2RPIA

The nmr structure of the submillisecond folding intermediate of the thermus thermophilus ribonuclease h
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
MNPSPRKRVALFTDGAALGNPGPGTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The high-resolution NMR structure of the early folding intermediate of the Thermus thermophilus ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus hb8
total genus 19
structure length 106
sequence length 106
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rpiA00
1Y97A 4ELTA 1VSMA 2E6LA 4CFCA 1RT6A 3AO3A 4KFBA 4CF8A 3HP9A 4CJ3A 2KQ2A 5HLFA 1WSGA 3F9KA 3KLGA 1ASVA 1RT2A 4FLTA 1T03A 1CXQA 1Q9XA 2QKKA 5CZ1A 4F8RA 2HHWA 3P83D 4CEAA 4CJWA 3SUQA 5DK5A 4C8LA 3IAYA 4CJEA 3HVRA 2F8TA 3T3FA 2EHGA 4HUGA 4I7FA 4NCBA 3KK2A 1BCMA 4FJLA 5KRSA 1S1VA 3NGYA 5FRMA 3OYFA 3THVA 3TAQA 4Z4GA 1S6QA 4CECA 2D0AA 2LSNA 1S1WA 3DLGA 4CF2A 4QCLA 4AHRA 4CEOA 2X78A 3VQDA 4CEZA 4CIEA 3KKSA 4KPYA 4FLUA 4CJKA 2G8UA 1TAUA 1WN7A 1KCFA 3ZCMA 4FJ9A 3ZSYA 1KSPA 4LD0A 3L2RA 2YHAA 3NDKA 3NH2A 3QNOA 1Z25A 3AVKA 3SQ4A 1L3VA 4DQIA 2WOMA 4N56A 1L3UA 3VQQA 4PY5A 4KV8A 3ZT4A 3D0PA 4O0IA 1TKTA 3KKRA 1S1TA 4LSNA 3G0ZA 4HHTA 3QEWA 3PO4A 3OYHA 3EZ5A 2E6MA 1SL1A 3HXMA 4DQQA 1JLFA 1VSJA 3HVTA 4F4KA 2KTQA 1RT7A 2QKBA 3DM2A 3DLHA 4DS4A 3ULDA 4KAZA 1KVAA 2O4GA 3QEXA 4KI4A 5C42A 1LV5A 1QSSA 2PYLA 3M8RA 5DMRA 4FYDA 3ZSOA 1KFSA 5JS1A 1KLNA 1VSKA 4OPJA 2E4LA 4DSJA 2HVHA 4Z4EA 3ALYA 4CHNA 3NF9A 2FBXA 3M8SA 1EKEA 2YKNA 3AVLA 1HJRA 2I5JA 3L3VA 3NBPA 3LZIA 4CCHA 3CFPA 5HRNA 4E89A 4N41A 3NF8A 5HROA 4CGIA 3KLFA 3C6TA 4DTPA 3ZT3A 2XY5A 3KIOA 1UWBA 1IKWA 4B9NA 3L2WA 1ASUA 1D8YA 4LY7A 4E3SA 2HVIA 4KHUA 3PV8A 3OYGA 3RWUA 1WSFA 4OGEA 3LPUA 4ZTFA 2IC3A 1Z26A 4OKJA 3O3GA 1BGXT 3TAMA 2D0BA 1KVBA 4Y1CA 2XY6A 1SL0A 1VSIA 4LSLA 4I2PA 4RW8A 4GMJB 2VWJA 3O3FA 3CM5A 4I9QA 4B9VA 4O55A 4O44A 4M3RA 4FM1A 2O4IA 4B9LA 4M3XA 3OY9A 2BANA 1LAVA 2OPQA 1DTQA 4CJTA 3DMJA 3V1QA 4EP4A 4CEEA 2OZSA 3VQCA 3OYMA 1RT5A 4HUFA 3SQ1A 1C0TA 3NGIA 4C8KA 1QQCA 4CJLA 4JS4A 3HO1A 4OKKA 3MXMA 2IGIA 4H8KA 1NK4A 1NKCA 1QTMA 1VRTA 3ASMA 4FZZA 4DQPA 2KFNA 2B6AA 3OYIA 4CERA 2XHBA 4DTRA 3QLHA 3SUOA 3HK2A 3KTQA 2IAJA 4B3OA 3UIQA 4DTUA 4EZ6A 4MQ3A 2ZE2A 4KHYA 3NFAA 1VSHA 4I2QA 3K5MA 3KD1E 3HL8A 3ZT0A 1W9HA 1O1WA 4DLGA 2P1JA 3P1GA 3QNNA 2BDPA 4DU4A 1BI4B 2G8KA 1RNHA 5EU7A 1Q9YA 3DLEA 1LWEA 2NUBA 4JS5A 2XY8A 3HPGA 3OYAA 1CZ9A 4M41A 4K8ZA 4CGFA 5FRNA 2VG6A 4DFMA 4CJUA 1S5JA 4B08A 4CJ5A 1U04A 2DFEA 1D9DA 2OZMA 1NJYA 4H4MA 3LWMA 1NJZA 3U3YA 4B8AB 1S9EA 3O3HA 2R7YA 3HPOA 4CHPA 4FM0A 3V9SA 4N5SA 1KTQA 4QAGA 1NJXA 3U6FA 1LW2A 2B5JA 4IG0A 3V4IA 3ZSWA 4KHQA 1ASWA 3CQ8A 3BDPA 4DSKA 1RBVA 3A2FA 4AHCA 1WSHA 4FJHA 2HMIA 2YV0X 2WONA 4OKEA 3I0SA 3CFRA 4M3TA 4DFJA 4FLZA 1IKVA 1JLGA 4C8OA 1RDCA 4BACA 3QEVA 1UA0A 4EZ9A 3VQBA 3OJUA 3OYJA 4KKOA 3MXIA 2YNGA 1VK0A 3QETA 3AA2A 2Z1GA 2ITGA 5SWMA 4ZTJA 1WSIA 2YNIA 3SV3A 3AA4A 2HHTA 1TL1A 1GOAA 4M42A 1XWLA 4W5NA 2OA8A 4CEBA 4DF4A 4HCCA 1IO2A 2X6SA 2HHQA 1HRHA 3ZSXA 1B9FA 5HRSA 4E7IA 1NJWA 4OLAA 4OGCA 4CEDA 4FLVA 5T7BA 2FBYA 4CGHA 1DTTA 1DLOA 1RILA 3AVAA 3KK3A 4CEQA 1TV6A 5I42A 1FXXA 4J2EA 1RT3A 1GOCA 3LPTA 2G8FA 3AVCA 1HYVA 3SPZA 4FJ5A 4KB1A 3AVIA 3RTVA 4E7JA 3DOKA 2DY4A 1NK5A 4CGGA 2D5RA 1TKDA 2BE2A 2ATQA 3C95A 3LP2A 1HNVA 4E7LA 1C1AA 2Y1IA 1R0AA 1TGOA 2KZMA 4BDPA 4M3ZA 1TK5A 1SKWA 1ZBUA 2DFFA 3TAFA 1B92A 3VA3A 1J5OA 2VWKA 3C94A 1U45A 4I9LA 3RR8A 4FVMA 1YTUA 1A5WA 3RMAA 4FJKA 1A5VA 4L8RB 4CJSA 4XIUA 2OPRA 1IH7A 4DLEA 3TABA 2YNHA 5J1EA 4DS5A 3SNNA 4PUOA 4CGJA 3M8QA 4AH9A 4GW6A 4DG1A 1S1XA 1VSFA 3L2VA 4CIGA 1U4BA 2Z1HA 1BCOA 1I3AA 3T19A 2DTUA 4HVJA 4JRPA 3S3OA 1C0UA 5HBMA 2IDOA 5KTQA 2G8VA 4DTMA 4Q0BA 4GVMA 1NKBA 2XY7A 2W42A 3HM9A 1RTJA 5KGWA 5J2MA 3VQ5A 1ITGA 2FBVA 4CK2A 3K59A 1NK7A 3NCIA 3SQ0A 1HNIA 1VSLA 2VG7A 1REVA 4W5RA 3LAMA 1XI1A 3SUPA 4DMNA 1LW0A 3KJVA 3VA0A 3LAKA 3K58A 1NK9A 4OVLA 3KD5E 4CFDA 3O4NA 3QO9A 3IRXA 3OYLA 2Q3SA 1EP4A 1RDBA 2A1SA 3KK1A 1KFDA 1IG9A 4E0DA 3WNHA 1HPZA 1RTHA 4G1QA 4AHUA 3OYBA 3V6DA 1SL2A 4CF0A 4J2BA 3ZSQA 5KGXA 5K14A 2P5GA 4FW2A 1QHTA 4E7HA 4IKFA 4RW6A 1B9DA 4DTJA 1IKXA 4M3YA 1BQMA 5C24A 2P5OA 3CFOA 3OS2A 4AILC 1VSEA 4O0JA 4CJPA 1L3SA 1C6VA 4E19A 1RBRA 2G8HA 1RBTA 2RN2A 4J2DA 3V9WA 4ID5A 3AO1A 2GUIA 1KRPA 4W5OA 1XHXA 4UQGA 4W5TA 4E7KA 3K5OA 4CJ4A 2ZD1A 4K8XA 2GBZA 3AO5A 4M45A 4DQRA 4Z4FA 3S9HA 1JLAA 4KB0A 1JL1A 3LP3A 1CLQA 4CFBA 4QOZB 4CFAA 4FLXA 3NH1A 4BDYA 4W5QA 3SZ2A 2A1RA 1W0HA 3SQ2A 1CXUA 1JKHA 3PX4A 5D3GA 4H4OA 1FKPA 1S1UA 1A5XA 3NH0A 2OYQA 2GV9A 2ZQBA 3AO2A 4FJMA 1EX4A 3OJSA 3MEDA 1ZBFA 2HHSA 1J54A 1ZBHA 4N47A 3NF6A 2FC0A 4B9UA 4KHNA 4FW1A 3ITHA 3DOLA 3QIPA 3DI6A 3QEPA 3RRHA 1JL2A 3AVBA 1ZBIA 1UOCA 3LWLA 4LH5A 3LALA 3VQEA 1T8EA 1UAXA 3PUFA 3L2QA 3PO5A 1TVRA 1WAJA 3VQPA 4FJNA 1RT4A 4DSLA 4IG3A 4KREA 3AVMA 3TR8A 4CF9A 4DFKA 1NK0A 4Z0UA 3AVFA 1UA1A 4IDKA 4Z4HA 3MAQA 1T05A 3U3GA 4RW9A 3HT3A 4CHZA 4CJVA 2F8SA 3ZT2A 4DTXA 3L2UA 1WSEA 1WSJA 1NOYA 1HYZA 4DTOA 3B6OA 3ISNC 4CE9A 4CJRA 3MECA 4EP5A 4Z4CA 2YKMA 1KLMA 1U49A 3IS9A 2G8WA 4KTWA 3BGRA 4R5PA 1NK6A 4KO0A 2HW3A 3EY1A 3V81A 3DYAA 4B8CA 2HHVA 3PY8A 5JS2A 4M3UA 2HNZA 2AJQA 1EXQA 3OYEA 2RF2A 5HRRA 4C8MA 3T1AA 4ELVA 1TK0A 2QK9A 4PA1A 1C1BA 4CHQA 4O5BA 1GOBA 4DF8A 4FZXC 1BHLA 5J2QA 2Z1IA 5KI6A 1X9WA 1YT3A 4KHSA 1IKYA 3ZSVA 4PWDA 3D45A 3TARA 1CZBA 1JLEA 3TI0A 3MXJA 4FJ8A 1N6QA 2F96A 3LP0A 5SZTA 2PY5A 4F2RA 4RW4A 1N5YA 2G8IA 4YFUA 3OYKA 4E1NA 4DTNA 4BE2A 4KI6A 1S9GA 2PYJA 3G10A 1F21A 4CJQA 3VQ7A 4FCYA 2VG5A 5FDLA 4IFVA 1D9FA 3QIOA 4CK1A 4FZYA 3DLRA 2QXFA 4BWJA 3HSTB 4B9MA 4N76A 3SPYA 1TKXA 2OPPA 1SUQA 4FM2A 3DLBA 4CEFA 5C25A 4IBNA 3H08A 3KLHA 3RRGA 4DSEA 4DQSA 3NHGA 4BE0A 3KLIA 4AHTA 1RBUA 3V9ZA 3VQ8A 4PQUA 1JLBA 2BGGA 3V1RA 4DWIA 3PX0A 2X74A 3V1OA 3SJJA 5I3UA 2Z1JA 3QESA 1RBSA 2EX3A 2JLEA 3ZT1A 3AVNA 4IFYA 3K5NA 1XHZA 4F3OA 2YNFA 1HQEA 5CYQA 3P5JA 3I0RA 3C6UA 5E41A 3L3UA 4NCAA 3B6PA 1JXEA 3ZSZA 4HUEA 3TANA 4AHSA 1RDDA 2D0CA 3K2PA 1YTAA 1YVUA 3TAPA 4ELUA 4KTQA 2YHBA 1RCHA 3DRSA 1LWFA 3L8BA 3NGZA 2PZSA 4FJGA 4B9SA 4BE1A 3PX6A 4B9TA 3OYDA 1NOZA 3VN5A 3HYFA 3NE6A 4HCBA 1LWCA 4OJRA 3OYNA 4DFPA 1K6YA 3AA5X 4Y1DA 3LDSA 4OPKA 3JSMA 1BL3A 3RMBA 1RTDA 2Y1JA 1HMVA 1XC9A 1T7PA 2P51A 1RDAA 4FJIA 4FJ7A 3NAEA 3V9XA 3EYZA 3AVJA 2HHUA 3SYZA 2IS3A 5CZ2A 1WNSA 3O4QA 3E01A 4CESA 5CY4A 3HP6A 3DRPA 4RW7A 3SV4A 1U47A 3SUNA 4RG8A 1WLJA 4FLWA 4JLHA 1X9MA 4M3WA 4LH4A 2JGUA 5CYMA 3LANA 3OS0A 5J2NA 2DFHA 3SCXA 5KRTA 3I8DA 4FJJA 1BIZA 1L5UA 4AHVA 1RTIA 4Q5VA 5HP1A 3MEEA 3SI6A 4FXDA 4ICLA 4FLYA 4OLBA 3DRRA 1NK8A 3WNFA 3LZJA 1EETA 4YNQA 3S3MA 3TWHA 1TK8A 5FROA 3AA3A 1FKOA 1JLQA 1X1PA 4HTUA 1SKRA 4NYFA 4Z4IA 1C0MA 2XO7A 4CHOA 4F3TA 4BWMA 3TAEA 1D5AA 4KRFA 3QINA 1JXBA 3CYMA 4TSXA 4CIFA 3OYCA 1G15A 2ETJA 2KW4A 4NCGA 4C8NA 4BDZA 1QSLA 4FK2A 4ID1A 1J9AA 1QE1A 4CHYA 3VQ6A 3IG1A 3VQ9A 1X9SA 1L3TA 1QSYA 3AO4A 1BISA 1BQNA 3RR7A 4NYNA 3KLEA 3RMCA 3FFIA 2HB5A 2RPIA 1TL3A 2IOCA 4O4GA 1C1CA 1ZBLA 1U48A 3V9UA 4MFBA 4FJXA 1S6PA 3OVNA 1HYSA 3MEGA 1VRUA 3NF7A 4J2AA 1BIUA 2RKIA 3CG7A 3OS1A 1VSDA 2B4JA 3M8PA 3K57A 2XRIA 1J53A 3S3NA 1TKZA 3DLKA 4CF1A 4DU1A 1ZYQA 1BI4A 1Q8IA 3VQ4A 4DSFA 4DSIA 3AVGA 1SKSA 3QEIA 4WE1A 3AV9A 3AVHA 4DTSA 1FK9A 1LAWA 4FK0A 3CM6A 3HJFA 2KZZA 4CGDA 2FBTA 4DU3A 4JRQA 4F2SA 2OPSA 3VQAA 4FK4A 3JYTA 1HQUA 2HHXA 1TAQA 2HNYA 2X6NA 4CK3A 1RT1A 3TAGA 3ZSRA 4KHWA 4ZHRA 3QERA 4CJFA 3WNGA 3LP1A 2KFZA 1MU2A 1SV5A 3HPHA 2HNDA 1KVCA 3K5LA 4E1MA 1QS4A 1JLCA 3WNEA 5HRPA 3RMDA 5J2PA 1NKEA 1WAFA 1I39A 3F73A 4KTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ELTA 2E6LA 1RT6A 2QWQA 5JVHL 1RT2A 5CZ1A 2HHWA 4CEAA 4CJWA 3ATUA 3HVRA 4LF6K 4NCBA 3KK2A 1BCMA 1S1VA 3TAQA 3DLGA 1JCEA 3KWIA 3VQDA 3CCMN 4CIEA 1VQ7N 4H5NA 1TAUA 1WN7A 2Q97A 4JI6K 3U8XA 4BR7A 3ZSYA 4LD0A 2HBLA 3QNOA 3CQYA 4N56A 3WQUA 3ZT4A 4O0IA 3KKRA 3F5TA 2HMPA 3QEWA 3EZ5A 5LY3A 3HXMA 4F4KA 5BPLA 4DS4A 4KI4A 1LV5A 4BVPA 1KLNA 2O8EB 1NGBA 1CZAN 3M8SA 2I5JA 3AVLA 4R79A 4JV5K 3CFPA 4E89A 5HROA 1XNRK 4LFCK 2XY5A 3KIOA 1NGGA 1IKWA 3L2WA 1D8YA 4MO4A 3VERA 4E3SA 3PV8A 4JI5K 1S72N 3LPUA 4ZTFA 1VQLN 2IC3A 3O3GA 4BG9A 1KVBA 2XY6A 1VSIA 3EO3A 4X66K 3CM5A 4F9OA 3WEEB 4B9VA 3MN5A 4O44A 2O4IA 4L3QA 5BPMA 1LAVA 3LDOA 4A5BA 4CJTA 3V1QA 1ATSA 2UXBK 4H0PA 4U7BA 4HUFA 3R8EA 3SQ1A 4CZIA 2E2PA 2NRTA 2ZWHA 2HSTA 3JAMO 3QBWA 2IGIA 1NK4A 1NGIA 3EE8A 3HK2A 4B3OA 3QLHA 3KTQA 2IAJA 3MN9A 4DTUA 4EZ6A 1ATNA 3NFAA 3HL8A 1YJWN 1W9HA 1O1WA 2BDPA 4DU4A 1BI4B 5EU7A 3HPGA 1CZ9A 5BN9A 5FRNA 1OVYA 2VG6A 4CJUA 1S5JA 2OZMA 2DFEA 1IJJA 2EWSA 3PSFA 4FM0A 4CHPA 1NJXA 3H46O 4IG0A 1ASWA 2QWRA 4DSKA 4AHCA 4M3TA 3CFRA 2WONA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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