4BRCA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg ampnp complex
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
360
structure length
360
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 116
structure length 360
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brcA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brcA02
3TU5A 3FZMA 1YXQA 4QS9A 4K41A 2ZF5O 4CZKA 3DXKB 2YHYA 1NGEA 2Q0UA 1BDGA 1S22A 4M7XA 4FSVA 3G25A 1MDUB 5AZIB 3A5NC 3A5OC 4BR2A 2P9SB 3D7EO 3A8YA 1V4SA 2I7NA 4JHDA 5FPNA 1DEJA 2VCPA 2ZGZA 3EL2A 2OANA 1BWFO 5FPMA 2QM1A 3U9ZA 1ATSA 5LJWA 1DGKN 2E2NA 5BREA 3HZ6A 3ENOA 5KQDA 2YJFA 2A6AA 3O5BA 4WQ5C 3DJCA 4XEIA 5AFUH 5JICA 2FSNA 1BA0A 2P9NB 2F9TA 1QQOA 4FWNA 1XC3A 5AQUA 3BF1A 1QHAA 3CJ7A 3IDHA 2QWQA 4BRMA 3UKRA 4HTLA 4B1YB 1SAZA 2ASPA 4XH5A 3DXKA 4FOEA 3GG4A 3VGKA 5KPTA 1QZ6A 3HBTA 3ZETB 2A40A 4BGBA 3FZLA 2GTDA 5AQLA 3H3OB 4BC3A 4A61A 4H5TA 1Z6RA 1X3NA 4BRLA 2QWNA 1D4XA 2D1KA 4H0XB 4J8FA 4M7YA 1HJOA 3SMPA 3CJ9A 3CJ1A 3GL1A 4LC9B 5BPLA 4PL8A 4QS8A 5BPNA 1NM1A 3ULEB 3WQTA 4FWMA 1RDWX 3MN9A 4I6MB 4O8KA 3VESA 3WUHA 4FPBA 5TKYA 4EIAA 1RGIA 4C23A 4CJ7A 4CD1A 3VEZA 4PKIA 4YDUA 3C7NA 2CH6A 1HLUA 3CQYA 2V7ZA 4DHYA 2YHWA 2GWJA 2VYPA 2A5XA 4BRFA 5F1XA 2FSJA 2E2PA 5AQRA 4EHUA 2E1ZA 1BO5O 3RSEA 3MCPA 3W3DA 2ASMA 3VGLA 3SK3A 1GLFO 2Q97A 5AQSA 1MWMA 3MN7A 5F0XA 3FFKB 4B9QA 4H5VA 4BRCA 1BUPA 1NGDA 4FL9A 5AQWA 1WOQA 3LDQA 4CZIA 3O1BA 4CD3A 1GLJO 4BRIA 4ISGA 4RTFD 2D0OA 3H1VX 3J8AA 3L4IA 4IZ9A 5JLHA 3CHWA 3KVGA 2YHXA 2Q1NA 3UB5A 2BTFA 2NZTA 3WXKA 2D0PA 3M1FA 1C0GA 5F2RA 4I6MA 4BC4A 2HMPA 4BRQA 3BF3A 3LDLA 4IO8A 3P4IA 3VGMA 4H0YB 3ZEUB 1V4TA 5ELZA 1GLCG 4K25A 1CZAN 3QFPA 3I33A 3I8BA 2QWPA 1ZBSA 1HKCA 2UYTA 4CBWA 1C0FA 3UKRB 4JD2A 4FPAA 2QWLA 4IWVA 2FF3B 2FLOA 3U8XA 2HOEA 1E4FT 3VEYA 3EN9A 4F9OA 3L6QA 1BU6O 2E8AA 3U4LA 5KPZA 1LCUA 4WQ4C 1P8ZA 5AQIA 4A62A 4AM6A 2P9LB 3QBXA 2FSKA 2QW9A 2Q31A 3AAQA 3SJHA 5E84A 4BR7A 2P9UA 4BQZA 5ADXH 2PAVA 1YAGA 3CIPA 2WUSA 4GNIA 4BRHA 2A41A 1RFQA 2IVPA 4NB4A 1GLAG 3GBTA 5AQVA 1NGFA 4K42A 3QMLA 3LM2A 1J6ZA 1T44A 3O4WA 1NLVA 3ZX0A 2D4WA 3TPQA 4Z94A 3ZEUA 5JMVA 4B1UB 2NLXA 5E26A 1X9JA 3KZBA 4BRKA 4XH4A 1ATRA 2HF4A 3C7NB 3CERA 5AQFA 4MO5A 4RCHA 1XQSC 5KQ8A 1E4GT 3LDPA 3OHRA 4KBOA 1NGCA 2P9PA 1NGGA 4K43A 5AQQA 3RSEB 3D2FB 1KAXA 1HKBA 3CJBA 5KPRA 4H0TB 3WEEB 3EZWA 4H5WA 4ISFA 1K8KB 2P9LA 4A2BA 4BREA 4CBUA 1ATNA 3W0LA 3HSCA 5BR9A 3F9MA 3LL3A 3GOIA 3ENHA 3H46O 3WQUA 4H0PA 5AFUA 5AQYA 4XH1A 2Q36A 4FO0A 2E88A 5BN9A 1Q18A 2W40A 4ISEA 5FPEA 4BROA 5BPMA 2FXUA 4H0VB 2AA4A 2E2OA 5AQOA 1QZ5A 4B1ZA 5AQKA 3VETA 2E20A 3VEXA 2AP1A 3VF4A 4BRDA 1XUPO 4L3QA 4H5RA 4CBXA 4CZHA 3VOVA 4WQ4A 1HX1A 3CJAA 4O5FA 4JD2B 5AQJA 1BA1A 1BOTO 3DWLA 1TYQA 2IVNA 3D2FA 5AQXA 3C0BA 1IG8A 2E2QA 3WEEA 4CI6A 1H1VA 4CZGA 4B1XB 1K8KA 3VF6A 3FE1A 2V51B 5AQPA 4BG9A 2GEMA 4JN4A 4WQ5A 3CI5A 2P9UB 3S41A 3AAPA 4BC2A 4DB3A 4MLHA 2IIRA 1S3XA 3A0IX 2VWBA 3IFRA 3QBWA 3M6GA 1JCEA 2DPNA 3UKUA 5AQNA 2QXLA 2GELA 3HTVA 3DAWA 3VEWA 1MA9B 3FZHA 1NGIA 3O6WA 4BRGA 4FWSA 1ZXOA 4HWIA 4EHTA 2QWOA 3VERA 4H03B 5EX5A 3SMSA 2CGKA 3MN5A 5CE3A 3FGUA 3WXJA 1YVNA 1KAZA 2ITMA 3EKSA 3H6EA 3WXLA 5AQMA 3VF2A 4CZEA 3L0QA 2GWKA 3IMXA 2FF6A 4IJNA 2Q2RA 2P9IB 3O08A 2P9PB 4JAXA 3JXUA 4QS7A 1R59O 1G99A 2CH5A 2CGLA 3EKUA 1LOTB 2W41A 4EAHD 5BRDA 4MO4A 3R9PA 2YI1A 2P9KB 4A2AA 3QDKA 3QFUA 4GY2B 4BGAA 2YCHA 1U2VB 3VEOA 3JS6A 1T6CA 3CQXA 4JNEA 5I9EB 2V52B 2ASOA 4H5NA 2PBDA 5EOYA 3GDQA 4YDUC 3FR0A 3DXMB 5FPDA 4CZFA 1NBWA 3FLCO 5EXWA 4MLEA 1NGHA 1KXPA 5AQGA 1Y64A 4FOIA 4FWOA 4DCHA 1TUUA 1WUAA 3LM9A 3BUZB 3AARA 1T6DA 3BEXA 3HI0A 5BRHA 3A5MC 5AQZA 4BG8A 1IJJA 3CETA 3GE1A 1TYQB 2P9IA 3U9DA 2CGJA 3O1WA 1YUWA 5ADXA 2I7PA 5AZJA 4DQ8A 3H1QA 3BP8A 4PKGA 3A5LC 3MN6A 3VEVA 4FWLA 4B1WB 5B8HA 4BR5A 4Y0WA 3D2EA 4E1JA 2P9KA 4IJAA 5EY4A 4FWRA 3O8MA 4H0OA 5AQTA 1U2VA 2EWSA 4BRAA 4RWTA 1GLEG 3B8AX 5LJVA 3SLCA 4BVPA 2A42A 1NGBA 2QWMA 3MK6A 2E1YA 3DXMA 3M3ZA 3IUCA 1OKJA 3UKUB 5BN8A 2BUPA 5AZIA 2P9SA 1Z05A 1SQKA 4PKHA 4BR9A 3H3NO 1TUYA 4WYBA 3H45C 3MMVA 3CJCA 4BRNA 4BR0A 4PL7A 3FZFA 1QQNA 2J4RA 3R6MA 1NGJA 2QWRA 3QICA 4BC5A 2HF3A 1BG3A 5BRFA 2KHOA 3QB0A 2P9NA 2H3GX 3O80A 1JCFA 4FWKA 4CZLA 2V7YA 3HM8A 3WXIA 5EVZA 3VPZA 1NMDA 3MDQA 4B1VA 1GLLO 1GLBG 4BR4A 3EO3A 5JLFA 3VENA 3AY9A 3ATVA 3R8EA 1DKGD 4M63C 3LDNA 3ATUA 4NO7A 1SZ2A 3ZETA 1KAYA 1HKGA 4BVOA 4EFHA 3LDOA 3ZX3A 4CZMA 2GUPA 1EQYA 1U6ZA 1HUXA 1QQMA 2Q0RA 4IXCA 4JHDB 2IVOA 3ID8A 4FWQA 1NWKA 1NGAA 2NRHA 3ZX2A 3UE5A 4BQLA 3WT0A 3FZKA 5LY3A 2YJEA 1GLDG 4CZJA 4AM7A 1X3MA 3ULEA 1HPMA 4BRPA 2ZGYA 1ZC6A 3KHYA 1JCGA 1MWKA 2F9WA 5AZJB 5AQHA 1ESVA 2A3ZA 3D2EB 2ZWHA 5AR0A 4FWPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IOXA 4ID5A 2VQFK 1TL1A 4DR7K 3MECA 4QS9A 3CC4N 4K41A 4DR3K 2OA8A 4KPYA 4AF1A 4E7JA 2YHYA 3MEGA 4KTZA 1S22A 4DTJA 5HBMA 1MU2A 4LF4K 3MWTA 4YOYA 4BR2A 3A8YA 4GV9A 1ITGA 2I7NA 4FXDA 1G15A 3FFIA 1S72N 3EL2A 1BWFO 3U9ZA 2YV0X 2W6LA 5LJWA 1OH7A 4DU3A 4JKCA 2E2NA 1WN7A 5KQDA 4XEIA 3AVFA 5JICA 3NE6A 4YY3K 2P9NB 3CFOA 3O3HA 4OX9K 4BDZA 3AA2A 1RT1A 4KHNA 5CR4A 2DTUA 3RRHA 3CYMA 4BRMA 1QQCA 3UKRA 1SAZA 2ASPA 4XH5A 1LAVA 1NK6A 4FOEA 3LPUA 4IEIA 3GG4A 4FLYA 1S5JA 5C15A 1QZ6A 3ZSRA 2PYLA 4FZYA 1C1BA 3HVTA 2OPRA 1P90A 4JI8K 3H3OB 4W5QA 1Z6RA 3LP1A 2QTDA 1D4XA 2D1KA 4LF9K 4M7YA 1BQMA 4JKFA 1IV0A 3AV9A 3SPZA 3O3GA 4IDKA 3NGZA 1NM1A 4B3TK 3SQ4A 1RDWX 3MXMA 3MN9A 4I6MB 1RT7A 2RHKA 4EIAA 2YNHA 4KO0A 4JKGB 4YDUA 3AVMA 1HLUA 4M45A 1C1CA 1XC9A 5DM7L 3JAMO 3K58A 4BRFA 4KREA 1RT3A 2E2PA 1HYSA 2HHSA 3R1XA 2E1ZA 1BO5O 4FLTA 1KFSA 3O9SA 1S6PA 1IBKK 3MCPA 3W3DA 2ASMA 3ZT2A 5AQSA 5M1NA 5F0XA 4JKBA 4PHTX 4CZIA 4CD3A 4FK2A 4ISGA 1VQ9N 1Q82O 1C0MA 3CHWA 5KRTA 4M42A 2NZTA 2E6LA 4QAGA 1NK5A 3L2VA 1M90O 1QSYA 1C0GA 1W9HA 4FLWA 4I6MA 4BC4A 2HMPA 3ZYYX 5HROA 3R3LA 3AO3A 3LDLA 3CCEN 4H0YB 5M1KA 4JKGA 1IG9A 5LL6Z 3I33A 3D45A 4X64K 4JI3K 2Z1IA 1C0FA 1VAZA 2Z1HA 1N33K 4CJFA 4FPAA 1D5AA 2YHAA 3K2PA 2HOEA 4WFNL 3DLHA 4KFBA 4CGHA 3ZT4A 3VQ6A 1BU6O 1YJWN 4WQ4C 3PY8A 5AQIA 4AM6A 2P9LB 3MX2A 2QW9A 1VQ8N 3RVCA 2P9UA 4HUGA 2WUSA 2NUBA 3HK2A 1HYZA 2IVPA 2HHHK 3ZT1A 1NJXA 4YFUA 1IKYA 1GLAG 3GBTA 3OJSA 2ZM6K 1EETA 3O4NA 3KLIA 1J6ZA 3OYNA 1NLVA 1E3MA 3RMBA 1U4BA 4NXMK 2D0AA 2G8KA 5E26A 1XI1A 1X9JA 1HQUA 3UIQA 3QERA 4BRKA 4BDYA 1NU0A 1ATRA 3C7NB 5AQFA 3CCJN 3AGKA 4KV8A 3THXA 4RCHA 2PFUA 2ITGA 1XQSC 4NLBA 1E4GT 4B08A 4K43A 1Q7YO 5KPRA 4H0TB 4CJRA 3WEEB 4IG0A 4OPAA 2P9LA 3BZKA 4A2BA 4CJ4A 3O9QA 3F9MA 4DR5K 3I8DA 1A5XA 3GOIA 4ELUA 3PSFA 1ZBUA 1RTJA 1TK0A 4DV0K 2E88A 5BN9A 2W40A 4W5RA 3K9KA 4OLBA 2HNDA 5BPMA 3T1YK 4YOXA 3PX0A 1WSJA 1REVA 3AVCA 1ZBIA 1LWFA 4EP4A 4Q0BA 4CJPA 4KH6A 1Q8IA 4CBXA 1BQNA 3LP2A 3LPTA 4R79A 3CG7A 4CJVA 1VQ6N 4O5FA 2YHBA 3VTHA 2IVNA 1IKWA 2E2QA 3WEEA 1OH6A 1VQ7N 2O8EB 3VF6A 2HNYA 3MEDA 2GEMA 4JN4A 4Z4CA 4DTNA 3S3OA 4M3YA 5M1OA 1RDCA 4X62K 1IO2A 4AHSA 3CCSN 3CCVN 1OVYA 4CGGA 2P51A 1JCEA 1KVBA 4LSLA 4C1NK 3FZHA 4BRGA 1ZXOA 4HWIA 3C6AA 1WSEA 1WNSA 2PZSA 5CE3A 3TTDA 3NVKA 3FGUA 3WXJA 1YVNA 1KAZA 1Y97A 3ENBA 2GWKA 1KFDA 1BCOA 4IJNA 2Q2RA 2P9IB 4JAXA 1G99A 2O8EA 2CH5A 2W41A 4EAHD 3EYZA 5BRDA 3R9PA 4A2AA 5CYMA 4GY2B 3VEOA 4CFCA 2F8SA 3MXIA 5I9EB 2PBDA 4JKAA 1VQLN 3FR0A 4CK1A 2YX6A 5J1EA 4G9ZA 2JWKA 4DR2K 1NGHA 5JS2A 4LY7A 1TKZA 1Y64A 1HNVA 4WFBL 3L4QA 4FWOA 1WUAA 3BUZB 3AARA 5GIPA 4LFBK 3HYFA 3BEXA 3TABA 4FZZA 4KRFA 5AQZA 3CETA 4KB1A 3V9UA 1TYQB 2P9IA 2CGJA 4FLVA 4Z4GA 3J81O 2I7PA 3VEVA 4N76A 5B8HA 3QO9A 4CFAA 4BR5A 4E1JA 4EZ6A 3SQ0A 3CF5L 4E19A 4BRAA 1LAWA 4E7HA 1D8YA 2Z1GA 1ZBFA 2KW4A 3SLCA 2A42A 2GX9A 3QEVA 1RCHA 3M3ZA 4FW2A 1HPZA 2QA4N 2XO7A 3CQ8A 4N56A 2F96A 2P9SA 1S1XA 1SKSA 1QVFM 1I39A 1KQSM 3E9LA 1W97L 3WNGA 3L2UA 4DV5K 5M1QA 4DU1A 2RF2A 3MMVA 3CJCA 4BRNA 3TANA 3RR8A 1VSIA 3R6MA 2QWRA 3ALYA 3AO4A 2OZMA 4AHVA 2X78A 1ILYA 5BRFA 2KHOA 3QB0A 2QKKA 3ZSZA 5A2QO 5C42A 3CXCM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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