3CF5L

Thiopeptide antibiotic thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cf5L01
5JVGL 2QEXN 3G4SN 3I55N 3DLLL 1OVYA 3J7ZO 4WFBL 1KD1O 4WCEL 3CCEN 1ILYA 1YITN 5GAHP 1VQKN 1VQ5N 1YI2N 1VQ8N 1K73O 5DM7L 1Q81O 3CD6N 3CXCM 3CCUN 3G6EN 2ZJRL 5GADP 1VQPN 1M1KO 1VQ4N 5GAGP 3CCLN 1VQON 3CC7N 4UY8O 1VQ9N 3CCRN 1YJ9N 3CC4N 5HL7L 1YJNN 3CPWM 5GAEP 1K8AO 2ZJPL 4IOAL 5MLCQ 3CC2N 1VQNN 1YHQN 3CCQN 1YJWN 3OW2M 3CCVN 1S72N 4WF9L 1Q86O 2OTJN 3PIOL 3CCMN 4WFAL 4IO9L 1QVFM 1Q82O 1W2BM 1VQ6N 1K9MO 4IOCL 1NJIO 1M90O 3CMAN 1YIJN 2OTLN 5H1SQ 3CCJN 1N8RO 1Q7YO 1QVGM 3CF5L 2QA4N 1VQLN 5DM6L 1VQMN 3CCSN 1VQ7N 3CMEN 4U67L 4WFNL 2ZJQL 1JJ2M 3PIPL 1KQSM 1KC8O 5JVHL 3G71N 3I56N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGYA 3CJ1A 3TSQA 3IRXA 4CEBA 4WYBA 2F4VK 1Q18A 1J9AA 3U6FA 3A5OC 3AO1A 1HMVA 4FW2A 1NGFA 3OYHA 4M63C 1NM1A 1NJWA 3EZ5A 3TAPA 3NH0A 2YV0X 4B3MK 3ZLJA 4Z0UA 1WLJA 5FLXO 3RMCA 1VQPN 1I94K 4Q0BA 4DFPA 3KLFA 3DXKA 2R7YA 3CCLN 5DK5A 4CEAA 4CGJA 5HROA 1VQ9N 1YJ9N 3BUZB 4RW8A 1S1UA 4M3TA 1Y64A 3CYMA 4GMJB 3TU5A 1JLFA 5AR0A 1VSIA 4FJHA 4RW7A 4FJXA 3F9KA 3P1GA 3VQ9A 4FLWA 4JI5K 4JKCA 2HHXA 3E01A 1VQNN 1GLDG 4CJPA 1YHQN 1C6VA 3SQ1A 3VEOA 4KHSA 4PWDA 1EX4A 3OS0A 2OYQA 2OTJN 4DQRA 3PSIA 3TAQA 1NMDA 1NGDA 3G10A 3H1VX 3O9UA 2XY6A 4PKGA 4DV2K 3HI0A 2LSNA 4CZKA 1JCGA 4FK4A 1S1VA 4DTXA 4WQ5C 4ISFA 4RW9A 4YDUC 3KK3A 3MX5A 2FSKA 1RTDA 1RT5A 2QTDA 5M1KA 1NKEA 3HJFA 4BE2A 3O1BA 4BRDA 5AQZA 3RSEA 1N33K 3KK7A 4AM7A 4BR9A 5DM6L 2AJQA 3CQXA 4MO5A 4E0DA 4IEIA 3TAGA 2O8CA 3LP0A 4DFMA 1WAJA 5BPNA 2OZMA 1T6DA 2ZE2A 4IKFA 4Z4GA 1KC8O 1N5YA 2QM1A 2QKKA 2E2PA 2YI1A 3DOLA 3HVTA 1NOZA 1CXUA 4JRPA 4M42A 4G1QA 1D8YA 2QEXN 3LDLA 1HUXA 4C1NI 3HYFA 5JS2A 5C10A 3RR7A 5GIPA 3D2FA 4FLXA 4DR6K 3THVA 2NRHA 2JLEA 3D0PA 3MCAB 5FDLA 5LL6Z 2P1JA 4JKGA 4AM6A 3V9XA 4BGBA 3VEYA 2Z1GA 1LOTB 1J54A 3HSCA 1NGAA 5CZ2A 1IBKK 3KLGA 1HPZA 5TKYA 2QWOA 2VWKA 4LY7A 3OBYA 3B8AX 5C2FA 3CC4N 5HL7L 4HTLA 1S3XA 3CM6A 3JSMA 3FZFA 4ELUA 1ATSA 3MN5A 3BP8A 4JI4K 4FXDA 1BA1A 3ZSQA 4GKKK 2HHSA 1VSLA 4CHPA 4HUEA 3WNGA 3MXJA 1XC9A 3MCPA 1HNVA 2E88A 3QNNA 4DR4K 4BRMA 2GELA 4CHQA 1S72N 4NCBA 4FJ8A 2O8BA 4V19S 4M7XA 4W5NA 5CE3A 5I9EB 3PSFA 1LWFA 3U8XA 3HM8A 3AVCA 3MDQA 4XH1A 3MN7A 3DM2A 3C6TA 3TTFA 5C25A 4IJAA 5I42A 5F0XA 3HT3A 1O1WA 3IAYA 4JK7A 4EZ9A 4BDYA 4FPBA 1QQMA 3WXKA 3D2EB 3ATVA 1D5AA 2P9KB 4E1JA 3KK1A 3H08A 5EOYA 3HVRA 2YHBA 2FSNA 1XC3A 2IVPA 4H5NA 3NGYA 4CD1A 4FZZA 2VGNA 4IDHA 3ZT2A 1N32K 4AHRA 3ENBA 3AY9A 4CJFA 5HOOA 3MMVA 1TYQA 3J7ZO 3OYAA 4X65K 2EHGA 3VQ8A 1IG9A 1CZBA 1NK5A 3VQDA 2E6LA 1IKVA 4IXCA 3ITHA 3VF2A 4J2AA 1VQ4N 4OPJA 4JKAA 3I8DA 3V81A 5C2DA 5SZTA 4C8NA 5J2MA 3OYDA 4OPHA 3JS6A 3L2VA 4FWNA 4E7IA 4J2EA 1KFSA 1NJZA 2KLAA 4HUGA 3N4PA 2G8KA 4ELVA 3EL2A 4NLBA 1X1PA 4Y1CA 5E26A 4BE0A 1KVCA 1HLUA 4JK8A 3CCQN 3QICA 4HCCA 3UE5A 3MEEA 1WN7A 2D0AA 4EP4A 1Q9XA 1BWFO 1R59O 4FWLA 1J53A 1CLQA 1V4TA 4BREA 3OTOK 1D4XA 2D0CA 3AVNA 1NNEA 3LM2A 2UYTA 1LWCA 3AVMA 2F8SA 5AZJB 1WSJA 1A5VA 3ATUA 3LWMA 4M45A 1FW6A 3VQQA 2OTLN 4B9QA 3FR0A 3ZSOA 4B3SK 1DGKN 3NBPA 4BRIA 2O8DB 1HPMA 1KRPA 3SQ0A 1ZBFA 3CMEN 1SL1A 1Y97A 3SJJA 2HHHK 2ZGZA 3GE1A 4KH4A 2ZJQL 5SWMA 2ASPA 1X3NA 3NGIA 4BDPA 2DFEA 4CJWA 5CZ1A 5BN8A 3AVAA 3IDHA 3NMUA 2ITMA 4NO7A 1BHLA 1REVA 3GBTA 2ATQA 5LMNK 2QWNA 1JXEA 2FLOA 4E19A 1TL1A 3LP2A 4CK2A 3G4SN 1A5WA 1JCFA 3L2RA 4FWQA 5J1EA 3QO9A 1NJYA 3A8YA 4FM2A 4NLCA 3QEPA 4Z4EA 2HHWA 4DFKA 2FC0A 3NDKA 4FPAA 1Q81O 4YOYA 1JLEA 4O8KA 3ULEA 4CBXA 4H5TA 3SPYA 4BQZA 4DTJA 4FLVA 4JLHA 1XNRK 3V1QA 1T44A 3F5TA 1W7AA 4LF8K 1WAFA 2A3ZA 4FJ7A 3VQEA 5C42A 2A1SA 3D7EO 3PO4A 3RWUA 3C7NA 2Z1IA 2F9WA 4DF4A 2P9IA 1YJNN 3SBTA 4OJRA 4HHTA 3SAFA 1X3MA 5FRMA 4DV7K 4FCYA 1HKBA 2ASMA 3PO5A 2HVIA 4LFBK 3T7ZA 1QHAA 4C8MA 1EQYA 2GEMA 3VEXA 4CF0A 4KH5A 5CYMA 5BREA 1Q82O 3Q7BA 2V7ZA 1K9MO 3VQ6A 5FROA 1NK6A 1JL1A 1GLBG 1WUAA 4CHZA 1BISA 1VSFA 4CBWA 2P9NA 4DQPA 2RKIA 4FJIA 1NJXA 4JNEA 3TPQA 4CFBA 4YOTA 1A5XA 2V52B 2I7PA 1P90A 3OYKA 5J2QA 3O3HA 5J2NA 1WBDA 5AFUH 1VQLN 2IVOA 2KW4A 4EZ6A 1SL2A 5KTQA 3PX4A 3WXMB 4FZXC 4DR1K 4DR5K 4JKEA 4U67L 4BR5A 5KRTA 2YHXA 3S3NA 4H0TB 5CYQA 4BG8A 1SV5A 3SUNA 1ZBIA 1ZXOA 4FVUA 1XI1A 4A62A 2QK9A 2AP1A 2A1RA 3C95A 4L3QA 4JI8K 3DLLL 5KPRA 4IFVA 1ZYQA 1KTQA 4Z4CA 1KD1O 3LAKA 3SQ2A 2F8TA 1NK0A 1WOQA 3KD1E 5J2PA 2O8FB 2E1ZA 2UUAK 1V4SA 2A41A 3VN5A 1O13A 1K73O 1VQ8N 5AQSA 4H5WA 5AQVA 4H4OA 2IOCA 3OYMA 3TTDA 3CXCM 1OH8A 4LSLA 3MWTA 4DQSA 4LF9K 2DFFA 2X74A 1Z26A 4PL8A 1RBSA 3I0SA 5GAGP 1EP4A 1SAZA 3K59A 3EE8A 4BRFA 1BO5O 3IUCA 4FM0A 1HNIA 2YNGA 3K5NA 1YUWA 2RHKA 3OY9A 3FZMA 1E3MA 3MK6A 2CGKA 4QAGA 5BPLA 5KI6A 3KIOA 3JAMO 3HPHA 2W42A 3PX6A 1BDGA 4JD2B 3SMPA 1ZBSA 4IOXA 2DPNA 1ITGA 3HXMA 5CY4A 2HBJA 4NCAA 2A6AA 3C6HA 4O55A 2B5JA 1HNZK 3CJCA 2PZSA 2Q3SA 4YNQA 1QS4A 5KQ8A 1I39A 4DV0K 1ZC6A 1LWEA 3DMJA 3VA3A 5C24A 4PKHA 3ZX2A 3CMAN 3D45A 1IG8A 4N76A 1HQEA 2IC3A 3AGKA 1I3AA 4JK9A 3VF4A 1SZ2A 5HBMA 4GVMA 1LW0A 4F3OA 3MAQA 2P5OA 2E20A 3HOTA 1BIZA 3KKRA 4WQ4C 4DTSA 3OVNA 3QMLA 4LFCK 3LDQA 5C15A 2BGGA 1GLEG 5KGWA 5GIOA 1RFQA 1OH6A 3EKUA 4M3UA 3WNHA 5BN9A 4DS5A 4W5QA 5JVGL 2FBTA 4YOUA 3VTIA 1NGJA 2ZQBA 4AHSA 4ICLA 3ZX0A 1U4BA 3I0RA 3WEEB 2HNYA 3A2FA 3OYLA 3CFRA 1TKZA 1SKSA 3O4NA 5B8HA 4DKWA 3AARA 4IG0A 1S1XA 4H8KA 1OH5A 2ZJRL 1WSIA 3DRSA 3THWA 1M1KO 3HO1A 1XHZA 4CF2A 4AILC 1JLQA 1CXQA 4DUYK 1TUYA 3LZIA 3P39A 5LY3A 1ZBHA 3WUHA 2P51A 1RT6A 2QWMA 4WQ5A 2PYJA 4IZ9A 2A5XA 1K8KB 2HNZA 4RCHA 4YDUA 4DSIA 3D2EA 3CC2N 2D0PA 3AO2A 2GWJA 4B9VA 4FWMA 2P9KA 4OKKA 4CEZA 3FZKA 3QIPA 4BR4A 4EP5A 2PY5A 2UUCK 4KAZA 4FM1A 3AAPA 4M3WA 4OKEA 3EYZA 5FPNA 4WF9L 3UIQA 4DHYA 3NF7A 3VQ5A 1GOAA 3NF9A 4BRAA 3W3DA 3OYEA 1HYSA 4YOXA 3HSTB 4A5BA 2HHTA 4EHUA 4X62K 4B3TK 2WONA 4O5BA 3O6WA 3IFRA 3CG7A 3UKRB 4A5AA 4FVMA 3CCJN 2VWJA 3AVIA 1TKDA 3ZYYX 1RGIA 2E1YA 3OYGA 1QVGM 3VQ7A 3R9PA 3O8MA 3QBWA 4ELTA 1VQMN 3K0SA 3V1RA 3VOVA 5HRRA 1RT2A 1RDUA 4E1NA 2VGMA 4ILGB 2E2OA 4DQIA 3PIPL 3O9TA 2OPRA 1KQSM 4JHDB 2VWBA 2YHAA 4NYNA 2D0OA 2CH5A 2F7TA 2VG7A 2YCHA 3OBWA 1HNXK 2HMPA 4OPAA 2YJEA 3CJ9A 3U9ZA 5LJVA 4DWIA 4AQYK 3R1XA 4DTUA 3SV3A 1ESVA 1UA0A 2IVNA 3WT0A 4Z4HA 3KJVA 3AA3A 1T3VA 4HWIA 5HLFA 4FWPA 3HZ6A 1GLJO 3QBXA 4JI2K 3OA9A 4IEEA 5E41A 3E1YA 1EXQA 1VSHA 3SMSA 5GAHP 5AQHA 4KTQA 4L8RB 3TABA 2OPQA 4BVOA 1NGIA 3E9PA 2EX3A 4CZHA 1HYVA 4H5VA 1YVNA 2Z1JA 4RG8A 2QWLA 4JKBA 3VMFB 2E5LK 3T69A 3CC7N 3VGMA 4DQQA 5C0YA 4H0PA 4CCHA 4BE1A 3H3OB 4M41A 5FPDA 4FLYA 4CI6A 3V9SA 2O4GA 2ZWHA 3NCIA 3QEIA 3L3UA 2F96A 2RPIA 3KHYA 3NHGA 5AFUA 4CK1A 3ZEUB 4DV5K 2G8HA 1MDUB 1U2VA 3GDQA 2PFUA 4KHPK 4I2QA 3CCVN 3C94A 3NAEA 1Q86O 1FK9A 1IO2A 4CJRA 4ID1A 3VTHA 1YF5L 3SYZA 4BR7A 4HCBA 2UXDK 4N56A 3RMDA 4CFDA 5LJWA 5JICA 1M90O 3A5LC 4CF1A 2OPSA 4YFUA 3SAGA 2VQEK 3THXB 2P9PA 2IIRA 3ZT4A 1RT3A 4CE9A 3U4LA 2YKNA 4CJLA 1ZBUA 3QLHA 4E89A 4IO8A 3OS1A 4FLZA 4H0XB 5M1QA 4YOVA 4EHTA 3ZT0A 1JJ2M 1IKWA 1FXXA 4DG1A 3B6OA 2J4RA 3MXMA 1SKRA 4JRQA 3VA0A 4O44A 1VK0A 3AVJA 3E66A 4GW6A 4LF4K 5GINA 3E9LA 3L0QA 4CZEA 4XH4A 1JCEA 4Z94A 3K9JA 1IBMK 1HYZA 3IG1A 2HHQA 3NE6A 4CJ4A 3OS2A 3M3ZA 3O5BA 3NFAA 3TAFA 5AQMA 3KWGA 1SS6A 3SI6A 4ZTJA 4E7LA 2QWQA 1RT7A 4CD3A 3TAEA 1NGGA 3ZSXA 4XH5A 3R3LA 4CF8A 3L6QA 1BCOA 3VETA 1RDDA 5AQXA 4CIGA 2E6MA 5CHIA 3SNNA 1Q9YA 4GNIA 5ADXH 4IOAL 5EX5A 4LSNA 2BE2A 3O80A 3VF6A 4B1ZA 4M7YA 4QS8A 4YY3K 3WNEA 4IFYA 3WQUA 1GLFO 1KVAA 3QB0A 2VCPA 2PYLA 3GOIA 1NGBA 3OHRA 3VEWA 4F4KA 1BI4B 4WFAL 2KQ2A 1BGXT 3J8AA 1B92A 3DYAA 4DTNA 4KHYA 3TAMA 2WUSA 5TKWA 4DV4K 2O8FA 1NLVA 3ZT3A 4MO4A 4FJNA 4DSKA 4JV5K 3TSUA 1VHXA 2OCEA 4JS4A 4DUZK 1X9SA 1WBBA 2XO7A 5H1SQ 3O4WA 3P4IA 1QQCA 4FSVA 1TK0A 1BQNA 2X6NA 2HF4A 4CZLA 3O9SA 3CM5A 1NK9A 1U6ZA 5AQFA 5KRSA 4DU3A 2OPPA 1VQ7N 4KI6A 1W0HA 2BANA 1NBWA 1R0AA 1XNQK 1RBVA 1TUUA 1LW2A 5AQLA 2FBXA 3HTVA 4MDBA 3RSEB 3ZX3A 4BRNA 4A59A 4CJKA 4DV1K 1DEJA 2VYPA 4JD2A 5ELZA 2NUBA 3SUQA 4H4MA 2P9UA 2QI2A 3ZSRA 3RR8A 2P9LA 4KBOA 4DQ8A 3AV9A 3HM9A 1N34K 2O4IA 2I5JA 1DT9A 1QTMA 4PY5A 1L3VA 3M8PA 3G6EN 4U7BA 4B9LA 3BDPA 4B3OA 3FZHA 4DCHA 4QCLA 4NXMK 1VQON 4UY8O 1LCUA 2VG5A 3C0BA 1T8EA 3O3GA 4DSFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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