4BRCA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg ampnp complex
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
360
structure length
360
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 116
structure length 360
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brcA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brcA02
4NO7A 2GUPA 4QS9A 3M3ZA 3L4IA 1BA1A 4BRPA 4CZMA 3FE1A 4B9QA 4CZFA 3DXKA 4JHDA 3VF6A 2ASPA 4JHDB 2P9LA 1ATSA 4GNIA 1C0FA 4CJ7A 2A3ZA 2A40A 2HF3A 2P9KA 3HM8A 5F0XA 1NGDA 5BPLA 4BR4A 1SAZA 5AQHA 3TU5A 3O1WA 5AQNA 3H3NO 3QBWA 4BGAA 2QWOA 2FF3B 4XEIA 2IVPA 1ZC6A 4FL9A 3U8XA 4CI6A 3CJ7A 5BPNA 2V52B 5AQOA 2CGKA 4BQZA 4FWOA 3VPZA 2QWRA 2E88A 3O8MA 1TYQB 4FWKA 4B1YB 4BRDA 5JLFA 2Q31A 1MA9B 1EQYA 1KXPA 4FOIA 2VWBA 3GOIA 4I6MA 3FFKB 4BRKA 4WQ4A 3F9MA 3O6WA 2A41A 1KAYA 3LDOA 4FWRA 3U9DA 4NB4A 1C0GA 1E4GT 3HSCA 4FWNA 2YHXA 3RSEA 4A2BA 4JNEA 4CZEA 5AZJA 3EN9A 3G25A 3C7NB 3R8EA 2Q1NA 3CJ9A 5AZIB 2YCHA 2Q36A 1JCFA 5E84A 1U2VB 2E2OA 1HLUA 1YUWA 2V7ZA 2ZGYA 4BC3A 1SQKA 2ZGZA 3UKRB 4H0VB 2A5XA 3I8BA 5AQJA 5AQFA 4B1XB 3GDQA 4BROA 4B1ZA 4CZLA 3VGLA 4XH4A 4Y0WA 4PKGA 1K8KB 1BA0A 3ZETB 3SMPA 4BR5A 1HKGA 4BVOA 2QXLA 1KAXA 3ID8A 2CH5A 5AQXA 3R9PA 3CJBA 1GLAG 3QFPA 2ASOA 3QB0A 4J8FA 2I7PA 4IO8A 4H0YB 3ATUA 3FGUA 3FZFA 3O4WA 1LOTB 4L3QA 2QM1A 1T6DA 4BVPA 3TPQA 4AM7A 2QW9A 4MO4A 3CJAA 2P9SB 3S41A 2FSJA 4ISEA 4IWVA 5B8HA 2ASMA 3VF4A 3R6MA 3EKSA 3MN5A 4M63C 3WUHA 4AM6A 1GLFO 3LM2A 4ISGA 4BRIA 3FZHA 1XQSC 5EVZA 5AQUA 3FZKA 2E2QA 3CIPA 4A61A 1V4TA 3WEEB 3C0BA 1TUUA 4WQ5C 3A5MC 4CZGA 4Z94A 4H5NA 1X9JA 1BO5O 5AZIA 1GLJO 4JAXA 3VF2A 1X3MA 4FWMA 1T44A 2E1ZA 4DQ8A 3UE5A 4EFHA 4M7YA 4EAHD 4ISFA 1YXQA 4WYBA 5AQPA 5I9EB 4BC2A 5E26A 3BP8A 5FPEA 4BR7A 1HUXA 5LJVA 5JICA 1BUPA 2YHWA 1ATRA 2FSKA 1GLLO 4JD2B 3CQXA 2F9TA 3EL2A 4BRLA 5EY4A 5JLHA 4FWPA 1KAZA 4B1UB 5AR0A 3MDQA 4H0OA 2IVNA 5AFUH 2E2NA 4A2AA 3MN6A 4O5FA 2PAVA 3VESA 5AFUA 3UKUB 2ZWHA 3BUZB 4RTFD 3ULEB 5KPZA 3ULEA 3H46O 2QWQA 3H3OB 1U2VA 3SLCA 4H5WA 4K42A 4FOEA 3CHWA 4DCHA 3AARA 2QWPA 2ZF5O 3EZWA 5AQKA 1MDUB 3M1FA 1NGIA 5EX5A 1QHAA 4B1WB 4I6MB 2YHYA 5KPTA 1BG3A 5AQZA 2P9IA 3DJCA 3VEZA 4EIAA 1T6CA 4EHTA 1J6ZA 5BRDA 1HX1A 3DAWA 4XH1A 3DXMA 2HOEA 3W3DA 3WT0A 5KQ8A 3C7NA 3WEEA 2AP1A 1NGEA 5BR9A 5F2RA 3KVGA 3QFUA 4CZIA 3UB5A 4HWIA 3H6EA 4K41A 2EWSA 3SK3A 4CD3A 4CZHA 4PL8A 1P8ZA 1HPMA 3IUCA 2BUPA 4FWSA 3VOVA 3VEOA 3OHRA 3HTVA 3QBXA 5FPMA 1E4FT 3LL3A 3VGMA 2P9LB 3O80A 3EKUA 3QDKA 2YI1A 5ADXH 1QQOA 2GTDA 4MLEA 1MWKA 5LY3A 2VYPA 3CI5A 1S3XA 2J4RA 5AQMA 1NGAA 1TUYA 4PKHA 2D0PA 2I7NA 4RWTA 3VEWA 4EHUA 2E2PA 5AQWA 1YAGA 1LCUA 2Q0RA 4FO0A 2NZTA 4BQLA 3H1VX 4CD1A 2P9UA 3GBTA 3DWLA 3WQTA 5CE3A 2Q0UA 1CZAN 3BEXA 4A62A 5AQSA 5KQDA 4BREA 3CERA 2NRHA 1DKGD 1GLEG 2VCPA 3A8YA 3VGKA 3DXKB 1DGKN 2YJEA 1NGFA 2IIRA 1GLCG 4K43A 3FR0A 4H5RA 4CBXA 2OANA 4H5VA 1NGHA 4B1VA 4IJNA 2H3GX 5EXWA 2E20A 1WUAA 4CBWA 3P4IA 1Z6RA 2QWNA 3ZETA 1RGIA 5AZJB 3LDPA 3MN7A 5KPRA 3A5OC 2IVOA 4BRMA 4BRFA 2GWJA 1XUPO 3HZ6A 3A5NC 5AQLA 4BRHA 3LM9A 1ATNA 3L6QA 1RDWX 4K25A 2V51B 1OKJA 2P9NB 3WXLA 4BGBA 3CQYA 2BTFA 1QZ5A 3BF1A 1NGGA 4H0TB 2D0OA 3SMSA 2HF4A 4LC9B 5AQVA 3JS6A 5F1XA 1NLVA 3EO3A 5TKYA 3WXIA 3ZEUA 3VERA 2Q2RA 4BRCA 3AAQA 1BDGA 3U4LA 1GLBG 4RCHA 3D2EB 5BREA 2GWKA 3MMVA 1K8KA 4IJAA 4FWLA 2E8AA 1YVNA 1NM1A 1HJOA 3VEXA 3CETA 4YDUA 3HBTA 2HMPA 3J8AA 2NLXA 3D2FA 2P9PB 3LDLA 3D2FB 3L0QA 4FPBA 3QMLA 3AY9A 3A5LC 5JMVA 3A0IX 4FSVA 5BN8A 2DPNA 2P9SA 2CH6A 4CBUA 3O08A 4H0XB 3WXKA 1S22A 3CJ1A 2FF6A 4WQ4C 1JCGA 3DXMB 3ZX3A 3FZLA 4HTLA 1U6ZA 4QS8A 3I33A 4XH5A 4H03B 2FSNA 3SJHA 3IFRA 3B8AX 5FPNA 1QZ6A 5ELZA 1QQMA 3WQUA 2D4WA 4YDUC 2P9NA 5LJWA 4CZKA 1TYQA 3KZBA 1HKBA 4QS7A 3VEVA 4BC5A 2UYTA 1NMDA 5AQRA 4IXCA 3M6GA 3VENA 5EOYA 1JCEA 1WOQA 2WUSA 4E1JA 3H1QA 3VEYA 1NGCA 3IMXA 4M7XA 1ESVA 1NGJA 3BF3A 5BRHA 3LDQA 2P9IB 2FLOA 4BRQA 3RSEB 3IDHA 2KHOA 2FXUA 5AQIA 1NBWA 2A6AA 4FPAA 3UKUA 1MWMA 2Q97A 3QICA 1SZ2A 3GE1A 3U9ZA 2P9PA 1QQNA 1H1VA 4BR2A 4DB3A 4PKIA 3H45C 3FZMA 2E1YA 1ZBSA 5BN9A 4GY2B 5AQTA 5AQYA 5FPDA 2W41A 1XC3A 4MO5A 1NWKA 2PBDA 1IG8A 3FLCO 1IJJA 3JXUA 3WXJA 5BPMA 3W0LA 1BOTO 2P9KB 2QWLA 2AA4A 4JN4A 3HI0A 2GEMA 4CZJA 3LDNA 5AQQA 3O5BA 2F9WA 4MLHA 2ITMA 4BRAA 1G99A 4O8KA 1NGBA 4KBOA 2QWMA 2V7YA 1Y64A 2P9UB 4H0PA 3O1BA 4H5TA 1ZXOA 4BRNA 2W40A 2CGJA 3ENOA 3ZX2A 1GLDG 2YJFA 3VETA 2D1KA 5ADXA 3UKRA 1Q18A 1X3NA 1D4XA 3ZEUB 1R59O 4BR0A 4BR9A 4IZ9A 1BWFO 1BU6O 3CJCA 4JD2A 4WQ5A 4BC4A 5AQGA 5BRFA 2A42A 3ZX0A 2GELA 4BG8A 2CGLA 3AAPA 3D2EA 3GL1A 3MCPA 4BG9A 4F9OA 3GG4A 4C23A 3KHYA 1HKCA 1DEJA 4DHYA 3ENHA 4PL7A 3MN9A 4FWQA 3MK6A 3ATVA 1V4SA 1RFQA 4BRGA 1Z05A 3D7EO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NO7A 3RTVA 3AVIA 2GUPA 4QS9A 4HTUA 3NH0A 4JI8K 2DTUA 4CHPA 3DI6A 1BA1A 4CJKA 1WNSA 4CZMA 5C10A 4CEQA 3DXKA 3DLLL 4UQGA 2ASPA 4N41A 5KI6A 1VQ5N 2P9LA 1Q81O 2A3ZA 2P9KA 4DTNA 3TSUA 4KHUA 1U48A 5LMNK 5AQHA 1TK0A 5AQNA 3CPEA 5LL6Z 4LH4A 4X64K 4B9LA 1ZC6A 3ITHA 4CI6A 4B3OA 5BPNA 4JKHA 1L3TA 2Q3SA 5AQOA 5HRSA 4FK0A 4C1NI 1TKZA 1LV5A 4NCAA 3VPZA 2QWRA 1F21A 2E88A 3BGRA 2QEXN 1J54A 4GVEA 1UAXA 1MA9B 1CXQA 1EQYA 4FOIA 2VWBA 5CZ1A 3WNFA 1S6QA 4I6MA 3ZSRA 4DLEA 4DTXA 3QNOA 4AHSA 4CEZA 3SQ0A 3RVCA 3U9DA 4FWRA 3VQ4A 1XNRK 4FWNA 2YHXA 5GAGP 3V9WA 4JNEA 5AZJA 3CD6N 3G25A 4DR5K 2NRZA 1NOYA 3LDSA 4KTZA 1U2VB 4I2PA 3CC4N 2O8CA 3C6AA 3L3VA 1YUWA 4CJ4A 2ZGZA 1S1TA 2VQEK 5AQFA 3M5RA 4B1XB 2OTLN 1REVA 1FKOA 4PKGA 4CVNE 4DSIA 1K8KB 1YI2N 4NLCA 2W42A 5DM7L 2DFEA 2BE2A 3P39A 4JK9A 2ASOA 3SBGA 1QVFM 4KRFA 4J8FA 3M8QA 4DWIA 1SS6A 3FGUA 3PX0A 1LOTB 4BY9C 4DTRA 2XHBA 4FK2A 3T69A 3S41A 1RTDA 3CJAA 3ZSYA 4F3OA 3OYDA 3VF4A 1JXEA 3EKSA 3PUFA 3WUHA 3VA0A 3LM2A 3S3OA 4AHCA 5T7BA 5EVZA 1XQSC 5AQUA 1L3UA 4H4OA 4Z0UA 2E5LK 1S6PA 3C6HA 3F5TA 4KHWA 5HRRA 4HCBA 1RBRA 1A5XA 5AZIA 1GLJO 3VF2A 1X3MA 1S1VA 3L2UA 2Y1JA 4ZTJA 1T44A 2DFFA 1NJIO 4EFHA 4M7YA 3PO4A 4I9LA 4CK2A 4BC2A 3BP8A 4Z4HA 5J2MA 3SI6A 3SQ4A 5LJVA 4DF8A 4DTJA 1ATRA 4AH9A 3SJJA 2FSKA 3PSFA 1GLLO 4JD2B 3CQXA 5JS1A 5JLHA 3O3GA 2HHVA 4DR3K 3DLGA 5AR0A 4I9QA 2G8IA 3J7YP 4CHQA 5AJ3K 1EWQA 3KK1A 1KLMA 3L2QA 3THVA 2Z1GA 3O4NA 5CHIA 3UKUB 2ZWHA 3C6TA 2OZMA 3BUZB 4R5PA 4AHUA 2O4GA 1NJXA 3ULEB 4ID5A 3MX5A 3ULEA 2QWQA 4H5WA 1NMNA 5AQKA 4CHYA 3AO2A 3CFPA 3M1FA 1L3VA 1QHAA 3D0PA 3RMCA 4LFAK 4FM2A 3VEZA 3LANA 4JI0K 1J6ZA 3DAWA 3DXMA 3KLGA 3C65A 1ASVA 3C7NA 2AP1A 3AO1A 3TAMA 1KD1O 3ZT1A 3H6EA 4CD3A 2O8EA 1P8ZA 4CE9A 3PV8A 3IUCA 2BUPA 4FWSA 4MFBA 1W9HA 4YOUA 4EP4A 2B6AA 3DLEA 3SZ2A 2KFNA 3HL8A 3LL3A 3A2FA 3O80A 3THWA 3QDKA 1QQOA 4K0KK 4O0JA 2VYPA 4RW9A 2G8KA 1W7AA 1TUYA 4PKHA 4B9MA 3CCRN 2HNDA 1L3SA 4DTPA 2E2PA 4OKKA 1LCUA 4E1MA 4FO0A 5A2QO 4BQLA 3H1VX 3GBTA 2Q0UA 4DSKA 2DFHA 4ILGB 1NJYA 2A1SA 4X65K 1C0UA 3P83D 5KQDA 3CERA 5KGWA 3DXKB 1DGKN 4KFBA 3FR0A 4H5RA 3T1HK 1FJGK 3CFOA 1OH6A 1FK9A 2KKZA 1WSEA 1YIJN 4CBWA 4CGFA 3AV9A 3MEGA 4CESA 1YT3A 4AQYK 4GW6A 3TAPA 4FW1A 4BRFA 3VQAA 4PA1A 2HSTA 3LM9A 3L6QA 4K25A 2V51B 4KH4A 3LPTA 2BTFA 4DV2K 3V1OA 2UUCK 3O9SA 4OGCA 1BHLA 3OYKA 1WBBA 4B3TK 1IH7A 2Q2RA 4N56A 3MMVA 3SQ1A 3DRSA 3THXA 3TTCA 1ZBUA 2OTJN 4KHSA 2VG5A 4YY3K 3I55N 2OPPA 4OPAA 3K2PA 4DU4A 4LF5K 3TTDA 3OS1A 3PX4A 4FPBA 3A5LC 5JMVA 5SWMA 2DPNA 2RKIA 3HT3A 2CH6A 3AGKA 4CBUA 1QHTA 3T19A 3LP1A 4CK1A 3VQCA 3MAQA 3CFRA 2QA4N 1IKYA 3TARA 1I3AA 3CXCM 3SYZA 3SUOA 3CC2N 4W5OA 4L8RB 4KB1A 2FF6A 1JCGA 2VG6A 1UOCA 3ZX3A 1NK9A 5GAEP 1OH7A 1WSGA 3I33A 3M8SA 3SAGA 1TV6A 1NKCA 4YDUC 3CF5L 4BE2A 5KRSA 3PO5A 1TYQA 4KI6A 1J53A 3TANA 1RBUA 4EZ9A 1WSIA 3ZYYX 2YKMA 1HNIA 3BY5A 5HLFA 2OYQA 2FBYA 1T3VA 4K8XA 2HHSA 1JCEA 2HHQA 4IOXA 4KI4A 3IMXA 3BF3A 3OBYA 5BRHA 2HNYA 2P9IB 1Q86O 4NCGA 1W2BM 4PUOA 1RT2A 3E9OA 2A6AA 4AHRA 3TAFA 2Q97A 3QICA 3GE1A 3U9ZA 2P9PA 4CGJA 3QEWA 4MDBA 4WFAL 3H45C 3FZMA 5BN9A 3NGYA 1LWFA 3OYNA 3VA3A 4YOTA 1XC3A 1HPZA 1YVUA 2YNHA 2PBDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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