3MWPA

Nucleoprotein structure of lassa fever virus
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
555
structure length
512
Chain Sequence
IKSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKERRDDNDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSILRVGTLTSDDLLILAADLEKLKSKVIRTERPLSAGVYMGNLSSQQLDQRRALLNMIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDAVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQTMDGILKSILKVKKALGMFISDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSITGRAWENTVVDLGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLSVLRAVLPRDMVFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Nucleoprotein
publication title Cap binding and immune evasion revealed by Lassa nucleoprotein structure.
pubmed doi rcsb
source organism Lassa virus josiah
molecule tags Nuclear protein
total genus 187
structure length 512
sequence length 555
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mwpA02
4GV3A 3Q7BA 3MX2A 3R3LA 4GVEA 3MWTA 4GV6A 4FVUA 4GV9A 3MX5A 3Q7CA 4G9ZA 3MWPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMCA 4IDHA 1KVCA 4CBUA 3CQ8A 1CXQA 1X9SA 4DB3A 2G8IA 4A2BA 3F5TA 1JLEA 4CD3A 4NB4A 4KREA 5AQFA 2QTDA 4KH5A 3WEEB 3WNFA 2OA8A 4CEQA 1QSYA 3K5NA 3PO5A 1VQ5N 3HM9A 4JNEA 4BRKA 2E8AA 3D2EA 4JN4A 4CE9A 3O3HA 4KPYA 4YHHK 5FPDA 2IIRA 2IVOA 4CHYA 3KJVA 4J2DA 4NXNK 2P9SA 4F9OA 4N56A 1U49A 1OKJA 1O1WA 3WQUA 3VETA 4FLTA 1P8ZA 5JICA 1KC8O 1L3SA 4CGJA 2NRWA 3ZSOA 1BI4B 4H0OA 2AA4A 4DQRA 3MN9A 3SLCA 1RTIA 4H5VA 3O9SA 4Z0UA 3DRSA 3QFUA 5AQSA 4DFJA 4HUGA 4KTWA 1TL3A 1KRPA 4F3OA 3O80A 2FF3B 1HQEA 4CJ7A 1CZ9A 2P9PB 3I0RA 1TKDA 4KHSA 2IAJA 2VCPA 3GBTA 1RT5A 2HNYA 4A57A 4UQGA 4DR4K 3DLHA 2E2QA 1XMQK 1NK6A 5ADXH 2HF4A 4M63C 1S1VA 4W5TA 1SL1A 2OTLN 1KD1O 5KRTA 3CFPA 5DMRA 3ATUA 2JLEA 1VQ7N 3OYHA 4DTNA 3RMDA 1NJWA 3HRGA 3K57A 2E5LK 3VERA 1ATRA 1RDDA 3MECA 4IZ9A 3O6WA 2XY6A 1HR0K 4MO4A 1WAFA 2RF2A 2D0OA 2VG7A 4WCEL 1QZ6A 1N33K 2QI2A 5HP1A 1JLQA 1Q9YA 4LF8K 1HJOA 1IKXA 1L5UA 1NNEA 1EWQA 4LH5A 1UA1A 1S22A 4DG1A 4E19A 4XIUA 1BISA 3AARA 4C8OA 1QE1A 1ASVA 3M8PA 5C24A 4CHPA 1K6YA 2NRVA 2G8HA 3ZSYA 4EP4A 4F4KA 4E1NA 3CCVN 4RW8A 3FLCO 3HM8A 4H5RA 2R7YA 2HVIA 4HCBA 1HPZA 2E6MA 3LANA 1FKOA 1N34K 2PZSA 3TR8A 3C7NA 4HUEA 3F9MA 4FJHA 3SBTA 3N4QA 4QS8A 3KIOA 5GAHP 3GE1A 1LW0A 4F2RA 3ZX2A 3LP3A 3QLHA 3PY8A 2ZE2A 2DFHA 5F1XA 3V9XA 3BEXA 2DFFA 3HOSA 2YHXA 4PKGA 1JL2A 3A2FA 3DRRA 3EY1A 5HROA 4CEFA 1VQON 3CCEN 5M1KA 4N41A 4RW4A 5BR9A 2A1SA 1IKVA 1YVUA 3UE5A 4H4MA 4OPKA 4KHPK 4CVNE 5GIPA 3F2KA 3IFRA 4DSEA 1RT2A 3C6TA 4JD2B 5K14A 3CC7N 1BCOA 1IH7A 4NLBA 1M90O 1LAVA 5BR8K 3MXMA 4F8RA 2DY4A 1JL1A 4I2PA 2KHOA 2QXFA 3VQPA 3OA9A 3T3FA 4DV3K 3G71N 4BGAA 2VG5A 2DFEA 1TKTA 4E7KA 3AGRA 4DFMA 3ZSQA 3FR0A 3MEEA 2YHBA 1T03A 4LFCK 3D7EO 1JJ2M 1UWBA 3G10A 4GVEA 1CZAN 2YNHA 2HMIA 4A61A 3CXCM 3NMUA 2E1ZA 4FWSA 1LAWA 1EO1A 1FXXA 5HRPA 4A2AA 2HVHA 3CQXA 1N32K 1BIZA 3CG7A 1MWMA 4GW6A 1SL0A 4EZ9A 3A8YA 4OJRA 3ULEB 3J80O 1TL1A 4KBOA 2HSTA 3VQ8A 3HP6A 4BRDA 2PFUA 3AVFA 4GMJB 1VRUA 3E01A 4IFVA 3MK6A 4AHTA 2D0PA 4O8KA 1RGIA 2YCHA 1HRHA 3D2FA 3SAGA 1XI1A 2P5GA 3LALA 2YNGA 4BWJA 1BDGA 4FWOA 5FPEA 3C6UA 3SQ1A 3VQBA 3VENA 3DXMB 1B92A 3DLBA 4FL9A 4IWVA 2FC0A 1KFDA 3ENHA 3O1WA 1YIJN 1VSEA 1NWKA 5I42A 3G0ZA 1QQNA 1W0HA 4H5TA 2EHGA 2UUCK 4DWIA 3VQAA 5AQTA 1SZ2A 1T6CA 4LY7A 5AQGA 4B3MK 3OYCA 4E7IA 4XH1A 2P9LB 3CJ1A 3ID8A 1Q7YO 4CJ4A 4FXDA 1NMNA 3TAQA 2O8CA 3AVNA 4ILJA 1QVFM 1NJXA 2B6AA 4H0PA 1KXPA 2YI1A 4X65K 1HNIA 4CHQA 2P5OA 5C15A 3H1QA 3L2QA 3K58A 3LZJA 2KKZA 2D0CA 4CK2A 1JCGA 3CHWA 3LZIA 4CJKA 2KFZA 4CZLA 1RILA 4B1XB 3EE8A 3TAPA 3V1OA 3TARA 3AVLA 4DS4A 4RCHA 4ELTA 3SPZA 4CJWA 4PHTX 5AQRA 2F4VK 4BR7A 1SS6A 1Q18A 3KZBA 4CF0A 1TAUA 3WXMB 1NK9A 3NH2A 1NMDA 1GLDG 4ISEA 1VSJA 5HRRA 4CZHA 3I56N 4FZZA 1U2VB 4MLEA 5KPTA 2YHAA 3GDQA 1U48A 3IG1A 1QHTA 3PIOL 1W7AA 5JVHL 2YV0X 5LMUK 5EOYA 3CM5A 2P9NA 4N47A 3LDSA 4KO0A 4U67L 3K5MA 2PYLA 2O8EA 2I5JA 1YITN 2KFNA 2ITMA 4DV1K 1YJNN 1V4TA 1GLEG 5FPMA 1X9MA 3RSEB 1NLVA 3BUZB 3O9UA 4TSXA 3O3GA 3OYLA 5LMNK 1QTMA 4AQYK 3DOLA 2Q0RA 2JWKA 4BRHA 3ZSZA 3NF6A 4KFBA 3T1HK 1Q86O 5F0XA 1KLMA 4LFBK 1MWKA 4I6MA 4JV5K 3EZWA 2ASOA 3AA2A 3OVNA 2OPPA 1YI2N 5CZ1A 4BR4A 3VQCA 4AHCA 5J1EA 1REVA 3V9ZA 5EVZA 4M7XA 3A5MC 2Q1NA 1A5WA 1WUAA 3ATVA 2RHKA 3TSQA 1G99A 2A6AA 4BE2A 3OTOK 1NGJA 2O8BA 4FJ8A 1K8KA 3V9UA 3O9TA 3VQDA 3GOIA 1TGOA 2NRZA 3KK3A 1JLAA 2D4WA 1D9DA 1NG9A 4I9QA 4GKJK 4E0DA 3ITHA 2ZJQL 4JI3K 3ASMA 3K2PA 4BVOA 2PYJA 1ATSA 4G1QA 1C0MA 3MX2A 1B9DA 2ZGZA 3H1VX 4CGHA 1TK5A 2JGUA 3TTDA 4CI6A 2XY7A 2P51A 4JI7K 3THWA 4Z4IA 3EO3A 3M8QA 3NVKA 5FLXO 3NH0A 3ZT1A 1TUYA 3DLRA 2HHHK 2VGNA 5BPLA 4LD0A 3DMJA 4DCHA 2OPRA 1HNXK 2NUBA 1R59O 3HBTA 3B6OA 5FPNA 4JI4K 1EXQA 1W97L 4Z4CA 5AFUH 3K5OA 4FK4A 3AVHA 4IOAL 2UUBK 4Z4FA 3QINA 1OH5A 5IT9O 3OHRA 3SAFA 4FW2A 2IVPA 4FM2A 3SZ2A 1IG9A 3K0SA 4JK9A 4JAXA 4YOWA 2HNZA 3LDPA 3QEWA 3IKMA 4RW7A 3FGUA 3D45A 1XNQK 2WOMA 3R6MA 4DTOA 4YOYA 1ITGA 4M3WA 2O8DA 4CK1A 5BPMA 3B6PA 4FM1A 1C1AA 4IO8A 5C0YA 4C8NA 3MDQA 1S6PA 4CZMA 3QBWA 3SMSA 4F3TA 2IS3A 4YOVA 4CJRA 3O5BA 4B1WB 4ELUA 5FROA 3H45C 3WNEA 1NJZA 4AILC 5CZ2A 4BROA 4BDPA 3UKRB 1GLAG 2I7PA 4O5BA 4FVUA 4FWQA 5CHIA 4WQ4A 5KRSA 4BR9A 1Y64A 4CF1A 2YKNA 3HZ6A 4CIGA 3AAPA 4CHZA 2F8SA 3PLAA 3U6FA 3NAEA 3U3YA 1S1TA 2W6KA 4KKOA 3IAYA 4PL7A 3HP9A 3ZSWA 1HNVA 3JSMA 4PA1A 2Z1HA 2OYQA 4BRPA 1J5EK 3ZLJA 4KH6A 3CCSN 3L0QA 4C8LA 4B08A 1SUQA 1JCFA 4WQ4C 4DSFA 4LC9B 4BQLA 5DM6L 2ETJA 3SYZA 2HBKA 5AQXA 2P9IB 1J9AA 5FRNA 4FWLA 5B8HA 2KZZA 1Q9XA 1IG8A 2HHTA 3VEZA 5EU7A 4CGIA 4YORA 4A5AA 3OS0A 3VEOA 3S3OA 3KWGA 1SV5A 2PBDA 4Y1DA 4NLCA 5C10A 3SI6A 4M3XA 4BRFA 2BDPA 4BRMA 2OCEA 4FWMA 5LJVA 1YVNA 3DLEA 5TKWA 4DTSA 4HHTA 4FM0A 3P31A 3OY9A 4DMNA 1EKEA 3SJJA 1BG3A 4BE0A 1MU2A 5HRSA 2J4RA 4B1VA 3CCMN 4DR3K 4FLWA 2IGIA 4E7JA 4HUFA 4DQIA 4PL8A 4DLEA 4BRQA 4IKFA 1QS4A 3AO4A 3O4QA 2GUPA 3BZKA 4KHUA 3M6GA 4BC4A 3RR7A 4CBWA 3AO2A 4K43A 5C12A 4HVJA 1U4BA 3VTIA 2RE2A 1GLFO 4M3ZA 3BGRA 3MCAB 3DM2A 4KV8A 2V51B 3MAQA 2UXBK 1FKPA 5AZJA 3L2VA 4JI1K 3DXKA 3NF7A 3FE1A 3NFAA 1CZBA 4DFKA 3VGKA 1HYSA 3O9RA 5M1QA 1LOTB 3P83D 3JYTA 4BQZA 2DPNA 4WFNL 1NGIA 2O4GA 3CCRN 3A0IX 2Y1JA 2KQ2A 5SWMA 3DLLL 4C8MA 4NCGA 1S6QA 3NHGA 3QICA 3DLKA 1VSMA 4B9SA 4IOCL 3THYB 5D3GA 4YY3K 1S72N 3LP0A 1ZYQA 3WT0A 3THXA 1YTAA 4H5NA 3ZSRA 3ZT4A 4DU3A 3IMXA 2WBNA 4DTJA 1C0TA 3MXJA 2HHXA 1QQOA 2NZTA 4YDUA 5E84A 4FJ5A 4JKBA 3PX4A 1NU0A 2GUIA 1T3VA 4M3UA 3F73A 1Q8IA 3OYAA 4CEBA 1U45A 2GX9A 4IBNA 4G9ZA 3O08A 5EXWA 4CJ3A 3I33A 3VQ5A 1B9FA 4IJAA 3J81O 3HOTA 5DK5A 4DU4A 2NRHA 1DTQA 1EP4A 3U9ZA 1K73O 4FLYA 1L3UA 3QIPA 2P9UB 2ZQBA 4YDUC 4DSJA 1I3AA 1R0AA 3LPTA 2PY5A 5AQHA 3V1QA 3SMPA 3VQ4A 3T19A 2FSKA 1O13A 1D8YA 2VYPA 4B9NA 4NXMK 1LWCA 3EKUA 4OKJA 1NK7A 4FWPA 1SKWA 1JLCA 5ADXA 4L8RB 1X9WA 2QWOA 2CGJA 3TU5A 4FZYA 4DR6K 1BUPA 4BWMA 3F9KA 2G8VA 4K8XA 2ZJRL 4ISFA 3HXMA 3OYKA 3MN7A 3WXKA 4DF4A 2ZGYA 1VSFA 2Z1IA 4CF2A 2QWPA 1TVRA 3CIPA 5T7BA 4JK8A 3OYEA 3TABA 1QSLA 3AGKA 5J2MA 1Q81O 1VQNN 2O4IA 3ZETA 3GL1A 3BY5A 2BH1A 4HCCA 4KI4A 3VESA 4DTUA 5JLFA 2NRRA 2E2PA 2YNFA 2GV9A 3TAFA 2HBJA 1HQUA 1NGFA 2HNDA 5EY4A 4C8KA 3RMBA 3SUOA 1E3MA 1IKYA 3MWPA 1S1UA 2A40A 3AVJA 3AVAA 4Y0WA 1HKBA 1TYQA 1C1BA 4OLAA 4BDYA 3CETA 5LJWA 1RNHA 4L3QA 1NGCA 1E4FT 4OKKA 1J54A 4E1MA 2E4LA 4YOXA 4FLZA 1K9MO 3CJ9A 1QSSA 3WEEA 4CJSA 2CGLA 4CIFA 4BRCA 4X66K 3OS1A 2HW3A 1NK8A 3FFKB 1VQPN 4U7BA 2X74A 4A62A 4DUZK 3ZEUB 5TKYA 3SV4A 3QBXA 3AVGA 1VQ4N 4FVMA 3QEXA 4W5RA 5J2PA 4JI8K 4CGGA 2HHUA 3LAMA 1WSGA 4ICLA 4O0JA 4CJQA 4DSIA 3DAWA 3HYFA 3JS6A 1T05A 1RT1A 1ZBFA 5GINA 3KHYA 4AM6A 3M3ZA 3KLFA 4I7FA 3TI0A 4UY8O 4CJEA 3SUNA 3NH1A 3IDHA 1VK0A 1BI4A 2GELA 2W40A 4FPBA 3UKUB 4B3TK 4DR7K 2KTQA 4O0IA 3THWB 3HT3A 1HMVA 2O8FB 3VQ6A 3QNOA 4NYFA 5I9EB 2QKKA 1W9HA 4O4GA 1J5OA 3RR8A 3G4SN 2HBMA 2P9PA 3CJBA 3R3LA 4B9TA 5AQOA 5C42A 5AQZA 1FW6A 3KWIA 2F9TA 2Z1GA 4KB1A 2B4JA 4IG3A 3NGYA 4ISGA 3CJAA 3N4PA 4C1NK 4M45A 4FWKA 1UOCA 1DKGD 2VWBA 3IS9A 4DSKA 4MDAA 5AR0A 4MLHA 4CHNA 4V19S 1RCHA 3PV8A 1KAYA 2D0BA 2W41A 4ILGB 1NGEA 3CJ7A 3EZ5A 3J8AA 3R1XA 4Z4EA 4B1UB 4LF9K 4WQ5A 4CFAA 1SQKA 1XC9A 5M1FA 3S3MA 2QWRA 4DR1K 3LAKA 4CEEA 5GADP 2I7NA 5AQMA 4AHVA 1RDWX 2BANA 2F9WA 3AA5X 5AZIB 1QHAA 4K25A 4EHUA 4JYAK 3LP2A 4IEIA 4Q0BA 3C94A 4B9LA 2FBYA 2W6LA 1EQYA 3ZT3A 3CPWM 3OYGA 2OPQA 4CF8A 3ZX0A 4JI5K 3BF1A 3OW2M 3WXLA 4B8AB 1YUWA 2RPIA 2UYTA 5FRMA 2FBXA 4NCAA 5M1NA 3ENOA 1WAJA 2DTUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GV3 A;  3Q7B A;  3MX2 A;  3R3L A;  4GVE A;  3MWT A;  4GV6 A;  4FVU A;  4GV9 A;  3MX5 A;  3Q7C A;  4G9Z A;  3MWP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RMC A;  4IDH A;  1KVC A;  4CBU A;  3CQ8 A;  1CXQ A;  1X9S A;  4DB3 A;  2G8I A;  4A2B A;  3F5T A;  1JLE A;  4CD3 A;  4NB4 A;  4KRE A;  5AQF A;  2QTD A;  4KH5 A;  3WEE B;  3WNF A;  2OA8 A;  4CEQ A;  1QSY A;  3K5N A;  3PO5 A;  1VQ5 N;  3HM9 A;  4JNE A;  4BRK A;  2E8A A;  3D2E A;  4JN4 A;  4CE9 A;  3O3H A;  4KPY A;  4YHH K;  5FPD A;  2IIR A;  2IVO A;  4CHY A;  3KJV A;  4J2D A;  4NXN K;  2P9S A;  4F9O A;  4N56 A;  1U49 A;  1OKJ A;  1O1W A;  3WQU A;  3VET A;  4FLT A;  1P8Z A;  5JIC A;  1KC8 O;  1L3S A;  4CGJ A;  2NRW A;  3ZSO A;  1BI4 B;  4H0O A;  2AA4 A;  4DQR A;  3MN9 A;  3SLC A;  1RTI A;  4H5V A;  3O9S A;  4Z0U A;  3DRS A;  3QFU A;  5AQS A;  4DFJ A;  4HUG A;  4KTW A;  1TL3 A;  1KRP A;  4F3O A;  3O80 A;  2FF3 B;  1HQE A;  4CJ7 A;  1CZ9 A;  2P9P B;  3I0R A;  1TKD A;  4KHS A;  2IAJ A;  2VCP A;  3GBT A;  1RT5 A;  2HNY A;  4A57 A;  4UQG A;  4DR4 K;  3DLH A;  2E2Q A;  1XMQ K;  1NK6 A;  5ADX H;  2HF4 A;  4M63 C;  1S1V A;  4W5T A;  1SL1 A;  2OTL N;  1KD1 O;  5KRT A;  3CFP A;  5DMR A;  3ATU A;  2JLE A; 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 4OPK A;  4KHP K;  4CVN E;  5GIP A;  3F2K A;  3IFR A;  4DSE A;  1RT2 A;  3C6T A;  4JD2 B;  5K14 A;  3CC7 N;  1BCO A;  1IH7 A;  4NLB A;  1M90 O;  1LAV A;  5BR8 K;  3MXM A;  4F8R A;  2DY4 A;  1JL1 A;  4I2P A;  2KHO A;  2QXF A;  3VQP A;  3OA9 A;  3T3F A;  4DV3 K;  3G71 N;  4BGA A;  2VG5 A;  2DFE A;  1TKT A;  4E7K A;  3AGR A;  4DFM A;  3ZSQ A;  3FR0 A;  3MEE A;  2YHB A;  1T03 A;  4LFC K;  3D7E O;  1JJ2 M;  1UWB A;  3G10 A;  4GVE A;  1CZA N;  2YNH A;  2HMI A;  4A61 A;  3CXC M;  3NMU A;  2E1Z A;  4FWS A;  1LAW A;  1EO1 A;  1FXX A;  5HRP A;  4A2A A;  2HVH A;  3CQX A;  1N32 K;  1BIZ A;  3CG7 A;  1MWM A;  4GW6 A;  1SL0 A;  4EZ9 A;  3A8Y A;  4OJR A;  3ULE B;  3J80 O;  1TL1 A;  4KBO A;  2HST A;  3VQ8 A;  3HP6 A;  4BRD A;  2PFU A;  3AVF A;  4GMJ B;  1VRU A;  3E01 A;  4IFV A;  3MK6 A;  4AHT A;  2D0P A;  4O8K A;  1RGI A;  2YCH A;  1HRH A;  3D2F A;  3SAG A;  1XI1 A;  2P5G A;  3LAL A;  2YNG A;  4BWJ A;  1BDG A;  4FWO A;  5FPE A;  3C6U A;  3SQ1 A;  3VQB A;  3VEN A;  3DXM B;  1B92 A;  3DLB A;  4FL9 A;  4IWV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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