4TSXA

Hiv-1 integrase catalytic core domain mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
143
Chain Sequence
b'DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAETLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna binding protein
total genus 49
structure length 143
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4tsxA00
3HT3A 4FJXA 1MU2A 2OA8A 1JXBA 3PUFA 1TKXA 4F2RA 1VSDA 3QNOA 3V9UA 4CF2A 1YTUA 4KKOA 4KTZA 5EU7A 1J54A 4DLEA 1I3AA 1KTQA 4BE0A 3QESA 4OLAA 3OYGA 3A2FA 1L5UA 2QKKA 1IKXA 2KZMA 4CIGA 3LAMA 3VQEA 1T8EA 4FYDA 1I39A 4O0JA 3KD5E 4DFMA 3SJJA 4B3OA 3SNNA 4Q5VA 4DTMA 3OYJA 4BE2A 4DQQA 3RMCA 4FCYA 1X9WA 4FLVA 4J2EA 1WSEA 5KGWA 3HYFA 4ID5A 3LWLA 4KRFA 3QEVA 2FC0A 3NF7A 3DLEA 4BACA 2ETJA 2YNFA 3OYKA 4RW7A 4OJRA 1VSIA 2PZSA 3OYLA 2O4IA 3M8RA 2X6NA 3PX0A 2NUBA 2RPIA 3VQ4A 4FM1A 1KVBA 4F4KA 4DSIA 3HK2A 3KTQA 4ICLA 2IDOA 3AO1A 1EKEA 4M3XA 2FBVA 2YKNA 5KTQA 4IKFA 3V9SA 2OPRA 4BWJA 2OPQA 1JLEA 4CIEA 3S3MA 4CEFA 4MQ3A 1BHLA 3AVNA 3OYDA 1GOAA 4CJPA 4CHQA 3QNNA 3F9KA 4FZXC 5C25A 4W5QA 3SQ1A 1ZBIA 3VQCA 1BISA 3FFIA 4Q0BA 1UA0A 3QO9A 1Y97A 3ALYA 4WE1A 1QS4A 3KLEA 4M3ZA 3CFOA 1N6QA 1BL3A 3ZSWA 1L3UA 3BGRA 3ZT2A 4OPJA 3AVKA 3IRXA 4I2QA 1NK7A 3AVCA 1QQCA 3PV8A 5HLFA 2D0BA 1A5VA 1TL1A 3QEPA 5HRRA 1D9DA 1HPZA 1HYVA 2PYLA 4DS5A 3DLKA 4E7KA 3LP1A 4IDKA 3L2WA 3DRRA 3L2UA 4FJHA 1HNVA 1S1TA 3JYTA 2I5JA 1SKWA 2VG5A 4CK2A 4KAZA 3SPZA 3OYAA 3KJVA 4KFBA 3NDKA 3DLGA 1CXUA 5FRNA 4CEAA 4L8RB 1S1UA 4LD0A 4ID1A 1BCOA 2P51A 2XY7A 1R0AA 5E41A 3QIPA 1O1WA 4CHPA 3HM9A 4KHSA 4FW1A 4OGCA 1IKWA 5HRNA 2HHVA 4CJEA 3CQ8A 2B6AA 3OYBA 2XO7A 4C8MA 1WN7A 4Y1CA 2ITGA 3DLBA 3PO4A 3WNFA 1GOCA 3P83D 3C95A 4RG8A 1U04A 3ZSYA 2YKMA 4F8RA 1S1WA 5KRSA 3NH1A 2FBTA 1BQNA 4LH4A 2Y1JA 2F96A 3TABA 2KQ2A 2BGGA 1VSHA 2DFEA 3RWUA 2RN2A 4CERA 4CEDA 1SL1A 3HPGA 1NKBA 2HHXA 1KLMA 4JS5A 3KIOA 4Z4EA 4DSEA 3SQ0A 1QSSA 3LP0A 4DG1A 1DTTA 4NCGA 1BQMA 1B9DA 4KB0A 4J2DA 4OGEA 4DTPA 5J2PA 3V1RA 3RR8A 3SQ2A 4MFBA 4PA1A 3AVIA 1NOYA 4N76A 3MXJA 4DSKA 4DTUA 4BDYA 3HO1A 3V4IA 1VSLA 4O55A 3SZ2A 3SUOA 3P5JA 3LP2A 5HP1A 2YNIA 1FKPA 1RDDA 4CF8A 1F21A 1JLCA 5KRTA 1CLQA 2G8IA 3M8PA 2ZE2A 4CEOA 4FJIA 4IFVA 4FJJA 5JS1A 4EP4A 2X78A 1ASWA 4OPKA 1IKYA 3OS1A 3AA2A 4CEEA 1LAVA 4OLBA 4C8KA 4FLXA 4RW9A 2HNDA 3O3HA 4QOZB 1C0TA 1S1VA 4IFYA 2X74A 2P1JA 5J1EA 3HP6A 5J2QA 3T1AA 3ULDA 5J2MA 2PY5A 4CFCA 1ASVA 1U47A 2IOCA 1EETA 2XRIA 1Z25A 2KFNA 4FVMA 1JLFA 1TKTA 3V81A 2DY4A 2XY8A 1EXQA 1RBUA 2Z1HA 3SI6A 4DQRA 2D0AA 1T03A 4I9QA 3KLHA 4CJ4A 3OJUA 3L2QA 3EZ5A 1T7PA 4CJTA 4PUOA 3LPTA 2HVHA 1VSMA 3LALA 1S9GA 1ZYQA 4Z4CA 4HUEA 1ITGA 4OKJA 4ZTJA 3NGIA 1NJYA 1B92A 2OPPA 3LWMA 4N47A 3LZJA 1RDCA 3AVFA 4I7FA 4DS4A 1KCFA 3AVGA 1TAQA 2HHTA 1VSKA 1LV5A 4FJMA 3V1OA 3KLFA 3NHGA 3B6PA 1X1PA 2HNZA 4GVMA 4AHRA 3MECA 1RTIA 2BE2A 1RT6A 4R5PA 3NGZA 4FLUA 3TAPA 3G0ZA 4I2PA 2HHSA 3AO4A 2WONA 2A1RA 1NK9A 4RW6A 4HTUA 1RBVA 3C6UA 3IS9A 4OKKA 4FLYA 1U48A 1UOCA 3KK1A 2DFFA 2KFZA 4C8OA 4G1QA 5SWMA 4FK2A 4DTSA 2X6SA 2FBXA 1RTJA 3NE6A 4RW8A 3THVA 4CGIA 4E7HA 3AVBA 4Z0UA 3AVMA 1NJZA 3BDPA 1QHTA 3H08A 2EHGA 1WSIA 5DK5A 4CGHA 5T7BA 4W5OA 3RTVA 4E7IA 4DU4A 1Q8IA 3QEIA 4ZTFA 2HHQA 3SUPA 1RTDA 3DYAA 3DI6A 3SV4A 1S1XA 3SUQA 3MXIA 1XI1A 1VRTA 1NK8A 4KV8A 1NK6A 1WSJA 1YTAA 4ZHRA 1HQUA 4M45A 4KB1A 2QK9A 2HNYA 4KREA 2F8SA 4CEZA 1JL2A 1RT2A 3V6DA 3S9HA 1Q9YA 3SQ4A 3RR7A 3ZT3A 4ELUA 2HVIA 1JKHA 3TWHA 4M3RA 4B08A 3SUNA 3D0PA 4E3SA 4CFBA 1VSFA 1UA1A 2PYJA 1J9AA 4DFKA 1HNIA 1ZBHA 1LWCA 3ZSQA 5FROA 4CJRA 4M3UA 1TVRA 3IAYA 2G8HA 2Z1IA 2WOMA 4ELTA 2ATQA 1CZBA 1TGOA 4NCAA 1CZ9A 2Z1JA 3WNEA 3U3GA 4FJ9A 4YFUA 1JLBA 1SV5A 1UAXA 1CXQA 5CY4A 2RF2A 3AVAA 3V9XA 1DLOA 4H8KA 2W42A 1RCHA 3PO5A 2IAJA 4O44A 1L3TA 3NH2A 3VN5A 4FM0A 3NH0A 2LSNA 2OPSA 5C24A 1YVUA 1RTHA 3TR8A 4B9LA 4CHNA 3HPOA 3K5NA 4B9NA 3ZSXA 1BI4B 1K6YA 1VRUA 4FJLA 3NFAA 5K14A 5HROA 1IG9A 3HJFA 1RBTA 3NAEA 3TAMA 1WSFA 5KI6A 4CJFA 2G8WA 4C8LA 3D45A 3VQ8A 4BWMA 1J53A 4AHUA 3EYZA 4IG0A 1WSGA 4EP5A 3WNHA 3F73A 1UWBA 1TK8A 1C0MA 3ZSOA 4CJ3A 1TK0A 3KKSA 4Y1DA 4Z4IA 3AO5A 4AH9A 1JLGA 4CGJA 2BANA 1DTQA 4E7JA 4KTQA 3ASMA 1HYZA 4LH5A 2OZMA 4K8ZA 2JGUA 3TI0A 4UQGA 5FDLA 4FW2A 4BDPA 3AA3A 4LSLA 3ZT0A 2Q3SA 4K8XA 3VQAA 3C94A 4DTJA 2B4JA 1NJWA 1BIUA 4B9VA 1TV6A 4FM2A 3C6TA 3EY1A 1RT5A 3PX4A 3RMBA 3PX6A 2XY6A 1U45A 4KI4A 4DTRA 4LSNA 2P5GA 4CCHA 1VSEA 4DU1A 3NF6A 4H4MA 4EZ6A 3QETA 3UIQA 3HVRA 3T3FA 4CF1A 3PY8A 1LW2A 1ZBFA 3SCXA 3K58A 3CFPA 3VQPA 1HMVA 2O4GA 2YNHA 2BDPA 5HRPA 2OYQA 3S3OA 4CEBA 1SUQA 4H4OA 1GOBA 2F8TA 3SV3A 3O3GA 4TSXA 3ZSZA 2KZZA 4J2AA 3HPHA 4B8CA 4YNQA 3L8BA 4ELVA 4CF9A 5JS2A 3OY9A 1WAJA 1YT3A 4BDZA 1QTMA 4O0IA 1ZBUA 1IO2A 3IG1A 3OYFA 2HHWA 1SL2A 5CYMA 1FXXA 1JLQA 5KGXA 1A5XA 1W9HA 3HL8A 1SL0A 4F3TA 3V9WA 2DFHA 1FKOA 3LDSA 3VQ9A 2QXFA 1RDBA 1NKCA 1G15A 3I0SA 4DU3A 4FLZA 4DQIA 1RT4A 4DSLA 2VWJA 1C1AA 4O4GA 3I0RA 4CFAA 5J2NA 1TK5A 3KK2A 1NK0A 4E89A 4DQSA 1KRPA 3B6OA 4FJ5A 4NCBA 1KVAA 3KLIA 4CJ5A 4FJGA 1REVA 3AO2A 2JLEA 3V1QA 1S6PA 3DOLA 4KHYA 1VSJA 3WNGA 5D3GA 3SPYA 1SKRA 4NYFA 4PQUA 1QSLA 1RBRA 4CHOA 2XHBA 3DOKA 3CG7A 2G8VA 3K5MA 4B9SA 2A1SA 4I9LA 4FLTA 4N41A 3OS0A 2EX3A 3AO3A 1C0UA 5DMRA 5SZTA 4EZ9A 1L3VA 3HXMA 1IH7A 4DLGA 1XWLA 4CJQA 4DSJA 4FJNA 3VQDA 4M3YA 3CFRA 4CGFA 3U6FA 1KFSA 1LWFA 4E19A 2VG7A 2E6LA 4F3OA 1T05A 4AILC 4QCLA 1TL3A 4DTOA 3S3NA 2GBZA 4E1NA 4CJSA 3JSMA 3AVHA 3OYHA 4IBNA 3OYIA 4B9MA 4M3WA 4AHSA 4CECA 3L3UA 5CZ2A 4XIUA 3L2RA 3ITHA 1NOZA 4CJKA 3LP3A 3DMJA 5CZ1A 3DRSA 4HUGA 1LAWA 1ZBLA 1RNHA 1BGXT 4DWIA 3ZCMA 4KTWA 2VWKA 4JS4A 1JL1A 3RMDA 2HHUA 2YHAA 4CE9A 5C42A 3DM2A 3O4NA 3TAFA 3SYZA 1TAUA 1W0HA 1N5YA 3TAGA 3E01A 1NK4A 4AHTA 4OVLA 1NK5A 3LPUA 4E1MA 4M3TA 4O5BA 4C8NA 1KSPA 3QINA 4CGDA 4CK3A 1S5JA 4CF0A 4DMNA 1RT7A 2B5JA 1FK9A 2Y1IA 1J5OA 1RBSA 2IS3A 2E6MA 1B9FA 3ZSRA 2OZSA 1RT3A 3RRGA 4CIFA 3AA4A 1TKZA 4JLHA 3VA0A 4FK0A 2G8FA 1RDAA 5HRSA 3QEXA 1LW0A 3K2PA 3KLGA 4DQPA 4N56A 4KHNA 4DF4A 2D5RA 4KI6A 3NGYA 4CESA 2E4LA 4HHTA 2IC3A 4DFJA 4NYNA 3VQ7A 3QERA 3MXMA 1BIZA 4CK1A 1Z26A 1NJXA 3O4QA 4HCCA 1C1CA 1RILA 4RW4A 3CYMA 4FZZA 4QAGA 4FJKA 2HB5A 4JRPA 3V9ZA 5HBMA 3RRHA 3RMAA 4Z4GA 3T19A 1HQEA 1TKDA 3NF9A 2QKBA 3M8QA 3QLHA 4OKEA 2GV9A 1ASUA 4HCBA 2FBYA 1A5WA 4GMJB 3VA3A 3HSTB 4PWDA 3VQ6A 2HMIA 4FXDA 1WSHA 1HRHA 4FZYA 2KW4A 2G8UA 2YNGA 4CGGA 4BE1A 1X9SA 3AVLA 3OVNA 4FK4A 4N5SA 3OS2A 1D8YA 2DTUA 3KD1E 4AHVA 4Z4FA 4DTNA 4W5RA 1D5AA 4CHZA 4Z4HA 2ZQBA 3P1GA 3AA5X 3HVTA 1BCMA 3G10A 1KLNA 3OYNA 1WAFA 2VG6A 3DLHA 4B9UA 3MAQA 2GUIA 3LANA 2RKIA 1WLJA 1HJRA 2D0CA 4E0DA 1L3SA 1KVCA 4CJLA 3K57A 5I42A 4CJVA 1WNSA 3TAQA 4M42A 3ZSVA 3OJSA 4DF8A 4B8AB 4E7LA 4F2SA 1C1BA 3L2VA 3NBPA 3K59A 5I3UA 3KK3A 4HVJA 2HW3A 1IKVA 3MEEA 1S6QA 2IGIA 3L3VA 3TAEA 3ZT1A 1LWEA 5CYQA 4DSFA 2YV0X 3NCIA 4HUFA 1JXEA 2KTQA 3VQ5A 1JLAA 1KFDA 3QIOA 5FRMA 1QE1A 3I8DA 1QSYA 4B9TA 4FJ7A 4KHQA 4LY7A 3O3FA 2Z1GA 4AHCA 1X9MA 4KPYA 1VK0A 3MEDA 3OYEA 1XC9A 1EX4A 1EP4A 3HP9A 3VQQA 3AVJA 4W5TA 3LAKA 3OYMA 2R7YA 1NKEA 2P5OA 2AJQA 3LZIA 3ZT4A 3NF8A 4KO0A 1U4BA 3OYCA 2G8KA 3DRPA 3CM6A 1BI4A 3DLRA 3KKRA 4CEQA 3TARA 1U49A 1D9FA 4FJ8A 3M8SA 3K5LA 1C6VA 1RT1A 4IG3A 3MEGA 4M41A 4CJUA 4GW6A 3VQBA 4CJWA 1SKSA 4DFPA 4KHWA 2YHBA 4J2BA 4CFDA 1XHXA 4DTXA 3AV9A 4FLWA 4W5NA 4PY5A 3CM5A 3ISNC 2ZD1A 4CHYA 3U3YA 4KHUA 3TANA 2XY5A 1S9EA 3K5OA 1XHZA 1Q9XA 3QEWA 4JRQA 1HYSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C12A 3V9UA 4CF2A 4KKOA 3O9SA 4KTZA 5EU7A 3P38A 1VQ9N 3QESA 2O8FB 2IVNA 2NZTA 4JI2K 1MDUB 4DFMA 4Q5VA 1EWRA 3RMCA 1X9WA 4FCYA 4DV4K 4DR2K 2ZJQL 1VQ8N 4HTLA 5AQUA 4Y0WA 4NXMK 2ETJA 1YI2N 3CMEN 2PZSA 3OYLA 4JV5K 2NUBA 4CD3A 3WXJA 3N4QA 4F4KA 4DSIA 3THXA 3KTQA 4E1JA 1QZ6A 4FO0A 2OPRA 4YOVA 3S3MA 3OYDA 3AVNA 3LM2A 4CJPA 4LFBK 2F9TA 1HKGA 3KZBA 2OTJN 4BGAA 1UA0A 1S3XA 4FWPA 4BQLA 4BRCA 4YOXA 1P90A 2EWSA 4I2QA 1Y64A 1A5VA 2P9NA 1HPZA 2W41A 4CVNE 4MO4A 3CCQN 3C65A 1SS6A 1BUPA 3KWIA 1SKWA 1U2VA 5M1NA 3VEXA 4U7BA 3DLGA 3ZLJA 1CXUA 4L8RB 4LD0A 1X3MA 2XY7A 5E41A 4CHPA 4DCHA 4FW1A 4OGCA 4KHSA 3R3LA 2B6AA 5ADXH 3GG4A 3OYBA 2O8CA 5AQIA 3PO4A 1GOCA 3C95A 5KRSA 2Y1JA 2F96A 1WOQA 1VSHA 4Z4EA 4DG1A 1B9DA 4KB0A 2E2QA 3RR8A 4PA1A 3AVIA 5A2QO 3E66A 1NJIO 4CZEA 4BDYA 1VSLA 3SUOA 1Q7YO 3P5JA 4IFEA 1RDDA 1Z05A 2V7ZA 3R9PA 4FJIA 4CEOA 1U6ZA 3L4IA 2YX6A 2A3ZA 4OPKA 3OS1A 4CEEA 3SJHA 3JXUA 4C8KA 2HNDA 2VCPA 4QOZB 1C0TA 3EEQA 4JKDA 4GV9A 1NM1A 4IFYA 2VGMA 1T3VA 3ULDA 2PY5A 2YHWA 5FLXO 1ASVA 1E3MA 4IOAL 2KFNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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