3VF4A

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz s530a variant in complex with carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
566
structure length
566
Chain Sequence
MRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERFTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTAFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
total genus 194
structure length 566
sequence length 566
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vf4A03
1QZ6A 5BPNA 3GE1A 3O08A 3VF4A 4XH1A 2QWLA 3QBXA 1BU6O 3HSCA 1LOTB 3LDQA 2IVNA 2D4WA 3M3ZA 1WOQA 4FSVA 3LDLA 3ZX3A 2FXUA 4XH5A 4BRFA 2CGKA 3VOVA 1HLUA 2F9TA 3DXMA 4DQ8A 3A8YA 1ATSA 5TKYA 2HF3A 2P9LA 3EN9A 2E88A 5AZIA 3TTDA 3FGUA 2PBDA 5AQQA 3CJBA 1NGIA 1MA9B 1P8ZA 4BRMA 1YXQA 2GTDA 3MDQA 1K8KB 4FO0A 3WXIA 3L6QA 2ASOA 3H6EA 1YAGA 4FWKA 1GLCG 3DXKB 4EAHD 4BRHA 2ASPA 4NO7A 5LY3A 3LDNA 4F9OA 4K41A 3S41A 5FPEA 5KQDA 4FOIA 5AQMA 4BRAA 3AARA 1GLJO 1NGHA 4A2AA 4CI6A 5LJVA 1TUYA 5AQGA 3D2EA 1ATNA 1GLBG 1NM1A 4CD1A 1NGFA 1IG8A 3EKUA 3UKUB 1WUAA 3QFPA 1KAYA 1NLVA 5EXWA 1NGBA 4B1ZA 1GLLO 2E2NA 5AQSA 3O8MA 5AFUH 3UB5A 5KPRA 3I8BA 1JCGA 3R8EA 5BR9A 4FL9A 1Z05A 1S3XA 5JLFA 2IIRA 2Q0UA 3A5MC 5AQOA 4WQ5C 4BRNA 1NGEA 3U4LA 3TU5A 4WQ4C 3EO3A 1S22A 4K43A 4PKIA 4O8KA 1RDWX 4YDUA 4BVPA 4H5RA 1HKGA 2FSNA 1HKBA 3HI0A 2BUPA 4IJNA 3ID8A 4H0VB 3VGLA 4FWMA 1QQOA 3ZETB 1TYQA 1XUPO 4BRPA 4MLEA 3VF6A 4BR7A 4H0OA 4RTFD 1TYQB 4E1JA 3WEEA 3H3OB 3FE1A 5AR0A 4HTLA 1KXPA 4B1YB 1G99A 2P9UA 3EZWA 3A5OC 4BRDA 1HX1A 3C7NB 3TTCA 2NZTA 4J8FA 2GUPA 3L0QA 4RWTA 2P9IA 2FF3B 5AQRA 2ITMA 3M1FA 2UYTA 2E8AA 3ENHA 3FZMA 3DAWA 1V4SA 5AQKA 5AQJA 3ZEUA 5JMVA 2IVOA 4RCHA 3TTFA 4FWNA 2D0PA 2KHOA 2FF6A 4EIAA 1T44A 1SZ2A 2YHYA 4IO8A 5BPMA 3IMXA 5KPZA 2W40A 3G25A 3H1VX 4L3QA 2VWBA 4CBXA 4CZMA 4BRGA 2E2PA 2Q36A 5EOYA 4FWLA 1NWKA 1EQYA 3U8XA 4MO5A 2YI1A 4CBUA 3VGKA 5BPLA 3A5LC 4BC4A 3RSEB 1NGCA 3FFKB 4H0TB 4CZIA 3CJ9A 4CZFA 3U9ZA 5ADXA 3LDPA 3CERA 1NGGA 4BRQA 3R6MA 3QBWA 5AQPA 4GNIA 3CJ1A 1HJOA 3F9MA 3WQUA 1K8KA 1GLAG 1NGAA 3BUZB 1QHAA 1ESVA 1QZ5A 4BRKA 3I33A 3DXKA 4BC3A 1MWKA 3VTHA 1GLFO 1KAZA 3MN7A 2D1KA 2E20A 2J4RA 1BOTO 4CZLA 2HF4A 4DCHA 1BA1A 3GL1A 4ISFA 4Y0WA 3JS6A 3HBTA 5BN9A 4IJAA 3UKUA 5I9EB 4I6MB 2V52B 2YJFA 4BR4A 3U9DA 3VEOA 1RFQA 4PL7A 2GWKA 2A40A 1HUXA 3H46O 1JCFA 4Z94A 2QWPA 5EY4A 4BG8A 2ZWHA 3AAPA 3VPZA 4BC5A 5AQUA 3A5NC 3D7EO 3A0IX 3ULEA 4QS8A 4JN4A 5LJWA 3CETA 1QQMA 3TSUA 3GG4A 4AM7A 2CH6A 3VEVA 3O80A 4A61A 4CJ7A 3ULEB 3SLCA 1R59O 3VERA 2Q31A 3KZBA 3LM9A 2QXLA 3OHRA 5JLHA 1KAXA 3WQTA 1BDGA 5AZJB 3SJHA 3ZETA 1E4GT 2QWNA 4M63C 5AFUA 1TUUA 5B8HA 4JD2B 4CZHA 4FWPA 3BF3A 3FZFA 1U6ZA 1BA0A 2AA4A 4JHDB 1RGIA 1JCEA 4M7YA 4FPAA 1NGDA 3C7NA 3FZLA 2QW9A 3CIPA 2P9NB 2A3ZA 4H0XB 2P9SB 4IWVA 1NGJA 3GDQA 3IDHA 5AQVA 3B8AX 2ZF5O 3D2FB 4FWRA 2E1ZA 1ATRA 2HOEA 4H5VA 5BRFA 2BTFA 2DPNA 2P9PB 4DHYA 3FR0A 4WYBA 3MK6A 2NRHA 1QQNA 4FWSA 2A6AA 4B9QA 5EVZA 4FOEA 2A42A 2QWRA 4MLHA 3VEXA 2HMPA 3VEWA 4CZKA 1Z6RA 4CZGA 2ZGYA 4CZJA 3IUCA 2V7ZA 3WUHA 4YDUC 1HPMA 3O1BA 3QMLA 4ISGA 3SK3A 3WXKA 1MWMA 3IFRA 1DEJA 4XH4A 4EHUA 3WT0A 4JAXA 3RSEA 3UE5A 4B1XB 4BQLA 1DGKN 1T6DA 1YUWA 2V7YA 1BWFO 3SMPA 3CI5A 4JNEA 4B1UB 5F2RA 4CD3A 3FZHA 2ZGZA 2QWOA 3VGMA 3UKRB 1SAZA 3R9PA 4BG9A 2GEMA 1NBWA 3KHYA 3VENA 3H3NO 5EX5A 5AQIA 2QWQA 5AQHA 5AQXA 4BQZA 4LC9B 3KVGA 3VESA 1HKCA 1U2VB 3TSQA 4O5FA 4BROA 4DB3A 1NMDA 3CQXA 3MN9A 1ZBSA 4BC2A 4BRLA 4XEIA 4EFHA 1CZAN 3P4IA 4PKHA 1GLDG 4IZ9A 4B1VA 3MCPA 4H5TA 5AQZA 2GWJA 5AQTA 3QFUA 3QDKA 2GELA 4I6MA 3CJAA 1ZC6A 2AP1A 4WQ5A 2F9WA 2QM1A 2P9KA 4WQ4A 4BR5A 3SMSA 5KQ8A 4A62A 2Q2RA 2CH5A 3BEXA 3O1WA 3DXMB 1C0FA 4H5WA 2Q1NA 2CGLA 3CHWA 2P9LB 2P9KB 5BRDA 3HTVA 5KPTA 3AAQA 1YVNA 1OKJA 2D0OA 3CJ7A 5AZIB 4BR9A 2YCHA 3AY9A 4K42A 4BR0A 3DJCA 4ISEA 1GLEG 1Y64A 1LCUA 2PAVA 3TSPA 1E4FT 5FPDA 3LM2A 5AQFA 5AQNA 3VEZA 4BGAA 2CGJA 5BRHA 5FPNA 1T6CA 2Q97A 4QS7A 2YHXA 5FPMA 4NB4A 3M6GA 5AQLA 5AZJA 2H3GX 1C0GA 3W3DA 5CE3A 1H1VA 3D2EB 2A41A 3DWLA 3TPQA 4JD2A 5E84A 5F0XA 3ENOA 2EWSA 2E2QA 3JXUA 4IXCA 4M7XA 4JHDA 4B1WB 5BN8A 3QICA 3FZKA 4GY2B 2FLOA 2QWMA 3O5BA 2I7PA 1J6ZA 1BO5O 3WXLA 3H1QA 4BRIA 2P9NA 2Q0RA 4PL8A 2P9SA 3EKSA 2E2OA 3QB0A 2V51B 4HWIA 4BVOA 1XC3A 3D2FA 4BGBA 2W41A 3MMVA 3J8AA 4AM6A 2P9PA 4BR2A 3VEYA 2IVPA 2VCPA 1MDUB 2ASMA 4CZEA 3O6WA 5F1XA 3ATUA 1X3MA 2OANA 1SQKA 4A2BA 2FSKA 3GOIA 4BRCA 1IJJA 3BF1A 3GBTA 3VF2A 3EL2A 2VYPA 3MN5A 4H0PA 3ZX0A 4H5NA 3BP8A 4H03B 4FPBA 3WEEB 4BREA 3ATVA 3C0BA 1BUPA 3MN6A 2P9UB 3FLCO 4QS9A 2I7NA 2NLXA 2YHWA 1X3NA 1XQSC 3HZ6A 4FWQA 3H45C 2P9IB 2FSJA 5ELZA 2E1YA 3UKRA 2A5XA 3L4IA 3O4WA 1ZXOA 1V4TA 5BREA 3CJCA 1Q18A 3LDOA 3ZEUB 1BG3A 4EHTA 2YJEA 5AQWA 1X9JA 1D4XA 3LL3A 4H0YB 2WUSA 1DKGD 1U2VA 3VETA 3W0LA 5AQYA 4KBOA 5ADXH 4PKGA 4K25A 4FWOA 4MO4A 3CQYA 3WXJA 5JICA 5E26A 4CBWA 3ZX2A 4C23A 3HM8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THXA 3AVFA 3VF4A 4OKKA 4XH1A 3HM9A 4M3TA 3QBXA 1BU6O 4FSVA 1Q7YO 3LDLA 3V9XA 4BE2A 4XH5A 2CGKA 3VOVA 3HK2A 2DY4A 2RIUA 3DXMA 2ZJQL 3EN9A 3C6TA 5AQQA 3OYBA 4RW7A 4B9NA 1VAZA 2JWKA 3L6QA 4JI6K 1FKPA 1YAGA 3DXKB 4AH9A 4BRHA 3J7ZO 3I55N 4NO7A 3MX2A 4F9OA 4YOYA 1RDAA 4FOIA 4BRAA 1GLJO 2YNGA 4C1NI 1L3TA 5IWAK 3LAKA 1NM1A 3O9UA 1IG8A 3EKUA 3PX0A 4CF0A 4JKEA 3NH0A 3ZT3A 3O9SA 1NGBA 2HHTA 3LPTA 2HNDA 5CY4A 1I3AA 3I8DA 3LRJA 3R8EA 5BR9A 3AGRA 3A5MC 4M45A 4H4OA 4B3MK 4BRNA 1KVBA 1NGEA 5HL7L 3TU5A 3V6DA 3ALYA 4Z4GA 4PKIA 1WBBA 4YDUA 4CIEA 2FSNA 1S1TA 1HNIA 3ID8A 3VQQA 3PV8A 4FWMA 1QQOA 3ZETB 1ZYQA 5DK5A 1IBKK 3TAPA 4BR7A 3CFPA 1C0UA 4CJUA 5GINA 4E1JA 3ZLJA 3FE1A 1GOAA 3KKSA 5BR8K 4CJRA 4KI4A 4B1YB 1G99A 2P9UA 4KB1A 2D0BA 3CFOA 2NZTA 4J8FA 4CERA 2PYLA 1BL3A 2FF3B 1RBTA 3QEIA 2P5GA 5J1EA 3M1FA 4WF9L 1NKCA 3LP1A 4CJPA 1S1UA 1TK8A 3U3GA 3DAWA 4J2DA 5JMVA 3ZEUA 4FJMA 3V1QA 4KTQA 4Y1DA 4P6DA 1T44A 1SZ2A 3CM5A 5BPMA 2G8VA 3ZSYA 1IKXA 5SZTA 3LQUA 2VG6A 2VWBA 4CBXA 4CZMA 1Q9XA 4YOTA 1TAUA 1D9DA 2Q36A 2E6MA 2P51A 5EOYA 4JEPA 3CXCM 2O8CA 3DRRA 4IEIA 1NWKA 4MO5A 3NF6A 3VGKA 4Z4EA 1YJNN 4CZIA 3U9ZA 4L8RB 4CEAA 1K49A 3CERA 1UAXA 3QBWA 4DQPA 3CJ1A 3F9MA 3ZSXA 3E66A 1K8KA 1NGAA 4PA1A 3KK7A 3CD6N 1QHAA 1ESVA 3AVAA 1S5JA 4CK3A 1FJGK 4GV6A 4KHSA 1HMVA 1YF5L 1YT3A 3QETA 4JI1K 1BOTO 4U67L 4DCHA 1VQ6N 3AO3A 3GL1A 3LZIA 4Y0WA 1N34K 3KLIA 3PIOL 3CCVN 4CGHA 3K2PA 2V52B 2YJFA 1RFQA 1WLJA 4F3OA 4JI3K 4PL7A 4PQUA 3D6RA 2KW4A 4BWJA 1WN7A 4W5TA 4OJRA 4BG8A 3OTOK 2OPQA 3LALA 4I9QA 1N5YA 3AAPA 4JV5K 2NRRA 2KZZA 5AQUA 4DSJA 3A0IX 1RDUA 1VQ7N 4RW9A 3CETA 4N76A 3GG4A 3NH1A 3O80A 3OJUA 3RTVA 4CJ7A 3IKMA 3SLCA 4Z4CA 1TKTA 1S9GA 3VERA 1PVWA 3SV3A 2QXLA 4ILJA 4ID5A 4O0IA 3HPGA 4CJFA 3PO5A 4DFMA 3EE9A 4EZ9A 4LF5K 1U04A 3HXMA 1WAFA 4DSEA 1TKXA 2GX9A 2XRIA 1N8RO 1G58A 3DLLL 4DLEA 2OA8A 4JK7A 3HOTA 4F3TA 1SS6A 3CCSN 5FRNA 3P31A 4JHDB 3RMAA 3ZT4A 1JCEA 3P38A 4CHOA 4FPAA 4Q0BA 1NGDA 3C7NA 3L2WA 1RCHA 4DFJA 3CIPA 3SBTA 1RT2A 4CJLA 4KHQA 2O4GA 1JLAA 4IWVA 1Z26A 3CMAN 1LWCA 3MXMA 1S9EA 3D2FB 1NNEA 4H5VA 1ATRA 1N6QA 4DS4A 4JK9A 1FW6A 1K4OA 3FR0A 5GIPA 2FBTA 3QEVA 1QQNA 3KLGA 5EVZA 3VQ6A 4I14A 4H8KA 3VEXA 4M3WA 4YNQA 2I5JA 1NOYA 4WFNL 4YOWA 1S1WA 4LF4K 3MECA 3WUHA 3SK3A 3QMLA 3OA9A 1DEJA 5M1FA 4EHUA 4C8OA 4FK4A 5EU7A 1K4IA 1BI4B 3CI5A 3SMPA 4O44A 4NXMK 4IO9L 4MFBA 3MEEA 3VGMA 3SPYA 1SAZA 1VHXA 5HROA 3MAQA 4W5OA 1B9FA 2X6SA 1NBWA 1I94K 3K0SA 2QWQA 5AQXA 4BQZA 3K9KA 4CJQA 1RT3A 3TAFA 4E7IA 1IKYA 3TSQA 4BROA 4B9TA 4DB3A 4CE9A 3ISNC 2HHQA 4AHUA 3CCQN 3THXB 2DFHA 3P4IA 4A5AA 4RG8A 2OPRA 3OS0A 1A5WA 5AQZA 3QFUA 3QDKA 2GELA 4CFAA 4DLGA 4GMJB 2AP1A 4OKEA 2O4IA 2HBLA 4B9SA 1HYZA 4NYFA 3RVCA 5KQ8A 4A62A 2CH5A 3BEXA 3NBPA 3O1WA 3DXMB 1NJXA 1ZBUA 4CEQA 4B9LA 4CFDA 1QHTA 2D0OA 3CJ7A 4K42A 1RT5A 1GLEG 2NUBA 1LCUA 2QKKA 2E5LK 5AQFA 5AQNA 2HHVA 2ZM6K 4OLAA 2YHXA 4NB4A 2OPPA 2H3GX 4ZTFA 4FJNA 5CE3A 2F8TA 3A2FA 4IFYA 4JKDA 1FXXA 3NHGA 1IKVA 5GAEP 2P1JA 2XY8A 3VQBA 3VQEA 4B9UA 2ZE2A 2NRZA 2RPIA 2D5RA 1KFSA 3S3MA 4B1WB 3QICA 1DLOA 2I7PA 4N47A 4CJSA 5D3GA 1NU0A 4FW1A 4E1NA 3NF8A 3KLEA 2QEXN 4OPJA 2R7YA 1YITN 4HWIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VRU A;  4CFB A;  3R1X A;  2GTD A;  3L3V A;  3MDQ A;  1A5V A;  1B92 A;  2ASO A;  3H6E A;  3DRS A;  4KHY A;  3H07 A;  1BQM A;  4EZ6 A;  3CCR N;  2ASP A;  3AA2 A;  1L3S A;  3EYZ A;  1Q9Y A;  1RT7 A;  4F4K A;  3AAR A;  1NGH A;  4A2A A;  4CI6 A;  1JCU A;  3F73 A;  2QKB A;  1REV A;  3D2E A;  1GOC A;  1HJR A;  2YX6 A;  2BGG A;  4HHT A;  4MDA A;  3LP2 A;  1WUA A;  4KI6 A;  1KAY A;  1NLV A;  3WNF A;  1J5O A;  4P6C A;  1T7P A;  4O5B A;  1OH8 A;  1GOB A;  4B1Z A;  4CHN A;  2E2N A;  3AVC A;  4FCY A;  1RT4 A;  3O8M A;  4U7B A;  3DM2 A;  4BDZ A;  4HUF A;  1YTU A;  4FL9 A;  4G1Q A;  1OVY A;  1HNX K;  4X64 K;  5AQO A;  4R5P A;  3EZ5 A;  1F21 A;  4NCA A;  1I39 A;  4WQ4 C;  4FJ9 A;  4M3Z A;  1RBU A;  3EO3 A;  3LP0 A;  4K43 A;  1K7J A;  1DTT A;  4O8K A;  2UUA K;  4YHH K;  4H5R A;  1HKB A;  3HI0 A;  2BUP A;  4JKB A;  4H0V B;  3O3G A;  3AV9 A;  1JL2 A;  1TV6 A;  3JSM A;  4MLE A;  3VF6 A;  3OYD A;  2X78 A;  4DQQ A;  1X9S A;  4J2E A;  3HP9 A;  1TYQ B;  5JS2 A;  3VQC A;  3WEE A;  3H3O B;  1VSL A;  4CCH A;  4HTL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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