1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
5MLCQ 1NJIO 2ZJQL 2QEXN 3I56N 3CCQN 3CMEN 2OTJN 1VQMN 3CC7N 1VQ9N 3CMAN 1Q7YO 3CXCM 1YJWN 3CD6N 1OVYA 3CCVN 5DM7L 1YJ9N 5H1SQ 3G4SN 5GAEP 1K8AO 3PIOL 3CC4N 3CCMN 3G71N 2ZJPL 1Q81O 3G6EN 2QA4N 1JJ2M 1ILYA 3PIPL 4IO9L 4IOAL 1VQLN 1QVGM 3CCUN 5GAGP 1YJNN 1N8RO 5GAHP 1W2BM 3J7ZO 1VQ5N 1K73O 4WCEL 1VQ8N 1Q82O 1KD1O 1VQ4N 1YITN 1VQON 3CCSN 1KC8O 1YIJN 5JVGL 4IOCL 4WFNL 5GADP 3I55N 3CCLN 1VQ6N 4WF9L 4WFBL 3CCJN 1YI2N 4UY8O 1VQ7N 3CPWM 5DM6L 1YHQN 3CCEN 4WFAL 1K9MO 3CC2N 3CF5L 5HL7L 1KQSM 1Q86O 4U67L 2ZJRL 1VQNN 1M90O 3OW2M 3DLLL 2OTLN 1VQKN 3CCRN 1VQPN 1S72N 1QVFM 5JVHL 1M1KO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGHA 3AA5X 3MXJA 4DG1A 4QS7A 3AVNA 1K6YA 2UXCK 2I7PA 1TGOA 3ZYYX 3WQTA 4OX9K 3CXCM 3L3VA 2ASMA 3LZIA 4LSLA 3ZSRA 3LDNA 4JS5A 1XQSC 5J1EA 2P9NA 5AQRA 3TTCA 4BRIA 3CCVN 3C95A 4FLXA 3QEIA 3CC4N 4LF8K 2BDPA 3MWPA 4NYNA 1SAZA 4IFYA 3G71N 4LF5K 2ZJPL 3DOKA 4DV3K 2P9SB 4DS5A 1IG8A 4ZTJA 1GOAA 1WNSA 3BY5A 4KPYA 4FOEA 2ZM6K 4FJXA 2A1SA 5GIPA 2E8AA 4CJ5A 2E4LA 4FJ8A 1EETA 2YJEA 3QO9A 4NB4A 4JKGB 3LL3A 4PY5A 3BUZB 4DCHA 3QEWA 4KHWA 5AQOA 5CY4A 2A1RA 5BPMA 1HKCA 4M41A 3ZCMA 5HLFA 2QTDA 3ZLJA 1RDAA 1YAGA 1HYVA 3CI5A 2E6LA 5AZIA 1KFDA 1HNIA 4CHPA 1NJWA 4FO0A 4DTUA 4B1WB 4DMNA 1DKGD 4NYFA 3CJ1A 2YHBA 5AJ3K 3VQ4A 2PYJA 3V9ZA 4JYAK 4CJ3A 2GBZA 1TL1A 3FGUA 2O8CB 5BR9A 3AVIA 3EKUA 4JNEA 4QOZB 4CF0A 3E66A 3CF5L 4JEPA 3ENOA 4RCHA 4U7BA 2AA4A 5HRPA 1VSIA 3LWMA 4U67L 4E1JA 5E26A 5AQYA 2OCEA 4OJRA 5C12A 1QTMA 3DWLA 1RNHA 3L4QA 3CFPA 2OTLN 2NRRA 3VQ9A 4FLZA 4CJUA 4CEOA 3SQ4A 3KIOA 4CF9A 3ZSXA 1IJJA 2XY6A 2UU9K 3AA2A 3CC7N 2IVPA 4HWIA 2FSJA 4MDBA 5M1FA 1EP4A 4OLBA 2HHWA 5T7BA 4GW6A 3NH2A 1WAJA 4LFAK 1MA9B 5H1SQ 1RILA 1TUUA 3RTVA 4JHDA 4J2EA 4RW9A 1RCHA 1C0FA 2EHGA 4KTWA 2G8WA 4O4GA 1WSHA 3ENBA 3WT0A 1DLOA 1NGGA 2HHSA 1NJXA 3A5NC 3NFAA 4NXNK 1YVUA 1L5UA 2HW3A 3SPZA 2D0OA 4DV4K 4ISEA 1GLJO 2HOEA 4DFPA 3E9OA 3HBTA 5M1KA 3H3OB 3O6WA 3AA4A 4IKFA 4AHSA 3MMVA 2J4RA 4AF1A 3E9PA 4FJLA 3LANA 4H0YB 3KWGA 4FLTA 4F3TA 2QWPA 3TANA 4BR0A 3MN7A 5GINA 4M7XA 4CJEA 2F96A 5AQIA 4WFBL 5DMRA 3I8DA 5C2DA 2HSTA 4DTNA 1XWLA 3NMUA 1SV5A 2ZD1A 5F2RA 1Q86O 2W40A 3DLRA 1KSPA 1T6CA 4KFBA 4CF2A 1KVAA 3NBPA 1U04A 3TI0A 3RVCA 4B1UB 2WFBA 3C7NB 3LP3A 3K9JA 2P9UA 4LD0A 2IVOA 2YHWA 2FLOA 1NK4A 1M1KO 4J2DA 3HP6A 3AO5A 3CQYA 4JN4A 3CG7A 4BVPA 3RMDA 4N56A 3IAYA 3A5MC 4DR4K 2GTDA 4NLBA 3AO2A 1YJWN 3VF6A 4CI6A 4KI4A 1S1XA 3VEWA 5FROA 1D8YA 3WNEA 4IG0A 4DSEA 4R79A 4E0DA 2DTUA 2QWOA 5M1OA 3U3YA 2AP1A 4XH5A 3HK2A 4HCCA 2Q2RA 3D0PA 3RSEB 1J6ZA 1JJ2M 3P4IA 3KK7A 3SAFA 3MX2A 1QVGM 1KFSA 3HVRA 1X9WA 4KHSA 5GAHP 4K25A 1W2BM 3EYZA 4JI6K 4CJRA 3VOVA 2O8EA 2VGNA 1CZBA 2Z1IA 4L3QA 1RT6A 1HUXA 3WXKA 1K8KA 3QNNA 4GV9A 4CK1A 2IAJA 4N47A 1QSLA 1P8ZA 4B9UA 3I55N 2E88A 3AO4A 5AQFA 3RRHA 3IRXA 2A5XA 4FWSA 3JXUA 1VRTA 3SV4A 4Z94A 1HNXK 1RT1A 5KGXA 4DR2K 5AQHA 1H1VA 1BQMA 2KFZA 4W5QA 3OYGA 3KK2A 4K42A 5FLXO 4CJKA 4EAHD 2RKIA 1XC9A 2ZWHA 2HVHA 3SUQA 3LZJA 3SUNA 3TPQA 4F2SA 1IV0A 2OA8A 2NNWA 3G0ZA 3SQ2A 4HCBA 2ZJQL 3OS2A 4JI7K 3LM2A 2YNIA 4O44A 3HYFA 2HHXA 2YHYA 2Y1IA 3CMAN 5LMUK 3MK6A 4BREA 4B8CA 1VSEA 3HRGA 3AVAA 3CD6N 1GLCG 2E2OA 2NRWA 4Y0WA 1C1BA 2GUPA 4FJ5A 3AA3A 3THWA 1YJ9N 4CGFA 3GBTA 2QKKA 5J2NA 2HHVA 4EP5A 2QM1A 1SZ2A 4CJPA 3TAMA 2RHKA 3VQ6A 4JKEA 3VESA 4YHHK 4N41A 2QA4N 3VEZA 4H5WA 1JCGA 3KVGA 2ATQA 1HJRA 4EHTA 4B08A 3PLAA 1HYZA 4LF4K 4OGEA 4WQ5A 1HNZK 2OYQA 1JLBA 3OHRA 4I7FA 1XHXA 1VQ5N 4AM6A 3ZT0A 4MDAA 3DLBA 5FPEA 5I3UA 3O4QA 1NGJA 3K58A 5ELZA 1WBDA 3LAKA 2GWKA 2FBVA 1N34K 3QIOA 1TV6A 5KTQA 4DQIA 3I8BA 4WFNL 5CHIA 5EX5A 3CPWM 3DLEA 4FJMA 1S9EA 2HHQA 1W97L 4E7LA 4WFAL 4DQRA 5HL7L 4LFBK 4B9SA 3WEEB 1HNWK 2KKZA 4Q0BA 2O8BA 3IKMA 2NLXA 3WNGA 3D2FB 3B6OA 3D7EO 5SZTA 3D2EB 3O5BA 1FKPA 2FF3B 3PX4A 4JKBA 1WSGA 2F4VK 2JWKA 1U2VB 5MLCQ 4DFJA 3O80A 2YNHA 5KI6A 1S5JA 4FWKA 3UKRB 4I6MA 1JL2A 1OVQA 3VETA 4JLHA 5D3GA 4FSVA 1ZXOA 3SQ1A 2P9KA 3VQDA 4C8KA 2FBYA 3OBYA 3MECA 1BUPA 5JMVA 2KZZA 5JS1A 1SUQA 2GUIA 1E3MA 4C8LA 3TR8A 3UKUB 3V9XA 5CZ1A 3I0RA 3DRSA 4KHNA 1CLQA 5AZJB 4KREA 1OH8A 4ELTA 1D4XA 3BF1A 1NK7A 4FWQA 2VG5A 2IGIA 2R7YA 2QWMA 4EZ6A 2P9LA 1JL1A 3A0IX 1N32K 4BWMA 3LP0A 4H0TB 5KRSA 2VG7A 1K73O 3CFRA 1BA0A 3SBGA 1RDDA 3DXMA 3KWIA 3VQCA 5FDLA 5FPNA 4BG8A 3KJVA 4FLUA 4RG8A 1JLEA 4PQUA 3QEVA 1P90A 3DI6A 4X64K 1YF5L 5BN9A 2AJQA 4H5RA 3SYZA 5JVGL 4H4OA 3MCPA 4IOCL 2UYTA 3KKSA 4FXDA 4J2BA 2P9NB 2WUSA 4A5BA 4MFBA 4B9NA 3QBXA 1QQNA 4DLEA 4DF8A 5EY4A 3VQEA 4ZTFA 1NGDA 4BDZA 3V9UA 1X9MA 3O08A 4BACA 1T7PA 4HHTA 1RBUA 3L6QA 4JI4K 1KLMA 4CK2A 3THYA 3GE1A 4M63C 2WONA 4XH1A 5HRRA 1ZC6A 2LSNA 1NGCA 2YHXA 3AGKA 4WQ4C 3H1QA 3BEXA 3AVGA 3E1YA 4AHUA 3L2RA 4DV0K 1Q18A 1SL1A 2XRIA 4FZZA 1HNVA 4DR5K 4BE1A 3VGMA 2QK9A 1WN7A 2VWKA 1C6VA 1J5EK 4FYDA 4CHNA 4LFCK 3QEXA 1DTQA 4CBWA 3L2UA 3OYFA 4OKEA 1KAYA 1JLGA 2FSNA 4CEAA 3OS0A 5AZIB 1T05A 5GIOA 3HPGA 2O8FA 2YNFA 1Q9YA 4M3YA 2HF4A 3G25A 1EQYA 3JSMA 3HL8A 5BRHA 3CHWA 4FOIA 3LDSA 2QXFA 3PIPL 3CQ8A 4W5RA 1RFQA 4E7HA 1NK0A 3K5MA 5GAGP 3S41A 4FLVA 4AQYK 1N33K 2F7TA 2GWJA 3P31A 1LWFA 1UWBA 3TTFA 4DTMA 1R59O 3H6EA 1S22A 1WOQA 4BE0A 4LC9B 1Q82O 1VQ4N 3IDHA 3N4PA 4E3SA 1X3NA 4YDUC 1T6DA 5CYQA 3CPEA 3WXMB 3KKRA 4CJWA 4PKGA 3BZKA 1NJZA 3RMCA 2Q97A 4F8RA 3K59A 5TKYA 3VA0A 1U6ZA 4FZXC 4CZMA 1ASUA 5AQTA 4E1NA 3NF9A 2A40A 1VQ7N 1RTIA 3EE9A 1OH6A 4ID1A 3HJFA 1L3SA 4EZ9A 3L4IA 4JHDB 4A2BA 2Q36A 1SKWA 4CIFA 3PX0A 3EEQA 4PA1A 1N6QA 5CR4A 3M1FA 1KLNA 1ATNA 3L8BA 4BRLA 4H03B 4DHYA 4BRFA 1WSIA 3BP8A 3ZSOA 3OYNA 2RE2A 3DYAA 1BWFO 3P1GA 4KV8A 4CZEA 4A61A 3NHGA 1QVFM 5FPDA 3O9TA 3SAGA 4FWPA 4CEDA 1O1WA 5K14A 3AV9A 4Z4CA 4DV1K 1RT4A 4B9QA 1WB9A 4IFEA 3CCQN 4KO0A 4DQPA 1VQ9N 5AQNA 5KPTA 4FJGA 3TU5A 2YHAA 2RF2A 2V7ZA 3NVKA 3C6AA 3ZSVA 4J8FA 5E41A 2P5OA 4K8ZA 1OVYA 1VHXA 3H3NO 4N76A 5DM7L 2KZMA 3QNOA 3OS1A 4Z4GA 1JXBA 2G8UA 2YNGA 3CCMN 4QAGA 5C42A 3HPOA 3C65A 4JRPA 3NH0A 1SQKA 4YY3K 2Q3SA 4CK3A 3J80O 4YFUA 3FZMA 3KLIA 4F4KA 1YJNN 1ASVA 3NGIA 1BG3A 4E7JA 4BRMA 3M3ZA 4O8UA 3OBWA 2BUPA 3BGRA 3K5OA 4BRDA 2CGLA 1HRHA 3U3GA 4WCEL 4Z4EA 2P9UB 2P51A 3U9DA 5HROA 4NO7A 4CEFA 5SWMA 4K0KK 4BR4A 1DTTA 3ALYA 2P9PA 1RDWX 3MXIA 3V6DA 3H08A 1A5XA 4PWDA 3AVLA 3OYEA 4JI8K 4B3RK 4BRGA 1ZBUA 2ETJA 1QHTA 2F9WA 5AQWA 3SZ2A 2KFNA 3O3HA 3QBWA 5DM6L 2B6AA 3TSUA 4AHTA 4B1VA 2QWRA 4EIAA 5AQJA 4E89A 4A62A 3C0BA 3CJAA 1EO1A 3QESA 3VTHA 3DXKA 2HNDA 2VQEK 1J5OA 3FFIA 5EU7A 5BPLA 5C2FA 4Z4IA 2DFEA 1C0UA 3FR0A 3IMXA 4OPAA 3J81O 3OW2M 3DLKA 3CCRN 3KLGA 3AVKA 2ZE2A 3M5RA 1FJGK 3D6RA 4HTLA 4CERA 3PV8A 4M3XA 4BDPA 4AHCA 3M8QA 4MO4A 3I56N 1HPZA 3KHYA 3FZLA 1NOZA 1VSHA 1LWEA 3FZFA 2WBNA 4CEEA 4IWVA 4DU3A 4DB3A 2WTUA 3R1XA 1LW2A 4DSFA 5I42A 4BE2A 1T44A 3A5OC 3H45C 1XI1A 1TUYA 1RTJA 3CJ9A 1QHAA 3LPTA 1VSFA 4Y1CA 1VSKA 4DQSA 1QZ5A 3ZEUA 5M1QA 4Q5VA 3DOLA 1DT9A 1XMQK 3G6EN 5LJVA 4IEIA 4M3TA 4F9OA 3JYTA 3CJ7A 3DAWA 1ZBLA 3DLGA 4FJNA 4IOAL 1VQLN 5A2QO 5C25A 4QS8A 4PL7A 2DY4A 5HP1A 1YTAA 3ZETA 3K0SA 4BROA 2X78A 4JD2A 2FSKA 2GELA 4CD1A 3AVFA 2UXBK 4XIUA 4YNQA 4BWJA 5AQVA 4GKJK 3OJSA 3VTIA 3NF7A 2F9TA 3G10A 4FLWA 3B6PA 1VQON 4FVMA 4CJ4A 2YX6A 3LP2A 4JAXA 2NRTA 4B8AB 4W5TA 5AQMA 3V1RA 3VGKA 3ATUA 4CEBA 1HMVA 4CHQA 1G99A 3SMSA 5GADP 3T3FA 1NKEA 4RTFD 4CJQA 3MWTA 3AY9A 2E2NA 1DGKN 1HKBA 3BF3A 2W42A 1GOCA 4OGCA 1UOCA 3M8PA 4CZGA 4R5PA 4FJIA 1RBRA 3T7ZA 3E9LA 5F0XA 3BZCA 1YVNA 2GV9A 4JKAA 1BU6O 5E84A 3T1HK 3JAMO 2A6AA 4CW7B 3OYAA 1REVA 1M90O 4ICLA 3NDKA 4FWMA 2GEMA 1RT3A 4AH9A 4GV3A 2D5RA 4YOYA 1I39A 4M7YA 1QQCA 4DFMA 1X1PA 4DR3K 1LCUA 3MEGA 4KBOA 4H0XB 4CFCA 4BY9C 3C7NA 2O8DA 3B8AX 4H8KA 4IG3A 1GLDG 1IO2A 3G4SN 1S3XA 4NLCA 1LWCA 4CZHA 3ASMA 3TAFA 2QWLA 3VA3A 1S1WA 2IVNA 3VQPA 4X62K 4CJFA 1XUPO 2OZSA 2UXDK 2XO7A 3OYKA 4MQ3A 2B5JA 1BL3A 1C0TA 1RDUA 3KTQA 3HP9A 5HOOA 3ZT2A 1WSJA 3OYLA 4KB1A 4NCGA 4BR5A 1J53A 2O8BB 2XY8A 3UIQA 4F3OA 1BI4B 4OKJA 3THVA 5M1NA 3J7ZO 5F1XA 4FPBA 3EE8A 2X6NA 1RBSA 2BTFA 4DLGA 4B1YB 4BR9A 1WSEA 2BH1A 4QS9A 2RPIA 3SK3A 3CETA 4MLEA 5BR8K 3K9KA 3PO4A 3WUHA 4DU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  1NJI O;  2ZJQ L;  2QEX N;  3I56 N;  3CCQ N;  3CME N;  2OTJ N;  1VQM N;  3CC7 N;  1VQ9 N;  3CMA N;  1Q7Y O;  3CXC M;  1YJW N;  3CD6 N;  1OVY A;  3CCV N;  5DM7 L;  1YJ9 N;  5H1S Q;  3G4S N;  5GAE P;  1K8A O;  3PIO L;  3CC4 N;  3CCM N;  3G71 N;  2ZJP L;  1Q81 O;  3G6E N;  2QA4 N;  1JJ2 M;  1ILY A;  3PIP L;  4IO9 L;  4IOA L;  1VQL N;  1QVG M;  3CCU N;  5GAG P;  1YJN N;  1N8R O;  5GAH P;  1W2B M;  3J7Z O;  1VQ5 N;  1K73 O;  4WCE L;  1VQ8 N;  1Q82 O;  1KD1 O;  1VQ4 N;  1YIT N;  1VQO N;  3CCS N;  1KC8 O;  1YIJ N;  5JVG L;  4IOC L;  4WFN L;  5GAD P;  3I55 N;  3CCL N;  1VQ6 N;  4WF9 L;  4WFB L;  3CCJ N;  1YI2 N;  4UY8 O;  1VQ7 N;  3CPW M;  5DM6 L;  1YHQ N;  3CCE N;  4WFA L;  1K9M O;  3CC2 N;  3CF5 L;  5HL7 L;  1KQS M;  1Q86 O;  4U67 L;  2ZJR L;  1VQN N;  1M90 O;  3OW2 M;  3DLL L;  2OTL N;  1VQK N;  3CCR N;  1VQP N;  1S72 N;  1QVF M;  5JVH L;  1M1K O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGH A;  3AA5 X;  3MXJ A;  4DG1 A;  4QS7 A;  3AVN A;  1K6Y A;  2UXC K;  2I7P A;  1TGO A;  3ZYY X;  3WQT A;  4OX9 K;  3CXC M;  3L3V A;  2ASM A;  3LZI A;  4LSL A;  3ZSR A;  3LDN A;  4JS5 A;  1XQS C;  5J1E A;  2P9N A;  5AQR A;  3TTC A;  4BRI A;  3CCV N;  3C95 A;  4FLX A;  3QEI A;  3CC4 N;  4LF8 K;  2BDP A;  3MWP A;  4NYN A;  1SAZ A;  4IFY A;  3G71 N;  4LF5 K;  2ZJP L;  3DOK A;  4DV3 K;  2P9S B;  4DS5 A;  1IG8 A;  4ZTJ A;  1GOA A;  1WNS A;  3BY5 A;  4KPY A;  4FOE A;  2ZM6 K;  4FJX A;  2A1S A;  5GIP A;  2E8A A;  4CJ5 A;  2E4L A;  4FJ8 A;  1EET A;  2YJE A;  3QO9 A;  4NB4 A;  4JKG B;  3LL3 A;  4PY5 A;  3BUZ B;  4DCH A;  3QEW A;  4KHW A;  5AQO A;  5CY4 A;  2A1R A;  5BPM A;  1HKC A;  4M41 A;  3ZCM A;  5HLF A;  2QTD A;  3ZLJ A;  1RDA A;  1YAG A;  1HYV A;  3CI5 A;  2E6L A;  5AZI A;  1KFD A;  1HNI A;  4CHP A;  1NJW A;  4FO0 A;  4DTU A;  4B1W B;  4DMN A;  1DKG D;  4NYF A;  3CJ1 A;  2YHB A;  5AJ3 K;  3VQ4 A;  2PYJ A;  3V9Z A;  4JYA K;  4CJ3 A;  2GBZ A;  1TL1 A;  3FGU A;  2O8C B;  5BR9 A;  3AVI A;  3EKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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