1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
4B9MA 1HYVA 5JS2A 2NUBA 4LY7A 5HRNA 3LZIA 4KHYA 3HM9A 3SQ2A 4CEEA 2DFHA 4KREA 2AJQA 2OYQA 3SPZA 1RT3A 4CGJA 2P5OA 2YV0X 4PA1A 3KLFA 3ZSOA 5C25A 1BGXT 4DQIA 4FJJA 1A5VA 4KTWA 1TKXA 2YHAA 4AHRA 3NH0A 1VSDA 4Z4CA 2HVIA 3LDSA 1B9DA 2YKMA 5I3UA 4Z0UA 3TAFA 4Q0BA 3MXJA 3DYAA 4IKFA 1G15A 1WN7A 1Z26A 4C8NA 4ELVA 1HMVA 3PUFA 4HTUA 3T1AA 3RTVA 3OVNA 1C0MA 2BE2A 4KTZA 3O3GA 4CJKA 3NAEA 3CQ8A 4DTRA 3AVGA 1TL1A 4RW4A 1HQUA 1RT4A 4O0IA 3O4NA 1U49A 3LAMA 4E7IA 3RMAA 3OYEA 3SNNA 4YFUA 1CXQA 1QSSA 1RT2A 2E4LA 1RT7A 2OPSA 3ALYA 5CZ1A 3PX0A 5KTQA 4E1NA 3TI0A 3OY9A 3LPTA 4O0JA 5K14A 4CJWA 1XHZA 4RG8A 4Z4EA 1RTDA 3OYMA 1LW0A 3CFRA 4M3YA 4EP5A 4CFAA 3OS2A 4CHNA 3QIPA 1TAQA 2XY8A 1WSIA 3K5LA 3F73A 1NJXA 2OZSA 4AILC 1WSGA 2ZD1A 3HP9A 3KJVA 4DF4A 1JL2A 1SUQA 1VSJA 2DFEA 4FZXC 3LZJA 1QHTA 3OYGA 4ELUA 1WSFA 4IFYA 3OYBA 4DU3A 3DLBA 5DMRA 4K8XA 4FJMA 1U4BA 1LW2A 1IO2A 4I7FA 4CIEA 1EP4A 4OPKA 3S3MA 3M8SA 2Z1IA 1UA0A 4DQQA 4CJPA 1ASUA 4E7HA 4E7JA 4TSXA 4CHQA 1WSHA 1TV6A 4DTUA 2D0BA 2P5GA 4CHYA 3MEGA 3PX4A 4CHPA 4IG0A 4DLGA 1NJYA 3BGRA 1REVA 3QIOA 2LSNA 1JLGA 4NCGA 3OYCA 1HNIA 2RPIA 4CJQA 1EKEA 3AVLA 4Z4HA 4RW7A 1S1WA 4N47A 2BDPA 4OGEA 1WAFA 4FK4A 4OVLA 4N56A 1T8EA 4RW8A 4CEAA 1RNHA 1XHXA 2HHTA 1KFSA 4CJLA 2F96A 3C95A 4KO0A 2EX3A 3ZSYA 2W42A 1DLOA 4CEZA 3C6UA 4FM0A 4FLYA 3KLIA 3K5OA 1HYZA 4CHOA 3VA0A 3DLGA 4CJRA 2B4JA 1KLNA 3TAPA 4BE0A 3TANA 4KHWA 1N6QA 4LH4A 4PWDA 4ID1A 2KZZA 4W5RA 4NYNA 1RBSA 4I2PA 4IFVA 4FK0A 3NGZA 4FK2A 1TK0A 4H4MA 1DTQA 3V4IA 4DTSA 1ZBIA 2PYLA 2DTUA 3MEEA 3SI6A 4CECA 1UAXA 2RN2A 3SQ4A 3MECA 1VSLA 4KHSA 4DQSA 2G8KA 1T7PA 4I9LA 2VG6A 4LSNA 2Z1GA 3ZT4A 1FKOA 3CM5A 5J1EA 3NDKA 3F9KA 3VN5A 3NBPA 3P83D 3K58A 4JRQA 2YHBA 3I8DA 1IKXA 4DWIA 1JXBA 1XWLA 1S6QA 1ZBHA 1TL3A 4CFCA 2VWKA 1LV5A 3AO2A 3K5NA 3KK2A 4DTXA 2ATQA 3B6PA 3DOKA 4C8OA 1U45A 1ZBLA 4DS4A 3NH2A 1B92A 1FKPA 1CZ9A 5KGXA 3U3GA 3DLRA 3ZT1A 3SZ2A 1DTTA 1RCHA 2GBZA 3KK1A 2FBVA 1WAJA 3WNFA 4AHTA 3ZSWA 4FJIA 3QNOA 4BDZA 4DS5A 1NOZA 4W5OA 3VQ8A 1JLAA 4DTPA 3CFPA 4CFDA 1L3SA 1RDDA 1KSPA 3AVIA 4HUFA 2HMIA 4OLBA 5JS1A 3TARA 1NJWA 2GUIA 4KB1A 2OPQA 4YNQA 4BE2A 4OPJA 4FJ5A 4Z4FA 3SCXA 4F3OA 3IRXA 3VQCA 2OZMA 3RMCA 4L8RB 4DSJA 2HHVA 1NK8A 2P1JA 4DSIA 3ZT3A 4B8AB 3L8BA 4RW6A 4C8LA 3RMDA 4O55A 3QETA 2XY6A 4N41A 4DFKA 2QKKA 3AVNA 3HYFA 5E41A 1JLCA 2OPPA 3NGIA 3LWMA 4HCCA 2D0AA 2ITGA 3NE6A 4QOZB 1FK9A 3V1RA 2YNHA 4FJXA 3EY1A 3TABA 3DRPA 4Y1CA 1KVCA 5D3GA 2DFFA 4CGIA 2BGGA 2HB5A 3AVFA 2ZQBA 4DQRA 2Y1JA 4J2AA 1T03A 3E01A 4BWMA 4CEQA 4DMNA 2IAJA 1J9AA 1X1PA 2RKIA 3IAYA 3VQQA 3EZ5A 2HNYA 4F2SA 1X9SA 1L3VA 3OS1A 2KW4A 5FRMA 3MEDA 4CE9A 4CGHA 1BCOA 2X6SA 3LP3A 5DK5A 4E0DA 1L3TA 3V81A 3V9XA 3BDPA 3RR7A 1JL1A 3DLEA 4G1QA 2E6LA 4E7LA 1ZBFA 3TAEA 1BI4B 4I9QA 4B3OA 1S5JA 1ZBUA 4H8KA 1ITGA 1SKWA 4OLAA 3SPYA 1SL0A 1J54A 1KCFA 3DMJA 1VSMA 3IS9A 1KVAA 4E19A 2PYJA 1SKRA 4DQPA 4DSLA 3CFOA 4CEBA 3TAQA 1S1UA 4FJNA 3AVAA 3NFAA 4CJVA 3OYKA 4FXDA 1QTMA 1RBRA 2A1SA 1WNSA 4IBNA 3T19A 3VQ7A 2WOMA 2A1RA 4F2RA 2HW3A 4CJ4A 3TR8A 3SV4A 3AO1A 1F21A 3M8RA 4ID5A 3PY8A 4OKKA 1KLMA 1WSEA 4CFBA 3G10A 4XIUA 4B9UA 3HVRA 2D5RA 4K8ZA 4M3XA 3LALA 4FYDA 4BE1A 3KD5E 3QEPA 5HP1A 4FLWA 2G8FA 2EHGA 4KI4A 5C42A 4OGCA 1LWFA 1VSFA 3QESA 1C1CA 4BDPA 4PUOA 1JLEA 1S9GA 1J5OA 4HUGA 3ULDA 2HHSA 2OA8A 4B08A 4JS4A 3HP6A 1C0UA 3THVA 4JLHA 3SUOA 4J2BA 4CEFA 3L2VA 5KGWA 2VWJA 1BIUA 1NK7A 1TK8A 4F3TA 1B9FA 3ZSRA 1WLJA 5EU7A 3V9UA 3AA3A 4ELTA 4FLXA 4CESA 4HHTA 3V1QA 4AHSA 3NCIA 1JLBA 1QS4A 4KHNA 5J2MA 3EYZA 3AVHA 3HVTA 4CF8A 1JXEA 1GOBA 4DTJA 1VSKA 3HJFA 4O5BA 4DTOA 4DFMA 2E6MA 1IKVA 2HNDA 2X78A 3M8QA 4GVMA 1C1AA 1K6YA 1TKZA 2IOCA 2Z1JA 4EP4A 4KTQA 4KKOA 4CF2A 3SUNA 4AHCA 1YT3A 3LANA 3ZSZA 1RBUA 5CYQA 3C6TA 2I5JA 3ZSXA 3PO4A 2Z1HA 4FJLA 1RT6A 3RMBA 4B9TA 4CGDA 2FC0A 1JLFA 4DFPA 4KHUA 3AV9A 5FROA 3QEXA 3HK2A 3I0RA 3AA5X 4CEOA 4FJ9A 4OJRA 1Q8IA 2XRIA 5CZ2A 4CF0A 4CJSA 1QQCA 3UIQA 2G8UA 1NKEA 1BQNA 4FM1A 3HPHA 1VSEA 4LH5A 3ZSVA 1TK5A 3OYJA 3QEIA 3QERA 2F8SA 2G8WA 3NF7A 2KTQA 4JS5A 3AVCA 3ZCMA 4Q5VA 3HO1A 1QSLA 4EZ6A 1TAUA 3LAKA 4KHQA 2GV9A 1RBTA 4R5PA 1XI1A 3C94A 3WNEA 3LP1A 4FJ8A 4DSFA 4CGFA 1X9MA 3OS0A 4FW1A 4E3SA 2RF2A 3JYTA 3PV8A 3AVKA 1LAVA 1HNVA 4LSLA 3OYHA 1Z25A 3OYFA 3S9HA 2BANA 5FRNA 3TWHA 3D0PA 1TKTA 2IC3A 5CY4A 4B8CA 3DRSA 1ASWA 4LD0A 3OJSA 4MFBA 3QINA 2ETJA 4AH9A 1SL2A 4M3RA 3MXIA 4ZTJA 3SQ1A 3NF9A 3K5MA 1I39A 3QEWA 1NKCA 1ASVA 4FLUA 4AHVA 3L2UA 3FFIA 3I0SA 5FDLA 1LAWA 5HRPA 1W0HA 4KRFA 1NK0A 4FM2A 5I42A 1TKDA 2KFZA 4DU1A 2B5JA 3VQ4A 4W5TA 3U3YA 1EETA 3SUQA 3RWUA 3AVJA 3OYDA 4DTMA 3AA2A 4E1MA 1RDAA 2P51A 4BWJA 4CJUA 4J2EA 1RTHA 1YTAA 4CERA 1BISA 3SJJA 2X6NA 1GOCA 3WNGA 4DSEA 4B9VA 1VRTA 1RTIA 2YNIA 3AVBA 3DM2A 4DF8A 4KI6A 4H4OA 1C1BA 4CIGA 2YKNA 3JSMA 4CIFA 1RTJA 3LPUA 3L2RA 3VQAA 1JKHA 3CM6A 3G0ZA 4CGGA 1X9WA 3K2PA 1XC9A 1YTUA 4OKJA 4PY5A 1QE1A 1EX4A 1VSIA 1RT5A 4FLTA 4FJHA 1S6PA 3LWLA 3SV3A 1HYSA 4M41A 2YNFA 3HPGA 1HJRA 3KKSA 4M3WA 1NK6A 2PY5A 4KFBA 4QCLA 4E7KA 3RRGA 1CXUA 2FBTA 3WNHA 1BCMA 3LP0A 1HQEA 4W5QA 4F8RA 4GMJB 2QXFA 1CZBA 5T7BA 1S9EA 1VSHA 4ICLA 3VQEA 2O4GA 4IG3A 1A5WA 1U48A 4FJKA 3M8PA 2HNZA 4M42A 4UQGA 2ZE2A 5HBMA 3ZT2A 4B9NA 2IS3A 1GOAA 3IG1A 2Y1IA 3NH1A 3P1GA 2HVHA 1S1TA 1IG9A 3ZT0A 4M3UA 4M45A 3K59A 4CJFA 1ZYQA 4FVMA 4Z4IA 1VRUA 2D0CA 4HUEA 4FCYA 3DLHA 3O3FA 1D5AA 4M3TA 4FLVA 3VQ9A 2VG7A 3SQ0A 2VG5A 5HLFA 1UWBA 4M3ZA 3LP2A 3QO9A 3OJUA 3DRRA 3HSTB 2FBXA 1KVBA 4DG1A 2B6AA 4CK2A 3SYZA 2QKBA 1HPZA 3S3NA 2HHXA 2HHWA 1RDBA 1RDCA 3KLEA 4C8MA 3VQPA 1NK5A 2X74A 2G8HA 5KRTA 3HT3A 3PO5A 4FJ7A 4CJEA 3V9WA 4I2QA 2G8IA 4F4KA 1O1WA 1TVRA 5CYMA 1L3UA 3H08A 4CK1A 4N76A 4RW9A 3KD1E 1NKBA 1U47A 1LWCA 1JLQA 5C24A 3OYNA 1U04A 5J2QA 3TAGA 3CYMA 3NHGA 1NK9A 4PQUA 1LWEA 1S1XA 3AVMA 1IKYA 4FJGA 3V9SA 1CLQA 3D45A 4QAGA 4CCHA 1L5UA 3RR8A 2OPRA 4MQ3A 5HRRA 4CF1A 4BACA 1HRHA 5KI6A 3ISNC 1IKWA 1W9HA 3VQBA 1UA1A 1SV5A 1BQMA 1NOYA 1N5YA 3DLKA 3DOLA 4E89A 1Q9XA 4KB0A 5HROA 3VQDA 3MXMA 3CG7A 3KTQA 4NCAA 4CEDA 5J2NA 2DY4A 3PX6A 4KV8A 2G8VA 4HVJA 1TGOA 4ZHRA 3KIOA 3AA4A 4GW6A 4N5SA 3SUPA 2JLEA 1SL1A 4O44A 1T05A 1D8YA 4B9SA 3KLGA 1WSJA 1FXXA 2QK9A 1C6VA 3O3HA 1MU2A 3L2QA 3HPOA 3NF6A 3O4QA 1R0AA 1Q9YA 2F8TA 2KZMA 4B9LA 1KTQA 4JRPA 1RT1A 1BL3A 2FBYA 4CJ3A 1QSYA 4NCBA 4OKEA 1RBVA 4FLZA 3OYIA 2XY7A 1EXQA 3L3UA 2IDOA 3ITHA 3VA3A 5J2PA 4KPYA 1KFDA 4Z4GA 3U6FA 4W5NA 3OYAA 1VK0A 3AO4A 4CHZA 1D9DA 3L2WA 3ASMA 3NGYA 3T3FA 2IGIA 3HL8A 1C0TA 3A2FA 3AO3A 4NYFA 3TAMA 1SKSA 4DSKA 4FZZA 4HCBA 2HHUA 2WONA 5SZTA 4DTNA 1S1VA 4AHUA 2Q3SA 2R7YA 1A5XA 3AO5A 1NJZA 4EZ9A 1D9FA 3V1OA 2XHBA 4CF9A 5HRSA 2KFNA 4FW2A 4DFJA 3NF8A 3P5JA 4O4GA 5SWMA 3MAQA 3RRHA 3DI6A 2XO7A 3KK3A 2HHQA 3KKRA 3VQ6A 1BHLA 2YNGA 3L3VA 4IDKA 4DU4A 2PZSA 1RILA 2JGUA 3VQ5A 1J53A 3QNNA 1BIZA 4WE1A 2O4IA 3K57A 1UOCA 3OYLA 4J2DA 4Y1DA 1KRPA 2KQ2A 3KLHA 4DLEA 4C8KA 5KRSA 3S3OA 4CJ5A 4CJTA 1I3AA 3B6OA 3ZSQA 4KAZA 4FZYA 4BDYA 3V6DA 1IH7A 2XY5A 1BI4A 3QEVA 4ZTFA 3QLHA 3HXMA 4CK3A 3V9ZA 1YVUA 1NK4A 1Y97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JXUA 1HYVA 5HRNA 5TKWA 4YDUC 4KREA 5AQKA 2YV0X 4JYAK 3KLFA 2QTDA 4FWNA 4KTWA 1OH5A 1HPMA 3NH0A 1BOTO 3LDSA 3OBYA 4Z0UA 4Q0BA 4QS9A 4BRMA 1WN7A 1Z26A 4ELVA 3NAEA 2GELA 2CGKA 3CQ8A 1NG9A 4DV5K 4DTRA 4CI6A 5BN8A 3UKUB 4NLCA 5CE3A 3RMAA 1QSSA 4BRQA 2E4LA 3VMFB 1RT7A 3TI0A 2GWKA 1KQSM 1RTDA 5DM7L 3M1FA 1DGKN 3HBTA 3ID6A 3LDNA 5AQVA 1IG8A 1GLCG 4CFAA 5JVHL 3QIPA 1WSIA 2H3GX 4QS8A 2OZSA 3ZX2A 4EAHD 3F9MA 4FZXC 3LZJA 3O9RA 1XC3A 1U4BA 4H5VA 1ATSA 1GLAG 2QM1A 5JICA 1OH6A 4DQQA 2UXBK 4CJPA 1WSHA 1TV6A 2P5GA 3H3OB 3MEGA 5M1FA 3FZHA 4DLGA 3BGRA 3QIOA 2P9UA 1JLGA 4NCGA 3CCLN 4CZIA 4RW7A 2QWQA 4N47A 2BDPA 4OGEA 1BUPA 2FF6A 1MA9B 4OVLA 1DEJA 4N56A 1HUXA 3CCUN 1QVGM 1XHXA 2E20A 5TKYA 2D0OA 4C23A 3ATVA 4KO0A 3E9PA 1OVQA 4DV3K 4FLYA 3K5OA 3PIPL 4OPAA 1C0FA 4CJRA 4BE0A 4FVUA 5M1KA 2KZZA 4CBUA 4W5RA 4NYNA 1RBSA 4I2PA 4FK0A 2YJEA 2FSNA 3T7ZA 3EE8A 4XH1A 1VSLA 4KHSA 1T7PA 2Z1GA 1YUWA 4ISFA 1FKOA 4JRQA 3VN5A 5CR4A 2NZTA 1ZBHA 1W7AA 1LV5A 1NLVA 2ATQA 1ZBLA 4DS4A 1B92A 3KZBA 3U3GA 4I6MA 4WF9L 3SZ2A 1FW6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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