1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
4CJRA 4CEBA 4C8MA 4KHYA 3MEDA 4CHOA 1WAJA 4KHSA 3E01A 4ZTFA 1VSLA 4E0DA 2YV0X 4ELVA 4BWJA 3NDKA 4DWIA 1UAXA 3OYJA 4FK4A 4PUOA 3AO4A 1VSHA 5KTQA 3IG1A 3ULDA 1X9MA 2A1RA 3NGIA 2NUBA 4CHYA 1T03A 3NH1A 1HQUA 4IBNA 1K6YA 1LW2A 3ZSYA 4CF1A 1JLBA 1UOCA 3CFRA 3CFOA 1KSPA 3O4NA 3EYZA 3TAQA 2G8WA 2ITGA 3HM9A 3NF7A 1RT5A 1TK5A 4FZXC 1TGOA 3MAQA 4FJ5A 3HPOA 1WN7A 1DLOA 2OYQA 1UWBA 5CYMA 3K5NA 3V6DA 4M3ZA 5DK5A 1D9DA 4FZYA 4FJIA 1FKPA 2Q3SA 4H8KA 1SL2A 4EZ6A 4OKJA 3DI6A 4JRPA 1B9DA 3NHGA 2DFEA 4E1NA 2Z1JA 2Z1GA 4CF0A 4B9MA 2B6AA 3PX4A 4CGHA 4DSJA 4FLYA 3RMCA 2GUIA 4CJLA 4DTXA 1C1AA 4IG3A 2YHAA 1KVBA 3DLKA 3HPGA 4CEFA 4CJ3A 1S1TA 3IAYA 4IFVA 4FM2A 1S1UA 3AVKA 1QHTA 4DTSA 1FK9A 1BQMA 1EP4A 2KQ2A 3NH0A 4KTQA 1S1WA 2E4LA 2E6LA 2HHXA 3P5JA 2RPIA 1W0HA 4CF8A 4AHUA 1DTQA 3OS2A 3WNGA 1CZ9A 2IS3A 1Q9XA 1JL2A 3DRSA 2EX3A 2WONA 2WOMA 3HP9A 4GMJB 4B9LA 1EETA 3LPTA 4EP4A 1QSSA 1LAWA 3OYHA 3VA0A 1Q9YA 1KLNA 4KREA 1BCOA 3AO1A 1U49A 1Y97A 4MFBA 5HRNA 3V1QA 5KRSA 3O3GA 5KGXA 4DFJA 4K8ZA 4TSXA 5KRTA 2G8FA 4F2SA 1BIUA 1S1XA 4E89A 3O3HA 3S3MA 3LPUA 1KRPA 3DLHA 4M3UA 2X6NA 3K5MA 4W5QA 4CJEA 1QQCA 1SV5A 3THVA 1CXUA 1RNHA 3NCIA 4OGCA 1IG9A 1BIZA 4J2AA 3V9WA 1ZBUA 4M41A 4CGIA 4CJSA 1FXXA 2Z1IA 3SCXA 2PY5A 4M42A 1RDAA 4Z4FA 3V1RA 1U45A 3AVHA 2XY5A 1ASWA 2FBTA 1REVA 3QO9A 4F4KA 1EKEA 2QKBA 1VSIA 2PYLA 3ZT1A 4DFMA 1WSEA 2YKNA 4IDKA 4ZHRA 4KI4A 2D0CA 1NKCA 1C6VA 1HJRA 3KLEA 3CQ8A 3L2VA 1RT2A 1KVCA 4B9NA 4DTRA 4CJTA 4FLZA 3VQ4A 3V9XA 4DQSA 2HVHA 3ZSRA 5JS2A 3ZSWA 4FJ8A 3CYMA 2X6SA 2OPRA 2PYJA 3M8SA 4DF4A 1CZBA 3TI0A 1SKSA 3DLRA 4RW7A 2BDPA 1T7PA 3CM5A 1FKOA 4CFCA 2BGGA 4KV8A 3VQEA 3LAKA 4FCYA 3KD1E 4Y1CA 3VQ8A 1BI4A 4DLEA 1QE1A 1ZBHA 4R5PA 3QESA 2XY6A 4CHNA 1NK9A 3AVNA 4CEDA 4DQIA 4J2DA 1JLCA 5FRMA 2O4IA 1ZBIA 1XWLA 4JRQA 4DQQA 2HHUA 4C8OA 4H4MA 5KI6A 2KTQA 3KLFA 2XO7A 5HP1A 1ZBLA 1BISA 3ASMA 3HXMA 4RW6A 3TARA 1N5YA 2ZE2A 4NYFA 1L5UA 5CZ1A 3VA3A 2VG6A 4DSLA 3ZSXA 1KCFA 3NFAA 2X78A 1GOBA 3D45A 1LWFA 1HQEA 3SQ0A 4KHQA 1O1WA 1Z25A 3SYZA 4E3SA 3HK2A 3HYFA 3RRGA 3CM6A 3PX6A 1UA0A 1KLMA 4NCGA 3M8RA 4C8NA 2VG7A 1VSKA 4LY7A 4FM1A 1KTQA 2OPSA 4O44A 3OYNA 2JGUA 3RR7A 5J2QA 4B9SA 4F8RA 1X1PA 4ICLA 3NBPA 3T1AA 2ZD1A 4NCBA 2P1JA 4I2PA 1RT3A 2DFHA 4CHZA 4XIUA 1VK0A 1U48A 1NOYA 3VQPA 4QCLA 3T3FA 1UA1A 1I3AA 3ZSQA 1VSJA 2GV9A 3IRXA 2P5GA 1LAVA 3VQCA 4IFYA 4EZ9A 4DSFA 2RN2A 5D3GA 4DTMA 1QSLA 4FW2A 1I39A 3RMBA 1C0TA 3U3YA 4LSLA 5C42A 4LH5A 4B9VA 1RBVA 2ETJA 1S6QA 2HNZA 5J2MA 3OS0A 4KB0A 4HCCA 2Z1HA 1JLGA 2KZZA 1HYSA 4HTUA 1VSFA 4M3XA 1HNVA 3DOKA 5HRPA 1JKHA 3QIOA 5HLFA 4CE9A 2JLEA 2YKMA 3SQ4A 1QS4A 3ZT2A 1BQNA 4F3TA 4OJRA 3VQ9A 1RBSA 3K5LA 1JLFA 3OYGA 1XI1A 1DTTA 4DSKA 3SQ1A 3LP2A 3KD5E 1NK0A 3BGRA 2A1SA 3SUOA 3OYFA 1RDDA 1TVRA 1RT4A 1BI4B 2IDOA 3AO2A 3MXJA 3LP3A 4Y1DA 3MEGA 4FJNA 4KPYA 2HHSA 1BHLA 4KRFA 3AO3A 3K59A 1IKYA 4KFBA 4DU3A 3KLGA 3SJJA 1GOCA 1YTAA 5HRSA 1U47A 2G8HA 3B6PA 3RR8A 4N76A 2VG5A 4FK0A 3LDSA 3LWMA 3AA4A 4W5TA 3V9UA 3SPYA 3ZT3A 1TKZA 2ZQBA 4CJVA 1NK6A 4E7JA 1QTMA 4PQUA 1NK5A 4FXDA 4HVJA 3L2RA 3AA5X 3DM2A 3ZSVA 1WSGA 1RBRA 3VQ6A 4CEAA 4G1QA 4E7LA 3KKSA 5J2NA 3OJUA 3SUNA 4I7FA 4DTPA 4AH9A 2RKIA 4N5SA 4N47A 2OZSA 2HVIA 4L8RB 1EX4A 1HYVA 4EP5A 3DLGA 1S9GA 1NK4A 1X9SA 3PY8A 3DMJA 3AVMA 3OYDA 3G10A 1RBTA 4DS4A 4CEOA 3ISNC 4B9UA 2R7YA 1HYZA 3QETA 3V81A 3V1OA 4M3TA 1TV6A 3AVJA 5FDLA 5E41A 3P83D 4DQPA 5HRRA 4ID5A 1JLQA 4KHNA 5J1EA 3B6OA 3C6UA 4FW1A 3LZJA 3ALYA 4FJ7A 2F8TA 2XY8A 4E7KA 2QXFA 3C6TA 2FBVA 3O4QA 1LV5A 1R0AA 1NJYA 2PZSA 3VQ7A 3QINA 5T7BA 1HMVA 1NK8A 1C1BA 4OKEA 4N41A 1YTUA 4PY5A 1SKWA 1BCMA 3OYEA 1F21A 3L3VA 4KAZA 3AV9A 4CHPA 4DMNA 4BE0A 4CGFA 2OZMA 5C24A 4YFUA 1B92A 4BDYA 4CK1A 4BE2A 2O4GA 5CYQA 3WNHA 4CESA 4FLUA 4OLAA 4GW6A 3DRRA 1JL1A 5DMRA 4LD0A 4Q5VA 1XC9A 3PO4A 4OKKA 1NKEA 3NGYA 2HMIA 3OYKA 4K8XA 4KB1A 4NCAA 3TR8A 2FC0A 4CGDA 4FJLA 1RTHA 4OLBA 2Y1IA 3O3FA 3TAMA 3NF6A 4BE1A 3BDPA 4RW8A 4HCBA 2RF2A 1J5OA 2HHTA 5I3UA 3OYAA 3SQ2A 3ITHA 2IOCA 3RTVA 3WNEA 3PO5A 2KW4A 4CEQA 4HUEA 4I2QA 4AHCA 3F9KA 4JS5A 3L2QA 4O5BA 4FLWA 2B5JA 4W5OA 4F2RA 4B8CA 3OYLA 4BACA 1WSJA 3C95A 4Z4GA 3VN5A 1IH7A 3AVGA 4KHWA 5FROA 2I5JA 1ASUA 3TABA 2HNDA 3T19A 1VRUA 3L8BA 4DLGA 4Z4EA 3JYTA 3VQQA 4WE1A 2D0BA 4OPJA 3SV4A 5I42A 4CK2A 2XHBA 3LALA 3DLBA 1NK7A 4FVMA 1L3VA 4CJKA 3QERA 4DTUA 1N6QA 4KKOA 5SZTA 2FBXA 3SZ2A 2YHBA 1IO2A 1KFDA 1J54A 1S6PA 4HUFA 1A5XA 1RTDA 3L2WA 3OVNA 2VWJA 2GBZA 4CK3A 4AHTA 3V9ZA 4O0IA 2IC3A 3OJSA 4FM0A 3M8PA 4FLVA 3RMAA 5EU7A 5HROA 2F8SA 3AVBA 4ELUA 4CJ4A 3V4IA 4CFAA 2AJQA 4AHRA 4CIEA 3SI6A 3I0SA 1NJWA 3VQAA 2G8VA 4W5RA 3AVAA 3ZT0A 3LANA 4RG8A 4E1MA 3OYMA 1RDBA 3HVRA 3KKRA 3QEIA 3CFPA 5K14A 3OYIA 1ZYQA 3SPZA 4PWDA 2HHQA 4M3WA 4DG1A 1TKDA 1U4BA 3KLIA 4Q0BA 3VQ5A 4CJFA 3QNNA 1MU2A 4H4OA 3UIQA 3HJFA 2YNHA 3AO5A 1RTIA 1L3UA 1IKXA 1TKXA 4CJPA 1JLEA 1TL3A 3AVLA 4JLHA 3S3OA 2OA8A 3DLEA 2BANA 4AILC 1IKWA 1EXQA 1D5AA 1Z26A 4O55A 4Z4HA 4B08A 3NF9A 3AVCA 4FJXA 1A5WA 3NE6A 3VQDA 3RWUA 4FJJA 5FRNA 1RCHA 3LP0A 3SUQA 4C8KA 1RT7A 1G15A 1W9HA 2BE2A 1XHXA 4CGJA 3V9SA 1X9WA 4FLXA 4HUGA 3C94A 4J2EA 4CJ5A 5SWMA 1C0UA 1YVUA 1T8EA 1RDCA 3ZSZA 3K57A 2HNYA 3F73A 3D0PA 1B9FA 3LZIA 4I9QA 2Y1JA 4RW9A 1WSHA 3OY9A 3ZT4A 3PX0A 4JS4A 4FJKA 1YT3A 3K5OA 4O4GA 4BDPA 1RBUA 2QKKA 2HHVA 4LH4A 4CIGA 4Z4IA 1JXEA 1ASVA 1WSIA 3KK3A 3K2PA 4DFKA 3SV3A 1WAFA 1HNIA 3QNOA 2YNIA 1S1VA 3AVFA 2XRIA 4GVMA 4CF9A 4KHUA 3HL8A 4Z0UA 3U6FA 4CF2A 1KFSA 4CERA 4B3OA 4ID1A 1WSFA 2YNGA 1ITGA 3MEEA 4MQ3A 4OGEA 3NGZA 3KJVA 3MXIA 4IKFA 4N56A 4CGGA 1LWEA 3HP6A 4ELTA 1HPZA 4AHSA 3DYAA 4CJWA 1QSYA 2P5OA 2G8KA 1LW0A 3HPHA 1SKRA 1TAUA 3I0RA 4FLTA 3HT3A 1J53A 3G0ZA 4DU4A 2DFFA 4DFPA 1RTJA 4F3OA 3M8QA 2P51A 1TL1A 1C0MA 3ZCMA 4FJHA 1S5JA 2YNFA 1NJZA 1VSEA 3OYCA 1VRTA 3VQBA 1SL1A 3KK1A 4M45A 3QLHA 4CHQA 4DTOA 4KO0A 3SUPA 3QEPA 3TAFA 1D9FA 3EZ5A 4M3RA 4YNQA 5HBMA 3KK2A 4DS5A 1NJXA 2OPPA 3A2FA 3TAEA 4CFBA 4AHVA 1CXQA 1Q8IA 1S9EA 3PV8A 3LP1A 2ATQA 1T05A 3ZSOA 1L3TA 1VSMA 2IGIA 2OPQA 4LSNA 4PA1A 3TANA 4I9LA 4OPKA 1XHZA 3MECA 4CCHA 4QAGA 4DQRA 2D5RA 3L2UA 4DSIA 4FYDA 1C1CA 4FJGA 1ZBFA 2G8UA 3DRPA 3KLHA 4M3YA 2HW3A 4RW4A 3RRHA 2G8IA 1NOZA 3RMDA 2IAJA 2B4JA 4CFDA 1BGXT 3K58A 4E7HA 4C8LA 3OYBA 3SNNA 3I8DA 1NKBA 4NYNA 3QEWA 4BDZA 4KTWA 3NH2A 1CLQA 5C25A 1SL0A 1KVAA 4O0JA 3QEXA 1TK8A 4CEZA 1A5VA 4KI6A 4KTZA 3H08A 4B8AB 4OVLA 1WLJA 2VWKA 2EHGA 4FK2A 1HRHA 4CIFA 2F96A 2D0AA 2E6MA 3DOLA 3HVTA 5CY4A 1TKTA 3AVIA 3MXMA 2QK9A 3KIOA 2W42A 4HHTA 4DTJA 1D8YA 1RILA 4QOZB 2DTUA 1U04A 4ZTJA 1WNSA 3LWLA 3KTQA 4DSEA 1J9AA 3S3NA 3OS1A 3PUFA 2HHWA 1JLAA 2KFZA 4CEEA 4Z4CA 1L3SA 3S9HA 2LSNA 1RT1A 4J2BA 1TK0A 3P1GA 5J2PA 3EY1A 4UQGA 1VSDA 3QEVA 4CECA 4CJQA 3TAPA 3LAMA 4B9TA 4DTNA 1LWCA 4FJ9A 3HSTB 2HB5A 4E7IA 3JSMA 2KZMA 5KGWA 1IKVA 3QIPA 1SUQA 1RT6A 2KFNA 5JS1A 3NF8A 4DF8A 3U3GA 3WNFA 3NAEA 5CZ2A 1JXBA 3HO1A 2XY7A 1TAQA 4FJMA 3FFIA 1GOAA 3AA3A 4CJUA 1BL3A 3TWHA 2X74A 4FZZA 2FBYA 3CG7A 4W5NA 3L3UA 3TAGA 2DY4A 4IG0A 4BWMA 4E19A 3IS9A 3AA2A 4DU1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJRA 4M63C 4C8MA 3THXB 3E01A 4ZTFA 1QQNA 3VGMA 2YV0X 4JI6K 3M5RA 4ELVA 1O13A 1IBKK 2IIRA 3TTCA 5FLXO 4FWPA 4JI7K 3IG1A 4BR5A 1BO5O 4BRLA 1LW2A 3ZSYA 1JLBA 1KSPA 3CFOA 5BREA 3TAQA 3HM9A 4JKCA 3CCSN 1NM1A 3U8XA 1WN7A 1DLOA 2O8DB 3V6DA 2ASPA 4M3ZA 4FJIA 1FKPA 1YAGA 4LFCK 1KXPA 4JRPA 2DFEA 3WT0A 5FPDA 3CQYA 5DM7L 4DSJA 4DR7K 4DTXA 4FWOA 2YHAA 3DLKA 3NVKA 3MDQA 3IAYA 1S1TA 1QVFM 4YDUC 1HKBA 2KQ2A 2RPIA 3CD6N 3QFUA 4AHUA 3ZETA 2NRRA 3WNGA 3DRSA 4B9LA 4IOAL 5AQYA 1EETA 5M1NA 4EP4A 4WQ4A 4K43A 4KREA 1NGBA 3V1QA 4DFJA 4TSXA 2G8FA 1J6ZA 3EO3A 4E89A 4C23A 4JKDA 4OPHA 3O3HA 3S3MA 3E9LA 3LPUA 1CXUA 4J2AA 3V9WA 5A2QO 3IKMA 3O4WA 4Z4FA 2QWQA 3VGLA 3CC2N 3TU5A 4JI2K 3CIPA 2PYLA 3ZT1A 1WSEA 4JKBA 5M1KA 1NKCA 1C6VA 2O8CA 3CJBA 4MLHA 4DTRA 4CJTA 3VQ4A 1DEJA 3V9XA 5AQTA 4E1JA 3QICA 2D0OA 1V4SA 1SKSA 4RW7A 1T7PA 3CM5A 4CFCA 3S41A 3VQEA 3VQ8A 3F2KA 4JKEA 1BI4A 1QE1A 4RWTA 4R5PA 3QESA 4CHNA 3K0SA 3AVNA 4CEDA 1NK9A 4DQIA 3PSIA 4JRQA 2HHUA 5GIPA 3A5LC 2XO7A 2NRXA 4HTLA 4RW6A 3U9ZA 1N5YA 5HOOA 5CZ1A 3VA3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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