3VPZA

Crystal structure of glucokinase from antarctic psychrotroph at 1.69a
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
QFDPILVADIGGTNARFALITAFDAAKNEFVIEYNHTFPSADFGSLQNATRHYLSTVPHIKPVRACLAVAGPIKAGQVHLTNLGWHFSVSEFKQAFSFLQLEVINDFAAFAYAAPYLDSNQNVVIKAGQADENSNIAVMGPGTGFGAACLVRTAQSSAVLSSEGGHISLAAVTDLDAKLLIELRKEHPHVSLETVFSGPGIAHLYKAMAAVNGITAKHLDAAQISNLANTGECEVCDATLNQFCDWLGSAAGDLALAYGALGGLFIGGGILPRMQSRLLESRFVERFSQKGIMSQYNGQVPVTLVTQDNIPLIGAAACLHNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of glucokinase from Antarctic psychrotroph at 1.69A
rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Pseudoalteromonas
total genus 103
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2012-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vpzA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 3vpzA02
1K8KA 4FWOA 3A5OC 2E2PA 3D2EA 1S22A 3WXLA 3DXKA 4NB4A 3H45C 5BRDA 5FPMA 4FWLA 2VWBA 3H1VX 1HKBA 4BGBA 5EXWA 3JXUA 4BRQA 1TUUA 3UKRB 4BGAA 1WUAA 1NM1A 5AQKA 4CBWA 1J6ZA 4BROA 2P9UA 2BUPA 5AQRA 5I9EB 3FLCO 1NGAA 3ZETB 2Q0RA 4QS7A 2CGJA 2E8AA 3TPQA 5BR9A 4ISFA 3B8AX 4Y0WA 5AQYA 3LDOA 2P9IB 3C0BA 3KVGA 5AQTA 2PAVA 4H5NA 4BVOA 1KAZA 3R8EA 4BRLA 5AZIA 1GLAG 1V4SA 1TUYA 2E88A 3QICA 3DWLA 3H6EA 3VF4A 3VETA 4WYBA 5JICA 2P9KA 2VYPA 2W41A 2J4RA 1H1VA 3QFPA 4ISGA 5LJWA 1CZAN 1G99A 3CJBA 3CJAA 3FZHA 3VEYA 3HI0A 2FSKA 2ZF5O 1E4GT 3A5NC 5KPRA 1LOTB 4JD2B 3UE5A 4PKHA 5ELZA 3ZEUA 3U8XA 3MMVA 3O08A 5BPMA 4PL7A 4RCHA 4BG8A 2QWMA 2NZTA 3CI5A 3F9MA 4BC3A 4LC9B 5AQWA 4H0VB 3O8MA 5AQNA 4A61A 1NGJA 2CGLA 3EO3A 4EAHD 4JHDA 3M1FA 3EN9A 5BN9A 3MN7A 4FWMA 2P9LB 5F2RA 1SZ2A 1U6ZA 4DB3A 3GE1A 4H0YB 1KAYA 5E84A 1GLDG 4FPBA 4BG9A 4IO8A 1QZ6A 4GY2B 3LDLA 5CE3A 1HLUA 4FWPA 1HX1A 2GWJA 2IVNA 4PKGA 3WT0A 4A2BA 4B1WB 4I6MA 4WQ4C 2WUSA 3A5MC 3ZX0A 4EIAA 4MLEA 4H03B 1BA1A 3HZ6A 4FO0A 1QZ5A 3KZBA 1ZC6A 4K42A 1C0GA 4GNIA 3ULEB 1BO5O 5JMVA 1DKGD 2PBDA 3C7NB 4B1ZA 2YHXA 1HJOA 5BPNA 3VPZA 5AZJB 3CJCA 2HMPA 1OKJA 1U2VA 3TU5A 1GLCG 3CQYA 2ZGYA 3VGMA 4M7XA 4E1JA 4ISEA 4B1UB 5AQMA 5AQHA 3UKUA 2I7PA 2F9TA 3AAQA 1RFQA 2AA4A 4MO4A 4MO5A 4XH4A 3CJ1A 4O8KA 3ZX2A 2P9NB 3SMPA 4FWQA 2YJFA 1Z6RA 4BR0A 3QMLA 5TKYA 1GLJO 5KQ8A 5F0XA 1XUPO 3FZKA 3M3ZA 3MCPA 3RSEB 4DQ8A 4FL9A 2FSNA 3QBWA 3IDHA 3MN5A 3M6GA 3IFRA 3W0LA 2VCPA 3VEXA 3W3DA 4EHTA 4RTFD 1KXPA 2Q36A 4H5TA 3AARA 4IZ9A 3CERA 3VEWA 1T6DA 3D7EO 5KQDA 3AY9A 3ATUA 4M63C 3P4IA 5AQZA 4DCHA 5FPNA 1YUWA 3VERA 3LDQA 3MK6A 4B1VA 5JLFA 1GLEG 4KBOA 5JLHA 4A62A 1S3XA 1BA0A 2Q31A 2E1YA 3FZLA 1D4XA 3DXMB 2A41A 1IJJA 2D0OA 3ATVA 2E1ZA 2A5XA 5KPTA 2P9SB 3AAPA 5AQOA 3D2FB 3ULEA 4CZMA 3GDQA 4K25A 5EY4A 3HSCA 2P9PB 3LDNA 4NO7A 1SAZA 4CBXA 2E2QA 1T6CA 1X3NA 1XQSC 3GBTA 4FWSA 4EFHA 1ATSA 1ATRA 3R6MA 4CZJA 2GUPA 3H3OB 2A40A 3FGUA 3VGKA 1NGBA 1ZBSA 4K43A 5FPDA 2HOEA 4JN4A 4FOEA 3WEEB 1JCFA 2D1KA 5AQIA 2Q2RA 1MWMA 3O4WA 2KHOA 2D4WA 3WXJA 5FPEA 2A6AA 3QFUA 2F9WA 5AQLA 4WQ4A 4B1XB 2CH5A 4H0PA 2NLXA 2W40A 1YVNA 1QQMA 4IXCA 1BUPA 3FZMA 1TYQB 3S41A 2Q1NA 2CH6A 3IMXA 3BF1A 1GLLO 1NGCA 3UKRA 3WXIA 4CZLA 2ZWHA 3VESA 4CZIA 2E20A 3O80A 4BR7A 2ASPA 1XC3A 3GOIA 3EL2A 4H0TB 4FPAA 2GELA 4H5WA 4XH5A 5AFUH 3SK3A 1BU6O 1HUXA 1X9JA 3ZETA 4CD3A 1NMDA 1K8KB 2E2NA 4XEIA 3D2EB 4BR9A 2P9IA 4RWTA 2QWNA 3DXKB 3VEZA 4CZGA 2FF3B 3DAWA 3D2FA 4BR5A 5AFUA 2Q0UA 1QHAA 2V52B 1EQYA 3QDKA 3DJCA 3QBXA 2EWSA 3MN9A 3R9PA 2QWLA 3J8AA 1BWFO 5AQFA 4H0XB 4CJ7A 4IWVA 5B8HA 3O1BA 5LJVA 2FXUA 3BEXA 3WXKA 1DEJA 3LDPA 4BQZA 5F1XA 3VEOA 5AQXA 2HF4A 4DHYA 4BR4A 5BN8A 4PKIA 4JD2A 3A8YA 3SMSA 3FE1A 1SQKA 2GWKA 4L3QA 3CHWA 4AM6A 4CI6A 1MA9B 3UB5A 4BC2A 1QQOA 5ADXH 3QB0A 4BC5A 2GTDA 4FWNA 5AZIB 3MN6A 3SLCA 2P9KB 4PL8A 3O5BA 5AQJA 2QWRA 2YI1A 2P9LA 4O5FA 4WQ5C 3OHRA 3CETA 5ADXA 3O1WA 2QWQA 3FFKB 4IJNA 4FWKA 3U9DA 3IUCA 4FWRA 3U9ZA 3ZEUB 4F9OA 4BRHA 3ENHA 5KPZA 2BTFA 4H5RA 1JCGA 3LL3A 1NGIA 1QQNA 5AQQA 4H0OA 3U4LA 4BR2A 2IVOA 3G25A 1IG8A 4JHDB 5BPLA 2QWPA 2ASMA 3EKSA 4YDUC 3I33A 3L4IA 4QS8A 1P8ZA 4J8FA 2HF3A 3KHYA 4JAXA 1RDWX 5AQSA 3MDQA 3C7NA 3ENOA 1R59O 4BRNA 4B9QA 2A3ZA 4A2AA 2Q97A 5AZJA 3VF6A 5BRHA 3WUHA 1WOQA 1YXQA 2FLOA 4I6MB 4BRCA 1RGIA 3FR0A 4BRDA 3VF2A 5AQGA 2QXLA 2AP1A 3L6QA 1YAGA 3VEVA 3H46O 3HBTA 2P9NA 3BP8A 2V7ZA 1BOTO 1NWKA 3RSEA 1NGEA 4XH1A 4CZKA 4BRAA 3FZFA 1HKCA 3HTVA 1DGKN 3EKUA 5AR0A 4H5VA 2YCHA 1MWKA 4FSVA 1NLVA 1U2VB 1HKGA 3JS6A 3VENA 4BRKA 3CJ9A 1LCUA 1BG3A 2UYTA 4JNEA 2ZGZA 2OANA 3UKUB 3A5LC 3WQTA 2D0PA 1NGHA 1ESVA 1JCEA 2H3GX 2QM1A 3DXMA 5AQPA 3VOVA 3WQUA 4CZFA 4CD1A 2P9SA 2V51B 2V7YA 1Z05A 2ITMA 4BRMA 4AM7A 1GLFO 2A42A 2P9PA 2ASOA 2NRHA 1NBWA 4BRIA 1NGFA 2QWOA 1Y64A 2DPNA 4BREA 1Q18A 1MDUB 3BUZB 5AQUA 4CZHA 4Z94A 5BREA 4FOIA 2YJEA 3H1QA 2I7NA 3VGLA 2P9UB 1NGDA 2IVPA 1NGGA 1ZXOA 4WQ5A 3WEEA 3EZWA 2E2OA 3GL1A 3GG4A 2CGKA 2FF6A 4QS9A 3ZX3A 4C23A 1KAXA 2YHWA 2IIRA 4BRGA 4EHUA 1HPMA 5E26A 4BQLA 4B1YB 4BVPA 5EVZA 4BC4A 5BRFA 3CJ7A 3ID8A 1V4TA 2YHYA 5LY3A 1X3MA 2GEMA 3SJHA 1BDGA 3HM8A 4HTLA 5EOYA 3LM2A 3L0QA 5EX5A 1TYQA 3CIPA 4BRPA 4MLHA 2FSJA 3O6WA 3LM9A 4IJAA 1E4FT 1C0FA 3I8BA 4HWIA 4YDUA 3CQXA 3A0IX 4CZEA 3H3NO 4K41A 1ATNA 1T44A 5AQVA 4CBUA 1GLBG 2QW9A 4M7YA 3BF3A 4BRFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W7AA 1JXBA 3WXLA 3QEIA 1TKDA 5BRDA 2KLAA 1HNIA 1Y97A 3LP2A 3QIPA 4FWLA 1HKBA 3WXMB 5EXWA 4NYNA 4CGGA 2IAJA 3ID6A 4HUEA 2BH1A 1VQKN 2HNZA 1WUAA 3AA4A 3AO2A 3JSMA 1NM1A 4JLHA 4CBWA 4AQYK 2Y1IA 1J6ZA 5J2NA 5AQRA 4AHSA 1RT3A 3FLCO 4IOAL 5BR9A 3B8AX 4DU3A 5J2QA 3LDOA 1SKRA 3KVGA 5AQTA 3VQ8A 2PAVA 3ZYYX 4LY7A 2Z1IA 2Z1JA 4KHUA 5FLXO 3R8EA 2OPSA 5AZIA 4OPJA 4DSFA 4J2BA 3MEEA 4WYBA 2P9KA 2VYPA 1FK9A 2W41A 4DSEA 3KLIA 4ISGA 1NOZA 2VGMA 2O8FB 1U04A 1CZAN 1G99A 3CJBA 2DTUA 1S1VA 1VSFA 2G8VA 4CFAA 5I42A 3EE9A 2FBTA 3CPWM 4PKHA 4DU4A 3P1GA 3L3UA 2X6NA 1W2BM 3F9MA 1KTQA 4O0JA 3PIPL 1JLCA 4H0VB 3V1OA 3PO4A 3O8MA 5AQNA 3L2UA 3OYMA 1RT4A 1JLBA 4J2EA 3EN9A 4CW7B 1EWQA 4OGEA 3NGIA 5F2RA 1NK4A 4JKDA 4DB3A 4KO0A 4HCCA 4KTZA 4MQ3A 2X6SA 1A5XA 3NH0A 3RRHA 2XY6A 1RDUA 3SUOA 1M90O 4GY2B 3LDLA 4DV4K 2IVNA 4A2BA 4WQ4C 3A5MC 4EIAA 3NDKA 3T1HK 3PV8A 1J9AA 4H03B 3HZ6A 3KZBA 1ZC6A 5CR4A 1RTDA 1XC9A 3FFIA 1C0GA 3ULEB 1Q8IA 3F9KA 3BY5A 1VRTA 3V6DA 1DKGD 4J2DA 4RW4A 3DRSA 2YHXA 1HJOA 1TK5A 3VPZA 1NU0A 1OH5A 3CJCA 3CMAN 4F3OA 2HMPA 1VK0A 1U48A 1S1UA 1SV5A 4M7XA 4E1JA 4ISEA 4B1UB 4CFCA 5AQHA 3UKUA 3NFAA 3AAQA 1S9EA 3A2FA 1N33K 3CJ1A 3SV3A 2P9NB 3SMPA 1YVUA 1RDBA 2R7YA 1O13A 2Z1GA 1ILYA 3HP9A 3M3ZA 4DQ8A 5M1QA 2ETJA 2OPQA 3QBWA 3IDHA 3L2RA 3MN5A 4CEDA 3RTVA 4ZTFA 1KXPA 2Q36A 3AARA 3HT3A 3V9ZA 3CERA 3OYDA 3LDSA 2HHHK 2HB5A 3C6AA 2YNGA 1YUWA 5JLFA 3LDQA 3MK6A 4O4GA 4B1VA 3NAEA 2VG7A 1GLEG 4KBOA 4M3XA 4A62A 3J7AP 3QIOA 2E1YA 2WBNA 3G0ZA 4MDBA 2E6MA 3HSTB 3DLBA 2E6LA 1IKYA 1QQCA 3AVKA 3C65A 3GDQA 2ZJQL 3HSCA 1VQ5N 4I2PA 2I5JA 5KRTA 5HRRA 1YJNN 4EFHA 3DMJA 4K43A 3TWHA 4E89A 4JN4A 4FOEA 3O9RA 1JCFA 4FVUA 4E7KA 3SV4A 4B9VA 1P90A 4DS4A 3SYZA 3WXJA 5FPEA 3QFUA 4YHHK 2F9WA 3THXA 4B1XB 2CH5A 4H0PA 3O3GA 1HR0K 1L3VA 1S6PA 1QQMA 3FZMA 3T1YK 4DS5A 1OH8A 1ZBHA 3THVA 1NGCA 3WXIA 4GVMA 3CM6A 3CQ8A 1X9WA 2E20A 2ASPA 3GOIA 3DM2A 1C0TA 1HYVA 3MEDA 4DUZK 5GIOA 1NJXA 1FJGK 4CD3A 1NMDA 4YOYA 3AA3A 4FW1A 4F8RA 4IO9L 4NCGA 4BR9A 2P9IA 3AVIA 3DXKB 1TK0A 1XI1A 2HMIA 2A1RA 1WBDA 4CHNA 3RRGA 1Q86O 4C8LA 3U3YA 1KRPA 4DR5K 3THYB 3J8AA 4B3OA 2YKNA 4B3SK 4CJ7A 2X78A 3BEXA 1CLQA 2YNFA 4BR4A 3F2KA 4PKIA 4DR1K 1WBBA 4AM6A 1NK9A 4IKFA 1K6YA 2KZMA 5ADXH 4FWNA 3TARA 4DUYK 3MN6A 2DFEA 3TAMA 4U7BA 3L4QA 1RDDA 3CFRA 5AQJA 1KLMA 3TAQA 2YI1A 3VA3A 1JXEA 1VQMN 3CETA 2YHBA 2YKMA 1LAWA 2G8FA 3FFKB 4LH5A 1NK6A 4FWKA 1NKCA 4XIUA 3IUCA 4BDPA 1ZBUA 3LL3A 1NGIA 5AQQA 3QNNA 5GADP 5KGWA 4JK7A 3L2WA 2WTUA 4LSLA 2P1JA 2PFUA 3G25A 3EE8A 2QWPA 2ASMA 1Q9XA 3EKSA 4CJSA 4IFYA 3L4IA 1R0AA 1YJ9N 1KD1O 4JAXA 3MDQA 4DV6K 4CGIA 1NNEA 1ZBFA 3AVFA 4M3TA 4BRNA 1HRHA 4AHRA 1NMNA 2QK9A 3VF6A 1B92A 5BRHA 4YOXA 1RILA 4E3SA 2FLOA 1NK5A 1VSKA 4M3WA 1KSPA 4BRDA 3VF2A 5AQGA 3G4SN 3OVNA 4JI8K 4DSIA 2IDOA 3F73A 3RR8A 4MDAA 2QKKA 3H46O 1VAZA 3BP8A 2O8EB 1IBMK 3HL8A 5M1PA 1BOTO 3K0SA 4OPKA 3RSEA 3CCJN 1SL0A 3UIQA 3FZFA 4NLCA 5I3UA 1KVBA 3HM9A 3ASMA 2YCHA 2KQ2A 4FSVA 3V1QA 1HKGA 2BDPA 3SUNA 3CJ9A 1LCUA 1TK8A 1BG3A 2ZGZA 2D5RA 2OANA 3VQ9A 3MWTA 3OYNA 1QE1A 4F2RA 2QI2A 4DTJA 1Q82O 2YX6A 3WQTA 1WN7A 2KFZA 3AVNA 4DSKA 5AQPA 2VGNA 3H08A 1VQPN 2WFBA 3RR7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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