1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
3KLFA 5C42A 1I39A 4KFBA 4O0IA 3QLHA 4E0DA 4CFCA 1HQEA 3RMAA 1YTUA 1SL0A 3TARA 3DLRA 4KB0A 3C6TA 3AVAA 4BDPA 4DQRA 3RWUA 1C1BA 4MQ3A 1NK0A 1GOCA 4PQUA 3ZT4A 3AVHA 4DWIA 3SCXA 4DQQA 4DTMA 4ICLA 1XC9A 1U45A 1WSGA 2YHBA 4DSKA 1W9HA 4FJ9A 1RDAA 3MXJA 2KFNA 2PY5A 1ASVA 1UAXA 3DLGA 1BQMA 3DRPA 3OS2A 4CHNA 3K5NA 1L3TA 3NE6A 1QSSA 3AVMA 1NJZA 4DF4A 4KHNA 2RF2A 3VQ4A 1RT4A 3K5MA 3TAQA 1SL2A 1JLFA 3LWMA 3VA3A 3AVLA 3F9KA 4I9LA 1IKWA 3SUOA 1QSYA 1BHLA 2OA8A 3CM6A 2HHXA 4O55A 3L2UA 1KFDA 3VQ7A 4ELTA 1BI4A 5JS1A 3V1RA 1DTTA 1FK9A 2ZD1A 4FLUA 1BI4B 2OPQA 4O0JA 3I0SA 5SZTA 1RTIA 2YKNA 4KHWA 4CGJA 3TAPA 4CEDA 1KRPA 4ELVA 4JRQA 3JYTA 4E7HA 4KAZA 4CHPA 1HMVA 4JRPA 3C94A 1HQUA 3P5JA 1NOZA 4O5BA 4CF9A 4M42A 4OGCA 4DU4A 3SUNA 2Z1HA 1REVA 1HJRA 2G8KA 4FK0A 3FFIA 3MEGA 5K14A 2BE2A 1RBSA 3OYAA 2QK9A 1HYVA 1S5JA 1SV5A 2HVHA 4F3OA 1S6PA 3ZSXA 3AA3A 3HSTB 3ZSRA 4AHUA 1WSIA 4CJEA 4OPKA 2XY7A 4M3YA 4QAGA 2D0CA 5DMRA 3SJJA 2YNIA 4I2PA 4CGGA 4KKOA 4DFPA 1C6VA 1FKPA 1KVAA 1F21A 3DI6A 3M8RA 4HUFA 3V9SA 3QEPA 4RW6A 4B9VA 3ZCMA 2OPRA 1S6QA 3KIOA 1VSIA 5FDLA 4CIGA 4JS5A 1ZBLA 5SWMA 4M3UA 3V9ZA 2E6LA 3NH2A 5J2MA 4UQGA 1RBTA 4W5RA 3NGIA 1DLOA 1EKEA 2HHSA 1SL1A 3TAMA 3VQ6A 1JXBA 5HRSA 4AILC 3KLIA 5DK5A 5I3UA 4FLVA 4AH9A 1C1CA 1D8YA 2QKKA 2YNGA 1RT3A 2B6AA 2ZQBA 4C8LA 3THVA 4IG3A 1Z25A 2ZE2A 4BWJA 4BE0A 4E7IA 3LZIA 2HVIA 3SI6A 4FJNA 1S1TA 1UOCA 3IS9A 3RRHA 3HT3A 3L2RA 1RT1A 3AVCA 1LWFA 1T7PA 3AVFA 2VG5A 2E6MA 4ID1A 4IKFA 3D45A 3TI0A 2D0AA 4FLYA 1L3SA 2BANA 1NK5A 2DTUA 4M3WA 1JLEA 3RMBA 4KO0A 2OYQA 3L8BA 4GMJB 1G15A 1ZYQA 1KVCA 3O4QA 3WNHA 4E1NA 3OS1A 4F4KA 2IC3A 3DOKA 4PY5A 1VSLA 3ZSQA 1XHXA 1NJWA 2OPSA 1A5VA 1TKDA 4B9SA 1IH7A 4CIEA 3HPOA 1WNSA 2BDPA 2IAJA 4RW9A 2YHAA 3I0RA 1Z26A 3O4NA 3JSMA 5J1EA 2IGIA 3L3VA 3NDKA 1EX4A 4BACA 2WONA 4HCBA 3ISNC 3AO1A 3QEVA 4FZXC 5HRRA 3TAGA 1BL3A 4I2QA 1CZ9A 3KK3A 3CFRA 1WLJA 3M8PA 3HO1A 4FZZA 4CHYA 3RR8A 1VRTA 1KFSA 3OS0A 2X78A 3NFAA 3S3MA 2DFHA 2HMIA 3TANA 4RW7A 3NH1A 4DTSA 2X6NA 1Q8IA 4FLTA 4OVLA 4CEOA 5J2NA 3OYJA 3V81A 1RTJA 3CYMA 3AVGA 3KLEA 2XY6A 1QHTA 2Z1IA 3KD1E 3UIQA 2RN2A 1X1PA 3M8QA 2B5JA 3I8DA 5JS2A 3VQ9A 1JLBA 3OYEA 3HM9A 4FLZA 3VQQA 3PY8A 4KHYA 2HHQA 4CJ4A 2AJQA 1RBRA 1WSFA 2HW3A 3QEWA 3KTQA 4Z4HA 2KZZA 4FLXA 4FZYA 3P83D 4RW4A 1RILA 1RDCA 4DLEA 2P1JA 1KSPA 4BDYA 1R0AA 4FJ5A 3LP3A 2EHGA 4HVJA 3K58A 1EETA 3EY1A 4J2BA 2XY8A 4CF1A 3AA2A 4AHRA 4E7JA 4DG1A 3TABA 4E7LA 3ZSYA 4ID5A 4BWMA 1NK9A 1NKCA 4CHZA 3V1QA 3QIOA 3DRSA 1JXEA 3C95A 3TAEA 3SV4A 1IG9A 1BQNA 4FW1A 3L2WA 4DTUA 2G8IA 2KFZA 4HTUA 4EP5A 4M3XA 2Z1JA 3K2PA 2Z1GA 3L3UA 4OKKA 2ITGA 3VQBA 4DU3A 4DFKA 3V9UA 1VRUA 3LP0A 2WOMA 4IDKA 1NKBA 1W0HA 3ITHA 2G8FA 5FRMA 3HXMA 4CESA 4BDZA 2Y1JA 3S3OA 1QTMA 1EXQA 2X74A 3KK1A 1T8EA 4C8OA 1VSDA 1L3UA 1J9AA 4NCGA 1KLMA 2VWJA 3CQ8A 1S1WA 4EZ9A 3V4IA 2VG6A 4CJTA 1WSHA 1KCFA 3LANA 3DRRA 4E1MA 4ZTFA 4FJJA 1TAUA 3QIPA 4CHQA 1RDDA 3QETA 1BCOA 3P1GA 3KLHA 2D0BA 3DLBA 4CCHA 4Z4GA 3OVNA 4XIUA 2X6SA 4CF8A 1TL1A 4ZTJA 4DS5A 3DYAA 3AA5X 4FK2A 1VSJA 4CEBA 3LDSA 1ZBIA 2HNZA 3SPZA 4CJPA 3V1OA 1YVUA 3MEEA 4RW8A 4AHVA 2RKIA 4W5QA 3ULDA 3TWHA 5HBMA 4CE9A 4KI4A 1JL2A 4ELUA 1YTAA 2E4LA 2A1RA 3NGZA 3QEIA 2I5JA 2OPPA 1LWCA 3RMCA 1FKOA 2NUBA 3KKRA 3WNFA 4KHQA 4FXDA 1GOBA 2D5RA 2VG7A 3KKSA 1FXXA 4KTZA 4NYFA 4E19A 3EYZA 1D9FA 1B9DA 2GBZA 3BDPA 3PO4A 4YNQA 3QESA 1U4BA 1VK0A 2Q3SA 3SYZA 4JS4A 2IOCA 3PX4A 3ZSOA 3M8SA 1L5UA 2P5OA 1JL1A 4DTPA 4LH5A 4FJKA 3HK2A 4KV8A 4CK3A 3DLEA 1C0TA 4LSLA 4LH4A 3QERA 4CERA 3LPUA 4IBNA 4CEFA 3CFOA 3MXIA 4DSEA 1GOAA 1NKEA 4DQIA 1KVBA 4GW6A 4GVMA 3B6OA 3KLGA 1TK5A 1T05A 5CYQA 3SUPA 3QINA 2FBXA 3VQ8A 4J2DA 5FROA 3HPHA 1JKHA 2HB5A 3HYFA 1NK8A 3SQ1A 2DY4A 1BIUA 1NK7A 2G8VA 3ZT3A 4CJSA 4W5OA 4KRFA 1J5OA 1XWLA 3AVNA 1C0UA 3NCIA 2ETJA 2XY5A 1TK8A 2G8WA 3NAEA 4DFJA 3DM2A 4OKJA 1X9SA 3NHGA 4OLBA 4KREA 3U3GA 4BE2A 4PA1A 1IKYA 4K8XA 4OKEA 1VSEA 3HPGA 3LALA 4CIFA 1JLQA 2QXFA 1NJXA 1I3AA 3OYCA 3OYKA 1EP4A 3DLHA 4CK2A 1BCMA 3OYIA 4IG0A 1X9WA 4FJLA 1JLCA 3LP2A 1KLNA 4B8AB 3LPTA 1VSFA 5CYMA 4FJHA 4FCYA 5CZ2A 1UWBA 4B3OA 3U3YA 3PX0A 4EZ6A 4FJMA 1QS4A 4E7KA 1SKSA 2KW4A 4CJLA 5D3GA 1WSJA 4DSJA 3EZ5A 3VQPA 3U6FA 2HHUA 4CGFA 1MU2A 3H08A 5C24A 3SUQA 1U49A 1CXUA 3AVKA 5C25A 1RCHA 4G1QA 2PYJA 4FK4A 1IKXA 1B92A 1QQCA 5HRNA 4Q5VA 3NF7A 4NYNA 1SUQA 1XI1A 1RT7A 4B9LA 4BE1A 4CJRA 2OZMA 2F96A 1WN7A 3IG1A 4CGDA 2YNHA 2YV0X 1LW0A 4JLHA 3SQ0A 3OYNA 1ASWA 4Y1DA 4C8KA 5HRPA 4OJRA 1QE1A 3OYBA 3VQCA 3AO5A 3NH0A 4AHSA 2YKMA 4KTWA 1KTQA 2PYLA 4C8NA 4RG8A 4CFBA 4LSNA 4DTRA 1DTQA 4Z4IA 1IKVA 3SQ4A 4AHCA 3LP1A 4CJQA 3MEDA 4DTNA 3NF8A 4CJWA 4TSXA 4FJIA 4J2AA 4CJ3A 3ASMA 4LD0A 3K59A 1U48A 2IS3A 3PV8A 2PZSA 4DTXA 4LY7A 4W5TA 4FYDA 3L2QA 4QOZB 4J2EA 3T19A 2OZSA 1HNIA 4DSIA 3RMDA 4NCBA 3VQEA 4NCAA 3PUFA 4PUOA 1RTHA 1CZBA 4I7FA 4FJ7A 2HNYA 2GUIA 5J2QA 4FJXA 1SKWA 4DS4A 3A2FA 1QSLA 3DMJA 4KTQA 1IO2A 1Y97A 3C6UA 3OYFA 4CJVA 3K5OA 4CFAA 2Y1IA 4CJ5A 1RBUA 4C8MA 3TAFA 2DFFA 4CFDA 1LAWA 4H4MA 4Z0UA 5J2PA 1LAVA 2IDOA 3AVJA 1Q9XA 2A1SA 4L8RB 4M3TA 2F8SA 3LAKA 2KQ2A 4FJ8A 1TKZA 3WNEA 1U47A 4E3SA 3IAYA 4CJKA 3SZ2A 4KHSA 2W42A 1CXQA 2LSNA 2DFEA 5KGWA 3ZSZA 3F73A 4DSFA 1NJYA 4E89A 2HHVA 1TKXA 1ITGA 4M3ZA 2BGGA 4M45A 3SNNA 3MXMA 3QNOA 3ALYA 4KPYA 1D9DA 4Z4FA 3DLKA 4CECA 2P51A 1TVRA 2XO7A 4HHTA 4DQSA 2RPIA 4OGEA 4DMNA 3AA4A 1NK6A 1Q9YA 1HYZA 3RR7A 2O4IA 4CGIA 4IFVA 4Z4CA 3L2VA 5I42A 2FC0A 1A5WA 3RTVA 1TL3A 1UA1A 1A5XA 3MAQA 3T3FA 4B9TA 1LWEA 4FW2A 3QEXA 4ZHRA 3PX6A 3WNGA 4DSLA 5HP1A 1HYSA 2G8HA 4FVMA 2FBVA 4DF8A 3ZT1A 1BIZA 2EX3A 3OYMA 4B8CA 3CG7A 4O44A 4KI6A 4H4OA 4F2RA 2QKBA 4PWDA 4CK1A 1O1WA 1J53A 1C0MA 1VSKA 4CEEA 4FM1A 4DQPA 4B08A 3ZT2A 5FRNA 3O3GA 3ZSWA 2O4GA 4N56A 4CEAA 3B6PA 1HNVA 3AO4A 3OY9A 3G10A 4HUGA 5KRSA 1WSEA 1T03A 5KGXA 5E41A 3VQ5A 3OYHA 3LZJA 3VA0A 1L3VA 1K6YA 3AO3A 1NK4A 2F8TA 1JLAA 4WE1A 2KZMA 2YNFA 1X9MA 3LAMA 4K8ZA 3VQDA 1ZBHA 3E01A 2B4JA 3AVIA 3D0PA 1RDBA 1S1VA 2JGUA 1JLGA 3NF9A 3NF6A 5CZ1A 4M3RA 1RT2A 4CGHA 4OPJA 4CJFA 4M41A 2FBTA 1RBVA 1SKRA 4MFBA 3V6DA 4F8RA 3KK2A 4FM0A 1CLQA 3OJUA 4CJUA 3V9WA 1TK0A 1YT3A 3ZT0A 1WAJA 5EU7A 4CF0A 4I9QA 2VWKA 1BGXT 2ATQA 2XHBA 2R7YA 3S9HA 1S1XA 3O3HA 2HHTA 3VQAA 3HVRA 3AO2A 3CFPA 3BGRA 1BISA 4CEQA 3OYLA 4Z4EA 3G0ZA 4HUEA 5HLFA 4N41A 4QCLA 1RTDA 4F2SA 2FBYA 2P5GA 5KI6A 4KB1A 1C1AA 1ZBUA 5HROA 4CF2A 3OJSA 3AVBA 3IRXA 3CM5A 4H8KA 3S3NA 4O4GA 4R5PA 5CY4A 4W5NA 3DOLA 1B9FA 1UA0A 4EP4A 4Q0BA 3T1AA 5KRTA 1S9EA 1RT6A 3OYGA 2G8UA 3PO5A 1RT5A 4AHTA 1D5AA 4FLWA 1S1UA 4N47A 3QO9A 3SV3A 1NOYA 3HL8A 3SQ2A 3RRGA 3HJFA 4FM2A 4DTOA 1WAFA 3AV9A 3SPYA 2KTQA 3NGYA 4OLAA 1TAQA 3K57A 2HHWA 2GV9A 3ZSVA 4YFUA 3LWLA 3K5LA 3KD5E 1HRHA 1VSMA 4IFYA 1XHZA 4HCCA 4F3TA 4DLGA 4DU1A 1RNHA 1U04A 4B9UA 5KTQA 1LV5A 3TR8A 2HNDA 1TKTA 3MECA 4N5SA 3OYDA 1J54A 3QNNA 4N76A 4FJGA 1TV6A 2JLEA 3NBPA 3HP9A 1N5YA 3V9XA 4CHOA 3VN5A 1LW2A 4B9NA 1ASUA 3HVTA 1ZBFA 4Y1CA 2XRIA 3KJVA 4DTJA 1N6QA 4CEZA 4DFMA 3HP6A 5T7BA 1S9GA 4KHUA 4B9MA 1HPZA 3O3FA 1VSHA 1TGOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR0A 1I39A 4KFBA 3QLHA 4WFAL 4E0DA 4FWKA 3BF3A 3DLRA 3C6TA 1YJNN 4JEPA 4BDPA 4XH4A 1C1BA 4MQ3A 3QICA 4WCEL 3HOSA 3MWPA 1U45A 4DSKA 1WSGA 2YHBA 4FJ9A 2O8CA 1HNXK 2PY5A 3CCQN 3UB5A 1NGGA 1L3TA 3H45C 3AVMA 5BREA 4BGBA 3TSQA 3LWMA 1IKWA 4FWQA 1WBDA 3ATUA 3CM6A 3SJHA 2QWRA 4ELTA 1NGFA 1DTTA 5F2RA 2ZD1A 3AAPA 4FLUA 2OPQA 1OH6A 5SZTA 4JI1K 3FZMA 4KHWA 3TAPA 1KRPA 3JYTA 4E7HA 4KAZA 4JRPA 4BG9A 1HQUA 3IDHA 4CF9A 1NOZA 1I94K 4M42A 4DU4A 3SUNA 1ATRA 4FK0A 3FFIA 3OYAA 3D6RA 4RTFD 3CMAN 3LM9A 3E1YA 3ZSXA 4OPKA 3M1FA 4QAGA 5H1SQ 4KKOA 3J80O 5HOOA 1KVAA 3M8RA 5LY3A 3V9SA 1K8KA 3QEPA 4B9VA 1E4FT 4RW6A 4KTQA 4M7XA 2NRHA 5FDLA 4CIGA 4MLEA 4BRQA 4JS5A 4M3UA 2EWSA 5AQTA 4JKGB 4DR6K 3GOIA 5LMNK 2WFBA 3VGLA 1EKEA 2HHHK 5I3UA 4FLVA 2Q31A 1D8YA 4BE0A 1QQNA 1YHQN 1S1TA 3IS9A 2AP1A 5AZIA 3AVFA 2VG5A 2E6MA 1QQMA 3THXB 4FLYA 1L3SA 2I7PA 4YOUA 1H1VA 3ULEA 4KO0A 3A0IX 3L8BA 4GMJB 4F4KA 1DT9A 1VQKN 1VSLA 3LDOA 1XHXA 1TKDA 4WF9L 4YOTA 1WNSA 2IAJA 2YHAA 3JSMA 4LF7K 4BRAA 3L3VA 4BACA 4HCBA 3AO1A 4L3QA 5F0XA 4FZXC 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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