1HYZA

Hiv integrase core domain complexed with a derivative of tetraphenyl arsonium.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of a small-molecule binding site at the dimer interface of the HIV integrase catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 142
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hyzA00
3BDPA 3SUQA 3TAMA 4CGJA 4KO0A 2RPIA 3WNFA 3LAMA 1X1PA 1LAWA 3HXMA 1WSEA 4DFMA 4DTOA 1HNIA 4J2DA 1VSLA 4FJKA 1BI4A 3KTQA 1NJYA 3RRHA 1UOCA 3AO4A 3KK1A 2E6LA 4DFPA 3KD1E 4FXDA 1QHTA 3LP2A 4LH5A 3VQ8A 1C0TA 4CF8A 3NHGA 3NAEA 4KHYA 2HMIA 1TAUA 1S1TA 3C94A 1BIUA 4LD0A 1VSFA 2XRIA 5KGWA 1JLBA 2D0CA 2O4IA 2E6MA 1UAXA 3OYGA 4HUFA 1C0UA 5SWMA 3JSMA 4J2BA 1RBUA 1EX4A 4CIEA 4FLWA 1HYVA 2VG6A 5CY4A 2IC3A 3NFAA 1RILA 1RTJA 3VQ4A 4EZ6A 3UIQA 4E7JA 4BACA 2ZE2A 2PYJA 1C1CA 3V6DA 3E01A 1NK5A 1S1WA 2AJQA 3L3UA 1ITGA 4C8NA 3SNNA 3U6FA 4Y1CA 2BDPA 1BQMA 1SKRA 4CJWA 3OYKA 1EXQA 1CXQA 3QNOA 4F3OA 3DOLA 2HVIA 4FZYA 1VSMA 1Y97A 3CFRA 4DS4A 3QESA 4CHQA 4DTJA 4O44A 3THVA 3QIPA 1HYZA 4M41A 3V9ZA 4KV8A 3QEWA 2IGIA 2WOMA 3DLRA 3AVFA 4KTWA 1IO2A 3ALYA 1LW2A 3F9KA 3AVLA 4CE9A 4DSFA 1IG9A 2WONA 4LSNA 5HLFA 1T8EA 1KFDA 3G0ZA 4HUEA 1ZBIA 1TKXA 2ZQBA 3DYAA 1S6QA 2RF2A 5C24A 4DFJA 2JGUA 3G10A 4N56A 3LANA 5J2QA 1BIZA 1HNVA 1S6PA 4RW6A 1NKBA 4BDZA 2FBYA 3VQAA 4W5TA 3LWMA 3FFIA 3V9SA 3RMDA 3TI0A 1WSFA 1L3SA 4XIUA 4ELTA 5FRNA 2XHBA 3QO9A 1SUQA 1Q8IA 4F8RA 3OJSA 4BWJA 1D8YA 2BANA 3ZSWA 4CJRA 4BDPA 3T1AA 4HUGA 4E1MA 3CQ8A 3F73A 1RDDA 2YKMA 4E1NA 2NUBA 2HHQA 4DU4A 3AVNA 3QEXA 4FLUA 3ZT3A 4CGGA 4CJPA 2W42A 1W0HA 1RDAA 4DQSA 4C8LA 1I39A 2DFHA 3L2QA 3TAFA 3PUFA 1GOBA 3NF7A 3TAGA 4E7LA 4ELVA 3VQ6A 4FCYA 4J2EA 4LSLA 5CZ2A 3L2VA 1CXUA 1TVRA 3DLKA 4DQIA 2KFNA 1LAVA 3OS1A 3V9UA 3TAEA 1TL3A 4M45A 1BQNA 2LSNA 4BWMA 4ID1A 1DTTA 3WNGA 1XC9A 1C6VA 4DWIA 4DSKA 3ZSRA 3LWLA 1KRPA 3ZSQA 1NOZA 1RBTA 3MXIA 3HPGA 3LPTA 3SYZA 4FM2A 1C0MA 1DLOA 4FJGA 2X6NA 3HSTB 4EP5A 1T05A 4KHSA 4KRFA 1TGOA 4NYNA 1NJZA 4M3UA 4N47A 3K59A 3S3MA 1WSGA 3VQ7A 3ZSVA 3QEIA 2F8SA 3SUOA 1YT3A 4DSEA 2HHVA 4FJLA 3SPZA 2OA8A 5DK5A 1JKHA 4FJJA 3TABA 2ITGA 4DLEA 4KB0A 1ASWA 2ZD1A 3L3VA 4DQQA 4DSJA 4K8XA 4YFUA 2ETJA 3AVIA 3SI6A 1B9DA 1REVA 1S1XA 3AO3A 1Q9XA 1RT5A 5DMRA 1NK7A 5JS2A 1KVBA 3VQ5A 4B9MA 3VQPA 4KTZA 4HHTA 3SQ2A 1TK8A 1L3TA 4TSXA 2G8KA 1NK6A 4F2SA 3V1RA 4W5QA 1VSKA 3ZSYA 4FZXC 4NCGA 2D0BA 1JLAA 4FLVA 1NKEA 4DTRA 2G8IA 4AHCA 5HRPA 4G1QA 1L5UA 1RT3A 5J2NA 1JLEA 4OKJA 3VN5A 1D9DA 4I7FA 3SPYA 4FLTA 2DFEA 1NK4A 3ZSXA 1NJXA 4F2RA 3M8RA 4O0JA 3K5NA 4IFVA 4CJFA 3LAKA 4R5PA 4H8KA 3OYCA 1BCOA 1TK5A 4B9VA 4F4KA 4PWDA 1QSLA 4O4GA 1RT7A 3CYMA 3OYEA 2OPQA 3VA3A 4DTUA 3KLIA 1U45A 4C8KA 4FK2A 4OLBA 4F3TA 1XHZA 4PY5A 2YKNA 2HHUA 5KRSA 5HRRA 3KIOA 3VQDA 4FLZA 2F8TA 4FYDA 4CHZA 4IDKA 3VQ9A 4FW2A 1Z25A 4WE1A 4AHTA 1UA1A 3LDSA 2IS3A 3DI6A 3NCIA 3HK2A 4CEBA 3O4QA 1A5VA 1NOYA 3PO4A 1LWCA 4I2QA 4DTSA 3KKRA 4B9LA 3HJFA 1G15A 1RDBA 4IG0A 2P5OA 3I8DA 2G8WA 1RTHA 3QNNA 4CEQA 1LWFA 1FXXA 4W5RA 2HHTA 1IKXA 3V1QA 2B5JA 4CIGA 3OYAA 3OYJA 3JYTA 4CF2A 4FVMA 1VK0A 3DLGA 4E7KA 1L3VA 3KK2A 3NF6A 4FM1A 3AO2A 4JRPA 4CJ4A 3HVTA 1WAFA 4I2PA 3NH2A 4CJKA 3AVGA 4KI4A 3P83D 4B9TA 4H4MA 4MFBA 3NGIA 1KFSA 3OJUA 2DTUA 2YV0X 3KLEA 3D45A 4KKOA 1BI4B 4N5SA 3K5LA 1KVAA 1BL3A 4OJRA 2PYLA 2Y1JA 1S1VA 4QAGA 3P1GA 3HP9A 3SV3A 3AA5X 1ZBFA 2GV9A 3AA3A 2FC0A 1JXBA 2VWKA 4CGIA 3NH0A 3CFPA 1KSPA 4KTQA 4CEOA 3KK3A 5D3GA 1FKPA 2KZMA 3QEPA 4AHUA 3HPOA 4Q0BA 4OVLA 3OVNA 2XY5A 3TR8A 3RMAA 3OS2A 2OZSA 3OYFA 4EZ9A 4AHVA 3VQBA 2JLEA 3DRSA 2YHBA 2QKKA 5HBMA 3V9WA 5I42A 1D5AA 3K5MA 1HMVA 2KQ2A 1CZ9A 1F21A 3DRPA 4CK1A 1U49A 1SL2A 1J5OA 3QLHA 4KB1A 2KW4A 1UA0A 4UQGA 3MAQA 3RRGA 5KTQA 4KHWA 4B08A 1JLQA 1RDCA 2R7YA 4BE2A 4DQRA 4NYFA 4B9NA 3T19A 2OPSA 4E3SA 3MEDA 4FLYA 3KD5E 2HW3A 1YTAA 4DF8A 3S3OA 3HM9A 1LW0A 4M3RA 2PY5A 4KAZA 3AVCA 3HYFA 3V4IA 4C8OA 4CEDA 2E4LA 1S5JA 5JS1A 1WSIA 1ZBHA 4B9SA 3SJJA 1HQUA 3EYZA 1IH7A 2GUIA 1QSSA 4M3WA 5CYQA 4CJLA 4IFYA 4M3TA 4RW7A 4O55A 2YHAA 1JL2A 1RBSA 1S9EA 2B6AA 3CM5A 3KLGA 4CEEA 3O3GA 4JRQA 4NCBA 4GVMA 4PUOA 3CM6A 1QTMA 4E7HA 4FZZA 3PV8A 4CFBA 3S3NA 4Z4EA 2Y1IA 3BGRA 2KTQA 3QETA 4OPJA 1IKWA 1XHXA 3MXMA 4FJHA 1JLGA 2X74A 4CF9A 4E7IA 1YTUA 2A1SA 3PO5A 4J2AA 4CGDA 1RBVA 3NGZA 1KTQA 3KLFA 1JLFA 4Z0UA 4QCLA 1EETA 1BCMA 1K6YA 2YNFA 4CFCA 4O0IA 3O3HA 3QEVA 2A1RA 4N41A 1HPZA 2HHSA 3AVKA 4Z4FA 4CEAA 3VA0A 3ULDA 1RT2A 4DSLA 1IKYA 3VQEA 4CJEA 3KLHA 4B9UA 1T7PA 4AILC 1DTQA 3LZJA 2OYQA 1N5YA 2F96A 1SKWA 4EP4A 4CCHA 4M3ZA 4Z4HA 1J9AA 4CIFA 5T7BA 3DRRA 5HP1A 4B8CA 1TKDA 4OGCA 1EKEA 4GMJB 1O1WA 4BE0A 3OYBA 4AHSA 3ASMA 3DOKA 1VSIA 4FLXA 1C1AA 4C8MA 1WN7A 5FROA 2Q3SA 4CJQA 4CECA 3VQQA 3SUPA 4KREA 4CHNA 3TAPA 2VG7A 3TARA 1R0AA 2X78A 3OYMA 3U3GA 1RCHA 3L2WA 4JS5A 3IG1A 4Z4IA 4DTNA 3PX0A 4RW8A 2Z1JA 3L8BA 3O4NA 4FM0A 3SUNA 5J2PA 5CZ1A 2I5JA 1RTIA 4O5BA 2RN2A 1LWEA 2YNIA 1VRTA 3PX4A 1T03A 5FDLA 1JLCA 4CJ5A 2VWJA 3P5JA 2OPPA 4CHYA 1YVUA 1VSJA 1HYSA 1XWLA 1TV6A 4M42A 4CK3A 4E0DA 4Y1DA 2B4JA 1RT4A 5E41A 1IKVA 1KLMA 3HL8A 4CEFA 3SV4A 1NK0A 2G8HA 3I0RA 1S1UA 5J1EA 4DF4A 1TAQA 1WSJA 3ISNC 4DU3A 4CJSA 3LP1A 2XY7A 2P51A 4ICLA 4JLHA 4PQUA 1QQCA 3M8SA 3LP3A 3NH1A 3DLBA 4FJ5A 4CGHA 1D9FA 3TANA 2XY8A 2Z1GA 3QIOA 4E89A 3MXJA 3ITHA 1VSDA 4CHPA 3L2RA 3IS9A 1EP4A 3MEEA 1WNSA 2D5RA 4CFDA 1X9MA 4Q5VA 3SQ4A 3TAQA 3B6OA 3SQ0A 4BE1A 3OYHA 2FBVA 4I9LA 1B9FA 2XO7A 5HROA 1J53A 1TL1A 3T3FA 1N6QA 4HTUA 4AHRA 3L2UA 4CJ3A 1L3UA 3AA2A 5C42A 4FJXA 4KHQA 3RR7A 2YNGA 3NF8A 1Z26A 1RNHA 3A2FA 4KFBA 1MU2A 3LZIA 3AVMA 3EZ5A 1BHLA 4BDYA 4OLAA 3K5OA 3NGYA 2QK9A 2O4GA 1WSHA 3MECA 4H4OA 2QKBA 1GOCA 1BISA 3V81A 1VRUA 1UWBA 1TK0A 3NBPA 3C95A 4OPKA 3RTVA 2BE2A 4MQ3A 4CGFA 1SL0A 4OGEA 4QOZB 3M8PA 4FW1A 4CF0A 3HO1A 2HHWA 3DLEA 1XI1A 5CYMA 4NCAA 4FJ9A 3DLHA 3MEGA 1RT1A 2VG5A 4FJNA 2HHXA 4HCBA 3ZSOA 4CJTA 1HQEA 2P1JA 4DFKA 1FKOA 1KVCA 4CESA 4IBNA 3S9HA 4PA1A 1NK8A 1NJWA 4I9QA 4LH4A 1CLQA 1GOAA 1U04A 5J2MA 1U47A 3ZSZA 4CFAA 1ASVA 3AVBA 4W5OA 3OYLA 3EY1A 1QSYA 3QINA 2HNYA 2Z1IA 3RMBA 4HCCA 1I3AA 4FJMA 4DQPA 1KCFA 1X9SA 1S9GA 4CEZA 3OS0A 5HRNA 5KI6A 5KRTA 1RT6A 3O3FA 3B6PA 3HPHA 2GBZA 3QERA 4DMNA 3RMCA 5HRSA 3PY8A 2HNDA 3K2PA 5EU7A 3ZT0A 4CK2A 1WLJA 4IG3A 4B3OA 4IKFA 4W5NA 1TKZA 3M8QA 2ATQA 4FK0A 3KKSA 3NE6A 1NKCA 3AA4A 1VSEA 4RW4A 3V9XA 3DM2A 3H08A 4CF1A 4ELUA 2OPRA 5C25A 5SZTA 2P5GA 1SV5A 3AVJA 3AO1A 2G8UA 1JXEA 3TWHA 2QXFA 4DSIA 4KHNA 2X6SA 1W9HA 4LY7A 1BGXT 3C6UA 2DFFA 2EX3A 2FBTA 3OY9A 1J54A 2PZSA 2FBXA 1NK9A 3RWUA 3AO5A 4B8AB 3NDKA 3HP6A 2RKIA 3ZCMA 3LP0A 1SKSA 2YNHA 4OKKA 3HVRA 1TKTA 4CERA 4DTPA 2IOCA 4Z4GA 3V1OA 1ZBUA 3NF9A 5K14A 4DS5A 4CJUA 1U48A 4KI6A 2IDOA 1ZYQA 4KPYA 1QS4A 2BGGA 3IAYA 2DY4A 4HVJA 1A5WA 4FK4A 1JL1A 3SQ1A 2D0AA 3WNEA 2OZMA 4FJ7A 4K8ZA 3U3YA 4FJ8A 1SL1A 3K58A 4JS4A 4ID5A 4DG1A 1A5XA 1HJRA 1HRHA 1QE1A 4DLGA 3PX6A 4ZTFA 2HVHA 3OYDA 4OKEA 1VSHA 2KFZA 3CFOA 4RG8A 4DTMA 1B92A 3AVHA 3WNHA 3AVAA 3DMJA 1LV5A 4GW6A 3OYNA 3AV9A 3CG7A 2XY6A 1RTDA 2HB5A 3OYIA 3K57A 4ZTJA 1U4BA 4DTXA 2Z1HA 1X9WA 1ASUA 2G8VA 4KHUA 3D0PA 4M3YA 1WAJA 4Z4CA 4ZHRA 3LPUA 3RR8A 2HNZA 3KJVA 1ZBLA 3VQCA 4DU1A 4AH9A 1C1BA 2KZZA 1CZBA 5KGXA 3SCXA 5FRMA 3I0SA 3C6TA 3HT3A 4YNQA 5I3UA 3ZT4A 4CHOA 1Q9YA 2G8FA 2EHGA 3SZ2A 4M3XA 3IRXA 3ZT1A 4L8RB 3LALA 4RW9A 4E19A 1RBRA 3ZT2A 2IAJA 4N76A 4CJVA 4FJIA 1FK9A 1KLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LAMA 3EE8A 5GIPA 1WSEA 4J2DA 3M1FA 1BI4A 4CBXA 3CD6N 4FOIA 3WXLA 3KD1E 1QHTA 5AQTA 4LD0A 2D4WA 4NXNK 2VYPA 1JLBA 2D0CA 4LF5K 2E6MA 3ZX0A 1T44A 4WQ5A 5SWMA 1BUPA 5KQ8A 3JSMA 3VTHA 1QQNA 1HYVA 1T6CA 4EZ6A 4B1ZA 3T1HK 3UIQA 4BACA 2PYJA 1NK5A 3E01A 3AAQA 3HSCA 4Y1CA 2IVOA 3AAPA 4CJWA 2VQEK 2F4VK 2E2QA 1XNRK 4FZYA 4BR4A 3IDHA 4DB3A 4RWTA 4DTJA 3ID6A 3QIPA 3EZWA 4M41A 4KV8A 3V9ZA 2WONA 2NRRA 1T8EA 2UUAK 1TKXA 3P39A 3T7ZA 1S6QA 2RF2A 2JGUA 3LANA 1BIZA 1HNVA 1H1VA 3V9SA 3TI0A 1L3SA 4XIUA 3ATUA 4BRPA 4EHTA 1XQSC 1J6ZA 3MN7A 4BDPA 3F2KA 4U7BA 4E1MA 3CQ8A 1E3MA 2F9TA 4IOCL 2NUBA 3MDQA 4BRGA 3QEXA 5AQFA 4FLUA 3B8AX 2DFHA 3L2QA 3TAFA 2QWLA 3L6QA 1YVNA 4FCYA 4J2EA 2ZJQL 1LAVA 4DR1K 3V9UA 1IJJA 3VGMA 3RVCA 3WNGA 1XC9A 5EOYA 1VQLN 3R1XA 3MXIA 3HPGA 3ZLJA 1KAYA 4FO0A 1DLOA 3DAWA 3E9LA 3CCUN 4FJGA 3LM2A 2E2NA 3ZSVA 4MO5A 4DR6K 3OA9A 4FJJA 2ITGA 5LJWA 5GAHP 3MWTA 4DSJA 2NRWA 5BPNA 3RSEA 3SI6A 3AO3A 1YJ9N 2G8KA 3THWB 2ASMA 1NK6A 4F2SA 3V1RA 4W5QA 3ZSYA 2IVNA 4FZXC 5E26A 1JLAA 1HR0K 1WUAA 4DTRA 5AQWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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