3VPZA

Crystal structure of glucokinase from antarctic psychrotroph at 1.69a
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
QFDPILVADIGGTNARFALITAFDAAKNEFVIEYNHTFPSADFGSLQNATRHYLSTVPHIKPVRACLAVAGPIKAGQVHLTNLGWHFSVSEFKQAFSFLQLEVINDFAAFAYAAPYLDSNQNVVIKAGQADENSNIAVMGPGTGFGAACLVRTAQSSAVLSSEGGHISLAAVTDLDAKLLIELRKEHPHVSLETVFSGPGIAHLYKAMAAVNGITAKHLDAAQISNLANTGECEVCDATLNQFCDWLGSAAGDLALAYGALGGLFIGGGILPRMQSRLLESRFVERFSQKGIMSQYNGQVPVTLVTQDNIPLIGAAACLHNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of glucokinase from Antarctic psychrotroph at 1.69A
rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
total genus 103
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2012-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vpzA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 3vpzA02
1MA9B 4LC9B 4BC5A 3LDOA 2E8AA 3VF6A 5TKYA 1BUPA 4FWSA 3EL2A 3BF3A 4AM6A 2E2NA 4FWPA 2E1YA 4BGAA 1DEJA 2HOEA 2YCHA 4JAXA 3U9ZA 3GBTA 3LL3A 3O08A 4XH5A 1HKGA 4BVPA 1JCFA 4F9OA 1RGIA 4I6MA 2ASPA 4BQLA 5AZJB 3VETA 2V7ZA 3R8EA 5JLHA 5KPZA 3R6MA 3A0IX 2CGKA 4BR5A 3FFKB 3ULEB 1Z6RA 2CGLA 3W0LA 1TUUA 2E88A 3EKUA 3VGLA 3H3NO 2FSJA 2QW9A 4WQ5C 2NRHA 1KAZA 4CBUA 4JHDB 3FZKA 4CBXA 3D2EB 1HLUA 2YJFA 3H45C 4FPAA 5AQVA 1WUAA 4H0PA 3CJBA 3CQXA 3W3DA 4CJ7A 5AFUA 3FZMA 5KPTA 2CGJA 4FWLA 4YDUA 3CI5A 2VYPA 3O1WA 1V4TA 3FZLA 4CD1A 3A5NC 3D2FA 3JXUA 3QICA 4Z94A 3BP8A 1ESVA 4BGBA 4MO5A 2W40A 2GWKA 3SK3A 3EZWA 4YDUC 3L0QA 1J6ZA 2V7YA 1QQNA 4CZEA 2IVNA 4BC2A 4BQZA 1T44A 3QB0A 2WUSA 4MLHA 4CBWA 2P9PA 2P9IB 4H0VB 3UKUA 5LY3A 5AZJA 1T6DA 4CZLA 1GLDG 1BA1A 1E4GT 5AQQA 4I6MB 3ZX3A 4CD3A 5AQTA 2Q31A 4FWKA 5AQZA 1GLEG 2E1ZA 2P9NA 5AQXA 3UKUB 5CE3A 3A5MC 2CH6A 2YI1A 1QZ6A 2ASOA 1MWMA 4DB3A 2YHYA 5KPRA 3HI0A 3O6WA 3ZETB 4H03B 5EX5A 3KHYA 5JLFA 4L3QA 2Q36A 4BC4A 3L6QA 3JS6A 3ZEUB 4EHTA 1P8ZA 2D4WA 5ADXA 4ISGA 3DXMB 1GLCG 3WEEB 3IMXA 3VF2A 2V52B 2VWBA 1K8KB 3ATVA 1H1VA 2ZGZA 3ZEUA 3ZX0A 4FWNA 2A40A 2A6AA 1NGIA 3SMPA 1ZBSA 4PKHA 4BR0A 5EY4A 3QBXA 3D2FB 1CZAN 3UE5A 1NMDA 5F1XA 4FWRA 2HF4A 3M3ZA 1QHAA 4CZJA 4DCHA 4IJNA 1XC3A 3HBTA 4WQ4C 2E2PA 2IIRA 1LCUA 4CZGA 4BR2A 3IUCA 4FWOA 5BRDA 4HWIA 3O4WA 3FR0A 3DXKA 5AQKA 3VEVA 1DGKN 1NGJA 1LOTB 1YAGA 2PBDA 5EOYA 2ZF5O 3KVGA 3WQTA 1HUXA 3WQUA 2H3GX 3CHWA 3HM8A 4K43A 1GLBG 2QM1A 2UYTA 3BEXA 4AM7A 1NGGA 1V4SA 4A62A 1U2VA 5BPMA 4H5TA 5AQPA 3O1BA 4BVOA 2BUPA 2E2OA 4M7YA 1ATSA 3OHRA 1NGFA 5AQIA 4A61A 3BUZB 1SQKA 4FWMA 4DQ8A 2ZGYA 3MMVA 3WXKA 4H5WA 1NM1A 3G25A 2IVOA 4NO7A 1KAXA 3U9DA 1X3MA 3QMLA 2FLOA 4B1ZA 3C0BA 5BREA 1GLAG 5AQYA 3QFUA 1NWKA 4FO0A 2VCPA 5FPNA 1BU6O 3IDHA 3CJCA 3VOVA 1S22A 4JN4A 4GY2B 5JMVA 3LM9A 3SLCA 5KQDA 2QWOA 4PKGA 3A5LC 4IZ9A 4NB4A 3RSEB 3ATUA 4BC3A 2P9KB 5AR0A 2I7PA 2P9SA 3EN9A 3MDQA 3D7EO 3VEXA 3WXLA 4BRFA 1IG8A 2ITMA 3DXMA 3DXKB 5KQ8A 1Q18A 3MN7A 4M63C 1HJOA 4B1YB 3WEEA 1SZ2A 4BRIA 3MCPA 4C23A 5AQOA 4JHDA 1YVNA 3DJCA 4B1WB 1XUPO 2AP1A 4M7XA 4WQ5A 4WQ4A 3WXIA 3H1QA 4BRLA 4JNEA 5AQRA 5AQUA 4E1JA 3CJAA 1XQSC 4FOEA 4BROA 3GE1A 4A2AA 2OANA 5I9EB 4B9QA 4QS8A 2YHXA 1D4XA 4CI6A 3FGUA 4ISFA 1QQOA 1NGCA 1BG3A 3J8AA 3ID8A 2F9WA 1NLVA 5EVZA 4BRPA 3LDLA 5F2RA 4FOIA 5ADXH 4B1VA 3I8BA 4B1UB 3HSCA 2GTDA 3LDNA 3VEWA 1DKGD 3VPZA 3CQYA 4RTFD 1JCEA 2P9IA 5FPDA 1Y64A 3M6GA 2D1KA 4FSVA 2D0PA 4H0TB 2F9TA 3HTVA 3P4IA 4O8KA 3AAQA 4CZFA 2P9SB 1T6CA 4XH4A 2A41A 3EO3A 3A5OC 4H5VA 2HMPA 3CJ1A 4O5FA 4IJAA 1NGBA 2GELA 4IWVA 2A42A 2ASMA 3GL1A 5F0XA 4BR9A 3GDQA 3HZ6A 5BPLA 5E84A 3AAPA 3DWLA 2GWJA 5AQNA 1MDUB 4CZHA 3TPQA 5ELZA 4CZKA 5BR9A 3O8MA 2DPNA 1X3NA 5BPNA 1ATNA 3SMSA 5EXWA 1GLJO 1HPMA 1K8KA 3VEYA 3ULEA 1GLLO 4BRHA 4BRCA 1C0FA 2P9KA 4BG9A 5AQHA 1ZXOA 1KXPA 3LDQA 4QS9A 3FZFA 3VESA 1OKJA 3AY9A 4IXCA 4XH1A 5AQGA 2E20A 1GLFO 2Q0RA 3KZBA 3MN6A 4J8FA 4MO4A 1E4FT 3O5BA 5AFUH 3BF1A 3ZETA 3ZX2A 4FL9A 3SJHA 4BR7A 2AA4A 4H0XB 2V51B 4EHUA 5LJVA 1RFQA 4GNIA 3GG4A 1TYQA 3MN5A 3GOIA 4JD2B 3MN9A 1EQYA 2P9NB 1NGDA 2P9LA 3LM2A 3QBWA 3QDKA 2QWRA 2ZWHA 1BOTO 4KBOA 1X9JA 1SAZA 1YXQA 5B8HA 2P9LB 4BREA 2GUPA 1G99A 2QWQA 4BRQA 4A2BA 4EIAA 5LJWA 4PKIA 1U2VB 3UKRB 3CJ7A 1MWKA 1BO5O 3A8YA 3VGMA 4RCHA 1NBWA 2QWMA 1BDGA 3CERA 1QZ5A 3CETA 3H3OB 4QS7A 2BTFA 2FSKA 2GEMA 3UB5A 5AQMA 4PL8A 4ISEA 1NGAA 3TU5A 2CH5A 4FPBA 4PL7A 5AZIA 4CZIA 2NZTA 1TUYA 3B8AX 1HKBA 3VF4A 4DHYA 2FF3B 5BRHA 3I33A 3L4IA 4FWQA 4K25A 4H0YB 3VERA 4BRDA 5BN8A 3FZHA 3H1VX 4BRGA 3R9PA 3ENHA 3U4LA 3S41A 1BA0A 2FF6A 4RWTA 2HF3A 1U6ZA 3LDPA 5AQJA 5AQLA 3VEZA 2Q1NA 1YUWA 3M1FA 1WOQA 4BRAA 1QQMA 3H46O 3FLCO 1HX1A 3D2EA 2Q97A 3EKSA 1ATRA 3QFPA 4K42A 4H5NA 2NLXA 4MLEA 3MK6A 4XEIA 5FPEA 2KHOA 3DAWA 1KAYA 3VEOA 2D0OA 3VENA 1BWFO 2YJEA 4Y0WA 4BG8A 2P9UA 3CJ9A 2PAVA 2QXLA 2EWSA 1C0GA 3AARA 5FPMA 3RSEA 1S3XA 3IFRA 1Z05A 5BRFA 5AQFA 1RDWX 1IJJA 2P9UB 3ENOA 5JICA 4IO8A 3O80A 2A3ZA 2W41A 2FSNA 4B1XB 4BRMA 4H5RA 2Q2RA 2J4RA 1NGHA 5AQWA 1ZC6A 3U8XA 4BRNA 5AZIB 2YHWA 5E26A 4JD2A 3WXJA 4BR4A 3WUHA 1TYQB 2I7NA 3FE1A 3VGKA 3WT0A 1HKCA 2IVPA 3C7NB 4EFHA 2FXUA 2A5XA 4EAHD 2P9PB 2QWPA 4H0OA 3CIPA 4BRKA 5AQSA 3C7NA 4HTLA 1NGEA 1R59O 1JCGA 3H6EA 3UKRA 5BN9A 2QWLA 2QWNA 4K41A 4WYBA 2Q0UA 4CZMA 3F9MA 2E2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IG1A 1A5XA 2KTQA 3LDOA 3VF6A 1BUPA 1JLGA 4M3RA 4FWSA 1B9FA 4AM6A 3AVJA 3ZSWA 3PY8A 2YCHA 4B3OA 3ZT4A 4XH5A 2RHKA 3EY1A 4F9OA 1E3MA 3THVA 1U47A 4BQLA 4KHNA 4E19A 3CCLN 5IT9O 2BE2A 5JLHA 5KPZA 3NH2A 3H08A 4BR5A 3E66A 3VQ9A 3U3YA 3FFKB 1VSEA 3W0LA 2E88A 1YHQN 2F8TA 3QEVA 3CYMA 4CIEA 1NK0A 1IKWA 4DV4K 1VQ4N 3V9UA 2QTDA 2QK9A 4CECA 4CJSA 1VSMA 4AQYK 1BGXT 4HHTA 1HLUA 3CG7A 4ILHA 4A5AA 3LZIA 1RTHA 4FPAA 5HBMA 4E1MA 3SUOA 4M41A 5GAHP 1F21A 4H0PA 1ZBUA 3FZMA 5KPTA 3HPGA 3O1WA 3TAPA 3K58A 4DFJA 4JV5K 3TAEA 4G9ZA 2E5LK 1L3SA 3U3GA 4MO5A 3C6HA 4W5OA 4LF9K 4B3RK 1XC9A 3L0QA 1J6ZA 1EXQA 4BQZA 3HP9A 4A57A 4X64K 4NYFA 3OYNA 2NRWA 4DF4A 4AH9A 2WUSA 5HOOA 1S1UA 1S9GA 2P9PA 4B8AB 3UKUA 3AO1A 1L3TA 4FVUA 1E4GT 4CEFA 4FJ9A 2P9NA 2PZSA 2QKKA 2CH6A 3V6DA 1UAXA 2ASOA 3D45A 3KWGA 2YHYA 4JYAK 1R0AA 1NJIO 2KZMA 4GKKK 1JLFA 4NXMK 3KHYA 1RDUA 3VQ5A 4KHPK 3NCIA 2XY6A 3ZEUB 1P8ZA 2D4WA 3AO3A 4DR5K 4FLTA 3VA3A 4DKWA 3AVCA 5LL6Z 1K8KB 1XNQK 1YF5L 4YORA 1ZBFA 3HYFA 3WNFA 3T1YK 4DR6K 4AHCA 1HNXK 4CJLA 3QBXA 3M8PA 3NGZA 3S3MA 1NMDA 4FWRA 2HF4A 1VQ6N 2O8CB 1QHAA 4DCHA 2NRTA 2HHXA 3WNEA 3QETA 1CXQA 1EP4A 4BR2A 1QS4A 4WF9L 4HWIA 4CHZA 3O4WA 3AVFA 3DXKA 1DGKN 1NGJA 1LOTB 5EOYA 3OYIA 3WQTA 1GOBA 4CHOA 3HM8A 4DTRA 4GV3A 4FJKA 1WSIA 3MXIA 5J2QA 1RT1A 2B5JA 3SPZA 2E2OA 4CJFA 4IOAL 1SV5A 5AQIA 1TK8A 4R79A 3LP1A 3MMVA 3WXKA 4O55A 3OY9A 4BWJA 3O4NA 3CCUN 3THXB 5AQYA 3WNGA 4IBNA 1GOCA 3SBTA 3CJCA 2UUCK 3LP3A 1ASVA 4Z4EA 4PKGA 3A5LC 4C1NK 4FXDA 4B9SA 4JKAA 5AR0A 2I7PA 3MEEA 3ZLJA 1XI1A 4X62K 3DI6A 3D7EO 4MDAA 1BQNA 2HHVA 3LPUA 3DXMA 4DV6K 3V9WA 3JAMO 4W5NA 2ZQBA 4YY3K 4FJJA 4LF4K 1SZ2A 3BDPA 3DJCA 3DRRA 4WQ5A 1LWCA 2ZJQL 1TL3A 1BCOA 3PSFA 3H1QA 1OH6A 2X74A 3OS0A 3THWA 1YT3A 2FBYA 4LFCK 4A2AA 5I9EB 3PIOL 4B9QA 4QS8A 2YHXA 3VQCA 1NMNA 3SNNA 2G8HA 3AV9A 1U4BA 4DU3A 1XNRK 4GKJK 1QQOA 4BRPA 4B3MK 3ID8A 2ZM6K 3LDLA 3TAGA 1IKXA 2IGIA 4Z4CA 3DLLL 2GTDA 1VQLN 3NF7A 4DTUA 4RTFD 3K2PA 4FZZA 5DM7L 2P9IA 2YKMA 1KRPA 2O8DA 4LSLA 2Y1IA 3RRHA 2F9TA 4IDHA 3OYBA 3CPWM 1IBKK 4J2AA 3EO3A 4HUGA 4C1NI 4OKEA 4OGEA 4YOTA 1CLQA 2GELA 3P38A 3NH0A 4JI4K 3E01A 2ASMA 1O13A 5BPLA 3I8DA 3DWLA 2KKZA 3TPQA 4FJHA 4GMJB 3KLFA 3SJJA 3O8MA 1WAJA 3NBPA 5KTQA 1ATNA 1D9FA 1WB9A 4KO0A 4FK4A 3O3GA 1GLLO 4BRCA 2P9KA 4BG9A 1D9DA 1ZXOA 2OPQA 3IAYA 1KXPA 3V4IA 1BHLA 2NRVA 1HYZA 3FZFA 3AY9A 4IXCA 1NK6A 4FJ5A 1VQON 4O0JA 2Q0RA 1S6QA 3KZBA 3VQAA 4Q5VA 4MO4A 1E4FT 3BF1A 2KFNA 3RRGA 3VQDA 4FL9A 2BGGA 3SJHA 4JI8K 5E41A 3P5JA 4CIFA 1P90A 4JD2B 1ZYQA 1HNWK 4IFVA 3VQ7A 4E0DA 4F3OA 1NGDA 1L3UA 4HUEA 1WAFA 2ZD1A 4KREA 4YHHK 4KBOA 3QEIA 1SAZA 5B8HA 2P9LB 4DTXA 1G99A 3BY5A 5LJWA 2YNFA 3L8BA 4CHQA 3OTOK 4I2PA 2HHQA 5J2PA 4JI0K 1JLQA 1QZ5A 5K14A 2FSKA 3OVNA 3AA4A 4M3YA 4CF1A 1SL2A 3UB5A 2OPSA 4PL8A 2VQEK 5GAGP 4M3TA 4E1NA 4CZIA 4CEEA 4IOCL 3VF4A 2FF3B 1T7PA 2G8WA 1NJYA 2KFZA 4NCAA 3KLGA 2O8FA 5JVGL 1Q81O 3ENHA 1I39A 3S41A 2G8IA 4WFAL 2FF6A 4CJQA 4JKCA 4CJVA 3KD1E 3O9TA 4FJLA 1N32K 3ZSZA 2Q1NA 3M1FA 1SUQA 4DQPA 4OLBA 4FM0A 3FLCO 1HX1A 3D2EA 2Q97A 4N76A 1ATRA 3C94A 3MXJA 3CMAN 2UUBK 3LPTA 4XEIA 2QXFA 4GV9A 4JI5K 1KAYA 3VEOA 3VENA 4CE9A 3LAKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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