5GADP

Rnc-srp-sr complex early state
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords ESRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gadP00
3CCQN 1VQ6N 1K73O 3CC4N 4U67L 3J7ZO 3CMAN 5HL7L 3G4SN 1VQPN 1YJ9N 3CMEN 2ZJQL 1YJWN 5JVHL 1K9MO 3CCSN 1VQMN 1KQSM 4IOAL 4IOCL 4WCEL 1KC8O 1VQNN 2OTLN 5DM7L 3CF5L 1KD1O 1Q86O 3CCEN 1VQ7N 5H1SQ 1YHQN 5JVGL 2ZJPL 5GAEP 2OTJN 1N8RO 4UY8O 5GAGP 3CD6N 3CCLN 1VQ4N 1QVFM 4IO9L 5MLCQ 3CCMN 3CPWM 1YJNN 3I56N 3CC2N 1QVGM 2QEXN 5DM6L 1VQ9N 3CCRN 4WFBL 3DLLL 3CCUN 3G71N 1W2BM 3CC7N 4WFNL 1VQON 1ILYA 1VQ5N 1VQLN 4WF9L 2QA4N 1M90O 3CCJN 3PIOL 3OW2M 1VQ8N 3PIPL 1YI2N 1K8AO 5GADP 3CCVN 1NJIO 1Q7YO 1M1KO 3I55N 3CXCM 2ZJRL 4WFAL 1Q81O 1VQKN 1YIJN 1OVYA 5GAHP 3G6EN 1S72N 1Q82O 1YITN 1JJ2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI4K 5DK5A 3T1AA 2HW3A 4E7IA 5TKYA 3OYGA 5C0YA 4LFAK 3K5LA 4R5PA 1O13A 1C1BA 4DU3A 3UIQA 3QNNA 4IG3A 4U67L 4CD1A 1TYQB 4MLHA 3EKUA 3OYJA 4O55A 3K58A 2QWOA 1RTIA 5AQZA 4GY2B 1WSFA 4CZEA 1DKGD 2PBDA 4LC9B 3C94A 4JV5K 2YNIA 3M5RA 3HP9A 4OPHA 4DSFA 3SAGA 3I0RA 4CIEA 3IG1A 2IOCA 2PAVA 2E2PA 5AZJA 3TABA 4ILHA 3WNFA 2F8SA 2D0PA 3AV9A 2ZGYA 3OS1A 3DAWA 2NRVA 3ZLJA 4H0OA 1Y64A 4X64K 2P5OA 4OJRA 1HNIA 4QS7A 2O8CA 4EIAA 2RN2A 3ZX0A 3HM8A 1QHTA 4CJFA 4FLUA 4NXNK 1KVCA 1JXEA 1VSDA 4DHYA 4N76A 4DTRA 1FJGK 3KK2A 3GOIA 3HXMA 2E6MA 3UKUB 4DV3K 1KAYA 4PL8A 2JLEA 3PIOL 1RCHA 4BDPA 3LDLA 2VG5A 3NH2A 2Q31A 4CFDA 3VQ7A 4A57A 3LDSA 1Q18A 1YTAA 3PX6A 4Q0BA 5C2DA 4LFCK 3TSPA 2W40A 1G99A 3LM9A 4FJHA 4BGAA 3CM5A 1VQKN 4CD3A 4JKGB 3L4QA 3WNEA 2O8EB 2VG6A 4BG9A 4KBOA 1U2VA 3ZSYA 2OCEA 4DTSA 1TL3A 4BRFA 3A2FA 3RR7A 4FZXC 1ESVA 4FWMA 3MWPA 4DSKA 3ZSOA 3K5NA 3QEVA 3P31A 4OPJA 3U6FA 3VN5A 4OO1J 2F7TA 2HBMA 1VQMN 2QXLA 4BR9A 3DXKA 3D2FB 4DR7K 1C1AA 3ZT0A 3SJJA 4JHDB 3U9ZA 3QETA 3ZX2A 1Z25A 5GIOA 1XQSC 2W6KA 5FPDA 2HHUA 3HI0A 1EETA 2OA8A 3IUCA 4K42A 4FYDA 1R59O 1IG9A 1NOYA 4YOXA 3F9MA 3WEEB 3HBTA 4GW6A 2GTDA 2QWPA 4BR4A 3VA3A 4LH5A 3IS9A 1QVFM 3J7YP 3LDOA 4HWIA 4IO9L 2QKKA 2FSKA 4CJSA 4CEAA 4IFVA 3S3NA 4BG8A 2IGIA 5KGWA 4KB0A 4FM2A 4FLYA 4BRPA 4LH4A 4YOYA 3RRHA 4FLTA 3CJ1A 3V1RA 3P5JA 1S1VA 1YF5L 4M41A 3L8BA 3LDNA 4BY9C 3G71N 4L8RB 4DFJA 4B9UA 4FK0A 4MO4A 4IG0A 2E6LA 4IFYA 2O8DB 4OLAA 5AQQA 1VQ5N 3N4QA 2QTDA 3UKRB 1VSFA 3E9OA 3WXLA 4DFPA 2GV9A 4KB1A 2WOMA 2P9IB 4CGDA 4YOWA 1WB9A 3THWA 3CCVN 5B8HA 1KAZA 4FVUA 4E1NA 2VGMA 2P1JA 4H0PA 2DTUA 3OYBA 2YI1A 4W5TA 3AARA 3CM6A 3R8EA 4WFAL 2KHOA 4I9LA 4CJ7A 4XIUA 3HPGA 4FLZA 4LF4K 3VERA 1TK8A 5KRSA 3THYB 4FWLA 5I42A 4DTMA 4A5BA 3A0IX 3QBWA 2FF3B 5EXWA 4R79A 1L3SA 1GLEG 4DF8A 3RR8A 3G4SN 4JK9A 5M1OA 2ZJQL 5CE3A 4WQ4A 1HRHA 2FBYA 4M3UA 4M45A 1WSHA 1NGJA 1L3TA 1BISA 2NRHA 3HVTA 4WCEL 5KPZA 3OBWA 4BRCA 4DV0K 4JI5K 4KFBA 5DM7L 4PWDA 4IFEA 2P9KB 3ATVA 1GLBG 5HOOA 1JL1A 1WBDA 4KTZA 3AO3A 3SUNA 3SCXA 1RDBA 1U04A 2OPRA 3LAMA 4A59A 2F9WA 1P90A 2V7ZA 2HF3A 4AHRA 4IKFA 2HHQA 3MN9A 4WQ5A 1QSYA 4I6MA 1J6ZA 2WONA 3EEQA 4FOIA 5FPNA 2W41A 2O4GA 4H0XB 1VQ4N 4N47A 3TAQA 1RDAA 3VEZA 3K5MA 3K0SA 2Y1JA 4XH4A 4E89A 4FPBA 1VSKA 5EOYA 3WQTA 1J5OA 2WC9A 5AZIA 4DV2K 1ASVA 5E41A 2QWLA 2VWJA 1BCMA 4B9SA 1DEJA 4BDYA 4C8OA 1OH7A 1SUQA 1N33K 5AQMA 1SL0A 2VQFK 2IAJA 5BR9A 2IVNA 1VQON 2GUIA 2E1ZA 3O8MA 3LL3A 3FZMA 3TSQA 5AJ3K 2UXCK 3CG7A 4NLCA 2XRIA 1SL1A 2UXBK 4DS5A 4A61A 3VQCA 4IDKA 4HHTA 1ZBFA 2RF2A 3M1FA 4C1NI 5GADP 4FLWA 2UYTA 2O8CB 1QQOA 1RT7A 3NGIA 2ZJRL 1YT3A 3SQ2A 3MXJA 3JAMO 5F2RA 1G15A 2ASOA 1BCOA 4OGCA 5FLXO 1JLGA 3VENA 2ITGA 3TARA 4FJ5A 1WN7A 3NF8A 4JKHA 2WTUA 4CFBA 5AQPA 1LWFA 4QS9A 1WSGA 3FZKA 4H5VA 1K8KA 2GWJA 2A6AA 3OTOK 2QWNA 3SUPA 1I3AA 3DLEA 3TAEA 2WBNA 3TTCA 4IOCL 1KC8O 2HHVA 4AHTA 1O1WA 1XHXA 3GDQA 4B3RK 5BPMA 3WXKA 4H4OA 3SK3A 1OH5A 1JCGA 1NGHA 1S5JA 1N5YA 2YHYA 3AAQA 1ZBLA 3NF9A 2HBLA 3M6GA 1RT5A 1W97L 1LWEA 1LW2A 2CGLA 2G8IA 1JLBA 4DU1A 3QESA 4HTLA 1GOAA 2YHAA 5MLCQ 5LJVA 3DI6A 4JRQA 3CC2N 3DXKB 3WT0A 2YHWA 4DV7K 3P4IA 4AM7A 5BPLA 1RTJA 3O1WA 3NCIA 4O44A 3KK1A 3VA0A 3O3FA 1ATNA 1ILYA 2BDPA 4CHNA 3KLHA 4ELUA 1LWCA 1HMVA 3MN6A 3KZBA 5HBMA 1VSEA 4BRIA 4ELTA 4DV6K 4J2DA 4K25A 4IJNA 2OYQA 3DLKA 3PIPL 4EHTA 2Z1GA 1RDUA 2HF4A 4FJMA 2RKIA 4CGIA 3R3LA 3CQXA 3SMPA 3CETA 4JAXA 1TKXA 2DFHA 5GAHP 4KHNA 3G6EN 2FXUA 1EX4A 4GKKK 4XH1A 3CPEA 3WUHA 4O8KA 3KHYA 4K41A 3LP2A 2UU9K 3M8QA 4JD2A 4KI6A 1EWQA 3RVCA 4F9OA 3CMEN 5KPTA 1RTHA 4DQQA 3THWB 4BC4A 2D0AA 4BQZA 4IOAL 3K57A 4QS8A 1W7AA 2V52B 1HYVA 1RT6A 5AQTA 4O0IA 4B3TK 1KXPA 4GVEA 1EKEA 1S22A 2J4RA 1BQMA 3MEEA 5BN8A 4CJEA 4FM1A 2QWQA 4YORA 2OTJN 5CZ1A 1HKBA 2G8HA 4JI2K 5GINA 3S41A 5LY3A 4BREA 3DXMA 2PFUA 3EE8A 4JS4A 4BGBA 2A1SA 4DG1A 4F4KA 3NH1A 1EWRA 1LV5A 3DYAA 1SQKA 4YDUC 3G25A 5E26A 4EHUA 2AP1A 4CF9A 3DM2A 5KTQA 3C6AA 4CHZA 4PKGA 4DR1K 1QSSA 2A1RA 3FZFA 4FW2A 3UKRA 3WXJA 4ZTFA 2KQ2A 1NOZA 2ATQA 3MAQA 3L2RA 3U8XA 4E0DA 4DTUA 3ENHA 2NZTA 3T3FA 1M90O 4I6MB 4M3XA 3IDHA 4DFMA 3RMBA 1Q9XA 1A5VA 4JK8A 2QWRA 3GBTA 5J2MA 1K8AO 4BQLA 2RHKA 3QINA 2VWKA 1U49A 1QS4A 2FC0A 5EU7A 3AVIA 2XY6A 1KRPA 1TKDA 3E9LA 2B6AA 3AO5A 1VAZA 3TTDA 3TAGA 5AQOA 3TU5A 2XO7A 3NAEA 3M8RA 3NE6A 1C0UA 3K5OA 1BHLA 4RWTA 4LF7K 1BO5O 1WLJA 4BC5A 1GLJO 1N6QA 4CHPA 4FJNA 1QTMA 4IEIA 3Q7CA 5DMRA 1WUAA 3QFPA 1ATRA 2NRZA 5HLFA 1B9DA 1D9DA 4N41A 4H5RA 4E7JA 4CBXA 4CJQA 1GOBA 4FO0A 4CZLA 1FW6A 3TAFA 1VQNN 1U4BA 5AFUH 1D9FA 1NU0A 3O9UA 4AILC 3MEDA 5AQLA 3CCEN 1QQNA 4Z0UA 4JKEA 1TV6A 3L3UA 1W0HA 4FZYA 1BOTO 1HJRA 4PHTX 3QICA 2G8KA 3A8YA 2EHGA 3VEVA 2QM1A 4KKOA 1K8KB 1S6QA 5C42A 4AQYK 3AO4A 5AQUA 4I7FA 1DTQA 4YNQA 3CPWM 5FDLA 3JYTA 5C25A 1QVGM 4B1ZA 4DFKA 4JEPA 4CF0A 4HTUA 3BZKA 1Q8IA 4IDHA 4W5QA 5BRDA 2KFZA 3MWTA 3CCUN 4DCHA 1D5AA 5I3UA 1SKRA 1OH8A 1IH7A 4E7HA 2HBJA 1WSEA 4HVJA 3P1GA 4NYNA 1CLQA 1C0FA 4WFNL 1QSLA 3FR0A 2GEMA 2Q97A 4BE1A 5SZTA 2P9PA 1S9GA 1T05A 3ALYA 3TPQA 3AAPA 4OKKA 2NNWA 5C12A 1NGBA 1TK0A 3VGLA 4GKJK 5HP1A 1ZBIA 3VQ5A 3ULDA 4K8XA 5CZ2A 3AVHA 4CGFA 3SUQA 3VQ4A 3NFAA 5FPMA 4KAZA 3H46O 1ZBUA 3FFIA 1RDCA 3OY9A 2P9SA 2E88A 3CCQN 3QEPA 4EFHA 3C95A 2E4LA 1NJYA 4EZ6A 3QLHA 3AGKA 5HL7L 3MN7A 1VQPN 4IJAA 4LSNA 2HMIA 4DQPA 5AQXA 4G1QA 3K59A 3AVAA 1K9MO 3R6MA 1MU2A 2JGUA 4FJ8A 1HNZK 4AHUA 4U7BA 3SPYA 3F9KA 1Q9YA 3ASMA 3T69A 3O4QA 4FK2A 4FW1A 4BR5A 2UUBK 4PY5A 3V1OA 3LWMA 3QIPA 4LFBK 2HNZA 1NK4A 2NRTA 4CE9A 4FJIA 3SI6A 4KHSA 1NJXA 4JD2B 3OYAA 4ZTJA 3U3YA 4AHVA 3RMCA 2AJQA 2H3GX 1X9MA 2UUAK 1NWKA 3SV3A 1YXQA 1GLDG 3NF6A 4RW8A 1IG8A 3D45A 2FSNA 1ASWA 3P83D 3VGKA 4BRNA 3BF3A 3RRGA 3W3DA 4B9TA 2Z1JA 3SPZA 4OGEA 2KZMA 3Q7BA 4XH5A 4FWPA 5CHIA 1ZXOA 1XMQK 3DWLA 4OLBA 3J7AP 4OPAA 3HOSA 1X9JA 4B3MK 1L3VA 1BIUA 4JKAA 1KFDA 3DXMB 3OW2M 1NKBA 4B1YB 4CW7B 3CQ8A 5F0XA 4UQGA 3SAFA 5FPEA 1H1VA 1HNXK 4Z4HA 5EY4A 4FCYA 1F21A 1X3MA 3FZHA 1EP4A 4JI0K 1HYSA 3PX0A 1GOCA 1BDGA 1R0AA 1NJZA 3G10A 2WFBA 4CBWA 5KPRA 5M1PA 1V4SA 1WBBA 1VSJA 3BEXA 4A5AA 4JK7A 1IKXA 3TAMA 1J53A 2BANA 3A5OC 3T19A 2RE2A 1HJOA 4IO8A 3TWHA 1ASUA 3NH0A 3AA3A 4DSIA 3J81O 1UWBA 3ZEUA 5C15A 2DFEA 3DRRA 4PKHA 2OTLN 3SYZA 3CF5L 3KJVA 2PYJA 1HKCA 1JLAA 1SV5A 3NF7A 1T6CA 1T6DA 2D0BA 4CF1A 5ELZA 5KGXA 2ZJPL 3SQ4A 1I94K 4Z4CA 1S1UA 1BA0A 4CHYA 4DU4A 3V9WA 4DSJA 4LSLA 1TAUA 3SJHA 5ADXA 2ETJA 4JKFA 2O4IA 1VSHA 3AO2A 2KTQA 1S1WA 3VTIA 3EY1A 2P9NA 2YJFA 3NMUA 5M1NA 1SKWA 3LP0A 4O5BA 2F8TA 4YOUA 4DR4K 2QXFA 2NRRA 3E66A 5HRNA 1CXUA 3AO1A 3HSCA 4BRKA 3L2UA 3ATUA 3CJBA 1T44A 2NRXA 4W5RA 3L0QA 4TSXA 3ZSZA 1VSLA 2P51A 4LY7A 1QZ5A 2E1YA 1ATSA 4CECA 1EQYA 2QA4N 4CIGA 3CCJN 3JXUA 3VQAA 4FM0A 1YUWA 3VF6A 4I2QA 1NK9A 1FXXA 2OANA 4H5TA 3SZ2A 1JCEA 1HPZA 1NJIO 3FGUA 1T3VA 3EYZA 2VYPA 2E20A 4CZFA 3SAHA 2BGGA 3VPZA 3D6RA 5BREA 4BRGA 3KIOA 2OPSA 1RBTA 3F5TA 3VF4A 1T7PA 3SBTA 3OS0A 1NK5A 3WQUA 2W42A 3KK7A 5J2PA 1TKTA 5TKWA 3M8SA 3ZT2A 4DTXA 2G8VA 2VG7A 4PL7A 4EAHD 1VSMA 4NYFA 4B1XB 4DQRA 3CMAN 4FJ9A 3VESA 2P9PB 4WE1A 5M1QA 4DV5K 1XUPO 1EXQA 5AR0A 3VEXA 2KKZA 2HMPA 1XC9A 4RTFD 4DR6K 1X9SA 4F3TA 2X78A 1Q86O 3O1BA 1U48A 4LD0A 3EZ5A 3LZJA 4M3WA 2R7YA 5H1SQ 1YHQN 3M3ZA 3DLRA 1IJJA 4OKJA 3MXMA 4NB4A 4X65K 1TUYA 2P9SB 3CD6N 3NVKA 2ZE2A 3MK6A 4CF2A 1FKPA 1C0MA 3HM9A 4B3OA 3KKSA 4E7KA 5BR8K 4CJ5A 4BC2A 4YOTA 1NGEA 3LP1A 3CQYA 4CBUA 4H4MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCQ N;  1VQ6 N;  1K73 O;  3CC4 N;  4U67 L;  3J7Z O;  3CMA N;  5HL7 L;  3G4S N;  1VQP N;  1YJ9 N;  3CME N;  2ZJQ L;  1YJW N;  5JVH L;  1K9M O;  3CCS N;  1VQM N;  1KQS M;  4IOA L;  4IOC L;  4WCE L;  1KC8 O;  1VQN N;  2OTL N;  5DM7 L;  3CF5 L;  1KD1 O;  1Q86 O;  3CCE N;  1VQ7 N;  5H1S Q;  1YHQ N;  5JVG L;  2ZJP L;  5GAE P;  2OTJ N;  1N8R O;  4UY8 O;  5GAG P;  3CD6 N;  3CCL N;  1VQ4 N;  1QVF M;  4IO9 L;  5MLC Q;  3CCM N;  3CPW M;  1YJN N;  3I56 N;  3CC2 N;  1QVG M;  2QEX N;  5DM6 L;  1VQ9 N;  3CCR N;  4WFB L;  3DLL L;  3CCU N;  3G71 N;  1W2B M;  3CC7 N;  4WFN L;  1VQO N;  1ILY A;  1VQ5 N;  1VQL N;  4WF9 L;  2QA4 N;  1M90 O;  3CCJ N;  3PIO L;  3OW2 M;  1VQ8 N;  3PIP L;  1YI2 N;  1K8A O;  5GAD P;  3CCV N;  1NJI O;  1Q7Y O;  1M1K O;  3I55 N;  3CXC M;  2ZJR L;  4WFA L;  1Q81 O;  1VQK N;  1YIJ N;  1OVY A;  5GAH P;  3G6E N;  1S72 N;  1Q82 O;  1YIT N;  1JJ2 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JI4 K;  5DK5 A;  3T1A A;  2HW3 A;  4E7I A;  5TKY A;  3OYG A;  5C0Y A;  4LFA K;  3K5L A;  4R5P A;  1O13 A;  1C1B A;  4DU3 A;  3UIQ A;  3QNN A;  4IG3 A;  4U67 L;  4CD1 A;  1TYQ B;  4MLH A;  3EKU A;  3OYJ A;  4O55 A;  3K58 A;  2QWO A;  1RTI A;  5AQZ A;  4GY2 B;  1WSF A;  4CZE A;  1DKG D;  2PBD A;  4LC9 B;  3C94 A;  4JV5 K;  2YNI A;  3M5R A;  3HP9 A;  4OPH A;  4DSF A;  3SAG A;  3I0R A;  4CIE A;  3IG1 A;  2IOC A;  2PAV A;  2E2P A;  5AZJ A;  3TAB A;  4ILH A;  3WNF A;  2F8S A;  2D0P A;  3AV9 A;  2ZGY A;  3OS1 A;  3DAW A;  2NRV A;  3ZLJ A;  4H0O A;  1Y64 A;  4X64 K;  2P5O A;  4OJR A;  1HNI A;  4QS7 A;  2O8C A;  4EIA A;  2RN2 A;  3ZX0 A;  3HM8 A;  1QHT A;  4CJF A;  4FLU A;  4NXN K;  1KVC A;  1JXE A;  1VSD A;  4DHY A;  4N76 A;  4DTR A;  1FJG K;  3KK2 A;  3GOI A;  3HXM A;  2E6M A;  3UKU B;  4DV3 K;  1KAY A;  4PL8 A;  2JLE A;  3PIO L;  1RCH A;  4BDP A;  3LDL A;  2VG5 A;  3NH2 A;  2Q31 A;  4CFD A;  3VQ7 A;  4A57 A;  3LDS A;  1Q18 A;  1YTA A;  3PX6 A;  4Q0B A;  5C2D A;  4LFC K;  3TSP A;  2W40 A;  1G99 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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