3AVBA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avbA00
1SKSA 1WSEA 1RBRA 3MXJA 4M41A 4CF1A 2DTUA 3LAKA 2FBYA 3TAEA 4CECA 3ZSZA 3AVJA 1LWEA 4FLWA 3ISNC 3S3OA 3RWUA 1CLQA 3H08A 4FJ5A 1VSKA 4PUOA 4IDKA 4FJGA 4Q5VA 3V9WA 3B6OA 2PYJA 3AO2A 2XY8A 3LDSA 5HRNA 4E3SA 3V6DA 2DFHA 5D3GA 3IAYA 1CZBA 4CGJA 1ASVA 4IFYA 4W5TA 2G8UA 4NYNA 1N6QA 4NCGA 3DLHA 1EKEA 3RTVA 4FZXC 2X74A 1HPZA 2FBXA 4KI6A 1HRHA 1DTTA 2E4LA 3NFAA 4Z4GA 1RTDA 1KLMA 3DRSA 3P5JA 1Y97A 1MU2A 4PQUA 1NK8A 4CK3A 4M42A 4NCAA 2X78A 4OKJA 4CEEA 4RW8A 1TVRA 1C6VA 3VQ8A 4RW4A 3DOKA 3NGIA 1J9AA 3F9KA 4DTJA 3TI0A 2A1SA 3SI6A 4FLVA 4KHNA 1JLEA 1YVUA 4IG0A 3V81A 4B9UA 4CHZA 1XHZA 1KCFA 1BHLA 3HSTB 4CHYA 2NUBA 2X6SA 4I2QA 4C8NA 3M8RA 1RBTA 4ZTFA 1FKOA 2F96A 3MEGA 3OYGA 4HHTA 3T19A 3ZCMA 1A5VA 2P1JA 4CJTA 3KK1A 1SKRA 4FJIA 3KLIA 3NF9A 4B9MA 1RDDA 3ALYA 1CXQA 4DTUA 2P5OA 3OYEA 3SYZA 1T05A 2HMIA 2HNZA 1SL1A 3I8DA 3P83D 1VSEA 3QIPA 1VK0A 2IDOA 2VG6A 3MEEA 4N76A 1LW2A 3K5MA 4PWDA 3QO9A 3JSMA 4DF4A 1KVAA 1BCMA 4EZ9A 1BL3A 3VQPA 3NBPA 1IKWA 4KPYA 1JL1A 1L5UA 3NF8A 4FLXA 5HLFA 4E7KA 3KD5E 1CXUA 3VQDA 3L8BA 3CFRA 3HO1A 1D5AA 1RDBA 4N41A 1TV6A 3SNNA 1U04A 3T3FA 4BE2A 1R0AA 3ZSQA 3L2QA 1BI4A 4B8CA 4H4OA 3L2WA 5KRSA 4CHPA 4ELUA 4BE1A 4Z0UA 3AA5X 3L3VA 1XHXA 4QAGA 2YNIA 4LD0A 4CFBA 3OYFA 3HP6A 3NDKA 4DFMA 4FK0A 3U6FA 4E7LA 2EX3A 4MQ3A 2Z1GA 1RT3A 1NK4A 4DTMA 1X9WA 4CFAA 2OYQA 3U3GA 1GOBA 4FLTA 4DQQA 4K8XA 4OLAA 5HRRA 4GVMA 1JLCA 3K2PA 5I3UA 1WSIA 2EHGA 3NE6A 1NK9A 3LP1A 5CYQA 3TR8A 5FRNA 2HHTA 1HQEA 3RR8A 5DK5A 1XWLA 4LSNA 3KLFA 3RR7A 3EY1A 4YNQA 1J54A 4FK4A 3SUNA 4CJ5A 1T7PA 2ETJA 3CM5A 4HVJA 3ZSRA 1JL2A 4KB1A 2D5RA 1JLQA 2OPPA 3OVNA 3CQ8A 1IKVA 4CEZA 2YNHA 3AA3A 4KFBA 1WAFA 4FZZA 4JLHA 3DLBA 1RCHA 4AH9A 2RPIA 4CJUA 4N5SA 4HCBA 3OYMA 3C94A 3OYIA 3NGZA 3D45A 4KO0A 3SZ2A 1ZBFA 4HTUA 1BQMA 5J2NA 3SQ0A 3RMAA 3CG7A 4QCLA 3DLRA 3SV3A 4ID5A 4DQRA 1NJWA 4FJ9A 4FJMA 1S1UA 1FKPA 2I5JA 3DLEA 4CEDA 1QSYA 1ITGA 4KTQA 4OPJA 3S3NA 1LAVA 3AVBA 4M3ZA 1ZBUA 3V9XA 4DTXA 4CEAA 3OYHA 4EP4A 4Z4HA 4FJLA 4B8AB 4CGFA 3WNFA 1S1XA 3HP9A 4J2BA 3ZSXA 4DTSA 4C8KA 4FW1A 3HK2A 3VQBA 1QTMA 2O4IA 3QEPA 1JXEA 2RN2A 4DSLA 3C6TA 1NK5A 3TANA 2FBVA 4E7JA 5J1EA 3BDPA 4AHVA 3SQ1A 2P51A 3LALA 3I0RA 3OS1A 2HNDA 1NOZA 3KK2A 4R5PA 1TKXA 3V9UA 3G10A 5C25A 4B9TA 1TAQA 3M8PA 2QXFA 2YKMA 4FLYA 1WAJA 4M3RA 4CGGA 3DRRA 1NKCA 4O55A 4ZTJA 4UQGA 1WSGA 4O5BA 2G8VA 2KFNA 4OGEA 2G8HA 1YTUA 4E1NA 3TAFA 1ZBIA 1TK0A 1ASUA 4I7FA 1RNHA 4H8KA 3NGYA 3V9ZA 1EP4A 3MAQA 1RBSA 1C1BA 1QSLA 3AVHA 3DRPA 5SZTA 2JLEA 4AILC 4HCCA 1S6QA 4PY5A 4FVMA 4M45A 3NH2A 2OPQA 3SPYA 4FJJA 2FC0A 1BISA 1JXBA 3IRXA 3KIOA 1Q9YA 1UOCA 4FJKA 1RTJA 5JS2A 2BDPA 1ZBHA 4AHRA 4CCHA 3LP2A 3CYMA 3JYTA 3TARA 3P1GA 3LPUA 2G8KA 4CK2A 4CFCA 3CFPA 3HXMA 1JLGA 1RT2A 2E6MA 3QNOA 4GMJB 1LAWA 3OYKA 3HL8A 1EX4A 3VA0A 4H4MA 4CEFA 1ASWA 4Z4IA 3QINA 2QKKA 2PYLA 3WNHA 2DFEA 4CF8A 1KVBA 3ZT2A 4AHCA 3V9SA 1JLAA 1TGOA 4DTPA 4DFPA 3QEWA 2PY5A 2AJQA 3V1RA 1UAXA 1KFDA 3ZT1A 4M3WA 4E7HA 2G8IA 1RT5A 3AO3A 1S6PA 1X1PA 4AHSA 1LWCA 4KTWA 4DFJA 1N5YA 4FJXA 4CJSA 2HHVA 2XY5A 4OKEA 1NK6A 3OYAA 4HUEA 1QE1A 4KHWA 4NCBA 4C8LA 1BIZA 2GBZA 4F2RA 1K6YA 4O0IA 4KHYA 1L3TA 3VQAA 1VSMA 1C0MA 2XRIA 2BE2A 3RRGA 2Q3SA 1VRUA 1NKEA 3KD1E 4MFBA 5SWMA 4JRQA 3NH1A 1XI1A 1YT3A 3NCIA 4W5RA 4CK1A 1NJYA 4DSIA 4W5OA 2OZMA 1IKYA 1JLBA 4CF0A 3OYJA 3OJUA 1BGXT 3EZ5A 2B4JA 5HRSA 4KKOA 3OS2A 2GV9A 4DS5A 1FK9A 1NJXA 4FM2A 4Z4EA 3I0SA 4TSXA 1FXXA 3CFOA 1RTIA 3V1QA 4OJRA 3VQ9A 1WSJA 4Y1CA 1U4BA 1NKBA 4FJ8A 1S1WA 2YV0X 2LSNA 2OA8A 3ZT4A 4M3TA 1WLJA 3K5OA 2HHUA 1C0UA 4CJQA 4F3TA 3TAPA 4CJVA 4JS5A 3DLGA 1NJZA 1L3SA 5KI6A 4CFDA 1S9EA 4DSFA 4KHQA 4OGCA 4G1QA 3AA4A 1C0TA 1X9SA 1BIUA 3AVIA 1IO2A 4DU1A 2WOMA 3OYNA 1SL2A 1A5WA 4JS4A 1IG9A 1TL3A 2X6NA 1DLOA 4ICLA 4CESA 3MEDA 1QSSA 3QEXA 3D0PA 2W42A 1GOCA 1U47A 3O4NA 4I9QA 5KGWA 3KJVA 4F8RA 1RBUA 2IS3A 4CEBA 1KTQA 3SJJA 3E01A 3IG1A 5FDLA 2VWJA 4M3UA 5CZ1A 3VQ6A 4CJRA 2D0AA 4CJWA 1G15A 3C95A 1TKDA 2ZD1A 1EETA 4E89A 4E19A 1T8EA 2P5GA 3OYLA 4IKFA 4K8ZA 2IGIA 4B08A 3K57A 3ULDA 1ZBLA 1D9DA 3B6PA 1F21A 2QKBA 4KHUA 2KQ2A 4HUFA 4RG8A 3PUFA 4DFKA 3BGRA 4N47A 3PO5A 5J2QA 1B9FA 2IC3A 2Y1IA 1HNIA 1VSFA 1U49A 4Z4CA 5T7BA 2WONA 1ZYQA 1HYSA 3OYBA 1W0HA 5CY4A 1NK0A 3NH0A 3AVAA 2D0BA 1EXQA 3OY9A 1HYVA 2YNGA 3ZSOA 1VSDA 3NF7A 3OS0A 3TAGA 2D0CA 1X9MA 4CGDA 2G8WA 3M8QA 2OPSA 4M3YA 1CZ9A 4LY7A 4CJKA 4CHNA 4BDYA 2XY7A 3PO4A 4LH4A 3QETA 3DYAA 4E0DA 3V4IA 1RT7A 3LZJA 1Q8IA 3RMDA 3G0ZA 3MXMA 3THVA 1DTQA 4EZ6A 4IFVA 1REVA 4DWIA 3ZSYA 1B92A 3QIOA 1KRPA 4CJ3A 4F4KA 2DFFA 3LP0A 4CJ4A 3LPTA 4KHSA 1KSPA 1WN7A 4HUGA 3HVTA 2Z1JA 4WE1A 4M3XA 4DSKA 4CJPA 4CJEA 3QEIA 1QHTA 1LW0A 4ELTA 2KZMA 3AA2A 3AO5A 5FRMA 3V1OA 1GOAA 3MXIA 5C24A 3C6UA 3U3YA 2VG5A 2Y1JA 2FBTA 3VQ5A 3RMCA 1LV5A 1A5XA 4DQIA 2KFZA 4GW6A 1RT4A 3OYDA 3SUQA 4FW2A 4FXDA 4ID1A 2G8FA 3IS9A 4B9VA 4DQPA 1RT1A 1TK8A 1Q9XA 5HP1A 4NYFA 4W5QA 3DMJA 3LP3A 3TAQA 3HT3A 3AO1A 2HHWA 2ITGA 4O44A 1SKWA 1S1TA 4DLEA 1NK7A 5KRTA 1IKXA 1JLFA 3NF6A 2KTQA 3SUPA 2OPRA 3KLEA 2YHBA 3QESA 4B9LA 2RF2A 3RMBA 3LWLA 4DQSA 2HHSA 3M8SA 3AVCA 3QLHA 3S9HA 2OZSA 1Z25A 3AO4A 3ZT3A 3KLGA 1HMVA 2XO7A 2HHQA 1YTAA 3HYFA 4DU3A 3PX0A 4FK2A 4CE9A 5K14A 5J2MA 1IH7A 3EYZA 3LZIA 4FZYA 5J2PA 4DMNA 3QERA 3K59A 4DSEA 1HNVA 3L3UA 1U48A 3ZT0A 1D9FA 1I3AA 1SV5A 2ZQBA 1RILA 4FJ7A 4CIGA 2R7YA 3HPHA 4CIFA 1L3UA 4LH5A 4RW9A 4CIEA 3PY8A 2HB5A 3K5LA 1Z26A 2Z1IA 4O4GA 2B5JA 4E1MA 4AHTA 5HROA 3K58A 4CF2A 1I39A 3LWMA 3PX4A 3VA3A 4CHOA 3HPOA 2BGGA 5HBMA 4J2EA 2XHBA 3KTQA 3KLHA 1WSHA 1BQNA 4QOZB 4FJNA 4B3OA 4BDPA 1VSIA 3KK3A 1XC9A 4KI4A 4XIUA 4OKKA 1HJRA 1RBVA 4CEOA 3DI6A 4CGHA 4Z4FA 2YHAA 1BI4B 4RW7A 5KGXA 4RW6A 4DTNA 4Q0BA 4AHUA 3LAMA 3A2FA 2ATQA 4BE0A 2BANA 3HVRA 4ELVA 4FLZA 1SL0A 3TWHA 3VQCA 1UWBA 3OJSA 2DY4A 3VQ7A 4LSLA 4B9SA 1BCOA 2YNFA 5CZ2A 1QS4A 1J53A 3WNEA 4CERA 4DTRA 4DS4A 1T03A 4FLUA 2HVIA 3LANA 4OLBA 1RDAA 2ZE2A 5HRPA 3ASMA 4E7IA 4W5NA 3RRHA 3VQQA 2F8SA 5CYMA 5I42A 3TABA 4BACA 4JRPA 3O4QA 3O3FA 4KREA 3KKSA 4IBNA 3AVGA 2E6LA 2RKIA 1J5OA 1RTHA 2VWKA 4J2DA 1TKZA 1UA0A 4Y1DA 3VQ4A 4CJLA 3QEVA 1LWFA 2VG7A 3PV8A 1KFSA 4J2AA 3SPZA 1B9DA 3ITHA 4O0JA 3SCXA 1TAUA 4YFUA 4KAZA 1VRTA 3AVNA 4N56A 2HW3A 3KKRA 4ZHRA 2A1RA 2QK9A 3ZSWA 3ZSVA 5E41A 2KW4A 4F3OA 4I2PA 3TAMA 3VQEA 3SV4A 5EU7A 3SQ4A 1RT6A 3O3HA 1TKTA 5C42A 2KZZA 4DLGA 1S1VA 3F73A 4KB0A 4FM1A 3HJFA 4DTOA 1D8YA 2B6AA 3UIQA 3SQ2A 4FM0A 1WSFA 2IAJA 2O4GA 2IOCA 1HQUA 2JGUA 3S3MA 3OYCA 1VSLA 5JS1A 3PX6A 4C8OA 3K5NA 2HNYA 1U45A 4IG3A 1C1CA 3DOLA 3AVMA 4CEQA 4CF9A 3WNGA 3HM9A 5FROA 4CJFA 5KTQA 4KV8A 4FCYA 3HPGA 2PZSA 3L2RA 4L8RB 1QQCA 3SUOA 3NHGA 1WNSA 3CM6A 4BDZA 1S9GA 1KVCA 1SUQA 3AVKA 4OVLA 4DU4A 3MECA 4KRFA 3L2UA 2GUIA 4BWMA 4FYDA 1TL1A 4DG1A 2HVHA 1O1WA 4B9NA 2XY6A 4BWJA 1UA1A 1HYZA 1TK5A 3AVLA 1L3VA 4KTZA 3QNNA 3T1AA 3AV9A 4EP5A 3NAEA 2YKNA 4C8MA 4DSJA 4FJHA 1KLNA 1VSHA 1VSJA 3DM2A 1NOYA 3AVFA 3L2VA 4PA1A 3FFIA 1S5JA 3DLKA 4DF8A 1RDCA 1W9HA 4I9LA 4OPKA 3O3GA 4CHQA 2HHXA 1C1AA 3VN5A 2F8TA 4F2SA 1JKHA 5DMRA 2Z1HA 4CGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VQEK 3HTVA 1SKSA 1RBRA 3GOIA 3LAKA 4DR1K 1LWEA 3DXMA 4FLWA 3RWUA 5JICA 1CLQA 3H08A 1VSKA 3MCAB 5BN8A 4IDKA 2V52B 3AO2A 2XY8A 2JWKA 3V6DA 4RCHA 2DFHA 3F9MA 1BA0A 2G8UA 1QZ6A 1N6QA 2FBXA 1JCEA 1HNXK 3UKRA 1C6VA 3FR0A 4DHYA 1MWMA 2A1SA 4KHNA 4FLVA 1Q18A 4B9UA 1KQSM 2NRWA 1KCFA 1BHLA 1BA1A 3MX5A 3M8RA 3VF4A 1JJ2M 3J7YP 4HHTA 3T19A 1A5VA 3KK1A 4JI5K 3ENBA 3CC4N 3NF9A 1RDDA 3F5TA 1CXQA 3O80A 1YJ9N 3OYEA 2P5OA 4IJAA 3I8DA 3R1XA 4CZHA 5FPDA 3QO9A 1E3MA 4DR6K 4XH1A 3VQPA 1IKWA 1ATRA 4PHTX 1CXUA 4FWNA 3CFRA 1VQMN 2CH6A 1D5AA 1HJOA 3SNNA 1U04A 3L2QA 4CVNE 4BREA 4QS9A 2FSKA 4H4OA 3D6RA 2ZF5O 5KRSA 3JS6A 3K9KA 3AA5X 3HP6A 1XHXA 3THYA 3U6FA 2EX3A 4FWMA 4DTMA 5ADXA 3CERA 1GOBA 4FLTA 4H0YB 5AQXA 4O8KA 3TR8A 3JXUA 1HQEA 3CQYA 3RR8A 1XWLA 3CCMN 3RR7A 1TUUA 4YNQA 4FK4A 5IT9O 4HVJA 1HPMA 2O8EA 2OPPA 5BN9A 2F7TA 3AA3A 1R59O 4KFBA 3UKUA 1Q7YO 3DLBA 4A61A 2RPIA 4N5SA 3OYMA 5AQOA 3A5LC 4FWSA 4KO0A 4EIAA 1BQMA 3CG7A 3SV3A 4JKGA 4FJ9A 2I5JA 1FKPA 1ITGA 1NGHA 3AARA 1NWKA 1ZBUA 4RTFD 1SS6A 4DTXA 4MLHA 1S1XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FLT A;  4H0Y B;  5AQX A;  4O8K A;  3TR8 A;  3JXU A;  1HQE A;  3CQY A;  3RR8 A;  1XWL A;  3CCM N;  3RR7 A;  1TUU A;  4YNQ A;  4FK4 A;  5IT9 O;  4HVJ A;  1HPM A;  2O8E A;  2OPP A;  5BN9 A;  2F7T A;  3AA3 A;  1R59 O;  4KFB A;  3UKU A;  1Q7Y O;  3DLB A;  4A61 A;  2RPI A;  4N5S A;  3OYM A;  5AQO A;  3A5L C;  4FWS A;  4KO0 A;  4EIA A;  1BQM A;  3CG7 A;  3SV3 A;  4JKG A;  4FJ9 A;  2I5J A;  1FKP A;  1ITG A;  1NGH A;  3AAR A;  1NWK A;  1ZBU A;  4RTF D;  1SS6 A;  4DTX A;  4MLH A;  1S1X A;  3CI5 A;  3HP9 A;  4C8K A;  3VQB A;  4DV7 K;  2O4I A;  3QEP A;  3LAL A;  5TKY A;  3VGM A;  1NOZ A;  1ZXO A;  3ULE B;  1TKX A;  3V9U A;  2GWK A;  3M8P A;  3CJA A;  1HUX A;  3K9J A;  1YTU A;  4FWP A;  1TYQ B;  3TAF A;  1ZBI A;  1YI2 N;  1RNH A;  3NGY A;  3V9Z A;  1QSL A;  2YCH A;  4CBW A;  5SZT A;  2JLE A;  5AR0 A;  2I7N A;  2HST A;  3MMV A;  1BIS A;  3KIO A;  1ZBH A;  1UOC A;  5JS2 A;  2FXU A;  2UYT A;  3JYT A;  3KHY A;  3J7Z O;  5AQW A;  1JLG A;  3WEE B;  4GMJ B;  3CF5 L;  3OYK A;  3HL8 A;  4Z4I A;  2PYL A;  3WNH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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