4CEOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceoA00
5CZ2A 1ZBIA 3JSMA 1NK7A 3NF6A 1ZBHA 2KW4A 1CZBA 5J2MA 4Q5VA 3DRPA 3EYZA 4I9LA 5C25A 4DSKA 3WNHA 4DU1A 4KAZA 4Z4FA 3SV3A 3RMBA 2VG7A 3S9HA 1NJZA 3OYHA 4E7HA 1L3UA 1Y97A 3K5NA 3KIOA 1IG9A 1U48A 4MFBA 1X9SA 3IG1A 3THVA 3L3UA 3LAKA 1GOBA 4RW9A 3VQ8A 5HRNA 2HW3A 1NK4A 1WN7A 5KTQA 3G10A 1RBUA 1X1PA 1C0MA 4CGFA 3AV9A 2YHAA 2GBZA 1C1BA 2HMIA 1IKWA 1C0UA 1JLQA 1RTJA 3AVMA 4E0DA 1ZBFA 3OJUA 2WONA 2Z1JA 3CM5A 3NGYA 4GVMA 4CEFA 2P1JA 4E7IA 3DLBA 1ASWA 1S5JA 1U47A 1WSGA 4OVLA 1L5UA 3S3NA 3CYMA 3VQ5A 5KGXA 4FJLA 4J2DA 2HHQA 3LP3A 1DTTA 4NCBA 3NH1A 1NKBA 3RRHA 1CLQA 1J9AA 1BCMA 4W5QA 1XC9A 4E7LA 1LWFA 1TKTA 1UA0A 1MU2A 1NK8A 1RDBA 3QINA 3E01A 2RPIA 3AO4A 2OPSA 4BWMA 4CJ4A 4CFBA 4O44A 4Y1DA 1FKOA 3QLHA 1WLJA 4AH9A 4AHTA 1SL0A 2IDOA 3T3FA 3DM2A 2P51A 4O55A 2X74A 1C6VA 1VK0A 4LH5A 3VA3A 1D9DA 4M3WA 3HYFA 1KVCA 1U04A 1VSFA 2FBXA 4F3TA 3TABA 3V9WA 2Y1JA 1RT3A 4CECA 5CYQA 3K5LA 3AVFA 4Z4GA 2HVHA 3ZSWA 3TAEA 1C0TA 2Z1IA 1T8EA 4CEDA 3OY9A 4EZ9A 5D3GA 4KKOA 4OGEA 3ULDA 3QESA 3S3OA 3V1RA 3QIPA 4EZ6A 2DFEA 4IG0A 3AVGA 3VQCA 4KO0A 4DSFA 2G8IA 3ITHA 1ZYQA 1I39A 3KLFA 3ZSXA 1UA1A 1NKEA 1S6QA 4KFBA 1JLFA 3OYMA 2KTQA 3EZ5A 3LPTA 1ASUA 3DRSA 3ZT1A 4ELVA 1O1WA 1TL3A 4UQGA 3KK3A 5FROA 1HQEA 3P1GA 1IKXA 2YHBA 3QNNA 4DU4A 5HRPA 4CHOA 4FK4A 3JYTA 3QNOA 4F2SA 2DTUA 3MEDA 3OYNA 3O3HA 1G15A 3KKSA 1U4BA 3L2RA 4KPYA 3V1OA 4NYNA 3TAGA 1GOAA 1HNIA 2XY8A 5CY4A 3ZCMA 3KLHA 4B8CA 4PWDA 3PX0A 3HP9A 3AVCA 3TAFA 4M3TA 4C8OA 4N47A 4CHZA 1TL1A 4CJFA 3A2FA 4L8RB 3K2PA 3HPGA 4RW7A 5J2NA 3SNNA 3O4NA 4AHCA 3AVKA 3HXMA 1FK9A 3KLIA 4CEQA 3L2WA 4DLGA 1HNVA 3OYGA 1RTIA 4H4MA 3C94A 3NHGA 4F3OA 4M3UA 4KREA 5JS1A 4QOZB 4FJ7A 2XHBA 3D0PA 4O5BA 2JGUA 2KFZA 1A5WA 4EP5A 3DLEA 1EKEA 4KV8A 3T1AA 4CEAA 4FJNA 4FJKA 3ZSRA 3M8QA 3OYCA 4N76A 2XO7A 3TANA 2YV0X 4E89A 1TK0A 3KK2A 4CJ3A 1YT3A 3QERA 3U6FA 3CFPA 4FJIA 2HNYA 1GOCA 1SL2A 1KFSA 1RT5A 3PO4A 4OKJA 5HROA 2OPQA 3ZSVA 4DQQA 4W5RA 4CF1A 4FLZA 1YTAA 4G1QA 4FCYA 1KRPA 4F8RA 4GMJB 1T03A 5J2PA 3AVJA 3VQ6A 4CJWA 1RCHA 1IKYA 1LW0A 2FC0A 4B9SA 3MECA 3PUFA 4BE1A 3VA0A 4LY7A 1EX4A 4GW6A 3ZSQA 3V4IA 1LAVA 1CZ9A 3VQQA 4M45A 1X9MA 1KTQA 1ZBUA 4I9QA 1SKWA 4ZHRA 3B6OA 4LD0A 1BGXT 3HK2A 2AJQA 4FM2A 4AHRA 5K14A 4CF8A 3SPYA 4ID5A 4CFAA 1BISA 2OPPA 3KJVA 3KD5E 1RNHA 3NF8A 1N6QA 1W9HA 4QAGA 1RDAA 4FJHA 4PQUA 5J2QA 1IH7A 2EX3A 3SQ1A 1K6YA 2B4JA 5I3UA 4CEEA 1HQUA 2RKIA 4IBNA 2G8VA 4QCLA 1ITGA 2GUIA 1LWEA 5EU7A 4E1MA 3AO3A 4KTQA 4FYDA 3NF7A 4CJPA 3CFOA 4E1NA 3OYJA 4HHTA 4DTPA 1LW2A 3ZT4A 4C8NA 4B9VA 4FJMA 4PUOA 3AVNA 2QKKA 3I0RA 4RW4A 1B9DA 3V81A 5FRNA 3MXJA 1JKHA 4CJUA 3SQ4A 3TARA 3PY8A 4J2AA 3MXIA 4CJVA 2HNDA 4I2PA 1L3SA 2BGGA 1L3TA 4IFYA 1VSMA 2YNIA 4DQPA 3L2VA 3AVIA 1YTUA 4O0IA 3CQ8A 4HUFA 4NCGA 4CHQA 1BI4B 3HJFA 4HUEA 1WSFA 3LAMA 4FLTA 1WSJA 1RT1A 5KI6A 1U49A 2VG5A 4HUGA 1JXBA 4CJQA 2PYJA 5KGWA 3QEWA 2Z1GA 4CEBA 4HCCA 2KZMA 4KI6A 1S1UA 3I8DA 2FBVA 4Z4HA 3ZT2A 2KZZA 2OZSA 4DS4A 1JLEA 2E4LA 3OS0A 4M42A 4ID1A 1Z25A 4FK2A 3OYBA 4HVJA 4OPJA 2YKNA 2BE2A 1JLGA 1WNSA 4OLBA 4CK2A 1A5VA 1JL2A 1TK8A 3IAYA 4Z4CA 4K8XA 2G8FA 2FBTA 2E6LA 1VSDA 4DS5A 3QETA 1TKDA 1S9GA 1XWLA 2PY5A 1S1VA 3WNGA 4HTUA 4BE2A 1ZBLA 1WAFA 2D0CA 3SCXA 3HPOA 3ASMA 4KHSA 4CHYA 3HPHA 3DRRA 1LV5A 4XIUA 1LWCA 3LWLA 3SUNA 4IKFA 3HVRA 4F4KA 3VQDA 4KTZA 1DTQA 3L8BA 4ELTA 2ITGA 4CGJA 4DTXA 2P5GA 2VWJA 2G8KA 3PX4A 1B92A 2ZQBA 4AHSA 1CXUA 5KRTA 1S1TA 4FJGA 2I5JA 4M3YA 3OJSA 3QIOA 3K5MA 3CM6A 4DTOA 2G8HA 4BDZA 5HLFA 4FW1A 4DG1A 1RBTA 4CJSA 4Z4EA 2XY6A 2HHTA 3ZSZA 4ZTJA 2JLEA 1BIUA 3OVNA 3M8SA 1BIZA 3P5JA 2HHUA 1LAWA 1S1WA 4FJJA 4CGIA 4E3SA 1REVA 4FJ8A 2Q3SA 3EY1A 4DQRA 4O4GA 3KD1E 3MAQA 4M3RA 4FW2A 3DMJA 2LSNA 2ZD1A 4JRPA 4J2EA 4KHYA 2B5JA 3PO5A 4CF0A 3V9SA 3DI6A 1D5AA 4DFPA 2XY5A 3V9XA 4DFKA 4FZXC 3RRGA 2G8UA 4OLAA 4FM1A 5E41A 1KSPA 2X78A 4RG8A 3NDKA 3RR7A 2QKBA 3SUQA 1TAUA 3VN5A 3AVBA 4YNQA 1QTMA 5C24A 3HM9A 2F8SA 4Z0UA 3K57A 3IRXA 3SYZA 4JRQA 1J54A 4R5PA 4N41A 2RF2A 3NH2A 3QEXA 2BANA 3QEPA 3V1QA 1RT6A 4ICLA 1EP4A 4CF9A 3OYDA 4JS4A 1QS4A 2HHWA 2YNGA 2F96A 1T7PA 1BQNA 1BQMA 1F21A 1TAQA 3H08A 3T19A 3VQ4A 5C42A 3O3FA 4KRFA 3NGIA 4CIEA 3L2UA 1QQCA 5KRSA 1VSIA 3DYAA 4DTRA 3CG7A 3OS1A 4RW6A 4B3OA 1HYVA 3AO1A 3RMDA 4F2RA 1NKCA 3LALA 3O3GA 3OYIA 2VG6A 5DMRA 3WNEA 3TWHA 1VSEA 4CJRA 1C1AA 3NBPA 4OKKA 2OZMA 1BL3A 1JLBA 4BDYA 1Q9YA 3TAMA 2IS3A 4B9MA 1IKVA 4Q0BA 4E19A 1KFDA 4WE1A 3AVHA 1KLMA 4PA1A 3KK1A 1KLNA 1NJWA 4C8MA 2D0AA 5SZTA 4LSLA 3OYEA 3LZJA 4BE0A 1KVBA 3TAQA 4KB1A 4CJLA 3NCIA 4FVMA 1SUQA 2WOMA 4Y1CA 4E7KA 3FFIA 1XHXA 2B6AA 3LPUA 4DLEA 1RBSA 4IFVA 1RDDA 1S1XA 2X6NA 4OKEA 1D9FA 1J5OA 4DTMA 1QSYA 2OPRA 1RTHA 4CGHA 3NH0A 3TR8A 3OYKA 4W5NA 3C6UA 3SV4A 4N56A 3C95A 1VSLA 1S9EA 3DLKA 1WSEA 1QSLA 3L3VA 5CZ1A 4CK3A 4JLHA 1J53A 3ZSYA 3RMAA 3HO1A 2A1SA 3HL8A 1HYZA 1CXQA 4B9LA 2ETJA 3PV8A 3M8RA 4KB0A 3DOKA 5HRSA 4KHQA 3SQ0A 2KFNA 1XHZA 2DFHA 4DTSA 4DF4A 1JLCA 1HYSA 4O0JA 3B6PA 1W0HA 4CFCA 5T7BA 4ZTFA 2R7YA 1EXQA 1UAXA 1RBVA 4CGDA 4ELUA 2QK9A 4CESA 4MQ3A 1NJXA 4CHNA 4FK0A 2YNFA 3VQ7A 4DSIA 3RMCA 4FJ5A 3HSTB 4CFDA 1VRUA 2PYLA 3OS2A 3QEIA 4IG3A 3BDPA 1FXXA 1JLAA 1RDCA 3HVTA 1D8YA 3AO2A 4DFJA 3LANA 3ZSOA 4CE9A 1RT2A 1R0AA 1TV6A 1JXEA 1RBRA 4FLVA 2XY7A 4C8LA 1HPZA 4KI4A 1UOCA 4CHPA 4DU3A 3AA2A 3V9UA 4CJEA 3SUPA 3LP2A 5HP1A 4KTWA 2PZSA 3U3YA 1TKXA 1Z26A 3NF9A 2O4GA 4FLUA 4DFMA 5JS2A 3RR8A 4AHUA 4CCHA 3D45A 3TAPA 1TVRA 4IDKA 4OPKA 3SUOA 4CK1A 4B9NA 4OGCA 2P5OA 3K58A 3OYFA 4B08A 3ZT0A 3NE6A 4K8ZA 4AHVA 2HHVA 1DLOA 4KHNA 2OA8A 1ASVA 3LZIA 3SZ2A 4AILC 1NJYA 4CJ5A 3VQEA 3VQAA 4CEZA 1NK5A 4B9UA 3QEVA 4FM0A 5FRMA 2G8WA 4BWJA 4TSXA 1EETA 4FJ9A 3DOLA 4DWIA 4YFUA 1SV5A 1VSHA 3VQBA 1SL1A 3AA4A 1X9WA 3S3MA 4LH4A 4H4OA 4JS5A 2IC3A 1HRHA 2Y1IA 5HRRA 3LWMA 4I2QA 1WSHA 3G0ZA 3HT3A 2XRIA 3F73A 2DFFA 3LP1A 3TI0A 4DTJA 1VSJA 2IGIA 3QO9A 3PX6A 1L3VA 3P83D 3CFRA 2D5RA 1NK9A 4H8KA 5HBMA 1Q9XA 2BDPA 4NCAA 2DY4A 1SKRA 3MEGA 4HCBA 3MEEA 2F8TA 2IOCA 3KLEA 3NAEA 4CERA 2ATQA 1FKPA 2E6MA 3KLGA 3WNFA 2QXFA 3AA3A 1T05A 5J1EA 3V6DA 3AVAA 3SI6A 3DLHA 3KTQA 4CF2A 4KHWA 3O4QA 1NOZA 4DMNA 4FLXA 1VSKA 1RTDA 3RTVA 4FXDA 4RW8A 5FDLA 3LDSA 4FZZA 1QE1A 2ZE2A 3ISNC 4CEOA 3AA5X 3K59A 1XI1A 1SKSA 2NUBA 3SJJA 1Q8IA 1UWBA 1NOYA 4BDPA 1KVAA 4J2BA 3K5OA 4FLYA 4CJKA 2W42A 2HB5A 3HP6A 4W5OA 1U45A 5SWMA 1S6PA 1VRTA 1A5XA 1QSSA 3VQPA 1N5YA 4C8KA 4DSJA 4FZYA 4DQIA 3SQ2A 1BHLA 1TK5A 4M3XA 4M3ZA 4BACA 1RT4A 4FJXA 4EP4A 1NK0A 2VWKA 2YKMA 3OYLA 4FLWA 3M8PA 4M41A 4DSLA 3UIQA 3ALYA 3LP0A 4DQSA 1KCFA 1WAJA 4CGGA 3NGZA 2HHSA 2D0BA 2EHGA 4B8AB 4DTUA 1C1CA 1HJRA 3L2QA 1NK6A 2A1RA 4DF8A 2IAJA 1JL1A 3DLGA 3SPZA 3U3GA 2HNZA 4OJRA 3NFAA 3VQ9A 3ZT3A 4NYFA 4PY5A 4I7FA 1RT7A 2X6SA 3IS9A 3I0SA 3MXMA 1TGOA 3BGRA 1YVUA 1WSIA 2YNHA 2GV9A 3RWUA 1RILA 2FBYA 4B9TA 1QHTA 3DLRA 4DTNA 4Z4IA 3F9KA 4KHUA 3C6TA 2Z1HA 3KKRA 1BCOA 3OYAA 1BI4A 4CIFA 4DSEA 1IO2A 3V9ZA 2HHXA 2OYQA 2RN2A 3AO5A 5CYMA 4N5SA 4CIGA 2KQ2A 1TKZA 4LSNA 4E7JA 4W5TA 5DK5A 1I3AA 2O4IA 2HVIA 1B9FA 3AVLA 4CJTA 1HMVA 5I42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AY9A 3L4IA 1ZBIA 2HF4A 3NF6A 3QFPA 1NBWA 1GLCG 5C2DA 5J2MA 3EYZA 5C25A 4KAZA 4DU1A 2W6LA 3F9MA 3U4LA 4LFCK 2NRVA 2CH6A 2A40A 1BO5O 3L3UA 3L6QA 3THVA 3CMEN 4RW9A 5HRNA 1RBUA 2HMIA 1FJGK 4E0DA 3OJUA 2UU9K 4CBUA 1U47A 4OVLA 5AJ3K 4FJLA 2HHQA 3LP3A 4NCBA 4JKGB 3O9SA 1CLQA 4W5QA 2P9SA 4MDBA 4YDUC 1V4TA 1TKTA 1MU2A 3RSEA 3AO4A 2OPSA 4CJ4A 1G99A 1SL0A 1GLEG 2IDOA 3DM2A 2P51A 1VK0A 4LH5A 4CZIA 4FWOA 4H0OA 4UY8O 2QXLA 2Y1JA 1RT3A 1YHQN 5CYQA 4MLEA 4PL7A 4DR6K 5M1OA 4KH6A 3ZSWA 1C0TA 2Z1IA 4BG8A 3OY9A 1T8EA 4OGEA 3S3OA 2DFEA 3MN9A 3F2KA 1I39A 1JLFA 3LPTA 3ZT1A 1TL3A 4UQGA 5FROA 1H1VA 3QNNA 4MO5A 4IO9L 2W6KA 4BRMA 2DTUA 2P9SB 3OYNA 1U4BA 4KPYA 1R59O 3RSEB 3NVMA 2XY8A 3ZCMA 1WOQA 4DV1K 3HP9A 4B1ZA 1N36K 4L8RB 3M1FA 3O4NA 1FK9A 5KPRA 4RTFD 4CEQA 5AQUA 1HNVA 3NHGA 4KREA 4F3OA 5BPNA 3D0PA 2ZF5O 5GIPA 4FJNA 3T1AA 2GEMA 1VHXA 3EE9A 4X62K 3FZLA 4GV9A 5JLFA 3KK2A 4CJ3A 5AQZA 4OKJA 4U67L 2OPQA 4DQQA 4W5RA 3P4IA 3D6RA 4G1QA 1KRPA 3CCMN 4AQYK 3AVJA 3VOVA 1IKYA 1IBKK 3OW2M 3ZX3A 4BE1A 4IFEA 5AQNA 4HWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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