2ZJQL

Interaction of l7 with l11 induced by microccocin binding to the deinococcus radiodurans 50s subunit
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
b'RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribosomal 23S RNA
molecule tags Ribosome
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjqL01
2ZJQL 4WFBL 3DLLL 1YJNN 1Q7YO 1YJ9N 3PIPL 3PIOL 3OW2M 1QVFM 1K8AO 1W2BM 5JVGL 4IOAL 1YJWN 1Q86O 1K9MO 4U67L 2QA4N 1YIJN 3I55N 5GAGP 3CCEN 1QVGM 1VQ9N 1VQ4N 3CMAN 1KD1O 2ZJPL 3G6EN 1KQSM 1N8RO 3CPWM 3CCUN 2QEXN 1KC8O 1VQMN 3J7ZO 2OTLN 1NJIO 1OVYA 4IO9L 3CCJN 3G71N 3CCMN 1M90O 1S72N 3CCLN 1YHQN 4WFNL 5GADP 4WF9L 5JVHL 3CC7N 1M1KO 4UY8O 3I56N 3CF5L 3CC4N 3CCRN 1VQLN 4WFAL 1VQ8N 3CCVN 1VQPN 1ILYA 1YITN 1VQNN 1VQON 1VQKN 2OTJN 4IOCL 2ZJRL 3G4SN 1K73O 1VQ6N 5DM7L 3CD6N 5GAEP 3CCQN 3CXCM 1Q82O 1VQ5N 1YI2N 5GAHP 1VQ7N 5H1SQ 5MLCQ 3CCSN 4WCEL 5DM6L 1JJ2M 3CC2N 1Q81O 5HL7L 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9MA 2E8AA 3BEXA 3VESA 3P1GA 4IKFA 2NRHA 3OA9A 1DEJA 3KWIA 1DLOA 3SZ2A 3CM6A 3PIPL 1SKWA 3PIOL 3VQ4A 1XHXA 4HUEA 2D0PA 2DFEA 1YJWN 2FSNA 1N36K 1TYQB 4FJMA 3PUFA 3VQQA 3I0SA 1K8KA 3D6RA 4RW4A 3WQTA 4FLVA 3DLHA 4BRMA 3VGMA 2IS3A 4FJLA 4FK0A 4JI2K 2GUIA 3O08A 1QZ6A 1DTTA 3DXMA 4BR5A 2ZJPL 3OYAA 4JK9A 4DV4K 3RTVA 4FJ7A 3KKRA 3R8EA 3VGLA 1EWRA 3J7ZO 1EX4A 4RW7A 2J4RA 3PX6A 4BR2A 4M7YA 4FWRA 1XHZA 3ZETA 3RRHA 1M90O 4DSLA 1YVNA 3A5NC 3H3OB 5AQQA 4OX9K 3QB0A 3UKRA 1IBKK 5JVHL 1C0TA 4CJEA 4JI8K 1FW6A 4LSNA 2B5JA 1NK8A 4CF0A 4QS7A 4GW6A 1HYVA 4C1NI 4O55A 4H4OA 4FW2A 4BE2A 2PYLA 3N4QA 1IBLK 5HP1A 4FYDA 4B3SK 3VN5A 2WC9A 4CJUA 2YHAA 1ILYA 1NJZA 2FLOA 4FWLA 1ATRA 1OKJA 4PA1A 1VQKN 4KB0A 5AQFA 3ZT3A 2E88A 5CYQA 1O1WA 4AF1A 4B9UA 4FWOA 4O8UA 3TAMA 3VTIA 2F8SA 2OPRA 3S41A 2HF4A 2BUPA 4JS5A 1FJGK 4AH9A 3CJ1A 4KTQA 3RSEA 4EP5A 1GOAA 4ISFA 5DM6L 1HNWK 4K42A 1VK0A 1NWKA 3DWLA 2VWBA 3TAGA 3EEQA 3LM9A 2UXDK 3PSIA 1RT2A 4M41A 1CZ9A 4NLCA 5AQVA 3ISNC 4DV1K 4LSLA 3VOVA 3MWPA 4BRCA 3O3FA 4DUYK 3F73A 1J5EK 2Q3SA 3UKUB 1QVFM 4XH5A 3T19A 1WUAA 4FLTA 3THWB 4W5NA 3MK6A 1RBTA 2PYJA 1VHXA 2F9WA 4IOAL 5J2PA 3H1VX 1K9MO 1IV0A 5BRHA 2HHVA 2HNDA 1GOBA 3KWGA 2ZE2A 1QVGM 2RF2A 4BROA 5BREA 3D7EO 3SQ1A 1YF5L 1L3UA 1KXPA 4BR4A 4MFBA 4DUZK 4OJRA 1KAXA 5JICA 3LDSA 2HW3A 5FPNA 4NB4A 3RMAA 4KREA 1U2VA 1NJIO 4CI6A 3B6OA 2HB5A 5M1FA 2I7NA 1L3TA 3LZJA 3SCXA 2IVNA 2A3ZA 2HBLA 4OKJA 4C23A 4JI1K 4F8RA 3CQYA 3GG4A 4ISGA 4JKDA 3BZCA 2VYPA 3K9KA 3ENHA 5D3GA 4M63C 4EIAA 3DRRA 3WNGA 3FFIA 1RTJA 1T3VA 1JCGA 1NMDA 3NDKA 1RCHA 4I6MA 5M1QA 4FWMA 4YHHK 5C42A 2NUBA 1SV5A 1S1WA 4KV8A 5HRPA 1XMOK 4NO7A 1GLJO 4WQ5A 1ZBIA 3SV4A 5AZJA 4BACA 1LW0A 1WAFA 2GV9A 4FJNA 5GAEP 4AHRA 2VWJA 3LAMA 3OYBA 3SYZA 1NGFA 4KH5A 3LDQA 4IO8A 4DTOA 4DV2K 3NF9A 4A2AA 2ASOA 2YHWA 3IRXA 5HL7L 4KRFA 3H45C 5BPNA 1BHLA 3DAWA 3GBTA 2GBZA 4FO0A 3PX4A 2BANA 2D0BA 2IDOA 4JN4A 4E7IA 1NGGA 3NH0A 3T1HK 4OLAA 4CZJA 3CJCA 2FBVA 4I2QA 3AVKA 1K6YA 3HL8A 3P38A 2Q0UA 4PKHA 3ZX2A 1U4BA 3ZYYX 2F9TA 4JNEA 4DTSA 4BG8A 2WOMA 2VWKA 1OH6A 1RDDA 3GDQA 2HOEA 1VSMA 4DR7K 3EKSA 5J2NA 2A5XA 4JK7A 4E7HA 1KFSA 3AO5A 3M8PA 1SQKA 4E3SA 2E1YA 1EXQA 1OH7A 5JLFA 4BRGA 3J7YP 4H0PA 4CECA 3T1AA 1BA0A 3MECA 2O8BB 4DKWA 4JKEA 1ZBSA 4H5NA 3GE1A 4IFVA 4K8XA 1J54A 3L3VA 3AY9A 1LCUA 2FF3B 1LAWA 1RT6A 5TKYA 3ZSYA 4DU4A 1NGBA 3CERA 3UIQA 3VEVA 3THVA 1E4GT 3TI0A 3PY8A 3CJ7A 1TKXA 1Z05A 4NCAA 1A5WA 1KCFA 1SKRA 4JS4A 5KI6A 1TV6A 4H0VB 4DQSA 1X1PA 1FKOA 4GKKK 2F96A 3VF2A 1VSJA 3U3GA 3V9SA 1B9FA 5CR4A 1VSFA 3MEDA 3SQ4A 1SL0A 4JI7K 2G8FA 4FJGA 3RMDA 4PY5A 2UXBK 1S6PA 4B9QA 4DR3K 1SL1A 3M8QA 4CJTA 1SZ2A 1YI2N 2BH1A 3AVHA 1S1XA 3WEEA 5CHIA 4BY9C 3G0ZA 4MDAA 4E1MA 4PKIA 4BDYA 3M8RA 3AARA 3CM5A 2XY7A 4B1YB 1HX1A 1YJNN 1GLLO 3TR8A 4DCHA 5KQDA 2D0CA 5J2QA 1G15A 4DV7K 4JI3K 3O1WA 1HLUA 1REVA 1NJXA 1S22A 1N34K 3QBWA 3RWUA 3IMXA 4FOIA 4BQLA 5J1EA 1JXBA 1VRUA 4BDZA 4KKOA 4FZXC 4A5AA 4H8KA 2P9UA 5BPMA 1KRPA 4JI4K 4NXMK 5HOOA 1XQSC 4A2BA 1IKVA 4JD2B 4EZ6A 3L2UA 2HF3A 3SAGA 4CEBA 3AVAA 2W42A 2XY8A 4M3UA 5KPRA 2ZGYA 4LFAK 3CCJN 1XWLA 4BRIA 5AZIA 1HUXA 4OKEA 5FROA 3CFOA 1RBRA 1SKSA 2CGLA 3K0SA 2RE2A 1CXUA 4MQ3A 4DSKA 3U9DA 5AQYA 3ENBA 3LDPA 4KO0A 3HK2A 3DI6A 4BR9A 3F2KA 2GELA 3HJFA 2UU9K 3FGUA 5A2QO 2UUCK 3HSTB 1HQEA 3ENOA 4C8KA 1S3XA 3E9PA 3VA3A 4FLXA 5BRFA 3FFKB 2ZJRL 3KLFA 1ASUA 4LF7K 1RTDA 3CD6N 3HOTA 3RR8A 2E2NA 1XNRK 4QOZB 1WN7A 3ZT4A 4M3TA 2Q1NA 3CCSN 3RVCA 2FXUA 4B1ZA 3LDLA 4CD3A 1BQMA 4CEEA 4CESA 3P39A 3V9XA 3HTVA 4B3RK 2XY6A 5AQHA 3ZEUA 2HVHA 4KHNA 3K2PA 3CFPA 3MDQA 3O3GA 1VSDA 1L5UA 3VEYA 3K5MA 3WXLA 4DFKA 2KFZA 1MDUB 3C65A 3HSCA 3C7NA 2CGJA 3LAKA 4QAGA 3VF4A 1Q18A 4JK8A 1LWEA 3A8YA 3FLCO 1ZYQA 3RMCA 3AAPA 1KSPA 5AQLA 2OPQA 1X9SA 4DB3A 3DYAA 3TAEA 4K43A 1U48A 4C8NA 2YNFA 3V1RA 3AA3A 4AHCA 4FVMA 4FJ9A 4WQ5C 3VEZA 3WXMB 1RDAA 2RHKA 3QEPA 4JHDB 2EWSA 1MU2A 1Y97A 4W5TA 3VQ9A 4JKAA 1KC8O 5LJVA 1GLEG 4KFBA 3DLKA 3GOIA 3E9OA 3S3MA 4RG8A 4CJ3A 3AO1A 1YAGA 3SJHA 5GADP 4DV0K 3KLEA 4KHQA 3QBXA 4UY8O 4F3TA 2IOCA 3MMVA 3NF8A 3CJ9A 5LY3A 4G9ZA 5EOYA 4I2PA 1KLMA 3MEGA 4LH4A 2NRWA 3M8SA 4FLWA 2F8TA 1WSEA 4Z4EA 2P9PB 4CJSA 2GWJA 4B08A 4EHUA 4H5RA 3VMFB 3KJVA 2KHOA 4N76A 2D4WA 2P9IB 3TTCA 5LMUK 3LDOA 3ZCMA 1EKEA 3JXUA 1JLEA 4X65K 4H0YB 3FZMA 3HO1A 2IAJA 1T03A 1P90A 4N56A 1S6QA 3ITHA 2E6MA 1HNXK 4BRAA 1W97L 1S1TA 3ATUA 3V1OA 3U3YA 2B4JA 3SMPA 3T7ZA 3HVRA 4FOEA 3VQAA 4QCLA 1JLCA 1SUQA 4B9LA 3LALA 4R79A 1JLFA 5JS2A 3KK3A 4CZHA 1FXXA 3K58A 3NGYA 2W41A 3CC2N 2O8DB 4FK2A 2B6AA 1GLFO 4H4MA 4Y1DA 1KTQA 1S1VA 1RT1A 2QKBA 2AP1A 1O13A 4W5QA 4AQYK 2F4VK 4CGJA 1JCFA 1W2BM 1RDUA 3PSFA 4FW1A 3OYDA 3EE8A 1LWCA 2QM1A 3E66A 2VGNA 3OYJA 1MA9B 1HNZK 3SUPA 2OPSA 3R3LA 2O8FB 4E19A 4KHSA 3S3NA 4BRPA 3G6EN 4IBNA 4BRNA 3OYNA 3Q7CA 3A5MC 1QZ5A 3TSUA 4XIUA 5BN9A 2AA4A 4M45A 2UUAK 3AVMA 2QEXN 1TUYA 2YV0X 3AVCA 4EAHD 4BGAA 1N5YA 1DKGD 3J81O 1WSGA 1YUWA 4BC5A 3SLCA 2PAVA 2WBNA 3DXKB 1ZC6A 4DFMA 3TTDA 2A1SA 1IKWA 4K8ZA 1N32K 3SNNA 4NCGA 3CF5L 3S9HA 3CC4N 2PY5A 4JI0K 4KHYA 3EZWA 4DMNA 3V9UA 1NOYA 4Y1CA 2NRRA 4CGFA 4JI6K 1T05A 1HQUA 4CHQA 4B8CA 3OHRA 3K5NA 2FBXA 2QW9A 4A5BA 3E9LA 3HM8A 3VA0A 3HYFA 1WSHA 3G4SN 1H1VA 3THWA 1QTMA 4BRDA 2ETJA 5FLXO 3CXCM 3QINA 4PQUA 5E41A 3V9WA 2YKNA 4LC9B 2D0AA 1RDBA 2P9KB 4XEIA 3TU5A 4Z4CA 2DTUA 3SQ0A 3IFRA 3O4QA 3O9RA 3CMEN 3LPUA 4BQZA 5EY4A 3IAYA 4CD1A 4PL7A 4WFBL 3NGIA 2HMPA 3V81A 2BE2A 1MWMA 1TK5A 1RTHA 2NRTA 4CK3A 4YOYA 4CZIA 3MEEA 4CBWA 4CGGA 3RMBA 4C8MA 1VQ4N 3CMAN 1K8KB 1EO1A 4YY3K 4X64K 1KD1O 1JL2A 3SBTA 5BR9A 3DXMB 3ZSOA 2E2OA 3FE1A 3TSQA 4AHVA 2HBMA 2KKZA 4IEEA 2RN2A 4JLHA 3VERA 4IO9L 3RR7A 3IS9A 4PL8A 3KHYA 3CCLN 1NGCA 2Y1IA 4BWMA 2O8CA 4BREA 1M1KO 5CYMA 5KPZA 3S3OA 3UKRB 1RBUA 4UQGA 1RT7A 2DPNA 4FJKA 2HMIA 2E2PA 3DJCA 1VSKA 4IG0A 3NH2A 3LM2A 3C95A 3A5LC 3KK7A 5AQMA 4J2DA 1JLGA 2HHWA 1QQCA 4W5OA 5HLFA 4RTFD 4KBOA 4OGCA 3O9QA 4J2AA 3WXKA 2V52B 4KI4A 3HVTA 2QWOA 5E26A 4Z4GA 4FWPA 3IKMA 3KVGA 5H1SQ 4JV5K 4CGDA 4WCEL 4HUGA 3MXMA 1KAYA 4E1JA 1Q81O 5C25A 4H5TA 1FKPA 3WT0A 3IG1A 2KZZA 2OA8A 1HPMA 3THXB 4KTZA 3VENA 5B8HA 4JKHA 1YTAA 3O3HA 1U49A 1BO5O 4DG1A 5KRSA 3QNOA 1HNVA 1NGAA 1C0MA 3T1YK 4DTPA 4DF4A 3OYGA 3VPZA 1ESVA 1NGDA 2QI2A 3FZLA 3OYCA 3OBYA 2OANA 3AA2A 4CFDA 2KQ2A 1BA1A 1L3VA 2XHBA 5DK5A 1RDWX 4CIFA 3H3NO 3AA4A 3L6QA 2KTQA 4CHPA 3AVIA 1S9EA 4DLGA 4RW8A 4AHTA 5GINA 4CGIA 5AQZA 4CJQA 4HVJA 4CBUA 3BGRA 1ITGA 5BN8A 4LFBK 4NLBA 4DR5K 1WB9A 2HHHK 4X66K 5F1XA 4WE1A 2D5RA 1BG3A 3NHGA 3QESA 5ADXH 3W3DA 1KVBA 3G71N 3QLHA 1U2VB 1NGIA 4JKGA 4Z94A 4B8AB 2P9LB 4DSFA 4DQIA 4A61A 1C6VA 3OY9A 4G1QA 3CJAA 1TKDA 1ZBHA 1W0HA 3Q7BA 2FBYA 3C94A 3HP6A 3CCRN 3KLGA 4TSXA 4DTRA 4YDUA 5LMNK 1BU6O 2FF6A 5GIOA 1LOTB 5FPEA 4LF8K 1SL2A 3T69A 3WXIA 1YITN 4GV3A 2Z1HA 2QXLA 4MLHA 4CGHA 5AQIA 3ULDA 3UB5A 2EX3A 2Q2RA 4H5VA 2IVPA 5ADXA 3TABA 1P8ZA 4ISEA 5AQPA 5KGXA 3QFPA 3HI0A 1VSHA 1BL3A 2OYQA 4OLBA 2ZQBA 4V19S 3EN9A 2WFBA 1NK4A 4EP4A 5ELZA 5M1NA 3HP9A 4FPBA 3SBGA 4EFHA 4U7BA 1BI4B 3H6EA 3DLGA 3OYFA 3OW2M 2JGUA 2QWQA 5JVGL 1VSLA 2FBTA 4N5SA 4LY7A 4AHUA 3EL2A 1G99A 2DY4A 4U67L 1IG9A 1ATNA 1Z6RA 1YVUA 1RGIA 4LF6K 5F0XA 1HYZA 3K9JA 2HVIA 2Y1JA 3QDKA 1BUPA 3R1XA 5AQNA 4B1UB 2HHTA 2BDPA 4CIEA 3B8AX 3OTOK 1EQYA 1EWQA 4FWKA 1KQSM 2Z1GA 4YOXA 4NXNK 1IKXA 1TVRA 3ZSXA 4AM7A 3MN5A 5LL6Z 1BOTO 3CCMN 2H3GX 2O8EB 4B1VA 1DTQA 3H08A 2KW4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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