3CF5L

Thiopeptide antibiotic thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
b'RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cf5L01
1Q86O 1KQSM 3CF5L 3CCRN 5H1SQ 1VQMN 1VQ5N 5GADP 4WFNL 4U67L 5JVGL 4WF9L 3CC2N 1KD1O 1VQON 3CCQN 1QVGM 1YJWN 4WFBL 3CD6N 5GAGP 3CC7N 2ZJPL 1VQ6N 1K73O 1N8RO 1JJ2M 3I56N 1YJNN 3PIOL 1M90O 3PIPL 2ZJRL 3CCEN 1YITN 3CCLN 2ZJQL 4WFAL 2QEXN 5MLCQ 3CXCM 5GAHP 1NJIO 5DM7L 1Q82O 3I55N 1ILYA 3CCUN 3CMAN 3J7ZO 1YHQN 1YJ9N 1M1KO 3CCJN 1VQKN 3CCMN 1Q81O 5GAEP 1K9MO 1VQLN 1YIJN 3CPWM 2OTLN 4IO9L 1KC8O 3DLLL 3CCSN 5JVHL 1OVYA 5DM6L 3G4SN 4IOAL 3CC4N 2OTJN 1YI2N 1S72N 4WCEL 3G6EN 1VQ8N 4UY8O 1VQNN 1VQ7N 2QA4N 5HL7L 1VQPN 1VQ9N 3CCVN 1W2BM 1Q7YO 3OW2M 1QVFM 1VQ4N 4IOCL 3CMEN 3G71N 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M6GA 3IDHA 1RILA 1F21A 1WSFA 3DLHA 1KLMA 4OKEA 3RR7A 1VQ5N 1HKCA 5GADP 4I6MA 1SV5A 4FVUA 2D0BA 2PYJA 4ILGB 4WFBL 1YVUA 4KHYA 1B9DA 3L2UA 3I8DA 2VQEK 4KHQA 5AQXA 3N4QA 2RHKA 3F5TA 3WXIA 3AGKA 4CK3A 3GOIA 3PIOL 1M90O 1ZBIA 4PQUA 4LFAK 4I7FA 4EFHA 2GELA 2O8BA 2FSNA 4CZJA 3G10A 2KZMA 3D2FB 4DF8A 2YX6A 1NGDA 4YY3K 4CJ3A 4CJTA 4E7KA 3GL1A 4CI6A 3O9UA 1A5XA 4FOIA 2QWPA 5KQDA 1WUAA 1TKZA 3KK7A 2EWSA 1NKCA 4J2AA 3AVFA 4YOXA 1KCFA 5C10A 3ID8A 2G8VA 3PX6A 2FF3B 4I9QA 3L2RA 1QQCA 3KIOA 4CHZA 3P31A 2AJQA 3SAHA 3UKUA 4YOTA 4CK2A 5DM6L 3C7NB 3WNEA 5J2QA 4EIAA 4E7IA 5C24A 1HJRA 3J8AA 3IUCA 4DR3K 3ZSQA 1FKOA 2ZD1A 3IRXA 5TKWA 3QNNA 4H5TA 3J7YP 5AQZA 2XY7A 4DF4A 4JI6K 3K57A 4PWDA 5JS2A 4RWTA 3CJCA 4EZ6A 2NRVA 3AAPA 3HVTA 1CZBA 4JKHA 3FFKB 1K8KA 2QTDA 3EE9A 1X9JA 2P51A 3VTIA 3OW2M 2BTFA 2P5GA 2XO7A 4CEQA 2XHBA 1MWMA 1RTDA 1REVA 3S41A 4E7LA 3M8QA 4Z4EA 3QEIA 5AQQA 1TYQA 5ELZA 1TVRA 2I5JA 1NGAA 1SZ2A 3O1WA 2HVHA 3ENHA 3OBWA 5BRHA 5E41A 5E84A 4Y0WA 1BU6O 4FJHA 4H5VA 4CJQA 4CJLA 4QS7A 2ZJPL 2YHBA 3FZKA 3CI5A 2DY4A 3L3UA 3LL3A 3WUHA 4CGIA 4IKFA 4RTFD 3VERA 4BR7A 1XNQK 3H3NO 3I56N 3NVKA 3UB5A 2HNDA 3U8XA 1IJJA 1BQNA 1Z25A 4AM6A 4B1XB 1S22A 4CZIA 5B8HA 4CGDA 3AA4A 5HP1A 1YT3A 1TL3A 2G8WA 4IWVA 1C0GA 3MN7A 4FJ9A 4DQSA 3CXCM 3WXMB 1P90A 3RSEA 3HP6A 3EN9A 4OPJA 3DMJA 3HOTA 1NLVA 3DWLA 2P9NA 4AHSA 1LWEA 3SLCA 1L5UA 1B9FA 5BREA 1IBLK 3ZLJA 5LMUK 3RMBA 4BREA 4FJ7A 5KGWA 3DXKA 4FZZA 1DTQA 4M7XA 4B08A 1D9FA 3O08A 4N41A 3OA9A 4H0TB 4BRPA 4KHNA 3FZMA 5EX5A 1XMQK 1BCOA 4PHTX 3M5RA 1GLBG 3VF2A 4JS4A 4DFMA 4BWMA 2E2OA 1EX4A 2WONA 4OO1J 1ATSA 2HF4A 2GWKA 1W97L 2ZF5O 4JI5K 4JKFA 1U45A 3HI0A 1RT7A 5GINA 1QSSA 3BGRA 4BRIA 1TK0A 3ZETB 4BR0A 3M8SA 1CLQA 1S3XA 1TAQA 4JI8K 1Q7YO 4MDBA 3HJFA 3UIQA 3VGKA 3QMLA 3SBTA 2IIRA 1ASWA 4H5WA 4BRFA 3KK2A 3U9ZA 4MO4A 1XC9A 3Q7CA 4DHYA 2G8HA 4IDKA 1Y97A 3P38A 5JVGL 5KPRA 4DTNA 3TAFA 2WC9A 3M1FA 1S6QA 1HX1A 3T3FA 4NCAA 3BZCA 2YNHA 4AQYK 4DR7K 3A5OC 1BDGA 3CC7N 5M1QA 1NG9A 2YHYA 1K73O 3MXJA 3AAQA 4K43A 4OKJA 4BC3A 5HRSA 4YOUA 5BR8K 3E01A 3FZHA 4HTLA 3ULEA 3FGUA 2Z1HA 3G25A 3A5NC 5C2FA 3ZT4A 3WXLA 3IAYA 4CGGA 2ZJQL 5HRNA 4WYBA 4FXDA 2D0AA 1EQYA 3C7NA 5MLCQ 3I0RA 5AQFA 5M1FA 1S9EA 1Q9XA 5DM7L 4E89A 2W41A 2XY6A 1X3NA 4JNEA 1HNZK 3KKRA 1LWCA 1K6YA 1VQKN 2BE2A 4BC5A 4YDUC 2NZTA 1CZAN 1YIJN 3CPWM 2YHWA 2UYTA 1HMVA 5CZ2A 1BL3A 3ENOA 1Z26A 3HVRA 2O8EB 3QIOA 4C1NI 3CC4N 4JKGB 3OS1A 1VSJA 4CHOA 2Y1IA 3OJSA 3IMXA 4WCEL 4HUEA 1LOTB 3TSPA 1KRPA 2Q1NA 1VK0A 2DFFA 1VQ7N 1HKBA 4F9OA 1BO5O 2NRZA 1S1WA 3O9SA 2QA4N 5AQYA 4BRGA 4BVPA 1KFSA 3DLGA 4CEAA 4LFCK 3QESA 1P8ZA 4LC9B 3D0PA 1GOCA 4C8KA 3A0IX 2AA4A 4WQ5C 1UA0A 1CXUA 1V4TA 1UOCA 4KV8A 3CMEN 2HBMA 2F9TA 4YOWA 5C42A 3OHRA 4GV6A 3NBPA 4DUYK 1RDCA 1X9MA 1ATNA 1OVQA 4WF9L 1J5OA 1VSDA 4EHTA 3E9PA 5FPEA 2FBYA 4OKKA 5AQWA 5I9EB 4DFKA 4E7HA 4GMJB 2QWQA 1J54A 3DM2A 4ZTFA 2E1YA 1UAXA 4FJNA 1S1TA 3AVBA 3TSUA 1ZC6A 3V9UA 1EETA 1TAUA 1CZ9A 3FR0A 5A2QO 2RPIA 4J2DA 4CJFA 4UQGA 1N6QA 3J81O 3KLIA 4O55A 4JK8A 2O8DB 1S5JA 2X78A 2HHUA 5AZJB 3VEVA 3HM8A 4DCHA 2DTUA 4LFBK 4IFYA 4FW2A 5GIOA 1ZBUA 4K8ZA 5AQJA 2FLOA 5ADXA 1Q81O 1KVCA 4DV6K 3B6OA 5AQRA 4I6MB 4M3TA 2NRTA 4BR2A 4CGHA 4CZLA 1NMNA 3CCSN 5AQGA 4NYFA 3L3VA 2YNFA 3SCXA 4Z4GA 2UXCK 1GLDG 4KHWA 4GY2B 4FWKA 3ZYYX 3R8EA 2OZMA 4GNIA 1Q8IA 2E6MA 4DS4A 5KTQA 4BRDA 5SZTA 2O8BB 1XQSC 5ADXH 3AVHA 4B9NA 3AVKA 3H3OB 4E1JA 3HOSA 1YVNA 4DTUA 1RBTA 3VQEA 4EP5A 1U49A 5BRFA 1Q18A 1GLLO 4CF2A 4W5QA 2ETJA 4J2BA 2F4VK 4DMNA 5CE3A 3T1YK 2GUIA 1Q86O 1XHXA 2B5JA 3BZKA 4HHTA 3CM5A 2X6SA 3ZX0A 2YJEA 3LM2A 4CGJA 2B6AA 3KLGA 5CY4A 4LSLA 4NLBA 4WQ4A 1RTIA 2NNWA 3UKUB 3K0SA 3VESA 4C8MA 4CJPA 2Y1JA 4CHNA 3SQ0A 1L3TA 3VA3A 2P9UA 2PBDA 2NRWA 4KREA 4B1ZA 4BR9A 4FJXA 2DFHA 2E2PA 1R0AA 3QIPA 2YNGA 1NBWA 4E1NA 4LF8K 2OPSA 1WLJA 2BGGA 4DG1A 3VF6A 3OYLA 1WSEA 2D1KA 3MMVA 2Q36A 2WUSA 2W40A 1QQMA 3OVNA 1N32K 3TTFA 4DQPA 2V7YA 5C25A 4JKGA 3I55N 4CHPA 5F2RA 5EY4A 4AHTA 4MQ3A 5AQHA 3CCJN 2UUAK 4FO0A 3C6AA 4J2EA 1VSKA 4IJAA 1NGGA 1JLAA 1TYQB 4FW1A 4CFDA 4IDHA 4LH4A 1GOBA 3AVJA 3NGZA 3BF3A 4XH4A 4FLXA 4JK7A 4FJJA 3RR8A 2VYPA 2ZE2A 4DTJA 3TR8A 3CFPA 2W6KA 1CXQA 2D0OA 2E4LA 4Z4CA 1TUUA 2QWNA 3LZIA 3WQTA 4BROA 2KLAA 4CFCA 3CFOA 4O8UA 1XWLA 3P83D 4CK1A 3CM6A 2E2QA 3TAEA 3DLBA 2O8FA 3O5BA 2FF6A 3RSEB 3O6WA 4EAHD 3OYDA 3G71N 4EHUA 2VGNA 2A3ZA 2QKBA 2J4RA 1V4SA 3D2EB 3DXKB 1TK5A 4NO7A 1RBVA 4FM2A 4IBNA 3S3OA 3TANA 1C0TA 1BIZA 3CJBA 4YOVA 4YHHK 3DAWA 3TWHA 4KHPK 4BDPA 5AZJA 2HVIA 4O8KA 3P4IA 5AQKA 3OS2A 4CJKA 1A5VA 3ZSYA 1VAZA 4DR6K 3NH0A 4QCLA 3AA3A 2PYLA 2P1JA 1NK9A 1JJ2M 2HW3A 1YJNN 1U4BA 4DQ8A 3CCLN 4PKHA 2G8FA 5KPZA 4LSNA 3ATVA 3R3LA 1RDBA 4FPBA 1R59O 2QM1A 2QXFA 3IS9A 3OYGA 3ENBA 1HNIA 3VEZA 4E7JA 4X64K 1U04A 3K5NA 2HBLA 4FWSA 5AQIA 4N56A 4KH4A 3AVMA 1WSHA 3VQ8A 3OYMA 1TKTA 5FPDA 3DLLL 4BG9A 1HYVA 1C6VA 2JWLA 4EP4A 4BRNA 4IOAL 3V4IA 1GLFO 3SK3A 2QWRA 3NGIA 4DLEA 1XUPO 4ILJA 1NK4A 3A5LC 2E1ZA 1QS4A 1NKBA 1IKWA 2FC0A 3JXUA 3ULEB 2KTQA 5HL7L 3VENA 1IV0A 3F2KA 4B9VA 4DR2K 1XC3A 5LMNK 3OYHA 3O9TA 2Q2RA 4B8CA 3VQQA 1J5EK 2YCHA 4LD0A 4CBUA 4IOCL 4CFAA 2E8AA 1JL2A 2HNYA 4MLEA 5AFUA 4O0JA 3C6UA 1EWRA 4ISGA 1SAZA 4XH1A 5J2NA 4H4MA 1WAJA 4CJEA 1QVGM 4NYNA 3DI6A 1YJWN 5AQPA 1XMOK 1HJOA 1KFDA 4B9SA 5GAGP 2OA8A 4BR4A 4JI0K 1VQ6N 4PUOA 1KSPA 3VQBA 1D5AA 4CHQA 3DRRA 4FJIA 2WFBA 4F3OA 2Z1IA 4BE2A 3U6FA 4B3TK 3CCEN 1SKRA 4CZGA 3VF4A 4B8AB 2BH1A 5FROA 5AFUH 4DU3A 3LDLA 2B4JA 1T8EA 1TK8A 3L0QA 4B9LA 1NJIO 3QNOA 1WNSA 3QLHA 4RG8A 4DS5A 5AQVA 3VQPA 1IBKK 1YHQN 1ZBSA 1JCEA 3NF9A 4OVLA 3NE6A 4BRMA 4IEEA 1W7AA 3SMPA 4W5OA 1S1UA 1MDUB 1BHLA 5BR9A 1LW0A 4C23A 2Z1JA 4IO9L 1W9HA 3LP0A 2NUBA 3M8RA 4NXNK 4H5RA 3JS6A 4YDUA 3G4SN 2UU9K 1VRUA 2HF3A 4CFBA 4KI4A 4R79A 3FZFA 1VQ8N 4MLHA 3TTDA 3M8PA 2E5LK 1YXQA 2P5OA 4DFPA 5KQ8A 1TUYA 4MO5A 1UWBA 4CBXA 1ZBFA 1SL2A 3D2EA 4B9QA 3MX5A 1S9GA 4G1QA 2OPPA 2CH6A 2A5XA 4PA1A 2AP1A 4CF1A 1GLAG 5M1OA 1BISA 1JKHA 3QEVA 4B1UB 4OPHA 5LY3A 1WSGA 4KFBA 3TTCA 4KHUA 3WNGA 3VQAA 4PKGA 2KZZA 5H1SQ 3TU5A 5AQUA 4HCBA 5CZ1A 5JICA 3RWUA 3TAPA 4DSKA 3CG7A 4V19S 2GX9A 2DFEA 3HO1A 1NK0A 1JLFA 1JLBA 4AF1A 3OYIA 2IVPA 3LZJA 2P9SB 3LPTA 4MFBA 2FSJA 2RE2A 4FYDA 4BGAA 4DV3K 1RT6A 3SBGA 3KLEA 4A57A 4ISEA 4DR4K 1L3UA 1T03A 4DTXA 4CF0A 3MX2A 4BRLA 2Q3SA 4Z4HA 1BI4B 2I7NA 3VQDA 2VCPA 3O9RA 4JK9A 1J53A 4FLYA 1JXEA 1JCFA 4ZHRA 5GAHP 3C95A 1WSIA 3TSQA 1NWKA 3KKSA 3RMCA 1ATRA 2D0PA 5JMVA 4FJKA 4JKDA 3VQ6A 4DTOA 3EKUA 1SQKA 3HT3A 1YTAA 1YJ9N 2E6LA 4DUZK 4A61A 5I42A 3VN5A 4BC4A 5BRDA 3E9OA 4JI4K 4A62A 1WOQA 1BQMA 4BWJA 4PL8A 2OYQA 5EOYA 4ELVA 4AHUA 2VG7A 3J7AP 4CD1A 5M1NA 3I8BA 5K14A 4QAGA 2HHTA 4CZHA 3RVCA 1BWFO 2P9UB 5FRMA 4FJMA 4DB3A 4C8NA 1LAWA 3VGMA 1QSLA 2P9IA 3QETA 4B3MK 3ZCMA 3NH1A 3R9PA 4BQZA 3KVGA 2PFUA 1NKEA 3VEOA 2QI2A 3CQXA 3K5OA 4JLHA 3SUPA 4JV5K 3A8YA 5HLFA 4AILC 2JWKA 1HLUA 2YKNA 3CJ9A 3VPZA 2XY8A 1O13A 4W5TA 4IJNA 3CF5L 4CE9A 1MU2A 3MN9A 3KK3A 3THXA 3DYAA 4WFNL 1IG8A 1HKGA 1I3AA 5HROA 2ITGA 3CC2N 1GLJO 3RMAA 3CCQN 3IG1A 4L3QA 5GIPA 1D8YA 2IAJA 3W3DA 3MCAB 4A5AA 1U2VB 3V6DA 2PZSA 5HOOA 3L6QA 4H0XB 1BGXT 3I33A 2GBZA 4DSJA 1DLOA 2RKIA 2HHVA 2IVNA 3CERA 4FSVA 4CHYA 2PY5A 5BN8A 1XNRK 4BDZA 1QHAA 1ZXOA 1RGIA 5FPMA 1C1CA 4KO0A 4N76A 1YITN 3AY9A 4B9MA 2FSKA 3KK1A 4CJ7A 1OKJA 3BEXA 4BE0A 1LAVA 1KXPA 4WFAL 3SAFA 2P9PA 3VGLA 5JS1A 4L8RB 2O8FB 4CZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q86 O;  1KQS M;  3CF5 L;  3CCR N;  5H1S Q;  1VQM N;  1VQ5 N;  5GAD P;  4WFN L;  4U67 L;  5JVG L;  4WF9 L;  3CC2 N;  1KD1 O;  1VQO N;  3CCQ N;  1QVG M;  1YJW N;  4WFB L;  3CD6 N;  5GAG P;  3CC7 N;  2ZJP L;  1VQ6 N;  1K73 O;  1N8R O;  1JJ2 M;  3I56 N;  1YJN N;  3PIO L;  1M90 O;  3PIP L;  2ZJR L;  3CCE N;  1YIT N;  3CCL N;  2ZJQ L;  4WFA L;  2QEX N;  5MLC Q;  3CXC M;  5GAH P;  1NJI O;  5DM7 L;  1Q82 O;  3I55 N;  1ILY A;  3CCU N;  3CMA N;  3J7Z O;  1YHQ N;  1YJ9 N;  1M1K O;  3CCJ N;  1VQK N;  3CCM N;  1Q81 O;  5GAE P;  1K9M O;  1VQL N;  1YIJ N;  3CPW M;  2OTL N;  4IO9 L;  1KC8 O;  3DLL L;  3CCS N;  5JVH L;  1OVY A;  5DM6 L;  3G4S N;  4IOA L;  3CC4 N;  2OTJ N;  1YI2 N;  1S72 N;  4WCE L;  3G6E N;  1VQ8 N;  4UY8 O;  1VQN N;  1VQ7 N;  2QA4 N;  5HL7 L;  1VQP N;  1VQ9 N;  3CCV N;  1W2B M;  1Q7Y O;  3OW2 M;  1QVF M;  1VQ4 N;  4IOC L;  3CME N;  3G71 N;  1K8A O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M6G A;  3IDH A;  1RIL A;  1F21 A;  1WSF A;  3DLH A;  1KLM A;  4OKE A;  3RR7 A;  1VQ5 N;  1HKC A;  5GAD P;  4I6M A;  1SV5 A;  4FVU A;  2D0B A;  2PYJ A;  4ILG B;  4WFB L;  1YVU A;  4KHY A;  1B9D A;  3L2U A;  3I8D A;  2VQE K;  4KHQ A;  5AQX A;  3N4Q A;  2RHK A;  3F5T A;  3WXI A;  3AGK A;  4CK3 A;  3GOI A;  3PIO L;  1M90 O;  1ZBI A;  4PQU A;  4LFA K;  4I7F A;  4EFH A;  2GEL A;  2O8B A;  2FSN A;  4CZJ A;  3G10 A;  2KZM A;  3D2F B;  4DF8 A;  2YX6 A;  1NGD A;  4YY3 K;  4CJ3 A;  4CJT A;  4E7K A;  3GL1 A;  4CI6 A;  3O9U A;  1A5X A;  4FOI A;  2QWP A;  5KQD A;  1WUA A;  1TKZ A;  3KK7 A;  2EWS A;  1NKC A;  4J2A A;  3AVF A;  4YOX A;  1KCF A;  5C10 A;  3ID8 A;  2G8V A;  3PX6 A;  2FF3 B;  4I9Q A;  3L2R A;  1QQC A;  3KIO A;  4CHZ A;  3P31 A;  2AJQ A;  3SAH A;  3UKU A;  4YOT A;  4CK2 A;  5DM6 L;  3C7N B;  3WNE A;  5J2Q A;  4EIA A;  4E7I A;  5C24 A;  1HJR A;  3J8A A;  3IUC A;  4DR3 K;  3ZSQ A;  1FKO A;  2ZD1 A;  3IRX A;  5TKW A;  3QNN A;  4H5T A;  3J7Y P;  5AQZ A;  2XY7 A;  4DF4 A;  4JI6 K;  3K57 A;  4PWD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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