2YV0X

Structural and thermodynamic analyses of e. coli ribonuclease hi variant with quintuple thermostabilizing mutations
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYAAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEPCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADGKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCHELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Structural and thermodynamic analyses of Escherichia coli RNase HI variant with quintuple thermostabilizing mutations.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2yv0X00
1LW0A 3S3NA 4CJ4A 3AO4A 1EP4A 2G8VA 5SWMA 1EXQA 1RBTA 4AHUA 3HPHA 4DQPA 4FJGA 1RT4A 3AVCA 1TK8A 4F4KA 4CGDA 4FJLA 4CJ5A 2HHXA 1BI4A 2Z1IA 2QK9A 1JLBA 3P1GA 4OKJA 1HNVA 3RMBA 3ZSYA 4CEDA 3ALYA 2KZZA 4FJHA 5JS2A 4CIFA 4DTXA 3M8RA 3UIQA 4B3OA 3L3UA 4Q5VA 1LWCA 4CFAA 1QS4A 1S1WA 4DTNA 3SUOA 3E01A 4AHRA 1JL1A 4ZTJA 4FZZA 4NYFA 3WNHA 3HYFA 3PX6A 1ZBFA 4KTZA 4CHQA 5E41A 4KI4A 1KFDA 3HM9A 3PX4A 4HTUA 3RMAA 5DMRA 1Q9YA 3LP0A 1RDDA 3NCIA 3QERA 1TKZA 4KFBA 1SKWA 1RTHA 1I39A 1Z26A 5HRRA 2XY7A 4ZTFA 1T8EA 3LP1A 3VA3A 1IKXA 2G8KA 4C8NA 1S5JA 3BDPA 1RDCA 3OYJA 4DLEA 1NJZA 3O3GA 4IBNA 1UA1A 2A1RA 1VRUA 4CFDA 5CYQA 1BHLA 1HNIA 1ZYQA 1QHTA 2FBXA 3OYAA 3VQ7A 4CESA 1GOBA 3RRHA 2YHAA 4F2SA 1LAWA 1L5UA 1RBVA 3TANA 4NCBA 4CHNA 4JS5A 4B8AB 4IKFA 2F96A 4FLVA 1LWEA 5SZTA 2HW3A 4HVJA 2Z1HA 2ZQBA 1VSJA 4FJIA 2DY4A 4HUEA 1R0AA 1J9AA 3KLEA 2F8SA 3CFOA 1RTJA 3AVNA 4B9VA 2RKIA 4NYNA 1IG9A 1SUQA 1XI1A 4F2RA 4LY7A 1LAVA 1ZBLA 4CIEA 1NJXA 3DI6A 4N47A 4CJTA 4DTMA 4FLZA 4BWMA 4DFPA 1LV5A 2XHBA 4CJQA 1UA0A 4I2QA 2YNHA 3NBPA 2YV0X 4I2PA 5JS1A 3DRSA 4WE1A 3VN5A 4FLWA 2OPPA 4CK3A 3TAQA 5J2MA 1VSKA 4CF2A 2D0AA 1KCFA 4OKEA 4EZ6A 5FRNA 1XWLA 1BQMA 1QQCA 4KI6A 4B9SA 4M3TA 3TAEA 2KTQA 3LP3A 1NK4A 1S1TA 4KHWA 2AJQA 3HO1A 1NKCA 3HP6A 4FZYA 4CERA 2HMIA 1D5AA 1TVRA 1VSHA 2ZE2A 3K2PA 2Y1JA 3V1OA 3KK3A 4FM2A 2FBTA 4N5SA 3NHGA 4I9QA 2KFNA 2VWKA 3BGRA 3C95A 2Q3SA 3HPOA 1ASVA 1X9WA 3THVA 2RPIA 4CJLA 1S1VA 1ZBUA 4KHNA 1GOAA 1UWBA 3D45A 4ELVA 4O5BA 1XHZA 3VQQA 4BDZA 5CZ1A 3SYZA 3SQ4A 2OPSA 3MEEA 3ZSRA 5EU7A 3KD1E 3SQ1A 2X6SA 4CF0A 3VQ9A 3NF9A 4B9NA 4J2BA 3L2WA 4Z4IA 2EX3A 2B6AA 1YVUA 3QNOA 3ZSQA 1HQEA 1BISA 1NK7A 4QAGA 3NDKA 1N5YA 4DQQA 3AVKA 1T03A 4DTPA 1JLGA 4DSKA 3TAMA 1RT7A 1WNSA 3K57A 2B4JA 4FLYA 3V9WA 3PUFA 4DSEA 4KHYA 2BGGA 3K5LA 5I3UA 2DFFA 2F8TA 1SL1A 3WNEA 1Q9XA 3ZT0A 4CEZA 1N6QA 1C1CA 3MXJA 3TR8A 4KTWA 1RBUA 1RT2A 1FK9A 2IGIA 2HNZA 3LAMA 5FDLA 1RTDA 5KGWA 5D3GA 1BL3A 3LAKA 4DQIA 1ZBHA 3NF7A 4DSFA 3QEXA 1QSLA 4BE0A 4BE1A 3TAPA 1ASUA 4PUOA 3SUPA 2P51A 3IS9A 3RR8A 1HMVA 4DFJA 4CECA 4AH9A 4E7IA 4KAZA 2HHUA 4KREA 1RNHA 1CLQA 4CEFA 4FJ5A 2O4IA 3DLHA 1CZ9A 1IKWA 1FKOA 1S6QA 4DTOA 4AILC 1KSPA 4W5NA 1L3SA 1VSDA 2OYQA 1JLFA 1VSLA 2IC3A 3AVJA 1TK0A 1T7PA 1YTUA 4OKKA 3ZSZA 4ZHRA 4DTSA 4FK4A 1U49A 3M8QA 2BDPA 3DLGA 3IRXA 3CM5A 3LZJA 4KRFA 2VG6A 1NK6A 5CYMA 3VQEA 3ZSXA 1DLOA 3SNNA 4KKOA 1KVCA 1C1AA 4IFVA 4CJKA 2P5OA 1WSFA 2VWJA 3ZSVA 2ITGA 1D9FA 5J2PA 1Q8IA 4CEOA 3V9XA 4F8RA 4HUFA 1QE1A 1TL3A 2YNGA 1HJRA 1A5WA 1BGXT 3DOLA 2ZD1A 3VQAA 3OYHA 3SPYA 4DFKA 1LW2A 2Y1IA 1HYSA 5KI6A 3K5MA 4CHPA 4DLGA 1JLAA 3DOKA 4RW7A 3AO5A 4FVMA 4CF8A 4DS5A 2X6NA 3QEPA 1I3AA 4M42A 4M3UA 2G8UA 3DLKA 1TV6A 3OYCA 1D8YA 4H8KA 3DM2A 1RBSA 2FBVA 4RW9A 2BANA 4FJXA 1RT5A 5CY4A 2IDOA 5J1EA 3HP9A 1U48A 1SL0A 2KW4A 3KKRA 2A1SA 1VSFA 1NKEA 3SUQA 1U4BA 4FZXC 4E3SA 3S9HA 4KPYA 4CJUA 1ZBIA 4E7KA 4OLAA 5T7BA 1F21A 1C0MA 4E7JA 4DG1A 2Z1JA 4OGCA 2EHGA 3HL8A 3AVLA 4CGHA 1C6VA 1RDAA 3NFAA 4Y1DA 3WNGA 3QLHA 3ZCMA 5KRTA 3MAQA 2XY5A 1IKYA 1RCHA 4FLXA 4BWJA 1JLEA 1VSIA 2DFHA 3C94A 4O0IA 3AV9A 1JXBA 4W5TA 2PY5A 4OVLA 3KLHA 4C8OA 5K14A 3ZSOA 4AHVA 4E0DA 3WNFA 5HBMA 3V4IA 5HLFA 4CFBA 3QO9A 4ICLA 4E1NA 1U47A 3LDSA 3L2UA 4DMNA 3OJSA 4C8KA 3SI6A 4CEQA 4IFYA 3LWLA 3HPGA 5C24A 1CZBA 2LSNA 3AA5X 5KGXA 4K8ZA 4J2AA 3OYDA 4OLBA 2HHVA 2FC0A 4CJ3A 1WSHA 3JYTA 4LSLA 4C8LA 2XY6A 4B9LA 3S3OA 2DFEA 1EKEA 4JRPA 1J5OA 3M8SA 4CGFA 4AHCA 1S1UA 1RILA 2D5RA 3FFIA 3OYMA 1TKTA 1RT3A 3OYGA 3AVMA 3B6PA 2XRIA 3LPTA 3VQ8A 4CJEA 3DRRA 4LD0A 2XO7A 2PZSA 1W9HA 3NE6A 1VK0A 4Z0UA 4OPJA 4M45A 3LPUA 3KLGA 5HP1A 2FBYA 4UQGA 4L8RB 1TAQA 4C8MA 3T3FA 3DMJA 3G0ZA 5I42A 4FJKA 3SZ2A 5HROA 3DLEA 5CZ2A 1TAUA 3SJJA 1UOCA 3DLRA 4LSNA 4FJMA 4KV8A 4O4GA 1RBRA 4KHUA 1W0HA 2JLEA 4YNQA 3ZT4A 3OS1A 4CE9A 2YNIA 1BCOA 4OJRA 4JS4A 1SKRA 1WSIA 4G1QA 4CFCA 4QOZB 2Z1GA 4FCYA 2B5JA 4CJSA 3U3GA 4E7LA 5J2QA 3OS0A 3SCXA 1SL2A 4Z4GA 1VSEA 1BCMA 3V1QA 3OYBA 4BACA 3EY1A 3ZT2A 3NH2A 3MEGA 1NOYA 3B6OA 2VG5A 3TAGA 1A5VA 4N56A 1IO2A 4O0JA 3MECA 5C42A 4CCHA 1K6YA 3RR7A 1RT6A 2X78A 3QETA 1FXXA 4K8XA 1O1WA 4KHQA 2I5JA 3KJVA 2PYLA 4RW8A 3QIPA 3OYIA 4LH5A 4F3TA 4ID1A 1KRPA 1TGOA 3A2FA 3JSMA 4YFUA 3F9KA 4OPKA 4DS4A 2QKKA 3KIOA 1JLCA 1U04A 3IG1A 3LALA 4MFBA 3EYZA 3F73A 3QEIA 1X9SA 4M3XA 4ELTA 1JL2A 4ID5A 3PV8A 2VG7A 4RG8A 1UAXA 4Q0BA 1GOCA 4Z4HA 3L8BA 1Y97A 3AVGA 3HVRA 3NF6A 4R5PA 4FJ7A 4PA1A 3MEDA 4IG0A 4Y1CA 1SKSA 2XY8A 4CF9A 1NK5A 3OJUA 3KK2A 4DU1A 3KTQA 2HNDA 3HVTA 1S9EA 1TKXA 1WSEA 3O4QA 1IH7A 3L2RA 3OVNA 3LWMA 4DTRA 2ATQA 4H4MA 3AA4A 1QSYA 4B9UA 1BI4B 4KB1A 1KVBA 3VQCA 3K58A 2R7YA 4CK1A 3H08A 4E19A 4FW2A 2RN2A 2IS3A 2KFZA 3VA0A 1NK9A 4DQSA 1L3TA 4N41A 4RW6A 1WSGA 3TI0A 2HHWA 4DF8A 1SV5A 4E1MA 1ITGA 4FJJA 3T1AA 1KVAA 1WLJA 2E6MA 3LZIA 3QEWA 1CXUA 3HSTB 1L3UA 1DTQA 1QTMA 4M3YA 4CGGA 1XHXA 2P1JA 1WAFA 3ZSWA 4CF1A 3ZT1A 3OYFA 1KTQA 3ISNC 1C1BA 3OY9A 3I0RA 1HRHA 4JLHA 4KHSA 2OZSA 1QSSA 3TAFA 1NKBA 4CEEA 4HHTA 3QEVA 3NH0A 3OYLA 2G8FA 3C6TA 4B9MA 2HHSA 3G10A 1LWFA 4FJNA 3EZ5A 1JXEA 4CK2A 3MXMA 1J53A 3I8DA 3VQBA 1KFSA 4FYDA 3AVBA 4W5RA 1EETA 3K5OA 3K5NA 4BDYA 2IAJA 4DWIA 1VSMA 5C25A 3OYNA 3OYKA 2QXFA 3CFPA 1NK8A 3QESA 3AA2A 4CJPA 4KO0A 4OGEA 2YNFA 1Z25A 4CJVA 1BIUA 4EP5A 4BE2A 4M41A 4CJRA 3U6FA 1A5XA 4N76A 3PX0A 2HVHA 1BQNA 3KLFA 2KQ2A 1NOZA 2OPQA 4DSIA 4CGIA 3DRPA 3MXIA 3KKSA 4FK2A 3VQ5A 5DK5A 3CQ8A 3SPZA 2PYJA 1C0TA 2O4GA 3NGZA 4E89A 2BE2A 5FROA 2GBZA 3AO1A 3ZT3A 4FM1A 4B9TA 2QKBA 4PWDA 1NJYA 4IG3A 4XIUA 4HUGA 2OPRA 2RF2A 2D0BA 5HRNA 4FJ8A 3KLIA 4GMJB 2WOMA 4Z4FA 4PQUA 2G8WA 3V9SA 3S3MA 2E6LA 3V9ZA 3PO4A 3PO5A 4DSLA 1C0UA 4CEAA 3O3HA 1X1PA 3NF8A 3KD5E 4I7FA 4MQ3A 3C6UA 4F3OA 1J54A 1JKHA 4W5QA 4FJ9A 3VQDA 4CHYA 2DTUA 3V1RA 3V6DA 4DTUA 5KRSA 1HQUA 1B9FA 5FRMA 2OA8A 1REVA 1T05A 1B92A 3IAYA 4FXDA 4EP4A 3V81A 2X74A 1RDBA 3T19A 3HK2A 1ASWA 4J2EA 3OYEA 4I9LA 3P83D 4GW6A 1VRTA 3AVHA 1D9DA 4NCAA 4Z4EA 2HHQA 4KTQA 4FW1A 2D0CA 4CHZA 1JLQA 5KTQA 3SV3A 3HXMA 3TWHA 3LP2A 3CFRA 1XC9A 3NAEA 3CM6A 3AVIA 1NK0A 4TSXA 4M3WA 1EX4A 4J2DA 3SUNA 2HHTA 2WONA 3TARA 2HB5A 4FK0A 3L2QA 2P5GA 1FKPA 3CG7A 4AHTA 1L3VA 1S1XA 3L3VA 4LH4A 4DSJA 2YKMA 1WSJA 4DTJA 1BIZA 2IOCA 3SV4A 4FLUA 1G15A 3AVFA 3HT3A 3SQ0A 3ASMA 4O44A 3VQPA 4DQRA 1HYZA 4DU3A 3TABA 3L2VA 3RRGA 2YKNA 5HRSA 4FLTA 4W5OA 2G8IA 2KZMA 4O55A 3NH1A 1NJWA 2GUIA 4HCCA 1U45A 1X9MA 3VQ4A 4AHSA 1S9GA 2E4LA 4BDPA 2OZMA 4QCLA 1S6PA 4B08A 2G8HA 3PY8A 2W42A 2JGUA 1WN7A 3AO2A 3AVAA 4RW4A 1RT1A 3CYMA 4JRQA 4PY5A 4ELUA 3OS2A 3ITHA 1IKVA 1B9DA 3LANA 3AA3A 4EZ9A 3D0PA 4M3RA 3V9UA 1TL1A 1MU2A 4CHOA 4CJWA 4E7HA 3U3YA 1TKDA 5J2NA 3SQ2A 4NCGA 3HJFA 4CGJA 4DFMA 3RMCA 3ULDA 3RTVA 1KLNA 3QINA 4HCBA 4M3ZA 4IDKA 3O3FA 3RWUA 4DU4A 3O4NA 4CJFA 2ETJA 3NGYA 3M8PA 3NGIA 4CIGA 5HRPA 1RTIA 4GVMA 3DYAA 2GV9A 2YHBA 1WAJA 3I0SA 4CEBA 3KK1A 3K59A 4KB0A 2HVIA 1DTTA 1KLMA 1YTAA 1HPZA 3AO3A 3P5JA 3QNNA 1TK5A 1HYVA 2NUBA 2HNYA 3QIOA 4B8CA 3DLBA 4DF4A 1CXQA 4Z4CA 3RMDA 1YT3A 4FM0A 4H4OA 3VQ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQPA 3S3NA 3AO4A 1EXQA 5CE3A 3HPHA 4FWMA 2O8DB 1RT4A 4IXCA 4BQZA 3UKUA 3A8YA 4H0TB 2Q97A 4MDAA 2Z1IA 2O8CA 4JI5K 1JLBA 3P1GA 1HNVA 3TTFA 4A5BA 4Y0WA 3ALYA 3N4PA 2QWQA 4YOUA 2E8AA 5TKYA 1R59O 3CJBA 3T1HK 3WNHA 1ZBFA 4KI4A 3PX4A 1MDUB 1Q9YA 2P9NB 1T44A 4KFBA 1Q86O 1SKWA 1RTHA 3LP1A 3VA3A 4C8NA 5GADP 3OYJA 2A1RA 1E4GT 1QHTA 4YOVA 1GOBA 1IV0A 4DV7K 2F96A 3R3LA 3TSPA 2Z1HA 4FWSA 2PAVA 2FLOA 1RTJA 3AVNA 1VQ4N 4B9VA 4NYNA 5AQXA 4DR2K 4F2RA 4LY7A 1NJXA 4BWMA 1KQSM 4BVPA 3NBPA 4WQ4A 2OANA 3KZBA 3DRSA 4WE1A 4YOWA 4CK3A 3THWA 3TAQA 1KCFA 4OKEA 3I33A 2AJQA 1J6ZA 4KHWA 3VF2A 4YORA 3K2PA 5BPLA 2IVNA 2VWKA 3C95A 1OVYA 3C6AA 1X9WA 3EKSA 3THVA 1S1VA 4KHNA 1GOAA 4K42A 2CGJA 4GVEA 4O5BA 1HJOA 3MEEA 2UXCK 4BRNA 3SQ1A 4CF0A 3NF9A 3L2WA 3MWPA 4H5TA 1YVUA 1K8KA 1NK7A 4QAGA 3LDQA 3AVKA 1T03A 4IOXA 3TAMA 1WNSA 3K57A 3PUFA 3K5LA 1Q9XA 3WNEA 3ZT0A 1N6QA 1C1CA 3MXJA 3TR8A 1RT2A 1TUUA 3VERA 1HUXA 3LAMA 5KGWA 1BL3A 3LAKA 4CZLA 3NF7A 5JLFA 1VQ9N 3K9KA 4BRLA 1VQKN 1CZAN 4C1NI 3VEWA 4CECA 4KAZA 2HHUA 1RNHA 1BU6O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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