3J7ZO

Structure of the e. coli 50s subunit with ermcl nascent chain
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
DKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S ribosomal protein L32
publication title Drug Sensing by the Ribosome Induces Translational Arrest via Active Site Perturbation.
pubmed doi rcsb
total genus 33
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j7zO00
3CXCM 3CCSN 1M1KO 1VQNN 1N8RO 3CD6N 3CCUN 1K9MO 5JVHL 1KQSM 3PIOL 2QEXN 5HL7L 3CMEN 4WFBL 5DM6L 3CF5L 1QVGM 1VQON 3CPWM 3G4SN 3I55N 4UY8O 1YI2N 1VQ5N 2ZJRL 2ZJPL 1Q82O 5GAHP 1KD1O 1W2BM 1S72N 1YITN 3CMAN 3CCJN 3CCMN 1ILYA 4WF9L 1YJ9N 1NJIO 2OTLN 3J7ZO 1JJ2M 3CC2N 1VQ7N 1VQ6N 5JVGL 2QA4N 1Q81O 2ZJQL 1VQKN 5GADP 4WCEL 3I56N 5MLCQ 3CCVN 3PIPL 4IOCL 1YJNN 1K8AO 3G71N 5DM7L 2OTJN 4WFNL 5GAEP 1KC8O 4WFAL 1YHQN 3CCRN 1YIJN 3CCQN 4IO9L 1Q86O 1YJWN 1VQ4N 4IOAL 3DLLL 1M90O 1K73O 3G6EN 1OVYA 1Q7YO 1VQLN 3CC4N 3CCLN 1VQPN 3CC7N 1VQMN 1VQ8N 1QVFM 5H1SQ 3OW2M 5GAGP 4U67L 3CCEN 1VQ9N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C94A 4WQ4C 2PFUA 1S5JA 5BRHA 4F3OA 4BRPA 1KFSA 4FLXA 5AQHA 4FJHA 1YF5L 4ILHA 4O8KA 1I3AA 1VRTA 5AQLA 1JLBA 3P83D 4FOEA 4A57A 4CEEA 4O0IA 4BRIA 4AHTA 5AQXA 3HOSA 3KLEA 3HBTA 2OYQA 3KWGA 4RCHA 3SAFA 3I55N 3ZSQA 1Q82O 2OANA 2YNFA 4BRAA 4DR3K 4BRHA 3DLBA 1S1WA 1GLDG 1RT7A 3OYDA 2E5LK 3CCJN 3BDPA 4JI4K 1XNQK 3ENHA 3AV9A 3AO2A 3RSEA 2VWJA 1C0MA 4E89A 1T03A 3QERA 5T7BA 4PKGA 2JWLA 2W40A 4HUGA 4C8MA 4IJNA 1W9HA 5JVGL 2HHTA 3WT0A 1QSYA 3E66A 4DFKA 1JCGA 1UA0A 3RMDA 2F8SA 3E9LA 2PYLA 4FCYA 4DSFA 4BR0A 2Q1NA 3PSFA 4KHUA 3U9ZA 3H08A 3PV8A 5AQZA 1IBMK 1YIJN 2P9IA 1MA9B 4B9NA 3KKSA 1KVBA 2NRTA 3VF2A 3RR8A 4ELUA 3HPHA 4CEAA 4LF5K 2YHBA 1VQLN 3CJCA 3ENBA 2KFNA 3A8YA 3V9ZA 3HJFA 5JS2A 2A6AA 1KTQA 2BUPA 3CC7N 3T7ZA 2YNGA 4RG8A 1ZBIA 4ID1A 1T8EA 5A2QO 4FJMA 3HT3A 1F21A 3LALA 4KHQA 5ADXA 4LSNA 3AA2A 4GKKK 3V1QA 1VQNN 3OYEA 4CJVA 1NK0A 3O4QA 1IKXA 2P9LB 4J2DA 4Z94A 1KXPA 2ZGZA 3AVIA 1K9MO 2G8IA 1ATNA 1BL3A 3LL3A 3HM8A 2VYPA 4JYAK 3P5JA 5HL7L 3T3FA 3NAEA 3CM5A 1VSDA 1D4XA 4JKGB 3O3FA 4HUEA 4DR4K 4H5TA 4QS7A 1FJGK 3L3UA 4BVPA 3EYZA 4EIAA 3L2RA 3P1GA 1YI2N 3F9KA 4LFBK 2HHUA 2QWMA 3SMPA 1ZBLA 3ASMA 1V4SA 4GVMA 3NGIA 1HYVA 4JI3K 1V4TA 2O8DA 4KHWA 1D5AA 4LFCK 4E0DA 4GV3A 4FSVA 4CD1A 2BTFA 4RW8A 3AY9A 2G8WA 1DTQA 4YY3K 4KI4A 2UXBK 5LJWA 4JS4A 3V1OA 1KVAA 1ASUA 4DSEA 3K9JA 2IGIA 1W97L 2BE2A 4B1ZA 1XMQK 1NGDA 4DHYA 3NF7A 3NH2A 3QESA 1JLEA 5MLCQ 4IJAA 1QSLA 1NGHA 3PIPL 2E2OA 5AQVA 1MWKA 2DTUA 2UXCK 2O8CA 2BDPA 4JI0K 3ZCMA 1WSGA 4BRDA 3CCQN 3SAHA 1GLEG 1OKJA 3SJJA 4DFPA 4J2BA 1GLBG 1TKXA 4DTOA 4X66K 4HHTA 4DR5K 1IG9A 1C0TA 4L8RB 3PY8A 5EU7A 4LD0A 4HVJA 1BIZA 1RBTA 2QTDA 5AQWA 3CCEN 3KVGA 1TK5A 3BUZB 3MWPA 5AZIA 4YOWA 3ZSXA 2IS3A 1VQ9N 3LDLA 4XH5A 3HRGA 3VEYA 3QINA 1BIUA 2DFEA 3TR8A 4BE0A 4JKBA 3OYNA 4J2AA 3O08A 1N33K 5FLXO 1BHLA 3VESA 4NYNA 3CD6N 4M3TA 1S3XA 4F3TA 1Z26A 2NRRA 5C42A 4HTUA 5C2DA 1HKCA 4OPHA 4DWIA 2OPSA 4FLVA 3DI6A 4CZLA 4JD2A 4OGCA 3RMBA 3KD1E 3VERA 4WFBL 5DM6L 3NE6A 3DRPA 4DKWA 1T7PA 1BA1A 2ITMA 3L6QA 4DQPA 5KPZA 4CF2A 4EZ9A 5FPNA 1RCHA 3FZLA 4JK9A 3VQ9A 2HHVA 2YHWA 1U47A 3KIOA 4AQYK 3MK6A 2P9SB 4MO5A 4KTWA 3NCIA 2GEMA 4XH1A 4JK7A 1RDWX 3LAMA 3AVJA 4DR6K 4M63C 2NUBA 1ATSA 3DAWA 5AQIA 2IC3A 3VQ5A 2B6AA 1QHAA 5AJ3K 4AF1A 4B3TK 4QS9A 4BRGA 4BACA 3IDHA 3LP3A 3C6TA 2RF2A 4CEBA 5HOOA 1NOZA 2EHGA 3EE8A 4GVEA 1NWKA 4QCLA 3MEDA 1U6ZA 5AQOA 4OGEA 1VQKN 3C7NA 4MQ3A 4K8XA 5KTQA 1HYSA 2VWKA 3NGZA 4L3QA 1OH8A 3CQXA 5DM7L 2JLEA 3C6UA 4G1QA 3DXMB 3ZT2A 2XY5A 5IT9O 1QTMA 1D8YA 1G15A 4BDPA 3CETA 4DF8A 3D45A 4E7JA 3VEWA 3I0RA 5AZJA 4DG1A 5JICA 4A59A 4DR1K 3TSQA 4BQLA 3CCLN 1WSFA 1GLCG 1O13A 3DWLA 3MXIA 1QVFM 4KREA 4BRMA 4DCHA 2WUSA 4CIGA 3MX5A 4JHDB 2YKMA 1RNHA 1T05A 3VQDA 2NNWA 1Q9YA 4BR9A 3FLCO 3M1FA 4O5BA 3LP0A 3O6WA 4H5WA 2YI1A 3C6AA 1JL1A 4A5AA 4C8LA 3W3DA 3KWIA 4E1NA 3R1XA 3SPZA 5JLFA 4DV2K 4CGHA 1Q8IA 4IOXA 3OA9A 1OVQA 1VQON 5EY4A 2O8FB 3CPWM 1GOBA 3AVAA 1RTHA 1U45A 1LWFA 4RWTA 3VQQA 3OYFA 1Z25A 3TAEA 3JSMA 2P9UA 2G8KA 4N47A 4DB3A 4CF1A 3HL8A 4BC3A 1HNZK 1BISA 2YJEA 1A5WA 3WXKA 2UU9K 2YKNA 5BREA 3WNFA 3WXLA 1NK4A 3UKRA 2P9PA 2E2QA 2VGNA 4BRKA 1TGOA 2A40A 5CZ1A 5BRFA 4AHCA 3RVCA 3BF1A 1Q81O 4CECA 2G8FA 4CW7B 4H4MA 2ASMA 2QXLA 5AQMA 2CGLA 3IG1A 2YNIA 3AVKA 4K25A 1WAJA 1NJZA 4DU1A 1JLAA 4KHYA 5GIPA 4KAZA 2I7PA 4DUZK 1KSPA 4M3WA 3E9PA 4IO9L 3TSPA 3G0ZA 4DV5K 1Y64A 1RT6A 2ASOA 2HBJA 3TAMA 1QQMA 4NLBA 4NCGA 4KHSA 3AA5X 2D0AA 4KBOA 3F5TA 5AQQA 2A41A 1WBBA 3CJ7A 1RT2A 5LJVA 3O4NA 2GWKA 3FR0A 4IXCA 4YDUA 1FW6A 1X9MA 4BREA 2ZM6K 4LF9K 3HM9A 3HK2A 3SYZA 3MN5A 4FLUA 3IMXA 5CZ2A 1KAZA 1HKGA 4GMJB 2WBNA 4I2QA 3ZSWA 1NU0A 1RDDA 2HNZA 3TARA 3LAKA 3O1BA 1T6CA 3QMLA 3LDSA 1ZC6A 1QSSA 3MEEA 4N76A 2FF6A 5EX5A 2GELA 2P9NA 1HNVA 3U3GA 4B8AB 3HOTA 2XY7A 3O4WA 3RR7A 1OH5A 3NDKA 1R0AA 5KPRA 3IUCA 3CIPA 2FBYA 4K0KK 4I9LA 4JN4A 5AFUA 3L0QA 5FRMA 1VK0A 2NZTA 5CY4A 4EAHD 3VOVA 5I3UA 1SKWA 1LWCA 1IKWA 3PO4A 4K8ZA 2QWLA 1GOCA 3H6EA 3AVNA 2ATQA 4K42A 1P8ZA 5AQYA 3THVA 3AVGA 3FZKA 4OPAA 4DS5A 3V9UA 3P38A 2ETJA 3CG7A 4OKEA 1WSJA 4AM6A 1A5XA 4CZKA 2UUCK 2IVOA 4AM7A 4DTMA 1J5OA 4IKFA 3HZ6A 3ZT3A 3S41A 2A1RA 4B1VA 4FJJA 4PQUA 4EHUA 1J54A 2OPQA 3VA0A 4RW6A 4E7HA 1NGBA 1E4GT 1VAZA 1OH6A 2UYTA 3K59A 1VSKA 1JCEA 4IDHA 4FWQA 1NBWA 4IZ9A 3TTDA 5J2PA 3QEVA 2ZWHA 4JS5A 4B9MA 4FW2A 1VQ8N 3TSUA 5KRSA 3OW2M 4WQ4A 3S9HA 4CVNE 3CJ1A 4IDKA 3RSEB 4HUFA 2D0CA 1M1KO 4ISFA 1FK9A 4FM2A 2O8EA 1WSEA 4DTJA 1N5YA 1YXQA 3CCUN 1W7AA 2BH1A 1JXBA 2X6SA 1S22A 2VCPA 3CJAA 4B9QA 4FWMA 2QK9A 2FC0A 2FSNA 4E7LA 1XQSC 2Y1JA 2KQ2A 4CGGA 4B9LA 3M8QA 4C8KA 2IAJA 1HJOA 3AA4A 3CF5L 4XEIA 3RWUA 4MLHA 3KK1A 2P9IB 2Q36A 5JLHA 3G4SN 4BVOA 5GAHP 2EWSA 3DLGA 2BGGA 2NLXA 1C1CA 3OYGA 1NK7A 1HNWK 4H0TB 1HNXK 4ZTFA 2FBXA 4FJNA 1TV6A 1NJYA 2ASPA 4H0XB 4EHTA 1NK8A 3VGLA 4JI8K 1EP4A 3IFRA 2E1YA 3OJSA 2XY6A 1NGAA 2P5GA 4DV1K 2E88A 1NNEA 1UAXA 3I56N 4CZFA 4Z4CA 4FJGA 3E1YA 4E19A 1SL2A 4JKAA 4NXNK 4DQSA 4H0VB 4JV5K 3ATVA 2D5RA 1HKBA 3MEGA 3L4QA 2I5JA 1Q86O 3MN7A 3K5MA 4ILJA 2EX3A 1BA0A 3S3MA 3LPTA 1JLGA 4CE9A 1RDCA 4CEQA 2NRZA 1JXEA 3NBPA 4FJ7A 3HYFA 4KH6A 3BY5A 4FWSA 1EKEA 2WTUA 4CIEA 4FJ8A 3VEVA 1XNRK 4M7YA 3H3NO 4YOVA 2O8DB 2F7TA 2X78A 1QQCA 4DQ8A 4IFYA 3D2EA 3A5LC 1GLAG 3KJVA 3SPYA 2NRVA 1TK0A 1WOQA 4ELVA 4F2SA 1TAUA 1RT1A 2YX6A 3VQ4A 4AHSA 2QWOA 1YVNA 4BGAA 3OYCA 3R9PA 3HPOA 4FO0A 2PZSA 3LDQA 3UE5A 4E1JA 1KQSM 3PIOL 2CH6A 2RHKA 3DRRA 3MXJA 1CZ9A 1ZYQA 3KLIA 4Z0UA 1BWFO 4DU4A 1P90A 4JKHA 1C0FA 4OLAA 3DMJA 2UUAK 2O8CB 4RTFD 2V52B 3LDNA 3R6MA 2KZMA 1NGEA 1J9AA 4FOIA 3TTFA 4ISEA 4ISGA 1VQ5N 1IKVA 1ASWA 4A61A 3C65A 1KD1O 5CHIA 3AO1A 3O9RA 1NGIA 3GE1A 1I94K 3THYA 4CBXA 4FLWA 2QWNA 2W42A 1CXQA 4JK8A 3ZX0A 3K5LA 4DSKA 3AGKA 2HB5A 4JNEA 1NKEA 4Z4EA 2FF3B 3FZMA 1NG9A 4CF0A 4ELTA 2P9KA 2RE2A 3NF6A 2FLOA 5C12A 2ZJQL 3KHYA 3OYJA 4H03B 4BDYA 4NB4A 3M8PA 4FYDA 4H0PA 3QETA 1LAVA 1OH7A 4B9TA 3CFPA 3K5NA 4FLYA 4B9SA 1U04A 2OTJN 1KC8O 1TL3A 3DJCA 4N56A 3T1YK 4OLBA 5LL6Z 3SBGA 1X9SA 4JD2B 2ZE2A 4DQRA 4PY5A 3O9TA 3JS6A 4AHVA 2UUBK 1VSEA 1NGCA 3AO5A 1QS4A 4FXDA 3P31A 5AQUA 3KLGA 3OS0A 5GIOA 4BC5A 1VSLA 3D2FA 1E4FT 2Y1IA 3TWHA 2NRXA 1VQPN 4FVUA 4DSIA 1YT3A 5M1FA 2OPPA 3CQYA 2HF4A 1N34K 1UA1A 4MFBA 4KFBA 1RT5A 2DY4A 4MDAA 3AVLA 3VEOA 3QEWA 1X3MA 5AQPA 2O8BA 3LDPA 3QFUA 2OCEA 1B9FA 3F2KA 4O8UA 3QFPA 4KHNA 1BOTO 4CD3A 1SL0A 3EE9A 3CFOA 5HRNA 5BPMA 4AILC 1QQNA 4KI6A 3SJHA 1U2VA 1FKOA 3V1RA 4AHRA 3C7NB 3ZSRA 1VHXA 1HX1A 5J2MA 4JRQA 3SUOA 4E7IA 2IVNA 4OKKA 3THWA 2P9LA 1K8KA 4G9ZA 3WQUA 1QVGM 4CGIA 4H4OA 4ILGB 4CJKA 3PO5A 3VTIA 1HPZA 1TUYA 2KFZA 5BPNA 3KK2A 2F9TA 2FBTA 3VA3A 3VENA 2E2PA 4IWVA 5C10A 1VSJA 4M3RA 1HPMA 5GINA 4BR5A 3UB5A 3DLRA 3ZSVA 3CCMN 3LZJA 1B92A 3MXMA 2HMIA 3DOKA 4FWNA 1KAXA 4CJEA 1YJ9N 1RBSA 4YHHK 1IG8A 5HP1A 1VQ7N 4ICLA 4BDZA 1QQOA 2Q97A 5AQKA 4B8CA 1I39A 1RBRA 2VG6A 3OJUA 2OA8A 4FK2A 4CK3A 3ZSOA 3OBYA 3ZT0A 3LM2A 3CCVN 3DRSA 1JL2A 1YJNN 4V19S 4CEOA 5KI6A 2D4WA 5GAEP 1NOYA 4B9VA 1SUQA 4GY2B 5AFUH 4B3MK 3G6EN 4DTRA 3MWTA 1IO2A 3HPGA 3EO3A 1IJJA 2D1KA 3QIPA 4H8KA 2J4RA 2P9UB 3EKUA 4OJRA 3ZYYX 4CEZA 4MLEA 3AVMA 3WNGA 5KGWA 4DF4A 4Z4GA 3OYIA 1KLMA 4CZMA 3WUHA 3L4IA 4C1NK 3UKRB 3NH0A 4I9QA 2DFHA 5FPMA 4F2RA 1BQNA 5EXWA 1TVRA 5JVHL 4DR2K 3M3ZA 1WLJA 3RTVA 1DTTA 1EX4A 1H1VA 4N41A 3F73A 3S3NA 3G25A 2R7YA 1HQEA 3VEZA 4JI1K 4Z4HA 3THXA 4K43A 1N6QA 4DV4K 1TKDA 3HSCA 1GLJO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C94 A;  4WQ4 C;  2PFU A;  1S5J A;  5BRH A;  4F3O A;  4BRP A;  1KFS A;  4FLX A;  5AQH A;  4FJH A;  1YF5 L;  4ILH A;  4O8K A;  1I3A A;  1VRT A;  5AQL A;  1JLB A;  3P83 D;  4FOE A;  4A57 A;  4CEE A;  4O0I A;  4BRI A;  4AHT A;  5AQX A;  3HOS A;  3KLE A;  3HBT A;  2OYQ A;  3KWG A;  4RCH A;  3SAF A;  3I55 N;  3ZSQ A;  1Q82 O;  2OAN A;  2YNF A;  4BRA A;  4DR3 K;  4BRH A;  3DLB A;  1S1W A;  1GLD G;  1RT7 A;  3OYD A;  2E5L K;  3CCJ N;  3BDP A;  4JI4 K;  1XNQ K;  3ENH A;  3AV9 A;  3AO2 A;  3RSE A;  2VWJ A;  1C0M A;  4E89 A;  1T03 A;  3QER A;  5T7B A;  4PKG A;  2JWL A;  2W40 A;  4HUG A;  4C8M A;  4IJN A;  1W9H A;  5JVG L;  2HHT A;  3WT0 A;  1QSY A;  3E66 A;  4DFK A;  1JCG A;  1UA0 A;  3RMD A;  2F8S A;  3E9L A;  2PYL A;  4FCY A;  4DSF A;  4BR0 A;  2Q1N A;  3PSF A;  4KHU A;  3U9Z A;  3H08 A;  3PV8 A;  5AQZ A;  1IBM K;  1YIJ N;  2P9I A;  1MA9 B;  4B9N A;  3KKS A;  1KVB A;  2NRT A;  3VF2 A;  3RR8 A;  4ELU A;  3HPH A;  4CEA A;  4LF5 K;  2YHB A;  1VQL N;  3CJC A;  3ENB A;  2KFN A;  3A8Y A;  3V9Z A;  3HJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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