4TSXA

Hiv-1 integrase catalytic core domain mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
143
Chain Sequence
b'DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAETLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna binding protein
total genus 49
structure length 143
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4tsxA00
2OPRA 4FJ9A 2HNDA 4FLWA 1W9HA 2YKMA 1KLMA 3OVNA 3QIOA 3MXMA 1GOAA 3M8SA 1S1UA 2I5JA 1VSJA 2G8FA 1XHZA 4CJEA 1BQNA 3M8RA 1YTUA 4JRQA 4E7JA 1HJRA 4CJKA 1NK6A 3SNNA 2LSNA 2G8HA 3A2FA 1S5JA 1C1BA 4BWMA 4B9NA 4KHUA 4BWJA 2ETJA 1C0TA 3TAPA 1YT3A 1NK5A 2P5OA 2GUIA 3VQBA 4CK3A 3HP6A 1WLJA 3M8QA 3HJFA 5C24A 4G1QA 3L3VA 2HHUA 3DOLA 4N47A 4CJFA 2E6LA 3VQ8A 4ZHRA 5HRPA 4DTPA 1S9GA 2NUBA 2VG5A 1VSIA 4GVMA 4Y1CA 4CHYA 4FJNA 2O4GA 4CJLA 3T19A 2ATQA 4KI4A 3AA2A 4HUEA 3MEDA 3DI6A 1U47A 3HK2A 2B4JA 3V81A 1KRPA 1A5XA 2HHXA 4ID5A 2PY5A 3OYLA 4IBNA 4LSLA 3VQDA 3RMAA 2KFNA 4PY5A 1TAUA 1SUQA 3CYMA 1S1VA 1KVBA 1DTQA 4CEQA 2Z1JA 1S6QA 1ZBHA 4N41A 4FLZA 3AVAA 1Z26A 3K5OA 1L3TA 4B9LA 4EP4A 3P83D 4DG1A 1HMVA 4EZ6A 2DY4A 1VSKA 3TAFA 3S3MA 2VG6A 3E01A 2QKKA 4KREA 2BGGA 1RBTA 3ZT0A 3LWMA 4FM1A 1C0MA 5HROA 1REVA 1JL2A 2DFHA 3AVIA 1EXQA 4FCYA 3CFPA 3U3YA 2G8KA 4IG0A 3K57A 4B9MA 1HPZA 3SPYA 1NK8A 3G0ZA 3JSMA 1TL1A 3ZSQA 1IG9A 3DRPA 3KK3A 4CHPA 4E7LA 4KRFA 4I2QA 3ALYA 5J2MA 1JL1A 3HT3A 4DQIA 3WNEA 1Q9YA 4Z4FA 3KKSA 2HHQA 4CECA 4B08A 3KK2A 2X6SA 3NF9A 4CJ5A 1RCHA 3C6UA 2QKBA 4PQUA 4AHRA 4RG8A 1JLCA 4CJTA 1UA0A 2FC0A 4HHTA 4XIUA 3VN5A 4CF8A 5E41A 3H08A 2BDPA 3OYBA 1WSIA 1RBVA 2BE2A 3SQ2A 1VK0A 3B6PA 3MEGA 3QEPA 1T05A 4J2BA 2JGUA 4QOZB 3IG1A 3VQAA 5SWMA 1QSSA 4HUFA 4QAGA 1O1WA 1BIUA 2VWJA 1RDBA 3L2WA 3V9WA 3SQ0A 1CLQA 1TGOA 5FROA 4FJ7A 1U04A 4NCBA 4FK0A 3DM2A 1U45A 3P5JA 1C1AA 3DYAA 2HNZA 4GMJB 4CGDA 4R5PA 4DTUA 3HVRA 4C8KA 3QETA 4O0JA 3NF7A 3AVGA 1NK7A 4KTQA 1NK4A 4BDZA 5CYMA 1LV5A 1WAJA 3AO1A 3LAMA 3S3NA 3KLEA 4KKOA 4CIFA 1D9FA 4CJPA 1FXXA 1HNIA 3AVFA 3CM5A 3TAGA 1YVUA 4DU4A 4DTRA 3NE6A 4BE2A 4KTZA 2HW3A 4CESA 1WSEA 3L8BA 1TVRA 4PWDA 4DSJA 3AO4A 1RBRA 1B92A 4PUOA 1RT4A 4W5OA 1QQCA 2FBYA 2OYQA 5D3GA 3TAEA 1IKXA 3OYGA 3AO5A 1B9DA 4CIGA 3K5MA 2IS3A 3OJSA 5DMRA 3AVCA 2D0CA 2HVHA 4TSXA 3QNNA 4DFPA 4CJSA 5KRTA 1JLBA 4DSKA 3O4NA 1C6VA 3L2RA 3HXMA 3QEWA 1I39A 3AVNA 4L8RB 1W0HA 4FK2A 3NFAA 3VQ5A 4NYFA 4FLUA 2P51A 4M3WA 1HNVA 3F73A 4CJQA 3O3FA 3V1OA 1D5AA 3TAQA 3OYDA 3MXIA 2FBTA 1VRTA 2QXFA 3QLHA 4CF0A 1UOCA 3OS1A 3IAYA 4CCHA 4NCAA 5C25A 2G8IA 3OYKA 1J53A 3HYFA 3ISNC 3K59A 5HLFA 3L2VA 3WNFA 4W5QA 1YTAA 3PX0A 1C1CA 4AHSA 2KFZA 4K8ZA 3LP2A 1LWCA 5EU7A 1NJYA 1SKRA 1KLNA 4FZYA 4I9LA 3D0PA 1IKVA 3QINA 4JS4A 4W5TA 2D0AA 4FVMA 3DLKA 2ZE2A 2XY7A 2G8UA 1TV6A 1SKWA 1WN7A 4CEZA 1CZ9A 4KHNA 4FW1A 1JXEA 1TKZA 2F8TA 4DTOA 3NF6A 2HHTA 3OYFA 2X78A 4CEEA 1I3AA 1X1PA 1TKDA 3RRHA 2KTQA 2G8WA 4FJ5A 4KFBA 5I3UA 1RDDA 3EYZA 3DLRA 3SI6A 3QEVA 4CFDA 3VA0A 3MEEA 3NCIA 3U3GA 4FZZA 1D9DA 2FBXA 2BANA 2KW4A 4B9SA 4DQQA 4M3RA 3HL8A 3HPHA 3NAEA 4DF8A 3SCXA 4CK1A 1IH7A 1IKWA 2YNGA 2WONA 4CHOA 4CJWA 1KVCA 3SQ1A 1FKPA 1VRUA 4H8KA 4OPJA 3AVJA 5C42A 5KTQA 3KTQA 1RBUA 1TAQA 2OA8A 5KGWA 4I7FA 2Z1IA 1WSJA 3PY8A 2PYJA 1HQUA 1XC9A 4Z4EA 3S9HA 3NHGA 1RT7A 5HRNA 4O0IA 3OY9A 4IFYA 4DS4A 4K8XA 4FZXC 4OLAA 1N6QA 1Q8IA 2QK9A 1ASWA 4CK2A 1KVAA 3ZSRA 4BE1A 3SUNA 1TK0A 2IC3A 1QTMA 3V9SA 4KV8A 2Y1IA 1N5YA 4YNQA 3HM9A 4C8OA 3DOKA 3VQ9A 4B3OA 3V1QA 3ZT4A 1S1XA 4EP5A 1A5VA 2YKNA 3ZCMA 2W42A 1LWFA 3BGRA 1IO2A 4ELVA 2IGIA 4J2EA 1C0UA 4M41A 4AHTA 4Z4CA 3BDPA 1NKBA 1T7PA 1BIZA 4CEDA 4UQGA 3P1GA 2EX3A 1RT5A 1RTIA 1TKXA 1J5OA 2PZSA 3QO9A 3K58A 1HQEA 3TR8A 3AA3A 4E1MA 2RPIA 3OYNA 2GV9A 5JS2A 4ICLA 4OVLA 4CJRA 3QIPA 3V4IA 4FK4A 2HHSA 2YHBA 3CFOA 3WNGA 2RN2A 2HNYA 4OJRA 4FM0A 3LZJA 4M3UA 2IDOA 3C95A 4CEFA 1NKCA 4M3ZA 4KB1A 4NCGA 4Y1DA 5HRRA 5K14A 1S6PA 3LP1A 3T1AA 3V9XA 3KD5E 2XY5A 1X9MA 1NJZA 4PA1A 4ZTFA 3DMJA 3NH2A 3K5LA 4DWIA 4CHQA 1XHXA 1HYSA 4O5BA 3HPGA 2OPQA 4FLTA 1XI1A 3V1RA 4E19A 3RMCA 1ASUA 2YHAA 3O4QA 4KAZA 2ZD1A 4I2PA 3AA4A 3ITHA 4DLEA 3SZ2A 4DTMA 4DTNA 5J2PA 1T8EA 4DTJA 4DFKA 3KLHA 3RTVA 4W5RA 4FJ8A 4MFBA 1J9AA 3WNHA 4IKFA 4F4KA 4M3TA 3RMBA 3AVKA 1DTTA 3S3OA 4BE0A 2HMIA 3AVLA 4RW7A 4F2SA 4KI6A 3DRSA 4Z0UA 4CEOA 3DLBA 1UWBA 4E7IA 4FJLA 3UIQA 1GOCA 3B6OA 4HUGA 4B9VA 1RT3A 5CZ1A 1NK9A 1JLEA 3ULDA 4FJXA 2YV0X 1SL2A 4DSIA 1QSLA 3MAQA 4DQSA 4FJGA 3NDKA 1KFDA 2RKIA 1K6YA 4CE9A 3IS9A 4WE1A 1ZBLA 1R0AA 1X9WA 4E89A 1ITGA 3L2QA 4JS5A 1RT6A 1NOYA 1JLQA 3OYHA 4DF4A 3SUPA 4F3OA 3LANA 3QEXA 1SKSA 3SV3A 3QNOA 4KTWA 3D45A 1TK5A 3CG7A 4LY7A 4DFJA 1QE1A 3I0SA 4DLGA 3I8DA 2WOMA 5FRMA 1EP4A 4LH4A 4H4OA 1NK0A 4Z4GA 1RTJA 3C6TA 3AO3A 4LD0A 3THVA 3OJUA 5SZTA 4EZ9A 1CZBA 3KLGA 1FKOA 3LP0A 1CXUA 1VSFA 5CZ2A 4CGIA 1LAVA 3PO4A 2XHBA 2HVIA 2Z1GA 1LWEA 2VWKA 1RILA 4CJ4A 3KK1A 2B5JA 1FK9A 4FJKA 1RT2A 3TANA 1RTDA 3LPTA 4FJJA 4J2AA 2DTUA 1GOBA 4AHUA 4Z4IA 1IKYA 3AV9A 3AVBA 3OYCA 4F2RA 4CF1A 4CGGA 4IG3A 3M8PA 3MECA 4O44A 3LP3A 4OGEA 4M3YA 1UA1A 2KZMA 4CIEA 4N56A 2JLEA 1LW2A 2XRIA 3TARA 4IFVA 4CF2A 2G8VA 4ELUA 3C94A 1BI4B 1KSPA 3RWUA 1BISA 1BCMA 1BQMA 2P1JA 3QEIA 1F21A 1NOZA 5HP1A 1SL0A 3PV8A 3KLIA 1SV5A 1TK8A 4M42A 2P5GA 3DLGA 3CQ8A 4FM2A 4DFMA 1JXBA 3SV4A 4KPYA 2XO7A 4N5SA 3K5NA 1J54A 1KCFA 1EX4A 3V9UA 3TI0A 4KB0A 2E6MA 4H4MA 1LAWA 2Z1HA 2FBVA 4DS5A 2KQ2A 4CGJA 4DQPA 4HCCA 1S9EA 3L2UA 1EKEA 5KGXA 2HB5A 4OKEA 4CGFA 1U49A 4E0DA 1BI4A 4OGCA 4FW2A 3OYJA 3HO1A 4CGHA 4FLXA 4KHSA 1RTHA 3ZT3A 4CJVA 3VQ7A 3EZ5A 4B9TA 2ITGA 1LW0A 3O3GA 3KJVA 3KLFA 1T03A 1WAFA 1U48A 5CYQA 4M3XA 4AH9A 1TL3A 3HPOA 2IAJA 1TKTA 4OKJA 4KHYA 4J2DA 1U4BA 5JS1A 3VA3A 4QCLA 2OPPA 3O3HA 1NJXA 3AVMA 3PO5A 3OYAA 4E3SA 4F8RA 1RBSA 3OS0A 2XY6A 4C8LA 4JRPA 2R7YA 3NH1A 2ZQBA 5KI6A 3U6FA 2O4IA 3HSTB 1WSGA 5HRSA 3V6DA 3SUQA 4BDYA 3V9ZA 3ZSVA 4GW6A 2AJQA 2OPSA 2RF2A 3JYTA 1QS4A 1ZBUA 2F8SA 5J1EA 3NGIA 4E7KA 1QSYA 2PYLA 4N76A 3QERA 4M45A 3OYEA 2Y1JA 2B6AA 4JLHA 4CEBA 4CF9A 1DLOA 3T3FA 3SUOA 1L5UA 1BL3A 3VQCA 1VSHA 3L3UA 4DTSA 1VSLA 1D8YA 3ZT1A 2YNHA 3CM6A 3I0RA 3KIOA 2A1RA 3KKRA 4DSLA 3HP9A 4BDPA 4CJUA 3SYZA 1WNSA 4AHVA 1RNHA 3ZT2A 1EETA 4LH5A 3PX4A 5I42A 1Z25A 4B9UA 2D5RA 4NYNA 3OS2A 1HRHA 5HBMA 4FYDA 3VQQA 3ASMA 3NGYA 4O55A 4CFCA 3QESA 1HYVA 4FJHA 3LZIA 4Q0BA 1KTQA 4I9QA 4B8AB 3NH0A 4DSEA 1UAXA 5J2NA 1S1WA 3DRRA 4DTXA 2EHGA 2X6NA 3ZSOA 5J2QA 1L3SA 5FDLA 1L3UA 3DLHA 3MXJA 2OZSA 3K2PA 1JLFA 2X74A 4LSNA 3TWHA 3FFIA 2DFFA 1X9SA 1ASVA 4W5NA 3ZSZA 5FRNA 1Y97A 4RW6A 3LDSA 2VG7A 4CEAA 4OLBA 4KO0A 3F9KA 5KRSA 4FXDA 4Q5VA 4RW8A 2E4LA 4F3TA 4IDKA 3VQ6A 3RR8A 1BCOA 1QHTA 3NBPA 1RT1A 3LALA 4FLYA 3RMDA 1ZBFA 1SL1A 1VSMA 5T7BA 1MU2A 2YNFA 1Q9XA 1ZBIA 2KZZA 3LWLA 2DFEA 4CFAA 3IRXA 1WSFA 4Z4HA 4OKKA 4HTUA 4DU3A 4ZTJA 1L3VA 3DLEA 2OZMA 1S1TA 3G10A 1BHLA 3KD1E 3RRGA 4AHCA 4ELTA 2XY8A 4E7HA 3VQ4A 3AA5X 4DU1A 4ID1A 3SPZA 3SJJA 4O4GA 1VSEA 4CERA 2A1SA 3AVHA 4CJ3A 1BGXT 3VQEA 4CHNA 1NKEA 2D0BA 3HVTA 1G15A 3NF8A 2Q3SA 5DK5A 3EY1A 3PX6A 4YFUA 4KHWA 2IOCA 4HCBA 2HHVA 3ZSWA 3SQ4A 4C8NA 4CFBA 4KHQA 1RDCA 3ZSXA 1RDAA 4HVJA 1JLGA 3LPUA 2GBZA 5CY4A 4CHZA 2F96A 4DQRA 4FLVA 3RR7A 4MQ3A 1B9FA 4FJMA 3OYIA 3NGZA 1WSHA 1NJWA 4FJIA 1XWLA 1JKHA 3LAKA 3OYMA 3TABA 1A5WA 1CXQA 3TAMA 2YNIA 4B8CA 3AO2A 3PUFA 3ZSYA 2HHWA 4DMNA 4OPKA 4E1NA 1KFSA 1HYZA 4AILC 3CFRA 4C8MA 4BACA 4DSFA 1ZYQA 4RW9A 4RW4A 3VQPA 1VSDA 1JLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HNDA 1W9HA 2YKMA 1GOAA 3M8SA 1XHZA 4CJEA 1YTUA 4JRQA 1HJRA 3RVCA 3SNNA 2GWKA 1ATNA 2W6KA 2ETJA 2P5OA 4CBUA 3ZETA 4G1QA 3L3VA 4FWRA 5AZJA 4CJFA 4B3TK 3VQ8A 5HRPA 1HR0K 2CGJA 4YORA 4GVMA 4Y1CA 4K43A 3THWB 4CHYA 4FL9A 2ATQA 4DR3K 1JCFA 2A6AA 1U47A 4K42A 2NRXA 3HK2A 3R3LA 4DR6K 3A5MC 3E9PA 3CCSN 1A5XA 4IBNA 3ZLJA 3LM2A 1U2VB 1SUQA 4K41A 4CEQA 1ESVA 5BRDA 4B9LA 4IEEA 1TUUA 3HRGA 2DY4A 1VSKA 3TAFA 5LL6Z 1REVA 1JL2A 5GIPA 1O13A 1NGIA 2Q2RA 2G8KA 3VOVA 4CHPA 4I2QA 3HT3A 4BGAA 4KBOA 2HHQA 2X6SA 2WUSA 5BRFA 2QKBA 3KHYA 4H0XB 4RG8A 3G25A 4CZFA 3VN5A 4XIUA 4CF8A 2Q1NA 2BDPA 3B6PA 3MEGA 1T05A 1GLCG 2CH5A 2JGUA 4BRDA 5AQIA 1HNWK 4JKGA 4CBWA 3V9WA 1CLQA 5FROA 1U04A 4NCBA 5AZIB 3VERA 1U45A 4GMJB 4CGDA 4R5PA 5LMNK 3HVRA 3LDNA 3AVGA 1NK7A 1NK4A 5CYMA 1U6ZA 1LV5A 2OCEA 1WAJA 4KKOA 4CIFA 1KD1O 4CJPA 3TAGA 3Q7BA 3CJAA 2QWOA 3FR0A 3L8BA 3E9LA 3H1VX 3OHRA 1RBRA 3AO4A 4JI4K 3CCUN 4DV3K 2J4RA 1EWQA 1QQCA 2FBYA 1IKXA 4DV5K 2E1ZA 2D0CA 3QNNA 5KRTA 3O4NA 3L2RA 3QEWA 5C0YA 3AVNA 4L8RB 1W0HA 4FK2A 3NFAA 3VF2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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