4TSXA

Hiv-1 integrase catalytic core domain mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
143
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAETLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna binding protein
total genus 49
structure length 143
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4tsxA00
2VWJA 4M3RA 2Y1IA 1C0UA 3VQ6A 1IO2A 3TAPA 3K5MA 1BI4B 5C25A 4M3UA 1RBSA 1SKRA 4E7HA 2HW3A 1BIUA 2IGIA 3NGYA 5E41A 4DU3A 3QEWA 5I42A 5DK5A 3O4QA 4Z0UA 3RMCA 4CGIA 3HK2A 3ISNC 4OKEA 2EHGA 4CHNA 4DSFA 4W5QA 1SKSA 3NH2A 4CEEA 1FKPA 3QESA 5HBMA 2LSNA 1GOAA 4CGGA 2IC3A 2Z1HA 1HYVA 3DLRA 4E7LA 2NUBA 3AVKA 1WN7A 3QEIA 4IBNA 4DLGA 5J2QA 4CEZA 3VQ7A 4W5OA 4BACA 3KD1E 4KPYA 4O0IA 1LW2A 1WSIA 5DMRA 4RW8A 3CG7A 3HPHA 2GUIA 2G8VA 3ZT4A 3HVTA 3NBPA 4IFVA 4TSXA 1L3UA 1WSGA 4KHNA 1S1WA 1X1PA 3DLBA 1K6YA 4FLZA 4M3WA 3NDKA 4PUOA 1T8EA 4FJNA 1D5AA 5KI6A 3KK2A 4KHQA 3A2FA 1KLMA 3M8PA 2HNDA 1U4BA 3RR8A 2QXFA 2I5JA 4FXDA 3MXJA 3NF7A 4LH4A 4AHSA 1ASWA 4M42A 5FRMA 1S1VA 4O4GA 1VSKA 1UA1A 3V1OA 2IS3A 3LZIA 1XI1A 1EKEA 3QIOA 4ELTA 3KK1A 3SPZA 4OLAA 3VQPA 2X74A 3HSTB 4Q5VA 1VSDA 3VQAA 3K5NA 3SV3A 3TANA 4CHQA 4E7IA 2KTQA 3PX6A 1S1UA 4E7JA 4K8XA 4CF1A 1ASVA 3I8DA 2GBZA 2EX3A 4GW6A 1L3VA 3NE6A 3OYJA 4CEQA 3B6PA 1LAVA 1HMVA 4CESA 2X6SA 1LWCA 4CIEA 4FJLA 1KTQA 2BDPA 1JLGA 3B6OA 3DRSA 4O44A 1J9AA 3IS9A 2OA8A 1WSEA 2OPPA 4ICLA 3SZ2A 3SCXA 1S9EA 3JYTA 3BGRA 1RT1A 4CJ5A 4CK2A 3HM9A 1R0AA 1EX4A 4BDYA 3E01A 1QSYA 3HP6A 4FCYA 4M3XA 3VQ8A 4FJIA 4CCHA 3V9UA 5CZ1A 3K2PA 1QQCA 5CY4A 4E19A 4CERA 3OJUA 4JRPA 4DTMA 1JKHA 3G0ZA 1WAJA 1KVCA 4KTWA 3QO9A 1BISA 2OZMA 3NH0A 4CGHA 3KIOA 4E7KA 3UIQA 1S6QA 3L2QA 5CZ2A 3VQQA 3ZT0A 2R7YA 3L2VA 1VK0A 2OZSA 2XY8A 3AA4A 1NK9A 4Z4EA 4Z4CA 3S3MA 1CXUA 2G8UA 4YNQA 2YNIA 1TL3A 3QINA 1D9FA 1BCOA 1RTHA 4KHUA 2BE2A 1U04A 1TKXA 1RDCA 1QE1A 4M41A 3V1QA 1NJWA 4DQIA 3VQ9A 1RDDA 2FC0A 4QCLA 5SWMA 2DFFA 3SV4A 4CE9A 3TAEA 4ZTFA 1UA0A 4GMJB 4DQRA 4M3YA 3QEVA 1NJZA 3SI6A 3JSMA 4JRQA 1G15A 3V1RA 3LP0A 4KTZA 2XHBA 1A5VA 3ZSRA 4CIFA 4FVMA 1WAFA 4IFYA 4EP4A 4OPJA 4KTQA 4BWJA 1HPZA 2IAJA 3NFAA 4CJRA 5I3UA 3K5OA 4DMNA 4OVLA 3HPOA 4CJVA 4EZ9A 1QTMA 3TR8A 3OYAA 1VRTA 4HVJA 4DSIA 2GV9A 2QKBA 4FJ8A 1HQEA 2OPQA 1XWLA 1VSEA 4DTRA 5J2PA 2ETJA 3MEGA 4CGJA 4DFMA 4LH5A 4DTPA 4GVMA 2OYQA 4FJ5A 3VQEA 4OPKA 5EU7A 3QEPA 4F3TA 3LP1A 1BQMA 3RRGA 2P5GA 3CFPA 4AH9A 1QSLA 1TK5A 3PX4A 1VSFA 4B08A 1VSIA 1RBVA 1FXXA 3C94A 1LW0A 2O4IA 2KQ2A 2ATQA 2D0AA 2ZD1A 1DLOA 3VN5A 4CFBA 3KLEA 1NKCA 1HYZA 3L3VA 4DTSA 1TAQA 1TK8A 3ULDA 2VG7A 3PUFA 1O1WA 1SL1A 3LP3A 3AVHA 4O55A 2HHQA 3SQ1A 4N76A 4FM1A 3ZSXA 3AVLA 1KFDA 3ITHA 4IKFA 3C6TA 3HL8A 1DTTA 3P83D 4CEOA 5T7BA 3OYHA 2G8FA 3AO2A 3CYMA 4BE2A 1NK0A 4CIGA 4E1MA 3AVNA 2XO7A 3KD5E 2YNGA 2WOMA 1ITGA 5KRTA 4PWDA 1GOCA 4O5BA 4OJRA 4FLVA 3SQ2A 3DM2A 4N56A 1U49A 1ZBUA 3RMDA 2YNFA 1TV6A 4MFBA 3HYFA 4H4OA 1KLNA 4DQPA 4KHWA 4FJKA 1YTUA 1SL0A 4FK0A 3V6DA 4J2EA 4FW1A 4OLBA 3OYEA 4OKJA 4DF8A 4DFPA 4DF4A 1N6QA 2ZE2A 1Q9YA 4RW9A 4HUGA 1RDAA 4DG1A 1W0HA 4FJHA 1RT2A 2JLEA 4DS4A 4C8LA 3NF9A 1NK8A 4FZXC 4FJ7A 4HTUA 3T1AA 3AVGA 4Q0BA 3M8SA 4FLXA 3WNFA 1IKXA 1EXQA 1LWEA 3DI6A 3DOLA 1B9FA 4JS4A 3WNEA 1TKDA 1I3AA 3NF6A 4UQGA 4ELVA 1VSJA 4LD0A 4CJ3A 3OS0A 4NYFA 1JLCA 2F8SA 4HCBA 4J2BA 3KKSA 4CJ4A 1X9MA 1BGXT 1TL1A 2XY5A 1VRUA 1BHLA 3AVCA 4CGFA 3THVA 3TAMA 2P1JA 4FM0A 3AA2A 3S3OA 1NJYA 4Z4FA 4N41A 4RW7A 3LAMA 5J2MA 3TAFA 2YHBA 1LAWA 2KFZA 2DFEA 2HNZA 2DY4A 5FROA 1HNIA 1RT4A 1NKEA 1TAUA 4CJSA 3KK3A 4HUFA 4OGEA 3V81A 1T7PA 1T05A 3MXMA 3O4NA 1KFSA 4CECA 3CM5A 1RTJA 4JS5A 3VQDA 4ZTJA 1ZBFA 4HUEA 3K5LA 4NCBA 4FLWA 2VWKA 1A5WA 2HHWA 4CHPA 4FJJA 4FJMA 4F2SA 2KW4A 1J53A 1S1XA 1TGOA 3MEEA 3P5JA 3C95A 4ID1A 4LSNA 4EP5A 4W5RA 4KB0A 2B4JA 2PYLA 1SV5A 2IOCA 1U47A 2G8WA 1N5YA 2RPIA 2QK9A 5FDLA 4E0DA 3V9XA 1ZBHA 3AVIA 4E89A 1GOBA 2HHSA 3LALA 3T3FA 1RNHA 4KB1A 3SUPA 4FJGA 4OGCA 4DSJA 2D0CA 2BGGA 3U3YA 1SKWA 4AILC 3HT3A 4CF0A 3G10A 4CFCA 4PQUA 1U45A 2JGUA 1C0TA 1DTQA 1JXEA 3HP9A 1C1BA 4I9LA 3WNHA 3AO3A 1IKYA 5D3GA 2G8IA 4NCGA 2AJQA 3OJSA 5HRNA 4CHYA 1KSPA 4L8RB 4KHYA 3OYDA 1QHTA 4I2PA 4WE1A 3O3FA 3OYCA 2XRIA 3TWHA 4KAZA 3DLGA 2DFHA 3MEDA 3OYKA 4FJ9A 3ALYA 4CFDA 1XHZA 2HHTA 4RW4A 3KLIA 1F21A 2E4LA 3LANA 4AHVA 2YKMA 3OYMA 1MU2A 1RT5A 4DFKA 3QNNA 5JS1A 1BI4A 4XIUA 2RF2A 2A1RA 4FK4A 3OS1A 1JLBA 3L2UA 4C8NA 2B5JA 4KI6A 4FYDA 4CEDA 4CJPA 3AO5A 1J5OA 4Z4IA 4LSLA 1W9HA 3DRPA 4M45A 4KV8A 3AVBA 1X9WA 3DLHA 3TARA 3LP2A 4O0JA 1NK7A 3HJFA 3AVFA 5HRPA 3KTQA 2Z1GA 1EP4A 2Q3SA 4G1QA 3TABA 3ZSZA 1L3TA 3NGIA 2HB5A 1I39A 5KGWA 3AA3A 4CJEA 4DLEA 4E3SA 1S5JA 3SQ4A 3HPGA 4K8ZA 2FBVA 3SUQA 4DTNA 3VA0A 3PY8A 2FBXA 3K58A 4DSEA 3RWUA 3PO4A 4DU1A 3DOKA 4QOZB 1J54A 1D9DA 4KREA 1JLAA 1WNSA 3T19A 3V4IA 4N5SA 4DTJA 1KRPA 2E6LA 2B6AA 2YV0X 3NCIA 2D0BA 3OYNA 4ELUA 1C1AA 3I0SA 1U48A 1ZBLA 4CJLA 1ASUA 4FZZA 3F9KA 4H8KA 2YNHA 1KVAA 4CJWA 3VQ4A 4DQQA 4IDKA 1Q9XA 4J2DA 2W42A 3PO5A 3L2WA 3KLGA 1BIZA 1JLFA 1IKVA 1Z26A 3IRXA 3M8QA 3KLHA 1TKTA 5CYMA 4CEFA 3VQ5A 4CJQA 3AO4A 5HRSA 3PV8A 5K14A 2PZSA 3OYBA 3RR7A 4DS5A 3V9ZA 3AVJA 5C42A 1RBRA 1S9GA 2ITGA 1D8YA 3DLKA 4DWIA 4B9NA 4I7FA 4CK1A 1RT7A 1LWFA 1KVBA 3LDSA 4C8OA 4KI4A 4N47A 5HRRA 4KFBA 4FW2A 5CYQA 4CFAA 3MECA 3QERA 4CHOA 4RG8A 1UOCA 1JLQA 3WNGA 4H4MA 1TKZA 4DSLA 4CHZA 5HP1A 4CEBA 4B9SA 1XC9A 1BL3A 4DQSA 1RTIA 4FLUA 1IG9A 1QS4A 2G8HA 2QKKA 1NK6A 1LV5A 2X6NA 1X9SA 1RILA 4CJUA 1RTDA 4M3TA 3V9WA 4YFUA 1QSSA 4B3OA 1YTAA 3OYFA 3MAQA 1FKOA 4E1NA 4FZYA 2HVHA 4R5PA 1HQUA 3OVNA 4FLYA 1L5UA 3QIPA 4J2AA 3ZSQA 3SUOA 3AVAA 3TI0A 3V9SA 3ZSYA 2F96A 4CJKA 4C8MA 2E6MA 3LZJA 2HHUA 3S9HA 5HLFA 3K57A 3C6UA 3CFRA 4B9LA 1CZ9A 1S1TA 3OS2A 1NK5A 4QAGA 3D0PA 4DTUA 2HNYA 4B9TA 3LPTA 5KRSA 4PY5A 1JL2A 1WSHA 4F3OA 1L3SA 1JXBA 3NHGA 1Q8IA 3CM6A 3KJVA 3SYZA 2KZZA 1IH7A 2KZMA 1NKBA 4B8CA 3DLEA 3VQCA 5C24A 5HROA 3LWMA 3OY9A 2BANA 4BDZA 3CFOA 3CQ8A 3QLHA 3L2RA 3RMBA 2G8KA 1B92A 3IAYA 4OKKA 1KCFA 4ZHRA 3ZSOA 3EZ5A 1XHXA 1YVUA 2HVIA 5KGXA 1Z25A 2WONA 1IKWA 1RBUA 3QETA 2OPSA 3F73A 2YKNA 4LY7A 3ZT2A 2YHAA 3M8RA 4KRFA 2PY5A 3DYAA 1NOYA 3NH1A 4NCAA 3SUNA 1JL1A 4I9QA 1Y97A 2D5RA 2F8TA 2P5OA 2O4GA 3P1GA 3ZT1A 4Y1DA 3SQ0A 4F4KA 4Z4HA 3RMAA 4DFJA 1HNVA 2OPRA 4CEAA 4FLTA 3QNOA 1NJXA 4B9VA 2KFNA 3DRRA 3ZCMA 3RRHA 1C0MA 4RW6A 3K59A 3PX0A 1HYSA 1RT6A 5KTQA 4DSKA 1EETA 1SL2A 1VSMA 3ZSVA 1NOZA 3H08A 4B9MA 2HHVA 1C6VA 3ZSWA 1RBTA 4FK2A 3HVRA 2DTUA 1NK4A 2XY7A 1T03A 1SUQA 3AO1A 3NGZA 2X78A 3SPYA 4AHRA 1A5XA 4PA1A 1ZBIA 1S6PA 3OYLA 4HHTA 4BE1A 4BWMA 2FBYA 4DTXA 3FFIA 3D45A 4CF8A 4BE0A 3NF8A 3HO1A 4I2QA 3EY1A 4BDPA 1VSLA 1CLQA 4FM2A 1WSJA 4ID5A 3U6FA 2Z1IA 2VG6A 3SJJA 3AA5X 3DMJA 1C1CA 3OYIA 3TAGA 4AHUA 1HRHA 2PYJA 3L3UA 3VA3A 2A1SA 1BCMA 1BQNA 1UAXA 3KKRA 5J2NA 1FK9A 4F2RA 4F8RA 4B8AB 3LWLA 3L8BA 4KHSA 2HHXA 4HCCA 4KO0A 3HXMA 4W5TA 3RTVA 3MXIA 2IDOA 3AVMA 2HMIA 3QEXA 3ASMA 3O3HA 4CK3A 4B9UA 3EYZA 4CF2A 4CJTA 4Y1CA 2RKIA 3U3GA 1WLJA 1RDBA 1REVA 3LAKA 5J1EA 3S3NA 3I0RA 2FBTA 4AHTA 4Z4GA 2Y1JA 2ZQBA 3LPUA 2XY6A 1YT3A 3OYGA 4FJXA 4JLHA 4CJFA 4NYNA 4EZ6A 1RT3A 2VG5A 1HJRA 4M3ZA 1TK0A 3ZT3A 3BDPA 1WSFA 3O3GA 5FRNA 1UWBA 4DTOA 4C8KA 4CGDA 2RN2A 3NAEA 4DU4A 2Z1JA 4IG3A 1B9DA 1RCHA 4IG0A 3TAQA 1TVRA 3AV9A 5SZTA 5JS2A 3KLFA 3SNNA 4W5NA 1CZBA 2P51A 4KKOA 3VQBA 4CF9A 4MQ3A 4AHCA 3IG1A 1VSHA 1CXQA 1JLEA 1ZYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CHWA 2Y1IA 4F9OA 5AQWA 3VQ6A 3K5MA 5C25A 3SMPA 1RBSA 1BIUA 1NLVA 5AQUA 4DU3A 4GV6A 5DK5A 5BRDA 2FSKA 3ISNC 2EHGA 1FKPA 2P9NB 5BPNA 4CGGA 3I8BA 2IC3A 3QEIA 3SLCA 3VQ7A 3KD1E 1N33K 3TSPA 2GUIA 2HMPA 3HM8A 4A59A 1L3UA 1WSGA 3LDNA 1S1WA 5TKWA 1X1PA 4I6MB 4LFAK 4CVNE 1TYQA 4PUOA 5CE3A 2H3GX 1DT9A 4BRDA 4YDUC 1BDGA 1KLMA 3MXJA 4DV3K 2HBJA 1GLCG 2IIRA 3CCSN 4DV2K 1UA1A 3CJ1A 3V1OA 2QXLA 5JVGL 4ELTA 3KK1A 4OLAA 2X74A 1VSDA 5BRHA 3PLAA 2Q0RA 4CHQA 4E7IA 3SAFA 3L4QA 3SJHA 1YXQA 3QB0A 4CEQA 3UKUB 3B6PA 1LWCA 4FJLA 1KTQA 1VQ5N 2OA8A 2OPPA 1BOTO 2WBNA 1S9EA 3HM9A 3OA9A 3EKSA 1VQ7N 4M3XA 1E3MA 2AA4A 5CY4A 4E19A 3OJUA 4JRPA 2O8CB 3UIQA 3CCJN 1S6QA 4IWVA 5CZ2A 3VQQA 2R7YA 3H3NO 2OZSA 3AA4A 1NK9A 4Z4EA 1CXUA 3ZETB 2G8UA 4DV4K 4YNQA 2E2QA 1TL3A 3QINA 1D9FA 4KHUA 3U8XA 1TKXA 4DQIA 2FC0A 5SWMA 3W3DA 3SV4A 3TAEA 4BRMA 4M3YA 1NJZA 2YX6A 4JRQA 4CZGA 2XHBA 3F9MA 4CZFA 1QVFM 2O8EB 3WXLA 4EP4A 4DUZK 3NFAA 4BROA 1QTMA 1D4XA 2A40A 2GV9A 3W0LA 2OPQA 5J2PA 2ETJA 3MEGA 4CGJA 3QBXA 4DTPA 3K0SA 4A57A 3RSEA 1CZAN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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