1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
4CHYA 3ZSQA 4DFJA 2G8VA 4C8KA 4CHNA 3V9ZA 2IS3A 2HHXA 4F8RA 4RW4A 1NK8A 2VG6A 3M8QA 2FBXA 3MEEA 1J54A 3HSTB 4DLGA 4KFBA 1NKBA 4FJJA 3AO1A 4B9SA 2OPRA 4Q0BA 3AO5A 4DTMA 4EZ9A 1ZBIA 1ZBHA 1HYSA 5HP1A 2KQ2A 3SQ4A 4DTSA 4KHUA 5KGWA 1RDBA 1QSSA 1X1PA 3NF8A 2OPSA 1RBVA 3F73A 1J53A 1DLOA 1JLEA 3NFAA 4I9LA 4Z4HA 5J2PA 2X6NA 1SKWA 4Z4EA 4N5SA 1TKDA 3TAMA 1VSLA 4OKEA 1NKEA 1NOYA 2PZSA 4W5NA 2BGGA 1C1BA 3QLHA 4CEQA 4FJGA 2XRIA 4WE1A 3ASMA 3KLIA 3LP2A 4HUGA 3SNNA 2X6SA 4FLXA 3RMAA 4I9QA 2JGUA 2P1JA 3WNGA 2O4IA 1WSJA 3AA3A 4CFBA 4JLHA 2EX3A 3DM2A 3L2UA 4E1NA 3OYDA 3SYZA 1TKTA 3LAKA 3T19A 3VQ8A 5J2QA 4KB0A 2B4JA 3MEGA 4L8RB 4NCBA 1S1XA 3RMDA 3QIOA 2QXFA 4CJLA 3AO4A 4ELTA 4J2AA 3HVTA 4FJNA 2HW3A 5CY4A 4FLVA 1L3SA 1IKYA 3RR8A 5CZ1A 1W0HA 4M3YA 3KLEA 3WNEA 3TANA 2Z1JA 2E4LA 3NF7A 4O5BA 3LALA 3QNNA 1C0MA 3QEWA 3S9HA 1C0UA 3NDKA 4I2PA 2X78A 2ZE2A 5I3UA 4UQGA 3I8DA 2XY6A 2DFFA 5I42A 4NCAA 2HHTA 3QEIA 4J2DA 3O4NA 1C0TA 4CHPA 4BE2A 3EYZA 1XHZA 4F2RA 2G8UA 4M3WA 2P51A 4TSXA 4AHRA 4CJ5A 3ZCMA 4CJQA 2OA8A 4HCBA 3O3FA 4KHQA 3V9XA 4M3ZA 4AHTA 3OYLA 3JYTA 3L3VA 1A5VA 3TAGA 4CEOA 3PX4A 4FJIA 1IKWA 3ZT3A 4XIUA 4KKOA 4E89A 2XHBA 2XY5A 2YNHA 2FBVA 1F21A 1QTMA 3OYAA 3HXMA 1RBRA 4HUEA 1UOCA 1C1CA 1NK5A 1CLQA 4AHCA 2YKMA 1TL3A 2YHBA 1WNSA 4CK3A 4C8LA 4M3RA 4IDKA 1RDDA 4CCHA 4KREA 4DU3A 1U49A 2I5JA 3AVBA 4LSLA 1S1TA 5J1EA 4N56A 4DSEA 2ATQA 4CJ3A 3SQ2A 3OY9A 3OVNA 3VQ6A 1IKVA 1KVCA 3OJUA 3FFIA 3O3HA 3OYNA 3NHGA 1QSLA 3P83D 1BGXT 3V1RA 1EP4A 3LZIA 1NJWA 1VSJA 3VQ5A 1LW2A 1WSHA 1TAQA 1RBTA 2YHAA 4Z0UA 3TR8A 1RT3A 3TAFA 3AO2A 1BL3A 4CK1A 1TK5A 1KLNA 1TL1A 5C24A 3F9KA 1NK6A 2HB5A 1HYVA 4FM0A 3SV3A 4PY5A 4CIEA 4OGEA 4JS5A 4M3UA 4CEEA 4CEDA 1Q9YA 4DS4A 2F8TA 1FKOA 4JS4A 1VRTA 3DOKA 3L8BA 3AVHA 2D5RA 2P5GA 3MXIA 3L2VA 1EETA 1CZBA 1SL1A 3OYKA 1XI1A 2F96A 4BDPA 2QKBA 1QS4A 3KK2A 4K8XA 5FROA 1VSFA 3SQ1A 4IKFA 5HBMA 4PWDA 2DTUA 4KTZA 2IC3A 3SUPA 4FYDA 3KKSA 4CHOA 4BE0A 3V9UA 3HPGA 3U3GA 1RT5A 2OPPA 3TWHA 1UAXA 2YNIA 4FVMA 5C42A 3V9SA 2KFZA 2XY8A 3AO3A 3HP6A 1NK9A 4ID5A 1LWCA 3HL8A 4CESA 4E7IA 4F4KA 1BI4A 3KJVA 4BWJA 3K57A 3CQ8A 3VQCA 3KLHA 5KI6A 3NH1A 3AA5X 4FLZA 3ZSRA 4H8KA 3NH0A 3C94A 4FLWA 4CK2A 4FM2A 1JLAA 2P5OA 1LWEA 2IAJA 4CEBA 4DFMA 4F3OA 3DLKA 3V9WA 1EX4A 1S5JA 1Z25A 4Z4IA 3OYJA 5HRNA 1ASVA 3G10A 3OYGA 3AVNA 4NYNA 2YKNA 4CFAA 1RDCA 1FKPA 1RILA 3DLEA 1ZBUA 2KTQA 4FK4A 4KPYA 3OYFA 4B9UA 4FJ8A 3HK2A 3EY1A 3QESA 2Q3SA 4CJVA 4FJMA 1CXQA 1YVUA 2DFHA 5FDLA 4K8ZA 3V1OA 3QEVA 4H4OA 2OPQA 2HNDA 3DLBA 3K2PA 4IFVA 3OS1A 3OS0A 2E6MA 1A5XA 1LW0A 4O55A 4FJLA 1UA1A 2OZSA 4KHSA 1KFSA 3ZT4A 3SCXA 1RNHA 2BE2A 3ZT2A 1R0AA 3PO5A 3LANA 4B9TA 3EZ5A 4EP5A 4IFYA 4DS5A 4FJ9A 2PY5A 3P5JA 3SQ0A 3SUOA 4DLEA 4O44A 1LV5A 3IAYA 4M3TA 3QERA 3NF6A 4E7JA 1QE1A 5DK5A 3OYEA 3V6DA 4Y1DA 4FLYA 3MXJA 3AVKA 3NGYA 4B08A 3E01A 3NCIA 4B9VA 4EZ6A 1VK0A 1LAVA 1GOAA 2VWKA 4O0IA 1DTTA 3CYMA 1RCHA 1TKXA 5CYQA 4JRPA 1N6QA 2HHQA 3OYBA 4RG8A 3JSMA 4CF9A 4B8CA 3SJJA 1RTJA 4CEZA 3L2RA 5J2NA 3C6UA 3SPZA 3LPUA 1Q8IA 1YTUA 4JRQA 3ZSYA 3TAQA 3VN5A 3S3NA 1I39A 1JXEA 2HVIA 4CIFA 1RBUA 4HCCA 1WSEA 1JLBA 4E3SA 4CEAA 4DTPA 3CFPA 1G15A 3NH2A 5EU7A 2F8SA 5KRTA 1YTAA 2FBYA 2KZMA 4RW7A 2RN2A 4DU4A 4FJKA 3TAPA 4HUFA 2Z1GA 3VA0A 3PX0A 1S9GA 4CJ4A 1UA0A 1X9MA 3WNHA 4H4MA 4FW1A 3ZT0A 1L5UA 1LWFA 4W5QA 2ITGA 3HPHA 2DY4A 3IG1A 4Z4CA 3RRHA 1KTQA 4M45A 4FJHA 4E19A 1BIUA 1Y97A 1RT2A 4IBNA 4OPJA 3HVRA 2HMIA 5FRMA 1T7PA 2QK9A 2NUBA 4ZTFA 1SKRA 3PX6A 5CZ2A 4FLUA 1X9SA 3AVMA 3DRSA 3D0PA 3SV4A 1T03A 4FK0A 3UIQA 3RMCA 3VQPA 4FW2A 3ZSZA 4C8NA 1T05A 4CGDA 1B92A 4LD0A 4E1MA 3CM5A 4W5RA 4BDZA 3VA3A 3QNOA 5KTQA 4W5TA 1Q9XA 2Y1IA 3NF9A 3BDPA 4ELUA 2ZD1A 5HRSA 1NOZA 1ZYQA 4DSKA 3KLFA 4AHVA 3M8RA 1SL0A 1A5WA 3ZT1A 1WSFA 3ITHA 4CGJA 4MQ3A 4OKJA 3HYFA 4CF0A 4CHZA 4DQSA 3SZ2A 1KCFA 3MXMA 1NK0A 1JLFA 4Z4FA 4CF8A 4DSIA 1BCOA 5SWMA 1SUQA 1WN7A 4QAGA 3LZJA 1KLMA 1JLCA 2ETJA 3RTVA 1EXQA 1RBSA 5JS1A 1JL2A 2LSNA 1D8YA 4KRFA 1VSEA 1HYZA 3S3MA 4AH9A 4DFPA 2Y1JA 3OYHA 3K58A 4FJ5A 4F3TA 3LPTA 3L3UA 1KVAA 4CFCA 4I7FA 4Y1CA 5HRRA 1XWLA 4B9NA 3T1AA 2KZZA 1RT1A 4N41A 3OYIA 3AVAA 4CIGA 1VSHA 3WNFA 1FXXA 1RDAA 2HNZA 1EKEA 2VG7A 4CF2A 3HPOA 3KK1A 4BACA 1HMVA 3LAMA 1XC9A 3P1GA 1T8EA 1D9DA 2B6AA 4DQQA 1S1UA 1L3TA 1D9FA 4FK2A 1WSIA 4KB1A 2YNGA 2KFNA 4DSLA 2BANA 4GVMA 3OYMA 1TK8A 3RWUA 3DRRA 1XHXA 3KIOA 4HTUA 5E41A 2O4GA 4NYFA 1BQMA 4DTXA 1J9AA 1RTHA 3LWMA 4DU1A 4E0DA 4BE1A 4FJXA 4KI4A 3KD1E 1NJXA 4KHYA 1NK4A 2Z1HA 3MECA 4DF8A 1HQUA 1S1VA 3ZSOA 4AILC 3SUQA 1RTDA 5FRNA 3NE6A 1SL2A 3KLGA 3KTQA 1RTIA 2VG5A 3ISNC 4CJTA 2AJQA 1RT7A 1VSDA 3HM9A 2FC0A 4LH4A 3LDSA 2FBTA 3TAEA 4O0JA 4PQUA 3V4IA 2RKIA 3VQ9A 5JS2A 3L2WA 4CJRA 4DTJA 3SI6A 3QEPA 4CJWA 4FCYA 2D0AA 1I3AA 4CGGA 3L2QA 4HHTA 4DQPA 3C95A 1MU2A 3OYCA 3T3FA 3LP0A 4DTUA 3AVCA 3D45A 2D0BA 2GBZA 3K5LA 3B6PA 1BQNA 3DLHA 4YFUA 2BDPA 2HHVA 1JLQA 1K6YA 4AHUA 4BDYA 4IG0A 4I2QA 4HVJA 5KGXA 3K5MA 2HVHA 1BISA 2A1SA 4B9LA 1DTQA 2E6LA 1TK0A 2G8HA 3RRGA 3AA4A 3K5OA 2A1RA 1ZBLA 3DLRA 3ZSWA 5KRSA 1BHLA 1SKSA 3VQQA 1J5OA 1KVBA 4KHNA 4FLTA 1VSKA 1ITGA 2G8KA 4KV8A 4NCGA 4KO0A 2KW4A 4E7LA 4PA1A 2R7YA 3DI6A 3HP9A 3AVGA 3NAEA 1CZ9A 1TVRA 4DTOA 2HNYA 3I0SA 3IS9A 3V81A 3HJFA 1C6VA 4DG1A 4DWIA 1HQEA 4ID1A 1L3VA 3DOLA 1NKCA 2G8WA 5T7BA 1VSIA 4LY7A 1IO2A 3LP3A 2GV9A 3QETA 3M8PA 1NK7A 2EHGA 2QKKA 3MEDA 4RW9A 1O1WA 4AHSA 1JLGA 1IG9A 3A2FA 1S9EA 3O4QA 3NGZA 4M3XA 1D5AA 4LSNA 4CJUA 5C25A 4F2SA 4CHQA 2IDOA 3VQBA 4CERA 3U6FA 3PUFA 5DMRA 3TARA 3ZSVA 3PY8A 4Q5VA 1REVA 3H08A 3QINA 3RR7A 4ZHRA 4KAZA 4PUOA 4OLBA 1Z26A 2DFEA 4OKKA 4RW6A 3VQ7A 3VQDA 4FZZA 5D3GA 4CEFA 4MFBA 4CGHA 3TABA 3QO9A 1U47A 1HPZA 3ZSXA 3OS2A 4J2EA 2RPIA 4FM1A 4FZYA 3NGIA 3HO1A 1RT6A 1SV5A 1VRUA 1C1AA 1NJYA 4M41A 4CE9A 4LH5A 4W5OA 3U3YA 1U45A 2PYLA 3CFOA 4KTQA 4QOZB 2WOMA 3K59A 1TKZA 3SPYA 1U04A 3NBPA 4CJKA 4N76A 2WONA 1KFDA 4OJRA 4OVLA 3QEXA 2XY7A 1FK9A 4M42A 2IOCA 1HNIA 1VSMA 2GUIA 3VQ4A 3OJSA 3TI0A 3DMJA 3C6TA 3M8SA 4CJEA 2HHSA 4KI6A 3RMBA 1BCMA 1JL1A 4DQRA 4OLAA 1RT4A 1S1WA 4O4GA 5HRPA 3THVA 4B9MA 4RW8A 4OGCA 1N5YA 1ASUA 3V1QA 1WAFA 1ASWA 4ICLA 4BWMA 3AV9A 1BI4B 3AVIA 3CFRA 1HJRA 2IGIA 1IKXA 3BGRA 3I0RA 4IG3A 4KTWA 3CM6A 3AVFA 4B8AB 2VWJA 4CECA 3ALYA 3PV8A 2YV0X 1S6PA 1IH7A 3B6OA 1KRPA 2B5JA 4OPKA 3QIPA 4DMNA 4R5PA 3KD5E 4FZXC 5J2MA 3DYAA 3PO4A 3O3GA 4E7HA 1JKHA 1GOBA 3AA2A 3IRXA 2W42A 1U4BA 1HRHA 3G0ZA 1X9WA 1WAJA 3K5NA 3VQEA 2Z1IA 4YNQA 1JXBA 2X74A 3ULDA 4DTNA 1L3UA 1ZBFA 3MAQA 5HLFA 1YT3A 3AVJA 5SZTA 1QSYA 2YNFA 4DSFA 4ZTJA 1B9FA 1CXUA 4CF1A 4GMJB 4DTRA 4ELVA 1TGOA 2HHUA 1B9DA 4C8MA 1BIZA 1W9HA 4QCLA 4CGIA 1UWBA 2RF2A 4GW6A 4J2BA 4G1QA 4FXDA 3DLGA 4DF4A 1QHTA 4N47A 4FJ7A 4CJPA 4DFKA 2OZMA 5CYMA 1WSGA 4Z4GA 1S6QA 4DSJA 1QQCA 2D0CA 1NJZA 5K14A 3LWLA 2G8IA 1TAUA 4CJSA 1TV6A 2JLEA 2ZQBA 3HT3A 2G8FA 4C8OA 1GOCA 4CGFA 1U48A 4CJFA 3KKRA 4EP4A 2PYJA 4B3OA 4E7KA 1WLJA 3S3OA 1KSPA 4DQIA 1LAWA 2HHWA 4KHWA 3SUNA 3LP1A 2XO7A 3AVLA 3DRPA 5HROA 2OYQA 3VQAA 3CG7A 4CFDA 1HNVA 3KK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHYA 1TUYA 4FOIA 2UU9K 3ZSQA 2G8VA 1X3MA 1M90O 3V9ZA 4A2BA 2OTJN 4JN4A 4FJJA 3AO1A 3KVGA 4EHUA 4PL7A 4DTSA 4KHUA 3E9PA 3G6EN 3MWTA 1HJOA 2OPSA 4A5AA 4I9LA 3M5RA 4N5SA 5TKWA 4KH6A 2PZSA 3A5LC 1C1BA 3T1HK 4FJGA 3ASMA 3KLIA 3UB5A 1WB9A 5BREA 2JGUA 1ILYA 4ILJA 1WSJA 3AA3A 3L2UA 2EX3A 4KB0A 3RMDA 4NXMK 2A3ZA 2HBLA 4JD2A 4NO7A 2HW3A 3OTOK 4FLVA 1L3SA 1IKYA 4M3YA 1W0HA 2NRVA 2E2QA 2Z1JA 4WYBA 4O5BA 3THWB 2O8FA 3PSFA 2X78A 2P9PA 2ZE2A 5I42A 2DFFA 4J2DA 1QHAA 4BE2A 3RSEB 3EYZA 2G8UA 4TSXA 4CJ5A 4HCBA 2OA8A 3ZCMA 4AM6A 3O3FA 2P9SB 2E20A 3JYTA 2QI2A 3L3VA 4WQ4C 4WQ5C 3QFPA 4KKOA 4A59A 2XY5A 2YNHA 3WXMB 2FBVA 1QTMA 3QDKA 1RBRA 4JKHA 1N34K 1C1CA 2A6AA 4AHCA 2YHBA 1WNSA 4CK3A 2F4VK 4KREA 3CPEA 2I5JA 3HI0A 3AVBA 4N56A 3R3LA 1EO1A 1KVCA 4RWTA 4H0PA 4CD1A 3OJUA 3OYNA 1T3VA 3J8AA 1VHXA 5LY3A 3P83D 3V1RA 1EP4A 3O1BA 2WTUA 3KHYA 1LW2A 4MDAA 2VCPA 1YXQA 1TL1A 5C24A 3F9KA 3FLCO 1NK6A 4PY5A 4OGEA 3DAWA 3H45C 1DT9A 4CEDA 4DS4A 2NZTA 3U8XA 3NMUA 4DKWA 2GWKA 4UY8O 1OVYA 1EETA 5BN9A 2QKBA 4JNEA 3CMEN 4K8XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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