The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OTO K; 4JI0 K; 4CVN E; 1IBM K; 5IT9 O; 4LFC K; 4DUZ K; 4K0K K; 4GKK K; 4X64 K; 4NXM K; 5LMU K; 4DR7 K; 1HR0 K; 4DV4 K; 4DR1 K; 2ZM6 K; 4LF4 K; 4X62 K; 1HNW K; 2UUA K; 4DV7 K; 1IBK K; 5LL6 Z; 5BR8 K; 5AJ3 K; 2E5L K; 1I94 K; 3J7Y P; 4DV6 K; 4CW7 B; 4AQY K; 4DR4 K; 4JI2 K; 1J5E K; 4DR5 K; 4JI8 K; 2UUC K; 1N33 K; 2UXB K; 4B3M K; 4YY3 K; 1IBL K; 4JI7 K; 1N36 K; 2F4V K; 4JV5 K; 2UXC K; 4LF8 K; 4LFB K; 1HNZ K; 1HNX K; 2UU9 K; 2UUB K; 4DV3 K; 4LFA K; 4KHP K; 4DR6 K; 1XNQ K; 4B3T K; 1XMQ K; 4LF5 K; 4DR2 K; 4X66 K; 1N34 K; 4JI3 K; 4JI6 K; 5FLX O; 2HHH K; 3JAM O; 4JI1 K; 4DV0 K; 4JYA K; 2VQF K; 4V19 S; 3T1Y K; 4NXN K; 1XNR K; 5IWA K; 4DUY K; 1XMO K; 1FJG K; 5A2Q O; 4YHH K; 5LMN K; 4JI4 K; 4DV2 K; 4LF7 K; 4GKJ K; 3J80 O; 4B3S K; 4JI5 K; 4DV1 K; 2UXD K; 3T1H K; 4OX9 K; 4X65 K; 3J81 O; 2VQE K; 4LF6 K; 4B3R K; 4LF9 K; 3J7A P; 4DR3 K; 4DV5 K; 1N32 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NCB A; 4J8F A; 2A42 A; 4AHT A; 3JYT A; 3MN5 A; 3KJV A; 5B8H A; 3TTC A; 3SAG A; 1C6V A; 3E9O A; 3C6U A; 4BDY A; 2O8E B; 4WQ5 C; 4BR0 A; 4CZE A; 4MLH A; 1D4X A; 1VSK A; 1YIJ N; 2OTJ N; 3ZEU A; 3THX A; 2LSN A; 1SZ2 A; 2OPQ A; 1IO2 A; 1BOT O; 2ASM A; 2P9I B; 3AA5 X; 2ZM6 K; 1MA9 B; 5CZ1 A; 1RDB A; 3NH1 A; 3K5M A; 2YX6 A; 3CI5 A; 3TTF A; 4UY8 O; 1NKC A; 4WFN L; 3OYM A; 3V6D A; 4GV6 A; 1KSP A; 2IOC A; 4HUF A; 3IG1 A; 1XC9 A; 3CMA N; 5HOO A; 2P9N A; 1KD1 O; 4CZH A; 4ILJ A; 1W97 L; 1S1T A; 2HB5 A; 5KGW A; 3HYF A; 1T6D A; 4LF8 K; 2AA4 A; 4O8K A; 1RT4 A; 4CGH A; 1VSF A; 4MFB A; 3VEZ A; 1A5X A; 3OY9 A; 3TSU A; 4EHT A; 4DR2 K; 1O13 A; 2E1Y A; 3VPZ A; 2AJQ A; 4BAC A; 3IMX A; 5FLX O; 4WCE L; 4DFJ A; 1L3V A; 3LWM A; 2A41 A; 3DI6 A; 1RBT A; 4GY2 B; 3AAP A; 2I5J A; 1S22 A; 3H46 O; 2H3G X; 4DSI A; 3OJS A; 2CH6 A; 3U3G A; 3EL2 A; 4BVO A; 3BEX A; 1NK9 A; 2Q0R A; 2E2Q A; 4DUY K; 4B9M A; 4AM7 A; 1RDD A; 1XMO K; 3S3N A; 2P9K A; 3C65 A; 3J7Z O; 3THX B; 1BUP A; 4BRM A; 2DFF A; 2UXD K; 2VCP A; 1VQ7 N; 4B1Y B; 1IKV A; 3GOI A; 4HHT A; 3NF8 A; 1ASU A; 3CXC M; 4FJL A; 2HHW A; 3EO3 A; 4MDB A; 5EXW A; 4CK1 A; 5KPZ A; 4FJK A; 4JKD A; 5E84 A; 2HHX A; 1TL1 A; 1L3T A; 3WXL A; 2OPS A; 4CGJ A; 2PBD A; 3BUZ B; 1XUP O; 3DLR A; 4CFC A; 3WXJ A; 3O6W A; 2P51 A; 3O3F A; 3U9Z A; 3O9R A; 4CJ4 A; 3DMJ A; 1NK0 A; 4LC9 B; 4DQR A; 5CYQ A; 3LP2 A; 4CHZ A; 4CJW A; 4M42 A; 3K59 A; 1NGH A; 3TAM A; 1QSS A; 2R7Y A; 4GV3 A; 4CJR A; 3FZL A; 3ZSY A; 1DKG D; 1YVU A; 1S1W A; 4M3R A; 1IBK K; 1SL2 A; 3SUP A; 1QQN A; 3KLH A; 3HVR A; 4YDU C; 3CHW A; 4H5R A; 4BDP A; 3A2F A; 1RBS A; 4CJF A; 1ATR A; 1RT1 A; 2E20 A; 3CYM A; 3RTV A; 3OYC A; 3EY1 A; 3L2W A; 2QWR A; 4YY3 K; 1T6C A; 4LH5 A; 3T1A A; 2HVH A; 3HPG A; 4DTR A; 1L5U A; 3CQY A; 5CYM A; 5F2R A; 3CC4 N; 3V9U A; 3OYD A; 2FBX A; 3VN5 A; 1Q9X A; 4AHR A; 4U67 L; 4BE1 A; 4FYD A; 3CCV N; 1TYQ A; 3V9W A; 4FJ5 A; 5H1S Q; 4YOX A; 1BIS A; 1ZBS A; 4O55 A; 2A6A A; 3EKU A; 1CLQ A; 2YHY A; 1RTJ A; 2YNH A; 4QCL A; 4BG8 A; 3SCX A; 2D0P A; 1BHL A; 4BGB A; 3BF1 A; 5J1E A; 2OPR A; 1NJY A; 4DS5 A; 1X9J A; 1JCF A; 1Q86 O; 3P38 A; 2A1R A; 2HF4 A; 1FW6 A; 2IVO A; 2F8T A; 3KKR A; 1HKC A; 2KHO A; 4BC2 A; 1KAX A; 3ZET A; 5HL7 L; 4CED A; 5KQD A; 2CGK A; 1KCF A; 3ZT0 A; 4FVU A; 3DOL A; 4EZ6 A; 1U2V A; 1YIT N; 4NO7 A; 4FVM A; 4B3S K; 3AGR A; 4BC3 A; 3OHR A; 3ZSW A; 3VQB A; 4F8R A; 3OS1 A; 4H0Y B; 3DLB A; 2Q97 A; 2O8F B; 4JAX A; 4K8X A; 3I56 N; 1Q82 O; 1WNS A; 1BDG A; 3C94 A; 4O8U A; 3UKR B; 2BGG A; 1U4B A; 1N8R O; 1IJJ A; 2G8I A; 1J9A A; 3D6R A; 2JWL A; 4OKJ A; 4CF8 A; 2W6K A; 3PX6 A; 1KXP A; 3R9P A; 4AHC A; 3H1Q A; 3ID6 A; 2Q2R A; 3EE9 A; 4Z4E A; 3CQX A; 3O4Q A; 4MO5 A; 4DTX A; 2NUB A; 3HOT A; 1ATS A; 2O8D B; 1TKZ A; 3NMU A; 1HNV A; 4YFU A; 3VA3 A; 5LL6 Z; 4A57 A; 2GUP A; 1XI1 A; 3AY9 A; 3LDN A; 4I2P A; 4RWT A; 5AFU H; 3VGK A; 4JS4 A; 4H0V B; 4FOE A; 1Z6R A; 3RRH A; 2YJE A; 4YNQ A; 2Z1I A; 4E89 A; 2P9S A; 4DR4 K; 4KI6 A; 1MDU B; 1VQO N; 2WBN A; 1VSE A; 1HKB A; 2FC0 A; 2RN2 A; 4F9O A; 3BGR A; 4BE2 A; 4E7H A; 1SL0 A; 2QXL A; 4WFA L; 1RBV A; 4DFM A; 1GOA A; 4DSE A; 1WSF A; 4JNE A; 4RW4 A; 4LF5 K; 3FE1 A; 3K9J A; 1HQE A; 4CFB A; 3TAG A; 2ZJP L; 1T3V A; 5BN8 A; 1Q7Y O; 4KTZ A; 3E9L A; 4H0X B; 1WSI A; 3AO2 A; 1JLG A; 5C2F A; 3TR8 A; 4EFH A; 4CJL A; 3K5L A; 3U9D A; 3D2E A; 1QS4 A; 2YHB A; 5T7B A; 4DV2 K; 4KB0 A; 5BRF A; 1HPZ A; 2ZWH A; 1QHT A; 3KZB A; 3TAP A; 3CC2 N; 3FGU A; 4CJV A; 3O80 A; 3OVN A; 3HK2 A; 5TKW A; 3T1H K; 3SK3 A; 3J81 O; 1BI4 B; 3QIN A; 5SZT A; 4DWI A; 3L3V A; 3P5J A; 2QEX N; 1YT3 A; 3UKU A; 4BRH A; 1NJI O; 4CCH A; 1OKJ A; 1QQO A; 1NK5 A; 3NBP A; 1RDW X; 3MCP A; 1JL1 A; 1TVR A; 3ITH A; 1NGJ A; 3MEC A; 3AVH A; 2IVN A; 1LV5 A; 3QEW A; 1X9S A; 4ISE A; 4CHQ A; 1WN7 A; 4PQU A; 3BZC A; 2FSN A; 3DRR A; 3O9S A; 4MLE A; 4IBN A; 3KHY A; 3HT3 A; 2UUA K; 4OLA A; 4OPH A; 4A5B A; 4DV7 K; 1SKR A; 1W7A A; 5AJ3 K; 4WFB L; 4BR4 A; 3SUN A; 2HMI A; 2A3Z A; 4B9T A; 4KHW A; 1JKH A; 2Q3S A; 1C0T A; 3AAQ A; 4Q5V A; 1VQ6 N; 4BR7 A; 4FJX A; 4M7X A; 3SYZ A; 3TU5 A; 1T05 A; 3RMC A; 2QI2 A; 4BWJ A; 2UXB K; 3T19 A; 1NJZ A; 3SI6 A; 3MN9 A; 3TWH A; 3O9T A; 3IKM A; 1E4F T; 3OBY A; 4CJK A; 3HPH A; 4FJJ A; 4C23 A; 2P1J A; 3U6F A; 4B1W B; 4GVE A; 3VEW A; 3AO4 A; 2VWJ A; 2QM1 A; 4BRP A; 3K5O A; 4X66 K; 3CCU N; 4JI6 K; 3T69 A; 3UKU B; 2VGN A; 1ZBI A; 3NGI A; 3AVL A; 4PL8 A; 4LY7 A; 4KPY A; 4JKG B; 4LSN A; 1JCG A; 2E8A A; 3VER A; 4BGA A; 2VQF K; 5KRS A; 2E6L A; 3S9H A; 3CCM N; 1QZ5 A; 1U6Z A; 2D0A A; 2RPI A; 1FJG K; 4FWS A; 4I6M A; 3M8Q A; 4CEB A; 1A5W A; 4HTU A; 3DLL L; 3HM8 A; 4F3O A; 4B08 A; 4TSX A; 3OYL A; 3AA4 A; 1LW0 A; 3LL3 A; 3J80 O; 3Q7B A; 5LJV A; 1RDA A; 4K41 A; 3DXK B; 3P31 A; 3S3M A; 5E26 A; 4HTL A; 4H5N A; 5M1O A; 4K25 A; 3IRX A; 4BC4 A; 1BIU A; 3D45 A; 3HOS A; 4OLB A; 5EX5 A; 1HKG A; 1RBU A; 2QWM A; 2HHQ A; 1X3M A; 1FKO A; 3FZK A; 3MWP A; 5M1N A; 1GLF O; 2JWK A; 3HP6 A; 5K14 A; 3QBW A; 1G99 A; 1OVQ A; 3AVJ A; 4CJT A; 4B9L A; 1CZ9 A; 4NXM K; 4E19 A; 2QTD A; 5LMU K; 3OYF A; 3THY A; 3LWL A; 5FRM A; 4JHD B; 3OYA A; 3HM9 A; 3O1W A; 2PYL A; 4M7Y A; 4CFA A; 1VAZ A; 2E1Z A; 2NRX A; 1WBB A; 1GLD G; 3KVG A; 3OS2 A; 2KFN A; 4CFD A; 4XH4 A; 1NBW A; 4MDA A; 1EX4 A; 2A5X A; 4H0P A; 2G8V A; 1J54 A; 1ZBF A; 3NCI A; 1B92 A; 5C24 A; 4ICL A; 2PYJ A; 4JD2 A; 1TUY A; 1BQN A; 4B3M K; 1QVG M; 4DLG A; 4O0I A; 1T03 A; 2KKZ A; 1YJW N; 3QLH A; 4CZG A; 2HVI A; 3CIP A; 2EWS A; 2YNI A; 2D5R A; 4B1X B; 3EZ5 A; 4XIU A; 1BG3 A; 3RMD A; 4LFA K; 4KKO A; 5KQ8 A; 4M63 C; 3F2K A; 3SAF A; 2NRW A; 1WUA A; 1W9H A; 3KLI A; 4DTO A; 4JK9 A; 4XH5 A; 4CF1 A; 4FJH A; 4Z4H A; 2ETJ A; 2Z1G A; 5KI6 A; 2QXF A; 5HRN A; 1BGX T; 4A2B A; 3L4Q A; 5CR4 A; 4CBW A; 3C6T A; 5IWA K; 2WTU A; 1NLV A; 4YOT A; 5AQY A; 4A62 A; 1RNH A; 4DSL A; 3H6E A; 3CME N; 5F1X A; 3VEX A; 4DQP A; 1EP4 A; 5AQN A; 3RMA A; 3L6Q A; 1MU2 A; 2WUS A; 3D2F A; 4DV1 K; 4IG0 A; 3GG4 A; 2GWK A; 1DT9 A; 4KH5 A; 1Y97 A; 3F5T A; 3ZT3 A; 4FZX C; 4BRA A; 2OZM A; 3M5R A; 3I55 N; 4BRF A; 4LF9 K; 3CM5 A; 4ZHR A; 4JK7 A; 4LD0 A; 5AQK A; 3VEY A; 4H5T A; 3O9U A; 3TAE A; 3UB5 A; 1TKD A; 5ELZ A; 1SAZ A; 2E2N A; 4JRQ A; 4DU1 A; 1HUX A; 4IOC L; 2ZQB A; 4RW7 A; 3OW2 M; 2G8W A; 2D0O A; 2OZS A; 1O1W A; 1BQM A; 4ELU A; 1HMV A; 3OBW A; 4X62 K; 3DLK A; 4FWK A; 5BPM A; 3HVT A; 4K8Z A; 3V1Q A; 1X9W A; 2A40 A; 3QO9 A; 3VQ9 A; 1I94 K; 1WOQ A; 2OA8 A; 5DM7 L; 3LDQ A; 3C7N A; 3ID8 A; 4EP4 A; 3K2P A; 1ZC6 A; 1S3X A; 1TK0 A; 3NAE A; 1ILY A; 3QNN A; 4RW6 A; 1LCU A; 3DRS A; 3I0R A; 4IEI A; 3AVK A; 1D9F A; 1CZB A; 5AQV A; 4KTQ A; 3A5O C; 4JI7 K; 3V81 A; 1QVF M; 4FJ8 A; 4C1N K; 5AQO A; 3FR0 A; 3LAN A; 4CZJ A; 4JKH A; 1JL2 A; 3VQ8 A; 1A5V A; 4DSK A; 4PL7 A; 1NJW A; 1D9D A; 3RR8 A; 1VSD A; 3C95 A; 3WNG A; 2DFE A; 4HUE A; 2NRZ A; 2NLX A; 4BRO A; 2HNZ A; 1QTM A; 4GVM A; 2ITG A; 3DXM B; 3PV8 A; 3AVF A; 2P9L A; 3G25 A; 3G6E N; 2QWN A; 3THW B; 3TSQ A; 4CD3 A; 4V19 S; 2X74 A; 3VEO A; 4CJ3 A; 3MN7 A; 3KLG A; 3KLF A; 2FBV A; 4NXN K; 3TAQ A; 5AQQ A; 5AQP A; 4DQ8 A; 2NRR A; 3V1O A; 3FFI A; 1SKW A; 4BQL A; 4CD1 A; 1RT5 A; 2Z1H A; 2YKN A; 2F7T A; 4CEQ A; 4CZI A; 3QEV A; 3SQ1 A; 3MX2 A; 3MEG A; 4B1V A; 3VQQ A; 2OCE A; 1JLQ A; 5BN9 A; 3SV3 A; 4FK0 A; 2O8C A; 3ENB A; 2D4W A; 2XY5 A; 4DG1 A; 3L8B A; 3G0Z A; 4DF8 A; 4FWR A; 3ZX0 A; 2E2O A; 3H3N O; 4G9Z A; 1ITG A; 1RT2 A; 3ZT4 A; 3TPQ A; 1XC3 A; 1H1V A; 3LM9 A; 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1CXQ A; 1IKW A; 5CY4 A; 4BE0 A; 2HBM A; 2I7P A; 4M3X A; 5C2D A; 4FCY A; 1WBD A; 4C8O A; 4CK2 A; 4FK4 A; 4Q0B A; 4M3Z A; 3CCE N; 1DTQ A; 4IXC A; 1VSI A; 3QFP A; 1XQS C; 3OJU A; 5JIC A; 3M8R A; 4H0O A; 1BCO A; 4ZTF A; 4LF4 K; 5LJW A; 2HF3 A; 4C8K A; 4DU3 A; 1GOC A; 4FW1 A; 1YI2 N; 4Y1D A; 2Y1J A; 3SUQ A; 4FLZ A; 4JKF A; 3FFK B; 1KFS A; 3VQ6 A; 4XH1 A; 1S5J A; 3NE6 A; 4BRG A; 4JI2 K; 1SS6 A; 4B3O A; 3VQ4 A; 1JLB A; 1W2B M; 5JS1 A; 5EU7 A; 5HRS A; 4K42 A; 1IG8 A; 1TYQ B; 3IUC A; 1X1P A; 4DKW A; 2GX9 A; 2P9U A; 4LFB K; 3HSC A; 3PLA A; 2V7Z A; 1GLC G; 3M3Z A; 3KWG A; 4QS9 A; 4C8L A; 2OAN A; 2QWQ A; 3TAR A; 2CGJ A; 4Z4C A; 3O3G A; 1JXE A; 5ADX H; 3CCQ N; 3QDK A; 3WEE A; 4KHY A; 1WSJ A; 3B6P A; 1C1A A; 3NVK A; 3AGK A; 2HBK A; 3ZET B; 3QES A; 1DGK N; 5AQW A; 3T1Y K; 4HCB A; 2GWJ A; 3AVA A; 3ENH A; 1YF5 L; 3KTQ A; 3QML A; 4B9U A; 4AHS A; 3ZT1 A; 2BUP A; 2FLO A; 3C6H A; 1U2V B; 3KKS A; 2W41 A; 5A2Q O; 3T7Z A; 5AQL A; 4FWL A; 2HND A; 4JI4 K; 4KFB A; 4DTN A; 4IOX A; 1BU6 O; 3V9Z A; 1GLL O; 3OYG A; 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