1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
1QVGM 1YJNN 3I56N 1YJWN 3CCUN 5JVGL 4WCEL 1VQKN 4IOCL 3CC2N 1YHQN 1W2BM 1KQSM 5HL7L 4WFAL 5JVHL 4UY8O 3OW2M 1JJ2M 3J7ZO 1K8AO 1VQ5N 1K73O 2OTJN 4IOAL 1YI2N 1YIJN 5GAHP 1VQ6N 1VQNN 5GAGP 2ZJRL 1NJIO 3CCLN 4WF9L 1VQMN 3PIPL 4IO9L 1VQ7N 2ZJPL 4U67L 5GADP 5MLCQ 1N8RO 3CCJN 3CF5L 3CCSN 1Q86O 3CCVN 1VQ8N 1S72N 3CD6N 2OTLN 2ZJQL 1K9MO 1VQPN 1OVYA 2QEXN 1VQ9N 1VQ4N 3CCEN 1M1KO 1VQLN 1YJ9N 5DM7L 1M90O 3CC4N 1Q7YO 3CPWM 1Q82O 3CMEN 1Q81O 3DLLL 3CC7N 2QA4N 3I55N 3CCRN 5DM6L 4WFNL 1KD1O 5GAEP 3PIOL 3G4SN 1KC8O 3CXCM 4WFBL 1ILYA 3G6EN 1YITN 1VQON 3CCQN 1QVFM 3CMAN 5H1SQ 3G71N 3CCMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 4C8KA 1W9HA 3D2EA 3QBWA 3K57A 3VN5A 4JS4A 4DFJA 5EXWA 4CJLA 4JK9A 1JCGA 4B3SK 3CC2N 4DV7K 3CJ1A 3JYTA 5AQNA 3VQ5A 1NK5A 3VF4A 3QO9A 5BRFA 2XRIA 1SS6A 4FK4A 1NNEA 5C25A 1HQUA 3IKMA 3O8MA 1VQ5N 3I0RA 1SKWA 4FJHA 3SK3A 1ATNA 1OH6A 2YNHA 4IOAL 2W42A 3V9WA 3ATUA 2DTUA 3DI6A 2YJFA 2DFFA 3L6QA 4GNIA 4JRQA 3CCLN 1JCEA 1QTMA 1U49A 1J54A 4LD0A 4KHSA 4AF1A 1YVUA 4DB3A 4V19S 3L2QA 3EZWA 1NJXA 3B8AX 4FWRA 3F9MA 2QWRA 5FPDA 3PX0A 3R3LA 3AV9A 3EYZA 4Z4GA 2P9PA 4BRMA 3HRGA 4ELUA 4CHPA 4CEQA 3RWUA 2GUIA 4CJRA 3U3YA 4DSJA 4IEEA 4FOEA 1XC3A 4M3XA 1ASWA 1Q86O 1RILA 2Y1JA 3OYGA 3ZT4A 4EFHA 2A42A 4ZHRA 1I39A 4GKJK 3CJCA 1LWCA 5LJVA 3NVKA 2ASOA 2O8DA 2QEXN 4E19A 3WNGA 3KIOA 2F9WA 5AQZA 5AQMA 3VEZA 2EX3A 3LDLA 3QETA 1SKRA 4KB1A 4IZ9A 1Q18A 4CJTA 1J9AA 3H3OB 4M63C 3IG1A 4CJWA 3TTDA 1IJJA 2P51A 3H1QA 3ENOA 3U9ZA 1I94K 1RNHA 4JNEA 3NVMA 3LALA 3H08A 2X78A 5FRMA 2IOCA 2QWPA 2OANA 3CJBA 5FPNA 2Q31A 1TKXA 2IC3A 2UYTA 2P1JA 1SL2A 3IRXA 5HBMA 3LANA 4GKKK 1VQKN 3U8XA 4GW6A 4Z94A 1FW6A 2VYPA 1D4XA 1RTJA 3ZSWA 4E1MA 3TU5A 4HTLA 3W3DA 3K0SA 5J2QA 3ZSRA 3N4PA 4NLBA 1BQMA 5T7BA 4FPBA 3S3MA 3D2FB 5KGXA 1EKEA 3K5MA 2GBZA 3HYFA 3LAMA 1VQ6N 3JSMA 4ISGA 4A59A 1G99A 3A8YA 3C95A 1U04A 1X9JA 4CJPA 2HVHA 3A5LC 1Q8IA 1C1AA 1ZXOA 3ZT0A 1IKVA 4O44A 1JLBA 4DUZK 3MCPA 4BWMA 1HNVA 3O9SA 4H5VA 4U67L 5AR0A 4DS4A 3VMFB 2HHUA 4F3TA 3OYHA 4Y1CA 4YNQA 5ELZA 4KB0A 1HKCA 3ZX0A 1XMOK 2YHBA 1BU6O 1V4TA 5K14A 4CZMA 3CM6A 1HNIA 4Z0UA 1WSIA 4M7YA 1QZ6A 2P9IA 1NJZA 1C1BA 4EHUA 1M1KO 3AO2A 4DR5K 1GLCG 4DUYK 2CGJA 3T1YK 4KHPK 2Q97A 3MWTA 3MEGA 2XY8A 2HMPA 2Z1IA 4HVJA 3M3ZA 4H5WA 3CMEN 2HHWA 4F9OA 1LWFA 4ID5A 3VTHA 3KD1E 4B1XB 3V1QA 1BGXT 4BGAA 4IG0A 4OPJA 3L3VA 4CJFA 4K8XA 3HP9A 2QWNA 4AM6A 4DU4A 4BRAA 4BRHA 4WFBL 4FJMA 1YITN 3SQ0A 2VGMA 3CFPA 4OKKA 2VQEK 1XI1A 3KWGA 4QAGA 2OPRA 3DRRA 1RTDA 1TYQA 3NGZA 1XWLA 3ZSOA 3CJ7A 3QDKA 1JLFA 4E89A 3SPZA 1NGBA 3CPEA 1SL0A 4E7LA 2IIRA 4E7KA 4LF8K 3ZSVA 1HYSA 5JVHL 3J7AP 3VA0A 5AZJA 4DTNA 4MO5A 3MN9A 4XH5A 4NO7A 1DEJA 5AQSA 4DKWA 4L3QA 4YY3K 2YCHA 3CYMA 4X62K 4DR7K 2ZJRL 1ZBLA 1JLGA 1NJIO 2YNGA 5JS1A 4PY5A 1XHZA 4HUGA 1JLAA 4DTUA 4CK2A 5AQPA 5C10A 2A5XA 4FZXC 3DLBA 1TUUA 4DMNA 1RT2A 2QKKA 5GADP 4R79A 2GEMA 1R59O 3RR7A 3HSCA 3ZSQA 2YHWA 1N33K 1VSDA 5ADXA 3J81O 4CK1A 2E6LA 2Q36A 4JI2K 3WQUA 4A61A 2ZJQL 1NGAA 5AQWA 1U2VB 3K5NA 1RTHA 3AAPA 3V9UA 1VQ4N 1SL1A 4FWLA 3KLHA 1CLQA 2O4IA 3NH0A 1SAZA 4CEEA 4EHTA 3SI6A 3CC4N 3QIOA 1HJRA 3KLFA 3RMCA 3SUNA 5AQGA 4XEIA 1UWBA 3DWLA 2PBDA 3DLLL 4CHZA 3S3OA 1REVA 1X1PA 4PWDA 2JWLA 1W0HA 5A2QO 3DOLA 2B5JA 3RRGA 3ZLJA 3THXB 3M6GA 1NMNA 4H0TB 4MLHA 5C24A 3M8QA 3WXMB 3CCMN 1QVGM 4JI5K 1TL3A 3PSIA 4DSIA 4H4OA 1NK4A 1WAJA 4O0JA 4RW4A 4EP4A 4JI1K 4CGJA 1JL2A 2B6AA 3G25A 4KFBA 3KWIA 2BUPA 3VA3A 4HUFA 1JJ2M 3J7ZO 3SV3A 5AQHA 4FM0A 4DFKA 4BRPA 4DG1A 2QK9A 3BZKA 3WXIA 4DR3K 4A5BA 4UQGA 1BQNA 4FXDA 2KQ2A 4M41A 4OLBA 2QTDA 3GG4A 3VESA 1UA1A 4ILHA 3MN5A 4PKIA 1QSSA 4IJNA 4DFMA 2O8BA 3SBTA 3B6PA 3MK6A 3L2RA 3TR8A 3HBTA 3T3FA 4H8KA 3VTIA 2UXDK 3CCSN 1JXEA 3IMXA 4CFAA 4C23A 4CZHA 2KFZA 1RBSA 3SAGA 1I3AA 3J7YP 3NF7A 3N4QA 4IFYA 1E4FT 2P9KA 3WT0A 2GELA 4EP5A 1IKWA 1YXQA 2E2QA 2QXLA 3AVBA 3O1WA 3S41A 3NF8A 3ZX3A 1IO2A 3TAEA 4ICLA 1GLEG 3U9DA 3DLEA 4JI4K 3SPYA 4IOXA 3MXIA 1WOQA 3A2FA 3HM8A 3ZETB 1RT4A 2DY4A 3ZT2A 1GLFO 4B08A 3D7EO 5AQOA 3WQTA 3EZ5A 3GE1A 4CFDA 1HNZK 3EKUA 3OHRA 5BR8K 3R6MA 3UE5A 4B9LA 5D3GA 4CIFA 3VQQA 4KH4A 4RW9A 4LC9B 3P1GA 1RFQA 4CJQA 4H0PA 4AHUA 2FBXA 2P9LA 1NJWA 4A2AA 5M1FA 2ZGYA 4E7JA 3QFUA 1RBTA 1TL1A 1L3TA 3I0SA 4DTOA 4BR9A 2FSKA 4BRDA 5AQRA 5JLHA 2VG6A 4KPYA 2ZGZA 4UY8O 2D4WA 4JKDA 3OW2M 4DV0K 3SQ2A 2OYQA 1G15A 4B9TA 3FLCO 1BHLA 4CZLA 5GIPA 1IBKK 2WUSA 4PL8A 4FO0A 3O80A 2W6LA 5AQTA 1A5XA 4F2RA 2HF4A 5CR4A 3AA2A 4NYNA 3V6DA 1IBLK 1S5JA 4DV5K 3QIPA 4IEIA 3SMSA 2G8FA 4BRCA 4LY7A 2WBNA 3OYDA 1DT9A 5AFUA 1MWMA 5MLCQ 2UXCK 3LAKA 4B3MK 5KTQA 3VEVA 3OS1A 5CYMA 3ZT3A 4C8LA 4Z4FA 5GIOA 1Q9XA 5HP1A 2NRWA 4DHYA 1XUPO 1S1VA 4LF6K 4CF1A 1EXQA 1DTTA 3DXMA 3L0QA 1FKPA 1W97L 1Z6RA 5M1NA 2NRXA 4CJ4A 2PYJA 4DTPA 3HJFA 4MQ3A 5C0YA 1N6QA 3U6FA 1C0FA 2B4JA 1TYQB 4I9QA 1K8KA 4LFCK 1U47A 4FJ5A 1MA9B 4M45A 4CECA 3C6AA 4N5SA 2CGLA 4LH4A 1DTQA 3O3FA 1YTAA 3TTCA 1C6VA 4JS5A 3KLIA 2NUBA 3NGYA 2A40A 4C8OA 2HNZA 1SV5A 4JKAA 3CFOA 3VEYA 3O9UA 4H0YB 3AVCA 4FJLA 5KQ8A 1ILYA 4MDAA 1TKTA 2P9NB 3BDPA 3DOKA 4NCAA 4DQPA 4CJ5A 5HLFA 1YJNN 3IAYA 3VQEA 4OVLA 1U48A 4CCHA 5AJ3K 4O0IA 1NGFA 4FWSA 1RBUA 4H5NA 4WFAL 2PYLA 3NH2A 1XC9A 3L2UA 4B8CA 2E6MA 4PQUA 4M3YA 3D2EB 4ISEA 2ASPA 4CI6A 1RGIA 3NMUA 3HXMA 3MWPA 2VWBA 2QXFA 4FWKA 3I33A 1KFSA 3HL8A 3QINA 1VQMN 3DLHA 3ITHA 2FF3B 2GUPA 4DF8A 4CJ3A 3BP8A 4FJ9A 1TK0A 4DSKA 3LDSA 1OH5A 1OH8A 3EL2A 5JLFA 2YNFA 2Z1JA 4FW2A 4FK0A 2VGNA 3AA4A 3KKRA 2GWJA 1OKJA 1WNSA 1WN7A 3DAWA 3FE1A 4N56A 4KHNA 3CJAA 3NAEA 3B6OA 3TTFA 1S72N 2OPPA 5CZ1A 4OKEA 4CD1A 2RF2A 1JLEA 3C6UA 2FSNA 1Z05A 4BACA 4DR4K 5LY3A 4ILJA 3C94A 1GLJO 3MCAB 4NXMK 3AVFA 2XY6A 1C0MA 4C1NK 1RT5A 3UKUA 1HPZA 4C8NA 4CZGA 4JI0K 2Y1IA 4FWQA 4KTQA 1NJYA 4YHHK 5AFUH 1VSMA 1XNQK 4OPKA 4DU3A 4QOZB 4BE1A 1VSHA 3SAFA 3PO4A 4CE9A 1RDWX 4CJKA 2EHGA 3DLRA 3AO1A 1HYVA 4CEDA 3K9JA 1EWRA 5I9EB 4QCLA 1ITGA 1HPMA 4BC5A 4LF4K 3S3NA 3G6EN 4JRPA 3HK2A 3CCQN 4CJSA 1NGDA 4RCHA 3CMAN 1QVFM 3E1YA 2P5GA 2HBLA 1BCOA 4GMJB 3U3GA 4CESA 4FLUA 1D8YA 3G0ZA 2O8CA 4JI8K 3JAMO 1B9DA 5CYQA 5J1EA 1YJWN 2BE2A 3Q7BA 4CEBA 1CZAN 3NHGA 2Z1HA 4E0DA 1VSJA 1KQSM 1GOCA 4AHTA 3AVGA 1S22A 1SQKA 4BWJA 1BIZA 1TAQA 1K8AO 3M8PA 1QE1A 4B3TK 2CH6A 2G8KA 4BROA 3GL1A 1RDAA 3WNFA 2FLOA 4JD2B 3OYMA 5GAGP 4NB4A 1NGEA 1TV6A 5FDLA 4B1UB 2KTQA 4JLHA 4HTUA 2G8HA 5F1XA 4BDPA 2GX9A 1MDUB 2QWQA 2A1SA 3P4IA 5I42A 4FWOA 4CGDA 1ZYQA 4H4MA 3AVIA 1N8RO 1C0UA 3DXKA 2VWJA 4YOTA 1WBDA 2V7YA 4FJJA 5AQJA 2A6AA 1XNRK 3AA5X 4CF8A 3QEWA 4JAXA 2EWSA 2HBMA 4Y0WA 1P90A 4DU1A 1BIUA 2BGGA 1WSFA 3CERA 4LSLA 5SWMA 4CIEA 3OY9A 3MMVA 4HUEA 3K9KA 1HKGA 4RWTA 4JEPA 3VQCA 2DFEA 4Z4HA 4J8FA 4GV3A 4E7IA 3FFKB 5J2NA 2ITGA 5J2PA 2D5RA 1QSLA 4KV8A 3CC7N 1KAXA 3ZETA 1RT3A 4CBWA 1HNXK 5JMVA 1NOZA 3EE9A 3PIOL 1TGOA 1KTQA 1KCFA 3E9LA 3KZBA 5HROA 1EO1A 3HO1A 3F9KA 1NKEA 4CJEA 3OA9A 4DR6K 2FSJA 1S6PA 4CHQA 2Q3SA 2GWKA 1IV0A 3AVMA 4FL9A 2RPIA 1VRTA 4FLYA 3T69A 1N36K 5CHIA 4DR1K 4FLVA 3L4QA 4ID1A 1OH7A 2OCEA 4YOXA 4IG3A 3CQ8A 2D0AA 4F4KA 5AQKA 3ULDA 4IXCA 2OA8A 2GV9A 1GLLO 3A0IX 3ATVA 2IS3A 1P8ZA 2KHOA 1HQEA 1NGJA 3VGMA 2Q2RA 2ZWHA 1NK7A 1ASVA 2HB5A 2QKBA 4RW6A 2PFUA 2QM1A 4PHTX 4AM7A 3AY9A 1BA0A 2HBJA 4XH4A 1NG9A 2BTFA 4CD3A 1X9MA 3SUOA 2F7TA 1RCHA 5BR9A 3AVJA 3EN9A 3SJJA 1XQSC 3NBPA 1C1CA 3LPTA 3VQ9A 4W5NA 3CFRA 4IKFA 1LCUA 3HPGA 1YJ9N 3KLGA 3PX6A 3QB0A 4HHTA 4B9MA 3ID8A 4JV5K 1IBMK 1LAWA 4TSXA 3AVKA 3AO5A 2P5OA 3P5JA 4FOIA 4KO0A 5KRTA 4F2SA 1Q81O 5E26A 2HHSA 3ENBA 3I8BA 3MDQA 1H1VA 2QA4N 4RW7A 3QEVA 3MEEA 3CIPA 1KD1O 2RE2A 1JKHA 1X3NA 1QZ5A 3H1VX 3RSEA 2O8EB 1SUQA 2YKMA 2J4RA 3KK2A 3G71N 4Y1DA 3D6RA 3ZSZA 1JXBA 4EAHD 3BZCA 4CHNA 3DLGA 3HT3A 3KLEA 4BE0A 4FM1A 3I56N 3UKRA 3CCUN 2I5JA 4WQ4A 2JLEA 3OYLA 3ZSYA 3PSFA 4A5AA 4K8ZA 2W40A 4H5RA 1HRHA 2UUAK 1VSKA 5BREA 1SKSA 2BDPA 1ZBIA 2P9SB 5HL7L 2P9UB 3UIQA 3QFPA 2BANA 4CGFA 2P9PB 4I6MA 5EU7A 2A41A 2D0OA 3CETA 1T6CA 4H5TA 4OGCA 3CQYA 4CF0A 1VQNN 2O4GA 1DKGD 1NM1A 3MN7A 1S9EA 1LV5A 3SCXA 4JI6K 3NF6A 4JK7A 4C1NI 1WSEA 3VQ8A 3VEXA 1NK6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DXM B;  4C8K A;  1W9H A;  3D2E A;  3QBW A;  3K57 A;  3VN5 A;  4JS4 A;  4DFJ A;  5EXW A;  4CJL A;  4JK9 A;  1JCG A;  4B3S K;  3CC2 N;  4DV7 K;  3CJ1 A;  3JYT A;  5AQN A;  3VQ5 A;  1NK5 A;  3VF4 A;  3QO9 A;  5BRF A;  2XRI A;  1SS6 A;  4FK4 A;  1NNE A;  5C25 A;  1HQU A;  3IKM A;  3O8M A;  1VQ5 N;  3I0R A;  1SKW A;  4FJH A;  3SK3 A;  1ATN A;  1OH6 A;  2YNH A;  4IOA L;  2W42 A;  3V9W A;  3ATU A;  2DTU A;  3DI6 A;  2YJF A;  2DFF A;  3L6Q A;  4GNI A;  4JRQ A;  3CCL N;  1JCE A;  1QTM A;  1U49 A;  1J54 A;  4LD0 A;  4KHS A;  4AF1 A;  1YVU A;  4DB3 A;  4V19 S;  3L2Q A;  3EZW A;  1NJX A;  3B8A X;  4FWR A;  3F9M A;  2QWR A;  5FPD A;  3PX0 A;  3R3L A;  3AV9 A;  3EYZ A;  4Z4G A;  2P9P A;  4BRM A;  3HRG A;  4ELU A;  4CHP A;  4CEQ A;  3RWU A;  2GUI A;  4CJR A;  3U3Y A;  4DSJ A;  4IEE A;  4FOE A;  1XC3 A;  4M3X A;  1ASW A;  1Q86 O;  1RIL A;  2Y1J A;  3OYG A;  3ZT4 A;  4EFH A;  2A42 A;  4ZHR A;  1I39 A;  4GKJ K;  3CJC A;  1LWC A;  5LJV A;  3NVK A;  2ASO A;  2O8D A;  2QEX N;  4E19 A;  3WNG A;  3KIO A;  2F9W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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