3MWPA

Nucleoprotein structure of lassa fever virus
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
555
structure length
512
Chain Sequence
IKSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKERRDDNDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSILRVGTLTSDDLLILAADLEKLKSKVIRTERPLSAGVYMGNLSSQQLDQRRALLNMIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDAVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQTMDGILKSILKVKKALGMFISDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSITGRAWENTVVDLGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLSVLRAVLPRDMVFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein
source organism Lassa virus josiah
publication title Cap binding and immune evasion revealed by Lassa nucleoprotein structure.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nucleoprotein
total genus 187
structure length 512
sequence length 555
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mwpA02
4GV6A 3MWTA 3MWPA 4G9ZA 3Q7CA 3Q7BA 3MX5A 3MX2A 4FVUA 4GV3A 4GVEA 4GV9A 3R3LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIZA 2P5OA 1ZBLA 4YOXA 4FJNA 3JXUA 4GVMA 3DI6A 3VQ7A 1VRTA 3NH0A 4QS8A 3HBTA 3O5BA 2Q36A 1LAVA 4CE9A 4E3SA 1RDBA 3M1FA 3LM2A 3LP0A 3B6PA 1GOAA 4NCGA 1S1VA 1N33K 1N36K 3VQ8A 2KLAA 3CQYA 2E2PA 3CMAN 5CE3A 5AQTA 4OJRA 2UXBK 1VSFA 1BQNA 4NLCA 4H0OA 3QNNA 4NCBA 1S1WA 5LL6Z 3PSIA 2VGMA 1IH7A 2I7NA 2V52B 4XH5A 1SUQA 3RMBA 3C94A 4FVMA 3OYBA 5E84A 5AZJA 1YJNN 2NRXA 4HUFA 3NFAA 4CJVA 1L5UA 4DLGA 3R9PA 3VQ4A 5JMVA 1NBWA 2GWJA 3C65A 4CI6A 3IG1A 2IGIA 1KLMA 3RVCA 1TYQB 4DFMA 3LDNA 5KPZA 4CJWA 3U4LA 5LMNK 2DFFA 1R0AA 3TAFA 1NK8A 5F2RA 3MMVA 4IXCA 3K5MA 4B9VA 4BRHA 3L6QA 3KD1E 3NGYA 3UIQA 1BI4A 3HM9A 3TABA 4JKHA 2PYLA 4BVPA 1RT2A 4H5WA 3EL2A 2ITGA 2VCPA 3T1AA 4FXDA 4H0PA 2GTDA 3ID8A 4HCBA 1KVBA 2NRHA 3V1OA 3P39A 5JLHA 4B3SK 4FWPA 5C2FA 1EX4A 4AF1A 5I42A 2IDOA 4EP5A 4CEAA 3U3YA 1T6DA 3ZT2A 1WLJA 4DMNA 1Q9YA 5FPNA 3ZSWA 4JKGB 4M3ZA 3G4SN 1U45A 2E6LA 2WTUA 5AQMA 4FJGA 2A5XA 4WFAL 4LC9B 2KFNA 4BREA 2FSJA 5BREA 4KHQA 1K8KA 5H1SQ 2QWNA 3QIOA 2P9KA 4OPAA 2YCHA 1M1KO 2IOCA 2G8WA 4R5PA 4CGFA 5HP1A 4WQ4C 4FYDA 2E5LK 3KLIA 3V4IA 4HWIA 1G15A 3HVRA 2QA4N 3QESA 3VENA 3DLHA 1EP4A 3ZEUB 4CHZA 3LP2A 2W41A 4DV6K 1P90A 4FJKA 3T19A 4CZMA 4LF6K 1QE1A 4C1NK 5DM7L 1S72N 1B9DA 3L2RA 4X66K 3SUPA 3SBTA 2ZJRL 1N5YA 1S1TA 5BR9A 3AV9A 3THWB 1ZBHA 3CCJN 3AGKA 4FJMA 1T6CA 4AHSA 1ZBUA 2BDPA 3CFRA 1B9FA 2FXUA 4CK2A 4FO0A 4WYBA 2HF4A 2ZM6K 1HPZA 2KW4A 3A0IX 1NLVA 4FJIA 3EY1A 1GOCA 3O4QA 3HM8A 5AZIA 2UXDK 5F0XA 3FLCO 1C0UA 4OLBA 3P1GA 3KLGA 4LD0A 1SAZA 4OX9K 3VQ6A 3O3GA 1QZ6A 2Z1IA 5JLFA 4GVEA 1LW0A 5CR4A 1HUXA 3QBXA 2YX6A 4BR9A 4B9UA 5AQQA 4RW9A 3H1VX 3TANA 4GV9A 4NLBA 4TSXA 2G8VA 2OPPA 4CJEA 2QK9A 4O0IA 1EKEA 2B6AA 4PKIA 3JAMO 3DYAA 3AA5X 3L0QA 3VGLA 1IKVA 2QWRA 1SL0A 3AA4A 4DV7K 3SQ4A 1YF5L 4B9LA 2R7YA 4BRMA 3AO4A 4B1YB 2P9IB 3O08A 3PX6A 1Q81O 2P9LA 3OYGA 4F2RA 1J6ZA 2BTFA 1XWLA 2IVNA 2NRZA 4JKEA 3WNFA 4BDPA 1BUPA 5JVGL 5GAGP 5AR0A 4ZHRA 4HUEA 1VAZA 3OA9A 3UKUB 3CPEA 4JHDB 5AFUH 2KTQA 5AQVA 3E1YA 4BRAA 4JS4A 2D0BA 2QW9A 1GLEG 1Q86O 4KV8A 4OGCA 5CZ1A 4JI2K 1RBUA 1S5JA 2Z1HA 1F21A 4KHUA 4DU4A 3VF6A 3HOSA 3NVKA 4KKOA 5CZ2A 1JLGA 4FLXA 3O8MA 1HX1A 2O4IA 2KFZA 2YNHA 1NK7A 2Y1JA 3ID6A 4OGEA 1CZ9A 3ZETB 4CD3A 2ZJPL 1HR0K 2V7ZA 3ULDA 1WUAA 3D7EO 4A2BA 4CZLA 1P8ZA 4YORA 3ZYYX 4W5OA 4CZFA 2JWLA 2O4GA 1W0HA 3VERA 4FOIA 4CVNE 3RRHA 2PBDA 1HKGA 4FK0A 1DLOA 1KCFA 5FLXO 4IJNA 4QAGA 4FJXA 4KRFA 1XHZA 3AO5A 4CF8A 4B9TA 1NJIO 3RR8A 3WQTA 5BN8A 3L3UA 4PWDA 3OHRA 4MDAA 3LANA 3V81A 3K5OA 2B4JA 2GUPA 4GY2B 1TKTA 4W5NA 1A5VA 4FZZA 1HYSA 4JKAA 1SZ2A 4DTNA 4JK7A 3OS2A 1IJJA 1RCHA 2P9PB 2HMIA 1ASUA 4JI3K 2HVHA 1JL1A 4DKWA 1DEJA 1RBTA 4E0DA 3HI0A 3P5JA 3WXKA 1VSDA 4FLVA 4CZJA 4UY8O 4Q5VA 3CCLN 4I6MA 3A5OC 5J2PA 2O8BB 2HW3A 3HT3A 2W40A 4CD1A 4CJKA 4N41A 3ZSVA 4H4OA 3KHYA 4FOEA 3CM6A 1HJOA 2VG7A 3A5MC 3MECA 4ISEA 4DU1A 4J2BA 5M1KA 3AVHA 1RBRA 2I5JA 2CGLA 3BY5A 4ILJA 1J5EK 4CJQA 4AHVA 3HPGA 5HL7L 3G6EN 3CMEN 5CY4A 1DT9A 3CCVN 1NWKA 1GLCG 4KREA 4YY3K 3W3DA 1S6QA 4M7YA 2D0OA 3HYFA 3K2PA 4KI4A 1W2BM 4CZHA 2Q0UA 4Z4HA 4FZXC 1KFDA 3K0SA 4RW6A 3MN5A 4W5QA 4M41A 2J4RA 2D1KA 2YI1A 5KRTA 3V9WA 3HRGA 3SAFA 4JAXA 2O8CB 3NAEA 1VSIA 2JWKA 1HMVA 5AZJB 1LWCA 3FZLA 4GNIA 1QSSA 3DAWA 2E20A 4N5SA 4BR0A 4DQQA 3P38A 4YDUC 2AP1A 3QB0A 3U8XA 3SUOA 1GLLO 4B9SA 1XHXA 1O1WA 3MEEA 4E1JA 4IOXA 4M3RA 1BIUA 3CG7A 1ZXOA 4BDZA 1GLBG 3SMPA 1JCEA 3RMCA 4GV6A 1TVRA 1WSEA 2ZGZA 4KPYA 4A59A 4LH4A 1HNIA 3TARA 4K8ZA 4CJLA 4O5BA 3ENBA 4JKBA 3H1QA 5M1QA 1UA0A 3I55N 2YHYA 3CD6N 3ATVA 4RTFD 4FK2A 2ASOA 2LSNA 3CJ1A 2V7YA 2ASMA 3SPZA 1S22A 2OANA 1Y97A 1WAFA 4M7XA 3ZT0A 3QNOA 1FW6A 4B3TK 1NJZA 5HOOA 3NH1A 1NGCA 4BRFA 3AO1A 4JRQA 1U48A 1VQMN 3CJ9A 2UUAK 4FPBA 3NVMA 1NK4A 2PYJA 5LY3A 4DWIA 3O4WA 4LF5K 4E7KA 3CHWA 1EO1A 2O8FB 3OY9A 2NRWA 1D9DA 1RTHA 4IDKA 3CJ7A 2KHOA 4E7LA 3C6TA 3SUQA 4KB0A 1NG9A 4DV4K 1XI1A 3LL3A 3FZKA 2I7PA 3TTFA 1LWFA 4OPKA 1BL3A 1C1AA 3G10A 4IBNA 1T05A 2NLXA 1XNRK 1NGDA 1VQ8N 1BWFO 1RDDA 1FXXA 3H08A 5AQWA 1RDWX 3S9HA 4BRLA 3L2QA 4WQ5A 3WQUA 1WBDA 5AJ3K 3DWLA 4BY9C 5KGXA 4LF8K 4CERA 4LFBK 3O4NA 1NK0A 1FKOA 3TSQA 4CEOA 3AA3A 3JYTA 4AH9A 1LOTB 1S6PA 2A40A 4KTWA 3C6AA 5EXWA 4PY5A 5HRNA 4GKKK 4A62A 3NBPA 1OH8A 1TK0A 3MCPA 4IOCL 1SL2A 4NYFA 1WN7A 4DSEA 3QICA 4ILGB 4MLHA 1SKRA 3M5RA 2RF2A 1X1PA 4FWQA 4CK3A 4NB4A 3AVNA 1JLFA 3N4PA 4FWMA 1VSMA 1YT3A 4XH1A 1E4FT 1YITN 2HHWA 3MK6A 1S1XA 1NK9A 1RTDA 2QKKA 4CIEA 1GLAG 3QBWA 2HHVA 4BG9A 5C2DA 2G8FA 3NF9A 3A8YA 5KPRA 3SUNA 3ZT3A 4IZ9A 2VQEK 5JVHL 2E2NA 3WNGA 4WFNL 3TTDA 3NHGA 4K42A 4F8RA 4J2AA 4M3UA 3GL1A 5HROA 3OW2M 1BG3A 1OH6A 1RT6A 2HHTA 3ULEB 3F9MA 4JI6K 4DV5K 3CC2N 4CEEA 4CEDA 3CJBA 3Q7BA 5DK5A 1L3VA 1RDUA 1TUUA 1Y64A 4BGBA 1QSLA 3O6WA 3IRXA 2P9LB 3DXKA 3KK3A 5KI6A 3K59A 4BACA 4AHTA 2Y1IA 4EP4A 2IVPA 3I8BA 2F9WA 1CZAN 3U9DA 2P9NA 3LPUA 4FM0A 4CGDA 3E9OA 2Q2RA 3KIOA 4G1QA 4B8CA 4JRPA 3OJSA 4DU3A 4AILC 2HB5A 3HSCA 1NU0A 2P9SA 3IMXA 4DR3K 3D2EA 3I8DA 4M3WA 4CESA 3C0BA 5HRRA 2WOMA 4LFCK 2O8EB 3QLHA 4N56A 2RN2A 3JS6A 4BRQA 5ADXH 3CC4N 4CGHA 5EOYA 3TAQA 1I39A 3VQDA 5BR8K 4JI5K 4EFHA 3D2FA 3HOTA 3DLEA 5GIOA 4PL7A 3SJHA 4DTRA 4ELTA 2OZSA 4F3TA 1S9GA 4MQ3A 1XUPO 1Q8IA 2E8AA 3DXMB 4EZ9A 3J7YP 1G99A 2AJQA 4IFEA 3J7ZO 3C7NA 2KQ2A 3CQ8A 4CJPA 1RILA 3CCRN 4CZKA 1WB9A 1IBLK 4CBUA 1KD1O 2OTLN 5C10A 3C6HA 4H0VB 2AA4A 2F96A 4WQ4A 3OS1A 4DF4A 1YTAA 4E1MA 4H5TA 2QEXN 3HXMA 1C0MA 2XY6A 2QTDA 3R6MA 1Z6RA 3VQCA 1ZC6A 3ALYA 4IJAA 5AFUA 3AVLA 3VQPA 4F4KA 1KFSA 3U3GA 4CFDA 1ATSA 4N76A 1XQSC 1HNVA 4IFVA 2A41A 3LZJA 3A5NC 5GAHP 1VQPN 1Q82O 1YIJN 4GV3A 1VSKA 1VQ9N 1YUWA 1VSLA 3NF7A 4I6MB 1ZBIA 1OKJA 1C1CA 1DGKN 2YNGA 1IBKK 3IFRA 3IDHA 1VQ5N 4DUZK 3KVGA 4C8LA 3HZ6A 2PY5A 3ZX0A 4BG8A 1V4TA 2YHBA 1D5AA 3FZFA 1TAQA 3EKSA 1KAYA 1T44A 1WNSA 3WXLA 5FPDA 1KVAA 3DOKA 4FWRA 4GMJB 5FPEA 3KLFA 1QSYA 4DQ8A 1U04A 3VQ5A 3KD5E 2NRRA 1LWEA 5AQFA 4X62K 1ZYQA 5D3GA 5KPTA 2VG5A 4QS7A 1REVA 3SQ0A 4JK8A 3WXIA 4J8FA 2OPQA 1VSJA 4YOTA 4DR7K 1FKPA 3NDKA 1K6YA 3UKRA 2QM1A 3DLLL 5AQXA 3PX0A 4H5NA 4DFJA 2QI2A 4DSJA 4A61A 1TK8A 1EWRA 2F7TA 2WONA 5AQKA 2VWJA 4ID5A 4KHWA 5AQUA 2P9UA 4YFUA 4FVUA 3D0PA 2CH6A 3M8SA 4F3OA 3OJUA 4CF2A 4Z4FA 2WC9A 4B1WB 4RW4A 3ASMA 3V9SA 3SJJA 3OYNA 3OBYA 3M3ZA 1CXUA 5BPMA 3I0SA 3KJVA 1TAUA 4F2SA 1QQCA 4EHUA 2YNFA 3AVKA 4FJJA 3KKRA 3VF4A 3QIPA 4DTMA 3EO3A 4W5RA 2ZQBA 3VA0A 1Z25A 4Z4IA 3OYKA 1T8EA 2YHWA 4BRNA 4BRCA 3P4IA 4KBOA 4K8XA 3TR8A 2V51B 1NKCA 4OVLA 1BCOA 3VEVA 1DKGD 1FJGK 3EYZA 4FLUA 3SPYA 3HP6A 3NF8A 3DRPA 2D5RA 3Q7CA 3PIOL 5GINA 5AQPA 3F5TA 1QHTA 3WEEA 1X9WA 3BP8A 1SS6A 2GEMA 3R3LA 2BANA 3MWPA 2E2OA 2QWPA 4JD2B 1C0GA 2FF6A 2FSNA 1ITGA 3CFPA 4B1UB 3OVNA 2FLOA 3SQ1A 3G71N 4OKEA 4BE2A 4DTSA 3L2VA 4G9ZA 4J2DA 3BF3A 2VGNA 1L3UA 1W97L 4ICLA 4IEIA 3N4QA 3MXMA 1YTUA 3EE8A 1YJWN 3VESA 4ID1A 4KH4A 1NJXA 1Z05A 4MO4A 1YXQA 3HSTB 5CYMA 3FZMA 3SZ2A 5AQGA 5DMRA 2HF3A 5M1PA 4BC5A 3VQBA 3E66A 4WCEL 1D9FA 2UXCK 1LV5A 4BE1A 5C0YA 4BRDA 1NJYA 2HHXA 2ZD1A 5MLCQ 3JSMA 2CGJA 3AO3A 5K14A 4KFBA 3CCMN 1ESVA 1Z26A 1TYQA 3BZCA 3NCIA 1IBMK 1KTQA 1RDCA 3OYLA 1HLUA 1HPMA 3TPQA 2F4VK 4Z0UA 1QVGM 1D8YA 3O3FA 5J2MA 4E7JA 5LMUK 4CJFA 3KZBA 3OS0A 1HQUA 4H0YB 4KH6A 3TI0A 4JS5A 2NUBA 3EEQA 2YHXA 4I9LA 3VEWA 3QEVA 2PFUA 3VA3A 1X3MA 2OYQA 4CGGA 4Q0BA 4DF8A 2ZGYA 4BR5A 3ZX2A 4CJ5A 3WT0A 4HHTA 1DTQA 3PY8A 3O9RA 1YVUA 4RG8A 2CGKA 3RSEB 1CZBA 3V1RA 1QZ5A 2NRVA 4CZEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GV6 A;  3MWT A;  3MWP A;  4G9Z A;  3Q7C A;  3Q7B A;  3MX5 A;  3MX2 A;  4FVU A;  4GV3 A;  4GVE A;  4GV9 A;  3R3L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BIZ A;  2P5O A;  1ZBL A;  4YOX A;  4FJN A;  3JXU A;  4GVM A;  3DI6 A;  3VQ7 A;  1VRT A;  3NH0 A;  4QS8 A;  3HBT A;  3O5B A;  2Q36 A;  1LAV A;  4CE9 A;  4E3S A;  1RDB A;  3M1F A;  3LM2 A;  3LP0 A;  3B6P A;  1GOA A;  4NCG A;  1S1V A;  1N33 K;  1N36 K;  3VQ8 A;  2KLA A;  3CQY A;  2E2P A;  3CMA N;  5CE3 A;  5AQT A;  4OJR A;  2UXB K;  1VSF A;  1BQN A;  4NLC A;  4H0O A;  3QNN A;  4NCB A;  1S1W A;  5LL6 Z;  3PSI A;  2VGM A;  1IH7 A;  2I7N A;  2V52 B;  4XH5 A;  1SUQ A;  3RMB A;  3C94 A;  4FVM A;  3OYB A;  5E84 A;  5AZJ A;  1YJN N;  2NRX A;  4HUF A;  3NFA A;  4CJV A;  1L5U A;  4DLG A;  3R9P A;  3VQ4 A;  5JMV A;  1NBW A;  2GWJ A;  3C65 A;  4CI6 A;  3IG1 A;  2IGI A;  1KLM A;  3RVC A;  1TYQ B;  4DFM A;  3LDN A;  5KPZ A;  4CJW A;  3U4L A;  5LMN K;  2DFF A;  1R0A A;  3TAF A;  1NK8 A;  5F2R A;  3MMV A;  4IXC A;  3K5M A;  4B9V A;  4BRH A;  3L6Q A;  3KD1 E;  3NGY A;  3UIQ A;  1BI4 A;  3HM9 A;  3TAB A;  4JKH A;  2PYL A;  4BVP A;  1RT2 A;  4H5W A;  3EL2 A;  2ITG A;  2VCP A;  3T1A A;  4FXD A;  4H0P A;  2GTD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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