1VQ4N

The structure of the transition state analogue "daa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq4N00
1Q81O 3DLLL 2QA4N 3OW2M 5JVGL 1YI2N 3CCMN 1KQSM 1YITN 3CCEN 1QVFM 4U67L 3J7ZO 2OTLN 3CCVN 1YJWN 3CC2N 3G4SN 1VQ4N 2OTJN 3I55N 3I56N 1M90O 1M1KO 1VQ9N 5GAGP 5DM6L 3CXCM 1KD1O 1K9MO 4IOAL 1KC8O 5MLCQ 1YJ9N 3CCJN 4IO9L 1OVYA 1Q82O 1K8AO 4WFNL 2ZJRL 3PIPL 1VQLN 3CCSN 5GAHP 1S72N 1YIJN 2QEXN 5HL7L 3PIOL 1Q86O 1JJ2M 4WCEL 3CF5L 3CMEN 3G71N 3CMAN 5GADP 5GAEP 1VQON 1NJIO 4WF9L 3CCQN 3CCUN 1Q7YO 5JVHL 1ILYA 1VQ7N 2ZJPL 1QVGM 1W2BM 4WFAL 1YHQN 1VQ6N 1VQ8N 4WFBL 5H1SQ 1VQNN 2ZJQL 3CCLN 3CD6N 1VQPN 1YJNN 3CC7N 1VQ5N 1N8RO 1K73O 3CPWM 4IOCL 3G6EN 3CCRN 1VQKN 5DM7L 4UY8O 3CC4N 1VQMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW9A 1W0HA 3G10A 4M3ZA 3CFOA 2P9PB 4EHUA 1JCEA 3IKMA 2VQEK 4AH9A 3TABA 3CYMA 1EP4A 3P38A 2HHHK 3VGLA 1R59O 3TTFA 2HF4A 2HHXA 4N41A 2GUPA 1NK4A 5E41A 4DU1A 3ZSZA 4CIFA 2NRVA 1VQ4N 5AQGA 3ULEB 5J2QA 3OBWA 3F5TA 3ZT2A 5I42A 1TL3A 3RRHA 1VQ9N 3H3OB 1BDGA 1ATNA 5J2PA 3NAEA 1TYQA 2E5LK 3SUOA 4DR1K 5CYQA 4CF0A 4KV8A 1SV5A 2HB5A 5BRFA 1I3AA 2AP1A 2RPIA 1RCHA 2IVPA 3C6HA 3H1VX 3I8BA 2D0PA 4CJ4A 2PYJA 3AVBA 3OHRA 4DSEA 3GBTA 2ITGA 4LF6K 4H5RA 1KAXA 4HVJA 3KK1A 3OYLA 4DFMA 3VQ5A 2VG6A 3RVCA 4E19A 2JWKA 3O9QA 4Z4GA 4MDBA 2ZJRL 1UOCA 5HRPA 4CZLA 3TWHA 4N56A 2KZMA 2F4VK 1LAVA 4CJ3A 4KFBA 3MX5A 3ATUA 2QEXN 4DS4A 2E6MA 1CXUA 4WCEL 1MA9B 1C1BA 2E2OA 4BRPA 4DV6K 4F8RA 5GADP 4DFPA 4BWJA 1BHLA 1NKBA 1J6ZA 1ESVA 2YI1A 4IXCA 3J8AA 3CM6A 5D3GA 4Z4FA 1EX4A 4FK0A 1OKJA 2KZZA 1WBBA 4IG3A 4LFAK 2UXCK 3QERA 1CZAN 1VSHA 1ZBFA 1HYVA 3SQ4A 4A61A 2FXUA 1E3MA 3ZSQA 5F1XA 3CC7N 3UKRA 4YOUA 5FPDA 3VQPA 1S6PA 4JKCA 1RBVA 3SV4A 2CH5A 3NF7A 3WXIA 3UE5A 4LD0A 3V81A 1Q9XA 3ZEUB 2QWLA 2LSNA 2P9NA 1J53A 2UUBK 1SL1A 3TAMA 3SPZA 4K8ZA 1GLEG 2VWJA 3PO4A 1JKHA 2HHWA 2UUCK 3L2RA 1Z05A 5AQSA 3ZT3A 4JEPA 1HNVA 3D2FA 4CD1A 3DRPA 3THWA 1HNIA 5AQOA 4CBXA 3VETA 2OTJN 4M3UA 1IV0A 4EZ6A 1SKSA 3LDSA 4I2QA 2Q1NA 3NBPA 4C1NK 4H0TB 5LMUK 5GIOA 3V9XA 5M1QA 2EX3A 3IFRA 3R3LA 3QEVA 4FPAA 2NRHA 5AQTA 2JGUA 5BPMA 1UA0A 4ZTJA 4DLEA 1EWQA 3MCPA 1OVYA 5JMVA 4JD2B 1WLJA 2HBJA 3VEYA 1NK6A 3WQTA 4FW1A 2PAVA 4CGDA 1TV6A 1T05A 4DUYK 2WONA 1Q86O 2WUSA 4DV1K 2O8DB 3D2EA 4B8AB 3NGYA 3CQ8A 4JS4A 2DY4A 3VGKA 5EXWA 1HKGA 4FWPA 1HQUA 3KK3A 3D45A 4CJFA 3BDPA 2ZJPL 1QVGM 3T19A 4DSIA 3TTCA 1KVCA 3VQAA 1RT7A 2PYLA 4KPYA 1S3XA 2ZWHA 4JKFA 3T1HK 1JL1A 5F0XA 1QQCA 1NOYA 4FLZA 1VQKN 5GINA 3MK6A 3VEVA 4JHDB 4FVUA 1RT2A 3U4LA 3ZSVA 4H0VB 3FZKA 1NJWA 1TKTA 4BRCA 4CK2A 4GV3A 3OYIA 3SPYA 3IG1A 3L8BA 3VEXA 3K57A 1L3VA 4AHRA 2IAJA 3J7ZO 4IDHA 4ISFA 5AQZA 4Z94A 1FK9A 4B9VA 1WNSA 3KKSA 2P9UB 3SJJA 3K9KA 4FL9A 3QBXA 3HL8A 1M90O 3O1WA 1CXQA 3PSIA 1X9SA 4E7IA 4HCCA 4GW6A 1Q8IA 3K5MA 1XMQK 5T7BA 4KHPK 3VOVA 4DR4K 2CGKA 2WBNA 1LWCA 4CESA 1QHTA 2RF2A 3DXKB 4FJIA 4EP5A 5FPNA 1F21A 5HRSA 4H03B 1IG8A 3ENOA 2VGMA 3G25A 2D0CA 4AHVA 3THYB 3SUPA 1SL2A 3AY9A 3QINA 4YFUA 3DRRA 4CE9A 4JV5K 1H1VA 3GE1A 1V4TA 3DOLA 2E2QA 2D1KA 4PL8A 3TI0A 3OVNA 4IFYA 3THXB 3AVCA 3AO5A 3DXMB 1XMOK 3AAPA 3A5OC 1U49A 3AA4A 3FFKB 1C0TA 1JLFA 1DKGD 3V1OA 4H0XB 4IEEA 4A5BA 2AJQA 2O8CB 2Q36A 2O8BB 1NMNA 1RDWX 5K14A 3C94A 3LDLA 4LF9K 2YHWA 3OYKA 4XH1A 3O3HA 1VQPN 3P83D 4AF1A 4FJ7A 1IBMK 3NMUA 3E9OA 4X65K 3KKRA 4B1XB 5HRRA 1BIUA 2H3GX 2XHBA 1JLAA 4BR9A 1UAXA 2P51A 2X74A 3OW2M 3DLHA 4DSKA 1N36K 1GLAG 3ZSXA 4GVEA 3O3GA 4CGHA 5LJWA 4KHNA 4C8LA 4CEBA 1HJRA 1DTQA 4DTOA 3M1FA 3HM9A 5KTQA 4CJRA 3C0BA 4M3TA 4DFKA 3CG7A 4A62A 1YVUA 2A5XA 5KI6A 4E7JA 1A5VA 4BACA 1HKBA 1QZ6A 1JXEA 4NLBA 1HMVA 3U8XA 2P1JA 3KK7A 3KLFA 1KLMA 1MWMA 5J2NA 5J2MA 1KAYA 4B3SK 1NKEA 2OCEA 4DMNA 3CCJN 4JI1K 1I94K 3HTVA 3U3YA 1NBWA 3AVMA 4Z4CA 1WBDA 4BR0A 3ENBA 1C6VA 2OPRA 3ZX0A 3THVA 2P9KA 2FSNA 1K6YA 2VYPA 4L3QA 1OVQA 4KREA 4M7XA 4NYFA 4EFHA 4HTUA 4FJGA 1HYSA 4DTNA 1W97L 2DFHA 1RTIA 3ATVA 3L4IA 2P5GA 3NVKA 1E4GT 5AQNA 3P4IA 3HPGA 3AO2A 4CGFA 2O8EB 5AQXA 4OKEA 4OPKA 2QKBA 1Z25A 3QFUA 1I39A 3C6AA 4KH5A 2GX9A 2IGIA 4PWDA 5AQHA 4KB0A 1VSDA 4W5QA 2W41A 1WSIA 5IT9O 1RDUA 3DJCA 4WE1A 4RCHA 4WQ4C 1K73O 3SLCA 4CEDA 3TPQA 2IVOA 3MMVA 4JN4A 4WQ4A 3N4QA 2Z1IA 5M1FA 4X66K 3OYCA 3QLHA 4DR3K 4DV7K 3ZETB 3WNGA 2I7NA 3J81O 1XNRK 1DGKN 3VQCA 3PX6A 4LSLA 5LJVA 4U67L 5KQ8A 1BL3A 4Z4IA 4MLHA 2B5JA 4CZMA 3KWGA 3TAFA 1VSIA 3LPUA 3NH0A 4BGAA 3V1QA 4J2BA 5KRTA 4H5VA 1HKCA 4JI7K 4KHQA 1L5UA 3DI6A 1C0FA 3AA5X 4OPAA 1BO5O 3UKUA 4FJKA 2UYTA 2WFBA 3TU5A 1B9FA 3NH1A 3TAEA 3CQYA 3VF6A 5BN9A 3OS0A 4KH6A 3QIOA 4IOAL 3EZ5A 3IMXA 3NDKA 1T6CA 3TAQA 5AZJA 1S1WA 2KTQA 3A5MC 4JKHA 3RSEB 3O9UA 4DTPA 3W0LA 4EZ9A 4LF5K 3K2PA 1BWFO 5EU7A 4BRLA 2BANA 3VQQA 1X1PA 3MXIA 3EN9A 3QEXA 2ZF5O 2P9SA 1DEJA 3QB0A 3W3DA 4BDYA 1J5OA 3WNFA 4BR4A 4YOWA 5JS2A 3BF1A 4MO5A 4KI4A 2JWLA 3WEEA 1YT3A 3P31A 2F9WA 3CMEN 1KVAA 2RE2A 3HXMA 4EP4A 3CIPA 4BDZA 2VWKA 4WF9L 1Z6RA 2NNWA 5EVZA 3IAYA 3G0ZA 4CZHA 4Q5VA 2HSTA 1S1TA 2QKKA 4E7LA 3LM2A 1U04A 4F3OA 3VTHA 4CHZA 1NJYA 1HQEA 5CZ1A 4ZTFA 1YUWA 3P39A 3O08A 4DR6K 4FXDA 1IKYA 4DHYA 4F9OA 4PL7A 2RN2A 4FWMA 4RW6A 3WUHA 2Q0UA 4I6MB 4JK7A 3WXJA 3KVGA 1DTTA 4CJ5A 3HT3A 1MU2A 5KRSA 5I3UA 3KTQA 5CYMA 1VSFA 1XNQK 4FWLA 4BRFA 4CZEA 3PLAA 1YI2N 3I0SA 5C15A 4LC9B 4E1MA 5BR8K 3WQUA 4JAXA 4J2DA 2QW9A 1S9GA 2A42A 3AARA 1VHXA 3G4SN 3VQ6A 4FLWA 4DV2K 4BRIA 4BRGA 1J5EK 3DLKA 3O8MA 3VMFB 3MECA 3NFAA 3RR7A 1WSJA 5DM6L 4LFCK 3C7NB 3VQ8A 1KLNA 4IFVA 3HP6A 4BC3A 3SZ2A 2A1RA 1TUYA 4BRDA 3CQXA 4BR7A 3DAWA 4JKEA 4LF8K 1IKWA 3WXKA 4A57A 1GOAA 4ELTA 3NVMA 5MLCQ 3CPEA 2NLXA 2Q3SA 2Y1JA 2KFZA 2HHQA 3NCIA 3CJCA 3O1BA 4FJ9A 3ZSWA 5GAHP 3VQ4A 3L3VA 2KKZA 3DLEA 4GMJB 1X9MA 3OYNA 2UXBK 3CF5L 4BDPA 3KD1E 4YNQA 2EWSA 4BRAA 2ZGZA 1NJIO 3S9HA 1Z26A 4DU3A 3PO5A 1KFDA 4O5BA 5C0YA 3LAKA 4CJUA 4FWKA 3A0IX 1VQ7N 1EO1A 3K5LA 3SMPA 3RRGA 4CEEA 3PX4A 1JLGA 4JKDA 4H0PA 3CM5A 1HNXK 4F4KA 4CJ7A 2ZJQL 3NF8A 4QS7A 4C23A 4FO0A 1HNZK 3LZIA 2G8WA 2BDPA 4H5TA 1KTQA 4Y1DA 2OPSA 2OPQA 3OY9A 5CE3A 2NRWA 4E7KA 4DQ8A 4JI6K 3AO4A 4JRQA 2W40A 5LY3A 3J7AP 5JVGL 5AZIA 2FBVA 4Q0BA 4AHCA 5JLFA 4NB4A 3T1AA 5M1NA 3CCEN 1YITN 1OH8A 3DLBA 4DF4A 1U2VB 1TKDA 2A1SA 3E9PA 3HPHA 4E1NA 3MWPA 1P90A 2A40A 1GOBA 1S1UA 1BQMA 1L3UA 1RDCA 4BG8A 4DTUA 1KVBA 3D6RA 3HRGA 4F3TA 3NF9A 1RTJA 3SMSA 2P9IA 4JI4K 1TK8A 4B9UA 1LWFA 1KXPA 3U9ZA 4DTMA 5SZTA 5AQVA 1RFQA 2P9PA 2IC3A 3C6UA 4IO9L 2F9TA 4M3XA 4CI6A 1U48A 1U47A 1XHZA 2HHVA 2NRRA 1WSHA 4A2BA 2OPPA 3SK3A 5E84A 2OA8A 3DLRA 3ULDA 4JI0K 1GLLO 1CLQA 4JI2K 3ULEA 1V4SA 2F7TA 3DMJA 4YOVA 3ZLJA 3C6TA 4G1QA 1CZ9A 2QXFA 2OZSA 1VQON 4DS5A 1RDDA 5CHIA 3V9WA 3A2FA 5HLFA 1Q7YO 2Q0RA 1QE1A 4H0YB 4FJXA 1GOCA 4BRNA 3VA3A 4ZHRA 4OPJA 4PUOA 4H4OA 3V6DA 3OYEA 5LL6Z 5CY4A 4OPHA 5AQJA 1N8RO 5AQQA 4CFCA 2D0BA 2KQ2A 4UY8O 1TVRA 3RMBA 3A8YA 4YOXA 1Q18A 4CJSA 5JICA 2WTUA 1N6QA 4RWTA 3QFPA 1WSEA 4QAGA 5C2DA 4IJNA 3NH2A 4GKJK 3CCMN 4KAZA 4DKWA 1WUAA 4O44A 3OS1A 4FVMA 4FJMA 3KD5E 5HBMA 3SAGA 3BY5A 3CCVN 4CF1A 2G8IA 1JLQA 3I55N 4N5SA 4PA1A 3ZT4A 3OS2A 5GAGP 1JLBA 2DFFA 3EEQA 3H46O 4FM1A 4IOXA 3SAHA 2G8FA 4KO0A 5AQRA 4BGBA 2YX6A 4EIAA 2FF3B 2Q31A 5EOYA 5AQMA 3ZEUA 5HRNA 2HOEA 2E1YA 4IZ9A 3PX0A 4CEZA 1U6ZA 4CZGA 1TGOA 1OH5A 1NGBA 1SQKA 1T03A 4I9LA 4GV9A 4BE2A 3VQ9A 2UUAK 4BRQA 4BE1A 1A5XA 1T3VA 4EAHD 1ASWA 4CF8A 1YVNA 4CZJA 4C8KA 1G15A 1P8ZA 4RTFD 3CMAN 1RT5A 1FKPA 5C10A 1XQSC 4KI6A 1EKEA 2XY6A 1HPZA 4XEIA 3RWUA 3BZCA 5C2FA 2YV0X 4ELUA 4DLGA 5BR9A 1NK9A 1S5JA 4E0DA 1LAWA 1TKXA 4JD2A 3LDNA 5AQPA 2QI2A 2A3ZA 4CK1A 2V7YA 2PBDA 1K8KB 3SUNA 3CI5A 1RT1A 3DLGA 2HHSA 3M6GA 3HVTA 4OKKA 4FLXA 4CZKA 2D0OA 4IDKA 1T6DA 1X3NA 4B9MA 4DTXA 4FJJA 5AQWA 3LDOA 3Q7BA 3I0RA 3FZHA 2O8DA 4M3YA 4LY7A 3OYBA 5FRNA 2E88A 4CF2A 3L2QA 2QWPA 4M3RA 3L2WA 1G99A 4GY2B 1XI1A 3HSTB 2BH1A 4Z0UA 4H0OA 4AHTA 5FPEA 2ETJA 5AQUA 4CGJA 1RDAA 1RNHA 3HI0A 4AHSA 3T3FA 1R0AA 4R5PA 4DQIA 1NOZA 5AQIA 4ILGB 4BC4A 2VQFK 3TANA 3FZLA 2YNHA 1BA1A 1LWEA 4FCYA 3B8AX 4CJQA 4CVNE 3CXCM 4DUZK 4JHDA 4AM6A 2B6AA 1BIZA 1ASVA 2E20A 3NHGA 1KC8O 3MCAB 5JS1A 2BE2A 3ASMA 4JKGB 3IDHA 1QSYA 1TUUA 1VSLA 3T1YK 5BRHA 1ATSA 4YORA 1BI4B 1HJOA 1QS4A 4CIEA 3FZMA 4KTZA 2NRZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q81 O;  3DLL L;  2QA4 N;  3OW2 M;  5JVG L;  1YI2 N;  3CCM N;  1KQS M;  1YIT N;  3CCE N;  1QVF M;  4U67 L;  3J7Z O;  2OTL N;  3CCV N;  1YJW N;  3CC2 N;  3G4S N;  1VQ4 N;  2OTJ N;  3I55 N;  3I56 N;  1M90 O;  1M1K O;  1VQ9 N;  5GAG P;  5DM6 L;  3CXC M;  1KD1 O;  1K9M O;  4IOA L;  1KC8 O;  5MLC Q;  1YJ9 N;  3CCJ N;  4IO9 L;  1OVY A;  1Q82 O;  1K8A O;  4WFN L;  2ZJR L;  3PIP L;  1VQL N;  3CCS N;  5GAH P;  1S72 N;  1YIJ N;  2QEX N;  5HL7 L;  3PIO L;  1Q86 O;  1JJ2 M;  4WCE L;  3CF5 L;  3CME N;  3G71 N;  3CMA N;  5GAD P;  5GAE P;  1VQO N;  1NJI O;  4WF9 L;  3CCQ N;  3CCU N;  1Q7Y O;  5JVH L;  1ILY A;  1VQ7 N;  2ZJP L;  1QVG M;  1W2B M;  4WFA L;  1YHQ N;  1VQ6 N;  1VQ8 N;  4WFB L;  5H1S Q;  1VQN N;  2ZJQ L;  3CCL N;  3CD6 N;  1VQP N;  1YJN N;  3CC7 N;  1VQ5 N;  1N8R O;  1K73 O;  3CPW M;  4IOC L;  3G6E N;  3CCR N;  1VQK N;  5DM7 L;  4UY8 O;  3CC4 N;  1VQM N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RW9 A;  1W0H A;  3G10 A;  4M3Z A;  3CFO A;  2P9P B;  4EHU A;  1JCE A;  3IKM A;  2VQE K;  4AH9 A;  3TAB A;  3CYM A;  1EP4 A;  3P38 A;  2HHH K;  3VGL A;  1R59 O;  3TTF A;  2HF4 A;  2HHX A;  4N41 A;  2GUP A;  1NK4 A;  5E41 A;  4DU1 A;  3ZSZ A;  4CIF A;  2NRV A;  1VQ4 N;  5AQG A;  3ULE B;  5J2Q A;  3OBW A;  3F5T A;  3ZT2 A;  5I42 A;  1TL3 A;  3RRH A;  1VQ9 N;  3H3O B;  1BDG A;  1ATN A;  5J2P A;  3NAE A;  1TYQ A;  2E5L K;  3SUO A;  4DR1 K;  5CYQ A;  4CF0 A;  4KV8 A;  1SV5 A;  2HB5 A;  5BRF A;  1I3A A;  2AP1 A;  2RPI A;  1RCH A;  2IVP A;  3C6H A;  3H1V X;  3I8B A;  2D0P A;  4CJ4 A;  2PYJ A;  3AVB A;  3OHR A;  4DSE A;  3GBT A;  2ITG A;  4LF6 K;  4H5R A;  1KAX A;  4HVJ A;  3KK1 A;  3OYL A;  4DFM A;  3VQ5 A;  2VG6 A;  3RVC A;  4E19 A;  2JWK A;  3O9Q A;  4Z4G A;  4MDB A;  2ZJR L;  1UOC A;  5HRP A;  4CZL A;  3TWH A;  4N56 A;  2KZM A;  2F4V K;  1LAV A;  4CJ3 A;  4KFB A;  3MX5 A;  3ATU A;  2QEX N;  4DS4 A;  2E6M A;  1CXU A;  4WCE L;  1MA9 B;  1C1B A;  2E2O A;  4BRP A;  4DV6 K;  4F8R A;  5GAD P;  4DFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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