1VQ8N

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq8N00
3CCUN 3DLLL 3CCLN 5HL7L 5GADP 2ZJPL 5DM7L 1YIJN 3CCMN 1YHQN 1ILYA 1YJWN 3PIPL 2OTLN 5DM6L 1YJ9N 1K73O 1M1KO 1YITN 3CXCM 3CC7N 1VQNN 2ZJRL 1QVFM 5H1SQ 1Q7YO 1QVGM 1VQPN 1VQ6N 1VQ5N 1VQON 3CC2N 3CC4N 1VQKN 3CMAN 4IO9L 3CCRN 3CCJN 3CF5L 1KC8O 2QA4N 3J7ZO 1VQMN 3CCSN 4IOAL 3CPWM 1OVYA 1VQ9N 1KD1O 5JVGL 4WCEL 3I56N 1NJIO 3OW2M 1Q82O 4WFAL 1VQLN 5MLCQ 5GAGP 1M90O 3CMEN 3G6EN 1S72N 1VQ4N 1KQSM 1VQ7N 2ZJQL 1Q81O 5GAEP 1VQ8N 1JJ2M 4WF9L 3G4SN 1W2BM 3CCVN 1N8RO 3CCEN 1Q86O 5GAHP 1YI2N 4WFBL 3CD6N 4WFNL 3I55N 4IOCL 2OTJN 1K8AO 1K9MO 4U67L 3CCQN 2QEXN 3G71N 5JVHL 3PIOL 4UY8O 1YJNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCBA 1YXQA 2B5JA 4BDPA 4WQ5C 2G8UA 3S3OA 3DRPA 1X3NA 3WNGA 4BDZA 3DOKA 1WNSA 3OYGA 4EHTA 3TAPA 3O9QA 2P9LB 1XHXA 3JSMA 2KW4A 1L5UA 3CQXA 3O9SA 3NGIA 4DLGA 2FBYA 3BP8A 4FWRA 1M1KO 3TU5A 3SBTA 3TAGA 4DTJA 3U3YA 4HUGA 4FXDA 3H45C 4A57A 3WEEA 3GE1A 1C0FA 3OYNA 1ZBLA 3CC2N 4E1MA 4DF8A 1IV0A 1JL2A 2WOMA 5BRFA 4IXCA 3O3HA 3QBXA 3VQ9A 4BR5A 4KV8A 4IO9L 1KAXA 1BG3A 3EL2A 3ZSZA 4B3TK 1BO5O 3ZSVA 4CEBA 1REVA 3CJ7A 1VQMN 2B4JA 3MK6A 3HSCA 1XC9A 1H1VA 5C25A 1BISA 4YOWA 1FXXA 3C6TA 3EZWA 5D3GA 4WQ4A 2XY7A 3VA3A 4JKCA 2P9SA 4BRFA 3MXIA 3RTVA 4E3SA 3GBTA 2E1ZA 4JK9A 1XNQK 4CGJA 1KLMA 4H5WA 3K57A 5JMVA 2P9NB 5K14A 4WF9L 1T7PA 3EKUA 3CCVN 3UKRA 3R1XA 3V6DA 3VF6A 4E0DA 3NCIA 5JICA 1IJJA 4YFUA 3K5MA 4JD2A 3AVLA 2D4WA 4YORA 3ULDA 2IS3A 1GLDG 1XNRK 4IOXA 2HNDA 5CHIA 4CEOA 3CQ8A 3R3LA 4JYAK 1L3VA 3SV4A 1KAYA 4NYFA 5AQRA 4FYDA 2HOEA 5AZJB 4CZHA 3QERA 5AQMA 4B9TA 4PKIA 1CLQA 4FWQA 3DWLA 1HRHA 3A5LC 3AVGA 1VHXA 3H6EA 1HPMA 4JKFA 1L3SA 3HTVA 4O5BA 5FROA 4OKEA 3C6AA 4QS7A 1QQCA 3ID8A 1NK8A 3IG1A 4B9QA 3HPOA 1HNVA 2ZF5O 4GV9A 1E3MA 4B3RK 1VQ6N 4G9ZA 3J7YP 4CEDA 1HUXA 3JAMO 3PX4A 5JLHA 1GOBA 1L3TA 3D2FB 4DTSA 4CJKA 2E6LA 4KH6A 2BANA 1Y64A 4BG8A 2RN2A 4CECA 4J2DA 2IOCA 2GWJA 3CYMA 3NAEA 3MX2A 3LZJA 1NJXA 1X3MA 4Q5VA 3O4NA 4E89A 1HNIA 1NGHA 5AQLA 5M1KA 2G8HA 3K2PA 4I6MB 4FJGA 4K8XA 2AP1A 3SUPA 1HKGA 2X78A 1C0UA 2Q97A 3SAHA 4EHUA 3I8DA 3ALYA 5MLCQ 3THXB 3DOLA 1M90O 1JLGA 3HJFA 1T03A 2YJEA 4JV5K 2A3ZA 4FWPA 4A5BA 5KTQA 4DSIA 1W0HA 4CFAA 3SV3A 3ZETB 1RTDA 4FWLA 4X65K 4HVJA 3CQYA 3CJCA 2D0AA 3OYJA 4EFHA 1NK4A 3THVA 2P9UB 4DKWA 3M1FA 3RSEA 4C23A 3THWB 3V1RA 4O8KA 3VQ7A 4A59A 1ZBFA 4FJ8A 3EY1A 3G71N 3ZSWA 1JXBA 3W0LA 5AZIA 5TKWA 2ATQA 1BU6O 2NNWA 4H0TB 2O8EB 4JKGA 4GNIA 4FK0A 4XH1A 3QNOA 3SMPA 3OYMA 2D0BA 4E1JA 5KPZA 3H46O 2KZZA 3H1QA 3PIPL 4B1XB 4AH9A 1S1VA 4R5PA 5AQKA 1B92A 3LL3A 3M3ZA 4GVEA 3K59A 1LV5A 5M1OA 1YITN 5J1EA 3OYFA 4DG1A 5HRPA 4A62A 4ELVA 5HP1A 4GKKK 2IC3A 3ISNC 3L3VA 2UUBK 5J2QA 1RBUA 1LWCA 4ID1A 4FWOA 1T8EA 3MCPA 4O0IA 3MEGA 4YY3K 2D0OA 1BQMA 1YT3A 4EZ9A 3DJCA 1SL0A 1NKEA 1CZ9A 4DCHA 1S22A 3BF1A 4A61A 5CZ1A 2HF4A 4JHDB 1SAZA 3SUQA 3NMUA 2GUPA 4OKJA 1N5YA 3BGRA 4R79A 4HWIA 4ILJA 4MO5A 5CZ2A 4DR5K 3DXMB 3O9RA 1NK0A 3TSQA 5GAEP 4PA1A 4M3XA 4O5FA 3MXMA 4IEIA 3AA4A 1LW0A 3QIOA 1NGGA 5AQVA 2YNFA 3QESA 3OY9A 3IS9A 3UB5A 5SWMA 1EO1A 4BGAA 2F8TA 2OZSA 1VSLA 5M1FA 1YVUA 4BC2A 4J8FA 1WSJA 4BRNA 4CEAA 4UQGA 1K9MO 3TARA 3Q7BA 3ZT1A 5KPRA 5C15A 2QEXN 4DQQA 5JVHL 2YKNA 4NXMK 4FJNA 3V1OA 1NGJA 3DXKA 4QCLA 4RW4A 3LDSA 1KAZA 4IJAA 3V9XA 1TGOA 1TK0A 4E7IA 3AVAA 1ILYA 1NMNA 4PY5A 3MWTA 2NRVA 3VMFB 1RBTA 2WUSA 2Q36A 2OTLN 3EE8A 3ZSRA 2XY8A 5HLFA 3AVNA 3CC7N 3D2EA 4DR1K 2HBMA 1VQNN 2D1KA 3I8BA 3V9SA 4FWNA 3VQBA 4KTZA 3B6OA 1G15A 1KRPA 3N4QA 4JI7K 3ZX2A 4EAHD 1RTIA 4CJFA 5CE3A 3SUNA 4H0PA 3SI6A 4BRCA 3T3FA 4O4GA 1DGKN 2A6AA 4K25A 4CW7B 3LPTA 4BC5A 1S1XA 4B1ZA 3FLCO 4LFCK 2KFZA 4WQ5A 5KPTA 5LMNK 1VRTA 3B8AX 3ZT0A 2YJFA 3SQ0A 2RF2A 3OBWA 1U2VB 3O6WA 1U45A 4K43A 5JVGL 1QE1A 3J81O 1EX4A 3G25A 4B8AB 2HHHK 2QXFA 1Q82O 2YHAA 2Y1JA 4Y1CA 4K41A 1LWEA 4BQZA 4NYNA 2O8FB 3OYCA 3MN6A 1JL1A 2NRRA 2V52B 1K8KB 3SQ1A 1ZYQA 3SNNA 4J2EA 3WXJA 4BRHA 3G4SN 4BC4A 4KKOA 4PWDA 3KLEA 4FJ9A 1WOQA 3OYHA 3NBPA 3LP0A 4L8RB 4DR7K 4WFNL 3I55N 5BRHA 1Q8IA 5C2DA 1UWBA 3AO5A 3VEVA 1JLBA 3U3GA 2HNZA 1TK5A 3ENBA 5C2FA 3C7NA 4GW6A 2OZMA 1TYQB 4JS5A 1T6DA 4CJUA 4CHOA 4HTUA 1BUPA 5HL7L 4O0JA 4ZHRA 3TR8A 5EU7A 4CIFA 3W3DA 1LW2A 3A2FA 5BN8A 3VQ5A 2QKKA 1K73O 4H03B 2IVOA 4OVLA 3ZYYX 3MXJA 3SYZA 1QTMA 4WYBA 1X9SA 3LANA 3FZKA 4CZFA 1NKBA 2ASOA 2RHKA 3HL8A 4CEQA 2A41A 1YAGA 1VQ5N 1EP4A 3ZX0A 2OPPA 4BRAA 4MO4A 1ASVA 4DTXA 4KHPK 2E8AA 3VPZA 4M3YA 3T1HK 2G8FA 1VQKN 4N47A 4CJWA 2O8CA 2HBLA 5HRRA 1WB9A 3QEIA 1VSKA 2Q1NA 2UXBK 1WAJA 4GKJK 5EX5A 4OPAA 2Z1IA 5M1QA 4QS9A 4LFAK 1SS6A 3V9UA 2I5JA 1QZ6A 1KTQA 4CJPA 4CHNA 1XMOK 4RW9A 3DI6A 1T44A 4B1WB 4BRDA 4DQSA 2W40A 3AO1A 3PUFA 4FWKA 4DFKA 4Z4EA 4Z4CA 1TKDA 1GOAA 4C8MA 2D0PA 3NDKA 1RTJA 2G8KA 3MN7A 2FC0A 3V9ZA 4OLAA 3MN9A 3U9DA 3KVGA 3LDLA 4DSEA 1Q9XA 4LC9B 3TAMA 3FZMA 4WFBL 3LDQA 4CGGA 4KHSA 1EKEA 2G8IA 3F9KA 3P4IA 5E84A 3WEEB 3EZ5A 3DLEA 1HPZA 4RWTA 4DV7K 2E2QA 1DLOA 5JS2A 4KREA 2P9PB 5AQQA 4W5TA 3ZSYA 1IH7A 4H0YB 4U7BA 5AQZA 2A5XA 4BRIA 3LDPA 4PL7A 3HVTA 4BE2A 4UY8O 3QICA 5AQTA 1YUWA 3G0ZA 1P90A 2YHWA 1QSSA 2X6NA 1IKWA 1YIJN 4KHNA 3NH1A 3ZSOA 3HBTA 4BG9A 2P9SB 1XC3A 2VG6A 3RR8A 1JLCA 4CZIA 1KVBA 4JI4K 4Y1DA 2LSNA 5CR4A 1IO2A 1KLNA 4V19S 2FSNA 4HUFA 4AF1A 2P5GA 3BDPA 4B08A 2JLEA 3CG7A 5FRNA 3UKRB 3ZSQA 3IUCA 2CH5A 1QVGM 4BR0A 2HMPA 5KGXA 2G8WA 1Q18A 4JD2B 2BE2A 1VSHA 4OPHA 1NM1A 1NGAA 1TKZA 5I9EB 3TAEA 1D9DA 1TAQA 3ID6A 4CJVA 2P9KA 3NE6A 4J2BA 4FJKA 1RDDA 4HUEA 4X64K 1XMQK 2HBKA 3OYBA 1W9HA 2HB5A 1WN7A 1NU0A 3OW2M 3AVHA 4IG3A 1ZBIA 4KI6A 4BRMA 3HRGA 3F73A 3ITHA 4C1NK 3V4IA 3LWLA 3THYA 4OPJA 4W5QA 2QW9A 1S72N 1VQ4N 1HQUA 2BUPA 2PZSA 4AQYK 4NXNK 3CFOA 4H4MA 4W5RA 3CFPA 1VRUA 4AILC 2O4IA 2GBZA 4FVUA 2JGUA 3P31A 4IEEA 4CK3A 1S9GA 2QWRA 3F5TA 1FJGK 4NLBA 3RRGA 5AQNA 4KI4A 3QIPA 1JLQA 4DLEA 2F7TA 3HSTB 3LM2A 1RDAA 1J5EK 3CCUN 3C65A 2ZQBA 4LD0A 4MQ3A 3TTDA 1BCMA 4BR7A 4DQRA 3CCMN 2QWMA 4LSLA 3VGMA 1RGIA 2F9TA 4A2AA 5ADXH 2KLAA 4BWMA 4DTNA 4E7HA 1U6ZA 3I0RA 3VGKA 4FM0A 2ZWHA 3QEWA 3VEWA 5FLXO 4X62K 2YX6A 4AHSA 3FGUA 2RE2A 3FFIA 1OH8A 2QI2A 1UOCA 4HTLA 4DMNA 2P9LA 4BRPA 3AGKA 3VQCA 4FOIA 3TTFA 1RCHA 2O4GA 2H3GX 3HYFA 1N36K 3HM9A 3RSEB 3SQ2A 1RDCA 4IKFA 1TVRA 2NUBA 1VSIA 1QSYA 5AZIB 2AA4A 3BEXA 3OYLA 2W6LA 1TUYA 1S9EA 3P1GA 2IGIA 1YVNA 5IWAK 3KK1A 4CEFA 1JKHA 3CMEN 4H0XB 2Q2RA 1CZBA 1C0MA 4CJ4A 4JK7A 1KQSM 1VQ7N 1RDWX 2IAJA 3AVJA 4GY2B 3BY5A 1W97L 2ETJA 5FPMA 5KQ8A 3ZLJA 4B9MA 5C24A 4CVNE 3UE5A 3VTHA 1YI2N 2P9IA 4CJLA 4MDAA 4EP5A 4CJTA 2RPIA 4A5AA 4CGFA 1BI4A 1NJYA 3L3UA 3T1YK 1HNXK 5LJWA 3WT0A 2NLXA 1BGXT 4H5VA 3IKMA 3TI0A 5EOYA 2UU9K 1U48A 1R0AA 2BTFA 4JI5K 4GMJB 4H5NA 4Y0WA 4C8LA 4LSNA 4BRGA 4IJNA 3QEVA 1KCFA 1YTUA 1NNEA 1ATNA 1SL1A 4F2RA 4B9NA 4IWVA 5DM6L 1YJ9N 4IFEA 5LJVA 4Z0UA 1W7AA 4BVOA 1NBWA 3OVNA 4M3WA 4FK2A 3WXKA 3FR0A 2E2PA 4RG8A 4LH4A 4FW1A 4CF9A 4CIEA 5BPNA 1J9AA 3RMDA 3KLGA 4RTFD 1VSMA 1CXQA 1DEJA 3O5BA 4DS5A 3RWUA 3DYAA 4LF9K 4F3OA 3P38A 1C6VA 1BA0A 4DWIA 2ASPA 2GELA 3EE9A 1WUAA 2IIRA 5AQHA 3WNHA 3F9MA 3KZBA 1SKWA 5F2RA 3E01A 3RMAA 3VTIA 5EVZA 3KTQA 3KJVA 4CJSA 4KHWA 4AHRA 3CCJN 2I7PA 3VETA 5EXWA 1MDUB 4IOAL 1HYSA 2O8BA 3QB0A 3MAQA 4DR2K 4KHQA 3DXKB 4Z4GA 2A1RA 1RDUA 3C6UA 2YNIA 4E1NA 3TSPA 3KLIA 4LH5A 2OANA 5A2QO 4AHCA 5AQIA 1HJOA 1MU2A 2VQFK 4FOEA 4MFBA 3VQQA 1K6YA 3DMJA 4CIGA 4YDUA 4KO0A 5BR8K 2UUAK 1E4FT 4M3UA 4I6MA 2VQEK 3QEXA 4YOXA 2E2OA 3D2EB 4FPAA 2YNGA 3HM8A 4CGHA 4CF0A 4DTMA 1Z05A 1I94K 4C8NA 3AO4A 4JI3K 3VQ6A 1BHLA 1OH6A 2Q0UA 3AA5X 2ITMA 1P8ZA 3M8RA 3CCQN 4DUZK 2HHXA 1SKRA 2W42A 3WXLA 3L2WA 1JLFA 4W5OA 3D45A 3R8EA 3ASMA 4IFYA 4PHTX 4M63C 1D4XA 1KVCA 3AVKA 3LAKA 1YHQN 3VENA 2EHGA 4CJ5A 3GG4A 2VWKA 1NGCA 2F96A 4CEZA 4JI0K 4CE9A 1BIZA 3S3NA 2ASMA 1WBDA 5GIPA 2IVPA 4G1QA 1J6ZA 3AAPA 3OYEA 1JLAA 4CBXA 4BR4A 3PX6A 3DLHA 4YNQA 1BDGA 3CMAN 3KLFA 1KSPA 4FJJA 4BQLA 3DRRA 2YHXA 1N34K 3OYIA 4HCBA 3KWGA 3SJHA 4CEEA 3C7NB 3BZKA 1NJZA 3DM2A 1IKVA 2EWSA 3QETA 4DTUA 5TKYA 3QFPA 3QFUA 1A5XA 4FJMA 4NO7A 3AA3A 3IFRA 3U6FA 3VQAA 2A40A 2KKZA 2WBNA 2WFBA 2ZD1A 1RDBA 3MWPA 2WC9A 4AM7A 4KHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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