The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
227
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structure length |
227
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Chain Sequence |
SRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a novel non-Pfam protein PF2046 solved using low resolution B-factor sharpening and multi-crystal averaging methods
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule tags |
Unknown function
|
| molecule keywords |
Uncharacterized protein PF2046
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| total genus |
57
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| structure length |
227
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| sequence length |
227
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CHI A; 4YOV A; 4O8U A; 4YOW A; 4YOX A; 4YOY A; 4YOR A; 4YOT A; 4YOU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HHX A; 2QM1 A; 4H5W A; 4DR6 K; 3R8E A; 4NYN A; 1NNE A; 3AVG A; 1GLL O; 4JN4 A; 3NGI A; 5AQM A; 1QQN A; 2D5R A; 2YHY A; 3MED A; 2WUS A; 4JHD B; 2NZT A; 2OPP A; 5AQO A; 2GUI A; 1GOC A; 2O8D A; 2DTU A; 4I2Q A; 3M8Q A; 5HRN A; 1QQM A; 4PKI A; 1TGO A; 2UYT A; 4JKG A; 4JI2 K; 4CF2 A; 1UAX A; 5F0X A; 1KVA A; 3WQU A; 3K0S A; 1HMV A; 1VQM N; 2XY8 A; 2YHA A; 3UKR A; 4FJX A; 1YXQ A; 3DI6 A; 3LDL A; 4H0O A; 1KAZ A; 4MDA A; 1KFD A; 3L6Q A; 3B6O A; 3H1Q A; 4XH5 A; 5M1K A; 3ZLJ A; 4LF4 K; 4C8O A; 2V7Y A; 1S1U A; 3O4Q A; 2LSN A; 1GLJ O; 4OKE A; 3UKU A; 2BUP A; 4DCH A; 2RKI A; 3QEP A; 3AA4 A; 3VGK A; 5FPN A; 2DY4 A; 3V81 A; 3P5J A; 4JI5 K; 3C94 A; 4DTP A; 4K43 A; 3EE8 A; 3M8P A; 1KVB A; 2E6L A; 5GIO A; 5JMV A; 2P9I A; 3SNN A; 1TKZ A; 5FRO A; 3SZ2 A; 1IG9 A; 3T1A A; 3KK2 A; 2G8H A; 3CXC M; 3RRG A; 2Q31 A; 1C1B A; 3WXJ A; 4CHQ A; 3VA0 A; 1HQU A; 4BAC A; 5C25 A; 3CME N; 4BRA A; 3SMP A; 2P9N A; 4H5R A; 4JI7 K; 2WFB A; 5F2R A; 5K14 A; 3L2V A; 2VWJ A; 3LZJ A; 4NCB A; 1JLF A; 4FCY A; 3N4Q A; 5GIP A; 3K9J A; 2ZGZ A; 2QK9 A; 1KLN A; 2P9K A; 1VSH A; 4FM0 A; 1XQS C; 4WQ4 A; 2IDO A; 4E1M A; 1HJR A; 3O3G A; 2YHB A; 4DV5 K; 4NO7 A; 3DLG A; 1YJW N; 4CZG A; 3CMA N; 4DQS A; 4DU1 A; 1NK8 A; 2GBZ A; 2W41 A; 4DUY K; 4FXD A; 2QWN A; 2D4W A; 4FVM A; 4CCH A; 3AO4 A; 2B5J A; 1WLJ A; 1NG9 A; 4M42 A; 3NFA A; 4K42 A; 5AQL A; 4MQ3 A; 1WSF A; 2B4J A; 3OYC A; 1QSY A; 4JV5 K; 1DLO A; 3E9O A; 3BDP A; 4IFY A; 3F2K A; 1VQN N; 3VQC A; 1U48 A; 2A42 A; 4AH9 A; 4IJN A; 4H0Y B; 3AO1 A; 4H4O A; 1QZ6 A; 2HHS A; 2HND A; 4O5F A; 5LMU K; 1KRP A; 1W9H A; 3IUC A; 1HNX K; 3TSP A; 4CJK A; 3GBT A; 4DQ8 A; 1ZBI A; 5BRH A; 1RDW X; 5CE3 A; 2PY5 A; 3CIP A; 1ZBF A; 3VTH A; 3F73 A; 2XY7 A; 2OPS A; 4EZ9 A; 1VRU A; 4DV0 K; 4FWL A; 1W7A A; 2ASM A; 1I39 A; 2VGN A; 4FWQ A; 1VQL N; 5J2N A; 1SAZ A; 4O0I A; 2Q36 A; 4EFH A; 3V9S A; 3DLH A; 4JKA A; 1D4X A; 3FZM A; 3LP3 A; 3SI6 A; 3VEV A; 3TPQ A; 3M8R A; 4CJS A; 4BRE A; 4EHU A; 4HTL A; 4H0X B; 2P5O A; 1ATN A; 2QTD A; 3ZX3 A; 2IVN A; 4BRC A; 2O8D B; 4CZE A; 1KCF A; 2IC3 A; 4GV3 A; 3MEE A; 2CGL A; 2HOE A; 2P51 A; 3BEX A; 2O8E A; 2Z1G A; 4FLV A; 1EET A; 2YI1 A; 1VQ9 N; 3H3N O; 4LF5 K; 3HK2 A; 3S3M A; 1EWR A; 5AR0 A; 2NRZ A; 2QEX N; 4CGD A; 3CYM A; 3VQD A; 2YKN A; 3NVM A; 1ZBS A; 3FFI A; 2IAJ A; 2YNH A; 3DXK B; 3SMS A; 1RBR A; 2Z1J A; 3DXM B; 1CZB A; 1N32 K; 1XC3 A; 4BWJ A; 4E19 A; 2FC0 A; 1C0T A; 3SJJ A; 4IJA A; 2CH5 A; 3M8S A; 4WCE L; 3KK3 A; 2O8F A; 4F9O A; 2QXL A; 3ID6 A; 5ADX A; 2P1J A; 4FM2 A; 1JL1 A; 4R79 A; 4BVP A; 2HHU A; 2CH6 A; 2FBY A; 2E5L K; 3LAN A; 1DT9 A; 4FLZ A; 4B9L A; 1SS6 A; 1LWF A; 4IXC A; 3CCQ N; 3BF3 A; 3MWT A; 1X9S A; 4OGC A; 1NKE A; 1RBV A; 3ZYY X; 2G8K A; 4RWT A; 1VQ5 N; 3KVG A; 2RF2 A; 3K5L A; 5FLX O; 4OPJ A; 2FSN A; 2WC9 A; 3QIC A; 4CF9 A; 2G8W A; 5M1F A; 4B9Q A; 4B1V A; 2XO7 A; 1LCU A; 3DRR A; 1KC8 O; 4LFC K; 3IDH A; 4PA1 A; 3QFP A; 3K5O A; 4JI4 K; 3MMV A; 1HQE A; 3VOV A; 1XNQ K; 2OTL N; 5JVH L; 3LWM A; 5EY4 A; 4BC5 A; 3NF7 A; 4CER A; 1E3M A; 3HBT A; 4H5N A; 3VEO A; 4IWV A; 4RW7 A; 4FM1 A; 2V51 B; 5SWM A; 4OO1 J; 3ALY A; 3HPO A; 2D0C A; 1S72 N; 3CC2 N; 1I3A A; 4H0P A; 4FJ8 A; 4FSV A; 3Q7B A; 3SCX A; 1S1X A; 3PX0 A; 5KQ8 A; 3WXK A; 1ASV A; 1D9D A; 2Z1I A; 2RN2 A; 4KHP K; 3H3O B; 3HVR A; 1YIT N; 3QEV A; 4JI1 K; 4FOE A; 4B3R K; 4L8R B; 1JCE A; 4CEB A; 3TAR A; 4CEF A; 4B8A B; 1YF5 L; 3O8M A; 3RSE A; 4F3T A; 4CFC A; 1X9J A; 2VYP A; 5E41 A; 3KK1 A; 2YHW A; 4JYA K; 2E6M A; 3OYE A; 1HPM A; 1RBS A; 3LM9 A; 1RTI A; 3AO5 A; 1CXQ A; 3TWH A; 3VN5 A; 1Z05 A; 3U8X A; 4B1X B; 3TAN A; 3VGM A; 3O3H A; 3ZT3 A; 2J4R A; 3E9P A; 4J8F A; 3TAM A; 4JRP A; 3QIP A; 1RBT A; 3L0Q A; 2Q3S A; 3NGZ A; 1OH7 A; 3HOT A; 3WQT A; 4E3S A; 1CXU A; 3ZET B; 3ZET A; 4BE1 A; 3O9Q A; 1IKW A; 2FBT A; 1YJN N; 1HNI A; 1REV A; 3G10 A; 2OCE A; 1VSI A; 5AQN A; 2V52 B; 4O55 A; 4R5P A; 1WN7 A; 2ASO A; 4C23 A; 4HCC A; 1BQN A; 4A62 A; 1RDD A; 4H5V A; 1V4S A; 1BA0 A; 4LSL A; 3KTQ A; 5AQK A; 4Z4C A; 2VQE K; 5JVG L; 3PLA A; 1TVR A; 4KTW A; 1JLC A; 1LWE A; 3J7Y P; 3L2Q A; 4ZHR A; 4BRN A; 4AHT A; 3AGK A; 4ISF A; 4K25 A; 5KRT A; 3BP8 A; 3LZI A; 1UA0 A; 1CZ9 A; 4LF7 K; 2RHK A; 3E66 A; 3AO3 A; 4RTF D; 2OZS A; 3KLG A; 3DAW A; 4JS5 A; 3ATU A; 2HBK A; 3EL2 A; 1GLC G; 1BIS A; 3AVF A; 4BRI A; 4BWM A; 4FLW A; 3M6G A; 4CK2 A; 4M41 A; 3VQP A; 1EQY A; 2UUA K; 1YIJ N; 3V1O A; 4AIL C; 1L3U A; 3SPY A; 4BC2 A; 1J5O A; 1KAY A; 1OVQ A; 1KQS M; 4I6M A; 1BOT O; 5I3U A; 3L4Q A; 1NWK A; 3K9K A; 2R7Y A; 4NCA A; 1S1T A; 2QI2 A; 3HM9 A; 4GMJ B; 1VSD A; 1SV5 A; 2VG6 A; 1TAU A; 4YDU C; 4FJI A; 5BPN A; 4NXN K; 4FO0 A; 3SUQ A; 4DQP A; 4DTM A; 3DXM A; 4O8U A; 5HRS A; 4KRF A; 3WUH A; 3VQ5 A; 2E8A A; 2E20 A; 3TAG A; 3T3F A; 3OYA A; 4DMN A; 3CJ9 A; 4BR4 A; 3O80 A; 5HRR A; 2AA4 A; 5F1X A; 3UIQ A; 4QS9 A; 5M1O A; 3RVC A; 4CJL A; 2CGK A; 4GKJ K; 1ZBU A; 4DWI A; 4DV3 K; 2YNG A; 4MFB A; 1C1C A; 2P9P B; 4A2A A; 4BRL A; 1HUX A; 5KGX A; 2NRT A; 4FLY A; 4CGJ A; 4JK7 A; 4JI6 K; 4V19 S; 1VSK A; 1HJO A; 3ENH A; 2HNY A; 4JEP A; 4I9Q A; 4FJ9 A; 4NYF A; 3R9P A; 3DLL L; 5KPT A; 1WSE A; 1S3X A; 4CD1 A; 3K5M A; 2O8E B; 1HKB A; 4C8N A; 3HXM A; 3IG1 A; 4BRQ A; 5M1P A; 4CJT A; 3ZSQ A; 3FFK B; 3QES A; 4H0V B; 4E89 A; 3NDK A; 5AFU A; 4PL7 A; 4X66 K; 3SYZ A; 1N36 K; 1IBM K; 1HX1 A; 3HP9 A; 5C2D A; 1E4G T; 3ZX2 A; 4ELV A; 4BR2 A; 1U04 A; 1RBU A; 4CGF A; 2IS3 A; 3KLF A; 1IH7 A; 3GDQ A; 4BG8 A; 3NF6 A; 4KPY A; 3VQA A; 4H5T A; 4B1W B; 2ASP A; 3CQ8 A; 4BR5 A; 2ZJQ L; 1BO5 O; 1VQ7 N; 5AQI A; 2A6A A; 3D2E B; 4MDB A; 5KGW A; 5J2M A; 1ZC6 A; 4DTR A; 5CYQ A; 2XHB A; 1MWM A; 5GAH P; 1O13 A; 3OYB A; 4B9M A; 4DS5 A; 4JKD A; 3TR8 A; 5C2F A; 5E26 A; 3QDK A; 2Q0R A; 3F5T A; 3MDQ A; 4CJU A; 5SZT A; 1GLA G; 3WNG A; 4FJM A; 4DSK A; 4JI3 K; 2KQ2 A; 3J7A P; 5CZ2 A; 1KVC A; 2YCH A; 1N5Y A; 4N41 A; 3UKR B; 1T44 A; 1BL3 A; 4NB4 A; 2P9L A; 3O9T A; 2VCP A; 1W2B M; 1VSM A; 4LF6 K; 1RCH A; 4BRG A; 4DSE A; 4M63 C; 3BY5 A; 1F21 A; 5T7B A; 1KD1 O; 2E1Y A; 2YHX A; 4DU3 A; 3R3L A; 4JKC A; 3QBX A; 4O0J A; 4JRQ A; 3EKS A; 1N34 K; 4BY9 C; 3C0B A; 2YJF A; 3KKR A; 4LF8 K; 3D0P A; 1WSJ A; 4J2D A; 3VMF B; 4B9S A; 1BDG A; 2H3G X; 3P31 A; 1JL2 A; 3PSI A; 3SUN A; 2P9K B; 2F96 A; 3DXK A; 2GX9 A; 3DLB A; 1MDU B; 3U9Z A; 3VET A; 5AQU A; 3VEY A; 4DFK A; 1BHL A; 2AJQ A; 4CZH A; 3V9W A; 2EX3 A; 1NJW A; 3AVK A; 3J8A A; 5DK5 A; 1YHQ N; 4KHQ A; 5J2P A; 5AQZ A; 3ATV A; 4ILH A; 2BGG A; 1NBW A; 1LAV A; 3DM2 A; 4WYB A; 3CCL N; 4W5N A; 3HPH A; 4DV7 K; 4JHD A; 4DR1 K; 3PO4 A; 2ZJP L; 4B1U B; 1KAX A; 3OY9 A; 3OYK A; 3HTV A; 4H4M A; 3ZEU B; 4CW7 B; 2HVI A; 3HPG A; 2OYQ A; 1WUA A; 4M7X A; 1J6Z A; 3WNF A; 4DUZ K; 3O4N A; 4A5A A; 2GTD A; 3RMB A; 4BC4 A; 1WAJ A; 2KHO A; 3SQ4 A; 5C15 A; 5HL7 L; 3IKM A; 2OPQ A; 4W5Q A; 4FJJ A; 1IKX A; 2GV9 A; 1Q8I A; 4JI8 K; 4KHY A; 5I9E B; 4FVU A; 2QWQ A; 1IV0 A; 1RT7 A; 3VQE A; 3CJ7 A; 1ZYQ A; 4BQL A; 3OJS A; 3K59 A; 4A5B A; 3JS6 A; 2BH1 A; 2BDP A; 3OYJ A; 5HBM A; 3QML A; 4PKG A; 4OGE A; 4KI6 A; 3CER A; 4BRK A; 4AM6 A; 4CF8 A; 3G25 A; 1JLG A; 1RTJ A; 4IOA L; 1X9W A; 2FF6 A; 5MLC Q; 1QZ5 A; 2W42 A; 1J9A A; 4BRP A; 1K9M O; 3LP0 A; 4IFE A; 3CFP A; 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3W0L A; 3M3Z A; 5ELZ A; 4DS4 A; 4FZY A; 4YOR A; 2QA4 N; 1NGE A; 4CK3 A; 3O6W A; 3RMA A; 2HF3 A; 3H08 A; 4K8Z A; 3NH2 A; 3MXI A; 4RW8 A; 1QQO A; 4IKF A; 2KW4 A; 1GOA A; 5EX5 A; 3OYL A; 3VF6 A; 2JWL A; 3ZT4 A; 3O5B A; 3TSU A; 4Y0W A; 3A2F A; 3I8D A; 3OYH A; 4IOC L; 3WEE B; 2WON A; 1VQ6 N; 4LY7 A; 3L2R A; 3G71 N; 2D0P A; 2I5J A; 4BRM A; 4GVM A; 5C12 A; 1NK4 A; 1J5E K; 1LOT B; 5E84 A; 4IDK A; 3KK7 A; 4NLC A; 5FPD A; 1EWQ A; 3D7E O; 4CEZ A; 5AFU H; 4BG9 A; 4B9V A; 1Q81 O; 3S9H A; 3TSQ A; 1XNR K; 1E4F T; 5JS2 A; 1Y64 A; 3KLH A; 3L3V A; 1XC9 A; 1VQO N; 1YJ9 N; 2HF4 A; 3AA2 A; 1QE1 A; 2JGU A; 1BA1 A; 1S5J A; 4LH5 A; 4LFB K; 4CHO A; 3LDO A; 2X74 A; 1Z25 A; 4CF1 A; 4M3W A; 2P9S B; 2F8T A; 3QO9 A; 3MWP A; 3S3O A; 1S9E A; 3OYN A; 1DTT A; 3G4S N; 4A59 A; 4LF9 K; 3MN6 A; 4ISE A; 4XH4 A; 1G15 A; 4B9N A; 3IAY A; 1KTQ A; 5LMN K; 4FK4 A; 3DRP A; 1NK0 A; 4CEQ A; 1IKV A; 3CJB A; 4OKK A; 1L3S A; 2ZM6 K; 3D45 A; 3CET A; 3GE1 A; 3ULE B; 4DSF A; 1YVN A; 3NF9 A; 5M1Q A; 1SL2 A; 4FPB A; 1NMN A; 2GWK A; 3SJH A; 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