The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
227
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structure length |
227
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Chain Sequence |
SRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a novel non-Pfam protein PF2046 solved using low resolution B-factor sharpening and multi-crystal averaging methods
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule tags |
Unknown function
|
| molecule keywords |
Uncharacterized protein PF2046
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| total genus |
57
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| structure length |
227
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| sequence length |
227
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YOW A; 4O8U A; 4YOY A; 5CHI A; 4YOU A; 4YOT A; 4YOV A; 4YOX A; 4YOR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3J7A P; 2YHB A; 3RMC A; 3BDP A; 3DXM B; 1YIJ N; 2FF3 B; 1WN7 A; 3VF2 A; 4CEC A; 3AVN A; 3OW2 M; 4LF9 K; 2XY6 A; 1YT3 A; 2RE2 A; 4FO0 A; 2W40 A; 4XH5 A; 2G8F A; 5C0Y A; 3VGM A; 3E1Y A; 1HNX K; 4JKE A; 1VQ9 N; 1TKX A; 4Y1C A; 2V7Z A; 3ZT1 A; 3PUF A; 3I56 N; 2OZS A; 4HUE A; 3TTF A; 3CCE N; 3SV3 A; 3ZEU A; 4B1V A; 5AQM A; 2YCH A; 3RSE A; 4BRL A; 3C6H A; 3LAL A; 1YTU A; 2HHX A; 2BE2 A; 3DJC A; 3AV9 A; 3V1R A; 2OTJ N; 2HHT A; 3I8B A; 2HHW A; 4G9Z A; 1GLB G; 3IFR A; 2O4G A; 5HBM A; 3HP9 A; 3HK2 A; 1BGX T; 3WEE A; 4BRN A; 3AVL A; 3CD6 N; 4M3T A; 1RTD A; 2QKK A; 4BDY A; 2BGG A; 2DY4 A; 3U9D A; 3VEN A; 1HPZ A; 2P9L B; 2ZJP L; 3AY9 A; 5M1F A; 4HTL A; 4FJ8 A; 1WSG A; 4FJX A; 5HRP A; 4DQP A; 3SBT A; 3DXK A; 4JHD B; 4CJP A; 1X9J A; 4DHY A; 1UA1 A; 1Z25 A; 5J2P A; 4YOX A; 1BU6 O; 5J2Q A; 4FW2 A; 1TKD A; 1G99 A; 5FRM A; 3L2V A; 4E19 A; 3LDL A; 4OPK A; 1JJ2 M; 4A5A A; 2O8C A; 1JLQ A; 4FLW A; 3F5T A; 5F0X A; 1U6Z A; 4CJT A; 4DLG A; 1TK5 A; 5TKY A; 1W9H A; 2KKZ A; 4O0I A; 3FZL A; 4FWK A; 3T1A A; 5KPZ A; 2UXD K; 4KFB A; 4CD1 A; 1RBS A; 3O5B A; 2FXU A; 5AQI A; 4Z4G A; 3UKU B; 4J2A A; 1MDU B; 2XY8 A; 2IAJ A; 2ASO A; 4CD3 A; 4BRD A; 3TI0 A; 4NLC A; 1C0M A; 1S72 N; 1ILY A; 1SL1 A; 4JS5 A; 2P9I B; 1YUW A; 4B9M A; 1N6Q A; 4FJK A; 2V51 B; 4AHT A; 1S22 A; 4F8R A; 1JCG A; 4AHS A; 3CFP A; 4JI5 K; 4CJU A; 3UE5 A; 1XNQ K; 2CH5 A; 1ZYQ A; 2A1R A; 1NK4 A; 1KFD A; 4QS8 A; 5ADX A; 3ATV A; 1JLE A; 4NCA A; 5JVG L; 3AVK A; 2RF2 A; 2ZGZ A; 1XMO K; 4K42 A; 5BRD A; 5FPD A; 2G8K A; 4N76 A; 4MFB A; 4FWQ A; 5KPT A; 1HYS A; 2E2O A; 3T1Y K; 4LF8 K; 3ZLJ A; 3THX A; 4E7I A; 5JLF A; 3DWL A; 3MX2 A; 5KQD A; 3G10 A; 4GKK K; 1OH8 A; 2B6A A; 1VQ8 N; 3OVN A; 4M41 A; 4FCY A; 5AQK A; 4B1Z A; 1KVB A; 4DTJ A; 5M1P A; 1R59 O; 3P4I A; 4IEI A; 2PYJ A; 4BRI A; 2HBM A; 4YDU C; 3V9U A; 3RMA A; 4E89 A; 1C0T A; 1G15 A; 1U2V A; 5HP1 A; 3OTO K; 3OYA A; 4B1Y B; 2KFN A; 4Z4H A; 4F3T A; 3W0L A; 4BR9 A; 1K9M O; 4F9O A; 2IDO A; 3AVF A; 3NFA A; 3T69 A; 4YFU A; 1JKH A; 2IGI A; 4GY2 B; 4IJA A; 3ATU A; 3HST B; 3PIO L; 2NRH A; 4RW7 A; 4FJG A; 3TTC A; 3OJU A; 4LFC K; 2KHO A; 2KLA A; 2FSJ A; 2F8S A; 5TKW A; 3IUC A; 1NK9 A; 4G1Q A; 4CE9 A; 3CM5 A; 2ZF5 O; 5AQH A; 4OX9 K; 4B9V A; 4M3Y A; 3A5N C; 3SQ2 A; 3LP0 A; 3NBP A; 4QCL A; 4XEI A; 3UKU A; 1HLU A; 3S3N A; 2PY5 A; 1BOT O; 3QLH A; 3KVG A; 5GAE P; 3O9U A; 4BR2 A; 5HRR A; 1OVY A; 3I33 A; 5KTQ A; 4B9N A; 3VQ9 A; 5AZI B; 3R9P A; 3LDN A; 1IBL K; 1KVA A; 2RN2 A; 3TR8 A; 3NVK A; 4M42 A; 2YHA A; 2F96 A; 4DCH A; 4PL7 A; 1TK8 A; 2A40 A; 3VQE A; 1T6D A; 3TPQ A; 4V19 S; 4JK7 A; 4RWT A; 4JHD A; 3JAM O; 1XNR K; 5C2D A; 3M8R A; 4HTU A; 1XQS C; 4LF7 K; 3KHY A; 3U3G A; 3QIN A; 4KHS A; 3OYD A; 4XIU A; 2W6L A; 4JK8 A; 5AFU H; 4WQ5 A; 1EQY A; 1WAF A; 1ZBL A; 3C94 A; 4CHZ A; 3WEE B; 1RDW X; 2UUB K; 1KLN A; 2DTU A; 3ENO A; 3GL1 A; 4BRG A; 1XWL A; 3O4Q A; 1HKB A; 3RSE B; 3M5R A; 4BRK A; 2F8T A; 4JK9 A; 2IIR A; 3BF1 A; 2A3Z A; 4E7H A; 3TAF A; 4JRP A; 2KZZ A; 3V81 A; 3ZEU B; 4JV5 K; 1HUX A; 3M8S A; 1RNH A; 5AQO A; 1OVQ A; 4FZX C; 3U6F A; 5SWM A; 4DLE A; 4BRH A; 5LMN K; 5LL6 Z; 4F3O A; 4IFE A; 4B8C A; 3CCL N; 4E3S A; 1VHX A; 2NLX A; 4RCH A; 5FLX O; 3ULE B; 3DXM A; 5KI6 A; 1K8A O; 1LAV A; 4BRO A; 3BEX A; 3H6E A; 4E1J A; 2X74 A; 3DLH A; 4H4O A; 1SUQ A; 4JI6 K; 1NGF A; 1Q82 O; 5C24 A; 2PBD A; 4FZY A; 5GIP A; 4IOC L; 3CQX A; 4H0O A; 4DF8 A; 4DFJ A; 1R0A A; 3QB0 A; 2O4I A; 1EO1 A; 2GV9 A; 3MN5 A; 4BC5 A; 5H1S Q; 4CK1 A; 5EOY A; 4GV3 A; 5FRN A; 3OYC A; 3D2F B; 1WAJ A; 1C1B A; 3ISN C; 1C0F A; 3K57 A; 1GLA G; 1OH6 A; 3TAE A; 3UIQ A; 3CC7 N; 3SPY A; 3Q7C A; 1HYZ A; 3NF9 A; 1NGI A; 3O08 A; 1L3V A; 4OKK A; 5CZ1 A; 4PQU A; 4C1N K; 3JXU A; 2QWL A; 1O13 A; 2E20 A; 3VEV A; 1WOQ A; 5ELZ A; 4RW8 A; 1B92 A; 4FJ7 A; 3AGR A; 4CFC A; 4WYB A; 3C6T A; 4PKG A; 3O1B A; 3NGY A; 2E1Y A; 1YVU A; 2VGN A; 1HPM A; 2VQE K; 5IT9 O; 3WT0 A; 4DQS A; 1JLB A; 4KI4 A; 1RDD A; 4QAG A; 3CIP A; 1IG8 A; 4JI2 K; 3R6M A; 1LAW A; 2ZQB A; 3G25 A; 3SMP A; 4K43 A; 2G8I A; 1QHA A; 4IFV A; 3V4I A; 3ZSO A; 1BG3 A; 4JEP A; 3P39 A; 1CZA N; 3KWI A; 5AQL A; 2B5J A; 1CXU A; 4WE1 A; 1IKV A; 5C15 A; 1RT4 A; 5HL7 L; 4FM2 A; 1C1A A; 2XY5 A; 4FJJ A; 4PY5 A; 3BF3 A; 5ADX H; 4KHQ A; 2D0O A; 3VF4 A; 4PL8 A; 3EKS A; 3EEQ A; 4H0P A; 1RFQ A; 4CEQ A; 4KO0 A; 4ID5 A; 4O5B A; 1F21 A; 3HYF A; 2OPQ A; 3PSI A; 2VWK A; 3K5L A; 3HT3 A; 4B1U B; 1T05 A; 3FFK B; 3EKU A; 2BDP A; 3DMJ A; 4L3Q A; 2R7Y A; 2AJQ A; 4K8Z A; 4F2R A; 3HPH A; 3AVG A; 3SV4 A; 1T6C A; 4JI7 K; 3WXJ A; 2VQF K; 5JS1 A; 2YKN A; 4DTX A; 1N32 K; 4I2P A; 3GOI A; 4C1N I; 2FBV A; 3P38 A; 1QHT A; 1J5E K; 3IRX A; 4I9L A; 5CE3 A; 1EP4 A; 3WXI A; 3B8A X; 4JD2 A; 4J2D A; 2QA4 N; 4DSF A; 4HVJ A; 4CEO A; 2Z1J A; 4PHT X; 3ZX3 A; 1TYQ B; 3PLA A; 5I42 A; 4CGG A; 4KRF A; 3K9K A; 3THW A; 3WXK A; 1E4F T; 2FSN A; 3AVI A; 4CIF A; 4FJI A; 1ATN A; 3G6E N; 3E66 A; 4FYD A; 3HI0 A; 1RDB A; 3IMX A; 4IFY A; 3ZET B; 2O8B A; 4CER A; 4CZG A; 3M8Q A; 4OGE A; 2P9I A; 4M3W A; 3E9L A; 3SAH A; 3ZX0 A; 3I55 N; 1VQ7 N; 3VQ8 A; 2Z1I A; 3MED A; 4BRE A; 3VQB A; 5D3G A; 5M1O A; 1N33 K; 2OTL N; 5AQG A; 3ZCM A; 4BVP A; 3CYM A; 1YVN A; 4C8O A; 5DK5 A; 2O8C B; 3VTI A; 2Q3S A; 3NAE A; 3B6O A; 3ITH A; 3K5N A; 4BG9 A; 1MU2 A; 3RRG A; 4JKG A; 4ICL A; 4DR4 K; 4IOA L; 3QBW A; 3KZB A; 1VQM N; 1NGB A; 2ZJR L; 3BZK A; 4CVN E; 1SZ2 A; 1XUP O; 2E5L K; 4C8L A; 3K5O A; 3RWU A; 1WSH A; 2UUA K; 2ZD1 A; 2D0A A; 4CGH A; 3NF7 A; 1SQK A; 5CR4 A; 4KI6 A; 4JAX A; 3WXL A; 1EWQ A; 4FK4 A; 4CGI A; 1FK9 A; 5C42 A; 1REV A; 1GOB A; 3M8P A; 3EE8 A; 3AVB A; 1YXQ A; 4BDZ A; 4WFB L; 4CEF A; 1B9D A; 3ENH A; 3VPZ A; 2DFH A; 4BC2 A; 3SQ1 A; 4JI3 K; 4OLB A; 5AQP A; 3ZT4 A; 5E41 A; 2HVH A; 4AIL C; 3C7N A; 3RMD A; 4BAC A; 4YHH K; 3O9T A; 1TL3 A; 4FLX A; 1GLE G; 4DSI A; 2P9N B; 1WNS A; 2CH6 A; 4FWP A; 3EZ5 A; 3K59 A; 4DV6 K; 2W6K A; 3LWL A; 1HX1 A; 2I7P A; 4FVM A; 4YOR A; 4KAZ A; 5BRH A; 4FM1 A; 3CMA N; 5MLC Q; 2CGL A; 2DPN A; 1YIT N; 3U4L A; 2Q1N A; 3OYM A; 2ZJQ L; 4GVE A; 3NH2 A; 4BDP A; 1FKP A; 1S1V A; 4LC9 B; 1JLA A; 3DRS A; 4CF1 A; 2Q0U A; 1NKB A; 1V4S A; 2D0P A; 3CG7 A; 3H45 C; 4DR2 K; 4O8U A; 1X9S A; 1QQC A; 3N4Q A; 1KRP A; 3HM8 A; 4CZL A; 1IJJ A; 2ZM6 K; 3NGI A; 3CC2 N; 2Q2R A; 4IEE A; 4FM0 A; 2D1K A; 2YNG A; 3KIO A; 2XO7 A; 3KLF A; 4HUG A; 4LF4 K; 4EAH D; 2JGU A; 3HVT A; 3ZSZ A; 1NJX A; 2NRW A; 2VCP A; 3AVH A; 5AZI A; 3ID8 A; 3UKR A; 1DGK N; 1A5V A; 2WOM A; 1TK0 A; 1ATR A; 3MK6 A; 3KLE A; 4BE0 A; 3O9S A; 5BPL A; 4RW9 A; 4MLE A; 1HR0 K; 3QFP A; 1K8K A; 3M3Z A; 2KQ2 A; 3FZF A; 2O8E B; 4BRC A; 2O8E A; 2NRX A; 3O4N A; 2VGM A; 1K8K B; 4K0K K; 4DQ8 A; 4B8A B; 4M3Z A; 4ZTF A; 2F9W A; 4CBU A; 3U8X A; 4FW1 A; 3VA3 A; 1RDU A; 3WNG A; 5F1X A; 1KLM A; 5CZ2 A; 4FJM A; 1YJN N; 4H5T A; 3MXM A; 3T3F A; 4Z4I A; 2P9S A; 4DUZ K; 2IS3 A; 1D4X A; 1ITG A; 4FSV A; 3DLK A; 5FPE A; 3MDQ A; 4FPA A; 4CJ5 A; 4K41 A; 1W2B M; 2BTF A; 3R3L A; 4JKH A; 4BR7 A; 3HVR A; 4CBW A; 1JXE A; 4DQQ A; 1HNI A; 2OPR A; 3HJF A; 1HNV A; 4CW7 B; 4JD2 B; 1VSH A; 2Z1G A; 4AHC A; 1S5J A; 1FW6 A; 5AQN A; 2E6L A; 1E4G T; 1ZBS A; 1LWE A; 3AO5 A; 4FWS A; 1QQN A; 3VEX A; 1S9G A; 4ISG A; 3OS2 A; 2W41 A; 3FZM A; 2E8A A; 4HUF A; 1TVR A; 4AHR A; 3V6D A; 1TAU A; 4Z4C A; 2A42 A; 4BWM A; 5DM7 L; 1FXX A; 1VRT A; 2QWR A; 4WFA L; 2JWK A; 2QM1 A; 4IKF A; 1Y97 A; 3D6R A; 3GDQ A; 4UY8 O; 3C7N B; 3QET A; 4J2B A; 3MCA B; 5EVZ A; 1X9M A; 3OA9 A; 3ALY A; 4AHV A; 3TAG A; 2VG5 A; 5C25 A; 2QKB A; 3MXJ A; 2QWM A; 4DV4 K; 4BE2 A; 1ESV A; 4AHU A; 3OYL A; 5AQX A; 4FK0 A; 4CES A; 1SKW A; 1WBB A; 3A8Y A; 4FWM A; 3L2U A; 3A5L C; 1WBD A; 3QEP A; 3FFI A; 5CYM A; 3NHG A; 1LW0 A; 1WUA A; 1XHX A; 2GEM A; 2HND A; 2H3G X; 3L0Q A; 2ZWH A; 3VEW A; 3SAG A; 2O8F A; 2HMP A; 1IO2 A; 3ENB A; 4W5O A; 2OZM A; 4EHT A; 1W97 L; 1NJW A; 1IV0 A; 1NJY A; 3SAF A; 5AQW A; 3ZYY X; 2GTD A; 2NUB A; 1ZBH A; 3IG1 A; 4DQI A; 5BRF A; 1U48 A; 1GLJ O; 3PX4 A; 2WON A; 2IOC A; 3K9J A; 4WF9 L; 2BAN A; 2B4J A; 4JKG B; 2FSK A; 4CF2 A; 4ID1 A; 4YOY A; 4JKF A; 5AFU A; 1W0H A; 4I6M A; 4CIE A; 3V9X A; 5C10 A; 1QZ6 A; 3VOV A; 3QML A; 3DXK B; 4FWR A; 3Q7B A; 1ZBU A; 1L5U A; 1IBK K; 1NU0 A; 1N34 K; 5I3U A; 3QER A; 1OH7 A; 4CJ7 A; 4HCB A; 4JRQ A; 4E7K A; 4CEE A; 4CJF A; 1QZ5 A; 1TL1 A; 4CCH A; 4AF1 A; 4DV1 K; 1QVF M; 5HLF A; 3JSM A; 3PIP L; 5AQS A; 1QS4 A; 3S3M A; 5FRO A; 1SKR A; 5LMU K; 4KTW A; 3V9W A; 4MDA A; 2YNH A; 2KZM A; 5J1E A; 1BHL A; 1BUP A; 2V52 B; 4B9Q A; 1CZ9 A; 3I8D A; 1XMQ K; 2WBN A; 3W3D A; 2VWB A; 3LP1 A; 3AO2 A; 3LPT A; 3QEI A; 2NZT A; 5KGW A; 4YOU A; 4FVU A; 1Q8I A; 3VA0 A; 4FLV A; 3DLE A; 3DOK A; 3THV A; 2HF4 A; 4JI1 K; 2FC0 A; 3CJ9 A; 1VSE A; 1RTH A; 2IVN A; 1QTM A; 1NGH A; 5DM6 L; 4PUO A; 4DSK A; 1QSL A; 3CQ8 A; 4CFA A; 4ELU A; 4OVL A; 1ZC6 A; 2E1Z A; 1BA0 A; 5CHI A; 4GKJ K; 1OH5 A; 4M3X A; 1U45 A; 1LWC A; 3CPW M; 4KHU A; 1BIZ A; 5AZJ A; 3VN5 A; 5AQJ A; 1WLJ A; 4O5F A; 3CJB A; 1D5A A; 1S1X A; 5GAG P; 2YHW A; 3CJ7 A; 4IOX A; 3KK1 A; 3DLG A; 3J80 O; 3MWP A; 3L6Q A; 3PX0 A; 3NH0 A; 1NGG A; 4JKB A; 2GX9 A; 3KKR A; 3GBT A; 1SV5 A; 1T44 A; 4X62 K; 1J9A A; 4W5Q A; 2IVO A; 1RBU A; 5CYQ A; 3SQ4 A; 4DR1 K; 1L3U A; 1YI2 N; 4HWI A; 3OYB A; 1RIL A; 5IWA K; 4FJL A; 1KD1 O; 4ZHR A; 3OHR A; 1DLO A; 2HBJ A; 3WXM B; 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