1VQ4N

The structure of the transition state analogue "daa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq4N00
1VQ6N 3I55N 2OTLN 5MLCQ 1KD1O 3CCQN 1W2BM 3CC2N 1Q86O 1YJWN 5GAHP 1YIJN 1VQPN 2QA4N 4WF9L 3CCUN 2QEXN 3I56N 3CCRN 1YJ9N 4WFBL 1KC8O 5GAGP 3CC4N 1VQLN 3CCLN 3G71N 5DM7L 3CMEN 3CPWM 4IO9L 3CC7N 3CXCM 4IOCL 1K73O 1OVYA 1QVGM 1YJNN 5GAEP 1JJ2M 3G6EN 1K9MO 1VQON 5JVGL 1M1KO 3CMAN 4WFAL 1N8RO 1S72N 4UY8O 1VQ8N 3CF5L 1M90O 1VQ4N 4WFNL 3CCJN 3PIPL 5JVHL 1VQNN 1K8AO 1KQSM 1VQKN 1Q82O 1VQ7N 5DM6L 3OW2M 3CD6N 2ZJQL 3J7ZO 4IOAL 3DLLL 1VQ5N 2ZJRL 2ZJPL 1YHQN 5H1SQ 3G4SN 1VQ9N 1NJIO 1Q81O 3CCEN 2OTJN 5HL7L 1Q7YO 4WCEL 1QVFM 1ILYA 3PIOL 3CCSN 5GADP 3CCMN 1YI2N 1VQMN 1YITN 3CCVN 4U67L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NLBA 4DTSA 3THXA 3FR0A 3SAFA 3THYB 4FK4A 4B1VA 1NGAA 1QS4A 1ASUA 1V4TA 3AA5X 3LPTA 4JS4A 1XHXA 3WNEA 3DLKA 2Q3SA 2YKMA 4NYFA 3VQQA 2OZSA 2HHTA 2ETJA 3CCUN 3LDPA 1IV0A 5BRDA 2OPPA 1S1TA 1NOZA 1Z6RA 4DS5A 1N5YA 3VQEA 1A5VA 4O55A 3KD1E 3TAQA 3QESA 5HRNA 3DAWA 3SQ2A 4M3UA 1GOCA 3M5RA 1RTJA 3BF1A 4GKKK 3RRGA 4OX9K 1GLJO 3OVNA 2HNZA 3G25A 4DR5K 3S9HA 2P9UA 2PYJA 3AVNA 1JL1A 2YJFA 4H5VA 2HBKA 2RHKA 3AAQA 4JD2A 3D2FB 2F7TA 3LAKA 3K5LA 3O9UA 3M3ZA 3V1RA 1S72N 1MWKA 3ZEUA 4PUOA 3ZSOA 4F2SA 5J2QA 4CZJA 2PAVA 3MXMA 1NLVA 2VYPA 3K0SA 4JI7K 4JHDA 3OW2M 3CD6N 4Q0BA 5C2DA 1REVA 2FBVA 3VERA 1WLJA 4DMNA 3EKSA 3J80O 1YAGA 3G4SN 1RFQA 4EP4A 4CFDA 1BOTO 1VQ9N 1Q81O 1NGGA 3AAPA 4M41A 3NH2A 4FLXA 2FF6A 5BR8K 4AHVA 3SMPA 3H3NO 4HTUA 1L3UA 3OYGA 2R7YA 3L3UA 4PHTX 1X9JA 4CVNE 4DUYK 2F8SA 1XC9A 3T1YK 3WEEB 4QAGA 2UU9K 4I2QA 4CGJA 3J8AA 1L3SA 2W42A 4RG8A 5FROA 1L3VA 2A5XA 5IWAK 2RPIA 3FZFA 3ZT2A 3AVAA 3RMAA 3U9ZA 2ZQBA 3DLGA 4JI0K 4CJQA 4CBUA 3FZMA 4IJNA 4JEPA 4Q5VA 4CIGA 3UKUA 4KFBA 4NCBA 4B8AB 5AQKA 4HCBA 3VA0A 1EQYA 2F96A 4FVMA 3ALYA 4CHYA 3QICA 4LH4A 2QWMA 4KV8A 4DTNA 1HKGA 4BACA 5EOYA 3VGMA 2P9UB 1U6ZA 4NCAA 4E7KA 3M8RA 3IDHA 4XEIA 4M3RA 3G0ZA 3R9PA 3OS1A 1WUAA 1M1KO 2Y1JA 1LCUA 5LJWA 4WFAL 3VQDA 1VRTA 2QWQA 3MXJA 3HOSA 1M90O 4H5TA 3KLFA 4K8XA 4LY7A 2I5JA 5JVHL 4WE1A 1O1WA 3HL8A 2W6LA 3LDNA 1S9GA 4B1XB 2O4GA 2P9NB 1S5JA 4DFJA 3C6AA 4EZ9A 2KZZA 5DMRA 4DS4A 3AVIA 3A2FA 5KTQA 3IS9A 4FWQA 4DG1A 4J2AA 3EO3A 4CHZA 2P9IA 5GIOA 3M8SA 2WTUA 1NK0A 3L4IA 4JK8A 4BGBA 3B8AX 4K25A 4FK0A 4IG3A 2Q97A 4KHSA 4DSLA 4DV7K 1X9SA 4BROA 1NNEA 4AQYK 1TL1A 3DI6A 2B5JA 4MO4A 3L2UA 3DXMA 3CCMN 4KREA 2G8HA 1LWFA 3O1BA 3VQBA 3VQ4A 1HPMA 2QTDA 3A0IX 4CEBA 3PX6A 2GX9A 1C6VA 1NBWA 3VQ7A 5KRTA 3L2VA 2RKIA 3BP8A 5B8HA 3ZT0A 3SQ4A 1RBRA 2WC9A 1B92A 4RW6A 4E7JA 4IFYA 1W2BM 4IDKA 3SQ0A 2OANA 4CEEA 4HVJA 2B4JA 3MMVA 3JXUA 1SUQA 2W41A 4H0PA 3OYDA 4CF1A 1BU6O 3AVJA 4A59A 2IOCA 3PX0A 5J1EA 4ELVA 2VG7A 4FOEA 1CZ9A 1WAFA 3AVGA 1UAXA 2JWLA 4RW8A 3VQ9A 1GOAA 4JKAA 3C7NA 1OKJA 2E8AA 2QK9A 2OZMA 4CEOA 1YTUA 2AJQA 3KJVA 1ASWA 1BUPA 5F2RA 3SPZA 1T03A 4F4KA 1UA1A 1WN7A 1U2VA 4FWLA 3LP2A 1NJYA 5AQLA 1N8RO 3S3MA 3THWA 2A1SA 4B9MA 4W5QA 2HF3A 3PIPL 4DFMA 4DSKA 1W97L 3VEXA 3AO2A 1RT1A 3SUPA 3WXKA 1Q82O 3K58A 4LF8K 2HHHK 2A3ZA 3SNNA 3ZX0A 4B3RK 5TKYA 4CJWA 5M1QA 3VETA 3HPOA 5AQYA 4X66K 3C94A 4QS7A 3ID6A 4I9LA 2P9PB 1NG9A 4BR7A 1QVFM 3BGRA 5C24A 1NGDA 5C25A 4H8KA 2KFNA 4E1JA 1QZ6A 2QXFA 2PYLA 5EY4A 3NHGA 2O8DA 2RN2A 3TANA 3CJBA 4MDAA 2XO7A 2NNWA 3MCPA 4DV6K 3KTQA 1TVRA 2D0AA 3MN7A 1JCFA 4M45A 4KH5A 3VF2A 4CK1A 5CE3A 4JHDB 3I55N 1YTAA 4M7YA 3U9DA 5KGXA 1BCMA 3JYTA 3D6RA 3F5TA 3K2PA 3TABA 2UUCK 1BQMA 3VGKA 2XY6A 1WSJA 5LJVA 3NF9A 3HZ6A 1T3VA 3HBTA 1S9EA 4BR0A 1DKGD 3M8PA 4WYBA 3SMSA 5GIPA 2ZGYA 5AZIA 4CJ3A 4N56A 3L3VA 4A5AA 4CJPA 5BREA 1N33K 5AQJA 2EHGA 1HQUA 4FL9A 1K73O 1QVGM 2H3GX 3CQXA 3U6FA 5ELZA 1IBMK 4F3TA 4ILGB 4NCGA 2YCHA 3L2RA 4CGFA 4W5OA 1LV5A 4DTJA 3JSMA 1T6CA 4DV1K 2HHSA 1VQ4N 2PY5A 1U45A 1MU2A 3C6TA 4ELTA 1RT7A 3CFPA 4FZYA 3QEVA 4ISEA 4LF7K 1GLAG 5FPNA 4DR1K 2O8CB 2E1YA 1BA1A 2ZJQL 2DFEA 3ASMA 3BF3A 5KRSA 4DTUA 1HNWK 4JKEA 3THVA 1ATRA 3RSEB 1VSLA 3H45C 1JLCA 3QB0A 3CPEA 1UA0A 4WCEL 5BPNA 5EU7A 2Y1IA 1E3MA 3RMBA 4M7XA 4CJEA 3NH0A 3OYLA 4JKFA 5BN8A 4LFAK 2E88A 1IKXA 4GVMA 2P9NA 5KI6A 3K5NA 1NGEA 3MEDA 4WQ4C 4DF8A 4M3YA 4FLTA 2YHAA 1MDUB 5AQNA 3QMLA 5LMUK 4DQQA 4IKFA 3VEZA 4Z4FA 3LANA 2GUPA 2FBXA 4H4OA 3HVRA 3B6PA 4HUFA 4QS8A 1QSLA 3BY5A 2VCPA 3C7NB 4O8KA 1JLFA 3K9KA 1NGHA 4DB3A 5LL6Z 4DU1A 4CI6A 1HJRA 1GLEG 4V19S 3T7ZA 1XHZA 4GV9A 2PFUA 2KFZA 3BEXA 2OYQA 1XC3A 3VF6A 3WXLA 4BRDA 1YJ9N 2HMPA 5I42A 1NJZA 2FXUA 1VQLN 3I8DA 3F73A 3TTFA 1Z05A 3OS0A 4CFCA 2BANA 1QE1A 4PQUA 3CPWM 2QKBA 1BI4B 4KHYA 3U8XA 4RWTA 4W5TA 1S1XA 5AQQA 5AQTA 3CQ8A 4LH5A 3A5OC 4CERA 3PO5A 3AY9A 5FLXO 4DKWA 4KPYA 5KPRA 3K57A 4LF4K 1CZBA 2D0CA 4RW9A 5AQUA 2V7ZA 4FWOA 3TWHA 1H1VA 1RDBA 3MN5A 2QWPA 4FO0A 3AVLA 1SL1A 3CCJN 1WSEA 4M3XA 2AP1A 1EX4A 3P39A 3ZT4A 3WQUA 4CHQA 3CERA 4CJ4A 3DMJA 5E26A 3ZYYX 3P38A 4FJHA 3AO1A 1J54A 5JS2A 3W3DA 4FPAA 4GW6A 4CJTA 1LOTB 1X3NA 4KTZA 4FJ5A 5BRHA 2QXLA 2NZTA 4CD3A 5H1SQ 4M63C 4AHTA 1IKYA 3PSFA 1YT3A 5HL7L 4CW7B 5AQSA 2YNHA 3DXKB 4OVLA 1RBSA 4GV3A 1Y64A 4BR5A 4FJIA 3P5JA 4PWDA 1NGJA 4LD0A 5KPZA 3FFKB 4IG0A 1CLQA 4GVEA 3DYAA 3LWMA 3O8MA 5AQZA 3SQ1A 1EKEA 1WBBA 3QIPA 3AO3A 4DUZK 5ADXA 3EEQA 3G10A 3OYIA 3MK6A 1W7AA 1YUWA 3HSCA 3O9RA 3P83D 4AHCA 4FK2A 1XI1A 2D0OA 3AVKA 3VQCA 4CFBA 2ATQA 4C8NA 3EE9A 3LWLA 3MEGA 1Q8IA 3PSIA 2E6MA 4R79A 3E1YA 4H5NA 1BQNA 2JWKA 3M6GA 3P31A 4IEEA 3HJFA 4JKCA 3Q7CA 1TK0A 5E84A 5SZTA 4HUGA 4HUEA 1K6YA 5M1NA 4XH5A 3DXMB 2Q2RA 3SV3A 1JJ2M 1K9MO 2CH5A 3U4LA 2IGIA 2NRHA 4FOIA 3HPHA 1NK7A 4GMJB 2OCEA 1DEJA 3CJ7A 1NGCA 4WFNL 4E3SA 5AFUA 3TAPA 1U49A 4CJRA 3O5BA 1GLBG 4BG8A 2UYTA 1JLBA 1HYVA 4AHUA 3DRSA 3LL3A 4N5SA 2FSJA 2HB5A 2QI2A 3HXMA 2YV0X 2HHWA 4FPBA 3S41A 1VHXA 4H0YB 3SBGA 1S6PA 3VTIA 3KLEA 3DLLL 4A57A 1VK0A 2LSNA 1IBLK 3AGRA 5HOOA 5J2PA 4FJKA 3O6WA 1TKXA 1Q7YO 4LSLA 4FW1A 4W5NA 1WSHA 2W40A 1ILYA 3LM9A 4YDUA 3PIOL 3B6OA 4AM7A 5AJ3K 4UQGA 1T8EA 3VEWA 4MLHA 4JS5A 4J8FA 4CEFA 5I3UA 1XUPO 3FZHA 4B9QA 2KHOA 3BZKA 5M1PA 1EP4A 2GELA 1B9DA 3OYHA 3J81O 1OH5A 4CJVA 4YOYA 4BVOA 3J7YP 4CEAA 4AF1A 1QZ5A 3TR8A 4K43A 4PKHA 4DTPA 1WSFA 4CGGA 4CJKA 2BH1A 5ADXH 3MAQA 3SUNA 1QSYA 3DLHA 4ISGA 2Z1IA 2F9WA 4BRQA 3CJ1A 1HR0K 3CCQN 4OLBA 1HKBA 1HNZK 4OPAA 1T44A 1JXBA 3IMXA 1SZ2A 1WSGA 4NYNA 2Q1NA 4KI6A 4B1ZA 4Z4EA 1T6DA 1CXUA 4DTMA 1NK6A 3V1OA 3T3FA 3O9TA 4DF4A 3OYCA 1NK8A 1KC8O 4A2BA 3CC4N 3C6UA 2OPSA 4KRFA 3HP9A 2QWLA 4QS9A 3QEIA 4XH1A 1RCHA 2VG6A 5C12A 4FLUA 3QFUA 3ZSXA 3QDKA 4EFHA 4X65K 1JL2A 5GAEP 1SKSA 4A2AA 1NK9A 3PY8A 5HP1A 3E01A 4Z4HA 3ULEB 4BRHA 3OYEA 3V9UA 4ILJA 2GTDA 1BCOA 4CIEA 4CZMA 4GY2B 3KLIA 4HTLA 4BRLA 3CF5L 4B9UA 2IAJA 4Y1DA 2YKNA 4IFVA 2HVHA 2P9KB 3A5MC 5AQRA 3ZCMA 1KAYA 1RBVA 1QHAA 1ZXOA 2DTUA 1U04A 4IJAA 4A62A 4KAZA 1HX1A 1J5OA 5AQHA 1UOCA 4QOZB 3V1QA 2FBYA 3PO4A 2IVPA 1U2VB 1JCEA 4CJ7A 4CGHA 2DFFA 2P9SB 4E7HA 3OJSA 2GWJA 5KQDA 2E6LA 1U47A 1XNQK 3A5LC 3IAYA 4OGCA 5M1KA 3NE6A 1IH7A 3AVFA 2A1RA 3EZ5A 5AQGA 4FJLA 4BWMA 3RTVA 3C95A 2O8BB 3VQ5A 4AHRA 5TKWA 3RWUA 3HVTA 4IFEA 3SLCA 4WQ5A 4LFCK 2NRTA 1TK8A 1VQ6N 2FBTA 3FGUA 1VSIA 3TSQA 4CGDA 4FJNA 1YF5L 1T7PA 3FZKA 3VENA 4C1NK 2HBMA 1FJGK 2ASMA 4K0KK 3HOTA 3W0LA 4H0VB 3SZ2A 3KK3A 3BDPA 5AQIA 3HRGA 4WQ5C 3IFRA 3MXIA 3ZSYA 4J2DA 4A5BA 1S3XA 4R5PA 3KK2A 4QCLA 4KBOA 5JMVA 4MO5A 2VQFK 1RBTA 3CC7N 3QNOA 4CBXA 4FWMA 5AQXA 4E1MA 3KHYA 4CGIA 1RBUA 4E19A 2QWOA 1S1WA 1R59O 3SI6A 1FKPA 4DR4K 2V51B 1RILA 1FKOA 4JNEA 5AFUH 2O8FB 3MECA 2GUIA 3V81A 2X6SA 4JRQA 1KFSA 2NRRA 3OYMA 1RTIA 3D2EA 1ATSA 5CYQA 3RR8A 4M3WA 1D4XA 3OYNA 2CGLA 2HNYA 4OO1J 3LDQA 5M1FA 3SAHA 4H0XB 4BRAA 2B6AA 2DPNA 4CZHA 1YVUA 3OYBA 3VA3A 3SJJA 2Z1JA 2BUPA 2ZJRL 1NJXA 1YHQN 1KTQA 4YOVA 1BA0A 4KHUA 3N4QA 4DLEA 1GLFO 4GKJK 3C65A 3AVMA 1YVNA 4L3QA 4DR6K 1RTHA 5CZ1A 3IG1A 3NF8A 1IKWA 1ZBSA 1KAZA 2PZSA 3OTOK 3SBTA 3MX2A 4BDYA 1BGXT 3TSUA 5FDLA 3UIQA 3QBXA 4DSIA 4G9ZA 1F21A 4FZZA 4Z4GA 1VSKA 3RR7A 1NMDA 4E7IA 1RDDA 3QETA 4BC3A 4AILC 1OH6A 4B3SK 1SAZA 1GLLO 3EE8A 4DV5K 4KHPK 4C1NI 3WUHA 5AQMA 3VESA 1TL3A 3DLEA 2VG5A 3TPQA 3VPZA 4HCCA 4CECA 4DV3K 3T1HK 5DK5A 1RTDA 4BRMA 4I6MB 3NGIA 3OS2A 3TAFA 4FJGA 2P5OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ6 N;  3I55 N;  2OTL N;  5MLC Q;  1KD1 O;  3CCQ N;  1W2B M;  3CC2 N;  1Q86 O;  1YJW N;  5GAH P;  1YIJ N;  1VQP N;  2QA4 N;  4WF9 L;  3CCU N;  2QEX N;  3I56 N;  3CCR N;  1YJ9 N;  4WFB L;  1KC8 O;  5GAG P;  3CC4 N;  1VQL N;  3CCL N;  3G71 N;  5DM7 L;  3CME N;  3CPW M;  4IO9 L;  3CC7 N;  3CXC M;  4IOC L;  1K73 O;  1OVY A;  1QVG M;  1YJN N;  5GAE P;  1JJ2 M;  3G6E N;  1K9M O;  1VQO N;  5JVG L;  1M1K O;  3CMA N;  4WFA L;  1N8R O;  1S72 N;  4UY8 O;  1VQ8 N;  3CF5 L;  1M90 O;  1VQ4 N;  4WFN L;  3CCJ N;  3PIP L;  5JVH L;  1VQN N;  1K8A O;  1KQS M;  1VQK N;  1Q82 O;  1VQ7 N;  5DM6 L;  3OW2 M;  3CD6 N;  2ZJQ L;  3J7Z O;  4IOA L;  3DLL L;  1VQ5 N;  2ZJR L;  2ZJP L;  1YHQ N;  5H1S Q;  3G4S N;  1VQ9 N;  1NJI O;  1Q81 O;  3CCE N;  2OTJ N;  5HL7 L;  1Q7Y O;  4WCE L;  1QVF M;  1ILY A;  3PIO L;  3CCS N;  5GAD P;  3CCM N;  1YI2 N;  1VQM N;  1YIT N;  3CCV N;  4U67 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NLB A;  4DTS A;  3THX A;  3FR0 A;  3SAF A;  3THY B;  4FK4 A;  4B1V A;  1NGA A;  1QS4 A;  1ASU A;  1V4T A;  3AA5 X;  3LPT A;  4JS4 A;  1XHX A;  3WNE A;  3DLK A;  2Q3S A;  2YKM A;  4NYF A;  3VQQ A;  2OZS A;  2HHT A;  2ETJ A;  3CCU N;  3LDP A;  1IV0 A;  5BRD A;  2OPP A;  1S1T A;  1NOZ A;  1Z6R A;  4DS5 A;  1N5Y A;  3VQE A;  1A5V A;  4O55 A;  3KD1 E;  3TAQ A;  3QES A;  5HRN A;  3DAW A;  3SQ2 A;  4M3U A;  1GOC A;  3M5R A;  1RTJ A;  3BF1 A;  4GKK K;  3RRG A;  4OX9 K;  1GLJ O;  3OVN A;  2HNZ A;  3G25 A;  4DR5 K;  3S9H A;  2P9U A;  2PYJ A;  3AVN A;  1JL1 A;  2YJF A;  4H5V A;  2HBK A;  2RHK A;  3AAQ A;  4JD2 A;  3D2F B;  2F7T A;  3LAK A;  3K5L A;  3O9U A;  3M3Z A;  3V1R A;  1S72 N;  1MWK A;  3ZEU A;  4PUO A;  3ZSO A;  4F2S A;  5J2Q A;  4CZJ A;  2PAV A;  3MXM A;  1NLV A;  2VYP A;  3K0S A;  4JI7 K;  4JHD A;  3OW2 M;  3CD6 N;  4Q0B A;  5C2D A;  1REV A;  2FBV A;  3VER A;  1WLJ A;  4DMN A;  3EKS A;  3J80 O;  1YAG A;  3G4S N;  1RFQ A;  4EP4 A;  4CFD A;  1BOT O;  1VQ9 N;  1Q81 O;  1NGG A;  3AAP A;  4M41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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