4JKBA

Open and closed forms of v1788d human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRDTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 67
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkbA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkbA01
4JKFA 3E66A 4ILGB 4JKAA 4JKBA 3SBTA 3E9PA 3SBGA 4JKGA 4ILHA 3E9OA 4JK8A 4JKDA 3ENBA 4JK9A 4ILJA 4JKCA 3E9LA 4JK7A 4JKEA 4JKGB 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KCFA 3K58A 1OH8A 4FWSA 3NHGA 3VQ9A 4BDZA 4CJ7A 4BROA 4CJKA 1GC6A 4DUYK 2XO7A 3RSEA 1TL3A 2G8IA 3AVKA 4E7JA 2E8AA 4KKOA 1GG3A 3S3OA 4DQSA 1X9SA 1KBLA 1VAZA 2YHBA 3O1WA 2YI1A 3CERA 4HDOA 3AVBA 4KHUA 1RT2A 3VQDA 1NNEA 1VQKN 4L3QA 3C0BA 4CZJA 1LAVA 2YHAA 1GOAA 4DTSA 4W5NA 4MDAA 2HHXA 3ZYYX 5J2MA 3CCRN 2HOEA 2UU9K 2ITMA 2QM1A 2XY5A 2G8WA 4DQIA 5CR4A 5E84A 2P9PA 1JLCA 2NRVA 1YVNA 4CGHA 4OPHA 2E1YA 4BWJA 1S9GA 1XNQK 3I8DA 2W6LA 4CIEA 1T3VA 4IKFA 2HNDA 2IAJA 3VTHA 3TTCA 4OPAA 5HRRA 4BRCA 1XC9A 2ZM6K 4PWDA 4DTMA 3ZSVA 5C0YA 3CC2N 4HTLA 1Q18A 3K59A 1MIZB 2DFHA 3BY5A 1RBTA 4AM7A 5DK5A 4EZ9A 3ATUA 4JKEA 2X6SA 3KHYA 2NLXA 3MWTA 3AU4A 3BEXA 5CE3A 1XQSC 2X74A 3CM5A 3WXJA 2O8DB 2PZSA 3SBTA 4CEZA 3VEVA 1HB6A 2OTLN 4FXDA 2HVHA 2ASPA 1U47A 3TAMA 3O4WA 4FWKA 1UWBA 2NRTA 2DPNA 2F9TA 3ZT0A 3VQPA 3SQ0A 3B6OA 4KB1A 1C0MA 4IEEA 2EHGA 3AVHA 1OKJA 4JKHA 1IG8A 4WQ4A 5FROA 3SNNA 4B8CA 4BRNA 1E4FT 1A5WA 5KGXA 1HJRA 2RHKA 3CFOA 1VQ6N 3AAPA 1QE1A 2W6KA 3RR7A 4C8KA 4DSIA 3VF4A 3VGMA 4M7YA 3FE1A 4JKGA 1HUXA 3TAEA 3THXA 3HZ6A 3WXKA 4AF1A 4BRPA 5CYMA 2P9UB 3RTVA 3MXJA 1Q8IA 4BDPA 2E6MA 4H0PA 1SL2A 1SUQA 3MK6A 1LW0A 3L3VA 5J2QA 1WB9A 2UYTA 3HP9A 3VERA 1DTTA 4B3TK 4W5TA 3B6PA 1VHXA 1M90O 3V1OA 4FWMA 1UA0A 1EWQA 3I56N 3BZCA 5C2FA 3VQEA 3THXB 3E9PA 2OZMA 4FJJA 1Z6RA 4LD0A 5C12A 4GNIA 3LANA 4FLZA 2AJQA 2O8CA 1EX4A 1TYQB 4CESA 3T1YK 1XHXA 2OTJN 3L8BA 5AQMA 4CF0A 2O4IA 2QXLA 1NG9A 1EETA 2JWKA 2ASMA 5FPEA 1KFSA 3FZLA 3P31A 3VTIA 1NJZA 4E1MA 4FWPA 3CQXA 1YITN 3KK3A 2GV9A 4CEQA 1TKTA 3V9WA 4F3OA 1GOCA 1ATNA 4GKJK 1QQNA 1BO5O 3MAQA 1WSFA 2P9SA 4NYFA 5SZTA 3CM6A 5B8HA 5JMVA 4RW6A 1EXQA 1RT3A 3V6DA 3FGUA 3NF7A 1JLGA 1S22A 3SPYA 1SL1A 1QZ5A 2YNFA 3TSUA 4Z4IA 1WOQA 4GVMA 3SK3A 1HYSA 4CHZA 2P5GA 3CQYA 2BE2A 4B1UB 4M63C 5C24A 2YVCA 3CJ1A 4GMJB 3V9UA 1DKGD 1W97L 4C1NK 5C10A 4DSKA 2B5JA 4DQ8A 3DJCA 4JI8K 3O9TA 1ZBHA 1BDGA 5EOYA 5C25A 2CGLA 2VGNA 4ELUA 3IMXA 4CBUA 4ZHRA 4DSEA 2VG6A 3LAMA 4YOVA 1E3MA 2D4WA 1NMNA 3J7ZO 5FPDA 1BIUA 2D0CA 3SV4A 4O55A 1VQ8N 3QERA 4CGIA 4J2AA 1WSIA 3L4IA 1MK9B 3CCMN 4H5RA 3TTDA 1LV5A 4CZLA 4JHDB 4XH5A 4XEIA 3FFIA 3RRHA 3DLKA 2GX9A 3MN7A 1T44A 4YORA 3EZWA 3O3HA 5C15A 3KVGA 3HT3A 3NH1A 3V9XA 4JI0K 5FDLA 1EP4A 1QSSA 4O4GA 4IWVA 2F8SA 1RDDA 1Y97A 1IO2A 4CZFA 3H1QA 2J0JA 2HF4A 1G15A 3HVRA 4DS5A 1A5VA 4FJMA 4CZEA 1ACAA 3AVMA 2KHOA 4A59A 4WF9L 4ILHA 3FZHA 1BISA 1T6CA 1HNZK 1W9HA 4FVUA 5FPNA 3SAHA 4DU1A 3QINA 4CE9A 2KZZA 3WEEB 1JLBA 3SUPA 4KH5A 4YDUA 1H1VA 2IGIA 4CJTA 5AQHA 5J2PA 4ICLA 1R0AA 5LMNK 2G8KA 3O9RA 4MLHA 3VESA 1D9DA 5D3GA 2ZD1A 4DR6K 1DTQA 2Q97A 3IKMA 3KTQA 3UKUB 4FLYA 1BQNA 1DEJA 3QEIA 2I1JA 1L3VA 4M3YA 3H3OB 4BRDA 3KK2A 1VBGA 2GUIA 3C95A 1ST7A 3M8RA 3ZDTA 1S72N 4GY2B 4FW2A 3Q7CA 3BZKA 1NWKA 1MDUB 3HRGA 5H1SQ 2CH5A 4AHCA 3RWUA 5C2DA 3P4IA 2V52B 1IG9A 1LW2A 4OPKA 4QS8A 3CMAN 2UUBK 3E01A 4F9OA 4M7XA 1NGDA 3O80A 1HPMA 1DT9A 4OLAA 4FL9A 3SYZA 4FJNA 2V7ZA 5F1XA 4WFBL 1S6QA 3I8BA 3TAPA 1QVGM 1X9MA 3SMPA 2P9NB 5HLFA 4N41A 1P90A 1NLVA 3DXKA 5HL7L 4ISGA 3O9SA 1VQON 3U9ZA 1VQLN 1JCEA 4NCAA 4M41A 1ZC6A 1T6DA 3V81A 2QKKA 4ILJA 3KK1A 3CCVN 2GWJA 3I0RA 3GE1A 4Z0UA 4FJ7A 3FZMA 1L3TA 1NGHA 4KO0A 3OBYA 4AHRA 4FWRA 3O08A 5AQZA 1VQ5N 3QESA 3BUZB 1K9MO 3FLCO 1RDAA 2YNGA 3SQ2A 3UKUA 3MX5A 3F73A 3AU5A 3NGIA 4KFBA 1S1UA 3SBGA 1KFDA 3LP1A 2O8FA 4JYAK 2CQUA 3KWIA 1IV0A 1NGJA 1CXUA 2IS3A 4O8KA 3K5OA 4H5TA 1YTUA 1SZ2A 2G8FA 2I7PA 1Z25A 2VWKA 4IBNA 3N4PA 3CQ8A 1TV6A 3QEVA 4KREA 5GINA 5GADP 3L2VA 1KRPA 4H03B 1YJWN 4FJXA 1N6QA 3KLEA 3QB0A 4AQYK 4CK1A 4I6MA 4CJEA 1KAYA 1TK8A 3WNFA 4XH4A 4FJ8A 5SWMA 4OX9K 2R82A 4EHUA 4W5RA 4I6MB 4H5VA 3LZIA 1NVLA 1XI1A 2O8EA 3OS1A 5BPLA 4JD2A 2O8BB 2F9WA 1YTAA 1KVAA 4NLBA 3K5LA 3NDKA 2OCEA 4KPYA 4JLHA 4J8FA 4JI6K 3Q7BA 3SI6A 2ZE2A 3M8SA 3RMBA 2FBXA 4MFBA 2XY8A 1HR0K 3PV8A 4JKFA 3CCSN 3CMEN 3CD6N 1GLEG 1C0UA 1RT5A 4M3UA 3C6TA 4CJQA 4TKNA 3DWLA 4I9QA 3R3LA 3O8MA 3KLFA 3N4QA 4FSVA 1JLEA 4YL8A 1ILYA 1S1VA 4E89A 4Y0WA 4CFBA 4IOCL 1U2VB 3EE8A 1NU0A 3KWGA 2WFBA 4CIFA 1NJYA 4JV5K 4L8RB 1EQYA 2KLAA 3CCJN 3AO4A 1WSHA 3LDQA 3P5JA 3A8YA 4R79A 2WH5A 4FVMA 2RPIA 3EYZA 4JRQA 4YHHK 3TU5A 3UB5A 2YV0X 2HHTA 2WC9A 4NO7A 2HNYA 4OJRA 4QOZB 1X3MA 4I7FA 4CJVA 4PHTX 3OBWA 5JS2A 4KV8A 1HPZA 1N34K 1JLAA 4I9LA 1XMQK 1W0HA 4B1VA 3D7EO 4DQPA 2F7TA 5GAGP 2OYQA 4FLVA 4NB4A 5AZJB 2BANA 4BR2A 4CJUA 1IH7A 4CZGA 1U04A 4CGFA 1QTMA 3OYHA 1EKEA 1NK7A 1HMVA 3NH2A 4IFYA 4BRIA 5JLFA 4B3SK 3E66A 1CZAN 5BRFA 3DLBA 1RT6A 1QSYA 4BR0A 4OKJA 3W0LA 1E4GT 3OW2M 4FK0A 5IWAK 4Z94A 2YCHA 1KC8O 1LCUA 4DSJA 2YNIA 3SJHA 3HBTA 4RW7A 1SKWA 3EY1A 4H0YB 3KJVA 4BE1A 3OHRA 4OLBA 3FZFA 4CIGA 1U2VA 2OPSA 4M3XA 1JXBA 2IIRA 3AY9A 3WQTA 2HHVA 3OY9A 3NGYA 4OGCA 1RBVA 4CBXA 5EXWA 3UKRB 3G4SN 3IUCA 4CK2A 4DV0K 4ZTJA 3KD1E 2CGKA 1S5JA 3ZT4A 1XMOK 5MLCQ 1BIZA 2X78A 5EVZA 4LSLA 3ZSYA 4HTUA 3MX2A 4CF8A 4DU3A 1BG3A 3O6WA 3ULEB 3WEEA 3QBXA 1J54A 4CZIA 1SKRA 4I2QA 3QEXA 1BUPA 1J5OA 1FK9A 5ADXH 5T7BA 4YNQA 2J0KA 3CCQN 3P38A 3K9JA 3LP2A 4N47A 4MLEA 2ZGZA 3AARA 4IG3A 4LF9K 3CJCA 1VSJA 2P9IA 5AQTA 3QNNA 4FK4A 2P9PB 3ISNC 3A5NC 5FPMA 4IJNA 1OVQA 3VEXA 3VENA 2UUAK 4DV7K 1X3NA 3DLLL 4X66K 3CPEA 4CEFA 4FYDA 3K0SA 3LDNA 4HUGA 3NH0A 4E7HA 1SL0A 3HPGA 4KTQA 4CHOA 4A5BA 3ZSWA 4EP4A 3L4QA 3QLHA 2ZJRL 3CC4N 1LWCA 3T69A 3TARA 2HRJA 4CJFA 3EKSA 5I3UA 1C6VA 3SMSA 2LBBA 5BN9A 4KHQA 2JLEA 3WXLA 2BDPA 4FPAA 1YT3A 4RTFD 2Q36A 3HOSA 2KFZA 2ETJA 1HBKA 3CFPA 3CIPA 3W3DA 2GTDA 4YOTA 4C23A 3HVTA 1BU6O 3A5LC 3VF2A 2Q0RA 4DXAB 5HP1A 4CCHA 4C1NI 3OS2A 2G8HA 1BCMA 1K8KA 3OS0A 4CHNA 5CZ1A 2XY7A 3O3GA 3OYMA 1VSKA 3TAFA 2VWJA 1SKSA 2VYPA 4KRFA 4FWOA 4U7BA 3KKRA 3TSQA 2A6AA 2DFEA 3MXIA 1OVYA 3SQ1A 3O9UA 3G25A 1CLQA 4DTPA 1VQ4N 1HNVA 5E41A 3S9HA 3SAGA 3ZSOA 1DIKA 4CD3A 4BVPA 1JJ2M 3K9KA 1BOTO 4C8LA 1A5XA 1Q82O 4CGJA 2A3ZA 4M3WA 3L3UA 3M3ZA 3NMUA 2VQFK 2E2PA 4HUEA 3HYFA 2PY5A 4FJLA 2HB5A 2DFFA 1VSIA 4CHQA 4OVLA 3CXCM 2E2NA 1WNSA 3VN5A 3K2PA 1B9FA 3ZSQA 4DWIA 2YJEA 3IDHA 5M1QA 2E1ZA 1TUUA 5AQSA 5M1OA 3EZ5A 3OJSA 2F96A 1OH6A 4AHTA 4ELVA 3NBPA 1NGCA 4YOYA 4CJWA 2HHQA 4M45A 2YNHA 4K41A 4FLUA 3OVNA 4MQ3A 1M1KO 1KLMA 1KLNA 4ELTA 2G8VA 4PKGA 4R5PA 3HP6A 3K57A 5AQUA 1K8AO 3OYDA 2JGUA 4FCYA 3RMCA 3EO3A 4JI5K 3H08A 1EF1A 3VMFB 4K8ZA 1F21A 2NUBA 5KPZA 3QICA 3MN6A 3ASMA 3THYB 3CFRA 5I9EB 3ALYA 4J2DA 1JL2A 5AQYA 4B1WB 2J4RA 3ID8A 3ZX3A 2HSTA 3K5NA 5BRHA 4CF1A 4DQQA 5KPTA 4M3ZA 3HI0A 3OTOK 3C6AA 1XNRK 1WAFA 1HX1A 3KLHA 3CHWA 3P83D 4DFPA 1O13A 2A42A 3CJ9A 1KXPA 4F4KA 3LPTA 3EEQA 3E9LA 1QZ6A 3IFRA 1K8KB 4IO9L 1NGGA 2GEMA 1J53A 1GLBG 1WAJA 2RN2A 3R8EA 1TGOA 3LM2A 4KH6A 3IG1A 3ZX0A 3OJUA 3DAWA 1BA0A 2NRXA 1I94K 3RSEB 1RILA 4ZRJA 3OYGA 1S9EA 3KK7A 4DKWA 5DM7L 3MN9A 2O8FB 4CJPA 4PUOA 2Z1JA 4QAGA 4O5FA 3QIPA 3WNHA 3TPQA 4A2BA 4CZHA 3WQUA 1RTJA 5F0XA 2HVIA 4BRFA 3VQ6A 3L0QA 1XUPO 1RCHA 3X23A 1JDEA 3OYFA 3A2FA 4CJ5A 1TUYA 3LPUA 3T19A 1ZYQA 3NF6A 1B9DA 1RDCA 1ATSA 4CGGA 3VF6A 2O8DA 2O8EB 4EP5A 1W2BM 3VETA 4FJHA 3MEGA 1BQMA 5AQWA 4PL8A 4CYEA 3RVCA 4DTRA 2E5LK 2BTFA 4M3TA 4HWIA 2YKMA 1GOBA 3C7NA 4JS4A 3G71N 1SAZA 2R7YA 1E5WA 3CCUN 2RQ1A 5AFUH 3NVKA 1VQ7N 4HHTA 4DV3K 3C7NB 2A1SA 4JKGB 1L3SA 1ISNA 4FJGA 1I3AA 4WQ4C 2V51B 3DRSA 3DMJA 4CW7B 1TAUA 1G99A 3TSPA 4A5AA 2O8CB 4BRQA 2QWRA 4JS5A 2F8TA 1RDUA 3FR0A 5BREA 2AL6A 3T1HK 4DU4A 2ZQBA 3KKSA 3OA9A 4CFCA 5JLHA 3D2EB 4KTWA 1TL1A 3UIQA 3J7YP 2UXDK 2Z1HA 1TVRA 2ZJPL 4JI4K 4C8NA 3IAYA 3RMDA 1U6ZA 3TTFA 2IC3A 4FWLA 3WXMB 3VQQA 3LDSA 3G0ZA 3PIOL 5BPMA 2A5XA 4B9VA 1FXXA 3KIOA 1ASUA 2KZMA 4FO0A 1VSEA 1Q9YA 4ID5A 1WSEA 5AQFA 4BVOA 1XWLA 2QKBA 3HM8A 3O9QA 4F2RA 1KAZA 3G10A 1NJXA 3VQAA 4DV6K 2EWSA 1NTIA 3SUNA 3NF9A 5JVGL 3FLVA 4NXMK 4CZKA 2QWMA 1WSGA 2QXFA 5AFUA 4B9MA 1HYZA 4EZ6A 3G9WA 1RBUA 1UAXA 3DI6A 3DXKB 4WFNL 1S6PA 2ZWHA 3QNOA 5LL6Z 2GELA 3LZJA 1MWMA 3V1RA 1K6YA 5M1NA 3MCAB 1C1BA 4JK7A 3CETA 1NMDA 1ZBIA 4BR5A 3IVFA 3WT0A 3U4LA 3LDLA 4DB3A 2FXUA 5A2QO 4DSLA 1S3XA 4DUZK 3CJ7A 1JLQA 1YVUA 4GVEA 3MECA 1HNXK 4LF5K 1C0FA 1NGBA 2JWLA 3ID6A 5AZJA 3TI0A 1OH5A 4GV3A 4H4MA 4BG8A 4RWTA 1U45A 2D0OA 1JLFA 2HW3A 5AQGA 3GOIA 3MXMA 4FJ5A 4RW4A 1VSHA 1Q9XA 2WTUA 1HNWK 1SGHA 4N56A 4GV6A 2PAVA 2VG5A 3U6FA 4O44A 1KVCA 4CI6A 3VQCA 3OYKA 3LDPA 5EX5A 3LWMA 3CCEN 1MIXA 2B4JA 3H45C 2WBNA 2PYJA 5AQOA 4IG0A 4J2BA 3B8AX 2P9LB 2PYLA 3L2QA 1KC7A 1ZBSA 3OYBA 1P8ZA 2FC0A 4G9ZA 4CJSA 1N36K 3AVFA 2YHYA 4JAXA 3U3GA 1YIJN 3DLRA 5AQKA 3R1XA 2FJ9A 5AJ3K 5M1KA 5M1PA 3SAFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKF A;  3E66 A;  4ILG B;  4JKA A;  4JKB A;  3SBT A;  3E9P A;  3SBG A;  4JKG A;  4ILH A;  3E9O A;  4JK8 A;  4JKD A;  3ENB A;  4JK9 A;  4ILJ A;  4JKC A;  3E9L A;  4JK7 A;  4JKE A;  4JKG B;  4JKH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KCF A;  3K58 A;  1OH8 A;  4FWS A;  3NHG A;  3VQ9 A;  4BDZ A;  4CJ7 A;  4BRO A;  4CJK A;  1GC6 A;  4DUY K;  2XO7 A;  3RSE A;  1TL3 A;  2G8I A;  3AVK A;  4E7J A;  2E8A A;  4KKO A;  1GG3 A;  3S3O A;  4DQS A;  1X9S A;  1KBL A;  1VAZ A;  2YHB A;  3O1W A;  2YI1 A;  3CER A;  4HDO A;  3AVB A;  4KHU A;  1RT2 A;  3VQD A;  1NNE A;  1VQK N;  4L3Q A;  3C0B A;  4CZJ A;  1LAV A;  2YHA A;  1GOA A;  4DTS A;  4W5N A;  4MDA A;  2HHX A;  3ZYY X;  5J2M A;  3CCR N;  2HOE A;  2UU9 K;  2ITM A;  2QM1 A;  2XY5 A;  2G8W A;  4DQI A;  5CR4 A;  5E84 A;  2P9P A;  1JLC A;  2NRV A;  1YVN A;  4CGH A;  4OPH A;  2E1Y A;  4BWJ A;  1S9G A;  1XNQ K;  3I8D A;  2W6L A;  4CIE A;  1T3V A;  4IKF A;  2HND A;  2IAJ A;  3VTH A;  3TTC A;  4OPA A;  5HRR A;  4BRC A;  1XC9 A;  2ZM6 K;  4PWD A;  4DTM A;  3ZSV A;  5C0Y A;  3CC2 N;  4HTL A;  1Q18 A;  3K59 A;  1MIZ B;  2DFH A;  3BY5 A;  1RBT A;  4AM7 A;  5DK5 A;  4EZ9 A;  3ATU A;  4JKE A;  2X6S A;  3KHY A;  2NLX A;  3MWT A;  3AU4 A;  3BEX A;  5CE3 A;  1XQS C;  2X74 A;  3CM5 A;  3WXJ A;  2O8D B; 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