1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
2E2QA 4DQ8A 1GLCG 1XC3A 5E26A 2W40A 3UB5A 5LY3A 4H5NA 2Q0UA 2QWQA 4DCHA 1IG8A 1NGJA 4JD2A 4A2BA 4FSVA 3U8XA 3O08A 1BA1A 5JLHA 2HMPA 5FPNA 4H5RA 4CZLA 4B1YB 3KVGA 3SMPA 4BGBA 3ULEB 2CGKA 2VYPA 2YHXA 3EKSA 2NRHA 5EX5A 2GELA 1BWFO 2HOEA 1KAXA 1BU6O 4BRCA 4JNEA 2ASMA 3A5NC 3CIPA 3O5BA 4ISGA 3UKUA 3F9MA 2P9PA 4BGAA 4CBXA 5AQWA 1QZ5A 1D4XA 1CZAN 3EN9A 3HSCA 5AQRA 1LCUA 1SQKA 3G25A 4K25A 3D2EB 3FGUA 3MK6A 1TYQA 3WXKA 3H45C 1NLVA 2ZF5O 4BRMA 1NGHA 4CD1A 2A42A 2KHOA 4ISFA 3QB0A 2E20A 2QWLA 4H0OA 4IJNA 3FZMA 1MWKA 5BPLA 1C0FA 3GDQA 3QMLA 4I6MA 5EOYA 5AQVA 5F2RA 2D0OA 4BRAA 4CZJA 1YVNA 1KXPA 4BG8A 4H0VB 2E88A 4BRIA 3AAQA 5AR0A 2D1KA 4H0PA 4DHYA 1SAZA 2ZGZA 3GL1A 3MN9A 3O8MA 1DGKN 4BRFA 2YJFA 2Q0RA 4YDUC 3BEXA 4FL9A 3CETA 2I7PA 2Q36A 5LJVA 4BROA 2QWPA 1NGBA 4NB4A 4PL8A 4XH4A 3ZEUA 2E8AA 3CJ7A 4K42A 1RDWX 3WXJA 2P9NA 5AQLA 4XH5A 5BRDA 1U2VA 1JCEA 3DJCA 1HUXA 1ZBSA 5AQJA 2GWKA 2P9KB 3VF4A 3MCPA 3GG4A 2BUPA 3CJAA 2GUPA 4E1JA 3FFKB 3JXUA 5E84A 2YHWA 2A3ZA 3O1BA 1P8ZA 2Q2RA 3ATUA 5KQDA 3QBXA 4A2AA 3H46O 2WUSA 1T6DA 3CHWA 3HTVA 2J4RA 3C0BA 2E2OA 3O6WA 4BRKA 4B1WB 3D7EO 3I8BA 4B9QA 2A6AA 1BO5O 4Y0WA 2PAVA 1V4TA 4BR4A 4FWRA 3IFRA 1K8KB 4FOEA 3QICA 4PKHA 4KBOA 5AZJB 2CGLA 3BF1A 2YJEA 3QFUA 2ASPA 4WYBA 1XQSC 1NGGA 2V7YA 2P9LA 4XEIA 1RGIA 5TKYA 3ULEA 5F1XA 2HF4A 3L6QA 4CBUA 4CZGA 3LDQA 4H5WA 2D4WA 4IXCA 1JCGA 5EY4A 3W0LA 4M7XA 5AQMA 1XUPO 1NGDA 2P9UA 1BA0A 4PKIA 2DPNA 3CJ9A 3D2EA 3GE1A 4FOIA 4XH1A 3M3ZA 3DXKA 3L4IA 2QWOA 1E4FT 5F0XA 3ATVA 4BQZA 2IIRA 4GNIA 4IZ9A 4CZFA 4CZHA 4BRLA 3FE1A 4CJ7A 5AQTA 4JAXA 4BC2A 3UE5A 3DXMB 3S41A 5FPDA 3VGMA 2P9SB 4WQ5C 3O4WA 1BUPA 4C23A 4A62A 4BRGA 2FF3B 1C0GA 1GLLO 3CJ1A 3RSEA 1E4GT 3L0QA 3WUHA 3IMXA 5B8HA 3AAPA 2OANA 3LM9A 4NO7A 3ENHA 4GY2B 4BVOA 4MLHA 5CE3A 4MLEA 3AY9A 1NMDA 3VEYA 3LDNA 3C7NB 5KPZA 5AZIA 4K41A 4JHDB 3CJBA 4CD3A 1TUYA 2Q1NA 1HKGA 4RCHA 3D2FA 3WEEB 2AP1A 4CZKA 3BF3A 5AQZA 4WQ5A 4BREA 3VEOA 1OKJA 4K43A 3LDLA 1GLAG 3LL3A 4B1UB 3O80A 3H3NO 4LC9B 2F9TA 4QS8A 3VESA 3VF6A 2QM1A 3H6EA 4MO4A 1SZ2A 3WXIA 4AM7A 3SLCA 5BPNA 1GLFO 4QS9A 5AQSA 4H0XB 3UKRB 3VGKA 1ZC6A 4JD2B 4CZMA 2Q97A 1BDGA 5AQOA 5AFUA 1KAYA 1YUWA 3TU5A 3GBTA 2IVOA 2UYTA 2E1ZA 4QS7A 4M63C 1T44A 4EHUA 1X9JA 1G99A 1R59O 2ASOA 1MDUB 1S3XA 2H3GX 2I7NA 4B1XB 1NGFA 3WQUA 1NGCA 1HJOA 1RFQA 2QWMA 2P9IB 3WXLA 4EHTA 1S22A 3LM2A 2E2PA 5KQ8A 5BRHA 3J8AA 2QW9A 3EL2A 4B1VA 2GTDA 3R6MA 4FWKA 4FWQA 4YDUA 1TYQB 5JLFA 2ZGYA 5AQNA 5AQGA 2F9WA 4CBWA 5BRFA 4H5TA 1QQNA 4FPBA 2A40A 4L3QA 4EIAA 5AQQA 3O1WA 2EWSA 3MN6A 2AA4A 3U4LA 3DWLA 2YI1A 3FZKA 2IVNA 4B1ZA 2CH5A 4BR5A 4I6MB 2P9SA 4H0TB 4HWIA 1X3NA 3EKUA 2D0PA 3GOIA 3VETA 4RTFD 3LDPA 4BR2A 2A41A 3P4IA 5AFUH 3TPQA 5BPMA 4PKGA 2HF3A 3QBWA 3U9DA 1YAGA 1DKGD 4IJAA 5EVZA 2W41A 3VEZA 4CI6A 3C7NA 5AQFA 3ZEUB 3VEWA 1NGEA 3EO3A 3ENOA 2P9NB 1NGIA 1X3MA 3HZ6A 3QFPA 5ADXA 3FR0A 5JICA 3JS6A 1JCFA 2BTFA 3FLCO 2QWNA 4BVPA 4WQ4C 1GLEG 2CH6A 3VF2A 3R9PA 3QDKA 2ITMA 1GLDG 1MA9B 3VGLA 4ISEA 1Z05A 5AQXA 4BR7A 4O5FA 4CZIA 3ID8A 4CZEA 3LDOA 4FWNA 2QXLA 2FLOA 3UKRA 2V7ZA 3H3OB 1ATNA 5AQHA 4FWOA 3VOVA 3FZLA 5FPMA 3FZFA 3CJCA 1QQMA 4H0YB 2P9LB 4BC4A 4Z94A 2YCHA 4BQLA 4WQ4A 1NGAA 2FF6A 3HI0A 1QZ6A 3ZETB 3CQXA 2A5XA 2FSKA 5AQKA 1ATSA 1HPMA 2P9IA 1J6ZA 2P9KA 1LOTB 2P9UB 3FZHA 4BR9A 4FWMA 3H1VX 3A5LC 4J8FA 3H1QA 5KPRA 3VERA 4DB3A 1U6ZA 5AQIA 3DXKB 4BC3A 5I9EB 5ADXH 1QQOA 2GEMA 3CI5A 3WT0A 4AM6A 3A0IX 1K8KA 1TUUA 1Z6RA 3CQYA 5AZJA 1NM1A 3I33A 1DEJA 2FSJA 1HX1A 3ZX0A 2CGJA 3A5OC 1WUAA 2VWBA 3SJHA 4BG9A 5BN8A 4EAHD 2FSNA 2E2NA 2V51B 1ESVA 4F9OA 3RSEB 4M7YA 3VEXA 2PBDA 4BRHA 5BR9A 3UKUB 2P9PB 4FPAA 3IUCA 1BOTO 3VEVA 2VCPA 4FWPA 5LJWA 3A5MC 4FWSA 3VPZA 3VENA 3M1FA 1HKBA 5AZIB 1KAZA 4BRNA 4H03B 3IDHA 4BRDA 1IJJA 3MN7A 1ATRA 3SMSA 3D2FB 3A8YA 3BUZB 1NBWA 3SK3A 4JN4A 2NLXA 2ZWHA 3B8AX 3KHYA 3CERA 3HM8A 4BRPA 1HLUA 1YXQA 2FXUA 2IVPA 3W3DA 4BR0A 5BREA 1MWMA 4FO0A 3DXMA 1WOQA 1T6CA 4O8KA 5AQPA 1EQYA 2NZTA 4RWTA 1H1VA 4IWVA 4BRQA 3BP8A 4BC5A 1Q18A 5JMVA 4FWLA 1QHAA 1HKCA 5EXWA 4HTLA 3M6GA 3EZWA 3AARA 4PL7A 2V52B 3HBTA 5BN9A 2E1YA 3MN5A 2GWJA 1ZXOA 3MDQA 3MMVA 3OHRA 3DAWA 4MO5A 4A61A 1GLJO 4JHDA 3KZBA 5KPTA 1GLBG 2QWRA 3U9ZA 3ZX3A 5AQUA 1Y64A 1U2VB 3ZETA 4H5VA 3WEEA 1NWKA 2YHYA 5ELZA 2Q31A 3WQTA 1V4SA 5AQYA 3R8EA 4EFHA 5FPEA 3ZX2A 1BG3A 4IO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E2QA 4BWJA 3AVCA 1GLCG 1WSHA 3CMAN 3UB5A 3OW2M 2EX3A 3V1OA 1X1PA 1N34K 4C8OA 4E7LA 3BDPA 1BISA 4A2BA 3CD6N 3VQCA 1BQMA 1BI4B 2HMPA 3F9KA 4FXDA 5FPNA 1D5AA 4A5AA 2WBNA 3MX5A 2NRHA 1BWFO 1BU6O 3LWMA 4CHNA 3DM2A 3T69A 4DG1A 1NKBA 4O4GA 3G10A 4YOWA 3RWUA 2P9PA 4CBXA 4N56A 4DLEA 1S6QA 3DRPA 4KB0A 3RRHA 1TKXA 3D6RA 4IBNA 1BQNA 3MK6A 3CFRA 4B9TA 4N41A 1QSYA 1GOCA 1YT3A 2WOMA 3THYA 3AA4A 3H45C 3VQBA 2A42A 1D9FA 3TSQA 1SV5A 1T3VA 3TTFA 3QB0A 3SQ4A 4E1MA 3I55N 4ICLA 3G4SN 1N8RO 4I6MA 5EOYA 5C15A 1RT5A 1OVYA 5AQVA 5F2RA 4FVMA 2O8FA 2D0OA 1HNZK 4CGHA 1YVNA 2D1KA 3ZT0A 2F96A 1SAZA 4CJRA 3GL1A 3O8MA 4BRFA 2Q0RA 4KHYA 3NVMA 3AVMA 2X6NA 1NJZA 1QVGM 3M8SA 3ZSRA 5LJVA 1QE1A 4BROA 5M1PA 3ZEUA 2HB5A 2IDOA 3NFAA 3VMFB 3QNNA 3DLHA 3LAKA 3VQDA 1JCEA 2KTQA 3THVA 1ZBSA 1WBBA 1REVA 3AV9A 2B5JA 4J2BA 4IG0A 1HRHA 3ISNC 4E19A 3SAHA 4LF4K 4KTQA 1P8ZA 4CJEA 5HP1A 1G15A 1E3MA 2F8TA 2A1SA 3C0BA 1YF5L 4DV7K 4JYAK 4BRKA 3K0SA 3I8BA 3QINA 2A6AA 4B9QA 4BR4A 4Z0UA 3IFRA 1K8KB 1P90A 4PKHA 3OYBA 4JEPA 4KBOA 2CGLA 3L8BA 2YJEA 4DSFA 1KFSA 4WYBA 4XEIA 2V7YA 2P9LA 1RGIA 1YI2N 3CCJN 5F1XA 2HF4A 4ZTJA 1TKDA 1RILA 5HRNA 1WNSA 4F4KA 4DR4K 2ZJPL 2P1JA 3E1YA 4CJKA 4JS4A 1SL1A 5IT9O 1JLQA 4PKIA 3G71N 4I9QA 5KI6A 1IO2A 4PY5A 4CF2A 1S9EA 3ZT2A 4FOIA 4XH1A 3CCUN 3M3ZA 1VQ4N 1W97L 5F0XA 4GNIA 3AO1A 4JI2K 2HHXA 4CZHA 4CJ7A 1WN7A 5FRMA 1W0HA 2UXCK 3CCVN 4WQ5C 4BY9C 3K9KA 4DR1K 3SPZA 3TAMA 4CJ3A 1E4GT 5B8HA 3WUHA 3AAPA 4ID5A 4HVJA 4DV4K 4DSJA 3C6UA 4MLHA 2OTLN 1YVUA 3LDNA 3C7NB 5KPZA 5AZIA 4FZXC 3K59A 1YJWN 3PSIA 3G6EN 3CJBA 4CD3A 3E01A 3HO1A 5GAHP 1NK4A 3WNGA 4CEBA 2AP1A 3VQPA 5AQZA 2HBKA 4JKAA 1SL2A 3S3OA 2O8DA 2B4JA 3KK7A 3O9TA 1IH7A 3NF9A 4KV8A 4IFYA 1GLAG 4H4MA 2WFBA 4CEEA 4E7JA 1KFDA 3IAYA 2EHGA 3PY8A 5CHIA 3H6EA 3V9WA 3LP0A 4AM7A 3SLCA 3L4QA 3RVCA 3VGKA 1HMVA 4JD2B 4CZMA 3C65A 1BDGA 5AQOA 1YUWA 4CEZA 2IVOA 4QS7A 1U4BA 1X9JA 4FK0A 1MDUB 4GKKK 4ILGB 1VQMN 1NGFA 4FJ5A 4OLAA 3OYMA 1RFQA 2HHWA 2HHHK 1KRPA 3E9PA 3TANA 4KKOA 2UXBK 3TAFA 5BRHA 2QW9A 3CMEN 1ZBHA 2B6AA 3NGYA 1WBDA 2GTDA 2YX6A 3MEEA 1TYQB 5AQNA 4DTMA 5J2PA 4Z4IA 2QK9A 4CBWA 4W5OA 1QQNA 2O4IA 2A40A 3O4QA 4YNQA 1VSIA 3MN6A 5M1NA 2OA8A 4KHWA 1VQPN 3SBGA 4Q5VA 1NOZA 3NDKA 2RF2A 4GKJK 3AVIA 1B9FA 5DM6L 1IBMK 3O3GA 3OJUA 3DLRA 3EKUA 3SQ1A 5HRRA 5SWMA 1K6YA 1NJXA 4RTFD 4B9LA 5C25A 4CF8A 2JLEA 2YNIA 4F2SA 1XC9A 2HF3A 3QBWA 1DKGD 1UAXA 4CI6A 1BIZA 3ZSVA 1S1UA 3T1HK 1VQ5N 3VEWA 3VN5A 3ZSWA 5ADXA 3HZ6A 1J9AA 3QFPA 3FR0A 3SI6A 4HHTA 2G8VA 2BTFA 3PV8A 2KQ2A 3P83D 1LV5A 4JI0K 2HSTA 2CH6A 3CFOA 4FJ9A 1GLDG 4BE1A 1NNEA 2BGGA 3DOKA 1RT7A 3DRRA 3KKRA 4DFPA 3LDOA 4FWNA 1OH5A 3ASMA 3UKRA 4JKBA 4JRPA 4OGEA 2DFHA 4BDYA 2VGMA 3AVJA 5FPMA 3CJCA 1C1CA 4O44A 4H0YB 4CEOA 4Z94A 2E6MA 3OYLA 4B9SA 2YCHA 3SUPA 1YJNN 4IEIA 1KVBA 4CIEA 4O0IA 5CZ2A 5KGWA 1QZ6A 2D0AA 2NRZA 3RR7A 4JKCA 3TAQA 5FROA 1J6ZA 2P9KA 4BE0A 4R5PA 3LPUA 4I2QA 4J8FA 4F2RA 3SAFA 4QAGA 4JKFA 1QQOA 3WT0A 3VA3A 4XIUA 5HL7L 4UQGA 2GUIA 2O4GA 3A0IX 1TUUA 3K5OA 1NM1A 3I33A 1DEJA 4LF9K 3HL8A 1M90O 2CGJA 4NLBA 3SJHA 3AVBA 4CHZA 3K5NA 3QIOA 5BR9A 2FC0A 1WB9A 4FPAA 4KTZA 1GOBA 3TAPA 4ID1A 3A5MC 4M3ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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