4CEOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceoA00
4FLZA 3KLIA 3KKSA 4FJJA 1RTJA 2ITGA 5FRNA 4C8NA 1S1UA 2ZD1A 5FDLA 1Z25A 4C8MA 1GOCA 2X74A 3LALA 2OPRA 3V1OA 3KTQA 4FK4A 1XHXA 4FM0A 3SUQA 3AVBA 4CJEA 3TAGA 4KHUA 3VQ9A 4KPYA 4J2DA 4DSFA 1WSGA 1XWLA 4BWMA 1A5WA 2IC3A 3V9WA 1Z26A 2XY6A 4N47A 4FVMA 3TR8A 4OPJA 3AVFA 4OLAA 3AO5A 3L2VA 1BHLA 4R5PA 4CK1A 4DU1A 4KHNA 3ZSZA 4H4MA 3K58A 4FM2A 3CFPA 3VQEA 1S1WA 4BDYA 1GOBA 3MEDA 1LAVA 4CJ3A 3AO4A 3S3MA 2Y1IA 1LW2A 3OY9A 3V9SA 3KKRA 1SKWA 4FJNA 1JKHA 4CEAA 2P51A 1YT3A 5T7BA 1X9WA 4F3TA 2GV9A 5J2PA 3TAFA 4OKKA 1C1AA 4QOZB 2HVHA 1NKBA 2YNHA 5EU7A 3LDSA 3I0SA 3OJSA 3M8QA 4CJSA 3TARA 1KFSA 4CJLA 4E7KA 4ELUA 1B92A 3NF8A 3AA5X 4IBNA 4DFJA 1U4BA 3KK1A 2P1JA 3SPZA 2PZSA 4FLVA 4M45A 4XIUA 3ZSRA 3V9ZA 3L2QA 3NCIA 4TSXA 5HLFA 1EETA 4O44A 2EX3A 3OYKA 1HYSA 5KRTA 1QSSA 4IG3A 1ASUA 1HNVA 1EP4A 1J54A 1CXQA 1HJRA 3DRSA 5CYQA 4M3XA 1HYZA 2JGUA 4MFBA 4CIEA 4DU4A 1SL0A 3PX6A 2RN2A 2G8WA 1NJWA 3ZSXA 3T19A 2DFHA 3PX4A 4FLUA 5HBMA 3OYBA 4B9TA 4DTSA 1J9AA 3VN5A 1JLFA 3MXIA 1D8YA 2Z1JA 4FJHA 4OPKA 4KB1A 1WSJA 3AVNA 1YTAA 1RBRA 1C1BA 4KHYA 3IG1A 4I7FA 3AA4A 4BACA 4N76A 5KI6A 3SYZA 2A1RA 4M3UA 2B4JA 3LWMA 3OYDA 4BDZA 2HHTA 4OGCA 3EZ5A 3LZIA 2GUIA 1HPZA 3OS1A 3QLHA 1RCHA 4KFBA 4WE1A 3ULDA 3CM5A 3L3VA 1QSYA 3ZSOA 2G8KA 1BIUA 1KSPA 1WAJA 4E1NA 2PY5A 4DLGA 4CCHA 5CYMA 1TL3A 4CERA 3SCXA 5I3UA 2OZSA 1IH7A 4CE9A 2B6AA 2ZQBA 2IAJA 3V81A 4C8KA 3H08A 4B9SA 3OYAA 2VWJA 5HRPA 2F8TA 2HHXA 3LP1A 2OYQA 4CEZA 3NHGA 4M3TA 3HT3A 4FJIA 3RMDA 4F8RA 3V1QA 1HRHA 4M3YA 3C95A 3RRGA 2D0AA 4FZYA 1T8EA 4DSIA 4EZ6A 4MQ3A 4O55A 3SV4A 1C0TA 5HRNA 1VSKA 4DTOA 2DFEA 3MECA 4DF4A 4CJWA 3HP9A 5CY4A 4CHYA 1VSEA 3DMJA 1Y97A 1ZBIA 2OPSA 4ICLA 5KTQA 1UOCA 2FBXA 1RBVA 4F2SA 4FW2A 4M3ZA 4KREA 4LH5A 3TWHA 4FJGA 1NK0A 1TKTA 4Y1DA 1QTMA 4H4OA 4Q0BA 1KVAA 2ZE2A 3ALYA 4I9QA 1LV5A 4CK2A 4FJKA 3K2PA 1L3TA 2KFNA 4HVJA 2HHSA 3QETA 4EZ9A 1BIZA 1RT3A 3B6PA 1TAQA 3MXJA 3QINA 4GW6A 1W9HA 5DK5A 4UQGA 1ZYQA 3WNFA 4ELTA 4N56A 1YTUA 2YV0X 1UAXA 2O4IA 2P5GA 1FKOA 2X6SA 4DS5A 5CZ2A 4FXDA 4B9UA 1RILA 4KTZA 3V6DA 3DLHA 3VQBA 3V9XA 3M8PA 3ZT4A 5FROA 4DFMA 4F4KA 4FM1A 4CEQA 4CFDA 4O5BA 4Z0UA 3NE6A 4HHTA 4CECA 1JLCA 3L2WA 4BE1A 2B5JA 4ZTFA 4DF8A 2IGIA 4Z4HA 1U45A 4NCAA 1UA1A 4KTQA 3CM6A 4KV8A 4FLTA 3KLEA 4AILC 4L8RB 1DTQA 3TANA 1ZBLA 4PA1A 3ZT2A 3U6FA 4AHUA 2RKIA 1TK5A 3F9KA 3L3UA 4CHPA 3OS2A 4DU3A 2VG5A 4NCGA 4KI4A 2BGGA 3DLKA 5J2QA 2GBZA 4CFAA 4GMJB 1RT7A 3NBPA 1IKVA 4CJRA 1HMVA 2E6LA 1X1PA 3QERA 4C8OA 1TKXA 4CGIA 2Z1IA 3THVA 4DTRA 3ZSYA 3OYJA 3K59A 1JLAA 4KKOA 1KLMA 1D9FA 2ATQA 4DLEA 1SKSA 3NGYA 3DLGA 3LWLA 3SQ4A 4CF8A 3WNHA 3HPOA 1C1CA 3AVCA 4IG0A 3ITHA 4DSEA 2FC0A 4FJ7A 4FZZA 1S6QA 5HRRA 1RDAA 3RMBA 4E19A 1JXEA 1SUQA 2X6NA 4M42A 3IRXA 4W5NA 1R0AA 3O3FA 2F8SA 4CEDA 4QAGA 1XI1A 1VRUA 3BDPA 2IS3A 1NKEA 4DQPA 4CJQA 4HUEA 3SV3A 2KZZA 3I0RA 2G8UA 1SL2A 2OZMA 3CYMA 4CESA 1GOAA 4CF9A 2HW3A 1J5OA 2Y1JA 2VWKA 1G15A 4E7JA 3P5JA 1HQEA 3SNNA 4LY7A 3PX0A 2QK9A 1JLQA 4KHQA 4PWDA 3LAMA 4GVMA 4BWJA 3CG7A 4CEEA 4DSKA 3VA0A 4OKEA 2KTQA 4CF1A 2XY7A 4I9LA 3JYTA 2E6MA 3K57A 4LSNA 4PUOA 1FKPA 3AVMA 1BQNA 4W5QA 3QEIA 4BE0A 4DFKA 4YFUA 3IAYA 3KIOA 3NF6A 3OYGA 4FJLA 3SUNA 4CFCA 1UWBA 2HHQA 4E89A 4CF0A 1KLNA 2Q3SA 1L3SA 3TAPA 4B9VA 2BDPA 4DTPA 1TAUA 4DWIA 1TVRA 3V1RA 3VQ4A 5HROA 4CJUA 3OVNA 4KAZA 3U3GA 2RF2A 2OPQA 3OYHA 4OLBA 1CLQA 4FCYA 4J2BA 2KW4A 4DQQA 1NK8A 1BL3A 3D0PA 1L3UA 1JLGA 3KJVA 5KGXA 3OYLA 2DTUA 1RDCA 3I8DA 3P83D 4DTNA 5JS2A 2G8FA 3L2UA 1U48A 2XY5A 4FZXC 1FXXA 3HJFA 3K5OA 3SPYA 2HHUA 3C6TA 3EYZA 2OA8A 3AA2A 3NGIA 1QSLA 3DRPA 3KLGA 4NCBA 4AHSA 3LZJA 3QNOA 3ISNC 3DYAA 3DLEA 4CF2A 2VG7A 1RT2A 3AVAA 2IDOA 3DOKA 5JS1A 3ASMA 1MU2A 3T1AA 3QEPA 1BGXT 1JL2A 1BI4B 3FFIA 3NGZA 2WOMA 3L2RA 1D9DA 5DMRA 1WAFA 1N6QA 4N41A 3AVHA 1BISA 4G1QA 4FLWA 3V9UA 4W5OA 1S6PA 3ZSVA 4ELVA 2VG6A 1ZBHA 4LH4A 3KK3A 1S9EA 4FYDA 3DLRA 4Z4CA 3HM9A 1CZ9A 1X9SA 4LSLA 4KI6A 1RDBA 2HNYA 3O3GA 4AHVA 4E0DA 2DY4A 3HP6A 1REVA 1KFDA 3JSMA 4H8KA 1S1TA 4RW7A 2YHAA 1VRTA 3AO1A 3SUPA 1XC9A 1LW0A 2D5RA 4CGDA 3IS9A 4O0IA 1TKZA 4AHCA 4FW1A 3TAQA 3DI6A 4CHZA 2W42A 3VQ6A 1ZBUA 3LP0A 4B8AB 4AH9A 3AO2A 3PV8A 3HSTB 1CXUA 3DLBA 3DOLA 1TGOA 3MAQA 4K8ZA 1VSIA 4I2QA 1ZBFA 1RTDA 2QKBA 3CFOA 1VSJA 4FLYA 5FRMA 4IFVA 4JS5A 3VQ7A 3E01A 3TAMA 5CZ1A 3RR8A 5J2NA 4CEFA 3SUOA 3HVTA 2XHBA 3HPHA 2KQ2A 4CJPA 4C8LA 4CIFA 4ID5A 4DG1A 3G10A 1S9GA 2Z1HA 3HK2A 1TV6A 3M8SA 3MXMA 2RPIA 1JXBA 3NDKA 4Z4GA 4KB0A 4DTUA 5J2MA 2I5JA 4DTXA 3NH1A 4E3SA 1W0HA 1RDDA 1WSFA 2FBVA 3LP2A 3RTVA 3TABA 1NJYA 2KFZA 3HYFA 4Q5VA 4HUGA 2DFFA 1A5XA 5C42A 3VQ8A 1VSHA 4IFYA 4LD0A 1NJZA 4DMNA 2Z1GA 3QIPA 1U04A 2O4GA 3QEXA 4W5RA 2HNDA 4RW6A 3SZ2A 4HCBA 2YNFA 3VA3A 1RT5A 3PUFA 1XHZA 4CJTA 1RT1A 3K5LA 1RTIA 4FJ8A 1Q9YA 2YNIA 4KHWA 3ZT0A 3LP3A 4CGGA 3NF7A 4CJ5A 4CHQA 1NK4A 4B08A 1U47A 4OVLA 4DS4A 1NK6A 1C6VA 1I39A 3WNEA 4DQIA 4IKFA 5C24A 1LWEA 4E7HA 3HPGA 4DQSA 1WNSA 1YVUA 1WN7A 3NFAA 4HCCA 1RTHA 3SQ1A 5I42A 2XRIA 3K5NA 4FK2A 4CGJA 3AVGA 1EKEA 2IOCA 1WSEA 4RG8A 1U49A 4J2AA 1WSIA 4Z4EA 5HP1A 1WSHA 1KCFA 4ZTJA 4YNQA 1B9FA 3MEEA 1T03A 4FJ5A 1EX4A 1TL1A 3PO4A 4B3OA 3ZSQA 4W5TA 3VQCA 1JLBA 3S3NA 4O0JA 3AO3A 2E4LA 4O4GA 3S3OA 3EY1A 4K8XA 2HHWA 4E7LA 2D0CA 4B8CA 3QEWA 3RMAA 1UA0A 3OYFA 1VK0A 1NJXA 3QEVA 1L3VA 3PO5A 3AV9A 1VSDA 4RW9A 3NH2A 5SWMA 1JL1A 4FJ9A 1ASWA 3G0ZA 3RWUA 3CQ8A 2FBYA 3V4IA 4NYFA 1IKWA 3DRRA 3NF9A 4AHRA 3TAEA 1O1WA 4BDPA 3PY8A 1KTQA 4M41A 1VSLA 3KK2A 3LANA 4OKJA 3HL8A 4JLHA 4KO0A 4J2EA 3AVJA 4FJMA 2HVIA 1SL1A 1IKYA 1KVCA 1RBUA 1FK9A 1VSMA 3LPTA 1S1XA 1SV5A 3LPUA 3P1GA 4CGFA 3KLFA 2PYLA 4CFBA 1EXQA 1J53A 2HNZA 3OYCA 1L5UA 4OGEA 5E41A 3QNNA 2A1SA 4FJXA 4RW8A 2G8IA 4Z4IA 4CHOA 2KZMA 3HXMA 1QS4A 3MEGA 3QO9A 4CHNA 4HUFA 1NK9A 3ZT1A 2YKNA 3NAEA 1LAWA 1A5VA 2BE2A 1JLEA 4DSJA 2HMIA 2G8VA 1S1VA 3SJJA 1F21A 4B9MA 3TI0A 3OYIA 1B9DA 1RBTA 3O3HA 2OPPA 1I3AA 2EHGA 3VQ5A 4M3RA 1Q8IA 3RRHA 3AVLA 3QESA 1S5JA 4CIGA 3ZSWA 3KLHA 4JS4A 4M3WA 3O4QA 4I2PA 3M8RA 3HVRA 3OYMA 3RR7A 2QXFA 1QQCA 1DLOA 3AA3A 2YKMA 4PY5A 3AVIA 4EP5A 2FBTA 2X78A 2YNGA 4E7IA 4DFPA 1NKCA 2HHVA 1IO2A 1VSFA 3OS0A 3RMCA 1T7PA 3BGRA 5HRSA 2PYJA 4RW4A 1HYVA 1K6YA 4N5SA 3UIQA 2QKKA 2ETJA 1RT6A 1LWFA 1NOYA 3AVKA 1BCOA 1TK8A 5J1EA 4B9NA 3KD5E 1CZBA 4FK0A 3VQAA 4DQRA 4CEBA 3SQ2A 4Z4FA 2XY8A 2AJQA 1KRPA 1SKRA 4NYNA 1LWCA 3NH0A 1NK7A 1IKXA 2WONA 4E1MA 2NUBA 3F73A 5D3GA 4PQUA 4AHTA 1BCMA 4OJRA 4CJKA 4KTWA 3ZCMA 3HO1A 1RBSA 3C6UA 4F3OA 1ASVA 4IDKA 1ITGA 1C0MA 1C0UA 1N5YA 3DM2A 1D5AA 1NK5A 4HTUA 3O4NA 2JLEA 1TK0A 3VQPA 5C25A 3A2FA 4ZHRA 4CGHA 5KRSA 1TKDA 1IG9A 2G8HA 2R7YA 2D0BA 3OYNA 4JRQA 1QE1A 4QCLA 3D45A 1X9MA 1KVBA 1HQUA 3OYEA 3OJUA 3C94A 4DTMA 4CJ4A 2BANA 4ID1A 2YHBA 3U3YA 3ZT3A 3QIOA 4F2RA 2LSNA 3LAKA 2HB5A 2XO7A 1QHTA 1Q9XA 3CFRA 3T3FA 3VQQA 4BE2A 1BQMA 1RNHA 5KGWA 3WNGA 4CJFA 3S9HA 4FLXA 1BI4A 4B9LA 4Y1CA 5SZTA 2P5OA 1T05A 4CJVA 1WLJA 4KRFA 2F96A 3B6OA 3L8BA 4DSLA 4KHSA 4EP4A 4CK3A 3SI6A 3VQDA 1NOZA 1HNIA 3K5MA 4DTJA 4JRPA 5K14A 1RT4A 4CEOA 3SQ0A 3KD1E 1DTTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLIA 4FJJA 5FRNA 5AQVA 5FDLA 4DQ8A 1KD1O 3GBTA 5KPRA 3KTQA 2JWLA 4KHUA 3PLAA 4DSFA 1OVYA 1A5WA 4OPJA 4JI0K 4OLAA 1BHLA 3K9KA 4KH6A 4DU1A 4KHNA 1KXPA 3ZSZA 3K58A 3D7EO 3VQEA 3P39A 2O8CA 4GY2B 3S3MA 3V9SA 1BA0A 3HI0A 4FWKA 2P9KB 4CEAA 1YT3A 4ISGA 2A6AA 2GV9A 4QOZB 3CCMN 1NKBA 5EU7A 4LF4K 4CJSA 3CJ1A 4ELUA 3NF8A 4DFJA 4IBNA 3SPZA 2PZSA 4FLVA 4A2BA 5BN9A 3ZSRA 4IWVA 4FWSA 5E26A 3V9ZA 5HLFA 5JMVA 2UXCK 2RHKA 1NU0A 1ASUA 1NGHA 1HYZA 5EXWA 4CIEA 4JI5K 3VERA 3ZSXA 3T19A 4DUZK 2P9IA 2Q31A 3MXIA 1VQ4N 1EWQA 2YJEA 3DXKA 4KB1A 3AVNA 4X64K 3CCVN 1C1BA 3VEWA 4EAHD 4WFNL 3CJBA 1HPZA 2PY5A 1WAJA 4DLGA 5CYMA 2P9NA 3UKRB 3DJCA 4HWIA 4CE9A 2B6AA 5M1FA 3FE1A 3OYAA 4DV5K 3CXCM 3LP1A 4M3TA 3RRGA 2FSJA 4MQ3A 2OCEA 4CJWA 1Y97A 2ZJRL 4M3ZA 3EL2A 1U2VB 4BR4A 3EKUA 1TKTA 2QXLA 4BG9A 2UXBK 1KVAA 1L3TA 2YI1A 4UQGA 1ZYQA 5AQYA 3H3OB 4LF8K 2YCHA 1FKOA 1YF5L 2X6SA 1Q18A 4B9UA 3SMPA 4JD2B 3QBWA 1JJ2M 2QWRA 4CFDA 5LMNK 4O5BA 4Z0UA 1R59O 4EHTA 2B5JA 3CCUN 3CMEN 4GKJK 3EZWA 3BZCA 4NCAA 3CM6A 3HOTA 4MLEA 3U6FA 2A42A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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