3AVBA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avbA00
3QETA 3QIOA 1KLMA 1S1WA 4CGHA 1HJRA 4OPKA 4C8KA 1J53A 4FJ8A 4CGFA 4OVLA 1IH7A 2YKNA 4H4MA 4CHOA 1HQEA 4EZ9A 1VSFA 3QLHA 2YHBA 3TR8A 4CFAA 1C1AA 3LPTA 3KJVA 2PYJA 4ZHRA 2DY4A 4N41A 2JLEA 2OZMA 5D3GA 4JRQA 1JKHA 2OYQA 5HRNA 1RBUA 1YTAA 1RT6A 3OJSA 4E19A 1NJWA 1VK0A 2BANA 1LV5A 3K5NA 4KHUA 4E1MA 4H8KA 3TAFA 3V1OA 1XC9A 4QCLA 3MECA 3ZSYA 4M3YA 2XY5A 3ZSOA 3SQ0A 2KZZA 3SPYA 4IBNA 2GBZA 2VG5A 2QKBA 1HRHA 3L2WA 4KTWA 1W9HA 3ZT3A 3MEGA 1NK4A 1RT7A 3B6PA 4B9SA 1U45A 4ID1A 4W5RA 1TK5A 3K5LA 3NF9A 4DF4A 1YVUA 4DSLA 1UOCA 1BCMA 3G0ZA 1TAQA 2JGUA 3SUOA 4J2EA 4BDPA 4DSFA 4OLBA 3D45A 5KRSA 4RW4A 2B4JA 4HHTA 3PV8A 2XY8A 5J2MA 3I0RA 5CYMA 3VQ6A 2RKIA 4BDZA 4PUOA 1Y97A 3NBPA 4B8AB 1RT3A 4CHQA 2HHQA 4FCYA 4FK0A 4ELTA 2G8WA 2DFFA 1I3AA 1JXBA 4BE2A 5KRTA 1SL2A 3C95A 3AO1A 3DRRA 4CFDA 3NDKA 1RBVA 4CJKA 4F2RA 4QAGA 3V9WA 2KZMA 1ASUA 4KB0A 4E7IA 2F8SA 2HNZA 4NYNA 4DLEA 3QERA 1WAJA 3NF7A 1LWEA 4CGIA 3K58A 4N76A 1HNVA 4BACA 4FLYA 1TL3A 2KTQA 1W0HA 4HVJA 3HPOA 1S6PA 3CM6A 5C42A 1ASVA 1GOAA 4KB1A 1JL1A 3CQ8A 5DMRA 2ZD1A 1EKEA 1TKXA 4AHSA 3OYMA 4DFJA 3O4NA 4LD0A 4DMNA 1WSJA 2FBXA 1EX4A 3HSTB 5K14A 1C1BA 3ZCMA 5J2NA 1RT5A 4CECA 3LDSA 1X1PA 4LSNA 1HPZA 3AVHA 4XIUA 3VQ4A 3O3HA 1NK8A 4CEOA 1RBTA 3SQ4A 4Q5VA 2HVIA 3ZSQA 4OJRA 4RW9A 1F21A 3KKSA 1GOCA 1I39A 4DTXA 3ZT0A 3KLGA 4BDYA 4Z4CA 3NGZA 1IO2A 1LW2A 4JLHA 4JS5A 3TWHA 3SUPA 4RW7A 3S9HA 2XY6A 1J54A 1A5XA 1SKRA 2Z1HA 2HHWA 3NGYA 4CEBA 4F3TA 2XO7A 3L2RA 4DS4A 2VWKA 1ASWA 1RDDA 3JSMA 3TI0A 1VSJA 2G8HA 4CJLA 1G15A 4OKKA 1SV5A 1ZBLA 3ISNC 4DS5A 3O4QA 4EP5A 1Q8IA 4CK3A 3LAMA 2BDPA 1FXXA 3L8BA 2GUIA 3RMDA 1L3TA 2QKKA 4HTUA 2B5JA 4CJWA 3NAEA 1FKPA 3K5OA 4CJQA 5DK5A 3HT3A 1VSDA 3M8PA 2Z1JA 2YV0X 3RR8A 4CIGA 3VQAA 3NE6A 4HUFA 3LP3A 1X9MA 4CHZA 1KSPA 4FJ5A 3DRPA 3T3FA 1HMVA 3RR7A 2FC0A 4DSKA 1KCFA 5HLFA 4O5BA 1T7PA 2X6SA 1D9FA 3NH0A 2FBYA 3ZT1A 3AVLA 4E7JA 4DU1A 1QQCA 3RRGA 1CLQA 4B9VA 4BWMA 3TAQA 5CZ2A 1T03A 4IG0A 1RTIA 4FJHA 3LAKA 3IAYA 1WAFA 2ITGA 3VN5A 3HXMA 5CZ1A 1TAUA 4KAZA 1NOZA 4FLUA 4DSIA 3CFPA 3KK2A 1NOYA 5CYQA 4CJPA 3M8RA 3OS1A 4O55A 3VQPA 4OKEA 4CF8A 3O3GA 2HHTA 4AHCA 1L3UA 4NCGA 3CFOA 4DQIA 3DOKA 4DTMA 3ZSVA 2KQ2A 2W42A 1ZBHA 3U3YA 3RMBA 4M3XA 3ZSWA 2KW4A 1TVRA 3V81A 2ZQBA 3VQBA 4ELVA 4EZ6A 1WSEA 2YNHA 2B6AA 1FK9A 4ZTFA 1IG9A 3G10A 4M3UA 3RMCA 2HMIA 4B9LA 3RWUA 3AO2A 1ZBIA 5C24A 1L3VA 2F96A 1C1CA 3K59A 1JLAA 1KFDA 1RT2A 3NF6A 3AVAA 3LP1A 4CHNA 4AHVA 2YNGA 4Z4HA 4W5TA 3S3OA 1LAVA 4W5QA 3KLIA 3SJJA 3MXIA 1QSLA 4J2AA 5FRMA 2E6LA 4B08A 4CK2A 4PY5A 3VQDA 2OA8A 2F8TA 4FZXC 1WSHA 4F8RA 4C8LA 3F73A 2OPSA 4FJNA 4CJVA 4BE1A 4FJXA 3NGIA 3LPUA 4DQRA 2LSNA 1KRPA 3P1GA 4NCBA 3QEVA 3JYTA 4B9MA 4FJJA 3AA3A 4W5OA 1XHZA 1TV6A 3DLHA 4FLVA 4F2SA 4CF1A 1R0AA 1B9FA 2A1SA 3DRSA 3MXJA 3SZ2A 4K8ZA 2VG7A 3P5JA 4FVMA 2Y1IA 4IKFA 4FZYA 3VQ5A 4KI4A 1EXQA 3HJFA 3HL8A 4O0JA 1VSKA 3TAPA 1X9WA 1T8EA 2HVHA 4DG1A 3ZT2A 4BE0A 1VSHA 3OYGA 2E4LA 3V9XA 3QNOA 4CJ4A 2YHAA 3TAGA 4DWIA 2RF2A 3OYFA 3C6TA 4F3OA 3DLEA 3IS9A 4YNQA 4KREA 3LZIA 4CJUA 4DTSA 1BIUA 3VA0A 4OGCA 4DU4A 5HRPA 4UQGA 4M3ZA 1UAXA 4AHTA 4L8RB 3PX4A 4J2DA 1U47A 3MXMA 5SZTA 1ZYQA 4KHQA 3NH1A 1JLFA 3CFRA 5KI6A 4RW6A 1VSEA 2IOCA 4QOZB 4WE1A 1RBRA 2D5RA 3AVMA 4DTRA 4KI6A 4CEDA 1RNHA 4LY7A 4CGDA 4OPJA 3ITHA 2XY7A 3B6OA 1KFSA 4B9UA 4FLZA 4HCBA 4E89A 1QE1A 4FLXA 2P51A 5J1EA 4ID5A 4TSXA 1BGXT 1GOBA 4AILC 4DLGA 2P1JA 5KGWA 3C6UA 3I0SA 3V9SA 4DU3A 5T7BA 4FZZA 5J2PA 1NK6A 3SPZA 2O4GA 3QINA 1WSGA 4IFVA 1JL2A 4FJLA 1SL1A 4KPYA 4EP4A 3DM2A 1BISA 1KVAA 1VSIA 3OS0A 4LH5A 3PX6A 1WLJA 3HM9A 2IS3A 3AA2A 1LWFA 3PUFA 1S9GA 2VWJA 1B9DA 5HRRA 1A5VA 3LALA 4HUGA 3AV9A 2YNFA 2EHGA 3E01A 3NF8A 1BL3A 4H4OA 3K57A 5J2QA 5I42A 1Q9XA 4KHYA 4HUEA 4FM0A 3WNFA 3PY8A 2RPIA 1JXEA 3DLRA 2WOMA 2X74A 3QIPA 4GW6A 2BE2A 2G8IA 4DSJA 3OYDA 2BGGA 3OVNA 1RT1A 1WSIA 3KK1A 3HPHA 2A1RA 1L3SA 1SUQA 1Q9YA 4FJGA 4N47A 1NJZA 4O44A 4KFBA 1RT4A 1D5AA 1QS4A 3HYFA 4I7FA 3ULDA 2XHBA 1S6QA 3QNNA 4Y1CA 2Q3SA 3PO4A 3V1RA 3AVNA 5C25A 4HCCA 4M3WA 4Z0UA 1ZBUA 3RMAA 2OZSA 4Z4GA 3RTVA 1REVA 5CY4A 1RBSA 3CYMA 1NJYA 4Z4IA 4Z4FA 1J9AA 1BCOA 1O1WA 2KFZA 4CFCA 4DQPA 4K8XA 4FJMA 2IGIA 4KRFA 5JS2A 1WNSA 3QO9A 3OY9A 1HYSA 3ZSRA 3SI6A 1S1VA 4CGJA 4FJIA 3AO4A 4DSEA 3QESA 2G8VA 4I2QA 3OS2A 3D0PA 4FJKA 3AA4A 4CE9A 1LW0A 1TK0A 1QTMA 4CIFA 3C94A 3OJUA 4FXDA 4DF8A 4LH4A 4O0IA 2PZSA 2AJQA 4E7LA 1C0MA 4DTPA 4NCAA 2OPRA 4JRPA 3AVBA 1J5OA 1CXUA 3AVGA 3KLFA 1IKWA 4ELUA 3V4IA 1JLQA 4FLTA 3KLHA 3OYCA 3UIQA 1XWLA 4DTOA 3BGRA 3VQ7A 4M41A 4CEAA 4CHPA 1QSSA 4CJRA 3P83D 2EX3A 3AVFA 4M42A 3TANA 3RRHA 3MEDA 3TAMA 3OYKA 3EY1A 2O4IA 4YFUA 1BQMA 2YNIA 3THVA 1RTHA 3DOLA 3CG7A 1JLGA 4G1QA 4I2PA 4KO0A 3SV3A 1BHLA 1TKZA 2ATQA 2DFHA 4I9LA 1HYZA 4Y1DA 2P5GA 2HHVA 2DTUA 1RDBA 1CZ9A 1NK7A 3VQCA 3EYZA 4E7KA 1HYVA 4CJ5A 4RW8A 4KHSA 1HNIA 1UWBA 4OGEA 3VQ8A 4CESA 4N5SA 1RCHA 2IAJA 3L3VA 3OYHA 4DTJA 2KFNA 3AO5A 1VSLA 3OYBA 1XI1A 2NUBA 1NKCA 2FBTA 1DTTA 4MQ3A 5EU7A 4FK2A 2QK9A 1MU2A 3H08A 3SUNA 3DLGA 4IDKA 2YKMA 5E41A 1TK8A 2RN2A 1IKVA 1ITGA 1DTQA 3U6FA 1N5YA 3LWLA 1S5JA 3F9KA 3O3FA 1JLEA 5HBMA 2X6NA 1EETA 1S1TA 3V9UA 3ALYA 4CF2A 4KHWA 3A2FA 3VQEA 1D9DA 3HPGA 3LP0A 1YTUA 4BWJA 4DQSA 1HQUA 3SQ1A 1TGOA 4FLWA 2I5JA 4M3RA 2X78A 3LP2A 4FM2A 3VQ9A 1U48A 1X9SA 5JS1A 5KGXA 2HNDA 3DLKA 4E3SA 3QEIA 3DYAA 1KVCA 1RILA 1KVBA 1NK0A 4OLAA 4CEEA 4CJ3A 3K5MA 3AO3A 4E7HA 4FJ9A 2PYLA 4CJSA 4O4GA 5HP1A 2ZE2A 3LWMA 3L2VA 2D0BA 3BDPA 3M8QA 3CM5A 4GMJB 3T1AA 4DQQA 3ZSXA 3NCIA 3LZJA 3V6DA 2XRIA 1RDCA 3HP6A 1D8YA 5FRNA 2Z1IA 4GVMA 4IG3A 1FKOA 3I8DA 3V9ZA 5HROA 2QXFA 2HW3A 1VRUA 4FM1A 1L5UA 3OYAA 3HK2A 3KK3A 4Q0BA 1BQNA 4CK1A 4R5PA 1UA1A 2P5OA 4DFKA 4C8OA 1LWCA 4N56A 4I9QA 1BI4B 3WNHA 4IFYA 3WNEA 2ETJA 3NH2A 4CEZA 1NKEA 2VG6A 4DFMA 4MFBA 3OYNA 4KTZA 2G8FA 3K2PA 4KHNA 3NFAA 3DLBA 1IKXA 3L3UA 1N6QA 4FJ7A 2Z1GA 3V1QA 4CF9A 4J2BA 1BI4A 3QEWA 3OYIA 3U3GA 1NK5A 1ZBFA 1SL0A 1C0TA 3VQQA 1A5WA 3TABA 3PX0A 4DTUA 3MEEA 4KV8A 3S3MA 2IDOA 3IRXA 1QHTA 1Z26A 4AHUA 4KTQA 4CHYA 4DTNA 3OYJA 3AVKA 4E1NA 4CEQA 3ZT4A 1RDAA 1SKSA 2Y1JA 3L2QA 3S3NA 4ZTJA 1B92A 3FFIA 3QEXA 1EP4A 3SNNA 4M3TA 2DFEA 1S1XA 3MAQA 4CEFA 2R7YA 3SUQA 4PWDA 3TARA 3ZSZA 4CJTA 3TAEA 1CZBA 4E0DA 3HO1A 1XHXA 2PY5A 2G8UA 4CIEA 4JS4A 3AVIA 3OYEA 1JLCA 4CJFA 4DFPA 4F4KA 2HHSA 2HB5A 3IG1A 3QEPA 1QSYA 1UA0A 2HHUA 2HNYA 4C8MA 3HVRA 2G8KA 5FROA 5SWMA 2OPPA 3HVTA 3SV4A 1NK9A 1RTDA 2OPQA 3LANA 4PA1A 2E6MA 1U4BA 5KTQA 2D0CA 1Z25A 1C0UA 4LSLA 1LAWA 4B9TA 3KIOA 3KKRA 2GV9A 4FW2A 3AA5X 5I3UA 4B8CA 2HHXA 1KLNA 1TKDA 5FDLA 1T05A 1RTJA 3ASMA 1U04A 4FW1A 4KKOA 4OKJA 3KLEA 4M45A 4FK4A 4Z4EA 3NHGA 4B9NA 1TKTA 4PQUA 1IKYA 3HP9A 4B3OA 4FYDA 1KTQA 3AVJA 1VRTA 3AVCA 4NYFA 4RG8A 1NKBA 1WSFA 1JLBA 3L2UA 4AHRA 2IC3A 5HRSA 4CJEA 1DLOA 3DMJA 3T19A 1NJXA 3M8SA 4CCHA 1U49A 3KD1E 1WN7A 3DI6A 3SCXA 1VSMA 3OYLA 4C8NA 3PO5A 4AH9A 2FBVA 3KD5E 1BIZA 4CERA 1CXQA 4CFBA 1SKWA 3KTQA 3EZ5A 4CGGA 3VA3A 3SYZA 1TL1A 1S1UA 1S9EA 1YT3A 2WONA 4CF0A 3SQ2A 4W5NA 1K6YA 4ICLA 3WNGA 2D0AA 1C6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGHA 4OPKA 4FJ8A 3IFRA 4OVLA 4H4MA 4BC4A 3QLHA 1YJNN 4EZ9A 1C1AA 3KJVA 2PYJA 3UKRA 3MMVA 2JLEA 5D3GA 3OJSA 1RBUA 1RT6A 2BANA 1LV5A 3K5NA 3F5TA 4E1MA 4H8KA 1JJ2M 3V1OA 1XC9A 5AQNA 4M3YA 3BZCA 4IBNA 2VG5A 2QKBA 4AF1A 1VQON 3AGRA 4A5BA 2I7NA 1U45A 3A8YA 4FWQA 2NRHA 3EE9A 3MWTA 3NF9A 2P9NA 5M1NA 1J5EK 3G0ZA 4J8FA 1TAQA 4OLBA 3D45A 3EEQA 4HHTA 3FZLA 5CYMA 3VQ6A 2RKIA 4PUOA 1Y97A 4CHQA 1RT3A 4FCYA 5AQQA 4CFDA 4EHUA 4BRIA 4F2RA 3VEWA 3WXIA 3V9WA 4KB0A 2QWRA 1T6DA 1WAJA 4CGIA 4BACA 4FLYA 2KTQA 3HPOA 1S6PA 4AQYK 1XNRK 5AQHA 3CM6A 1P8ZA 2V7YA 1ASVA 3E66A 4ILJA 5H1SQ 1JL1A 2ZD1A 2ASMA 3OA9A 3OYMA 2O4IA 4LD0A 1MWKA 3HSTB 5E84A 5J2NA 4B1WB 3R3LA 4XIUA 1IBMK 3VQ4A 5A2QO 1NK8A 4RW9A 1F21A 2YCHA 3KKSA 3PIOL 4M3XA 4Z4CA 1HNZK 1LW2A 2XY6A 2O8BB 2UUBK 3HSCA 5ADXA 3L2RA 4K43A 2KHOA 5AQWA 1VSJA 3UKUB 1QZ5A 3M3ZA 3U8XA 2O8CB 5EXWA 1Q8IA 1FXXA 1TUUA 2GUIA 2QI2A 3SMPA 3DAWA 4HTUA 2P9UA 2GX9A 3NAEA 3VETA 1SS6A 3K5OA 1YI2N 1BG3A 2YV0X 1VQKN 1NGDA 4BQLA 1X9MA 4JAXA 4CHZA 1EO1A 4LC9B 4DSKA 1MDUB 1KCFA 3ZX2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LAN A;  4PA1 A;  2E6M A;  1U4B A;  5KTQ A;  2D0C A;  1Z25 A;  1C0U A;  4LSL A;  1LAW A;  4B9T A;  3KIO A;  3KKR A;  2GV9 A;  4FW2 A;  3AA5 X;  5I3U A;  4B8C A;  2HHX A;  1KLN A;  1TKD A;  5FDL A;  1T05 A;  1RTJ A;  3ASM A;  1U04 A;  4FW1 A;  4KKO A;  4OKJ A;  3KLE A;  4M45 A;  4FK4 A;  4Z4E A;  3NHG A;  4B9N A;  1TKT A;  4PQU A;  1IKY A;  3HP9 A;  4B3O A;  4FYD A;  1KTQ A;  3AVJ A;  1VRT A;  3AVC A;  4NYF A;  4RG8 A;  1NKB A;  1WSF A;  1JLB A;  3L2U A;  4AHR A;  2IC3 A;  5HRS A;  4CJE A;  1DLO A;  3DMJ A;  3T19 A;  1NJX A;  3M8S A;  4CCH A;  1U49 A;  3KD1 E;  1WN7 A;  3DI6 A;  3SCX A;  1VSM A;  3OYL A;  4C8N A;  3PO5 A;  4AH9 A;  2FBV A;  3KD5 E;  1BIZ A;  4CER A;  1CXQ A;  4CFB A;  1SKW A;  3KTQ A;  3EZ5 A;  4CGG A;  3VA3 A;  3SYZ A;  1TL1 A;  1S1U A;  1S9E A;  1YT3 A;  2WON A;  4CF0 A;  3SQ2 A;  4W5N A;  1K6Y A;  4ICL A;  3WNG A;  2D0A A;  1C6V A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CGH A;  4OPK A;  4FJ8 A;  3IFR A;  4OVL A;  4H4M A;  4BC4 A;  3QLH A;  1YJN N;  4EZ9 A;  1C1A A;  3KJV A;  2PYJ A;  3UKR A;  3MMV A;  2JLE A;  5D3G A;  3OJS A;  1RBU A;  1RT6 A;  2BAN A;  1LV5 A;  3K5N A;  3F5T A;  4E1M A;  4H8K A;  1JJ2 M;  3V1O A;  1XC9 A;  5AQN A;  4M3Y A;  3BZC A;  4IBN A;  2VG5 A;  2QKB A;  4AF1 A;  1VQO N;  3AGR A;  4A5B A;  2I7N A;  1U45 A;  3A8Y A;  4FWQ A;  2NRH A;  3EE9 A;  3MWT A;  3NF9 A;  2P9N A;  5M1N A;  1J5E K;  3G0Z A;  4J8F A;  1TAQ A;  4OLB A;  3D45 A;  3EEQ A;  4HHT A;  3FZL A;  5CYM A;  3VQ6 A;  2RKI A;  4PUO A;  1Y97 A;  4CHQ A;  1RT3 A;  4FCY A;  5AQQ A;  4CFD A;  4EHU A;  4BRI A;  4F2R A;  3VEW A;  3WXI A;  3V9W A;  4KB0 A;  2QWR A;  1T6D A;  1WAJ A;  4CGI A;  4BAC A;  4FLY A;  2KTQ A;  3HPO A;  1S6P A;  4AQY K;  1XNR K;  5AQH A;  3CM6 A;  1P8Z A;  2V7Y A;  1ASV A;  3E66 A;  4ILJ A;  5H1S Q;  1JL1 A;  2ZD1 A;  2ASM A;  3OA9 A;  3OYM A;  2O4I A;  4LD0 A;  1MWK A;  3HST B;  5E84 A;  5J2N A;  4B1W B;  3R3L A;  4XIU A;  1IBM K;  3VQ4 A;  5A2Q O;  1NK8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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