3J7ZO

Structure of the e. coli 50s subunit with ermcl nascent chain
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
DKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L32
publication title Drug Sensing by the Ribosome Induces Translational Arrest via Active Site Perturbation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 33
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j7zO00
1Q7YO 3CF5L 1QVFM 1OVYA 1K9MO 4WCEL 5GAHP 3J7ZO 1K73O 3CCLN 4U67L 3PIOL 2OTLN 1VQ7N 3CCRN 5DM6L 1YJWN 1Q82O 3CCUN 1KQSM 1VQ8N 2ZJPL 1VQPN 1VQNN 1VQKN 5JVHL 1M90O 4UY8O 3CC7N 3CCSN 3CMEN 2OTJN 1KD1O 3G6EN 3CC4N 3I55N 4IOAL 3G4SN 3CCQN 3CCMN 4IOCL 1YJ9N 4WFAL 3DLLL 1ILYA 4WFBL 3PIPL 4WF9L 1S72N 2ZJQL 2QA4N 3CCEN 1VQ6N 1Q86O 5MLCQ 3CMAN 1VQMN 2QEXN 5DM7L 5JVGL 3I56N 1VQLN 1W2BM 1M1KO 3CPWM 3CCJN 5GAEP 4WFNL 1VQ5N 1YIJN 1YHQN 3OW2M 1K8AO 4IO9L 1VQON 1YJNN 1N8RO 3CC2N 1NJIO 5HL7L 3CXCM 3CD6N 1Q81O 3CCVN 5GAGP 1QVGM 5H1SQ 1KC8O 5GADP 1VQ4N 3G71N 1YITN 2ZJRL 1JJ2M 1VQ9N 1YI2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9YA 3F9MA 3ID8A 1FKOA 4CEOA 1HX1A 5JS1A 2YHBA 1NGCA 1VSEA 3ZSRA 3RR8A 3LDNA 3L0QA 3ZSZA 2D0AA 2V7YA 3NGYA 2KZMA 3QETA 4FLVA 1VQ7N 2E8AA 1Q82O 2D0PA 4NCAA 4KHSA 4B1XB 3LWLA 4CHOA 3ID6A 1QHTA 2YCHA 3AVIA 3AVMA 2IOCA 3O8MA 4C8OA 4UY8O 2NLXA 1WLJA 4FZYA 2QWRA 1TKZA 4GV9A 4ILHA 2E1ZA 3B8AX 4JI8K 4YOWA 3SQ1A 4AHRA 1S1VA 4JN4A 4F4KA 3D7EO 3D2EA 2BTFA 2Q0UA 2FSKA 4CF8A 3E01A 2FSNA 2O8FA 4CF0A 3IFRA 3ASMA 4JKCA 2QWOA 4JV5K 2WFBA 3C95A 3TTFA 4B08A 4O8UA 1BI4A 1TUUA 2BE2A 3AVCA 3TAPA 2ITMA 4DSEA 3C6AA 4YFUA 1S1WA 2VQFK 4CIGA 4ISFA 2VGNA 4OGEA 3GL1A 5AQUA 3QDKA 5KRTA 1NGJA 5HP1A 3M8QA 1IKVA 4KI6A 1Y64A 2RKIA 4BQLA 4JYAK 3DLBA 1N36K 3NAEA 1Z05A 3AVAA 4KTWA 4FJ7A 3F5TA 4B1WB 3CG7A 3VF2A 4BRDA 2HHTA 4CBWA 1IG8A 3SI6A 2NRTA 4DMNA 3EKUA 3VQ9A 2BH1A 4DV7K 3EY1A 4DSLA 1JCFA 4LY7A 2X6SA 1NKCA 2QWLA 3NDKA 4MO5A 5AQLA 4RW8A 3NGIA 3ITHA 4CZFA 5CE3A 3GE1A 4CZGA 3V1QA 3S9HA 4WCEL 5GAHP 4W5TA 4C8NA 2ASPA 1LCUA 4YOVA 1KLMA 3CCRN 1YJWN 3MEDA 4EHTA 3LDLA 3L4IA 4JLHA 2VWJA 3SJJA 4V19S 3IUCA 2PFUA 3HPGA 1N33K 4A5BA 3D2EB 4M7XA 4LFBK 3K9KA 3P5JA 4CGJA 3A5NC 1UAXA 4PKGA 2HHHK 2O8FB 4Z4CA 5AQSA 2DPNA 5BN8A 4GV6A 3FZFA 3D6RA 4FWLA 1V4SA 1GLDG 1BI4B 1IBMK 5AQVA 3G4SN 4K41A 1NJYA 2IVNA 2XY5A 1NGFA 4OGCA 4BG8A 3O9RA 2FBXA 1FJGK 2OA8A 1A5XA 3AGKA 5BPLA 3SQ0A 1RT4A 3QFPA 4X62K 3LANA 4OPKA 2V7ZA 2ZJQL 4AILC 1Q86O 3KK2A 1VQMN 4H5WA 4PUOA 4BGBA 4O0IA 3LP0A 4YOTA 3TABA 4X64K 3C0BA 1U2VA 3CJBA 1TUYA 3DOKA 5BRFA 4O8KA 1VQ5N 1DT9A 1YIJN 1VSLA 4JS5A 2UUAK 2A42A 4OX9K 3CETA 4I9LA 4KB1A 4N5SA 3M8SA 2F4VK 4AF1A 3TSQA 4FJGA 3LPTA 2G8IA 4DQQA 4AM6A 4BRCA 4JKAA 2EX3A 4DTPA 4JK7A 3JAMO 2YHAA 4CFBA 1JLFA 3DWLA 4FJMA 1NGIA 2GELA 5CZ2A 4BR7A 5KQDA 3OYJA 4M3ZA 2XY6A 2ZE2A 4CFAA 1QE1A 3ZT4A 2E1YA 5F1XA 4DCHA 4TSXA 1C0MA 1OH8A 2HHWA 5HRRA 1ATRA 3MK6A 4PHTX 1J6ZA 4OJRA 4M3RA 3MDQA 3HK2A 2BANA 3AO3A 3P4IA 4AHUA 4YOXA 4ELVA 2I7PA 3Q7CA 4FLWA 2YX6A 3ZT3A 4FVUA 4FWKA 4IWVA 3ZSOA 3K2PA 3VGLA 4CJSA 4CEDA 4ILGB 2HMIA 3DXMA 3I33A 4E89A 1U4BA 3FLCO 4RW9A 3AAPA 4BQZA 4GV3A 1B9DA 1GLJO 3HM8A 3DYAA 3TU5A 1JKHA 3DRRA 1BA1A 3R6MA 4RW4A 5C0YA 3WXIA 1U2VB 2QW9A 4J2DA 4XH5A 4FJ8A 3WNFA 4A59A 3U9DA 4BRFA 1WOQA 5FDLA 4DU1A 3L2UA 1P90A 1VSMA 3VQBA 2CGLA 4I2PA 2P9PA 3HI0A 2WUSA 3WNEA 2QEXN 2IIRA 1MDUB 1HKCA 4FL9A 4B3SK 4JD2A 1JCEA 1NK9A 2F8TA 4CE9A 4CEAA 4CW7B 3KWIA 4IG0A 1MU2A 1G99A 3CJ9A 3P1GA 1RT2A 3SCXA 3WT0A 3TAMA 4JI2K 1JXEA 2IAJA 4DU3A 2HNYA 4CVNE 4GNIA 1REVA 5HL7L 1O13A 1FXXA 1KAZA 3CXCM 4CJVA 2UXBK 3DI6A 5GAGP 1TKDA 5AR0A 3CPEA 3ULDA 4BDZA 5GADP 3OS2A 2VGMA 2BUPA 3KLFA 1ATNA 3HL8A 4FZXC 3OJSA 3H46O 4FPBA 4CIEA 4LFAK 4E0DA 1QVFM 1R59O 3DLGA 4CJEA 1MWKA 4JI5K 3P31A 5AQYA 5BREA 3ENHA 3KHYA 1C6VA 3AO2A 3IG1A 3DXMB 1RT5A 3O3HA 4H0YB 3DLEA 2KW4A 2CH6A 4XH1A 1GLCG 3H3OB 3ZT2A 5J1EA 2D1KA 2E88A 3QEIA 1O1WA 3ZLJA 5JVHL 3QESA 4ISEA 1HYZA 2PBDA 5TKWA 3KK1A 2P9PB 1KFSA 4DV3K 2ZM6K 1BGXT 3CC4N 4KO0A 2PYJA 1NLVA 1NU0A 4CGFA 3V81A 1T7PA 1HNWK 1YJ9N 3LAMA 1D9FA 1GLAG 4JD2B 4M45A 5M1PA 4DTNA 5M1KA 2DFHA 4MFBA 3HOTA 4IEIA 4WF9L 1TAUA 3OBWA 5KPZA 1RBSA 4DQ8A 2UU9K 3AA3A 1N5YA 1HRHA 4BR0A 3L3VA 2WBNA 3GBTA 1HNZK 3TAFA 4CJ3A 2W6LA 4CD1A 3QICA 4MDAA 4DKWA 1K8AO 3SNNA 4BREA 4O44A 1E4GT 4OKJA 1YAGA 1NJIO 3F9KA 4FLTA 2GWKA 4KV8A 2QKBA 2V52B 5KGWA 3G10A 3Q7BA 1S6QA 2I5JA 4IFYA 1Q8IA 5A2QO 1HQUA 3PSIA 1VSHA 3IAYA 3G25A 3OYBA 2UYTA 4GY2B 2CGJA 1LV5A 4EHUA 5LY3A 4CZLA 2VCPA 1Z26A 4BY9C 1VSJA 3TAEA 2E4LA 4JNEA 5EU7A 5AZJA 3KK3A 2P9IB 3J7ZO 5AQFA 3PIOL 1RBVA 3CHWA 4CHNA 4CI6A 4BE2A 3S3MA 1SKSA 3LL3A 4A5AA 3AVLA 1D9DA 4LF8K 2F9TA 2OZSA 3KD5E 1T6CA 1IBKK 1A5WA 4NCGA 4DQIA 1XC3A 4JK9A 4B8AB 3QFUA 1T03A 1EP4A 3TARA 4DV0K 3AO4A 4DSJA 1IJJA 1WNSA 3VEWA 1CXUA 3IRXA 3P83D 4JS4A 2OTJN 1NMDA 5I9EB 4G1QA 3CCQN 5J2MA 5BPNA 3PO5A 1LOTB 3O9UA 1NK4A 1J53A 1JLCA 4DUYK 1B9FA 2DFEA 4FWNA 3EZWA 4DUZK 1HPZA 1XWLA 3VGKA 4FSVA 3CCEN 3O3GA 4DFJA 4YNQA 5AQXA 4CJUA 3VA3A 2IGIA 1TVRA 4ICLA 4JI0K 3O9QA 3THXA 3MECA 3DM2A 5FPEA 4CHYA 3SQ2A 1BCOA 3ZYYX 5F0XA 2E2PA 3U3GA 3OYDA 3EN9A 1DTTA 1RGIA 2PZSA 2JWLA 4E19A 1XQSC 1LWEA 2YNGA 3THWA 3HRGA 4F9OA 5FPMA 2Z1IA 1BQMA 1BG3A 1ITGA 2A40A 3J7AP 1CZ9A 5AZJB 1C1CA 4QS8A 4YOUA 5H1SQ 4DR2K 3L6QA 4EAHD 2YNIA 3SYZA 1IG9A 4QS9A 5AQHA 3BF3A 4H4OA 4KHYA 3CF5L 5BR8K 1IO2A 5FPNA 3KIOA 3HO1A 2E6MA 5BRHA 3R1XA 1VAZA 2IC3A 3DMJA 4CJ4A 1K73O 4MDBA 3THYA 1NK7A 4PY5A 3RWUA 1RCHA 3BZCA 4B9NA 2O4GA 1NGAA 3JSMA 1WSJA 5EOYA 3FFKB 5KPRA 1W0HA 5KQ8A 4EZ9A 1GLFO 4DF8A 5IT9O 1IKWA 1VQPN 4K25A 4A61A 4LH4A 3MCPA 1BOTO 1L5UA 4Z4GA 4B9TA 2A1RA 2HOEA 3VF6A 4A62A 2YKMA 4F2SA 1U04A 4CD3A 4CBXA 3V9XA 3THXB 1WUAA 4DV6K 2NUBA 4WFBL 2XY7A 1HNIA 3PIPL 5AFUA 1BQNA 2PY5A 4XEIA 1KCFA 2QK9A 3OJUA 3H1VX 4PKIA 3M8PA 3RMCA 1NG9A 4BWJA 2V51B 4BVPA 4OVLA 3O3FA 3QERA 4W5RA 3ZT1A 2QWQA 4BRQA 3VEXA 2NRHA 1QS4A 4CJTA 4DTJA 4BROA 1TGOA 4JKFA 1VQON 4E7HA 5LMUK 1K6YA 1SUQA 3SLCA 4FO0A 2YHYA 1DEJA 4DTMA 4FK2A 3E1YA 1QVGM 4M3UA 5AFUH 2Q1NA 4IFVA 3VQ4A 1NMNA 3MCAB 3OYNA 3AY9A 4MQ3A 3SUPA 1T44A 3U8XA 3THYB 3I0SA 1SKWA 1ASUA 1VQ4N 3NE6A 4CJWA 1E3MA 1OKJA 3V9UA 5FLXO 3CCLN 2OPSA 4YY3K 3KLIA 2B4JA 4DTOA 4CZIA 4KHWA 1W97L 3MXMA 4E7JA 3NF9A 3OYKA 5LJWA 2P5OA 2AJQA 2A1SA 1VK0A 4BDPA 4LD0A 1L3TA 1KSPA 4DLEA 3CQXA 4BRGA 4M7YA 2F8SA 3NCIA 1J9AA 2B6AA 1EWRA 3HVTA 4CEQA 4JI6K 3C94A 2HBLA 4HCBA 2OPRA 3FFIA 3N4PA 3OYCA 4DQSA 5LMNK 4L8RB 3O4WA 3DXKA 3VEZA 3C6UA 1IBLK 4FJLA 2FF3B 4DR6K 5M1FA 3B6OA 4BRLA 4AM7A 3L2VA 2NRVA 1VRUA 4E7LA 2HSTA 5C12A 4C8LA 4NYNA 2Z1HA 4CZEA 4BC4A 3QMLA 4PKHA 1SZ2A 2CGKA 3VMFB 1QQNA 4C1NI 4ZHRA 4GW6A 5JLFA 4KTZA 3V9ZA 4B9QA 1S1XA 4EP4A 4BRMA 4IKFA 2OYQA 3BF1A 3KVGA 3CJCA 4B1UB 2Z1JA 5FRMA 3AAQA 4DFMA 5EX5A 3C65A 4CJPA 2FXUA 4O0JA 2Y1IA 3CC2N 3HM9A 1JL1A 4Q0BA 1N32K 4LF7K 2HW3A 3EE9A 2IDOA 3P39A 2HMPA 4BRNA 4K43A 3H08A 4B1ZA 3CERA 2GTDA 3J7YP 2HF4A 4I9QA 1GOAA 3LM9A 4MO4A 1N6QA 1D4XA 1YITN 4CZHA 4CZJA 4DG1A 1WSEA 1J54A 1S1UA 1XHZA 3A5LC 4G9ZA 1IKYA 3MEEA 1C0GA 1ESVA 1JCGA 4U67L 3WNHA 3TANA 1C0FA 3O80A 3C7NA 3VQQA 1BIZA 3AV9A 4CECA 4OPHA 1W9HA 1QTMA 1HYVA 3V1RA 4C8MA 4M63C 2NRXA 1BU6O 4FCYA 1WSIA 3QNNA 2XY8A 3WUHA 4AQYK 4J2BA 2YV0X 3K57A 2QTDA 4KRFA 1X1PA 3EO3A 1ASWA 4KBOA 3P38A 5IWAK 1EETA 4N41A 2WTUA 1KD1O 1T05A 2VG5A 5KPTA 2IVOA 4CIFA 1SAZA 5CHIA 3JYTA 1JLQA 1HPMA 3CCMN 4BRHA 4H0XB 3RTVA 3ZSYA 3OYIA 3T7ZA 1L3UA 1GOCA 4GVMA 3PUFA 1YVNA 1QQOA 3O9SA 3KTQA 5BRDA 5MLCQ 4FK4A 5BN9A 2LSNA 4M3YA 4IDHA 4ZTJA 4NXNK 3RRGA 4CFDA 3KKSA 3OS1A 3I56N 3WXJA 1M1KO 5I3UA 1UA1A 5AQWA 2O8BA 3C6TA 4FJHA 3WNGA 4B8CA 2R7YA 4B3RK 2EHGA 1RDAA 4J2EA 4RW7A 4CEEA 4M41A 4HHTA 5HLFA 1NKEA 3VQPA 4ZTFA 2QI2A 1VSKA 4RG8A 1DLOA 5HOOA 4FLYA 3WEEA 3CD6N 3TAQA 1HKGA 4F8RA 4YHHK 3PO4A 3CM6A 3OY9A 1RTJA 3C7NB 4DTUA 4LF5K 2ZJRL 2KZZA 1VSFA 4R79A 1QSLA 3WQUA 4W5NA 3SBGA 1NK5A 1TV6A 2HB5A 3L2WA 1OVYA 3UE5A 5C24A 4OKKA 5JS2A 2HHXA 1MA9B 5GIOA 3O4QA 4I2QA 3VOVA 1DGKN 5AQZA 4O55A 3K58A 4DV4K 2KKZA 2P9UA 1HLUA 1QHAA 3MEGA 3WXKA 2XRIA 3VGMA 5J2PA 1QZ5A 4IO8A 4RW6A 2HF3A 4H0VB 1LW0A 2BGGA 3QEVA 4BC5A 3AVKA 2FBYA 2QKKA 2W40A 4Z4HA 2NNWA 3UKUA 3TAGA 2Y1JA 2E2NA 1C1BA 4BRPA 3AVHA 1MWMA 3F2KA 3QEPA 4DLGA 1C0TA 4FWQA 3QB0A 3T3FA 1HR0K 4KTQA 3TPQA 4FLUA 5AZIA 4LF9K 4DTSA 2FC0A 5AQOA 1S72N 4WE1A 4A57A 1VHXA 5C2DA 3H45C 5EVZA 3JS6A 2ZGYA 3QNOA 3VEOA 1CXQA 4O5BA 4A2BA 5JVGL 3SPYA 3K5NA 1S1TA 4NLCA 3WEEB 4JKGA 2ITGA 3CPWM 3GDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 1Q7Y O;  3CF5 L;  1QVF M;  1OVY A;  1K9M O;  4WCE L;  5GAH P;  3J7Z O;  1K73 O;  3CCL N;  4U67 L;  3PIO L;  2OTL N;  1VQ7 N;  3CCR N;  5DM6 L;  1YJW N;  1Q82 O;  3CCU N;  1KQS M;  1VQ8 N;  2ZJP L;  1VQP N;  1VQN N;  1VQK N;  5JVH L;  1M90 O;  4UY8 O;  3CC7 N;  3CCS N;  3CME N;  2OTJ N;  1KD1 O;  3G6E N;  3CC4 N;  3I55 N;  4IOA L;  3G4S N;  3CCQ N;  3CCM N;  4IOC L;  1YJ9 N;  4WFA L;  3DLL L;  1ILY A;  4WFB L;  3PIP L;  4WF9 L;  1S72 N;  2ZJQ L;  2QA4 N;  3CCE N;  1VQ6 N;  1Q86 O;  5MLC Q;  3CMA N;  1VQM N;  2QEX N;  5DM7 L;  5JVG L;  3I56 N;  1VQL N;  1W2B M;  1M1K O;  3CPW M;  3CCJ N;  5GAE P;  4WFN L;  1VQ5 N;  1YIJ N;  1YHQ N;  3OW2 M;  1K8A O;  4IO9 L;  1VQO N;  1YJN N;  1N8R O;  3CC2 N;  1NJI O;  5HL7 L;  3CXC M;  3CD6 N;  1Q81 O;  3CCV N;  5GAG P;  1QVG M;  5H1S Q;  1KC8 O;  5GAD P;  1VQ4 N;  3G71 N;  1YIT N;  2ZJR L;  1JJ2 M;  1VQ9 N;  1YI2 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Q9Y A;  3F9M A;  3ID8 A;  1FKO A;  4CEO A;  1HX1 A;  5JS1 A;  2YHB A;  1NGC A;  1VSE A;  3ZSR A;  3RR8 A;  3LDN A;  3L0Q A;  3ZSZ A;  2D0A A;  2V7Y A;  3NGY A;  2KZM A;  3QET A;  4FLV A;  1VQ7 N;  2E8A A;  1Q82 O;  2D0P A;  4NCA A;  4KHS A;  4B1X B;  3LWL A;  4CHO A;  3ID6 A;  1QHT A;  2YCH A;  3AVI A;  3AVM A;  2IOC A;  3O8M A;  4C8O A;  4UY8 O;  2NLX A;  1WLJ A;  4FZY A;  2QWR A;  1TKZ A;  4GV9 A;  4ILH A;  2E1Z A;  3B8A X;  4JI8 K;  4YOW A;  3SQ1 A;  4AHR A;  1S1V A;  4JN4 A;  4F4K A;  3D7E O;  3D2E A;  2BTF A;  2Q0U A;  2FSK A;  4CF8 A;  3E01 A;  2FSN A;  2O8F A;  4CF0 A;  3IFR A;  3ASM A;  4JKC A;  2QWO A;  4JV5 K;  2WFB A;  3C95 A;  3TTF A;  4B08 A;  4O8U A;  1BI4 A;  1TUU A;  2BE2 A;  3AVC A;  3TAP A;  2ITM A;  4DSE A;  3C6A A;  4YFU A;  1S1W A;  2VQF K;  4CIG A;  4ISF A;  2VGN A;  4OGE A;  3GL1 A;  5AQU A;  3QDK A;  5KRT A;  1NGJ A;  5HP1 A;  3M8Q A;  1IKV A;  4KI6 A;  1Y64 A;  2RKI A;  4BQL A;  4JYA K;  3DLB A;  1N36 K;  3NAE A;  1Z05 A;  3AVA A;  4KTW A;  4FJ7 A;  3F5T A;  4B1W B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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