3VPZA

Crystal structure of glucokinase from antarctic psychrotroph at 1.69a
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
QFDPILVADIGGTNARFALITAFDAAKNEFVIEYNHTFPSADFGSLQNATRHYLSTVPHIKPVRACLAVAGPIKAGQVHLTNLGWHFSVSEFKQAFSFLQLEVINDFAAFAYAAPYLDSNQNVVIKAGQADENSNIAVMGPGTGFGAACLVRTAQSSAVLSSEGGHISLAAVTDLDAKLLIELRKEHPHVSLETVFSGPGIAHLYKAMAAVNGITAKHLDAAQISNLANTGECEVCDATLNQFCDWLGSAAGDLALAYGALGGLFIGGGILPRMQSRLLESRFVERFSQKGIMSQYNGQVPVTLVTQDNIPLIGAAACLHNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of glucokinase from Antarctic psychrotroph at 1.69A
rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
total genus 103
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2012-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vpzA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 3vpzA02
3O5BA 4H0YB 3HZ6A 4BR7A 3VGKA 4IJAA 4CZHA 2A6AA 4DQ8A 2PBDA 3QICA 4ISGA 3AY9A 4FPAA 2P9NB 4GNIA 4BROA 4BRNA 1HUXA 1NWKA 3VF6A 1ESVA 2QWMA 4FSVA 2FF6A 4J8FA 3VF2A 4BR4A 5AQHA 3IMXA 4FO0A 4PKHA 5AQIA 3HTVA 5AQXA 4B1VA 3GDQA 1T44A 3MDQA 2Q0UA 4A2AA 1V4SA 1MWKA 3DWLA 3LM2A 3MK6A 2VCPA 1RDWX 1T6CA 3QB0A 4I6MB 4CBUA 5JMVA 1V4TA 5ADXH 1U2VA 4IO8A 2D0OA 3QFPA 4JD2A 5KPZA 2F9TA 4JHDA 3CI5A 1KAZA 3ZEUB 2P9LB 1ATSA 1QQOA 3WXJA 4K42A 2BUPA 3WXLA 3D2EA 3MN5A 4BR5A 2IIRA 4BGBA 4BRHA 1D4XA 2FLOA 3W3DA 3EO3A 3O08A 2IVNA 4BC3A 5BRDA 2YI1A 3DAWA 3CJCA 2GELA 4CBWA 3QFUA 1QQNA 3ID8A 1OKJA 2W40A 1GLBG 2ASPA 3BEXA 5AQZA 3CJ1A 5AFUA 4L3QA 3I33A 5BRHA 4B1YB 3VEWA 3A0IX 4CI6A 1NBWA 5AQLA 1DGKN 3EKSA 3WXIA 4EHUA 3O1BA 1YAGA 2E8AA 3VOVA 2Q31A 5B8HA 3M6GA 4FPBA 5AQNA 4ISFA 5AQFA 2P9KB 3VF4A 2E1YA 4XH5A 3HSCA 2FXUA 5AQSA 1SQKA 2HF4A 2HF3A 5EOYA 5KPRA 1NGCA 2GEMA 5AZJA 1HJOA 1HLUA 2QWQA 1CZAN 3LDQA 3MCPA 2UYTA 4BREA 5KPTA 3HM8A 2P9LA 5ELZA 2A40A 1XUPO 3SMPA 5JLHA 3DXMB 4BGAA 5E84A 2AP1A 5BRFA 4H5TA 2ZGZA 3CJ9A 4PKGA 3O80A 4H5RA 3MN9A 4A62A 2D0PA 4FOIA 3FZFA 4MLEA 2A41A 5AQUA 3FLCO 4JD2B 2HOEA 2P9UA 3W0LA 2FSKA 1EQYA 2YHXA 4CZFA 1KAYA 5BREA 3WT0A 1HKGA 2Q36A 4WQ5C 3DXMA 1QZ6A 4BQZA 3AAPA 1DEJA 4O5FA 5AQOA 3H3OB 4LC9B 1ATRA 2Q97A 4B1XB 3P4IA 3LDPA 2Q0RA 1HX1A 4YDUC 4BG9A 1H1VA 1KXPA 4K43A 3LL3A 4O8KA 1YXQA 2Q1NA 2V7YA 3M3ZA 5F1XA 2QWOA 4CZJA 3VEVA 3BF3A 5AQVA 1TUUA 1ZXOA 4BRFA 3JXUA 5EY4A 2CGKA 3WUHA 4EIAA 4RTFD 4QS8A 3UE5A 2P9SB 3GG4A 2AA4A 3DJCA 1LCUA 4CD1A 1X3NA 4XH4A 1TYQA 5ADXA 2WUSA 3OHRA 3G25A 2E2QA 1NGFA 5AFUH 3UKUA 1LOTB 2E2OA 3O8MA 4CZGA 4EFHA 3GBTA 5AZIA 2NLXA 4DB3A 3ATVA 3EKUA 4FWPA 4XH1A 4BR0A 4FWRA 5KQ8A 5LJWA 1YUWA 2HMPA 1BG3A 1GLLO 2VYPA 5BN8A 1NGBA 2QM1A 2FF3B 5CE3A 1E4FT 3WQTA 2KHOA 3C7NB 3TU5A 5JLFA 4Y0WA 4E1JA 5TKYA 1GLAG 4WQ4C 2NZTA 1J6ZA 3QBXA 2P9IB 1BU6O 3MMVA 4BRQA 3B8AX 4MO4A 5EVZA 4FWQA 3D2FB 5AQPA 3CERA 5BN9A 3H1QA 4CBXA 2D4WA 3HI0A 3O1WA 3VENA 1Z05A 2QXLA 2P9SA 1U2VB 1C0GA 5AR0A 4BC2A 4BQLA 2YHYA 3RSEA 4BC5A 3U9ZA 2E2PA 3H45C 2YCHA 3DXKA 4IZ9A 1U6ZA 3IFRA 5AQRA 2E20A 3FZKA 1P8ZA 4CZKA 3EN9A 3O6WA 4M63C 2I7PA 1WOQA 4M7XA 4WQ5A 4XEIA 2V52B 5LY3A 3H3NO 4FWKA 1BUPA 2ITMA 3KZBA 3ENHA 3H46O 5I9EB 5FPEA 4B9QA 2P9PA 2E1ZA 2QWPA 3CIPA 2PAVA 2ZF5O 2GUPA 3SK3A 3QBWA 2A5XA 5AQKA 2Q2RA 3CJ7A 4PL7A 2W41A 2CH6A 1RFQA 4ISEA 4BR9A 4BRKA 2ASOA 4BRLA 4B1ZA 1NGJA 4C23A 2V51B 4K41A 5F0XA 4M7YA 5AQQA 1BO5O 1GLEG 1NLVA 5E26A 3FE1A 2OANA 1TUYA 3VPZA 4H5VA 4GY2B 4BC4A 3F9MA 4FWOA 3FZMA 1Q18A 3WQUA 1RGIA 4JN4A 3ULEB 5AQMA 2I7NA 1NGDA 4NO7A 3AAQA 3IUCA 4CZEA 3S41A 3ATUA 3HBTA 3CJAA 3H1VX 1ATNA 1TYQB 3O4WA 3CETA 3A5LC 3EL2A 4F9OA 2EWSA 3IDHA 4BRDA 5F2RA 3LM9A 2CGJA 4H0TB 2A3ZA 3H6EA 5BR9A 3CHWA 1T6DA 2E2NA 4H0VB 3L6QA 3UB5A 3ULEA 4YDUA 3QMLA 4FL9A 4AM7A 4JAXA 4HWIA 5FPDA 1NGGA 3UKUB 4BVOA 3VGMA 4B1WB 3U8XA 4A2BA 4A61A 4HTLA 3SLCA 3UKRB 1DKGD 1NGAA 4I6MA 4JNEA 4FWLA 5BPLA 4BVPA 2P9NA 3FR0A 4Z94A 3J8AA 2E88A 4CZLA 3GL1A 3SJHA 1BOTO 1HKCA 1R59O 5EX5A 4IXCA 4BR2A 1MA9B 5AQYA 3ZX0A 1X9JA 3C0BA 3FFKB 3R6MA 1WUAA 2YJFA 4BRMA 2NRHA 5KQDA 2VWBA 1IG8A 3TPQA 4WYBA 3ZEUA 3U4LA 4PKIA 2F9WA 1QQMA 2QWLA 1SAZA 2D1KA 5AZJB 1JCFA 4H0OA 3ZETB 1Z6RA 4CZMA 3R8EA 1GLFO 2P9KA 1NGHA 3ZX3A 4BRAA 4BRPA 1K8KB 1E4GT 5AQGA 5FPNA 1GLDG 2QW9A 4FWNA 1G99A 4H0XB 3VEOA 3A8YA 2ASMA 2H3GX 4PL8A 3WEEA 4BRIA 1ZBSA 1X3MA 3CJBA 1Y64A 3D7EO 1XC3A 3RSEB 3ZX2A 5AZIB 1QHAA 1NGEA 3A5MC 2FSNA 3FGUA 4AM6A 5JICA 4WQ4A 2YJEA 2GTDA 1C0FA 1SZ2A 1GLCG 1NMDA 1XQSC 2IVPA 2CGLA 3I8BA 3CQYA 3WEEB 3VEYA 3FZHA 2QWRA 3D2EB 1YVNA 3A5OC 4RWTA 3JS6A 4IWVA 4CZIA 3AARA 3C7NA 4FOEA 2P9IA 2QWNA 3L0QA 3SMSA 3ZETA 4H03B 5LJVA 3UKRA 4CJ7A 3M1FA 3BF1A 3KVGA 4DHYA 4H5NA 3VGLA 1IJJA 4MLHA 3VETA 1BA1A 3KHYA 4EHTA 3L4IA 2FSJA 1S22A 2V7ZA 4BRGA 4QS7A 2P9UB 1S3XA 3VESA 2BTFA 4H5WA 2YHWA 4MO5A 1BA0A 3CQXA 2GWKA 2IVOA 1MWMA 3LDOA 3MN6A 3A5NC 4QS9A 4BRCA 5EXWA 3EZWA 1ZC6A 1BDGA 1JCEA 2A42A 3VERA 4BG8A 4FWMA 3VEXA 3QDKA 3WXKA 1HPMA 1BWFO 3D2FA 3VEZA 4DCHA 1NM1A 1QZ5A 3GOIA 3DXKB 5BPNA 4NB4A 1GLJO 2ZWHA 2J4RA 4H0PA 4K25A 5AQTA 3R9PA 4RCHA 1NGIA 3MN7A 3BP8A 5FPMA 2GWJA 1JCGA 1K8KA 2DPNA 1HKBA 4FWSA 5AQWA 3LDNA 1MDUB 1KAXA 4IJNA 4JHDB 4KBOA 3BUZB 5AQJA 4EAHD 4CD3A 3LDLA 5BPMA 2P9PB 3U9DA 3ENOA 2ZGYA 3GE1A 4B1UB 3FZLA 2CH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3RA 3E66A 4BR7A 2F8SA 4H4OA 1NOYA 4N5SA 1Q7YO 4ISGA 2P9NB 4GNIA 4BROA 4AHUA 3H08A 4FK0A 4OVLA 2QWMA 4PY5A 5HLFA 2HHVA 2FF6A 3VF2A 5AQHA 2O8BA 3OYCA 5AQXA 2YHAA 4LH5A 4CJFA 3HYFA 1T44A 2Z1IA 4C8KA 4A2AA 3DWLA 3LM2A 3MK6A 1YT3A 1BCOA 5M1KA 3RMAA 2ZQBA 3F73A 1UAXA 4JHDA 2I5JA 4I9QA 3TARA 2HHUA 4CEEA 1ATSA 3WXJA 1VRUA 1HYZA 1JLAA 3OTOK 4BGBA 4BRHA 4JEPA 3DAWA 3CJCA 4FLZA 4Z4GA 3P1GA 1LWFA 1R0AA 1NKCA 4KRFA 3BEXA 4B8AB 4FZXC 4DS4A 2VGNA 1WN7A 3I33A 5BRHA 4LF5K 4B1YB 3VEWA 3HP6A 3G4SN 3A0IX 3V1RA 3EKSA 4ELTA 2O8DA 3HP9A 3O1BA 1YAGA 2E8AA 3VOVA 4FLXA 5B8HA 4ISFA 2DTUA 4BWJA 1VQON 1L3UA 2BH1A 3N4QA 1YHQN 5AQSA 4PA1A 3AVNA 1EX4A 1M1KO 3LDSA 3T69A 2HSTA 5HL7L 3LAMA 1HLUA 3QLHA 1C0MA 2UYTA 4O0JA 3NH2A 3NHGA 3ZSOA 3VQAA 1XUPO 4FYDA 1ZBLA 4M3UA 1ASUA 1KD1O 4Z4IA 1WSHA 2A41A 4CFCA 4MQ3A 5AQUA 4LF7K 1ZBIA 1RBUA 1QSLA 4NLCA 4MFBA 4J2AA 3L3UA 3MEGA 2YHXA 4CZFA 5BREA 4W5RA 3V9WA 1EO1A 3HVRA 2BE2A 1YJNN 1TAUA 5J2PA 3CXCM 5I42A 3KD1E 2HBJA 4OPKA 3THXA 3OBYA 1CXUA 2Q97A 3KWIA 2GX9A 3P4IA 4OKEA 4AHRA 1HX1A 2QEXN 3FFIA 1WSGA 1A5VA 2PFUA 1SL1A 4BE0A 3CC2N 3AVBA 4B08A 2Q1NA 2YNFA 5CY4A 4CZJA 4CJEA 2IC3A 3CCUN 2VG5A 4OGCA 3OJSA 1VQLN 4C8MA 4CERA 2ETJA 4FK4A 4JI7K 4FJ7A 4QS8A 3UE5A 2P9SB 3DJCA 4FJ8A 4HCCA 1Z25A 2WUSA 3G25A 2E2QA 4B3RK 3TAFA 1LOTB 3ZT0A 3KD5E 3P38A 2XY8A 4XH1A 2G8VA 4CECA 1YUWA 1BG3A 4LFBK 2VYPA 1J5OA 3OYBA 5FLXO 3AO3A 2KW4A 2UXCK 1K9MO 2KHOA 3TU5A 4HHTA 4FZYA 3VQ5A 5TKYA 1GLAG 4KI4A 5C2DA 2P9IB 1BU6O 3MMVA 5GAHP 4MO4A 3KKSA 3ZT3A 3RMDA 3L2WA 1BHLA 3D2FB 4PHTX 3K5NA 5BN9A 4DV7K 4KHQA 3O4QA 2QXLA 3C6UA 4BC2A 3VQBA 3O3HA 1RCHA 3RSEA 2HNZA 1JXEA 2O8CA 2KZZA 1RNHA 4IZ9A 5AQRA 1BISA 2O8EA 1YTUA 1F21A 5HRPA 4WQ5A 3S3NA 1WNSA 3PY8A 1SKWA 3ZT1A 1BUPA 3CCLN 4G9ZA 3SK3A 3A2FA 4CEFA 4CIEA 4FLVA 3OJUA 4H4MA 4RW8A 3RR7A 4OLAA 4DTMA 4B1ZA 4C23A 4KH4A 2V51B 3HOSA 3MCAB 4CESA 1RILA 5AQQA 4FLYA 1NLVA 3J7ZO 2KZMA 2IOCA 2YNIA 3U3GA 4DUYK 2PYJA 2HNDA 4C8LA 4JI2K 3OYAA 3V9UA 1I39A 4JN4A 3QEPA 3ULEB 3AA4A 1NGDA 4CJTA 2OZMA 4CJWA 3S41A 2UU9K 3HBTA 3H1VX 3QERA 4CHYA 3K5LA 1ATNA 2DFHA 3A5LC 1VSDA 3IDHA 4EZ9A 4KFBA 5F2RA 1KLMA 3CHWA 5SZTA 2E2NA 4J2EA 3QMLA 4LSNA 3ITHA 4HWIA 2FC0A 1C6VA 4IG0A 2OYQA 1NKBA 4B9TA 1RBSA 3SLCA 3VQQA 4JKCA 3UKRB 2QKBA 1RDDA 1NGAA 4CHQA 2VQEK 1OH7A 5HRNA 3DYAA 4I6MA 4FWLA 3AA5X 3SQ4A 2QK9A 2P9NA 3J8AA 3SJHA 1Q9XA 1HKCA 1R59O 1MA9B 4CF8A 2EHGA 5AQYA 3OYNA 3ZX0A 2Y1JA 4ICLA 1WUAA 4BRMA 4DU3A 4JS4A 3JYTA 1QQMA 2D1KA 3KK1A 1JCFA 1QVGM 3R8EA 4B9UA 4J2DA 2NRTA 3ZX3A 1HR0K 3AVMA 4CGGA 1IBMK 1GLDG 2GUIA 4OKKA 1Q8IA 4LH4A 2HHWA 4H0XB 2HW3A 4PL8A 3WEEA 1ZBSA 2RKIA 4A5AA 2PY5A 1X3MA 5GIOA 1SL2A 3CCQN 1QHAA 1NGEA 4I9LA 2EX3A 4Z0UA 2QKKA 1SS6A 3C6HA 2GTDA 1C0FA 4DKWA 1JLEA 2RHKA 1EP4A 2IVPA 3I8BA 3SBTA 4FJ5A 3HVTA 3THYA 3D2EB 4RWTA 3QEWA 4O4GA 1EETA 3AARA 3EEQA 1KTQA 3L0QA 4CJQA 3ZETA 3RMBA 4HVJA 3UIQA 4FJXA 2OPRA 3SAHA 4DR1K 4JI8K 2D0AA 2UUAK 5KGXA 1N32K 3VGLA 2IGIA 4MLHA 4EHTA 1C0UA 4JK7A 1S22A 2V7ZA 1L3VA 1U47A 3ZYYX 1NJZA 1S3XA 1VQ8N 3VESA 4OO1J 3ZCMA 2YHWA 5EXWA 4KHUA 3VA0A 4K0KK 3D2FA 2NRXA 3AVJA 4DCHA 1RTJA 1SKRA 2JWKA 3MWPA 2J4RA 1ASWA 5AQTA 3R9PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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