4CEOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceoA00
4JRQA 4YNQA 3TANA 3UIQA 4JS5A 1NJZA 1S9EA 4H4OA 4M3RA 3ZT1A 4F2RA 4CK1A 4NCAA 2X74A 4DTSA 4CHYA 2W42A 1JXBA 3AVAA 4DQQA 4HTUA 1A5XA 4DTMA 3MEEA 2KQ2A 3CM6A 4J2EA 2B4JA 4PY5A 3JYTA 4CGGA 4CJSA 2D0AA 1RDAA 4LH4A 3KLHA 1IG9A 4CF8A 1SUQA 3ZSOA 4E1MA 2G8FA 2FBXA 1X1PA 3A2FA 3RR7A 1ASWA 3AA2A 3ZSVA 1ASUA 2R7YA 4E1NA 1S1XA 4CJ4A 4KRFA 3O3GA 2OPSA 1WNSA 5HP1A 3QO9A 4Y1DA 1DTTA 1I39A 1KVAA 3DLGA 3MECA 4W5RA 3PO4A 4KAZA 4BWJA 1S6PA 3TAPA 2HW3A 2HHUA 1LV5A 4UQGA 1WAJA 2YNFA 3OYIA 4DWIA 1RT2A 3QNNA 4CGDA 1IKVA 1JL2A 3NAEA 3U3GA 3DI6A 3S3MA 4Z4FA 1BL3A 3AVNA 3U6FA 4FJHA 4M3XA 3L2VA 1BI4A 2Z1GA 1VK0A 3DOKA 3NFAA 1FKPA 1YT3A 3KKRA 1G15A 4CJKA 3SV4A 3SCXA 1Y97A 3HM9A 4E3SA 1UA0A 1W9HA 2IGIA 1LW0A 3HVTA 4NCGA 2VG7A 3QERA 4PA1A 3HSTB 1VRTA 4CGHA 4Q5VA 2KZZA 4Q0BA 4IG0A 5HRSA 3OS0A 4EP5A 4GW6A 1WSEA 2RPIA 3S9HA 2WOMA 2XY7A 1XWLA 4FJGA 1NK4A 3DM2A 5I3UA 3KD5E 3RWUA 1WAFA 1K6YA 1FXXA 1J54A 4KI4A 1HRHA 4DU4A 4ICLA 4AH9A 4CEEA 4FLYA 3VA0A 4CESA 1KLNA 4Y1CA 4Z4EA 4PQUA 1C1CA 1JLEA 4B9UA 4CEOA 3CYMA 3K2PA 3OYBA 3B6PA 1BCOA 4J2AA 1BHLA 3ZSRA 4CEBA 4FK0A 3LP0A 3NGIA 3WNHA 4FLXA 5CZ1A 3RRHA 1WSHA 3AVCA 2OA8A 4RW8A 4E7HA 2G8UA 4CJ5A 3ZT4A 4JS4A 2HHSA 2YV0X 3LPUA 4M3UA 4CIEA 4DMNA 3HXMA 4B9TA 4OPJA 1KLMA 4PWDA 3V9SA 4JLHA 4HHTA 4AHVA 4DSEA 1TL3A 3DLKA 3KLFA 1QSSA 4B9MA 1RBTA 2ZE2A 4OKJA 5KRSA 4KTQA 1LWFA 3L3VA 1KCFA 4EZ9A 4N76A 2P5OA 5HLFA 3LPTA 3ZT2A 1VSFA 3RR8A 3LAMA 3V4IA 4LH5A 1ASVA 4FCYA 1NJXA 2FC0A 4EZ6A 3SUOA 3L2UA 2O4GA 3ISNC 1IKXA 2HNDA 4CJLA 4M42A 2BE2A 1SL2A 4M3YA 1RT5A 4DG1A 3PX0A 1NK6A 3DRSA 3VQ4A 3ZT0A 1X9WA 1RDCA 3LALA 4KHQA 3B6OA 2OPQA 2YNHA 4CJRA 1QTMA 4CHQA 4KHNA 1FKOA 2OPRA 4O0IA 2F8SA 4MQ3A 1HNIA 1ZBLA 1QS4A 3HO1A 4DQIA 4B8CA 4CEQA 4CF9A 4BDZA 1RTIA 1TAQA 2DFEA 2VWKA 5CY4A 3K5MA 4K8XA 3QEXA 3AO3A 3VQAA 4E7LA 4MFBA 4DF8A 3NBPA 1CXQA 3LWMA 1X9SA 4F2SA 1A5WA 1JLGA 3NCIA 4HCBA 3QNOA 4DFMA 4AHUA 4CHZA 3OYHA 3IG1A 3CQ8A 3LP2A 4DLEA 1JLBA 2X6SA 2Z1JA 3CFOA 5FROA 1WSFA 4OKKA 5J1EA 1TKDA 2HHVA 3RMBA 1S5JA 3HL8A 5J2MA 3RRGA 1WSJA 4OLAA 1NKBA 1D9DA 1RBRA 4EP4A 3HP9A 1U48A 3VQBA 3PX4A 4J2BA 4ZTFA 4WE1A 1CLQA 2X78A 1ZBFA 2D0CA 3T3FA 4FZXC 3AVHA 1N6QA 2QXFA 2G8HA 3FFIA 3DMJA 3I0SA 2ETJA 3TAMA 2Y1JA 1D9FA 4FJ8A 1BI4B 4F3OA 1VSDA 2GV9A 3T1AA 4CFAA 3I8DA 3V6DA 3V9WA 4ELTA 3D45A 3ZSYA 1IKWA 1BCMA 1HNVA 1QHTA 3VQ5A 3NE6A 3K58A 3SPYA 1NKCA 1C0MA 2JLEA 1XC9A 1RILA 3PV8A 2AJQA 4DQSA 1RCHA 3DLHA 3AVFA 3IRXA 3V9UA 3TARA 2PZSA 2YHAA 1D8YA 3HP6A 4W5NA 3C6UA 3OY9A 3OYLA 3O4NA 4I2QA 3WNGA 2NUBA 1ZBUA 2E6LA 3E01A 2XY8A 1QQCA 3F73A 1KSPA 4ELVA 1U49A 4CEZA 1O1WA 2HB5A 2YNIA 3ITHA 1KVBA 3VA3A 1HQEA 1VSKA 1MU2A 2D5RA 4NYNA 4FJIA 4HUFA 4FJ9A 2FBYA 3OYJA 3L2WA 4FLWA 3PX6A 2HHXA 4OKEA 1JLQA 4RW6A 4CEAA 3AA4A 5KGXA 4GMJB 5KRTA 1RT3A 4KPYA 2ATQA 3QLHA 1GOBA 2HVIA 3OYDA 2DTUA 4FM1A 1U45A 4LSNA 2GUIA 3LP3A 3BDPA 1JLFA 3OS1A 2EX3A 1S1TA 3C95A 2O4IA 4HVJA 4CHNA 2P51A 4CJTA 1S1VA 3LZJA 3AVKA 1JLAA 3O3HA 3L3UA 5CYQA 4CECA 1I3AA 3P5JA 1CXUA 1SKRA 3AVGA 2E6MA 5I42A 5JS2A 4XIUA 2F96A 4DSFA 1BGXT 1LW2A 5FRNA 4KB1A 1C0TA 4DFPA 3AVJA 4IFYA 1XI1A 4M3TA 1BIUA 3KTQA 4FYDA 3TI0A 4FLVA 1RDBA 4DQPA 4YFUA 5DMRA 4E7JA 1NOYA 4FK2A 1TVRA 1JXEA 3H08A 3L2QA 3AO2A 3AO5A 4B9LA 4KFBA 3L2RA 5KTQA 4KREA 3MXIA 1GOAA 1TKTA 5SWMA 1T7PA 2IOCA 4LSLA 3T19A 4OGEA 1RNHA 3KLEA 4B3OA 4FJJA 4M3WA 4FJMA 1Q9XA 3ZSQA 1VSLA 2G8WA 2Z1HA 4CF1A 1B9FA 1U4BA 1VSEA 2QKKA 4N41A 4FK4A 1FK9A 4CEFA 3QIPA 4GVMA 4M3ZA 1NK9A 2D0BA 1RDDA 2B6AA 4HUEA 1L5UA 3KJVA 2PY5A 1UAXA 1SV5A 3V1RA 4CJQA 5KI6A 1BQNA 4CGIA 4ID1A 4CJWA 3NH0A 1NK0A 4F8RA 4QOZB 4I9QA 1VSIA 1JLCA 3DRRA 3DRPA 1EKEA 4QCLA 4F4KA 2A1RA 4DU3A 2HHWA 5FDLA 3SUPA 1D5AA 3ZSZA 4FM2A 2YKNA 2RN2A 4FVMA 4E0DA 4DS5A 4C8KA 2HMIA 1S1UA 3I0RA 3ULDA 4AHCA 4I9LA 5CZ2A 2DFFA 3F9KA 1JKHA 3VQPA 3NGYA 3VN5A 1Q8IA 4KO0A 3EYZA 4DTJA 3PY8A 3AO1A 3NH2A 1B9DA 4KHSA 3AVMA 1KTQA 4CE9A 4FLUA 3TAQA 4BACA 2IS3A 4NCBA 4CFDA 3K57A 1L3SA 3SUQA 3SI6A 3V81A 1LAWA 4FJLA 4G1QA 4RG8A 2Y1IA 2G8IA 4H4MA 3MEDA 1TKXA 4W5OA 1RTHA 3O3FA 1J53A 1CZBA 2XRIA 2BANA 3AA5X 4B9NA 4ELUA 3CFRA 2A1SA 1UOCA 3KLIA 3M8QA 4RW4A 4ID5A 4AHRA 1T03A 4OLBA 1TAUA 3P1GA 4W5TA 4CF2A 4KTZA 4CEDA 2ZQBA 3CG7A 1W0HA 3RMDA 4Z4HA 3SQ0A 3THVA 4CGFA 2HVHA 1VSJA 3DLBA 3QEVA 4ZTJA 1YVUA 3KK2A 1WLJA 3C6TA 4KI6A 4FJ5A 1TGOA 1ZBHA 3LWLA 3PO5A 5FRMA 3SQ2A 3RMAA 1IKYA 3DYAA 1NK8A 4FJ7A 3OYMA 3K5LA 4DSIA 3BGRA 3SUNA 3VQ7A 4N5SA 4FZZA 1HYZA 4DU1A 1EX4A 4B8AB 1ITGA 4CK2A 4C8LA 3IS9A 2BDPA 3SJJA 2KFNA 1TL1A 4CJ3A 2QK9A 3TR8A 3ZSXA 3RTVA 3OYAA 4F3TA 2IAJA 4O0JA 5J2PA 3HPGA 1B92A 3DLRA 1NOZA 3AV9A 4N47A 4BDYA 4Z0UA 5HRRA 3NGZA 2P5GA 4O5BA 4CK3A 1C0UA 3V1OA 2GBZA 1TV6A 1Q9YA 4JRPA 4IFVA 1L3VA 3D0PA 4DQRA 3K59A 3SQ1A 2BGGA 3C94A 2QKBA 2KFZA 3TWHA 3RMCA 4E7KA 3KKSA 3M8RA 2IDOA 1X9MA 1RT7A 4B08A 5KGWA 2PYJA 4IKFA 3MXJA 2PYLA 1NK5A 3LANA 2HNZA 4DSJA 1BQMA 3AVBA 1KVCA 1S9GA 4RW7A 5CYMA 1KFDA 5HROA 2OZMA 1HQUA 3L8BA 3OYCA 1RT6A 3IAYA 1L3TA 1ZYQA 1T8EA 2RKIA 3SYZA 5DK5A 4DTPA 3OYNA 4C8MA 1U04A 1REVA 4R5PA 3K5OA 4I7FA 3WNFA 4AHTA 3KK1A 3NDKA 2VWJA 4J2DA 4KHUA 2VG6A 5C24A 2DFHA 3S3NA 4HCCA 3ZSWA 5JS1A 3VQQA 4CCHA 1EP4A 3MAQA 4RW9A 4B9VA 2G8KA 4FM0A 4KHYA 4FW2A 1SKWA 1QSLA 3AVLA 1NKEA 4LD0A 4O4GA 4TSXA 3OYKA 1BISA 3NF8A 3WNEA 4CERA 4L8RB 1WN7A 4C8NA 3AA3A 3EZ5A 2XY6A 3P83D 4KKOA 4QAGA 3TABA 4O55A 2KZMA 3QETA 3HT3A 5HBMA 1N5YA 1GOCA 4FW1A 3M8SA 4N56A 2IC3A 3HYFA 3MXMA 1TK8A 3KD1E 1IH7A 4Z4GA 5J2NA 1J9AA 4OVLA 1DTQA 3SZ2A 4DFJA 5SZTA 4Z4CA 3KK3A 3HJFA 4AHSA 1RBVA 3LDSA 3KIOA 3QEIA 1TK5A 3OYFA 1Z26A 3NH1A 5D3GA 1RBUA 4DS4A 4K8ZA 3V1QA 3S3OA 4B9SA 5K14A 5C42A 4CIFA 2HNYA 2F8TA 4H8KA 3HPHA 1LWEA 2VG5A 1UWBA 3AO4A 2JGUA 4CHOA 3NHGA 1TK0A 4BDPA 1HYSA 2KW4A 1SKSA 2FBVA 1HPZA 4O44A 3QESA 1C6VA 4C8OA 4FZYA 4FJNA 5HRPA 4PUOA 3O4QA 1C1AA 2HHTA 1JL1A 1VSMA 4M41A 4CJFA 2Z1IA 3VQCA 4CJEA 1TKZA 2OZSA 3LZIA 3TAEA 4DFKA 1J5OA 4DTOA 1BIZA 2EHGA 3ZT3A 4DTNA 4KHWA 2B5JA 2OPPA 4Z4IA 1S1WA 3TAGA 3LP1A 4W5QA 3CFPA 2ITGA 3VQEA 3SNNA 1RTDA 1YTAA 3VQ9A 5J2QA 4NYFA 4ZHRA 4E7IA 5EU7A 1KRPA 3U3YA 1LWCA 3QEPA 2XO7A 4AILC 4DSLA 3HK2A 1T05A 3QINA 3KLGA 1WSIA 3CM5A 3OJSA 3OS2A 2DY4A 4DF4A 1NJWA 1SL1A 4CF0A 4CHPA 1RT1A 1VRUA 2YKMA 3PUFA 3VQ6A 3V9ZA 2YNGA 1Z25A 3G10A 2RF2A 2E4LA 4CFBA 4OJRA 2XHBA 4DTRA 2Q3SA 1IO2A 1VSHA 1U47A 2P1JA 2LSNA 4CGJA 3LAKA 4CIGA 3AVIA 1DLOA 3NF9A 4KTWA 3SQ4A 4HUGA 4FJXA 4M45A 5HRNA 1XHXA 3SPZA 1QSYA 4BE0A 2OYQA 3DLEA 5T7BA 3VQDA 4E19A 1YTUA 3NF7A 4E89A 2YHBA 4FLTA 1A5VA 2G8VA 1XHZA 4FLZA 1ZBIA 4KV8A 2XY5A 3NF6A 3M8PA 1EETA 3HPOA 2X6NA 3HVRA 4DSKA 4OPKA 2HHQA 1RTJA 3ALYA 4DTXA 3DOLA 2WONA 3VQ8A 4DTUA 1S6QA 1L3UA 1HYVA 1EXQA 4BE1A 5C25A 4CJPA 3SV3A 1KFSA 4CFCA 3OJUA 3OVNA 4I2PA 1QE1A 1RBSA 3EY1A 4IBNA 4BE2A 1HJRA 3V9XA 3OYGA 3ASMA 4FXDA 3K5NA 2FBTA 4CJUA 5E41A 3JSMA 1C1BA 1HMVA 3ZCMA 1LAVA 4OGCA 1UA1A 4LY7A 1WSGA 3QEWA 1SL0A 1F21A 4IG3A 1CZ9A 3QIOA 4IDKA 3G0ZA 1RT4A 4BWMA 2ZD1A 4KB0A 3OYEA 4FJKA 3MEGA 4DLGA 1R0AA 1NK7A 4CJVA 2I5JA 2KTQA 1NJYA 3TAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7AP 1ATSA 4JS5A 1NJZA 1S9EA 4H4OA 4M3RA 4BROA 5AQMA 4CK1A 2X74A 3CC2N 4HTUA 3LDQA 4QS8A 3CM6A 4PY5A 2D0AA 3THWB 3ZSOA 3FE1A 5TKWA 1VAZA 3ULEB 3A2FA 3AARA 1FW6A 4KH4A 5C2FA 1N34K 5HP1A 1NKBA 1CLQA 3DLGA 2HHUA 3TAPA 2YNFA 5GAGP 2W40A 3WQUA 3WEEA 3PLAA 3S3MA 1YIJN 1HUXA 1TYQB 1BL3A 3L2VA 1VK0A 3NFAA 3KKRA 1YT3A 3KHYA 5F1XA 2GX9A 1HNZK 3H46O 1ESVA 4Q0BA 4IG0A 5E84A 3VF6A 4GW6A 3F9MA 1WSEA 3S9HA 2XY7A 5I3UA 5F0XA 4H0TB 1J54A 5GADP 4KI4A 1HRHA 4ICLA 4CEEA 4Y1CA 1KQSM 3D2FA 4JI6K 3CYMA 3OYBA 2D0OA 4J2AA 4DV3K 3WNHA 3RRHA 4RW8A 4A62A 4PHTX 4WQ4A 1Q86O 4CJ5A 3ZT4A 4JS4A 2O8DA 4JAXA 2F4VK 3C7NA 1YJNN 1TL3A 3DLKA 2CGKA 4B1XB 5KRSA 1NG9A 3FZHA 1HNXK 4KTQA 3LDPA 2A40A 3O1WA 2HBJA 2P5OA 3BP8A 1IV0A 4PL8A 4DV5K 3ISNC 2PBDA 4CVNE 4M42A 1SL2A 4M3YA 1RT5A 1NK6A 3VQ4A 1RDCA 4CJRA 4KHNA 2ZJPL 4NXMK 1ZBLA 1QS4A 1VQON 4DQIA 1OH6A 4CF9A 4DB3A 1TAQA 4JI5K 4K8XA 3R3LA 4LFBK 3VQAA 4DF8A 3CQXA 4MFBA 1JLGA 4UY8O 4CHZA 3IG1A 3LP2A 4DLEA 1JLBA 2X6SA 3CFOA 2E2PA 1TKDA 3LM9A 4O8KA 4B1VA 5J2MA 1GLAG 1XQSC 3HP9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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