1VQ4N

The structure of the transition state analogue "daa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq4N00
1VQ8N 2ZJQL 3CC2N 2QA4N 3CCLN 1JJ2M 3CCEN 3G4SN 1M90O 1K8AO 5DM6L 3PIOL 3CF5L 3CCUN 3I55N 3G71N 1ILYA 1QVGM 2QEXN 1NJIO 1Q81O 1OVYA 1VQPN 4UY8O 3DLLL 3CCMN 1VQON 4WF9L 1YHQN 1Q86O 1QVFM 5GADP 1VQ7N 4IOAL 3PIPL 3CPWM 4IO9L 3OW2M 5DM7L 1S72N 1YITN 3CCJN 1YJNN 3CCQN 4IOCL 1YIJN 3CCSN 4WFBL 1KC8O 5GAHP 1VQLN 3I56N 1VQMN 3CMEN 4U67L 5JVGL 4WCEL 1YJWN 5H1SQ 3CXCM 1Q82O 1K9MO 5HL7L 2OTJN 1KD1O 4WFAL 1VQNN 1YJ9N 5JVHL 1VQ6N 5MLCQ 1VQ4N 3CCVN 1W2BM 5GAGP 2ZJRL 3CD6N 3CC4N 1YI2N 3J7ZO 3G6EN 4WFNL 1K73O 1KQSM 1VQ9N 1N8RO 3CCRN 5GAEP 1Q7YO 2ZJPL 1VQ5N 1M1KO 1VQKN 3CMAN 2OTLN 3CC7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BTFA 3JS6A 4M45A 5HOOA 4RW8A 3TAPA 5GIOA 1JJ2M 4MLEA 4CFDA 4CJPA 2OPPA 4ILJA 2GUIA 3SAFA 2XHBA 4MO4A 4CHPA 1B92A 3VEVA 1D9DA 3VETA 4NYNA 4Z4EA 4H03B 1YTUA 2F4VK 1HKGA 5KRTA 1SZ2A 1SAZA 5KPTA 4CGJA 4CJUA 2G8KA 3HPHA 1C0TA 2IIRA 3AVFA 4KHPK 2HHSA 3DRSA 2ETJA 4E7JA 1MU2A 3IMXA 1NJXA 1NG9A 2UUBK 4BRAA 2NNWA 3MX5A 1TVRA 2FSNA 4PA1A 3QEWA 3P4IA 4IDHA 3THVA 2O8FA 1TUUA 1J6ZA 5HRSA 4Y0WA 2YHBA 4CF1A 3ISNC 2FBXA 4CBUA 1VRTA 1V4TA 3FR0A 4EZ6A 3O8MA 2Z1HA 3KLHA 1TV6A 3BZKA 4C1NI 4A61A 3J80O 4CD1A 1K9MO 3VGKA 4K41A 4KV8A 1EKEA 1RDAA 4I9LA 2P9LA 4PL8A 3RMBA 4B8CA 3DJCA 1LAVA 3CQ8A 2CGLA 2PYLA 3CFPA 2QM1A 3L8BA 3KWGA 4LSNA 3FZFA 1BGXT 2F8TA 4DFJA 1HMVA 1SKSA 2AJQA 3VGLA 3MXMA 4BRPA 5AR0A 2KZMA 4CCHA 1C1BA 3ZX0A 3AAPA 4FWOA 1N5YA 2HHXA 4CZIA 2D0BA 3U9DA 3NH0A 4DV6K 3CQYA 3K5NA 3M8PA 3NVKA 3KD1E 3VESA 2FLOA 3CC7N 3UKRA 3V9XA 3PLAA 2OYQA 5C2DA 2YNFA 5FDLA 4B3SK 5AQHA 3PX0A 1NKEA 4BGAA 1EQYA 3CCLN 4CFCA 3EEQA 5FPMA 3OBYA 4I6MB 1XNQK 4FVMA 4CJLA 4H8KA 1ASUA 3BDPA 3S3MA 1F21A 3CFRA 3CHWA 4FJ8A 2Q2RA 4O5BA 1NGAA 3TANA 2IGIA 4YORA 3VTIA 3P83D 1J54A 3CFOA 3VEZA 3ZX3A 4BDZA 3EKUA 4BR9A 4BRFA 3CQXA 1NJYA 4XEIA 1JCEA 5J2NA 4IZ9A 2YHYA 4DTOA 1U2VB 4PKHA 5GIPA 1VQON 1YUWA 1SL1A 2HF3A 3VENA 4H0OA 3VMFB 4DSIA 4WQ4A 2KFNA 4CZKA 2FSKA 2E2PA 4KHWA 1Q9YA 3WNGA 3U6FA 3QB0A 3F5TA 1VSLA 1Y64A 2KLAA 3CCSN 4N5SA 5T7BA 1KVCA 5GAHP 2VQFK 4YNQA 3TWHA 4GVEA 2KTQA 4EFHA 4CEQA 4C8MA 3BZCA 3RRGA 2OPRA 1T8EA 2D1KA 4JAXA 1U48A 3OYFA 2WFBA 3AVBA 4JI3K 3KKRA 2DFEA 2V51B 1TL3A 4KH4A 4WQ5A 2ZJRL 2HBMA 4B1ZA 4DQSA 3EN9A 3OTOK 3TSUA 1N8RO 3WEEB 4B3OA 3JYTA 3SBGA 4B1YB 1HR0K 1O1WA 2NRRA 2P9UA 2ITGA 4MFBA 1RBRA 4NLCA 1M1KO 4W5QA 4BR7A 4IG3A 5AZIA 4G1QA 2NRZA 2BH1A 5KTQA 3NF6A 4OKJA 3KTQA 1KVBA 3SK3A 3E1YA 4HTLA 3AVCA 4AQYK 2P9PB 2BDPA 1JLCA 1NGCA 1S5JA 3LWMA 1NK0A 5JMVA 3VN5A 3FZMA 1QVGM 2X6NA 4K0KK 3W0LA 2E4LA 2V7ZA 1BL3A 3GDQA 5LL6Z 4A62A 4A5BA 4JKGB 4H5WA 4BRLA 2PY5A 1LW0A 3KLEA 2EWSA 2BANA 3AY9A 4CZLA 4UQGA 1IG8A 4FWNA 3L3UA 4KHYA 3MK6A 4CJTA 2IOCA 5AQWA 3RSEA 5AQTA 4Z4IA 3U8XA 1VQLN 4DG1A 3ULEB 3J81O 5ELZA 5JVGL 2A3ZA 3EL2A 4K42A 4LH5A 2O8EB 4RW4A 1A5XA 4NO7A 3HYFA 3BF3A 3V9SA 3QIOA 1YJ9N 4OPHA 5JVHL 1Z05A 1ESVA 5LMNK 1SUQA 4LC9B 3MXIA 4YDUC 3DXMB 4ID1A 2R7YA 5C0YA 2ATQA 3VOVA 2E2QA 4IXCA 3VQ4A 1I94K 1YI2N 1QSSA 2PAVA 3D6RA 5K14A 4YOWA 1RT6A 2VG5A 4CGGA 1IG9A 4PUOA 3S3NA 2BGGA 3AVLA 4OKEA 4XH1A 1NGHA 1QQNA 4B9UA 1S1WA 4MLHA 1IKYA 3A5OC 2G8WA 2G8VA 3LDQA 3UKUB 2P9LB 1NOYA 3SJHA 4KTWA 1HQEA 4CGIA 3V9UA 5C15A 3CMAN 1J5EK 1S1VA 3C94A 4O8KA 5CZ2A 3KZBA 2ZJQL 4E19A 4FJKA 4HCBA 4HUEA 4B3TK 3B6OA 1N6QA 2G8UA 4PHTX 4J2AA 3CCEN 2P51A 4U7BA 4DTMA 2Z1JA 2B4JA 4MO5A 4QS7A 2HBJA 1L5UA 2KZZA 2PFUA 2P9KB 3CF5L 3DRPA 2KQ2A 3O1BA 3L3VA 2O8BB 1TGOA 4H4MA 5DK5A 4F3OA 1QSLA 3ID6A 4EP5A 3ZLJA 3LP3A 1U6ZA 1VSJA 5TKYA 2YCHA 1VAZA 4KFBA 3OBWA 4CEEA 2HVHA 1RTIA 3VEXA 1VQ7N 4BE0A 3PX6A 3CPWM 1YITN 3OW2M 4AHCA 4DQ8A 3TARA 3L2RA 2ZF5O 3V1QA 1MWMA 3J7AP 4CHZA 2X6SA 3R1XA 1YIJN 3P1GA 5J2MA 3K58A 4WFBL 4M3UA 3L2VA 5J2PA 5F0XA 1QS4A 4ZHRA 3KLFA 3CMEN 3DXMA 2VWJA 1JKHA 4PWDA 1GOBA 2Q0RA 1ZBLA 4CBXA 4CF0A 1IJJA 5FROA 4EIAA 5JLFA 1KLNA 3H45C 4CK3A 5AQJA 3N4QA 1OH8A 2RPIA 1VQ6N 5EVZA 3CCVN 5HRNA 1W2BM 4B3MK 2Q97A 4OO1J 4DTJA 3ULEA 4BR4A 3CC4N 3LPUA 1VQ9N 4XIUA 4H0PA 4O4GA 5CR4A 3ZT1A 2G8HA 3GE1A 4IFEA 5GAEP 3W3DA 1IBLK 4K43A 1WB9A 3D7EO 3TR8A 3CJAA 1I3AA 1BI4B 1HKBA 4BE2A 4CE9A 5AQVA 5HRPA 1HX1A 3KLIA 1ZBFA 1YAGA 4IOXA 4DR4K 3SV3A 1S1TA 4WE1A 5BPNA 2QWMA 3O5BA 4H0XB 1FJGK 3HI0A 4J8FA 2WC9A 4EAHD 4PQUA 2Q3SA 1RCHA 1W7AA 3IAYA 1YXQA 4FVUA 4FJ9A 5I9EB 4NYFA 2YX6A 4ELTA 3H3OB 2WTUA 2F9TA 3PX4A 5M1OA 3D45A 3QDKA 4ELVA 2VG7A 3AA4A 1P8ZA 3G71N 4KREA 1IKXA 4JS5A 2O4IA 3K57A 4KI4A 5HLFA 3TAFA 2GWKA 3DLRA 5AQSA 4A59A 4B9NA 4F4KA 1IH7A 1TYQB 3LDSA 2ZQBA 4DV1K 1XC9A 4OKKA 2CGKA 2P9UB 3CI5A 3PY8A 4DUZK 3DWLA 3OA9A 1FKOA 4M3WA 3CCQN 3QESA 4CIEA 4E7LA 2D0PA 3T1AA 3CJ7A 1Q18A 3PUFA 1NGBA 1XQSC 4CVNE 3OYJA 1FW6A 5AQPA 2WONA 3GOIA 4CJ5A 3TSPA 2I7PA 4CHQA 3NFAA 2ZM6K 3SQ4A 2X74A 3CXCM 4Z4CA 4OPKA 2A42A 4BACA 3SQ2A 1NJWA 3FGUA 4PY5A 1DTQA 1GLEG 4FJIA 1YTAA 3L6QA 1VQNN 4Q5VA 1N36K 3ATVA 3NHGA 4YOUA 3MN9A 2Y1IA 4FJHA 1SKWA 3N4PA 3ZX2A 1KQSM 5FRMA 2YHAA 1HNVA 1JLEA 3UKUA 4FZXC 3LDOA 2BE2A 3VGMA 3KK1A 3IDHA 4FLZA 3VQ9A 4PKIA 1VK0A 4DR5K 2JLEA 2I7NA 4DF8A 3OS2A 1S9GA 4DR1K 2NLXA 1S22A 1UA0A 4G9ZA 5C2FA 2XO7A 1P90A 1U2VA 4DTSA 5AQLA 3MAQA 4F8RA 1QQMA 4KPYA 3SV4A 1IBMK 2YNGA 5IWAK 2HHHK 5C42A 1NK5A 3CJ9A 3O4WA 5AJ3K 3ITHA 4DR6K 5KGXA 4KHQA 4JI4K 1BQMA 5FPDA 2HMPA 4JK9A 2EX3A 4JNEA 4K25A 3T3FA 1RGIA 1LCUA 2ZGYA 4KO0A 2GTDA 1QZ6A 1Z26A 2HF4A 1XHXA 1NJIO 3M3ZA 4YY3K 3O3GA 4IDKA 1VQPN 3UIQA 4C23A 1DKGD 3C6UA 4DQRA 1L3VA 1JLAA 5I3UA 3DLLL 4KHSA 3OYHA 1ZBUA 4DWIA 3VERA 2AP1A 5IT9O 1HUXA 2NRXA 3DLHA 5GADP 1T05A 4JKGA 5HRRA 1X3MA 1W97L 4CEZA 3V4IA 5SWMA 1RNHA 2YHXA 3CCJN 3O80A 3U4LA 4EHUA 2E88A 4JKEA 1RT2A 3SMSA 2O4GA 4BVOA 1YJNN 4FZZA 5M1FA 3SNNA 3LP2A 3V9ZA 1S9EA 3IUCA 4FLYA 4B1UB 4HHTA 2ASMA 3P39A 4J2DA 4HWIA 4BR5A 4ZTJA 2I5JA 2GEMA 4WFAL 4Q0BA 3AAQA 3O08A 4JKHA 4LF7K 5AZIB 1LWEA 3SLCA 3ZSYA 1RT1A 4FLUA 3TABA 1NK9A 5FRNA 3LALA 3HZ6A 4BG8A 1SKRA 4B1WB 4MDAA 4BR0A 4FWRA 3L2WA 4B9TA 4ID5A 3SBTA 3CPEA 4YOTA 3RMCA 5LJWA 1GLAG 4DTNA 4DHYA 4DV3K 2HNDA 5KI6A 4K8XA 4QCLA 4DTPA 2HHVA 4H5TA 4FJGA 4XH4A 3AA3A 4RCHA 5CYQA 1XC3A 4B08A 2QWQA 1A5WA 3LPTA 3WNHA 3WQUA 4LF9K 2QI2A 4FJLA 4A2BA 4BC5A 3K5OA 1NOZA 1HJOA 2D0AA 5AFUH 4OVLA 3NGZA 4KAZA 4LF8K 4BDYA 3HPGA 3MCAB 4B1XB 2HHQA 3DI6A 4FSVA 3WNEA 4QOZB 3FFIA 1ILYA 3AVGA 4CEBA 4FK0A 4DQPA 4BC3A 3PV8A 1OVYA 3HO1A 4GV6A 2NRTA 1ZXOA 3E66A 5BR8K 1WNSA 3O4QA 3Q7BA 4DR3K 4KKOA 1CXUA 2ITMA 3AO4A 3IS9A 3BUZB 4EP4A 3DXKB 1MDUB 1BHLA 1JLGA 3T1YK 1FKPA 3QLHA 2GUPA 3I33A 4W5RA 3OY9A 5J2QA 3NMUA 3EY1A 3ATUA 1GLLO 4I2QA 3SUNA 5AQZA 1N32K 2QXFA 5BREA 1LOTB 3LZJA 2OA8A 4H0VB 4H5RA 1U47A 1FK9A 4FLWA 3VF4A 4BRCA 4FJNA 3ZSQA 3H08A 2IVNA 3QERA 3AO1A 3FLCO 4H0TB 4BRQA 3A0IX 2AA4A 4IJNA 5HROA 3DAWA 1OKJA 1KFSA 1ASWA 4IJAA 3SQ1A 4B9MA 1UAXA 5HP1A 3MWTA 4BRHA 3EO3A 2OZMA 3D2EA 1T7PA 2UU9K 3VQEA 3KKSA 4BROA 1RTDA 3QEIA 4BC4A 1OVQA 4F3TA 4IBNA 1VQ8N 3H3NO 1HNWK 4ICLA 2P9IA 2XY7A 4DTRA 2P1JA 3WQTA 3NH1A 4N41A 1M90O 3CM6A 3QNOA 1TKXA 3QMLA 4FW2A 5DM6L 1ZBSA 3KK7A 1Z25A 4JKAA 3OS0A 5BN8A 5LY3A 1NK8A 4CHNA 4CESA 2H3GX 5AQFA 4WYBA 4CIFA 5CHIA 3AGKA 4UY8O 4O55A 3H6EA 3MEDA 3QFPA 1BCMA 2O8DA 3L2UA 2RN2A 4H5NA 4FK4A 5BR9A 4L8RB 1OH6A 3O9SA 4IOAL 4W5OA 1IV0A 4DV0K 2OPSA 4A5AA 2VCPA 3C6AA 5AQKA 5EY4A 2HNYA 3MDQA 3KLGA 2ASPA 5F2RA 2CGJA 5DMRA 3HK2A 3WNFA 3TAEA 4LSLA 4OJRA 3MCPA 1LWCA 1VQMN 1EXQA 4M41A 2KFZA 1Q8IA 1SL2A 3CJ1A 4CIGA 5B8HA 1X9SA 4FCYA 2ZGZA 1NJZA 2QWPA 1QHTA 1NKBA 4YOYA 3IKMA 3LL3A 4DS4A 4BY9C 1XNRK 2VG6A 5BN9A 1KFDA 5I42A 1GLFO 3K59A 2ASOA 4FWPA 2E20A 3LDLA 4MQ3A 2XY6A 1Q7YO 2YJEA 4I6MA 2D5RA 4BRKA 4E1NA 4FM1A 3SYZA 2P9IB 1GLDG 2E2OA 4QAGA 4JS4A 3OJSA 1UA1A 3THWB 3D0PA 1N33K 1TYQA 3OYKA 2OTLN 4DV2K 3O6WA 3MN7A 4AF1A 3SPYA 1WLJA 4DMNA 3O3FA 3HM9A 1QTMA 4M3XA 2FF6A 4JI6K 2QWOA 1D9FA 1KVAA 3AO3A 4FWQA 3HJFA 2ZWHA 4RW7A 4JI1K 3KJVA 1VSKA 1H1VA 1LW2A 3G25A 1HYZA 3FE1A 4NCGA 4F2RA 3A2FA 3P31A 3T69A 3L2QA 2RF2A 5KQ8A 3RMDA 3TTCA 3C7NA 4DU3A 4B8AB 4CZEA 1U04A 1RTJA 3TAQA 3QEPA 3B6PA 1YVUA 4WF9L 5JS2A 3ID8A 4CJSA 3ZSVA 5LJVA 3M5RA 3T19A 3EKSA 3U3GA 4JKFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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