3TR8A

Structure of an oligoribonuclease (orn) from coxiella burnetii
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
184
structure length
184
Chain Sequence
SNAMDFSDDNLIWLDLEMTGLDPERDRIIEIATIVTNSHLDILAEGPAFAIHQPDKLLTAMDNWNTSHHTASGLLERVKNSSVDEVEAETLTLAFLEKYVSAGKSPLCGNSVCQDRRFLSRYMPRLNQFFHYRHLDVTTLKILAQRWAPQIAAAHIKESQHLALQDIRDSIEELRYYRAHLLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
source organism Coxiella burnetii
molecule tags Hydrolase
total genus 62
structure length 184
sequence length 184
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3tr8A00
3DMJA 2ETJA 4JRPA 1SKSA 1UA1A 5D3GA 3M8QA 4HHTA 3RMBA 4HVJA 3OJSA 5E41A 3O3FA 4B9NA 2FBTA 3DRSA 2IAJA 1TK5A 4OKEA 3NHGA 3V6DA 3TAGA 1X9SA 3SV4A 5I3UA 3OYLA 3DLBA 2D0BA 2OZSA 4E7JA 4F3TA 3NF9A 2Z1GA 3OYJA 1FKPA 3AVGA 4CGFA 1NK9A 2PZSA 5FROA 1BCOA 2IOCA 1S9GA 3HSTB 2HHVA 1VSFA 4DQQA 2EHGA 3C6UA 2X6SA 4F2RA 4FK2A 1X1PA 4O4GA 3OYHA 2X74A 1B9FA 3CM6A 3VQ6A 4J2EA 4JLHA 3ZT4A 3NH2A 4H8KA 1TGOA 2XY5A 1WAFA 4CEEA 4QAGA 3HPGA 4E3SA 2QK9A 4Q5VA 2DFHA 2ZD1A 4CJEA 1UOCA 3LPUA 4E7HA 3LZJA 2XY8A 5HRNA 1NK4A 5KRSA 2Z1JA 3M8PA 3V9UA 1VSHA 2FBXA 3LP0A 1F21A 4CIFA 2PYLA 4M41A 3BDPA 4FYDA 4KTQA 3K5LA 4FW2A 5CYQA 1LAVA 3B6OA 4OGCA 1L3VA 2D0CA 2FBVA 4MFBA 1K6YA 4XIUA 3OYAA 4HUFA 4DSEA 3HJFA 2WOMA 1NKCA 1T05A 2G8UA 3A2FA 4NYFA 2RN2A 4F2SA 4CF9A 1RT7A 5DK5A 4E7IA 4DFKA 3TARA 3I0RA 3HP6A 4IG0A 1CZ9A 1IH7A 3L3VA 4CE9A 3CFPA 3AVAA 1ZYQA 4I9QA 1HYVA 3V1OA 1QS4A 1EETA 1RNHA 3I8DA 1C0TA 3KLEA 4KB0A 1A5WA 1U48A 1VRTA 4HTUA 2Z1HA 3DRPA 3SNNA 4ELTA 2X6NA 1JXEA 3KLFA 1S1WA 1LWEA 4QCLA 1IO2A 1W0HA 3OS2A 2Z1IA 3K58A 4ELVA 3ASMA 4FLWA 3DYAA 1R0AA 1IKYA 1NJWA 2YHBA 1CXUA 3VQAA 3NBPA 4KHSA 3AVMA 1S1UA 2G8IA 1WSHA 4J2AA 4Z4GA 1DLOA 2HNZA 3ZT1A 1C0UA 4KHQA 2KQ2A 1X9MA 3HPOA 4W5OA 1JLBA 4FJNA 4C8LA 3JYTA 3NE6A 1RDAA 2GBZA 3SUPA 4FLXA 2KFZA 3C6TA 4H4OA 3VQ8A 4BE2A 1NK0A 1UAXA 5J2PA 4FJ5A 4CJSA 1T8EA 1REVA 3OS1A 3ITHA 3KLHA 1W9HA 3V1QA 4CJ5A 3NGZA 5CY4A 3VQ9A 4N56A 4DTNA 1GOBA 3OYDA 4CCHA 4CF1A 1CZBA 1RDBA 4E1NA 4IFVA 3LP3A 4CGHA 4Z4IA 3HP9A 4CEFA 1BHLA 4KAZA 1C0MA 1DTTA 2ZE2A 3S3OA 4W5TA 3PV8A 1QSSA 5CZ2A 3E01A 3QEXA 2Y1JA 2YKMA 1KVBA 4KI6A 4KKOA 1JKHA 1VSEA 5JS2A 3AA5X 4BWMA 3ZCMA 4Z4FA 1QHTA 3ZT2A 5I42A 4CEOA 4PUOA 1IKXA 3AVLA 1LAWA 1RBVA 2BANA 3QIPA 3AA3A 1GOAA 4KO0A 4ZTJA 5K14A 3QERA 1L3SA 1J54A 1BQMA 4OGEA 4CGDA 3OYFA 3K5OA 4O0JA 1N5YA 3MEEA 4CGJA 4CEQA 4FM2A 4J2BA 1U49A 3RRHA 4NCBA 4B08A 1UWBA 4FLYA 3AVFA 5KGXA 4FJLA 3T19A 3NF7A 2OPSA 3ZSXA 4KTWA 4W5RA 1KLMA 4RW7A 1NK5A 4FJIA 5T7BA 3VQPA 4Y1CA 1HRHA 4CJTA 4AHVA 3V4IA 4FXDA 1S5JA 1RT2A 3T3FA 3P5JA 2HHSA 3S3NA 3EZ5A 1YT3A 1KFSA 1C1CA 4CJRA 2BE2A 3CG7A 3TWHA 1NKEA 1JL2A 1SL1A 1S9EA 3IAYA 1IKWA 1I3AA 4O5BA 1VSDA 2G8FA 4OJRA 1TK8A 1D8YA 5DMRA 1HYSA 3F9KA 4IDKA 4E1MA 4F8RA 1XWLA 2B4JA 3DRRA 4I7FA 1QSLA 2D5RA 4MQ3A 1EX4A 3D45A 2XHBA 1JLQA 3L2QA 3AVCA 5SZTA 1WNSA 4AHRA 1RDDA 1CXQA 4LSLA 4CGIA 4CHQA 3NCIA 2G8KA 4M3YA 3VA0A 3V9WA 4PWDA 4QOZB 3QEVA 3P83D 4IKFA 4RW6A 1S1XA 1EXQA 4JRQA 3VQDA 1D9DA 3TANA 4GW6A 2IC3A 4FJ7A 4DQSA 3PO5A 5SWMA 1RTHA 1I39A 4FJJA 1TAUA 2KFNA 4BACA 3HVTA 4DTSA 4B9UA 3FFIA 4OLAA 2YNFA 4K8ZA 2P5GA 3V1RA 3RMCA 4B9SA 3SQ2A 5KTQA 4B9MA 1XI1A 3UIQA 2A1RA 3MXJA 4M3RA 1WSEA 2IDOA 2F8TA 4ELUA 4KV8A 1KTQA 3DM2A 1LW0A 4DQRA 3VQEA 4HUEA 3QETA 2XRIA 1JLGA 4BDPA 1FXXA 4KFBA 4EZ9A 5HRSA 3PUFA 4AHUA 3U6FA 3NFAA 3MXIA 3G0ZA 1VSIA 1NJZA 4CECA 3SUNA 2AJQA 4KPYA 5EU7A 3PX6A 4YFUA 1BIUA 3AO5A 5KI6A 4NCAA 3KK2A 3SYZA 3QLHA 5HRRA 1J9AA 4FZYA 1NOYA 4FZZA 5KRTA 3LWMA 4IFYA 3OYMA 1YTUA 1RDCA 1VSKA 2VG5A 4CK3A 3OYBA 3HM9A 3VN5A 3PX4A 2HMIA 4DG1A 4I9LA 1TKDA 2HVHA 4OPKA 3S3MA 3SZ2A 4DTRA 4DFPA 4BWJA 1KSPA 1RCHA 2YHAA 3V9XA 1T03A 1ASVA 2O4GA 1RILA 2HHWA 4CK2A 3HYFA 1LWCA 3ZSYA 3THVA 2OPRA 2BDPA 3RMAA 3AVIA 3QEIA 4C8OA 3NGYA 3QINA 2RF2A 3ZSOA 4CEAA 4FM0A 3HL8A 3ISNC 3RMDA 3LALA 1CLQA 2YNHA 2HHXA 3HVRA 4RW4A 1XHZA 1VRUA 1Z26A 3SQ1A 2F96A 1XC9A 3LP2A 4H4MA 1IKVA 4DFMA 1LV5A 1HNIA 1RT6A 2FBYA 5CYMA 4M45A 3ZSVA 4CJ3A 3K2PA 3JSMA 3AV9A 4FJ8A 4FJMA 3VQCA 2DTUA 1O1WA 1BCMA 3SQ0A 2DFEA 1TL1A 3OJUA 2E4LA 2QXFA 4JS4A 5FDLA 4B9TA 3QEWA 1TV6A 1JL1A 3TABA 1U45A 3MECA 4CJ4A 3KLIA 1TAQA 4CEDA 3LP1A 5CZ1A 3AA2A 4KHYA 2PY5A 4KB1A 1JLCA 3IRXA 2A1SA 4JS5A 3SUQA 3HT3A 3ZSWA 5HROA 4WE1A 3LZIA 1J5OA 1TL3A 3HPHA 4ID1A 4N47A 2F8SA 3HK2A 5FRMA 1J53A 3QIOA 4B9VA 4FJGA 1S6QA 4OVLA 2VG7A 3EYZA 1RBUA 3RWUA 1KCFA 1TVRA 4DTUA 3WNGA 1HYZA 3SPZA 1RTDA 1BIZA 4LD0A 4AHCA 1JLAA 2IS3A 3OYKA 3WNHA 2D0AA 4BDZA 4OLBA 3V9SA 2R7YA 3BGRA 3AVNA 5FRNA 1BL3A 3TR8A 1WSFA 4PA1A 4DFJA 4DTOA 3L2UA 2HB5A 4FM1A 3K5NA 1ZBUA 3DLHA 3MEDA 2P5OA 5C42A 1U4BA 3LAMA 3TI0A 4DU1A 1UA0A 2G8WA 4CHNA 2HNYA 2RKIA 2O4IA 3WNFA 3F73A 1NK7A 2PYJA 3DOLA 3I0SA 4CF0A 1NJYA 3O3GA 5C25A 3NH0A 3TAQA 4KHWA 3OYNA 1S1TA 3M8SA 3AO2A 3V9ZA 1L5UA 1QTMA 3C95A 4LH4A 3VQ5A 4DSFA 3SQ4A 4KHNA 3WNEA 3HO1A 4Z4CA 4HUGA 4KREA 1TKTA 4ICLA 3OS0A 4DF4A 4M3UA 1KVCA 4CHZA 3LWLA 3DLKA 3TAPA 4EP4A 2KZMA 4CJUA 1BI4A 1WSJA 3RR7A 1Q8IA 1SKRA 4DMNA 3DLGA 3DLEA 3CM5A 2BGGA 3O4NA 3SCXA 2XO7A 4B8CA 4EZ6A 4FJXA 1VSMA 3ALYA 2HVIA 1WLJA 1C6VA 3CFOA 4CJPA 3M8RA 2OPQA 3L3UA 3NH1A 4LSNA 1EKEA 4CF2A 2E6LA 1RT4A 3ZSRA 3L2VA 2GUIA 4FVMA 1MU2A 1YVUA 4W5NA 2HHTA 2X78A 4FK4A 4W5QA 1TKZA 1ZBHA 3KIOA 3P1GA 3T1AA 4DLEA 4M3XA 2YNGA 3U3YA 4NCGA 4E0DA 2YV0X 1C1AA 4Z4EA 1BI4B 4B8AB 2KTQA 4LH5A 4DU3A 5HP1A 1RBTA 1T7PA 4FZXC 4FJKA 1XHXA 2OPPA 3KLGA 1BGXT 3VQ7A 4OKKA 3K57A 3LDSA 4E7LA 4AHTA 2B6AA 3H08A 1TK0A 4HCBA 2Y1IA 1QQCA 3SUOA 4KI4A 4KRFA 3OYGA 2VWKA 3AVHA 4CGGA 4E89A 4O44A 3D0PA 4RW9A 4E19A 1S1VA 3LANA 3ZSQA 1HQUA 1RT3A 2G8HA 4CHOA 4L8RB 1N6QA 1VK0A 1TKXA 2VG6A 4LY7A 2OYQA 3V81A 3OYEA 1HQEA 2HNDA 4FLZA 3AVBA 3DI6A 2QKBA 3AA4A 3LAKA 4CJFA 3AO1A 4DSJA 2YNIA 3PY8A 4F4KA 5JS1A 2I5JA 4FLUA 4CJWA 1A5XA 3NAEA 1HPZA 4Z0UA 3IS9A 3RTVA 1VSJA 1WSIA 4KHUA 1X9WA 4NYNA 3PX0A 1D9FA 2RPIA 4ZHRA 4CHPA 5J2NA 1ZBFA 2B5JA 4UQGA 3ULDA 2YKNA 1SL0A 3CYMA 3RR8A 1ZBLA 2DY4A 1HMVA 2P1JA 1FKOA 4CERA 1HJRA 2VWJA 3KKSA 3KKRA 5C24A 3QNNA 4O55A 1ASWA 3MAQA 3NF6A 4FLVA 4K8XA 2XY7A 4DLGA 1RTJA 3VQ4A 3TAFA 4E7KA 4F3OA 4I2QA 3S9HA 1DTQA 3EY1A 4CFCA 4DU4A 3NDKA 3ZSZA 5J2QA 3OYCA 4DS4A 1SKWA 1KRPA 5J1EA 3KD5E 4CEBA 2KZZA 3TAEA 1ZBIA 2FC0A 1KVAA 3DOKA 4RG8A 4CJVA 3SPYA 1B92A 4CIGA 4C8KA 1KFDA 4B9LA 4CEZA 1NJXA 4BE0A 4DTPA 1WSGA 4C8MA 4C8NA 2LSNA 3VQQA 4DWIA 4Y1DA 1NOZA 4CFBA 3AVJA 3KTQA 1LW2A 4M3TA 1BQNA 1QE1A 4Q0BA 5HBMA 1HNVA 1Q9YA 4PQUA 3VQBA 4CK1A 4CJQA 4Z4HA 4DSIA 4I2PA 3SJJA 4PY5A 3L8BA 4ZTFA 3O4QA 1SUQA 3G10A 3PO4A 2G8VA 2E6MA 4RW8A 4CF8A 4YNQA 3OY9A 4M3WA 1ASUA 2EX3A 5J2MA 1D5AA 1RBSA 2W42A 3QNOA 1ITGA 2ITGA 1NK8A 2WONA 4DS5A 4G1QA 4R5PA 1RT5A 1JLEA 2P51A 3OYIA 3NGIA 1WN7A 4BDYA 3AO3A 3O3HA 1RT1A 1RTIA 3IG1A 4DQIA 5HRPA 1U47A 1B9DA 1Z25A 4N5SA 4DSKA 1SV5A 2JGUA 1JXBA 2DFFA 1A5VA 3RRGA 4CJKA 3L2RA 1C1BA 1S6PA 4DTMA 4N41A 3KD1E 2JLEA 4CJLA 3CQ8A 1QSYA 3AVKA 4AHSA 4B3OA 1GOCA 1YTAA 3SI6A 3C94A 1G15A 1U04A 3VA3A 1FK9A 1WAJA 3KK1A 1KLNA 2IGIA 2QKKA 2OA8A 2OZMA 4IG3A 1BISA 3HXMA 4FCYA 1L3UA 3SV3A 2NUBA 3AO4A 4BE1A 1Y97A 3TAMA 4EP5A 2HHUA 4FK0A 4HCCA 2Q3SA 3K59A 1EP4A 4GVMA 4FLTA 1IG9A 3MEGA 3U3GA 4DTJA 1JLFA 3ZT0A 4OKJA 4AH9A 3QEPA 4FW1A 4GMJB 5HLFA 1RBRA 4TSXA 4CFAA 3L2WA 4O0IA 4FJHA 3B6PA 3QESA 2ATQA 3CFRA 1NKBA 4M3ZA 4DF8A 3NF8A 3QO9A 4OPJA 2KW4A 1NK6A 2GV9A 4AILC 1SL2A 3LPTA 4KTZA 1L3TA 2HW3A 3DLRA 3MXMA 4CIEA 4ID5A 1Q9XA 3KJVA 3K5MA 4DSLA 4DTXA 3ZT3A 1LWFA 3KK3A 2ZQBA 4J2DA 2XY6A 1VSLA 2HHQA 4M42A 4CFDA 4IBNA 4DQPA 4FJ9A 4N76A 5KGWA 3OVNA 4CESA 4CHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E8AA 1SKSA 3T1HK 1UA1A 4DR4K 4HVJA 3DRSA 4BVPA 3V6DA 1MWMA 3TAGA 3U8XA 1KXPA 3DLBA 5AQYA 2D0BA 2OZSA 5IWAK 1YF5L 3NF9A 3OYJA 3AVGA 3C6HA 1NK9A 1S9GA 1BG3A 1MDUB 1KD1O 4FK2A 3TPQA 1X1PA 4H0YB 4O4GA 3OYHA 2X74A 3J7ZO 3MK6A 1WAFA 3WEEA 5LMUK 3HPGA 4CJEA 3O6WA 2XY8A 4FL9A 3M8PA 5M1QA 2FBXA 3IKMA 1F21A 2O8BA 3RVCA 4KTQA 3K9KA 1GLCG 4OGCA 2D0CA 3QICA 4NLBA 1T05A 3A2FA 4NYFA 5GINA 1RT7A 4DFKA 3WQTA 3I0RA 1T44A 4IG0A 1IH7A 3VTHA 1H1VA 4I9QA 1YJ9N 1EETA 3I8DA 2QTDA 4BC2A 5AQIA 1A5WA 3DRPA 3SNNA 4ELTA 1LWEA 1IO2A 1W0HA 2P9KB 2Z1IA 3K58A 4FLWA 1R0AA 1NJWA 1IKYA 1BOTO 3ZETB 5BRFA 1CXUA 3VQAA 2VQEK 1DLOA 1GLJO 2NRWA 4KHQA 4MLHA 1X9MA 4C8LA 3NE6A 3SUPA 4FLXA 3VQ8A 1IJJA 1NK0A 3UKUB 1TYQB 4ISEA 2V7YA 3THYA 4FJ5A 1YUWA 1REVA 3ITHA 2FSKA 4PL7A 3VF4A 5CY4A 4N56A 1GOBA 1ZC6A 4ILGB 2YJEA 4XH4A 1N33K 2NRRA 3CETA 4KAZA 1DTTA 2ZE2A 2KHOA 4RTFD 1QSSA 1MA9B 3QEXA 5AQJA 1KVBA 4KI6A 5TKWA 1JKHA 1VSEA 3EE9A 4ISGA 3LL3A 5I42A 4PUOA 3ULEA 2AP1A 3WXLA 3QERA 1J54A 1BQMA 4CGDA 3K5OA 1N5YA 2P9UB 4FM2A 4CEQA 4FO0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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