1VQ4N

The structure of the transition state analogue "daa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq4N00
1VQON 1KQSM 5GADP 3CCLN 3CMEN 1YJNN 3DLLL 3CC4N 1VQ7N 3CCVN 1YITN 1M90O 1YJ9N 1K9MO 1ILYA 1JJ2M 1Q82O 3CPWM 2ZJPL 1VQPN 1VQ6N 3CXCM 1YHQN 5GAGP 5DM6L 3CC7N 3CCEN 1VQKN 4WFAL 1VQ4N 3PIOL 1OVYA 3J7ZO 1M1KO 1VQ5N 3CCSN 3G71N 4WF9L 5DM7L 5H1SQ 1Q86O 3CCJN 4WFBL 4UY8O 3CCQN 1QVFM 4WCEL 1K73O 2ZJRL 3CCUN 2ZJQL 3CCMN 4WFNL 3PIPL 5JVGL 1YJWN 4U67L 3CC2N 3OW2M 1Q81O 1QVGM 3CCRN 1KC8O 4IO9L 1YI2N 3CF5L 1NJIO 1K8AO 1VQMN 1VQLN 2OTJN 1S72N 3I56N 1N8RO 1Q7YO 5HL7L 5GAHP 3I55N 1W2BM 4IOAL 3G6EN 5GAEP 3G4SN 1YIJN 4IOCL 1VQ9N 1KD1O 3CD6N 2QEXN 2OTLN 1VQNN 5MLCQ 2QA4N 5JVHL 3CMAN 1VQ8N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FLCO 3QIPA 3V9SA 2GELA 3AVGA 1RTJA 2B5JA 2F9TA 3CJAA 4C8KA 1XMQK 3O8MA 4KHQA 3CFRA 4JI2K 2IC3A 4JI0K 1HNXK 5F0XA 1L3TA 3L2VA 3CPWM 3ID8A 3IUCA 3VQ5A 3EO3A 3PO4A 1QZ6A 3MEDA 4CZHA 2QI2A 3HYFA 3GL1A 4CBWA 3AVAA 2WTUA 2RPIA 4CEOA 3M1FA 3AGRA 2HMIA 1BU6O 3VQQA 4BRIA 4ELUA 4CVNE 4CFBA 1NU0A 4A62A 3C7NB 2QK9A 1NOYA 4JK7A 3NMUA 2E20A 4NLBA 2GTDA 3VERA 4PHTX 1K8KB 3QLHA 3DJCA 4M3RA 4UQGA 1RT5A 4FWSA 3VMFB 3EKUA 1TYQA 2ZJQL 3P38A 4B1VA 2ZM6K 1NK0A 4M3XA 3VEOA 5E41A 3KWGA 2P1JA 3M6GA 4JRPA 3MMVA 4DFPA 3RMDA 3MDQA 3PX6A 3U3YA 3JXUA 4BGAA 3V9WA 4BVPA 4FOIA 4H03B 3HO1A 4BRAA 2UXDK 2O4IA 1NJZA 3OY9A 1RCHA 3HM9A 1SKSA 3NH2A 4M3YA 4QS9A 2Z1HA 4E1NA 4CEDA 3ASMA 5BR8K 3ATUA 4O5BA 3A2FA 2YHXA 3UB5A 4N41A 1BCOA 1EP4A 3LDQA 3P83D 4B3MK 3VF6A 4LY7A 4H0PA 3NAEA 1VQNN 3CQYA 3WXMB 5MLCQ 3B6OA 1KAYA 3K2PA 5HP1A 1BA0A 2ZGYA 4WQ4C 4JI5K 3ZLJA 4FYDA 3SQ1A 4RW9A 2G8HA 4QS8A 2CGKA 3LAKA 1T8EA 3DLRA 1IG8A 1SKWA 5TKWA 4K43A 2B4JA 3ZETA 3EZ5A 2D0AA 4NCGA 4KTQA 4CE9A 3ZEUA 2VYPA 3CI5A 5KRSA 5HRNA 4PKGA 2E1YA 1W9HA 3NF9A 4N5SA 1WB9A 3CC7N 4WQ5A 3O9SA 4HWIA 4FWOA 4KH6A 1J5EK 3DXKA 1MWMA 1Y64A 3HZ6A 4AHTA 2AJQA 3ZT3A 3IKMA 1IKXA 2FBTA 2Q0UA 2PFUA 3VQAA 1UWBA 5AZIA 3PV8A 2HF3A 3D6RA 3TSUA 3PLAA 1HQUA 3THXA 3L6QA 4E3SA 3LDOA 4ZHRA 2Q1NA 4HTUA 3FZLA 1VHXA 3VEVA 2FSJA 4GW6A 1SV5A 4IJNA 4HVJA 4KPYA 3GBTA 4BQZA 1IBLK 3TTFA 3VEYA 1U04A 4U67L 1SL2A 3HT3A 2YNHA 4OPAA 3HK2A 1TUUA 2LSNA 3ZT0A 1QVGM 1TV6A 1JLGA 3A5LC 1Z6RA 1U48A 4BRGA 5KI6A 4ILJA 3ZYYX 1RNHA 4IBNA 4Z4GA 3KLHA 2GEMA 4JKFA 4Z4CA 5KQ8A 1GLLO 3C6TA 4U7BA 1XHZA 3F73A 3VA0A 3OYFA 1T03A 1DTTA 3F2KA 3ZSOA 4BGBA 5BPMA 1NK6A 4G1QA 4FM0A 2NRXA 1JLFA 3OYHA 5I42A 4CHYA 1VSEA 1YVNA 3U9ZA 4E7JA 5C2DA 1RFQA 3H1QA 1XNRK 1J9AA 2QA4N 2EWSA 4AHCA 2BTFA 1OH8A 3KLIA 4XIUA 1QQCA 1RT7A 1VQ8N 1TAQA 4YOTA 5JS2A 1BWFO 2YNGA 3NF7A 5AQJA 5KRTA 2X78A 4B3SK 4PL7A 4BR0A 1JCGA 4EP5A 3F5TA 2IVOA 1ILYA 2Q97A 4O8KA 4FZZA 4KB1A 3AVMA 5AQMA 4CHPA 2YHAA 1GLAG 1JLEA 2E8AA 4KREA 4DTMA 1VQ4N 2X6NA 4CJ7A 1XC3A 3NFAA 4KHWA 2UUAK 4M3ZA 4JI6K 5AQUA 2BH1A 2G8VA 5JMVA 4DHYA 4DTUA 4H0XB 2X74A 4GY2B 1QVFM 4AHSA 2RKIA 1GOAA 3I8BA 4DV4K 4A5AA 4KBOA 2KKZA 2ASMA 2G8UA 1HMVA 3LDSA 4CGDA 4K42A 3I0RA 3K57A 3UKRA 1ZBUA 5M1PA 3L4IA 4FZYA 4OKEA 3C94A 4Y1DA 4GVEA 4BG8A 3K5LA 4CHZA 3L8BA 3MAQA 4KHSA 3AA5X 4FPBA 4LSNA 3OW2M 4YFUA 1NGGA 3SV4A 4CEEA 2HVIA 4CZIA 3CCRN 2D5RA 1SQKA 4EZ6A 2W40A 5FRMA 3ZCMA 2G8FA 3O3HA 1NJIO 1EQYA 2QW9A 3P31A 1ATRA 2YHYA 1NMDA 4PY5A 4QCLA 4YDUC 1CZ9A 4ISFA 2QWQA 3ALYA 3I55N 4DV1K 3E9PA 1KVAA 4NLCA 3OYAA 1KFSA 5M1OA 2HHUA 1QHTA 3C6AA 3CD6N 1X3NA 2ZF5O 1HPMA 3O1BA 5M1NA 4DR7K 4FWRA 1HPZA 4PL8A 4EHUA 4QOZB 4CK3A 5M1FA 3DLLL 1QQNA 1I39A 1X9JA 3AVLA 1L3VA 1OVQA 1TKTA 2HNZA 3QMLA 3CCVN 1T7PA 1YJ9N 3KLEA 1K9MO 2OZMA 1OH6A 4JK9A 5AZJB 2YJEA 4FVMA 4F9OA 3SJJA 4CJ5A 4FJLA 4F3OA 4DUZK 3BY5A 1MWKA 4JKEA 4CFCA 4KI6A 1W97L 1RDCA 4YOYA 1B9FA 2E5LK 2D0OA 3PIOL 1VQ5N 2HHQA 3C7NA 5EU7A 3ULEA 2NRVA 4RTFD 3OA9A 5AQRA 1U4BA 1KFDA 3VQ4A 1K8KA 2Z1GA 4KFBA 3DM2A 3FFKB 3WEEB 1B9DA 5C10A 1NJXA 4H5VA 4DLEA 4BRPA 5BR9A 1BQNA 4WQ4A 5BPLA 3HSCA 1IO2A 3NH0A 4FJIA 1ATNA 4BDYA 3JS6A 3TTCA 4DB3A 3AY9A 4FJ5A 1WSFA 3DOKA 4RWTA 4FJ7A 4WE1A 1YTAA 2IAJA 4ELVA 3VTHA 1GOCA 4B9SA 5AQKA 1NK8A 2OANA 4KHNA 3THWB 5HRSA 1S6QA 1CZAN 4KB0A 3BF3A 4Z4FA 2W6LA 4OPKA 1RBVA 2A6AA 1GOBA 2HHVA 1KLMA 3VF4A 4IOCL 4DSLA 4B3OA 4HCCA 4M7XA 1RBTA 5FROA 2QWMA 2Y1JA 1VSFA 1EXQA 3DLEA 4C1NI 1YVUA 2P9UB 4JKDA 4JS5A 4CJ4A 4CF8A 3FE1A 4X64K 3J7AP 2E2NA 4C8OA 3MN6A 5HROA 1YJNN 1S22A 5AFUA 4CBXA 4ZTFA 4JLHA 4EIAA 4ISGA 1TK8A 4FJ8A 1E3MA 3RR7A 3NCIA 1RDWX 4JNEA 2PY5A 1C0TA 1B92A 4EP4A 2WBNA 1VSKA 1L3SA 5C0YA 4CZMA 3FGUA 4JV5K 2IVPA 3KJVA 1F21A 1BI4B 5AQYA 1RBRA 1R59O 4KRFA 4CIGA 3NGIA 4O0JA 3WXKA 3RTVA 4O0IA 4KAZA 3VF2A 3LDPA 2NZTA 5F1XA 3CG7A 3S3NA 4C8LA 1SAZA 1N32K 3PO5A 4LC9B 3T3FA 2KLAA 2W6KA 5C15A 1HNVA 3TPQA 2WUSA 4AHVA 1HRHA 3OS2A 1D9DA 4YNQA 3H6EA 3DLKA 3O3GA 1YAGA 4C8NA 1VRUA 4E7LA 4YY3K 3L2RA 2FXUA 4DV7K 4CD3A 2I5JA 4KO0A 4AM7A 3MWPA 3O9RA 3CJ1A 4IFEA 3RVCA 3SNNA 2HNDA 2P5OA 1RT4A 3LL3A 1NJYA 1QQOA 2O8FB 5JICA 3K5NA 3CF5L 3CQXA 5HLFA 1R0AA 3OYBA 2GV9A 3VQDA 4ILHA 3E1YA 3H3OB 4DQSA 1WAJA 4GVMA 2G8WA 4FJGA 4B3RK 5LY3A 1Q18A 3BP8A 4FJXA 4CJTA 2UUBK 1WUAA 2D0PA 2V7ZA 3BGRA 3QICA 2ATQA 2QEXN 4CGFA 1NK4A 4HTLA 1BQMA 4O55A 4LF8K 3VEZA 4NCAA 3VQPA 4AF1A 3CFOA 1ASVA 5KQDA 5GADP 4CJFA 3CC4N 5AQNA 4JRQA 1OH7A 1M90O 5IT9O 4CZFA 4KI4A 1CLQA 2IS3A 3DOLA 4BC2A 3TARA 3IG1A 3IAYA 4PKHA 1QS4A 4BRFA 4WYBA 4HHTA 4IG0A 1S6PA 4BC4A 3QEVA 2OA8A 4H0YB 3QFPA 1CXQA 4IWVA 1N34K 3CCEN 1GLCG 2PBDA 4DTOA 4LFCK 4O44A 1WN7A 1YT3A 4B8AB 3WQUA 1BDGA 1TL3A 4JD2B 4JI8K 1BISA 1D9FA 4DF8A 1T6CA 1RBUA 4C8MA 4FM2A 4BREA 3A0IX 1VSJA 1Q86O 5AQSA 2BANA 4B08A 4IG3A 3AVCA 3MN9A 2DFEA 2QWLA 5FPMA 3I8DA 4CF9A 4F2SA 2Q36A 2DFFA 4Y1CA 2OYQA 4QS7A 3H1VX 4FW1A 3M8PA 2IOCA 3VENA 1K73O 3LPUA 4FLZA 3QERA 2O8BB 3HPGA 1U47A 4W5TA 3IMXA 3EE8A 3E66A 5HRRA 4FW2A 4DV0K 4XH1A 5KGXA 4W5QA 2P9IA 3E01A 3J8AA 1WSEA 1E4FT 1K6YA 4N47A 1ATSA 1EO1A 3D45A 4C1NK 4ID1A 4DCHA 4DR6K 1A5WA 4I9LA 1DEJA 3PY8A 1C0FA 3ENOA 4Z0UA 5JLFA 4CJPA 4CK2A 3K0SA 4L8RB 3AO1A 3WNHA 4DU4A 2V51B 3D2EB 2FBXA 3LALA 3DI6A 1JLAA 1D5AA 2NRRA 4V19S 1HYSA 3VPZA 1KVCA 4HCBA 1A5XA 1W0HA 3EZWA 4K41A 3O6WA 3T1AA 3O80A 5I9EB 3G6EN 4ZTJA 4GV3A 3G4SN 1J5OA 4CBUA 5E84A 4M45A 5J2NA 2QWNA 4CJWA 1S1VA 1T05A 3H3NO 3T69A 4G9ZA 4BVOA 4OVLA 3ULDA 4LFBK 4BE0A 1LWEA 1XHXA 3AVKA 3C6UA 1NK5A 5KPTA 4FLVA 3O4NA 3GDQA 3CERA 2BDPA 5AZJA 2F7TA 4B1UB 1JJ2M 1REVA 4GV9A 1Q82O 2ZJPL 3TAEA 4C23A 5FPEA 1JLBA 3T19A 4RW7A 2VWBA 3BEXA 1XMOK 1N36K 3PX4A 3AO3A 3FZMA 3V81A 1KCFA 1RILA 3KK7A 4BRMA 3SQ0A 3MX5A 2IDOA 4H5NA 3KK1A 5DM7L 5C12A 4YOVA 3MEEA 1S1XA 2GUIA 3AO4A 4JKAA 4UY8O 3WEEA 4FLWA 2IGIA 1ZBHA 5CHIA 4IKFA 1ZBIA 3SYZA 4JEPA 2O8EB 3P5JA 3J80O 1RDBA 1X9WA 4LF5K 1HNWK 4AH9A 4CF0A 4AHRA 2WFBA 4DSKA 3B8AX 5AQVA 3J7YP 2H3GX 1J6ZA 3LAMA 2E6LA 5KTQA 5C2FA 2RHKA 4DTXA 2NLXA 3THWA 1IBKK 4ICLA 3RMCA 4JKGB 3ENBA 4J8FA 4CZKA 1NK9A 4I2PA 3TSQA 3OTOK 4LF6K 2A3ZA 1BGXT 3RMAA 1YIJN 1JCFA 3NGZA 4DQIA 2YNFA 1LW2A 1SZ2A 2QWRA 3NH1A 3THVA 3L3VA 2P9UA 3EY1A 4GV6A 1QSYA 1NNEA 4H0OA 2QWOA 2NRTA 3VA3A 3RRHA 3KLGA 1KQSM 5E26A 4CGJA 4F8RA 4FJJA 3MXMA 1YITN 4BR7A 3VN5A 5ADXA 3VETA 2YCHA 4FLTA 3R9PA 1WBBA 2UXCK 1NGEA 3S3MA 5FLXO 3BF1A 1VSMA 5LMUK 4O4GA 3VQBA 1A5VA 3HI0A 3V1OA 3AO5A 4IDKA 4JI4K 2ETJA 2P5GA 3AO2A 4LFAK 4FWMA 4RCHA 2Q31A 5GAGP 3VQEA 1BI4A 3TI0A 3VQ7A 3OJUA 3W0LA 3P39A 1TGOA 3JAMO 4DTJA 2QKBA 4XH4A 2P9KB 4JHDB 1TL1A 3VGLA 5AQGA 2HBJA 5AQTA 4KHYA 2HHTA 1C1BA 3ENHA 3CCQN 1WOQA 2AP1A 4WCEL 2OPSA 3O5BA 4O8UA 3NDKA 3T7ZA 3K59A 2A42A 3AVHA 3V1RA 3OYCA 4DQQA 2JGUA 2XHBA 1J53A 3SAHA 1MA9B 3KK3A 4A61A 3QETA 3UKUB 2OZSA 1SS6A 4J2DA 1WLJA 2D0BA 2KQ2A 1RBSA 4YOUA 3C95A 4K8ZA 2E88A 4CFAA 2XY6A 2O8FA 1UA1A 4FO0A 1I3AA 2YHWA 4DTSA 4H8KA 4IO9L 1QSSA 4H4OA 3QEPA 4CF1A 3WQTA 2G8IA 2KW4A 5AQXA 2D4WA 3D2FB 4RW6A 4BRKA 4BDZA 3MX2A 5AJ3K 2VWJA 4OPHA 3VTIA 2HHWA 3ZSYA 1LW0A 3M8RA 4KV8A 3G10A 2FSNA 3ZX0A 3K9KA 2VCPA 3EEQA 3LZIA 1U2VB 5CZ1A 3L4QA 3OBYA 4E0DA 3RWUA 1JL2A 1LOTB 3P4IA 4GKKK 4BRQA 4CJKA 1LWCA 4DSIA 3CCLN 3M8QA 2GWJA 2BE2A 3U3GA 1T6DA 4B9MA 2XY5A 3GG4A 4LF4K 3SQ4A 2DFHA 4Z4IA 4DQRA 3HL8A 4AHUA 1NGDA 1VQPN 3BZCA 3SBGA 5GIOA 1FJGK 4B9QA 3TAGA 3UE5A 1GLEG 3QNOA 4FWPA 4R79A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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