3MECA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with tmc125
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
552
structure length
550
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
publication title Crystal Structures of HIV-1 Reverse Transcriptase with Etravirine (TMC125) and Rilpivirine (TMC278): Implications for Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords p66 Reverse transcriptase
total genus 149
structure length 550
sequence length 552
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 3mecA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mecA05
3K57A 1I6JA 3K58A 1D0EA 3LZIA 4K4WA 3AVMA 3C6UB 4NYFA 3KLVA 1TQLA 4J9OA 4DTJA 4B9MA 1LAWA 3DLKA 3KLFB 4DF4A 3L2RA 5J2MA 2W7OA 4BWJA 3I0RB 3UQSA 4ECTA 4HYKA 1HMVB 3RB0A 1RA6A 4MKBA 3K5NA 3OYKA 4YR0A 4DLEA 3BGRB 3RBDA 5FDLB 3KLGA 1TVRA 2OPPA 3SQ1A 4RW6B 4GW6A 3MFHA 2OPRA 2F96A 2RN2A 3PW2A 1TKXA 3BSNA 1RDBA 4RG8A 4FJNA 4ZMMA 4PQUA 3OSNA 4Y34A 3ZCMA 4QWDA 4FJHA 5KFJA 2J6TA 3OYMA 1IKYB 4NZ0A 4CEDA 1JKHA 2C2DA 4DEZA 4RU9A 4IQXA 2VWKA 4H8KA 1RTIA 1S6QA 3MEGA 2Q3SA 4CEOA 5F8MA 3QLHB 1G15A 3CFOA 1DTQB 1LW0A 1RT2A 1JLFA 2IM2A 3SYZA 4ICLB 1BGXT 3VQ4A 4FJXA 2ITGA 3FRZA 1NK5A 4DU4A 1FK9B 4B9SA 3LP2A 1RAJA 2D0CA 4DTOA 1NKEA 4KHWA 3GIJA 4FXDA 1BQNB 4DLGA 1DTTB 1R0AB 2P5GA 3V9ZA 1J9AA 3AVNA 3NAEA 3DOLA 2HWIA 1SKSA 4CF2A 2V4QA 5KG6A 3O4QA 1BCOA 3RR7A 1Z25A 2HHXA 3KK2A 1REVA 3OL9A 3AVAA 1JX4A 4DU1A 1A5XA 1W9HA 1S48A 3H5YA 3BSAA 3LP0B 3M9NB 5F9NA 1C0UA 4LSLB 4DL7A 4DF8A 4KHUA 1RT5A 3TAEA 3HKWA 4PA1A 2O4IA 4K8XA 4R5PB 2WONA 3DLGB 3WNFA 3P5JA 1JLGA 4KHQA 5KFBA 2C22A 4HUFA 3I5AA 4RNMA 4FK2A 4IFYA 4NLVA 4CK2A 4H54A 2JLEA 4NCGA 4URGA 4AHTA 4RNHA 3HM9A 5KFIA 4IKAA 2IM0A 4RUCA 4W5OA 3KMQA 4KB1A 4TN2A 5C24B 4ECQA 2I5JA 1RT3A 3SNNA 4WE1A 4FLXA 1RT6A 4CIFA 2GUIA 1N5YB 3ZT2A 2JC0A 2JEGA 4O55A 1TVRB 5EUHA 1HARA 5L9XA 2OPRB 2RF2A 1NOZA 1JLEA 3V81A 3RMDA 2IAJB 4WYLA 4Q43A 4W5QA 3PO4A 3A2FA 1D9DA 1T94A 3NGYA 3I0SA 1TAQA 5I42B 4DWIA 1U49A 2FBYA 4KV8A 4HUEA 1KTQA 4B3OA 3OY9A 4Q44A 5J2PA 4NLOA 4O4RA 5L1JA 3SI8A 3VQ6A 2IM1A 1S9GA 2B6AB 2JC1A 3V6DA 3L3UA 3OYFA 1WSFA 2OZSA 4M3XA 1LW0B 3AA5X 1RT2B 1JLFB 3QEWA 2KTQA 4M41A 4QWBA 1JXLA 5EWFA 5FROA 1K1QA 4M42A 3LP2B 1B92A 3KK1B 2HNDA 1UA0A 4JRPA 3E01A 1SKWA 5HRRA 3S9HA 1S5JA 3DRRB 4NLXA 4Z0UA 2B5JB 2JGUA 4E1MA 5KG2A 2GBZA 3P1GA 2R2UA 4IOBA 3TAMA 4TY8A 1ZYQA 4JS4A 5CZ2A 4HCCA 1BISA 2W7PA 3ZSXA 1JLAB 2E6LA 1D1UA 1REVB 3OL8A 2VG7A 4IDKA 4FLZA 3S3NA 2WHOA 4CJ5A 4CJSA 5F8JA 2W42A 1HQEA 1SV5B 4O4GB 3HK2A 3ZT0A 3BQ2A 3LZJA 4ELVA 1GOBA 2AQ4A 4QPXA 1XHXA 1ASUA 3DMJB 5DQIA 2B43A 4IRKA 4XO0A 4NRUA 2R7YA 5JS2A 4DSLA 3KNAA 2EC0A 1TV6B 4NLSA 4I9QA 3DM2A 4NLWA 1HQUB 3GV8B 5I3UB 4BE2A 5C25A 3IS9A 3G0ZA 3OHAA 2GV9A 4U7CA 4FLTA 4AH9A 4BDYA 4IG0B 3MAQA 3SUQA 3PX4A 1TKTB 3QZ7A 4PUOA 2Y1IA 4WE1B 3ZSWA 1U04A 2KZMA 4Z4IA 1VSLA 4Z4EA 4F50A 1YTUA 4NYZA 2F8EX 2G8WA 4GVMA 3EPIA 1N6QA 5KRTA 5CZ1A 4FJ9A 1JLEB 5L1KA 4KB0A 4K4YA 1JXBA 4K4TA 1VSKA 4O44A 1F21A 3I0SB 1EX4A 4KHNA 1JIHA 1C1CA 2VG5B 5C42A 4KV8B 1RDCA 4B3OB 3NF8A 5J2PB 3V9UA 4K4XA 4ZP7A 2BANB 2J6SA 4LD0A 1HPZA 1KHVA 4CJWA 1RYSA 3CJ4A 1T05A 4OKJA 4B08A 1WNSA 3V6DB 4N41A 3T5KA 1QAJA 3QETA 4Q8FA 3WNEA 4IFVB 3PVXA 4ED1A 3NFAA 5K14A 3FQLA 1SH3A 4ECSA 5KFLA 3SUOA 1LAVA 4M95A 3H2LA 2D3ZA 2UVWA 2HNDB 2JEJA 3KLIB 3EPGA 2AGQA 4I2PA 1FKPB 2OPQB 3E01B 3AVHA 3RBEA 3T19A 3IN5A 4CGIA 1XWLA 2ZQBA 1S9FA 4DG1B 4B9TA 4QW9A 4Z4CA 4B8AB 4DTSA 2E9TA 1RBUA 2Y1JA 1RTHB 1ZBFA 5HRPA 1Q8IA 1T3NA 4Y1DA 4N5SA 4CHZA 3HVTB 4YR3A 1ZETA 3E51A 1J5OB 2ALZA 4RW7B 5KG1A 4FYDA 3RRHA 4ECWA 5KFXA 4MK9A 4KAZA 1ASWA 3KD1E 1QE1A 1VRUA 3VN5A 3QGGA 4K4SA 1CZ9A 1IH7A 2ATQA 4Q5VA 3OYHA 3CO9A 3QIPA 2W8LA 1TL3B 2W9BA 4FZYA 1BL3A 1S1XA 3DM2B 4IBNA 5KT3A 1RT1A 5C25B 3IS9B 2RKIA 3GIMA 4URSA 4Q0BA 3RRGA 3M8QA 3SV3A 3V6HA 3EYZA 3HP9A 4MFBA 2AX0A 5DQHA 5DG8A 3MXMA 3NL0A 1UOCA 4CGDA 5F9LA 4DSEA 1S1UA 2G8KA 5HBMB 1RT4A 4LY7A 1RYRA 4J9NA 4KPYA 4AHCA 2YNHB 4EYIB 3VQ5A 3NE6A 3MEDA 1LW2B 3EZUA 4Z4GA 4G1QA 4NLDA 4DMNA 2IMWP 5J2QA 3DYAA 4O44B 5JUMA 2HVHA 2ASDA 4DFKA 4K4UA 3T1AA 4KO0B 3SQ2A 1RTDA 2FLPA 3JYTA 4TLRA 3M8SA 4KFBB 4I7FB 3Q8PB 4WYWA 4ZTJA 1S1VA 3HP6A 1HPZB 1U09A 1C2PA 3BJYA 1L3VA 2FVCA 2XI2A 3CIZA 4FJIA 3N6LA 2YKMB 1SL0A 1WSIA 3RB3A 2JEFA 2E6MA 4M3YA 3NBPB 2A1SA 3QGIA 3SQ0A 1X9SA 3AA4A 4WFXA 1UA1A 2IDOA 2AX1A 3OYGA 3I5BA 4KBIA 2LSNA 1VSHA 4O3RA 3ITHB 1N4LA 4RNFA 3PW7A 2ILZA 3PO5A 3T3FA 4FJJA 3GILA 2UVVA 3LALA 4RW4B 2DFHA 2IM3A 1TK8A 5T14A 4ELTA 1TL1A 2YKNB 4WFZA 4CK3A 5KGXA 1S0MA 4OLAA 3OL6A 4DSKA 1BHLA 2DPIA 4BE1A 4CEAA 3C6TA 1WNEA 1IKVB 1D5AA 3ZT1A 3D0PA 2EX3A 4DL4A 1ZBHA 3RAXA 1QE1B 4KE5A 5DLGA 2OH2A 4NCAA 2D3UA 4WXWA 1A5VA 1ITGA 2XRIA 4AILC 3DLEA 2IC3A 4W5NA 3G6YA 4AHUA 1T8EA 2W9BB 1JLQA 3HVRA 3V4IA 3CM6A 1RT1B 1RDDA 4DTRA 1WAFA 1HRHA 2BQUA 1ZTTA 1RTJA 4CFBA 4Q0BB 4YFUA 4FK4A 4LQ9A 4J2BA 4OGEA 1KFSA 2ATLA 4ZTFA 3DRPB 4KTQA 3L2WA 3TR8A 5KG7A 4IH7A 3NH1A 3PZPA 4LH4A 1C1BB 4RNNA 1JXEA 1LWEB 4C8LA 1S1UB 5E41A 4F4KA 3RAQA 4EZ9A 4J9SA 1A5WA 4URQU 3OS1A 1KVBA 1VK0A 1DLOB 2V0NA 3CG7A 4KHRA 1Q9YA 1C0TA 1LWCA 1JL1A 2RDJA 4LQ3A 1HNIB 3KLEB 2FVPA 1BQMA 4I9LA 2HW3A 4ID5B 4MIAA 1RTDB 1VRTA 3QZ8A 3OYEA 3JYTB 1NNDA 1HNVA 4ID1A 4DL6A 2AU0A 1VSDA 4FJKA 2YNGB 2GC8A 4FLYA 3Q8SB 2Z1JA 2KFZA 3KK3B 4H4MA 3IG1A 3QNOA 4Z4HA 3PJXA 4E7KA 4LSNA 3M8PA 4EP5A 4R0EA 2FVRA 4CGGA 5KTQA 3BREA 1XR5A 1ZTWA 5KFAA 1BI4B 2HNYA 4Y1CA 4HUGA 1KLMB 3MEEA 1RBRA 4EBEA 4YQWA 4KKOB 3SZ2A 2ZE2A 1LV5A 1C1AA 4RW8B 3NGIA 1XHZA 2V9WA 1O1WA 3H4DA 4KHYA 3WNGA 3G6XA 2HHWA 3AA2A 3H5UA 4Q45A 3FSIA 4B9LA 3L2VA 2XGQA 5L1IA 4CESA 5F8GA 5EDWA 1QHTA 4CJKA 1D9FA 3ASMA 1QS4A 3SPYA 4BACA 4IG3A 2J6UA 3M9MB 3TWHA 1T7PA 3F73A 1SUQA 3L2QA 3TAQA 2Z1IA 4E19A 1UWBA 4HTUA 4K8ZA 1JLQB 3AO3A 4N76A 2E9ZA 1NK4A 4K4VA 2HHSA 2YHBA 4GC7A 4RNOA 2CJQA 2E4LA 3OVNA 3AVLA 1RTJB 3DLKB 5HP1A 1S4FA 4CJFA 3H40A 1NK8A 5J2MB 4B9UA 5KFMA 3GV5B 1S0OA 3NF6A 3VQ7A 2AGPA 4Q8EA 3HT3A 4FS1A 1ZBUA 3KLGB 3KMSA 4KI4A 2OPPB 2XY5A 4E7LA 3P83D 3QINA 2OPSA 3PHEA 3LDSA 4CJUA 1TKXB 3N6NA 2VA2A 3SUPA 2PYJA 3AVFA 1RNHA 3BSOA 4GC6A 2W9CA 3V9XA 4PQUB 1C0TB 4IH6A 4HKQA 3CDWA 4CIEA 1KSPA 1JKHB 1RTIB 1S6QB 2NUBA 3V1OA 3MEGB 1KVAA 4OVLA 4UQGA 4PWDA 2UUWA 2FJVA 1HJRA 4CJEA 5KT7A 4CJVA 3RTVA 4I2QA 4O3NA 2R8JA 4FLUA 3OYCA 4OGCA 2OA8A 4QCLA 3V9WA 4LSNB 2ILYA 1MMLA 2YNIA 5DMRA 4W5TA 1SKRA 3ZSVA 3ISND 4J9LA 1TKZA 3ISNC 3M9OB 3HL8A 4CHOA 3DOKA 5J2NA 1L3TA 2IOCA 3ULDA 3G6VA 1SL1A 3MEEB 2X78A 4DTXA 3IAYA 2A1RA 3DOLB 3SV4A 1NOYA 1X9MA 4FJLA 4J9PA 4ED3A 3RMAA 3KK2B 4ZVHA 3LAMA 5CYQA 3B6OA 5KT5A 1J53A 4DS5A 4FCYA 3VQCA 1VSFA 4EZ6A 1CZBA 5KFPA 1C0UB 1GOCA 4F8RA 1RT5B 1X9WA 3SJJA 3B6PA 5KFYA 2WONB 2X74A 1FKOA 2KZZA 4JRQA 3LWMA 4O3SA 3SUNA 1JLGB 2XY8A 2PZSA 5CYMA 4IFYB 3CVKA 4NCGB 4RW9A 3QYYA 4ZPAA 4CJTA 5J1EA 3D5MA 3OYBA 3PV8A 1KFDA 2GIQA 3S3MA 1KRPA 2IBKA 2Z1HA 3RB6A 1NKCA 2I5JB 5DGBA 1RT3B 5EWEA 3SFGA 1QUVA 4IR9A 3HJFA 1RT6B 4OKKA 2PYLA 1SH2A 3NGDA 3TAGA 4DSIA 2R8IA 4ECVA 3H59A 2RF2B 1QQCA 3QEVA 3V81B 4IR1A 3PW5A 4O5BA 3AVJA 2ETJA 1GOAA 1MU2A 5KGWA 5F8NA 3KD5E 3VQAA 3ZSOA 3DLHA 4ZHRA 2AJQA 3D28A 3NAIA 4CECA 2P51A 4CGHA 1Q9XA 2VG6A 3H4BA 3PR4A 5KFUA 3LWLA 3ZSRA 3VQ8A 1N56A 3SCXA 2FBVA 1S9GB 2HMIA 5KFEA 1WAJA 4TSXA 1NK0A 2E9RX 3ZSYA 1NK9A 1IG9A 5KG5A 5D3GA 3I8DA 4ED6A 3O3HA 4O3PA 3QEPA 4FZXC 2XO7A 4CJRA 1RBVA 3MXIA 4U6PA 4ED2A 3NH0A 3O3GA 1RT7A 4M3UA 3H98A 1NK7A 2VWJA 1JLCA 1XR7A 4IRDA 1HYSA 1NK6A 1IM4A 1L3UA 2C28A 3K5LA 3OYJA 1SH0A 4E7HA 4NLPA 3TAMB 4TY8B 3KJVA 2X6NA 2FVQA 2X6SA 3SFUA 3QNNA 4R8UA 1IKXA 1B9FA 3KLHA 2HNZA 1S1TA 4NLUA 2VG7B 4IDKB 4ZVGA 1EXQA 2WTFA 3AVIA 2R2RA 2XY7A 1JLBA 1HQEB 1WSHA 4FW1A 2UVUA 2DPJA 2C2RA 1KHWA 4JUZA 4QWCA 3C95A 5KFWA 3H5SA 2I1RA 3HXMA 3OSPA 5CYMB 5HLFA 1XC9A 2DFEA 4M3ZA 3NDKA 5L1LA 2AGOA 3DI6A 1CLQA 5KFDA 3PJWA 3T5LA 3PY8A 4ZVFA 4TQRA 4OKEA 3Q8RB 1WSEA 4F4WA 4E0DA 5DGAA 3BSCA 3V1RA 3RMBA 4PUOB 1GX6A 1ZBLA 3O3FA 1YVFA 1K1SA 4FLVA 3C6UA 4C8NA 3KLFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QO9 B;  2BRK A;  3QID A;  4M3T A;  1NJW A;  1C0M A;  4MH8 A;  3OYI A;  4OPJ A;  4CGF A;  4M94 A;  3AVC A;  3SPZ A;  4LSL A;  5HLF B;  2YV0 X;  1U48 A;  5KT6 A;  4KHS A;  3DI6 B;  3DLG A;  4TQS A;  1NJY A;  4CFC A;  4E7I A;  5KFK A;  5KFQ A;  4KTZ A;  4ELU A;  3HVW A;  3OYD A;  4FVM A;  1VSJ A;  2FLN A;  4RUA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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