3TR8A

Structure of an oligoribonuclease (orn) from coxiella burnetii
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
184
structure length
184
Chain Sequence
SNAMDFSDDNLIWLDLEMTGLDPERDRIIEIATIVTNSHLDILAEGPAFAIHQPDKLLTAMDNWNTSHHTASGLLERVKNSSVDEVEAETLTLAFLEKYVSAGKSPLCGNSVCQDRRFLSRYMPRLNQFFHYRHLDVTTLKILAQRWAPQIAAAHIKESQHLALQDIRDSIEELRYYRAHLLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
source organism Coxiella burnetii
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 62
structure length 184
sequence length 184
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3tr8A00
2NUBA 1WSEA 4KPYA 3ZSQA 1KVBA 3HT3A 1ZBHA 3C6UA 1BHLA 3ZSXA 2DFHA 4W5RA 4I2QA 2OA8A 4W5TA 3AVGA 4K8ZA 1EKEA 2XO7A 5KGXA 2R7YA 3AVIA 3G0ZA 3O4QA 4J2AA 2IOCA 4ZTJA 4DU4A 3OYCA 1IG9A 2KFZA 4O4GA 1KLNA 3ZSWA 4OVLA 3RMDA 3TANA 4RG8A 4H8KA 4E7JA 3CFRA 3DLRA 1NK6A 1TV6A 4CF8A 4KRFA 4CK3A 3OYAA 4FLVA 1FXXA 1HQEA 3QINA 4JLHA 4LSNA 4C8NA 3KLHA 4CIEA 3RR7A 1S6QA 4M42A 3DLEA 1MU2A 3O3GA 3PV8A 1WAJA 2YNHA 1SL2A 4DTNA 4KHUA 3EZ5A 3VQ5A 1B92A 3KTQA 5CYMA 2DY4A 1W0HA 3KLEA 1KFSA 2Y1IA 3AVJA 1TK0A 1BI4A 3MXJA 4CEOA 2YKNA 5KTQA 2OPSA 1LW2A 3L2WA 4KKOA 2VG6A 3QO9A 1KSPA 1KRPA 2F8SA 2O4IA 1QSLA 1RILA 1EXQA 3QEPA 2QK9A 3AVMA 3HVTA 3KKRA 3VQQA 4DFPA 1U04A 2EHGA 4O5BA 2YHBA 3SQ2A 2G8UA 2GUIA 3DLBA 5DMRA 2E4LA 3HPHA 3WNEA 4CGHA 4RW8A 5HRSA 4BE1A 4M3RA 4CK1A 1C1AA 1K6YA 2FC0A 4DQSA 4CJTA 4KO0A 1NK5A 5HP1A 4Z4EA 4C8KA 4PWDA 4CGIA 4M3TA 1RT1A 5JS2A 3KKSA 3T1AA 4FK4A 4Q5VA 3HP6A 2QKKA 4J2EA 1J9AA 3LP0A 2I5JA 3OYMA 3NGIA 3CFOA 4HUFA 4BE2A 1N5YA 4Z4FA 3WNHA 1DTTA 3OJSA 4FM1A 3SNNA 3L3UA 4R5PA 4OLBA 3U3YA 1TK5A 3M8PA 2ZQBA 1LWFA 3OYKA 4DTOA 4M3ZA 3IRXA 3NF8A 4CEBA 4IG3A 3M8RA 1NK7A 2HNYA 2OPRA 2JLEA 4KI4A 2X74A 3MEDA 3P5JA 3SV3A 2E6LA 2FBTA 5C24A 1U47A 4KHNA 2HNZA 4FLTA 3AA5X 2F96A 1RBUA 3OYIA 4LY7A 1VSDA 3QEWA 1TKTA 4ID5A 2P51A 2QKBA 3QIOA 4CF0A 3ASMA 1S1UA 3I0RA 1ASWA 3IS9A 3K2PA 4CJ4A 4N56A 3O3HA 4E7HA 2HMIA 4C8OA 4E7IA 1QHTA 4AHRA 1S1VA 3PUFA 1B9FA 1WN7A 3L2VA 1BIZA 3O4NA 1KLMA 4F2SA 4FJ5A 4NCAA 1ZBLA 2OYQA 3L2UA 2WOMA 4FM0A 3RTVA 1WSFA 1VSEA 1NKCA 3RMAA 4E89A 2Q3SA 4RW9A 3NGZA 2IDOA 2XHBA 1JXBA 3SZ2A 5I42A 1JLAA 3PX4A 4FJXA 2AJQA 4KREA 4ELVA 1VSJA 1LAVA 3JSMA 4CJKA 1SKWA 4ID1A 4AHCA 3VQ6A 1RT5A 3L8BA 1HMVA 4DFJA 1ZYQA 3G10A 1QS4A 3DRPA 3ZT0A 3TARA 2XY6A 5KRSA 3VQ9A 5KRTA 4FJGA 4FZZA 3MXMA 3ZT2A 2KTQA 4FJLA 2GBZA 2OPQA 3HJFA 3P1GA 4GW6A 1JLQA 4B3OA 4CJWA 3OYJA 4Y1DA 3DLKA 3SQ0A 4CJQA 3V6DA 3VA0A 2G8WA 2OZSA 4M3XA 1YVUA 1JKHA 3B6PA 2RKIA 4HHTA 4DSJA 3CYMA 3ZSOA 1ZBIA 3QLHA 3NH1A 4KHYA 3MEEA 1L3VA 3NE6A 3C95A 3OYDA 4FCYA 5HRRA 4NYNA 1VSLA 4DSFA 4DQPA 1O1WA 1LWCA 3ITHA 4CHQA 1KVCA 3OYGA 3HL8A 4DU1A 4FZXC 4KB1A 1GOCA 4N47A 4FLZA 1ITGA 1QQCA 2VWKA 2P1JA 4IDKA 3SUPA 4CEZA 1XHZA 1UA1A 3ZT1A 2YHAA 4O55A 1RBRA 4DS4A 2VG5A 1QTMA 1KCFA 5I3UA 2BDPA 1DLOA 2RF2A 3HYFA 4CK2A 2ITGA 5CYQA 4CHYA 4LH4A 3OYBA 3TAGA 4HUGA 3SQ1A 1UOCA 4CHOA 1X9MA 4IKFA 3AVHA 4L8RB 3CFPA 4CGGA 4AHUA 4E19A 1RTDA 1JLGA 2G8HA 4G1QA 4FJ8A 3V1RA 3ALYA 1IH7A 2ZD1A 3VA3A 4M3WA 2HHTA 1HNVA 2X6NA 4W5QA 3V9SA 3AV9A 4FW2A 4CGDA 3LAMA 3CM6A 3OYNA 5JS1A 3FFIA 4OPKA 1HYSA 4CEAA 4FJMA 4JRPA 3RRHA 1SKSA 3I0SA 3S3MA 1U4BA 3HM9A 1RT4A 4E0DA 1KTQA 2B5JA 3AO4A 4CJSA 1HYVA 1GOBA 4DSKA 4KB0A 1SUQA 3AVFA 4BDZA 2A1RA 1GOAA 4M45A 4B9MA 4EZ6A 4Y1CA 3RMCA 3EYZA 2Y1JA 3RR8A 4KHWA 1BCMA 3DYAA 4OLAA 3OS1A 4PY5A 1T05A 1Q9XA 4RW4A 2Z1HA 3AA2A 1SV5A 2P5GA 3CM5A 4KI6A 4CEEA 3HP9A 1I3AA 1WNSA 4FK0A 1EP4A 5D3GA 5FRMA 4IG0A 4FJIA 4JRQA 3U6FA 2PYJA 3OS0A 1S1WA 3OVNA 2BGGA 3RRGA 1KVAA 4O0JA 3AVLA 2G8VA 3KLFA 2YV0X 4XIUA 4FJ9A 4E1MA 3NCIA 3BDPA 2X78A 2HHXA 4FK2A 1NKEA 3RWUA 5J2MA 2HHWA 4I7FA 4MFBA 1HNIA 2DTUA 1NK8A 1T03A 1RBVA 4OKKA 2HHQA 1BQMA 3ULDA 3HSTB 4KFBA 5HRPA 3PO4A 4ELTA 2BE2A 3NF6A 5DK5A 1HYZA 2XRIA 3CG7A 4I9LA 3DLGA 3IAYA 4FYDA 1JL2A 2ATQA 4CIFA 3UIQA 3VQDA 4FJKA 4OJRA 1XI1A 1IKVA 4CFDA 1JL1A 2G8KA 1R0AA 3NGYA 3KLGA 3OYHA 4QAGA 4AHSA 4B9VA 1QE1A 3I8DA 1NK9A 1KFDA 2HB5A 3JYTA 3D45A 1YTUA 2IGIA 1NKBA 1RT2A 3AVCA 2B4JA 1UWBA 4CJ5A 4BACA 3DRRA 1A5XA 3PY8A 1TGOA 3TWHA 4HCBA 4W5OA 3AO2A 3WNGA 1HJRA 2RN2A 4B9NA 3KD5E 1YT3A 2XY7A 4WE1A 1IKYA 1C6VA 1RT7A 4CJLA 3HPGA 4HTUA 3TAEA 2PZSA 2W42A 1LWEA 4JS5A 3MEGA 2F8TA 2EX3A 1RBTA 4JS4A 3LZJA 2KQ2A 4FLYA 4DTSA 3LAKA 4FJ7A 2HVHA 5K14A 2YNGA 4OGCA 2Z1IA 2Z1GA 2DFFA 3DI6A 4DF8A 3LZIA 4GVMA 3K57A 4M3YA 4KV8A 4Z4HA 1JXEA 4B8CA 4CF2A 4B9SA 3K5OA 5CZ2A 4KTQA 4DTJA 1IKXA 4Q0BA 3KJVA 5SWMA 3HXMA 1S1TA 4CF1A 3OY9A 2VWJA 4LH5A 4Z4CA 1NK4A 5C25A 4RW7A 2D5RA 3QERA 3ZSZA 1G15A 4ELUA 2XY5A 4KAZA 4KHQA 3SYZA 1F21A 3LP1A 3PX6A 1NJWA 4N76A 5HBMA 1N6QA 1S9EA 3DRSA 3VQBA 1S5JA 1TAUA 1D5AA 3LWMA 4UQGA 3K5MA 4DQQA 4GMJB 1CZ9A 4AH9A 4CHPA 3LWLA 3MAQA 1BIUA 1HPZA 3V9UA 4E1NA 1S1XA 4EP4A 1FKOA 4CHZA 2VG7A 4CJPA 4DMNA 4DFMA 2HHSA 2YNFA 2Z1JA 4YNQA 1CXUA 1VSMA 4TSXA 5C42A 4Z4GA 1X1PA 3AVAA 4DF4A 3AVKA 2A1SA 1C0UA 3S9HA 1C1BA 1RDAA 4M41A 1TKZA 2IC3A 3TAFA 3TR8A 1WLJA 3QIPA 3RMBA 1EETA 3TABA 4C8LA 4F8RA 3K58A 3F73A 3QNOA 1TKDA 5CY4A 1UAXA 1HQUA 3VQEA 2IS3A 1JLBA 4LD0A 4YFUA 5HLFA 4F2RA 4FXDA 4OGEA 1WSHA 3NH0A 3K59A 1BCOA 5CZ1A 3DM2A 3LPUA 1VSKA 4H4OA 4CJRA 4M3UA 3E01A 3SV4A 3NAEA 1SL1A 4DFKA 5FROA 4HCCA 3C94A 1NOYA 3TAPA 4C8MA 4CJ3A 2RPIA 3SCXA 3AO1A 3QEXA 3V4IA 3CQ8A 1REVA 4F3TA 2HNDA 4CEDA 4DS5A 5KGWA 3H08A 5KI6A 4E3SA 1L5UA 4ICLA 1J53A 3WNFA 4MQ3A 4CGJA 2D0AA 4FLWA 1L3TA 3LANA 4FM2A 5J2PA 2PYLA 2YKMA 1BI4B 3HK2A 5EU7A 3SUQA 3OYEA 4DQRA 4K8XA 1Q8IA 2HW3A 1LAWA 5J1EA 4DTPA 4IBNA 4Z4IA 1NJXA 3KK2A 4DWIA 3S3OA 2ZE2A 1D8YA 3V81A 4DTXA 1S6PA 4CERA 3ZSVA 3MXIA 1Z26A 3ISNC 4CGFA 3KLIA 4DTMA 4B9UA 3OYLA 4FVMA 4FLXA 3QNNA 1T8EA 1A5VA 3SPZA 1RTJA 4IFVA 4QCLA 3V9WA 4B9TA 3ZSYA 4IFYA 1CXQA 3V1OA 4PQUA 2QXFA 4KTWA 2OPPA 4ZHRA 4OKEA 1I39A 4OKJA 1C0TA 1RDCA 5J2QA 5HRNA 3K5LA 1LW0A 4RW6A 1L3SA 4FJNA 4I9QA 4CIGA 4N41A 3QESA 1U45A 4DLGA 4DG1A 3OS2A 2FBXA 1RBSA 1TAQA 1Z25A 2JGUA 3ZSRA 1HRHA 1VSHA 3D0PA 1ASVA 4HUEA 1EX4A 4DU3A 3IG1A 4CJUA 1WSGA 1RCHA 4O0IA 3LALA 1QSSA 4F3OA 4CE9A 1U49A 1J54A 1NOZA 3F9KA 1WSJA 1JLEA 4CECA 1TK8A 4CJFA 3THVA 1ASUA 4B9LA 3A2FA 4FLUA 2PY5A 1X9WA 4PA1A 1BL3A 2KW4A 2KFNA 3AO5A 1RDBA 1FKPA 4B8AB 2X6SA 4LSLA 3VQ4A 3LDSA 3K5NA 4BWMA 1T7PA 3U3GA 4KTZA 3AA3A 1BISA 2WONA 4CCHA 3QEVA 3SJJA 4F4KA 4E7LA 1B9DA 1Y97A 4DLEA 4KHSA 3HVRA 3VQ7A 4J2DA 3SUOA 3ZT4A 4CJVA 3O3FA 1L3UA 3PO5A 5HROA 1WAFA 2BANA 2DFEA 4CESA 1FK9A 2GV9A 2B6AA 5FDLA 1XC9A 3NF9A 4Z0UA 1U48A 3NFAA 4CF9A 3TAMA 3VQ8A 3ZCMA 4CFCA 4NCGA 4N5SA 1VK0A 4DSIA 1TL1A 4E7KA 1IO2A 1BGXT 4BDYA 1RTHA 4DTUA 3TI0A 2KZMA 1IKWA 1VRUA 3KK1A 4FJHA 4QOZB 4EP5A 1J5OA 1CZBA 4FW1A 3DOKA 1D9DA 3NH2A 4OPJA 4CEQA 3SPYA 4CFBA 3NHGA 3S3NA 4I2PA 1C1CA 3KD1E 1JLFA 4DQIA 3ZT3A 3KIOA 1QSYA 2FBYA 3NBPA 1VSIA 2XY8A 3MECA 4AILC 3SQ4A 4BDPA 4H4MA 2OZMA 1CLQA 1TKXA 3P83D 4AHVA 4CHNA 3DLHA 3C6TA 1S9GA 3L2QA 3LP2A 3HO1A 1TVRA 4NCBA 1TL3A 2FBVA 2O4GA 4DSLA 4HVJA 1NK0A 1Q9YA 1RNHA 3LP3A 1UA0A 2HVIA 2D0CA 3OJUA 1RDDA 2LSNA 3KK3A 1DTQA 1XWLA 3T3FA 3DOLA 3QETA 4CFAA 5FRNA 1RT3A 1D9FA 3QEIA 3VQPA 1RTIA 3T19A 4ZTFA 4EZ9A 1ZBUA 1JLCA 3NF7A 5E41A 4AHTA 3M8SA 1ZBFA 4NYFA 4W5NA 3TAQA 3LPTA 5T7BA 1VRTA 2YNIA 3V1QA 4B08A 3PX0A 3HPOA 3SI6A 2D0BA 4FZYA 4DTRA 3AA4A 3VN5A 2KZZA 2IAJA 3VQAA 1SKRA 2ETJA 3NDKA 4BE0A 3V9ZA 4O44A 5J2NA 3L3VA 5SZTA 1VSFA 4CJEA 1NJYA 1SL0A 4FJJA 2G8FA 4DSEA 2E6MA 1RT6A 3DMJA 1XHXA 3EY1A 4CEFA 2P5OA 1C0MA 2HHUA 3BGRA 3AVBA 3OYFA 3V9XA 1NJZA 4J2BA 1WSIA 3VQCA 2HHVA 1A5WA 3SUNA 1BQNA 1W9HA 2G8IA 3AO3A 3M8QA 3AVNA 3L2RA 3B6OA 1YTAA 1LV5A 4PUOA 4BWJA 1X9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OANA 3LDPA 3ZSQA 5C10A 5M1FA 3B8AX 1ZBHA 2A3ZA 2DFHA 3AVGA 4QS8A 2XO7A 1NLVA 2Q2RA 3N4QA 5B8HA 2KFZA 4RG8A 5LMUK 1TV6A 3VEOA 4BRNA 4C8NA 3KLHA 4CIEA 1NM1A 1S6QA 5M1NA 5M1KA 3RR7A 2YNHA 4H5WA 3CD6N 1SL2A 3H3OB 1NGDA 4BG9A 1W0HA 3MXJA 3BZCA 2YKNA 5KTQA 2OPSA 1QQMA 3D2EB 3QO9A 4KKOA 2O4IA 1QSLA 4EIAA 3CJCA 3HI0A 3VQQA 5EOYA 4H0YB 2EHGA 1N36K 2YHBA 3CC7N 3HPHA 4H5TA 4CGHA 2O8FB 3EKUA 4CK1A 1K6YA 4Z4EA 4CJTA 1NK5A 2D1KA 3VF4A 4C8KA 2FSNA 4QS7A 4FK4A 1G99A 2E2QA 3OYMA 4HUFA 2VYPA 3GL1A 4IOAL 3OJSA 4FM1A 4JV5K 3HOTA 4UY8O 4DTOA 3NF8A 4CEBA 4IG3A 2HNYA 2X74A 3P5JA 3U9ZA 2F96A 4BR4A 1IJJA 4WFNL 3ZETB 1H1VA 2WC9A 3ASMA 3O3HA 2HF3A 4C8OA 1S1VA 1GLLO 4FJ5A 2IVOA 3VPZA 5F0XA 1E4FT 1KQSM 1GLEG 1WSFA 5LY3A 3NGZA 2Q3SA 4RW9A 4FJXA 3FLCO 2XHBA 1U6ZA 5CR4A 4ELVA 1VSJA 3JSMA 1NGBA 3E1YA 4DUZK 3A8YA 4AHCA 5BPNA 3MWPA 3VQ6A 4DFJA 1S3XA 3TARA 5KRSA 3ZT2A 2KTQA 2GBZA 2BUPA 1JLQA 3DLKA 1NGIA 3VA0A 2G8WA 4M3XA 4CZHA 1JKHA 4HHTA 1QQNA 3EZWA 2A40A 5LMNK 3MN7A 5AQIA 3NE6A 2ASPA 3IFRA 5HRRA 4DQPA 4YOUA 3O4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5BRE A;  4DTU A;  4QS9 A;  3KK1 A;  4FJH A;  4QOZ B;  4EP5 A;  3NHG A;  1OVY A;  4GY2 B;  1JLF A;  5BN8 A;  3ZT3 A;  1QSY A;  5FPD A;  5DM6 L;  4LFB K;  4JN4 A;  3ATU A;  3MCP A;  3C6T A;  1S9G A;  4E1J A;  3FZL A;  2FBV A;  4Z94 A;  1SZ2 A;  1UA0 A;  2D0C A;  1RDD A;  4YOY A;  3D6R A;  3ID8 A;  1DTQ A;  1XWL A;  3T3F A;  3DOL A;  4OX9 K;  4CFA A;  5FRN A;  1RT3 A;  2P9L A;  2W6L A;  4EZ9 A;  2D0P A;  2P9S B;  5FPE A;  1ZBU A;  1JLC A;  4NYF A;  4W5N A;  1T44 A;  4LFA K;  3MN9 A;  1K9M O;  3L6Q A;  5EXW A;  5T7B A;  4B08 A;  2HST A;  4FZY A;  5IWA K;  3VN5 A;  2EWS A;  3VQA A;  1SKR A;  2ETJ A;  4BG8 A;  3VGL A;  4BE0 A;  4XEI A;  1VSF A;  1NJY A;  5TKY A;  1SL0 A;  3FE1 A;  4DSE A;  1ZC6 A;  2ZM6 K;  1XHX A;  4IEI A;  5EX5 A;  2JWL A;  5AR0 A;  1C0M A;  2HHU A;  1TUU A;  1NJZ A;  1NGA A;  3IMX A;  2KLA A;  1LV5 A;  3AVN A;  3L2R A;  3HTV A;  5M1O A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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