5GADP

Rnc-srp-sr complex early state
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords ESRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gadP00
3CMAN 3CF5L 1VQ7N 3PIOL 1N8RO 1YITN 1K73O 1VQON 5GAGP 1VQKN 1YIJN 1NJIO 5GAEP 3CC2N 1KQSM 1VQLN 5DM6L 1VQ6N 1S72N 5H1SQ 4IO9L 1K9MO 1M1KO 3CC4N 3CCMN 3CCEN 1VQMN 5HL7L 3CCRN 3I56N 3CCJN 1KC8O 4IOCL 3CCSN 1Q81O 4WFNL 5JVGL 5GADP 4WF9L 5JVHL 4WCEL 2ZJQL 2OTJN 2QA4N 2OTLN 1VQ9N 3G4SN 4UY8O 1OVYA 4IOAL 3CCUN 5MLCQ 2ZJRL 4WFAL 1QVFM 1K8AO 3PIPL 3G71N 3CCVN 3CXCM 1YJNN 1QVGM 1KD1O 1ILYA 5GAHP 1VQ4N 1YJ9N 1YHQN 3CD6N 1YI2N 3DLLL 3CPWM 4WFBL 1VQ8N 3CCLN 2QEXN 3I55N 1VQ5N 1Q7YO 1VQPN 1VQNN 3CMEN 3CCQN 5DM7L 1YJWN 1M90O 3J7ZO 3CC7N 1Q86O 3G6EN 1W2BM 2ZJPL 1JJ2M 3OW2M 1Q82O 4U67L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEVA 3F5TA 3VENA 2PYJA 4KTQA 1RDCA 4R79A 4I9LA 1EP4A 2W41A 3H1QA 4BDYA 3THYB 3SUOA 4OKEA 1BG3A 3O08A 4FVMA 1IH7A 4N41A 3P4IA 4KHYA 3ZYYX 4DUYK 4BROA 1K73O 3AVBA 1HYVA 5AFUH 4DMNA 3PX4A 3SMPA 4CEEA 1JCFA 4CJ7A 3M3ZA 4FWSA 4RW9A 3VGMA 2UXBK 1GLAG 4H0OA 1NMDA 3AY9A 4DUZK 3QEWA 1QSLA 2FBYA 4FJHA 4JKHA 3FFIA 1FKOA 4A62A 3SV3A 4DR7K 2GX9A 3DLHA 1JCGA 1JLBA 4DQQA 3L2WA 4JKCA 2OTLN 3G4SN 1NWKA 2B6AA 4OLAA 1HJRA 1C0GA 2Z1HA 4BRAA 4DTJA 4F3OA 1QVFM 3SMSA 4Z0UA 3M8QA 3E9LA 5LL6Z 4FWKA 4DU3A 3KLFA 4LH4A 3AVNA 3SAFA 4F9OA 2OPRA 4CECA 2NRXA 3CIPA 1EQYA 4BE1A 1KLNA 4DTXA 4CJTA 3BP8A 4WQ4A 2X6NA 1GOCA 1VSIA 4C8MA 3DLBA 5BREA 3HM9A 2VG7A 4L3QA 1LAVA 2P9SB 4KHPK 3IDHA 4DQIA 1ZBIA 3F2KA 2RHKA 1XMQK 1WBDA 4Z4FA 3TAGA 1NGHA 3AVLA 3CG7A 3VEWA 1Q86O 2O8EB 3QICA 1B9DA 3BF1A 4JEPA 2GUIA 4JI1K 2P9PB 2P9SA 1UA1A 4XEIA 3L2UA 5MLCQ 3V1QA 2HVIA 3QLHA 4FLVA 4DV6K 1T8EA 4IOXA 1SKRA 1CZAN 5KRSA 1LV5A 4OVLA 3SBGA 3QETA 5HP1A 2QWLA 5ADXA 3FZHA 3HO1A 1BHLA 3CJBA 1ZBLA 1XNRK 3VEZA 1BCOA 5HOOA 2NLXA 3KWGA 4FSVA 3KIOA 4K25A 4FL9A 4B1ZA 1S1TA 3M8RA 3J8AA 5H1SQ 3NFAA 3UKUA 4CJEA 3TABA 2FBXA 3QDKA 4DFJA 4CF0A 4FLUA 1BQMA 4Y1CA 1BO5O 1U2VA 2GWJA 3CCRN 1KVAA 4IOCL 4A59A 5JMVA 1RDUA 4FZYA 4WCEL 2HNZA 3DAWA 4CJ4A 4IJNA 3L2RA 3IUCA 3VN5A 3LP2A 4OPJA 3ISNC 4FZXC 1TKTA 3V1OA 4QS7A 5AQMA 1X1PA 2BE2A 4E3SA 5KI6A 1HQUA 3AVJA 1K8AO 4YOVA 5D3GA 2D0CA 4A2BA 1S1XA 5HRPA 2HF3A 1ZXOA 1BISA 3VQCA 4GY2B 1NGCA 4K43A 3D2FB 5BPNA 3QIPA 4B9QA 4DQ8A 4DS5A 5J2PA 4HUFA 3ZT0A 3PX6A 4CK2A 5E84A 2KW4A 1Z05A 2XY7A 1YHQN 3OBYA 3CD6N 4IDKA 2O8BB 3O8MA 4WYBA 1OH7A 1WSJA 4CEZA 4YFUA 4CJPA 3CCLN 3D2FA 3FZFA 4DV3K 3DYAA 4BRHA 1DT9A 4H4OA 3LDSA 1K6YA 4FM0A 1S3XA 4ISGA 2O8BA 3VMFB 4B1UB 5C0YA 4JKDA 4R5PA 4CJSA 2HHSA 3AA2A 4KH6A 4EAHD 1H1VA 4IZ9A 4FJ7A 1XMOK 3T19A 1B9FA 3RRGA 3KLHA 1Z25A 3TAMA 5BPMA 4J2DA 3LM9A 3ZSOA 4NXNK 1NGEA 1NGIA 1N8RO 1YF5L 1U47A 2KFZA 3L3VA 3CHWA 5LMUK 5AQLA 4JS5A 5J2NA 1WSEA 5KGXA 2G8KA 4EZ9A 5DK5A 2HHWA 3VGLA 2IIRA 2HHTA 4BRFA 1MU2A 3OYGA 5AQVA 4FK4A 5J2QA 1L5UA 3K5OA 1YVUA 4JNEA 5HBMA 4FLTA 1NJXA 3VA0A 2B4JA 4JKBA 2F7TA 1RTHA 4KPYA 3JS6A 2O8DB 4IEIA 3CQXA 4PKHA 1VRUA 4DR3K 2Z1IA 4M63C 1VQ9N 5KQ8A 4CF9A 4Q0BA 2YJFA 2HVHA 3JXUA 1E4GT 1XC3A 2VG6A 5AQTA 2O8DA 4O5BA 3PIPL 4C1NK 3VGKA 3OYJA 3J81O 5M1NA 3GBTA 2O4IA 3VQ9A 4JKEA 4FK0A 3V9XA 3QNOA 1RBRA 3TAFA 3VQEA 1BA1A 4QAGA 4DTMA 5J2MA 4A2AA 3H08A 1YJ9N 3BUZB 4Q5VA 2GELA 4FJGA 2HBLA 1X9WA 1FJGK 1GLBG 3RMAA 2IC3A 3OYNA 1HNVA 3KHYA 5AQFA 1NGBA 3SV4A 3D6RA 4FLWA 4DTSA 4LFAK 5AQRA 3AVMA 5AZIB 4GV9A 2QWRA 4K8XA 2FSJA 1QSYA 3G25A 4H5TA 1J54A 4CFDA 4GV3A 3WXKA 3OHRA 3HTVA 4JN4A 1XWLA 3MN9A 1JLCA 4YDUA 4BRKA 1W97L 1TUUA 2F9TA 3DOKA 4NO7A 4DQSA 5JLFA 4N47A 4BRMA 3HT3A 1QQOA 4LFBK 1N36K 2AJQA 3MXMA 1HUXA 2P5GA 2OYQA 4CE9A 3G10A 4CZFA 3VTHA 3EZWA 2CH6A 4E19A 4BDPA 5AQIA 1HYSA 3P5JA 3VEOA 3SAHA 4BRGA 3MN6A 4CGDA 4IO8A 3L4IA 3SK3A 2FF6A 1FXXA 3D45A 4HUGA 2VCPA 5JVHL 1QTMA 4JI0K 3ID8A 2OTJN 4M3XA 3UE5A 2YKMA 1NJZA 1X9SA 3C7NB 2A1SA 2HBMA 4JK7A 2DFEA 4DTOA 3T7ZA 4DV1K 1S6PA 4J2BA 4WFAL 4CIEA 4AHCA 1NGDA 4BRQA 4X64K 4Z4HA 1RILA 4OKKA 1KFSA 2E20A 1HMVA 4FJXA 3C7NA 3TWHA 1RT1A 3R9PA 3E01A 1BCMA 4DR1K 1VQ4N 1E3MA 4WE1A 3IMXA 3F9KA 1Q9XA 3HM8A 3D7EO 4BDZA 2QM1A 3LM2A 1C1BA 4O5FA 5CYMA 4KHSA 3O4QA 1QQCA 1BWFO 2HHUA 4ID5A 3CCQN 1TK5A 2A41A 3KKSA 1J6ZA 5BPLA 1TKXA 3WQTA 1T05A 5BRHA 3LDNA 3THXB 5JLHA 3K2PA 2E88A 5HLFA 3ID6A 3I0RA 3CM6A 4DV2K 3VA3A 4CHPA 1QZ5A 2KTQA 4CK1A 3AVFA 2JWLA 4CF1A 2D0PA 4PUOA 3RMDA 1REVA 4AQYK 2ITGA 4LSNA 1HKBA 3THXA 2ZQBA 1TL3A 2QW9A 4O8UA 3VEYA 1W0HA 1IBLK 3DRPA 1YITN 4CZEA 3JYTA 5B8HA 5EXWA 1SZ2A 4IFVA 3ZEUB 1D9FA 3NH0A 2FC0A 3Q7CA 2KLAA 2Q31A 3D2EB 2J4RA 3GL1A 2YI1A 3QB0A 3WNGA 5DM6L 3LL3A 3KLIA 3IRXA 4Z4GA 3U9ZA 3H3OB 2A1RA 4M3ZA 1GLCG 4DV0K 3JSMA 1WSIA 4CHYA 1VSDA 3ZEUA 4OPKA 3V9ZA 2OANA 3HJFA 4PL8A 2HMPA 3D2EA 4BC2A 3CYMA 5GADP 3O9RA 3KKRA 4DS4A 2ASMA 1L3UA 3HL8A 1F21A 3VTIA 3KJVA 2ZJQL 1OH5A 4FXDA 2HHVA 4LSLA 2UUBK 1GLEG 3OJSA 4BE0A 4E7IA 3NHGA 1IKVA 3AVIA 3ULDA 2VGNA 3SPZA 4KHQA 4KKOA 3DXKB 1U49A 1U04A 1NOZA 4CD3A 2WFBA 1P8ZA 2Z1JA 4FWQA 1E4FT 4ELVA 2FSKA 4LF7K 3SAGA 2JLEA 1IJJA 3HVRA 1VSMA 1D9DA 2YKNA 4EZ6A 2PY5A 1A5WA 4OJRA 4A5BA 5SWMA 4Z4IA 3DXKA 4AHVA 1IBKK 4JI6K 5A2QO 3DLKA 5I3UA 3K5LA 4IXCA 3CPWM 5JS1A 3VEXA 2HHXA 5C25A 3SPYA 3KD1E 3ZT2A 2Q3SA 4DFPA 3O9QA 4BY9C 3DXMA 4BG8A 4F2RA 1WOQA 1GOBA 4DV5K 3T1AA 4DR5K 2KQ2A 2QWNA 5AQYA 1Q82O 1L3TA 1LCUA 1HPMA 2HSTA 2UUAK 3ATVA 4QOZB 1D4XA 4CZHA 2RE2A 5KPTA 1JL1A 3TSUA 1S6QA 4BR7A 3VF6A 3RR7A 3ZSRA 2LSNA 2PFUA 3SZ2A 4JD2B 1YIJN 3QFUA 4IJAA 2VQEK 1S5JA 2BTFA 3MN7A 3RR8A 3VESA 4BR2A 3UB5A 5C12A 4CGJA 1NJYA 3C6HA 1NK9A 2W6KA 1RBVA 4FLXA 4JRPA 3HYFA 1RDWX 2OPSA 4JKAA 4GV6A 5LJWA 4JD2A 1XUPO 1S22A 4NYFA 1Q81O 4WFNL 2E6LA 3J7YP 4O8KA 2QKBA 2GUPA 1EX4A 1ATRA 2YCHA 2RF2A 4I9QA 4PY5A 3LDPA 1DTQA 2G8HA 3H45C 4FJMA 4L8RB 4UY8O 1B92A 4XH1A 1WNSA 1C0UA 2FSNA 2YNGA 3BGRA 1C6VA 2B5JA 5J1EA 4FJJA 4KB1A 3CJ1A 4CHQA 1P90A 3HK2A 3AVKA 2PZSA 3CCVN 4YOWA 2FXUA 1RDDA 4DSEA 1D8YA 3T1HK 1VSHA 3VERA 2VG5A 5EOYA 4OGCA 2RKIA 1KLMA 3P83D 1ILYA 4H0YB 3R6MA 5FROA 3MK6A 3OA9A 1W7AA 5LY3A 3A5NC 1YI2N 3KD5E 3DLLL 2E2NA 3IG1A 3HPGA 4MLEA 3QESA 3T3FA 3O4WA 5AQHA 4HVJA 1RT7A 4CJRA 3THVA 1Y64A 1KRPA 2BANA 2IGIA 2X6SA 4OPAA 1ASWA 4IFYA 4Y1DA 3W0LA 4BRPA 2Y1JA 3GG4A 4CEQA 3HPOA 4U7BA 2IAJA 3AA3A 3I8BA 4CGIA 2QK9A 1WSHA 4B3OA 4E89A 2WTUA 3CMAN 3V6DA 1RBTA 4BG9A 5CR4A 3QINA 4DLEA 3L6QA 5AR0A 3B6OA 1ZBHA 4CEAA 1OKJA 5FRMA 1RDBA 4CIGA 3DOLA 4B9VA 1HQEA 1EKEA 1NGJA 4BR4A 3QMLA 4BVPA 1NM1A 2NZTA 3J80O 3SUNA 4O55A 5GAEP 4E1MA 4V19S 3TAPA 1LAWA 3FLCO 2XRIA 4JI7K 4H5VA 3LAKA 1N34K 1HRHA 1XHZA 4CD1A 1JKHA 4AHUA 2QWPA 3DLRA 3ZSWA 4JK8A 1WB9A 4KAZA 4ICLA 5KPRA 3UKUB 2HB5A 3I56N 3QERA 2D1KA 3H3NO 1TAQA 4DQRA 5JVGL 1IG9A 4WF9L 3ZX2A 4I7FA 4HUEA 1U2VB 3OYFA 3PX0A 1IKWA 2X78A 2YJEA 3MX2A 4JI4K 1Z6RA 2CGKA 4O4GA 5I9EB 3L2VA 4CBXA 1LW2A 4MQ3A 1O1WA 4LF9K 2OCEA 5AQQA 4X62K 3AV9A 4CEDA 2QWQA 1CZBA 3CXCM 3RRHA 2NRTA 4XIUA 5LMNK 3P38A 1QS4A 2QWMA 2G8WA 5EU7A 4OKJA 3SUPA 2HBKA 4BC4A 1NK8A 3LDOA 4DWIA 4KHUA 4QS9A 2G8FA 3AVAA 2F4VK 4K42A 4CFCA 4HWIA 4ISEA 4KFBA 4FJNA 3WNHA 3O3GA 4YY3K 4B9LA 4W5TA 2QI2A 5AQXA 5M1KA 2E2PA 4KHNA 4H8KA 5AZJA 4BC3A 3F73A 1U4BA 3TANA 5F2RA 3W3DA 1QE1A 1D5AA 4B3SK 2NRHA 1UAXA 1WUAA 3HOSA 2IOCA 4PA1A 4DSFA 2YHWA 3G6EN 4UQGA 1DEJA 2ZJPL 4BRLA 2ZD1A 3RWUA 3OW2M 4B08A 4B9MA 2P51A 1RT5A 2UXCK 2RN2A 1NOYA 4LY7A 5ADXH 2E4LA 4A5AA 3NVMA 3DM2A 3HSCA 4E0DA 2E2OA 3K59A 4BVOA 3CFPA 4CJFA 2DFHA 3FZKA 1L3VA 4C8KA 2YHBA 3AO2A 4TSXA 3DLEA 3NCIA 1NJIO 3SBTA 3HP6A 1QHAA 2F9WA 4CGHA 2JWKA 3ZSXA 4CFBA 2Q1NA 3AGRA 4DV7K 2PBDA 5CHIA 3C65A 4E7LA 1T3VA 1RT2A 3PSIA 4M7XA 1G15A 2H3GX 4H0VB 1BIZA 3EL2A 4GW6A 1ZBSA 1L3SA 4FWLA 3NH2A 4LF4K 3IAYA 4AILC 4IG3A 1CXUA 4CJVA 1RTJA 3QEVA 1HLUA 3ZLJA 1FK9A 3DMJA 2GV9A 4H0TB 4A61A 2Y1IA 3A8YA 3MCAB 3S3MA 1ZYQA 1N33K 4DG1A 1S1VA 1MWMA 3FR0A 3QEPA 3RVCA 3PY8A 4AHRA 4I2PA 4B1YB 3H6EA 1TYQA 3KVGA 4NCAA 2DTUA 1LW0A 4ELTA 3EEQA 1BUPA 3C95A 3LZJA 2GBZA 3SNNA 3MEDA 2Q0RA 3I33A 3KK3A 4Y0WA 4N56A 3OYHA 3VOVA 3D0PA 1HYZA 4EP4A 3S3OA 2V7YA 3KWIA 4FWPA 3SI6A 4EIAA 1Q7YO 5FPMA 3OYLA 1NNEA 1Q8IA 2V52B 1DGKN 3CM5A 4DV4K 3OYMA 3OYDA 3ASMA 1GLJO 3NMUA 3MAQA 1IKYA 4W5QA 4DTUA 1W2BM 4JHDB 4YHHK 4FJ8A 4FWRA 3SYZA 3H1VX 4FO0A 4CHZA 2I5JA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMA N;  3CF5 L;  1VQ7 N;  3PIO L;  1N8R O;  1YIT N;  1K73 O;  1VQO N;  5GAG P;  1VQK N;  1YIJ N;  1NJI O;  5GAE P;  3CC2 N;  1KQS M;  1VQL N;  5DM6 L;  1VQ6 N;  1S72 N;  5H1S Q;  4IO9 L;  1K9M O;  1M1K O;  3CC4 N;  3CCM N;  3CCE N;  1VQM N;  5HL7 L;  3CCR N;  3I56 N;  3CCJ N;  1KC8 O;  4IOC L;  3CCS N;  1Q81 O;  4WFN L;  5JVG L;  5GAD P;  4WF9 L;  5JVH L;  4WCE L;  2ZJQ L;  2OTJ N;  2QA4 N;  2OTL N;  1VQ9 N;  3G4S N;  4UY8 O;  1OVY A;  4IOA L;  3CCU N;  5MLC Q;  2ZJR L;  4WFA L;  1QVF M;  1K8A O;  3PIP L;  3G71 N;  3CCV N;  3CXC M;  1YJN N;  1QVG M;  1KD1 O;  1ILY A;  5GAH P;  1VQ4 N;  1YJ9 N;  1YHQ N;  3CD6 N;  1YI2 N;  3DLL L;  3CPW M;  4WFB L;  1VQ8 N;  3CCL N;  2QEX N;  3I55 N;  1VQ5 N;  1Q7Y O;  1VQP N;  1VQN N;  3CME N;  3CCQ N;  5DM7 L;  1YJW N;  1M90 O;  3J7Z O;  3CC7 N;  1Q86 O;  3G6E N;  1W2B M;  2ZJP L;  1JJ2 M;  3OW2 M;  1Q82 O;  4U67 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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