4TSXA

Hiv-1 integrase catalytic core domain mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
143
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAETLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna binding protein
total genus 49
structure length 143
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4tsxA00
2F96A 3M8QA 4CF9A 3PX0A 3SPYA 1ZBIA 3KKSA 2G8WA 4FLVA 1TKTA 1KRPA 2QXFA 4E3SA 3V9UA 4E7LA 1NK6A 4LH4A 4KRFA 3CFPA 4KV8A 3ZSQA 1CZ9A 4NYFA 1RTIA 5FROA 1T7PA 4M42A 3OYFA 2OPQA 4AILC 1RT5A 5KI6A 1QSSA 4CJPA 1NK5A 2DY4A 4R5PA 2RF2A 4FZXC 4FJKA 3NF7A 4EP4A 3MEEA 4OKJA 4E19A 4DU1A 3SUQA 4CJTA 4DQQA 1SKWA 3KK2A 3P5JA 3AVCA 3SQ1A 2Z1JA 1JLAA 1NKCA 3T19A 3NAEA 3AA4A 4IFYA 3SUNA 1RDCA 1VSKA 2Z1HA 4ZTFA 3NF9A 1VK0A 3AVKA 1VSJA 3V6DA 2DTUA 1C0UA 3SQ4A 4FYDA 3ZSOA 1RT4A 4YNQA 1WSJA 3B6PA 4O5BA 2HHXA 1NJYA 3LP1A 4CJUA 4KAZA 4FCYA 4IFVA 1J5OA 3ZT3A 4Y1DA 2QKKA 1HNVA 4M3UA 2ZE2A 4I2PA 5KRTA 3DOKA 2HHSA 3IS9A 4IDKA 4ZTJA 4G1QA 4B9SA 4E7HA 1XC9A 1UA1A 4BWMA 4ICLA 3TWHA 3V1OA 3B6OA 4CJSA 4UQGA 4F4KA 4E7IA 4HCBA 4M3RA 3QIPA 4CJEA 5HRSA 4B9VA 1JLCA 3VQ6A 4FJXA 4B9TA 1I39A 2IOCA 1VRUA 4OJRA 1JL2A 1DTQA 3HJFA 1Z26A 1SL0A 4FJIA 1LAVA 2KFNA 1T05A 4W5NA 3WNHA 4I2QA 4CECA 2QKBA 2B4JA 4M45A 2ITGA 4CJRA 2EHGA 2KQ2A 1ZBLA 4QAGA 3IG1A 3VQ9A 2D0CA 3AVNA 3S3MA 2IC3A 4RW4A 4CEFA 3KTQA 4M3ZA 3E01A 5CZ1A 3DLBA 3K57A 2LSNA 3CFRA 5CYQA 2HVIA 1TL3A 5J2MA 2FBXA 4RW7A 4B9NA 4B8CA 2ZQBA 1HYVA 2FBTA 3ZCMA 2W42A 4KFBA 4JRQA 4E1MA 2YHAA 3WNEA 1JXBA 2O4IA 4FVMA 5HBMA 2JGUA 3HL8A 4NCGA 5J2NA 2RN2A 4OLBA 1LV5A 2P1JA 2F8TA 4O44A 3O3HA 3CFOA 3P83D 4TSXA 4CEZA 1TAQA 4OGCA 2RKIA 4DU3A 1BIUA 1WSEA 3DOLA 1W0HA 3A2FA 4BWJA 4DLEA 3O4QA 3V9SA 2Y1JA 1Q9XA 4K8ZA 4M3XA 4CHQA 1RT2A 3AVAA 4ELUA 3DRRA 1D9DA 4FJGA 2HHWA 3HP9A 3H08A 3ZSVA 3QETA 1U48A 3MXMA 4EZ9A 3OYGA 2GUIA 3VQBA 1J53A 5CY4A 3M8SA 1YVUA 4O4GA 4CCHA 1QSLA 2HVHA 1RT6A 2KW4A 1NK4A 4KO0A 2XY6A 4DSLA 4J2EA 1HNIA 1VRTA 3OJUA 1QQCA 4N76A 4Q0BA 3RRGA 3KIOA 1JKHA 2D0AA 2IAJA 3HPHA 4GVMA 3OJSA 2WOMA 3VA0A 4N56A 2XHBA 1TKDA 4Y1CA 3D45A 2E6LA 3TANA 4PWDA 4AH9A 1D5AA 1TKZA 2ETJA 1G15A 3BGRA 1KFDA 3NFAA 1Y97A 4NYNA 1QE1A 3VQPA 4W5QA 4FLWA 1NK7A 4Z4FA 3OYIA 4DWIA 3RMCA 1N6QA 4FLUA 4DTRA 4CIEA 1GOAA 1HMVA 5HRRA 3ZT2A 3ZT0A 1EXQA 5HRPA 3L3UA 3ZSZA 4BACA 3LAMA 3KLFA 1SKRA 4N41A 3ZSRA 3RTVA 3EZ5A 1VSDA 3CM5A 3L2UA 3AO3A 3AVMA 5KGXA 2HNYA 1C1CA 1VSEA 2WONA 4W5TA 3TAPA 1XWLA 3VQ5A 4WE1A 5SWMA 1TVRA 1ASWA 2HHVA 4CEOA 2HNZA 4HHTA 2YKMA 4NCBA 4N5SA 2XRIA 4CGFA 4FLTA 5EU7A 4CFAA 3HT3A 4LH5A 3NCIA 3QERA 4M41A 4CFBA 4CF2A 1C1BA 4JLHA 4CGJA 2HB5A 3BDPA 4KTQA 5KGWA 3LAKA 1WSIA 1I3AA 1VSMA 1U47A 4DFMA 5C24A 2OYQA 1RBRA 3VQ7A 3ZSXA 4FM2A 2OZSA 1HPZA 3JSMA 3IAYA 1ITGA 3NH2A 3ULDA 1KLNA 1C0TA 4E0DA 2YKNA 4M3TA 4DMNA 4E1NA 1BI4B 1UAXA 4RW6A 1JXEA 3VQDA 4CJLA 1HYSA 3KLEA 1L3VA 3KKRA 4C8MA 4XIUA 2QK9A 3ZSYA 2IS3A 1FKOA 2JLEA 4DFKA 1O1WA 1UA0A 3I0RA 4CJFA 4JS5A 3MECA 1Q9YA 4B9MA 4OPJA 3TARA 2Q3SA 2GV9A 3FFIA 2X6SA 3L2WA 1L3UA 3HPGA 3VQEA 1N5YA 3PO5A 4J2DA 3AVIA 4IKFA 4KREA 5J1EA 3QEPA 4CJKA 2E6MA 2PYLA 3LDSA 3S3OA 1D9FA 3RR7A 1TAUA 1QHTA 3F9KA 1TL1A 3HPOA 1S1UA 3QINA 3QNOA 1J9AA 3NHGA 1RBTA 4PA1A 1NK0A 5J2PA 1KVAA 4DSFA 4KHYA 3AA3A 4CIGA 2BE2A 4KI4A 1CLQA 4Z4IA 4KTWA 4CGDA 2YNFA 4AHTA 1ZBFA 5I42A 1L3TA 1HYZA 3ZT4A 3SPZA 4F2RA 4C8OA 3LWLA 4DTUA 2YHBA 4AHRA 1HQEA 3TAEA 3KK3A 1X1PA 1WSGA 3S3NA 4Z0UA 4EZ6A 2FC0A 4KKOA 4KI6A 1C6VA 4F2SA 4AHVA 3KD5E 3K5OA 3SUPA 4KB0A 4KPYA 4CGHA 4W5OA 5CYMA 3AVGA 3AO2A 1JLGA 4JRPA 3RWUA 4CK1A 4FJ7A 1S9EA 1WSHA 4CJVA 3RMDA 3HVTA 2HMIA 3U3GA 3KLHA 5C42A 3O4NA 1LWEA 4OKKA 4FJ9A 5HROA 4BDZA 4FJNA 4J2BA 1YTUA 1LW0A 1XHZA 2YV0X 3K5LA 4E7JA 4LSLA 4FK0A 3AV9A 4OGEA 1SKSA 5JS2A 3DLRA 4FLXA 4PQUA 1UOCA 1L3SA 1BIZA 1RCHA 5JS1A 1FXXA 3I0SA 4CJQA 1YT3A 2VWJA 3WNFA 3SUOA 1BI4A 3V1RA 3K59A 3HO1A 3AO5A 3NGIA 4DF4A 1BHLA 2B6AA 3LPUA 4B9LA 3TR8A 3L2VA 3AVLA 1RTHA 2OPRA 3D0PA 3O3GA 1CXQA 2F8SA 3AA5X 1BQMA 4E89A 3MAQA 4H4MA 3DI6A 4CFDA 4KHUA 3DMJA 4IBNA 2XO7A 3CG7A 3DLGA 1KVBA 3AVJA 4DSJA 4CHYA 3HK2A 2HHQA 1R0AA 3OS0A 3DRSA 4DSKA 3RRHA 4MQ3A 5T7BA 2VG6A 4FW2A 1J54A 1S1XA 4Z4EA 4CK2A 1ASVA 1IKXA 3DLKA 4Q5VA 1KSPA 1EX4A 3LP3A 3MEGA 2I5JA 4CF0A 3KLGA 1BISA 5SZTA 3K5NA 4DTPA 1WN7A 1QSYA 1TKXA 3IRXA 4YFUA 1NK9A 3QO9A 4CHZA 5FRNA 4FLYA 1TGOA 3PX6A 2IDOA 5J2QA 1RDAA 4LD0A 4KHWA 1T8EA 1JLFA 2YNHA 2G8KA 4ID1A 5DMRA 4DS5A 1FKPA 4BE1A 3QEVA 3S9HA 1IH7A 3OYLA 1X9WA 3ALYA 3TAFA 3SQ2A 1C1AA 3CYMA 2EX3A 3SZ2A 2NUBA 4FJJA 3LALA 4DTMA 1S9GA 4DLGA 2IGIA 4CJWA 4FM1A 2B5JA 1BL3A 1RT3A 4DQRA 3V4IA 3RMAA 3I8DA 1LAWA 4FZYA 3M8RA 1RILA 4PY5A 3OVNA 3RMBA 2OPSA 1A5WA 1IKWA 3KLIA 4AHCA 4OVLA 4CE9A 3F73A 1WSFA 1ASUA 5DK5A 3ITHA 2BANA 3VN5A 4B8AB 4FM0A 4C8LA 4NCAA 1IKVA 4HUFA 3UIQA 4I9QA 1ZBUA 3DRPA 1JL1A 4DF8A 1WAJA 4B3OA 4M3YA 3HM9A 1MU2A 3LP0A 3VA3A 3L8BA 4DSEA 2BGGA 1RNHA 1BCOA 1S6PA 4DFJA 1NJWA 1A5XA 1ZYQA 4KB1A 1A5VA 1RBVA 4CF8A 3QNNA 1T03A 4FZZA 2BDPA 2DFFA 1HJRA 2Z1GA 3AVHA 3JYTA 1HQUA 4CIFA 4ZHRA 4BDYA 4FLZA 4F3OA 2KZZA 2ATQA 4Z4GA 1FK9A 4C8NA 4CJ4A 4CK3A 4MFBA 2A1RA 4FK2A 1S6QA 1IO2A 1F21A 2HHTA 2PYJA 3NDKA 4HCCA 3NGYA 4FW1A 4HUEA 1LWCA 1VSFA 4IG0A 3AVBA 1TK5A 4RG8A 4OPKA 5I3UA 1SL2A 3ISNC 1IG9A 3OYDA 4FJ8A 4AHUA 3TAMA 1BCMA 4I7FA 2D0BA 3OYJA 1GOBA 2XY5A 2YNGA 3KJVA 4J2AA 3NBPA 3PO4A 3ASMA 3NF8A 4PUOA 2PY5A 4AHSA 2R7YA 2XY7A 4CF1A 2G8IA 3PUFA 4CERA 3K2PA 4DTJA 5HP1A 4OLAA 4F3TA 3O3FA 4CEQA 1XI1A 1U45A 1JLEA 4DQSA 1KTQA 2E4LA 4Z4CA 5FRMA 3HVRA 1LWFA 3MXIA 3OS2A 3QEWA 4KHQA 3OS1A 4N47A 4DQPA 3P1GA 4F8RA 1KLMA 4ELVA 3G10A 5D3GA 3QEXA 3C94A 3DLHA 1CZBA 2ZD1A 3CQ8A 4ELTA 3LPTA 4DTSA 3DLEA 2G8HA 4CEBA 3NE6A 3PV8A 1VSHA 1UWBA 2VG5A 3SQ0A 4CGGA 3RR8A 1RDBA 1WAFA 1RBSA 3OYNA 2A1SA 3LP2A 2VWKA 2P51A 4QCLA 3AO4A 1B9DA 2DFEA 3OYHA 4DSIA 2D5RA 5FDLA 4FXDA 2AJQA 1U4BA 3EY1A 2GBZA 1KVCA 4DQIA 1B92A 2VG7A 1LW2A 4CHNA 3SV3A 5E41A 4E7KA 1QTMA 1VSIA 4Z4HA 4M3WA 3C6TA 3V9ZA 1NOZA 4DTOA 4DTXA 4H4OA 4O0JA 2FBYA 1DTTA 3VQCA 1VSLA 1RDDA 3OYAA 3AO1A 1TK8A 2P5OA 1RTJA 4HTUA 1EP4A 3QESA 3V1QA 1SL1A 4JS4A 1DLOA 2X78A 1IKYA 1GOCA 4H8KA 4CFCA 1NJZA 2OPPA 4LY7A 2RPIA 2HW3A 3C6UA 4BE0A 3TABA 3T3FA 3QEIA 1NK8A 5K14A 3T1AA 3SYZA 4K8XA 1WNSA 3NF6A 3LZIA 3TAGA 1JLBA 3HYFA 1B9FA 4HVJA 4B9UA 3V9WA 1EKEA 1Q8IA 3M8PA 1XHXA 3AA2A 4DU4A 4B08A 1U49A 4KHNA 4QOZB 3SJJA 1S1TA 3LANA 4HUGA 3V9XA 1U04A 4GMJB 4BDPA 3C95A 2O4GA 2XY8A 5C25A 2OA8A 1S5JA 3CM6A 3VQQA 3NGZA 3HXMA 2Y1IA 1REVA 1X9MA 1Z25A 2HNDA 3VQ8A 3V81A 4CHPA 1RT1A 2Z1IA 4CEEA 5KRSA 1S1WA 3VQAA 4FJLA 2HHUA 3SI6A 2FBVA 3DM2A 4RW8A 3SV4A 1RBUA 4BE2A 3PY8A 4FK4A 2DFHA 4CGIA 1S1VA 3NH0A 4DS4A 1JLQA 3QIOA 1W9HA 3OY9A 2G8VA 4LSNA 3HP6A 1CXUA 5KTQA 4L8RB 2PZSA 4W5RA 4C8KA 2KFZA 3QLHA 4KTZA 4ID5A 2KZMA 3OYBA 1BGXT 3U6FA 1NKEA 1QS4A 2X6NA 5HLFA 1D8YA 1NOYA 3OYEA 4EP5A 3EYZA 3U3YA 3TI0A 3NH1A 4CHOA 1NKBA 1RTDA 3L2RA 3VQ4A 4FJMA 1RT7A 3DYAA 3OYKA 1NJXA 2YNIA 4CJ5A 1WLJA 4O55A 4CEAA 4IG3A 1SV5A 3OYMA 1X9SA 3AVFA 5CZ2A 4DTNA 3L3VA 4CEDA 2X74A 3PX4A 4GW6A 4FJ5A 4KHSA 3KK1A 4CESA 4FJHA 3L2QA 1ZBHA 1YTAA 3ZT1A 3MEDA 4DG1A 1KCFA 4OKEA 1K6YA 2KTQA 3LWMA 4CJ3A 1L5UA 4O0IA 3WNGA 1TV6A 3OYCA 1SUQA 4DFPA 2G8FA 3ZSWA 1C0MA 4I9LA 5HRNA 1KFSA 2OZMA 1HRHA 1BQNA 2P5GA 3G0ZA 3KD1E 3MXJA 3THVA 3LZJA 3SCXA 3K5MA 2G8UA 4RW9A 3SNNA 3TAQA 3K58A 1TK0A 1EETA 3HSTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPYA 1FJGK 3UKUB 1Q81O 4LH4A 4B1ZA 1CZ9A 4A5BA 4NYFA 3CC7N 1RTIA 2A40A 1NMDA 2OPQA 4X66K 2HOEA 1V4SA 3VEOA 2Q2RA 3NF7A 4EP4A 4OKJA 4CJTA 4DQQA 1SKWA 3KK2A 3AA4A 3WUHA 2FLOA 4OX9K 2Z1HA 3D7EO 3TU5A 1VK0A 4IWVA 1VSJA 3DXMB 4A2AA 2JWLA 5C10A 1RT4A 4YNQA 3ATVA 3LP1A 4BRDA 4FCYA 4Y1DA 3KK7A 2QKKA 2ZE2A 1OVYA 1QVGM 3DOKA 3IS9A 3EEQA 2CGLA 3F9MA 3NVKA 4FO0A 4CJSA 4CZMA 2UUAK 3E9LA 4B9VA 4FJXA 1I39A 2IOCA 1JL2A 3H46O 3HJFA 3I8BA 4FJIA 4H5VA 3ENOA 4CECA 2QKBA 3VOVA 4CJRA 5KPTA 2KQ2A 4NXMK 1EQYA 4M7YA 3QFUA 2I7NA 2A5XA 5JLFA 3DLBA 1YI2N 3UKUA 4FOIA 4A57A 2ZQBA 2W42A 1KD1O 5AQOA 2YHAA 4CBXA 1JXBA 4E1MA 2O4IA 2YHXA 2JGUA 3HL8A 2BH1A 4NCGA 4CZIA 1LV5A 3VEZA 2P1JA 1I94K 3P83D 1TAQA 4ILHA 1KAXA 2RKIA 3FZHA 4DU3A 3CCUN 3FE1A 1W0HA 4M3XA 4BQLA 2HHWA 3DRRA 2VGMA 4FJGA 3R8EA 3DXMA 3CF5L 1U48A 4EZ9A 2QI2A 3M8SA 1OH6A 1RT6A 4KO0A 5KQ8A 4DSLA 1QQCA 4DV6K 3OJSA 2WOMA 4YOVA 2CH5A 3TANA 3D45A 1G15A 5LY3A 3BGRA 1NK7A 1U6ZA 2QWQA 1MWMA 3LDOA 3IUCA 1Q7YO 1VQLN 2BUPA 5HRPA 1TYQB 4BACA 3RTVA 2F9WA 3EZ5A 3L2UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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