4XEIA

Orthorhombic isomorph of bovine arp2/3 complex
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
415
structure length
400
Chain Sequence
MAGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKESVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Crystals of the Arp2/3 complex in two new space groups with structural information about actin-related protein 2 and potential WASP binding sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 102
structure length 400
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4xeiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xeiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xeiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4xeiA04
3WEEA 4BRGA 1MWMA 4H03B 5F1XA 3W0LA 2P9KA 1NGDA 1DEJA 1GLJO 5EVZA 3HI0A 1BA1A 3LDNA 5CE3A 5KPTA 1TUYA 1KAXA 3LDPA 4BQLA 3MN5A 4BRHA 3CQYA 4ISEA 3UKUB 2AA4A 1U2VA 2NLXA 4H0VB 3ZETB 1QHAA 2CGJA 2GTDA 5FPMA 2YJEA 3EKUA 4H0TB 2ZGYA 3CHWA 1H1VA 1HKCA 3GE1A 4H5TA 4CBXA 5AQVA 3FZLA 3WXJA 2FSKA 4XH5A 1NGAA 2E2OA 1Q18A 4JAXA 4BC3A 4BRQA 2BTFA 4WQ4A 4AM7A 4K41A 5AQGA 4BROA 3O1WA 1S3XA 4B1VA 3AAPA 3VEOA 2QWLA 2QWMA 3R9PA 3L0QA 1MWKA 2PAVA 3QBXA 5KQ8A 3LM2A 2P9UB 5JLHA 1HPMA 5FPDA 2AP1A 3O08A 1NGHA 1NGJA 3H3OB 3L4IA 3VF6A 5BPLA 5ELZA 2VCPA 3DXMA 3JS6A 4CBUA 4PKGA 3EL2A 3D7EO 4DHYA 3CQXA 4ISFA 5AFUA 4JHDA 2YI1A 1HJOA 3B8AX 4MO5A 4O8KA 3VGKA 1GLEG 3GOIA 4XH4A 1U2VB 2P9LA 5EOYA 5AQMA 4B1ZA 4K25A 5LY3A 5BRDA 3CIPA 5AQTA 4BR0A 4H0YB 3VEVA 4IJNA 1NBWA 3ZX0A 4BRMA 4BRLA 3JXUA 3D2FA 1SAZA 3VERA 4FWRA 1GLFO 5AQOA 2FF3B 1K8KB 2ZGZA 4RCHA 4RTFD 5AQWA 3ATVA 1KXPA 3ENHA 4BR9A 2Q0RA 3CJ9A 3GL1A 3QDKA 5AQNA 3VEWA 1HUXA 2I7PA 4C23A 1NGIA 4Y0WA 1QZ5A 1ZC6A 2NRHA 4KBOA 4QS7A 3TPQA 2Q31A 1P8ZA 4K43A 4EHUA 2CH5A 1ZBSA 5E26A 5B8HA 1HKBA 2CGKA 2W41A 2YCHA 4BRCA 2ZWHA 3G25A 3H1VX 5I9EB 4EHTA 3DXMB 2P9PA 4QS8A 3VGMA 1Z6RA 5BREA 4A62A 3ZX3A 1RDWX 4WQ5C 3SMSA 3BEXA 4PL7A 4JNEA 3SJHA 4L3QA 1BG3A 2CGLA 3VEZA 4M7YA 3MN9A 4BRDA 1IJJA 3FLCO 1U6ZA 3GBTA 3ZX2A 2V7YA 1ATNA 1DGKN 3VEXA 1GLBG 2P9LB 3BF3A 1ZXOA 1JCFA 3ID8A 1BWFO 4I6MB 5ADXH 4PKIA 3UB5A 4FPAA 5JLFA 3D2FB 4M63C 5AQZA 3OHRA 3M3ZA 3FFKB 1NGBA 4YDUC 1RFQA 4FWLA 3UKRA 3AAQA 3O5BA 2Q97A 4IJAA 4JD2A 2P9IB 1NGFA 4FSVA 4BRAA 2YHYA 1NMDA 2VWBA 5AQSA 3EZWA 3RSEB 4BGBA 1ATSA 4AM6A 1YAGA 2E8AA 3O8MA 3D2EB 1TYQA 1D4XA 4O5FA 3DXKA 3EKSA 4CD3A 3FZMA 3AY9A 1XC3A 2H3GX 4LC9B 4A2AA 1IG8A 2IIRA 5EXWA 5EY4A 1SQKA 4EIAA 4CZKA 5AQFA 3SK3A 3VENA 3UE5A 4CD1A 3MN7A 3WUHA 3QBWA 5AZJA 3LL3A 4H5NA 2EWSA 4EAHD 4MLEA 2P9NA 3CJCA 3DWLA 4CZGA 4FPBA 4BREA 3A5OC 3U4LA 1MDUB 3VF4A 1V4SA 5F2RA 1J6ZA 1T6CA 3W3DA 3A0IX 3KHYA 2E2QA 3WEEB 4BC2A 2YHXA 4MO4A 2P9KB 2GWJA 1WOQA 3R8EA 2QWRA 3FE1A 4BR2A 5JMVA 4CJ7A 4DCHA 5AQIA 3C7NA 3FZHA 4B1UB 3M1FA 3SMPA 4BG9A 1QZ6A 4E1JA 1BOTO 4J8FA 5AQUA 1ESVA 1NGCA 4FO0A 4F9OA 4WYBA 1JCGA 3CJ7A 1S22A 4CZIA 1R59O 2D4WA 1SZ2A 3HSCA 2J4RA 5AQKA 3WQUA 1DKGD 1TYQB 2YJFA 3HTVA 4YDUA 2A6AA 4BVPA 4FL9A 1GLLO 3MN6A 4HWIA 4BR7A 1HKGA 2Q36A 3O4WA 5KPRA 2A41A 1NGEA 4HTLA 4A61A 2VYPA 1YUWA 4GNIA 5AZJB 5AZIA 1NM1A 4BRIA 2QWOA 3WXKA 2P9SA 2D0OA 3ULEA 1NLVA 3WQTA 3H1QA 3P4IA 1G99A 4FOEA 3CJBA 1TUUA 3MCPA 1LOTB 4H5RA 2YHWA 3H46O 1YXQA 2D0PA 2GELA 1T44A 3AARA 3FZKA 3A5LC 4IZ9A 1V4TA 4ISGA 2FSNA 4FOIA 1Z05A 2V52B 2A40A 3MDQA 3U8XA 5AQJA 3UKUA 3VGLA 2ZF5O 5KQDA 1MA9B 4H5VA 5AFUH 1BUPA 4JHDB 4CBWA 2BUPA 3A8YA 5FPEA 5E84A 4B1YB 5JICA 3R6MA 4NO7A 1X3MA 4K42A 1BO5O 3CERA 2ASPA 2GEMA 4GY2B 3LDOA 4BC4A 4M7XA 4A2BA 2PBDA 4FWPA 2F9TA 5AQPA 5AQXA 4DQ8A 3S41A 4CZHA 3O80A 3VOVA 1E4FT 4BRPA 4XH1A 2A3ZA 3BUZB 2P9UA 4IXCA 1C0GA 1NWKA 3WT0A 2W40A 2KHOA 3QB0A 1NGGA 2P9SB 3ULEB 1E4GT 3WXLA 3DAWA 5BN9A 1QQOA 3VETA 2QM1A 4MLHA 2IVPA 2P9PB 4FWOA 3ENOA 4JN4A 1T6DA 2QXLA 5BPNA 1GLCG 3CJ1A 2V51B 5BN8A 2HF4A 3CI5A 2GUPA 3F9MA 4FWMA 4PL8A 4BVOA 3IUCA 4QS9A 3QFUA 2FSJA 3QFPA 1WUAA 3CJAA 3A5NC 3FZFA 2E2NA 3BF1A 3A5MC 5AQRA 2QWNA 3MMVA 2HF3A 1K8KA 5LJWA 4H5WA 3VPZA 3FR0A 3H45C 2Q2RA 3VEYA 4CZFA 1BDGA 1X9JA 4CZJA 5KPZA 3IDHA 4WQ5A 3TU5A 3H3NO 3HM8A 4CZMA 3UKRB 3BP8A 2IVNA 3QICA 2A42A 4JD2B 2UYTA 2F9WA 4CZLA 1YVNA 3MK6A 3ZEUA 3HBTA 1XQSC 2ASMA 4Z94A 3IFRA 3LM9A 4BRKA 4H0XB 5AQLA 2HOEA 1ATRA 1BU6O 3H6EA 5TKYA 1BA0A 4FWSA 4B1XB 5AQHA 3DJCA 3EN9A 4BRFA 2A5XA 1HLUA 3DXKB 3GDQA 5BR9A 5EX5A 4BQZA 1HX1A 2E88A 5LJVA 2QW9A 5BPMA 4BR5A 3KVGA 5AQQA 2ITMA 2DPNA 3WXIA 2HMPA 2IVOA 4BR4A 4EFHA 2D1KA 1LCUA 3IMXA 2E1YA 1OKJA 2QWPA 1GLDG 1JCEA 4PKHA 4B1WB 1GLAG 3U9DA 5BRFA 2Q1NA 4BGAA 2ASOA 2P9NB 4RWTA 4I6MA 5ADXA 5AR0A 2CH6A 4B9QA 2NZTA 2QWQA 3QMLA 4H0OA 2WUSA 1X3NA 3GG4A 1KAYA 1Y64A 3KZBA 3EO3A 3J8AA 3O6WA 3HZ6A 4WQ4C 1EQYA 2P9IA 3ATUA 5AQYA 3O1BA 3LDQA 3VESA 4IWVA 3LDLA 3FGUA 3L6QA 3C7NB 1QQNA 1QQMA 5BRHA 1C0FA 3ZETA 3I33A 4FWNA 2E1ZA 3RSEA 3SLCA 4H0PA 2I7NA 3ZEUB 2E20A 3D2EA 4BG8A 4BRNA 4FWQA 4CZEA 4FWKA 3M6GA 2V7ZA 5F0XA 1RGIA 4NB4A 4CI6A 4BC5A 2FXUA 3U9ZA 2E2PA 1XUPO 3VF2A 4IO8A 5FPNA 2FLOA 4DB3A 2OANA 1KAZA 3CETA 2FF6A 3C0BA 1CZAN 2Q0UA 4XEIA 5AZIB 2GWKA 3I8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9LA 3D0PA 4JI7K 4H03B 1HJRA 4DS4A 4B3TK 4O8UA 4NYFA 1GLJO 1BA1A 3LDNA 1XMOK 3KD5E 2WOMA 3O9UA 4W5TA 3TABA 1A5VA 3SAHA 4B9MA 1ZBIA 4H4MA 1QHTA 1U2VA 2NLXA 1IG9A 4LF6K 1QHAA 4DV5K 4AHSA 3HPGA 4H5TA 1HKCA 4CIFA 4CBXA 4PY5A 4F2RA 2D5RA 4XH5A 4JAXA 2E2OA 4FK0A 3CCVN 4K41A 4BROA 3RMBA 3O1WA 4C8MA 4M3XA 4CVNE 4CIEA 4NCAA 3DLGA 4B9VA 4WFNL 1MWKA 3F2KA 1NK0A 3K59A 5M1FA 3OJSA 4FLUA 5FPDA 3K0SA 3KK3A 1JJ2M 4CHQA 3CC2N 3KLIA 1EKEA 2WFBA 4BDPA 1BIZA 3H3OB 3L4IA 3VF6A 4B3OA 4YOVA 4C8KA 4DUZK 2VWKA 4Q0BA 1X9MA 4CBUA 3SPZA 4KH6A 1YIJN 4ISFA 5AFUA 3PX0A 4KRFA 1VSIA 3MEDA 3B8AX 4CERA 4OLAA 3MEGA 1M1KO 4C8LA 1C0MA 4YOTA 4ELVA 4AH9A 4M42A 2P9LA 3ZSYA 5LY3A 4BE7B 1NOZA 2FBTA 4BR0A 4IJNA 1NOYA 2F4VK 1L5UA 1SAZA 1TKTA 5AQOA 3BGRA 1K8KB 3B6PA 1NKBA 1JLEA 4AHRA 3ATVA 4FM1A 3CJ9A 1VQ5N 4IOCL 2I7PA 4Y0WA 3VQAA 1HYVA 1TK5A 1M90O 1CLQA 4FK4A 2NRHA 3TPQA 4JKGB 1FKPA 4K43A 2CH5A 2QKBA 1IO2A 4IOAL 2W41A 2YCHA 4LFCK 4GW6A 1MU2A 4C1NK 3EE8A 2GBZA 1Q9YA 3NH2A 1BI4A 1Z6RA 3KLFA 1KRPA 4DMNA 4A62A 3DRRA 2NNWA 4X66K 1GOBA 4FJMA 4RW6A 3VEZA 4BEBA 3MN9A 3LP1A 1U6ZA 3ZX2A 4N56A 3CCUN 4DTPA 1RT2A 4PWDA 4HHTA 3BF3A 4HCBA 4RG8A 5ADXH 1D9DA 2VWJA 1WNSA 4FK2A 1RFQA 4BACA 1T8EA 1ASWA 4OKKA 1EETA 1C1CA 1U49A 4FZYA 3EZWA 1SL2A 1ATSA 1QS4A 1YAGA 4E7LA 1W0HA 1D4XA 4CF0A 2HBJA 3EKSA 4KTQA 3FZMA 1NK8A 3EZ5A 1U47A 1NJIO 1XC3A 2H3GX 1N8RO 3AGKA 4Y1CA 5EXWA 1SQKA 3DYAA 1XI1A 1KFDA 1J9AA 3RVCA 3JSMA 5JENA 3SK3A 4CJFA 4CF9A 4EZ9A 3CCEN 3RR8A 4CEFA 1Z25A 3LL3A 3KLHA 3CJCA 5C15A 3OYNA 4OLBA 1Q9XA 1J6ZA 5CHIA 1XWLA 3KHYA 5FLXO 2E2QA 3CFRA 4ZTFA 1ZBHA 4GKJK 5CZ2A 1WOQA 4CFBA 2HSTA 3QIOA 3FE1A 4BR2A 4FVMA 5JMVA 3TAQA 4DCHA 3LDSA 4DU1A 3C7NA 3G71N 1Q81O 4KREA 3KK2A 4HTUA 3QEIA 1QZ6A 4FJGA 4E1JA 1NGCA 3CJ7A 2NRXA 3U3GA 1SZ2A 3HSCA 4JK9A 4LSLA 2P1JA 3IRXA 1TYQB 2YJFA 2HVIA 4KHQA 1SKRA 2O8EA 3LZIA 2A6AA 4BVPA 4E72A 1GLLO 4BR7A 4AF1A 1C0TA 1HKGA 1WBBA 4M41A 2Q36A 3HVTA 4NLBA 3O4WA 3TARA 3O9RA 1NGEA 4A61A 1YUWA 3SUPA 2QWOA 3C6TA 3SAGA 3WQTA 3CM6A 4DUYK 4DV1K 4M3TA 3P4IA 1J5OA 4OO1J 1RT4A 3MCPA 3VQDA 1KLNA 1X9SA 1BQMA 2KKZA 4H5RA 1ZBUA 2D0BA 1VQ4N 1YXQA 3AARA 3CYGA 1V4TA 2YHBA 1XHXA 2FSNA 3MCAB 1VSLA 4CFDA 3VQ9A 2A40A 1TL1A 2F96A 5KQDA 2ZF5O 3SUOA 4JI8K 4JHDB 4IBNA 1HNZK 4DV2K 4LH4A 3T1AA 4K42A 4DV0K 2ASPA 5J1EA 1RT1A 2GEMA 1YVUA 4GY2B 4BC4A 1VRTA 5JS1A 3Q7CA 2PBDA 4DQ8A 1RCHA 1RBVA 3V9UA 4JS5A 4X64K 2IGIA 4YNQA 1SKWA 3MWTA 5C12A 4BRPA 4XH1A 3SYZA 3QNOA 4IKFA 1J54A 3OTOK 2A3ZA 4DQIA 4EP4A 3SZ2A 1JLAA 3KK1A 4IXCA 3WT0A 2W40A 4CIGA 4ID1A 2RKIA 2P9SB 2EX3A 3ULEB 2XO7A 1E4GT 3WXLA 3TAFA 1FW6A 3KWIA 4NYNA 1SKSA 3T3FA 4CJKA 4OPJA 3VTHA 4IO9L 4MLHA 1WSJA 3K5NA 3NF9A 2IVPA 3JYTA 1T6DA 4BDYA 1CZBA 2KQ2A 2QXLA 3DRPA 4O55A 5GAHP 4A59A 4CHYA 1GLCG 2RHKA 2HF4A 1S72N 3RRHA 4M3ZA 1FJGK 2E2NA 2W00A 3F5TA 3VQQA 4PUOA 1K8KA 1RILA 3SUQA 3VEYA 1A5WA 4PHTX 1X9JA 5KPZA 1DLOA 3OYHA 3S3OA 3OYKA 1JLQA 4NLCA 4DQSA 4JD2B 2F9WA 4JKGA 4CJ4A 3MK6A 3HBTA 1ZYQA 1WB9A 3IFRA 3NMUA 1VK0A 4FWSA 4B1XB 2DFHA 1VQ7N 1IKYA 4BRFA 3DXKB 1JKHA 4CF2A 1NU0A 3NF8A 2P51A 5BPMA 2KTQA 2OYQA 1GOCA 3QEVA 2ITMA 2BE2A 3OY9A 2IVOA 4BR4A 2D1KA 2F7TA 4Z4CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NDK A;  1BU6 O;  3NF7 A;  5TKY A;  4DF8 A;  1BA0 A;  1N36 K;  2JWL A;  3DJC A;  4MDA A;  4CJW A;  1HLU A;  5BR9 A;  4JKE A;  2B6A A;  2E88 A;  2RF2 A;  3O9T A;  4KHN A;  1VQ6 N;  5AQQ A;  5C25 A;  2DPN A;  1NK4 A;  3WXI A;  3HP9 A;  1VSD A;  1LCU A;  3PUF A;  2GV9 A;  3T7Z A;  4ICL A;  1KLM A;  1OKJ A;  1GLD G;  1JCE A;  4B1W B;  3VN5 A;  3MXJ A;  1VAZ A;  1A5X A;  2QWQ A;  3QML A;  1KAY A;  4FW2 A;  3J8A A;  3R3L A;  1EQY A;  5HRP A;  5AQY A;  3VES A;  3O1B A;  4LF5 K;  2GX9 A;  3CM5 A;  4LFB K;  5CY4 A;  3SV4 A;  3FGU A;  3D45 A;  4FZX C;  1JLC A;  3C7N B;  4Y1D A;  1LWF A;  1C0F A;  4KHU A;  4KHW A;  4DTM A;  3NH1 A;  3I56 N;  1KFS A;  2ETJ A;  4ILH A;  3VTI A;  1RTI A;  2RN2 A;  3OYI A;  3M8P A;  1RT5 A;  2V7Z A;  5F0X A;  4RW4 A;  5CZ1 A;  3O4Q A;  2O8B A;  4C1N I;  4BC5 A;  2FXU A;  3V9W A;  1S1V A;  2O8E B;  2D0A A;  4A5A A;  3UIQ A;  3OS1 A;  4YOR A;  5SZT A;  5LL6 Z;  3C0B A;  4GMJ B;  5J2Q A;  2Q0U A;  1JLG A;  4W5N A;  1LWC A;  3HPO A;  5GAE P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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