3AVBA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avbA00
1VSLA 4H4OA 3EY1A 2Y1JA 3SJJA 1N6QA 3P5JA 4Z4EA 3DRRA 4CJLA 3H08A 1Z26A 4CEFA 4CJVA 4B3OA 4DFPA 4CJ3A 5HP1A 1BCMA 3AVMA 3SNNA 1QS4A 1S1WA 2RN2A 3MXJA 4KPYA 4M3YA 4CE9A 3L2QA 4ZTFA 2XO7A 3B6PA 3K5MA 3HO1A 1W9HA 4KTWA 1RT1A 1JKHA 3ZT1A 4NYFA 4E89A 3SUQA 3V1RA 3LAMA 1L3VA 3AO4A 3M8QA 4KAZA 4PA1A 1JL1A 3NF6A 5SWMA 2I5JA 4DTXA 2P5OA 3KD5E 4IBNA 1HRHA 3OYIA 3HPHA 3QETA 1NJYA 2OZMA 2OPPA 3OYBA 3DI6A 5CY4A 1LAVA 4CJEA 2HMIA 3F73A 3TAFA 1CXUA 1HYZA 3LALA 1U4BA 2F8SA 3T3FA 1JLEA 1U49A 3ALYA 3TI0A 1L5UA 2HHTA 3RWUA 2WOMA 2KTQA 4FK0A 4AHCA 4KV8A 4M3WA 4ELTA 2XRIA 1JLGA 1BIZA 5K14A 4PUOA 3V6DA 4KHSA 2VG6A 3K2PA 4CIGA 5HBMA 3V9UA 4DTMA 3AVHA 1Y97A 2D5RA 3K5OA 2IC3A 1NK6A 2HW3A 4N56A 1HPZA 1B9DA 1RDAA 5KRSA 1RBSA 3RRHA 4I9LA 1C1AA 3VQ7A 4Z0UA 3QEVA 2E6LA 3DM2A 4KO0A 3S3OA 2KFNA 1X1PA 1LV5A 4ELVA 1X9MA 2YNGA 4JLHA 4DFJA 1A5XA 3THVA 2ATQA 3KKRA 4DMNA 3SV4A 2DFHA 4BE0A 4C8NA 4CGFA 3NF7A 2BDPA 5SZTA 3HT3A 5JS2A 3NAEA 4QOZB 3DOLA 3TAMA 3LANA 1SKWA 5FRNA 4JS4A 1UOCA 4FJLA 3AVJA 4Q5VA 3OYHA 1LWFA 4YNQA 3ZT3A 1BI4B 1D5AA 2X6SA 4IDKA 3V4IA 3KK3A 1XC9A 2G8UA 2HHQA 2F96A 3DLEA 1LWCA 1WN7A 4OPKA 3F9KA 4CK2A 3SPZA 4OGCA 3VQQA 3AVAA 3HPGA 4BWJA 3HP6A 5J2QA 4YFUA 4KHWA 1T05A 4F4KA 2RKIA 4FM0A 1NK9A 2YKNA 4GVMA 4OVLA 4FZXC 1L3UA 4F8RA 2HNZA 4BE2A 3ZT2A 3TABA 1W0HA 3NH1A 4FLVA 3ZSRA 1NJXA 4CGJA 1D8YA 4O0JA 1KSPA 4EZ9A 2X6NA 3CFRA 3TAQA 3AO5A 4CJWA 3QEXA 3DLRA 2Z1IA 1RT7A 1RTIA 4CHZA 3OYGA 3RTVA 4N76A 2G8IA 4FXDA 2KFZA 1TKDA 3ZSQA 4B9UA 4CIEA 5HRSA 1RT5A 3ZT4A 3RMAA 3IAYA 4DWIA 1IKWA 4DSKA 4M3ZA 1U04A 4CEDA 4FLUA 5E41A 1IG9A 4Z4CA 3AO1A 1WSJA 4FCYA 3MEDA 4DU1A 4LH5A 1G15A 1ZBUA 2E4LA 2D0AA 3QEIA 4OKEA 2YHAA 4FJJA 1CLQA 4LD0A 4OKKA 4B9VA 4CF9A 1ITGA 1B92A 4UQGA 1UA0A 4E1NA 4B9MA 4J2DA 1KLNA 4CEOA 1WSEA 1QQCA 4M41A 1FK9A 2FBVA 4I7FA 4Z4HA 3S9HA 4Z4GA 2P1JA 1BL3A 3V9WA 3PY8A 1N5YA 4DSJA 4FJ9A 3EZ5A 1KVAA 2AJQA 1JLQA 4JS5A 4M45A 2XY8A 1GOBA 3OS2A 1VRTA 3VQDA 4TSXA 5C24A 2IGIA 4CF1A 4W5QA 4RW7A 2W42A 2OYQA 4B9NA 4CJUA 1BISA 3D0PA 5J2NA 3L3VA 1C1BA 1SKRA 4QCLA 1EKEA 1SV5A 3LWLA 1NKEA 4H8KA 3NHGA 4M3UA 4FLZA 1S6QA 3MEEA 3QIOA 4OKJA 3SQ1A 1BGXT 4C8OA 3QEPA 1KRPA 4KI6A 3AO2A 4CGIA 3KLGA 3ZSOA 1I3AA 3ZSXA 4B8AB 4E7LA 1J5OA 1HJRA 2BANA 3NH0A 3OYMA 1J9AA 2EHGA 4DQQA 1RCHA 4CHOA 3S3MA 3AVNA 3A2FA 1X9SA 3MAQA 1TK8A 1S1VA 3AVGA 3L2UA 1CXQA 3U6FA 1GOCA 4B9TA 1DLOA 3QO9A 1JXBA 3DRPA 4Y1CA 3HPOA 4F2SA 1KVCA 1LWEA 3QERA 3NGZA 1ZYQA 3CM6A 3G10A 2RF2A 1RTJA 3VQ8A 3KK1A 2Q3SA 4Z4FA 1TKTA 2OPQA 2YV0X 4FYDA 2QXFA 4J2EA 4NYNA 3QLHA 1BIUA 4FZZA 3RR8A 4E1MA 3NGIA 4JRPA 1WNSA 3KLIA 4HVJA 4PWDA 4CJQA 1DTTA 1QSSA 2E6MA 3MECA 3EYZA 1KFSA 3VN5A 4DLGA 1VSDA 4DTOA 4FM2A 2IAJA 3O3FA 3HL8A 3V9XA 1VSMA 4KRFA 3WNGA 3LP3A 4CGDA 2BE2A 3LP1A 4F2RA 1ZBHA 4E7JA 3V1QA 1KTQA 2GV9A 3NF8A 3OJUA 1WAJA 1ASUA 4O4GA 3C94A 4CJ4A 3T19A 4CGHA 4OPJA 3ZSZA 4BDZA 4NCAA 3AVKA 3LDSA 1HYVA 1WSHA 2WONA 2YNHA 1NK8A 4FJNA 1YVUA 3E01A 3QESA 1JL2A 1XHZA 2O4IA 3ISNC 1LAWA 1RDDA 1B9FA 5KI6A 3TAGA 4W5NA 3P1GA 4IFYA 1S1UA 3NE6A 1MU2A 4PY5A 2B4JA 4G1QA 2XY7A 4ZTJA 3DLHA 4C8MA 4LH4A 4CEBA 3OYJA 2P5GA 3SPYA 1C0MA 3KLFA 2ETJA 2XY6A 3PX4A 4RG8A 3QEWA 4DG1A 3PO5A 3TWHA 2VG5A 1L3SA 1UWBA 1RBTA 1YTAA 3QNOA 1ASVA 3PUFA 4DTSA 2HHWA 3HJFA 3DOKA 3LPTA 4Y1DA 4ID5A 4I9QA 1Q9XA 3AV9A 4CIFA 4DF8A 1FKOA 3O4QA 3NGYA 4H4MA 4OLBA 5FRMA 3I0RA 5J2PA 3BGRA 2ZD1A 4CJFA 3M8SA 1S6PA 4C8LA 3AA4A 3OYDA 4FJ8A 4FJ5A 5I42A 3DRSA 4FK4A 1U47A 4LSNA 3VQAA 4DSEA 3HM9A 1L3TA 1RBVA 4M42A 4FJGA 3KK2A 2FBYA 3VQBA 4W5TA 3ULDA 2R7YA 4C8KA 1UAXA 3KLEA 3SQ2A 1J53A 4CFAA 4E3SA 1FKPA 1QTMA 1HNIA 2VG7A 3AVIA 5D3GA 1LW0A 2Z1GA 2X78A 3QNNA 3RRGA 4E0DA 5C25A 2DY4A 4CEQA 4CEZA 4AHRA 3MXIA 1C1CA 1ZBFA 3HVTA 1KCFA 3HSTB 3O4NA 3OYKA 4E7HA 1RT6A 5FDLA 4QAGA 2FBTA 4LY7A 3NFAA 5CYMA 1HQUA 2ITGA 1J54A 4CFCA 1TAQA 4AHSA 3WNHA 4BWMA 4DQPA 4CECA 5KGWA 4DQIA 3LPUA 2DFFA 2HNDA 2O4GA 3C6TA 4FZYA 3V9SA 3CFPA 3OYCA 5C42A 4CGGA 1TGOA 4J2AA 1RBRA 3L2VA 2PY5A 4HUEA 2VWJA 1RT4A 1RT3A 1WSGA 3AVFA 2G8KA 4N47A 3VQCA 4KREA 2HHUA 1QSLA 2FBXA 1TKZA 1RTDA 4NCBA 4EZ6A 4KHYA 3NCIA 4CHQA 1TKXA 3MEGA 3M8RA 1BQNA 1IKVA 2IS3A 1NOYA 3L2RA 2OPSA 1VSFA 1TL1A 1VSEA 5FROA 4RW9A 3T1AA 3U3YA 3FFIA 3SQ4A 4O5BA 3K58A 3LWMA 3RMDA 3U3GA 2A1SA 4HCCA 1X9WA 4FJMA 4OGEA 4CHYA 4DTRA 3ITHA 3ZSVA 4CF0A 3KLHA 4Z4IA 4I2PA 1RT2A 1RNHA 1JLAA 1BHLA 4KFBA 4B8CA 4CFDA 1XWLA 4CK3A 3NH2A 1NKBA 1WSFA 4DSLA 4DTNA 1HMVA 3K59A 5EU7A 2LSNA 1NOZA 1CZBA 4EP5A 2QKKA 4DF4A 1TL3A 2Z1HA 3SI6A 4OJRA 1VSHA 4RW6A 3VQEA 3SZ2A 2GBZA 3QIPA 5HRNA 3TAEA 4FLWA 4ICLA 1Q9YA 2GUIA 3HYFA 1SL1A 2D0CA 5CYQA 3P83D 4E7IA 2YHBA 1HYSA 3HK2A 4AHVA 2KW4A 1FXXA 1C6VA 5DMRA 4DQRA 4DFMA 2HHVA 1Z25A 3DLGA 2YKMA 3V9ZA 1XI1A 4B9LA 2G8FA 5KGXA 4KKOA 3VQ5A 4CHPA 1EETA 4CJPA 2HHSA 2KZMA 4LSLA 2YNFA 3B6OA 3HP9A 3VQ9A 4CJKA 1D9DA 3VQPA 4AH9A 4FLYA 1KFDA 3MXMA 2VWKA 1NJZA 1T03A 1SL2A 5KTQA 1RDCA 2A1RA 3K5NA 4M3XA 4KTQA 4BDPA 2HVIA 3IRXA 4JRQA 4FJKA 2QK9A 1R0AA 3V1OA 3OS1A 3WNEA 4DS5A 3WNFA 2ZQBA 3AVCA 4DTUA 3SV3A 3L2WA 4CJSA 3TARA 4IKFA 3S3NA 3K5LA 1F21A 3K57A 4FJ7A 4IFVA 3OS0A 2BGGA 4HHTA 4FW1A 4Q0BA 4CJTA 2PZSA 2OZSA 4OLAA 4CK1A 2G8VA 4KHNA 1NK4A 3M8PA 3JYTA 3DLBA 1A5VA 1S1TA 2D0BA 3KD1E 1S5JA 4ZHRA 1JLFA 3AVBA 1D9FA 3JSMA 1BCOA 5KRTA 2XHBA 3HXMA 4DTJA 4K8ZA 4J2BA 2FC0A 4AHUA 4DU3A 4E19A 2Y1IA 3I8DA 4BACA 1JLBA 4CF2A 3VQ6A 1SKSA 3SCXA 4IG0A 1EX4A 2B5JA 3O3GA 3AVLA 1DTQA 3LAKA 4FJIA 3KIOA 1WLJA 3L8BA 3DYAA 4BDYA 4EP4A 1NJWA 1LW2A 3PV8A 4W5RA 3KTQA 3RMBA 1QSYA 4FW2A 2PYLA 2HHXA 3G0ZA 4FVMA 1NKCA 3PX6A 1NK7A 1VSIA 1TK0A 3ZCMA 1U45A 4DSIA 4HTUA 3TAPA 3AA5X 3OYNA 2DTUA 3OY9A 3OYLA 4KHQA 3C6UA 3OYEA 3CQ8A 4AILC 1JLCA 1KLMA 3ZT0A 3AA2A 1VSJA 1EP4A 4WE1A 3LP0A 3LZIA 3SUOA 3OVNA 3DLKA 3O3HA 4FLXA 3TANA 1U48A 4KB1A 1NK5A 4FM1A 3RMCA 2B6AA 3CFOA 4RW8A 1YT3A 4B08A 3OYAA 4GW6A 4CJRA 1HQEA 3KKSA 1NK0A 1Q8IA 4MQ3A 2KZZA 3NBPA 3I0SA 2HVHA 5HRRA 3RR7A 1T8EA 1YTUA 4PQUA 2QKBA 3LZJA 2NUBA 3BDPA 3NDKA 1K6YA 4CJ5A 1C0TA 2EX3A 2OPRA 3VQ4A 1IKXA 4ID1A 1A5WA 5HRPA 3OJSA 5J2MA 1TK5A 1BI4A 3L3UA 3IG1A 4XIUA 4BE1A 2DFEA 4E7KA 3IS9A 2JLEA 3ZSYA 5HROA 3AA3A 4O0IA 1VRUA 3SQ0A 3OYFA 3HVRA 4NCGA 4IG3A 5T7BA 3ASMA 3AO3A 1IH7A 1RILA 4HCBA 4DFKA 2KQ2A 4KB0A 1REVA 1S9GA 4B9SA 4CEEA 2Z1JA 1HNVA 4CHNA 1S1XA 2OA8A 4M3RA 4DLEA 4F3OA 4N41A 2F8TA 2HNYA 5CZ1A 1S9EA 2JGUA 4HUGA 4I2QA 4CESA 3KJVA 3UIQA 4KTZA 1TAUA 2G8HA 1CZ9A 3TR8A 4O44A 3ZSWA 1BQMA 2IOCA 1UA1A 1JXEA 2HB5A 5I3UA 5DK5A 1RBUA 4O55A 3CG7A 1I39A 1KVBA 1QE1A 3QINA 3LP2A 3NF9A 5HLFA 2G8WA 4CCHA 4DU4A 4KHUA 4AHTA 3SUNA 1C0UA 1QHTA 4W5OA 4L8RB 4R5PA 2XY5A 3SYZA 2PYJA 1SUQA 4RW4A 1VK0A 3DMJA 4GMJB 1SL0A 1ZBIA 1RDBA 3VA3A 4K8XA 1ASWA 3VA0A 3V81A 5CZ2A 3PX0A 4CEAA 1GOAA 3SUPA 4DQSA 1IO2A 4DTPA 3CM5A 1ZBLA 4MFBA 2X74A 4DS4A 5JS1A 4ELUA 4KI4A 4F3TA 1T7PA 4FJXA 3PO4A 1TVRA 2ZE2A 1VSKA 4HUFA 4CF8A 4N5SA 2YNIA 1O1WA 2P51A 4M3TA 1WSIA 3C95A 4FLTA 1RTHA 1XHXA 4CFBA 4FJHA 1TV6A 5J1EA 1WAFA 4DSFA 3D45A 1IKYA 4FK2A 2RPIA 3CYMA 4CERA 1EXQA 2IDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G4SN 2W6KA 4H4OA 1N6QA 4Z4EA 4CJLA 3IMXA 4FWNA 4K42A 5HP1A 3AY9A 3SNNA 4KPYA 2RN2A 3CMAN 3L2QA 3MMVA 3B6PA 4KH4A 4FWMA 5BRFA 1JKHA 3ZT1A 4NYFA 3SUQA 3V1RA 3AO4A 4KAZA 4JI3K 2I5JA 2P5OA 5AQOA 3ZLJA 4YOXA 3HPHA 2ZWHA 2OZMA 4JK8A 4ILHA 1LAVA 3IUCA 3TAFA 1CXUA 3LALA 1L5UA 3RWUA 1TUUA 4AHCA 4KV8A 3K9JA 2J4RA 1BIZA 3O4WA 3CMEN 2VG6A 2V7ZA 3V9UA 4DTMA 4UY8O 3K5OA 4N56A 5KRSA 1RDAA 2VGNA 3RRHA 1VQNN 5JICA 1C1AA 1N32K 1C0GA 1W97L 2E6LA 3BEXA 5AQHA 4DFJA 1A5XA 3SV4A 4OO1J 4C8NA 4CGFA 5AQSA 3TPQA 3BP8A 3NAEA 3DOLA 3TAMA 5AZIB 3VENA 4FJLA 4MDAA 4CD1A 3OYHA 4BRLA 3R9PA 1LWFA 4DCHA 1BI4B 2G8UA 3HOTA 1IJJA 3KK3A 5AZIA 1LWCA 4LF9K 3VQQA 3HP6A 1T05A 4JI0K 2RKIA 1NK9A 2GX9A 3FZKA 2HNZA 4BE2A 3TABA 4FLVA 3C6HA 1NG9A 3R8EA 5LL6Z 3ULEB 4CJWA 1RTIA 4JK7A 3WEEA 1JCEA 1RT5A 4M3ZA 3CJCA 1RDUA 3O9SA 3AO1A 4NXNK 1RDWX 1GLAG 4OKEA 1ITGA 3CPEA 5BN9A 4X65K 2PAVA 4ISGA 3CCJN 2FBVA 4I7FA 4BC3A 1BL3A 4DSJA 1ZXOA 5AQVA 3CJ1A 2GWJA 3VEZA 1Q18A 4CJUA 4WFAL 3FR0A 1KQSM 4H8KA 1FW6A 4M3UA 4IJAA 3SQ1A 3D7EO 1BGXT 3AO2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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