3J7ZO

Structure of the e. coli 50s subunit with ermcl nascent chain
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
DKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Drug Sensing by the Ribosome Induces Translational Arrest via Active Site Perturbation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L32
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 33
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j7zO00
4WFBL 1Q81O 2QEXN 3CPWM 3G6EN 5MLCQ 3CCQN 1VQMN 1S72N 4IOCL 1KD1O 3CMAN 1QVFM 1VQKN 3G71N 5JVGL 3CCRN 1YHQN 3I56N 1VQON 1VQ8N 4WCEL 2OTJN 3CC4N 4WF9L 3CCUN 1W2BM 3CCJN 1YITN 5GADP 3PIPL 3CF5L 5GAHP 2ZJQL 1VQ9N 1VQNN 1VQLN 4UY8O 1OVYA 3CC7N 1JJ2M 1QVGM 3CCMN 1K9MO 3PIOL 3DLLL 4U67L 3OW2M 3CD6N 1VQPN 2ZJPL 3J7ZO 1K73O 1YI2N 4WFNL 1M1KO 1K8AO 1YJNN 3CCSN 3CMEN 4IOAL 2OTLN 1M90O 1KQSM 5DM6L 1Q86O 5JVHL 3CXCM 1Q7YO 3CCLN 1VQ7N 1ILYA 5GAGP 3CCEN 1YJ9N 1N8RO 2ZJRL 5HL7L 3I55N 1VQ5N 3G4SN 5GAEP 5DM7L 1YIJN 3CC2N 4IO9L 1YJWN 2QA4N 1KC8O 1VQ6N 1VQ4N 4WFAL 3CCVN 1NJIO 1Q82O 5H1SQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9LB 1RT7A 2Q1NA 3EL2A 3WEEB 4DUZK 3OA9A 3JXUA 4FSVA 3C6AA 3AGRA 2GEMA 1RDAA 4BR0A 3VF6A 1Q18A 4RW6A 3WNEA 2E2PA 2VQEK 4CK2A 2BE2A 4JI4K 4GV9A 4FK0A 3SCXA 2HBJA 4H5NA 4BREA 4PUOA 3SBTA 3FZLA 3OYCA 4WF9L 2GBZA 4TSXA 3QDKA 1NK9A 3RR8A 1U45A 1D4XA 1NJZA 3NE6A 1NKBA 3OJUA 2DTUA 4ID5A 1DLOA 1I94K 3EZWA 3V9ZA 4AHVA 2FLOA 4OKKA 1WSFA 1XC9A 2Y1JA 4YFUA 3CC7N 1VHXA 3AVMA 5HRSA 1JKHA 4FPAA 4CJ7A 5AQSA 3QETA 2O8CB 3RSEB 4C8LA 3ZT0A 1ATRA 4HCCA 1YT3A 3A2FA 4BRKA 4OGCA 3EKSA 3AY9A 3DLLL 2YHWA 1ZBHA 3J7YP 1YVNA 3DLKA 5BRFA 1IV0A 4JEPA 3GBTA 4CJEA 3V1QA 1BIUA 3HBTA 1KSPA 4M3XA 2D5RA 3ZSOA 1RILA 1BQNA 5AQXA 4KH4A 2OTLN 2OPRA 2ASOA 4YOXA 1K6YA 1VSEA 4BDYA 1KFDA 1Q86O 1VQ7N 4CHZA 2W41A 2YCHA 3HVTA 1RDCA 4KRFA 2HB5A 3D7EO 5HL7L 2X78A 1O1WA 2OPPA 2IVPA 2PZSA 4CIFA 3RMAA 4CZKA 4W5QA 4HUEA 3F5TA 2PAVA 5KI6A 1HKBA 1A5VA 1HRHA 4AHSA 4BROA 1ASVA 5KQ8A 1Q82O 5AQQA 4B1ZA 1WAJA 3MXJA 1TKZA 4LF8K 2OPSA 3VQ9A 1Q81O 5J2QA 3G6EN 3FZHA 4KREA 4AHCA 2RPIA 1HUXA 1RDUA 4BG8A 1JLAA 3AARA 4IFVA 2Z1HA 4K8XA 5CZ2A 2JLEA 4KH6A 5JVGL 4CFDA 1L3TA 3P83D 3DLRA 4NB4A 1NGEA 4FM0A 5FRNA 4FZYA 4BRLA 3GDQA 5E84A 1GOCA 3IUCA 1HX1A 1RDDA 5GADP 5DK5A 3CQXA 4JKBA 4CEOA 1RBSA 5AQRA 4AHRA 3AO2A 4BRAA 2ZD1A 4E7LA 1NMNA 1UA1A 1LAWA 3ZSRA 2O8BA 4QCLA 3WXMB 3AV9A 2WONA 1BI4B 1VSMA 3VGKA 4AQYK 3KK1A 3HPHA 5GINA 4QAGA 4YY3K 2V51B 4DQIA 3C7NA 3OTOK 2R7YA 1KRPA 2FXUA 4F3OA 3U3GA 5BR9A 1RT2A 1BG3A 4EP5A 1C0UA 3C0BA 4H0YB 5FPNA 4ELVA 2P9UA 5AQMA 5I42A 4E3SA 1VSDA 4IJNA 4M7XA 4WE1A 1U2VB 4BE2A 1KQSM 1HPMA 3UB5A 4FK2A 3L6QA 4XH1A 3T7ZA 2NRWA 3KZBA 2NNWA 2F8TA 4JNEA 1ILYA 2HHHK 5GAGP 4BRQA 4BRCA 4Z0UA 5AQTA 1VQ5N 3OYKA 3WT0A 4M45A 4OPKA 4YDUC 4FVMA 2UUCK 2OA8A 4FWMA 3NH0A 3KD5E 1C1CA 4CJ3A 3HP9A 4H0OA 3DI6A 3LAKA 4E89A 1ATSA 2IS3A 4GY2B 5J2PA 4BQZA 3QIOA 4PY5A 2PFUA 1S72N 1JLEA 4FWQA 3KK3A 4IOCL 4GVMA 1SV5A 1TV6A 2V7ZA 3CJBA 3DJCA 5LY3A 2E4LA 3H1QA 1TKTA 3KD1E 4MLHA 4DSFA 4FVUA 2O8BB 4FOIA 4K42A 2P9SA 2KZZA 1BA1A 4F4KA 4MDBA 2P9PA 3L2QA 1W97L 3C7NB 4FJNA 3CG7A 2ATQA 2HNDA 1W7AA 5HLFA 4DS5A 4IKFA 2RE2A 3H6EA 3SQ0A 2QWNA 2VYPA 2ZJQL 2FBYA 2QTDA 1W0HA 3O3HA 4UY8O 4E1JA 1NJYA 3ZX0A 2P9NA 3TSQA 2UXCK 1SS6A 4DTMA 3DLBA 1RBVA 1QZ5A 2HVIA 2NRVA 3U9ZA 4E19A 4N76A 4FJMA 2YI1A 4FW2A 2E8AA 4AILC 5AQNA 4FJXA 1NK5A 3VQCA 1VQPN 3TTCA 4DV3K 4XH5A 1X9JA 3CQ8A 5E26A 4Z4EA 4YOYA 4JAXA 4JHDB 1E4GT 4M3ZA 3HL8A 4NLCA 4IZ9A 3B6PA 5C25A 1Q8IA 3D45A 3ZSQA 3MCPA 4H4MA 3AVLA 3O9UA 3TTFA 4FLUA 2O8FA 3VGMA 4RW8A 1RGIA 2IAJA 3R3LA 2VQFK 3JS6A 3QESA 1SUQA 2D0PA 2YNHA 3AAQA 2FSKA 3J8AA 3ULDA 2G8UA 1WSJA 4CJSA 2E1ZA 3E9OA 3BEXA 2A3ZA 3ZETB 4WFBL 3NH2A 1KAYA 3H45C 3E66A 1KLMA 3CCQN 2IOCA 2KLAA 3CMAN 1QVFM 4F3TA 4O8UA 4DR6K 3M6GA 1L3UA 2ZGZA 4AM6A 4FJKA 1VQON 3O4QA 4ELTA 4KHPK 3EKUA 4MQ3A 4WCEL 2E6MA 4FCYA 1BISA 1RCHA 3OYNA 4BRPA 3D0PA 2VWBA 3K9KA 3NBPA 4LD0A 3CHWA 3T1YK 2W42A 2OZMA 4JKHA 1YTUA 5M1KA 5AJ3K 3TR8A 3HI0A 3W3DA 1HPZA 3SK3A 4MLEA 3THXA 1S6PA 3DXKA 3QFPA 4H4OA 2O8FB 1NJXA 3K9JA 3AA2A 4EIAA 4LF5K 4Z4CA 4FWNA 1X9WA 4JRPA 3CD6N 1GLAG 4ELUA 4CZJA 2E2NA 2HNZA 2VWJA 1C0MA 4FLVA 2RF2A 2E20A 1TYQA 1T3VA 3BZCA 4CBWA 3OYAA 4DG1A 3F9KA 3LP0A 2BANA 4DWIA 2IVNA 3AVAA 2FSJA 4CGJA 1N5YA 3B8AX 2NUBA 2O8DA 5FPDA 1U48A 3LM2A 4R5PA 5HROA 3SNNA 1OKJA 4E1NA 2GTDA 4FLTA 5AQWA 4RCHA 1Q9YA 5F0XA 2NRXA 1KAZA 3OYIA 3CC2N 4IO9L 1A5WA 4CFCA 5ADXA 3ZCMA 4O8KA 1R59O 1HR0K 1QQNA 3ZSXA 3JSMA 3NVKA 3AVHA 3ZLJA 3D2EA 5AQFA 2O8EA 3VA0A 3ITHA 4Y1DA 2Q0UA 4DTSA 2F9TA 1BIZA 3ZSYA 3UKUA 3H46O 1NK8A 2EX3A 3MMVA 1HQUA 3D6RA 1L3VA 3F73A 3O6WA 4DF8A 1VRUA 4B1WB 3AO1A 4OKJA 1EETA 1TL1A 3PSFA 4FM2A 4NXMK 3QNNA 4BGAA 4KHUA 3U4LA 3VQBA 3SBGA 3QERA 3LDSA 3AVBA 2FC0A 3M1FA 5KRTA 3TAFA 4CFBA 4A5AA 5T7BA 3O1BA 5BR8K 3P1GA 3QFUA 3VEVA 4KAZA 2ITMA 1LWFA 2DFFA 3VESA 4HTLA 4CHYA 1RDWX 2F7TA 3DAWA 3A8YA 3WNHA 3O9SA 4Y1CA 1IBMK 2G8HA 3AVKA 3CCMN 1S3XA 2O8DB 1QS4A 1EP4A 3BZKA 3OJSA 3GOIA 1WAFA 4DQPA 2GWJA 1V4SA 1UWBA 1OH7A 4LFCK 3MXIA 1ZYQA 4CJRA 4B9LA 3VQQA 5BPNA 1D9FA 1X1PA 4BRIA 3GE1A 4AHUA 1UA0A 1X9SA 3IDHA 4YOVA 1U6ZA 2A6AA 2WBNA 4DLGA 4RW9A 2O8EB 3QICA 1T6DA 3OVNA 3KK7A 3JAMO 2ZE2A 4CJKA 1RBUA 3G4SN 3C6UA 3ZX2A 2BUPA 4K43A 2FBTA 4PKHA 1NU0A 1GLDG 1VQ6N 3OYDA 4CZLA 4FLXA 3O3GA 4KB0A 1EO1A 2G8KA 4NXNK 1RT3A 4Z4GA 2P9KA 1TK5A 1GLEG 3BF1A 5MLCQ 5M1QA 4DMNA 4BRMA 4IFYA 1BOTO 4RTFD 5J2MA 4DTJA 2BGGA 5C12A 3UIQA 1J54A 3RWUA 3CCRN 1YHQN 1U04A 1SL0A 2KFZA 1DGKN 4IEEA 3ZEUB 1WSGA 5KTQA 3T3FA 1LAVA 4DB3A 4JYAK 2O4GA 5CYQA 2HMIA 2NZTA 4C8OA 3VEWA 4AH9A 3NMUA 2NRZA 3V9SA 4NCAA 3FR0A 4FLZA 2XY7A 4K25A 3T69A 5CZ1A 1T6CA 3NGYA 4H8KA 1OVYA 3CJCA 4B9NA 1QSSA 5AZJB 1O13A 3HJFA 1BWFO 5C2FA 4E1MA 4J2DA 1I39A 4BR9A 3NHGA 3SI6A 2J4RA 1OH5A 1NK4A 1YAGA 4A62A 3GG4A 2Z1IA 2ZGYA 3VENA 3LDNA 3ZT1A 2JWKA 1NGDA 4CGDA 3SPZA 3L0QA 3FGUA 2DFEA 4CCHA 4JKFA 5AQHA 1C1AA 5JS2A 4JN4A 3VEYA 2QM1A 4BVOA 2CH5A 3LPTA 4BR5A 4H0TB 1YJNN 2D4WA 1KLNA 1VK0A 4CEZA 4BRHA 3MXMA 4B9QA 1BUPA 3AA4A 4KKOA 3ZT4A 3SAGA 5KGWA 4YOUA 3SZ2A 5JLFA 3ZT3A 5AQGA 2AP1A 4DV0K 5D3GA 3K57A 1YJ9N 2Q31A 1E3MA 1LW0A 2JGUA 3A0IX 4EHUA 1TAQA 2NRTA 4C23A 2O4IA 1HNIA 1MWMA 3H1VX 2FF3B 3V9XA 1YUWA 1KC8O 2KW4A 3K5LA 4BDPA 4XIUA 1K8KA 3DOLA 4IDKA 1D5AA 2Q2RA 4WQ4A 3FZMA 5I9EB 1KD1O 5EY4A 3VEXA 1ESVA 4GKKK 1NNEA 2RN2A 4CHPA 3KLGA 4C8KA 5C2DA 1RT4A 1VSFA 3K5NA 4CGIA 3LANA 3PLAA 3EEQA 2ITGA 5K14A 3ZX3A 2YV0X 4DTRA 4FO0A 4JI6K 1XWLA 4DR7K 3CF5L 5GAHP 3L3UA 4YNQA 3HK2A 2EHGA 2QWOA 3EN9A 4O0JA 3MEGA 2UYTA 4I9LA 3PX4A 3I0RA 4CBUA 1CXQA 4DTNA 4A59A 4M3UA 4KBOA 1S1UA 4GNIA 1QSLA 3P5JA 4I2QA 4QS8A 1MA9B 3TI0A 3ATVA 5FLXO 5LJWA 5EXWA 3HPGA 4K0KK 1Z25A 4W5RA 4CVNE 4OVLA 3H3OB 1HJRA 2HHWA 4DV1K 1HNVA 1JLCA 3THYA 4B3SK 1TAUA 3S3OA 3I8DA 3F9MA 2ZM6K 4Q0BA 4JK7A 4M63C 4N47A 1RTHA 3L2RA 2G8FA 2GX9A 4GV6A 3VQ8A 3EO3A 4OLBA 4LF6K 3O8MA 4CEFA 4FW1A 5FPEA 1KTQA 4EFHA 3LWLA 4DS4A 4BWMA 3VA3A 4BQLA 3SLCA 4JRQA 2X74A 4O5BA 2QWPA 3LAMA 2I5JA 1ITGA 1B9FA 5JLHA 1WBDA 1SKRA 5CR4A 4DR1K 4DU3A 3M8PA 4OO1J 1U4BA 3P39A 3FFIA 1BU6O 1JXEA 5H1SQ 1ZBFA 1JCGA 4J8FA 5A2QO 3I33A 2PYLA 3PO5A 3CJ9A 3TAGA 1ZBIA 3AA5X 4CW7B 4UQGA 2FBVA 4CHNA 5I3UA 1N33K 4IWVA 3CQYA 3SUNA 1C0GA 1BO5O 1GLFO 4X64K 1TKXA 4PQUA 2F4VK 2KZMA 4BG9A 3L3VA 1VSHA 1J53A 4CEDA 3IG1A 3CCJN 4PHTX 3AA3A 4ICLA 4F2SA 5IT9O 5E41A 3L2UA 4DHYA 2UXDK 4H5RA 1TUYA 5CYMA 4G9ZA 3PV8A 4IOXA 3ZSZA 4Q5VA 4OPAA 4A61A 1CXUA 3VQDA 1OH6A 5AR0A 2UUAK 3O3FA 2D0BA 1KCFA 3AO5A 1JJ2M 5FDLA 4KB1A 5AQVA 2VG6A 1K9MO 4J2EA 3C6HA 1WNSA 3EY1A 2IC3A 3O5BA 3LP3A 2CGKA 3OHRA 3KVGA 3VEOA 1QE1A 3Q7CA 1S9EA 3QEXA 5M1OA 3IMXA 4FL9A 1WB9A 3DOKA 4FWOA 4AHTA 4KO0A 4KTZA 4BRGA 4NCGA 3QINA 1OH8A 4EP4A 3WQTA 1NGBA 3VQAA 4LF4K 4CF0A 3QO9A 1K8AO 5FRMA 2P9UB 3O4WA 2KTQA 3CCSN 4W5OA 5DM6L 3HPOA 3V81A 2GV9A 4IDHA 4DTXA 4QS7A 3CPEA 3AO4A 4W5TA 4OLAA 5GAEP 4XH4A 2E88A 3I0SA 3OS2A 1YTAA 2YJEA 4MO5A 4BE0A 3S3NA 5AQPA 1YIJN 4JKCA 2ASPA 4FLWA 1MDUB 3ULEA 3VEZA 4JS5A 3MX5A 4B3RK 4YDUA 4CE9A 4I6MA 1ZXOA 2YJFA 2WOMA 5B8HA 2KQ2A 3DMJA 1WSEA 1YVUA 3HM9A 4F9OA 4PL8A 2F8SA 5KQDA 4C8MA 2W6LA 3ZYYX 3AVCA 5J1EA 2VGMA 3ZT2A 5ELZA 4CD3A 2P9SB 3ENBA 5F2RA 4YHHK 2QKBA 4CERA 2P9PB 1IKYA 4QOZB 4FJIA 4O44A 3D2FA 3O9QA 1W2BM 3PY8A 3HSTB 3A5NC 3M8SA 4BE1A 4GV3A 2QW9A 4BRFA 1QQOA 3KIOA 1EWQA 2F9WA 1VQ9N 1NBWA 1X3MA 2E1YA 3CIPA 4C1NK 4HWIA 2P9NB 3VOVA 4KH5A 3R8EA 3WUHA 5HRRA 2HBMA 2I7PA 3QB0A 3ENOA 3LDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4WFB L;  1Q81 O;  2QEX N;  3CPW M;  3G6E N;  5MLC Q;  3CCQ N;  1VQM N;  1S72 N;  4IOC L;  1KD1 O;  3CMA N;  1QVF M;  1VQK N;  3G71 N;  5JVG L;  3CCR N;  1YHQ N;  3I56 N;  1VQO N;  1VQ8 N;  4WCE L;  2OTJ N;  3CC4 N;  4WF9 L;  3CCU N;  1W2B M;  3CCJ N;  1YIT N;  5GAD P;  3PIP L;  3CF5 L;  5GAH P;  2ZJQ L;  1VQ9 N;  1VQN N;  1VQL N;  4UY8 O;  1OVY A;  3CC7 N;  1JJ2 M;  1QVG M;  3CCM N;  1K9M O;  3PIO L;  3DLL L;  4U67 L;  3OW2 M;  3CD6 N;  1VQP N;  2ZJP L;  3J7Z O;  1K73 O;  1YI2 N;  4WFN L;  1M1K O;  1K8A O;  1YJN N;  3CCS N;  3CME N;  4IOA L;  2OTL N;  1M90 O;  1KQS M;  5DM6 L;  1Q86 O;  5JVH L;  3CXC M;  1Q7Y O;  3CCL N;  1VQ7 N;  1ILY A;  5GAG P;  3CCE N;  1YJ9 N;  1N8R O;  2ZJR L;  5HL7 L;  3I55 N;  1VQ5 N;  3G4S N;  5GAE P;  5DM7 L;  1YIJ N;  3CC2 N;  4IO9 L;  1YJW N;  2QA4 N;  1KC8 O;  1VQ6 N;  1VQ4 N;  4WFA L;  3CCV N;  1NJI O;  1Q82 O;  5H1S Q; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QIP A;  5BPM A;  3CM6 A;  5M1N A;  3DRS A;  1RDB A;  3ALY A;  5AZJ A;  1XHZ A;  3E9L A;  4WYB A;  4YOR A;  3E1Y A;  3T1H K;  2HBK A;  4DR3 K;  5C0Y A;  4H0V B;  1VSJ A;  3MEE A;  4NYN A;  1QVG M;  1JL2 A;  3ID6 A;  3UE5 A;  3J80 O;  1IKX A;  2BH1 A;  2GEL A;  4JI7 K;  4JK9 A;  2CGJ A;  4JLH A;  4CHO A;  3TWH A;  4FJG A;  4JKG B;  4IG3 A;  1B9D A;  3KLF A;  3QEW A;  1QHT A;  2F96 A;  5AZI B;  3Q7B A;  3MAQ A;  1TUU A;  4E7K A;  3R6M A;  1Q9X A;  1J5O A;  2KKZ A;  1NKE A;  1IG9 A;  1J9A A;  4DQS A;  2E6L A;  3QEV A;  4B9U A;  3P31 A;  2DFH A;  3SUP A;  1V4T A;  1FKP A;  4JI5 K;  3M5R A;  3P38 A;  2P5G A;  3DLH A;  3I55 N;  3AAP A;  2BTF A;  5DM7 L;  2UU9 K;  2G8I A;  1BA0 A;  2A5X A;  3DWL A;  3NFA A;  4DTU A;  4NLB A;  4B3T K;  3KLE A;  1Y64 A;  4I9Q A;  3LZI A;  3FLC O;  4WQ4 C;  4C8N A;  4DV7 K;  1SL1 A;  2XY6 A;  4ID1 A;  3NF8 A;  4DQQ A;  3KK2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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