3CF5L

Thiopeptide antibiotic thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cf5L01
3CPWM 2ZJQL 3CCSN 3CCUN 1VQ7N 1M90O 1S72N 3CCQN 3CF5L 1OVYA 1VQ5N 1Q86O 2QEXN 1K9MO 4UY8O 1M1KO 3CC4N 4U67L 1VQLN 1K8AO 4WCEL 3I55N 4WF9L 4WFAL 3G71N 1YI2N 1Q82O 1KD1O 4IO9L 3CXCM 2OTJN 3I56N 1VQNN 5HL7L 5GAGP 1VQ6N 3G4SN 1NJIO 1YJWN 1VQ8N 1Q7YO 1YHQN 1ILYA 1YJ9N 1VQON 3CMEN 5DM7L 2QA4N 4WFBL 4WFNL 5JVGL 3PIPL 1VQMN 3CC7N 3DLLL 5H1SQ 1VQ4N 3CCLN 3CCMN 1VQ9N 3CCVN 3CC2N 1VQPN 2ZJPL 1JJ2M 5GAEP 3J7ZO 5JVHL 4IOAL 1YJNN 3G6EN 1VQKN 1N8RO 3PIOL 5GADP 3CCJN 3CMAN 1K73O 3OW2M 2ZJRL 1YIJN 4IOCL 1KQSM 3CCEN 5GAHP 5DM6L 1W2BM 1QVFM 5MLCQ 1Q81O 2OTLN 1QVGM 3CCRN 1KC8O 1YITN 3CD6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WNSA 2O8CA 4FWNA 2A5XA 1QSSA 4JYAK 5M1PA 2QTDA 4KI6A 4M3XA 5KPRA 3FE1A 2F7TA 4DR3K 3O3HA 1ZBFA 2Q3SA 3DXKB 3Q7CA 3ZSOA 4ID1A 3K2PA 3HXMA 1GOCA 1WN7A 5AQQA 1C0UA 4YDUC 3O9QA 3S3NA 2YHWA 2GV9A 3DWLA 3LAMA 4DWIA 4ZTJA 1J53A 3GOIA 5J2MA 1W0HA 1A5XA 4BVPA 1HRHA 1NMNA 3BDPA 1RDCA 1FK9A 4FLTA 3CYMA 3SUQA 1HUXA 3A5LC 3TANA 4WYBA 1QQMA 2UYTA 3LDNA 1JL1A 1YF5L 4ZTFA 4DFPA 4KV8A 4UQGA 2X6NA 4A5BA 1YVNA 1HLUA 2HHXA 1NBWA 1ILYA 1C1CA 4FOEA 3CJ1A 4KI4A 4N5SA 3SQ4A 4A2BA 3VOVA 1S1XA 4E1JA 3AVHA 5JS2A 1IKVA 3DYAA 1Y97A 1JLCA 3HRGA 1JLGA 4DSKA 3CQ8A 2A6AA 3VEZA 3OJUA 5J1EA 5AQIA 2QK9A 2FSNA 3JXUA 2YHAA 4XIUA 1XWLA 4BR7A 3NH0A 1LAVA 1X9SA 1QQCA 4PA1A 5KQDA 1UA0A 2AA4A 4CHZA 4KB1A 4CGJA 3SQ1A 3BY5A 4YOUA 1ZXOA 4KPYA 3I33A 4O8UA 3DLHA 5SZTA 4CEDA 1TVRA 2GEMA 3O80A 1BA1A 2A40A 4O55A 4LF6K 5FPEA 1JLQA 2D0PA 4JV5K 1C0TA 5AZJB 3PX4A 4FWMA 1JXBA 1IBLK 4JI8K 3G10A 5E26A 2YJEA 2CGKA 4X62K 4FWPA 4CCHA 2KZMA 1EWRA 4DR2K 4AF1A 5IT9O 1RT7A 2PZSA 4JK8A 1VRTA 4I2PA 2BDPA 2ZQBA 3OY9A 3DMJA 4ID5A 4GV3A 4U67L 1XHZA 4CJVA 4QCLA 3NVMA 4CHOA 1WSJA 4RW6A 4JS5A 4CK3A 3FZFA 3TTDA 2KLAA 3AA5X 3SCXA 3A2FA 5AQRA 4BWMA 3SBTA 4DU4A 4W5RA 1NJZA 5DK5A 3DAWA 2DFEA 2NRHA 2P9LB 1NGHA 4H4MA 3PX0A 1TUUA 2QKKA 4TSXA 3IUCA 4CF0A 4BY9C 4ISFA 5C2DA 2D4WA 3A8YA 2YNGA 1NU0A 4OPJA 4CFBA 5FDLA 4FLUA 4EZ9A 1UA1A 4KTQA 1VSJA 1K8KB 3VN5A 2HHSA 3ALYA 2Z1HA 2X74A 3MEGA 3HOTA 2BUPA 3CQYA 1VQ4N 3OYEA 4FJXA 2E5LK 1P90A 1X9MA 1MA9B 1TYQA 3O4NA 1IBKK 1YVUA 4AHVA 4NB4A 1QE1A 3G0ZA 1E3MA 3KZBA 3P4IA 3J7AP 4B1ZA 2V7YA 4BRGA 1KLMA 3HVRA 4ZHRA 2IVNA 1L3TA 2A3ZA 3AVLA 4CEFA 1ATSA 4ILHA 5CYQA 4W5OA 5AFUH 3ULDA 4BRMA 3ZX2A 4FJ9A 1KQSM 4RW7A 1SV5A 1NMDA 2IDOA 3DRSA 5GIPA 3AARA 1BU6O 2OTLN 1NKEA 4N76A 3IFRA 1HMVA 2FSJA 2VG6A 3ZT1A 2HOEA 3CCUN 3U3GA 4NCBA 2Y1JA 3T1HK 3QDKA 4IXCA 4FCYA 2HVIA 4BR2A 4CIGA 1CZBA 1XHXA 1X9WA 4PHTX 3MCPA 4F3TA 1E4GT 5ELZA 2BTFA 3KLFA 4LY7A 4WF9L 3THWB 4H5WA 4J2DA 3QICA 1U48A 3NGYA 3L2QA 1IG8A 3MX2A 3EYZA 1SKWA 4IO9L 3MECA 4Z4HA 4H0YB 5F1XA 2AP1A 3I56N 3NGIA 3ATUA 4JS4A 4CVNE 2P9UB 4NYNA 2YI1A 4JI1K 1K6YA 4JD2B 1VAZA 2DTUA 4EIAA 2A1RA 3OYNA 1I94K 1XQSC 2HNZA 5FRNA 1SUQA 3SUPA 2RF2A 3KK2A 4LD0A 1RCHA 4H8KA 1T05A 4E0DA 2GWJA 3R3LA 3MN5A 3O9TA 4BR0A 2YNFA 3HJFA 3U9ZA 1MU2A 5HROA 3NF7A 3OS0A 4EHUA 1VSLA 4FLYA 2Q0RA 4BWJA 2HBJA 2JWLA 2RHKA 3DI6A 5K14A 2IS3A 4CJSA 4I6MA 3K9KA 1BIUA 1YTAA 4G9ZA 4DR1K 1BISA 5JVHL 2HMPA 4IOAL 4CGGA 4CJUA 1VSIA 1LW0A 4BGAA 4BE1A 4KHQA 4YFUA 3CCJN 4DV3K 2CGJA 4FYDA 4CEEA 5LJVA 1J54A 2YCHA 2O4IA 3V1OA 2Z1IA 1CXQA 3FGUA 3LAKA 2QM1A 2RPIA 2NRTA 5CZ1A 1W97L 4GMJB 2GTDA 3AO4A 3V9XA 5J2PA 4PL7A 3QMLA 4JI0K 1ESVA 4X66K 3VA3A 4JKAA 4X65K 2P9IB 3S3MA 4LF4K 2QI2A 4O44A 2VYPA 4DKWA 1Q86O 3WT0A 2ZWHA 4YOYA 3NDKA 5AQVA 2IIRA 3NFAA 4C8LA 1VSFA 4GVEA 2KKZA 3J80O 1WOQA 2FF3B 2ETJA 4CJFA 3JAMO 3O3GA 2BE2A 3EEQA 3LANA 3CXCM 3ULEB 2KTQA 5HBMA 1KVAA 4MFBA 5AQFA 4FJ8A 5AQXA 1GLDG 1RT2A 3UKRB 3WUHA 2OCEA 4BRDA 3GE1A 4JKDA 4PKGA 3TAQA 1CXUA 2IOCA 3RRGA 2YNHA 2OPQA 5E84A 3M5RA 3D2FB 3MMVA 1I39A 1YJ9N 1KFSA 1TGOA 1L3UA 3LALA 4PUOA 4ILJA 4FZYA 3HO1A 2QA4N 4F2RA 3CFPA 3S41A 3U6FA 1HYSA 1TKZA 1VHXA 4FZZA 3QBWA 2CH5A 1BUPA 1XMQK 3IMXA 5CZ2A 3KK1A 4CF8A 3TPQA 3CC7N 4N47A 3ZSQA 2NRWA 3EE9A 2HB5A 2ATQA 3C6HA 2F9WA 4DTOA 1D9FA 1X3MA 1VQPN 3CC2N 5GAEP 3O9UA 3OYKA 1HNZK 1J6ZA 4CIFA 3K5MA 1P8ZA 3M8RA 1NOYA 2P9PB 1N8RO 3RR7A 1TL3A 2HMIA 1IO2A 3RSEA 3A0IX 3VF2A 5B8HA 4DTJA 4F4KA 3LP2A 4JAXA 5AZIA 4A2AA 2WTUA 3L8BA 3AO1A 1ZBLA 3L4IA 3N4QA 4FJ7A 1NGAA 3VQ9A 4K42A 2HBMA 3OYGA 2R7YA 1QVGM 3TAEA 3AGKA 3K9JA 5HRPA 1T6CA 1NGCA 5KRSA 1T44A 5AQGA 4BVOA 4KHPK 2P9NA 1XI1A 4H0VB 4JKGB 4AQYK 1BI4A 2VWKA 4O5FA 5AQOA 3VF6A 4JI2K 3HYFA 4C23A 2UUCK 3OYDA 5CYMA 4KHNA 1C0MA 4BQLA 1QHTA 5AQSA 3QLHA 3AGRA 3WXIA 4NCAA 1HQEA 4Z4GA 3V1QA 4B9LA 4BACA 3HM8A 3ID8A 4CFDA 4H5TA 1C6VA 2E88A 4BE2A 2LSNA 1KRPA 2FF6A 1HKCA 3G25A 4DCHA 3O6WA 3PY8A 1RDAA 4DV0K 3CI5A 3ZT2A 2PYJA 3LZJA 2Q2RA 1NK0A 2D1KA 2W42A 3FZHA 4E19A 2O8FA 3CJ9A 3RMAA 4AHSA 3LDSA 3AVNA 4F3OA 1KFDA 3GBTA 4DV1K 1UAXA 4NLCA 4BRIA 1VQMN 3CM5A 2WBNA 2W40A 2F9TA 1C1AA 4E7LA 3ZYYX 4U7BA 3ZLJA 1VK0A 2E8AA 1HYZA 2P51A 4HVJA 3EO3A 4E7HA 4BDPA 4AHTA 4FM0A 4JI7K 3NHGA 5FPNA 3OS2A 2VWJA 1ITGA 4FJMA 3U3YA 1NGFA 4DR6K 1S9GA 1Z26A 2YJFA 1S9EA 2ZJRL 4OGEA 4G1QA 2RE2A 3DJCA 3ZT3A 2ASPA 5GAHP 2QW9A 1Q18A 4CHQA 1HR0K 5MLCQ 4JKEA 2ZGYA 4DTUA 1RDDA 1LWEA 5AQMA 3LP0A 3W3DA 3L6QA 4FJNA 4DQIA 1ATRA 1RDUA 3C6UA 3M3ZA 4DTPA 4OKKA 2FXUA 3CC4N 1C1BA 4AHUA 2HHWA 1IG9A 1ASUA 4LFBK 4KB0A 2O8BB 4GVMA 1SKRA 3KKSA 3KLHA 4DV5K 4YOXA 1OVQA 3OTOK 1RT1A 1DTTA 2D0CA 1NK9A 4H03B 4Q0BA 4K25A 2A1SA 2JWKA 4ISEA 1O1WA 3SMPA 4EZ6A 4CEQA 3DLKA 3QIOA 2V7ZA 3S3OA 4NXMK 4JRPA 4BR4A 1WSFA 2E20A 3H1VX 5DMRA 4DSJA 3EY1A 2E1ZA 1RTHA 3CMEN 1ZC6A 1RBUA 4B3TK 3VEYA 1HKGA 2EHGA 3F5TA 3TR8A 4ELTA 2P9SA 3TAGA 3LZIA 2YV0X 1S22A 3C7NB 3DLGA 3KWGA 2IC3A 1NGIA 2P9UA 3AVBA 1HPMA 3R9PA 3AA3A 1NNEA 5FPMA 4F2SA 1DKGD 2QWLA 4M45A 2P9SB 3EKSA 2ZM6K 5JICA 1QQOA 1RNHA 1VQ9N 4AILC 4K41A 3FR0A 4E7JA 4BGBA 4FXDA 4A59A 3WEEB 4DUZK 3UE5A 1IJJA 3NF6A 1CZAN 3E9OA 1VSEA 4IG0A 4MLHA 4EAHD 3DLRA 4QS7A 4B3RK 3OYJA 2GWKA 3SQ2A 4Z94A 2ASOA 3EE8A 2XRIA 4E1MA 4M7YA 4BRHA 1JLBA 3AAPA 3V4IA 3L0QA 2G8VA 4FOIA 1B9FA 3LP3A 3ZX0A 4BQZA 3MWPA 1Q81O 4KAZA 2ASMA 2CGLA 3C95A 1V4SA 1Q8IA 1N36K 1DTQA 3VENA 3HK2A 5BPMA 3LDOA 5LY3A 4JI4K 2E6MA 1S3XA 3DLEA 3IG1A 3ZT0A 2HHVA 1NKCA 4Z0UA 4O5BA 1MWMA 1RTIA 2OPPA 3HVTA 3KWIA 3NVKA 3C6AA 4YORA 1YXQA 5A2QO 1WB9A 5M1QA 1HX1A 5JLHA 3KLIA 3BP8A 1X3NA 1DGKN 4B9VA 1NKBA 4GY2B 3QFPA 1Z05A 3KK7A 5J2QA 3UKUA 3VQ4A 1VQ6N 4E89A 3TTFA 4FM2A 1Q7YO 3RMCA 2KHOA 3FZLA 5KPTA 4E1NA 1O13A 4WFBL 2GELA 4LSNA 2FBXA 1T03A 4B08A 4E7KA 1RT3A 4CJTA 3NF8A 4OKJA 4CERA 2QWRA 1NK6A 2HF3A 2ITGA 3K5NA 3QB0A 4KH4A 5EX5A 1UWBA 4LFAK 3QFUA 3NF9A 3V1RA 5BPLA 3SAFA 5HLFA 5HOOA 4J8FA 4FJJA 4QOZB 5LJWA 4HTLA 3NAEA 3EL2A 1Y64A 3BEXA 4CZJA 1IV0A 3MK6A 3D0PA 3S9HA 3HP9A 1WSHA 2HNYA 4O8KA 1BI4B 4E3SA 3A5NC 1XUPO 1VQKN 4FK4A 3WNEA 4YNQA 2UXCK 5BR9A 1J5EK 3LP1A 4DHYA 2F8SA 3VMFB 3ZSVA 4ISGA 1KAZA 1GLEG 3FZMA 4BE0A 5DM6L 1RBSA 4CZMA 2KFZA 5KGWA 4FJGA 1L5UA 1LOTB 3K5OA 4KREA 3CM6A 1S72N 4W5TA 3R8EA 5HRNA 3BZKA 3N4PA 1VQ5N 1M1KO 4BC5A 2V52B 4EP5A 4CGIA 2YX6A 1KTQA 4FWOA 4HHTA 2IVOA 4CZKA 2F96A 3VQ5A 2E2OA 2PAVA 2F4VK 1S6QA 3QEWA 3IDHA 5BRDA 1BQNA 4CI6A 2GUPA 1TL1A 3RR8A 3TAPA 2KQ2A 4JI3K 3ENBA 4BG9A 1YAGA 4CJPA 4KBOA 5SWMA 4DR7K 1YJWN 2UXDK 4I2QA 3GDQA 4YOVA 1QZ5A 1BG3A 2XY8A 4PY5A 4QS8A 4M7XA 5D3GA 2GX9A 3P39A 4KTZA 3HPHA 4V19S 4MDAA 1EX4A 3DRRA 1NM1A 2D5RA 3MN9A 3UB5A 4CJ5A 2EWSA 3VQQA 2Z1JA 5BRHA 3PSFA 2KW4A 3LPUA 4Z4FA 3O08A 4KH5A 4CEOA 4DSLA 2Q1NA 5H1SQ 4B9MA 3QEIA 3HT3A 1NGDA 3CCMN 2IVPA 1VSHA 3B6PA 3WEEA 1B9DA 2I5JA 4CJKA 3O1WA 3SYZA 1BOTO 3VESA 4Y1CA 3GG4A 1YJNN 3KJVA 3V9SA 5GIOA 1JCFA 5AFUA 5GADP 3AVIA 1U45A 1NOZA 1W9HA 1SKSA 5M1NA 4KHUA 3PO4A 3VPZA 3LM2A 3RTVA 3DXKA 4DLGA 4XH1A 3L2VA 4AHCA 1N34K 4JN4A 2EX3A 3CCEN 5KGXA 3U9DA 4HUEA 4R5PA 4K8XA 1ZBSA 4B9UA 2X78A 4CW7B 3F9MA 1RBTA 1JLAA 1WBBA 3HM9A 3GL1A 3LM9A 4JHDA 4B3MK 2XY5A 4W5NA 3NGZA 5AQYA 1KVBA 5LL6Z 1Z25A 3ZEUB 3A5OC 4DG1A 3SQ0A 2OZSA 1HKBA 2OPRA 4CESA 2UUAK 3NBPA 4DTMA 4IJAA 4DFKA 1WBDA 3H08A 2G8KA 4BREA 2QKBA 4FM1A 1NK4A 3J81O 3UKRA 2XO7A 1HQUA 3KVGA 1BHLA 4CEBA 3JS6A 1OKJA 4N41A 3HI0A 4H0XB 2GUIA 1RDBA 2P5GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CPW M;  2ZJQ L;  3CCS N;  3CCU N;  1VQ7 N;  1M90 O;  1S72 N;  3CCQ N;  3CF5 L;  1OVY A;  1VQ5 N;  1Q86 O;  2QEX N;  1K9M O;  4UY8 O;  1M1K O;  3CC4 N;  4U67 L;  1VQL N;  1K8A O;  4WCE L;  3I55 N;  4WF9 L;  4WFA L;  3G71 N;  1YI2 N;  1Q82 O;  1KD1 O;  4IO9 L;  3CXC M;  2OTJ N;  3I56 N;  1VQN N;  5HL7 L;  5GAG P;  1VQ6 N;  3G4S N;  1NJI O;  1YJW N;  1VQ8 N;  1Q7Y O;  1YHQ N;  1ILY A;  1YJ9 N;  1VQO N;  3CME N;  5DM7 L;  2QA4 N;  4WFB L;  4WFN L;  5JVG L;  3PIP L;  1VQM N;  3CC7 N;  3DLL L;  5H1S Q;  1VQ4 N;  3CCL N;  3CCM N;  1VQ9 N;  3CCV N;  3CC2 N;  1VQP N;  2ZJP L;  1JJ2 M;  5GAE P;  3J7Z O;  5JVH L;  4IOA L;  1YJN N;  3G6E N;  1VQK N;  1N8R O;  3PIO L;  5GAD P;  3CCJ N;  3CMA N;  1K73 O;  3OW2 M;  2ZJR L;  1YIJ N;  4IOC L;  1KQS M;  3CCE N;  5GAH P;  5DM6 L;  1W2B M;  1QVF M;  5MLC Q;  1Q81 O;  2OTL N;  1QVG M;  3CCR N;  1KC8 O;  1YIT N;  3CD6 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WNS A;  2O8C A;  4FWN A;  2A5X A;  1QSS A;  4JYA K;  5M1P A;  2QTD A;  4KI6 A;  4M3X A;  5KPR A;  3FE1 A;  2F7T A;  4DR3 K;  3O3H A;  1ZBF A;  2Q3S A;  3DXK B;  3Q7C A;  3ZSO A;  4ID1 A;  3K2P A;  3HXM A;  1GOC A;  1WN7 A;  5AQQ A;  1C0U A;  4YDU C;  3O9Q A;  3S3N A;  2YHW A;  2GV9 A;  3DWL A;  3LAM A;  4DWI A;  4ZTJ A;  1J53 A;  3GOI A;  5J2M A;  1W0H A;  1A5X A;  4BVP A;  1HRH A;  1NMN A;  3BDP A;  1RDC A;  1FK9 A;  4FLT A;  3CYM A;  3SUQ A;  1HUX A;  3A5L C;  3TAN A;  4WYB A;  1QQM A;  2UYT A;  3LDN A;  1JL1 A;  1YF5 L;  4ZTF A;  4DFP A;  4KV8 A;  4UQG A;  2X6N A;  4A5B A;  1YVN A;  1HLU A;  2HHX A;  1NBW A;  1ILY A;  1C1C A;  4FOE A;  3CJ1 A;  4KI4 A;  4N5S A;  3SQ4 A;  4A2B A;  3VOV A;  1S1X A;  4E1J A;  3AVH A;  5JS2 A;  1IKV A;  3DYA A;  1Y97 A;  1JLC A;  3HRG A;  1JLG A;  4DSK A;  3CQ8 A;  2A6A A;  3VEZ A;  3OJU A;  5J1E A;  5AQI A;  2QK9 A;  2FSN A;  3JXU A;  2YHA A;  4XIU A;  1XWL A;  4BR7 A;  3NH0 A;  1LAV A;  1X9S A;  1QQC A;  4PA1 A;  5KQD A;  1UA0 A;  2AA4 A;  4CHZ A;  4KB1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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