4AF1A

Archeal release factor arf1
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
410
structure length
410
Chain Sequence
VPSEDRRKYEFRKVIEELKDYEGSGTQLVTIYIPPDKQISDVVAHVTQEHSEASNIKSKQTRTNVQDALTSIKDRLRYYDTFPPDNGMVVFSGAVDSGGGRTDMVTEVLESPPQPIESFRYHCDSAFLTEPLAEMLGDKGLYGLIVLDRRESNVGWLKGKRVQPVKSAESLVPGKQRKGGQSAQRFARLRLEAIDNFYQEVAGMADDLFVPKRHEIDGILVGGPSPTKDEFLDGDYLHHELQDKVLGKFDVSYTDESGLSDLVDAGQAALAEADLMDDKSDMEEFFEELNGGKLATYGFEQTRRNLIMGSVDRLLVSEDLREDVVIYECPNDHEEYETIDRRNTSPEHTCSDCGEEATEVDREDAIDHLMSIADQRGTETHFISTDFEKGEQLLTAFGGYAGILRYSTGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1
publication title Archeal Release Factor Arf1 Contains a Metal Binding Domain
rcsb
source organism Halobacterium salinarum
total genus 118
structure length 410
sequence length 410
ec nomenclature ec 3.6.5.3: Protein-synthesizing GTPase.
pdb deposition date 2012-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03464 eRF1_2 eRF1 domain 2
A PF03465 eRF1_3 eRF1 domain 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4af1A02
2QI2A 2HSTA 3WXMB 4AF1A 3E1YA 3OBYA 1DT9A 2VGNA 3AGKA 3MCAB 3VMFB 3OBWA 2VGMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQGA 4B9TA 5LMNK 2V7ZA 4U7BA 3NVMA 1NGHA 4CHQA 3HPGA 3O6WA 3VEOA 4FM2A 4CHYA 4OVLA 5AZJA 3CPEA 4CECA 2HHSA 3JS6A 2P9NA 2HNZA 2XRIA 4I6MB 3VMFB 5GADP 2OPQA 4M3UA 1BDGA 3HSCA 4FJ9A 1YTAA 3DOLA 2D5RA 2QWQA 2O8BA 1EO1A 2VWKA 3D2FA 5AQYA 3HOSA 3NHGA 3E9PA 4IDKA 4RWTA 4AHUA 3T1HK 1LW0A 3NF8A 3GG4A 5BR8K 1KTQA 3QNNA 1T6DA 2O8EA 2QWNA 3TAPA 4DQSA 1LWCA 3SAHA 5FRNA 3NBPA 4PQUA 3WEEB 3AO1A 4DG1A 4K41A 4C8NA 2IGIA 3KK1A 4E7JA 1Q8IA 2QW9A 1NOYA 1HLUA 2I5JA 3HJFA 4Z4CA 3MWTA 4BQLA 3VEXA 3K5OA 1BI4A 3OYEA 1R59O 4LSNA 1JLAA 2HW3A 3O9UA 1N36K 3TPQA 3EKUA 4IFEA 3OYFA 2Q0UA 4EIAA 5B8HA 2D1KA 3O3HA 3NE6A 4BRQA 4KI6A 4JLHA 1JLEA 2OPSA 4DU1A 3R6MA 4KHUA 3SV4A 4JKCA 1D8YA 5EOYA 4EP5A 4GMJB 4JS4A 4DFMA 3ATVA 4GVMA 4DLGA 4CZMA 4CGFA 2GWJA 3EE9A 3WEEA 1MWMA 3VF4A 4AH9A 4ELVA 2Q1NA 3WXKA 3EZ5A 4DWIA 3LP0A 4X65K 2NRXA 2A6AA 4FWSA 2OZSA 3AVBA 2XY7A 2BDPA 3CFPA 4DTMA 1GOAA 3H6EA 2O8FB 2G8KA 3SUOA 5M1OA 1ASUA 1NBWA 2NRHA 5LMUK 1SQKA 3QEXA 4B9QA 4LC9B 1X9WA 3IRXA 4B9NA 3TAFA 2P9PA 1TGOA 4ISFA 5I3UA 1HR0K 3V9SA 2FXUA 5AQKA 3IG1A 4RW8A 4BREA 3ZEUA 4XH5A 3VQEA 4CZLA 1RTHA 4JD2A 4H8KA 1WSFA 4BVPA 1RDWX 5I9EB 3RSEB 3PIPL 1L3VA 3P31A 4AM7A 4CJ5A 4K8XA 3SK3A 4FJKA 4JN4A 4LFBK 3QB0A 1TUUA 1YXQA 2ASPA 1VQMN 3DXKA 1BUPA 3THXB 4RW7A 4CF1A 2GUIA 4DF8A 2FLOA 1TYQA 1U2VB 1EWRA 4IG0A 4HUEA 3THYB 3VPZA 1Q81O 2CGLA 3BEXA 1GLDG 3P5JA 4DTOA 1U49A 2BUPA 4KAZA 5KPRA 2IDOA 3O1WA 2FC0A 4KH6A 3A0IX 1P90A 2RN2A 2RPIA 1CZ9A 1N5YA 1JCGA 3TAGA 4ISEA 3DRRA 3SLCA 4CVNE 1YUWA 4DSIA 1H1VA 5AQIA 1HYSA 1HNWK 1G15A 4KHPK 1V4SA 3KLHA 4BRIA 3HL8A 1NKEA 4HVJA 1U2VA 2DTUA 1TAUA 5J2MA 1LAWA 3D2EA 4BR9A 3E9OA 5HP1A 1FKPA 1NK0A 1KLNA 5JS2A 2LSNA 4QS9A 1TKDA 1WSGA 1NU0A 1VQNN 4UQGA 4A62A 4FOEA 4DTPA 4FLUA 4OKJA 3VOVA 3T69A 4BRPA 3VGMA 1KLMA 3I56N 3DLHA 1VSFA 1KSPA 4A2BA 3VQAA 4CGHA 3CD6N 1J5OA 2Z1IA 4B9UA 2WTUA 4B9SA 4NCGA 4LF5K 1KD1O 3TSPA 4C23A 1WAJA 3ID8A 3U4LA 4FJXA 4M3ZA 3SAFA 5BR9A 5KGXA 5M1KA 2UYTA 1RTJA 1DGKN 4BG8A 3KLIA 3DXMB 4CK3A 5LJVA 1HQUA 2V52B 4RG8A 3FFKB 3RR8A 1ZXOA 1U4BA 3CIPA 3OYNA 3UE5A 3C0BA 1BCMA 1VQ7N 3ZSWA 4C8MA 3IDHA 4N76A 5BPMA 3WNHA 3AY9A 1EP4A 3K5NA 2E20A 4QCLA 3AA2A 3F73A 5EXWA 4WF9L 2KZMA 1KAXA 1UOCA 3F9KA 4DV7K 5EU7A 4IOXA 4W5OA 4IJAA 3NF7A 2GELA 4GNIA 3QEVA 3R1XA 4QS7A 2GBZA 5KRSA 1XC3A 5AQRA 3HP6A 3GL1A 1HNIA 3LDSA 2DY4A 3DOKA 4OGCA 4WYBA 3RMAA 3GBTA 4CF8A 2B6AA 3LZJA 1FW6A 3JSMA 3AO2A 1TKTA 4EHUA 1IO2A 3FE1A 3OS0A 4FLZA 3QIPA 1Q18A 3OBWA 5KPTA 3RRHA 2NRWA 1VQ8N 1RFQA 2G8UA 4CIEA 3AA3A 1W2BM 1Z05A 2D0PA 2DPNA 3WXJA 1VSLA 1HKBA 5C15A 1JLBA 5AQWA 5JMVA 4JYAK 3CJCA 1GOBA 1GLBG 3EN9A 3LALA 3CF5L 1L3UA 4BG9A 1MA9B 4DCHA 3NMUA 3FGUA 5LL6Z 4XH4A 1KAYA 2HHXA 1LCUA 4KTZA 3PLAA 1YF5L 4MQ3A 1SL2A 2EWSA 3HM8A 3KHYA 1HQEA 1S72N 5AJ3K 3OYMA 1YITN 3SPYA 4JKHA 1TV6A 2H3GX 1N32K 5FPMA 5AQOA 4R79A 4FPAA 3CPWM 3H3OB 3H45C 4DS5A 4FJ5A 2W6LA 3SJHA 1NGAA 5TKYA 2YNIA 5BRHA 4BC5A 2P9LB 4EZ9A 5AQXA 3MEDA 4DFJA 2P9UB 4DV4K 2WONA 2ITGA 3G10A 3I0RA 2PFUA 3CMEN 2HHWA 1NK5A 2X6NA 3U8XA 1DEJA 2KTQA 1ATNA 2FBVA 3CFRA 1E3MA 3O80A 2YNFA 3NFAA 1WAFA 2ZJQL 4CK1A 4B08A 3VQ4A 3DLEA 4C1NK 5J2QA 3ZETA 2NRVA 4ILGB 1TK0A 4F2SA 4WFAL 3ZSYA 3IS9A 3A8YA 3O3FA 2UU9K 2UXCK 4PA1A 2P51A 3RMDA 3KK3A 1C0FA 4FCYA 4M42A 2R7YA 2JWLA 2YHWA 2ZQBA 4FWPA 3CQ8A 4BRHA 4DUZK 4MO5A 3O9QA 1N33K 1DT9A 3ZSZA 1LV5A 5C42A 3K0SA 2HBKA 4X66K 4DUYK 4CZGA 3MDQA 3S3MA 4B3SK 4IKFA 4CEEA 3J80O 3PO5A 2OPPA 3NH0A 3H3NO 2OYQA 2PYLA 2XY6A 4DR6K 5IT9O 4DLEA 3AVCA 4BRAA 2RF2A 2Q97A 3L3VA 4FOIA 1A5XA 2IAJA 1KQSM 3UIQA 4LF9K 1GLAG 3DWLA 1KVCA 4CW7B 4OGEA 4FWMA 1CXUA 3B6PA 1RILA 1C0MA 4M41A 3UKRA 3T19A 1A5VA 2NLXA 2P9IA 2F9WA 4FJHA 3DAWA 2HF4A 3KD1E 2HVIA 4Z4HA 4B9LA 3BZCA 5AQQA 4CJ7A 3G71N 3AVGA 3HZ6A 3G4SN 4DQIA 3Q7CA 1L5UA 1S3XA 1C1BA 5KTQA 3LP3A 5M1FA 5A2QO 3CYMA 3MCPA 4B3OA 1C0TA 4JKGB 1VSHA 5FPDA 4FK2A 4DV0K 3N4PA 4BC4A 1DTTA 1QE1A 1EWQA 3AVLA 1S6PA 1Y64A 4CD3A 1TKZA 3VQBA 1VSKA 4GKKK 4ZTJA 2P9SA 3M5RA 3DMJA 2VQEK 4FZYA 3HO1A 4FWNA 2XY8A 1QQCA 4FPBA 4F4KA 2QM1A 1WSHA 2KZZA 1VSEA 3SUQA 3TTCA 5GIPA 1UA0A 3V4IA 4DQ8A 5GIOA 4JKBA 3C7NB 1JKHA 4A5AA 4JKFA 2GTDA 3AVJA 3CCUN 1NLVA 1QHAA 2D0OA 3FZFA 5E26A 1NNEA 1S9GA 2HF3A 3OYJA 1KFDA 1VQPN 2QA4N 3ZT0A 3KIOA 3VQ7A 4O8UA 4K0KK 3FZHA 3DLKA 4JKGA 4XH1A 3SPZA 3O3GA 4CJTA 2ZJPL 5DK5A 3KKRA 3ENHA 2G8HA 5HBMA 4KI4A 2UXDK 4DR4K 1OVYA 3J81O 1ESVA 1Z25A 2OA8A 3PSIA 3ULEB 1NGDA 2VGNA 3DYAA 5BPNA 4MDAA 4OLBA 4B1VA 2QEXN 5ADXH 1ZYQA 2GWKA 3MEGA 3VEWA 4W5QA 3AO4A 3PIOL 4B3TK 2P9KB 3P1GA 3J7YP 3OYKA 2EX3A 4MO4A 3OS1A 4CIGA 4E7LA 4JK7A 4DQQA 3HM9A 3OA9A 1CXQA 3VQQA 2YNGA 5E84A 1BHLA 2AP1A 2GUPA 4JI4K 3EEQA 3TABA 4Y1CA 1RDAA 4CJKA 3L6QA 2VQFK 1JXEA 2HMPA 1C0UA 1I39A 3CJ9A 1Q9XA 3K59A 1VAZA 2Z1HA 3QDKA 3HVTA 4FM0A 3DLRA 4BWMA 2KQ2A 1IKYA 1RDUA 4KRFA 4I6MA 4H0XB 5I42A 4DU4A 2VCPA 2G8IA 4IEIA 2FF6A 4B1YB 1NJXA 4Z4FA 4ISGA 3V9WA 3LDQA 3AVHA 3QFPA 1LOTB 2YKNA 4O0IA 3U6FA 2HBLA 1Z6RA 1YT3A 4BR4A 4W5NA 2F96A 4JAXA 3VEVA 4CZEA 5BRDA 5CZ1A 3VQDA 4XIUA 1U48A 4BVOA 5LY3A 1REVA 2E2QA 3R8EA 4DTJA 3TAMA 1HKGA 3M8SA 4BWJA 4FSVA 2FBXA 4IOAL 3QICA 4JKAA 1S6QA 2HOEA 4H0YB 3I55N 3QLHA 5CYMA 2ASOA 4YOYA 3G25A 2KFNA 4DR2K 2YX6A 1IG8A 3WNEA 2WUSA 4CGDA 4JKDA 2XO7A 2YJEA 3O4WA 4DU3A 1M90O 1RT4A 4JI2K 4O0JA 3SMSA 4CGIA 2UUAK 2NRTA 3IAYA 4AHSA 3S3NA 5KQ8A 2F9TA 4NLCA 4CFDA 3OTOK 4DKWA 1XNQK 4BE0A 3NH2A 4BRNA 4BROA 4K43A 4FW1A 3QNOA 3O9SA 1BQMA 2E6MA 4I2QA 4XEIA 1YHQN 3L2RA 3UB5A 4FJLA 1QZ5A 3M3ZA 4BDZA 3SUPA 2IVNA 4B9MA 3CMAN 2IOCA 4FLXA 4J2AA 5AZIB 3CCRN 1S1WA 3FZMA 1RBVA 2Q2RA 3CHWA 3O4NA 1J53A 3LP2A 1WBDA 4E89A 2F4VK 3ITHA 1S1TA 3VQ5A 5K14A 3V9XA 3BDPA 3ZT1A 1T44A 1SUQA 2O8FA 4DQRA 4AILC 3KWIA 4DTRA 1MWKA 4FZXC 3CFOA 3MWPA 4IZ9A 1NGGA 4H4MA 3GE1A 2HMIA 3LDNA 2NRRA 3ZX0A 4TSXA 1YTUA 3MAQA 2YHXA 5AQFA 3TARA 5AQVA 4B9VA 4OJRA 2ETJA 3QMLA 3HTVA 2HNYA 3G6EN 4AQYK 2UUCK 2GX9A 4FJNA 4Z94A 1K8KB 2KLAA 1HUXA 4NXMK 1YI2N 1BQNA 4IBNA 5AZIA 2Y1IA 2Q31A 4CBWA 1Q7YO 1L3SA 3BUZB 1C6VA 3V9ZA 3RSEA 4A5BA 1RT7A 3WT0A 4AF1A 1NK8A 3VESA 3MMVA 2A3ZA 3EL2A 3I8BA 4PKIA 4BRCA 3NCIA 3MECA 2FF3B 2YHBA 4KB1A 3QBXA 3THXA 2YNHA 1C1AA 1SKRA 2VWBA 4DV2K 5AQSA 4LFCK 4G9ZA 4M3YA 4DTXA 1NJWA 4NCBA 3VQ9A 3QO9A 3THYA 1D4XA 3ZSQA 5FLXO 2QWOA 3J8AA 4HUFA 3LDOA 3KTQA 4BRMA 4NLBA 1T7PA 1NGBA 4GV6A 1W97L 4BC2A 2VGMA 1GLJO 5HL7L 4BR2A 5KI6A 3OYHA 1W0HA 4JV5K 1S22A 3D0PA 4NB4A 3C95A 1RBSA 4AHTA 3RTVA 2A1RA 5LJWA 3ZSVA 4NCAA 3V1OA 4ID1A 3U9ZA 3NDKA 4WQ5A 4CD1A 4CHZA 4JEPA 1KVAA 1BG3A 1ILYA 5EX5A 2IVPA 4R5PA 3F2KA 2NNWA 2HBMA 2VG6A 4JI8K 3O5BA 4LF8K 4FWOA 1XHXA 4ILHA 2J4RA 1CZAN 4G1QA 1IV0A 4O4GA 4M3TA 2WC9A 1X9SA 4AHRA 2D0CA 4AM6A 3K2PA 2O4IA 4CZKA 1JLFA 2VYPA 3CQXA 4GVEA 1SAZA 1L3TA 3SUNA 3PSFA 4OKKA 3CC7N 3CERA 2E6LA 3AVKA 4EP4A 4DS4A 2D0AA 4H5RA 4KHQA 1BA1A 5CHIA 2QWPA 3JYTA 3TTFA 2ZJRL 1RBRA 3QESA 4IDHA 3CC2N 3TTDA 4J8FA 4CGJA 1NGFA 4WQ4A 4CK2A 1XMOK 3THVA 3LL3A 1SZ2A 3VA0A 4DHYA 4IXCA 1VSMA 4O5BA 3DXMA 3PUFA 3CCVN 2QK9A 4BR0A 1QSLA 5H1SQ 4N41A 1FJGK 1VHXA 1SS6A 5C10A 3AARA 1HYVA 5E41A 1YJNN 3L8BA 2ZGYA 3VQ8A 4I9LA 3AVIA 1ZBSA 4BRFA 3VF6A 2XHBA 3U9DA 3ID6A 3SNNA 3RMCA 3HXMA 1BA0A 1K8AO 4FO0A 3DJCA 3CM6A 3CJBA 1I94K 4NO7A 4WCEL 1VSDA 5HLFA 1IKVA 2ZE2A 3D7EO 1SL1A 1N8RO 4B1UB 5M1PA 1RDDA 1EKEA 1MDUB 1ITGA 3F9MA 4CZJA 5J2NA 4ELUA 4AHVA 3B8AX 2E4LA 2P5OA 1B9DA 2ZGZA 5F1XA 1QS4A 4FW2A 4YORA 4Z4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI2 A;  2HST A;  3WXM B;  4AF1 A;  3E1Y A;  3OBY A;  1DT9 A;  2VGN A;  3AGK A;  3MCA B;  3VMF B;  3OBW A;  2VGM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQG A;  4B9T A;  5LMN K;  2V7Z A;  4U7B A;  3NVM A;  1NGH A;  4CHQ A;  3HPG A;  3O6W A;  3VEO A;  4FM2 A;  4CHY A;  4OVL A;  5AZJ A;  3CPE A;  4CEC A;  2HHS A;  3JS6 A;  2P9N A;  2HNZ A;  2XRI A;  4I6M B;  3VMF B;  5GAD P;  2OPQ A;  4M3U A;  1BDG A;  3HSC A;  4FJ9 A;  1YTA A;  3DOL A;  2D5R A;  2QWQ A;  2O8B A;  1EO1 A;  2VWK A;  3D2F A;  5AQY A;  3HOS A;  3NHG A;  3E9P A;  4IDK A;  4RWT A;  4AHU A;  3T1H K;  1LW0 A;  3NF8 A;  3GG4 A;  5BR8 K;  1KTQ A;  3QNN A;  1T6D A;  2O8E A;  2QWN A;  3TAP A;  4DQS A;  1LWC A;  3SAH A;  5FRN A;  3NBP A;  4PQU A;  3WEE B;  3AO1 A;  4DG1 A;  4K41 A;  4C8N A;  2IGI A;  3KK1 A;  4E7J A;  1Q8I A;  2QW9 A;  1NOY A;  1HLU A;  2I5J A;  3HJF A;  4Z4C A;  3MWT A;  4BQL A;  3VEX A;  3K5O A;  1BI4 A;  3OYE A;  1R59 O;  4LSN A;  1JLA A;  2HW3 A;  3O9U A;  1N36 K;  3TPQ A;  3EKU A;  4IFE A;  3OYF A;  2Q0U A;  4EIA A;  5B8H A;  2D1K A;  3O3H A;  3NE6 A;  4BRQ A;  4KI6 A;  4JLH A;  1JLE A;  2OPS A;  4DU1 A;  3R6M A;  4KHU A;  3SV4 A;  4JKC A;  1D8Y A;  5EOY A;  4EP5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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