The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
207
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structure length |
198
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Chain Sequence |
FGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Lassa virus
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| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| total genus |
51
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| structure length |
198
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| sequence length |
207
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q7C A; 4FVU A; 4GV3 A; 4GV6 A; 3MX2 A; 4GV9 A; 3MWP A; 3MX5 A; 3R3L A; 3Q7B A; 4GVE A; 3MWT A; 4G9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RBV A; 2HF4 A; 3CET A; 5HRN A; 3VQ7 A; 1XMQ K; 3CJA A; 1FXX A; 2P9U B; 3D7E O; 3HXM A; 5I9E B; 1WSG A; 4OKE A; 1X9M A; 1RBT A; 4RG8 A; 3NF8 A; 4KI6 A; 4CJ3 A; 4JD2 B; 4QS9 A; 4FK4 A; 4CZF A; 3EZ5 A; 1MWM A; 4CJW A; 3QNO A; 2HNY A; 1TK0 A; 3OY9 A; 4A57 A; 4KRE A; 1RTD A; 4RW9 A; 2AP1 A; 5BR9 A; 4OKK A; 3EYZ A; 2XO7 A; 2PAV A; 1C1A A; 2KTQ A; 3THV A; 3CC7 N; 3SJJ A; 2O8B A; 5C0Y A; 4B8C A; 5AQO A; 4QOZ B; 3HBT A; 3QFP A; 1DTT A; 4NO7 A; 1BL3 A; 3I56 N; 3LAL A; 4H5R A; 5AQJ A; 4FOI A; 3FR0 A; 4BRF A; 5AQG A; 3QES A; 4B9N A; 5SWM A; 4DQP A; 3KKR A; 3GE1 A; 3FZH A; 4CGI A; 5HRR A; 4LF6 K; 2OTJ N; 2Q3S A; 2RF2 A; 4LC9 B; 4CJS A; 1ZXO A; 3L2V A; 3WEE A; 4C1N K; 3DXM A; 1A5X A; 4FLU A; 1RDB A; 4B08 A; 4XH4 A; 3SQ0 A; 3TSU A; 1D4X A; 1ASW A; 1KAX A; 3MWT A; 2VWJ A; 3Q7C A; 4G1Q A; 2CGK A; 2VCP A; 5AQT A; 4PKI A; 1L3U A; 5J1E A; 4XEI A; 4OVL A; 4C8N A; 4Y0W A; 4B8A B; 2HBL A; 3AGK A; 3H08 A; 3O8M A; 3P83 D; 2I7N A; 4CGF A; 1LW0 A; 3OYF A; 2FF3 B; 1J54 A; 3CER A; 2XY7 A; 1G99 A; 3SCX A; 5HRS A; 2XY6 A; 1X3M A; 1X9W A; 2F4V K; 1WBD A; 4KTQ A; 4Z4E A; 3VQQ A; 1E3M A; 4H0X B; 4JI4 K; 1S9E A; 1WSI A; 5CY4 A; 1F21 A; 4O8U A; 3NVK A; 4FWK A; 2ZJR L; 1XC9 A; 5D3G A; 5EX5 A; 3DRP A; 1ZBL A; 3WNF A; 5T7B A; 4DR1 K; 3HT3 A; 3MED A; 4JI6 K; 1S72 N; 1W0H A; 1YF5 L; 4CF1 A; 1C0M A; 4E7L A; 2HHU A; 4OGC A; 3KLG A; 1RT2 A; 5FRM A; 3MCA B; 1D5A A; 4CHN A; 4FVM A; 3HVR A; 2ZJQ L; 2B5J A; 1J53 A; 4FW1 A; 4DKW A; 4Q0B A; 1WSH A; 4XH1 A; 3DMJ A; 1HJR A; 4CD3 A; 1NGG A; 1YXQ A; 4CER A; 3LZI A; 3G10 A; 4E0D A; 4M3U A; 4GKJ K; 3RSE A; 1JCE A; 5F2R A; 4X66 K; 3IAY A; 2E1Y A; 2WOM A; 3DXM B; 3VF2 A; 4DV4 K; 4CJF A; 1XQS C; 3SUQ A; 3T7Z A; 2GUP A; 1WSJ A; 3HK2 A; 4ELV A; 3HOT A; 4MQ3 A; 4HCC A; 3MX2 A; 2RE2 A; 1NK0 A; 1RDW X; 5CE3 A; 3TPQ A; 4H0P A; 4CFD A; 2YHA A; 1SL0 A; 4DUZ K; 1BOT O; 3QIO A; 3O4W A; 4M3X A; 2E6L A; 4K25 A; 4AHC A; 3UKU A; 3KWG A; 2QTD A; 4NLB A; 4E89 A; 2EX3 A; 3LL3 A; 4UQG A; 3KZB A; 1YJ9 N; 1VQ7 N; 3C6T A; 5C24 A; 4PL7 A; 4RW4 A; 1FW6 A; 2E1Z A; 4FLZ A; 3TTC A; 3CJ7 A; 4JRP A; 2O8C B; 3OYL A; 4OGE A; 3MCP A; 4CJU A; 2ZE2 A; 3K9K A; 1MU2 A; 3J7A P; 3MN7 A; 1VQK N; 3DLB A; 4GV3 A; 1HJO A; 5E84 A; 1HYV A; 5E41 A; 4DSF A; 3OA9 A; 2D5R A; 2I7P A; 2Q97 A; 2P51 A; 4CHO A; 2UUB K; 3SQ4 A; 1NJI O; 4A2B A; 5AQI A; 3V4I A; 5DM6 L; 2FSJ A; 4GNI A; 4BC5 A; 4CGH A; 4EZ6 A; 1ATR A; 2WON A; 1S1V A; 5BN8 A; 5ADX A; 3EEQ A; 3RSE B; 2PBD A; 1FKO A; 3AA3 A; 1VSD A; 5C2D A; 1XHZ A; 4IKF A; 3LDL A; 4W5Q A; 2BDP A; 1GLB G; 1Q9Y A; 4GV6 A; 4R79 A; 1RTH A; 3O3F A; 2HHS A; 3SUN A; 1JL1 A; 3OS0 A; 1JLC A; 3J7Y P; 4KV8 A; 2G8V A; 2O8E A; 4CK1 A; 3DXK A; 2X6N A; 4O0J A; 4OPJ A; 4FWM A; 1ZBI A; 4CJL A; 2KFN A; 3UKU B; 3HP9 A; 3E66 A; 3V1R A; 2FSN A; 4FJI A; 4DB3 A; 1KVB A; 3NGI A; 1VQL N; 1HNX K; 4Z4H A; 1BGX T; 4BC3 A; 3CCE N; 5AQL A; 4Z0U A; 3CFP A; 4CVN E; 3L3V A; 1SKR A; 1K8K A; 4B9M A; 1QE1 A; 1T7P A; 2RN2 A; 2NZT A; 3AV9 A; 4B1U B; 2BAN A; 4CIE A; 3OYJ A; 1KFS A; 1VQM N; 3G25 A; 2O8D A; 4JI5 K; 4M3Y A; 4N56 A; 3S3O A; 1JCG A; 4DU3 A; 1WAF A; 3IFR A; 4YFU A; 2HW3 A; 5FDL A; 1JL2 A; 2X74 A; 3V9Z A; 4DF8 A; 1OH7 A; 3S9H A; 2E5L K; 4CJP A; 5BR8 K; 3L0Q A; 4NB4 A; 4JKC A; 1Z26 A; 3OS1 A; 1SZ2 A; 2YHY A; 3ZX3 A; 2UXD K; 1X3N A; 2VG5 A; 3FZL A; 1U45 A; 4EHU A; 1EWQ A; 1QVF M; 2O4I A; 1GOA A; 1NJY A; 4W5O A; 2HBK A; 3KLI A; 2E20 A; 1HNZ K; 4H4O A; 3CCQ N; 3WXI A; 1OKJ A; 2HBJ A; 5AQN A; 4FJJ A; 4LF8 K; 4KB0 A; 3TR8 A; 1HNI A; 1QHT A; 2VWK A; 3R9P A; 3I55 N; 4EIA A; 2O8E B; 2VQE K; 2P9P B; 3ITH A; 3DXK B; 4JI2 K; 3T69 A; 5LY3 A; 4CZG A; 1C0F A; 2QWP A; 2ZWH A; 1GLE G; 3ULE B; 1QZ5 A; 3DLL L; 4LF9 K; 4ILH A; 2EHG A; 3MDQ A; 3AA4 A; 4CEC A; 4LFB K; 3OHR A; 4LD0 A; 3L2Q A; 4KTZ A; 3KLH A; 3V6D A; 5HL7 L; 1K8K B; 5I3U A; 2A1S A; 3N4Q A; 3U4L A; 3O6W A; 2ZD1 A; 5J2N A; 4GVM A; 1ASU A; 1HMV A; 4A5A A; 2KLA A; 4DQI A; 1U2V B; 4A5B A; 1NK9 A; 2P9L B; 3H3O B; 3NBP A; 4CHY A; 3CMA N; 1TKT A; 1JLQ A; 2XHB A; 4Z94 A; 4OKJ A; 1N6Q A; 2E2P A; 5KPZ A; 2HHX A; 4F3O A; 3QIP A; 4BG9 A; 1IKV A; 2R7Y A; 4JI8 K; 4BVO A; 4FLW A; 3KTQ A; 2NRW A; 2W41 A; 3J7Z O; 2PY5 A; 1DTQ A; 4YY3 K; 4A2A A; 3T1H K; 4CJQ A; 4BDY A; 4O44 A; 4OPH A; 4BR9 A; 5HP1 A; 3M3Z A; 4B1Z A; 3K57 A; 3FFI A; 2KZM A; 3CC2 N; 4GY2 B; 5EXW A; 4X62 K; 4DLE A; 1CZ9 A; 5BRH A; 1RBU A; 2QWM A; 4WQ4 A; 5AQU A; 1Q82 O; 2P1J A; 3SQ1 A; 2YJF A; 2DFE A; 1T6C A; 4OJR A; 3S41 A; 5FRN A; 4RW6 A; 3QEP A; 3IMX A; 4BQL A; 1NGI A; 1RNH A; 3OVN A; 1N5Y A; 4E7I A; 1S22 A; 1LV5 A; 2BTF A; 2NRX A; 3ZSO A; 4FJL A; 4NYN A; 1JJ2 M; 1I39 A; 3Q7B A; 4GMJ B; 3TU5 A; 4BRC A; 1GOB A; 3TAQ A; 3IUC A; 4PL8 A; 2F9W A; 1P90 A; 3V81 A; 1M1K O; 1IKX A; 1BCM A; 1SL1 A; 3SYZ A; 2FBY A; 3KD1 E; 3L8B A; 2G8U A; 4EFH A; 4IFY A; 1NU0 A; 4IEE A; 2BGG A; 3IG1 A; 5GIO A; 4N5S A; 4FM2 A; 3WT0 A; 4YOU A; 1JLE A; 2OTL N; 1QHA A; 4QAG A; 4AM7 A; 2JWK A; 2YKN A; 1RT1 A; 4FSV A; 4BE1 A; 5KTQ A; 1N32 K; 4CF8 A; 3ZET A; 3QB0 A; 3AVB A; 3V9X A; 3LAK A; 4IBN A; 1UAX A; 1NOY A; 1QQC A; 2RKI A; 3OTO K; 3DAW A; 3VQ6 A; 4DR2 K; 1HLU A; 4K43 A; 3U3Y A; 3TAG A; 3HST B; 3QLH A; 5AQS A; 2NUB A; 2NRV A; 4CEA A; 3M5R A; 3OYA A; 2E8A A; 2W6L A; 5BRD A; 3LDS A; 3L4I A; 3H45 C; 3HPG A; 3AO3 A; 4O0I A; 3L4Q A; 1J6Z A; 1VSF A; 4DV0 K; 4G9Z A; 4AHT A; 5AZI B; 1KVA A; 3SK3 A; 4BRL A; 4B3S K; 1GLJ O; 4NYF A; 2P5G A; 2E2Q A; 1JKH A; 3GBT A; 1J9A A; 3PSI A; 3T1Y K; 1U6Z A; 1W97 L; 3OBY A; 3I0S A; 3TTD A; 1S1W A; 4B1V A; 1JLB A; 4MDA A; 4H5N A; 3O08 A; 1NMN A; 4JKB A; 2ZGY A; 1YJN N; 1HNW K; 2ZJP L; 5BPM A; 4TSX A; 3GOI A; 3UIQ A; 4JI7 K; 1JCF A; 3KKS A; 1BIS A; 2CH5 A; 4B3M K; 4FPA A; 1YIJ N; 4JV5 K; 4FLY A; 4FLT A; 4Z4C A; 4CJR A; 5AQK A; 3VQE A; 3V9W A; 3CJ1 A; 3E1Y A; 3O9R A; 3HPH A; 3PY8 A; 4KH6 A; 3O9T A; 3QBW A; 3DOL A; 2X78 A; 1HKB A; 2Q36 A; 3ZET B; 5IT9 O; 2HHT A; 3TTF A; 3NFA A; 4C8M A; 3K58 A; 4JKG B; 4ZTF A; 4FWR A; 4BGA A; 2YHW A; 4CJ5 A; 3VQP A; 5J2P A; 1C0U A; 3D2E A; 1SKS A; 2Q0R A; 1BA0 A; 4CHP A; 1TYQ A; 5GAG P; 3CHW A; 5AQV A; 4HHT A; 4IJA A; 3MK6 A; 4CEE A; 1RT4 A; 3ZSV A; 4M42 A; 2HHQ A; 1TGO A; 1NK8 A; 4OPA A; 3CFR A; 5J2Q A; 4E7J A; 4KHU A; 4PA1 A; 5JLH A; 4GW6 A; 4CE9 A; 4CIF A; 2HHH K; 2D1K A; 3NAE A; 2Z1G A; 1CXU A; 4W5T A; 3DI6 A; 2XY5 A; 3WNG A; 1YI2 N; 5DK5 A; 3F73 A; 1SQK A; 3KVG A; 1RT7 A; 3M8S A; 4LSL A; 2VQF K; 1KXP A; 3R1X A; 2QM1 A; 5M1K A; 3VTI A; 3G0Z A; 1EP4 A; 1Z25 A; 4FWL A; 2Z1H A; 4N41 A; 4M41 A; 2CH6 A; 3QIN A; 4HUE A; 3U6F A; 4DTU A; 2QWQ A; 1T03 A; 2NRR A; 3CCL N; 1HYS A; 1T3V A; 2JWL A; 3AVH A; 4BRQ A; 5FPN A; 3F5T A; 3KK2 A; 5JVG L; 5GAD P; 3AO5 A; 4C1N I; 5HLF A; 1ATN A; 1BIU A; 4PWD A; 2PFU A; 4IFE A; 3SPZ A; 3SQ2 A; 1RBS A; 3VF4 A; 1BA1 A; 2ITG A; 1I94 K; 4Z4G A; 2WFB A; 1RDC A; 4E1M A; 4HTU A; 1Q7Y O; 1UA0 A; 4DTJ A; 3TAF A; 3T3F A; 3D2E B; 3A8Y A; 1GLL O; 1VRU A; 1GLF O; 4HUF A; 3EE9 A; 3W3D A; 1RGI A; 4BRH A; 1MDU B; 1TYQ B; 4JKA A; 1WNS A; 1XMO K; 5AQM A; 1Z6R A; 1WBB A; 1WB9 A; 3H46 O; 3ZCM A; 5LJV A; 4KHP K; 4EZ9 A; 2UYT A; 4CI6 A; 1NM1 A; 5C2F A; 4B3R K; 1K6Y A; 3ZX0 A; 3SZ2 A; 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4NXM K; 1REV A; 4I2P A; 2ZF5 O; 4LSN A; 1Q18 A; 4DWI A; 3MXM A; 1G15 A; 3C94 A; 3MN9 A; 3CF5 L; 3TAM A; 1KSP A; 3S3N A; 1YIT N; 4H5V A; 3NE6 A; 1P8Z A; 2Y1I A; 3PV8 A; 3R8E A; 5KGW A; 4KHN A; 5K14 A; 3VQ4 A; 1TL3 A; 4DUY K; 4CGJ A; 4I6M A; 1BQN A; 3HYF A; 3K2P A; 2PZS A; 3I8B A; 1D9F A; 4QS8 A; 4B9T A; 4QS7 A; 3TAN A; 1NGE A; 2O8F B; 1VQ6 N; 3HPO A; 3CFO A; 3CCS N; 4DFJ A; 4A62 A; 4ZHR A; 1RBR A; 3TAR A; 3SI6 A; 3C6U A; 2DFF A; 5GAE P; 3CJB A; 4FWN A; 4CZE A; 3MXI A; 4ILG B; 4DFK A; 2JLE A; 4MO4 A; 2GUI A; 4B3O A; 1TAQ A; 3C6H A; 3ZT1 A; 1HPZ A; 1ZYQ A; 2P9P A; 5AZJ B; 1S6Q A; 2OA8 A; 4DS5 A; 4NCB A; 3M1F A; 3E9L A; 4FJ7 A; 2DPN A; 3ULE A; 3O5B A; 1N36 K; 1XUP O; 3AO4 A; 4I7F A; 3CJC A; 3CQY A; 4BR4 A; 4DQR A; 3NF9 A; 3IDH A; 1O1W A; 1T6D A; 5C10 A; 1HQU A; 1T44 A; 4JYA K; 1J5O A; 1S6P A; 3WXM B; 1KLM A; 1VQN N; 4W5N A; 3LP0 A; 3TSP A; 1LOT B; 4DR3 K; 3SV4 A; 2P9K A; 2PYL A; 2YNH A; 3C95 A; 1U2V A; 4FJX A; 2VWB A; 2P9L A; 3CQ8 A; 2UU9 K; 4CF9 A; 3SAG A; 3ID8 A; 2QXL A; 1KTQ A; 3O3G A; 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