1VQP | Genus

Total Genus 48

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	48
sequence length	186
structure length	186
Chain Sequence	ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule keywords	23S ribosomal rna
publication title	Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction. pubmed doi rcsb
molecule tags	Ribosome
total genus	48
structure length	186
sequence length	186
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-12-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
N	PF17144	Ribosomal_L5e	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	1vqpN00

3G4SN 4U67L 3OW2M 1VQ7N 2QEXN 5DM6L 3CCRN 3CCLN 1QVGM 3CF5L 1VQON 2OTJN 2QA4N 1M1KO 4WFAL 1YJNN 1VQKN 3PIPL 5H1SQ 5HL7L 4UY8O 1VQ8N 1W2BM 1N8RO 1OVYA 3CCEN 3CMAN 2OTLN 4IOAL 5GADP 1QVFM 1YHQN 3CC2N 3CXCM 1VQNN 4WFBL 4IO9L 3CPWM 1VQ9N 1S72N 3CCVN 1Q86O 1Q81O 3CCUN 1YJ9N 1M90O 3CCJN 3CC4N 1VQPN 1KC8O 5JVHL 1Q7YO 3CCQN 1YJWN 3CD6N 5JVGL 5GAEP 3PIOL 3G71N 1JJ2M 4WFNL 1Q82O 1ILYA 1NJIO 3I56N 4IOCL 5MLCQ 1YI2N 1YIJN 1VQ6N 3DLLL 1VQ5N 3CCMN 3CMEN 1K73O 2ZJPL 1KQSM 3J7ZO 1K8AO 2ZJRL 1KD1O 1K9MO 1VQLN 4WF9L 4WCEL 1YITN 5DM7L 1VQ4N 3G6EN 5GAHP 1VQMN 3I55N 5GAGP 2ZJQL 3CC7N 3CCSN
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1SL0A 1RTDA 4U67L 4W5OA 3HK2A 3WXIA 4J2DA 1X3NA 5C10A 3L2QA 2O8DB 5AQKA 1RGIA 3VETA 1BCMA 4B9TA 4AHCA 1Q8IA 2QA4N 2IDOA 3TABA 3RR7A 1G15A 4I6MB 4BRPA 1VQ8N 4RCHA 3ZSZA 4FW2A 4B1XB 4N56A 4GNIA 4Y1CA 4FWPA 1KVAA 2ZM6K 4KHWA 3CQYA 3CMAN 1KVBA 1KTQA 1CZBA 5KRTA 3ENOA 4DV4K 4XH4A 3O9RA 3ZSWA 1ZBUA 2OCEA 2Y1JA 4H03B 4PWDA 3OYHA 1BG3A 1LWCA 2I5JA 4WYBA 3UKRA 4CIGA 3BF1A 3V9WA 1T6DA 4CGDA 4RW4A 5BRDA 2IOCA 2QWPA 2QWLA 1T8EA 5J1EA 4CEEA 2KTQA 3P39A 5B8HA 4FZXC 3KKRA 1N32K 2ZF5O 5BPNA 2O4IA 5AZJB 4OPJA 1R59O 4B3MK 1S9EA 4I2QA 1QQOA 1TK8A 1VRTA 2XRIA 4GVEA 3AO1A 1HKCA 3CJ1A 4KHYA 3A2FA 1NJIO 3ZSQA 3WXKA 4BRNA 3Q7CA 4B3RK 3HOSA 4U7BA 3ZT1A 3OBYA 1VQ5N 4BGAA 4DR1K 3JYTA 3KKSA 4JNEA 1K73O 4DQSA 1D4XA 1ATRA 1NGCA 1BIZA 4E19A 2CGLA 5LMUK 1TGOA 3SUPA 4Z4GA 2DTUA 1VQLN 1SL1A 3LAMA 2ITMA 5AQYA 5D3GA 3QFUA 1OVQA 2KFNA 1XUPO 5AFUA 2PAVA 3V9SA 2FBYA 1HYZA 1OH6A 3Q7BA 1LAWA 4CGHA 3OYEA 4YY3K 4KHPK 4GKKK 3NF8A 4B9NA 1W0HA 1QVGM 1S1UA 1T03A 3AGRA 2X78A 2RE2A 5C15A 3ZSVA 4ZHRA 3I33A 5AQRA 5BR8K 5ADXA 4EIAA 1EO1A 4CJVA 1MU2A 2EWSA 4I6MA 4CJPA 1IKVA 3FFKB 1SZ2A 3TAMA 1IJJA 1IV0A 3WT0A 1IH7A 1HNVA 3SUNA 4IO9L 1LOTB 4AILC 4IDKA 3O6WA 3RMDA 1KSPA 3DRRA 4C8LA 5SZTA 1JLFA 3C6AA 4EP5A 2VQFK 3TAFA 4PKIA 3CFPA 3LALA 4BR5A 2YNIA 2IVPA 3KWGA 1Q7YO 4IKFA 4OKEA 5BN8A 1RBRA 2YHBA 4K41A 5JS1A 1T7PA 3QIOA 4BRGA 4M63C 4CJ3A 2A42A 1HR0K 4CJLA 4DV1K 1LW2A 1N36K 2W6KA 4EFHA 1FKPA 1BOTO 4F9OA 2D0BA 3QIPA 3VQ7A 1NGHA 1XNQK 3IDHA 1QZ5A 1W97L 4K25A 3AVLA 4RW7A 4JI4K 1NJZA 4OKJA 1VSEA 4M45A 2FLOA 4AHVA 5JMVA 3FLCO 3TPQA 4CESA 1G99A 4JD2A 4DU3A 1I94K 1TK5A 3VA3A 3DLBA 3QEXA 3L0QA 2ZQBA 4DFKA 2HHTA 4H5TA 3LDOA 1P90A 5CY4A 5GAGP 1O1WA 1HNIA 5FDLA 4FWNA 4H0PA 4CHPA 5AQTA 1HYSA 1IKWA 3AVNA 3O4WA 1JLAA 3KLFA 4FVUA 4HHTA 1NOZA 2Z1IA 3AAQA 3E66A 4NCGA 3KVGA 1VSFA 3D45A 4N41A 3ZT2A 3AVFA 1EXQA 3RMBA 3BGRA 2YV0X 3DLRA 4MDBA 4TSXA 4DLGA 3J81O 2I7NA 4QS9A 3VN5A 4FJHA 2VWBA 3HL8A 4EZ6A 4CF9A 3V9XA 1ZXOA 2HNDA 5AZIB 1S72N 2Q31A 3AA3A 4BRCA 4EP4A 3HXMA 4BC4A 1IKYA 4M3TA 4HUEA 4BDZA 4FLTA 4CJ5A 2A3ZA 5FPMA 2A40A 1NK6A 1YJ9N 4E7HA 1ASVA 3AVMA 3NFAA 2HHSA 1GLAG 3SAHA 3B6PA 1U4BA 4FJ7A 4HWIA 1LV5A 5GAEP 5ADXH 3GOIA 4WFNL 3RRHA 1U04A 2HSTA 3BY5A 1DLOA 4C8KA 4K42A 1S6QA 1NK9A 1XC9A 2P9PB 3VQQA 1WSFA 2Q0UA 4IOXA 3NDKA 4AQYK 5EU7A 1J54A 1NGDA 2RPIA 1JKHA 3MCAB 4CEDA 2HW3A 4PL8A 4MO4A 5KQ8A 4JKCA 3FE1A 1I39A 1CZAN 1TUUA 3H08A 1C1AA 1HNZK 4X65K 3O9UA 3OVNA 2O8BB 1QHTA 1WN7A 2NRHA 2VGMA 2UYTA 1RBTA 4YDUA 4KREA 3TU5A 4B8CA 4ELUA 2V7ZA 3J8AA 4HUFA 3CJ9A 4BREA 4QCLA 1T6CA 4DQ8A 3WXJA 5GIOA 4RTFD 3VTHA 3CFRA 2VG6A 2GBZA 2UUAK 2FBVA 1HUXA 4N47A 3LP3A 3ULEA 2QEXN 4RW6A 5KRSA 4DR4K 1SQKA 4CHQA 4OGCA 3UKUA 1RDWX 3O08A 3ZETB 3QEIA 2OTJN 3OYKA 4WFAL 3FZLA 4PUOA 3DOKA 3VF4A 2B4JA 4LC9B 2O4GA 3NGYA 3RVCA 4CJ4A 4DSFA 3OS0A 4FK2A 2OTLN 3VEOA 3SBTA 1LW0A 4M7XA 2D1KA 3VESA 2G8FA 3SI6A 4KHQA 4LY7A 4K8XA 2HHVA 4FYDA 3QNNA 4BRFA 1RDUA 2V51B 4JI6K 1NGJA 2B6AA 2EHGA 5AZIA 5CYQA 4CZEA 4ISEA 1HRHA 3VGLA 2OPQA 3K0SA 4FL9A 3SMSA 4LF6K 1BHLA 3VEWA 1B92A 3TAGA 3PUFA 1HX1A 3V9UA 3K57A 4O5FA 1GOAA 1GOBA 1NJWA 5F0XA 1ZYQA 3ATVA 5CYMA 1XC3A 3C65A 4Z4HA 3KLHA 4JKGB 1K8KA 1B9DA 2QXLA 1JLCA 3RR8A 4IOCL 3DI6A 1KVCA 3VQPA 2P9PA 1WBBA 2WONA 3CCMN 4DF4A 3HJFA 4AHRA 4BRKA 3ZEUB 1S5JA 3H3NO 2QKBA 1VRUA 1YUWA 1L5UA 3OYCA 4Z4EA 4JAXA 4BDPA 2G8WA 4C1NK 5DM7L 4B1ZA 4DR7K 5BPLA 3MX5A 4DSEA 5KI6A 1BDGA 4F4KA 3THXB 2IVNA 2XY8A 1EX4A 3KJVA 3PO4A 3ZSYA 4H0TB 3K59A 1RTIA 1W9HA 4M3ZA 1L3VA 1JCGA 4BWJA 4DF8A 1VSJA 2FF6A 2QWRA 3LWMA 1S22A 1SKSA 1NGIA 4JKFA 5AQGA 3OHRA 2XHBA 4DR6K 1U2VB 1RNHA 4FWQA 4FLUA 3AVKA 2E6LA 4O44A 4B9QA 4PHTX 1BI4B 4JS4A 1YTUA 2W41A 3VQ9A 3V1RA 1QHAA 4CFDA 1WOQA 1T05A 1YHQN 2E2OA 4CGGA 1RT2A 5HP1A 3QDKA 1HJOA 4JV5K 2FBTA 4JHDB 5F2RA 1SUQA 3PSIA 4BR9A 4CD3A 1Q86O 2ASMA 2RHKA 2VG7A 2E1YA 3CQXA 2D0CA 3LP0A 4NYFA 3VOVA 3S3NA 4DFPA 3FZHA 3K5OA 2HHUA 2NRXA 1N33K 2Q0RA 3G71N 4JI2K 4QAGA 1RT7A 2GX9A 3ZYYX 4DKWA 1GLEG 4CJEA 3WNGA 1IBLK 1QSLA 4CCHA 3KD5E 3HZ6A 4K8ZA 3EY1A 3LPUA 2WTUA 4JI0K 1EQYA 3TR8A 2ZJPL 1NBWA 1GLFO 4KHUA 1I3AA 2JGUA 4FLXA 4JKDA 4DTOA 3DOLA 2QTDA 1GLJO 3TSUA 2ZJRL 3TTCA 2YJEA 4NYNA 4DQRA 4C1NI 1XMOK 1WBDA 4B3TK 3ID6A 4DR2K 3G6EN 2V7YA 5KGWA 5HBMA 1CZ9A 2KW4A 3U9ZA 3G0ZA 5AQZA 3EEQA 3E9LA 3SPZA 3CJAA 1L3SA 2O8EA 1ASWA 1XHXA 3D7EO 1VQ7N 3A8YA 4KH6A 2VCPA 1ASUA 4JYAK 2RKIA 1E3MA 3SJHA 4O0IA 3OYIA 1Z6RA 3K58A 4C8MA 3PX0A 1M1KO 3AVCA 3I8DA 4DTPA 1C0MA 1VQKN 4FOIA 1O13A 3SK3A 1C6VA 2BH1A 4IG3A 4UY8O 5AQIA 2FSNA 2OYQA 4FZZA 1U2VA 4DV3K 3KHYA 3OA9A 5CZ2A 4E0DA 2ASOA 4BY9C 1NM1A 3ZX2A 3GE1A 1CXQA 1HQUA 3V1QA 3NH1A 2QW9A 1MWMA 2YKMA 1BQMA 4FCYA 3OTOK 1QE1A 3SZ2A 1S1XA 4CE9A 2PFUA 4CGFA 4JHDA 4IO8A 3CCVN 3BZKA 2YNFA 4BVOA 4FW1A 1FK9A 3DXMA 2P9KB 4BRMA 4Z94A 1YTAA 4H0OA 5E26A 3QEPA 4IFEA 5BN9A 1WUAA 4KO0A 4QS8A 3THVA 4BRLA 3HP6A 3PIOL 1S1WA 1EWQA 1OKJA 1GLLO 3SQ0A 3R6MA 2XO7A 3NCIA 3IS9A 4YORA 5CHIA 4ILGB 3C6UA 2FC0A 2G8KA 5EVZA 1D9FA 1RT6A 1KAXA 3C6TA 3ZT4A 4JRPA 2KFZA 3MEGA 1GLCG 4BWMA 3TAQA 1Y97A 3D2FB 1CXUA 1TYQB 2ZWHA 2DFFA 3J80O 3U3YA 3GDQA 1ATSA 3CG7A 2IIRA 4DFMA 4FJNA 1RFQA 2UXBK 1TKTA 2X74A 4WF9L 4WCEL 1SS6A 5LY3A 3PLAA 4FLVA 4BG9A 1WSGA 2OANA 4K0KK 1KLMA 4WE1A 2O8CA 4CFCA 2BE2A 3QINA 2HNZA 3NF9A 3G4SN 3VEXA 3HOTA 5BRFA 4GW6A 3OW2M 4IJNA 4CF0A 4MO5A 2X6NA 4K43A 4CZKA 2P9IA 4B9SA 1A5VA 3DLKA 2O8FA 3QLHA 5HRRA 4J8FA 1WAJA 3AV9A 3O4QA 4FK0A 1NK4A 4AM7A 5LL6Z 3SCXA 3MWPA 3MEEA 3V1OA 1SKRA 1OH7A 4JKHA 4CIEA 3HM9A 4DUYK 3NGZA 1TKZA 5C2FA 1TKXA 3DYAA 3F5TA 5J2NA 3EL2A 3GBTA 3NGIA 1NK5A 3QEVA 1VQ9N 3AA4A 1BUPA 2O8DA 2HVIA 1Z05A 2NUBA 1CLQA 4NCBA 5AQPA 4KB0A 4IXCA 3PX6A 2OPPA 4L8RB 1QQMA 3QETA 4YOXA 3THWB 3CCQN 4JK7A 4V19S 1NGGA 1LWFA 3AVJA 3A5LC 4JKEA 1MA9B 4DV0K 3AVBA 4MQ3A 1IG8A 1TL1A 3N4QA 4O8KA 4CEQA 2CH5A 4MDAA 4J2AA 5CZ1A 2XY5A 4C8NA 2WUSA 3VQ4A 2Q97A 2YHAA 3MMVA 1BQNA 3P83D 1ATNA 4ID5A 1XQSC 3AO2A 4FO0A 4OLAA 1RBUA 1UOCA 1J9AA 1XI1A 4FWMA 5AQLA 3CJBA 2JWKA 3CFOA 4OJRA 3E1YA 3IFRA 1WAFA 1ZBLA 1YXQA 1U47A 4B3OA 1T44A 4B9VA 5AZJA 3SYZA 3D2EB 2OZSA 4ZTJA 2E2PA 1YITN 5M1QA 4CZGA 3SV4A 3OY9A 4QOZB 3PV8A 1UA1A 4H5NA 3WEEB 3O3FA 4FJXA 5AQXA 2F4VK 3QFPA 4AHUA 4KI6A 4FLZA 2YKNA 3CPEA 1QZ6A 3DRSA 5EY4A 3R1XA 4YOYA 3CJ7A 2QWOA 4LF7K 2GUIA 2DY4A 4BE2A 4B1WB 3FFIA 1RBSA 3UIQA 1FW6A 1YJNN 3LM9A 3MXIA 3WNHA 3ZSOA 4KH4A 3ITHA 2ASPA 3G10A 2Z1HA 3O8MA 1NK0A 3QO9A 4JK8A 1BISA 4X66K 2PY5A 3QB0A 2BDPA 2DPNA 3O1WA 5AQWA 4Z4FA 4YNQA 4O0JA 1VSKA 2NRRA 3QNOA 4DV6K 3NF6A 4CGIA 3T1AA 2YHWA 4FJ5A 3VEVA 1Q81O 1OH8A 1D8YA 3MN7A 4ELTA 5LJWA 2VWKA 1RT5A 3IUCA 2A1RA 2JWLA 4CZMA 2KZMA 2ITGA 4IJAA 3WQUA 4F2SA 2QI2A 3MK6A 3KK3A 3ALYA 2BUPA 3LL3A 3CQ8A 4GKJK 2YHXA 3THWA 4H5RA 4Z4IA 4IG0A 1NKEA 1KAZA 4KB1A 1HNWK 5AFUH 3IRXA 3P4IA 3PX4A 3C7NB 2G8HA 4J2EA 4BRAA 3I56N 3GL1A 4CEAA 3V6DA 3N4PA 3HSTB 1S9GA 3CM5A 2ATQA 2F96A 4BR2A 4LFBK 4FWKA 3OS1A 5AQVA 4DS5A 3PY8A 3TTFA 5E41A 3J7AP 1OH5A 5IT9O 3CERA 3EE9A 3VQ6A 2GV9A 1S6PA 3S3MA 2HHHK 2P9SB 3CM6A 1DT9A 5I42A 4EHUA 3KTQA 2UXDK 1VQMN 5E84A 3OYBA 3LZIA 4DSLA 3LAKA 2I7PA 2EX3A 5IWAK 5I9EB 2QWNA 3H46O 5HOOA 4EHTA 3WEEA 4JS5A 1TV6A 3AGKA 3H1QA 1X1PA 5HRPA 4M41A 5DM6L 1H1VA 3L4IA 3RSEB 4CJSA 3CF5L 1SAZA 5GIPA 3BZCA 1TL3A 3CHWA 4KHNA 4O8UA 3CETA 3O3HA 4YOUA 4WQ5C 1NGFA 4BR7A 4C23A 2YJFA 2A5XA 5KGXA 3HTVA 1GOCA 3HRGA 3HBTA 2RF2A 3MN9A 5AQOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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