3VPZA

Crystal structure of glucokinase from antarctic psychrotroph at 1.69a
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
QFDPILVADIGGTNARFALITAFDAAKNEFVIEYNHTFPSADFGSLQNATRHYLSTVPHIKPVRACLAVAGPIKAGQVHLTNLGWHFSVSEFKQAFSFLQLEVINDFAAFAYAAPYLDSNQNVVIKAGQADENSNIAVMGPGTGFGAACLVRTAQSSAVLSSEGGHISLAAVTDLDAKLLIELRKEHPHVSLETVFSGPGIAHLYKAMAAVNGITAKHLDAAQISNLANTGECEVCDATLNQFCDWLGSAAGDLALAYGALGGLFIGGGILPRMQSRLLESRFVERFSQKGIMSQYNGQVPVTLVTQDNIPLIGAAACLHNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Crystal structure of glucokinase from Antarctic psychrotroph at 1.69A
rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Transferase
total genus 103
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2012-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vpzA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 3vpzA02
2Q31A 2ZGZA 2EWSA 3VPZA 5JMVA 3WUHA 4CZFA 4L3QA 2Q36A 4BR9A 2QWLA 1KAZA 3VEYA 3VF2A 4H5NA 2FSKA 2NRHA 3WXJA 1KAXA 3B8AX 3IFRA 1BG3A 1ZXOA 3BP8A 4XH1A 4H5WA 4BQZA 1V4TA 4HWIA 3QBWA 1HKBA 5AQWA 2QW9A 5BPLA 1YAGA 3HBTA 4BRMA 1HKGA 4EIAA 2QXLA 1NGGA 4JHDA 1QQNA 5KPZA 2FXUA 1U2VB 4GNIA 4MO5A 4K42A 5AQJA 4FPAA 1XC3A 3TU5A 5BPNA 1KXPA 3O80A 3I8BA 4O5FA 2FSJA 3LDLA 1NGJA 1HJOA 3UKRA 5ADXA 5JLFA 2Q97A 4EAHD 4XH5A 3O1BA 2P9SB 5AQYA 1MWMA 2VWBA 3UE5A 4H0TB 2E2NA 3CQYA 3C0BA 4FWNA 3QDKA 5AR0A 2W41A 1E4GT 4FWOA 3ID8A 1KAYA 2CH6A 3HM8A 1Y64A 3FE1A 5F0XA 4IZ9A 3QB0A 1DEJA 2E20A 4WQ5C 3U4LA 4A2BA 3O1WA 4BR5A 4BRNA 4CZJA 3VERA 1YXQA 1SZ2A 4PKHA 2D4WA 2ZWHA 4M63C 4FSVA 1NGIA 1R59O 1TYQA 2F9WA 4BRKA 4FL9A 3MN9A 3O5BA 4DB3A 3BF3A 4BRQA 5E26A 3CHWA 5TKYA 3H3NO 2A41A 5LJVA 3FZHA 3M1FA 4JHDB 1LCUA 4CZLA 1DKGD 3AAPA 4Y0WA 4CZHA 3SLCA 4XEIA 3WQUA 2D0OA 4B9QA 4BGBA 4CBUA 4DCHA 1ESVA 4F9OA 2CGJA 1ZBSA 3ATUA 1NGHA 4BR4A 3WQTA 4BG8A 1BA1A 1HKCA 3C7NA 3SMSA 3UKRB 3MCPA 3O6WA 4GY2B 1BWFO 4FWMA 1NWKA 4BRHA 2A3ZA 4YDUC 3DAWA 1NGEA 3VF4A 3ZETA 3U9ZA 2E1ZA 3FGUA 1HPMA 1HUXA 1NM1A 2Q0UA 5EVZA 4EHUA 5AQTA 3HTVA 3F9MA 4A61A 1QQMA 3CIPA 3CJAA 4CD3A 1LOTB 1QZ6A 3QFUA 5AQVA 2UYTA 3WXKA 4H03B 4BG9A 2GWKA 4WQ4C 3I33A 5B8HA 1GLDG 1NGBA 5AQPA 4XH4A 1U6ZA 3W0LA 2ZGYA 5LJWA 3CJBA 3BUZB 2E8AA 4MLEA 4BRPA 4CZEA 3IUCA 3SJHA 5LY3A 4ISFA 1TYQB 3UB5A 1IG8A 4B1UB 1JCEA 1JCFA 3D2FA 3G25A 4CD1A 4H5TA 3S41A 2NLXA 2D1KA 3FZKA 2ZF5O 5FPDA 1CZAN 4BVPA 1BOTO 3O08A 4CI6A 3DWLA 2Q1NA 3R6MA 3DXKA 5AQUA 3JXUA 3LDQA 3CJCA 1D4XA 1G99A 2H3GX 4BRCA 2ASPA 5AQRA 4JN4A 3CERA 4RCHA 4RTFD 1J6ZA 1NGDA 4H0VB 3ZEUA 3LDPA 3GDQA 4ISEA 3C7NB 1NGFA 4BC5A 4BRIA 3LL3A 4JNEA 1E4FT 3A0IX 4BREA 3A5LC 3EKUA 2YHXA 2CGLA 2P9PA 3U8XA 3ZX3A 4KBOA 4H0PA 1GLEG 2P9NA 3ZETB 3ZX0A 2HF3A 3A5NC 5AQQA 3MMVA 1SQKA 2IVPA 3M3ZA 1S3XA 4PL8A 4AM7A 2GEMA 5EXWA 4A2AA 2QWRA 3AAQA 3ULEA 2CH5A 4FWPA 3GE1A 1C0GA 1NMDA 1QQOA 1BUPA 3R9PA 2WUSA 1QZ5A 3AY9A 3D2FB 3GL1A 4M7XA 3J8AA 2HOEA 4H5RA 3UKUA 4BROA 1YUWA 4E1JA 2QWPA 4K25A 3SMPA 2PAVA 3O4WA 2I7PA 2HF4A 5AQZA 5I9EB 3MN7A 5KQDA 1ZC6A 3WT0A 4M7YA 3D2EA 3ZX2A 4PL7A 5EY4A 3DXKB 2W40A 5AQHA 1Z05A 4MO4A 3EZWA 1QHAA 4BC4A 2KHOA 3U9DA 2BTFA 5EX5A 3L6QA 3KHYA 3HI0A 4BRLA 3IDHA 3VETA 2GTDA 2NZTA 3WXLA 2A5XA 3LDNA 1GLCG 4BQLA 3ZEUB 3H46O 4B1XB 5KPTA 4H5VA 2FF6A 3FLCO 5AFUH 2P9PB 2V52B 1K8KA 2QWOA 2P9NB 3MN6A 2QM1A 2YI1A 4H0XB 2IIRA 4CZKA 4QS9A 2P9LA 3CJ7A 3FZFA 5AQSA 2YCHA 1BA0A 1IJJA 4BR2A 5BRDA 2I7NA 3FZLA 4Z94A 5EOYA 4BC2A 3IMXA 5JICA 3RSEA 4NO7A 4IJAA 3QICA 4FWLA 3ULEB 3VGLA 1GLAG 5AZJA 4BR0A 4ISGA 2QWMA 3AARA 2A40A 1X3MA 3P4IA 4CJ7A 4I6MA 1TUUA 4BR7A 3H6EA 1ATRA 3CETA 4A62A 1XUPO 3H1QA 3UKUB 1GLJO 4QS7A 4EHTA 2HMPA 1BDGA 1HX1A 1NGAA 1S22A 3HZ6A 4CZMA 2OANA 2PBDA 2E88A 5BRHA 3A5OC 2E1YA 2IVNA 4H0YB 3D2EB 3VESA 2QWQA 5FPNA 3QBXA 3KZBA 2P9UA 5FPMA 4IJNA 3BEXA 3EKSA 4NB4A 1EQYA 1SAZA 1MA9B 2YHWA 3O8MA 1H1VA 4WQ5A 3VF6A 2V7YA 3D7EO 4FWSA 5BN9A 2YJEA 2AP1A 2P9IA 4LC9B 5AQOA 5KPRA 5AQGA 4B1ZA 2GUPA 4FOIA 3GG4A 2V51B 3VEVA 1K8KB 5BREA 2CGKA 5AQIA 4B1YB 3EN9A 2P9KA 2P9LB 2ITMA 1DGKN 3VENA 5AFUA 3WEEA 2A42A 5F2RA 4CZGA 3SK3A 5AZIA 4B1VA 3FR0A 2FF3B 3DXMA 4JD2A 2BUPA 4K41A 4BRDA 1WOQA 4MLHA 2FSNA 2YJFA 3RSEB 3TPQA 5AQLA 4CBWA 3R8EA 1X3NA 3GOIA 3QFPA 5AZJB 4BC3A 3CJ9A 5JLHA 3CJ1A 3QMLA 1NBWA 4FO0A 5ELZA 5AQXA 4I6MB 2VYPA 3JS6A 4BRGA 3VOVA 4C23A 4O8KA 3H3OB 4K43A 1BO5O 5BPMA 2F9TA 2E2PA 3M6GA 4QS8A 2Q0RA 2DPNA 1HLUA 4JAXA 4PKGA 1NLVA 2ASOA 1MWKA 3KVGA 4BGAA 5CE3A 1ATSA 2D0PA 4YDUA 3VEZA 3ENHA 3H1VX 1T6CA 1JCGA 2GELA 2P9UB 4HTLA 4WYBA 3W3DA 3FFKB 4BRFA 2QWNA 1Z6RA 3EO3A 1WUAA 2A6AA 3L0QA 1C0FA 4IXCA 4BRAA 3CI5A 1GLLO 4PKIA 2YHYA 4WQ4A 5KQ8A 2P9IB 3H45C 5AQMA 5BN8A 2Q2RA 3LM9A 3ATVA 2E2OA 1T6DA 2P9KB 3LDOA 4FOEA 3A5MC 3EL2A 3WEEB 1GLFO 5AZIB 3VGKA 3BF1A 2AA4A 3VEWA 4FWKA 1Q18A 3DXMB 4JD2B 4BVOA 5F1XA 2VCPA 4DQ8A 1T44A 4CZIA 4H0OA 1TUYA 1RFQA 3CQXA 3ENOA 4DHYA 3MK6A 4B1WB 2FLOA 1ATNA 1V4SA 2J4RA 3L4IA 3MN5A 1P8ZA 3DJCA 1GLBG 4RWTA 1YVNA 1U2VA 5E84A 2V7ZA 3VEOA 1BU6O 2IVOA 3WXIA 1MDUB 4AM6A 3GBTA 3MDQA 3VEXA 2GWJA 3FZMA 5ADXH 3A8YA 1XQSC 4EFHA 5AQFA 2E2QA 1NGCA 3VGMA 5BR9A 5BRFA 4CBXA 4IWVA 4FPBA 5AQKA 1RDWX 5AQNA 2P9SA 4FWQA 2ASMA 5FPEA 3HSCA 1OKJA 1X9JA 3LM2A 3OHRA 4J8FA 1RGIA 4FWRA 4IO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZJPL 2E4LA 4I7FA 1ZBUA 3VQ6A 3O4QA 3HVRA 1L3VA 1O13A 4EZ6A 3LAMA 3VEYA 2IOCA 4ELVA 3VF2A 4H5NA 2FSKA 4KTQA 3L2QA 4KHSA 4CCHA 2RHKA 1GOBA 4X66K 3G4SN 3IFRA 3BP8A 5J2NA 4N76A 4BQZA 1Q81O 1Q7YO 4B9NA 1HKBA 3CCQN 4WFBL 4V19S 2Z1IA 1Y97A 1YJNN 4WCEL 4BRMA 1HKGA 2QXLA 2F8TA 1S1XA 1NGGA 4M3WA 1QS4A 1J5EK 4OLBA 4JKHA 2B4JA 3S3OA 4DTXA 1NK0A 2ZJQL 1GOAA 2QXFA 3CM6A 1M90O 4KB0A 3CD6N 2EHGA 1WSEA 3UKRA 3VQ8A 4HVJA 2Q97A 4CHOA 4EAHD 5M1NA 3E01A 4IOXA 4PUOA 3SNNA 3OYCA 4IEEA 4B9SA 2W41A 1E4GT 2KKZA 4DTJA 1NJZA 4KB1A 4DSEA 4LF6K 2IDOA 2VG5A 3QB0A 3RR8A 4RW9A 3WNHA 3HXMA 3U4LA 3ZT2A 1QE1A 4PKHA 4M63C 4DR6K 2PZSA 4FSVA 4CFCA 4NYFA 4LFAK 5K14A 3MX2A 4FL9A 4JKDA 1XI1A 4DB3A 5EU7A 3BF3A 3OYJA 5TKYA 3DLBA 2A41A 1I3AA 5E41A 1B9FA 3VQCA 4FZXC 3CF5L 2F4VK 4CGJA 1S9GA 4DV1K 3WQUA 3L3VA 3CCVN 3VTIA 1ESVA 3THXA 1X9MA 1NJXA 4BR4A 1B92A 5H1SQ 4A57A 3C7NA 3MCPA 1NK6A 1FKPA 3V81A 1BWFO 1E3MA 1NWKA 4KREA 3LP3A 2B6AA 1W97L 3DAWA 2OPRA 4FM0A 4DSLA 1TL1A 4CGDA 1K6YA 3FGUA 3HK2A 4O5BA 3F9MA 1IKYA 1QQMA 4R79A 1LOTB 1QZ6A 4E7LA 4BG9A 4H03B 1FJGK 4WQ4C 1GLDG 4RW4A 3U6FA 4IDHA 3HPGA 5LL6Z 3W0LA 2RKIA 4CERA 3BUZB 2E8AA 4CZEA 3IUCA 3TTDA 1TYQB 4B1UB 1JCEA 1JCFA 4CJTA 1W0HA 3PIPL 3G25A 3I0SA 3DLEA 2NLXA 1NK5A 2O8FA 2XY5A 4KRFA 2ZF5O 1S1WA 4BVPA 4CI6A 4I9LA 1YF5L 3AVFA 2Q1NA 4CHQA 5AQUA 4X64K 2NUBA 1WSJA 4DR7K 1OH8A 4FJJA 4LD0A 3QESA 3ZSXA 4ZHRA 1J6ZA 3AVMA 1NGDA 3KLFA 4H0VB 1RILA 4ISEA 1I39A 4KTZA 3V9WA 4ID1A 4U67L 5SZTA 2YHXA 2CGLA 2ITGA 1HNXK 4KHYA 1SL2A 2VQEK 2P9NA 3ZETB 3VQDA 1G15A 3A5NC 4F3TA 2DFFA 1XNRK 4CGIA 4AM7A 3J7YP 2GEMA 1RTJA 3AAQA 5J2PA 4KH4A 4B3MK 4DUYK 2BH1A 4OPKA 2HHHK 3DLRA 5IT9O 4WFNL 1DTTA 3AO1A 1QZ5A 4NCAA 3AY9A 3D2FB 4JK8A 1RDAA 2HOEA 1VSIA 5CZ1A 2QWPA 2QEXN 5AQZA 2VGMA 4WFAL 1ZC6A 1KLMA 3WT0A 3AO2A 3ZX2A 2W40A 4BWMA 4J2EA 1QHAA 3MAQA 3QNNA 3L6QA 3KHYA 3HP6A 2YNHA 2VGNA 3IDHA 2GTDA 2BANA 3WXLA 3SUNA 4O44A 3NF6A 2FF6A 4CE9A 4C8MA 2P9PB 3TAMA 2QKKA 4E7HA 4E0DA 2QM1A 2YI1A 5AQSA 3PO5A 5BRDA 1HQUA 4BR2A 2PYLA 3CCUN 3VQ4A 4PWDA 3OA9A 4DV7K 3RSEA 2O4IA 4FWLA 1GLAG 1Q86O 2QWMA 3CYMA 2VWKA 2YKNA 3DLLL 1LW0A 3OYBA 1ATRA 2YV0X 4FZYA 2HVIA 1I94K 3RRGA 1XUPO 1WSGA 2G8VA 1GLJO 2FBXA 2HMPA 3AA5X 3LPUA 3NBPA 3HZ6A 2HSTA 1T8EA 3E9OA 2PBDA 1U4BA 3A5OC 2IVNA 4H0YB 4FM1A 3OVNA 1UWBA 4YOTA 3ZSWA 1HYSA 3QBXA 2G8HA 3KZBA 2P9UA 5SWMA 1VQLN 4JKAA 4NB4A 2R7YA 4PY5A 4JLHA 3QEPA 3THVA 1JLAA 3KD5E 3D7EO 5BN9A 1YI2N 3SUPA 4B1ZA 4FM2A 1KC8O 1K8KB 3KLGA 2CGKA 5AQIA 1EWRA 4B1YB 3T1HK 2VQFK 2XY6A 1B9DA 2ITMA 1NOZA 4FVMA 3EY1A 1VSKA 4CZGA 3KK2A 1J5OA 2RN2A 3VQ7A 1Q82O 3P31A 4DS4A 3O3FA 4DR2K 4A59A 2YJFA 3TPQA 3LP1A 4CJ3A 3LZIA 1N36K 5CY4A 5AZJB 4B3RK 2RE2A 3TANA 1NJIO 2P5OA 4FLVA 4FJ5A 3CJ1A 1XC9A 1IBLK 4I6MB 1SKRA 1BO5O 3M8RA 4C8OA 4JK7A 2F9TA 3M6GA 2HNYA 2OPPA 1VRUA 1HLUA 1MWKA 3AVHA 4I9QA 1N6QA 4LY7A 1XMQK 4NXNK 3LDSA 2NRWA 3VEZA 3K9JA 4KO0A 4NXMK 4BRFA 3B6OA 1IBKK 1D9DA 4CEFA 4DTNA 3L0QA 1RDUA 1C0FA 4CGHA 4PA1A 5AQMA 4J2DA 3CCMN 4LF8K 3WNGA 2WC9A 3ATVA 4CFDA 3OYDA 1T6DA 1SUQA 5GAGP 3EL2A 3WEEB 4DTUA 5AZIB 1VQMN 3VGKA 5GIPA 1IKWA 1RTDA 4LFCK 2VCPA 4YNQA 4O0JA 2E6LA 4CZIA 4HCBA 2QTDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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