1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
4IOCL 3CF5L 4IO9L 5JVHL 1S72N 4WF9L 2OTLN 1VQMN 3CPWM 1Q81O 3PIOL 4WFAL 1VQLN 3I56N 1K9MO 3I55N 1M1KO 1VQON 3CCJN 3CMEN 1YHQN 1M90O 1VQ6N 1VQNN 1VQ8N 5JVGL 1JJ2M 1VQ4N 1YITN 1VQPN 5H1SQ 5GAGP 1YJ9N 4IOAL 3PIPL 2ZJRL 1YIJN 1K73O 3DLLL 4WCEL 1ILYA 3G71N 3CMAN 3CXCM 3OW2M 3G4SN 1K8AO 3CCLN 5GAEP 5GADP 3CCMN 4U67L 1W2BM 5MLCQ 5GAHP 4WFNL 1Q86O 3CCQN 1VQ9N 3CC4N 1QVFM 1NJIO 3G6EN 1VQ7N 3CD6N 1OVYA 5DM7L 1Q7YO 1Q82O 3CCRN 1YI2N 1N8RO 1VQ5N 3CCSN 4UY8O 2ZJQL 4WFBL 2OTJN 3J7ZO 1YJNN 1KD1O 3CC2N 3CCVN 3CCUN 2QA4N 2QEXN 5DM6L 1KC8O 3CC7N 3CCEN 5HL7L 1KQSM 2ZJPL 1QVGM 1YJWN 1VQKN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6QA 3VPZA 2YHWA 1VQMN 4E7KA 3LM9A 1HLUA 3SPZA 5JLHA 3VTIA 4DTRA 3D2FA 1HNXK 1VQLN 3CM6A 5HLFA 4PKIA 3IG1A 3DLEA 4H03B 5CR4A 3WXIA 3R1XA 4J2AA 4PL7A 2HBMA 1JCEA 1R59O 1JXBA 1JLBA 4AHRA 3J8AA 3DLKA 4CHNA 3P1GA 4BRQA 4AF1A 4KHNA 2KKZA 4EZ6A 2E88A 5AQHA 5E84A 4FLXA 1CLQA 4WCEL 3M8QA 4LF8K 5AQRA 1C1CA 3PO5A 3ID6A 4PKGA 3ZSQA 4KH6A 3LDSA 4FLWA 3S3OA 3AO5A 3TSPA 4LF7K 4B3MK 4EZ9A 5M1PA 1VSHA 3HI0A 4C8OA 5GAHP 3VQBA 3OS2A 2IC3A 3G10A 4CJVA 1U2VA 4C8LA 3PO4A 5AZJA 2W6KA 3F73A 4LY7A 4B3SK 4OO1J 3DXMA 1KLMA 2OCEA 1UOCA 2YJEA 2OA8A 4M3TA 2B5JA 1MU2A 2WUSA 3CERA 4GVEA 3DLGA 3WQUA 4FWOA 5KGWA 4RTFD 1HYSA 4ELVA 3SMSA 4CF1A 2VCPA 4CEAA 1RT2A 2Q1NA 4Q5VA 3MEGA 3THYB 1RDUA 3HVTA 1BL3A 4CJRA 4IOCL 4KHPK 4FLYA 4CFBA 4FWPA 5J2QA 4CGIA 4DHYA 1TVRA 3K9KA 1RTIA 1VK0A 3S9HA 3V1OA 1MDUB 1NJZA 4WFAL 3HJFA 1N34K 2JWKA 3O1BA 1K9MO 4DFKA 3ZEUB 5BN9A 4W5TA 4CJKA 2G8HA 4DQQA 4BQLA 5CHIA 1XNRK 3T69A 2YV0X 2WTUA 1HYVA 2QKBA 1WSHA 4B9VA 4BE0A 5AQSA 3I8DA 5C10A 1I3AA 2GX9A 1TYQB 3ZETA 3TAGA 3PV8A 2A41A 1SL0A 3C7NB 1TUUA 3BF1A 3U6FA 3NH1A 3V9ZA 4B9TA 2O8EB 3DM2A 4H0OA 3QESA 2IVOA 4DTSA 4AILC 2FF6A 1NBWA 4F9OA 1RT4A 1OH8A 5BR8K 3ZSYA 1W2BM 1C0UA 4B9LA 5MLCQ 3IKMA 4XEIA 4A5AA 4PY5A 1GLEG 5AQMA 1NK7A 3HZ6A 2J4RA 1HNVA 3LP3A 4BRHA 3R3LA 3VF6A 5BREA 4JLHA 1FJGK 4CE9A 1QQOA 4YOVA 4J2DA 1XQSC 4O0IA 4BRNA 2Z1GA 4OJRA 1GOBA 4CZJA 3EL2A 5KPZA 4BRGA 3CCRN 1VAZA 2XRIA 3KLIA 4FOIA 4IO8A 4JK9A 5EU7A 1D9FA 4H5VA 1XC9A 4ELUA 5GIOA 4AHSA 2OTJN 3GDQA 4RW9A 3MCAB 3CCVN 3SUNA 4BRPA 3ZYYX 3QEIA 2ZGZA 1X1PA 1Q8IA 1WSIA 3KD5E 4WQ4A 4C8KA 3IS9A 3HRGA 4KB0A 2VQEK 1RFQA 2GELA 1YJWN 4M45A 3NVMA 1VQKN 1B9FA 2HHWA 4WF9L 2Z1IA 4DLEA 2DFFA 3AO2A 3BZKA 3VETA 2XY6A 3PIOL 4DU3A 4RW7A 3SJHA 1M1KO 4DR6K 3CCJN 1YHQN 4Z4CA 1VQ6N 5F2RA 3QO9A 4J2EA 5D3GA 3VEXA 3UE5A 1X9MA 4PWDA 3E9PA 2XO7A 4ILJA 4KREA 1TL1A 3P31A 2ZF5O 4PHTX 1LW2A 5JS1A 3AVCA 5AQXA 2RPIA 3RSEB 1IKWA 2PFUA 4XH5A 2R7YA 4DQRA 3VTHA 2NLXA 2DTUA 5AZIB 4DTXA 3HM8A 4DSFA 1XMOK 1O13A 2A6AA 4CIGA 3T1YK 1KSPA 2OZSA 1BHLA 2QW9A 2O8DB 4NCAA 3LM2A 3DAWA 4OPKA 4DLGA 2KFNA 1ESVA 2GV9A 2Z1JA 2HSTA 4FZXC 3CHWA 1C0TA 3TAEA 3THVA 4R5PA 2G8KA 4BRMA 3R9PA 4U67L 3THWA 1U04A 3OYIA 1EQYA 4DR2K 3ZX3A 2D4WA 3O8MA 1BO5O 4B1VA 1S1TA 5EOYA 4JI2K 5AQQA 2B4JA 3WT0A 1SZ2A 1L3TA 4DSKA 2Y1IA 1VSLA 1IO2A 1LAWA 1HMVA 1S9GA 3MX2A 3CM5A 4JYAK 5T7BA 3TABA 1JLQA 3DRSA 3NBPA 4Z4FA 4M3ZA 1ZYQA 1IBKK 4M3WA 3HSTB 1W97L 2QI2A 3K59A 4HTUA 5HRSA 4CGDA 4KHSA 3CJ1A 2E2PA 4H5NA 2E4LA 5HL7L 4BWJA 4FWMA 4MFBA 3I0SA 2ZJPL 4LFBK 3LZJA 1ITGA 2P9SB 1YTUA 2P9NB 2UXCK 3ZX2A 3C6UA 4FK4A 4BC4A 2QKKA 4FWNA 3R8EA 1RILA 4DV2K 4HTLA 3VF4A 4DV4K 3KHYA 4FK2A 3L3VA 2YNGA 4QS8A 3HXMA 4E0DA 3AV9A 3I56N 2VG7A 3Q7BA 2DFHA 1KLNA 3A5NC 4E1MA 3FZFA 1NJYA 2WBNA 3B8AX 2KW4A 4L3QA 3DMJA 4H0TB 4BRFA 1HQEA 3RRGA 3DI6A 4W5QA 4FWKA 5AQOA 2QWMA 2FC0A 3NGYA 2NUBA 4GV6A 1CZ9A 3G0ZA 4CJSA 1QQMA 2X6NA 1SS6A 4WE1A 3DLBA 3RR8A 3FFIA 1IV0A 3LP1A 3ULEA 3QEWA 4DSLA 1ILYA 2E2QA 4A2AA 3BUZB 1T8EA 1BDGA 4K41A 4O8UA 3K5MA 2F9WA 1RTDA 3CCLN 3P83D 4DV6K 4X64K 3CCMN 4DTPA 3LL3A 4IFYA 3SAGA 4JHDB 4KH4A 3RWUA 3TAPA 3CYMA 2O4GA 2OPRA 4RG8A 3CC4N 1KRPA 2RE2A 4O5BA 4B9NA 2Y1JA 3MMVA 1TKZA 1HX1A 2A1RA 2V51B 1DLOA 4B9QA 1VQ7N 1RT6A 4CEQA 2HMIA 3LDPA 3N4PA 1WAJA 1IJJA 1TKXA 3CQYA 4EFHA 2P9KA 3V9WA 1YXQA 1NU0A 3AGKA 3ENBA 3V9SA 3TU5A 2VGMA 4OVLA 3AVFA 1YJNN 1KD1O 3T1HK 1DT9A 2G8FA 1D4XA 1C6VA 4I9QA 4GV3A 4HCCA 4KRFA 3CJ7A 3SCXA 2I5JA 3HPGA 3A2FA 3D2FB 3TANA 1WAFA 4X65K 4M42A 1GOAA 3NHGA 1ASWA 2PZSA 4JI1K 4YOTA 2V7YA 5FPNA 3ZT4A 3OYNA 1J9AA 3RVCA 2HOEA 4DTMA 2UUAK 5KQ8A 2P9UB 4DTNA 1BQNA 2OPSA 4TSXA 1H1VA 1S6PA 1WUAA 3DLRA 1DGKN 4AM6A 2IDOA 2FF3B 4IDKA 3LALA 3KLFA 4AHUA 4DTJA 3RRHA 1SKSA 4YORA 1RT1A 5AQWA 2F96A 1N32K 1QZ5A 3S41A 1EETA 1NGAA 3K58A 1LW0A 4OKJA 5BRDA 4FJ9A 3RMCA 1VRUA 1JCFA 5GIPA 1JCGA 3C6TA 2EX3A 3BEXA 4H0YB 3BF3A 3VGMA 5M1KA 4BR2A 3O3FA 1HJOA 3QB0A 4B3TK 1WSGA 3WNEA 3CFOA 3OYBA 3WQTA 4GV9A 2YCHA 2VYPA 3BDPA 1U2VB 3O3HA 1MA9B 1XC3A 3BP8A 3EYZA 3JYTA 4CK3A 2P1JA 1RDWX 2OPPA 1U6ZA 2HNZA 2FBVA 2YJFA 4KV8A 4EIAA 1S1UA 3TSUA 1BIUA 3H6EA 4CFDA 4DB3A 4I9LA 4BR9A 2D0BA 4BDPA 3TSQA 1DKGD 4DFJA 5AJ3K 4F2RA 1J5OA 2RF2A 4B3RK 1NGHA 4FJ8A 3KD1E 4FK0A 3O4NA 2YKMA 4LH5A 2FBYA 4FJJA 5AQKA 3VEWA 2Q36A 3B6OA 3DJCA 3CC2N 3ENOA 3NAEA 3B6PA 3D45A 1N6QA 1Q9XA 1D5AA 1Z05A 2PYLA 1EO1A 3ALYA 1TK5A 3J7YP 5AQVA 3OY9A 3HBTA 5LJWA 3MEEA 4NB4A 1J53A 4EAHD 1RTHA 1HPZA 3VGKA 1RBRA 1RDCA 3LP0A 4KFBA 3IAYA 1I94K 4QS7A 3O5BA 3MXMA 1W7AA 4YDUC 3IFRA 1I39A 1NOZA 2AJQA 4G1QA 3WUHA 3AO3A 3CMEN 3ZLJA 3ZETB 1KVAA 3VEOA 1JLAA 4DSEA 3HP9A 3QEVA 4JD2A 4BRKA 4QAGA 4EP5A 3VQ6A 4G9ZA 1GLFO 3DOKA 4DMNA 2FSNA 4WYBA 2QWQA 2X6SA 3J81O 2FBTA 3H1QA 3WNHA 4IOAL 3PIPL 3NMUA 2YNHA 3U4LA 1ZXOA 5IT9O 2OANA 1IBLK 3TARA 3EEQA 3I0RA 4YY3K 3W0LA 1HYZA 3CXCM 4NO7A 1RBVA 4BY9C 1TAUA 3FZMA 4F3TA 4B1YB 3I8BA 2P9LA 2HHSA 3AY9A 4H4OA 1HRHA 1SV5A 2Q0RA 3L0QA 3H08A 4CCHA 4BRLA 3CFRA 4K43A 2A42A 1KVBA 3JSMA 4M3YA 5HBMA 3CETA 5C15A 4BACA 4IG3A 3E01A 3FR0A 2O8CA 5IWAK 3CD6N 4DFPA 1NG9A 3QLHA 3VESA 4AM7A 1HKCA 5FRMA 3T3FA 4CZFA 1IG8A 1OH5A 2A1SA 3AAQA 4BE1A 4J8FA 1T05A 1N8RO 1VQ5N 3P39A 4BGBA 4BR4A 4CZKA 1QSSA 3H45C 4CJWA 3MXJA 3MWPA 3C6HA 2F9TA 3MEDA 4LF4K 3UKRA 4DU1A 3OS0A 4E3SA 4KBOA 3SI6A 3CG7A 2NRXA 4JI8K 3CF5L 5LY3A 3SQ0A 1S72N 2BANA 3MN5A 2WC9A 4BR7A 5BPLA 1S5JA 3A5MC 1BA0A 2HHUA 1WNSA 1D9DA 2LSNA 4YFUA 4CERA 3AVKA 4IEEA 4KHQA 2YNIA 3NH0A 1QE1A 3O80A 1DTTA 3S3MA 1YT3A 2DPNA 4WQ4C 4B1WB 5K14A 3MAQA 3T1AA 3VF2A 3OYGA 1TK8A 3U9ZA 4FVUA 5ELZA 4DTOA 1VSEA 2BGGA 5AQZA 1NK6A 4OGCA 2E20A 3TTCA 4ELTA 3E9LA 1T7PA 1FW6A 2PYJA 1T3VA 2E2NA 5M1QA 4HUFA 4DV3K 4DUYK 2JGUA 3V1QA 3K57A 4KO0A 3AARA 1TGOA 3KK1A 3A5OC 3MN9A 3AVAA 3WXJA 4WFNL 2F7TA 3L2RA 5I42A 3HM9A 3AA4A 3KK7A 5ADXH 1P8ZA 3SBTA 4YOUA 4JKGA 3P38A 2X78A 3LPTA 2O8BA 1ZBUA 2CGJA 4CD1A 5LMNK 2W6LA 4ICLA 4DS5A 1YI2N 1TK0A 1E4GT 1RDAA 2RN2A 3WNFA 4IFVA 1NKCA 4UY8O 3U8XA 2W42A 3SV3A 3N4QA 3OVNA 3L2WA 2UUCK 3K0SA 4LF5K 1JLEA 4CZMA 4B1XB 4LSNA 1Y64A 5JMVA 5SZTA 2BH1A 2NRRA 4BWMA 1VSIA 1QVGM 1L3SA 3LAKA 4FWSA 3LDQA 3F2KA 1S9EA 4JKEA 5JVHL 5LL6Z 1J5EK 3NF8A 2GTDA 4YHHK 4DQSA 1WBBA 3S3NA 1Q81O 4JKFA 3P5JA 2CGKA 5FPMA 1JLCA 1BA1A 3EZ5A 4CHPA 4I2QA 2HF4A 4A59A 3ULEB 1IH7A 1VQ8N 4JI5K 3QICA 4IFEA 3KKRA 4FLVA 1EWRA 4H0PA 4CEZA 1ATRA 3NVKA 1YITN 3HP6A 3EO3A 5HROA 1KAYA 3M3ZA 1BISA 2E5LK 1NMDA 4C8NA 1HNIA 3BY5A 2PBDA 3SYZA 3H3OB 3DXKA 3QFUA 5I3UA 4CK2A 3LWMA 2HMPA 4JI3K 1HKBA 1W9HA 3V9UA 3CI5A 5ADXA 3SNNA 3TAFA 3OW2M 1RBTA 2DY4A 1Z6RA 3KVGA 3HL8A 3G4SN 3HSCA 4CJ5A 2HB5A 4FWQA 3PSIA 5AQTA 1HJRA 4CVNE 1ZBFA 4MO5A 5BN8A 3L2QA 1NK5A 4FJIA 3ZSRA 4OKKA 2QWNA 3AVMA 1CZAN 3VQ8A 1NLVA 3L4IA 3VA0A 1VHXA 2P9KB 4QOZB 3ZX0A 2NRHA 3KK2A 2BE2A 3EE9A 1U47A 4Z4HA 1WSEA 1ZC6A 2HVHA 3IUCA 3WXMB 2G8VA 4FJLA 4ID1A 4BDYA 5JS2A 4DR3K 4DU4A 2F8TA 3F9KA 4BR0A 3ZSZA 1F21A 1J6ZA 1TKTA 4JK7A 4CJ7A 3ENHA 2ZJQL 4FLZA 3KKSA 1HQUA 3M8SA 2HNYA 3CCUN 1QSYA 3SV4A 4DFMA 1MWMA 4ID5A 2WONA 1HKGA 2HHTA 5HRRA 2Q31A 1SAZA 2QXLA 4IJNA 3ZSOA 3QNOA 4JS5A 2F4VK 4WQ5A 1DEJA 4CBXA 4JKCA 4CZHA 1KCFA 2P5OA 1XNQK 3I33A 2KQ2A 4JI6K 3DRPA 1RT3A 4U7BA 2IOCA 1XWLA 3CPWM 1T6CA 4B1UB 3AVLA 4CIFA 1M90O 2XY8A 1WSFA 3OJUA 1N36K 5FDLA 3C94A 4F2SA 4JEPA 1UA0A 3FZLA 1ZBSA 1TL3A 5FPDA 3OYHA 1JL2A 2P5GA 4CW7B 5GAGP 4FCYA 1U4BA 1S1WA 1UWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IOC L;  3CF5 L;  4IO9 L;  5JVH L;  1S72 N;  4WF9 L;  2OTL N;  1VQM N;  3CPW M;  1Q81 O;  3PIO L;  4WFA L;  1VQL N;  3I56 N;  1K9M O;  3I55 N;  1M1K O;  1VQO N;  3CCJ N;  3CME N;  1YHQ N;  1M90 O;  1VQ6 N;  1VQN N;  1VQ8 N;  5JVG L;  1JJ2 M;  1VQ4 N;  1YIT N;  1VQP N;  5H1S Q;  5GAG P;  1YJ9 N;  4IOA L;  3PIP L;  2ZJR L;  1YIJ N;  1K73 O;  3DLL L;  4WCE L;  1ILY A;  3G71 N;  3CMA N;  3CXC M;  3OW2 M;  3G4S N;  1K8A O;  3CCL N;  5GAE P;  5GAD P;  3CCM N;  4U67 L;  1W2B M;  5MLC Q;  5GAH P;  4WFN L;  1Q86 O;  3CCQ N;  1VQ9 N;  3CC4 N;  1QVF M;  1NJI O;  3G6E N;  1VQ7 N;  3CD6 N;  1OVY A;  5DM7 L;  1Q7Y O;  1Q82 O;  3CCR N;  1YI2 N;  1N8R O;  1VQ5 N;  3CCS N;  4UY8 O;  2ZJQ L;  4WFB L;  2OTJ N;  3J7Z O;  1YJN N;  1KD1 O;  3CC2 N;  3CCV N;  3CCU N;  2QA4 N;  2QEX N;  5DM6 L;  1KC8 O;  3CC7 N;  3CCE N;  5HL7 L;  1KQS M;  2ZJP L;  1QVG M;  1YJW N;  1VQK N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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