1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
3CCJN 1VQPN 1Q81O 5JVHL 1VQ9N 4UY8O 1VQMN 3CF5L 1OVYA 3CCQN 1Q82O 3CMEN 3CD6N 3CMAN 3I55N 3CC4N 4IO9L 1VQON 1N8RO 1YJNN 5H1SQ 1YI2N 4WCEL 1JJ2M 1ILYA 4WFBL 5JVGL 1KC8O 2ZJPL 3PIPL 3CC7N 5GAEP 3DLLL 5DM6L 3CPWM 3CCEN 4IOAL 1YIJN 3CXCM 4WFAL 1S72N 5GADP 3J7ZO 1VQKN 1K73O 1QVGM 1VQLN 3CCRN 1QVFM 3OW2M 1VQ7N 4IOCL 1VQNN 2ZJQL 1VQ6N 4U67L 1Q86O 2ZJRL 1K8AO 5GAHP 1YJ9N 1VQ4N 3CCUN 1VQ5N 1Q7YO 3CC2N 3CCLN 3CCVN 3I56N 1KD1O 2QA4N 5DM7L 1NJIO 1W2BM 1YJWN 4WFNL 3PIOL 5HL7L 2OTLN 1VQ8N 3G4SN 1M90O 2OTJN 1M1KO 5GAGP 1K9MO 3G71N 4WF9L 3CCMN 1KQSM 3G6EN 1YITN 3CCSN 2QEXN 1YHQN 5MLCQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W97L 3NAEA 3VEZA 4EAHD 3UE5A 4JEPA 3EZWA 5JS2A 1NK6A 4FWOA 2CGKA 4KPYA 3A5NC 5KQDA 1WB9A 1Q82O 1N5YA 3JAMO 3QEIA 4YHHK 1HJRA 2OZSA 1FJGK 1DLOA 3KLEA 1W7AA 3J7AP 5EU7A 4WFBL 1TUUA 2ZWHA 2IOCA 2ZJPL 1I39A 2LSNA 4WQ4A 4GY2B 2JWLA 1S1WA 5LMUK 1LV5A 5C42A 4J2AA 4FJGA 4DR3K 2YKNA 2WUSA 4IOAL 3H08A 1KVCA 1EO1A 3AV9A 4QAGA 4CK3A 4PHTX 1OH6A 3AO4A 4CHOA 1RT1A 2UYTA 3DJCA 3U3GA 3SCXA 1VQNN 3QIOA 1WAFA 3AVAA 2KQ2A 1DTQA 3ZEUA 2WC9A 4ILGB 4YOUA 2QWNA 1S6QA 3H3NO 3VQQA 5ADXA 3CC2N 4DR1K 3CCLN 4O8UA 3T19A 4ELTA 3BZCA 3MEDA 3C7NB 1BI4B 2PY5A 3DI6A 4CJ7A 2QWOA 3E9OA 4JK7A 5T7BA 5C2FA 4BE0A 1T6CA 4FZXC 1C0FA 4CJ4A 3SQ4A 5HL7L 1X9JA 3R3LA 4M3YA 4FLUA 3DLEA 1HLUA 1XC9A 4FWQA 1NGHA 3HJFA 4BC4A 5LMNK 4DB3A 3S3MA 3CJ7A 2I5JA 4R79A 4O0JA 4HVJA 4N5SA 1ZC6A 4E7LA 3O3FA 4DQ8A 3V81A 3ZLJA 4H0OA 2DFFA 3WEEB 4BRAA 2O8BB 3QIPA 4H5RA 1HR0K 1RT5A 1S3XA 2HBKA 1R0AA 4W5QA 4O44A 3SBTA 4CZIA 1Z25A 1HNVA 4O4GA 5JVHL 2RKIA 3VQCA 4UY8O 4YOTA 1OVYA 5HROA 4RW7A 3LWMA 4O0IA 1SV5A 3N4QA 3C95A 3H46O 3O1WA 1HRHA 4F2RA 4AHCA 1QHAA 1SL1A 4DMNA 1BA0A 4BGBA 3M8SA 1J53A 1NM1A 1IKVA 4FJNA 1ILYA 1XWLA 2FBXA 3KZBA 1OH5A 1RDBA 3D2FA 1TYQA 4KHYA 2DPNA 4BDPA 3M8PA 2PZSA 2XY8A 3UKUB 4CBWA 3NGIA 1QSYA 3AVIA 3OYEA 2KHOA 3K57A 2DFEA 3ZSXA 3T1YK 1S72N 4IJNA 3SLCA 4GV9A 4BRKA 3H6EA 4BC3A 3VEVA 4DU4A 4V19S 1NLVA 1QVFM 2E2QA 2P9IA 4FWRA 3PO5A 4IOCL 5E26A 3AGRA 3DRSA 4JI0K 4BRMA 1B92A 1S6PA 3O4QA 3R9PA 1L3VA 4M7XA 3UB5A 4NCGA 5JLHA 1RDWX 4CEQA 1Q9YA 1DGKN 4YOYA 1BGXT 4GNIA 1ZBSA 3QBXA 4JRPA 1OKJA 2WBNA 1XQSC 4JS5A 4DFJA 4CESA 5BR8K 3MAQA 2ZD1A 1VQ8N 4N41A 4E7KA 1S1TA 5AQVA 1QQCA 4M3ZA 3TI0A 3EN9A 3O9QA 3HSCA 1I3AA 3T69A 2P9KB 4ILHA 3TANA 4B1WB 3OYBA 4WQ4C 1X9SA 1SL0A 3PSFA 3LDQA 2KFZA 3P4IA 5IT9O 1KQSM 3VQ4A 4CIEA 1IG8A 4DCHA 2QKKA 3THWB 1YHQN 4BDYA 1RFQA 4B9UA 5LJWA 4F4KA 5J2NA 4DS4A 4BE1A 3SV4A 3RWUA 2BANA 4Z4CA 1VRTA 4JI2K 3L2VA 2Z1IA 5AZIA 3V9SA 3ENOA 2F7TA 4DFPA 3WNFA 4BVOA 3V1RA 1SUQA 1KLMA 1SKSA 4FLXA 1BQMA 1VQON 4FK0A 4FWNA 1O1WA 4JD2B 3MX2A 1L3UA 1NMDA 4B8AB 1JJ2M 3KIOA 1XI1A 4DSKA 1RILA 4FLZA 4KKOA 2E2OA 2Q2RA 3E01A 4B1YB 1G99A 1LOTB 4JHDB 1YAGA 3ENHA 3P5JA 4H5TA 3OVNA 3AY9A 4DSJA 2QW9A 2E1YA 2E20A 1HQEA 1OH7A 5E41A 4FJXA 3A5LC 1KFDA 3FZLA 4DV7K 2FSNA 5GADP 3FZFA 3J7ZO 4FM1A 5C0YA 3WXIA 4RCHA 3SV3A 5HOOA 3OW2M 2G8FA 3VA0A 4CK2A 1WNSA 2QM1A 4PL8A 1GOCA 1KCFA 4OGCA 1U49A 4DSFA 3G25A 2QWPA 4DQIA 4BRGA 4NLBA 4M3RA 2B5JA 4FZYA 2IVPA 1VQ5N 1LAWA 1LWFA 3HM9A 2HBJA 4KREA 4MDBA 2HNDA 4CJ3A 4NYFA 3K2PA 2HBMA 2X6NA 2YCHA 5GIPA 1NK7A 5EXWA 4Z4GA 1JCGA 4BR0A 4EHTA 1NK4A 3VESA 1T6DA 3V9UA 5AQJA 2OTJN 5GIOA 5BPNA 3DXKA 1C0MA 1BA1A 4CJPA 3KVGA 1KAYA 1VHXA 4ID1A 3ZT0A 3LANA 5FPDA 3SUPA 1TAQA 4WF9L 1FKPA 2D0OA 4KAZA 1KAZA 4ZTJA 3G6EN 2W6KA 2NZTA 4JKFA 3CM5A 5KTQA 4XIUA 3CJCA 4BRQA 4G1QA 3CCJN 3LDPA 1WSGA 1WSJA 4RW8A 4XEIA 4HUEA 5AQWA 2YNHA 4CJWA 3PUFA 3PX0A 4Z4EA 4DR4K 3LZJA 4FLTA 4CGJA 3V1QA 4XH1A 4BR2A 4BRDA 2D4WA 4IDHA 1O13A 1SL2A 5AQIA 2HSTA 1W0HA 1MWMA 3AVLA 1C1AA 3B8AX 3CC7N 2PYLA 2W40A 4NXMK 4CD1A 1HYZA 3WNEA 4FLYA 2WOMA 2OANA 3ZT1A 2GTDA 2HBLA 5AR0A 3TTDA 3ZYYX 4DU1A 2WFBA 2HHWA 3HVRA 5FLXO 4JKCA 1VQLN 3C6UA 4I9QA 4KHSA 3HOTA 4DV1K 4IG0A 2NRHA 1VQ6N 4EHUA 1SKWA 3C65A 3OYHA 4QS7A 2QWQA 4A5BA 2HVHA 4BRCA 5GAHP 3KLGA 4H0TB 4M3XA 4OX9K 4JAXA 5BN9A 4BWMA 4CHZA 4H0VB 1U2VB 4RWTA 3PX6A 3VEXA 1KD1O 4I2PA 1IG9A 2D0BA 2W41A 3BF1A 5DM7L 4GKJK 4R5PA 1TAUA 4DSEA 1HYVA 4OPAA 2A3ZA 1BCMA 1RBTA 2P9LB 3EO3A 2GELA 4A61A 3C6AA 3LWLA 3D45A 3PV8A 3K9KA 4MO5A 3FE1A 4FK4A 4OGEA 3M6GA 3L4IA 2O8EB 4PA1A 3ULDA 2QXFA 4B3RK 2I7PA 2UXDK 4A2BA 3VMFB 3ULEA 4CIGA 1U4BA 3WQTA 4NB4A 5BPLA 3HM8A 5DMRA 5BRHA 4BDZA 3N4PA 2JLEA 3HT3A 4XH4A 2HF4A 3G0ZA 2YX6A 2GUPA 5CE3A 4N56A 5AZJA 1UOCA 4IKFA 4FK2A 1GLCG 4LFCK 1TL3A 3Q7BA 5LJVA 3MCAB 4IFVA 4WCEL 2D1KA 3F5TA 3RRHA 4NO7A 4Z4HA 3GDQA 4AM6A 1JLQA 3VEOA 3OBWA 5I9EB 1KAXA 5M1NA 4CGIA 3EZ5A 3HPHA 5BRDA 2UXBK 5I3UA 1NGGA 4Z4FA 3ITHA 4CEEA 4LF7K 4RW9A 3NH2A 4DV5K 3RR8A 2G8WA 4CJTA 4PKGA 3CJAA 3SUQA 1U04A 4WQ5A 3OYLA 1VSLA 4F2SA 1N32K 1Q9XA 1QSLA 1VSHA 4DTRA 1L3SA 4BRNA 3SAHA 4DR6K 2E6LA 4BR5A 4I7FA 2VCPA 4EP5A 3L2WA 3SBGA 1RCHA 1TKDA 3ZSVA 1RDAA 3VQ8A 2YNIA 4FSVA 4CHYA 2GWJA 3MEEA 4CJRA 2XY6A 4BC2A 4K43A 1BIZA 4LF4K 2KTQA 3KD5E 1BWFO 3DOKA 2D5RA 4H5NA 2HMIA 4LFAK 4B9LA 2F8SA 3QERA 3J7YP 2E88A 3O9TA 2QK9A 4B9NA 4KHQA 4AHVA 1VSIA 2V7YA 1CXUA 4DTMA 2ZM6K 3EY1A 1S1UA 2Q1NA 4IBNA 3THXB 4K8XA 2XRIA 3G71N 3SI6A 1ITGA 1KSPA 4CEOA 1TGOA 3O6WA 3CJ9A 1KLNA 2YNGA 5MLCQ 1WAJA 4CFDA 1BISA 1VAZA 4YDUA 2YV0X 3HBTA 4JKEA 2WONA 1NGDA 3O1BA 3NFAA 3ZETB 4OO1J 3T1HK 2UU9K 3K9JA 2YHXA 4KRFA 3FFIA 3FZKA 3CF5L 3GBTA 3ZSWA 4J2EA 1J5OA 4AHSA 3R6MA 2QWMA 5EX5A 1NGAA 3DRPA 3WXLA 3SUNA 1RT4A 1IKYA 3OYJA 4BACA 3VQ9A 3OS1A 3T3FA 1K8KB 1NKCA 4HWIA 4WYBA 2OYQA 3NDKA 3C94A 3UKRA 4H5VA 3WQUA 1HYSA 3CG7A 3M5RA 4DV0K 2Z1GA 2FF6A 4LD0A 2ITMA 3MECA 3BDPA 5FRNA 1ASUA 4CCHA 4RW6A 3AVCA 4DLEA 2HNYA 4GVEA 4PKIA 2AJQA 1Q86O 3HP9A 3AO3A 2D0AA 2BGGA 5AQXA 3NGYA 4KV8A 1LW0A 2P9NA 3EE9A 4KI6A 3RRGA 3KLIA 1Q7YO 5HRNA 1BHLA 3MN5A 3KK2A 2AP1A 3TAMA 1DTTA 4BR4A 1J5EK 1QTMA 2JWKA 3MMVA 4OPKA 2ZQBA 1C1CA 3D2EA 5AFUH 3L3UA 4WFNL 2E6MA 3IAYA 4FW1A 1KTQA 1BO5O 3PLAA 4L8RB 3CQYA 3DXMB 1T8EA 4NCAA 3TU5A 4CZKA 1NKEA 4CFCA 4CZMA 3KK3A 3R8EA 4E19A 4Y0WA 3DLKA 4JKDA 4CF2A 3O8MA 3SZ2A 1VK0A 4JNEA 5FDLA 4PWDA 4FLWA 4BG9A 1L5UA 1NK9A 1JLBA 5BN8A 1N6QA 4BQZA 2F4VK 2IIRA 3FLCO 3QEPA 1HKBA 4CF1A 3WNHA 3HOSA 2VQEK 4NXNK 3TAFA 2RE2A 2VWKA 4O8KA 2YHYA 3HYFA 4MFBA 4KO0A 1VSJA 4WQ5C 3J80O 5AQHA 3VTIA 4J2BA 3O3GA 5J2QA 3R1XA 2NRXA 3UIQA 5DK5A 1KXPA 5H1SQ 4DTPA 2P51A 4Z4IA 2QTDA 3SQ1A 1RDUA 5JVGL 3S3OA 2E1ZA 3LL3A 5KPTA 3OYCA 3VF4A 3LDOA 5KPZA 3CYMA 3BF3A 3A5MC 1BG3A 3NF8A 3TARA 4DFMA 3KTQA 4JKGA 3MXIA 1WSFA 3P39A 4FPAA 3RTVA 4MDAA 2GUIA 1ATNA 2A5XA 5KQ8A 1VQ7N 3LALA 3ZT4A 2FBTA 1RDDA 3J81O 1RBRA 1N33K 3ATUA 2HHQA 2DFHA 3JYTA 4HUFA 1RBUA 4K8ZA 2YHWA 4FJ9A 3AARA 4YDUC 1NGJA 2B6AA 4DTUA 2OPQA 5F0XA 3V6DA 3CIPA 1U47A 1JL1A 2O8CA 2VWBA 4LH5A 3RMDA 5FRMA 3NMUA 1TUYA 3ZSOA 1T3VA 3VQDA 2BUPA 3VA3A 3VETA 4CEBA 4CJEA 3U9DA 3HXMA 2HHTA 4M3TA 1UAXA 1XHXA 3NH0A 4BC5A 2UUAK 2P5OA 1VSEA 3V9ZA 3DLHA 1S9EA 4CEAA 2O8FA 1T44A 4OPHA 1K9MO 3ZX0A 1J6ZA 3I0SA 2A41A 2UUCK 2XO7A 4X65K 1BOTO 4IO8A 1BIUA 2P9SA 4B9QA 3FFKB 4CJ5A 3KKSA 3O80A 4QS9A 4DV4K 3OTOK 2XY5A 4FJLA 4OLBA 4DF8A 1YVNA 2ATQA 4DQQA 3VQ5A 3I55N 4FO0A 4CIFA 5M1OA 3L2RA 5BPMA 4BREA 1HPMA 4O5FA 3K0SA 3JS6A 4F9OA 1TKXA 3QESA 3CI5A 2P9UA 4DF4A 4CF0A 4BGAA 3K5MA 1HPZA 3HO1A 4ILJA 3DM2A 5M1PA 4YORA 1Q18A 4JS4A 3KKRA 3ZEUB 3LM9A 4BVPA 2Q0UA 3CFOA 4I9LA 4YOWA 3QICA 1Z26A 2HHSA 2ASMA 4A62A 3LP0A 4DTOA 1YTUA 3O08A 4CEZA 3RVCA 3HK2A 3KLFA 4E1JA 1GOBA 4IJAA 1BCOA 3DWLA 3W0LA 4HCBA 1TKZA 3OS0A 2RN2A 3LDSA 1K6YA 2OPRA 4FJJA 4C1NK 2BDPA 1OH8A 3FGUA 1Z05A 1U45A 4JRQA 2VG5A 2P9LA 1JCFA 4DHYA 1NJYA 2J4RA 4RW4A 3KWIA 3ISNC 5CYQA 1KFSA 4AH9A 1MA9B 2E2PA 2V51B 3ZSQA 2YJEA 3ZSZA 3P38A 4DR5K 1E4GT 2UXCK 3NBPA 3LZIA 2PAVA 5KI6A 2YHAA 1D5AA 3HP6A 1EETA 3V1OA 5F2RA 3K59A 3CCMN 1UA1A 4JI5K 3AVHA 4I6MA 3GOIA 2OZMA 1UWBA 3THYA 2F9WA 1HMVA 2NNWA 2OPSA 3AAQA 3NCIA 4J2DA 1NGBA 4HTLA 4KH6A 2PFUA 1JL2A 3D2FB 1HKCA 1TYQB 1NOZA 3LPUA 4FJKA 4BROA 3RSEA 1RT7A 4W5OA 1LAVA 1QE1A 2ZGZA 3LAMA 3MXMA 2YKMA 5AQGA 2PYJA 4JI1K 3TSPA 2KFNA 2HB5A 1GLBG 5M1FA 3M8QA 3B6OA 1B9DA 4W5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCJ N;  1VQP N;  1Q81 O;  5JVH L;  1VQ9 N;  4UY8 O;  1VQM N;  3CF5 L;  1OVY A;  3CCQ N;  1Q82 O;  3CME N;  3CD6 N;  3CMA N;  3I55 N;  3CC4 N;  4IO9 L;  1VQO N;  1N8R O;  1YJN N;  5H1S Q;  1YI2 N;  4WCE L;  1JJ2 M;  1ILY A;  4WFB L;  5JVG L;  1KC8 O;  2ZJP L;  3PIP L;  3CC7 N;  5GAE P;  3DLL L;  5DM6 L;  3CPW M;  3CCE N;  4IOA L;  1YIJ N;  3CXC M;  4WFA L;  1S72 N;  5GAD P;  3J7Z O;  1VQK N;  1K73 O;  1QVG M;  1VQL N;  3CCR N;  1QVF M;  3OW2 M;  1VQ7 N;  4IOC L;  1VQN N;  2ZJQ L;  1VQ6 N;  4U67 L;  1Q86 O;  2ZJR L;  1K8A O;  5GAH P;  1YJ9 N;  1VQ4 N;  3CCU N;  1VQ5 N;  1Q7Y O;  3CC2 N;  3CCL N;  3CCV N;  3I56 N;  1KD1 O;  2QA4 N;  5DM7 L;  1NJI O;  1W2B M;  1YJW N;  4WFN L;  3PIO L;  5HL7 L;  2OTL N;  1VQ8 N;  3G4S N;  1M90 O;  2OTJ N;  1M1K O;  5GAG P;  1K9M O;  3G71 N;  4WF9 L;  3CCM N;  1KQS M;  3G6E N;  1YIT N;  3CCS N;  2QEX N;  1YHQ N;  5MLC Q; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W97 L;  3NAE A;  3VEZ A;  4EAH D;  3UE5 A;  4JEP A;  3EZW A;  5JS2 A;  1NK6 A;  4FWO A;  2CGK A;  4KPY A;  3A5N C;  5KQD A;  1WB9 A;  1Q82 O;  1N5Y A;  3JAM O;  3QEI A;  4YHH K;  1HJR A;  2OZS A;  1FJG K;  1DLO A;  3KLE A;  1W7A A;  3J7A P;  5EU7 A;  4WFB L;  1TUU A;  2ZWH A;  2IOC A;  2ZJP L;  1I39 A;  2LSN A;  4WQ4 A;  4GY2 B;  2JWL A;  1S1W A;  5LMU K;  1LV5 A;  5C42 A;  4J2A A;  4FJG A;  4DR3 K;  2YKN A;  2WUS A;  4IOA L;  3H08 A;  1KVC A;  1EO1 A;  3AV9 A;  4QAG A;  4CK3 A;  4PHT X;  1OH6 A;  3AO4 A;  4CHO A;  1RT1 A;  2UYT A;  3DJC A;  3U3G A;  3SCX A;  1VQN N;  3QIO A;  1WAF A;  3AVA A;  2KQ2 A;  1DTQ A;  3ZEU A;  2WC9 A;  4ILG B;  4YOU A;  2QWN A;  1S6Q A;  3H3N O;  3VQQ A;  5ADX A;  3CC2 N;  4DR1 K;  3CCL N;  4O8U A;  3T19 A;  4ELT A;  3BZC A;  3MED A;  3C7N B;  1BI4 B;  2PY5 A;  3DI6 A;  4CJ7 A;  2QWO A;  3E9O A;  4JK7 A;  5T7B A;  5C2F A;  4BE0 A;  1T6C A;  4FZX C;  1C0F A;  4CJ4 A;  3SQ4 A;  5HL7 L;  1X9J A;  3R3L A;  4M3Y A;  4FLU A;  3DLE A;  1HLU A;  1XC9 A;  4FWQ A;  1NGH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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