The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ambient-temperature crystal structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with paromomycin
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| total genus |
26
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-05-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUB K; 4DR3 K; 4AQY K; 2VQF K; 4V19 S; 3JAM O; 1IBL K; 4DV2 K; 4JI7 K; 1N33 K; 4X66 K; 2ZM6 K; 4JYA K; 4DUY K; 4LFA K; 5LMU K; 1HNX K; 4YHH K; 1XNQ K; 5BR8 K; 4DR2 K; 1N34 K; 3J80 O; 1N36 K; 4X62 K; 4JI1 K; 4DV0 K; 4JV5 K; 4OX9 K; 3J81 O; 4DUZ K; 4DV6 K; 2E5L K; 3T1H K; 4NXN K; 2UU9 K; 1J5E K; 4JI2 K; 2UUC K; 4GKK K; 4NXM K; 4X65 K; 3J7A P; 2UXD K; 3J7Y P; 4X64 K; 4DV1 K; 5FLX O; 1HNW K; 1HR0 K; 4JI6 K; 1I94 K; 5IWA K; 4LF4 K; 5A2Q O; 2HHH K; 4DV5 K; 4DV3 K; 2VQE K; 4JI3 K; 4JI0 K; 4LFC K; 3T1Y K; 2UXB K; 4LF8 K; 4DR6 K; 4DR5 K; 1N32 K; 1XNR K; 1XMO K; 4JI4 K; 4LFB K; 4LF7 K; 4LF9 K; 4JI5 K; 4B3S K; 4DR7 K; 4DV4 K; 4GKJ K; 4B3M K; 4KHP K; 2UXC K; 4CVN E; 4CW7 B; 4K0K K; 4LF6 K; 1XMQ K; 4DR4 K; 4DV7 K; 5LL6 Z; 5IT9 O; 4B3T K; 1IBK K; 5AJ3 K; 1HNZ K; 2UUA K; 1IBM K; 4LF5 K; 4B3R K; 2F4V K; 4DR1 K; 3OTO K; 1FJG K; 4YY3 K; 5LMN K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EX5 A; 2W42 A; 3NH2 A; 2WOM A; 4GMJ B; 1ZBH A; 1SUQ A; 3AO2 A; 2ZWH A; 3I8D A; 2NRX A; 3AGK A; 1BQN A; 1HKC A; 3I55 N; 4W5T A; 3KK1 A; 1VQ8 N; 4CJK A; 5EVZ A; 4OPK A; 2D0A A; 1KQS M; 5AQL A; 1LWE A; 1VRT A; 3SNN A; 3M8R A; 3OYM A; 5AQX A; 2NRR A; 3V9S A; 3D7E O; 1VSF A; 4EP4 A; 4Z4F A; 4CHN A; 3P5J A; 3HRG A; 4GY2 B; 4KTZ A; 3VQA A; 5CY4 A; 4IFY A; 4E7I A; 4NYF A; 3NF8 A; 4CER A; 4LY7 A; 1D5A A; 2RF2 A; 5CZ1 A; 2A3Z A; 4CGH A; 3NH1 A; 4HVJ A; 2HHH K; 4DV3 K; 1U2V B; 3PO4 A; 4FWS A; 3K5L A; 5J2N A; 5TKY A; 1VK0 A; 4R79 A; 4JS4 A; 2E88 A; 1Y64 A; 2V51 B; 3CXC M; 4FLZ A; 1BOT O; 3SUQ A; 3UIQ A; 4DWI A; 5AQF A; 4BG9 A; 4FM1 A; 2QM1 A; 3DM2 A; 1C1A A; 4DR5 K; 1W7A A; 4JS5 A; 1RT3 A; 3RMB A; 3AGR A; 3NFA A; 4CEE A; 2Q97 A; 2I7N A; 1SL0 A; 2WC9 A; 4IXC A; 5JVG L; 1BA0 A; 3CI5 A; 4CGF A; 1L3T A; 5GAE P; 3SQ4 A; 4CW7 B; 1WB9 A; 3EL2 A; 4C8O A; 2HST A; 2O4I A; 4DR4 K; 3LPU A; 3R6M A; 4DU1 A; 2BE2 A; 2GEL A; 3TTF A; 5LL6 Z; 3IMX A; 2O4G A; 3SAF A; 3HK2 A; 3GG4 A; 4I6M B; 4RG8 A; 3OYN A; 4FOE A; 1GLB G; 5AR0 A; 3AVB A; 2HND A; 2HMP A; 2QA4 N; 3THY B; 4BR5 A; 2UUB K; 3TTC A; 4HUE A; 3ZX3 A; 1JLA A; 2P9I A; 4DLG A; 2HHU A; 3D0P A; 1TUY A; 3E1Y A; 2HHT A; 3KKR A; 1X1P A; 2ZF5 O; 3HPO A; 1NWK A; 3THX A; 3CM5 A; 4FCY A; 2ZGZ A; 4CE9 A; 4DUY K; 4QS9 A; 5AQZ A; 1EX4 A; 1VQ7 N; 3OJU A; 3D45 A; 3DXM B; 5F2R A; 5EY4 A; 2WTU A; 4BGA A; 4YHH K; 2Z1I A; 1DTQ A; 3VTI A; 4DR2 K; 1RBR A; 1VAZ A; 1CZB A; 3LZJ A; 4DTN A; 1VSD A; 4YOW A; 2D0B A; 3KKS A; 3SMS A; 2Z1G A; 4CBW A; 4CEO A; 1QVF M; 5KPT A; 2VCP A; 4DF8 A; 2AA4 A; 4NLB A; 1ESV A; 3CQX A; 3CCQ N; 4XEI A; 2EWS A; 5AQV A; 5BPM A; 3U9D A; 2HHV A; 1TK0 A; 4JK7 A; 4JI0 K; 1U6Z A; 1QQM A; 4B9U A; 1VSE A; 1WUA A; 4B8A B; 3H1V X; 4KH6 A; 2G8K A; 4M63 C; 4BR4 A; 3OS2 A; 1YTA A; 4GW6 A; 4JHD A; 4M7Y A; 2P9K A; 2KTQ A; 1NGG A; 4YNQ A; 4FLW A; 4H0O A; 3UKU B; 3S41 A; 2FBY A; 4PKI A; 2E2Q A; 4PUO A; 4B3M K; 4CJF A; 4J2D A; 3VQ8 A; 1Q81 O; 4GV3 A; 4BG8 A; 4J2A A; 4CJT A; 4EHT A; 2D0P A; 4FWQ A; 4ILG B; 4CJW A; 2AJQ A; 2NRT A; 4B9V A; 3KLI A; 4LF5 K; 1G15 A; 3CCV N; 1KVB A; 3AO4 A; 3LWM A; 3KTQ A; 3OTO K; 1R0A A; 2ZJP L; 2Q36 A; 3RWU A; 3O9T A; 2O8E B; 4DTM A; 3P83 D; 3CC7 N; 1LW2 A; 3KIO A; 1LWC A; 4IDH A; 1X9M A; 5AQH A; 3TSU A; 5FRO A; 3K57 A; 3BF1 A; 3O8M A; 4C8L A; 1BO5 O; 4BGB A; 1GLL O; 3OYK A; 1QZ5 A; 3RVC A; 1S9E A; 3E9L A; 1K6Y A; 3KZB A; 1YIJ N; 4DLE A; 2O8D B; 4CHY A; 4CFD A; 1HLU A; 4N41 A; 4BRP A; 4CJU A; 4FJI A; 5HRN A; 3AA3 A; 4FK4 A; 4ID5 A; 5BR8 K; 3L2V A; 1WSH A; 3AA4 A; 4BR9 A; 4ZHR A; 5GIN A; 2YHY A; 3VES A; 4CF1 A; 4Z4H A; 1ZC6 A; 2YKN A; 2O8B B; 3R1X A; 3F9K A; 3VGK A; 5DMR A; 2FLO A; 3CJ7 A; 1QVG M; 2UXD K; 4KRF A; 1C0M A; 4DTJ A; 5M1P A; 4J2E A; 2Q0R A; 3SBG A; 1K8K A; 2FSN A; 4RW9 A; 4E3S A; 3HTV A; 2VQE K; 3GBT A; 5DM7 L; 4KI4 A; 3OVN A; 2HHQ A; 1BIS A; 3U9Z A; 3OHR A; 5AQQ A; 2X6N A; 1ZYQ A; 1L3S A; 3VEO A; 3QBX A; 4B1V A; 3CM6 A; 3DLR A; 3H08 A; 5CE3 A; 5F0X A; 1YF5 L; 3VF6 A; 3I56 N; 3TAG A; 3O9R A; 5KQD A; 1XNR K; 3TSQ A; 2PAV A; 4LFB K; 3WNG A; 1P8Z A; 4B8C A; 2CGK A; 4KBO A; 4DR7 K; 1RIL A; 4A5B A; 3WUH A; 4NYN A; 4BC4 A; 4CJV A; 3D2F A; 4DV7 K; 2I7P A; 2HVH A; 2B4J A; 2CGL A; 3OYI A; 2JGU A; 4PHT X; 3PX0 A; 3VEY A; 4KPY A; 1V4S A; 3RMD A; 1XUP O; 3MK6 A; 4Q0B A; 1JL1 A; 3D2E B; 3KWG A; 1G99 A; 1IH7 A; 3DLE A; 3SLC A; 2UYT A; 4PY5 A; 4FOI A; 3QES A; 3ZSR A; 1B92 A; 4Z94 A; 4TSX A; 3O4N A; 1IKV A; 3U6F A; 4B9L A; 4JI8 K; 3TWH A; 4BRI A; 3M8S A; 4L3Q A; 3C7N B; 4B1U B; 1YIT N; 4FXD A; 4FK2 A; 2ITM A; 3ZT2 A; 1U2V A; 3I8B A; 1X3M A; 1QHA A; 4EFH A; 1SKS A; 4YDU A; 1OH7 A; 1A5V A; 4CK2 A; 3LDS A; 5LJW A; 2ZM6 K; 1GLF O; 3SUO A; 1ATR A; 4W5N A; 3HOS A; 5TKW A; 3LM9 A; 3A5L C; 3THV A; 2FBX A; 2W6L A; 1HRH A; 2D1K A; 4M3R A; 5KI6 A; 3ENH A; 3H3N O; 5M1Q A; 3ZSW A; 4OPJ A; 3F2K A; 3MXI A; 4JV5 K; 3O4W A; 3ALY A; 3J81 O; 4FJN A; 3SV4 A; 1KTQ A; 1QQC A; 1WBB A; 2D0O A; 1N6Q A; 3DLK A; 1GOA A; 2YHA A; 3QER A; 1CLQ A; 2FBV A; 3QEW A; 3C65 A; 3SV3 A; 2IVP A; 4ILH A; 3ZSY A; 1KAX A; 2A40 A; 4NCA A; 3T7Z A; 3CC4 N; 2VGN A; 1RNH A; 2P9N B; 1S6Q A; 1YUW A; 4JKG B; 4CEA A; 1X9J A; 1D4X A; 3IFR A; 1RT2 A; 4DFM A; 3WEE B; 1D9D A; 1J9A A; 3RSE A; 1WSE A; 2NRW A; 1QHT A; 3BGR A; 4Q5V A; 1VSL A; 3G0Z A; 4FM0 A; 5HOO A; 3KK3 A; 1SL1 A; 3DRS A; 1ATS A; 1K9M O; 3RRH A; 3CF5 L; 4BRO A; 3MXJ A; 1OH5 A; 5AZJ B; 1S22 A; 4KAZ A; 4HCB A; 1NMN A; 3C95 A; 2O8C A; 4BWJ A; 4AHR A; 1VSK A; 1RDU A; 4CVN E; 5BRF A; 1RBS A; 4C1N K; 1VQN N; 3HM8 A; 2D4W A; 4LF6 K; 1NKB A; 1HYS A; 3ZSZ A; 1LCU A; 5LJV A; 4BQZ A; 3SMP A; 1OKJ A; 3OBW A; 3SJJ A; 3AAQ A; 1RCH A; 1X9W A; 5GAG P; 2HBK A; 2OA8 A; 1VQ5 N; 2GWK A; 4CHZ A; 4WQ5 C; 1KRP A; 3SJH A; 4CGD A; 3L8B A; 3I0R A; 2QWR A; 3CYM A; 3OA9 A; 3NMU A; 2BDP A; 4IG0 A; 5M1K A; 4JD2 B; 3JXU A; 1MA9 B; 1WAF A; 3AVI A; 4QS7 A; 1RBT A; 1YAG A; 1DLO A; 4DQR A; 4ISG A; 4K43 A; 1NGB A; 4XH1 A; 2E4L A; 4CF8 A; 1C0T A; 2CH5 A; 4CEQ A; 1HKB A; 3DJC A; 4FLU A; 4OO1 J; 1MU2 A; 4B1Z A; 3CFO A; 4CJ7 A; 4E1M A; 1EWQ A; 2E1Z A; 1S1T A; 3ISN C; 4H4M A; 1KFS A; 3UKU A; 4BRA A; 2Q1N A; 1WSJ A; 4BE0 A; 1LV5 A; 3ENB A; 2E6L A; 4A62 A; 4RW8 A; 4MLE A; 4Z0U A; 1DEJ A; 1NJX A; 2KHO A; 5E26 A; 2QWM A; 4K25 A; 4NO7 A; 4KTQ A; 3AA2 A; 1XC3 A; 1MDU B; 4JI2 K; 4GKK K; 2EX3 A; 5KRT A; 3L4Q A; 5E84 A; 3JYT A; 3WXL A; 4DU3 A; 4JI3 K; 2Z1H A; 3DI6 A; 1GLD G; 3RR8 A; 4MFB A; 3ATV A; 2QWL A; 1FXX A; 1NGH A; 3EE8 A; 1NJI O; 4I9Q A; 3LAK A; 1SL2 A; 3C6A A; 1QS4 A; 4CIG A; 3HT3 A; 4K41 A; 3GL1 A; 5C15 A; 4JI4 K; 5GAD P; 2YHB A; 3HOT A; 4DTO A; 4CEC A; 4BWM A; 2B5J A; 4DQS A; 3P38 A; 3CJB A; 2NLX A; 3IUC A; 3S9H A; 2OZS A; 4FJX A; 3PX4 A; 4FZY A; 3A5O C; 1HPM A; 4B3T K; 2KW4 A; 3I33 A; 1SAZ A; 3FZF A; 2E2N A; 1IBM K; 4DB3 A; 4B3R K; 2O8B A; 5AQG A; 3VGM A; 4BRN A; 3CCS N; 4DR1 K; 4JKC A; 4WQ5 A; 5C2D A; 1DKG D; 5LMN K; 2HNZ A; 1XC9 A; 2E1Y A; 1EKE A; 4F9O A; 4FLY A; 1NOZ A; 2DFE A; 4OPA A; 1A5X A; 3CFP A; 2P9S B; 3FFI A; 4GVE A; 5HP1 A; 4IJN A; 1BA1 A; 1RT7 A; 5HL7 L; 5CHI A; 4JRQ A; 3O1B A; 4IFV A; 3OYB A; 1XNQ K; 1WOQ A; 4I2Q A; 1BU6 O; 1S72 N; 4ICL A; 4WFN L; 3GOI A; 3LL3 A; 4CES A; 4CZG A; 3F73 A; 4DF4 A; 2P51 A; 3HST B; 4JLH A; 2E6M A; 1SV5 A; 2E5L K; 4DTP A; 2A6A A; 2Q2R A; 3ZET A; 1KCF A; 4FJM A; 3DOL A; 1R59 O; 1T7P A; 4NXM K; 4WF9 L; 3BDP A; 3OBY A; 4PKH A; 3RMC A; 3SUN A; 1E3M A; 1MWK A; 3OYA A; 1JLF A; 1Z6R A; 3NF7 A; 4HCC A; 3H45 C; 3SQ1 A; 5C10 A; 1ZBU A; 1RTD A; 1JCG A; 1JCF A; 1S6P A; 4OKE A; 1KVC A; 3V1R A; 5C2F A; 5EXW A; 4M3Z A; 2VGM A; 4FPB A; 1XQS C; 3OYG A; 3AY9 A; 1C0F A; 2PZS A; 3R3L A; 5FPM A; 1L5U A; 3QML A; 3AV9 A; 3MEE A; 4NCB A; 1S5J A; 3L2R A; 4CK3 A; 3K58 A; 2G8I A; 1OVQ A; 1N32 K; 1YVU A; 2HF3 A; 1W0H A; 3C6T A; 2BAN A; 2V7Y A; 3F9M A; 3QFU A; 3ZEU B; 2XY6 A; 1TYQ A; 4JI5 K; 3MN9 A; 3TAN A; 4CEZ A; 2HBJ A; 4CF0 A; 4RW6 A; 5ADX H; 3THW A; 3KD5 E; 3M8P A; 3LAN A; 5I3U A; 4O5B A; 3TAE A; 3OYL A; 4IKF A; 4EIA A; 2DFF A; 3LP0 A; 4CHO A; 1ASV A; 3V9W A; 3JSM A; 1ASU A; 4ZTJ A; 4AM6 A; 3MX2 A; 4A5A A; 2YNI A; 1FJG K; 5SZT A; 2VWB A; 3MEG A; 2ASO A; 2RN2 A; 1KD1 O; 4I7F A; 2PFU A; 4U67 L; 3ULE B; 4E7J A; 1O1W A; 2LSN A; 1S1V A; 2FBT A; 1RDC A; 3AVG A; 5AQM A; 4CZH A; 2FSK A; 3RTV A; 2P9N A; 3AA5 X; 3NH0 A; 3T69 A; 5FPN A; 4JKG A; 3AO1 A; 5BPN A; 4FLX A; 1Q9X A; 1TAQ A; 1NK8 A; 3P31 A; 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3IDH A; 4IEI A; 3L3V A; 3K2P A; 2BGG A; 3AVA A; 1WLJ A; 2JLE A; 3FZH A; 4GVM A; 1N36 K; 3AVJ A; 3CD6 N; 1MWM A; 1C1B A; 3VQ5 A; 4CJQ A; 4W5O A; 2DTU A; 5DK5 A; 3R8E A; 4YDU C; 3L4I A; 2J4R A; 3VOV A; 3U3G A; 4OKJ A; 4WQ4 A; 3DXK B; 4C23 A; 4DTU A; 3KLE A; 4CEB A; 3L6Q A; 3QLH A; 2HF4 A; 2P9L A; 2WON A; 4IO9 L; 5JS2 A; 2WFB A; 1L3U A; 4ELU A; 2VG6 A; 3NBP A; 2UXB K; 3ID6 A; 1JLC A; 2G8V A; 4LF8 K; 4KI6 A; 3O4Q A; 3ZCM A; 4N47 A; 5J2M A; 3E01 A; 2OYQ A; 5AFU H; 4KHQ A; 1IKX A; 2VYP A; 2QW9 A; 4RTF D; 1WBD A; 4UY8 O; 4JK8 A; 2E2P A; 4DV4 K; 3VQ9 A; 3HBT A; 3QEP A; 3VN5 A; 1GLE G; 2KQ2 A; 1HUX A; 1NGD A; 3SK3 A; 4KFB A; 2HOE A; 5IT9 O; 3G71 N; 1VSJ A; 4Z4G A; 3L2W A; 1IBK K; 4GV6 A; 4NCG A; 4B1W B; 3V9Z A; 3MAQ A; 5BRH A; 5FRN A; 4RW4 A; 4M42 A; 2YNG A; 2YCH A; 4O0J A; 1HNI A; 3CJ9 A; 4A2A A; 1KAZ A; 2A5X A; 4IOC L; 4BRF A; 1RBV A; 2NRH A; 4IOA L; 4JRP A; 1KLM A; 2VG7 A; 4OVL A; 1VSI A; 4EZ9 A; 3LPT A; 4CZJ A; 4BC3 A; 3LAM A; 1VSH A; 3LZI A; 2ETJ A; 4ELT A; 4KKO A; 5KGX A; 1RT5 A; 4H0P A; 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