3O3HA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and manganese ions
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 80
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3hA00
3NH0A 1UA0A 4DFKA 4M3YA 1EXQA 3V9UA 4L8RB 3D45A 4O4GA 4KAZA 3IG1A 4YFUA 1UWBA 1VRTA 3OYMA 3KD5E 1QQCA 1WAJA 4CJ4A 1KLNA 1BQMA 3DRPA 3ZSQA 3OYCA 2XY6A 3IS9A 4CHYA 4W5OA 3O3FA 4E7JA 4DF8A 2PZSA 2HW3A 3SQ2A 5JS1A 1ASUA 3VQ5A 4CHNA 2IAJA 1WNSA 1EX4A 3LWMA 5SZTA 3RRHA 3QIPA 1O1WA 3I8DA 3K5MA 2HB5A 5J1EA 2YKMA 1R0AA 3OYDA 4C8OA 4F4KA 4ZTFA 4BE2A 3VQEA 3K5NA 4B8AB 2BGGA 2EX3A 4PWDA 1HJRA 3CM5A 4M41A 4FLXA 4C8MA 2HHTA 5HBMA 1ZBUA 4CJEA 4CF8A 3AA4A 4OKEA 1XHXA 4N76A 3AVFA 3V9SA 3PV8A 1RTDA 1KSPA 1NJZA 1N6QA 1U45A 3MXMA 3KLEA 3FFIA 2X6SA 4JLHA 3U3YA 1KFSA 4CEDA 1U48A 1WSFA 4IG0A 4KO0A 2YNFA 4CJKA 1JLAA 2OPSA 3EZ5A 4BE0A 4DQIA 5J2QA 4OVLA 3HYFA 4OJRA 1FKPA 3CM6A 2HNYA 2KFNA 3SV4A 4FLZA 1WN7A 3HP6A 2F8TA 1CXUA 4FJ8A 4DTRA 1RNHA 3AA5X 1JLCA 2XO7A 3AVKA 1SKSA 4DTUA 1L5UA 2OZMA 5J2PA 1J54A 2IDOA 3DLRA 4CHOA 1IKWA 3KLGA 3PO4A 4FJJA 4H8KA 4JS4A 4FLYA 4KHWA 5CYQA 3ZSYA 1MU2A 2B6AA 3M8PA 4H4OA 4Z4CA 3KJVA 1D9FA 3OVNA 3V9ZA 4CF1A 4M3ZA 4DQSA 3NFAA 3V1RA 1JKHA 4OGCA 4CECA 1U4BA 4KTWA 1T7PA 3DOKA 4J2BA 4ELVA 4J2AA 3HVTA 3K57A 4B9UA 2VG6A 4BWJA 2Z1JA 3I0RA 3K5LA 4FJMA 2DFEA 3AO2A 4R5PA 1S1TA 4CEAA 1N5YA 1VSLA 4DSEA 1KRPA 3IAYA 4Y1DA 1ZBIA 5C25A 4NYFA 1BIUA 4CCHA 1I3AA 4OKJA 3ZSVA 4AHUA 1BI4A 1A5XA 1X1PA 2P51A 3OYEA 4YNQA 2QKKA 4IBNA 4E89A 3AVHA 3ASMA 3WNGA 3NCIA 3AVMA 4CEZA 2X6NA 3NH1A 4NCAA 1WSIA 4NCGA 4KFBA 5J2NA 4BE1A 2OPRA 3HXMA 1RT6A 3QEIA 2P5OA 3DLEA 3P83D 3HM9A 4FK4A 2A1SA 1S1WA 1D9DA 4CEEA 5HRNA 4FW1A 4CF9A 3HT3A 4GMJB 3ZT4A 3ZSRA 2XY5A 3KLFA 4F8RA 4Z4FA 2Z1HA 4AHRA 3NAEA 2R7YA 1SUQA 3TANA 1NK6A 4CJSA 4B9NA 4RW7A 3QIOA 3HVRA 4LSLA 3AO4A 3SUNA 1U49A 3ZT2A 2X74A 2Z1IA 1KFDA 1RDDA 3LP1A 3AVCA 3VQ8A 4E19A 2GUIA 4RW8A 4O0IA 4B9LA 3LP0A 3ITHA 4HTUA 2HHSA 1NK0A 1VRUA 1WSHA 3LANA 3SJJA 3SPYA 4B9TA 2QK9A 1FK9A 2IS3A 4OPJA 3TWHA 3VA3A 4Z4EA 5FRNA 1WSGA 2ATQA 3OYAA 1VSEA 4E1MA 4W5RA 3DLGA 4B3OA 1TL1A 2BANA 2G8VA 1JLQA 1HMVA 1S5JA 3L2UA 3TAFA 5T7BA 3E01A 2VWJA 2BDPA 1UA1A 4LH4A 3PO5A 3MXJA 3C95A 1RTHA 3LPUA 2E6MA 1F21A 3QINA 3ZSOA 1JXBA 2FBYA 4CJLA 3CQ8A 1TK8A 3VQBA 3VQ4A 3O4NA 4I9LA 1BIZA 4LH5A 3OJSA 3RR7A 4DLGA 1HQEA 1TAUA 2DFHA 3S9HA 3OYNA 3LAKA 1XC9A 3S3NA 1J5OA 4M3UA 5FRMA 1LW0A 3DLKA 3HJFA 1JL1A 4FM0A 1VSFA 5KRTA 1X9MA 3CFPA 3L3VA 3TAGA 4OLBA 3AVIA 1Z25A 3TABA 4JRPA 1KLMA 4H4MA 4Z4GA 4CJ5A 4I7FA 1JLBA 1SL2A 2YNIA 3LP2A 4F2SA 1J9AA 1DTTA 2HNDA 1HNVA 1S9EA 3MECA 3I0SA 2VG5A 3PX4A 1ASVA 1GOAA 4RW9A 2HHWA 3VQCA 4FCYA 2KZZA 5I42A 1HQUA 1YVUA 3C94A 3BGRA 3VA0A 1KCFA 1J53A 3CFOA 4E0DA 1TVRA 4XIUA 3K58A 5HROA 3T3FA 2OPQA 4CGHA 3MEDA 1UAXA 2FBVA 1A5VA 4B9MA 1LAWA 3QEVA 3TAEA 4PUOA 3CYMA 2KZMA 3OYGA 2D0AA 2BE2A 1VK0A 1S1UA 1YTAA 5KTQA 4CFCA 1C1AA 3QO9A 4FZZA 4KHYA 4CEOA 4CJTA 4CK1A 4HUGA 2YNGA 4I2QA 1WSEA 3KIOA 4FLVA 3L3UA 4F3TA 3AO5A 4B9VA 1BCOA 4M45A 4IKFA 4HCCA 1KVCA 4CJFA 4C8NA 1C6VA 4IFVA 1RT2A 4FYDA 3KKRA 1RT3A 2RKIA 4RG8A 4WE1A 2XHBA 2Y1JA 2G8IA 3HPOA 3DOLA 1IG9A 1YT3A 3A2FA 3HP9A 1RDBA 1CZ9A 1RT1A 1RT4A 1TGOA 4B8CA 2YV0X 4CF2A 3AO3A 3ZSXA 1VSIA 1TAQA 5DK5A 2HHVA 4OKKA 1UOCA 2GV9A 2PYLA 3AV9A 2VG7A 4JRQA 3C6TA 3V1OA 3NF7A 3V1QA 1HNIA 4ELUA 1RBTA 4J2EA 3PUFA 2E6LA 2ZD1A 3ALYA 4KI4A 3V4IA 4PY5A 1VSKA 2D5RA 4ID5A 3OS1A 4DLEA 3MAQA 4CIGA 2KQ2A 4DTMA 1NKEA 3VQAA 4C8LA 4RW4A 4CJQA 4FW2A 1RTJA 5HRRA 3AVJA 3M8RA 1IO2A 4E7IA 1GOCA 4BACA 2F96A 1XI1A 4AHTA 2GBZA 3L2WA 4FLTA 2ZE2A 4DU4A 4KHQA 3KTQA 5JS2A 3K5OA 2YKNA 4FZXC 1BL3A 3SYZA 3SQ4A 1JLGA 4F3OA 4IDKA 1U04A 3SZ2A 3OYFA 3PX6A 2OZSA 1L3SA 4CGJA 4IG3A 5DMRA 3VQQA 5K14A 3KK3A 4DTOA 3SCXA 3AVLA 5EU7A 3OYLA 4E7KA 4BDYA 3UIQA 4Z0UA 4FM1A 4DSFA 3SPZA 2X78A 3L8BA 2O4IA 1S1VA 1IH7A 3RMBA 1BI4B 4DS5A 3QNNA 1RBSA 4HCBA 2AJQA 1HYZA 4DG1A 3AO1A 3M8SA 2ZQBA 3MEGA 3T1AA 3SUOA 5D3GA 3VQPA 2HMIA 3NF9A 1X9WA 3P5JA 3ZCMA 1QTMA 2B5JA 4CHPA 3DRSA 3U3GA 4DS4A 1ZBFA 2OPPA 4DU3A 1SL0A 2P5GA 2HHXA 1C1BA 5SWMA 2NUBA 3OYHA 1RBUA 2Z1GA 3K59A 4HUEA 4DTJA 3DMJA 4W5QA 3AA2A 5FROA 4MQ3A 3ZT0A 2RF2A 1T03A 1T05A 4CHQA 2F8SA 3WNFA 4FJIA 2FBXA 4BDZA 4BWMA 1L3VA 4EZ6A 2VWKA 5HP1A 4G1QA 4Y1CA 4AHSA 2HVIA 4KTZA 5HRPA 1K6YA 3SI6A 1Z26A 4ICLA 3ULDA 1B92A 3NF8A 1BGXT 4MFBA 1NK8A 4DFPA 5C42A 1U47A 3AA3A 3K2PA 4O0JA 2HVHA 2HNZA 4DWIA 3VN5A 4N47A 2YNHA 1BHLA 4DF4A 3HK2A 1HYVA 3ISNC 4LD0A 4CK3A 3AVBA 3F73A 2E4LA 4O5BA 4RW6A 4Q5VA 3LWLA 1QSSA 1NKBA 1VSMA 4KPYA 1S6QA 3KK2A 4KTQA 1JLEA 5KGXA 4K8ZA 1SV5A 3SQ1A 2G8HA 2G8FA 3LZJA 5CZ1A 4CEFA 4KHUA 3AVAA 3U6FA 3THVA 1NJYA 3RR8A 3LZIA 4UQGA 2OYQA 4KI6A 2Q3SA 4M3WA 1ZBHA 3L2RA 1QS4A 4KKOA 2XY7A 2KFZA 2FC0A 2IC3A 3OYBA 2DY4A 1VSHA 2HHQA 4QOZB 4FJKA 4HVJA 3V9XA 4FJ7A 1C0UA 4I2PA 4CGFA 3JSMA 2YHBA 5CYMA 1ZYQA 1B9DA 3AVNA 3B6PA 1NJWA 3MEEA 4PA1A 4CJVA 1DTQA 4CFBA 3OYKA 2Y1IA 4AILC 1SKRA 2G8KA 1NK5A 2HHUA 4DFJA 4B9SA 1I39A 4GVMA 2WOMA 1D5AA 4NYNA 4DSIA 4FK0A 5I3UA 1L3TA 1BQNA 3SUPA 3VQ6A 4M42A 3NDKA 4O55A 1KVAA 1ASWA 4KHSA 5E41A 1TKTA 4DQRA 1T8EA 2PYJA 3V81A 3ZT1A 2FBTA 4PQUA 3HO1A 1GOBA 2JLEA 3QEPA 3MXIA 4LSNA 4HHTA 3RMAA 3HL8A 3G0ZA 4CJRA 5KRSA 1L3UA 4DTNA 3KKSA 1NK9A 4DTXA 3PX0A 3EYZA 3LP3A 2A1RA 1WLJA 2XY8A 1LV5A 4CJWA 1JL2A 1C0TA 4QCLA 1Q8IA 3QNOA 3H08A 3SV3A 3O3HA 5FDLA 1D8YA 4KREA 1HPZA 3T19A 4O44A 3OYJA 4CIEA 1LWFA 2OA8A 1S9GA 2RN2A 3HPGA 3OS2A 3CFRA 3TARA 3TAMA 4CFDA 3QESA 4CERA 3OYIA 3LDSA 4AHVA 4DQQA 3QEWA 4KB0A 1TL3A 4HUFA 1TKXA 3TR8A 4F2RA 3OS0A 3O4QA 2O4GA 1CXQA 3RTVA 2PY5A 1NOYA 4M3TA 4JS5A 4BDPA 3TI0A 2G8WA 4CGGA 3DM2A 2ETJA 3TAPA 4CIFA 1LWCA 4E7LA 1YTUA 3DRRA 1RCHA 3L2QA 4ZHRA 3ZT3A 1SKWA 3B6OA 3BDPA 3VQ7A 1QE1A 3WNHA 4B08A 4CEQA 4FJGA 4KHNA 1RT5A 1JXEA 4CHZA 4DTSA 2WONA 3NGYA 3QEXA 3RMCA 1C0MA 3V6DA 1ZBLA 1KVBA 4OPKA 4M3XA 4DTPA 1FKOA 3D0PA 3DLHA 4NCBA 1RDCA 3KLIA 1W0HA 4CK2A 1TK0A 3NHGA 3G10A 1RT7A 3NGIA 1VSDA 3DI6A 4FJNA 4FJHA 1NOZA 4OGEA 3NBPA 3JYTA 3AVGA 4W5NA 4KV8A 3ZSWA 3OJUA 4CFAA 4TSXA 4EP5A 4CE9A 2DTUA 3O3GA 4E3SA 4DSLA 3C6UA 4N56A 4EZ9A 1XWLA 5CY4A 5CZ2A 4M3RA 1TKDA 4FJXA 4CJ3A 1EETA 3RMDA 4N41A 3QETA 2YHAA 3HPHA 4CGIA 4DFMA 3SUQA 3RWUA 4CF0A 4GW6A 4IFYA 2IOCA 2G8UA 1HRHA 1XHZA 5KI6A 3TAQA 3RRGA 4AHCA 4I9QA 3VQ9A 1LWEA 5KGWA 1REVA 3ZSZA 3NF6A 4FLUA 4FJ9A 1IKXA 1HYSA 3VQDA 3CG7A 1C1CA 4AH9A 5J2MA 4KB1A 3P1GA 2ITGA 4K8XA 1CZBA 3PY8A 4FM2A 1X9SA 4FLWA 1NJXA 4Z4IA 1IKYA 1LAVA 4OLAA 3DLBA 4LY7A 3SNNA 1DLOA 1FXXA 4ZTJA 5HLFA 4ID1A 1NK4A 1BISA 1RBVA 1NK7A 1RILA 1TV6A 1WAFA 2W42A 2B4JA 1LW2A 2JGUA 3LALA 1JLFA 1RTIA 4W5TA 2EHGA 1EP4A 1IKVA 1Y97A 3LAMA 1KTQA 4FVMA 4DU1A 2D0CA 1W9HA 2D0BA 4ELTA 1CLQA 3S3OA 1Q9YA 3KD1E 4FK2A 3NE6A 4FJ5A 4CESA 2RPIA 3HSTB 3F9KA 3LPTA 4CGDA 3QERA 1TK5A 4J2DA 1SL1A 1TKZA 4C8KA 4E1NA 3M8QA 3WNEA 2IGIA 4DSJA 5HRSA 4DQPA 1QHTA 4CJPA 1VSJA 4Z4HA 4Q0BA 2DFFA 2QKBA 2XRIA 4KRFA 1A5WA 3NH2A 4DMNA 1RBRA 4FXDA 1G15A 1BCMA 1WSJA 3NGZA 3L2VA 2QXFA 1QSLA 4QAGA 1S1XA 3IRXA 1QSYA 1Q9XA 1RDAA 3OY9A 3EY1A 4N5SA 3KK1A 4DSKA 2KW4A 3KLHA 4CJUA 1NKCA 3SQ0A 4E7HA 2P1JA 3QLHA 4CEBA 4FZYA 1S6PA 5C24A 3V9WA 4EP4A 1EKEA 3S3MA 3DYAA 1ITGA 2LSNA 4FJLA 1B9FA 2I5JA 2KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U9DA 4WQ5C 3JXUA 3W0LA 1GLCG 3THXB 3E9OA 5AQSA 3TTFA 5JVGL 3ZX2A 3OYMA 1OKJA 3DRPA 4X64K 3Q7BA 3MCAB 2IAJA 1WNSA 2GWKA 3K5MA 3I8DA 5AQMA 4I6MB 4C8OA 2YKMA 4F4KA 4ZTFA 3K5NA 2ZJRL 3SAGA 4M41A 4C8MA 4MLHA 4CBWA 2HBJA 3AAQA 4A59A 3TSQA 1RDWX 3PV8A 1XUPO 4DR2K 1ESVA 1HPMA 1KQSM 3KLEA 3U3YA 2X6SA 5GADP 4F9OA 2YNFA 3WUHA 3PIOL 2OPSA 3QFPA 4NXNK 4DQIA 5J2QA 2PAVA 2HNYA 2GX9A 3WQUA 4FLZA 2UUBK 4DTRA 1L5UA 1JLCA 2IVPA 1Y64A 1J54A 3KLGA 4Z4CA 3OVNA 3V9ZA 1J6ZA 4CF1A 4EIAA 3VGKA 3VEXA 4CECA 4KTWA 2QEXN 4IXCA 3HVTA 4B9UA 3NMUA 2VG6A 4J8FA 4FJMA 1S1TA 1N5YA 1KRPA 3IAYA 4Y1DA 4O5FA 4O8UA 4BR0A 3OTOK 3ZSVA 5EX5A 2P51A 5AQHA 2P9NB 4BR9A 4IBNA 2QKKA 1JJ2M 3TSUA 4NCAA 4XH5A 3C0BA 3UKRB 3GBTA 1RT6A 3P83D 3HM9A 4CD1A 2A1SA 1BDGA 1S1WA 1NGDA 4FW1A 4CF9A 4LF7K 1YF5L 2OTJN 4B1WB 2XY5A 4F8RA 1NK6A 3TANA 4CJSA 4B9NA 3SUNA 3AO4A 3ZT2A 1RDDA 5FPDA 4E19A 2GUIA 4DV0K 1NBWA 4HTUA 1NK0A 1E4GT 3UKUB 3WXIA 3VA3A 2ATQA 3MN7A 3OYAA 4IEEA 3OA9A 1TL1A 3H6EA 1S5JA 4FPAA 4PKGA 5T7BA 2BDPA 3C95A 4ISGA 3QINA 3ENOA 1BWFO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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