3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
4Z4EA 3SQ1A 3HO1A 3L3UA 3ITHA 3VQ5A 3IRXA 4Z4FA 5I3UA 1DTTA 4FM1A 2OA8A 4H8KA 3M8QA 1UAXA 3HJFA 5SWMA 3DRSA 3KLFA 4DFPA 1NK6A 1TK5A 1N5YA 2Z1JA 3L3VA 1JXEA 3O3FA 4DTNA 4HCCA 1SL2A 3NF6A 3PX4A 4NYFA 4CK1A 1HYVA 1YT3A 3ZSXA 5KRSA 3K5MA 1SKSA 3TAFA 4BWMA 4FK4A 3OS0A 4KHUA 1WAFA 2X6NA 1TAUA 2ZE2A 1RTHA 3OYNA 3KLHA 1HYSA 2XO7A 3HK2A 1SL0A 3NF9A 4QOZB 3T3FA 4FM0A 3DOKA 2DFFA 3JSMA 3OJSA 3QEPA 4KPYA 2HHQA 3AA5X 2BGGA 2P5OA 3K5LA 3AVMA 4DU3A 3KLGA 4NCBA 1RBSA 3AO5A 3D0PA 4BACA 4IDKA 1LV5A 4FJMA 1J54A 1W9HA 2G8HA 4CHZA 4GMJB 2YV0X 2HB5A 2Z1IA 4E7JA 1RBRA 3V1RA 1VRTA 1C6VA 4E89A 1X9SA 1C1AA 1G15A 4CGIA 1QE1A 4CJLA 1RT4A 1CZ9A 4Y1DA 3SPYA 4MQ3A 1BCMA 4CEZA 3LZIA 4OLAA 2YHAA 1NOYA 2ZD1A 3TAEA 1D5AA 4Y1CA 1SL1A 3NHGA 3V6DA 1S9GA 1FKPA 1IKYA 1KVAA 1NJWA 1X9WA 2FBYA 2EX3A 4LY7A 2HHTA 3P83D 3NE6A 3QO9A 3MXIA 4KTZA 1TV6A 3VA3A 1S1TA 3HXMA 1IH7A 1XWLA 4CFBA 4FLYA 3O3HA 3TABA 3TR8A 1C1CA 3BGRA 4E19A 4CJ3A 3AVJA 1QHTA 1IG9A 4B9UA 1VSHA 4RG8A 4CF0A 1T03A 4WE1A 1U4BA 1VSEA 5CYMA 4KB0A 4CHYA 3A2FA 3CM6A 4FK2A 4KI4A 5D3GA 3NF8A 4CFDA 1QSLA 4F4KA 4CJPA 2HVIA 2NUBA 3FFIA 4CERA 4CJEA 4M42A 3LAMA 2E4LA 4CF1A 2P1JA 3V9SA 4XIUA 3VQBA 1RT7A 2QKBA 4M3YA 3TANA 1U47A 1LWCA 2KTQA 4CHNA 1RT6A 3VQQA 2DFHA 4CGGA 4BE1A 3U3YA 4DSFA 1ASVA 3V1QA 1IKVA 3ZSOA 1BI4A 1KCFA 2YNFA 3G10A 4N5SA 4FJ9A 3KD5E 3I8DA 4CK3A 5C42A 5HROA 1UA0A 2OPQA 2PYJA 2FBVA 3WNHA 2HHVA 4FLZA 2D0BA 1SV5A 3OYLA 4OKJA 1JLAA 3D45A 1O1WA 1C0TA 1DLOA 2KQ2A 4EP4A 3QNNA 1NK4A 2G8FA 4BDYA 4C8OA 3HL8A 4E3SA 4JS5A 3HP6A 4DLGA 2B5JA 2YNGA 4BE2A 4ZTFA 4RW9A 1JLBA 1EETA 4CESA 4DMNA 5HRSA 3KJVA 4DSKA 3S3MA 1RTJA 1HNVA 4CJKA 4ELTA 3O4QA 3OS1A 4DWIA 2ETJA 1J9AA 1BQNA 3HPHA 4HHTA 4DTJA 2RF2A 3RR7A 4F2RA 1S1WA 5CY4A 1C0UA 4N47A 4OKEA 4EP5A 1HRHA 3QNOA 2Z1GA 3DLRA 1VSLA 4FLVA 4DS5A 3DLHA 4E0DA 4NCAA 3I0RA 2VWKA 1KVBA 4M45A 4CEDA 4W5QA 4ELVA 4IKFA 3AV9A 1GOBA 4N56A 4E1MA 4OGEA 5FRNA 4Q5VA 3NF7A 2YNHA 1ASWA 1VSKA 3OYEA 3K5NA 3PX6A 1NK9A 1IKWA 4DQQA 5FROA 3AVBA 3HVRA 4FJIA 2O4IA 3WNGA 2WOMA 4CF8A 3QEXA 3UIQA 1XI1A 3K2PA 4Z4GA 2YHBA 2G8KA 1KFSA 4B9VA 3VQ6A 4B9NA 2VG6A 1REVA 2JGUA 3AA2A 4G1QA 4LD0A 3NDKA 4FK0A 3VQDA 4CJWA 4FJGA 3LANA 3VQ7A 2KZMA 1S1VA 4AHTA 4CF2A 2F8TA 4O55A 2HVHA 2LSNA 2XY6A 3AVAA 3F9KA 3DRRA 1HQUA 3MAQA 4CGJA 3ZSYA 1RDDA 3U6FA 1ZYQA 3CM5A 5JS1A 4FLTA 1TL3A 3ZT2A 3ISNC 1A5XA 4FZZA 1L5UA 2IS3A 4E1NA 4DQSA 5SZTA 1CXUA 4KHSA 1ITGA 1TK0A 2BE2A 4H4MA 3OY9A 2A1RA 1NKBA 1EX4A 1QSSA 4LH5A 3M8SA 1W0HA 3QEIA 3V81A 4MFBA 4FJNA 3BDPA 1KSPA 5HLFA 5KI6A 4DTUA 3LALA 2HHWA 4AHRA 4C8MA 4KHYA 2B4JA 4I9QA 2KZZA 5J2QA 1ZBIA 1Z25A 4AHVA 1UOCA 4DQPA 3DMJA 3NH1A 1S5JA 2OYQA 3TAGA 4O44A 1DTQA 1CZBA 1I3AA 3HSTB 2GV9A 4NCGA 3TAMA 4LSNA 5J2MA 3SUPA 1VSIA 4W5OA 2QK9A 5KGWA 1QSYA 1RILA 1VSJA 3DLEA 2FBXA 3AA3A 3QESA 4CCHA 2DY4A 3LP1A 3OS2A 4KI6A 1BGXT 3K57A 4DSLA 1B92A 1GOAA 4CEAA 4DSEA 3RRGA 4CJRA 4HCBA 4W5NA 4KRFA 1JL2A 4FJ5A 5KGXA 3ZT3A 3AVGA 2I5JA 4R5PA 4FM2A 3SCXA 3MXMA 3QEVA 4M3ZA 3CQ8A 1X1PA 4FJLA 4CECA 4FZYA 4FZXC 2XHBA 4O5BA 3O4NA 5DMRA 2G8WA 4PUOA 5JS2A 3OYGA 3PY8A 1HNIA 4CIEA 4J2BA 3L2VA 3P5JA 4PQUA 4Z4HA 2BANA 1TKDA 4FXDA 3EYZA 4Z4CA 1WSIA 3VQEA 4FW2A 4J2AA 2DTUA 3CFRA 3KK1A 2XY8A 5HRNA 1Q9YA 1GOCA 1JXBA 3SUNA 1NKEA 2BDPA 3RMAA 3DRPA 4AILC 3SYZA 3QETA 4AHUA 3PX0A 4KHWA 4L8RB 1L3VA 2Q3SA 3H08A 4RW8A 4CFAA 2OPSA 1B9FA 1RBVA 1WSGA 4OPKA 1KLNA 3L8BA 3AO2A 1KVCA 4DSIA 4PWDA 3HPGA 2B6AA 4KTQA 5K14A 1C0MA 2FBTA 3NBPA 3SUQA 1BI4B 4DQIA 1WLJA 3AVNA 3G0ZA 1WN7A 4JLHA 4M3RA 4HVJA 2XY5A 3AA4A 4JRPA 3LAKA 1RT3A 4I2PA 3T19A 3I0SA 3LZJA 1L3UA 4OPJA 4CJVA 1TVRA 3KKSA 3VQAA 3AVHA 3VA0A 3RMBA 4OKKA 4AH9A 4I7FA 3V9UA 3DLGA 4KO0A 1T05A 2PZSA 2HNYA 4KB1A 2HHXA 4J2DA 3HM9A 3B6PA 3EZ5A 4FCYA 4DFKA 4B9MA 2XY7A 2OPRA 1YTUA 3ZCMA 3SUOA 4I9LA 1WNSA 2ATQA 4M3TA 3AVIA 1WSEA 3OJUA 2HHSA 1BL3A 4CGFA 4KAZA 1WSHA 1TKTA 4YNQA 3EY1A 5HP1A 1LWFA 4AHCA 4KKOA 4DQRA 2E6MA 2YKNA 5HRPA 1RTIA 2HHUA 2WONA 4B9SA 1NJZA 4BDPA 4OGCA 1ASUA 4KTWA 1SUQA 2F96A 4B3OA 3HYFA 3SPZA 3S9HA 4J2EA 4FJ8A 3NGYA 3KLEA 4DLEA 5HBMA 3WNFA 4CHOA 4W5RA 3RMDA 3THVA 2E6LA 1YTAA 3KD1E 3MEGA 1FKOA 3AO4A 1LWEA 2EHGA 3S3OA 2GBZA 1A5WA 1RBUA 2HMIA 1EKEA 1S1XA 2VG5A 4YFUA 3L2QA 4KHNA 1BISA 2X78A 4H4OA 3CYMA 3OVNA 4M41A 4Z0UA 1XHZA 2FC0A 1T8EA 3SJJA 4FLWA 2X74A 3SV3A 1D8YA 3RTVA 1EP4A 4FW1A 3JYTA 1KRPA 1JLGA 4M3WA 4PY5A 3V4IA 4HTUA 4CJSA 3RR8A 1BQMA 3SQ0A 2A1SA 3HP9A 3C6TA 2RPIA 3V9ZA 1JL1A 2P51A 2G8UA 3QIOA 4PA1A 2QKKA 3SQ2A 4KREA 1HMVA 3V9WA 1WSFA 3RRHA 4GVMA 4ID1A 4RW6A 3PO4A 3ZT1A 1TKZA 4F2SA 4RW4A 3OYMA 1RNHA 3VQ4A 1NJXA 4JS4A 1ZBUA 3B6OA 2D0CA 3DI6A 3KIOA 3LP0A 4IBNA 4O0JA 1NK7A 2KFZA 1WSJA 3VQ8A 3OYCA 3LP3A 3L2WA 4FJJA 2IDOA 1RT1A 4CJQA 3OYHA 1RBTA 2D5RA 3ZSWA 3V9XA 1X9MA 3ALYA 2OPPA 3RMCA 3SI6A 4FYDA 1IO2A 4DTMA 2OZSA 3AVFA 2KW4A 5DK5A 3CFPA 2HW3A 5HRRA 3SNNA 1KFDA 4IFVA 1UWBA 3E01A 3C94A 4DU4A 5J2PA 4W5TA 4CEFA 4HUGA 4CE9A 1BIZA 3NCIA 3QLHA 5KTQA 1S6PA 3M8PA 4CEQA 1B9DA 1A5VA 2Y1JA 2PY5A 4N76A 4QCLA 4KHQA 3PUFA 1KTQA 2RKIA 3TARA 1ZBFA 1U48A 3OYBA 3TAPA 4CFCA 4KV8A 1QS4A 1TKXA 5C24A 2HNDA 2XRIA 4CEOA 4OVLA 3NAEA 1RT5A 3KK2A 1RT2A 3PV8A 1Q9XA 1L3TA 1JLEA 3AO1A 3L2UA 4BDZA 1TAQA 1HJRA 4LH4A 4ELUA 1HQEA 4DF8A 1JLQA 3TI0A 3LPTA 1WAJA 4LSLA 4CJTA 4IFYA 1JKHA 1VSFA 5CYQA 4FJXA 2DFEA 1LAWA 4BE0A 2VG7A 4FVMA 3P1GA 2HNZA 4ID5A 3OYAA 1N6QA 5FRMA 3HPOA 2KFNA 3IAYA 4ICLA 4DFJA 1VK0A 1QTMA 1TGOA 4FLUA 1FXXA 1Y97A 3VN5A 1XC9A 1Z26A 3LWLA 4DTSA 1D9FA 1FK9A 4DTPA 4QAGA 2YNIA 1ZBLA 1J5OA 4CEEA 4KFBA 5CZ1A 2P5GA 4FJ7A 3TAQA 3K59A 2PYLA 1SKRA 3ZSVA 3RWUA 3K58A 4B8AB 4F3OA 4FLXA 4C8LA 1XHXA 3LDSA 3KLIA 2OZMA 4O0IA 4DS4A 3TWHA 1NJYA 5J2NA 4CJ5A 2YKMA 4IG3A 1LW0A 3OYDA 4RW7A 1ZBHA 3C6UA 3KK3A 1HPZA 2O4GA 3ASMA 3CG7A 3T1AA 3VQ9A 1NOZA 3VQPA 4CGHA 3U3GA 3SV4A 4E7KA 1QQCA 2IAJA 3AVCA 4CJFA 4ZTJA 4EZ9A 4B9LA 4ZHRA 4DG1A 2R7YA 2IGIA 4CF9A 1NK5A 4BWJA 1LW2A 1JLFA 4N41A 4E7HA 2AJQA 3M8RA 1UA1A 4CEBA 3ZT4A 5T7BA 1BHLA 1KLMA 3V1OA 2Z1HA 3NH2A 3IG1A 3AO3A 3MEDA 4CIGA 2IC3A 4DF4A 2G8VA 4K8XA 1SKWA 1NK8A 5CZ2A 4M3XA 4B08A 3LWMA 3ZSZA 3HT3A 4M3UA 1CXQA 4GW6A 4FJKA 1BCOA 4AHSA 3KKRA 3MXJA 4C8KA 3OYFA 1RCHA 1NK0A 3CFOA 4UQGA 4NYNA 1Q8IA 2GUIA 4O4GA 2G8IA 4IG0A 3QERA 2F8SA 2ITGA 1C1BA 3DM2A 4CK2A 3WNEA 3AVLA 2W42A 1S6QA 5KRTA 3F73A 4HUFA 3ULDA 3NGZA 1S9EA 1NKCA 4K8ZA 2Y1IA 1J53A 3LP2A 4CHPA 4C8NA 4B8CA 4HUEA 4DTRA 5I42A 4EZ6A 1T7PA 1RDAA 3LPUA 4F3TA 3ZT0A 3OYIA 3OYKA 3AVKA 1JLCA 3IS9A 3NFAA 3ZSRA 4CHQA 3SQ4A 3C95A 4DTOA 1MU2A 3VQCA 2VWJA 3SZ2A 2X6SA 4OLBA 4F8RA 3PO5A 4E7IA 2QXFA 1LAVA 1TL1A 1S1UA 1TK8A 1BIUA 3DLBA 3DYAA 3QEWA 4CIFA 3NH0A 1D9DA 2JLEA 3K5OA 4DFMA 1HYZA 4DU1A 5EU7A 3ZSQA 4CJ4A 1VSMA 5C25A 1RDCA 3O3GA 1U45A 4DSJA 1EXQA 3NGIA 1L3SA 5FDLA 3MECA 4CGDA 4Z4IA 2D0AA 1I39A 4TSXA 3HVTA 4CJUA 1VSDA 3DLKA 1R0AA 3KTQA 3S3NA 1CLQA 1VRUA 1K6YA 4E7LA 4Q0BA 4DTXA 4I2QA 5E41A 2ZQBA 3QINA 1RDBA 1YVUA 3QIPA 3DOLA 4OJRA 3OYJA 4JRQA 3MEEA 1RTDA 2RN2A 3L2RA 4B9TA 1U04A 4FJHA 2IOCA 1U49A 1F21A 5J1EA 1IKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HO1A 3VQ5A 3ITHA 4A61A 3CCJN 2ASOA 5AFUA 1Y64A 3HJFA 2OTLN 4M63C 1NK6A 4DFPA 2VYPA 2Z1JA 1SL2A 3NF6A 4CK1A 1HYVA 3THXA 3BEXA 3K5MA 3K9JA 4FK4A 5LL6Z 4KHUA 1WAFA 1HYSA 3NVKA 3LM2A 2XO7A 3ZX2A 3HK2A 1SL0A 2QWPA 3QEPA 4NB4A 2H3GX 1HX1A 4CBXA 2P5OA 4XH4A 3AO5A 1ESVA 1QQNA 3WT0A 1J54A 2G8HA 4CHZA 4U67L 1RBRA 5BR9A 3ID6A 1X9SA 1QE1A 3CCQN 3D2FA 2V52B 3SPYA 4O8KA 4CEZA 2NRTA 2YHAA 1NOYA 1HLUA 4CZHA 1IBLK 4BRKA 1S9GA 4WYBA 2FBYA 2NNWA 4WF9L 4BR7A 4NLCA 1XWLA 2QA4N 4LF5K 4CJ3A 4GNIA 5AQYA 1IG9A 3LDOA 5CYMA 4CHYA 3P4IA 1FJGK 2ZJRL 4FK2A 3NF8A 3HM8A 4CZGA 1M90O 2NUBA 3FFIA 4CERA 4CJEA 3LAMA 4DR6K 4XIUA 3VQBA 3CQYA 4K41A 3A5MC 5M1QA 1YUWA 1IKVA 3IUCA 5LJVA 4N5SA 3I8DA 5KPRA 4QS9A 2D0OA 2OPQA 1YJNN 2D0BA 5C10A 1SV5A 3D45A 1O1WA 1C0TA 2HHVA 3EE9A 4C8OA 4M7XA 2O8BA 3HL8A 2V7YA 3MDQA 4ZTFA 3S3MA 1RTJA 3VETA 2ETJA 4GY2B 3A0IX 3ZX3A 3R3LA 1C0FA 3W3DA 4F2RA 4N47A 1HRHA 2CGJA 2Z1GA 5AQZA 4DS5A 3WQUA 4M45A 4BY9C 5AQGA 1WB9A 2HBMA 1GOBA 4N56A 4H0VB 2YI1A 1NK9A 4B1XB 1IKWA 2JWKA 3K0SA 2BTFA 3I56N 4O8UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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