5GADP

Rnc-srp-sr complex early state
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ESRP 4.5S RNA
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gadP00
3CCVN 1ILYA 3CD6N 5JVHL 1VQ6N 1YI2N 1QVFM 5DM7L 3I56N 1VQMN 3CC7N 5MLCQ 1VQ4N 4UY8O 5DM6L 3CCJN 3G4SN 2QEXN 4IOAL 1Q86O 1VQKN 1VQ7N 1K73O 3PIOL 3I55N 4WFAL 5GAEP 3CCRN 3CCMN 1M1KO 2OTJN 3CMAN 2ZJRL 1JJ2M 3CXCM 3CMEN 1YJWN 3CCLN 1NJIO 1YITN 4WFBL 1Q81O 3CC4N 1VQPN 3OW2M 2QA4N 5JVGL 3G6EN 1VQ5N 5GADP 1M90O 4WF9L 1K8AO 1YJ9N 1KQSM 2ZJQL 3CCUN 4WCEL 1YHQN 4WFNL 4IO9L 3J7ZO 1S72N 2OTLN 3CC2N 1Q82O 5GAHP 3CCQN 1KC8O 1VQNN 1QVGM 1W2BM 1OVYA 3CCSN 3CF5L 3CCEN 1YIJN 3DLLL 3PIPL 1K9MO 1VQ9N 5HL7L 4U67L 3G71N 5H1SQ 1Q7YO 4IOCL 1VQ8N 5GAGP 2ZJPL 1VQLN 1VQON 1KD1O 3CPWM 1N8RO 1YJNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUAK 5C2FA 4NO7A 1YAGA 4DF4A 3AVGA 5AQLA 5AQZA 4N41A 5DM6L 3M8RA 2R7YA 1LCUA 3MAQA 3AARA 4I6MB 3SUQA 3ATVA 2YHXA 4Z94A 2OPRA 3OYFA 4UQGA 1OH8A 1GLAG 4DQ8A 4J2AA 4M3RA 5AQIA 2HB5A 4LC9B 5J2MA 1TUYA 3O9SA 4EFHA 4DMNA 2P9IB 3K5MA 2QWLA 3N4QA 4BC4A 2GUIA 3U8XA 3TI0A 4CZEA 5AQYA 4CIGA 5BREA 4BRPA 3P38A 4OPJA 1RBSA 1YT3A 2HHQA 3UIQA 4FJMA 5SWMA 1XC9A 2ZJQL 1T44A 5D3GA 4FLUA 1LAVA 4FWKA 5ADXH 4WFNL 4CBXA 1J54A 3CC2N 3NHGA 2E1ZA 4W5QA 3HP6A 5GAHP 4DU3A 2DFFA 3MXMA 1VSIA 3A0IX 3FFKB 1BI4A 1QVGM 3D6RA 4A57A 2VQEK 1RGIA 4O8KA 1ZBSA 4YOUA 4RW9A 1DTTA 4ELVA 4O44A 3DLLL 1R59O 4A5BA 2NZTA 3ZSOA 3C6AA 1JKHA 1EXQA 5CE3A 1GOBA 3L3VA 1QQNA 2O8DA 3ID8A 3SQ1A 1TKDA 3HSTB 2X74A 4B9NA 5AFUH 4FWMA 4CIEA 4CD3A 4DR5K 4E7HA 4OLAA 4EZ9A 1YTUA 2HHUA 4CFDA 1U6ZA 5LMNK 2FC0A 4DFKA 1QZ6A 3C6TA 4FWOA 2ZQBA 4FSVA 1GLFO 1LOTB 2IVPA 1YI2N 2D0CA 4EAHD 1UA1A 3DLGA 2IAJA 2A1RA 1W9HA 3DXKA 2A6AA 1Q86O 4CGHA 5AQPA 4KHUA 3CG7A 3OYAA 3DRRA 1QQOA 5AQWA 3I55N 1XWLA 3QO9A 3CM5A 4LFAK 4X65K 3KKRA 3TTCA 4BY9C 4FZZA 1KFSA 3CCLN 1G15A 1NWKA 2FSJA 3CYMA 3UKRA 3OYKA 3PX4A 5E84A 1HX1A 5KRTA 2JWKA 3I8DA 4BR7A 4BRHA 3O9UA 3O9TA 1UA0A 1HJRA 3AVKA 5EOYA 5LJVA 3LALA 4E0DA 2XHBA 4CHZA 4M42A 1U04A 1RDBA 2YI1A 3S3NA 3QICA 1YHQN 3OJUA 2OTLN 4QCLA 5KTQA 4HVJA 1JLEA 1UOCA 4XH5A 4M63C 3LWMA 4CF8A 4CE9A 2OCEA 3L2WA 5E41A 2YKNA 4PY5A 3I0RA 4M7XA 3BUZB 3WUHA 1BQNA 3ZSQA 4AILC 3ENOA 3P83D 3AO5A 4ZTJA 4Q5VA 3H45C 4KH4A 2D0AA 3LAKA 3E1YA 4FJHA 4EIAA 3LDLA 3LDNA 2P51A 1Q9YA 4KHNA 2FF6A 4DB3A 3D2EA 2ZE2A 4LF4K 3C65A 2ITGA 4E1JA 2F9WA 4KBOA 3KK7A 1D4XA 3KJVA 2HNYA 3THWB 3L4IA 3F9MA 3JXUA 1N8RO 1U49A 4KHSA 1YJNN 2ASMA 1G99A 2GX9A 1HKGA 1EKEA 4OKEA 4EP4A 5C2DA 4KKOA 3NE6A 1ESVA 3V6DA 3AAQA 3FZMA 3BDPA 1HR0K 4B3OA 1S1WA 2YJFA 3KTQA 4YY3K 1IBKK 3DRSA 3LL3A 2F7TA 1VSEA 3RR8A 3TSPA 2ZJRL 5J1EA 5C12A 3V9UA 2O4GA 5JLHA 1NJIO 3HSCA 5FPNA 3SV4A 2WOMA 3VQCA 4CZJA 3T1YK 1NGAA 4L3QA 3P5JA 1NKBA 1RT7A 2P9PA 2KLAA 3W3DA 4CEZA 4B1VA 4WE1A 4ID5A 4I9LA 5C24A 4W5OA 4DU4A 3GDQA 2Q1NA 4OX9K 4LFCK 4WF9L 1R0AA 3BY5A 1ZC6A 3Q7CA 4LH4A 1JLQA 4LD0A 4ILJA 1TYQB 3H1QA 4CERA 1IKYA 2P9SA 3TSQA 3ZT4A 1U2VB 4DTXA 3K5OA 4CECA 5HRSA 3QBXA 4DSFA 4JKAA 3A8YA 2V7YA 3VMFB 3CF5L 2KFZA 1HNWK 3VEZA 2WUSA 3IAYA 1KLNA 3PIPL 2G8KA 3CERA 1VK0A 4M3YA 3ZSWA 3GG4A 3VQ6A 4DF8A 4YOXA 4BRGA 2A41A 4XEIA 3ZSXA 1QQMA 2JGUA 4Y1CA 2J4RA 1HNXK 2YNFA 1C0UA 1NJWA 4F8RA 4CFAA 4B3MK 1WBDA 1VRTA 5BRHA 4MFBA 1EETA 2P9NB 3GL1A 4PL7A 4JI2K 5AQKA 3K57A 3ZSYA 3TAFA 4JKBA 3CC7N 3K5NA 4NXNK 4X62K 1GOAA 3H6EA 3AVIA 4B9LA 4CHNA 3JS6A 1N32K 3GBTA 5LL6Z 2W6LA 2NRXA 2G8VA 2NRRA 3OYNA 2E5LK 3VOVA 2A1SA 3ZT2A 3V1QA 1KFDA 4E89A 1SL0A 4RW7A 4G1QA 3TAEA 2KKZA 3SK3A 4FZXC 4WFBL 2DFEA 4Q0BA 5KGXA 3FGUA 3WXJA 3LWLA 2GTDA 4BROA 2O8BB 3RRHA 4E7IA 1Q18A 5BRDA 1NOYA 4FJLA 3QNNA 4PUOA 1M90O 3KK1A 4FK4A 3WXLA 3CQXA 4DR2K 1GLJO 4BRQA 4DV3K 3QBWA 3MXIA 2QWNA 2XY7A 1HPZA 3EO3A 4IO9L 2Q36A 3RSEA 1CXQA 2GWJA 3VTIA 3RMDA 3NAEA 2GUPA 3B6PA 3IKMA 1D5AA 4H4MA 3THVA 3ASMA 4AM7A 4FM2A 4FVMA 4C1NK 1YVNA 4E3SA 2KW4A 2OA8A 3HBTA 3O8MA 1BDGA 3G0ZA 3KHYA 1NJXA 3C94A 2E2NA 4CJLA 1WSHA 4XH1A 1MA9B 3VQQA 4IEEA 4B1WB 3NFAA 1IO2A 5FPEA 4IOCL 3PX6A 4JKCA 4CGIA 1X1PA 4E7LA 2KQ2A 3HOTA 3TAMA 4KH6A 3T1HK 1JLBA 1SS6A 3DM2A 1XC3A 1L3VA 4BDPA 2D4WA 4F2SA 4DSEA 4ISEA 2E1YA 3BZKA 1TK8A 3EZ5A 5BN9A 5SZTA 1VQ7N 3OS1A 3U9ZA 4J8FA 1WLJA 1VSFA 3OYDA 3E01A 4AH9A 4IZ9A 4BVOA 4HUEA 1TK5A 3LM9A 3F2KA 5AQVA 3ZETB 1BIZA 3VQ9A 4BRMA 2YHBA 4DWIA 3VETA 4CZIA 4FW2A 1JLGA 4CJRA 1C1CA 4Z4HA 3CC4N 1TL1A 3TANA 2KHOA 2E4LA 3BZCA 1NM1A 3HP9A 1K6YA 4KB0A 2O4IA 3ZX0A 4F2RA 1MWMA 4H0TB 4MQ3A 4CF0A 5M1NA 2QKBA 4CZLA 5EX5A 1LWFA 4BQLA 1RT3A 1VSJA 3PSIA 1QSSA 4OPAA 4YOYA 4BG9A 1KSPA 1S1UA 4H5VA 2GELA 3CETA 5TKYA 2HBJA 4BRFA 5F1XA 2IOCA 3DJCA 2GV9A 5AZIA 4C8LA 3J7ZO 4Z4CA 2O8EA 1B9FA 5HRPA 1Q82O 1J9AA 4CJVA 3THWA 1B92A 3VEVA 4PA1A 3PV8A 2HHHK 2P5GA 4LF6K 4NXMK 2QXLA 3CCSN 1RDAA 3NBPA 3SQ0A 1NK6A 2PBDA 4DUYK 4H5TA 4C8NA 2NNWA 2Q0RA 4DR7K 5E26A 4H8KA 3E9OA 3ISNC 4NCBA 2VGNA 4OVLA 1BCMA 1Q7YO 4TSXA 1C0TA 3IFRA 2IC3A 1EWRA 4Z4FA 2NRTA 3AGKA 3LPUA 1VQON 1SKRA 1SAZA 1V4SA 2VG6A 1DGKN 2ZM6K 4RTFD 2QWOA 3QEWA 1S1TA 4CEEA 4BC3A 2E6MA 1WNSA 3NGIA 4JKGB 3THXB 5MLCQ 3U9DA 3SV3A 5FRMA 1TK0A 2KZMA 2EHGA 1K73O 1IH7A 3AVNA 3AO1A 3VQDA 1TKTA 4IBNA 4FWNA 1KAYA 1QZ5A 4BDYA 3H46O 4OPHA 3S9HA 2PZSA 5HRNA 1HKBA 3PO4A 5C42A 1M1KO 3HVTA 2OTJN 4DV0K 1NG9A 4CEBA 1S9GA 4OO1J 3C0BA 1Q81O 1KLMA 3AVBA 3LP3A 1Y97A 1YUWA 1X9MA 3QFUA 3OY9A 1XUPO 5JS1A 4B3SK 2QXFA 4H5WA 4DQQA 2NLXA 1MDUB 3QMLA 4RWTA 1NK9A 1KQSM 4H0VB 3NMUA 3L4QA 1WAJA 4K25A 3ZEUB 2OYQA 1XNRK 4DKWA 3D2FA 5FPDA 1UWBA 1DKGD 3HRGA 4JK8A 2WONA 4MDAA 1XNQK 2ATQA 4IWVA 3VA3A 4CJTA 1LW2A 4EP5A 2E20A 4JI1K 1KRPA 1IG9A 5C25A 1BCOA 3JAMO 5BPMA 3VGMA 1YIJN 4XH4A 1GLDG 3AVFA 1FK9A 4CGGA 3DYAA 4KTWA 4NLBA 4OGCA 4A2BA 1NK8A 1XMQK 3E9LA 3M8PA 3MEEA 4DG1A 1NOZA 3NGYA 4DFPA 2FSKA 1NKCA 3CJAA 4B08A 5M1FA 5GIPA 4DTRA 4DSKA 4C1NI 3G25A 3KLGA 3O4NA 4DFJA 1IKVA 1U48A 4M3TA 4BRNA 4QS9A 3K5LA 5KPTA 3EE8A 2W6KA 2V51B 5TKWA 4C23A 2Z1GA 4BRDA 1TKXA 1ZBHA 2O8BA 4JNEA 3H08A 4FJ8A 4JS4A 3SAGA 3O3HA 1S1VA 3QERA 1U4BA 3MN5A 3DOKA 5CY4A 3P1GA 1X9WA 4IJAA 1SQKA 5EVZA 1J5EK 4CIFA 4RG8A 3DLHA 3CI5A 1OKJA 4DV1K 1FJGK 5F2RA 1KAZA 3THYB 1IBLK 3H3NO 1HYVA 2UU9K 4FJ5A 4EHUA 3ZCMA 2PYJA 3CMEN 1S5JA 4JI5K 5KQDA 4E7JA 1JLAA 1IJJA 2BUPA 3RTVA 4F9OA 1NU0A 4M7YA 2P9KB 2UYTA 1D9FA 4AHVA 3V4IA 1SKWA 3MK6A 4ZTFA 2OPPA 3AGRA 4CJFA 4CFCA 4DR3K 5GADP 4CESA 1EP4A 3C7NB 4DTPA 4JD2B 2PAVA 2HHVA 3ZX2A 2HBLA 4Z4GA 5KQ8A 4FLZA 3CCUN 3ENBA 4B8AB 3TAQA 2O8FB 4XIUA 1ZBUA 4DV6K 1S72N 1SL2A 4V19S 1GLCG 3LP2A 3QETA 2XY6A 4JI8K 4H0XB 4BG8A 4W5RA 3LAMA 4R5PA 4OKKA 1SKSA 4JS5A 1RNHA 1NMNA 4B3TK 3U6FA 4IOXA 1C6VA 4JRPA 2RF2A 1BUPA 3FZHA 3ULDA 1DLOA 3L3UA 3VEYA 1HNIA 4U67L 5C10A 4FWSA 4B1ZA 4DV4K 2EWSA 4FK2A 4DV5K 3K9KA 3S3MA 3DXMB 2UXDK 4A61A 2GEMA 3OYCA 3FFIA 4FYDA 3UKUA 3ZSZA 3ZETA 1L3SA 1KD1O 4KRFA 3DAWA 4AHRA 3WEEA 4BR9A 3DI6A 1ILYA 5JVHL 4WQ5A 3CJ7A 1O1WA 2V7ZA 1ZBIA 3G4SN 3QLHA 4O55A 2UUBK 1WOQA 4HCCA 3MCAB 3KZBA 3PIOL 4FWLA 3HT3A 2F8TA 1NGBA 3LDOA 3OYJA 4DLEA 2Q31A 1VSKA 3TPQA 3OTOK 1WN7A 3QEPA 3QNOA 3CJ1A 3TARA 5HROA 3QEVA 1NGHA 3O3GA 5ADXA 2RN2A 5LJWA 2QWQA 4CZKA 3SUPA 3R6MA 4RW6A 4DV7K 3J8AA 5JVGL 3G6EN 1VQ5N 2W42A 4FZYA 1KTQA 4M41A 5AQGA 1HQUA 3MN6A 4O0JA 5T7BA 1FKPA 4BC2A 3P4IA 2FLOA 1WSEA 2PYLA 3K0SA 2OZMA 4J2BA 5CYMA 1JCEA 2HVHA 1REVA 1RBUA 4EHTA 3WNGA 1X3NA 5AFUA 3HOSA 3TWHA 1JXBA 3ZSRA 1RTIA 4HCBA 5JS2A 4CW7B 3FZFA 4GV9A 4JI6K 3NVKA 4WQ4A 2XY5A 2WFBA 3IG1A 1QS4A 3ULEA 2FBYA 4DV2K 2P1JA 1E4GT 5AQSA 2W40A 3R9PA 4FM0A 3L6QA 3OBWA 1JCFA 4AF1A 2G8HA 3ENHA 1W97L 4JAXA 2HHSA 3QFPA 5F0XA 2YHAA 1T6DA 4H0OA 4YFUA 3TAPA 3HO1A 3SPYA 3AY9A 5AQTA 4KTQA 1RT4A 2HF4A 1ASWA 1TUUA 2NRHA 1RDWX 2Z1JA 3J81O 1IKWA 2YNHA 2UUCK 3CFOA 3KWGA 2DY4A 3QIOA 1OH5A 4BRCA 4F3TA 3AV9A 4FLVA 4DS4A 2RE2A 1XMOK 4M3WA 4FW1A 4I6MA 4FL9A 1NGIA 4OLBA 3I33A 5GINA 2YHWA 1CZ9A 3J80O 3O6WA 1X9SA 2HMIA 1S6PA 4DUZK 1BGXT 4N5SA 2D0PA 3LZIA 2E2QA 1TL3A 2WBNA 3PUFA 3U3GA 4DTSA 5I42A 2QWMA 1BL3A 2P9IA 4DSJA 3LP1A 3RMBA 4H4OA 1RBTA 4KI6A 4DHYA 4X66K 4Z4EA 5BPLA 4O0IA 1CXUA 2VCPA 1WSGA 3MMVA 1HMVA 5FLXO 3OYMA 2HHXA 3QINA 3MWPA 3KK2A 4C8KA 4E1MA 3EYZA 1Z26A 4M3UA 3ID6A 1A5WA 1RT1A 3LP0A 4H03B 3VQ5A 5FDLA 3NF8A 4IG0A 3TSUA 1IG8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCV N;  1ILY A;  3CD6 N;  5JVH L;  1VQ6 N;  1YI2 N;  1QVF M;  5DM7 L;  3I56 N;  1VQM N;  3CC7 N;  5MLC Q;  1VQ4 N;  4UY8 O;  5DM6 L;  3CCJ N;  3G4S N;  2QEX N;  4IOA L;  1Q86 O;  1VQK N;  1VQ7 N;  1K73 O;  3PIO L;  3I55 N;  4WFA L;  5GAE P;  3CCR N;  3CCM N;  1M1K O;  2OTJ N;  3CMA N;  2ZJR L;  1JJ2 M;  3CXC M;  3CME N;  1YJW N;  3CCL N;  1NJI O;  1YIT N;  4WFB L;  1Q81 O;  3CC4 N;  1VQP N;  3OW2 M;  2QA4 N;  5JVG L;  3G6E N;  1VQ5 N;  5GAD P;  1M90 O;  4WF9 L;  1K8A O;  1YJ9 N;  1KQS M;  2ZJQ L;  3CCU N;  4WCE L;  1YHQ N;  4WFN L;  4IO9 L;  3J7Z O;  1S72 N;  2OTL N;  3CC2 N;  1Q82 O;  5GAH P;  3CCQ N;  1KC8 O;  1VQN N;  1QVG M;  1W2B M;  1OVY A;  3CCS N;  3CF5 L;  3CCE N;  1YIJ N;  3DLL L;  3PIP L;  1K9M O;  1VQ9 N;  5HL7 L;  4U67 L;  3G71 N;  5H1S Q;  1Q7Y O;  4IOC L;  1VQ8 N;  5GAG P;  2ZJP L;  1VQL N;  1VQO N;  1KD1 O;  3CPW M;  1N8R O;  1YJN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2UUA K;  5C2F A;  4NO7 A;  1YAG A;  4DF4 A;  3AVG A;  5AQL A;  5AQZ A;  4N41 A;  5DM6 L;  3M8R A;  2R7Y A;  1LCU A;  3MAQ A;  3AAR A;  4I6M B;  3SUQ A;  3ATV A;  2YHX A;  4Z94 A;  2OPR A;  3OYF A;  4UQG A;  1OH8 A;  1GLA G;  4DQ8 A;  4J2A A;  4M3R A;  5AQI A;  2HB5 A;  4LC9 B;  5J2M A;  1TUY A;  3O9S A;  4EFH A;  4DMN A;  2P9I B;  3K5M A;  2QWL A;  3N4Q A;  4BC4 A;  2GUI A;  3U8X A;  3TI0 A;  4CZE A;  5AQY A;  4CIG A;  5BRE A;  4BRP A;  3P38 A;  4OPJ A;  1RBS A;  1YT3 A;  2HHQ A;  3UIQ A;  4FJM A;  5SWM A;  1XC9 A;  2ZJQ L;  1T44 A;  5D3G A;  4FLU A;  1LAV A;  4FWK A;  5ADX H;  4WFN L;  4CBX A;  1J54 A;  3CC2 N;  3NHG A;  2E1Z A;  4W5Q A;  3HP6 A;  5GAH P;  4DU3 A;  2DFF A;  3MXM A;  1VSI A;  3A0I X;  3FFK B;  1BI4 A;  1QVG M;  3D6R A;  4A57 A;  2VQE K;  1RGI A;  4O8K A;  1ZBS A;  4YOU A;  4RW9 A;  1DTT A;  4ELV A;  4O44 A;  3DLL L;  1R59 O;  4A5B A;  2NZT A;  3ZSO A;  3C6A A;  1JKH A;  1EXQ A;  5CE3 A;  1GOB A;  3L3V A;  1QQN A;  2O8D A;  3ID8 A;  3SQ1 A;  1TKD A;  3HST B;  2X74 A;  4B9N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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