1VSFA

Asv integrase core domain with mn(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Endoribonuclease
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsfA00
3PY8A 4ZTFA 3JSMA 4CJ5A 3AVJA 1QTMA 2HHTA 2VWKA 1QS4A 4M42A 3V1OA 4MFBA 3PUFA 5C24A 2D0CA 4HTUA 2I5JA 5J2MA 1C6VA 1HNIA 4CEDA 4NCBA 1JLQA 3LP0A 3ZSXA 4N5SA 1REVA 3TAQA 4PQUA 4M41A 4K8ZA 5D3GA 3AVKA 3M8QA 3VA0A 3V9WA 2Z1IA 1TL3A 3TAGA 3AV9A 1TKZA 1RTIA 1NKCA 3ZCMA 4O44A 4DLEA 4DTRA 3IS9A 1S1UA 1VSHA 2D5RA 4CHPA 3L2QA 1QQCA 2W42A 4FXDA 3QIOA 3HPOA 3OS1A 4FLZA 3QEXA 2RPIA 4OGCA 3OS0A 4FM1A 1ASWA 1S9GA 3QNOA 3QERA 4DFJA 4CECA 2YV0X 4YFUA 1S9EA 2YNHA 5I42A 3VQ7A 4AILC 5CZ2A 4DLGA 4F3OA 4CIEA 4ZHRA 3SZ2A 3VQAA 4G1QA 1BQMA 2KQ2A 4DQRA 3SUOA 4OPKA 3TARA 1U48A 2OZMA 4AHRA 2HHWA 4O0IA 1KFDA 4NCAA 4DS4A 4E3SA 4EP4A 3KK2A 4N76A 1C1CA 5SWMA 3AA5X 4DU4A 1KLNA 4Z4IA 1C1AA 4PWDA 2KFZA 2OPSA 4C8OA 3MXIA 1SKSA 3E01A 1F21A 4CGDA 3OYIA 4CEFA 4CF1A 4Z4CA 1TL1A 4DTOA 3ZT1A 3OYBA 3C95A 4KI4A 3O3GA 1VSLA 3VQ8A 5J2QA 2BGGA 4CGJA 4FM0A 3OYMA 3V9SA 2GV9A 1RDDA 3MXMA 1X9MA 4KAZA 3OYAA 3LZIA 4CK2A 3SNNA 4FJ7A 1IKYA 1VSMA 3C94A 4RW7A 1I3AA 1CLQA 1T7PA 1RBUA 1FKPA 1VK0A 3SV3A 1KTQA 3OYDA 3EY1A 3MAQA 1TKXA 1O1WA 4ELVA 1TAUA 3MXJA 3K58A 3P1GA 2EX3A 3VQ6A 1SKRA 5JS1A 3RRHA 1C1BA 3RMCA 4PY5A 1IKVA 3SQ4A 3SPYA 1RTJA 1J9AA 1DTQA 4NYFA 1B9DA 1RT2A 1HQEA 1RT7A 1ZBUA 1Q8IA 1YT3A 4Y1DA 2G8UA 1SL1A 4FK0A 1D5AA 1RILA 4BWJA 4FCYA 4IG0A 1IKXA 1SV5A 4L8RB 4N56A 1XWLA 1L3VA 1QSSA 3DLHA 3F73A 1ZBLA 4FJNA 4BDYA 3SV4A 3DRRA 2ZE2A 1JL2A 4AHCA 2FC0A 3S3NA 3LPUA 2IDOA 4F3TA 1NOZA 2Q3SA 1JKHA 1U47A 1D9FA 4CJWA 1BQNA 4WE1A 3WNFA 2E6MA 3NBPA 3L2UA 2HW3A 4B9MA 4C8MA 3ZSYA 3OJUA 4OKEA 5E41A 4Y1CA 4BE2A 4E7HA 5T7BA 3SUPA 1L5UA 1KVCA 3O3FA 4E7JA 4J2AA 2XRIA 1L3UA 3OYHA 5KGWA 4RW8A 1J53A 4HUEA 2X6NA 1IKWA 3U6FA 4I2QA 1R0AA 3PO4A 1Z25A 4AHVA 2XHBA 1JL1A 3VN5A 3ULDA 4OJRA 3HT3A 1VSJA 1VSDA 3CM6A 4Z4HA 4CJKA 4Z0UA 2IOCA 3LP2A 3LWMA 4Z4FA 1LWCA 4E19A 4LH4A 3DRPA 2D0BA 4FLXA 2E6LA 3OYKA 3IAYA 4C8KA 3NH2A 4DFPA 5HP1A 3LAMA 1KLMA 4O0JA 3HM9A 4JS4A 2YHBA 4O5BA 4DTUA 1TKDA 1KCFA 1B9FA 2HNZA 3QETA 1K6YA 2YKMA 4DTPA 2PYJA 1U4BA 3VQEA 3TANA 3SQ1A 1KRPA 4BWMA 4ID1A 4M3ZA 4CIFA 2JGUA 1KVAA 4CCHA 4DSJA 4GMJB 3AO4A 4PUOA 5CYQA 3KLEA 3ISNC 3QLHA 4F2RA 3CFOA 3NH0A 3K57A 4I7FA 1TKTA 4FW2A 4O55A 1TAQA 4E89A 4NCGA 3L2WA 3M8SA 4FM2A 4KKOA 3ZSQA 3V1RA 1WNSA 1JXEA 3M8PA 3MECA 4CJQA 4HVJA 3S3OA 4M3WA 3VQ4A 4JLHA 4ICLA 1TK8A 3L3VA 1TV6A 2DFEA 3ZT0A 5KRTA 1LAWA 3HVTA 3AA3A 3ZSOA 4DU3A 4KREA 5EU7A 5FDLA 3WNEA 4B9UA 4M3YA 1WSFA 3RR8A 1EXQA 4CF9A 1HPZA 1LV5A 4Q0BA 1S1TA 4W5QA 4RW6A 4DG1A 3DRSA 1VSKA 2R7YA 3QEPA 3SCXA 5C25A 2YNFA 3TAEA 2BANA 1HRHA 2IAJA 4ID5A 5CY4A 1SKWA 4DSEA 1T05A 3LPTA 2WOMA 4B8AB 3HP9A 4M3UA 1UAXA 3MEDA 1D9DA 4CF8A 4M3XA 4FZYA 1UOCA 3OS2A 4GW6A 2VWJA 2DTUA 4AH9A 4KB0A 4E1NA 1IG9A 2F8TA 4KTZA 4W5RA 1HNVA 1I39A 3AVMA 3WNGA 4KTQA 1RT5A 3KLHA 4CGFA 1NJWA 4IDKA 2YNGA 4B08A 3LDSA 1RT4A 4HUGA 4LY7A 5HLFA 4ELUA 1WAJA 4CHQA 4NYNA 3M8RA 1IO2A 1WLJA 3QO9A 1U45A 2X78A 2GBZA 2QXFA 3BDPA 3ZSZA 3L3UA 4E7LA 4RW9A 3ZSRA 4AHTA 4CHYA 2PZSA 3NCIA 4JRQA 2PYLA 1UA0A 3NE6A 3NH1A 4KHQA 4B9SA 1RTHA 1S6PA 2OYQA 4EZ9A 5SZTA 1Q9XA 4W5NA 1RCHA 4E7KA 4KV8A 1ZBHA 3FFIA 4CEZA 3EZ5A 4O4GA 1HYVA 1HQUA 1BGXT 3OY9A 3NF7A 2OZSA 1A5VA 3KIOA 3PX6A 4CJLA 4KHWA 1D8YA 3U3GA 4FJLA 1CZBA 4RW4A 3VQ9A 3ZT3A 5K14A 3QNNA 2Y1IA 1NK0A 4KPYA 2A1RA 1C0UA 1RT1A 2DFFA 3TWHA 5I3UA 1YTAA 4R5PA 4CJFA 4B9LA 2FBVA 3VQPA 1N5YA 3NF9A 4OKKA 3CYMA 3ZSVA 3SPZA 1CXUA 4J2EA 3DI6A 2F96A 3OYNA 4IBNA 4C8NA 2GUIA 3NGZA 1B92A 4DS5A 4DMNA 5KRSA 5J2NA 3AA4A 2RKIA 3THVA 4BDPA 4CJTA 1IH7A 1WSEA 4E0DA 2IGIA 4CHNA 2YHAA 3P83D 1A5XA 1QSYA 3KLGA 4CF0A 3DLBA 2G8IA 2YKNA 4DQSA 4FJ5A 4E7IA 5HBMA 3QEIA 1NOYA 1T03A 2IC3A 1JLCA 2Z1HA 3DOLA 4B9TA 1BI4B 1RT6A 4DF8A 3DLEA 3KK3A 1KFSA 4DQQA 1RTDA 1BIUA 3ZSWA 1HYSA 4OLBA 4JS5A 3TABA 3NDKA 1ZBIA 4CHZA 4M45A 3HVRA 1WSJA 4CEQA 4M3TA 4I9QA 3C6UA 1S6QA 3O4QA 4KI6A 4OVLA 3T3FA 4CF2A 3V1QA 4CGHA 4TSXA 1KSPA 3SI6A 4DSIA 3AVAA 3LALA 5JS2A 4AHSA 1CZ9A 1RBSA 3KKRA 1BISA 1UWBA 3UIQA 1Y97A 5KI6A 1TK0A 3O4NA 4F4KA 3AO3A 4FJ8A 3AVIA 4K8XA 3LP3A 4B3OA 3LAKA 2OPPA 1RDCA 4DWIA 1JXBA 4W5TA 2HHQA 3HYFA 1XHXA 1ZBFA 3O3HA 4HUFA 3QINA 4Z4GA 3I0SA 4EP5A 4N47A 4DSLA 1YVUA 2OA8A 4CEOA 2Z1GA 1W9HA 3V4IA 3D0PA 2OPQA 3HSTB 1TK5A 3CG7A 4CEEA 3SUQA 2XY6A 3AVGA 3HPHA 3B6OA 3TR8A 4FLTA 3ZT4A 4JRPA 3V6DA 1N6QA 3OYEA 4FJIA 3BGRA 1MU2A 4CIGA 2QK9A 1DLOA 4DF4A 4OLAA 2FBYA 3HP6A 1LAVA 3AVLA 4CK3A 1DTTA 5KGXA 3RWUA 2HVHA 3HK2A 1SL2A 4C8LA 1FK9A 4FYDA 3MEGA 2KZZA 1RDBA 1GOBA 3HXMA 4B9VA 1ASVA 1NK7A 2DFHA 4FLUA 4CJ4A 3DOKA 1BL3A 5FROA 1RNHA 1NKBA 4FLVA 3S3MA 3K59A 4B8CA 2VG5A 1SL0A 2ZD1A 2HHUA 5J2PA 5CYMA 1EP4A 3DLGA 4DTSA 4DFMA 1Q9YA 3T1AA 4I9LA 1VSIA 3OYFA 2ETJA 2LSNA 4IFVA 4LSLA 3QEWA 3S9HA 3TI0A 3VQDA 1NK5A 2G8KA 2FBXA 4W5OA 1NJYA 4CJEA 4LH5A 4CFCA 3CQ8A 2YNIA 4H4OA 1S1WA 4CEAA 2JLEA 4KFBA 4XIUA 4CJRA 1NK9A 4CE9A 2HNDA 4GVMA 3KLIA 3IG1A 1UA1A 3QESA 1X9WA 4CERA 5FRMA 3HO1A 3OYJA 5HRSA 2KTQA 3NF8A 1WN7A 5KTQA 1GOAA 2HVIA 1XI1A 4CJPA 4CK1A 1JLGA 3B6PA 3ZT2A 2P5OA 3AVFA 3PV8A 3K5NA 4FLYA 4I2PA 2B5JA 3DLKA 1NJZA 2G8HA 3C6TA 2F8SA 1BCOA 4DU1A 1XHZA 2KW4A 3NAEA 1RBVA 3RR7A 3NHGA 2VG6A 3KKSA 1WSGA 1NK8A 5HRPA 2IS3A 3AO2A 4RG8A 3ASMA 2XO7A 3T19A 3V81A 1L3TA 3AVBA 4FW1A 3JYTA 1NJXA 4FK2A 1EKEA 4BACA 2X74A 3KD5E 3OJSA 4FJHA 4J2BA 3F9KA 3G10A 2ZQBA 3ITHA 4IFYA 1LWEA 1VSFA 2BDPA 4FJGA 1LW0A 4AHUA 3V9ZA 1C0MA 4HCCA 1KVBA 1NKEA 2B6AA 4HCBA 3LANA 3IRXA 4PA1A 1XC9A 1HJRA 4DSKA 2PY5A 1CXQA 1Z26A 2G8FA 2QKBA 3NF6A 5DK5A 1S1XA 3QEVA 3VA3A 1X1PA 4CESA 4OPJA 1BI4A 2P1JA 2G8WA 4BE0A 3RRGA 4FLWA 1X9SA 5DMRA 2P51A 3VQCA 3PO5A 5CZ1A 4KRFA 4CGGA 5HRRA 4DQIA 4FJKA 3KTQA 1BHLA 2XY7A 3AA2A 3AVHA 3G0ZA 4DTNA 3SUNA 4FJ9A 2FBTA 4KHNA 4E1MA 4KHSA 3H08A 4M3RA 2XY8A 2OPRA 4F2SA 4CJUA 1RT3A 1YTUA 2KZMA 4OGEA 3A2FA 3SQ2A 1J5OA 3QIPA 3NFAA 4IG3A 3DMJA 5HRNA 3KLFA 3I8DA 1J54A 3K5LA 2Z1JA 3CFPA 4N41A 3SQ0A 3AO1A 1QHTA 3HPGA 1VSEA 3RTVA 3DYAA 4ZTJA 1EX4A 2RN2A 4KO0A 4BE1A 3HL8A 2E4LA 3AVNA 4CFAA 3PX0A 1WAFA 4FJJA 4H8KA 1ASUA 1ITGA 4CJ3A 3DM2A 4UQGA 4DFKA 4CJSA 4FZXC 3V9XA 1NK6A 4F8RA 4Z4EA 3K2PA 4DTMA 1L3SA 1RBTA 1TVRA 1VRTA 3MEEA 2VG7A 3DLRA 2Y1JA 1VRUA 3KK1A 2ITGA 2HHSA 1FXXA 2AJQA 3K5OA 4DTJA 4DQPA 1SUQA 4KHYA 4DSFA 3HJFA 3EYZA 4FJMA 2XY5A 2QKKA 1WSHA 3L2VA 2ATQA 2O4IA 3LWLA 4CHOA 1GOCA 2HNYA 3OVNA 3CM5A 2RF2A 3SYZA 4EZ6A 1ZYQA 4KHUA 1WSIA 3ALYA 1JLBA 2EHGA 1BCMA 3TAMA 3U3YA 1QE1A 5J1EA 1LWFA 3VQQA 4FVMA 1T8EA 1U49A 1TGOA 3L8BA 4CFBA 1QSLA 3WNHA 2HHVA 1JLAA 3KD1E 4OKJA 4QCLA 3LZJA 3P5JA 3OYCA 3L2RA 1U04A 4B9NA 3AO5A 3NGIA 3AVCA 3RMBA 2G8VA 4Q5VA 4QAGA 4H4MA 3I0RA 5C42A 3CFRA 3VQBA 1RDAA 2DY4A 2O4GA 4FZZA 3RMDA 4LD0A 2KFNA 3K5MA 3KJVA 2P5GA 2X6SA 1RBRA 1S1VA 4CJVA 4IKFA 1EETA 2BE2A 2HHXA 3OYLA 3SJJA 4FK4A 5FRNA 1W0HA 2B4JA 1C0TA 3PX4A 4LSNA 4KB1A 4FJXA 4QOZB 1NK4A 4J2DA 1FKOA 1BIZA 1G15A 4KTWA 3VQ5A 4YNQA 4BDZA 4CGIA 1JLFA 4ELTA 1HYZA 2HB5A 3TAFA 3LP1A 2A1SA 3D45A 2HMIA 2D0AA 1A5WA 1LW2A 3V9UA 1HMVA 4HHTA 1JLEA 5HROA 2WONA 4CEBA 3TAPA 3OYGA 3RMAA 1S5JA 4MQ3A 4DTXA 2NUBA 3NGYA 4CFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FPNA 4BQLA 4CJ5A 3AVJA 1QTMA 5JVGL 4B3TK 4M42A 4MFBA 4HTUA 2O8FB 2I5JA 1HNIA 4A2BA 3LM9A 3M8QA 3VA0A 3V9WA 1S72N 2P9NA 5FPEA 1NKCA 3ZCMA 1NGIA 5ELZA 4DLEA 2QWRA 3CPWM 2P9IB 3CJCA 4BG8A 4FM1A 2FSKA 1S9EA 3OBWA 4DLGA 1BU6O 4ZHRA 1J6ZA 4BC4A 3E9OA 2KQ2A 5C2DA 4DQRA 3K0SA 3D7EO 2HHWA 4O0IA 1BG3A 2UUBK 2A5XA 4DS4A 4BRHA 1C1AA 2KFZA 2OPSA 4FOEA 1SKSA 4CGDA 5F1XA 4CEFA 5BPLA 4YORA 1HKCA 4GV3A 3VOVA 3N4PA 3O3GA 4C23A 4CZKA 3MN9A 3VEXA 4KBOA 2GV9A 4KAZA 3OYAA 4CK2A 1IKYA 1CLQA 1T7PA 3SV3A 3MAQA 5BR9A 3NVMA 3E66A 4WQ5C 5JS1A 1WOQA 3WXJA 2HBJA 1C1BA 3RMCA 1IKVA 3SQ4A 1XMQK 1J9AA 4JV5K 2UXDK 1RT2A 1ZBUA 1RT7A 3LDQA 1RILA 5M1OA 1S22A 3QBXA 3EKUA 1XWLA 1QSSA 4MDBA 4MLEA 1JL2A 4AHCA 2IDOA 4PKGA 1D9FA 5AQMA 4WE1A 2HW3A 4C8MA 3LL3A 4J2AA 3SUPA 4IO8A 3QICA 3O3FA 2XRIA 1J53A 2X6NA 1IKWA 4ISGA 1Z25A 1JL1A 3ULEA 3ULDA 3CM6A 4Z0UA 4BRCA 2IOCA 3LWMA 4Z4FA 4BR0A 2E20A 2E6LA 1SZ2A 5M1KA 4JKGA 3LAMA 4JS4A 3HM9A 2E88A 2IIRA 1K6YA 2YKMA 4DTPA 3VQEA 3SQ1A 1KRPA 4M3ZA 5AQXA 4RTFD 1VQ5N 1JCGA 3AO4A 5BRFA 3CFOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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