4JK9A

Open and closed forms of wild-type human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 67
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk9A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk9A01
4JKGA 4JKGB 3SBTA 4JKEA 4ILGB 3E9LA 4JK9A 4ILJA 4JKAA 4JKDA 4JKCA 3E66A 4JKBA 4ILHA 3SBGA 3ENBA 4JK7A 4JK8A 4JKHA 4JKFA 3E9PA 3E9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KLMA 1Q18A 3M8RA 3MDQA 4BG8A 4JKEA 1VSEA 2HBJA 3K58A 4X66K 2RF2A 4CHYA 4AQYK 1V4SA 3CC2N 4JKDA 5CR4A 5AQUA 4CJ7A 1M1KO 1BA1A 3NCIA 1S72N 3EPYA 2WONA 3VGLA 4KHPK 3UKRB 3D2FB 4CFDA 1QZ5A 4U67L 2O8DA 1S1UA 4DU3A 5CYMA 1NGIA 3AO2A 3VQEA 2E2OA 4H8KA 2E2PA 4CHZA 3AA2A 3ZSZA 3T1AA 3OTOK 4CGDA 4B9QA 3CF5L 3DXKB 3AVAA 4JI7K 3ZSRA 3MN7A 3U7DA 4CZIA 1LWEA 4Z0UA 3CHWA 3AGRA 2XY8A 1HPMA 3S3MA 4CJFA 1SL1A 3PO4A 4C1NK 2X6NA 5JS1A 3WA0A 4EHUA 3O1BA 5E26A 4WE1A 2P9UB 1YIJN 1JXBA 1MDUB 5AQZA 2UXCK 2ASOA 2D11A 3FFKB 3KJVA 4KREA 3JXUA 3WNHA 4IFYA 3LWLA 1EX4A 3OW2M 2ZPYA 2HHTA 4OKKA 1WLJA 4IXCA 3SQ2A 3NGYA 4A57A 1IKWA 3ZEUB 2HNDA 5T7BA 3LPTA 3F9KA 1I3AA 1XMOK 2NRTA 2G8IA 1OH6A 1HYSA 1M90O 1W7AA 1OH5A 3AVCA 3VTIA 4FOIA 5HRSA 3ZSOA 3H1VX 1FKPA 4B08A 3EE8A 4XH5A 4IJNA 1EQYA 1Q9YA 5F0XA 4FJ8A 3MN6A 3D45A 2GX9A 2A1SA 2QTDA 4CECA 4H0TB 1TK8A 1B9DA 1WAJA 4JKGB 3R8EA 4KAZA 4DV5K 1BU6O 1DTTA 1GC6A 4YY3K 3SQ1A 4L8RB 3KTQA 1HYVA 5GIOA 3VQ4A 5J2NA 4M45A 4NXNK 2ASMA 2AP1A 1VRUA 2W6KA 4K8XA 5AQQA 4JKBA 5F2RA 1FKOA 2IVPA 4DV2K 2O8FB 3KKRA 2O4IA 1NGDA 1VQ9N 3ZX3A 4CFCA 2QKKA 2CGLA 1EXQA 1NK9A 2X0SA 4BDZA 1KLNA 1FJGK 4BC4A 2B6AA 3SNNA 1BDGA 1JLAA 3JYTA 3CCSN 4CZGA 1HNWK 1IG8A 2WC9A 1FW6A 3SUOA 2A6AA 1MWMA 3G9WA 2ATQA 3VQ7A 2YHBA 4JI0K 4JI8K 4CZKA 5HP1A 4QAGA 2F7TA 1ISNA 3SMSA 1RTDA 3ZT1A 3AO3A 3AA3A 3CG7A 2P9SB 3NGZA 2O8CA 2HB5A 5HRNA 3NDKA 2A5XA 1R0AA 3CQXA 3HJFA 1EWQA 4NO7A 2YKMA 4F9OA 2D0OA 3K5LA 1SUQA 5KQ8A 3TU5A 4LD0A 4CGGA 4FCYA 3WXLA 3KK3A 4I2PA 4FK2A 1L3TA 4CI6A 3DRRA 4DFMA 1MU2A 4JI1K 3OYCA 1YVUA 4FWSA 3VQ6A 4DQRA 2QA4N 4LY7A 1YI2N 1RDCA 1NGCA 1NJZA 1CZAN 3LM9A 1WSFA 4Y1DA 3I8DA 4E3SA 4ZRIA 4M7XA 4JI6K 4JKCA 4HDOA 2E1ZA 3VF6A 3VOVA 4RW7A 2QWNA 1BIZA 4B1UB 2FSJA 1SGHA 4FPBA 3ULEB 1K9MO 1D5AA 4JKHA 5GAGP 4E7KA 1BI4A 4IDHA 2QI2A 3NVMA 1V4TA 2HNYA 4FWOA 2DFEA 1HJOA 4B1WB 4KTZA 4HDQA 2P9PA 3THVA 3V81A 3OYKA 3ZSVA 4PKHA 1SAZA 2BH1A 1QSSA 3O3GA 1TKXA 2E8AA 4Q0BA 1ITGA 3ENBA 1EWRA 3J7ZO 3PV8A 1ZXOA 3LDQA 3L0QA 4F4KA 3RMCA 1HJRA 1YT3A 4EZ9A 4BC2A 2YNHA 1FK9A 1X1PA 3NH0A 5M1FA 4BRCA 4FK4A 4CJQA 2JWLA 4YOXA 2O8BB 3QB0A 1RT4A 2Z1IA 4X65K 3VTHA 3LP2A 3ZT4A 3TSPA 2OPPA 2KW4A 3MX2A 4DQPA 3MEEA 2E6LA 5BR9A 1YITN 2UU9K 4KH4A 2HHQA 4FLVA 2V7YA 4HCCA 4JRQA 1UA0A 1DT9A 3M8SA 5JVLA 3AO1A 1GLDG 3CCQN 1RDAA 1Y97A 4KHSA 5AQKA 3TR8A 1ATNA 3SAHA 1RT2A 5AZJB 3BGRA 4EFHA 1RDWX 3VEZA 2CH6A 5ADXA 3SPZA 3K9JA 2P9KB 4H0XB 1JXEA 1MA9B 4DUYK 4DU4A 4JHDB 4DV0K 1C0UA 1BQMA 2Q3SA 4CK3A 4H4MA 1P90A 2KHOA 3L6QA 2I1JA 3KWGA 4C1NI 2P5GA 4DQSA 3X23A 5CE3A 4IFEA 3C7NB 5AQTA 2WTUA 4OKEA 5C25A 4E0DA 2ZGYA 2ABDA 3Q7CA 3UE5A 1IBLK 1QVFM 2FSNA 4RW4A 1QTMA 4O0IA 3LZJA 4ZRJA 5FROA 3AA4A 4FLYA 4BDYA 4IWVA 2P1JA 1SV5A 2PFUA 4ID1A 4CEZA 4C8LA 4I6MA 1ZBLA 4IO8A 1BG3A 3TAFA 4HHTA 5HRRA 5HOOA 3AU5A 2YHWA 4B8CA 4CBWA 5C2DA 1LAWA 3U8XA 2F96A 4DSKA 4WF9L 3HO1A 3RRHA 3DLHA 1KRPA 2NLXA 3H45C 1VSDA 3PY8A 3HRGA 1BL3A 1HNIA 2P9LB 3VF2A 4F8RA 1ILYA 3H3OB 4DS4A 1XI1A 3SYZA 3FP5A 2FF3B 4H4OA 4ILHA 3THYA 3CMEN 4FLXA 4DFJA 1NTIA 4LF7K 3F5TA 3LWMA 3O9QA 4IOAL 3LANA 4HVJA 1HKCA 2D0BA 3V9XA 4Z4CA 4F2SA 1GLCG 4CZFA 1VSLA 2D0PA 2JWKA 4O55A 1S6QA 4IEEA 4W5TA 1K8KA 4CK2A 1E5WA 1QHAA 3CJ9A 3NH1A 2ETJA 4BE1A 3CI5A 4B3OA 1LW0A 2HF4A 4ZHRA 4MLHA 4EKUA 3VF4A 1RBSA 1U04A 1X9SA 3V1RA 4RW6A 4CBXA 1VBHA 1NI2A 2EWSA 4JD2A 1KBLA 1KVBA 3OYMA 1QSLA 4ISFA 1S6PA 1LAVA 5AFUH 4BR0A 4YOWA 1VK0A 4JI2K 3EKUA 1MK9B 3N4PA 3A5MC 2Q1NA 2XY6A 1XMQK 3I55N 1LOTB 2HBLA 5LMNK 1TAUA 1LW2A 2KLAA 3WXKA 1L5UA 3DWLA 3BZCA 3VGMA 4JEPA 4CEFA 4FVMA 2VGNA 3FFIA 1T3VA 1TL1A 2QWOA 5HBMA 3M5RA 1E3MA 3WEEB 3DXMA 4YHHK 4WCEL 4YDUA 3HPGA 4RW9A 4DU1A 4LF6K 4DSLA 3H1QA 5LJWA 3THXA 1N36K 1ZBSA 4ICLA 1QQNA 3U9ZA 2XY5A 1VSHA 2FLOA 4N76A 3SCXA 4PHTX 4Z94A 3IVFA 2UYTA 2CGJA 2NRXA 4DMNA 5HLFA 4GMJB 4JNEA 4CF2A 4Z4GA 3PIPL 1NVLA 3TTFA 3OYJA 3CC4N 4JS5A 3TPQA 1B92A 3SQ4A 2AA4A 4BRFA 1P8ZA 3ATVA 5IJMA 1JKHA 3ISNC 4CE9A 4CF1A 3KLIA 1HLUA 3U3GA 3RSEB 1NBWA 4X64K 5FLXO 4FWMA 3RRGA 2QKBA 3DI6A 4JI5K 3DYAA 4CZJA 2UXBK 3L2WA 4FJKA 1KVCA 1GGOA 4CZLA 4DTOA 1ASWA 1NWKA 4EP5A 1K6YA 3GG4A 3FZKA 4RG8A 3H3NO 3OYDA 5JVHL 1N33K 1HR0K 3LP1A 1BQNA 4KTWA 2KZZA 3PO5A 4W5NA 2Z1HA 4CD3A 3O9SA 3CM5A 4DQIA 3NGIA 4DKWA 1KC7A 2RPIA 4ISGA 4G1QA 3T7ZA 2ZQBA 4BG9A 2ZJRL 4BQZA 4KPYA 4LH4A 4MO5A 4DTMA 4CEAA 2ZJQL 4R79A 4FJNA 4H0VB 1IKYA 2EHGA 5AZIA 4YOTA 2XY7A 4LF8K 3OBYA 4CZHA 3WNFA 1FXXA 1JLGA 3J7YP 4K25A 1MK7B 3MAQA 1IKXA 3CFPA 1WSGA 1ZBIA 3DJCA 1RBVA 4FJHA 2YV0X 4H0YB 1ASVA 3TI0A 1RBRA 3KHYA 3ULDA 2E2QA 1RILA 1J54A 2HBMA 1BHLA 3ZT2A 1RTIA 3O9RA 3AVLA 2PAVA 4FWQA 2NRZA 1Z25A 2D2QA 4BGBA 1S1VA 3DAWA 4CZEA 1L3SA 2DTUA 3HTVA 2OCEA 1YTAA 2W41A 1B9FA 3ID8A 5AQLA 4H0OA 1QHTA 3K5NA 1QQOA 4OX9K 1WBDA 3HSTB 4DR4K 5GAHP 4M3TA 2YNFA 3SV3A 4I7FA 4MLEA 5JICA 1HB6A 1U2VA 2A3ZA 4OGEA 3ZT0A 3SUNA 3WXIA 1BO5O 2HHVA 1NGHA 1VQMN 5CZ2A 2P9PB 3BINA 1KXPA 1S1WA 3R3LA 4ILJA 2ZE2A 1Y64A 4EHTA 1HX1A 4B1ZA 5KRSA 2GV9A 4K43A 4N41A 4WFBL 1NGAA 3A8YA 2HHWA 3O08A 3ALYA 4MFBA 4DSIA 3DLBA 1J6ZA 1QSYA 5AQRA 4CK1A 2IS3A 4B9UA 4F7GA 2YNGA 4YOUA 4CEQA 3L2QA 1NKCA 3CM6A 2P9NB 3NF7A 4QOZB 1RFQA 5K14A 1E4FT 4FJIA 3IDHA 1NU0A 3WQTA 4FZYA 4Q5VA 2IDOA 3WQUA 1EO1A 3AVJA 4CEEA 5FRNA 5BRHA 2HHXA 4BC3A 2PYLA 4IG3A 3LDOA 1WSJA 3G10A 4WQ4A 4GXBA 3VEYA 3SJJA 2E88A 3AVBA 2OTLN 1HKGA 4M3UA 3RWUA 2IGIA 3UIQA 4WYBA 3MXIA 2RHKA 4E19A 1DIKA 1HPZA 4PL7A 3U9DA 2A42A 2VG7A 3N4QA 3QESA 4DTRA 5C2FA 2AL6A 3E9LA 4HUEA 3ZSWA 3OA9A 4I2QA 4B9LA 1GC7A 4IKFA 1CZBA 5F1XA 3ZETB 4IOCL 4FM2A 3VA0A 1N32K 2OPSA 3UB5A 2NRVA 3OYIA 1C1BA 3A2FA 3VQ5A 1HQEA 4BE0A 3KK2A 3G71N 3SPYA 4GKJK 1F21A 3QFPA 4JLHA 3W3DA 3KIOA 2W40A 4WQ5A 5AQJA 1ZBFA 1KAXA 1N5YA 1WSEA 3H6EA 5DM7L 2G8WA 5AQSA 1NGGA 4E7HA 3MK6A 4N47A 4I9QA 4OPKA 3THYB 1D9FA 3TABA 1YF5L 1BWFO 2GUPA 5AFUA 1IO2A 4F2RA 2FSKA 3IRXA 1RDDA 4CGFA 4FWKA 1T05A 4CJEA 4FLTA 1K8KB 2W42A 2E5LK 4FYDA 1S9EA 4AHTA 4DLGA 3NFAA 4NYFA 4YOYA 3NF9A 1WSHA 3LPUA 4FSVA 4FL9A 1A5WA 3QLHA 3VA3A 4BRAA 1Q86O 3ENOA 2G8VA 3LDPA 3CCEN 4JD2B 4QS7A 3CCLN 3O5BA 3RMAA 3VESA 4DR5K 2YJEA 4OPHA 4H5VA 2BTFA 2HMIA 4V19S 2P9IA 4NCBA 4JYAK 3D0PA 1OH8A 1GG3A 4AM6A 4M3YA 2FBTA 3QICA 4XH1A 2F9TA 3TWHA 3J7AP 4DR3K 3MWTA 3ID6A 5JLFA 3L2VA 1ASUA 4HCBA 3G6EN 4B3TK 4BGAA 4DCHA 3ZSQA 5BN8A 3EZ5A 4B9SA 3OYNA 3AVMA 3LP0A 3V6DA 4DSJA 3HOSA 4C23A 5AQHA 1UOCA 3TAGA 2I7PA 2Z1GA 3ZDTA 4KKOA 1LV5A 3GDQA 4FLUA 4DTJA 3VQPA 1BGXT 1X9JA 4KV8A 5SWMA 5AQWA 4BRGA 3OYAA 2NRWA 5SZTA 1Q9XA 2E6MA 4BR7A 4A2AA 3D6RA 3O4QA 4J2EA 2BDPA 3DLEA 1CZ9A 3TAMA 4DR2K 4MQ3A 4ZTJA 3NF8A 3E01A 3IAYA 1Q7YO 2IIRA 5AQVA 3OYBA 1TKTA 3VQDA 3AA5X 5A2QO 1WBBA 3HL8A 4CJ3A 2Q36A 2Q31A 3LAKA 4CGHA 1T44A 3OYGA 1TYQA 2GBZA 5BN9A 1TK5A 1S1TA 1IJJA 2IAJA 3QIPA 3H46O 4DSFA 1Q8IA 4PA1A 4BRPA 1RGIA 2Q0UA 3WUHA 3HM9A 3QMLA 5AQNA 3ATUA 2NRHA 2V52B 4FJ7A 3L3VA 3ZT3A 1U4BA 3FZMA 2UUCK 2QXFA 4MO4A 4BROA 4WFAL 1U6ZA 3T3FA 3T1HK 3CJBA 4DSEA 3OS0A 1J5EK 3QBXA 3IG1A 3P39A 3M6GA 2ZWHA 5HROA 1H4RA 2CB8A 1HQUA 3AV9A 2J0JA 3VPZA 1NK4A 1TAQA 4DFPA 3PSIA 1DEJA 4N56A 3OYLA 2RE2A 1YHQN 3O80A 4H5TA 4HTLA 4LSNA 3P38A 3CJAA 4EIAA 4DFKA 2HVIA 3L8BA 1WNSA 2A41A 3ZCMA 2H3GX 2OA8A 4NY0A 5AZIB 3VMFB 4JRPA 1XHZA 1CLQA 4KO0A 1HMVA 4IJAA 4HUFA 2COPA 1C0GA 4CJVA 2NUBA 1GOAA 1ATRA 1BA0A 1T6DA 4CIGA 3OYHA 3DLKA 3KZBA 3PIOL 4O8KA 5I42A 4CHNA 1TKDA 3DLLL 5ELZA 5IT9O 1NOYA 4BR9A 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2BE2A 2QM1A 3QETA 3DOLA 1A5VA 4LFBK 3QINA 2X78A 1IKVA 2P9SA 2HNZA 4H03B 3CIPA 4E1NA 3LM2A 3VERA 1EKEA 1T8EA 2V7ZA 1YVNA 4AHCA 1XNRK 1L3UA 4UY8O 1NK5A 1NKBA 4CHOA 2YHYA 2KZMA 2FDQA 2FJ9A 2O8EA 5J2MA 3ZYYX 2WH5A 2YHXA 1JLEA 3FZFA 3L4IA 2Y1JA 4J8FA 4CJPA 3TSQA 1NOZA 5KI6A 4JS4A 1X3NA 2P51A 3MCAB 5E41A 1I94K 4H5RA 3BP8A 4C8OA 1S5JA 1IBKK 1EP4A 3CYMA 3C94A 3MECA 4BRMA 4CJWA 4GNIA 4KHQA 4IFVA 3G25A 3ZSXA 4PWDA 1RDUA 2JGUA 4LH5A 4ISEA 3ULEA 3L2RA 5HL7L 2HW3A 4DQ8A 5HRPA 2P5OA 2O8CB 3DOKA 3CMAN 4A2BA 4BACA 2G8HA 4EZ6A 1XC9A 3SAFA 1EF1A 1KCFA 2E1YA 5EOYA 5C42A 2OTJN 4M3ZA 4M63C 3HP6A 1WAFA 3CERA 3AGKA 3LDLA 4CEBA 5AJ3K 4NXMK 1DGKN 4B9VA 4KBOA 4J2BA 3KKSA 1ATSA 3CPEA 3P4IA 4PL8A 3QEXA 3DM2A 5LJVA 4JK7A 1C6VA 3IMXA 4JAXA 4BRLA 3KLEA 4ZRKA 2R82A 1KAYA 5FPNA 4Y0WA 1GLEG 2YVCA 1NK0A 2FXUA 4FJMA 1MIZB 3L4QA 4BRNA 4B1YB 4BRQA 4CJRA 3FGUA 5LY3A 3LDSA 3BZKA 2BGGA 2V51B 1SZ2A 1UA1A 3M8PA 1OVQA 4G9ZA 2QWQA 1U48A 3FZHA 4FZXC 3KLHA 1BUPA 4FJGA 3VENA 1TYQB 5KGXA 1HRHA 1HNZK 4CJKA 2E4LA 4P7IA 1BI4B 5M1PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKG A;  4JKG B;  3SBT A;  4JKE A;  4ILG B;  3E9L A;  4JK9 A;  4ILJ A;  4JKA A;  4JKD A;  4JKC A;  3E66 A;  4JKB A;  4ILH A;  3SBG A;  3ENB A;  4JK7 A;  4JK8 A;  4JKH A;  4JKF A;  3E9P A;  3E9O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KLM A;  1Q18 A;  3M8R A;  3MDQ A;  4BG8 A;  4JKE A;  1VSE A;  2HBJ A;  3K58 A;  4X66 K;  2RF2 A;  4CHY A;  4AQY K;  1V4S A;  3CC2 N;  4JKD A;  5CR4 A;  5AQU A;  4CJ7 A;  1M1K O;  1BA1 A;  3NCI A;  1S72 N;  3EPY A;  2WON A;  3VGL A;  4KHP K;  3UKR B;  3D2F B;  4CFD A;  1QZ5 A;  4U67 L;  2O8D A;  1S1U A;  4DU3 A;  5CYM A;  1NGI A;  3AO2 A;  3VQE A;  2E2O A;  4H8K A;  2E2P A;  4CHZ A;  3AA2 A;  3ZSZ A;  3T1A A;  3OTO K;  4CGD A;  4B9Q A;  3CF5 L;  3DXK B;  3AVA A;  4JI7 K;  3ZSR A;  3MN7 A;  3U7D A;  4CZI A;  1LWE A;  4Z0U A;  3CHW A;  3AGR A;  2XY8 A;  1HPM A;  3S3M A;  4CJF A;  1SL1 A;  3PO4 A;  4C1N K;  2X6N A;  5JS1 A;  3WA0 A;  4EHU A;  3O1B A;  5E26 A;  4WE1 A;  2P9U B;  1YIJ N;  1JXB A;  1MDU B;  5AQZ A;  2UXC K;  2ASO A;  2D11 A;  3FFK B;  3KJV A;  4KRE A;  3JXU A;  3WNH A;  4IFY A;  3LWL A;  1EX4 A;  3OW2 M;  2ZPY A;  2HHT A;  4OKK A;  1WLJ A;  4IXC A;  3SQ2 A;  3NGY A;  4A57 A;  1IKW A;  3ZEU B;  2HND A;  5T7B A;  3LPT A;  3F9K A;  1I3A A;  1XMO K;  2NRT A;  2G8I A;  1OH6 A;  1HYS A; 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