1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
b'TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
4FK0A 4OKKA 1I39A 2X78A 4Q5VA 3ZSQA 1LWCA 2YKNA 1BQNA 3AVJA 5KTQA 4F8RA 3QLHA 1QHTA 4AILC 4O5BA 4B9NA 2FBTA 2ATQA 3ZT1A 1QSLA 4E1MA 3DRSA 1HQEA 4NCGA 4DQRA 2Y1JA 5J2MA 4BDZA 1VSMA 3EZ5A 3SNNA 3AA5X 4KB0A 3OYDA 4CJLA 3PX0A 3V9XA 3MEGA 4CJTA 1UAXA 4HUFA 4LH4A 2PYLA 3DRPA 3TAMA 4CF8A 4CJSA 4CFBA 1L3TA 1TL3A 5KI6A 3DOLA 3O3FA 1J5OA 1J9AA 4BWJA 2HVHA 1BHLA 4KHNA 4E0DA 1IH7A 3LWLA 3V9UA 3S3NA 4ZHRA 1KFSA 1DLOA 4Z4GA 5KGWA 1A5XA 1TKZA 1YVUA 3NGZA 4KO0A 1RBTA 3O3GA 4KRFA 3OYCA 1TK8A 2KW4A 1VSLA 2ZD1A 1NK9A 5DK5A 3ZCMA 4DSLA 3C6UA 4CIFA 2IOCA 4FJHA 1O1WA 1BL3A 3K5NA 4FM1A 2P5OA 1HPZA 3L2RA 4CF0A 4CK2A 4CFDA 1FKPA 5J2NA 3AO2A 3O4QA 3I8DA 2HMIA 4KHWA 1ZBHA 1B9DA 1TKTA 2E4LA 1S1WA 3T19A 4FZZA 2VG7A 3RRHA 3AVCA 3AVFA 1C0UA 3P5JA 3K57A 4I2QA 3HVRA 2HHSA 4DU4A 4E1NA 2GUIA 3DMJA 3LWMA 1WSHA 4E3SA 1B9FA 3QESA 1X9SA 3IAYA 1R0AA 4FJJA 3AO5A 3HM9A 1WN7A 3F9KA 1RTIA 4J2AA 5FRNA 1Q9XA 4I2PA 4BE2A 4CJRA 3AVLA 1HNIA 5CYMA 3L3UA 1RT1A 3OJSA 2AJQA 3KKSA 2HB5A 1Z26A 3LAKA 1BIZA 4BDPA 2G8HA 1S1UA 1RDDA 3M8RA 3TAFA 3AO1A 3WNGA 4F3OA 4FJXA 4C8NA 1LW0A 4K8ZA 3RR8A 3LP2A 3V1RA 1ZBFA 3NH2A 4W5RA 4CHZA 3OYFA 1VK0A 1IKWA 1LAVA 3SUQA 3QERA 2HHTA 3MEDA 4FW1A 4DTUA 1GOCA 4CGJA 3SV3A 2E6MA 1U47A 4KHUA 1JLAA 3AVKA 2Z1GA 5I42A 1U04A 4OJRA 4CHPA 1BI4A 2QXFA 3ZSRA 4E7IA 1WSGA 4H4MA 3TAGA 4J2BA 1FKOA 5HROA 1SL1A 4B9TA 4FVMA 3S9HA 4QCLA 3MEEA 1JLBA 4RG8A 5HRPA 4XIUA 2HW3A 4DFJA 1N5YA 4KB1A 2R7YA 4DFKA 4ELUA 1RT7A 1ZBUA 3MECA 2JLEA 2YHBA 3RMBA 5C42A 3VQAA 3VQBA 3VQ5A 1T7PA 1TGOA 4E89A 1VSJA 4CF9A 3BGRA 3THVA 4IBNA 1S9EA 2ZQBA 1TV6A 3DLKA 3V9SA 1HYVA 1S6QA 2XY5A 3RRGA 4C8KA 3V9ZA 2ITGA 4OGCA 2B6AA 4W5TA 4KREA 2JGUA 1NK8A 3QEXA 1UA0A 4N56A 1A5VA 3SYZA 5SZTA 1YT3A 3G0ZA 4I7FA 3LDSA 1S9GA 4B9UA 1TKXA 3VA0A 1LWFA 3PO4A 2DFHA 1QS4A 4CHOA 5JS2A 3OYEA 4DS4A 4JRQA 1QSYA 3HT3A 1CZ9A 3K2PA 2P51A 3HYFA 4AHCA 4M3TA 1JLGA 3NF9A 5SWMA 3L2VA 1MU2A 3OS0A 3RMCA 4ZTFA 1TK5A 4DQIA 2HHQA 3HJFA 3P83D 1NK5A 4CJUA 1X9MA 1T8EA 3QNNA 2I5JA 1NK0A 1D9DA 4M42A 2IDOA 4JLHA 3NBPA 2IAJA 3TAEA 3JSMA 4DSEA 4DTMA 4CCHA 1GOAA 3ZSYA 4DS5A 3ZSZA 4AHTA 2Z1JA 4CE9A 3SPYA 3EYZA 3DLBA 4F4KA 2D0AA 3E01A 3K58A 1C0MA 2OPQA 4CK3A 1RTDA 4CEQA 3TWHA 2D5RA 4EP5A 4CIGA 3NFAA 4GMJB 3SUNA 4CFCA 1BIUA 3CFPA 1IO2A 3ULDA 4DSJA 2EX3A 4FJ8A 3HK2A 4F3TA 4Z4HA 2O4GA 2OA8A 5KGXA 3TR8A 2X74A 4CF2A 4CEZA 4C8LA 5E41A 4FZXC 1HYZA 1WNSA 3CM5A 3LP0A 4UQGA 3NE6A 3LAMA 4IFYA 3KIOA 1KLNA 4KPYA 3B6OA 3V81A 4DFPA 3OYNA 3D45A 1RDCA 4OVLA 1ZYQA 1TL1A 4OKJA 1BI4B 3OYIA 1RNHA 3OYGA 4CFAA 3ZT3A 4EP4A 4B08A 4MFBA 1U45A 1JLCA 3AA3A 4GW6A 3ISNC 4C8OA 4DSKA 4ZTJA 3JYTA 3DLGA 2KZZA 4B9MA 4N76A 4B9VA 1JL2A 4NYNA 1REVA 4JRPA 1ITGA 4LSNA 4AHRA 5T7BA 3C6TA 4FM2A 1VSKA 3L8BA 3LZIA 2OPSA 1KVBA 5FRMA 4KAZA 2YV0X 4DQPA 4Q0BA 1KSPA 4DTOA 4DQQA 5C24A 1VRUA 2KQ2A 1WAFA 4ICLA 4IKFA 4KHYA 3KD5E 1YTUA 3NGYA 1EKEA 4R5PA 3M8SA 1BCOA 3ASMA 4CGDA 1Q8IA 4FJNA 4CHNA 4MQ3A 4N5SA 1JLEA 1JXEA 4O0IA 3RWUA 3AVIA 3VQPA 4CESA 3AA2A 1JLFA 3OS2A 1ASVA 2RKIA 4NCBA 4FLVA 2F8TA 3MXIA 4IFVA 1W9HA 1G15A 4CEDA 3TI0A 1HJRA 4NCAA 2PZSA 3TABA 4N41A 3DLRA 1Y97A 3VQ7A 4HUEA 4GVMA 1QTMA 1EXQA 2YNFA 3DI6A 5D3GA 3NF8A 3SJJA 4CJ4A 2DFEA 4CECA 4J2EA 3QEWA 3H08A 4Y1DA 3HPOA 3CYMA 1DTTA 4H4OA 4ID5A 4RW7A 4CJWA 2QKKA 2RPIA 2Z1IA 4WE1A 4PQUA 1WSJA 3DRRA 3QIPA 2EHGA 4E7JA 4OLBA 4FLWA 4M45A 3L2UA 3U3YA 2OZMA 2VG5A 4O0JA 3SZ2A 1KLMA 4CEBA 4FJGA 1K6YA 4L8RB 3WNEA 5J2QA 4HTUA 3PUFA 4DF4A 3F73A 1HNVA 4CJPA 2BANA 1VSFA 1WLJA 4CERA 3V6DA 1J53A 4N47A 2D0BA 3O4NA 4W5QA 2HNZA 3KLEA 2Z1HA 3SQ1A 2IC3A 4AHUA 3LPUA 1NK4A 2FBXA 4ELTA 4DFMA 3HXMA 2Q3SA 4W5NA 1EP4A 4KI4A 5FROA 4RW8A 3VA3A 4FJ9A 1HMVA 4QAGA 1LW2A 5HRSA 1SL0A 2VWJA 3O3HA 2PYJA 4BE0A 1NKCA 3V1OA 2KFZA 4J2DA 1NJXA 4Z4CA 1RBVA 1ZBLA 3K5LA 4DLEA 3LZJA 1LAWA 3CFOA 3KLIA 3AVBA 3CQ8A 3K5OA 4YFUA 3G10A 3OS1A 3PY8A 3V1QA 4K8XA 4HCCA 1RT4A 1XWLA 4KTWA 1U49A 1QE1A 3HL8A 1Z25A 2ZE2A 1EX4A 1RBUA 4AHSA 2XO7A 3QEVA 1N6QA 1VSHA 3HPGA 4I9QA 1IG9A 3KK3A 4IG0A 4KI6A 2G8IA 4FYDA 4RW6A 1NKEA 2WONA 4RW9A 2W42A 5HBMA 3VQCA 3OYAA 3AO4A 1RT3A 1IKXA 3C94A 1KCFA 1KVAA 3VQ9A 3KLHA 1D9FA 4FJIA 1A5WA 1WSIA 3NAEA 4E7HA 3AA4A 4ID1A 3D0PA 3TANA 1KFDA 3KKRA 4I9LA 3S3MA 3DLHA 2KZMA 1S5JA 4FLXA 4PY5A 3UIQA 3NCIA 2GV9A 4PA1A 5J2PA 1L5UA 3HP6A 3V4IA 2OYQA 3CG7A 3OYLA 4FCYA 1LWEA 4DTRA 2QK9A 5J1EA 1I3AA 4QOZB 4CEFA 1RDAA 4EZ6A 3ZSVA 4HHTA 4M3UA 4M3YA 4CJ5A 4CJKA 1VSIA 2XRIA 4HVJA 1TVRA 4DF8A 3AVHA 1JLQA 3IRXA 2BE2A 4IDKA 3QIOA 4OPJA 3OYMA 3OJUA 1NJYA 1NJWA 3AVGA 2KFNA 1JL1A 2DFFA 4CEOA 4B9LA 4CJQA 4OPKA 2E6LA 3OYJA 3T1AA 4KTQA 3RMDA 4M3RA 3ZSWA 3ZT0A 1BCMA 3OVNA 4DTPA 1KRPA 1B92A 5HP1A 2NUBA 4FM0A 2OZSA 4TSXA 3VQDA 3RMAA 3C95A 2Y1IA 4CF1A 4IG3A 3TAPA 5C25A 2BGGA 3SCXA 3KTQA 4NYFA 3HVTA 3MAQA 1L3UA 4CHYA 3KJVA 1RT6A 1QSSA 4LY7A 3NH0A 5HLFA 3AV9A 4CEAA 1WAJA 3DYAA 4JS4A 1X9WA 1XHXA 4CEEA 3SQ4A 2F8SA 3PV8A 4CHQA 3M8QA 4LD0A 3HP9A 2G8UA 3KK1A 2P1JA 2XHBA 4B3OA 3LP3A 1QQCA 4F2SA 4DU1A 4CGFA 1L3VA 4M3XA 3MXMA 4KHQA 4FLYA 4BACA 2FC0A 1NOZA 1XHZA 1W0HA 4W5OA 3VN5A 3HSTB 3IS9A 3OYKA 4Z4FA 1ZBIA 3DM2A 1YTAA 4FK4A 4EZ9A 3QEIA 5HRNA 2G8FA 2B4JA 2G8VA 3NHGA 1S1VA 2RN2A 3TAQA 4Y1CA 4FZYA 3TARA 3VQ6A 5CZ2A 3L2WA 1RCHA 5FDLA 5HRRA 3SPZA 1FXXA 4FLUA 5CY4A 2HNDA 3ZT2A 1IKYA 4AH9A 4B8AB 2XY7A 1BISA 4Z4IA 1HYSA 1NK7A 5I3UA 1KVCA 1CXQA 2WOMA 2G8WA 1HQUA 4CIEA 4ELVA 3NF6A 4DTSA 1D8YA 1FK9A 1SKRA 5KRSA 3AVNA 4OKEA 1CLQA 2XY8A 4CJEA 3LP1A 2VG6A 3SQ2A 2BDPA 3ZT4A 1NK6A 4CGIA 3SQ0A 1DTQA 2B5JA 3RTVA 2HHXA 4Z0UA 5K14A 5EU7A 2IGIA 2HHUA 2OPRA 3L2QA 3PO5A 3LANA 3WNFA 2DY4A 4B9SA 2O4IA 3QETA 3SUOA 3DOKA 3NGIA 4CGGA 1TKDA 3OY9A 2IS3A 1BQMA 5JS1A 1ASWA 4CK1A 1UWBA 1VSEA 4JS5A 4FK2A 3SI6A 1Q9YA 2FBVA 5KRTA 4BDYA 1JXBA 2YHAA 4PUOA 1LV5A 1EETA 1RDBA 3ITHA 4DSFA 4AHVA 4FLTA 1RT5A 3I0RA 2VWKA 2LSNA 4H8KA 3SV4A 4DU3A 1TAQA 3U6FA 4B8CA 4CJVA 3QINA 3K59A 2XY6A 3L3VA 3LALA 1T03A 1CXUA 3VQ4A 3AVAA 1IKVA 1C1AA 2HHVA 4O55A 3VQQA 3CFRA 4DG1A 1L3SA 4FJKA 1SKWA 4FXDA 1SV5A 4M3ZA 3QEPA 4HCBA 3MXJA 3HPHA 1NOYA 3S3OA 1UA1A 4DMNA 2PY5A 3NH1A 5CZ1A 2FBYA 1SUQA 1WSEA 2YNHA 4LSLA 1S6PA 3QNOA 1U48A 4BE1A 1SL2A 2X6NA 2QKBA 4M41A 2YKMA 4DQSA 1XI1A 3KD1E 4KV8A 1C1BA 2A1RA 3ALYA 1RILA 2YNGA 4LH5A 1SKSA 2A1SA 3NF7A 4OLAA 4CJ3A 1X1PA 1TAUA 3P1GA 1ASUA 3QO9A 4OGEA 2F96A 1C0TA 4DTXA 4E7LA 4FJ7A 4DWIA 4KTZA 1NJZA 2KTQA 2HVIA 4Z4EA 3BDPA 4CJFA 1JKHA 2GBZA 3OYHA 4DTJA 2ETJA 3SUPA 3RR7A 1RT2A 3ZSOA 4DLGA 3M8PA 1D5AA 1S1XA 4G1QA 4RW4A 1RBSA 4BWMA 2RF2A 3VQ8A 1RTJA 1CZBA 3HO1A 1XC9A 4FJMA 3AVMA 4O4GA 3EY1A 3K5MA 3V9WA 1C1CA 1RTHA 4DSIA 4E7KA 3VQEA 4FJ5A 2P5GA 2D0CA 4KFBA 3KLGA 2YNIA 3NDKA 4KHSA 3FFIA 4DTNA 3A2FA 3ZSXA 1UOCA 3PX6A 4YNQA 1WSFA 2OPPA 1BGXT 3KK2A 4F2RA 1S1TA 3U3GA 5DMRA 4M3WA 4FJLA 2X6SA 4HUGA 1GOBA 1RBRA 3IG1A 3AO3A 1J54A 1C6VA 3T3FA 1HRHA 1T05A 3PX4A 2HNYA 1VSDA 2HHWA 1VRTA 4FLZA 1KTQA 3OYBA 3WNHA 4O44A 4KKOA 3KLFA 1TK0A 1NKBA 2G8KA 4C8MA 3DLEA 3LPTA 4PWDA 4E19A 4FW2A 3I0SA 3CM6A 4CGHA 2DTUA 1U4BA 3B6PA 1F21A 5CYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KWIA 1I39A 4DV3K 4GV9A 4Q5VA 4BRIA 1LWCA 2HBLA 1Q18A 3AVJA 4B3TK 4F8RA 3AY9A 3TSQA 3ZT1A 2ATQA 5AZJA 1NGHA 4NCGA 2O8FA 1ATNA 1VSMA 3SNNA 3AA5X 4BR2A 4KB0A 2HBKA 4CJLA 4DV2K 3QDKA 4HUFA 4CF8A 2O8EB 4IOCL 3ZEUB 5KI6A 4BR9A 2YX6A 5AR0A 1J9AA 4BWJA 4A61A 1YHQN 3LWLA 1DLOA 4Z4GA 1A5XA 1TKZA 4KRFA 3O3GA 1NK9A 3ZCMA 5E26A 2Q97A 3C6UA 4CIFA 3GDQA 3CCJN 3T69A 2VYPA 1JCFA 3P38A 1XC3A 4H5NA 5GIPA 4CK2A 1BG3A 3CC7N 4DV6K 2FF6A 2PAVA 3AO2A 3O4QA 5BREA 2E4LA 3J8AA 3K57A 1C0UA 4DU4A 3W0LA 5GAEP 4FJJA 3HM9A 1WN7A 4FVUA 3CCQN 4IEIA 4BE2A 4CJRA 1HNIA 2O8CA 2QWQA 3LAKA 2HB5A 4BDPA 3TU5A 3JS6A 3DXMB 4H0XB 1VQ4N 5JLHA 3TAFA 4K8ZA 1LW0A 3LP2A 3NH2A 5EY4A 5BRHA 4CHZA 3OYFA 4JYAK 3MEDA 4FW1A 4H5VA 5AZJB 3SV3A 4DTUA 3PIOL 2O8FB 3AVKA 5B8HA 4YORA 4OJRA 4CHPA 3MMVA 4WFBL 3RVCA 3TAGA 1SL1A 4B9TA 4QCLA 3MEEA 3QBWA 2HW3A 4XIUA 4KB1A 4ELUA 1ZBUA 3MECA 2YHBA 3I56N 1U6ZA 3JAMO 3VQAA 1T7PA 1TGOA 2GWKA 3THVA 3DLKA 3BP8A 3V9SA 1S6QA 2ITGA 4OGCA 2B6AA 4KREA 1YT3A 3LDSA 3CIPA 5AFUH 4B9UA 3VA0A 1LWFA 4WYBA 5JS2A 4JRQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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