1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
1VQON 1M1KO 3CMEN 1JJ2M 1VQPN 1K9MO 1M90O 3CCJN 4IOAL 1VQ5N 1VQ7N 5GADP 1NJIO 2OTLN 1Q7YO 5DM7L 1YJ9N 3CMAN 4WCEL 5H1SQ 1VQ4N 1QVGM 3CCUN 3CF5L 4IO9L 3CCQN 4WFNL 5JVHL 2ZJQL 2OTJN 1YHQN 1ILYA 1VQ9N 1YIJN 3CCVN 1S72N 1Q86O 3I55N 1VQLN 5HL7L 2ZJPL 3CCMN 3CC4N 1YI2N 3G4SN 1VQKN 3CXCM 3CCSN 3CCRN 1KC8O 5DM6L 5GAGP 4U67L 3DLLL 1YJNN 1N8RO 1KQSM 3I56N 2ZJRL 3G6EN 5GAHP 4WFBL 1Q81O 3G71N 1K8AO 1KD1O 2QA4N 1YITN 3CCLN 3CPWM 1K73O 5MLCQ 3PIOL 3PIPL 1VQMN 3J7ZO 1Q82O 1OVYA 3CC7N 1W2BM 3CCEN 1VQNN 4WFAL 3CD6N 3OW2M 4UY8O 1VQ6N 5JVGL 1VQ8N 3CC2N 2QEXN 1QVFM 4IOCL 4WF9L 1YJWN 5GAEP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U47A 3OYGA 2P9LB 1QS4A 2HBLA 4NB4A 1S9EA 1RT4A 3SUQA 1NJXA 1QZ6A 4B1UB 4CZMA 3CM6A 4JV5K 2KHOA 1HQEA 2RN2A 1FKOA 3SAGA 4I9QA 1GLLO 1P90A 2F4VK 4H8KA 4E1JA 1OH8A 1VRTA 3WNEA 1HX1A 4RW9A 1BIZA 3KD1E 3KLGA 2V7YA 4W5TA 4FWRA 4MLEA 5LL6Z 1TGOA 2E2QA 1XQSC 3V6DA 1YTAA 1YIJN 2QXLA 3ZEUB 1BA0A 2O8BB 3LM9A 3V1OA 2V7ZA 1Q86O 4KAZA 4JKBA 5LJVA 3SNNA 4KHYA 1TAQA 5AZJB 5BN8A 4GNIA 3LL3A 3PUFA 4C8MA 3PX6A 5HRSA 4HCCA 3O3GA 3E9OA 4X66K 5HRPA 4CJ4A 5C2FA 5AQSA 5IWAK 4IFVA 3K9JA 1JL2A 1RDCA 4FJXA 5CZ2A 4IG0A 1HKGA 4JHDB 2OPSA 1X3MA 2ZJRL 3SQ1A 3QETA 1KSPA 5DMRA 3J8AA 1OH5A 4NLCA 3V9SA 4C8OA 3G71N 4GMJB 1WN7A 2P9UA 1V4TA 4ID5A 3HP9A 3BEXA 2GTDA 1K8KB 4DKWA 1B92A 4CEZA 4DLGA 3EZWA 2DFHA 3U3YA 3CC7N 4OJRA 3A0IX 4AM7A 1W2BM 1HJOA 1G99A 3EY1A 4BC3A 1NGFA 3OYJA 5BPNA 2QWOA 4FM2A 5AQOA 1EO1A 4BRAA 1VSIA 4JKHA 5JS1A 1RT5A 4Z4HA 1NKEA 2NZTA 4QS8A 4JNEA 3UKRA 4FJ8A 1VK0A 4HUEA 2FBXA 3DOKA 1GLDG 5AQYA 2OCEA 1C0TA 1VSHA 2Z1IA 4CGFA 1VQPN 3MN5A 2XY6A 3GG4A 2YJFA 1XI1A 3SQ0A 1T3VA 3TAFA 4FO0A 4BC2A 1VQ7N 3UKUA 2GWKA 3ULEA 2A1RA 1KFSA 3U9ZA 4RWTA 3VQ7A 2Z1GA 3L2WA 4LF9K 3OJUA 5D3GA 1TKDA 4ZTFA 4CZLA 3K0SA 1RT7A 1RTIA 2F96A 2A3ZA 4BVPA 3B6PA 2HHUA 3W3DA 4G1QA 1SQKA 1YAGA 4CZGA 3I55N 4LF6K 4B3MK 2GELA 3F9MA 3LAKA 3K57A 4M42A 3DRRA 3MN6A 2UYTA 2XHBA 5M1NA 4E7HA 4CZKA 4RW4A 3OYFA 5GAGP 4KHNA 3T69A 3MCAB 4DQ8A 3QICA 3CJBA 2YHYA 1NK6A 4FSVA 1KQSM 4FWKA 2Z1JA 1Q18A 2O8DB 2E1ZA 3VEVA 4ISEA 1TL1A 1QQOA 4DV5K 4BRMA 1BDGA 2YHWA 4JI8K 1TKZA 1SS6A 3FLCO 4RW7A 4E19A 1C1AA 2UUAK 2O8FB 4A5AA 1NK9A 1RBVA 3OYAA 3BY5A 3JAMO 5AQLA 4YOWA 4LFCK 5AQUA 4F3OA 3H1QA 3HXMA 1U6ZA 1Z05A 4CW7B 3RTVA 3OYNA 3NBPA 4JI7K 2QEXN 1X9JA 5TKWA 2H3GX 4M41A 2IVPA 2X6SA 4CF9A 3E01A 1NM1A 3O5BA 4C23A 3VGLA 4CF8A 2HHHK 3H46O 2DFEA 3HL8A 4PKHA 4FLZA 1L5UA 1S1VA 1RCHA 3DWLA 3CERA 4GVEA 3P39A 3AVMA 3HBTA 2BH1A 1QQMA 3ISNC 2DTUA 3AY9A 5JICA 1TL3A 3SUNA 5AQVA 4CGJA 3QEPA 1TYQA 1GOAA 4XH4A 1KLNA 1ITGA 4C8KA 4FJHA 3FGUA 2FSKA 3K58A 4IO9L 2KFZA 1UWBA 2KZMA 4FJMA 1KVAA 4AM6A 1KVBA 1W0HA 2I5JA 4U7BA 2D1KA 5SZTA 1XUPO 3IKMA 4CGIA 3QIOA 1S72N 3CFPA 3V9ZA 5AJ3K 3IUCA 1KAZA 3KLIA 4ELTA 1H1VA 1KFDA 5C12A 4DV7K 3DLKA 5EXWA 4B3RK 2P5OA 3VETA 2ATQA 2XO7A 2E2PA 2Q0RA 4CHPA 4FJLA 3CCRN 4H0VB 2D5RA 2O8EB 3AO1A 3HPGA 4H0PA 3NCIA 3OYCA 3MMVA 1VSJA 1X9MA 4FWPA 1SAZA 3RMCA 4NXMK 2EX3A 3N4QA 2HHVA 1IH7A 1Q81O 3AVCA 3U8XA 3BZCA 3RVCA 4CBXA 4BRHA 2A1SA 5BRFA 3JXUA 1O13A 3MXMA 3DJCA 3OYMA 1E3MA 4GKJK 4MDAA 4JRQA 3I8DA 5LJWA 3MWPA 4E7IA 4JI1K 2RHKA 1HNZK 4EFHA 3LDLA 2GWJA 1Q8IA 2QWMA 1RTJA 1VQ8N 2E20A 2P5GA 3I8BA 2GV9A 3CJCA 4OPHA 1ZBSA 4DFMA 1RDAA 2P9SB 2Q2RA 1EX4A 1QE1A 2RKIA 5AQFA 3LM2A 1BCOA 3TTCA 4IEEA 3O4NA 4CHNA 1V4SA 4BC5A 3WT0A 4Z4GA 1K6YA 1QQNA 4IBNA 4RG8A 4YOTA 3WXJA 5J1EA 4CK1A 1WSHA 3DYAA 3AVAA 4O4GA 5AQPA 4QOZB 1CZ9A 3I0RA 3BUZB 3B8AX 3NDKA 4WCEL 4GKKK 1NU0A 4DF8A 4BE2A 3BP8A 3L2UA 1NKCA 5BPLA 4JS4A 1XC9A 4IKFA 3L0QA 5TKYA 2RE2A 1SV5A 3K5MA 2UXCK 1BQNA 1IO2A 4ICLA 2G8HA 2QWNA 2WTUA 4K8ZA 2ZJPL 4XEIA 1BUPA 1S9GA 2X6NA 1NNEA 3EE8A 3CM5A 2E6MA 4YOVA 3LANA 2IVNA 3VF2A 1BWFO 3CQXA 4F2RA 3BZKA 1SL1A 2Q97A 4CF1A 3AVJA 3E9PA 4B9NA 2HSTA 4DS4A 4AHCA 1N32K 2Y1JA 3SPYA 3M8SA 4EHUA 4KO0A 1S1WA 2HOEA 3ZT2A 2OZSA 4IO8A 1BHLA 4WFBL 3V81A 1RDDA 4LFAK 2O4IA 1P8ZA 1QHAA 4BR4A 3L2VA 4CZFA 5HLFA 2YHAA 3KKSA 5EX5A 3AVNA 5AZIB 3D2EA 4LC9B 3RR7A 4O44A 5BPMA 2PYLA 3KJVA 3LP1A 4BE0A 4YDUC 4E89A 2QTDA 3VENA 4DR1K 4UY8O 3O1WA 4PL7A 2PAVA 4FLWA 2XY7A 1BQMA 4RW8A 4KH5A 1OVQA 2IC3A 1JLCA 2P9KA 2YNFA 3EYZA 4Q5VA 1Y97A 3OJSA 1XMOK 4AHRA 5FPDA 3VQBA 4OPKA 3QERA 5GAEP 3ZSVA 4AHTA 1JLGA 4JI3K 1JXBA 4B1YB 2W6LA 4DU3A 3EE9A 4PKGA 1RNHA 4DTPA 4O5FA 3VQ6A 3NF7A 3J81O 2P51A 3O3HA 3OYHA 2O8CB 4NCGA 1ZBFA 3F73A 1T6CA 4KKOA 2QK9A 2YHBA 3ATUA 4CEDA 4FM1A 4A5BA 1T7PA 1BA1A 4E3SA 3C6UA 4PUOA 1VQ9N 2QWLA 4FVUA 2VG5A 3D0PA 1IKVA 3U3GA 4YNQA 1WAFA 1NGJA 3CCMN 2ZF5O 4L3QA 4CIGA 4C1NK 3QB0A 3MECA 5BRHA 2HBJA 3AARA 2ASPA 1NK0A 3H1VX 3ZSXA 2YCHA 3KLHA 4Z4IA 2UXBK 3LZIA 2P9NA 3AVHA 1L3UA 3ZT0A 2F8TA 2QWPA 4LH4A 4EHTA 3THYA 3RMAA 4JKFA 4HWIA 5CY4A 4Y1DA 4CJWA 4N5SA 3TAPA 1ZC6A 3DLRA 3MXIA 2FXUA 3OYLA 3FR0A 3VQ9A 3K9KA 3EL2A 1JLQA 4XH5A 4R5PA 3QLHA 4CGDA 5IT9O 2YKMA 2P9IA 3FE1A 4BREA 4A62A 4DQRA 1S1TA 3Q7CA 3EKSA 4OGEA 4OPJA 4A2AA 4DWIA 4QS9A 4DUYK 4CFDA 1BIUA 4CVNE 4CEOA 3OYEA 2E5LK 3EZ5A 2VQEK 4F3TA 2D4WA 4PQUA 3WQUA 4CESA 1DLOA 3HYFA 5J2PA 5C42A 5JMVA 4X64K 1M1KO 3THXA 3E1YA 3R8EA 4JKCA 1WB9A 4B9UA 3ULDA 1NJIO 4E7JA 3LDOA 2XRIA 5AQQA 1C1CA 5AR0A 3TI0A 1SKRA 4CEBA 3ZETA 4HHTA 3AO2A 2WBNA 1N36K 2HNZA 4B3TK 3FFKB 3D6RA 4RCHA 5HP1A 5CYMA 1HQUA 3H3NO 3PSFA 5HL7L 5LY3A 4DB3A 1X9WA 3RSEA 2HF3A 3K59A 1R0AA 2NRWA 4DFJA 5KGWA 4YHHK 4FWSA 5SWMA 4HTUA 2P9UB 4BR9A 2B6AA 4DCHA 4W5QA 3CCSN 2Y1IA 5M1KA 3OHRA 3PO4A 1REVA 2OA8A 1U04A 3ZX3A 1S22A 2KZZA 3MX5A 4A61A 1WBBA 3PO5A 3LDSA 4FK2A 4FWQA 1C0FA 4JKAA 4FJGA 1VSEA 4O8KA 4AILC 5EVZA 3QFPA 4BRFA 1RBRA 3WEEA 5CYQA 3UKRB 3PIOL 1KCFA 1Z6RA 1MWMA 3KVGA 4FOEA 5E84A 3WUHA 4JD2A 1IBMK 2ASMA 1JLFA 4KPYA 4DTJA 4PHTX 2IAJA 3LP3A 4PKIA 4KB0A 4FXDA 3DLEA 1LAWA 1GOCA 1CZBA 3M1FA 4DLEA 3UKUB 3ULEB 1XWLA 5EU7A 2OYQA 3LWLA 2P1JA 4MFBA 1C6VA 4K42A 4GV6A 4CFAA 4IZ9A 5AQMA 4CZEA 1TUYA 4F9OA 1WUAA 1KRPA 4V19S 2FF6A 1VSMA 3KTQA 3MXJA 3EEQA 3SBTA 3AA5X 2IIRA 3QEIA 3NGIA 3OS1A 1HNVA 4B9MA 5H1SQ 1JLEA 1ATNA 1DKGD 5KTQA 2W6KA 1OH6A 4IWVA 3DAWA 3VQEA 4BR2A 1HYZA 3I0SA 3KHYA 1LWCA 5FLXO 3ZEUA 1QSYA 4H4OA 2QKBA 4DV4K 4JKGB 4BWMA 2F8SA 3P5JA 4JAXA 1JLAA 1YXQA 2NNWA 1CXQA 1IG8A 3VN5A 1ASUA 4B9VA 1VQKN 4WQ4C 3CXCM 1TK8A 3G25A 3ZT3A 1RT1A 3A8YA 3R3LA 3KIOA 4ZHRA 1KAXA 1WSEA 4DHYA 4HVJA 2NRZA 1DTQA 1XMQK 3VPZA 1CXUA 3NF8A 1W9HA 3VEZA 2E1YA 4CHZA 2V51B 5J2NA 1N34K 2FSNA 4LF7K 2W42A 4CJEA 2OZMA 1D5AA 4O0JA 1KD1O 1VSDA 4GY2B 3CPWM 4E7LA 4B9LA 4JKDA 5MLCQ 4FOIA 1GLJO 4BG9A 4GV9A 1KLMA 5C0YA 2VG6A 3MEDA 1WBDA 2BUPA 3O8MA 3OTOK 3OYBA 3SMPA 1TUUA 4AHUA 3TWHA 3LALA 4IOCL 3DRPA 1HYVA 1NMDA 4KBOA 4K43A 5M1OA 1BGXT 2KKZA 4K8XA 1XNQK 1MWKA 4K25A 3NFAA 3FZFA 1N33K 3ZSWA 4M7XA 4IXCA 3PLAA 3NVKA 3MN9A 3QBWA 5GINA 4NLBA 1U2VA 1VHXA 4TSXA 5CZ1A 2YV0X 3DXKA 3C94A 5I3UA 4H03B 3WXLA 3MX2A 1NOZA 3HO1A 5KPTA 3IRXA 4PY5A 2D0AA 1E4FT 3HT3A 2CH5A 2OTJN 2VGMA 4FLXA 4CBWA 3ZSYA 1L3TA 1I3AA 3AO4A 2OPQA 1GLEG 2VG7A 4E7KA 3T1HK 2EHGA 4DTNA 3C65A 4CD3A 2VWKA 3KZBA 2ZM6K 4K41A 4N76A 1D9DA 3VEWA 1YI2N 1ASVA 4JI4K 4DTXA 4BQZA 4XIUA 4FW1A 4C8LA 1XHXA 2PZSA 2XY5A 2D0CA 3J7AP 4JKEA 3IS9A 5KRSA 4C8NA 5I42A 3E9LA 1VRUA 3I56N 2EWSA 4LF4K 1UAXA 4DR6K 2V52B 1LOTB 3ZLJA 3VESA 4BRGA 4CHQA 1LAVA 3HZ6A 4IOXA 2F9TA 1YITN 1ZBIA 2VYPA 2ZWHA 3HM9A 3CPEA 1HNIA 3IMXA 2F9WA 3V1QA 3E66A 3O1BA 3OS2A 5FPEA 3CETA 3RRGA 4RW6A 5JLHA 4DU1A 1LV5A 3UIQA 3AA2A 4BVOA 2GBZA 3VF4A 4BC4A 3CIPA 4M45A 4BR5A 2FLOA 3TTDA 4B8CA 4WQ5C 3AGKA 3ITHA 3RMBA 4LFBK 1D9FA 1C0GA 3TPQA 2BE2A 3C6TA 1N6QA 1SKSA 3F5TA 4I7FA 1VQON 1A5XA 1NG9A 2CGJA 1K9MO 2W40A 2KW4A 4DFKA 4IDHA 5AQJA 4ZTJA 4W5OA 4FLYA 3EN9A 1BU6O 3KK7A 4CIFA 2OTLN 4H0OA 1J53A 3U4LA 1RT2A 3L8BA 2HHQA 2KTQA 4A59A 4IDKA 4QS7A 3CCUN 4DS5A 2GEMA 3V1RA 3V9UA 2VCPA 3P1GA 4YOUA 3AV9A 1HKBA 3ZSOA 5JLFA 4BGBA 3O3FA 4CGGA 4CJ5A 1QSSA 5HBMA 4MDBA 3CC4N 4FJKA 1S6QA 5LMUK 3SI6A 2E2OA 4NXNK 3ENHA 3KK1A 2HW3A 3D2EB 5I9EB 3DXMA 3AO3A 4JEPA 5DM6L 3SAHA 2QWQA 4RTFD 1KXPA 2F7TA 3KWIA 3LPTA 2R7YA 4FZZA 3S41A 2QKKA 4CI6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQO N;  1M1K O;  3CME N;  1JJ2 M;  1VQP N;  1K9M O;  1M90 O;  3CCJ N;  4IOA L;  1VQ5 N;  1VQ7 N;  5GAD P;  1NJI O;  2OTL N;  1Q7Y O;  5DM7 L;  1YJ9 N;  3CMA N;  4WCE L;  5H1S Q;  1VQ4 N;  1QVG M;  3CCU N;  3CF5 L;  4IO9 L;  3CCQ N;  4WFN L;  5JVH L;  2ZJQ L;  2OTJ N;  1YHQ N;  1ILY A;  1VQ9 N;  1YIJ N;  3CCV N;  1S72 N;  1Q86 O;  3I55 N;  1VQL N;  5HL7 L;  2ZJP L;  3CCM N;  3CC4 N;  1YI2 N;  3G4S N;  1VQK N;  3CXC M;  3CCS N;  3CCR N;  1KC8 O;  5DM6 L;  5GAG P;  4U67 L;  3DLL L;  1YJN N;  1N8R O;  1KQS M;  3I56 N;  2ZJR L;  3G6E N;  5GAH P;  4WFB L;  1Q81 O;  3G71 N;  1K8A O;  1KD1 O;  2QA4 N;  1YIT N;  3CCL N;  3CPW M;  1K73 O;  5MLC Q;  3PIO L;  3PIP L;  1VQM N;  3J7Z O;  1Q82 O;  1OVY A;  3CC7 N;  1W2B M;  3CCE N;  1VQN N;  4WFA L;  3CD6 N;  3OW2 M;  4UY8 O;  1VQ6 N;  5JVG L;  1VQ8 N;  3CC2 N;  2QEX N;  1QVF M;  4IOC L;  4WF9 L;  1YJW N;  5GAE P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1U47 A;  3OYG A;  2P9L B;  1QS4 A;  2HBL A;  4NB4 A;  1S9E A;  1RT4 A;  3SUQ A;  1NJX A;  1QZ6 A;  4B1U B;  4CZM A;  3CM6 A;  4JV5 K;  2KHO A;  1HQE A;  2RN2 A;  1FKO A;  3SAG A;  4I9Q A;  1GLL O;  1P90 A;  2F4V K;  4H8K A;  4E1J A;  1OH8 A;  1VRT A;  3WNE A;  1HX1 A;  4RW9 A;  1BIZ A;  3KD1 E;  3KLG A;  2V7Y A;  4W5T A;  4FWR A;  4MLE A;  5LL6 Z;  1TGO A;  2E2Q A;  1XQS C;  3V6D A;  1YTA A;  1YIJ N;  2QXL A;  3ZEU B;  1BA0 A;  2O8B B;  3LM9 A;  3V1O A;  2V7Z A;  1Q86 O;  4KAZ A;  4JKB A;  5LJV A;  3SNN A;  4KHY A;  1TAQ A;  5AZJ B;  5BN8 A;  4GNI A;  3LL3 A;  3PUF A;  4C8M A;  3PX6 A;  5HRS A;  4HCC A;  3O3G A;  3E9O A;  4X66 K;  5HRP A;  4CJ4 A;  5C2F A;  5AQS A;  5IWA K;  4IFV A;  3K9J A;  1JL2 A;  1RDC A;  4FJX A;  5CZ2 A;  4IG0 A;  1HKG A;  4JHD B;  2OPS A;  1X3M A;  2ZJR L;  3SQ1 A;  3QET A;  1KSP A;  5DMR A;  3J8A A;  1OH5 A;  4NLC A;  3V9S A;  4C8O A;  3G71 N;  4GMJ B;  1WN7 A;  2P9U A;  1V4T A;  4ID5 A;  3HP9 A;  3BEX A;  2GTD A;  1K8K B;  4DKW A;  1B92 A;  4CEZ A;  4DLG A;  3EZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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