1VQPN

The structure of the transition state analogue "rap" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqpN00
1JJ2M 5HL7L 3CC2N 3I56N 2QA4N 3CC7N 3CCVN 5DM6L 1Q81O 4U67L 1VQ6N 5GAEP 1S72N 2QEXN 2ZJQL 1K73O 3CPWM 3CCLN 3CMAN 3DLLL 5GADP 3CCEN 1KD1O 2ZJRL 1QVGM 1NJIO 5GAHP 5JVHL 4IOAL 1Q86O 1VQNN 3G6EN 4WFBL 1VQMN 1YJWN 3CC4N 3CCSN 1VQLN 3I55N 3G4SN 3CCQN 1W2BM 1KQSM 4WFAL 4WF9L 1VQPN 1K9MO 1Q7YO 1K8AO 1YHQN 1ILYA 3OW2M 1YJNN 3PIPL 4UY8O 4WFNL 5GAGP 1QVFM 1M1KO 1Q82O 2OTJN 1YITN 1YIJN 5DM7L 1VQ4N 1VQ5N 3CF5L 5JVGL 1N8RO 2ZJPL 3CXCM 1VQ8N 1VQKN 5H1SQ 1VQ7N 3J7ZO 4IOCL 3G71N 3CCRN 3CCJN 4IO9L 3CD6N 1KC8O 1YI2N 1YJ9N 1VQON 5MLCQ 3CMEN 4WCEL 3PIOL 1M90O 3CCUN 2OTLN 1VQ9N 3CCMN 1OVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEAA 1BCOA 3E9PA 1TAUA 1JJ2M 3DYAA 3LAKA 2GEMA 4HHTA 1X1PA 1RT4A 5AQFA 3I56N 2B5JA 2HNDA 3AA4A 3L4IA 1XC9A 1GLLO 3JAMO 3A8YA 1NOYA 5BPMA 3LP2A 2WTUA 3P1GA 3A5NC 3O9UA 4J2AA 4DR3K 2ZF5O 2OPQA 4GNIA 4CEDA 1N32K 3KD5E 4LFBK 4YOYA 1ASUA 4UQGA 3D2EA 1NGIA 2E20A 3HL8A 3NH0A 4DSLA 1UA1A 4BGAA 1VSEA 3PSFA 4CIGA 2A41A 3U3YA 3DJCA 3RVCA 4DF4A 2HHQA 1NJWA 4CESA 4W5TA 4CGIA 1KTQA 3QIOA 5CR4A 4CJRA 4DR4K 1K6YA 4BREA 4CJ3A 2O8BB 1VQLN 4OLAA 3AVLA 3OYHA 2E2PA 1JLGA 2NRHA 1UAXA 4BGBA 2HBLA 4A2BA 1S9EA 3SAHA 1B9FA 3SJJA 2BTFA 1NGDA 4JEPA 3WNHA 4DMNA 3MCPA 4DV4K 3SQ0A 2HBJA 4FVMA 4DTPA 4I9QA 1B9DA 1LW2A 3PY8A 3SBGA 4YOUA 2FXUA 3LALA 4CZFA 4YORA 5EXWA 2V7YA 4YOTA 3NGYA 3QLHA 2YI1A 3AV9A 1X3NA 4A62A 1Q9XA 3E1YA 3FFIA 3CPEA 3EKUA 3L3UA 2P5OA 4KHUA 1KC8O 3GE1A 1OH5A 3F73A 1L3TA 3WNEA 5JLFA 3OYCA 5AQNA 1I39A 5SWMA 3THYB 3SMSA 3CJAA 1S1UA 5F1XA 2P9KB 4DR7K 1Z05A 3HO1A 2VCPA 3TTFA 4DQPA 4CJLA 2P51A 3THXB 2KHOA 3LM2A 3SQ1A 3B6PA 2QWQA 1FXXA 3BF3A 3MN5A 5BRFA 4ISEA 4WQ5C 3AO1A 4QS7A 5BR8K 1O1WA 1S6QA 3HPOA 4O8KA 2E6LA 1QQMA 3N4QA 4MDAA 2Q1NA 4CJQA 2P5GA 5HRSA 1LAWA 1RTDA 4DV3K 3NH2A 4KH4A 2A1RA 2NRWA 1JXEA 1CZBA 1JKHA 1EWRA 5AQKA 3I55N 2P9IA 4YHHK 1QSYA 3AVIA 3I8DA 4CEEA 2O8BA 5JS1A 3ENOA 3SV3A 4CCHA 4GY2B 3ZSOA 4KV8A 4HTLA 3AAPA 1QVFM 1CLQA 3QIPA 1NKCA 4DR6K 4CF1A 3WNFA 1NK7A 1KFDA 2W6LA 4E7IA 4JHDB 3ULDA 3IUCA 4YDUA 3VPZA 3V9UA 4B9NA 4JN4A 4W5RA 1X9JA 1WSJA 3QFPA 3GOIA 4I6MB 4LSLA 4BWMA 5I9EB 1N34K 4B9UA 1RT2A 3RMDA 1RBUA 3KK7A 3VEYA 3CCRN 2HHSA 4NB4A 4FJHA 2ZWHA 2XHBA 1CZ9A 1T8EA 3LM9A 4BRIA 3LP3A 4CHOA 1WSFA 4BC3A 4F9OA 3KLEA 3I8BA 4F2RA 1U4BA 4CF2A 3CCUN 1SKWA 1VSHA 2GTDA 1HMVA 3HOTA 1ASWA 4JKDA 4AQYK 4FWRA 2IIRA 4BRPA 2O8EB 3LWLA 1REVA 3PX0A 2UU9K 4B3MK 2ASPA 1XNQK 3HPGA 3F5TA 3VOVA 3T1YK 4JKFA 3ZSZA 4R79A 1IO2A 3O4NA 1CXUA 3CCLN 4HCCA 4CEFA 2W42A 4BRGA 3THXA 4JK9A 4XH4A 2VG7A 2DY4A 1FKOA 1SL1A 3H45C 5C24A 3AO2A 3L2RA 3CM5A 3VQ6A 3ZETB 3KKSA 3LDPA 4HVJA 4KH6A 3V4IA 3JXUA 4IKFA 2DFFA 2Z1GA 4NLCA 3SAFA 1S1WA 2GUPA 3AO5A 3BF1A 3ENHA 1FJGK 4DV2K 2HW3A 3S9HA 4FJIA 3GDQA 3EN9A 4HTUA 3H1QA 2KZZA 5FRMA 3ZEUB 3J80O 1HYSA 4WYBA 3NF8A 3O8MA 5C25A 4YNQA 4O44A 3THWA 4QCLA 3OHRA 4CJ5A 4ILHA 4F4KA 4JKEA 5M1OA 1SL0A 4IFVA 1WNSA 4CHNA 4NXMK 4M41A 5BRHA 2JGUA 1MWKA 4M3RA 5AQQA 3HI0A 2Q3SA 2LSNA 5H1SQ 1TAQA 2GBZA 4CJTA 1EETA 4A57A 1Q8IA 5AQLA 1B92A 1NNEA 4I6MA 3PO4A 2HSTA 2EX3A 2UYTA 4IWVA 2G8KA 4FJKA 4KHWA 5ELZA 3VQAA 1T03A 2CGJA 1WBBA 1BQMA 2Q0UA 3U3GA 4B9TA 2O8DB 1NBWA 5KQDA 3L0QA 3OVNA 1S72N 5DK5A 3O9SA 5CYMA 1XHXA 2O8EA 3RWUA 2XY8A 3AVAA 1LW0A 3CI5A 1VK0A 3DOLA 1UWBA 1BG3A 3P38A 2P9PA 4I2PA 4CBUA 4DUZK 3MCAB 3KKRA 1NJIO 3AVCA 4GV6A 3W0LA 5M1NA 4DTRA 1LOTB 3K5NA 3SLCA 1SS6A 1TL3A 4AHCA 3O9QA 4DCHA 1RT1A 3AVJA 4Y0WA 2B6AA 3ZETA 3C94A 3FFKB 1NKBA 4EZ9A 5FDLA 3CCQN 4CI6A 5ADXA 3ZSRA 3VGKA 4ELVA 4MQ3A 3FZMA 4BWJA 3VGMA 1HNZK 1GLJO 1WN7A 1ESVA 4FJJA 3NFAA 3TSQA 4OO1J 4O8UA 3J7YP 3BZKA 3TAPA 3BEXA 2HVIA 2VWKA 1HKCA 3WXJA 3ZEUA 1JLAA 2D0AA 3ID6A 1M1KO 3TI0A 2HBKA 4JI8K 5C42A 1HJOA 3ULEA 1A5VA 1N8RO 4BRMA 1NK5A 2D0BA 2JWLA 1RT6A 3O3HA 3QICA 2VWBA 4OKEA 4OVLA 5E41A 1UA0A 4C23A 3CETA 4ID1A 4NLBA 1YI2N 4DR2K 4H4OA 2VYPA 4FM1A 2IS3A 4IEEA 3DRPA 1U49A 2HHVA 1BCMA 4FJXA 1VRUA 5KGXA 4RTFD 2FF6A 4IJNA 3ZSWA 3VEXA 3BY5A 5C15A 3QB0A 1NGHA 4H0OA 4DTOA 4DUYK 4DV0K 4EAHD 2CH6A 2G8VA 3FZKA 5LJVA 2IGIA 1HUXA 2QWMA 5IWAK 1IBMK 3SUOA 1KAXA 4FWNA 3KJVA 3HT3A 2VG6A 2QXLA 4X64K 3AVBA 2P9NB 4CF0A 3QNNA 2G8HA 4RW9A 3D2EB 3AVMA 3E9OA 3VF4A 4PL8A 4BRDA 3KTQA 4LF4K 2NLXA 1BHLA 3MXIA 5I3UA 4IDHA 2AA4A 4ZHRA 1K9MO 5ADXH 2E2NA 3HM8A 4C8MA 4CHYA 4B9LA 2RKIA 3V6DA 3M8SA 1ZBHA 2GWJA 3AGKA 4B1WB 3H1VX 3HSTB 4B9SA 2IOCA 2HBMA 1C0FA 4JI2K 4H5RA 3PIPL 3OA9A 2KFNA 1VRTA 4KFBA 4HUEA 4DQSA 5TKYA 4AHVA 5C2DA 3OBWA 3SAGA 1DTQA 3OYIA 5E84A 1LWFA 4CW7B 5FRNA 1IG8A 3CFRA 2XY6A 1T3VA 3C65A 3PX6A 3L3VA 1TUUA 5KI6A 2Z1JA 2FSKA 3C6UA 4IBNA 3O3FA 1J5EK 3K9KA 5BPNA 4EHUA 2AJQA 2E1YA 1C0TA 2D4WA 5AQSA 3VESA 4A2AA 4O5BA 3K5OA 2UXCK 4DV6K 2OPSA 3NF7A 4IXCA 3T69A 2QKBA 3L4QA 4BR4A 4JS4A 3SJHA 1A5WA 3SQ4A 2IDOA 3ZT3A 4DLGA 2HHHK 2Q2RA 1Z25A 4QAGA 4CERA 1QHAA 4K42A 1HQEA 4N47A 3HVTA 3VEOA 3FZFA 4DFJA 3ZX3A 1XMQK 2I7PA 3T3FA 3QEXA 1Q86O 2GWKA 4IJAA 4BG8A 4C8LA 2YKNA 3LDQA 1XHZA 4J2BA 2V7ZA 5SZTA 5F2RA 4FWOA 4FPBA 2P9NA 1NMDA 3RMCA 4FW2A 4QS9A 4BRQA 4KREA 3VF2A 3RR7A 1RTIA 3CYMA 3EZWA 4OPHA 4DG1A 3DLHA 5EU7A 3G10A 4DHYA 1HNIA 3ISNC 3TSUA 1U04A 2IVOA 3K5LA 3DXMB 2W41A 4K25A 2QWLA 4CFBA 3OYGA 1RFQA 4PKGA 3OW2M 4WQ4C 2P9IB 3MWPA 4F2SA 1N33K 1HRHA 3CJ9A 1YITN 1KRPA 3VQBA 2F8TA 2A6AA 5AQJA 3AA5X 3MX2A 1J53A 4CIFA 2Y1JA 4JRPA 3MN9A 3MN6A 4FW1A 1T6DA 2HHXA 4FSVA 2X6SA 3LDSA 4AHUA 5C12A 3GBTA 3QINA 4YOWA 4CGDA 1H1VA 4ILJA 3U9ZA 2QK9A 3V9ZA 3B6OA 3K5MA 3WEEA 1VQON 1TL1A 1NU0A 1Q18A 5KRSA 1M90O 1JCFA 5GIOA 4BR0A 3W3DA 1C0MA 1VQ9N 4CGHA 2NRZA 3BUZB 3OBYA 3PO5A 3KHYA 2YCHA 2VQEK 4CIEA 3KWGA 5LY3A 1N5YA 5GIPA 1GLEG 3JYTA 2EWSA 3T7ZA 2E4LA 1RT7A 4FO0A 1N6QA 3DLRA 1N36K 1VSKA 4DV1K 1Y97A 4GVMA 4FLWA 4HCBA 4DSIA 2ZM6K 3HM9A 4B9MA 4LSNA 5GADP 3FLCO 4B9QA 2XO7A 4QOZB 3E01A 3LAMA 4MO5A 4DF8A 5CZ2A 3TTCA 2JLEA 4A5BA 4I2QA 3WNGA 4MLEA 3SMPA 1RT3A 3KWIA 1QQOA 1KAZA 2G8WA 4WFBL 2DFHA 2KKZA 1RDWX 1VQMN 4AM7A 4BDYA 1NGJA 2A5XA 1GOCA 3IMXA 2UUAK 1RDCA 3G4SN 3DLGA 2YNGA 1XUPO 1XQSC 4KTWA 4GVEA 3C6HA 1EKEA 3O4QA 2DPNA 2XY7A 1NGGA 2I7NA 3M8PA 4EIAA 3H08A 2V51B 1TKZA 4M3ZA 1TYQB 4FYDA 2GUIA 5HBMA 3NF9A 3EKSA 3MN7A 4CZGA 4DWIA 1MA9B 1NGCA 3MEGA 3TTDA 2UXDK 3DXMA 3SNNA 4KHNA 3THWB 3V9XA 3HRGA 2D1KA 3K58A 1JLEA 1QQNA 1HKBA 4FWQA 3VEZA 3OYFA 4FJ9A 1NJZA 3VA0A 5F0XA 5LJWA 1LWEA 3VTIA 1VQ7N 1BDGA 3G71N 1D9DA 1FK9A 1HJRA 1HNVA 3H46O 1RTHA 4IDKA 3RMBA 1YUWA 4NCAA 2VGMA 4CJPA 4FLYA 4CEQA 1NKEA 3CMEN 4BR2A 1J5OA 3C0BA 4CD1A 3D0PA 1FKPA 3O4WA 4JRQA 1C6VA 1NM1A 1U6ZA 4GMJB 3FGUA 5BN9A 3MWTA 1W0HA 3F9MA 4JI0K 3R6MA 4RW4A 2YHYA 3R1XA 2OCEA 1JL2A 4BRFA 3NHGA 1YTUA 2QM1A 3HTVA 1SKRA 5AZIB 3S41A 4Q5VA 4O4GA 4U67L 4FOIA 2UXBK 3KLIA 4O0IA 4FLVA 1K73O 3SUQA 1U45A 4BE2A 5HP1A 3SBTA 4BRHA 1IG9A 4H03B 4BDZA 3O6WA 4DR1K 4FZZA 2ZJRL 3MXMA 4RW6A 1I94K 3O9RA 3ZT4A 3P5JA 3VQEA 3NBPA 4FM2A 3OY9A 3CJBA 1ITGA 4PL7A 4DS4A 3FE1A 4CGFA 4M7YA 2X6NA 4IOAL 4R5PA 4Z94A 3VMFB 3NVKA 2P9PB 2E2QA 3NDKA 4CECA 4RWTA 3C7NA 3VA3A 4B1ZA 3RR8A 2UUBK 4LF8K 4WE1A 2NRVA 1GLFO 2IVNA 1IKYA 1RCHA 4WFAL 4ELTA 2KFZA 3LDOA 3EO3A 3KK3A 5FPNA 2WBNA 3OS2A 5EY4A 4DQIA 5HRNA 3ZX0A 4A5AA 4BR5A 1YJNN 1BA1A 1BIUA 1ZBSA 3N4PA 3OYNA 3AVHA 4FCYA 4FPAA 5BN8A 3ASMA 2B4JA 3O3GA 1WAJA 1TYQA 3O80A 1S6PA 4IEIA 2F96A 2HNYA 3K59A 4FLXA 4MLHA 3AVGA 1TK5A 4A61A 1RGIA 4B8CA 3WQTA 3CD6N 4LH4A 3ULEB 1ZXOA 5E26A 2A1SA 3A5MC 4PKIA 5AQIA 3LZIA 5C0YA 3T1HK 4MO4A 4BE1A 4DTMA 2OZSA 4XEIA 4B1VA 1NJXA 2YKMA 1EXQA 3CCVN 2NZTA 3O08A 4OLBA 5CYQA 1BU6O 2NRXA 5KTQA 5HROA 3NMUA 3O1BA 2YV0X 5AQWA 4JI4K 2P9LB 3SYZA 4B08A 1IV0A 5AZIA 4FLUA 4CJSA 1NJYA 4DU3A 4HUGA 4MDBA 3ITHA 5J2PA 4JD2A 2P9SB 3G6EN 1D8YA 2PAVA 3AARA 4FL9A 5CE3A 4M7XA 5K14A 4EP4A 3PLAA 1RTJA 3UKRB 3WUHA 1MDUB 3L8BA 4KKOA 1KLNA 4B9VA 4H4MA 4WQ5A 1BA0A 4OPKA 1GLAG 4E19A 2OPPA 3M5RA 3VQCA 4C1NI 4AH9A 5AR0A 2W6KA 3R8EA 2QWNA 4BRAA 4FZYA 3O1WA 3OYLA 3S3MA 1V4SA 3DWLA 5JMVA 4DSKA 4FVUA 4GKKK 1VHXA 2QTDA 5GAGP 1HNWK 1J54A 4K41A 4X65K 3OS0A 1XMOK 1DEJA 1T6CA 3CERA 4H0VB 3QFUA 3DXKB 3KVGA 1ATSA 2J4RA 3IAYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CEA A;  1BCO A;  3E9P A;  1TAU A;  1JJ2 M;  3DYA A;  3LAK A;  2GEM A;  4HHT A;  1X1P A;  1RT4 A;  5AQF A;  3I56 N;  2B5J A;  2HND A;  3AA4 A;  3L4I A;  1XC9 A;  1GLL O;  3JAM O;  3A8Y A;  1NOY A;  5BPM A;  3LP2 A;  2WTU A;  3P1G A;  3A5N C;  3O9U A;  4J2A A;  4DR3 K;  2ZF5 O;  2OPQ A;  4GNI A;  4CED A;  1N32 K;  3KD5 E;  4LFB K;  4YOY A;  1ASU A;  4UQG A;  3D2E A;  1NGI A;  2E20 A;  3HL8 A;  3NH0 A;  4DSL A;  1UA1 A;  4BGA A;  1VSE A;  3PSF A;  4CIG A;  2A41 A;  3U3Y A;  3DJC A;  3RVC A;  4DF4 A;  2HHQ A;  1NJW A;  4CES A;  4W5T A;  4CGI A;  1KTQ A;  3QIO A;  5CR4 A;  4CJR A;  4DR4 K;  1K6Y A;  4BRE A;  4CJ3 A;  2O8B B;  1VQL N;  4OLA A;  3AVL A;  3OYH A;  2E2P A;  1JLG A;  2NRH A;  1UAX A;  4BGB A;  2HBL A;  4A2B A;  1S9E A;  3SAH A;  1B9F A;  3SJJ A;  2BTF A;  1NGD A;  4JEP A;  3WNH A;  4DMN A;  3MCP A;  4DV4 K;  3SQ0 A;  2HBJ A;  4FVM A;  4DTP A;  4I9Q A;  1B9D A;  1LW2 A;  3PY8 A;  3SBG A;  4YOU A;  2FXU A;  3LAL A;  4CZF A;  4YOR A;  5EXW A;  2V7Y A;  4YOT A;  3NGY A;  3QLH A;  2YI1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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