3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
1F21A 1JLCA 3OYKA 1NJWA 1KLMA 3MXIA 1WSFA 3AVNA 2G8WA 4FK0A 2F8SA 4B9NA 2QK9A 3QEWA 4FLWA 1BQNA 4DS4A 1HQUA 3DOKA 3L2WA 3NF9A 4CECA 4W5TA 4BWJA 3LAMA 4DF8A 1JL2A 3LP2A 4LY7A 4KI4A 4C8MA 1MU2A 3EYZA 1NOYA 4NCGA 4BE0A 3QEPA 4E0DA 5C42A 3OYIA 4CGGA 2HNYA 4AHTA 3I8DA 1YT3A 4CHYA 1VRUA 4NCAA 4E7IA 4E89A 3QO9A 1RILA 2FBYA 2A1SA 4YNQA 1LWEA 2IGIA 2Z1GA 3QIOA 4PQUA 1GOBA 1WN7A 3AVGA 4O5BA 1S6QA 3TWHA 4OVLA 3NFAA 1KSPA 4BDYA 4FCYA 1KFDA 2XRIA 2XY5A 1BISA 3S9HA 1FKOA 1ASVA 3OYCA 5FDLA 1TKZA 1UOCA 1X9WA 4KAZA 4NYFA 3AO2A 4RW9A 2RF2A 3H08A 4DLGA 1L3UA 2ATQA 4M3RA 3DRPA 2HHSA 1JLGA 4CIEA 5SZTA 3T19A 1L3VA 2KFZA 4B8AB 4F3TA 5C24A 2Z1JA 1CXUA 4DTNA 1IG9A 3IRXA 1RBSA 4CJWA 4FLZA 3ZSZA 5J2PA 5KRSA 3SV3A 3V9SA 4DSEA 1D9DA 2OZSA 1T7PA 2R7YA 4ZHRA 2P1JA 4J2EA 5D3GA 3JSMA 2EX3A 4HTUA 1HNIA 2HNZA 1X1PA 4IDKA 4FJJA 1S1WA 1QS4A 1QQCA 3OYFA 2Y1JA 1TKTA 2P5GA 3V1RA 4FW2A 4DQPA 3SQ0A 3SNNA 5DK5A 2ETJA 3DLEA 3QLHA 3QNNA 5K14A 2XHBA 3DLRA 4E7HA 3VQ6A 4ZTFA 1BGXT 1N5YA 3OVNA 3D0PA 1VSEA 2ITGA 2OPRA 1VK0A 3ZSRA 4CF2A 4FJGA 2VWJA 2B4JA 3AVLA 2X6SA 4ID1A 1CLQA 4DQIA 4KTQA 3M8QA 4N76A 4ICLA 4OLAA 2GBZA 1C6VA 3G0ZA 2YKMA 4EP5A 5HRSA 4FJKA 4KTZA 1C1BA 1NK6A 1SV5A 3SUOA 3V1OA 3AA3A 4CEAA 3OYHA 4FVMA 4WE1A 4H8KA 4AHUA 2AJQA 5CY4A 3KLFA 3DOLA 1RDDA 3L3UA 1U49A 2Y1IA 3L3VA 5HP1A 4RW4A 3UIQA 3V1QA 4M3ZA 4XIUA 2HW3A 4DQRA 3NHGA 1QSLA 3HPOA 3PO4A 4B9LA 2VG5A 3K59A 1U04A 1C1CA 1O1WA 3CQ8A 1Q9XA 4I2QA 3QETA 3LAKA 1REVA 3VQ5A 3U3YA 1N6QA 1FK9A 2DFFA 3O4NA 1WSIA 1JLFA 3V9WA 3B6OA 1DTTA 3AVKA 4FM1A 4DSIA 3VA3A 1SL1A 5JS1A 3AA4A 2KTQA 1NK4A 5FRNA 3ZSXA 3QNOA 3AVIA 5FRMA 1ZBIA 1BI4B 4BDZA 4J2BA 4OLBA 4M3YA 3NGIA 5C25A 3SYZA 4EP4A 3ALYA 3O3FA 5J2NA 2Z1IA 4FZZA 3OYEA 1LWCA 2F96A 4FJ7A 3LPUA 1JLQA 1KTQA 3KLIA 3SI6A 1Z25A 3IAYA 2VWKA 2E6MA 1K6YA 4LSNA 3V6DA 3E01A 1B9FA 1J53A 1XI1A 1RTDA 5HROA 2X6NA 4LSLA 3HK2A 3O4QA 1LAWA 3AO1A 1KLNA 1S9EA 4RG8A 1JLEA 2G8IA 2LSNA 3SUPA 1NK8A 3MEGA 4C8NA 1QHTA 3PV8A 4DSFA 1CZ9A 3OYBA 3S3NA 1RCHA 3OS1A 3TAEA 2XO7A 1JLAA 2HB5A 4LH4A 5E41A 4DFKA 1Q8IA 2D0AA 4GW6A 4I7FA 4DLEA 1JXEA 4I2PA 4DF4A 3OYDA 1JXBA 3KD1E 3RWUA 1WSJA 3HT3A 4CCHA 4DTSA 3DM2A 4DG1A 3PO5A 4H4MA 4M3UA 2RN2A 3VQ8A 3RMAA 1SKSA 3HVTA 3HPHA 3IG1A 1GOAA 3NCIA 4CF8A 3BGRA 4EZ6A 2Z1HA 2W42A 1RT7A 1NKEA 4FLVA 3RMCA 3SQ1A 2VG7A 1BL3A 2IDOA 3JYTA 4B08A 3HM9A 2Q3SA 3A2FA 1VSLA 1T05A 3DYAA 1ZYQA 4CEOA 2FBTA 3V9ZA 4DTJA 3RR8A 5T7BA 1W9HA 1VSJA 3K5OA 3EY1A 4OPKA 4AH9A 1TL3A 4B8CA 4CERA 3NH2A 3DMJA 4FLUA 4FJ8A 1HQEA 4KHSA 2RPIA 4KRFA 3KLEA 3LDSA 4J2DA 1TAQA 3L2UA 1RBUA 3MEEA 2D5RA 2E6LA 4Z4HA 1RT1A 4N47A 4CEZA 3SV4A 1DLOA 4Z4EA 2DFHA 3KKRA 4I9LA 4CGHA 4N56A 4DSKA 1JLBA 4IBNA 3DRSA 1WAFA 1UAXA 2BE2A 1RTHA 2WOMA 2BANA 4PWDA 2E4LA 1HPZA 4CK3A 5EU7A 3ZT1A 2XY8A 1ZBFA 4PA1A 4CJ4A 4JRQA 2QKKA 1BQMA 4JLHA 2PY5A 1YTUA 3KD5E 4B9SA 1NK0A 1VSIA 5I3UA 3FFIA 3ZSOA 1YVUA 3ZT0A 3LWLA 3ZSYA 4DTRA 3RRHA 3ZSWA 3CG7A 4CJTA 1IO2A 1RDAA 4CGFA 3CFRA 4E7LA 1QSSA 1IKXA 2GV9A 1EXQA 4CGDA 5J1EA 1NKCA 1TGOA 4CE9A 2IAJA 4AHRA 4AHVA 4LH5A 5FROA 4HHTA 4FJHA 4FK4A 2G8FA 4M3WA 1G15A 4CIGA 1D5AA 4ELVA 2G8HA 4Z4IA 3AO5A 4FJLA 4CEFA 3K57A 1QE1A 3OYJA 3C6UA 3LP1A 1TV6A 3LALA 3HO1A 4DSLA 5HBMA 2GUIA 3QINA 2OYQA 3TAFA 3M8SA 3F73A 1A5WA 1WAJA 4E19A 3L2VA 2ZE2A 5KGWA 3VA0A 3KIOA 3DI6A 4FJXA 2DTUA 4Y1CA 4C8LA 4GVMA 1EKEA 1S9GA 3KLHA 2P51A 3AA2A 2A1RA 4TSXA 2F8TA 2FBXA 1BCOA 4O4GA 4I9QA 5I42A 3U3GA 1RDBA 4KFBA 4CHNA 1I39A 3HVRA 1ZBHA 1HMVA 1WSEA 4DFJA 4OJRA 4W5OA 3QEXA 1LV5A 4CJRA 4FM0A 3SUNA 1NK9A 4FJ9A 3AVFA 3ZSQA 4PUOA 1HYSA 3SQ4A 3SUQA 3HPGA 1S1UA 4DU4A 2IC3A 1S6PA 2O4IA 3EZ5A 4KB0A 4H4OA 1DTQA 2HHTA 1RT2A 3MAQA 4F2RA 1GOCA 4BE1A 4GMJB 4N5SA 1TAUA 1RDCA 1C1AA 5CYQA 3VQDA 4OGEA 4CIFA 1EETA 4CJKA 4CJ3A 5KTQA 3OS2A 4Z4FA 2WONA 1U4BA 4KHWA 3ISNC 3LP3A 3L2RA 3O3HA 3OYGA 2X78A 1ZBLA 4FK2A 3AV9A 3VQ7A 4HUEA 3P83D 3PX6A 4Q0BA 1SL0A 5KGXA 4FJMA 3PUFA 4CEEA 2OPQA 3VQEA 3TABA 4O0JA 4AHCA 3QIPA 4L8RB 1BIUA 2KQ2A 1VRTA 3O3GA 1U47A 4B9UA 4LD0A 4E1NA 4BDPA 3NE6A 3KLGA 1NJYA 3HP6A 2HNDA 4DU1A 3S3MA 3C95A 3AVHA 4FLYA 3I0RA 4NCBA 1RBRA 5KI6A 1FXXA 1RT4A 2ZQBA 5CZ2A 1KFSA 4R5PA 5KRTA 3P5JA 1LAVA 2X74A 4QAGA 4DFPA 3L8BA 4IKFA 3NBPA 2D0CA 3WNEA 2HHXA 1J9AA 1ITGA 5DMRA 3OJUA 1X9SA 4ELTA 3QEIA 3OYAA 4CGJA 1VSFA 4OKKA 4B3OA 3VQ4A 3TAQA 4F2SA 3AVJA 1NJZA 3V9UA 1IKWA 2YNHA 2HMIA 3PX4A 3NF7A 4KKOA 1J5OA 3LANA 4G1QA 4O55A 4M45A 4KTWA 4MFBA 4Q5VA 3CFPA 1A5XA 3HSTB 1RNHA 1C0TA 4CFAA 1FKPA 2I5JA 3HL8A 3HP9A 3TI0A 4ID5A 4IFVA 4CK2A 4UQGA 2D0BA 4FLXA 4DTOA 4KPYA 3AVCA 2YNGA 3F9KA 4CJLA 4KHUA 1VSKA 2YV0X 4CHQA 3K5MA 4M3TA 3ITHA 3K5LA 4JS4A 4FXDA 3I0SA 2HHWA 2QKBA 4CJPA 2OA8A 4BACA 3OS0A 3ZSVA 2HHQA 4KO0A 2HHUA 4CESA 1T03A 1KVAA 2YNIA 3MXMA 4CJ5A 4KB1A 1NOZA 1HYZA 3AO4A 4DWIA 1YTAA 1UWBA 1EP4A 3SZ2A 3KK2A 3NF8A 1NK7A 3AVAA 4FJ5A 1S5JA 1S1TA 3VQAA 3TARA 4J2AA 4PY5A 3AVBA 3CM5A 1TKXA 2PZSA 4IG0A 3CYMA 4CJQA 2RKIA 3CM6A 4AHSA 4CFDA 2YHBA 1HRHA 2VG6A 3KK1A 3TAPA 4HUGA 3SCXA 4E7KA 3MECA 3HJFA 3OY9A 2JLEA 3TAMA 4DFMA 4FW1A 3KTQA 4W5NA 2KZMA 4DMNA 1RBTA 4B9MA 1CZBA 3SPZA 1VSHA 3NF6A 1CXQA 4F4KA 3RRGA 4NYNA 5HLFA 3ZCMA 4E7JA 2HVHA 4K8ZA 1HJRA 4DQSA 4RW6A 3OJSA 1SUQA 3T1AA 1TKDA 2JGUA 3KKSA 4DTXA 4E3SA 1ASUA 1XHXA 4HCBA 4KI6A 4Y1DA 3K5NA 3QEVA 1TK8A 4O0IA 3DLHA 1LWFA 4FZXC 2OPPA 4DTMA 3ZT2A 1KRPA 3MXJA 3M8RA 4HUFA 2OZMA 1RT3A 4QCLA 4DS5A 3SJJA 3VQQA 2PYJA 4F8RA 5CYMA 2G8KA 1RTIA 2YHAA 3IS9A 1HYVA 3RR7A 4ZTJA 1BIZA 1QTMA 3HYFA 1D8YA 4FJNA 1B92A 2B6AA 3LPTA 1NJXA 4RW7A 2XY7A 4BWMA 3HXMA 3RTVA 3DLKA 1SL2A 5CZ1A 1KVCA 1KVBA 3QERA 2OPSA 2KW4A 4C8OA 2HVIA 2BDPA 3VQBA 4CJVA 4KREA 3S3OA 1R0AA 1U45A 1QSYA 3KK3A 3LZJA 4ELUA 5J2MA 3TR8A 4CFCA 4EZ9A 3BDPA 2KFNA 3NAEA 2XY6A 1B9DA 1WSHA 1VSDA 2O4GA 3CFOA 3C94A 3PY8A 3RMBA 3V4IA 1TK0A 4M42A 2G8VA 2FBVA 1WLJA 4O44A 3DLBA 4CJFA 4OKEA 3WNFA 1UA1A 4KV8A 4CF9A 3KJVA 4KHNA 4DTUA 4CEDA 4M41A 4Z4CA 1TK5A 3VN5A 3AO3A 1T8EA 2G8UA 3LP0A 4FJIA 1L5UA 3DRRA 4FYDA 4CHOA 1ZBUA 4HCCA 4DSJA 1KCFA 1UA0A 3TANA 3THVA 4K8XA 2KZZA 4QOZB 4IFYA 1RTJA 3K2PA 4CJSA 4CHPA 4E1MA 4C8KA 1RT5A 4JS5A 5HRPA 3LZIA 3NGYA 4FM2A 3AA5X 3DLGA 3PX0A 5J2QA 1X9MA 1XHZA 4N41A 4W5QA 4HVJA 4BE2A 3TAGA 1W0HA 3ZT3A 4CEBA 4CK1A 3V9XA 3D45A 3QESA 4MQ3A 2B5JA 4CF1A 3U6FA 5HRRA 3SPYA 4Z0UA 1C0UA 3RMDA 2DFEA 2YNFA 4CGIA 1RBVA 2HHVA 1SKRA 1ASWA 1C0MA 2DY4A 4OGCA 4FZYA 4B9VA 3LWMA 1IKVA 4B9TA 2IS3A 2P5OA 1Y97A 1A5VA 1HNVA 4RW8A 3AVMA 1IH7A 2PYLA 4CEQA 1D9FA 4DU3A 4AILC 1NKBA 1WSGA 1RT6A 1J54A 4DQQA 3G10A 4W5RA 3B6PA 3WNGA 4JRPA 3VQCA 3OYMA 3C6TA 3NDKA 3M8PA 2EHGA 5HRNA 4KHYA 3VQPA 1S1VA 1WNSA 4CFBA 4DTPA 1LW0A 2ZD1A 2YKNA 3V81A 1I3AA 3OYLA 1IKYA 1BHLA 1TL1A 3ZT4A 4YFUA 3NH0A 3P1GA 1EX4A 4IG3A 4CF0A 3NGZA 1Z26A 1U48A 4F3OA 3ULDA 3NH1A 4OPJA 3ASMA 1JKHA 3L2QA 1XWLA 2FC0A 4CJEA 1VSMA 5JS2A 2NUBA 1Q9YA 3MEDA 5SWMA 1BI4A 1LW2A 1S1XA 1BCMA 4CHZA 1L3TA 4M3XA 3OYNA 1SKWA 1XC9A 1L3SA 3VQ9A 4KHQA 3T3FA 3SQ2A 3K58A 2IOCA 2QXFA 2BGGA 3WNHA 4FLTA 1NK5A 4OKJA 4CJUA 1JL1A 4Z4GA 1TVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VESA 4IZ9A 1F21A 2YHYA 4CI6A 2A5XA 1WSFA 3AVNA 2WBNA 3E9LA 2QK9A 3DOKA 3L2WA 3KK7A 4W5TA 3LAMA 1GLAG 5IT9O 5ADXA 4KI4A 4YOUA 2V7ZA 4JI4K 1NOYA 2Q2RA 2E5LK 2HBJA 2HNYA 1ATRA 3THXB 1VRUA 1VQ5N 4H5VA 3QO9A 1RILA 1MWMA 3D2EA 2IGIA 3SBGA 4BR4A 3DXKB 3AVGA 4O5BA 1NGAA 3NFAA 2UUAK 4BRMA 3CCUN 4X64K 4NYFA 3F2KA 4DLGA 5AQYA 3DRPA 4R79A 1XQSC 2BTFA 5JLFA 3M3ZA 1K73O 2E8AA 1IG9A 4LF8K 3IRXA 3A5MC 4FLZA 5KRSA 3FFKB 2R7YA 4J2EA 2P1JA 3CCSN 2NZTA 4H0YB 4IDKA 3CCJN 1S1WA 2P5GA 3VEZA 4IWVA 4DQPA 3J7AP 3SQ0A 3ULEB 5DK5A 4E7HA 4ZTFA 1BGXT 3OVNA 2FSJA 3D0PA 2UYTA 3CCRN 1VSEA 2OPRA 5AQZA 1VK0A 4FJGA 4DV0K 2IVPA 3MN5A 1CLQA 4KTQA 3BZKA 4OLAA 5AQKA 1C6VA 5AQQA 2YKMA 1SV5A 3V1OA 3AA3A 4CEAA 3OYHA 1JCFA 3DOLA 3L3UA 3L3VA 5HP1A 2HW3A 3UKUA 4M3ZA 3BF3A 4XIUA 4DQRA 1QSLA 4B9LA 1ESVA 2VG5A 5C15A 4JKFA 1HR0K 2I7NA 3RVCA 5EX5A 5F0XA 3H6EA 1FK9A 3MN9A 5HL7L 3B6OA 1DTTA 1SL1A 5JS1A 1NK4A 5FRNA 1GLDG 4J2BA 5C25A 2H3GX 1LWCA 1EQYA 3TTCA 1K6YA 1KC8O 3SAHA 3E01A 1RTDA 2UXDK 4LSLA 3O4QA 3ENHA 3O6WA 1RCHA 5AZJA 4JEPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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