3TR8A

Structure of an oligoribonuclease (orn) from coxiella burnetii
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
184
structure length
184
Chain Sequence
SNAMDFSDDNLIWLDLEMTGLDPERDRIIEIATIVTNSHLDILAEGPAFAIHQPDKLLTAMDNWNTSHHTASGLLERVKNSSVDEVEAETLTLAFLEKYVSAGKSPLCGNSVCQDRRFLSRYMPRLNQFFHYRHLDVTTLKILAQRWAPQIAAAHIKESQHLALQDIRDSIEELRYYRAHLLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
source organism Coxiella burnetii
total genus 62
structure length 184
sequence length 184
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3tr8A00
4CEQA 1XWLA 4KTWA 1TV6A 1YVUA 2Z1GA 3AO2A 5SZTA 4W5TA 1NK8A 4I9LA 1JKHA 1TKTA 3KD1E 2VG7A 1C1AA 3L8BA 4F8RA 4CJEA 4IG3A 3BGRA 1C6VA 4LSLA 1FKPA 1CZ9A 3AVAA 4IFVA 4F3OA 1LWEA 4H4OA 2KTQA 1NJWA 1VSLA 1U04A 3L2VA 1TKXA 4CJ5A 1K6YA 3V1RA 4OGEA 4CGDA 3TARA 3MECA 2BANA 4O4GA 1LW0A 4GW6A 4NYNA 4CEDA 4FLVA 3SUQA 2Z1IA 3SV3A 3FFIA 1RDBA 5I42A 4KB0A 3HL8A 1WSGA 4CF9A 3RRHA 4MFBA 2IOCA 3MEGA 4DTJA 3VQAA 3ZCMA 4K8ZA 3D0PA 2XY5A 1VK0A 1LAVA 2E6MA 1TK0A 1SL1A 2PYLA 4Y1DA 4HVJA 5CZ2A 3T1AA 3SCXA 1QTMA 2HMIA 3LZJA 4Z0UA 2R7YA 4M3ZA 2ZD1A 2BDPA 1SV5A 2YNIA 4PQUA 1NKBA 4HTUA 3HJFA 3OVNA 3QETA 2RKIA 3K5LA 4CHOA 2OZMA 4E7LA 3ASMA 4CEZA 2KFZA 4KV8A 3OYDA 3O4NA 4CHNA 2AJQA 2E6LA 1I39A 4ZHRA 3P5JA 3O3FA 3RR8A 1VSJA 4PY5A 4CGFA 2Z1HA 4OKKA 3K5NA 2HHXA 2X74A 5JS2A 3LPUA 3VN5A 4FJ9A 4F3TA 4LD0A 3LWMA 1J54A 1KLNA 1LWCA 4I9QA 1NK6A 1RBVA 3K2PA 3S3MA 1U45A 4KPYA 3AVNA 4FK4A 4G1QA 4B8AB 3LP3A 4FLUA 5J2PA 4E7KA 4JRQA 5HBMA 2Z1JA 4Z4CA 4FK2A 1C0TA 1S1WA 3JYTA 2WONA 3SI6A 1B9FA 4OKJA 3DOLA 3E01A 3ALYA 4FXDA 4RW8A 3WNGA 5CZ1A 2KFNA 4DTPA 3S9HA 3NAEA 3KLIA 1ZBLA 1EETA 3RTVA 2RPIA 1HMVA 4AHVA 3NE6A 1HYSA 4CFCA 3K59A 4FZXC 4E7IA 3NF7A 1RTHA 3V9ZA 4CF1A 2PZSA 2LSNA 2P5GA 5CY4A 4CE9A 1KCFA 2OPQA 4R5PA 4B9UA 4GVMA 4CJFA 4BE2A 4KKOA 4E1NA 2JLEA 2OPSA 2D5RA 1QHTA 3AA3A 4N76A 4C8MA 2ETJA 4TSXA 2D0CA 4B08A 1ITGA 3SZ2A 1RDDA 3QIOA 4N56A 4DU4A 4CJQA 3CG7A 4CJTA 4FLWA 4BDZA 3LP1A 1JLBA 3LAMA 3KLFA 1X9WA 5KRTA 3O3GA 4CGGA 1JL1A 1L3VA 1TVRA 2W42A 4FM0A 4OLBA 3OYLA 1S1XA 3AVMA 4DFMA 4PUOA 3LWLA 5HRRA 3NH2A 3VA3A 4BE1A 4E19A 4AH9A 4Z4FA 1TK5A 1SUQA 4LSNA 3I8DA 2DFFA 2YKMA 4DSFA 4AILC 2GUIA 3G10A 3WNEA 4EP4A 1VSHA 1WN7A 4E0DA 4CGHA 3TAEA 3L3UA 3LP2A 2F8SA 1GOBA 4DTMA 1S1UA 2OZSA 2G8VA 3RMBA 1DLOA 4CFAA 2IS3A 5HP1A 3AVHA 3NH0A 1T05A 3OYAA 2HB5A 1B9DA 3MAQA 4DQPA 1RTIA 4AHRA 4ZTJA 3RR7A 4FJ8A 1C1BA 2HNYA 3IRXA 2Q3SA 3ZSOA 3V9WA 1QSSA 1YTAA 4B9TA 4O0JA 2XHBA 1UOCA 4CJRA 3TAMA 1A5VA 3IS9A 1RCHA 3M8PA 4OKEA 4CJWA 3D45A 1SKWA 3TAPA 3TR8A 4JLHA 3C94A 4UQGA 1UA0A 1RT6A 3ZT1A 4AHUA 1T8EA 4KO0A 1BI4B 3VQBA 1GOAA 1RNHA 1JXEA 1TKZA 1WAJA 2G8IA 5CYQA 5C24A 1WSEA 4CK2A 3PUFA 4B9MA 4EZ9A 4F2SA 4FJXA 3CYMA 1S1TA 3HSTB 1T03A 2YV0X 1YTUA 3C6TA 5J2QA 2HVHA 5I3UA 1BCOA 1FKOA 1S6QA 3SJJA 1IKWA 4DLGA 4NCGA 3OYJA 3QEIA 3V9SA 1NOYA 1J53A 4EP5A 3RMCA 4KB1A 4DU1A 1QSYA 3F73A 3PO5A 1KLMA 1RDAA 3VQPA 3VQ8A 1BI4A 4I2QA 3VA0A 3V6DA 1X9MA 2FC0A 5KRSA 3KJVA 1RBSA 4RW6A 2JGUA 3K57A 3LDSA 3VQEA 2B5JA 3DRSA 2YHAA 3NF9A 1XHZA 5KTQA 1W0HA 4FW2A 4E3SA 1NK0A 4CF2A 1X9SA 4HHTA 1IKVA 3K5OA 3U3YA 2P5OA 3ZSRA 4LH5A 1J9AA 2OYQA 2OPPA 3HO1A 2YNGA 3OYBA 3MXMA 3QINA 3LANA 3AO5A 3PX4A 1NJZA 4B9VA 2KW4A 3NF8A 4DFKA 1HNVA 2G8KA 4DSLA 4ELVA 2G8FA 4CHYA 3HK2A 1JLQA 3CM5A 3JSMA 3S3OA 1VSKA 1WSFA 5EU7A 1LV5A 4ELTA 2HHTA 3V1QA 4KAZA 1S1VA 3NGYA 3AVFA 3HP6A 3TABA 4B9LA 4N5SA 4BWMA 3K5MA 4BDYA 4M3YA 4OPJA 3B6OA 1L3UA 4FJLA 4B3OA 1N5YA 4YFUA 4CEAA 3AA5X 4B9NA 3HT3A 3B6PA 4FW1A 1KRPA 3SQ1A 1TKDA 4DU3A 2B6AA 3KLGA 1BL3A 4CF8A 3VQ4A 4FZZA 4E89A 1KVBA 4CEFA 4CJPA 4M3UA 3AO1A 3EZ5A 4HUFA 3U6FA 4HCCA 3AVGA 2FBTA 3VQCA 3PX6A 3NGZA 4E7JA 4O55A 1VSMA 4CEEA 1NK7A 4J2DA 3HP9A 4RW9A 4KFBA 4FCYA 3AO4A 4H4MA 4KTQA 1J5OA 1L3TA 3DLHA 4CGJA 1W9HA 4BE0A 1LW2A 1BGXT 1HQUA 5K14A 3TAQA 4F4KA 2GBZA 2E4LA 4I2PA 4DQRA 1S6PA 2YNHA 4DSKA 4QCLA 1JLCA 1LAWA 2P51A 4ID5A 1D9FA 2YHBA 3VQ9A 2XY7A 2KZMA 1BHLA 1VRUA 3SNNA 3S3NA 3M8SA 3MEDA 3AVIA 3TANA 4DSJA 3ZT2A 1ZBHA 3TWHA 4F2RA 1RT2A 5HRNA 1NJYA 4O5BA 1ASWA 2Y1IA 1L3SA 5DMRA 4L8RB 2QKBA 4FJGA 5T7BA 4J2AA 3DM2A 4DFJA 4KREA 1TAUA 1BCMA 1R0AA 4FJHA 4KHNA 4WE1A 3ZSVA 3TI0A 4DFPA 2HHQA 4NYFA 1VSEA 3T3FA 3VQQA 1DTQA 3OYFA 1EKEA 3KKSA 4PA1A 4JS5A 1CZBA 1TAQA 4RW4A 1DTTA 4CIGA 1UWBA 3ZSXA 3KLEA 3PO4A 1KVAA 4FJ7A 4Z4IA 2OA8A 1CXQA 1GOCA 1C1CA 3AVKA 4CIFA 3OYMA 4J2BA 3V1OA 4FM1A 1BIZA 3PY8A 4PWDA 4AHCA 1G15A 3KK3A 4M3RA 2P1JA 1JXBA 4CJ4A 3HM9A 1EXQA 4BACA 2DY4A 3ISNC 4FYDA 1Z26A 4KHYA 4M3TA 2OPRA 5FRMA 1SKSA 3KD5E 4QOZB 4Z4HA 4KTZA 4ZTFA 3ZSYA 3ZT3A 4CFBA 1IG9A 2D0AA 3BDPA 2DFHA 4QAGA 4IDKA 4C8KA 4M3XA 4KRFA 3LAKA 4DSIA 5FROA 1U4BA 2GV9A 3HXMA 3I0RA 3L3VA 1KTQA 4FLTA 3SV4A 3TAGA 3WNHA 1Q9YA 4OJRA 1Z25A 4OLAA 4DTRA 1HPZA 1D5AA 1NOZA 4DS5A 2B4JA 2O4GA 2G8HA 4JS4A 1S5JA 1HYZA 4OGCA 1UAXA 3THVA 4DS4A 1RBTA 2YKNA 2X6SA 3QNNA 3LP0A 3QEXA 5D3GA 2I5JA 2QK9A 3KKRA 3PV8A 4CJSA 2X6NA 3M8QA 4Z4EA 3QIPA 1RT4A 4DG1A 1RTJA 3SQ4A 4FK0A 3IAYA 3NF6A 1S9GA 4I7FA 1O1WA 4MQ3A 2EX3A 2HHUA 5DK5A 5E41A 4N41A 1VSIA 2RN2A 2QXFA 3L2QA 4CFDA 4CEBA 3O4QA 3ZT4A 2F8TA 2DTUA 4CECA 2HVIA 4W5RA 3IG1A 2HHSA 5FDLA 1Y97A 1BISA 2HNDA 3M8RA 3OYEA 3SYZA 5CYMA 1IKXA 4Y1CA 2X78A 4DTNA 2XO7A 1NK5A 3HPHA 5HLFA 3MEEA 4Q0BA 3KLHA 3DLBA 1QE1A 1WSJA 1HYVA 1KFDA 2FBYA 3DMJA 1U47A 1B92A 4CEOA 2PYJA 1IKYA 3H08A 4FLXA 4C8LA 1KSPA 4AHTA 5KI6A 3HPOA 4KI6A 3OYKA 2F96A 4K8XA 3SUOA 1Q8IA 2NUBA 3DYAA 1U48A 4O0IA 4J2EA 1S9EA 3OYGA 4C8NA 3OYHA 3EY1A 3NHGA 3LZIA 3QNOA 1WSIA 2VWJA 3RWUA 4ID1A 2XY8A 2VWKA 4W5QA 4BDPA 3T19A 2IAJA 1C0MA 3VQDA 2XY6A 1NKCA 1T7PA 3VQ7A 4FJIA 4DTUA 3F9KA 1JLGA 4KHQA 3QO9A 1ASVA 1RBRA 1BQMA 2IGIA 4B8CA 4FLZA 1ZYQA 1ZBUA 4CCHA 1HRHA 1VSDA 4E7HA 4CHPA 4DF8A 3UIQA 3OYIA 3QLHA 5J2MA 4FJJA 3MXIA 3KK1A 4M41A 1NJXA 4W5OA 4KHUA 2Y1JA 3AVCA 1A5WA 4FJMA 2A1RA 1SL2A 5HRSA 1YT3A 1ZBIA 1EX4A 2D0BA 3V9XA 5JS1A 3ITHA 3DLRA 4CHZA 2ITGA 2VG6A 3P83D 4CESA 3DI6A 4E1MA 1RILA 1F21A 4O44A 3NH1A 4CK1A 3HYFA 1HJRA 3OS2A 2HHVA 5HROA 3OYNA 4DSEA 4HUEA 2WOMA 1RBUA 1D9DA 3C95A 4DQQA 3U3GA 3OJSA 1CXUA 1TGOA 4DWIA 1QS4A 3QESA 3V81A 4M42A 1UA1A 1HNIA 1WLJA 3DRPA 4H8KA 1QQCA 3NDKA 5KGWA 4CIEA 3L2RA 4KI4A 3WNFA 1VRTA 5FRNA 1KVCA 4OPKA 3SUPA 4XIUA 1HQEA 1JLFA 1JLEA 4AHSA 4NCBA 1EP4A 5C25A 2QKKA 1FXXA 2YNFA 3ZT0A 3NBPA 4CF0A 4M3WA 3G0ZA 3QEVA 3HVTA 1NK4A 4FVMA 5HRPA 4W5NA 3RMAA 1WAFA 3DLKA 2PY5A 3DRRA 4DTSA 1RTDA 2ZQBA 1RT7A 4KHSA 4DTOA 2HNZA 3KIOA 4IFYA 5KGXA 3OY9A 3P1GA 3NFAA 1RDCA 4IBNA 3SPZA 2FBXA 3AO3A 3SUNA 3AA4A 4OVLA 3LALA 3A2FA 3DLEA 3EYZA 2BGGA 2ATQA 2IC3A 2ZE2A 4CERA 3OS1A 3SQ2A 2G8UA 4CJUA 1RT5A 3I0SA 4ELUA 3C6UA 2KQ2A 4IG0A 4KHWA 2KZZA 3QEPA 1REVA 4NCAA 3DLGA 4M45A 4CJ3A 2O4IA 1TL3A 1NK9A 3LPTA 3OYCA 2RF2A 4HUGA 3CFOA 2HHWA 1TL1A 4GMJB 2IDOA 1SL0A 1I3AA 1U49A 3QERA 4DTXA 2EHGA 1RT1A 5J2NA 1KFSA 1IO2A 3V9UA 1XC9A 4IKFA 1ASUA 2A1SA 2BE2A 2DFEA 3CFPA 3V4IA 3L2WA 4N47A 4FJNA 1ZBFA 3OS0A 4JRPA 3AVLA 5C42A 1TK8A 1D8YA 3HVRA 1IH7A 3KK2A 3PX0A 1NKEA 1WSHA 1CLQA 2VG5A 3SPYA 3DOKA 1C0UA 1L5UA 1MU2A 3TAFA 2FBVA 3ULDA 4CGIA 3NCIA 1WNSA 1JLAA 4BWJA 4FJ5A 4FLYA 3AA2A 3HPGA 3VQ5A 3RRGA 4ICLA 3L2UA 4EZ6A 2G8WA 3OJUA 3ZSWA 3AVBA 4LH4A 3MXJA 3RMDA 3VQ6A 3K58A 1VSFA 3CQ8A 4CJKA 3QEWA 4FJKA 4RW7A 1LWFA 4YNQA 1JL2A 4RG8A 4DQIA 1XHXA 3AV9A 1BQNA 4CJVA 3SQ0A 1RT3A 2XRIA 4CJLA 4DLEA 1XI1A 5SWMA 3AVJA 3CFRA 3CM6A 3ZSQA 4DQSA 3O3HA 4FM2A 1Q9XA 1A5XA 3ZSZA 4LY7A 1BIUA 1SKRA 4Z4GA 4CHQA 5J1EA 4DF4A 2HW3A 1N6QA 3KTQA 4Q5VA 4DMNA 4CK3A 1FK9A 4B9SA 3NGIA 4C8OA 1QSLA 4FZYA 4HCBA 1X1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKFA 1XWLA 5SZTA 1JKHA 3C6AA 4F8RA 4LSLA 3AVAA 4BGBA 5KPTA 3MX5A 1NJWA 3L2VA 4CJ5A 1VAZA 2QTDA 4OGEA 1JCFA 4O4GA 1X9WA 3SUQA 3EKSA 4YDUC 4CF9A 1U6ZA 3JXUA 3ZCMA 4RTFD 3O6WA 3LZJA 2R7YA 2ITMA 2ZD1A 4OO1J 3HI0A 3HJFA 1T44A 3QETA 3THXA 1ESVA 3EO3A 3ASMA 1YAGA 3F9MA 3HZ6A 1WOQA 3MCPA 3P5JA 3BP8A 4CGFA 1NM1A 2HHXA 5JS2A 4FWMA 4CBWA 3AY9A 5TKWA 1J54A 1NK6A 1RBVA 1U45A 3S3MA 4G1QA 3OW2M 1LCUA 4U67L 1YJNN 3R8EA 3JYTA 3SI6A 1GLEG 3IFRA 4RW8A 2KFNA 4A57A 3MN6A 2E5LK 4M7YA 3NAEA 5AJ3K 3KLIA 5BRDA 5MLCQ 3EE9A 3EE8A 4AHVA 5FPDA 1HYSA 4FZXC 4E7IA 3NF7A 1RTHA 3V9ZA 3O9SA 1KCFA 4EIAA 4R5PA 2P9LB 4JKDA 4CJFA 2JLEA 3AA3A 3WEEA 4B08A 4TSXA 2D0CA 1ITGA 3QIOA 1HNXK 5AQGA 4BDZA 2O8BB 2VQFK 1J6ZA 3KLFA 5KRTA 3DXMA 2QWNA 2W42A 4FM0A 3G4SN 4BE1A 1XNRK 5GAGP 2QM1A 4Z4FA 4EHTA 1IBKK 4AILC 1BO5O 3G10A 3WNEA 1U2VA 4CGHA 3L3UA 3FLCO 2F8SA 4BRFA 2ZJPL 1S3XA 4IFEA 1S1UA 1OVYA 2G8VA 1DLOA 4CFAA 4L3QA 4FO0A 4BG8A 4JK9A 1C1BA 1QSSA 1FJGK 5LY3A 2P9KB 2XHBA 1A5VA 4OKEA 4CJWA 3DXKB 3TAPA 3TR8A 1UA0A 3C94A 3KWGA 4UQGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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