1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
3S9HA 5JS1A 3BGRA 2A1SA 3L2QA 1D8YA 2YNGA 2E4LA 1WSIA 4FZZA 3KK1A 4F3OA 2RPIA 1EKEA 3DLKA 4IBNA 4AILC 3LANA 3AVHA 3V1QA 5J2QA 4ID5A 4LH4A 3SCXA 1U4BA 4J2DA 3VQ7A 3U3YA 3PY8A 2KZZA 4B8AB 4FW2A 1WSGA 1HJRA 3OS1A 2OPSA 3CM6A 2Y1JA 1IG9A 4DQRA 3OJSA 1A5WA 1X9SA 4KHNA 3HK2A 4RW9A 4FJ8A 3NE6A 1CZ9A 4KB0A 1VRTA 3HL8A 1RTHA 4FLWA 1R0AA 3AO2A 4CGFA 3OYIA 4GMJB 3RRGA 3ZT4A 1XC9A 4FK2A 3G0ZA 4IFVA 3V9ZA 1IKWA 4FVMA 4Z4CA 3PV8A 3SPZA 4OLBA 1A5VA 1K6YA 3SQ4A 1NJYA 4LD0A 3S3MA 4KB1A 4O44A 5KGXA 2GBZA 5KTQA 4CJ5A 3EZ5A 3AO1A 4EZ9A 4FZXC 4E89A 4E7HA 1D9DA 3MEGA 3SNNA 2G8IA 1KTQA 4AHVA 4DFPA 4CIFA 1T03A 5HBMA 5SWMA 5HRPA 4ID1A 2OYQA 3I8DA 4Q0BA 1JL1A 2B4JA 3CYMA 1HRHA 3NH0A 1QHTA 1ASUA 4KHUA 5CZ1A 4DG1A 1KLNA 1RBRA 2GV9A 2BE2A 1WSJA 4M3TA 3OYHA 3RMDA 3TAPA 3TAGA 3ZSWA 3PX4A 3AA5X 1NK4A 4DMNA 4JRPA 2HHVA 1C1BA 3TAFA 2XY7A 4E0DA 3KLGA 4CJFA 3VQ5A 3ZSRA 2I5JA 4W5RA 4CK3A 4CHZA 3DLGA 2YV0X 1BI4B 4CGGA 2A1RA 3L2RA 3M8SA 4FZYA 3VQBA 2IC3A 4F2RA 1D9FA 1S1TA 4JRQA 3V4IA 2BANA 4CIEA 5J2PA 4M3WA 3DM2A 3DRSA 2RF2A 3LP3A 2XY6A 2DTUA 5SZTA 1VSHA 1S6PA 2LSNA 4KKOA 2PZSA 3I0SA 4E1NA 1T8EA 4CK2A 4CJ4A 4IG0A 3OYDA 3LWLA 3D45A 1B9FA 3HSTB 1U45A 1RTJA 4HCBA 4NCGA 3ZT2A 3T3FA 4Z4EA 3PO5A 3DYAA 3TAEA 1ZBIA 3MEDA 4AH9A 1J54A 4K8ZA 1W9HA 3TABA 3ZCMA 4Y1DA 2VG7A 4EP5A 2IOCA 1EXQA 4DSEA 4W5TA 2WOMA 1NK0A 4FJXA 4PUOA 2W42A 4O5BA 4RW8A 4B9LA 3ZT3A 1DTTA 4CF8A 3RTVA 4N47A 1SUQA 3KIOA 4BWMA 4XIUA 4IKFA 2YHAA 1JLBA 1LW0A 4DS5A 4CIGA 1JLCA 3K58A 1FK9A 4FLTA 4B9SA 5C42A 4DQIA 1RT4A 1ZBHA 4UQGA 1FXXA 3SPYA 2HB5A 4ZTJA 3KD1E 4I9LA 4M42A 1U49A 2FBYA 3AA2A 3KJVA 1QS4A 2QKBA 4DSLA 4FJIA 4HHTA 4DTRA 2GUIA 3NGZA 3O4NA 2HVHA 2VG5A 4IDKA 3AO5A 5HLFA 2QKKA 4DTSA 1LV5A 1RDCA 1RT5A 5KRSA 4CJSA 1CZBA 3M8RA 4M41A 1BIUA 3B6PA 4N76A 1RT6A 3IS9A 2HNYA 3OJUA 4Z4GA 4FK4A 1TKDA 2HHWA 4FLZA 1C0MA 4LSLA 3QEWA 1L3VA 4F8RA 1TK5A 3ZSQA 3QINA 4BE1A 3DRRA 4QOZB 4GW6A 4LY7A 3V1RA 3VQDA 1VSJA 4CFCA 3L2VA 5DMRA 1S1XA 4CHNA 2HW3A 3NF8A 4MQ3A 5I3UA 1BQMA 3NF9A 1YVUA 1RCHA 2XY5A 3LWMA 4AHTA 4OJRA 5JS2A 2HMIA 2DFHA 4DTMA 1L3TA 1JXEA 1RBUA 3AA4A 3PX6A 4CCHA 4CEFA 1S9EA 4PWDA 2YHBA 1JLQA 4M45A 3VQ8A 3V9UA 3HYFA 4H8KA 3VQ4A 4FK0A 4NYFA 4B9VA 3AVCA 1L3SA 4BACA 2ETJA 1RT2A 3KTQA 3O3FA 1LAVA 1TK0A 4ELVA 4CERA 4DF8A 3OYAA 4DFMA 1SL0A 3NGIA 1HNVA 3H08A 3QEIA 1X9MA 3AV9A 4CF9A 4C8OA 3DLRA 1CXUA 1TAUA 4FJ5A 1F21A 4CK1A 3HJFA 3OVNA 3QETA 4DSJA 1BGXT 1REVA 3LP2A 4TSXA 1SKSA 1ASWA 2XY8A 3HPGA 5CY4A 3RRHA 4B3OA 2E6LA 3KKSA 3MAQA 2VWJA 3NDKA 3RMAA 4BDYA 1ZYQA 3AVKA 4B9NA 1DTQA 2ZE2A 1HQEA 4N56A 3KK3A 3I0RA 3OY9A 2G8VA 1NKEA 4DLGA 2G8HA 4O55A 3V81A 4M3YA 1XHXA 3OYJA 1TAQA 2HNZA 3AVFA 3DRPA 5KRTA 1N6QA 1UAXA 1VSDA 4CEQA 4HTUA 4DSKA 5HP1A 3C6TA 2F8TA 5KGWA 1YTUA 2PYJA 1D5AA 2ZD1A 4M3ZA 3TR8A 3NHGA 1Y97A 2KQ2A 4CJQA 1BIZA 2XHBA 1HYSA 4I7FA 1IKYA 2P1JA 4Z4FA 3CM5A 3RR7A 2KW4A 1TKZA 1W0HA 4DQSA 3T1AA 2KFZA 1RT3A 4FW1A 5DK5A 3VQ6A 4JS5A 1VSMA 3ZSVA 2JLEA 2IGIA 3AVIA 1BI4A 3M8PA 4KTQA 1BCMA 3KLFA 1JLFA 1RT7A 1TKTA 1TL1A 1T7PA 1TVRA 3AVNA 1QTMA 3K5LA 1GOBA 2X6SA 2OPPA 1RBVA 1NJXA 4Y1CA 4IG3A 4J2EA 3DLHA 3DOKA 4EZ6A 4LSNA 2KFNA 2G8FA 2KZMA 3OYEA 2HHSA 2JGUA 2NUBA 5KI6A 4CEEA 3KLIA 3SZ2A 3KD5E 1EETA 1ITGA 3AO3A 1IKXA 3CFOA 2F96A 2Z1HA 4JLHA 5HRSA 4EP4A 1RBSA 3AVAA 1J9AA 4OKKA 3KK2A 2Q3SA 1U47A 3VA0A 3JYTA 1IH7A 1WAJA 1WSFA 1WSEA 4CJPA 3SV4A 3AVMA 5FDLA 4AHCA 3BDPA 3UIQA 3ISNC 4ICLA 1KFSA 1XHZA 3VQ9A 3VQAA 3NBPA 4CFBA 4I2QA 4FJKA 4YNQA 4CFAA 4CF0A 4CJKA 2HHTA 2E6MA 5E41A 3TAQA 3L2UA 1J53A 4CHOA 4Z4IA 4M3XA 2F8SA 4AHUA 2Z1GA 1KVAA 4RW7A 4OPJA 5C25A 1C1AA 4G1QA 1NK6A 1EX4A 1NOYA 2HHUA 2ZQBA 4FJNA 1WNSA 1U48A 3PX0A 4OLAA 4OKJA 4KRFA 4B8CA 4PY5A 3NH1A 1RILA 4ZTFA 5CYMA 1IO2A 2RKIA 4E19A 1C0UA 1JL2A 4E7JA 4FM2A 2D0CA 3E01A 1SV5A 3LPTA 4ELUA 3DLEA 3DI6A 1LWEA 4FLVA 4F4KA 3ZSOA 5J2MA 4CHQA 3AO4A 3IG1A 3TARA 4RW4A 1X9WA 4FYDA 4DFJA 1TV6A 3QNNA 3AVLA 3VQQA 4ELTA 4CHPA 3RWUA 4DFKA 4C8NA 3RR8A 3QO9A 3PO4A 5EU7A 3OYLA 4KI6A 1RDAA 4OKEA 3P83D 3WNHA 3NAEA 3ULDA 4DWIA 5FRMA 4E7IA 4B08A 4E7LA 4CFDA 3K2PA 3V9XA 2XRIA 3IAYA 3LZJA 3CFPA 4AHRA 3LAKA 1JLEA 3QLHA 1QQCA 3C6UA 2PYLA 2WONA 4L8RB 1MU2A 2IDOA 4H4MA 1UOCA 4W5OA 3OYMA 1A5XA 3SJJA 5CYQA 3LAMA 4CEZA 3F9KA 3HPHA 5T7BA 3JSMA 4BDZA 2BGGA 1WAFA 1XI1A 1GOAA 3K59A 1S1VA 5FROA 4IFYA 1UA0A 1SKWA 1G15A 4W5QA 4YFUA 4NCAA 2FBTA 1BHLA 1HYVA 2Y1IA 3RMBA 2G8KA 4KI4A 3OS2A 4Z0UA 4CJLA 4KO0A 3VN5A 1X1PA 2FC0A 4HCCA 4BWJA 2VWKA 3TAMA 1VSEA 4FLXA 3THVA 1ASVA 1EP4A 3OYCA 5J2NA 4CEAA 5HROA 4DQPA 2HHQA 4DLEA 4BE0A 1LWCA 3LP0A 1NK8A 3ASMA 3CFRA 2R7YA 4E7KA 3T19A 1WSHA 4KHSA 2B6AA 4FJMA 3AVBA 1VSFA 3VQCA 2B5JA 3V9SA 2YNHA 3NGYA 4E1MA 1VK0A 5K14A 1KVBA 1VRUA 3HT3A 2OZMA 4CEOA 1SL2A 4KAZA 4J2BA 1BL3A 3TWHA 1NJWA 5FRNA 4CGDA 4CJ3A 3LPUA 3C95A 4CJWA 1C6VA 1S9GA 1HNIA 1KLMA 1TL3A 4CJTA 3L8BA 1XWLA 1QSLA 4C8KA 1Q8IA 1T05A 1RBTA 2O4IA 1WN7A 3V6DA 3SQ0A 1NJZA 4ZHRA 1HMVA 4M3RA 4B9UA 1RTIA 1YT3A 4DU1A 4PA1A 3HXMA 2G8UA 4FJHA 3LZIA 3K5NA 3HP9A 4DU3A 2KTQA 1QSSA 3C94A 1JKHA 2X6NA 1RNHA 2Z1IA 4DU4A 2D0BA 1L3UA 1VSLA 1KVCA 3FFIA 1QSYA 2QXFA 4CGHA 3WNFA 1QE1A 1GOCA 4R5PA 1TKXA 4KTZA 4H4OA 1WLJA 2BDPA 4WE1A 3ZT0A 3EYZA 4M3UA 2AJQA 2OA8A 1BISA 4MFBA 3U3GA 4BDPA 1S1WA 4CJUA 2X74A 3AVJA 1Q9XA 2DFFA 4QAGA 1UWBA 3TI0A 4KPYA 3L3VA 4CJVA 4DTPA 2P5GA 2P5OA 3TANA 1Q9YA 3ZT1A 3NF7A 4FCYA 5I42A 5HRRA 3MXJA 3PUFA 4AHSA 2XO7A 1I3AA 2HNDA 3QIOA 3KLHA 3M8QA 3L2WA 1NK7A 4B9MA 1UA1A 2O4GA 4CJEA 3NFAA 4NYNA 2OZSA 2OPRA 3LDSA 4HUFA 1Z26A 3U6FA 4FXDA 2P51A 3MXMA 1S6QA 4Z4HA 3P1GA 2IS3A 4PQUA 4K8XA 1NK5A 1VSIA 3QEXA 5HRNA 5C24A 2OPQA 4FM1A 1BQNA 2X78A 4DTOA 4DS4A 1FKPA 4N5SA 1IKVA 1C1CA 1J5OA 3ZSYA 4CF2A 2HHXA 3OYFA 3KKRA 2EX3A 3O4QA 1RTDA 2G8WA 4CGJA 2DFEA 4CGIA 4E3SA 3ZSZA 1FKOA 3OYKA 4KTWA 5J1EA 3SQ2A 1TK8A 2D0AA 1NKCA 1KSPA 1HQUA 2RN2A 1RDDA 1CXQA 2VG6A 1KRPA 1O1WA 3WNEA 2Z1JA 3CQ8A 4CE9A 4F2SA 1U04A 4LH5A 4C8LA 4FJJA 1B92A 1ZBFA 4FLUA 3B6OA 4CEBA 3EY1A 4KHYA 1VSKA 3MEEA 4N41A 4QCLA 1BCOA 3ALYA 4CJRA 3SV3A 3LP1A 3QESA 3QEPA 3LALA 4KFBA 4C8MA 4DF4A 3OS0A 2IAJA 3RMCA 2PY5A 3SQ1A 3HVTA 1LW2A 4KHWA 3OYBA 1DLOA 3VA3A 1SL1A 1YTAA 1NOZA 1S5JA 3V1OA 1NK9A 2QK9A 4KREA 3K57A 4HUEA 3DLBA 1JLAA 3D0PA 4J2AA 3P5JA 3S3OA 3O3HA 4I9QA 3HPOA 2FBXA 4O4GA 3QERA 3SYZA 4BE2A 1JLGA 1LAWA 3A2FA 4JS4A 3VQEA 4DTJA 4CECA 5CZ2A 3DOLA 1I39A 1CLQA 4CF1A 4FJLA 3S3NA 1HYZA 1RT1A 1ZBLA 3ITHA 4HVJA 3HO1A 1RDBA 3NH2A 3AA3A 4OGEA 3VQPA 4O0IA 4RW6A 4HUGA 1LWFA 1Z25A 1SKRA 4F3TA 1N5YA 3O3GA 3HVRA 1NKBA 2DY4A 3QNOA 1JXBA 4OGCA 4DTUA 2YKMA 3QEVA 3SI6A 1S1UA 3HP6A 4O0JA 2YNFA 4I2PA 4DTNA 4W5NA 3NF6A 4FJ9A 5D3GA 4CHYA 3L3UA 4KHQA 3OYNA 1C0TA 4OVLA 4CESA 4CEDA 4OPKA 3V9WA 4DQQA 4KV8A 4B9TA 4NCBA 1KFDA 2HVIA 1B9DA 3HM9A 4FJ7A 3K5OA 1ZBUA 2ATQA 2D5RA 1L5UA 3G10A 2EHGA 3QIPA 4FJGA 3K5MA 3WNGA 4DSIA 2YNIA 2YKNA 4DSFA 4DTXA 3MXIA 1KCFA 3CG7A 3MECA 4FLYA 3KLEA 3NCIA 3DMJA 3SUQA 3SUNA 3SUOA 2ITGA 1HPZA 3IRXA 4FM0A 3AVGA 1TGOA 2FBVA 3ZSXA 4RG8A 3SUPA 3F73A 4GVMA 3OYGA 4Q5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KA 1U6ZA 3NVKA 1HUXA 3C6HA 2NRZA 2I7NA 2RPIA 3CCJN 3AVHA 3SCXA 4LH4A 2OCEA 5IT9O 2ZF5O 1WSGA 3CM6A 4DQRA 1X9SA 3CJCA 2VGNA 1OH8A 3WXIA 4OPAA 1XQSC 5BRHA 1MWKA 2HBLA 5GAHP 4FLWA 3AO2A 1OVYA 4CGFA 3ZT4A 4FK2A 4DR6K 3V9ZA 4Z4CA 4GKJK 1NJYA 4PHTX 2HBJA 2GBZA 3PLAA 4CJ5A 4E89A 5BPLA 3SNNA 1E4FT 4AHVA 2YI1A 5JLHA 1U2VA 2B4JA 1HRHA 3OTOK 1QHTA 1QHAA 5CZ1A 4JI7K 1RBRA 4M3TA 1WSJA 3ZSWA 3WT0A 3PX4A 1K73O 5GIPA 2XY7A 1NG9A 4CJFA 2P9NA 4KHPK 4W5RA 4JHDA 3L6QA 4CHZA 2YV0X 2O8EA 4F2RA 2P9IB 1D9FA 1DGKN 5BPNA 3M3ZA 5J2PA 4YDUA 3LP3A 4ISFA 5SZTA 2FF6A 4KKOA 2P9PB 1VQ9N 3SAHA 3D45A 1U45A 3HOTA 1P90A 4AH9A 2WC9A 3VEXA 2IOCA 3R1XA 4XH1A 1NK0A 4FJXA 3U8XA 5C2FA 3KIOA 1NGAA 3O5BA 1JLBA 4A62A 3K58A 1RT4A 4BR4A 4I9LA 3THYA 3BY5A 3HSCA 4K0KK 5I9EB 1U49A 5M1OA 5MLCQ 3NGZA 2HVHA 4DTSA 5KRSA 4Z94A 3VOVA 4M41A 5GIOA 3D7EO 3B6PA 4FWKA 3IS9A 4H5TA 2HNYA 3TTFA 3C7NA 4LF9K 2HHWA 2YHYA 3W3DA 4BC2A 3QICA 4AF1A 2E2QA 2BUPA 4GY2B 3VQDA 1S1XA 4MQ3A 5BREA 1BQMA 1RCHA 1IBLK 1NWKA 4AHTA 2W6LA 3AA4A 3PX6A 3SJHA 4CEFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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