1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Schizosaccharomyces pombe
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
4AHUA 4YNQA 4CEOA 1S6PA 1JLBA 1HNIA 3E01A 4OPJA 3RRGA 2GUIA 2IGIA 3OYEA 3RMAA 2HHWA 4DTMA 2ATQA 3V81A 1JXEA 2XY8A 2YNHA 3WNGA 3CQ8A 3CM6A 4B9MA 1O1WA 3NF8A 4HUEA 4KHSA 3DMJA 1RT5A 3V9ZA 4NCBA 1RNHA 3FFIA 3TAMA 4W5QA 1MU2A 2VG6A 3JYTA 5EU7A 4KPYA 1CZBA 4OKJA 4KKOA 3RR7A 4B8AB 4CEAA 3ZT3A 4JRQA 3SV3A 3LWLA 1WSHA 3PUFA 4RW6A 2D0AA 4AHTA 1ZBIA 4FJNA 3BGRA 4DTUA 4J2EA 2HB5A 3HM9A 2B5JA 4CJQA 3NH2A 1A5VA 4LSNA 2VG7A 4AH9A 4B08A 3EY1A 3AVHA 3TAPA 2KFZA 4C8KA 4KFBA 5CZ1A 4C8MA 4DS4A 2A1RA 1QTMA 4B9UA 4CJSA 3QINA 1HQEA 4KHYA 4FLVA 3VQ7A 2YV0X 3VQQA 4NCGA 3AVKA 3G0ZA 4M3YA 4I2PA 4I9QA 3S9HA 1XI1A 3KTQA 3OJSA 1RBRA 3DI6A 3WNFA 3S3MA 2YKMA 3LP1A 3L2UA 4C8NA 3B6OA 4DFMA 5KGWA 1X9SA 3KLFA 3KK3A 4F8RA 3D0PA 4N76A 4FYDA 1XHXA 1RDDA 4M41A 4JS4A 4CECA 3D45A 5SZTA 1CLQA 1NJWA 5FDLA 2G8VA 3PO5A 4CEFA 2BGGA 3K5LA 4FM1A 1L5UA 1RDAA 2Q3SA 3L8BA 4E7IA 3VQ8A 3LPUA 1YT3A 1J53A 1NJYA 2PY5A 4J2AA 3V9UA 1NK9A 4CGHA 3ZSYA 5SWMA 2I5JA 1JLAA 3QEWA 1EX4A 2QKBA 4RW8A 1VSKA 1IKWA 4FJ9A 4PY5A 3LALA 4WE1A 1GOBA 4F3TA 3L2WA 1JLGA 1Z25A 1U45A 1GOCA 4DTSA 1JXBA 3NH1A 1Q9YA 3IAYA 2YKNA 3WNHA 4CF9A 1CZ9A 2W42A 5C42A 4E3SA 1YTAA 4C8OA 4KTWA 1NK5A 4M45A 4N56A 1VRUA 3RMDA 4M3RA 4MQ3A 4CJFA 1WAJA 4H4MA 2G8FA 3SNNA 1NK8A 1BL3A 2X6NA 4F3OA 3LANA 1BISA 1BQMA 3C94A 3V9WA 1ASWA 3SJJA 3TAQA 4DSLA 1BI4B 3NF7A 3MEGA 4BE1A 5JS2A 4IFYA 3AV9A 2OPRA 4O0JA 2DFEA 3AA3A 2XRIA 2HHXA 4LD0A 3G10A 4HUGA 4OVLA 2G8HA 1YVUA 3DLKA 4O44A 4ID1A 4JS5A 2G8WA 1KSPA 4UQGA 4CE9A 2KZZA 3MEDA 4I7FA 3RRHA 1C1CA 1ZYQA 4J2DA 3C6UA 3VQEA 2OPSA 4GMJB 3QERA 5HP1A 3KKRA 3U3YA 4DTRA 4Z4GA 5HRSA 3TAEA 2DFFA 1HPZA 1TGOA 3I8DA 3ZT0A 1X1PA 4ZHRA 1NOZA 2ETJA 2RPIA 4EZ9A 1BQNA 4EP4A 4CIFA 1UA0A 3VQAA 5HRPA 2OZSA 4FJ5A 4NCAA 4CF2A 2VWJA 4PWDA 1T8EA 1IKVA 2B6AA 3OYIA 4ID5A 2VWKA 4KTQA 3BDPA 2E6LA 2HHQA 3ZSXA 2LSNA 3IRXA 3QO9A 3WNEA 3OYGA 3DLEA 1WSJA 3VA3A 4HHTA 4E7JA 2YHAA 3ZSOA 2DY4A 3OYBA 3NGIA 3K5MA 1RBVA 2ZD1A 4ZTFA 4GW6A 3K59A 3M8PA 4CHOA 3ZSQA 2AJQA 2D0BA 4B3OA 4FJHA 4KHNA 4G1QA 1S5JA 3HO1A 4OGEA 5J2PA 3HJFA 4CHNA 5JS1A 3AVGA 2OA8A 2YNFA 3OS1A 3P83D 3L2VA 1ZBUA 3ALYA 3HP9A 3KLHA 1RDBA 3KJVA 3F73A 1NOYA 4CIEA 4N5SA 1WSFA 3LP2A 4I2QA 4CJUA 2IOCA 3CFRA 1X9MA 5KGXA 3DRSA 4DSEA 5HLFA 3ZSZA 3AVAA 1S1UA 4FJ8A 1JLFA 4E1MA 1QQCA 3NBPA 1HYVA 3F9KA 3QEVA 3SQ0A 3VQ4A 5CYMA 1D5AA 1WSIA 2O4IA 4KRFA 2Z1HA 2IDOA 4CGIA 1RBTA 3AVCA 3V1RA 1LWEA 1L3VA 4FW1A 4W5OA 1S9GA 1TKDA 2Y1IA 3LPTA 1B9FA 4BACA 4OJRA 2Z1GA 4CEBA 1C1AA 4DG1A 3I0RA 1BCOA 1LW0A 1VSHA 3QESA 1CXUA 1FKOA 2ZE2A 3VN5A 3L2RA 1T03A 2KFNA 4HCCA 3TANA 1RT3A 1SV5A 2RKIA 3AVBA 3C6TA 5C24A 4AHSA 4CHPA 3KLGA 4KREA 4HTUA 4RW7A 4DU1A 2BANA 4GVMA 4NYNA 1KTQA 4MFBA 4FJ7A 4M3WA 5I42A 4I9LA 3RMBA 2F8SA 3OS0A 2HHTA 2HHVA 4KO0A 4KB0A 1S1XA 1NK4A 4B8CA 3AO3A 3AVIA 4FJMA 2OPQA 2HHSA 1ASUA 4DQQA 1RBSA 4Q0BA 4Z0UA 3PX6A 3VQ9A 3HP6A 2QXFA 3OYMA 1FKPA 3SI6A 4DQPA 4F2SA 1L3TA 1C6VA 4IG3A 4FLTA 1KLNA 1KVBA 1VK0A 5K14A 1VSJA 4W5TA 3OYHA 3KLIA 3OYLA 1KCFA 4CHQA 4FJLA 4FLXA 4L8RB 1HYZA 4RG8A 2P5OA 1ASVA 3AO4A 4ELTA 5HRRA 1R0AA 4E1NA 4CJVA 2Y1JA 3DLGA 5I3UA 3OYDA 2ZQBA 4JLHA 1L3UA 4ICLA 3OYCA 5E41A 3SUNA 5KRSA 4B9LA 3M8RA 4Z4FA 5FROA 4BE2A 4DMNA 3HPOA 3SZ2A 3NGYA 1T05A 4RW4A 3CFPA 4CGJA 3DLRA 4IFVA 3JSMA 4OLAA 4CIGA 3QIOA 3OYNA 3K5NA 4HUFA 1NK0A 2HVIA 4N41A 1BCMA 2NUBA 3B6PA 3QEXA 1TL1A 4M3ZA 2WOMA 4DF4A 3KK2A 3O4NA 4CEDA 1EKEA 3HYFA 4CJ5A 2BDPA 4FJXA 1I3AA 3V1QA 1Q9XA 1J9AA 4O5BA 3CG7A 4CHZA 3ZSWA 4DTXA 1SL0A 3MXJA 2QKKA 4FLYA 2PYJA 3HL8A 4BWMA 1WN7A 4DLEA 4H4OA 4PA1A 1C0UA 4EP5A 1TK0A 1KFSA 4FVMA 3ULDA 3VQ6A 3DYAA 1WLJA 3M8QA 5J2QA 2XY5A 1N5YA 3RWUA 4DFKA 3NCIA 5FRNA 1UWBA 3ZT2A 1TV6A 3VQBA 4CEEA 4DQIA 2KTQA 4E0DA 2HW3A 3O3GA 3ZSVA 1CXQA 2KW4A 3VQCA 4M3UA 3NGZA 1IG9A 4HCBA 5D3GA 3TWHA 1TAQA 1UA1A 1JL2A 3HXMA 3TAGA 4DSIA 3NF6A 4Y1CA 4CGDA 4DTJA 2P5GA 4W5RA 3AVFA 1X9WA 2HNDA 1RTDA 1C0MA 1BIZA 4CJPA 3L3VA 3ZCMA 1BHLA 1DTQA 1VSFA 3V4IA 3V6DA 3MAQA 3K5OA 4DS5A 4J2BA 1B92A 2YNGA 1VSMA 3TARA 3CFOA 4CEZA 4OKEA 4B9NA 4PUOA 1U49A 1WNSA 2KQ2A 1TK5A 4EZ6A 3NH0A 1HJRA 4FW2A 4DSFA 3MXIA 2YNIA 3O3HA 3QIPA 1SKSA 4NYFA 4O4GA 1BGXT 1RT7A 2E4LA 4CJLA 3NE6A 4DTNA 4BE0A 1Z26A 1TKZA 4H8KA 4BDPA 3OJUA 5DMRA 2QK9A 5J2NA 2PYLA 4KAZA 3ZT1A 4LH5A 3RTVA 3A2FA 4QAGA 1SL1A 4FJKA 3OYFA 4CESA 3OYJA 5J2MA 1U48A 4B9VA 4QCLA 4O55A 3HPHA 3AO1A 5CYQA 1WAFA 1Q8IA 1ZBFA 4LY7A 4DQSA 3TAFA 3SPZA 4E19A 3AVJA 2HHUA 4Y1DA 1LAVA 1QS4A 4KHQA 4RW9A 4OLBA 1RILA 4DFJA 1VRTA 2X78A 1HQUA 3SYZA 1IKYA 1U47A 3K57A 4DLGA 3DLHA 1JL1A 3KD1E 2D5RA 4KB1A 4CFBA 1KLMA 4FK0A 4IBNA 3RMCA 4CK3A 1SL2A 1QSYA 3ASMA 1S9EA 1W0HA 2FBTA 1TKTA 3OY9A 3C95A 4E7KA 3SQ1A 4DSKA 2IC3A 4IG0A 4CJWA 3ISNC 3L3UA 4YFUA 3S3OA 3PY8A 3IG1A 2Z1JA 5DK5A 4KTZA 4BDZA 2WONA 4AHCA 4ZTJA 1KRPA 1UAXA 4OKKA 1BIUA 4CGFA 4Z4HA 3NDKA 2JLEA 4DSJA 4XIUA 4FLWA 1J54A 2PZSA 4FZXC 4ELUA 4N47A 4KI6A 4FJIA 3U6FA 5HRNA 1D9FA 3AO5A 2P1JA 3HVTA 3P1GA 4FZYA 2HVHA 3ZT4A 3LWMA 4M3XA 4CFDA 1SUQA 2A1SA 1S1WA 2FBXA 1NK6A 4AHVA 4FK2A 1RTIA 4K8XA 1W9HA 1C1BA 1SKRA 3LAMA 4DTOA 3NF9A 1UOCA 3VQDA 2GBZA 4DFPA 3T19A 3T3FA 4CCHA 1RTHA 3MEEA 3LAKA 3KLEA 3QEIA 3M8SA 4C8LA 3NAEA 1RCHA 2FC0A 5CY4A 3SQ2A 4DU3A 2OZMA 3L2QA 3S3NA 4K8ZA 1K6YA 4PQUA 4KHUA 3V1OA 1C0TA 4HVJA 1A5XA 2B4JA 5FRMA 3DOLA 3AA4A 4Z4EA 1FXXA 4CF0A 3KD5E 2DTUA 1LV5A 3HSTB 1QSLA 4B9SA 3AVNA 1LW2A 3EYZA 2XO7A 3TI0A 1JLCA 1NKCA 3KKSA 1TKXA 3V9SA 4E7LA 3QETA 5KRTA 3MXMA 2FBYA 1NJXA 1TAUA 4W5NA 4KI4A 1L3SA 1FK9A 4CERA 1XC9A 3OVNA 4CF8A 1KVCA 1TK8A 1IKXA 3SQ4A 4M42A 3HT3A 3O3FA 4CFCA 1WSGA 1RT4A 3HK2A 4B9TA 2D0CA 1KVAA 3SPYA 4CJ4A 3THVA 3LZJA 1VSIA 4DWIA 3OS2A 3SUQA 1D9DA 2VG5A 4E7HA 5HBMA 4OGCA 1U4BA 4FLZA 1DTTA 3PX0A 3LP3A 4E89A 4DF8A 1ZBLA 4FK4A 5CZ2A 3LZIA 4DU4A 3QEPA 2FBVA 3DLBA 1WSEA 4CK2A 3LP0A 2GV9A 4CFAA 2F96A 3LDSA 2X6SA 4JRPA 4IKFA 4IDKA 3U3GA 4Z4IA 1VSEA 3DOKA 1NKEA 2RF2A 2F8TA 4LH4A 4CJKA 4OPKA 4FZZA 3AVMA 2ITGA 3RR8A 1BI4A 2G8UA 4F2RA 1HYSA 2YHBA 3ZSRA 3V9XA 3VQ5A 2G8KA 3CM5A 3HPGA 2XY6A 4FM0A 3MECA 3CYMA 3VA0A 1U04A 1IO2A 1ITGA 3K58A 3K2PA 2DFHA 3EZ5A 3AO2A 2RN2A 4CJ3A 3DRPA 1RT1A 1KFDA 4CJTA 2EHGA 2EX3A 3KK1A 1REVA 2IAJA 5T7BA 4FJGA 3PO4A 1T7PA 3QNNA 2XY7A 1SKWA 1NKBA 1S1VA 1I39A 1TL3A 3PV8A 1A5WA 3H08A 4O0IA 2BE2A 1EP4A 2OPPA 4CK1A 1XHZA 4LSLA 5KI6A 4DTPA 2HMIA 2R7YA 4ELVA 4CF1A 1RT6A 3AVLA 4CGGA 1EXQA 1S1TA 2HNZA 1RDCA 3DM2A 1LWFA 4FLUA 3QLHA 3SV4A 3TABA 5HROA 3SUPA 3HVRA 4F4KA 1JLQA 4CHYA 3P5JA 3NHGA 1XWLA 3QNOA 1J5OA 2E6MA 4Z4CA 1VSLA 1DLOA 3AA5X 2OYQA 3DRRA 1TVRA 3OYAA 4CJRA 3ITHA 3SUOA 1LWCA 5C25A 2JGUA 1QE1A 2XHBA 1RT2A 2IS3A 2P51A 3O4QA 1B9DA 1ZBHA 4M3TA 4FJJA 2G8IA 2X74A 1F21A 1LAWA 2HNYA 3TR8A 3VQPA 4FM2A 3AA2A 4AHRA 3PX4A 4DQRA 1N6QA 4QOZB 1HNVA 5KTQA 3KIOA 4BDYA 3I0SA 1VSDA 3SCXA 3T1AA 1NK7A 1GOAA 4KV8A 3UIQA 1Y97A 4BWJA 1JLEA 2Z1IA 1NJZA 1HMVA 4KHWA 1IH7A 4TSXA 1HRHA 3OYKA 1D8YA 4R5PA 1G15A 4CEQA 1EETA 1RTJA 4AILC 5J1EA 1QSSA 1YTUA 2O4GA 1JKHA 4FCYA 1RBUA 1S6QA 4Q5VA 3IS9A 4FXDA 2KZMA 3NFAA 1QHTA 4CJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVPA 4YNQA 1YHQN 1DGKN 1E4GT 3OYEA 4K0KK 2HHWA 3VTIA 2HHHK 4DV2K 4BRMA 4KHPK 3NF8A 4H0VB 4YHHK 4IEIA 1YJ9N 3KVGA 1CZBA 4OKJA 2FXUA 3CCEN 2Q0RA 3CC7N 1ZBIA 4BC4A 4BC5A 4ILHA 3NH2A 4C1NK 3TAPA 3AVHA 4B9UA 4DS4A 3E9LA 5GIOA 3CCSN 4KHYA 3VQ7A 3AVKA 3G0ZA 2QXLA 3EKUA 4I9QA 4PKGA 3KTQA 3OJSA 1RBRA 3VF2A 2YKMA 3LP1A 1Z6RA 4CBWA 3J81O 4BC3A 4N76A 1RDDA 1NGHA 4H5VA 4KBOA 1CLQA 1EWRA 1NJYA 3F5TA 3L6QA 1P8ZA 3O80A 1QQMA 2CH5A 4BG9A 4PY5A 1BUPA 1IKWA 3LALA 1KQSM 4ISEA 4X66K 2O8EB 3L2WA 1JLGA 1U45A 1JXBA 1Q9YA 3WNHA 4CF9A 5C42A 3RMDA 4M3RA 4MQ3A 1TUYA 3BP8A 4BG8A 1BISA 3J7ZO 4FWSA 1BI4B 3NF7A 4QS8A 4WF9L 3ID6A 4BE1A 4JHDA 4CZKA 3AAPA 2P9PB 5GAHP 4FL9A 3PSFA 3G10A 3CQYA 3O1BA 4JS5A 2VCPA 4CZLA 3RRHA 4J2DA 3C6UA 3O08A 3QERA 4DTRA 4CBUA 3TAEA 2DFFA 4IOAL 3EEQA 2QWLA 1X1PA 4ZHRA 2RPIA 3I33A 3WXLA 1UA0A 3VQAA 2QW9A 4X64K 4IFEA 1LCUA 3D2EA 5C15A 3BDPA 2HHQA 3QO9A 3WNEA 3OYGA 4BRAA 3ZYYX 4FVUA 1WOQA 3ZX3A 4MLEA 3K5MA 1YITN 1RBVA 2ZD1A 3CCVN 5TKWA 1VQ4N 4B3OA 3O9SA 4JKBA 4CZEA 3ZETB 2YNFA 2OA8A 1OH7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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