The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
227
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structure length |
227
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Chain Sequence |
SRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Uncharacterized protein PF2046
|
| publication title |
Crystal structure of a novel non-Pfam protein PF2046 solved using low resolution B-factor sharpening and multi-crystal averaging methods
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule tags |
Unknown function
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| total genus |
57
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| structure length |
227
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| sequence length |
227
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YOT A; 4YOR A; 4YOW A; 4YOX A; 4YOU A; 5CHI A; 4YOY A; 4O8U A; 4YOV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2UXC K; 3CQY A; 3SK3 A; 2V7Z A; 4DLE A; 3MN9 A; 3CJ1 A; 1JL1 A; 4CED A; 4CCH A; 1VSD A; 1BCM A; 4FJN A; 3NVK A; 1DTT A; 3L2V A; 4C8N A; 4FLX A; 2E8A A; 2O8C A; 3V4I A; 3NF9 A; 3QB0 A; 2WON A; 3C6A A; 2HHU A; 4DQ8 A; 3V6D A; 4L3Q A; 4RCH A; 4JKG B; 4J2A A; 3LAK A; 4GW6 A; 4ZTJ A; 2IVN A; 5DMR A; 4BRG A; 4BC2 A; 3JAM O; 2A3Z A; 1OVY A; 4JHD A; 4Z4I A; 1RDW X; 3TAG A; 5MLC Q; 1KLN A; 4M3U A; 4JI7 K; 2P9I B; 4H4O A; 4E7L A; 4DTR A; 1GLF O; 5AQI A; 3OYF A; 3FZL A; 4B9U A; 3I56 N; 1F21 A; 3T1Y K; 4I7F A; 1HRH A; 2WBN A; 4DQI A; 3M6G A; 4DTJ A; 4OPJ A; 3PIP L; 1QSL A; 4JS5 A; 2BAN A; 4JV5 K; 3G6E N; 4HTL A; 3A2F A; 3H1V X; 5AQT A; 1T3V A; 4C1N K; 1FW6 A; 4CFB A; 4KTQ A; 3QBW A; 1NKE A; 3P31 A; 1SQK A; 3AVL A; 4CER A; 1O13 A; 5B8H A; 2ZE2 A; 5KGX A; 1NJZ A; 3CCE N; 1JLB A; 4Z4F A; 4KHS A; 4IO8 A; 4JAX A; 4N5S A; 5AQF A; 5KPZ A; 4KO0 A; 4Z4E A; 2NZT A; 4IWV A; 4E7I A; 5FRO A; 1HNV A; 3ZET B; 4CGI A; 3L2Q A; 1HKB A; 2Q1N A; 1TVR A; 5AQZ A; 4FLT A; 3QNO A; 1RDA A; 3C94 A; 2Z1J A; 3GBT A; 2P9P A; 3QER A; 4M3X A; 3HP9 A; 2IIR A; 2X6N A; 2HOE A; 3ZSW A; 4IEE A; 4DV3 K; 3FLC O; 3AGR A; 1NGF A; 4GVM A; 4H0T B; 3G10 A; 4DR1 K; 2GWK A; 4J2B A; 4BWJ A; 3CJ7 A; 3PV8 A; 2BDP A; 3QEW A; 4H0X B; 1X3N A; 2W41 A; 4DS4 A; 3RR7 A; 4FJX A; 3SUQ A; 1NM1 A; 3F2K A; 1WSE A; 3NGI A; 1MU2 A; 5CE3 A; 1S1X A; 3AVI A; 4MDA A; 3T3F A; 4H0P A; 2FLO A; 3M8Q A; 4CD3 A; 2Z1H A; 1TK5 A; 1IG8 A; 1YTA A; 5HRO A; 2O8B B; 5AFU A; 3L0Q A; 4KFB A; 4WQ5 A; 4JS4 A; 1FK9 A; 4B8C A; 4M3Z A; 3TU5 A; 4BRF A; 3EYZ A; 5BPN A; 3O9Q A; 2GUI A; 4MLE A; 5SZT A; 3TAN A; 1HNZ K; 4CEC A; 1YVN A; 2HF3 A; 2KFZ A; 4JD2 A; 4CJ7 A; 2HBM A; 3WXI A; 3CCJ N; 4H5R A; 1NOY A; 1JKH A; 3DRR A; 3IRX A; 4GV6 A; 4BE0 A; 2I7P A; 3VEX A; 3MX2 A; 3T19 A; 4F9O A; 4KV8 A; 4CJT A; 4FZZ A; 2D0P A; 1M90 O; 4EIA A; 4DTP A; 2P9N A; 3ZX2 A; 4DSE A; 2W6L A; 1WUA A; 1LV5 A; 3DWL A; 1K8K B; 4FK2 A; 2CH5 A; 5C12 A; 1EKE A; 4DQP A; 4AQY K; 4C8O A; 1K73 O; 2G8V A; 1NJX A; 3VTI A; 4M7Y A; 2W42 A; 4GV9 A; 2KZZ A; 3HBT A; 3HJF A; 3KKS A; 4HCC A; 3LDS A; 5BPM A; 4CHN A; 2P51 A; 4DSF A; 1HYV A; 1SL0 A; 5IT9 O; 4OKK A; 1S3X A; 3PX4 A; 1S1T A; 4IDH A; 2FSJ A; 1I3A A; 5C15 A; 5BR9 A; 2VCP A; 4YOX A; 4IFY A; 2P5G A; 4HUF A; 1OH6 A; 4FWM A; 5C2D A; 1N32 K; 4KRE A; 1BO5 O; 3LWL A; 1NGJ A; 4DSJ A; 3MEE A; 4FXD A; 1NK4 A; 2G8I A; 2NRZ A; 1S1V A; 1UOC A; 4PKI A; 4JKH A; 1TK8 A; 3THY B; 4PY5 A; 1QQM A; 3BF3 A; 2BTF A; 3OVN A; 3K5N A; 3CET A; 1GLA G; 1HQU A; 3QET A; 4FJ5 A; 2IVO A; 4FWQ A; 3IFR A; 1KQS M; 2P9S A; 4IXC A; 4CZE A; 5AQL A; 4RTF D; 1LWE A; 5KQ8 A; 1NGA A; 2RN2 A; 4B9M A; 2O8C B; 2CH6 A; 5HLF A; 1MWM A; 4B3M K; 3RMD A; 3AA2 A; 1GLE G; 4FJK A; 1QVG M; 4K0K K; 4U67 L; 2XY8 A; 5DK5 A; 2G8F A; 3LAL A; 4ISF A; 3TSU A; 2Z1I A; 4O8K A; 3K0S A; 3LWM A; 3ID6 A; 3AVN A; 2XRI A; 4MO5 A; 3I0S A; 1T05 A; 2AA4 A; 4JHD B; 1WSI A; 1L5U A; 3U9Z A; 5BRE A; 1VRU A; 4B1Y B; 4HUG A; 3AV9 A; 1YJW N; 2D0A A; 4WCE L; 3CJB A; 4NYF A; 3CCQ N; 3AVF A; 1IBM K; 1GOB A; 3O4N A; 3F5T A; 1N5Y A; 4O5B A; 5ADX H; 4AM6 A; 5AQY A; 2YNI A; 3L4Q A; 2UUC K; 2KW4 A; 4XEI A; 3EKS A; 4B1U B; 4FW2 A; 2YI1 A; 4CJ4 A; 3DLH A; 3WXK A; 2F9W A; 1U6Z A; 1BIZ A; 5SWM A; 3V9W A; 1MDU B; 3O9R A; 3ZCM A; 1ILY A; 3EE8 A; 1L3S A; 1HJO A; 1O1W A; 1TL3 A; 2FF6 A; 4DFM A; 3MN7 A; 3P38 A; 4B9V A; 4CFD A; 3CCS N; 2QTD A; 1RNH A; 1NWK A; 3KVG A; 4I2Q A; 4LC9 B; 2O8F A; 4H5N A; 3NCI A; 1D9F A; 3CCL N; 2X78 A; 3OBY A; 3ZEU A; 1S6P A; 3SAH A; 1LW0 A; 1XNQ K; 3L8B A; 4DTU A; 4JYA K; 1KXP A; 3FZM A; 2HHW A; 4Z4G A; 3NBP A; 1S9E A; 4AH9 A; 5ELZ A; 1OVQ A; 3L4I A; 3V1O A; 4DCH A; 5AQP A; 2UXD K; 1EQY A; 3WNG A; 4RW7 A; 1SS6 A; 1GOA A; 1HMV A; 4FWO A; 3MEG A; 5F2R A; 4CD1 A; 1RBU A; 2ATQ A; 3P1G A; 4LF5 K; 2FBT A; 3GL1 A; 5JVG L; 1VQP N; 1KFS A; 4DR7 K; 5AQS A; 4DFK A; 3NFA A; 1U2V A; 1KVC A; 1D8Y A; 1Q7Y O; 3FFK B; 4DUZ K; 3AO1 A; 3LL3 A; 3ZX3 A; 3SMS A; 4DTS A; 3C6H A; 1VSI A; 4WF9 L; 4AHU A; 5AQN A; 2EX3 A; 1JLG A; 5GIN A; 2QWN A; 2DFH A; 3LM2 A; 3L3U A; 2HHX A; 1JCF A; 3THW A; 3DAW A; 3KHY A; 2IS3 A; 4BRH A; 3EL2 A; 4JD2 B; 4DV5 K; 2GWJ A; 1QS4 A; 4J2D A; 1ESV A; 4L8R B; 1C6V A; 3VEN A; 4NXM K; 3ZSX A; 3IKM A; 1ATS A; 4M3Y A; 3IDH A; 3QFU A; 4FOE A; 2OPS A; 3SI6 A; 4FJI A; 4WFA L; 4YDU A; 1NGG A; 3TSQ A; 1XMQ K; 3WNE A; 1KAX A; 3TWH A; 1VRT A; 5KPR A; 3OYH A; 2P9N B; 4CEA A; 3SJJ A; 3VER A; 4OO1 J; 4RW4 A; 2HMP A; 2ZD1 A; 3C7N A; 1S22 A; 3SPY A; 4BDP A; 2ZQB A; 3HL8 A; 4EHT A; 1YI2 N; 4X64 K; 4DR5 K; 1HR0 K; 1EO1 A; 3ENB A; 2QEX N; 3OYB A; 1VSL A; 4B1V A; 4YOV A; 3RSE B; 2VWB A; 3CI5 A; 2UXB K; 2KTQ A; 1WNS A; 2NUB A; 1YIT N; 5AQJ A; 1T8E A; 3RWU A; 3AVA A; 4OPH A; 1RT4 A; 2PYL A; 4WE1 A; 3VGK A; 4RWT A; 4EZ9 A; 3EO3 A; 3O8M A; 5FDL A; 4CJW A; 2KLA A; 3WEE A; 4DF4 A; 3CQX A; 3ZSR A; 4FPA A; 3M1F A; 4E89 A; 3F9M A; 1VHX A; 2ZM6 K; 3KK2 A; 5BN9 A; 3CER A; 3NH0 A; 3ENO A; 4CW7 B; 3CF5 L; 3AVH A; 3HVT A; 2OAN A; 4HWI A; 1Z25 A; 1IKX A; 1BHL A; 4W5R A; 1IV0 A; 1A5X A; 3N4P A; 3D45 A; 1JLF A; 3O1W A; 2QKK A; 1D5A A; 2G8U A; 5D3G A; 4H5T A; 4JI6 K; 5GAD P; 2DTU A; 3BY5 A; 1S1U A; 2ASM A; 4FM2 A; 3TAR A; 1W9H A; 5JLF A; 4PA1 A; 3OYD A; 5EXW A; 3OJU A; 4H4M A; 5HBM A; 3CJA A; 2IOC A; 1SL2 A; 4FWP A; 4KHP K; 4FSV A; 4ILJ A; 2AP1 A; 3CCR N; 5DM6 L; 4Y0W A; 3KTQ A; 1RGI A; 2YNH A; 1VQ5 N; 2FBY A; 2HHH K; 3L3V A; 5AJ3 K; 1J5E K; 3WNF A; 3SUO A; 1NNE A; 1IBK K; 4I9Q A; 4MFB A; 5BRF A; 4DSK A; 4BGB A; 4AHC A; 4YOU A; 1U45 A; 1RFQ A; 2JWK A; 3F73 A; 1YIJ N; 3O6W A; 1L3V A; 4LFA K; 3U6F A; 3LPT A; 4IDK A; 1GLJ O; 2VGM A; 4FWL A; 1SV5 A; 3OYN A; 3HP6 A; 3KK1 A; 1WAF A; 4Y1D A; 1N33 K; 2A42 A; 3K5M A; 1BIU A; 1S6Q A; 3AAP A; 1UA0 A; 2UUA K; 2XY7 A; 1VQ7 N; 1CZB A; 3R1X A; 1LCU A; 4RW6 A; 3S3N A; 3O9U A; 1HKG A; 4N56 A; 2ITG A; 1K6Y A; 3AAR A; 4IOX A; 2RHK A; 3ATU A; 5FLX O; 3TTC A; 1CXU A; 2V52 B; 3KLG A; 4CF2 A; 3SV3 A; 3FZF A; 2D0C A; 4KH5 A; 1RBV A; 2F8T A; 3OY9 A; 4BQZ A; 2YJF A; 2O8E B; 3THX B; 3LP1 A; 3ZEU B; 3L6Q A; 4JK8 A; 2Q0U A; 4H0O A; 3VGL A; 3HO1 A; 1W0H A; 5KGW A; 4PUO A; 1VQL N; 1N34 K; 2NRV A; 1HKC A; 1KFD A; 3VN5 A; 2RPI A; 4M41 A; 3DXM B; 1LWC A; 2NNW A; 2YHB A; 3CFP A; 4O5F A; 4CBU A; 1C1A A; 4JNE A; 1QE1 A; 4YY3 K; 2HVI A; 4CF9 A; 4WQ4 C; 3CM6 A; 3KWI A; 4DV7 K; 5FPE A; 4KHQ A; 1S1W A; 1WAJ A; 1GLB G; 5CYQ A; 4CGF A; 4E0D A; 4PKH A; 4IO9 L; 5EY4 A; 3SQ0 A; 1K9M O; 2HNY A; 3BEX A; 3ZSO A; 3I0R A; 4FO0 A; 1YT3 A; 2HNZ A; 3EEQ A; 4GV3 A; 3VGM A; 4KHY A; 4PWD A; 2A6A A; 4CF0 A; 1VSE A; 3ZSV A; 3QEI A; 1RBS A; 2ZGZ A; 4RG8 A; 4BR2 A; 3MXM A; 4JK9 A; 5F0X A; 2OPP A; 3ASM A; 4B9L A; 1TV6 A; 4ILH A; 1VQN N; 1VSJ A; 4DSI A; 2KKZ A; 3DMJ A; 3TAB A; 2HMI A; 3E01 A; 3HOS A; 3V9X A; 4F2R A; 5M1Q A; 3THW B; 3M5R A; 2OZS A; 3KD5 E; 4JI4 K; 1RDD A; 1RCH A; 4FCY A; 5AZI A; 2DFE A; 3HTV A; 4NCA A; 1HNI A; 4XH1 A; 4C8M A; 4BRN A; 3CM5 A; 3D2F B; 1QZ6 A; 2NRT A; 3VQP A; 4IEI A; 3ZSY A; 2VG6 A; 3DLB A; 4YFU A; 3C7N B; 3VQB A; 1DT9 A; 3VF4 A; 2YHW A; 1XMO K; 5FRN A; 2KHO A; 1R59 O; 4ZHR A; 1QSY A; 1WSF A; 3DLE A; 5KRS A; 3BP8 A; 1HJR A; 1KSP A; 3EKU A; 1HYZ A; 3DYA A; 1VQ6 N; 4CFA A; 2NRH A; 4FLZ A; 3HYF A; 1BUP A; 3L2W A; 1VSF A; 4BRK A; 4ICL A; 2QWM A; 3NF8 A; 3KZB A; 3D0P A; 3AA3 A; 5CZ2 A; 5AR0 A; 1ASV A; 3AAQ A; 4WYB A; 3AVB A; 4CZG A; 2E88 A; 2Z1G A; 3FZK A; 2J4R A; 2ZJP L; 3A5N C; 4LFB K; 3HVR A; 2FBV A; 1QHA A; 3DXK A; 5C24 A; 5GAH P; 3ATV A; 5AQH A; 4KH4 A; 3AA4 A; 3SJH A; 4MDB A; 3ZT3 A; 4BGA A; 4YNQ A; 3A5O C; 1JLQ A; 1GLC G; 5H1S Q; 3KLI A; 3SQ4 A; 4B3S K; 4KB0 A; 2YHA A; 3AA5 X; 4DLG A; 4MLH A; 3D2E A; 4DKW A; 2FF3 B; 3LZJ A; 4CI6 A; 2QXF A; 5AQG A; 2E2N A; 5KRT A; 4QS8 A; 4E1N A; 3QNN A; 3VPZ A; 4E1J A; 3NAE A; 4KHW A; 3HXM A; 3THV A; 1BA1 A; 3C6T A; 2JGU A; 4LY7 A; 5A2Q O; 4G1Q A; 3RVC A; 3UE5 A; 4FJJ A; 1BWF O; 4DR3 K; 4DQQ A; 4C8K A; 1VQ4 N; 4FW1 A; 1DLO A; 3VQE A; 4FWS A; 4JLH A; 5LL6 Z; 1U4B A; 3IUC A; 3VQ7 A; 1QZ5 A; 4JKD A; 3PUF A; 3SPZ A; 3K9J A; 5CHI A; 3BDP A; 3NE6 A; 3TAE A; 2CGJ A; 1TUU A; 3RRH A; 4FM1 A; 4LH4 A; 3ZT2 A; 4F8R A; 4H0V B; 2WC9 A; 1OH5 A; 5EOY A; 5JIC A; 2HHT A; 4DFP A; 3CMA N; 3KIO A; 3U3Y A; 2XHB A; 3O4W A; 2E6M A; 3HI0 A; 4R5P A; 1U04 A; 3T1A A; 3S9H A; 4H03 B; 5AQQ A; 3VQC A; 1NKC A; 2F8S A; 3MXJ A; 2A1S A; 3VTH A; 2HBJ A; 5EX5 A; 3VEZ A; 4BRO A; 5GIP A; 4X66 K; 3RRG A; 4YOW A; 1U47 A; 4HHT A; 3PO5 A; 4PL7 A; 3SQ2 A; 1GLD G; 1TAU A; 4CHO A; 1T6C A; 4BRP A; 5BPL A; 3CME N; 5GAE P; 3LAM A; 4OKJ A; 3AO4 A; 2V51 B; 1KVB A; 1RTH A; 4BRE A; 1ZC6 A; 2P9L A; 3ALY A; 1SKR A; 3QFP A; 3OYI A; 3LZI A; 1IKY A; 4MQ3 A; 1NLV A; 2ETJ A; 3LAN A; 4CHY A; 2FSK A; 5J2N A; 4XH5 A; 1P8Z A; 5BRH A; 3GDQ A; 3O80 A; 3OYK A; 4A57 A; 3SNN A; 2NRX A; 4RW8 A; 4BDY A; 4K43 A; 5FPN A; 3L2R A; 3RMB A; 3VF2 A; 4LF8 K; 4B1Z A; 1HQE A; 3DJC A; 1L3U A; 1KTQ A; 3KLF A; 4E7H A; 3PX0 A; 2O8D A; 1VAZ A; 4O55 A; 4ELV A; 4BR4 A; 1NK6 A; 4W5N A; 3WXL A; 3S3O A; 3OYA A; 2HVH A; 1IKW A; 1TYQ A; 2PZS A; 3ZYY X; 4HUE A; 4DU4 A; 1QQO A; 2XO7 A; 3KLH A; 2YNG A; 2A1R A; 3LDQ A; 3J7A P; 3CJC A; 4OPK A; 1KCF A; 3VA3 A; 1ZBS A; 4WFB L; 3OYJ A; 1NOZ A; 4O8U A; 4DV1 K; 4BVO A; 1XHZ A; 3UKR A; 2RF2 A; 3O1B A; 1KVA A; 4WFN L; 1CXQ A; 2H3G X; 2P9U A; 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