3AVAA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avaA00
3LP3A 4JLHA 2X74A 4CF0A 4EP4A 3KLEA 4DFJA 4KRFA 3L3UA 3AA5X 5HRRA 3IG1A 3SQ4A 4C8LA 4DQSA 2QK9A 4Q5VA 3CFRA 1W0HA 3HYFA 2XY6A 5I42A 4KHWA 1WLJA 3VQ9A 1JKHA 1QTMA 4J2AA 3ZSZA 1EP4A 1C1BA 3TWHA 1T7PA 4AHSA 3RMBA 3F73A 1J53A 3NH0A 3OYNA 3K5NA 3NBPA 4E19A 1QSSA 4OLAA 4DFMA 1SV5A 3KLIA 5KGWA 2YNHA 3E01A 3TAEA 4FJJA 1IG9A 4FJNA 4W5RA 4NCBA 4CJ4A 1U4BA 2HVIA 1QE1A 5JS2A 3B6PA 1HRHA 2DFHA 1UAXA 3OYDA 2FBVA 1TGOA 1RTHA 1TV6A 5FRMA 3AA3A 3V1OA 2XHBA 3SPZA 4BE1A 4K8XA 1BIZA 1BL3A 1WSIA 5J2NA 1X9MA 3NH2A 4Q0BA 3O4QA 1KFSA 2BANA 2HNZA 2VG5A 4E7KA 4CECA 1U45A 3U6FA 3TAFA 4KHYA 3P1GA 1LWCA 3C95A 4N47A 3KKSA 2FBXA 4F2RA 3RMAA 2HW3A 4FLUA 2I5JA 3NF8A 4KFBA 2DY4A 1JXBA 3AVHA 4KTWA 3NGYA 2P5OA 5KI6A 5HRNA 4ZTFA 2WONA 4M3TA 2XRIA 1KVBA 4FLTA 4DQRA 4DFKA 4B9SA 4DSLA 1TL1A 3AO5A 4FW1A 1D8YA 4CEEA 2HHVA 2BGGA 1ZBUA 3JYTA 3UIQA 4BDZA 1VSEA 3QINA 3PX6A 3VQQA 4CK2A 1HYSA 2KFNA 1VSFA 3SCXA 2OPQA 4E1MA 1TAQA 3OYJA 1ZBIA 4B8AB 3QEWA 4E1NA 3KLHA 3OS0A 2XY7A 3TAMA 1ASWA 3QETA 4N41A 1VSIA 3MEGA 4CFAA 5J2QA 3RMDA 1BQMA 4CJUA 4W5QA 3HP6A 2G8VA 2DTUA 4B08A 3C6TA 2VWJA 3SZ2A 4BDPA 4CJVA 4C8NA 2IGIA 4IFVA 1X9SA 4O5BA 4C8MA 4M3RA 4CHPA 1TKDA 4MFBA 1S6QA 4OJRA 3SV3A 4CJ3A 1KFDA 1SUQA 1LW2A 3P83D 3VA0A 1NKCA 1KLNA 3C94A 4I2PA 4DQPA 4LH4A 3QEXA 4DTMA 3VQ4A 3DLGA 4LSNA 1WNSA 4DU4A 1Q9YA 4FJXA 1A5VA 3CM5A 3PUFA 4F3OA 2GV9A 5FRNA 3HPGA 1REVA 2ZE2A 4KV8A 3VA3A 3FFIA 4CEAA 1HYVA 1QSYA 1T8EA 4QOZB 4EP5A 5J1EA 2HHXA 1GOCA 1NKEA 1LV5A 4CGIA 5KRTA 1VSLA 2P51A 4B3OA 1S1TA 2XY8A 1JLAA 3OJUA 1L3UA 3V9ZA 1N6QA 4CK3A 4B9TA 4C8KA 4W5TA 3V81A 2OYQA 3VQ6A 1KCFA 2YNIA 3SQ1A 2VG7A 3RTVA 3S3OA 1FKPA 4FW2A 1VSMA 4CIEA 4CJTA 3RR7A 4IKFA 4OKEA 1XC9A 3KD1E 3U3YA 4W5OA 4CJEA 1BQNA 1KTQA 2PZSA 1C1AA 3VQ5A 2F8TA 3TR8A 4E7IA 4B9MA 3PY8A 1C0MA 2JGUA 1IKVA 1B92A 4TSXA 3ZSQA 1R0AA 3AO1A 2YNFA 4Y1CA 1SL1A 3T1AA 4I9QA 3AVAA 2KFZA 1UA0A 1S1UA 4O0JA 1HPZA 1ZBFA 3ZT0A 4CEDA 4GVMA 4DTXA 4HVJA 3QEIA 1RT1A 1NOZA 4OLBA 4FK4A 3VN5A 3ZSVA 2HHSA 3SYZA 3TANA 3AA4A 4KTZA 3WNEA 4B8CA 1WSHA 1SL0A 4R5PA 1Z25A 1YTUA 4Z0UA 2JLEA 4BDYA 4KPYA 3LANA 4KHQA 2Z1JA 4I7FA 4CERA 2LSNA 2Z1HA 3DMJA 3OYFA 2B4JA 3K57A 4B9NA 1KVAA 3KK2A 3V9XA 4CF1A 1WSJA 1S6PA 3DI6A 4FM2A 4FZYA 1S1XA 3G10A 2QXFA 1RT6A 5JS1A 2OPRA 1RT4A 1VRUA 3V6DA 2VWKA 3VQAA 1NK8A 2G8KA 4CJLA 1U04A 3V9UA 1S5JA 1D9FA 4I2QA 3NCIA 1DLOA 2GUIA 2Q3SA 3L2QA 2HHUA 5CZ2A 1ZBLA 4FJHA 4H4MA 1KRPA 2G8HA 3U3GA 1RNHA 4FLWA 1EETA 5CYQA 4CGFA 3DOLA 4CJ5A 5J2MA 3OY9A 4CHQA 3CG7A 4KO0A 5DK5A 1SKRA 1NOYA 4O55A 3NFAA 4Z4HA 4HUGA 3OVNA 3K58A 1DTQA 1ITGA 4KREA 4DTRA 1DTTA 4LH5A 4CFDA 2YNGA 3EY1A 4DU1A 4FJ7A 2YHBA 3OYGA 1LAVA 4XIUA 3PX4A 4IG0A 4RW8A 3SQ0A 3S3NA 4CEOA 5KGXA 4CGJA 3K59A 1J5OA 4E0DA 1LW0A 1HQEA 1CXQA 1NK4A 2Z1GA 3O3FA 1FXXA 3QIOA 4B9VA 3KTQA 2HVHA 1I39A 4Y1DA 3WNGA 4KAZA 4DSKA 4KI4A 4FXDA 2QKBA 2AJQA 4CE9A 1IKXA 1VSHA 4J2EA 4K8ZA 3HP9A 4FK0A 1YTAA 3F9KA 3NE6A 4AH9A 4HUEA 4FLZA 4M3YA 4I9LA 3ITHA 5FROA 4OPKA 4CEBA 4DF8A 4M3XA 5HBMA 2X78A 3VQBA 3V1RA 1IKWA 2P5GA 1A5WA 1J9AA 4G1QA 4ELVA 1RT7A 3IAYA 3D45A 5SZTA 1IO2A 3MXJA 4E7HA 2RKIA 4ELTA 2X6NA 4YFUA 4M3WA 3ZSXA 1ZBHA 3LZJA 2G8FA 1HNIA 4Z4IA 4DSEA 5EU7A 4F8RA 5HRSA 3OYAA 3AO4A 3D0PA 3KLFA 4F4KA 4DSIA 1I3AA 4CEZA 3NDKA 1SKSA 3AVBA 3NF6A 3HO1A 4DU3A 4AHUA 4AHTA 3SUPA 3DRRA 1JLFA 3G0ZA 5E41A 1ZYQA 3THVA 3DLHA 3LAKA 3LP0A 1O1WA 1Z26A 4RW6A 4FM1A 3ALYA 4DQIA 1RBSA 4KI6A 1VK0A 3VQEA 3HL8A 1RDAA 1J54A 4CEFA 4J2BA 4DF4A 2Y1IA 4DSFA 1FK9A 1GOBA 3CFOA 3M8QA 1C0UA 3VQ8A 1HMVA 3VQCA 3AVKA 1U49A 1BI4A 3AO3A 4O44A 1S9EA 4DTSA 1CZ9A 2X6SA 4PUOA 1NK0A 1TKXA 1JL2A 4O4GA 2OZMA 1X1PA 1RT5A 2E6LA 2Y1JA 2G8UA 1RTJA 5KRSA 1VSDA 1VSKA 1WAJA 4DTUA 3SQ2A 2IDOA 1CZBA 3AVJA 3DLKA 4HCCA 1HQUA 2QKKA 3NH1A 2KTQA 4Z4EA 4CIGA 3LALA 4E7JA 2R7YA 3AA2A 1LWEA 1S1VA 1JL1A 2FC0A 4F3TA 4RG8A 3LP1A 2XY5A 3ZT1A 1RT2A 1XHXA 4M45A 3QESA 1KVCA 2D0BA 1B9DA 3AVIA 1YT3A 3QIPA 4HHTA 4HCBA 5HROA 2KZZA 2F96A 1U48A 1GOAA 4JS5A 4B9UA 1EXQA 4AHRA 3HPOA 3OYKA 1Q9XA 4M3UA 2F8SA 1YVUA 4PWDA 4Z4CA 1W9HA 5HP1A 1SL2A 3KD5E 2WOMA 3O4NA 3QNOA 3LPUA 2EHGA 1N5YA 1BCMA 4DFPA 3TABA 2B6AA 3LPTA 1NJWA 1TKTA 2PYJA 2ZD1A 4GMJB 1TVRA 4OGCA 2KQ2A 3OYCA 1D9DA 1C1CA 3ZT2A 5D3GA 3DRPA 3K5OA 3NF9A 3EYZA 4KHNA 3I0SA 3P5JA 4CJRA 1MU2A 2OPPA 3OJSA 4FLVA 1XWLA 1JLBA 3OS2A 3OYLA 3PV8A 4FYDA 3MEEA 5C25A 2RF2A 4HUFA 3ULDA 1TKZA 3SV4A 3PX0A 1NK6A 1KSPA 4DWIA 2HHTA 4BE2A 2PY5A 1WSGA 3MXMA 3L2VA 3TARA 2OA8A 1JLQA 3LWMA 2BDPA 3DRSA 3DOKA 4KB1A 4FVMA 2D5RA 3OYBA 4BWMA 1L3TA 2IC3A 3B6OA 3HPHA 4ICLA 4EZ9A 4CF2A 3OYEA 3VQ7A 5FDLA 1NKBA 1RBVA 2O4GA 4RW4A 1TK5A 4FJGA 4FJ8A 3CM6A 4AHVA 4KB0A 3HJFA 4ZTJA 4QCLA 1D5AA 5CZ1A 1RILA 2A1SA 5SWMA 4FJ9A 4KHUA 3DM2A 3MECA 3K5MA 5C42A 4KKOA 2FBTA 4NYNA 4HTUA 3V9SA 3V9WA 4AILC 4C8OA 1QS4A 2EX3A 1TL3A 4O0IA 1RDCA 2B5JA 4CJSA 3KLGA 3K2PA 4FZZA 4OGEA 3SI6A 3TAQA 1ASVA 4QAGA 4CFBA 2G8WA 3A2FA 3L2RA 3QO9A 3QERA 4E3SA 1RBUA 2A1RA 4OVLA 1TK8A 2O4IA 3NAEA 3V4IA 3SNNA 3O3GA 3OYHA 2IAJA 1RT3A 1VSJA 4E7LA 2E4LA 3HVRA 4M41A 3RWUA 3EZ5A 3M8RA 2W42A 2XO7A 1TK0A 2YKMA 3M8PA 4FK2A 4FJIA 4RW9A 3JSMA 3KK1A 5KTQA 3LAMA 3AVLA 3IS9A 3K5LA 1SKWA 1CXUA 2IOCA 4WE1A 4JS4A 1BCOA 4KHSA 3QEVA 3ZSWA 3ZT4A 3NHGA 1LAWA 2HHQA 4CFCA 2PYLA 4LSLA 4FZXC 2OZSA 4H4OA 4OKKA 4CESA 3ZSYA 3BDPA 1KLMA 4PQUA 2KZMA 3I8DA 1S9GA 2D0AA 1X9WA 1NK9A 3KK3A 3TAGA 1RBTA 2G8IA 4Z4FA 4IFYA 3T19A 3MEDA 4ZHRA 1WSEA 1EKEA 3MAQA 4M3ZA 4CJFA 5J2PA 3AVGA 4CJPA 3LP2A 4PY5A 3QLHA 4DTOA 3DLBA 3HVTA 3WNHA 3AVNA 3I0RA 5T7BA 1HJRA 4LY7A 4CF9A 2DFEA 3LWLA 3TI0A 4J2DA 4N5SA 3RRGA 4CGHA 4CJQA 4N56A 3QEPA 3CYMA 4EZ6A 4IDKA 5CY4A 4LD0A 5I3UA 1RDBA 3L3VA 1QHTA 5K14A 2BE2A 4MQ3A 4NCGA 4ID1A 2ETJA 3O3HA 2RPIA 3SUOA 4DSJA 4FCYA 2HNDA 4FLXA 3RRHA 1C0TA 1S1WA 3L2WA 3AO2A 4H8KA 1A5XA 3AVMA 4DTNA 3NGZA 4DQQA 3AVFA 5DMRA 4DMNA 3QNNA 3KKRA 3NGIA 4FJMA 1UA1A 3ZT3A 1L3SA 4IBNA 2HB5A 4DTJA 3HT3A 3OS1A 4NCAA 4CHOA 3CFPA 4AHCA 4DLEA 4YNQA 3M8SA 4CCHA 3HM9A 2GBZA 4KTQA 1BGXT 1HYZA 3OYIA 3SUQA 1QSLA 2YV0X 1HNVA 4CK1A 4CIFA 1BHLA 2D0CA 4CEQA 3NF7A 4CHZA 4DTPA 3MXIA 4JRQA 3LZIA 1WSFA 2YKNA 1JLCA 1WN7A 1T03A 3KIOA 4DLGA 1BI4B 2ATQA 4N76A 1JLEA 2FBYA 1NK5A 3T3FA 4IG3A 1B9FA 1IKYA 4DS4A 3PO4A 1Y97A 2HNYA 3ZSRA 1U47A 1L5UA 4L8RB 1Q8IA 2ITGA 1QQCA 4OKJA 5CYMA 4CGDA 4CHNA 2HHWA 3S3MA 2IS3A 3V1QA 1IH7A 3HSTB 2VG6A 5HRPA 3PO5A 3OYMA 3S9HA 4ID5A 1RTDA 2YHAA 4CJKA 2RN2A 2KW4A 4OPJA 4BACA 1RCHA 2HMIA 3DLRA 3ISNC 4NYFA 1TAUA 4FJ5A 3IRXA 4CJWA 1LWFA 5HLFA 4B9LA 1CLQA 1BISA 1FKOA 4BE0A 2DFFA 4UQGA 3LDSA 3RR8A 4CHYA 4M42A 4W5NA 1NK7A 1UWBA 3BGRA 4FJLA 1EX4A 4GW6A 4JRPA 3SUNA 3L8BA 4ELUA 4Z4GA 1XI1A 1BIUA 4CF8A 4E89A 1VRTA 4F2SA 4CGGA 4DS5A 3SPYA 1NJZA 1JXEA 5C24A 3AV9A 4FLYA 3VQDA 3DYAA 3RMCA 2Z1IA 4DG1A 3C6UA 1NJXA 1RTIA 1C6VA 3TAPA 3HXMA 3WNFA 3SJJA 1K6YA 3KJVA 1L3VA 4BWJA 3AVCA 3H08A 3HK2A 3ZSOA 1F21A 2P1JA 4FJKA 1G15A 1WAFA 2OPSA 3DLEA 1XHZA 3L2UA 1UOCA 4FM0A 2ZQBA 1NJYA 1JLGA 3ASMA 3ZCMA 1RBRA 1T05A 4RW7A 2E6MA 1ASUA 3CQ8A 3VQPA 1RDDA 4PA1A 2NUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQZA 5HRRA 3IG1A 3SQ4A 3CFRA 2NRTA 5I42A 4KHWA 1NGAA 3ZSZA 1EWQA 1EP4A 3TWHA 2P9NA 3OYNA 4OLAA 3NBPA 3O9UA 4FJJA 4NCBA 3G4SN 4W5RA 1QE1A 4IOAL 3B6PA 2FBVA 4IOCL 1YJWN 3A5NC 3V1OA 4A61A 2QA4N 4CZKA 4NXMK 4E7KA 4FPAA 3TAFA 3QMLA 2FBXA 4JKFA 3CCUN 4K42A 1KVBA 1TL1A 1ZC6A 3QBWA 1D8YA 4CEEA 4BC3A 3HZ6A 2BGGA 2J4RA 3LM9A 5KQ8A 3ZX2A 1YJNN 1VQ8N 5LY3A 4E1NA 2XY7A 4B3SK 3G6EN 3EKUA 3QETA 1VSIA 4CFAA 3P31A 2G8VA 1QZ5A 2NZTA 4B08A 1GLAG 3C6TA 4JKAA 4BDPA 1E4FT 1X9SA 2IGIA 4IFVA 4CZFA 4A2BA 1YF5L 1D4XA 1SUQA 1KLNA 3CCVN 4LH4A 3QEXA 3C65A 4K43A 4A2AA 3WEEB 4LSNA 4FJXA 5LMUK 2QEXN 3HPGA 3MN7A 2ZE2A 5M1KA 3FFIA 4CEAA 4QOZB 3L6QA 5AQPA 2HHXA 1GOCA 2O8DA 4CGIA 4IOXA 4B3OA 4BRFA 2ASPA 1N6QA 1XC3A 4B9TA 1CZAN 3HM8A 3SQ1A 3RTVA 2P9KB 4CIEA 1XC9A 1C1AA 1GLLO 4E7IA 5HOOA 5EVZA 3O5BA 1IKVA 3UE5A 3GBTA 4AM6A 2YNFA 4FWKA 4WQ4C 3AVAA 1HPZA 3CMEN 4GVMA 3VGMA 5JICA 4DTXA 4HVJA 3CC7N 3QEIA 4GV3A 3VN5A 3ZSVA 4YHHK 1K8AO 1C0FA 2HHSA 4G9ZA 3F5TA 3VOVA 4DHYA 2V7ZA 2JLEA 2YHXA 4DUYK 3LANA 1N33K 2Q0RA 2LSNA 3A8YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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