3TR8A

Structure of an oligoribonuclease (orn) from coxiella burnetii
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
184
structure length
184
Chain Sequence
SNAMDFSDDNLIWLDLEMTGLDPERDRIIEIATIVTNSHLDILAEGPAFAIHQPDKLLTAMDNWNTSHHTASGLLERVKNSSVDEVEAETLTLAFLEKYVSAGKSPLCGNSVCQDRRFLSRYMPRLNQFFHYRHLDVTTLKILAQRWAPQIAAAHIKESQHLALQDIRDSIEELRYYRAHLLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
source organism Coxiella burnetii
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 62
structure length 184
sequence length 184
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3tr8A00
3AA2A 3MXIA 3V1OA 4E1MA 3TWHA 4RW9A 3T1AA 4HUEA 1SL2A 2HMIA 1JLAA 4CJRA 3KLHA 2WONA 1TKDA 4F4KA 2HHTA 3RMCA 1JLGA 3F9KA 1EKEA 1RTHA 3DYAA 3SPZA 2PYJA 4M3YA 2X78A 4O4GA 4OVLA 5T7BA 3OYDA 3VQAA 4CJ4A 3KK3A 1BIZA 4E7KA 2LSNA 4I9LA 4DFMA 3DLEA 1RT2A 4RW6A 1B9FA 3VQ4A 3EY1A 1U48A 3RR7A 4EP4A 3LWLA 3TI0A 3QLHA 5CYMA 1W0HA 4E1NA 1BIUA 1HYZA 4E19A 4FW1A 4HHTA 3TAGA 4B9SA 4FJHA 1UA0A 1YTUA 2HNDA 4DTNA 2XHBA 4DQQA 1RTDA 4RW8A 3K5MA 2YHBA 4CF8A 3MEGA 4CJUA 1TVRA 1RNHA 3TANA 4FZZA 2IC3A 5J2PA 1C0UA 2QXFA 4UQGA 3E01A 4OKEA 2IAJA 1F21A 2IOCA 2RKIA 4OGEA 5C42A 1VSHA 3HL8A 2KZZA 4W5RA 3QESA 3VQ6A 1WSGA 4DSEA 3VQ9A 4F2SA 4IBNA 3ZSXA 3L2QA 4CJQA 4B9MA 3BDPA 4Q0BA 1SKRA 2YNGA 3TR8A 2YNFA 3K5OA 4KHUA 5J2NA 4KTWA 3ALYA 3SJJA 5SZTA 3FFIA 3AO4A 5C24A 3ZSWA 4FLZA 3SYZA 1O1WA 1VK0A 1XC9A 2G8HA 4QAGA 3NAEA 1T8EA 4FW2A 4M3UA 2OPRA 3QIPA 3A2FA 4AHUA 4AHCA 1VSMA 3OJSA 2QKKA 1HPZA 2HHSA 5DK5A 1TKXA 4ZTJA 2FBVA 1KRPA 4IKFA 4DLEA 4NCBA 1JLEA 4GW6A 4DTUA 2P51A 4GMJB 4NYNA 3EZ5A 1TK8A 1VSFA 5HRPA 4CJTA 1S1XA 3CG7A 1RT1A 2E6MA 4FK2A 2KFNA 5HROA 2IS3A 2KTQA 2YV0X 1BQMA 4LH4A 4E7HA 2HHWA 3AVNA 4B08A 4KI6A 1WN7A 1Q8IA 4DFPA 3QNOA 3I8DA 2VG7A 5HRNA 1L3TA 4DSJA 4K8ZA 3ZT2A 1ASVA 1WSEA 1HJRA 4BDYA 1NK6A 2G8UA 4I9QA 4LH5A 3VQQA 4KHSA 4CGGA 4BWJA 3O3HA 3QNNA 3HK2A 3AVLA 1TK5A 4DLGA 1JXEA 3S9HA 3V9XA 2OZSA 4ELTA 1JXBA 4BDZA 1NJZA 1LWFA 4Y1DA 3ZSRA 3ZSYA 1VSEA 4CEEA 3SQ1A 3LZIA 4CEOA 1XI1A 3OYHA 1IKVA 4CK1A 2ETJA 3SUPA 4FK4A 2HHXA 2WOMA 2BE2A 4DQRA 2P5GA 4KTQA 2XY8A 2I5JA 4O0JA 3OS1A 4J2EA 3P1GA 4CFAA 3VQPA 2KFZA 1C1AA 4O5BA 4FLTA 1NOYA 4KAZA 4FJNA 3QERA 2Z1IA 1XHZA 4DF8A 1S6PA 1RBUA 5SWMA 4I7FA 3SQ0A 1HYSA 4DSIA 2O4GA 4E0DA 4DF4A 3VQCA 4JRPA 1SV5A 1ASWA 1X9WA 4FZXC 3OYGA 2HNZA 4JLHA 3ZSVA 4DG1A 5HLFA 1I39A 1J54A 4DQSA 3SUQA 1RT6A 2Q3SA 4KO0A 4E7IA 1T05A 3DLBA 4Z4EA 5FROA 1ITGA 3OYBA 3OYEA 3L3UA 4KKOA 3OYFA 1NKCA 2HVIA 4W5QA 1VRTA 3QIOA 4O55A 4HVJA 3SQ2A 1SL1A 4HCBA 3OYAA 5CYQA 3KKSA 4W5OA 1NK7A 4YNQA 1NK0A 4B9LA 2XY7A 5KTQA 3F73A 2OYQA 5FRNA 3HVTA 4W5NA 2VWJA 4DFJA 1HNVA 1N6QA 3KK1A 4FLVA 2D0BA 3AVBA 3NE6A 3TAFA 3LPUA 3OS0A 3NGZA 1NK8A 2HB5A 4DSFA 1BL3A 2RPIA 3HT3A 4M3XA 1TV6A 1DTTA 1NKEA 4FLYA 4J2DA 4R5PA 4DU4A 4Z4GA 1HNIA 2B4JA 1RDDA 1S5JA 1HQEA 2ZD1A 4H4MA 5CY4A 2F8TA 1Y97A 3K2PA 2OA8A 3HSTB 4CJSA 1WSFA 3AVMA 1HMVA 1IH7A 4O44A 2GBZA 4KREA 3QEIA 1UA1A 4F3OA 4CFDA 2VG6A 4YFUA 1RBTA 3OYCA 3V81A 1RDAA 3AVGA 4IFVA 3QINA 4CEBA 4LD0A 3NDKA 4DQIA 3SPYA 1LW2A 5HBMA 3KK2A 4CEDA 4KTZA 5FDLA 3L2RA 2XY5A 1Q9XA 4B9VA 3AVAA 4TSXA 5KRTA 4AHTA 4JRQA 3QEVA 4HCCA 3VQBA 3MXMA 3RWUA 3WNFA 3D45A 2YKNA 1SKSA 3C94A 5E41A 4N5SA 1RT3A 1EETA 4M45A 3RMDA 1S1TA 1HRHA 3ZT1A 4OKJA 4PA1A 1KLNA 2PZSA 1S1VA 1WSIA 4CEQA 3U3GA 4NCAA 1RT4A 3TABA 4CJLA 3HVRA 3K5NA 4MFBA 3P83D 4F3TA 4KFBA 1KLMA 4N47A 4FLWA 3AO5A 3CFOA 1GOBA 4CJ5A 1G15A 2KQ2A 4C8LA 1CXQA 2HHVA 1ASUA 1RCHA 4B8AB 4PWDA 2KZMA 2ZE2A 4KHQA 5JS2A 3L2UA 4J2BA 4BWMA 3DLRA 4EP5A 1D5AA 1QTMA 4CEFA 3SCXA 4PY5A 4G1QA 2E4LA 5HRRA 4CF0A 3M8QA 4CK2A 4C8OA 4KHYA 3C6TA 3MXJA 4BE1A 3SV3A 2G8WA 1S6QA 1WSJA 3L2VA 2XRIA 3IAYA 3D0PA 2A1RA 4CF9A 1X9SA 4HTUA 2RF2A 4EZ9A 3VA3A 2X6SA 1U47A 2Y1IA 2YNIA 2QK9A 3AA4A 1VRUA 3BGRA 3NF9A 5I3UA 3DLHA 4J2AA 2DTUA 4XIUA 1C1CA 4CESA 1MU2A 4FJMA 4NYFA 4CFBA 5J2QA 4CF2A 4OGCA 3DOKA 3VA0A 1K6YA 1C6VA 3HXMA 3PX6A 3L8BA 1TAQA 3O4NA 3V1RA 3VQ7A 3LP1A 3G10A 3ZCMA 4EZ6A 1FK9A 3HP9A 3DRSA 4BACA 3V9UA 3SZ2A 4M3RA 5CZ2A 3AVCA 4O0IA 1HYVA 3RRGA 1A5VA 1CZ9A 3OYLA 5C25A 3CM5A 2X74A 2HHQA 3DM2A 4KI4A 3IG1A 3NF7A 1IO2A 2QKBA 3O4QA 1B9DA 3PO5A 1QSSA 4ID1A 1JLQA 1QS4A 4H4OA 3OS2A 4DSLA 4Q5VA 1QHTA 3DOLA 3SNNA 2FBXA 3HYFA 3QEWA 3LAMA 3NCIA 3VN5A 4QCLA 4FZYA 4M3TA 3KJVA 3ASMA 2JGUA 2HHUA 3HP6A 1NJWA 2ZQBA 4CGHA 1L5UA 4CJEA 3OYMA 1L3UA 1Q9YA 4JS5A 4Z4IA 1CXUA 4DU1A 1I3AA 1REVA 4AH9A 2VG5A 1JLCA 3L2WA 3KLGA 2W42A 4Z4CA 4DFKA 1R0AA 4ELVA 1U45A 1YVUA 4OPKA 1WAFA 2ATQA 3ITHA 2HNYA 3QO9A 4CJVA 5J1EA 3B6OA 4BE2A 3PO4A 3M8RA 2Y1JA 2XO7A 3NBPA 3TAEA 2YHAA 3G0ZA 1KFSA 4DTRA 1W9HA 4CIGA 1EX4A 3ZT3A 3V9ZA 3RRHA 4B9NA 3AO2A 3H08A 3NGYA 4OPJA 3DI6A 1J5OA 4KHWA 3LP3A 4CJWA 3NH0A 1L3VA 3LPTA 1SL0A 2BDPA 4E89A 1ZBHA 1KVBA 4IG3A 4FM1A 5FRMA 2OPSA 1T7PA 4FM0A 1CLQA 4Z4HA 2G8KA 4E7LA 3LALA 5DMRA 1IKXA 3K57A 1T03A 4CEZA 4CHQA 3EYZA 3T19A 3ZT0A 4DMNA 3OY9A 4BE0A 2GV9A 3SI6A 4FJ9A 2F96A 2D0CA 1Z25A 1TK0A 1VSLA 3LANA 4CJPA 3V9SA 5J2MA 2IDOA 1X1PA 3THVA 3AVJA 3MEEA 4CF1A 4M3WA 3V9WA 4DTSA 4CHYA 3LDSA 3KD5E 4CIEA 3OYIA 3HO1A 3CQ8A 4AHSA 2JLEA 3DLGA 1BHLA 4FJ7A 4Z4FA 1A5WA 1C0MA 1LWCA 4E3SA 3SUNA 1U49A 3K59A 5HRSA 5KGXA 1KFDA 2EX3A 3AVFA 3ZSZA 3ULDA 2Z1JA 4FJLA 4LY7A 3JYTA 3ZT4A 2IGIA 3TARA 3OYJA 1NK4A 3RMBA 2PY5A 3HPGA 1LAVA 4IDKA 3L3VA 3C95A 3TAPA 3NF8A 2D5RA 2G8FA 5KGWA 1YTAA 2X6NA 3QEXA 1NK5A 3AO3A 3KTQA 4FK0A 4FYDA 2XY6A 2P5OA 1SKWA 3MAQA 1X9MA 3DLKA 4FJGA 2RN2A 3V4IA 4KHNA 3SUOA 3PY8A 2BGGA 4FXDA 1JLFA 1FXXA 1WSHA 3NHGA 1BCOA 1VSKA 3KLIA 1UWBA 1IKYA 3VQ8A 1BI4B 4JS4A 5CZ1A 3RTVA 3U3YA 5HP1A 4PQUA 2FBYA 3HPOA 3RR8A 4DTPA 1S1WA 3LAKA 4DSKA 1EP4A 4PUOA 1FKOA 1C0TA 5JS1A 3RMAA 4RW7A 3KIOA 1BCMA 4QOZB 3SV4A 4F8RA 1JL1A 2G8IA 1YT3A 4OJRA 2VWKA 3C6UA 1HQUA 3V1QA 3TAQA 4L8RB 2D0AA 1KCFA 3AVIA 1QSYA 4KRFA 4Y1CA 3VQEA 1WLJA 3UIQA 4AHVA 3PUFA 3DRRA 3S3MA 3S3NA 1NJXA 1BISA 1S9EA 3S3OA 2DY4A 4KB1A 2B6AA 1VSJA 1GOAA 4CJKA 3VQDA 3I0SA 1JKHA 1ZBLA 3KKRA 1RTJA 3JSMA 3MECA 3NH2A 1RBRA 2PYLA 4B9UA 1FKPA 4CE9A 1QE1A 3K5LA 4DS5A 1GOCA 1KTQA 1U4BA 1TL3A 4OKKA 4RG8A 1KSPA 4DWIA 1UOCA 1IKWA 1XWLA 4KV8A 4F2RA 4CJ3A 4GVMA 2OZMA 4CHZA 3U6FA 1NOZA 4FLUA 4FJIA 1XHXA 4DTOA 4CHOA 4OLBA 2EHGA 4CECA 4DS4A 3AA3A 4CCHA 2O4IA 1LAWA 5KRSA 4Z0UA 1BGXT 1NK9A 2OPPA 1NKBA 4CFCA 3ISNC 4B3OA 2P1JA 3V6DA 1U04A 2DFHA 3NF6A 4AHRA 4HUGA 1KVCA 1JLBA 2FBTA 4I2PA 1WNSA 4FJXA 2R7YA 4WE1A 2GUIA 3HPHA 1RBSA 1QQCA 3AVHA 1TKTA 3VQ5A 4CGIA 4CHPA 4HUFA 1DLOA 3LP0A 4E7JA 4M42A 1J9AA 1JL2A 4CHNA 2HVHA 3M8SA 3PV8A 2F8SA 4H8KA 4M3ZA 2DFEA 3CM6A 3P5JA 4CIFA 1TAUA 4ELUA 3TAMA 4FCYA 1LV5A 1D8YA 2NUBA 4CERA 5KI6A 3PX4A 4C8MA 3LZJA 4W5TA 4IFYA 3KLFA 5I42A 3DMJA 4DTJA 3ZSOA 3KD1E 4C8NA 1ZBUA 1ZBIA 3NFAA 4DQPA 3O3GA 4CEAA 4KB0A 4FJ5A 1WAJA 1CZBA 3KLEA 1VSDA 1Z26A 1BQNA 1DTQA 3WNEA 1S1UA 1RTIA 3OYNA 3IS9A 1N5YA 2Z1GA 4CJFA 4ZTFA 3CFRA 4CGJA 1BI4A 1S9GA 4KPYA 2G8VA 3CYMA 4FVMA 4DU3A 4FJKA 2YKMA 3WNHA 3OYKA 3LWMA 4ICLA 1RDBA 4RW4A 4FM2A 4K8XA 4ZHRA 1ZYQA 2BANA 4LSLA 5K14A 3OJUA 1D9DA 4FJ8A 3B6PA 2A1SA 3PX0A 3QEPA 1A5XA 1RDCA 2B5JA 2FC0A 1C1BA 2ITGA 4AILC 3M8PA 3K58A 4BDPA 4B9TA 4NCGA 4M41A 3NH1A 1VSIA 1D9FA 1LWEA 1KVAA 3OVNA 2YNHA 4MQ3A 1SUQA 3HM9A 4CGDA 1IG9A 1QSLA 1B92A 2KW4A 4CGFA 4N56A 2HW3A 3QETA 5D3GA 1TKZA 2AJQA 1NJYA 5EU7A 4CK3A 1EXQA 3O3FA 4FJJA 1TL1A 3DRPA 1LW0A 4DTMA 3I0RA 1RT7A 3AO1A 3WNGA 3SQ4A 3NGIA 1L3SA 1RILA 1RT5A 4IG0A 4DTXA 3HJFA 1TGOA 1ZBFA 3AA5X 3IRXA 2OPQA 4ID5A 4LSNA 3CFPA 4FLXA 4C8KA 1RBVA 3AV9A 3MEDA 1UAXA 4B8CA 4OLAA 2DFFA 4I2QA 4N76A 1J53A 2E6LA 2Z1HA 3AVKA 3ZSQA 4N41A 3LP2A 3T3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 4DV4K 4JK8A 2RE2A 4HUEA 3KK7A 2V52B 2WONA 3F9MA 3RMCA 5DM6L 1EKEA 3DYAA 3SPZA 4CJ4A 2LSNA 4DFMA 3T1YK 1NU0A 3THWB 2O8FA 1RT2A 4RW6A 3EY1A 3OHRA 3RR7A 3LWLA 3B8AX 4FOIA 3QLHA 3D2EA 3TAGA 1HYZA 4B9SA 3ULEA 3VGMA 2HNDA 2D0OA 4DQQA 1RTDA 3J80O 3K5MA 4CF8A 1TVRA 1RNHA 1C0UA 2P9UB 2IOCA 1KAXA 1VSHA 3HL8A 2UUAK 4JK7A 1QZ5A 2E1YA 4XH1A 4BQZA 3BDPA 4L3QA 1SKRA 2YNGA 5AZJA 1YIJN 4KTWA 1GLLO 3E1YA 3FFIA 3SBTA 1O1WA 3NAEA 2P9IA 1T8EA 4FW2A 4M3UA 4AHCA 4J8FA 2F9TA 1YUWA 3EEQA 1HPZA 5BREA 2FBVA 3U4LA 1KRPA 4IKFA 4JKAA 2P51A 4CJTA 5AQFA 4FK2A 2CH6A 4DR7K 3VEOA 4MLEA 5M1NA 2YV0X 1BQMA 3GE1A 2HHWA 1WN7A 1Q8IA 4JKGB 1L3TA 1NM1A 4K8ZA 3ZT2A 1ASVA 1WSEA 2ZJRL 4I9QA 4CGGA 3O3HA 2H3GX 3AVLA 1TK5A 4A62A 1VHXA 1JXEA 3S9HA 2E2OA 4QS7A 2OZSA 4ELTA 2ASOA 2P9PB 3ZSYA 3R3LA 4ILJA 3PIPL 4CEOA 1XI1A 1JCGA 4CK1A 2ETJA 2HHXA 2P5GA 2I5JA 4O0JA 4H0PA 2KFZA 1C1AA 1BA1A 4FSVA 1T6CA 5E26A 1FW6A 4IXCA 1HYSA 5AQLA 3MX2A 2O4GA 1IBKK 4EAHD 4FZXC 5HLFA 1I39A 3SUQA 1RT6A 4E7IA 4AF1A 3P39A 1ITGA 3OYEA 4KKOA 4G9ZA 2HVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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