1Y97A

The human trex2 3' exonuclease structure suggests a mechanism for efficient non-processive dna catalysis
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
230
structure length
214
Chain Sequence
AGMSEAPRAETFVFLDLEATGLPSVEPEIAELSLFAVHRSSLENPEHGALVLPRVLDKLTLCMCPERPFTAKASEITGLSSEGLARCRKAGFDGAVVRTLQAFLSRQAGPICLVAHNGFDYDFPLLCAELRRLGARLPRDTVCLDTLPALRGLDRAHGYSLGSLFHRYFRAEPSSAEGDVHTLLLIFLHRAAELLAWADEQARGWAHIEPMYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title The Human TREX2 3' -> 5'-Exonuclease Structure Suggests a Mechanism for Efficient Nonprocessive DNA Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 2
total genus 66
structure length 214
sequence length 230
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2004-12-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1y97A01
4O0JA 2ZD1A 3S9HA 4CGDA 1BGXT 1TK8A 3K58A 4DSKA 2WONA 3NF8A 4DQSA 3ASMA 2YHAA 3DLRA 4CFBA 1T03A 4F4KA 1UA1A 1TKZA 4DTXA 4FLZA 4M3TA 1JLEA 1LAWA 3AVJA 4CGIA 5JS1A 3EYZA 4AHTA 4DFMA 4FJGA 4IBNA 5KRSA 4DLEA 4EZ9A 4KKOA 4Q5VA 1HQUA 3S3MA 3OS0A 1W0HA 3QERA 4IFVA 3OYKA 1XC9A 4KTQA 1D9DA 3AA2A 5HRNA 2HNDA 3MAQA 3L3UA 1WNSA 3OJUA 4DWIA 1C0UA 3O4QA 3AVCA 2B6AA 3V1QA 3DRRA 4HCBA 3HVRA 3BGRA 3S3NA 4DTOA 2D5RA 3HK2A 1KFDA 2OZSA 2E6MA 3AVBA 1SKWA 3ZT1A 3AVAA 3DMJA 3V9ZA 3KLFA 4KI4A 2WOMA 2HHQA 2KTQA 4FVMA 3SI6A 2P5OA 2HHVA 4KREA 1LW2A 3FFIA 3VQ9A 4F3TA 4JS5A 2PYLA 4JLHA 4F8RA 3THVA 3DLBA 4CEZA 1B92A 4MQ3A 3SUQA 1CLQA 1BL3A 2XY8A 4OLBA 1HNVA 4Z0UA 4DQPA 1ZBUA 4BDZA 4Q0BA 1SL2A 1JLCA 2E4LA 3OYNA 4CF1A 4OGCA 3OYCA 3DI6A 1K6YA 1HRHA 1BQNA 4QCLA 3KK3A 1VSHA 1EP4A 3NAEA 3V9XA 3AVNA 5C42A 1SKSA 3HO1A 3SCXA 4DTJA 1RT1A 1HNIA 1O1WA 4KI6A 3AO5A 2OPSA 1NK8A 4LY7A 5HLFA 3AA5X 1YVUA 3TAGA 4KO0A 2D0AA 3MEEA 3C95A 3RWUA 4DFPA 3P83D 4C8KA 3ZT2A 4CK1A 3B6PA 3SQ2A 3SPZA 3P5JA 4CFCA 4HUFA 3KK2A 3T19A 3AO3A 2I5JA 4W5NA 2KW4A 2BGGA 2LSNA 1FKOA 1LWCA 3K5OA 3ZSZA 5KTQA 3KLHA 3TAQA 2F8SA 3RTVA 4E7HA 1NOZA 4RW7A 4J2BA 4Y1CA 4YFUA 3QEPA 1GOAA 3RMAA 4Y1DA 2AJQA 1BHLA 2F96A 3E01A 4Z4EA 1VSLA 1VSKA 1LWEA 2HNYA 3NDKA 3PO5A 4LSNA 2W42A 1HMVA 1TVRA 3U6FA 1U48A 1X9WA 3NCIA 4FJMA 4OJRA 4I9QA 3WNEA 4BE0A 1KFSA 4RW4A 1C6VA 3VQAA 1Q9XA 4KTWA 4W5RA 1TK0A 3NH2A 4R5PA 3PO4A 1WSEA 3PUFA 1RILA 1S1TA 2E6LA 1L3UA 1TKTA 2HW3A 3AO1A 1X9SA 4B9UA 3SYZA 2DY4A 1RTHA 1C0TA 3VQPA 4JS4A 4CEAA 4CJLA 1XHZA 3QETA 3QEXA 1BIUA 4GVMA 1YT3A 4B9LA 4M3UA 5T7BA 3C6UA 4C8MA 2IGIA 1WN7A 3LP3A 4DTRA 4CGHA 1JXBA 3NF6A 2BDPA 4B9SA 2G8FA 3ZSWA 2DFFA 3HXMA 1IG9A 1KSPA 4FJLA 1I39A 3DYAA 3L2WA 3CM5A 4BE2A 4M3XA 2FBTA 1LW0A 4DG1A 1JXEA 3MEDA 1C1CA 2KFZA 4CHYA 4E19A 2BE2A 4CJWA 2O4GA 2RF2A 4FM2A 3LP2A 1BIZA 3T3FA 3SNNA 2QKKA 2O4IA 1Z26A 4CJPA 1EETA 4RW8A 4AILC 1T7PA 4CJRA 3O3HA 1KVAA 1RTDA 4CHPA 5HRSA 3OYHA 4QAGA 3SQ4A 1IKXA 1GOBA 4CECA 2IC3A 1LAVA 1A5VA 1JL1A 4KHSA 2X6NA 3KKRA 4EZ6A 3DRSA 1U45A 3PX4A 1T05A 3L2VA 5D3GA 2ZQBA 3SUPA 1VSEA 4CF8A 1BCOA 4RW6A 3OJSA 1ZBLA 4FLTA 1S1WA 4N47A 2YNGA 4BDPA 3TI0A 4FJXA 1C0MA 4Z4IA 1NOYA 4PA1A 3CYMA 4B8CA 3SQ1A 3QLHA 4KB1A 1WSHA 3ZSVA 4CGGA 2P1JA 5CYQA 1SUQA 4DTSA 4I2PA 4N76A 1IO2A 1B9FA 1WSIA 3ZT0A 4PY5A 2KZZA 4M3YA 3AA3A 2IOCA 4GW6A 2HHUA 2HHSA 1CZ9A 3LP0A 1QHTA 1REVA 1X9MA 4CJSA 4WE1A 1DLOA 2PYJA 2Z1JA 1L3VA 4DSFA 4DU3A 1Q9YA 4IG3A 1D8YA 1ASWA 2YHBA 2FBXA 2YKNA 2GV9A 4ID1A 4LSLA 3KTQA 2YNIA 4MFBA 3U3YA 1VSJA 3O3GA 3VQ4A 1R0AA 4DSJA 5E41A 4FJIA 3LWMA 4KHNA 4AHVA 2X6SA 3SUNA 1UOCA 4DLGA 3HM9A 4W5QA 4M3ZA 3NFAA 1JKHA 3AVFA 4DU1A 2YKMA 3TR8A 2F8TA 4DMNA 2Z1IA 3HSTB 3DLKA 1T8EA 3ZSRA 4OVLA 3ZSQA 3L2RA 2JLEA 4PUOA 3QEVA 4FZZA 4ELTA 1HQEA 2ZE2A 3DM2A 4I2QA 1LV5A 1S5JA 1NJYA 1LWFA 3P1GA 3HYFA 3M8PA 4ZTJA 1QE1A 1JLFA 2XY7A 1TKDA 1HYZA 1HYSA 1VSFA 1NK5A 4FXDA 1XI1A 4FJJA 5FRNA 4H4MA 1HJRA 4F2SA 1J54A 1JLQA 2GBZA 4CFDA 2YNFA 1FKPA 1RDCA 2R7YA 1IKYA 4E7JA 3V4IA 5JS2A 4LD0A 1GOCA 5EU7A 3L8BA 3KKSA 3VA0A 3V81A 1ASUA 3OVNA 1TK5A 4B9NA 4N5SA 4KAZA 4Z4GA 1C1AA 1XWLA 1RDAA 1SV5A 3ALYA 3CM6A 1CXQA 3VQQA 1VSIA 3MXJA 4CJFA 4IKFA 3CG7A 5KI6A 4HCCA 1TL3A 2KQ2A 3OS1A 4FJ7A 4CIFA 4M45A 2HB5A 2ITGA 1B9DA 4DS5A 4FK4A 3AA4A 1N6QA 2Q3SA 4DS4A 4CEOA 3OS2A 3SQ0A 1WSJA 4OPKA 2KZMA 1NK4A 5HROA 2RKIA 1NKBA 1SKRA 1EX4A 1U4BA 4BWJA 1KVBA 4HUGA 4E7IA 1S9EA 3OYBA 2OPPA 3VN5A 3K5MA 4F2RA 4FK0A 3VQCA 1FXXA 2P51A 1RT6A 1JLAA 2OPRA 3DOKA 4EP5A 3LALA 3VQ8A 3MEGA 1VK0A 2QXFA 3K5NA 3PX6A 4CE9A 3OYLA 4CJKA 1Y97A 1ZBHA 3HP6A 2ETJA 3DRPA 4I7FA 1U04A 4FLXA 3L2UA 3IS9A 4M3WA 5HRPA 4OKEA 4CF2A 1NKCA 3VA3A 4FW2A 3ZCMA 5SZTA 2B5JA 4H8KA 4ZHRA 3C94A 3TABA 3RMBA 3MXMA 3LZJA 3RMCA 3QIOA 1NK0A 4NYNA 4E0DA 1A5WA 4CHQA 4CJ5A 1RBRA 2P5GA 1KLNA 1KTQA 5SWMA 3LANA 1TKXA 4G1QA 3RR7A 4UQGA 4CEFA 5FDLA 2VG7A 1S9GA 4K8ZA 3JYTA 2BANA 3AO2A 4FJ9A 4CF0A 3VQEA 4CHZA 2A1SA 5J2QA 2IS3A 4CJTA 4CCHA 3ZSXA 3UIQA 2VWJA 1S6QA 4DTMA 2GUIA 3OYFA 2X74A 3KJVA 4HUEA 3I0RA 1KLMA 2FC0A 4CIEA 2FBYA 3OYAA 3PY8A 1TAUA 5I3UA 1NJWA 4FK2A 3NHGA 4Z4FA 4HVJA 4CJUA 4FLWA 2YNHA 1S1XA 3CFOA 5FRMA 4CGFA 1RNHA 4AHSA 2FBVA 3DOLA 2PZSA 1QQCA 3V9SA 1KRPA 4QOZB 1RBSA 3NF7A 4B9VA 4CJVA 3NGYA 4B3OA 1TAQA 1L3SA 3M8QA 1RT5A 1D5AA 3KLIA 3U3GA 2OYQA 4FJHA 3B6OA 3ZSYA 3OYEA 1MU2A 1SL0A 3TAFA 4DTNA 1VRTA 1L5UA 4DTPA 4OKKA 5DMRA 4W5OA 3OYJA 3TAEA 2HMIA 1NJXA 3RRGA 4H4OA 4FZXC 3ZSOA 2XY6A 4CEEA 4FJNA 1TGOA 1EXQA 4O5BA 1KCFA 2HNZA 4F3OA 4CJQA 1QS4A 4FJ8A 2X78A 4FCYA 3HT3A 2B4JA 1RBTA 1J9AA 5CY4A 4CF9A 1RBUA 3PV8A 4J2EA 2HVHA 3NH0A 3D45A 4CK3A 3F9KA 4DSEA 4CERA 3EY1A 1CZBA 1D9FA 2DTUA 1RT2A 1Z25A 4AHUA 3VQDA 3LPTA 2Y1IA 3SUOA 4AHCA 4FJ5A 4CHOA 4E1MA 3VQ6A 1TL1A 1X1PA 4O55A 3NF9A 3IG1A 1QSYA 3LPUA 4K8XA 4FYDA 1VSDA 4CEBA 4CFAA 3QEIA 3F73A 3AVMA 4KHYA 2VG6A 1BI4A 3LP1A 4C8NA 3KK1A 3AVGA 1BQMA 1IH7A 3H08A 4CJ4A 3LWLA 3OYIA 3AVHA 2G8VA 5DK5A 3K5LA 4J2AA 3NBPA 3IAYA 3IRXA 4NYFA 3HPHA 2QK9A 2VWKA 4FW1A 5J2PA 4B08A 1YTAA 2IAJA 3RR8A 3QIPA 4YNQA 4FLYA 3OYMA 4DFKA 2KFNA 1VSMA 5J1EA 4HHTA 3V9WA 3K2PA 4N56A 1NK6A 1J53A 4XIUA 4FM1A 4NCBA 4PQUA 1WLJA 3ITHA 5FROA 3NGIA 4O0IA 5KRTA 4FJKA 4N41A 4CESA 4DQQA 5K14A 3WNFA 3LAKA 2G8HA 3TWHA 4IG0A 4FLUA 4Z4HA 3SJJA 2JGUA 1DTTA 4RW9A 1W9HA 4ELVA 4DTUA 3HVTA 3NE6A 4IDKA 4TSXA 3QNNA 1YTUA 1JLBA 1S6PA 4GMJB 3K59A 5HP1A 3V1OA 3I8DA 1BI4B 3DLEA 1JLGA 3L2QA 4O44A 4KPYA 3EZ5A 3ISNC 4OLAA 4CEQA 3S3OA 4KHWA 2DFEA 3TAPA 4J2DA 4LH4A 3RMDA 2D0BA 4DF4A 3DLHA 4M42A 3K57A 3MECA 3OYDA 2EX3A 3QINA 3QNOA 4OPJA 1RTIA 1WAFA 3V6DA 4OKJA 1NK9A 3WNGA 1BCMA 4BWMA 4W5TA 1RTJA 2XO7A 1IKVA 3KLEA 3MXIA 1J5OA 3HPGA 1QSLA 2XHBA 1S1VA 5J2MA 4M3RA 4JRPA 4E7LA 4KRFA 4KTZA 3QESA 3KD5E 4O4GA 4L8RB 4BDYA 4I9LA 2Z1GA 2OZMA 5C25A 5CZ2A 4NCAA 2HHTA 5J2NA 2G8WA 2VG5A 3VQ5A 5C24A 3OYGA 1QTMA 2G8UA 3HJFA 1RT7A 2ATQA 1JL2A 3HL8A 4ICLA 2OPQA 4LH5A 1CXUA 1NK7A 3L3VA 3T1AA 4KHQA 4FZYA 2Y1JA 1VRUA 4KFBA 3CQ8A 3SV4A 3AO4A 3G10A 3ZT3A 4DQRA 3BDPA 1S1UA 5HRRA 3VQ7A 4KHUA 1DTQA 4BACA 2D0CA 2A1RA 3KD1E 5CYMA 4AHRA 4CEDA 4CGJA 4CIGA 4RG8A 3JSMA 1A5XA 1ITGA 4CJ3A 3SPYA 2YV0X 1IKWA 3AVIA 4ID5A 3NGZA 3C6TA 1RT3A 4DSLA 3CFRA 3ZT4A 2EHGA 3TANA 4C8LA 1QSSA 3HP9A 2HVIA 1KVCA 4NCGA 1UAXA 1FK9A 4B9TA 1SL1A 1C1BA 1RT4A 3SZ2A 1G15A 2OA8A 1Q8IA 4CK2A 3M8RA 2HHWA 1UWBA 4E89A 4E1NA 1TV6A 3KLGA 1F21A 4E7KA 4M41A 4DF8A 2NUBA 4CHNA 1WSFA 2IDOA 3D0PA 5KGWA 4OGEA 3LDSA 5I42A 1ZYQA 2RN2A 4FLVA 3TARA 3QO9A 4EP4A 1WSGA 1EKEA 4BE1A 3SV3A 1I3AA 3V1RA 4DU4A 4DQIA 2QKBA 1ZBFA 5HBMA 3VQBA 1N5YA 4FM0A 4PWDA 4KB0A 1L3TA 2HHXA 3TAMA 3V9UA 3LZIA 5CZ1A 1NKEA 1RBVA 1XHXA 2DFHA 3OY9A 3RRHA 2G8IA 4AH9A 3HPOA 4HTUA 4E3SA 3PX0A 1NJZA 4DFJA 1U49A 1U47A 5KGXA 2PY5A 4B9MA 4Z4CA 3CFPA 4C8OA 1RDDA 2XRIA 4KV8A 4CJEA 2Z1HA 4JRQA 1UA0A 1ZBIA 1BISA 3DLGA 3O3FA 3ULDA 1HPZA 2RPIA 3AVLA 4IFYA 3LAMA 3G0ZA 3I0SA 3WNHA 4ELUA 3M8SA 3AVKA 2G8KA 1WAJA 1ASVA 3A2FA 1RCHA 3AV9A 4B8AB 1HYVA 3NH1A 2XY5A 4ZTFA 4DSIA 1RDBA 3KIOA 3O4NA 3QEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BQZA 2WONA 1U2VA 2YHAA 3DLRA 1T03A 1UA1A 4H5TA 1BOTO 3AVJA 5FLXO 4GV9A 3H3OB 4EZ9A 2HSTA 1P8ZA 3S3MA 3OS0A 4PL7A 3CC7N 3QERA 4IFVA 1XC9A 1D9DA 3AA2A 1MWKA 2HNDA 3MAQA 4DWIA 3MX2A 1W7AA 2P9PB 3VOVA 3FZLA 3DRRA 4HCBA 3VF4A 3HK2A 4KBOA 2E6MA 5AQGA 4A59A 3V9ZA 2YCHA 2KTQA 1NGGA 2UYTA 2O8BB 2OTLN 4BRCA 3A5LC 3CJCA 4F3TA 4JLHA 4F8RA 4O8KA 4CEZA 4CD1A 3J81O 4OLBA 3MMVA 2CH6A 3LDNA 1ZBUA 4BDZA 2W41A 3I56N 1SL2A 2E4LA 1P90A 1SZ2A 4WQ4C 3CCEN 3DI6A 4FOIA 5C42A 1BA1A 4DTJA 3AO5A 1NK8A 1E3MA 5HLFA 3VMFB 5LMUK 1IG8A 3L4IA 4GY2B 4CK1A 3KK2A 3AO3A 2LSNA 2GWJA 4RW7A 3PIOL 1GOAA 3VPZA 2UXBK 5DM6L 4Z4EA 1VSKA 1V4SA 1VSLA 2HNYA 3M3ZA 4EAHD 4LSNA 1TUUA 1VQ9N 1HMVA 1TVRA 3PO5A 4I9QA 1OH5A 1KFSA 1WOQA 4EIAA 1Q9XA 3PO4A 3PUFA 2ZGZA 1X9SA 4B9UA 4JHDB 1C0TA 3VQPA 2PAVA 3QETA 1YT3A 3Q7BA 3KWIA 3C6UA 3LP3A 3L0QA 5AFUH 1J6ZA 2BDPA 3ZSWA 2DFFA 4H03B 5I9EB 1I39A 3CM5A 4BE2A 4M3XA 1LW0A 3U4LA 1JXEA 4O5FA 4LF4K 4CHYA 3WUHA 4FM2A 4B3RK 3OBYA 4IEIA 4AILC 1T7PA 2O8FB 4CHPA 5F2RA 1EQYA 1LAVA 3D2FA 5KQ8A 4EZ6A 1U45A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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