NO 4JAXA 2YCHA 4PKIA 2P9KA 2A5XA 2ASOA 3UKRA 3W3DA 3C0BA 2QW9A 1ESVA 1GLCG 3A5OC 4WYBA 1KXPA 3QFPA 1Z05A 1BWFO 1IG8A 2V7ZA 3M3ZA 4BRFA 3EO3A 2GWKA 1ATNA 1YXQA 4BGAA 3ATVA 3CJCA 1LCUA 4JHDA 2Q0RA 5AQVA 4BRDA 2EWSA 2FLOA 4O8KA 2GTDA 3WXIA 2P9SA 3B8AX 1K8KB 2BTFA 2CGJA 3AARA 2D0PA 1HUXA 3HI0A 1WOQA 5F2RA 5I9EB 4H5RA 2FF3B 4BRMA 3IMXA 4H5TA 1WUAA 5ADXH 3F9MA 1QHAA 1XQSC 3FE1A 5AZIA 5AQYA 5BN9A 4BRKA 1D4XA 3JXUA 2QWLA 3QDKA 4PKHA 4BVPA 2HMPA 2ZGZA 3H1VX 4FPBA 4CBWA 3RSEA 3DXMA 2IVOA 5AQHA 4BRCA 2FF6A 1NGDA 5EVZA 3ULEB 3QMLA 2V52B 1NGBA 3ATUA 4B9QA 1BA1A 1XUPO 4A61A 2UYTA 3U9ZA 3LM2A 1DKGD 2P9KB 3UKRB 3M1FA 1V4SA 2A40A 3TU5A 4BROA 4CZHA 3VETA 1J6ZA 1HX1A 4EFHA 2Q31A 5AZJB 2NZTA 4K41A 1NGCA 1BOTO 3QB0A 4JHDB 4BC2A 2P9SB 4IJAA 4IO8A 4B1YB 1HPMA 5BRHA 1X3NA 3D7EO 2PAVA 4Z94A 3VEOA 5CE3A 1JCFA 3S41A 3OHRA 2D0OA 1NGFA 4ISFA 5AZIB 3GDQA 3MCPA 5BPNA 3KVGA 5F0XA 3GOIA 4CJ7A 1QQNA 1P8ZA 3VGLA 1SAZA 3IFRA 3RSEB 5JICA 4IXCA 3O8MA 3DXMB 4FWRA 2V7YA 3BUZB 3EKUA 4H5NA 3DJCA 3CETA 4FPAA 2P9LA 4E1JA 3UKUA 4CZIA 4IZ9A 1GLDG 3FZHA 1RDWX 3HSCA 1YVNA 1MDUB 4GY2B 3AAQA 2E2QA 4M63C 3SMSA 5AQMA 3UE5A 3I8BA 4CZLA 5BRDA 4YDUC 4QS8A 3R9PA 2F9WA 3JS6A 4BRAA 2P9PA 4J8FA 3BEXA 3EKSA 1HKGA 1IJJA 2ASMA 3MK6A 4B1ZA 2ASPA 3LDNA 4NB4A 4FWKA 2QWMA 3A5NC 3CQXA 3L0QA 3FR0A 3LM9A 3FZFA 2P9NA 3G25A 4BRLA 5TKYA 1BDGA 5AQOA 2PBDA 3VGKA 4BRNA 3LL3A 1QQOA 3MN5A 4A2AA 4M7XA 3LDOA 3VERA 3FZKA 4BC5A 2HF4A 4BREA 1CZAN 2P9UA 3ID8A 3DWLA 1NGAA 3HZ6A 3GE1A 2VCPA 2FSKA 4BR2A 2E2OA 5AQLA 5AQJA 3VGMA 2P9LB 4QS7A 2D4WA 2YHYA 3ZETA 3C7NA 3VOVA 5LJWA 3AY9A 3IUCA 1RGIA 4QS9A 1EQYA 4NO7A 3KHYA 3ENHA 1NM1A 1ZBSA 3H6EA 1MA9B 3IDHA 3SK3A 1T6DA 1E4GT 1U6ZA 4XH4A 1QQMA 2W40A 2A3ZA 2GUPA 2P9PB 3A5LC 4EHTA 4DQ8A 5BPLA 4GNIA 2CGLA 2Q1NA 3WQUA 4BVOA 4PL8A 4BRPA 2KHOA 1BUPA 3O1BA 3ZEUB 2W41A 3ENOA 3AAPA 4DCHA 5E26A 3ZX0A 2P9IA 1NBWA 3D2EA 2Q36A 3UB5A 2QWRA 4A2BA 2ITMA 4H03B 2Q97A 3SJHA 4MLEA 5AQIA 4BG8A 5KQDA 1ZXOA 1HKBA 4H5VA 4K25A 2P9UB 4BQZA 4BR0A 2I7PA 4L3QA 4KBOA 4FWPA 5BREA 3EL2A 4CZEA 3FZMA 4FOEA 4EAHD 2GWJA 2GELA 5KPZA 2F9TA 1V4TA 3FGUA 5AQNA 3EN9A 3HBTA 5EY4A 4EIAA 3C7NB 3QBWA 3WXLA 2V51B 4H0OA 4RCHA 4AM7A 5JLHA 4CZGA 3QBXA 1NGIA 5AQPA 1TUYA 5FPMA 2E8AA 5AQZA 1GLJO 2WUSA 1YUWA 2YJFA 4WQ5A 1QZ6A 3A8YA 1GLBG 3SLCA 4JD2A 4WQ4C 4BRQA 1TYQA 4F9OA 1DEJA 4M7YA 1YAGA 4BR4A 2P9IB 1Y64A 3CJAA 1GLFO 4JNEA 1TUUA 1OKJA 3D2EB 4PKGA 1BA0A 4BGBA 5BRFA 4DHYA 2QM1A 4IJNA 1MWKA 3U9DA 3H46O 3R6MA 1U2VA 3WXKA 3DAWA 4A62A 1R59O 1HKCA 3VEWA 4BG9A 1JCGA 2FXUA 3MN7A 5AFUH 5B8HA 3W0LA 1NGJA 3MDQA 4AM6A 3CJ7A 4I6MA 4BC3A 1QZ5A 3BP8A 4CBXA 4CI6A 3KZBA 5AQKA 5AQSA 4PL7A 1C0GA 2E88A 2AA4A 3O1WA 2YHXA 3ZX2A 4FL9A 3LDPA 3O80A 4MLHA 1JCEA 3D2FA 1KAYA 1NWKA 3HM8A 5AQQA 4H0VB 4FOIA 3O6WA 2YHWA 3VEVA 4ISGA 1LOTB 2CGKA 4BRHA 1NGGA 2BUPA 3MN6A 2A41A 3H45C 1Q18A 3M6GA 4FO0A 1BU6O 4FWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PY5A 1G99A 1P90A 3CJ9A 4DB3A 4K43A 5KGXA 3OTOK 3O9TA 4BE0A 4Z0UA 2OZSA 2J4RA 1NGHA 1GLLO 3UKUB 4W5NA 4JKCA 2HOEA 1WBDA 1NK8A 3CI5A 4FZYA 2CH5A 3FFKB 4YORA 1D5AA 4CF2A 4C8KA 3TARA 5AQFA 1JKHA 5E84A 3HPGA 3PX6A 4TSXA 3FLCO 3LDSA 1FKOA 1LV5A 3THYB 3MN9A 4DF4A 4JKDA 4F4KA 4CBUA 3LWMA 3O08A 2P9NB 3VEYA 4CZKA 5BR9A 4DUYK 3NBPA 3T1AA 4BR9A 4KKOA 4FLZA 3I8DA 3J8AA 3O3GA 3U3YA 2D0CA 3S3MA 3QEWA 4KFBA 4O44A 5AQRA 4KTQA 4W5RA 4XEIA 3V4IA 4CJEA 2HHWA 4YY3K 2YJEA 2DPNA 4E89A 2KFZA 2QXLA 3P4IA 5AQUA 1RTDA 1BQMA 1SKSA 4RW7A 1NJXA 4XH5A 2NLXA 4JI1K 1TVRA 3VQAA 3AVGA 4FWNA 2VQEK 4FVUA 4OGEA 3O3HA 3TAEA 3TAFA 1EETA 1BG3A 3NMUA 1JXEA 4DWIA 3O4QA 3HM9A 1KRPA 2W42A 5EXWA 4DR1K 4K8ZA 4YOXA 2YV0X 1CXQA 3ZT3A 1MWMA 2FSJA 4DSKA 3ZYYX 1J5EK 4CJWA 3P39A 2I7NA 3MXIA 2HMIA 2GEMA 1HLUA 3VEZA 1ZYQA 5FPDA 3BGRA 1EWQA 2QWPA 3VF6A 4HUGA 4KHQA 3L6QA 3HXMA 5DM7L 4DV0K 1E4FT 4FW2A 1S1TA 4J2EA 3HTVA 4FJIA 4FJ9A 1JLQA 3MX2A 2QWQA 3DLBA 3OYHA 1GLAG 1BL3A 1N34K 1HYSA 4FVMA 4BE1A 4CEEA 4C8NA 1ATRA 1XNRK 2OPSA 5F1XA 4CGDA 5AQGA 3CERA 1T05A 1BIZA 4B9TA 2NRZA 2G8UA 5E41A 1C1CA 1ZBHA 2JLEA 2Z1IA 2NRXA 4ZHRA 1K6YA 4ILJA 1WNSA 4NCBA 3TPQA 3MEDA 1HYZA 1CXUA 4CJLA 4OJRA 3W3DA 1WBBA 2QW9A 2D5RA 4KH5A 4DTMA 3IRXA 4ELUA 1C1BA 4JS5A 2V7ZA 4DSLA 4BRFA 3EO3A 1ATNA 1LW0A 5C2DA 3VMFB 2OZMA 1EO1A 4CJSA 4BWMA 5AQVA 4KREA 5C2FA 3B8AX 2CGJA 1RDUA 1QSLA 4A5AA 5K14A 3KTQA 3NH1A 1WOQA 4DV2K 4QAGA 2OA8A 4Z4GA 1W97L 2FF3B 4BRMA 4H5TA 1WUAA 5ADXH 3F9MA 4JI4K 5BN9A 4DFPA 3AVLA 4PKHA 3SYZA 1ZBLA 4FPBA 3H1VX 3TANA 1QSYA 4NCGA 4F8RA 4LF5K 4OX9K 3AVHA 2E4LA 3DXMA 3SQ2A 1X9MA 1VQ8N 5DK5A 4CF0A 4BRCA 4GKKK 3QMLA 2V52B 3DLGA 4IEEA 1FK9A 1NGBA 3ATUA 3U9ZA 3LM2A 4DFMA 3SQ4A 5J2PA 3L2RA 3L2UA 4IFVA 1HX1A 2Q31A 2NZTA 4ZTJA 4O4GA 3NFAA 4Z4IA 4NLBA 3RRGA 3DOLA 2F8SA 4CJQA 3PIOL 1XC9A 4CEDA 3D7EO 2HSTA 4UQGA 4B3OA 3OYGA 4B3RK 4IOCL 1KVBA 5BPNA 1VRUA 2UXCK 3GOIA 3D0PA 4HUEA 1S1UA 5TKWA 1SAZA 3OY9A 3CCQN 3O8MA 3DXMB 4M3WA 4H5NA 5FROA 2P9LA 3SAHA 4E1JA 4ZTFA 3VQ8A 3OYIA 1NNEA 4BDYA 3TI0A 3FZHA 1RDWX 4B9LA 3RWUA 2AJQA 4FLWA 4X62K 3O9RA 3AVMA 3UE5A 4CZLA 1L3VA 3DOKA 3P5JA 5BRDA 4YDUC 1YF5L 1M1KO 1S5JA 2P9PA 3LAMA 4CJPA 1OH6A 4B1ZA 1JLBA 2ASPA 2IS3A 4NB4A 2JWLA 3L0QA 3FZFA 1I3AA 3NF8A 5AQOA 2PBDA 1QQOA 3LDOA 4DTJA 4LF6K 1CZAN 4WFBL 4G1QA 3CG7A 3ID8A 1T7PA 4CECA 1NGAA 3ZCMA 3GE1A 5EU7A 4FZZA 4A5BA 4CW7B 5AQLA 4B3MK 4DR4K 2P9LB 3K57A 3S3NA 1U49A 4FJ8A 4FJMA 3VOVA 2O8EA 1WAJA 1A5XA 4IBNA 3ENHA 1ZBSA 3IDHA 5J2NA 4Q0BA 1NMNA 5T7BA 3KWIA 1RBSA 3PSFA 1XMQK 3WNGA 1K8AO 2GUPA 2P9PB 2VG6A 3WQUA 2KHOA 1BUPA 2W41A 3DLLL 4FCYA 2HHHK 2P9IA 3DLKA 4DQIA 3OYKA 3UB5A 2QWRA 1XHZA 4F3TA 3L8BA 3KK3A 4B3SK 3RTVA 1Z25A 4DTNA 1ZBUA 3TSPA 2OTLN 1WSFA 1HKBA 3NDKA 2PZSA 2I7PA 2P1JA 4L3QA 5BREA 2FBTA 1O13A 4KI4A 2IOCA 4EAHD 1BIUA 5KPZA 2F9TA 4CJVA 4EIAA 1KVCA 3I55N 2KZMA 4LF8K 3ZSWA 1I39A 4GVEA 2O8EB 1LWEA 3J81O 4AM7A 3QBXA 2EHGA 1Q86O 1WSIA 4EZ9A 5FPMA 5AQZA 5GINA 4CGJA 4IEIA 4JD2A 3AVBA 4BRQA 4E19A 4F9OA 2XY7A 1Q9XA 3NGIA 3O9SA 4BR4A 2P9IB 4BACA 1WN7A 2B5JA 3CJAA 1T8EA 5KRTA 1QTMA 3DRSA 3CCSN 1OKJA 4BGBA 3KKSA 1VAZA 2QM1A 1NJIO 4IJNA 3U9DA 3H46O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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