3TR8A

Structure of an oligoribonuclease (orn) from coxiella burnetii
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
184
structure length
184
Chain Sequence
SNAMDFSDDNLIWLDLEMTGLDPERDRIIEIATIVTNSHLDILAEGPAFAIHQPDKLLTAMDNWNTSHHTASGLLERVKNSSVDEVEAETLTLAFLEKYVSAGKSPLCGNSVCQDRRFLSRYMPRLNQFFHYRHLDVTTLKILAQRWAPQIAAAHIKESQHLALQDIRDSIEELRYYRAHLLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
source organism Coxiella burnetii
molecule tags Hydrolase
total genus 62
structure length 184
sequence length 184
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3tr8A00
3TR8A 1IKVA 2YKMA 4YFUA 3SUQA 3S3MA 1SKSA 1TKDA 2B6AA 4EZ6A 3LAMA 4Z4CA 5KRSA 3SQ2A 3VQCA 4FLYA 1VSKA 4ID5A 3C6TA 4FK4A 3VQ7A 4E7IA 1SKRA 4FJKA 3QEWA 3KLEA 1KVBA 2XY6A 3V9XA 3SUPA 2X6SA 2IOCA 3P83D 1XHXA 1NKCA 5FROA 4CGDA 1LAVA 5E41A 4QOZB 1CXQA 2RF2A 3VQDA 1RDBA 1J53A 2ZQBA 3DRPA 4DU1A 4DTSA 1CZ9A 3AVKA 5KGXA 1VSLA 4OKKA 1R0AA 4F8RA 1FK9A 3L2QA 4FZZA 1D9FA 3RWUA 1TKTA 2E4LA 4KTWA 1SV5A 5EU7A 3V1RA 4W5QA 1ITGA 4FJGA 4HCCA 1BIUA 3QO9A 1BCOA 3SJJA 3L2WA 4UQGA 2HHVA 1D5AA 2DFEA 2YV0X 4DSEA 4O4GA 4DTOA 1VSDA 3ZCMA 5DK5A 4CEDA 4KREA 4FJXA 2VG5A 4CGGA 1NOYA 3AA4A 1FKOA 4DTJA 1RDDA 2RKIA 4ELUA 3UIQA 1VRUA 2HHSA 2KZMA 3NGYA 3MXJA 4R5PA 3ZSXA 3NFAA 1RCHA 2X74A 3MEGA 2IGIA 1C0UA 1IH7A 4CEEA 3LDSA 5I3UA 5HRSA 1RBSA 4KO0A 2RN2A 2HHWA 1WSEA 3DOLA 3LZJA 4O0IA 4O0JA 1VSEA 2VG6A 4E7LA 3KD5E 2DY4A 3P5JA 1T03A 1FKPA 4IKFA 2G8KA 3TAEA 3K5LA 3JSMA 4G1QA 2D0AA 4CJVA 2W42A 5HRNA 3AVJA 4JS4A 1YTAA 3ULDA 3M8QA 3V9ZA 1NK6A 1L5UA 3PO4A 4FJ7A 3V9SA 2G8IA 3M8RA 3V6DA 3PO5A 5CYMA 3VQ5A 1S1UA 3IRXA 4LH4A 3SYZA 2Y1IA 2G8VA 4CF9A 3AVGA 4Z0UA 1T05A 1JKHA 2YNHA 5J2QA 3NF8A 2QKKA 4KRFA 5C42A 1TK0A 1ASWA 3OVNA 3RRGA 4AHSA 2Z1JA 4ID1A 1XWLA 2E6LA 3AVMA 3QEXA 2KFNA 1KCFA 4IBNA 1QSSA 4CFDA 2VWKA 3K5MA 1GOAA 1NK7A 4IFVA 4CIFA 3SQ1A 2OPSA 5CYQA 4B9TA 1JL2A 1JLBA 3VQ6A 3O4NA 2IDOA 3OS0A 3IS9A 2GBZA 3KIOA 3ZSOA 4CF8A 3KLHA 3LZIA 1HQUA 4FJNA 4Z4EA 4CEQA 1F21A 4CHQA 4BWMA 1WLJA 1W9HA 2FBVA 3MAQA 1KFSA 4KFBA 2B4JA 2VWJA 3FFIA 4DWIA 2D5RA 5CZ2A 3RTVA 4DTXA 4M45A 2KQ2A 1NJZA 2HHUA 2G8WA 4C8NA 4FVMA 4AHRA 5HP1A 2O4GA 4KB1A 1QSLA 4DFJA 1EKEA 1Z26A 4FCYA 1BGXT 1RTIA 3HK2A 2IS3A 1J54A 4F4KA 4CJUA 4DQSA 2RPIA 2FC0A 3VQBA 4CJTA 4JRPA 4DTPA 4AILC 3LALA 4DG1A 1NK5A 4C8KA 3AVIA 5HRRA 4AHCA 4Z4GA 4I9LA 2KTQA 1N6QA 4CEAA 3EY1A 1SL2A 4BE0A 4N76A 1A5VA 3PUFA 3ZT0A 4E19A 3NHGA 4GMJB 1VSJA 1Y97A 1QTMA 4J2EA 4IG0A 3KD1E 3SUOA 3AVLA 1TK8A 2YNIA 1Q9XA 2FBTA 3KTQA 4ELTA 4O5BA 1XI1A 1NKEA 1KVCA 4I2PA 1WSIA 4CEBA 1KLMA 2FBYA 4OGEA 3VQEA 3TABA 1WSHA 2O4IA 4FW2A 5HLFA 2P5OA 3VN5A 4JLHA 3DLRA 4Z4HA 4E7KA 4ICLA 1VSIA 2I5JA 4RW6A 4CEOA 4OPKA 3DLBA 1EX4A 3RMAA 3ISNC 3U3YA 4CHZA 1X9WA 4KI6A 1IKXA 2VG7A 2HVHA 1LW0A 1WSFA 4CGIA 1A5XA 3DLKA 1ZBFA 3L2VA 4FLWA 4DTMA 1TL1A 2HNZA 3HSTB 3LANA 3CYMA 4B9MA 1JLQA 4HCBA 1L3TA 2G8HA 2BDPA 1TAQA 4CJPA 4CJKA 1U49A 4CK2A 4CJLA 3TANA 4FZXC 3VA3A 4FLUA 5FDLA 1ZBLA 3OYJA 2IC3A 2PYLA 1REVA 4CJEA 1NJWA 4F2SA 5J1EA 3ZSVA 3AO2A 3PX0A 1JXBA 4HUGA 2A1SA 3DYAA 4RW7A 1O1WA 5K14A 1B92A 5HBMA 1TGOA 3OYHA 2X6NA 5I42A 2G8FA 4I9QA 1RBVA 1S1TA 4LH5A 1GOBA 4HHTA 4FJ8A 4M3UA 5C25A 3QEPA 3LPTA 2GUIA 2P51A 4DFKA 4DSLA 4W5NA 1QE1A 4ELVA 3L3UA 3V1QA 4N56A 3LWLA 5KGWA 5FRMA 4OKJA 2B5JA 3AVHA 3K58A 3OYAA 3OYIA 4M3XA 2ETJA 4B08A 1KFDA 4AHTA 4DFMA 3ZT2A 3LWMA 4RW4A 1U4BA 1LWCA 4BWJA 1RILA 1UA1A 3MXMA 3VQ9A 1BI4B 3AA5X 4IDKA 3KK1A 3HXMA 1Q8IA 2NUBA 3CQ8A 1U47A 5CY4A 4FM1A 3K59A 1JLAA 1VK0A 3LAKA 4XIUA 1JLGA 4B8CA 4RW9A 3QERA 4NYFA 1ZBIA 2F96A 3U3GA 1LWEA 2KW4A 2GV9A 4H8KA 2Z1GA 4CJ4A 3SI6A 1ASVA 1RT6A 3F9KA 5SZTA 4KHYA 1JL1A 5T7BA 2YNFA 3OYMA 3M8SA 4HTUA 4JRQA 4DU3A 2KFZA 1B9DA 4O44A 3VQAA 3SQ4A 4GW6A 3VQ8A 3NGIA 1BISA 2HNYA 4E3SA 3U6FA 2Z1IA 2EHGA 1SKWA 1TAUA 1XC9A 3AVBA 3D0PA 2XY5A 4J2BA 3HVRA 3NDKA 3OYNA 3CFRA 1S1WA 4CHOA 4DS4A 1KVAA 2XY7A 1WAJA 4AHUA 3OYFA 3LP0A 4JS5A 1XHZA 4FK2A 3WNGA 3S3OA 4FJ5A 1TV6A 4KHSA 3KJVA 1BL3A 1CZBA 2D0CA 3AV9A 3AVNA 3HVTA 4AHVA 2YNGA 1Q9YA 1J5OA 3VQ4A 2AJQA 2YHAA 3WNEA 3K5OA 4I7FA 1WN7A 4DMNA 4E89A 3V1OA 3EYZA 3EZ5A 1UOCA 5JS2A 1NK8A 4GVMA 4CF0A 3VA0A 2HHTA 4PA1A 1A5WA 4NCAA 2WONA 3O3HA 1IG9A 3RR7A 1QHTA 3KLFA 3PX4A 3RR8A 3HO1A 1HPZA 3AVAA 1B9FA 2D0BA 4OPJA 3T1AA 3HL8A 3K5NA 4FJJA 4LD0A 3CM6A 1L3VA 4CF1A 1C0TA 1RT3A 1KSPA 2Z1HA 4N5SA 1X9SA 2HHQA 2BANA 3DLHA 5J2MA 3SPZA 1C1AA 5JS1A 3T3FA 5CZ1A 4B9NA 1TL3A 3TAGA 2A1RA 4CE9A 3L2UA 1D8YA 4CERA 2ZE2A 3AVFA 3TAFA 2OZSA 4M3TA 3HJFA 3NH0A 2ZD1A 4M42A 4DQIA 3RRHA 4K8ZA 3HP9A 1RT2A 3ZT4A 3SV4A 3NF7A 4F3TA 3QEIA 4C8MA 1QQCA 4FZYA 4LSNA 3OS2A 4E7JA 4KTQA 3DRRA 3ZT3A 3I0RA 3LP1A 4PQUA 1QS4A 3JYTA 4M3YA 2JLEA 2HMIA 2HVIA 4E1MA 3NH1A 1L3UA 1YVUA 4NCGA 5C24A 2XO7A 3F73A 4CECA 1JXEA 1JLCA 1LW2A 2OPQA 4DF4A 1WAFA 3OS1A 2X78A 1UWBA 2WOMA 4H4OA 1G15A 3VQQA 3QINA 3KLGA 3AA2A 4EP4A 3WNHA 4Q0BA 4E7HA 3MEDA 4YNQA 4LY7A 4FM2A 2LSNA 4KHQA 2IAJA 3KK3A 1S1VA 4E1NA 1YTUA 3KK2A 3OYBA 1UAXA 4KTZA 2Y1JA 3SUNA 1CLQA 1IKYA 3OJSA 1NJYA 4NCBA 3NH2A 3O4QA 3IAYA 3P1GA 3V81A 4Z4IA 4FYDA 1LV5A 4FJIA 4MQ3A 1I3AA 4EP5A 1HNIA 1S1XA 1DTTA 4KHNA 4K8XA 1VSFA 5HRPA 4CIGA 2ITGA 3HP6A 4DQRA 3RMCA 3AO5A 2JGUA 4KI4A 4CFBA 3QEVA 2OPPA 3S3NA 1RBUA 4CEZA 3ASMA 4CFCA 1KLNA 1EP4A 4LSLA 1EETA 2QKBA 1YT3A 3LP2A 1RBTA 1N5YA 3QLHA 3OYCA 1BHLA 1HQEA 1VSMA 1KTQA 3NCIA 4DQPA 5J2PA 1LWFA 4BACA 4MFBA 3RMDA 1U45A 4FLZA 4FLTA 4W5RA 3D45A 3ZSYA 3I0SA 4CJQA 3SNNA 3TI0A 1RDCA 3T19A 1HNVA 1HMVA 1SL1A 4L8RB 3L3VA 1S9EA 2XY8A 3AO3A 4OVLA 3CFPA 1TKZA 1W0HA 4DQQA 1NK0A 1NJXA 4DFPA 1RTDA 2PZSA 4RW8A 4DLEA 2HW3A 1RT1A 3NAEA 1VSHA 4DTNA 4KPYA 3I8DA 4FM0A 4B9UA 1ASUA 4KV8A 4BDPA 2KZZA 4J2AA 4CFAA 3NGZA 1HRHA 3OYGA 2BE2A 3OYEA 3QIPA 4KHUA 2F8TA 1NK9A 3AVCA 3IG1A 3L8BA 3DRSA 3ZSWA 3S9HA 1DTQA 1TKXA 4Y1DA 4CESA 1DLOA 3B6OA 3CG7A 3G0ZA 4HVJA 4DS5A 3ZT1A 3NE6A 3LP3A 3THVA 5J2NA 3KKRA 3PY8A 2BGGA 3ZSQA 3PV8A 2QXFA 1U48A 4BE2A 2E6MA 4DTRA 1IO2A 3NF9A 4B8AB 1IKWA 3QIOA 4M3RA 4M3WA 3KLIA 4B3OA 1MU2A 1GOCA 4CHPA 3SZ2A 3V9UA 4FJMA 4CHYA 2PYJA 2Q3SA 4HUFA 4OLBA 1FXXA 3DMJA 4Z4FA 3AA3A 4CJRA 1S6QA 1SUQA 3ITHA 4O55A 4RG8A 1T8EA 2P1JA 2HHXA 3DLEA 1S6PA 4CHNA 1WSGA 3DM2A 2HB5A 3K2PA 4C8LA 3OY9A 2HNDA 4PUOA 2YKNA 3M8PA 3ZSRA 1C0MA 3V9WA 3SV3A 1SL0A 2P5GA 4M3ZA 4CCHA 3BDPA 4FW1A 4J2DA 1HYZA 4DSJA 4AH9A 4KKOA 3TAQA 4Q5VA 1NKBA 4CGJA 3BGRA 3SCXA 4CJ5A 1ZYQA 2PY5A 3C6UA 3OYLA 1D9DA 4B9SA 4QAGA 4WE1A 4B9LA 1BCMA 3ALYA 1NOZA 1TVRA 3OYKA 1T7PA 4BDZA 4FXDA 3C95A 4ZHRA 3DI6A 1RT4A 3SPYA 1Z25A 3HPHA 1S9GA 4W5OA 4FLVA 3AO4A 3MXIA 1RT7A 2G8UA 5D3GA 4E0DA 1K6YA 4DSFA 3G10A 4B9VA 4FJLA 3MECA 2FBXA 4TSXA 4CJWA 4PWDA 3C94A 4OKEA 2XRIA 4Y1CA 1JLFA 5DMRA 1BI4A 1TK5A 4QCLA 3ZSZA 4OGCA 1EXQA 4C8OA 1VRTA 4H4MA 4ZTJA 5KTQA 1HYSA 3HPOA 5HROA 2DFFA 4DF8A 3DLGA 2OYQA 1C1BA 1C1CA 4N47A 3V4IA 2QK9A 3HPGA 4CK1A 3H08A 4NYNA 5SWMA 3K57A 1LAWA 2ATQA 1ZBUA 1HJRA 4KHWA 1RTHA 3B6PA 3VQPA 4DU4A 3CM5A 4OLAA 3PX6A 4CJFA 4CK3A 3O3FA 4CJSA 1HYVA 1NK4A 2OZMA 3QETA 1BQMA 3WNFA 5KI6A 4F2RA 4BDYA 3OJUA 3TARA 4EZ9A 2OPRA 4FK0A 2R7YA 1RTJA 3A2FA 4W5TA 1CXUA 3TWHA 1WSJA 2EX3A 2DFHA 2OA8A 1BQNA 5KRTA 3TAMA 4CJ3A 4DLGA 4DSIA 4KAZA 4PY5A 1RNHA 4F3OA 1BIZA 2F8SA 3RMBA 3KKSA 4IFYA 1RDAA 3DOKA 4FLXA 4FJ9A 1KRPA 4BE1A 3OYDA 1RT5A 1RBRA 1ZBHA 1QSYA 4DSKA 1WNSA 4IG3A 1UA0A 4N41A 4FJHA 3SQ0A 3NF6A 3CFOA 3L2RA 4CEFA 1C6VA 4OJRA 3TAPA 2YHBA 1X9MA 1J9AA 2DTUA 3HM9A 4DTUA 2XHBA 4HUEA 3NBPA 4CF2A 3QNOA 3MEEA 3HT3A 3O3GA 4CIEA 1U04A 1I39A 4M41A 4ZTFA 3AO1A 4KB0A 5FRNA 1S5JA 4CGFA 3QESA 1X1PA 4CGHA 3LPUA 4I2QA 1JLEA 3QNNA 1L3SA 3E01A 3HYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YKMA 3S3MA 2D4WA 1HNXK 2H3GX 3SQ2A 4FLYA 1JCFA 1VSKA 4FPBA 4ID5A 4FK4A 3K9JA 1NGEA 3HI0A 3SUPA 4B9QA 2IOCA 1NKCA 5FROA 3CJ7A 5E41A 4FWPA 4DV0K 1J53A 2W6KA 3M1FA 3AVKA 4M63C 1D9FA 1TKTA 4KTWA 4W5QA 3CETA 1ITGA 3AARA 2HHVA 5M1PA 4DSEA 4O4GA 3CQXA 1GLCG 3CXCM 2Q1NA 2VG5A 1NOYA 2HHSA 4ELUA 1VRUA 3MEGA 1YI2N 1C0UA 5HRSA 2HHWA 3EE9A 1MDUB 4IKFA 4JKCA 2P9UA 3R6MA 1MA9B 5ELZA 3JSMA 3WXKA 3ULDA 3V9ZA 3AVJA 1L5UA 3PO4A 1YJWN 3H1VX 1ESVA 3V6DA 4EHTA 1S1UA 3IRXA 2G8VA 1YJNN 1VAZA 3ID8A 3UE5A 3T7ZA 4ISEA 1T05A 4B1ZA 3RRGA 2Z1JA 3AVMA 2E2QA 4IBNA 4JV5K 1Y64A 1HNZK 2VWKA 1GOAA 1NK7A 4BG9A 4GKKK 1JL2A 1K9MO 3KLHA 3O4NA 2IDOA 2GBZA 4A2AA 1QVGM 1HQUA 4Z4EA 1YVNA 5AQIA 2NNWA 4MO4A 1HUXA 2B4JA 2W41A 4DWIA 3RTVA 4M45A 2UUAK 5AQWA 2HHUA 3CF5L 4FVMA 4KB1A 1EKEA 1P8ZA 4FCYA 3TSQA 1JCGA 1RTIA 1TYQA 2FF3B 3VQBA 4H5TA 3AVIA 3IFRA 4KH6A 4Z4GA 1N32K 2KTQA 1N6QA 3EY1A 3SBTA 1A5VA 3THWB 4J2EA 1VSJA 4IG0A 2E88A 4JKBA 3KK7A 3VGLA 1TK8A 1XI1A 1NKEA 3KWGA 4I2PA 2FBYA 2ZGYA 3ULEB 1WSHA 4QS9A 5HLFA 4E7KA 4JLHA 4OPKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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