1VQ4N

The structure of the transition state analogue "daa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq4N00
3CF5L 1VQ8N 3CC2N 3CC4N 1K8AO 4WFNL 1VQ7N 4IOCL 5MLCQ 1VQON 3CCSN 3CCJN 3I56N 5DM6L 1ILYA 3CCUN 1OVYA 3I55N 1VQKN 3G6EN 2ZJQL 1N8RO 3DLLL 1QVGM 2OTLN 3CMEN 4WF9L 1YHQN 2QA4N 1VQ5N 1Q82O 3CCMN 4IOAL 1K73O 1YITN 1Q81O 2ZJPL 4IO9L 1VQNN 1M90O 1KC8O 3G71N 3CD6N 4WFBL 5HL7L 3PIPL 1YI2N 3CCRN 5JVGL 1K9MO 1M1KO 1VQ6N 3OW2M 1YIJN 3CCVN 3PIOL 1NJIO 1Q7YO 1S72N 5GADP 4UY8O 5GAGP 1YJWN 3CCQN 3CXCM 3CPWM 5DM7L 1KQSM 3CMAN 5GAEP 1VQ9N 3CC7N 1QVFM 1Q86O 5H1SQ 1VQ4N 4U67L 2ZJRL 5GAHP 1VQPN 4WCEL 3J7ZO 3G4SN 3CCEN 1YJNN 5JVHL 1VQMN 4WFAL 1KD1O 2QEXN 3CCLN 2OTJN 1VQLN 1YJ9N 1JJ2M 1W2BM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ITHA 4H8KA 4EFHA 4B3MK 2W6LA 3DWLA 1HQUA 4AH9A 3O3GA 2IGIA 2Z1GA 4PA1A 1YT3A 3AO2A 5KPRA 4LSLA 4FJNA 3CQYA 3O1WA 5C25A 3TU5A 3J7YP 2Q97A 3I55N 4CJ4A 4H0XB 4DTUA 1MA9B 5AQHA 3THVA 3MXMA 3VENA 3F9MA 4DR6K 4IFYA 1YITN 4H0OA 4JD2A 3NFAA 1YVUA 4NO7A 5IT9O 5FPEA 4FWQA 4BRNA 4K43A 3FZLA 3SNNA 4M3WA 1NGAA 1Z6RA 1SV5A 4LF4K 2D0CA 3EE8A 4O5BA 4DS5A 3HI0A 4RW6A 4BR9A 1HKBA 4UQGA 3T1HK 2AP1A 4E0DA 2Q0RA 3TR8A 5J1EA 1M1KO 1NK9A 3K5LA 4LF9K 4CERA 3J7AP 3PIOL 1J5OA 2QWOA 4BC5A 2HBLA 2WOMA 1U49A 5HP1A 3LALA 3ZT3A 4F3TA 2GWKA 3MCAB 1BO5O 1VSKA 3V9ZA 1QSYA 3WNFA 4BRPA 3PO5A 4FLXA 3AVFA 1O13A 2RN2A 4JAXA 5J2QA 1QS4A 1EWRA 4IZ9A 4H5RA 1TAQA 4JKGA 3FZKA 4J8FA 3HYFA 4DSFA 3DLRA 3P83D 2O8BA 3V1QA 3DAWA 1JLEA 5AJ3K 1QQOA 2E4LA 3OYFA 4Z94A 3THWB 1BIUA 1E3MA 3M8QA 1ATRA 5JICA 3QDKA 1QQMA 5F2RA 3PSFA 2I7NA 4ELTA 1TVRA 4KTZA 4PKIA 1J9AA 2FBVA 1W2BM 2OZMA 3ZT2A 4XH1A 2CGLA 3AVCA 1EO1A 3LDNA 4GVEA 1LOTB 4FCYA 4M7YA 4M3UA 1Y97A 4M63C 3OYAA 4K25A 4LH4A 4DTSA 2QWMA 1YTAA 3MX2A 1OVYA 1O1WA 2VQEK 3TI0A 4BC4A 3G6EN 3PX0A 4DTNA 2OTLN 1GOBA 1W0HA 3CYMA 4JS5A 1FK9A 4WF9L 3K5OA 3D0PA 4DFKA 4E7HA 3DLGA 3H3NO 5C24A 4I9LA 1K8KA 3AAQA 2VGMA 2H3GX 4CIGA 2DFFA 3UKRA 4I6MB 3IFRA 4FOEA 1XC9A 3HT3A 2E1YA 4WFBL 1QZ6A 3SUPA 4B9NA 4FWMA 1EX4A 4JI2K 4Z4CA 3L2QA 4DR1K 2KFZA 1J6ZA 2FBXA 1JLBA 2EWSA 4ICLA 3TSQA 3SAHA 5C15A 4CZKA 2D0BA 1RFQA 4FJ5A 3PX6A 5BPMA 3WXMB 1P8ZA 3H1QA 1NJIO 1GLLO 3NDKA 4CEDA 4KRFA 5E41A 1UOCA 1BDGA 1BUPA 3QMLA 3VERA 2P9UB 1RGIA 2VYPA 4L8RB 4Q0BA 4PKHA 1L3SA 1VQ4N 4A61A 3H3OB 1GLAG 2HHHK 2Q31A 3KWGA 1ZBFA 3ENBA 1SL1A 1JLGA 2Y1IA 2BDPA 3F9KA 2AJQA 3G4SN 4A5BA 3L3VA 4Z4EA 3OVNA 3SCXA 2QWPA 2IAJA 4CF9A 4BE0A 4JKEA 1WBDA 2ZGZA 5EY4A 3LWMA 5F0XA 3VQQA 3LM2A 1BOTO 1IBLK 5FROA 2O8DA 4B1UB 4DV3K 3SUOA 1RBUA 3E1YA 3LAMA 4CEBA 2P9LB 4O5FA 1T05A 3HL8A 4NLBA 1B9FA 1KAZA 4V19S 5AQWA 4FWLA 3JXUA 1NOZA 2O4IA 2W40A 2HW3A 2HHXA 1VSLA 3CCSN 2WUSA 1JLQA 2V51B 5AZIB 3KK1A 4HHTA 3QIPA 3CJAA 4BVOA 4CZLA 3CJ1A 4FZXC 4IG3A 3O9UA 1VQKN 4DSEA 4U7BA 4F4KA 3TPQA 1Z26A 2D0OA 5AQRA 4IO8A 4RW9A 4PKGA 4ISFA 1NK5A 2G8WA 4DS4A 1YHQN 3AVHA 4C8MA 4CZFA 3ULEB 4CJTA 2VG6A 5BRHA 3KLHA 4IOAL 3LP3A 3TAGA 1UWBA 1A5VA 1SQKA 3OS2A 1NK8A 3HP6A 3E66A 1BQMA 3DLEA 3D2EB 3H1VX 2ZF5O 3AVMA 4IO9L 3ZLJA 2B6AA 1NK4A 3MAQA 4YHHK 4CJFA 4JKDA 3WXIA 4DQRA 2XY6A 2G8KA 5HROA 3CCRN 1KXPA 5JVGL 1NMNA 4FJJA 1RBSA 3OYHA 1U6ZA 2CH6A 4WQ5C 1VQ6N 3NE6A 4Z0UA 3CCVN 3LDLA 2PBDA 5KGXA 4DHYA 4DR3K 3HP9A 2EHGA 3TARA 2UXBK 3HVRA 4LFBK 3GBTA 4A5AA 2IVOA 3HSCA 1RT4A 4NCBA 5FDLA 3OTOK 3H6EA 4BG8A 2KQ2A 1WUAA 3EZ5A 4FJ7A 3HM9A 4DSLA 2ZQBA 4CJ3A 1OH5A 2ETJA 1YJNN 1XC3A 4JI7K 4NXMK 2E1ZA 3KLFA 2O8FA 2OANA 1X9SA 4FWKA 4M3ZA 3TTFA 1BCOA 1HNZK 3VQ7A 1JXEA 3SBGA 1IBMK 1S9GA 1QHAA 1SKWA 4M41A 4O8KA 3CC2N 1FKOA 1IG9A 4BVPA 2UXCK 4OO1J 4JHDB 3P39A 3I56N 3WT0A 1R0AA 1L3VA 4FPAA 5LL6Z 1QQNA 2GWJA 3PLAA 1ESVA 3QERA 3S3NA 3ZSVA 4JI3K 3IRXA 1X9MA 2PZSA 5M1NA 1ASUA 2VQFK 3VGKA 4FW2A 2YKMA 3G25A 4DMNA 4LC9B 1TYQA 3OY9A 3M8RA 4DSJA 1HYSA 4M3RA 4DTOA 4ZTJA 2DFEA 3V6DA 4ZTFA 3DLBA 4CJLA 1SUQA 4EIAA 4CJ5A 1BL3A 3V1RA 2WFBA 1N36K 3ZEUA 5HOOA 1T6DA 3CD6N 4GKKK 4DQPA 4EZ6A 3HXMA 1B9DA 3AY9A 4BRGA 2BGGA 3O8MA 4DF4A 4E7IA 4B1YB 4HTLA 2E8AA 2V52B 5GIPA 1CZAN 5E26A 1NGBA 5LJVA 4BWMA 3LDSA 3MEGA 1BI4B 1Z05A 1Q7YO 1ASVA 3CERA 1IKWA 4AHRA 3RVCA 2YHBA 3LP1A 4JKAA 3AGKA 1HLUA 4W5OA 1N6QA 3TSPA 4CEQA 4AHCA 3FZFA 1JLCA 3EE9A 4O44A 1KFDA 1C1AA 4FL9A 4KB1A 3THYB 1A5XA 4CK1A 4BQLA 3QINA 1D9DA 4A59A 3T3FA 4CHZA 5JMVA 4JK9A 1QSSA 4C8OA 4JRQA 1ASWA 3DLHA 4AQYK 2AA4A 3L4QA 4CF8A 3ID6A 5AQGA 4Y1DA 5M1FA 2XRIA 1V4SA 4B1ZA 1IO2A 5J2PA 1JLAA 4ID5A 1FKPA 3L2WA 4ELVA 5AQQA 1BIZA 2XY8A 2F9WA 2O8CB 1QVGM 3VEVA 4AHVA 4H0PA 1HJOA 4JI0K 3NH1A 2I7PA 4Z4HA 1B92A 2HBKA 4FJHA 3SI6A 4BRDA 1XUPO 3SBTA 2Q0UA 1M90O 3VA0A 1XNRK 5DK5A 4LSNA 4FXDA 3VTHA 5C10A 4H5VA 1JLFA 4CZEA 2E5LK 5ELZA 3O5BA 1RDBA 2HHSA 3MN7A 4BACA 4CJ7A 5HRSA 4CGIA 3LDOA 4B8CA 2DFHA 3I0SA 3H45C 2HHTA 4CJRA 3OYEA 3OW2M 1WSIA 5AQZA 4BRLA 3WNEA 2J4RA 4J2BA 1HKCA 3DYAA 1VK0A 3FLCO 3U4LA 5C2FA 3SZ2A 1ATNA 3RMCA 1GLEG 1TKDA 1W9HA 1LV5A 1D9FA 4XIUA 1KSPA 4KREA 4I2PA 2XY5A 1VQ9N 3C6UA 2KHOA 4E7KA 2IVPA 3MEDA 1JKHA 3OYMA 1OH8A 3KWIA 2G8UA 3QB0A 1Z25A 3BZKA 2HHUA 2E2PA 3LZJA 3DRSA 4DFMA 1TKZA 4OJRA 2ASPA 2YJFA 4WE1A 5F1XA 1VQLN 2RHKA 3ID8A 4IXCA 4PY5A 4WYBA 2P9NA 4CJWA 3L8BA 4JN4A 5KPZA 3NVMA 2HVIA 2NLXA 4ILHA 4CJPA 1GLDG 3KZBA 1D4XA 4RW7A 1EXQA 3OS1A 3SQ1A 1NGJA 1U45A 2P9PA 3LL3A 4EP5A 4BQZA 3BZCA 5JLFA 4EHUA 3NH0A 3L0QA 4B9QA 2O8EB 1LAVA 3ZYYX 3D45A 4HCCA 4HUEA 3V4IA 1NGGA 3V9UA 2P5GA 3RSEB 4BGAA 3K57A 4JKHA 3ZETB 4CD1A 4Q5VA 3QEXA 3JAMO 2OPSA 2HOEA 1ZC6A 1NGEA 3D2FA 3OYKA 1KC8O 1WSEA 4X66K 4DTPA 2PYLA 2OPRA 3C7NB 3P5JA 3E9LA 4CGGA 3FZMA 4CEZA 1CXQA 3F5TA 3MN6A 2P9IB 4DTRA 4DFJA 3WNHA 4DSIA 4B3TK 5JS2A 5AQXA 1C0FA 5AZJB 3TANA 4N47A 1KQSM 1XWLA 2D5RA 3VGMA 4FWNA 4CW7B 3CHWA 4DCHA 3RR7A 3M6GA 2UYTA 1HX1A 4JKCA 1T6CA 4I7FA 2HBJA 4B9UA 2Q3SA 4Y0WA 4E1JA 2JWLA 3A2FA 5CHIA 2JWKA 1GLFO 1U2VB 5AQOA 4C8LA 4JK7A 5JVHL 1HNVA 4OX9K 3LM9A 5TKWA 3QEVA 3A5OC 4M3XA 4B3RK 2QEXN 3V81A 3THXA 1NJWA 1JCFA 4X64K 3AVAA 2HF3A 4GKJK 4FWOA 4OKKA 4BY9C 3HPHA 4DV4K 5BPNA 3VQCA 4FZZA 5CY4A 3O9QA 5EU7A 1NJZA 1ZBHA 2FXUA 5T7BA 2HMPA 2ATQA 3MX5A 3OBWA 3E9OA 4C1NI 5CYQA 2OPQA 4BRQA 1VQ7N 1TKTA 3SYZA 1U48A 3SAGA 4JI1K 3A5MC 1YVNA 3OHRA 3CCUN 3QIOA 1FW6A 4W5RA 2P9KB 4DV2K 3SPYA 3CMEN 4CGFA 2PFUA 1DT9A 1LW0A 2FF3B 3BEXA 5FRNA 3QBWA 2KZMA 2R7YA 1X3MA 4RWTA 1K6YA 1LWFA 2YHYA 3KLEA 1NG9A 1NU0A 3KLGA 5M1PA 2YNIA 3K59A 1OKJA 2X78A 4XH5A 3QFUA 2A40A 4ILGB 4BRFA 1ITGA 5CE3A 3O9SA 1BCMA 4BC2A 3L2VA 1WLJA 2P9SB 3OYDA 5AQFA 1S22A 1HPMA 1N5YA 1NGDA 4MO4A 3ZX3A 4CJKA 4QS8A 4OLAA 4FJIA 3LDPA 5GAGP 3L3UA 1HPZA 3PX4A 5DM7L 4RG8A 2DTUA 3SQ0A 3QEPA 3E9PA 3BP8A 4B9MA 1EP4A 2KW4A 4EHTA 1NK7A 4YOTA 4FJKA 3A5LC 3O6WA 1NMDA 3QETA 3ATUA 4DV5K 3V9WA 3U3GA 1T44A 4YOVA 1FXXA 3OJUA 2A6AA 1E4FT 3ZCMA 4KKOA 3H08A 4DQIA 1HR0K 1QTMA 1IKVA 1S3XA 4KV8A 1WSFA 4BRAA 5AQIA 3THWA 1TL1A 1D5AA 1JJ2M 5AQUA 4F9OA 1KFSA 2KLAA 3BGRA 5FPDA 5D3GA 1QZ5A 1A5WA 3EKSA 5HRRA 1XMQK 3R8EA 3LP0A 1K8AO 3O08A 5ADXH 3HM8A 4BREA 2ZE2A 3NGIA 3U9ZA 2HHQA 4BR2A 3VF6A 4J2EA 1IKXA 2CGKA 3MECA 2WTUA 1BU6O 3VEOA 3Q7BA 2I5JA 4CJVA 4X62K 3DOKA 4E1MA 4R5PA 4JI5K 3P4IA 4CK3A 2HBMA 4B8AB 1J53A 3F2KA 3TABA 3ENOA 3PSIA 4FLVA 4OGEA 1YUWA 1RDUA 2XY7A 4KH5A 1JL1A 2E6MA 3G0ZA 2ASOA 2CGJA 4I6MA 2NRHA 1YXQA 3A8YA 4DTXA 2F8SA 3FFIA 1RTJA 4WQ5A 3SPZA 3QBXA 1NK6A 3PV8A 3CPEA 1DKGD 1GLBG 1MDUB 1QHTA 4UY8O 4XH4A 2IC3A 2IOCA 3NBPA 3CFOA 4BE1A 3WEEB 1WOQA 3SUNA 2HB5A 4AHUA 2HVHA 3CC7N 1BHLA 4KHSA 1RNHA 4KBOA 3C0BA 3I8BA 4NCGA 5C12A 4CHNA 5H1SQ 3O1BA 4Z4GA 4MO5A 3T1AA 4YOUA 2YHXA 3ZX2A 1NM1A 2ZJRL 1G15A 2P9UA 4ISEA 1RT6A 3KK2A 3CFRA 2RF2A 3TAFA 3EEQA 2NRZA 3UKUB 3HPOA 3AVKA 2D1KA 2UU9K 4TSXA 3KD1E 2QKBA 1BQNA 2PYJA 3HPGA 2G8FA 4PL8A 3O3FA 5FPNA 4FVUA 1YJ9N 4N41A 1HJRA 1JCGA 3CETA 1S6PA 1VAZA 3SMPA 3KJVA 3SLCA 3KD5E 3VQ6A 4PL7A 2VWKA 1QSLA 1IKYA 1X9WA 2IIRA 5HRNA 4BWJA 2F8TA 3VEXA 4FK0A 2P9LA 2FBYA 4KAZA 2DY4A 2GBZA 1VQON 4CJEA 4IJAA 4M3YA 3H46O 1LWEA 4FPBA 3VGLA 1NGCA 1Y64A 3EL2A 4ZHRA 3SQ4A 3NF7A 4C8KA 3CJBA 1TKXA 3DLKA 5AZIA 4HUGA 2FBTA 4H0VB 1I39A 2QXFA 3VETA 3HOSA 3TAQA 3MWTA 4OVLA 3V1OA 3TWHA 1NGFA 4FLYA 3KHYA 4CK2A 3QNNA 3IUCA 1C1BA 3ULEA 4ILJA 1GLJO 1TV6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CF5 L;  1VQ8 N;  3CC2 N;  3CC4 N;  1K8A O;  4WFN L;  1VQ7 N;  4IOC L;  5MLC Q;  1VQO N;  3CCS N;  3CCJ N;  3I56 N;  5DM6 L;  1ILY A;  3CCU N;  1OVY A;  3I55 N;  1VQK N;  3G6E N;  2ZJQ L;  1N8R O;  3DLL L;  1QVG M;  2OTL N;  3CME N;  4WF9 L;  1YHQ N;  2QA4 N;  1VQ5 N;  1Q82 O;  3CCM N;  4IOA L;  1K73 O;  1YIT N;  1Q81 O;  2ZJP L;  4IO9 L;  1VQN N;  1M90 O;  1KC8 O;  3G71 N;  3CD6 N;  4WFB L;  5HL7 L;  3PIP L;  1YI2 N;  3CCR N;  5JVG L;  1K9M O;  1M1K O;  1VQ6 N;  3OW2 M;  1YIJ N;  3CCV N;  3PIO L;  1NJI O;  1Q7Y O;  1S72 N;  5GAD P;  4UY8 O;  5GAG P;  1YJW N;  3CCQ N;  3CXC M;  3CPW M;  5DM7 L;  1KQS M;  3CMA N;  5GAE P;  1VQ9 N;  3CC7 N;  1QVF M;  1Q86 O;  5H1S Q;  1VQ4 N;  4U67 L;  2ZJR L;  5GAH P;  1VQP N;  4WCE L;  3J7Z O;  3G4S N;  3CCE N;  1YJN N;  5JVH L;  1VQM N;  4WFA L;  1KD1 O;  2QEX N;  3CCL N;  2OTJ N;  1VQL N;  1YJ9 N;  1JJ2 M;  1W2B M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ITH A;  4H8K A;  4EFH A;  4B3M K;  2W6L A;  3DWL A;  1HQU A;  4AH9 A;  3O3G A;  2IGI A;  2Z1G A;  4PA1 A;  1YT3 A;  3AO2 A;  5KPR A;  4LSL A;  4FJN A;  3CQY A;  3O1W A;  5C25 A;  3TU5 A;  3J7Y P;  2Q97 A;  3I55 N;  4CJ4 A;  4H0X B;  4DTU A;  1MA9 B;  5AQH A;  3THV A;  3MXM A;  3VEN A;  3F9M A;  4DR6 K;  4IFY A;  1YIT N;  4H0O A;  4JD2 A;  3NFA A;  1YVU A;  4NO7 A;  5IT9 O;  5FPE A;  4FWQ A;  4BRN A;  4K43 A;  3FZL A;  3SNN A;  4M3W A;  1NGA A;  1Z6R A;  1SV5 A;  4LF4 K;  2D0C A;  3EE8 A;  4O5B A;  4DS5 A;  3HI0 A;  4RW6 A;  4BR9 A;  1HKB A;  4UQG A;  3T1H K;  2AP1 A;  4E0D A;  2Q0R A;  3TR8 A;  5J1E A;  1M1K O;  1NK9 A;  3K5L A;  4LF9 K;  4CER A;  3J7A P;  3PIO L;  1J5O A;  2QWO A;  4BC5 A;  2HBL A;  2WOM A;  1U49 A;  5HP1 A;  3LAL A;  3ZT3 A;  4F3T A;  2GWK A;  3MCA B;  1BO5 O;  1VSK A;  3V9Z A;  1QSY A;  3WNF A;  4BRP A;  3PO5 A;  4FLX A;  3AVF A;  1O13 A;  2RN2 A;  4JAX A;  5J2Q A;  1QS4 A;  1EWR A;  4IZ9 A;  4H5R A;  1TAQ A;  4JKG A;  3FZK A;  4J8F A;  3HYF A;  4DSF A;  3DLR A;  3P83 D; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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