1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
3CCQN 1K73O 1YJ9N 1Q82O 3CCLN 4UY8O 3CCVN 1Q81O 2QEXN 3CMEN 5DM7L 1YJWN 1VQKN 4WF9L 3DLLL 3I55N 3CD6N 2OTJN 3CC7N 1S72N 5GAGP 3PIPL 4WFAL 1Q86O 4U67L 4WFBL 1VQ9N 1VQ5N 4WCEL 5H1SQ 1VQMN 5JVHL 1YHQN 2QA4N 1Q7YO 4WFNL 3CCEN 3G71N 1KD1O 1N8RO 5GAEP 2OTLN 2ZJPL 3CCMN 1KC8O 1W2BM 1K9MO 3I56N 5JVGL 3CCSN 5HL7L 1OVYA 3J7ZO 5GADP 1VQ8N 1ILYA 3CC2N 1VQLN 1VQON 1KQSM 5GAHP 3G6EN 1QVFM 1YITN 5DM6L 1YIJN 3CXCM 3CCJN 1VQNN 3OW2M 3CPWM 5MLCQ 4IOCL 2ZJQL 1YI2N 1M90O 4IO9L 3CMAN 3CCUN 3CC4N 1VQ7N 4IOAL 1QVGM 1K8AO 2ZJRL 1VQ6N 1M1KO 1NJIO 3CF5L 1JJ2M 1VQ4N 3PIOL 3CCRN 3G4SN 1VQPN 1YJNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BY9C 3OYAA 1WUAA 2YHYA 1A5WA 1XUPO 4FZYA 3THVA 3SK3A 2XRIA 1RGIA 4IJAA 4CGIA 1HPMA 2KW4A 1NOYA 4DR3K 3U3YA 4CJWA 4CJEA 5GAGP 1KVCA 3O3FA 3HP6A 4FLXA 3T1HK 3D2EA 2GV9A 2EWSA 2IDOA 4CEZA 4CF0A 4FWOA 3S9HA 3RMDA 3U4LA 1NJWA 4DLGA 2YJFA 1WSJA 2PYJA 3L0QA 4QCLA 3H3OB 3ULEA 1NJXA 2P9KA 5I9EB 3KLFA 5JVHL 1YHQN 3VQBA 1SKSA 2FF6A 3D45A 1N8RO 3C7NB 3WXIA 1LWFA 4DR5K 3RR7A 4DTPA 3ASMA 3BDPA 3S3NA 4ICLA 3ZYYX 5BPNA 3SAHA 3ENOA 1CXQA 4B1ZA 3BP8A 4F3OA 1U4BA 3J81O 5FRNA 1GLCG 1IKYA 4FWSA 4HCCA 1EXQA 1S1XA 4JNEA 4KTWA 3JYTA 2RHKA 2KTQA 5AZJA 5J2PA 1VSDA 2IGIA 3R1XA 1MWMA 5BR8K 3FZLA 4JKEA 4FJ7A 4BACA 4IKFA 4FPBA 2BGGA 1NK5A 2PZSA 4JEPA 4B3RK 1D5AA 2NRRA 1J5EK 4JKGB 1M90O 2JWLA 1N33K 3HT3A 1J54A 1HNIA 2QTDA 2P9NA 2W6LA 1RDCA 1K8KA 3LPTA 3ZX0A 4JK7A 4FOEA 3CF5L 2D4WA 1LAVA 1VQ4N 1SQKA 3THYA 1F21A 1NK8A 4JKFA 4IDKA 5C25A 5AJ3K 1QQNA 2VCPA 5J2NA 1C0GA 3I0SA 1WAFA 2UUCK 2XHBA 4H0TB 3K0SA 3CCVN 4H5RA 2VWJA 2E6LA 3AA4A 2QWMA 4TSXA 4Q0BA 3KK7A 3L3VA 4DTXA 1XMQK 4ISGA 1ESVA 4DV1K 1C0UA 3CQXA 4DS5A 3NH0A 1QQMA 1QSLA 1FK9A 4E89A 4BDPA 4QOZB 3M1FA 3TU5A 1UA0A 4H0PA 1SAZA 3M6GA 3AO1A 4LFBK 5J2MA 4CIEA 1BA1A 3RMBA 2Q1NA 4IO8A 1JLGA 4FPAA 2QA4N 4CFAA 1RILA 4K0KK 1RT2A 2UYTA 2KFNA 3AGKA 1VSIA 1SL0A 3DJCA 3CQ8A 1C1CA 3THWB 4XH1A 5CHIA 4W5QA 3H46O 1RFQA 4MO5A 3DOKA 3RWUA 3NH2A 3SNNA 1ILYA 4OLBA 3VF4A 3SAFA 3OHRA 4BREA 2E8AA 3HPGA 1BA0A 1JLQA 3WQTA 1XQSC 5M1FA 3CCJN 1OH7A 3MEDA 3EKUA 4JKCA 4FW2A 1EKEA 4FJHA 5IWAK 4BC5A 3NF6A 3AVJA 2P9UB 3LDQA 3WXLA 2B6AA 3O9QA 3CJBA 3H3NO 4C8NA 3NMUA 1Q9XA 1NJZA 5AZIB 2WOMA 2E2NA 1GOAA 3GG4A 3ZX3A 2KFZA 4F9OA 5FLXO 1BCOA 5FPMA 3M8SA 5M1PA 2DFFA 4JI5K 2GELA 2W6KA 2W42A 4OPHA 2QWLA 1VRTA 1TYQB 1NMNA 2ZWHA 4R5PA 3QO9A 3VF6A 3OVNA 5C0YA 1UOCA 3EKSA 2P9IA 3L4QA 1NWKA 2Q0UA 2UUBK 3HOSA 3T7ZA 1VAZA 1YJWN 4WF9L 2D0BA 2RF2A 1S1VA 3KD1E 3O3GA 4YOTA 4BE0A 3W0LA 4B8AB 4AHSA 4BWMA 1RCHA 1C0FA 4J8FA 3L2RA 4A59A 4KHYA 2D1KA 4CJFA 4GV3A 2RPIA 2YX6A 3VMFB 1NGBA 1P8ZA 4WFNL 3SUPA 3QETA 1CXUA 4WE1A 4HTUA 4DSJA 4W5RA 3CQYA 1EWRA 4QS8A 1O1WA 1WAJA 3SQ4A 2JLEA 2HW3A 4FM1A 4CEFA 4B3TK 3J80O 3DLKA 1TL1A 1MWKA 1TKZA 4DKWA 1HX1A 3KKRA 2XO7A 4M7XA 5GADP 4BROA 3CI5A 4NCBA 3MXMA 3O1BA 2QWOA 4CFCA 4O5BA 3WEEB 3CG7A 4K41A 3ZETA 4W5TA 4H5TA 1TAQA 3F2KA 4BR4A 3AARA 3M3ZA 2CH6A 1N6QA 3GBTA 4ELTA 5M1KA 2OPPA 4DSLA 1L3UA 1SZ2A 1RTHA 3OYCA 4IOCL 2O4GA 3O9RA 2I7NA 4LSLA 2WTUA 5BR9A 3HYFA 4IOXA 3TARA 4K8ZA 4CEAA 4Z0UA 1KRPA 2KZZA 3L2QA 4BRAA 1TUUA 3QEWA 4GKJK 5M1OA 3QESA 4FLVA 4W5NA 3KJVA 1ZBLA 3ATUA 3U9DA 4BQZA 4B9LA 4CEQA 5E26A 1YJNN 4Z4IA 1JL2A 4CECA 4FJKA 3IG1A 3D2EB 4Q5VA 4LF7K 1HYSA 3FZHA 4BR7A 2BE2A 4DV3K 4M3XA 2FBXA 3K5OA 4L3QA 1VQKN 4F3TA 1KFSA 3OTOK 3WNEA 3VA0A 4ZHRA 2HHVA 3ULEB 5AQMA 1FJGK 5HP1A 4JS5A 1CZ9A 3DLBA 1YUWA 3PIPL 3L6QA 1VSJA 3VGKA 3HZ6A 5AFUH 3RRGA 3VQQA 4BGAA 3HBTA 5GINA 4FW1A 1VQ9N 4IG0A 4DLEA 3EL2A 1TK5A 5AQFA 2R7YA 3ISNC 1YAGA 3LDNA 1X9WA 1Q7YO 4KRFA 3DLEA 4CZLA 1BHLA 1VSLA 4LC9B 2F96A 1P90A 4CGFA 2A40A 3D2FA 3PV8A 3G0ZA 3ZLJA 3CIPA 5AZJB 2HNYA 4CK2A 4KI6A 4H03B 1U47A 1RNHA 3LZIA 3ZSRA 3KWGA 2F9TA 4CK3A 4JKAA 4PL8A 3J7ZO 1NBWA 1RT7A 3G25A 1RTDA 4AHRA 2HBLA 1VQON 3UIQA 3DRSA 1C6VA 2UXCK 3VERA 4AHCA 1VHXA 4O5FA 1HNXK 4BRFA 3FLCO 4BC4A 3VA3A 1RDUA 2HNDA 2P9NB 1YT3A 1K8KB 3LAKA 2FSNA 5AQPA 2XY7A 3CM6A 4DSIA 3J7YP 1RBTA 1HJOA 3UB5A 1NMDA 1SS6A 2VG5A 3F9MA 3THYB 4OVLA 4RW8A 2ITMA 1VQ7N 3CYMA 2WUSA 2F8SA 1LW0A 2ZGYA 1JCFA 4C8KA 1RDWX 2HMIA 4IJNA 1QSSA 3OYFA 1QTMA 1BIZA 1L3SA 3V9UA 3AAQA 3HRGA 4C8LA 3F9KA 5BN9A 1Z05A 3KLHA 3RRHA 4CJLA 3O5BA 4DU3A 3R9PA 4ZTFA 1ZXOA 4M3YA 4PKGA 1IH7A 4AM7A 3MN6A 3H6EA 1IG9A 4RCHA 4UY8O 3GDQA 5CE3A 3KIOA 3VETA 5BN8A 4F8RA 4X65K 4KAZA 3L3UA 4NYNA 4JK8A 1G99A 3P38A 3O80A 4I9LA 3JSMA 3AAPA 1IBLK 4GMJB 2Q2RA 3AA5X 3VENA 2ASOA 1SKWA 1KAYA 3OYNA 1BI4B 4DQPA 4CIFA 4M3ZA 2WONA 5BPLA 2QXFA 1VK0A 3A5OC 2GUPA 1HKBA 3N4PA 4OKKA 1T6DA 1H1VA 4RW7A 1WLJA 2YNIA 3G71N 5CY4A 3OYKA 4QS9A 4FO0A 5GAEP 1U45A 2VGNA 1XMOK 1W2BM 4CFDA 2IC3A 5E84A 4CGHA 4DS4A 3CJAA 5B8HA 4EP5A 4CF9A 3BY5A 3PX6A 1BDGA 3R3LA 2KZMA 4CBXA 3O3HA 1VQLN 3MCAB 3DWLA 4J2AA 2VG7A 1WBBA 4FWQA 5KPTA 5D3GA 4DTOA 4CW7B 4KHUA 1ATSA 3TAFA 2D0AA 4XEIA 5LMUK 2X6NA 1JLCA 3OW2M 1SL1A 5EY4A 4IDHA 4JRQA 2Z1GA 1Q8IA 4B9QA 3TAMA 1NKEA 2UU9K 4AHUA 3V4IA 3OYLA 2YNHA 4IEEA 4YDUA 5BPMA 5CZ2A 1HRHA 1NU0A 3QFUA 5AQZA 1IG8A 2WFBA 4GVMA 4OPJA 2HF4A 2P1JA 3PX4A 5HRNA 5JS2A 4CJKA 3QINA 3AO4A 3D6RA 4MLHA 1QQCA 5AQVA 4DU1A 2YKNA 4KTZA 1D9DA 5SZTA 1BWFO 2OZMA 2QEXN 2NRVA 4FXDA 4CEDA 3VPZA 3JXUA 2VQEK 4LF9K 2OTJN 1K6YA 4FJ9A 3KLEA 4NB4A 2GUIA 3QIPA 2DPNA 1XNQK 3A8YA 4BR5A 3LL3A 4DQIA 1Q86O 4M3TA 3DRPA 4QS7A 4E7KA 3TSUA 4CGDA 4JYAK 4CBWA 1J9AA 4K43A 1WSFA 3QDKA 1D9FA 4F2RA 1T03A 4ELVA 1IO2A 4FL9A 4FCYA 4WQ4A 4A5AA 4B3OA 1NGGA 3D7EO 4N76A 4PY5A 2NUBA 3CJ9A 3ZETB 1HNWK 3TTCA 3QB0A 3T69A 3CJ1A 4CZIA 3AY9A 5JLFA 1JL1A 1HUXA 1WNSA 4C8MA 4IFEA 3SV4A 3ZSZA 2I5JA 1KAZA 2G8FA 3RSEA 5KQDA 4BRGA 2VYPA 4IEIA 1Y97A 1G15A 3C95A 1GLAG 4NXMK 2CGLA 2I7PA 4B9MA 3SQ1A 1S1WA 4FYDA 3EE8A 2G8HA 4DV6K 1ASVA 3HI0A 1NM1A 5CZ1A 5F0XA 2NRXA 4CZMA 4E1JA 1XNRK 5BREA 5C2DA 4DQ8A 4IO9L 2JWKA 2X74A 2O8CA 4KB0A 1S9EA 1QZ6A 4M41A 3E01A 3ZSYA 1BGXT 1BCMA 3LPUA 3VQ6A 3NGIA 3THXA 3MEEA 4KHPK 4B1VA 3GOIA 1JJ2M 4I6MA 2P5GA 5KI6A 3DLGA 3HSTB 3OYJA 1SV5A 2G8KA 4KREA 3TI0A 5C15A 5IT9O 1LV5A 3MN7A 2ZGZA 3TPQA 4FM0A 2HBJA 3N4QA 1ZBUA 1IJJA 4IFVA 5AFUA 5AQLA 4H0VB 1HYVA 3MMVA 4CEBA 4O55A 5C24A 5FPEA 2A5XA 4FLUA 4M45A 3QEVA 2PY5A 4BC2A 1JXBA 1KLNA 1OKJA 1ZBFA 4M3RA 4LFAK 3E9LA 3PO4A 3D2FB 3VEYA 3KTQA 4EZ9A 3L2UA 1BIUA 2YNGA 5JLHA 3SMSA 3IS9A 3S3MA 1NNEA 2A41A 1KAXA 2IOCA 3V9ZA 1TKTA 1WSEA 2GBZA 3TANA 4YORA 3VGMA 3VQDA 2OANA 3SPYA 4CJ4A 4BRNA 4HHTA 1QE1A 4O8KA 1OVYA 1MDUB 1T3VA 2FLOA 4CHQA 3WUHA 4M63C 1KVAA 1UA1A 3O9UA 3HP9A 3BUZB 5GAHP 4CJVA 3PLAA 1ZBIA 3AVKA 4OGCA 1SL2A 3CXCM 3WNGA 1WSGA 3ZSVA 1BI4A 3RTVA 4FJ8A 4NO7A 4KHWA 4NXNK 5ADXH 1L5UA 1MA9B 3W3DA 1TKDA 5BRHA 3VQAA 4B08A 4YHHK 2P9LB 3RR8A 3AO5A 3GL1A 1WSIA 3AO2A 1K8AO 3AVMA 5SWMA 2ZJRL 4DV2K 4J2BA 2ZE2A 3IFRA 4LF5K 1HQEA 1NGCA 4NLCA 4B1WB 1O13A 1KXPA 2BH1A 4KHSA 4RWTA 1FXXA 4FWMA 3LALA 4JKDA 3KKSA 3D0PA 4LF4K 4H0OA 3T1AA 3LDPA 3Q7CA 4A57A 4BE2A 3JS6A 3CMEN 4GW6A 3DLLL 3CD6N 3IUCA 3P39A 1X9JA 1EQYA 4GNIA 4H0YB 4AH9A 1C1AA 2IVOA 3SJJA 4RG8A 2ATQA 2GX9A 3IDHA 3B6OA 4H8KA 1DLOA 4FJ5A 3DOLA 1VSKA 4DHYA 3LWMA 4BDZA 4U67L 4KI4A 2KLAA 3LDSA 1U04A 2PYLA 2Z1IA 2EHGA 1EX4A 4MQ3A 2BUPA 3K9KA 2ZM6K 4JD2B 4JI8K 1XHZA 1S1UA 2F8TA 4DWIA 3LDLA 3GE1A 3LP3A 2W40A 5KTQA 4AQYK 3O1WA 4K42A 4UQGA 5JMVA 1T05A 5AQUA 5AQHA 2QWPA 3OYDA 1K9MO 3DXKA 1NGDA 3EN9A 4BR0A 5HL7L 3CERA 3SCXA 5HLFA 2Y1IA 1CZBA 4J2DA 3KZBA 3NAEA 1KCFA 1S3XA 4BWJA 4PWDA 3WXJA 3AVFA 3G6EN 4E0DA 3OS1A 5DK5A 1HJRA 1HQUA 1BUPA 5C10A 3AVHA 4GV9A 4LH5A 4B9UA 2FSJA 3T3FA 1S22A 1W97L 1W0HA 1RDBA 1KTQA 3VTIA 2HF3A 3HM8A 3F73A 2NRTA 2W41A 3S3OA 5HOOA 3AO3A 3CMAN 1YVUA 4CE9A 2ZF5O 4CZKA 4DV5K 3TAQA 1NK7A 1QZ5A 5C2FA 1R0AA 4Z4CA 2HHXA 2HB5A 3QNNA 1QSYA 3PSFA 3OYEA 1ZYQA 4DUYK 1V4TA 4GKKK 4R79A 3K9JA 2YHAA 1JCEA 4BRCA 3SQ2A 2QK9A 1LAWA 4YOVA 5AQQA 3SQ0A 3L2VA 4DQSA 3FZMA 4JI1K 3VEOA 1YF5L 3QFPA 2GEMA 4QAGA 3PSIA 4JI6K 4DTNA 3CCLN 3MEGA 3O4QA 3R6MA 2BTFA 3IRXA 4CESA 3ULDA 5DM7L 1JXEA 4BQLA 1NGJA 1QHAA 4ELUA 1N36K 1S72N 2P9SA 1IKWA 4CZHA 1TK8A 1U6ZA 4B9NA 4EAHD 3HO1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCQ N;  1K73 O;  1YJ9 N;  1Q82 O;  3CCL N;  4UY8 O;  3CCV N;  1Q81 O;  2QEX N;  3CME N;  5DM7 L;  1YJW N;  1VQK N;  4WF9 L;  3DLL L;  3I55 N;  3CD6 N;  2OTJ N;  3CC7 N;  1S72 N;  5GAG P;  3PIP L;  4WFA L;  1Q86 O;  4U67 L;  4WFB L;  1VQ9 N;  1VQ5 N;  4WCE L;  5H1S Q;  1VQM N;  5JVH L;  1YHQ N;  2QA4 N;  1Q7Y O;  4WFN L;  3CCE N;  3G71 N;  1KD1 O;  1N8R O;  5GAE P;  2OTL N;  2ZJP L;  3CCM N;  1KC8 O;  1W2B M;  1K9M O;  3I56 N;  5JVG L;  3CCS N;  5HL7 L;  1OVY A;  3J7Z O;  5GAD P;  1VQ8 N;  1ILY A;  3CC2 N;  1VQL N;  1VQO N;  1KQS M;  5GAH P;  3G6E N;  1QVF M;  1YIT N;  5DM6 L;  1YIJ N;  3CXC M;  3CCJ N;  1VQN N;  3OW2 M;  3CPW M;  5MLC Q;  4IOC L;  2ZJQ L;  1YI2 N;  1M90 O;  4IO9 L;  3CMA N;  3CCU N;  3CC4 N;  1VQ7 N;  4IOA L;  1QVG M;  1K8A O;  2ZJR L;  1VQ6 N;  1M1K O;  1NJI O;  3CF5 L;  1JJ2 M;  1VQ4 N;  3PIO L;  3CCR N;  3G4S N;  1VQP N;  1YJN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BY9 C;  3OYA A;  1WUA A;  2YHY A;  1A5W A;  1XUP O;  4FZY A;  3THV A;  3SK3 A;  2XRI A;  1RGI A;  4IJA A;  4CGI A;  1HPM A;  2KW4 A;  1NOY A;  4DR3 K;  3U3Y A;  4CJW A;  4CJE A;  5GAG P;  1KVC A;  3O3F A;  3HP6 A;  4FLX A;  3T1H K;  3D2E A;  2GV9 A;  2EWS A;  2IDO A;  4CEZ A;  4CF0 A;  4FWO A;  3S9H A;  3RMD A;  3U4L A;  1NJW A;  4DLG A;  2YJF A;  1WSJ A;  2PYJ A;  3L0Q A;  4QCL A;  3H3O B;  3ULE A;  1NJX A;  2P9K A;  5I9E B;  3KLF A;  5JVH L;  1YHQ N;  3VQB A;  1SKS A;  2FF6 A;  3D45 A;  1N8R O;  3C7N B;  3WXI A;  1LWF A;  4DR5 K;  3RR7 A;  4DTP A;  3ASM A;  3BDP A;  3S3N A;  4ICL A;  3ZYY X;  5BPN A;  3SAH A;  3ENO A;  1CXQ A;  4B1Z A;  3BP8 A;  4F3O A;  1U4B A;  3J81 O;  5FRN A;  1GLC G;  1IKY A;  4FWS A;  4HCC A;  1EXQ A;  1S1X A;  4JNE A;  4KTW A;  3JYT A;  2RHK A;  2KTQ A;  5AZJ A;  5J2P A;  1VSD A;  2IGI A;  3R1X A;  1MWM A;  5BR8 K;  3FZL A;  4JKE A;  4FJ7 A;  4BAC A;  4IKF A;  4FPB A;  2BGG A;  1NK5 A;  2PZS A;  4JEP A;  4B3R K;  1D5A A;  2NRR A;  1J5E K;  4JKG B;  1M90 O;  2JWL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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