4CJQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjqA00
4OGCA 3ZSXA 4DU3A 2OPQA 3VQ6A 4B08A 4LH5A 2G8WA 3RRGA 4BDPA 4CGFA 4CHOA 3JYTA 4DTNA 2E6LA 4W5NA 3NAEA 4CECA 4RW7A 1N6QA 2ATQA 4CF2A 3KLFA 1NJZA 1HNVA 3O4NA 2B4JA 1YVUA 4KKOA 4RG8A 3VQ5A 3MXIA 3OYLA 1KVAA 3K5NA 3F9KA 1BL3A 4O55A 5HP1A 3O3GA 3I8DA 1QQCA 4M3WA 3MEGA 4DTOA 4HUGA 3K59A 3VQ8A 3LP3A 5SWMA 2DFHA 3DOLA 1IKXA 3ZSVA 2HMIA 4FVMA 1TV6A 3HXMA 2OA8A 4AHTA 4OVLA 5KGWA 2IDOA 3LAKA 4E19A 4O4GA 4KHUA 4LH4A 4DTSA 3ULDA 2A1RA 4DLGA 1NKBA 1NKCA 2PYLA 4CFAA 3UIQA 4UQGA 1TK8A 4FJIA 4L8RB 2GBZA 2HHUA 2RN2A 4CE9A 1ASWA 1VSKA 3AVAA 3SNNA 1S9EA 2BDPA 4C8LA 4AHVA 4N76A 4KTWA 3QEVA 3ALYA 4NYNA 1HYZA 1SV5A 4OKKA 3V9WA 1Q9YA 1BHLA 3LAMA 3M8RA 2R7YA 4HHTA 3MEDA 4DTXA 4DTPA 4BDZA 1QTMA 4B9LA 4I9LA 2IAJA 3HPOA 1RTDA 1TKXA 2P5OA 3TI0A 3ZCMA 3PX6A 4HUEA 3ZT2A 3HPGA 4O0IA 5HROA 1IKYA 1I3AA 1NK8A 2G8HA 4FZXC 4DFPA 1HQEA 1VSMA 1RT7A 1UWBA 2YNGA 4EP5A 1NJWA 3LP0A 4IG3A 1Q8IA 3WNEA 4CJKA 4DFJA 2KZZA 1BIZA 1K6YA 2O4IA 1HMVA 1NK0A 1T7PA 2VG5A 1RBRA 5KTQA 1SUQA 1JLAA 3AO2A 2A1SA 4ID5A 3OYGA 3OS2A 3VQ7A 3LANA 4GVMA 4DQRA 1GOAA 3RMDA 4HCCA 2ITGA 2KW4A 1N5YA 1VSHA 3ZSOA 2QKKA 2OPPA 4AHSA 5EU7A 4FK4A 1RT6A 5CY4A 3TABA 5C42A 4PQUA 2ZQBA 3LWLA 1A5VA 1VRTA 1RNHA 4KTZA 3V81A 4F4KA 4IKFA 4H4MA 4CF8A 1RTHA 2Z1IA 1W9HA 5CZ1A 4I9QA 3WNGA 1UOCA 4CFDA 3KK2A 1U47A 3I0RA 1I39A 2FBXA 2HVHA 4M3RA 3SI6A 4CJSA 3OYMA 1FKPA 3ASMA 3U3GA 5SZTA 1R0AA 4FJLA 4FJ8A 4E3SA 3LP1A 4F3TA 4J2AA 3VQEA 3QEPA 3DLEA 4M3TA 3T19A 4Z4HA 4FLYA 2OPSA 4N56A 3NF8A 4FK0A 1A5XA 1F21A 3C94A 4KHSA 4OKEA 1U49A 4DSEA 5J2QA 3DLBA 4DSIA 1VK0A 5K14A 3CFOA 1J54A 3AVLA 3OYKA 5FROA 4KHYA 4KTQA 4KV8A 3RR7A 1TK5A 1MU2A 3AVNA 5HLFA 1EP4A 3HJFA 1RDBA 3AVFA 3DLRA 4BWJA 3VN5A 4CHYA 3CM5A 1NJXA 3KD1E 2KFZA 2DY4A 3D45A 3K2PA 5CYMA 3HVRA 2QKBA 1RT1A 1ITGA 4DG1A 2G8VA 5HRRA 1BCOA 3L2WA 3L2RA 4HCBA 1FXXA 1NK9A 4DF4A 3SQ0A 3V4IA 4G1QA 4J2DA 4KAZA 3EYZA 4CFBA 4OPKA 3TAEA 4FLXA 2XO7A 3V9UA 1EKEA 3L2UA 3IG1A 4DTUA 1NK7A 2YNIA 1RBTA 3B6OA 4WE1A 2FBVA 2NUBA 4O0JA 4OPJA 3PV8A 1ZYQA 1BGXT 4DQSA 1XHZA 1KVBA 3RWUA 3RMCA 2HHXA 4CEQA 3MXJA 4E7IA 4DMNA 1TKDA 2PYJA 2RPIA 1WLJA 3NDKA 3C95A 3JSMA 3HK2A 5C24A 4ICLA 1WN7A 3DI6A 4DS5A 4FYDA 3AO5A 2X74A 3MECA 4Z4EA 1SL2A 3DMJA 4CGJA 1C1AA 1RDDA 4NCAA 1TL3A 4PUOA 4FM2A 3AV9A 3NF9A 2RF2A 1RILA 4CEOA 5HRSA 3LPUA 3AVIA 1NK4A 4KI4A 3P83D 3SV4A 3KLHA 2XY5A 2Y1IA 1LAWA 1CZBA 1C0TA 3KKRA 1ZBLA 3G10A 3OS1A 1XI1A 3OYIA 1NOZA 3DM2A 3KLIA 1QSSA 1SL0A 1QSLA 2O4GA 1NK5A 3QETA 4LD0A 3V1OA 5I3UA 4C8MA 2YHAA 1O1WA 4NCGA 1X9MA 3AO4A 3TWHA 4CESA 1WAFA 3T3FA 1D9FA 4KI6A 3M8PA 3NCIA 2OZSA 3DOKA 2BANA 3QIPA 1LAVA 1X1PA 3SZ2A 1NJYA 2G8UA 4EZ9A 4KFBA 1KRPA 3LDSA 4FM1A 1Q9XA 2D0CA 3V1RA 2EX3A 3DLGA 3SUNA 1VSIA 1JXEA 1VSDA 3DLHA 1HJRA 4DTMA 1LW0A 4I2QA 4Y1CA 4CHPA 4OGEA 4CHQA 3PY8A 1L3VA 4YNQA 4FLTA 3P1GA 4FW2A 3DRSA 4M3UA 1U04A 4CEZA 2OPRA 3LZIA 3VQ4A 2HNDA 3P5JA 3RMBA 1SKRA 5CYQA 4OLBA 1JL1A 1HYVA 2LSNA 3IRXA 3S3MA 3ZT0A 4IFVA 3MXMA 1WSFA 3HSTB 3F73A 3SPYA 2Q3SA 4B8CA 4KRFA 5HRNA 1BISA 4JRQA 1XC9A 4E7HA 4FK2A 1ASUA 2XRIA 4JLHA 3QEWA 3PX0A 2IOCA 1JLFA 3PUFA 3QEXA 1HYSA 4JS4A 3HO1A 3ZSWA 3MAQA 2HHWA 3TR8A 4CEDA 5JS1A 4CIFA 1T05A 1B9FA 2KQ2A 3ZSQA 4DS4A 4C8OA 4N5SA 3TAGA 4CJTA 1GOCA 5T7BA 3L2VA 4FJHA 1QE1A 4O44A 1JKHA 3KJVA 2HVIA 4Q0BA 1NKEA 1KLMA 3OYHA 3AVJA 3NHGA 3D0PA 1KCFA 3BDPA 2Y1JA 4KREA 3NBPA 4CEFA 3SJJA 4FJMA 4TSXA 3AVMA 2Z1GA 1Y97A 2P1JA 1RDCA 4CJLA 4W5RA 3NH2A 3EZ5A 3AVKA 1B9DA 3K5LA 4BE0A 3VA0A 4DTJA 1L3TA 3SPZA 4DU1A 1CLQA 3L8BA 1S1TA 4RW6A 1FKOA 3HL8A 2RKIA 3AA3A 2IGIA 3TANA 4FJ9A 4PY5A 1L3UA 3VQ9A 2D5RA 2HW3A 1TK0A 1DTQA 4QOZB 3AA5X 3S3NA 2X6NA 2YNHA 3AVCA 3KK3A 3NFAA 1NOYA 2YHBA 3HT3A 1J5OA 1C0UA 2F8TA 4NCBA 4J2BA 1J53A 1XWLA 2D0BA 3DYAA 1TAUA 2DTUA 1LWFA 1JLCA 3CM6A 3K5MA 3O3HA 2XHBA 1YT3A 1JLBA 2EHGA 4CGIA 4AH9A 4ELUA 1KVCA 2I5JA 4CIEA 2Z1HA 1KSPA 3PX4A 1KFSA 4CCHA 1WSGA 1QHTA 1BIUA 4ELTA 1SL1A 4AHUA 3LWMA 4PWDA 1KFDA 2F8SA 2GUIA 1BQMA 3KIOA 4MFBA 3V1QA 3FFIA 4DFMA 4KPYA 4CJ5A 3K5OA 4I7FA 3L3UA 4N47A 1ZBFA 3QEIA 4Y1DA 1HQUA 2W42A 2HNYA 4CJVA 3RR8A 4ZHRA 1Z26A 1BCMA 1REVA 3KD5E 1VSLA 3KLGA 3B6PA 2E4LA 4FJ7A 1SKWA 1YTAA 1T03A 1WAJA 5HRPA 4MQ3A 4M42A 3DRRA 1X9WA 2HHVA 4CJRA 4Z4CA 1S6QA 4J2EA 4HTUA 3LPTA 1G15A 4B9MA 2ETJA 4CEAA 4DFKA 1S6PA 2YNFA 3PO4A 3KK1A 3THVA 5FDLA 4RW9A 1RT3A 5J2MA 1JL2A 4EP4A 4FJXA 4KHNA 1D9DA 4XIUA 2GV9A 1IKVA 4OLAA 3O4QA 5HBMA 4I2PA 2AJQA 4BWMA 3SUOA 4DQIA 1C1CA 3VQAA 5DK5A 1TVRA 1HNIA 3OYNA 2WOMA 3VQBA 3OYDA 1W0HA 3ITHA 4DLEA 1SKSA 3KKSA 1RTIA 4H4OA 2X78A 3NH1A 4CK2A 4HUFA 3SUPA 5I42A 1X9SA 2HHQA 5FRNA 1VSEA 2QK9A 1LW2A 1S1UA 1A5WA 3NE6A 3SV3A 5C25A 3LALA 1WSIA 4B3OA 3ZT1A 4CK3A 4M3ZA 4CIGA 4F2RA 4DWIA 1S9GA 4DQPA 2KFNA 1VSFA 4O5BA 2JLEA 1LWCA 1RT4A 2DFFA 2YV0X 3WNFA 5E41A 4DQQA 1LV5A 4DTRA 3SQ2A 3ISNC 3PO5A 3QINA 3SYZA 4ZTJA 4Z0UA 3BGRA 1RBUA 3RTVA 4E7JA 1UAXA 4OKJA 2XY7A 4AHRA 1T8EA 2B6AA 4CK1A 2KTQA 1S5JA 4FM0A 1C6VA 3QIOA 1RBVA 3HYFA 1WSJA 4IFYA 1TL1A 2FC0A 3AVBA 3CG7A 4KO0A 3O3FA 3OYBA 3OYFA 1GOBA 1D8YA 4B9UA 4EZ6A 1B92A 4B8AB 1JLGA 4CGHA 5J2NA 4GW6A 2VWJA 1RT2A 2PZSA 4FJGA 4K8XA 4FZZA 1DTTA 1RCHA 4Z4FA 5KI6A 1QS4A 3OYCA 3VQPA 4BE2A 1KLNA 4DSJA 4W5OA 1JXBA 3TARA 1UA1A 1D5AA 3QESA 1BI4B 3AO1A 4C8NA 1NK6A 3QO9A 3QNOA 3HPHA 3TAQA 4K8ZA 1U4BA 1TKZA 1TKTA 1EXQA 3EY1A 4B9NA 3OVNA 1JLQA 2G8IA 1ASVA 4IBNA 1CXQA 1J9AA 4DSLA 1RT5A 2Z1JA 3NF6A 1EETA 1JLEA 2VG7A 4M41A 4CF0A 4KHWA 3DLKA 1VSJA 2G8KA 4E89A 4DSKA 4JS5A 3S3OA 4Z4GA 1IO2A 1WSHA 4LY7A 4CHNA 5KRTA 4Q5VA 3M8SA 3V9SA 1UA0A 4CJUA 3OYJA 3RMAA 1ZBIA 2OZMA 3V6DA 2E6MA 3V9ZA 2X6SA 1ZBHA 2IS3A 2ZE2A 3OJSA 3KLEA 4KHQA 2HB5A 4W5TA 4Z4IA 3CFPA 1DLOA 1WNSA 4CJWA 1EX4A 3HVTA 5J2PA 1YTUA 2P51A 2HHTA 3K58A 3HP9A 4E1MA 4DU4A 1VRUA 4FJ5A 1IH7A 4RW4A 3DRPA 3AO3A 4IG0A 4KB0A 2B5JA 4W5QA 3VA3A 4ELVA 3C6TA 3NGIA 4BACA 1IG9A 2XY8A 1QSYA 4M3YA 4FW1A 3TAPA 1C1BA 4B9TA 5JS2A 3SQ1A 4CGDA 4BDYA 1RBSA 4FLUA 3IAYA 1WSEA 4E0DA 1FK9A 1S1XA 1HRHA 3OS0A 2KZMA 4H8KA 4M45A 4ID1A 1BQNA 4BE1A 3LP2A 4CF1A 2QXFA 4QAGA 4CJEA 1U48A 3AA2A 4QCLA 4FJNA 3G0ZA 4N41A 4ZTFA 4CJPA 3AA4A 4PA1A 3NH0A 3CYMA 3VQQA 4CFCA 3C6UA 3KTQA 3HM9A 4FJKA 4JRPA 3M8QA 3ZSYA 1RDAA 4C8KA 3H08A 4OJRA 4CJ3A 2IC3A 2G8FA 2F96A 1TGOA 3U3YA 4E7LA 2WONA 4DSFA 3QNNA 3S9HA 1CXUA 4FJJA 3IS9A 4CJ4A 5DMRA 3QLHA 3U6FA 2P5GA 4LSLA 3QERA 1C0MA 4KB1A 3OY9A 1ZBUA 4R5PA 2JGUA 4B9SA 3L2QA 4F8RA 4FLWA 5CZ2A 4GMJB 2OYQA 3RRHA 3AVGA 1CZ9A 3I0SA 4NYFA 2YKMA 4M3XA 4CGGA 3CQ8A 2XY6A 2D0AA 1IKWA 3AVHA 3NGZA 2DFEA 3WNHA 1LWEA 4IDKA 3SUQA 4E7KA 3MEEA 5KGXA 1S1VA 2BE2A 4CERA 4CF9A 4YFUA 4B9VA 1BI4A 3ZT4A 1XHXA 2ZD1A 4CJQA 3OJUA 3TAMA 3OYAA 2VG6A 4FLZA 1L3SA 4LSNA 3K57A 2BGGA 4CEBA 4AHCA 3T1AA 4HVJA 3VQDA 1KTQA 2VWKA 3HP6A 3L3VA 4FZYA 3SCXA 1L5UA 3ZSRA 4DF8A 3A2FA 4FXDA 4RW8A 3VQCA 2HHSA 3E01A 1U45A 4F3OA 4E1NA 3TAFA 3CFRA 5D3GA 3LZJA 1S1WA 4FCYA 4CEEA 1HPZA 3SQ4A 4F2SA 3NGYA 4CHZA 2HNZA 3NF7A 3ZT3A 3OYEA 4FLVA 2FBYA 3V9XA 1TAQA 4CJFA 3ZSZA 2FBTA 1RTJA 2YKNA 5J1EA 4AILC 5FRMA 5KRSA 2PY5A 1Z25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NXMK 3FLCO 5IWAK 4DU3A 2OPQA 4H5VA 4LH5A 3RRGA 3SK3A 4BDPA 1D4XA 4DTNA 3P38A 4CECA 3LL3A 4CF2A 1NJZA 3O4NA 4RG8A 4KKOA 3VQ5A 3MXIA 5AQVA 1QQNA 1OVQA 3O3GA 3FR0A 3LP3A 1IKXA 1TV6A 2OA8A 5ADXH 4BQZA 3SLCA 2IDOA 2O8FB 3LAKA 3SMPA 4E19A 5LJVA 1HNZK 2PYLA 4DR7K 4CFAA 4UQGA 2HHUA 2RN2A 1ASWA 3AVAA 1QHAA 2BDPA 1HJOA 4NYNA 1SV5A 5AQMA 3VESA 4DTXA 3IDHA 2NRZA 3UB5A 5HROA 2G8HA 2O8CA 1VSMA 1RT7A 1U2VB 4DFJA 1Z05A 3VERA 2O4IA 1HMVA 1T7PA 1RBRA 4X65K 4ID5A 4GVMA 1NMNA 5JLFA 3ZSOA 1G99A 3FE1A 3N4PA 5EU7A 4BR9A 5AQGA 4JN4A 4KTZA 4CF8A 4MO5A 4WYBA 1RTHA 4B3SK 3ID8A 1W9HA 3CQXA 1UOCA 4JNEA 2HVHA 4U7BA 4M3RA 3OYMA 1R0AA 4FJ8A 3LP1A 4F3TA 3VQEA 3QEPA 3UE5A 3DLEA 1IBMK 4FK0A 3C94A 1NWKA 2QWRA 4BRAA 3CFOA 4H5WA 5FROA 4F9OA 3SAFA 4KHYA 5F1XA 3RR7A 3CCEN 5TKWA 4DV7K 5HLFA 3HJFA 1RDBA 2DY4A 3VN5A 4A62A 2O8FA 3JAMO 3K2PA 3UKUA 5AJ3K 5AQSA 2ASMA 1XMQK 3ZX0A 3MK6A 1BCOA 3D2EB 3L2RA 4H03B 3SQ0A 4K25A 3V4IA 4OPKA 2YX6A 1KC8O 1GLLO 3MN9A 1EKEA 1NK7A 4JKDA 1BGXT 3G6EN 4DQSA 1KVBA 2HHXA 2GELA 3RMCA 4CEQA 1GLCG 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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