2P9UA

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with amp-pnp and calcium
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin-like protein 3
publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
molecule tags Structural protein
total genus 129
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9uA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9uA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9uA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9uA04
1KXPA 4EFHA 4BR0A 2IIRA 3MK6A 4H0YB 2GWJA 3ZX3A 3C7NA 5AQTA 4H5VA 1G99A 5EY4A 1LOTB 3CERA 5AQHA 2D0PA 3CI5A 3WEEB 1EQYA 4BG9A 1V4TA 5ELZA 4Z94A 3O8MA 1OKJA 2IVPA 4O5FA 5JLFA 3ZX0A 5BPLA 2NZTA 3GL1A 2Q97A 3LDOA 4YDUC 5JMVA 3O5BA 1HJOA 4B1UB 1Q18A 1Y64A 3FZFA 3CQXA 4BGBA 2F9TA 3JS6A 4FWLA 3MN6A 1NGJA 1E4GT 5EXWA 4A62A 3IFRA 2UYTA 3TU5A 2V7ZA 4M63C 1KAXA 4A61A 2E20A 2P9UA 1RFQA 1GLBG 3EO3A 1U2VA 4B9QA 4BR7A 3EN9A 4K25A 1JCGA 1NGEA 3VESA 3SMSA 2FSKA 2E2NA 1TYQB 1BO5O 3UKUB 1P8ZA 4BR9A 2CGLA 1J6ZA 2ITMA 3VF4A 5FPEA 2QWOA 2HMPA 1BDGA 2F9WA 3QMLA 2I7NA 2ASMA 5AQMA 3HI0A 3UB5A 4BQZA 4IJAA 5AR0A 4H0OA 4K41A 2YJEA 4CBUA 3FLCO 3DXKB 3WXIA 2A6AA 1QQMA 3UKRB 3WEEA 2HOEA 3QICA 5KQDA 3QDKA 1NGHA 2YJFA 3LDNA 1NGFA 3H3OB 3FZMA 4XH1A 1CZAN 4PKHA 3CIPA 1Z6RA 4BRIA 2CH6A 1QQNA 1RGIA 2A40A 2QWRA 1XC3A 5AQFA 1DEJA 1GLJO 4H0TB 4XH4A 4BRNA 4BR5A 5AQPA 4JD2B 5AQIA 4FWOA 4I6MB 3MN9A 3FGUA 1BU6O 1K8KB 5AQZA 5KPZA 1NMDA 1U6ZA 1HUXA 2KHOA 3JXUA 5ADXA 2Q0UA 3U8XA 3DWLA 4BC5A 2P9KB 1JCFA 1X3NA 3L4IA 4BRHA 2QWQA 3VETA 3VGLA 4BRPA 1QQOA 3I8BA 5FPMA 5F1XA 3VEYA 3CQYA 4ISFA 3D2FA 1TYQA 3ZEUB 3ZETA 3VENA 3RSEB 4IWVA 4MLEA 3EZWA 3IMXA 3HSCA 3CJBA 5TKYA 3FZHA 3GE1A 3SMPA 4B1XB 3DXMB 1R59O 2ZGYA 1DKGD 4IZ9A 5AQGA 4JHDB 1ATSA 5JLHA 3FZLA 4J8FA 3A0IX 5BRFA 4YDUA 2VWBA 3DXKA 3O1BA 5BRHA 2ZWHA 3HBTA 1WUAA 4PKGA 2QXLA 3TPQA 2FF6A 1YVNA 2W41A 3DAWA 3M6GA 2A5XA 1X3MA 3AAQA 4KBOA 4C23A 4FWKA 3WXLA 1SZ2A 1S3XA 3WQTA 3OHRA 3R9PA 5BR9A 2A42A 1NGCA 2BTFA 2ZGZA 3CJ9A 3LDLA 4M7YA 4DQ8A 5EX5A 5B8HA 4BREA 4JD2A 4H5NA 1HX1A 4FL9A 4I6MA 1GLCG 4FWNA 3ID8A 1ATRA 2P9LB 4H0XB 4IXCA 2ASOA 4FO0A 4E1JA 2HF4A 2FSNA 2E2PA 4BRGA 3SK3A 1TUUA 5AZIB 2Q36A 3W3DA 4CZEA 4CZIA 4BQLA 3AY9A 2OANA 3ENOA 3ZEUA 3IDHA 3H46O 5AQOA 4EHUA 3HM8A 2QWLA 3AAPA 2P9IB 3RSEA 5AZJB 4XEIA 1MA9B 3FR0A 5AQVA 1HKCA 1QZ6A 1NGDA 5LY3A 3ULEB 3DXMA 2A3ZA 3VEZA 4BVPA 1ZXOA 5JICA 4QS9A 1IJJA 4FWRA 4BRAA 4H5TA 1BOTO 3SLCA 4CD3A 5KPTA 1KAYA 2GTDA 4PKIA 3BF3A 4PL7A 4FOEA 3O1WA 1D4XA 3VOVA 4BRQA 3EL2A 3CJ7A 3VEXA 5BREA 1LCUA 1SQKA 3ATUA 1NGBA 1YAGA 3U9ZA 4AM7A 4HWIA 3WXJA 1HLUA 1GLDG 2VCPA 4K43A 4WQ4C 4L3QA 3QBWA 2Q0RA 5AQWA 4CZHA 4F9OA 2FXUA 4BC2A 4BRDA 3L0QA 4PL8A 2PBDA 3C7NB 3F9MA 4FWMA 2CGKA 1QHAA 5ADXH 1H1VA 2IVNA 2QWNA 5FPDA 4MLHA 3MDQA 3R6MA 4H5RA 2V52B 3BEXA 4H0PA 3A8YA 5BRDA 5AZIA 2QWMA 1JCEA 2CH5A 3O80A 4FPBA 4CJ7A 5AQRA 2P9PB 4ISEA 2QW9A 2FSJA 3LM9A 3WT0A 3GBTA 3GOIA 2E1ZA 5AZJA 3UKUA 1GLLO 3A5OC 3H3NO 5AQYA 2HF3A 2D0OA 2E1YA 3MMVA 4B1VA 3QBXA 5AFUH 3EKSA 4IJNA 2YCHA 4QS8A 3G25A 4LC9B 1T6CA 3LDPA 2J4RA 5F2RA 2ZF5O 1TUYA 2E2OA 1NWKA 3BF1A 1U2VB 2E2QA 4DB3A 3W0LA 5BN9A 3J8AA 3UKRA 2E88A 4HTLA 2WUSA 5KQ8A 3HZ6A 2I7PA 4WQ5C 1KAZA 1T6DA 5AQQA 4FWSA 3VF6A 4BC3A 2PAVA 4BC4A 3S41A 4BROA 3CETA 4H03B 5BPMA 5EOYA 1V4SA 2Q1NA 3AARA 2YHWA 4CBWA 4JN4A 4XH5A 2IVOA 2P9NB 5E26A 4QS7A 2NRHA 1MWMA 4B1YB 2FF3B 2QWPA 5F0XA 1YXQA 1C0GA 4CI6A 2BUPA 3SJHA 5BPNA 3FFKB 3VGMA 1K8KA 1WOQA 2YI1A 3KZBA 4BRKA 2H3GX 2NLXA 1HKGA 3MN5A 5AQUA 1BA0A 2D4WA 1C0FA 3VF2A 2P9KA 3FZKA 1BWFO 2P9PA 4ISGA 1S22A 3ZX2A 2E8AA 1RDWX 4WYBA 3DJCA 4NO7A 1GLFO 4CZGA 2AP1A 2QM1A 4BVOA 3WXKA 1ATNA 3CJAA 1ESVA 2A41A 1ZBSA 4BRFA 3VEOA 3CHWA 3VEVA 4CZFA 4FOIA 1NGAA 3IUCA 4RWTA 5EVZA 1XUPO 3EKUA 2GEMA 1E4FT 1HKBA 3BP8A 4FWQA 4JHDA 4NB4A 5CE3A 3FE1A 1BG3A 3WUHA 1GLAG 3O4WA 1DGKN 1SAZA 1ZC6A 4CZMA 3H45C 4WQ4A 3VEWA 4H0VB 4GNIA 3WQUA 4Y0WA 4RTFD 5AQLA 3L6QA 2P9SB 4A2AA 5BN8A 3D2FB 3D7EO 2W40A 4O8KA 3ZETB 4EHTA 1NLVA 3I33A 3R8EA 4FSVA 4EIAA 3D2EB 5AQSA 5LJVA 1MWKA 2YHXA 5LJWA 1NGGA 3LL3A 1T44A 2P9NA 3C0BA 4FWPA 3VERA 1MDUB 2ASPA 1Z05A 2EWSA 3A5LC 5KPRA 3H1VX 3M1FA 3VPZA 1BA1A 2DPNA 1QZ5A 1XQSC 4BG8A 4RCHA 4A2BA 2P9LA 3VGKA 4DHYA 3GDQA 2CGJA 2GWKA 4M7XA 2Q31A 4CBXA 3M3ZA 3A5NC 3U9DA 4CZKA 1IG8A 1NGIA 3MN7A 4BR4A 3GG4A 3ENHA 3O6WA 2D1KA 4MO5A 4JNEA 2V51B 2P9IA 2GUPA 1X9JA 3U4LA 4CD1A 5AQNA 4BRCA 4AM6A 3LDQA 4H5WA 4K42A 3B8AX 4WQ5A 3ULEA 3QFPA 1YUWA 2AA4A 3CJ1A 3A5MC 5AQJA 5E84A 5AQXA 4B1ZA 2YHYA 4FPAA 2Q2RA 3CJCA 2P9UB 3H1QA 4JAXA 4BGAA 4BRMA 4CZLA 4IO8A 3QFUA 3ATVA 4EAHD 3KVGA 4B1WB 2P9SA 3UE5A 1GLEG 4BR2A 4MO4A 2VYPA 3KHYA 3QB0A 5AQKA 4DCHA 2V7YA 3D2EA 5I9EB 2GELA 3P4IA 1HPMA 2FLOA 1NBWA 1BUPA 4BRLA 3BUZB 3O08A 3H6EA 1NM1A 3LM2A 3MCPA 5FPNA 3HTVA 4GY2B 5AFUA 4CZJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U67L 4E0DA 4LF4K 2DFHA 3MK6A 2GWJA 3E66A 3NVKA 4Z4CA 1G99A 1N5YA 1LOTB 1S72N 5AQHA 1X9WA 2D0PA 3CI5A 3WEEB 3ZT1A 3CYGA 4BG9A 1V4TA 1VHXA 4KHWA 4JK9A 3VQDA 2F4VK 1BGXT 1EX4A 2YV0X 2RE2A 1RBUA 4O5FA 3ZX0A 4GV6A 3LDOA 1Y97A 2HBKA 4AHCA 2PYLA 1RBRA 4CERA 1J5EK 3O5BA 3NVMA 4CGFA 4B1UB 2WOMA 3G71N 4NYNA 3JS6A 4FWLA 1NGJA 1NOZA 5EXWA 3TU5A 5GADP 4A61A 1KAXA 4LD0A 1Q86O 2QEXN 2E20A 1YT3A 2HHQA 5DM7L 4DR6K 1GLBG 2O4IA 3UIQA 4JKHA 3IRXA 5FLXO 4FJ5A 1HMVA 4C1NK 3S3NA 1KTQA 3V9WA 4CGIA 1NGEA 3AVKA 1YTUA 5DM6L 4CJKA 1BO5O 3E1YA 3UKUB 4L8RB 1P90A 3HL8A 1P8ZA 4BR9A 1Q9YA 2CGLA 1NK9A 1BQNA 1DTQA 2HMPA 3EYZA 2F9WA 2O4GA 2HBMA 4M3XA 3UB5A 3AVJA 1OVYA 2UUAK 4FZYA 4F2RA 3AA5X 3K5MA 1U4BA 5M1FA 3J7ZO 2BGGA 2QK9A 2JLEA 1NGHA 1RT7A 4FCYA 3LDNA 3N4PA 2NRRA 3R1XA 3H3OB 4UY8O 3G4SN 5A2QO 3AVFA 3CIPA 1HJRA 5J2MA 1L3VA 4HVJA 2CH6A 2IGIA 1ZBIA 4EP4A 3DYAA 1TAUA 5HRPA 3TAEA 2NNWA 4BDYA 5AQFA 4WFAL 2GBZA 1S1XA 4F2SA 4BRNA 4IOCL 3CCMN 4DV5K 3FGUA 5AQZA 1WBBA 4O0JA 1F21A 3L8BA 2YHAA 1KLNA 4CGJA 3U8XA 3DWLA 1JCFA 1C0TA 3DRRA 4GV3A 1SS6A 3IKMA 1B92A 3VETA 1QQOA 3I8BA 4FZZA 4OPKA 3AGRA 3ZETA 1Q9XA 2G8WA 3AVCA 3BY5A 4IWVA 3IMXA 4JI3K 1QSLA 4DTNA 2KKZA 3S9HA 1VQLN 3T7ZA 4YNQA 5D3GA 1N32K 1REVA 4M41A 5JLHA 3OS0A 3P31A 3CM6A 1S1TA 3DXKA 3O1BA 2ZWHA 1WUAA 2QXLA 4DV0K 5FRMA 1VSKA 1X3MA 3T1AA 4DFPA 4C23A 1NKEA 5CYQA 1VRTA 1SKWA 3OHRA 2BTFA 4C8KA 3LDLA 4J2EA 4DQ8A 1TGOA 1XMOK 3HVRA 3VA3A 4W5RA 4FLYA 4JD2A 4H5NA 4JS4A 1R0AA 4JYAK 4JI0K 4CF2A 2ZD1A 1WAFA 3ID8A 4OO1J 2P9LB 3AVIA 4DG1A 2EHGA 4E1JA 4FO0A 4CJVA 3SQ4A 4BRGA 2HHWA 4F3TA 1Q7YO 4DTJA 2UXBK 4CJLA 4FW2A 1NJIO 4AHTA 5I3UA 3OBWA 3AAPA 1UWBA 4FJJA 1ZBLA 1S9EA 3QEIA 3OY9A 5FRNA 1B9DA 1MA9B 3FR0A 1HKCA 3VQ6A 2HHIA 2YNGA 2YKNA 5JS1A 1NGDA 3ULEB 3DXMA 5CYMA 5BR8K 3SCXA 2RN2A 3O4QA 3P5JA 5GAEP 1NOYA 4CD3A 2UUBK 1S1WA 1RDCA 4PKIA 4B8CA 1W2BM 1UA1A 1XNQK 4FOEA 4QAGA 3L3UA 1A5XA 4HCBA 3CJ7A 3NH0A 4DKWA 1NGBA 4IFYA 3SAFA 4QOZB 4X66K 3CC4N 2Q0RA 1FKPA 4N56A 1WSIA 2FXUA 1VQ5N 3L0QA 3C7NB 4CVNE 1B9FA 4BE2A 1RTHA 4NCGA 3VN5A 3KLGA 4MLHA 4CEZA 4OKJA 1XNRK 3LP2A 4DSIA 2CH5A 1U47A 3AO5A 5AQRA 4M3ZA 2QW9A 3LM9A 3GBTA 4J2DA 1GOCA 4RW7A 2JWLA 1GLLO 3K5OA 3OS2A 2X78A 4B9NA 2XRIA 4CK2A 5AFUH 3EKSA 3CC2N 4AILC 2YCHA 4CJUA 4GKKK 2B5JA 2J4RA 4I2PA 1L3SA 3SQ2A 2ZF5O 1TUYA 3PSFA 1KD1O 4W5TA 1NWKA 3WNEA 3BF1A 1U2VB 4TSXA 4CJQA 4FLZA 4CEOA 3W0LA 5IWAK 5BN9A 4FM1A 3HPHA 1HYZA 1ITGA 1QSYA 4J2AA 1VQ7N 4K8ZA 1KAZA 4E7IA 3PY8A 1T6DA 5AQQA 3SI6A 2WBNA 3S41A 4BROA 3CETA 1ASWA 2Z1JA 2YHWA 3TAGA 2G8UA 4CJSA 4G1QA 4XH5A 2P9NB 1RILA 4JKDA 2BUPA 3SJHA 1E3MA 1K8KA 2YI1A 5HRRA 4CEFA 3QNNA 1LAVA 2H3GX 2R7YA 1HKGA 3MN5A 1EWRA 3K57A 2VQEK 3S3OA 3VF2A 3OBYA 3FZKA 1XHZA 3V1RA 1KVBA 1IO2A 4DQIA 1BWFO 3ZT3A 1S22A 4CIFA 2E8AA 3EY1A 2OTLN 3MX5A 2AP1A 4KAZA 1KVCA 1NMNA 3CJAA 3DLHA 2A41A 5HLFA 2C1GA 4E72A 3SNNA 3TAMA 1QS4A 4FOIA 1XUPO 3J7AP 4CK1A 2GEMA 3THYA 4CGGA 1E4FT 4JHDA 5CE3A 4NB4A 3NGZA 3FE1A 3HT3A 4E89A 1GLAG 1ZC6A 4WF9L 3CCSN 1RT4A 3CC7N 4Y0WA 4HHTA 4A2AA 2D5RA 5BN8A 1S5JA 3CCQN 4DQRA 3M8PA 1JLGA 4JV5K 4FJ7A 3AA4A 5GAHP 4CJFA 2KZMA 2UU9K 3OW2M 1UOCA 4JS5A 2O8CB 3C0BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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