4TSXA

Hiv-1 integrase catalytic core domain mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
143
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAETLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 49
structure length 143
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4tsxA00
4I2PA 2KTQA 4N5SA 4FJJA 1Z26A 3TR8A 1IKXA 1TKZA 3EYZA 2O4IA 2B5JA 3DRSA 1YTAA 1JLFA 4I2QA 3QNNA 3TANA 4E0DA 4FJLA 1TKDA 2HNDA 1D9FA 1S1TA 2VG5A 3B6PA 4J2BA 1RT7A 2A1SA 3PO4A 1VSJA 4AHTA 1RDCA 4DTPA 4PY5A 4KRFA 4DF4A 3RMDA 2QKBA 2HHUA 1Q9XA 1WSJA 3M8QA 2LSNA 3CYMA 4CGGA 2F96A 4BWMA 1RCHA 3LPUA 3NH0A 2KFNA 3LP0A 4NYFA 2VG7A 1WAFA 3D45A 4LH5A 3ZSYA 3HK2A 4ELVA 4CHYA 4B08A 1L3SA 4KREA 1JLQA 4IFVA 2W42A 3WNFA 1XWLA 3DMJA 4FZZA 4MQ3A 4DSKA 4KB1A 4B9VA 4G1QA 4OJRA 4CESA 3CM6A 3KJVA 4FW2A 3QEWA 3HO1A 3AVIA 3PX4A 1NK5A 1HQEA 2E4LA 2I5JA 4PQUA 5HRPA 4CHOA 5J1EA 4KTZA 1K6YA 3IAYA 5DMRA 1VRUA 2X78A 3DLEA 2Y1IA 3S3MA 1YVUA 4CJPA 4FLTA 1NJYA 2ZD1A 1KVAA 4RW7A 4CERA 2P5OA 1S1WA 3AA5X 4ID5A 4Y1CA 3ZSOA 3ZT3A 4BE1A 4N41A 1JLCA 4QAGA 1YTUA 1TV6A 5K14A 1B9FA 1RILA 1BIUA 3AV9A 4DS4A 3UIQA 4CEQA 4KHYA 4Z4HA 3ZT4A 1SL0A 1DTQA 3L2WA 4M3UA 4I7FA 2G8FA 3ISNC 3ASMA 2XY5A 3M8PA 3OYKA 4E7LA 2E6MA 2IOCA 4CJUA 1QQCA 2VG6A 3PO5A 3AVJA 3VA0A 3TAGA 1TK0A 3DM2A 1RTIA 1VSDA 4FVMA 4F8RA 1GOBA 1UOCA 2FBXA 1J53A 4LSNA 3PX6A 1KSPA 3NF7A 3RR8A 4KV8A 1U4BA 1TKTA 3O3FA 4OPJA 1QTMA 4B8AB 4Y1DA 5HBMA 4CGHA 1UA1A 4B9NA 2ATQA 2EHGA 5CZ1A 3DLRA 5C25A 3P83D 4FJ5A 3HSTB 3NAEA 4FLXA 2F8SA 3SUNA 4NYNA 3OYCA 3ZSQA 4CHZA 4KFBA 1JLAA 4CHPA 3EY1A 2OA8A 4QCLA 4AHVA 1IH7A 4FK0A 3LAKA 3VQBA 3RTVA 2KZMA 1I39A 3P5JA 3PUFA 1VRTA 4O44A 3V4IA 1QS4A 3DOKA 1LWFA 3I0SA 3OYIA 4NCAA 2HHWA 4JRPA 5JS1A 3AO1A 4B9TA 3PX0A 2BGGA 4FLVA 2FBYA 5J2NA 1D8YA 4NCBA 4JLHA 1IG9A 3S3NA 3L8BA 3O4NA 4J2AA 3QO9A 1Z25A 3OYJA 4AHRA 2B4JA 3LP1A 3OYAA 3SPZA 1WSFA 1C1AA 2X6SA 5KGWA 1R0AA 4CJ5A 2PZSA 4CEOA 3OYLA 3RMAA 2A1RA 4RG8A 4W5NA 4DS5A 2GUIA 3AVCA 3KLEA 2P1JA 3KK3A 1SKSA 2YHBA 4KPYA 3NF9A 3ZSWA 3KLFA 3PY8A 3DOLA 1EETA 1MU2A 2WONA 5E41A 2BDPA 4C8LA 1BI4A 5CYMA 4FCYA 1KCFA 4F3TA 4B9SA 1S1XA 4CIFA 4DQPA 4BDZA 1G15A 3TAMA 1C1CA 5C42A 1C0TA 3HPOA 3AO3A 4XIUA 1XC9A 4ZHRA 3C6TA 3MXMA 3ZSRA 3V1QA 1U49A 2O4GA 3I8DA 5FROA 4OKJA 3ULDA 4OVLA 1NK4A 2OYQA 3AVGA 4LD0A 3OJUA 4E7IA 3QEPA 3VQ6A 4N76A 4CHNA 2FBVA 3VQ8A 2D5RA 2D0AA 1S6PA 2QXFA 4AHUA 4LH4A 4CGDA 4CJQA 5HRNA 4FLYA 4E7KA 4CCHA 2G8IA 3AVHA 3MEEA 3K58A 1EX4A 1RNHA 4E7HA 2PY5A 1W0HA 1X9WA 2HHSA 2DY4A 3K57A 3RMCA 1HMVA 1L3UA 1NKBA 4ZTFA 5FRNA 4DQQA 3O3HA 4CJEA 1NK9A 4O0IA 3LALA 2XY7A 4ELUA 4E19A 5SWMA 4CF2A 3OS1A 2ITGA 1A5WA 1UA0A 1Y97A 2YKNA 4KHSA 4NCGA 4YNQA 4M3TA 3RR7A 4B9LA 2KFZA 4KTWA 3LZIA 4FLUA 4Z4EA 4KTQA 1ZBUA 4ICLA 2HHVA 4DMNA 4HCBA 2FBTA 2YNHA 4O0JA 4H8KA 4CEAA 4B3OA 1D5AA 2EX3A 1X9MA 1BGXT 3LP2A 3LPTA 4W5OA 1BIZA 3QETA 3C95A 4QOZB 2XY8A 3A2FA 4F3OA 5C24A 1VSHA 4HUFA 4BDPA 3LANA 1A5VA 4DWIA 3AO4A 2Z1GA 2HHXA 3QIPA 4AHCA 3M8RA 1N6QA 4FK4A 4KHUA 3TWHA 3V9ZA 3VQ4A 3QERA 4W5QA 3KD1E 1CXQA 4IG0A 3IRXA 1ZBFA 1U04A 1ASVA 1F21A 1BISA 1D9DA 3OYDA 3CQ8A 1B9DA 3VQPA 3V1OA 1S5JA 4KHQA 1SV5A 4M3ZA 3EZ5A 2YNGA 4FZXC 3T1AA 2OPQA 2P51A 3CG7A 4IG3A 2ZQBA 1SL1A 3KKSA 4F2SA 1JLBA 1TVRA 5T7BA 1T7PA 3DRPA 4CECA 3KD5E 3HM9A 1XHZA 3LP3A 1WLJA 1RBTA 2GV9A 1LV5A 1TL3A 1RDDA 3VQ7A 4CK1A 4DSLA 2HB5A 2IS3A 4DSFA 3OVNA 1SKRA 4Z4IA 4AILC 3HPHA 3HP6A 3ITHA 3QESA 4FM2A 3AVFA 1NOZA 1ASUA 1BI4B 2IAJA 4IBNA 3S3OA 4IDKA 4CJTA 4CEFA 4DQSA 3H08A 1HYVA 2X6NA 2DFEA 4WE1A 4KHNA 3QEVA 4K8ZA 1VSIA 3C6UA 4FW1A 3QEIA 1LW0A 3V6DA 4O4GA 3LAMA 3TAPA 1S9GA 2OPPA 5SZTA 2KW4A 1TAQA 1JL2A 1ASWA 3NFAA 4CFCA 1LW2A 1U45A 1RDBA 3AA4A 3VA3A 1T8EA 5KGXA 2HNZA 3AO5A 4CEZA 1VSMA 3T19A 1WAJA 3S9HA 1X9SA 1KLNA 3DI6A 3MXJA 4DTRA 3SNNA 3WNEA 2QK9A 2VWKA 2R7YA 1IKYA 1RBSA 3QLHA 1BQNA 2OPSA 3KLIA 4JS5A 3K5MA 1JXBA 1J5OA 1KFDA 1Q8IA 3BDPA 4FYDA 2HHTA 3SQ0A 4W5TA 3NGIA 3SYZA 1RT6A 4DTUA 1HYSA 3HYFA 4BE2A 1RBVA 1FK9A 3TARA 2VWJA 3F9KA 3IG1A 4CGIA 3G0ZA 2G8WA 4B9MA 1RBUA 1HNVA 4CJWA 2XHBA 3MXIA 4KKOA 4FJNA 2IC3A 2Z1JA 4M41A 4K8XA 1ZYQA 2RN2A 3PV8A 1CZ9A 1RTDA 4Q5VA 1TGOA 1U48A 3V9SA 4C8KA 1L5UA 1EKEA 2HHQA 3V9XA 4CJKA 1C0UA 1WNSA 3CFPA 4FLWA 5JS2A 3WNGA 1DLOA 1KLMA 1WSHA 4YFUA 4HTUA 2IGIA 1NKCA 4FJMA 4CJ3A 4E1MA 3CM5A 1IKWA 4FZYA 3I0RA 1TL1A 4DTXA 3IS9A 3KLGA 3NGYA 1QSSA 1HNIA 4EZ6A 1BCOA 1CXUA 3MAQA 4CK3A 3NF6A 2GBZA 1C1BA 3DLBA 3MEGA 1O1WA 4FJ7A 4N47A 4DLGA 1TK5A 5KTQA 1FXXA 3F73A 1SKWA 4DSJA 3WNHA 3B6OA 4H4MA 3VQAA 1IKVA 3DLGA 1QSLA 3TABA 3OYNA 4FJIA 4BE0A 4OKEA 3CFOA 3K59A 3HVRA 3V9WA 3CFRA 4HHTA 3AVLA 2G8VA 3KK2A 4E3SA 3O4QA 3RWUA 4KB0A 3DLHA 1RDAA 3OS2A 4DFKA 4ID1A 3HT3A 1JLEA 4DTSA 4DF8A 1ZBHA 4DFMA 4OPKA 4KAZA 3V9UA 4KI4A 1UAXA 3SQ4A 3ZSXA 3T3FA 3BGRA 4FM1A 4FJHA 3TI0A 2NUBA 1T05A 4GVMA 1RT4A 3G10A 1L3VA 4EP5A 4DSIA 5J2QA 1BHLA 1HJRA 3DRRA 2Q3SA 4FJXA 4L8RB 3SUOA 2OZMA 1TKXA 3K5NA 4DU1A 3U3YA 5KRTA 3RRGA 2DTUA 4GW6A 4CIGA 1J9AA 2XO7A 1WSEA 4O5BA 5HRRA 4C8MA 5D3GA 4B9UA 1JKHA 3HP9A 1SL2A 3OYEA 1TK8A 4DG1A 4IFYA 2YNFA 4W5RA 2Z1HA 3LWLA 4HVJA 1RT1A 3OS0A 4DSEA 3K2PA 2D0CA 3OYMA 4CF8A 2WOMA 2KZZA 1QE1A 1NK7A 1KTQA 2RPIA 1KRPA 3VQ9A 4DQIA 3TAFA 3TAQA 3FFIA 2G8UA 4C8NA 2PYLA 1ZBIA 5DK5A 5HROA 2DFHA 3AO2A 3VQEA 2HVIA 3L2RA 1RTJA 2QKKA 3THVA 4BDYA 4CE9A 4AHSA 4DTJA 3AA2A 4CJ4A 1GOAA 4BACA 4LY7A 1GOCA 4Z4CA 4DTOA 1JLGA 1U47A 3DYAA 3V81A 1HRHA 1QHTA 4O55A 4CF9A 4JRQA 2G8HA 4F4KA 2PYJA 2ETJA 2HVHA 1WSGA 4KHWA 4Z4FA 2IDOA 3SCXA 3SQ1A 1I3AA 4M3XA 1S9EA 4M45A 4HUEA 3QNOA 3AVBA 4CK2A 4M3YA 4EZ9A 1QSYA 1HYZA 2B6AA 1NJXA 3KIOA 1LAWA 1VSFA 3K5OA 3VQCA 1FKOA 4PA1A 1N5YA 1YT3A 1SUQA 2OPRA 2YNIA 4FJ9A 4CF1A 3KLHA 1BL3A 3OYHA 4CHQA 4CEEA 3L3UA 3L2QA 4M3RA 3NCIA 4LSLA 2X74A 4HUGA 4Z4GA 4DLEA 3OYGA 1LAVA 3SQ2A 1JXEA 4Z0UA 5FDLA 4JS4A 1WN7A 3U3GA 2FC0A 4OGEA 3NH2A 1KVCA 4CFAA 1NKEA 4F2RA 5I3UA 3AVAA 1NOYA 4E7JA 1T03A 3HXMA 1BCMA 3OY9A 4CJFA 3HVTA 4HCCA 1RT5A 3L3VA 4DQRA 2P5GA 4FXDA 1CLQA 4MFBA 5HP1A 1S6QA 3ALYA 3HPGA 1J54A 2Y1JA 2HNYA 4CJLA 1CZBA 3E01A 4CF0A 1C6VA 4RW9A 4E1NA 3LDSA 4DTMA 3OYBA 3QEXA 4FJ8A 4Q0BA 4BWJA 5HLFA 4AH9A 5CY4A 3U6FA 1VSEA 3P1GA 3NF8A 4OLAA 5CYQA 3KKRA 3M8SA 5J2PA 1NK8A 5FRMA 4B8CA 1TAUA 4FK2A 1DTTA 3AVMA 5EU7A 1NK6A 3NE6A 2YV0X 5KRSA 2DFFA 1C0MA 2XRIA 2JLEA 2YKMA 1IO2A 3JSMA 2ZE2A 2HW3A 4DU4A 4M42A 1EP4A 3L2VA 3MECA 1REVA 1ZBLA 1RBRA 4CJVA 1L3TA 1KVBA 3SV4A 5I42A 1LWCA 3ZSZA 3C94A 5HRSA 3OYFA 4DU3A 3ZT0A 2F8TA 3K5LA 3LWMA 4CEBA 4R5PA 3NHGA 1HPZA 4RW8A 4J2EA 2AJQA 4PUOA 1LWEA 1S1VA 4CFBA 1UWBA 4KI6A 3NH1A 1NK0A 4RW6A 4FJKA 1NJZA 3VQ5A 4FM0A 4OLBA 3AA3A 4FJGA 2RF2A 3ZT2A 5J2MA 3RRHA 1KFSA 3MEDA 2HMIA 3SUPA 2KQ2A 4TSXA 1RT2A 1XI1A 2BANA 4CEDA 4RW4A 4CFDA 3HL8A 1X1PA 3DLKA 4E89A 4EP4A 4J2DA 2YHAA 2XY6A 4CGJA 3AVKA 4CGFA 4GMJB 4N56A 3RMBA 3VN5A 1RTHA 3AVNA 4DFPA 3V1RA 1Q9YA 1VSLA 3JYTA 4DTNA 2G8KA 3NGZA 1ITGA 1FKPA 1XHXA 3SI6A 4IKFA 3QIOA 1BQMA 1B92A 2E6LA 3VQQA 3D0PA 3KTQA 1EXQA 3OJSA 3KK1A 4ELTA 3SPYA 2RKIA 1VSKA 2Z1IA 4CIEA 3ZCMA 3LZJA 3QINA 4DFJA 4PWDA 2BE2A 1RT3A 3SZ2A 4ZTJA 1VK0A 4CJRA 3SUQA 2OZSA 3VQDA 4H4OA 1NJWA 4FLZA 1S1UA 3O3GA 3SV3A 3SJJA 4C8OA 3TAEA 4I9LA 2D0BA 5CZ2A 4KO0A 3ZT1A 4OKKA 4CJSA 1WSIA 4UQGA 1A5XA 1HQUA 3HJFA 4OGCA 4I9QA 3ZSVA 3NDKA 3NBPA 4M3WA 3L2UA 1JL1A 2JGUA 1W9HA 5KI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2PA 1EWQA 3ZLJA 3TR8A 3EYZA 2NRVA 4I2QA 1S1TA 2VG5A 3B6PA 4BRIA 4BGBA 5AQFA 1RT7A 4J2BA 2WUSA 2QKBA 1WSJA 4IJNA 1BA1A 1QQMA 1YVNA 3ZSYA 4LH5A 1WAFA 2YCHA 5AQNA 4EIAA 4ELVA 4KREA 1JLQA 5C2DA 4I6MB 4DSKA 4DUZK 4G1QA 3C0BA 5AQZA 4CZLA 1NGHA 2F9TA 3P4IA 3PX4A 3PLAA 2E4LA 2I5JA 4WQ5C 1VQ4N 1K6YA 2O8DA 5DMRA 2X78A 3DLEA 4BR9A 1YVUA 4CJPA 3H1VX 1NJYA 4RW7A 3EEQA 4ID5A 3ZSOA 1G99A 4BE1A 1YTUA 1TV6A 2P9PA 2EWSA 5K14A 1RILA 1BIUA 1NGGA 3CI5A 3L2WA 4I7FA 3VETA 2VGMA 1EQYA 2IOCA 3KWIA 3FZFA 2YHWA 3LDPA 2W41A 1RTIA 3CQYA 1GOBA 1DT9A 2FBXA 4CI6A 3NF7A 4BC3A 1TKTA 4B8AB 1UA1A 3VEWA 4B9NA 2ATQA 3AARA 2F8SA 3P83D 4FLXA 4QS7A 4NYNA 4CHZA 2OA8A 5EX5A 4QCLA 2UUCK 4YOXA 3FLCO 1P90A 3H6EA 3EN9A 2E2QA 3ENBA 3VEYA 3DOKA 1NGDA 3C6AA 3AO1A 4HWIA 4CJ7A 4BGAA 4C1NI 1D8YA 4L3QA 1IG9A 3O4NA 1Z25A 5AZJA 3LP1A 1X3MA 3OYAA 2X6SA 4CEOA 2A1RA 1SKSA 4KPYA 2P1JA 2QTDA 2YHBA 3CPEA 3ZSWA 1WBBA 3PY8A 4G9ZA 3MN7A 3MCPA 2BDPA 1BI4A 3N4PA 4F3TA 2YHYA 4B9SA 4CIFA 3TAMA 3HPOA 4XIUA 3E9LA 3QFUA 4H03B 3C6TA 1BDGA 3I8DA 5FROA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2BAN A;  4CED A;  4RW4 A;  4CFD A;  3HL8 A;  1X1P A;  3DLK A;  4E89 A;  4EP4 A;  4J2D A;  2YHA A;  2XY6 A;  4CGJ A;  3AVK A;  4CGF A;  4GMJ B;  4N56 A;  3RMB A;  3VN5 A;  1RTH A;  3AVN A;  4DFP A;  3V1R A;  1Q9Y A;  1VSL A;  3JYT A;  4DTN A;  2G8K A;  3NGZ A;  1ITG A;  1FKP A;  1XHX A;  3SI6 A;  4IKF A;  3QIO A;  1BQM A;  1B92 A;  2E6L A;  3VQQ A;  3D0P A;  3KTQ A;  1EXQ A;  3OJS A;  3KK1 A;  4ELT A;  3SPY A;  2RKI A;  1VSK A;  2Z1I A;  4CIE A;  3ZCM A;  3LZJ A;  3QIN A;  4DFJ A;  4PWD A;  2BE2 A;  1RT3 A;  3SZ2 A;  4ZTJ A;  1VK0 A;  4CJR A;  3SUQ A;  2OZS A;  3VQD A;  4H4O A;  1NJW A;  4FLZ A;  1S1U A;  3O3G A;  3SV3 A;  3SJJ A;  4C8O A;  3TAE A;  4I9L A;  2D0B A;  5CZ2 A;  4KO0 A;  3ZT1 A;  4OKK A;  4CJS A;  1WSI A;  4UQG A;  1A5X A;  1HQU A;  3HJF A;  4OGC A;  4I9Q A;  3ZSV A;  3NDK A;  3NBP A;  4M3W A;  3L2U A;  1JL1 A;  2JGU A;  1W9H A;  5KI6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I2P A;  1EWQ A;  3ZLJ A;  3TR8 A;  3EYZ A;  2NRV A;  4I2Q A;  1S1T A;  2VG5 A;  3B6P A;  4BRI A;  4BGB A;  5AQF A;  1RT7 A;  4J2B A;  2WUS A;  2QKB A;  1WSJ A;  4IJN A;  1BA1 A;  1QQM A;  1YVN A;  3ZSY A;  4LH5 A;  1WAF A;  2YCH A;  5AQN A;  4EIA A;  4ELV A;  4KRE A;  1JLQ A;  5C2D A;  4I6M B;  4DSK A;  4DUZ K;  4G1Q A;  3C0B A;  5AQZ A;  4CZL A;  1NGH A;  2F9T A;  3P4I A;  3PX4 A;  3PLA A;  2E4L A;  2I5J A;  4WQ5 C;  1VQ4 N;  1K6Y A;  2O8D A;  5DMR A;  2X78 A;  3DLE A;  4BR9 A;  1YVU A;  4CJP A;  3H1V X;  1NJY A;  4RW7 A;  3EEQ A;  4ID5 A;  3ZSO A;  1G99 A;  4BE1 A;  1YTU A;  1TV6 A;  2P9P A;  2EWS A;  5K14 A;  1RIL A;  1BIU A;  1NGG A;  3CI5 A;  3L2W A;  4I7F A;  3VET A;  2VGM A;  1EQY A;  2IOC A;  3KWI A;  3FZF A;  2YHW A;  3LDP A;  2W41 A;  1RTI A;  3CQY A;  1GOB A;  1DT9 A;  2FBX A;  4CI6 A;  3NF7 A;  4BC3 A;  1TKT A;  4B8A B;  1UA1 A;  3VEW A;  4B9N A;  2ATQ A;  3AAR A;  2F8S A;  3P83 D;  4FLX A;  4QS7 A;  4NYN A;  4CHZ A;  2OA8 A;  5EX5 A;  4QCL A;  2UUC K;  4YOX A;  3FLC O;  1P90 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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