1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
molecule tags Hydrolase
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
3QINA 3OJSA 4DQSA 2HNYA 1VSHA 3I0RA 1VRTA 3ZCMA 3QO9A 1S1UA 3L2QA 4CEQA 4DS4A 3V81A 3KK3A 1X9SA 1TKDA 1C0UA 3LALA 1Q9YA 2FBVA 3NAEA 4KRFA 2Z1JA 5C42A 1VSFA 3AVLA 1B9FA 3VQ6A 4CJTA 3T3FA 4ELTA 2YNHA 1NOYA 5JS1A 3TANA 3LAMA 3PX4A 3SI6A 4LH5A 1CXUA 4RW4A 3VA0A 4CHYA 1UOCA 4CJFA 4FM2A 3WNFA 4FLUA 4DFKA 4Y1CA 3RWUA 4FVMA 1XWLA 1JXBA 1TK8A 1UAXA 4B9UA 4YFUA 2A1RA 4M3XA 2F8SA 1VSDA 4I7FA 1SL1A 3U3GA 3K5MA 3VN5A 1D5AA 3K5LA 1LAWA 5HROA 5CZ2A 4CK1A 1RTJA 5C25A 4CJPA 3U6FA 1DLOA 4CHPA 3SCXA 1ASUA 3CYMA 2YNGA 1BL3A 4J2AA 4QOZB 5KI6A 2HNDA 4CJEA 3LZIA 2G8UA 4DF8A 4M3YA 4BDYA 3MECA 3LDSA 3V9SA 1L5UA 1SV5A 3OYLA 3QIPA 4E7LA 2B5JA 3HPHA 4ID5A 3PUFA 4NYFA 4ELUA 1ZBHA 4CJUA 3DLEA 3SZ2A 3VQAA 2O4GA 3I8DA 4O4GA 3RRGA 1HRHA 4OKJA 1RDCA 3V9UA 3IRXA 4E19A 4CK3A 3FFIA 3OYNA 4O5BA 4CHOA 4FM1A 4CERA 2RN2A 1Q9XA 3KTQA 4DSFA 4C8KA 4EP5A 2OPSA 3AV9A 3ZSXA 2HHWA 3OYBA 2OPPA 3UIQA 5KRTA 1SL0A 2HW3A 3CFRA 4DTMA 1JLAA 1VSMA 4ICLA 3KKRA 3AVIA 3VQCA 1J5OA 4CEEA 1JLCA 5J2NA 4N56A 1VSIA 1Z25A 4GMJB 4KFBA 1BGXT 1NK7A 1L3TA 4E0DA 4FJIA 4FJHA 4FJMA 4CF8A 1BIZA 3AO5A 2JGUA 4KTZA 3ZSYA 3F73A 1IKWA 2XY8A 3AVCA 4DQRA 3SQ2A 2XY5A 4CIFA 2WOMA 3ZT2A 1NJXA 3PY8A 4N76A 4NCBA 4FK4A 1ASWA 4Z0UA 1IH7A 3VQDA 3L2WA 3TABA 1XHZA 3NCIA 4E7IA 1JKHA 2X6SA 4IG3A 3DRRA 1IKYA 1EKEA 4KHQA 3HK2A 2AJQA 3VQ5A 3QEXA 4CEBA 1TAUA 3OS1A 3PO4A 1QSLA 3AVAA 4E7HA 3DRPA 3TARA 1W9HA 1T05A 3AA4A 1BQMA 1TV6A 4M3WA 3VQQA 2QXFA 3JYTA 1SL2A 3H08A 1KSPA 1REVA 3QIOA 4O55A 4CGJA 3L2RA 3THVA 3CM5A 2QK9A 2KZZA 5J2QA 3RMAA 1LAVA 3TAFA 2HB5A 3VA3A 2KZMA 4AH9A 4DLEA 3MEGA 3QEVA 4CGHA 3ZT4A 2EHGA 4JRPA 3IS9A 4NCGA 1S9GA 3E01A 3SNNA 4CFDA 4C8LA 2VWKA 3LAKA 3QETA 3MEDA 5CYMA 4C8NA 1NK8A 2OYQA 4FJKA 3HJFA 3KD5E 2DY4A 4DTNA 1U45A 1QSSA 4M41A 3QEPA 2P1JA 3P5JA 1WN7A 3PV8A 3NHGA 4FZXC 4NCAA 4CCHA 2F8TA 1XC9A 1RBTA 4AHRA 1A5VA 1B9DA 4CF0A 4E1MA 3K57A 3G10A 2I5JA 4DSEA 2KTQA 5DMRA 1TGOA 2HNZA 1NJWA 2PY5A 4I2QA 3KK1A 3MAQA 1T03A 1JXEA 1D8YA 2DFEA 3RR8A 3VQPA 4CF1A 2HHUA 4CK2A 4CJKA 2RF2A 1IKXA 1BQNA 4OGCA 3K58A 3LZJA 3RRHA 3SJJA 2HHXA 1VSJA 1TKZA 1UA1A 2W42A 1RTIA 1WSHA 1L3UA 2HHSA 4W5NA 3SQ4A 1F21A 1EP4A 1J54A 2XRIA 4FW1A 4CHQA 4EZ9A 4Z4FA 1RCHA 4PWDA 4PA1A 3VQ7A 1RILA 4PQUA 3NGYA 4DSIA 3SV4A 3MEEA 4CJ5A 1YVUA 3LWLA 2A1SA 4OJRA 1KFSA 3HYFA 3HVTA 1S1WA 3C6TA 4FJNA 5EU7A 4KI6A 3C95A 3M8RA 1DTTA 1RT2A 1QHTA 1ASVA 3KKSA 3KLEA 1U49A 3I0SA 3EZ5A 3QLHA 1CZBA 4FJLA 3QNOA 4OKKA 4LH4A 2OA8A 4BE2A 2JLEA 4EZ6A 4RW8A 4FLTA 4DQIA 4AHTA 2GV9A 4Q5VA 4DU3A 4F8RA 4HCBA 4J2EA 4M42A 1YTAA 3NH1A 1RDAA 1RTDA 1JLEA 1RDDA 3LP2A 2PYLA 2YKNA 4KV8A 5J2PA 3KLGA 4RW6A 4K8ZA 4M3UA 2GUIA 4FM0A 2G8IA 4RW9A 3V1OA 3MXJA 3L2UA 3HXMA 3LWMA 3AVNA 3C94A 4B3OA 4KAZA 3QNNA 3V1QA 5HP1A 3RR7A 4BWMA 3O4NA 2VWJA 4C8OA 4N5SA 4HUFA 1KLMA 1TK0A 1NK6A 2YNFA 3M8QA 4O0IA 4B9NA 4HTUA 1TL3A 3RTVA 1BI4B 2KFZA 2FBXA 3SYZA 1NOZA 1S6QA 2EX3A 3F9KA 3CFOA 3VQ9A 1L3SA 4CFBA 4HVJA 4B8CA 4DWIA 1D9DA 4KB0A 2D0BA 3V4IA 3OVNA 3OS0A 1RBRA 4DSLA 4GVMA 3TR8A 3K5NA 3SUPA 1A5WA 3TAPA 2OZSA 1QTMA 2E4LA 3SV3A 3ULDA 1NKCA 2HHTA 3OYJA 4DTJA 3V6DA 3OYIA 5J2MA 4CGGA 1UWBA 4O44A 3NGIA 3D45A 4AILC 3TAEA 4CJ3A 3KD1E 2RPIA 3AA3A 4LD0A 1X1PA 4CHNA 1U04A 3AVKA 4CJSA 2X78A 1RT6A 3L3VA 3JSMA 4FJ5A 4KI4A 1HNVA 4FXDA 3AVGA 4KREA 1TKTA 2IC3A 3LP3A 2XY7A 5HLFA 1RBVA 3EYZA 4KHNA 1FK9A 1WSIA 1JL2A 1RT7A 4CE9A 3TAQA 4CESA 4HCCA 4CJQA 1KVCA 3HP9A 1K6YA 1CXQA 2OPQA 5T7BA 5HRNA 1GOBA 1LW0A 2GBZA 3U3YA 3S3MA 3DLRA 4DSJA 3O3HA 2P5GA 2NUBA 1WAJA 4CF2A 2HMIA 3LANA 4FJGA 2YHAA 3O3GA 4IKFA 2VG6A 1KCFA 3NF6A 4FK2A 3DM2A 3HL8A 1N6QA 4FLYA 3ASMA 2Z1HA 4DTUA 1LWFA 1RT4A 1S1TA 4E7KA 4JLHA 3S3OA 4ELVA 4DF4A 2Z1IA 3NH2A 1KFDA 4KHUA 4Z4IA 1RT3A 3IAYA 2HVHA 3K59A 2RKIA 2FC0A 3AO1A 3AVHA 1BISA 3ISNC 1U48A 3AVMA 3PO5A 4UQGA 1C1AA 3M8PA 2R7YA 2KFNA 3ZSWA 2HHVA 3VQEA 1VRUA 3S3NA 4FZZA 4BWJA 4DMNA 3DLBA 1EX4A 2PYJA 4ZTFA 3V1RA 4OKEA 4I9LA 1WSFA 3O4QA 4YNQA 3OYEA 4HHTA 3VQBA 4FCYA 4ZTJA 4L8RB 3LP0A 3HPOA 1ZBIA 3CQ8A 1TAQA 3ZSOA 4DFMA 4QAGA 3PX0A 1HYVA 1S6PA 5K14A 4BDZA 1FKPA 4CF9A 3ZSVA 5CYQA 3HVRA 3NBPA 3MXIA 3ZT1A 4KB1A 1T7PA 2D5RA 4F3TA 3DOLA 3OS2A 2ITGA 3NE6A 4DLGA 4KTQA 3B6OA 3OYHA 1C1BA 3DYAA 4OPJA 3MXMA 1SUQA 4OPKA 3NGZA 3KK2A 4Z4CA 4IFYA 3VQ4A 2KW4A 4AHCA 5HRSA 2XY6A 4PUOA 2F96A 3T19A 1X9MA 3AVBA 2XO7A 1C0TA 3TAMA 1IO2A 5FROA 2FBTA 1RT1A 3HT3A 5FRNA 1HQEA 1WSJA 1BIUA 4IG0A 1VSEA 4CGIA 1YT3A 4DFPA 5KRSA 1HQUA 4JRQA 2DFHA 1SKSA 3V9WA 1KVBA 3B6PA 4KTWA 1NK0A 4FJ8A 3IG1A 5J1EA 3LPTA 4CEAA 3DLGA 1J53A 3OY9A 3OYMA 4F2SA 1WSEA 4MQ3A 4CJLA 2B6AA 4CGDA 3QESA 4DSKA 3L8BA 2HHQA 4OGEA 4K8XA 4J2BA 1JLBA 3NDKA 5E41A 3V9ZA 4PY5A 1HYZA 1KLNA 2D0CA 3TAGA 1WSGA 3P1GA 1LW2A 3KLIA 4FLZA 4CJ4A 1JLFA 4EP4A 3P83D 3OYAA 1SKRA 2OPRA 3HO1A 2DTUA 1VSKA 4O0JA 3ZSQA 1XHXA 4BE0A 1TKXA 3AO4A 1NK4A 1JLGA 3NF7A 4DQQA 3QEIA 4CGFA 1T8EA 3TI0A 3K2PA 4H4MA 3RMCA 3QEWA 4CFCA 2P51A 4FJ9A 3OYKA 4DQPA 3OYDA 2G8HA 3NF9A 4Z4EA 4CEDA 2IOCA 3KLHA 1NKEA 4CJRA 1G15A 4M45A 2IGIA 4OLBA 3RMBA 2O4IA 3L3UA 4DS5A 1Q8IA 1HNIA 2Q3SA 3ITHA 1HYSA 3OYFA 2E6LA 4H8KA 1HMVA 3SPZA 4J2DA 4C8MA 4FLVA 3A2FA 2KQ2A 2Y1IA 1TL1A 3T1AA 3RMDA 4B9SA 4M3ZA 2IS3A 3AO2A 1JL1A 1U4BA 4KHWA 1J9AA 1CLQA 1CZ9A 1GOAA 3CM6A 3OYGA 1NJZA 2PZSA 1TVRA 4CEFA 4CJVA 3QERA 2ETJA 1WLJA 3L2VA 3AVFA 4B8AB 4XIUA 3V9XA 2XHBA 5I3UA 4GW6A 4B9VA 2YNIA 1XI1A 2OZMA 3WNHA 4DU4A 4F2RA 1Y97A 1LWCA 4DG1A 3LP1A 4W5TA 4DTXA 4Z4GA 2ZQBA 3AO3A 3WNEA 3SQ1A 3ALYA 5KTQA 1NK5A 3NH0A 2ZD1A 3BGRA 1ZBUA 2ATQA 4FJJA 1YTUA 4Q0BA 4FZYA 4CFAA 3SUNA 3LPUA 1DTQA 4KKOA 2D0AA 3ZT3A 3WNGA 4B9MA 4B9TA 4B9LA 3DLHA 3NF8A 4W5OA 4CIEA 4E3SA 4F4KA 2VG7A 1KTQA 1C6VA 3EY1A 4DTPA 3HPGA 4KO0A 5HBMA 4QCLA 3AA5X 1BI4A 4RW7A 3VQ8A 2G8WA 2LSNA 5KGWA 1D9FA 4B08A 3OJUA 1U47A 4OLAA 4FYDA 4IBNA 1I39A 5SZTA 1RDBA 4W5RA 3HP6A 4FK0A 1BHLA 4WE1A 4CEOA 4E89A 3ZT0A 5HRRA 2BGGA 4CJWA 4HUGA 4AHUA 2YV0X 3KLFA 1SKWA 2G8VA 3DOKA 5HRPA 2ZE2A 4DTOA 4AHSA 2QKKA 4DFJA 3ZSZA 4F3OA 1RT5A 4IFVA 2QKBA 2FBYA 4CECA 4CHZA 1ZBLA 4KHSA 4ZHRA 2G8FA 4N41A 3M8SA 2IDOA 1IG9A 2BANA 4DU1A 1LV5A 4MFBA 4FLXA 4E1NA 1N5YA 4LSLA 4LSNA 1S9EA 3SUOA 2E6MA 2DFFA 4CEZA 1L3VA 4KHYA 1QS4A 1WNSA 4JS4A 1S1VA 1W0HA 5I42A 5C24A 3AA2A 1BCOA 3CFPA 3KIOA 4FLWA 4N47A 4DTRA 2X74A 3PX6A 1R0AA 2BDPA 4I9QA 2B4JA 5KGXA 4BE1A 2G8KA 1EETA 3ZSRA 3CG7A 3DMJA 2P5OA 4ID1A 4IDKA 4NYNA 1HPZA 5CZ1A 1UA0A 1KVAA 1Z26A 4BACA 3D0PA 4R5PA 1RBSA 1ZBFA 4M3TA 1QSYA 4FJ7A 3K5OA 4H4OA 3BDPA 2IAJA 3SUQA 1NKBA 3S9HA 1QE1A 5JS2A 1ZYQA 2Y1JA 4FJXA 3KJVA 2X6NA 3TWHA 4DTSA 4E7JA 1A5XA 3HSTB 5FRMA 1C0MA 1WAFA 4Z4HA 4RG8A 1C1CA 1NK9A 4JS5A 1VK0A 1S5JA 3O3FA 1LWEA 1JLQA 1GOCA 4M3RA 1FKOA 4G1QA 4OVLA 2HVIA 1BCMA 1KRPA 1S1XA 2VG5A 2WONA 1B92A 3SPYA 1I3AA 3DLKA 3G0ZA 3OYCA 1QQCA 4TSXA 4LY7A 2BE2A 1HJRA 1RBUA 3NFAA 4Y1DA 5CY4A 4AHVA 2Z1GA 1NJYA 4BDPA 1EXQA 1MU2A 4W5QA 5D3GA 3DRSA 5FDLA 1VSLA 1IKVA 1RTHA 4CIGA 1RNHA 2YKMA 3HM9A 1X9WA 4FW2A 1O1WA 3DI6A 5DK5A 2YHBA 1ITGA 3C6UA 4I2PA 1FXXA 3AVJA 5SWMA 4KPYA 4HUEA 3SQ0A 1TK5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JLHA 4JI7K 2AP1A 3CPWM 2HNYA 1TKDA 2JWKA 3QO9A 1X9SA 3KK3A 1C0UA 3LALA 4B3MK 2Z1JA 5C42A 3VQ6A 1DGKN 4JYAK 3PX4A 2V52B 3LDOA 1LOTB 1N36K 4FM2A 4JKFA 3WNFA 4FLUA 4DFKA 4Y1CA 2IIRA 3R3LA 4FVMA 1RGIA 1XWLA 3VF2A 2F8SA 4M3XA 5C15A 4I7FA 1SL1A 3LM2A 5HROA 4CK1A 4H5TA 4CJPA 4IO9L 1DLOA 4B3RK 3SCXA 4H0XB 2D0PA 1HUXA 4M3YA 3MECA 3P31A 1SV5A 4WF9L 4R79A 4E7LA 4ID5A 3ZEUA 3TSUA 4B1ZA 4GKJK 3MDQA 3SZ2A 3VQAA 2O4GA 4JKDA 4O4GA 4H0YB 4OKJA 4FOIA 3CERA 2P9SA 2Q36A 4C1NK 3OYNA 3FFIA 4O5BA 4CHOA 2P9PA 2ASMA 3OHRA 1VSMA 4JKBA 1VSIA 1DT9A 4GMJB 4KFBA 1BGXT 3JAMO 4FJIA 3AO5A 1R59O 2FLOA 2XY8A 4PHTX 4CIFA 4FK4A 4N76A 4Z0UA 1IH7A 4OPAA 3VGMA 3NCIA 4WQ5A 3DRRA 4KHQA 3G71N 1TAUA 3WXLA 4WQ4C 1QSLA 3AA4A 4CZFA 4JI5K 2QXFA 3THWA 3ID8A 2Q97A 3VF4A 1NNEA 1SQKA 2KZZA 5J2QA 3QEVA 3MN5A 4JI3K 4IDHA 4CFDA 5LJWA 4OX9K 3LAKA 3MEDA 2OYQA 3D2EB 4IOXA 3H6EA 3P39A 4KH5A 1QSSA 1T6DA 4M41A 5BRHA 3P5JA 3NHGA 4FZXC 1XC9A 1RBTA 1B9DA 1TGOA 4EFHA 2A41A 3LM9A 2PY5A 3H3NO 2Q2RA 2DFEA 4MO4A 3HM8A 4CK2A 3K58A 3SJJA 4ILJA 3LZJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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