4AF1A

Archeal release factor arf1
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
410
structure length
410
Chain Sequence
VPSEDRRKYEFRKVIEELKDYEGSGTQLVTIYIPPDKQISDVVAHVTQEHSEASNIKSKQTRTNVQDALTSIKDRLRYYDTFPPDNGMVVFSGAVDSGGGRTDMVTEVLESPPQPIESFRYHCDSAFLTEPLAEMLGDKGLYGLIVLDRRESNVGWLKGKRVQPVKSAESLVPGKQRKGGQSAQRFARLRLEAIDNFYQEVAGMADDLFVPKRHEIDGILVGGPSPTKDEFLDGDYLHHELQDKVLGKFDVSYTDESGLSDLVDAGQAALAEADLMDDKSDMEEFFEELNGGKLATYGFEQTRRNLIMGSVDRLLVSEDLREDVVIYECPNDHEEYETIDRRNTSPEHTCSDCGEEATEVDREDAIDHLMSIADQRGTETHFISTDFEKGEQLLTAFGGYAGILRYSTGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1
publication title Archeal Release Factor Arf1 Contains a Metal Binding Domain
rcsb
source organism Halobacterium salinarum
molecule tags Hydrolase
total genus 118
structure length 410
sequence length 410
ec nomenclature ec 3.6.5.3: Protein-synthesizing GTPase.
pdb deposition date 2012-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03464 eRF1_2 eRF1 domain 2
A PF03465 eRF1_3 eRF1 domain 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4af1A02
3OBYA 2HSTA 2VGMA 3VMFB 2VGNA 3AGKA 4AF1A 3MCAB 3OBWA 3E1YA 3WXMB 1DT9A 2QI2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XHBA 2GV9A 4IDHA 3M8RA 2O8EA 1T8EA 1J6ZA 2FBYA 1IKYA 4V19S 1C0FA 4KHSA 1KLNA 4DUYK 3JSMA 2D0CA 3MECA 3SV3A 4JKAA 4AHSA 4IBNA 1LAVA 3LAMA 3FZHA 2YHBA 2W41A 3WQUA 4CZLA 3OYDA 4EHUA 1NOYA 4DQIA 4CESA 3UIQA 3OS0A 3A5NC 4O44A 2CH6A 2Z1HA 1NGDA 1BA0A 4CK1A 3LP0A 2F7TA 3O9UA 4O5FA 4OPJA 4C8MA 3WXLA 5BRFA 2Q2RA 3LP3A 4LH5A 1KAYA 2OPRA 1J5EK 3QESA 3TABA 4FJ9A 3QNNA 1L3SA 1R59O 4OPAA 3CJBA 1NGJA 4DFPA 4CGFA 3RMDA 5JICA 3K5NA 1V4SA 1RTHA 5E84A 4PHTX 3OJUA 3HM9A 2VG7A 3PLAA 3VTHA 1HRHA 4OGCA 3CQXA 4B08A 2IVOA 1T6CA 4ID5A 5AQGA 2QW9A 3SBGA 1H1VA 2HBJA 2D5RA 1JXBA 2YHYA 4CFDA 2O8CB 1YVNA 5GIPA 4H0TB 1NNEA 5AQJA 2WBNA 3MN9A 2G8HA 3D6RA 4KBOA 4UQGA 4DG1A 2HSTA 4JI5K 1M1KO 5MLCQ 4FJ7A 4WCEL 1X9JA 3THWA 2WTUA 4DQRA 3KZBA 1XWLA 1MU2A 2P9UA 3F9KA 4YFUA 1L3TA 2YKMA 4B3OA 1CLQA 4B3SK 1HKGA 3LWMA 4J8FA 3KK3A 2ASMA 4CK2A 4OLAA 3UKRB 1WSJA 3CCUN 3N4QA 3TTCA 1QSSA 4L8RB 1Q18A 2NLXA 1WBDA 1Z25A 3V9ZA 3PIPL 3EE8A 4QS8A 3KLHA 3CCLN 4FL9A 4LFAK 1GLDG 5M1OA 4FVUA 3VA3A 1VQ4N 4E1NA 4K0KK 5C0YA 3LZJA 1G99A 2A1RA 5AQWA 3OHRA 1VSIA 1HNZK 3NH2A 4DR6K 1KTQA 3SYZA 4LF4K 1DT9A 5C42A 2V7YA 4OLBA 1HYVA 3H1QA 1QQMA 4AHUA 4E0DA 1ATRA 2E4LA 2UUAK 4I6MA 4FZYA 3ULDA 5C12A 1T44A 3HVTA 5I3UA 4JI1K 3DI6A 3E66A 4CHOA 4E7HA 4CJ3A 4KHUA 4CF9A 2ATQA 4I7FA 4Z4CA 3NVKA 3O4WA 2E2PA 2WOMA 3A5LC 1RBRA 4KHWA 3V6DA 2VG5A 1C1AA 2P9SB 5KRTA 2CGJA 1EO1A 3CJ1A 3AARA 4CFAA 4B1YB 3TAPA 1QVFM 2B5JA 4U7BA 2VYPA 4EFHA 3GDQA 2P9KA 5EU7A 3AVFA 4KFBA 4B9QA 4BE1A 4Y1DA 2ZGZA 4E1JA 4CZKA 3O9QA 1N33K 4WQ4C 4M3UA 2PBDA 4BY9C 2VG6A 2HHXA 5EY4A 4DTNA 3LAKA 4WQ4A 4JAXA 1NK6A 1RDBA 4Q5VA 1HKBA 4FZZA 5JLHA 1ASVA 4FJXA 4CJ4A 1IG8A 2F96A 3OYAA 1NJXA 4CEOA 4BRIA 3LWLA 4FK0A 3ZSOA 3DOLA 1GLBG 1BL3A 2QTDA 5AQXA 2YNGA 3DXKA 4FM1A 3C7NA 4MDAA 4ELTA 3FR0A 5HRNA 3K5OA 3GOIA 5EX5A 5AQUA 1HNWK 5KQ8A 3U9DA 5HL7L 3E01A 1LV5A 5FROA 1BA1A 5LJWA 4JLHA 5M1FA 2Q3SA 3CYMA 2A40A 3HTVA 3D45A 4KTZA 3CQ8A 4F4KA 1FXXA 3QINA 1N5YA 3THWB 4CJSA 4YOXA 1KC8O 4DR4K 4RWTA 4RW6A 2P9UB 3FFIA 3IRXA 3OYNA 4PUOA 1RT3A 3NH0A 1Y64A 1K8KA 1QZ5A 2HHWA 3BF1A 3VQCA 1WSFA 2P1JA 2A3ZA 1JXEA 1QS4A 4IJAA 2ZJPL 3ISNC 4JI0K 4QS9A 4N41A 1RT1A 3QNOA 3IKMA 2QWMA 4HUFA 3L3VA 4HVJA 1IH7A 3TAMA 4X66K 4RW4A 4B9TA 3DJCA 4ISGA 5BPLA 1SL2A 4FJ5A 3J7AP 1JCFA 3CJ7A 4FYDA 1GOBA 1RGIA 4GW6A 4I6MB 5C2DA 1RT2A 1YXQA 5AQMA 2ZJRL 5HP1A 1JLAA 3M8PA 1TGOA 3G71N 2OYQA 4DSJA 5JS1A 2GUPA 3AVLA 4DV5K 1C0MA 2XO7A 4FLZA 1LWFA 1SZ2A 5KPRA 3CCQN 4R5PA 4PQUA 1SAZA 1X3NA 3AVIA 2Q1NA 4BRCA 3THYA 4JS4A 4JS5A 4FOIA 4IO9L 4B9MA 1BO5O 1WSHA 4PL8A 5HBMA 3C6HA 3F9MA 3QEXA 5GAGP 5BPMA 4DTMA 4JK8A 5BRHA 2O8DB 3M6GA 1EKEA 1RBVA 1KSPA 4I2PA 4FJ8A 4JD2B 4YY3K 3THXA 5FPNA 4F2RA 2UU9K 3KK1A 3C94A 3WEEB 2FSNA 2W6LA 2Z1JA 3NCIA 1N8RO 2NRWA 4C8OA 2W40A 1YJ9N 4BR7A 1BCMA 2ZF5O 5E41A 4E89A 5I9EB 1T03A 4C8KA 2F8TA 4YOVA 3HOSA 5SZTA 1VSKA 3IMXA 1Z26A 3CD6N 5BREA 3DLRA 3MCPA 3ENHA 4ILGB 4LSLA 3FGUA 3GL1A 3EKSA 3CPWM 2WC9A 1WSIA 2JWKA 3SAFA 1U6ZA 3G0ZA 4A2AA 2FSKA 1EXQA 3E9LA 5ADXA 1C6VA 4RCHA 2ZGYA 4BQLA 4M63C 4I2QA 1DKGD 3VQQA 4FJJA 2P9IA 3TAEA 5SWMA 3DM2A 4K25A 3MN5A 3LDPA 3SV4A 1S9EA 3RRHA 3V9WA 3S41A 3SUOA 4KH6A 3CM5A 3TSQA 5EVZA 1O13A 1GLCG 5AQHA 1XNQK 1FKOA 4DSKA 3E9PA 3VF4A 3E9OA 2NZTA 3TPQA 3QBXA 3DYAA 4CECA 2PZSA 4IOAL 2KFNA 1RNHA 2XRIA 4BROA 3AGRA 1D8YA 3L2VA 1E4FT 3CJ9A 3TSPA 4X65K 4BDPA 3B6OA 1U47A 1SL0A 3S3NA 4HHTA 4JI7K 1S72N 4OKEA 1NMDA 3LM9A 2YNIA 2BTFA 3VEOA 1J9AA 1RILA 3K5LA 4LF8K 5BR9A 1VQON 4C23A 5ADXH 3RMAA 1K9MO 1XUPO 3K5MA 4B3RK 3SZ2A 1S1UA 3EKUA 2ZJQL 4CEDA 4M7XA 5F2RA 3WNEA 1IBMK 5AQVA 3CQYA 1L5UA 1QQNA 2KFZA 3DRPA 3SNNA 3ZEUA 2FBTA 3VEVA 4KV8A 1RTJA 5KTQA 4IOXA 1S6PA 1NM1A 2R7YA 1XNRK 3VF6A 3VPZA 1F21A 1VQ9N 4WQ5C 4W5OA 5HROA 1SKSA 3LDSA 1K6YA 4CJQA 3RMCA 1YUWA 3THYB 3AV9A 2NRZA 3HYFA 1OVYA 3HM8A 3MXJA 1YIJN 3V4IA 3UKUB 3O80A 3HK2A 4KH4A 5CY4A 3TAGA 4JI2K 1WOQA 1RDDA 4FJNA 4CFBA 3K0SA 1XHXA 3ITHA 2QEXN 2WFBA 4OPHA 4B1ZA 3PY8A 2QK9A 1NLVA 3ZETB 4A62A 2V7ZA 3CCSN 5DM6L 3VENA 2E1ZA 4JKFA 3RSEA 5C24A 3I8DA 4CJLA 3SK3A 3ZYYX 4HTLA 3I56N 3L8BA 1X9SA 3G6EN 4B1UB 1TKDA 3CHWA 2VGNA 4M3RA 5JS2A 3VF2A 2JGUA 4QS7A 4NCGA 2D0PA 3ULEA 1TYQB 4DU1A 2BDPA 4IFEA 5AQFA 4YOUA 5KGXA 3MN7A 1C0UA 2OPSA 1IJJA 3ID6A 4CD3A 1VHXA 3A5MC 4H0OA 3R3LA 2UUCK 1REVA 2VCPA 4H0PA 1KD1O 4J2BA 3EL2A 5AZJB 4PWDA 3MN6A 4IG0A 3O9RA 3TAFA 3OA9A 4KB1A 1N32K 4X62K 3GG4A 3WUHA 5KPZA 2KW4A 4JK9A 3T1YK 1RCHA 2YHXA 2G8FA 1HMVA 2QXFA 1DTQA 3HXMA 1J53A 3VQBA 1TKZA 3QEIA 4NLBA 4BRMA 5JLFA 4JRPA 4YNQA 2F9TA 4WF9L 4YOWA 4CJWA 4DWIA 1KFSA 4ISFA 3VMFB 4ILJA 2O8BA 3H45C 4B1XB 4CZMA 3IDHA 3KK2A 3HOTA 1XI1A 1T6DA 3K58A 1XMOK 1OH6A 4YDUC 4MLHA 5TKYA 2PYJA 3C6UA 4FLXA 3DLGA 4CJKA 3T1AA 3EZ5A 2HF4A 1SUQA 3WXKA 3KVGA 3D2FA 1HQUA 3K9JA 2D1KA 1P90A 3NF6A 3VETA 2HHUA 1HKCA 2OA8A 1WLJA 2P9PA 3T19A 4B1WB 3ATVA 3I8BA 3AVMA 4E7JA 4KAZA 4CGDA 1QQCA 3CXCM 4JHDB 3RMBA 1D4XA 1BIUA 4XH1A 4CJUA 5DMRA 4BR2A 3J81O 4B9VA 3H6EA 3VQ6A 1I3AA 2HVHA 3G25A 3UE5A 1S5JA 2E8AA 2HHVA 3ENBA 4LSNA 3AY9A 3PUFA 1RDCA 1HPZA 3L4QA 3Q7BA 1HNVA 2P5GA 1IBKK 2VWJA 3QICA 5BPNA 4PL7A 3BUZB 4H5TA 5HLFA 1RDWX 1NGFA 4CJEA 3AVCA 4W5NA 3IFRA 2I7NA 3E1YA 2RPIA 2Z1IA 3MWPA 1XC3A 4CJRA 4CF2A 3VERA 4CEFA 4Z94A 5GAHP 3RVCA 4OO1J 4IOCL 4FLYA 3ZLJA 3NGIA 3EO3A 3R9PA 5CE3A 2Y1JA 4CEAA 1JL2A 4FWPA 3MMVA 3KLEA 4DV7K 3O9SA 3WT0A 3AA4A 1TL3A 3ZSYA 3BEXA 4LFCK 4ELUA 3BZKA 5J2PA 1W0HA 5EXWA 5IT9O 1Q81O 1Q9XA 2DFEA 2EX3A 1U4BA 4BRLA 4F3OA 4LFBK 1EP4A 4HUGA 1GOAA 1CXUA 3FLCO 2VQEK 4KRFA 2O4GA 1KXPA 2J4RA 2PYLA 2V51B 2A1SA 4KREA 1UAXA 1MA9B 2FF6A 4DR1K 4OKKA 5AZIA 2IS3A 2P9NA 4NXMK 4DV6K 3MCAB 1D9DA 2BANA 3CFOA 3SAGA 3D0PA 2NRVA 1HQEA 3TI0A 4QCLA 3O1WA 3TANA 1EX4A 4FXDA 4BRNA 3AO5A 4DSLA 3IUCA 4DSEA 4LF9K 1VQPN 3AA2A 4E3SA 2E88A 3OS1A 3NF9A 3TU5A 3ZT1A 3PO4A 4MO4A 2O8FB 1S1VA 3AVNA 3HP9A 5JMVA 3WXMB 1B92A 3GBTA 4CJ7A 1BISA 5LJVA 1IO2A 3LL3A 2O8EB 1ZC6A 3JAMO 1HLUA 3VEZA 3KTQA 4LH4A 4Z0UA 3AAPA 4M45A 3VQ4A 1VSDA 5D3GA 4BGAA 4NYNA 3THVA 5KGWA 1KLMA 3TWHA 4BRHA 3U6FA 4J2DA 3U3YA 4O4GA 3LP2A 2KHOA 3PSFA 3S3MA 1ITGA 3P4IA 4DV2K 5JVGL 1NJIO 2P9LA 3CJAA 3L6QA 2VQFK 3HRGA 3O3HA 1JL1A 4OGEA 3H08A 2VWKA 4MO5A 5M1NA 3VGKA 4IWVA 3AA3A 3QFPA 3KLIA 4K42A 3L3UA 2HB5A 2HNZA 1N36K 5J1EA 5E26A 3ZSXA 3CMAN 2RKIA 2YCHA 4BVOA 3I0SA 3ZT2A 1VQKN 1VSFA 4GKJK 3VA0A 5AQPA 1TK8A 3V9SA 2NUBA 1DEJA 4DQ8A 2O4IA 1KVCA 1GLFO 3AVBA 3VTIA 3HPHA 2VGMA 5AQTA 2W42A 2FC0A 4B3MK 1E3MA 4FWKA 4NB4A 1EWQA 2FBXA 1KQSM 2HMIA 3ZX0A 3DLHA 2ETJA 4DV1K 2AJQA 4RG8A 1J54A 4BR9A 3SMPA 3OS2A 4O0IA 3CIPA 3N4PA 4CEBA 3U8XA 3NVMA 1JCEA 1K8AO 2G8WA 3JXUA 3SJHA 3M8QA 3O1BA 1HNIA 1E4GT 4CHZA 2QXLA 2XY5A 3HPGA 3CC4N 1TUYA 1C0TA 3OVNA 4CJVA 1YAGA 1UWBA 3PX0A 4JKCA 1RT4A 1JLGA 1JLQA 2FBVA 4H8KA 4BG9A 4C1NK 1BDGA 4A2BA 5AQOA 3V9UA 3QETA 3SMSA 4CJTA 5FPDA 2QWRA 1L3VA 4KPYA 4IEEA 4HCCA 1SV5A 2E20A 4DU3A 2ZWHA 4L3QA 4BGBA 4JI4K 4FWOA 2CGLA 2P9NB 3TAQA 1RT6A 3SPZA 4BVPA 3L2UA 3PSIA 2NNWA 5HRSA 4N56A 4CD1A 4CGJA 4PY5A 3HSTB 5KPTA 4BQZA 1YVUA 4NCBA 4M3WA 3WXIA 3MXIA 3SAHA 4GNIA 4CBWA 4BE0A 2G8VA 1NKBA 3EEQA 1U2VA 1P8ZA 1NU0A 3FZKA 3QDKA 2NRTA 1NGEA 4K43A 4NYFA 4Z4IA 2AA4A 4CGIA 3KD5E 5ELZA 1ATSA 1BIZA 2QWPA 1YTAA 4I9QA 1IKXA 3CERA 4FLUA 4JEPA 1QSLA 5CYQA 3OTOK 4BC5A 5FPMA 1C0GA 3DWLA 1TAQA 3QERA 2YX6A 1NK7A 2OPQA 1ESVA 3HBTA 4BRFA 1Q86O 4M3ZA 1IV0A 5F0XA 2P9KB 3EZWA 3D2EA 1KCFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OBY A;  2HST A;  2VGM A;  3VMF B;  2VGN A;  3AGK A;  4AF1 A;  3MCA B;  3OBW A;  3E1Y A;  3WXM B;  1DT9 A;  2QI2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XHB A;  2GV9 A;  4IDH A;  3M8R A;  2O8E A;  1T8E A;  1J6Z A;  2FBY A;  1IKY A;  4V19 S;  1C0F A;  4KHS A;  1KLN A;  4DUY K;  3JSM A;  2D0C A;  3MEC A;  3SV3 A;  4JKA A;  4AHS A;  4IBN A;  1LAV A;  3LAM A;  3FZH A;  2YHB A;  2W41 A;  3WQU A;  4CZL A;  3OYD A;  4EHU A;  1NOY A;  4DQI A;  4CES A;  3UIQ A;  3OS0 A;  3A5N C;  4O44 A;  2CH6 A;  2Z1H A;  1NGD A;  1BA0 A;  4CK1 A;  3LP0 A;  2F7T A;  3O9U A;  4O5F A;  4OPJ A;  4C8M A;  3WXL A;  5BRF A;  2Q2R A;  3LP3 A;  4LH5 A;  1KAY A;  2OPR A;  1J5E K;  3QES A;  3TAB A;  4FJ9 A;  3QNN A;  1L3S A;  1R59 O;  4OPA A;  3CJB A;  1NGJ A;  4DFP A;  4CGF A;  3RMD A;  5JIC A;  3K5N A;  1V4S A;  1RTH A;  5E84 A;  4PHT X;  3OJU A;  3HM9 A;  2VG7 A;  3PLA A;  3VTH A;  1HRH A;  4OGC A;  3CQX A;  4B08 A;  2IVO A;  1T6C A;  4ID5 A;  5AQG A;  2QW9 A;  3SBG A;  1H1V A;  2HBJ A;  2D5R A;  1JXB A;  2YHY A;  4CFD A;  2O8C B;  1YVN A;  5GIP A;  4H0T B;  1NNE A;  5AQJ A;  2WBN A;  3MN9 A;  2G8H A;  3D6R A;  4KBO A;  4UQG A;  4DG1 A;  2HST A;  4JI5 K;  1M1K O;  5MLC Q;  4FJ7 A;  4WCE L;  1X9J A;  3THW A;  2WTU A;  4DQR A;  3KZB A;  1XWL A;  1MU2 A;  2P9U A;  3F9K A;  4YFU A;  1L3T A;  2YKM A;  4B3O A;  1CLQ A;  4B3S K;  1HKG A;  3LWM A;  4J8F A;  3KK3 A;  2ASM A;  4CK2 A;  4OLA A;  3UKR B;  1WSJ A;  3CCU N;  3N4Q A;  3TTC A;  1QSS A;  4L8R B;  1Q18 A;  2NLX A;  1WBD A;  1Z25 A;  3V9Z A;  3PIP L;  3EE8 A;  4QS8 A;  3KLH A;  3CCL N;  4FL9 A;  4LFA K;  1GLD G;  5M1O A;  4FVU A;  3VA3 A;  1VQ4 N;  4E1N A;  4K0K K;  5C0Y A;  3LZJ A;  1G99 A;  2A1R A;  5AQW A;  3OHR A;  1VSI A;  1HNZ K;  3NH2 A;  4DR6 K;  1KTQ A;  3SYZ A;  4LF4 K;  1DT9 A;  5C42 A;  2V7Y A;  4OLB A;  1HYV A;  3H1Q A;  1QQM A;  4AHU A;  4E0D A;  1ATR A;  2E4L A;  2UUA K;  4I6M A;  4FZY A;  3ULD A;  5C12 A;  1T44 A;  3HVT A;  5I3U A;  4JI1 K;  3DI6 A;  3E66 A;  4CHO A;  4E7H A;  4CJ3 A;  4KHU A;  4CF9 A;  2ATQ A;  4I7F A;  4Z4C A;  3NVK A;  3O4W A;  2E2P A;  2WOM A;  3A5L C;  1RBR A;  4KHW A;  3V6D A;  2VG5 A;  1C1A A;  2P9S B;  5KRT A;  2CGJ A;  1EO1 A;  3CJ1 A;  3AAR A;  4CFA A;  4B1Y B;  3TAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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