5GADP

Rnc-srp-sr complex early state
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords ESRP 4.5S RNA
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gadP00
5HL7L 3CCJN 1VQ9N 1KC8O 1VQ5N 3CMEN 1ILYA 5JVGL 1KD1O 3CMAN 5GAEP 1YJNN 1YJ9N 1YIJN 4WFAL 1QVFM 1VQLN 1YITN 3CCQN 3CC7N 5GADP 3CCLN 3CC2N 5DM7L 2ZJQL 4WFBL 4U67L 3CXCM 1VQNN 1W2BM 3PIPL 3CCMN 5JVHL 1VQ7N 1K8AO 3I55N 1K9MO 4WF9L 3CPWM 5MLCQ 4IO9L 1VQON 1Q7YO 1OVYA 2QEXN 1VQKN 1VQ6N 3CCUN 1M90O 3CD6N 3CF5L 4WCEL 3G71N 2OTJN 3I56N 3J7ZO 3G4SN 5H1SQ 4IOAL 5DM6L 1Q86O 1QVGM 5GAGP 2OTLN 4UY8O 3CC4N 1JJ2M 3OW2M 3CCSN 1Q82O 3DLLL 1S72N 3CCVN 1M1KO 1KQSM 2ZJPL 2ZJRL 2QA4N 1Q81O 1VQ8N 3CCRN 3G6EN 1YI2N 1K73O 1YHQN 1VQPN 4WFNL 1NJIO 3PIOL 1YJWN 5GAHP 1VQMN 3CCEN 1VQ4N 1N8RO 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK3A 3NBPA 4BE0A 3SV3A 4XH1A 1ILYA 4CIGA 4WQ4A 1QTMA 1ASWA 1L3TA 5AQFA 3VEOA 3VQQA 4PQUA 2KZMA 3KIOA 3J81O 1OH8A 3OS0A 3W0LA 3A0IX 4C1NI 2A40A 3OY9A 1RT5A 3AO3A 4M3ZA 1JL2A 4DV6K 2QWQA 3QBWA 3SNNA 1T44A 5HLFA 3ZX2A 3HRGA 1IJJA 3VETA 2YHYA 1RILA 3VQ6A 1XUPO 2EWSA 3L2WA 1IBLK 2Q97A 2DFFA 1XQSC 1IG8A 3HM8A 4CF2A 2OPPA 4E1NA 1HLUA 4IDKA 2HHUA 5ELZA 4BC4A 4HUEA 2OZMA 4KHNA 4HVJA 2HMPA 3VF6A 4CEZA 4FJXA 2X74A 4NYNA 1F21A 1S9GA 1JLBA 4M3UA 3F5TA 3EZ5A 3QIOA 4DV0K 4OO1J 3OYKA 5DM6L 1XNQK 3C6HA 3ZT0A 3I33A 1SKWA 5GAGP 1TKTA 5BPLA 4DG1A 2ZGYA 4LFBK 2PFUA 4B1WB 2F9TA 3OW2M 3K5MA 3SPZA 4DU4A 4JS4A 3ZETA 2F9WA 1NOYA 3FZFA 5GINA 2Y1IA 5BN8A 3P83D 4M3WA 3O9UA 4O0JA 2ZJRL 5EY4A 4KRFA 3IS9A 4M3XA 5AQYA 1VSLA 3P5JA 1Q9YA 4KTZA 3ULEB 3MEEA 1DTQA 3HYFA 3SJHA 1N34K 3CJBA 1Z05A 3ID6A 5ADXA 1WLJA 3V6DA 2E1YA 3V9WA 4IDHA 1B92A 1Z6RA 4CK3A 3VQ8A 1QHAA 1JLGA 4IFEA 4NCBA 1VQ9N 4CJRA 3TARA 1I39A 1QS4A 3ZT4A 5KQ8A 4DLEA 5KRSA 3T19A 1Z26A 4DFMA 4H4MA 1GLDG 4CEAA 3VESA 4FLXA 3SK3A 2UUBK 1KAZA 4HCCA 5J1EA 3AO5A 3H45C 4ELUA 4MDAA 4DS5A 2NRZA 4BVOA 3OYIA 2A6AA 3C94A 1NKEA 1N5YA 4DSFA 2DFEA 1MDUB 1CZAN 1VQON 4PKIA 4MQ3A 1VSMA 4H0YB 3MXIA 1A5XA 4RW4A 4G9ZA 1ATNA 3THWB 5AQKA 1ZBSA 3LDQA 4FLZA 3CYMA 2OCEA 4PL7A 4FK4A 4AHSA 3ZETB 4Z4IA 1BQNA 3U4LA 1Y64A 1RBTA 3SMSA 4CZJA 4B9QA 3NVKA 3KK7A 4FM0A 3ZSZA 3MN5A 3D45A 4IEEA 4AHTA 3DXKB 1BG3A 2VQEK 1NK9A 3JYTA 3SBTA 4O8UA 4E1MA 3ULDA 3NCIA 3U9ZA 4Z4CA 3DLLL 3WXMB 4MFBA 3HK2A 1S72N 1NGCA 3U6FA 1TKXA 3QINA 5FPMA 5K14A 4Z4FA 1G15A 1U47A 4DR7K 2P5OA 5KPTA 2X6NA 3CJCA 1EKEA 1X9JA 4LFAK 3QICA 4IO8A 4CEBA 4E7LA 4DFPA 3V81A 3R1XA 5AQPA 3HOSA 4EZ6A 3PSFA 1HMVA 3AVBA 2P5GA 3ATUA 3HZ6A 1HNWK 1C0UA 5AFUH 1NJIO 4QS7A 1HQUA 2QXLA 1XC9A 3O1BA 3A5OC 4YOVA 3ZSRA 2O8CB 1EQYA 3L4IA 4K8ZA 1RDAA 2OPQA 4BE2A 2VCPA 1LWFA 2CGKA 3T1AA 1T7PA 4FJGA 3ZYYX 3T3FA 3V1OA 2R7YA 4K41A 4O8KA 4JN4A 3CMAN 3VEYA 4CZGA 4HTLA 4WFAL 4OPKA 1VQLN 4CIEA 4W5QA 2WBNA 2BUPA 4HWIA 4JI4K 1VRUA 1NG9A 3WT0A 5BRHA 3LALA 1E4FT 3PIPL 2QWLA 4DV5K 3DM2A 5EVZA 4B1YB 4XH5A 4OPHA 4ILHA 1N33K 4GV6A 4PKHA 1FK9A 2W40A 4DHYA 4CVNE 5CR4A 4EHUA 4HHTA 4DQSA 3EEQA 1GLLO 4JHDB 3DRPA 5JS1A 3KTQA 4OPJA 1GLCG 3LZJA 3DXKA 3CCUN 5FRMA 4QAGA 4DTNA 2DY4A 3CF5L 2CH5A 4AHRA 4B9LA 4CZEA 1HRHA 4B3OA 4B9VA 3M6GA 4JKBA 3IRXA 3SAFA 4KFBA 4BRHA 5J2PA 5J2MA 3LZIA 3QB0A 1JJ2M 3LDOA 4CZHA 1VSHA 4OLAA 1DLOA 1TKZA 5M1QA 4OGCA 3KLHA 3SI6A 4FM2A 4CJPA 1HNZK 1ZBUA 2HHXA 4OVLA 4BG9A 5TKWA 3SJJA 1REVA 3MMVA 4Y0WA 3AVNA 1A5WA 4Q5VA 3PX6A 1HQEA 3AAQA 4FJ9A 3QERA 1ATRA 4FWRA 3LAMA 3HT3A 3DYAA 2VGMA 4F4KA 1VQPN 1OH7A 3LWMA 3EZWA 1RTHA 1NOZA 1QSYA 5AQUA 3NGIA 2X78A 2Z1GA 2JLEA 2OPRA 3HJFA 3KLIA 1SKRA 2W6KA 4Z4EA 4MLHA 4BRFA 3N4PA 3I8DA 2E8AA 4H0XB 1HKGA 4KHWA 4AILC 2D0PA 5GAEP 3VGLA 4B3RK 1YT3A 4DTMA 4CZLA 4JHDA 3RSEA 5M1KA 1KSPA 3A5LC 4OPAA 4FJ5A 3PUFA 4KKOA 5AFUA 2HHVA 3EKUA 4WFBL 4U67L 2OPSA 1U6ZA 1EXQA 5JVHL 3SUNA 2PYJA 4O44A 4Y1CA 4CI6A 4CFDA 3NFAA 4IO9L 2HNZA 3CM6A 1EP4A 4H0TB 1ZBLA 3LPUA 3DLBA 3CQ8A 5JLHA 2HF4A 1NGJA 3WQTA 3UKUB 4ELVA 3J7YP 1S6QA 4FWOA 4E7KA 4DR2K 3LDNA 1WSEA 4CJUA 3AA4A 2ZWHA 1WOQA 4FVMA 3BF3A 1NBWA 3E9PA 4BR9A 3KLEA 4IOXA 4KHSA 1BOTO 1NGEA 4BREA 4FLWA 3OYNA 1HR0K 4Z4GA 1IKWA 3THYA 3RRHA 2YX6A 4JAXA 3CQXA 4RTFD 4CJQA 3CCSN 3OYBA 1SL1A 1BQMA 4NLBA 1TYQB 4CHPA 4KI4A 2D0BA 2P9UA 3M8QA 3NVMA 3MX2A 2ZJPL 1NGGA 2Y1JA 4CBUA 4B3TK 1I3AA 2GTDA 4F2RA 4CJ5A 1SQKA 3HTVA 2BDPA 3CM5A 5C42A 1J6ZA 3K5NA 4CZMA 2UU9K 1NWKA 4K0KK 4N47A 1NGBA 4A2BA 1N8RO 4RWTA 3AY9A 3VA3A 2QKBA 4E7IA 4KPYA 2AJQA 3K0SA 4M7YA 2RN2A 2G8HA 3I8BA 3CMEN 4EP4A 1S9EA 4NCGA 4JI1K 1WN7A 2NNWA 4K43A 3EKSA 2G8IA 1LW0A 1LWCA 5ADXH 4FJIA 5AJ3K 3UE5A 3B6OA 2D0CA 5DM7L 4FK2A 2ZJQL 2O8DA 3T1YK 2V7YA 2HBJA 2YJEA 4H5WA 1CZBA 3F2KA 5HRPA 4YDUC 4I6MA 3RWUA 3V9UA 3AA5X 4LSNA 4XEIA 4H03B 2GWKA 4B1XB 3O08A 3O9QA 2ZQBA 1VHXA 4DQ8A 2F8SA 1FKOA 3SPYA 3SZ2A 3KKRA 3GG4A 2I7NA 3ALYA 2P9UB 4RW6A 2WTUA 1EWRA 5LMUK 3EO3A 2Q31A 1K8KA 2QI2A 1RDDA 3HPHA 4DMNA 3ENOA 3CC4N 4JKGA 4B8AB 4CEDA 2RHKA 5KGWA 4FJLA 3CPEA 3QLHA 4YHHK 4CHNA 3MN9A 1XMQK 3PX4A 3L2UA 5LJVA 2G8WA 1RDBA 1M1KO 1ESVA 3QNOA 3BEXA 3RVCA 3FGUA 4A5BA 4BVPA 3L3UA 4BRGA 3SV4A 1RTJA 4FJJA 4C8NA 3E66A 3UKRB 1QSSA 3JXUA 3SQ2A 1KAXA 1YXQA 2KLAA 4F8RA 3P4IA 3NDKA 3CJAA 5AQOA 2HHSA 2VG5A 4OX9K 3TSPA 1NMDA 2O8DB 4FJ7A 5HL7L 4NXNK 4LH5A 3DLGA 1IKVA 5IWAK 3ZSQA 3PO4A 4QCLA 1YJNN 3LWLA 4C8OA 1BWFO 3TTDA 4CJWA 3CIPA 3JAMO 3NF8A 1TUUA 2JGUA 4JYAK 2ATQA 3K5LA 3KD1E 1SL2A 1U2VB 5F0XA 3QEIA 5C2DA 4F3TA 2NUBA 4FWQA 3SQ4A 3CCMN 3NF7A 3DJCA 1NK8A 2VWKA 4JK9A 1RT1A 1EO1A 2ZE2A 1IBMK 4JNEA 1H1VA 2VWBA 4PL8A 4FWPA 4XIUA 3QEPA 5B8HA 1T8EA 1LOTB 3CI5A 4JKGB 4B1ZA 5AQIA 1C0MA 3G71N 2PBDA 1IKXA 4B1UB 1BIUA 5I3UA 4FJNA 4O4GA 2OZSA 3KWIA 3VN5A 3BY5A 3O4WA 2IAJA 3ZSWA 1BCMA 1P8ZA 2CGLA 4E7HA 3VERA 2HHHK 3HSCA 1N32K 4IBNA 1RT7A 4IJAA 2HBKA 3VQAA 2F96A 2Q0UA 3AVMA 3KWGA 3UKRA 2YNHA 4FZYA 3CG7A 4I2PA 1DGKN 1YUWA 2D5RA 3PLAA 3CETA 4M63C 1SAZA 3QIPA 4YOUA 5M1NA 3NGZA 1NGAA 4DTSA 4IEIA 1S22A 3HO1A 2Q0RA 4F9OA 1X3MA 1Q81O 2I5JA 2HHWA 3CCRN 2YHBA 4MO5A 4FWKA 1KCFA 3CFOA 5AZJB 2E2NA 1YHQN 4F2SA 3FLCO 1QZ6A 3K58A 3VQ5A 4LF9K 4AQYK 4E3SA 5J2NA 4X64K 1YAGA 3AO2A 4BWJA 3QEXA 5FPEA 3M8SA 4KHQA 1RFQA 3B6PA 4K8XA 5BRDA 2Q2RA 3CCEN 3OYAA 5AQJA 4KBOA 5BPMA 1U2VA 3AVGA 4CFCA 2Z1IA 4LF7K 5EOYA 1TGOA 3DLKA 3I0SA 3U9DA 3O1WA 1NK7A 2NRHA 3AVLA 1NJZA 3VQCA 2QTDA 3G10A 5AQVA 1KFDA 4M3TA 3N4QA 3L0QA 5KPRA 4H5RA 5TKYA 1XHZA 2IIRA 3ULEA 2XY5A 4A62A 3TTFA 4IFYA 3FFIA 4W5OA 2B4JA 4FYDA 2FSJA 4A57A 4H4OA 2FBVA 1KVBA 5LL6Z 3MAQA 4R79A 2QEXN 1VQKN 1D9DA 5C25A 2ETJA 2G8UA 1S1UA 1UOCA 2AP1A 5AQXA 4GV9A 2ZGZA 4TSXA 1TL1A 3ZX0A 4YOXA 3THXB 4DSLA 4CZKA 2FBYA 3ZCMA 5C12A 2RPIA 4OKJA 2QWRA 2O8BB 1KFSA 2B6AA 2PY5A 1Q8IA 4DR6K 4BR2A 1MA9B 3IDHA 4KH4A 4CJLA 4CHOA 4Z94A 5AZJA 3OYMA 1S1WA 4FJMA 1I94K 1S1VA 3OYDA 1D4XA 4FZXC 3DLEA 1YTUA 4DFKA 2EX3A 5BN9A 3GOIA 4KB1A 3OTOK 5E84A 4BR5A 1NGIA 4C1NK 3SUOA 1NK6A 4RW9A 2YJFA 3QEVA 2HVHA 4IZ9A 3DWLA 3AA2A 3O80A 4G1QA 1BU6O 4BQLA 1LWEA 1QHTA 1E4GT 2NRVA 3FR0A 3MEGA 3TAPA 5BRFA 3HVRA 4DB3A 4JD2A 3RR7A 3L3VA 5HBMA 3TWHA 5HRRA 2UUCK 2YI1A 4LD0A 4MLEA 2E2OA 5AQTA 1HPZA 4DV4K 2D4WA 3SAHA 3I0RA 3PY8A 5KRTA 4E1JA 4FW1A 4DTOA 1QVFM 2UXCK 5KTQA 1C1AA 3FE1A 1KVCA 4DTPA 2E6LA 1FKPA 4LY7A 4DV3K 2WUSA 5C24A 3E9OA 4DQIA 3THXA 4WQ4C 4DFJA 4N56A 4WF9L 2O8BA 1GLEG 2GBZA 1FJGK 3D7EO 2I7PA 2Z1JA 4M3YA 1OVYA 1D5AA 1BI4A 1KRPA 4DCHA 4YORA 3WEEA 3VQBA 1DEJA 1TK8A 1GOBA 2HOEA 4LF5K 3P39A 4L8RB 2OTJN 1VSEA 4DU1A 1J5OA 1T3VA 3QMLA 3OS1A 4LF6K 2CGJA 5HOOA 1LV5A 3RR8A 2QXFA 2PZSA 1O1WA 2OYQA 4CEEA 4DQRA 2P9SA 1RBUA 3MX5A 1MWMA 2V7ZA 1NKCA 4JEPA 1V4TA 4BQZA 3ZT1A 1BISA 3AVJA 3F73A 3SQ0A 1J54A 3NAEA 3ZSVA 2KQ2A 4FLUA 3H46O 3EN9A 4EZ9A 5IT9O 3E01A 3WQUA 2A1SA 4M3RA 4IG3A 4H5TA 1WB9A 4ISEA 4CECA 2VG7A 4KHUA 4KTWA 5FRNA 3PIOL 4AF1A 1SS6A 2HSTA 2F4VK 5GIPA 5C10A 3J7AP 4Z4HA 1NLVA 1MWKA 2E4LA 1JLCA 4LF8K 2HVIA 2A5XA 4BR0A 3IAYA 3CQYA 3V1QA 3WNFA 4YOTA 1OVQA 3ZT2A 3G25A 3NH2A 2WOMA 3L6QA 4BRPA 4H5NA 3ID8A 3TR8A 3OS2A 2W6LA 5CZ1A 1HNXK 3AGKA 2P9NB 4A61A 1BI4B 3NH0A 3CC7N 5HRSA 3CC2N 4X66K 5F2RA 1Q9XA 3ZEUA 1G99A 3ISNC 1BO5O 4WQ5C 5AQSA 3ZT3A 4PHTX 3TPQA 3S3OA 4KH6A 2E1ZA 3S41A 4A2AA 4BRKA 2RKIA 2XO7A 5MLCQ 4J2DA 1GOCA 3VQ4A 3M3ZA 3WXJA 2XRIA 5DK5A 4BWMA 2IVPA 1WSJA 4CJ7A 4JI6K 4FOEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KK3 A;  3NBP A;  4BE0 A;  3SV3 A;  4XH1 A;  1ILY A;  4CIG A;  4WQ4 A;  1QTM A;  1ASW A;  1L3T A;  5AQF A;  3VEO A;  3VQQ A;  4PQU A;  2KZM A;  3KIO A;  3J81 O;  1OH8 A;  3OS0 A;  3W0L A;  3A0I X;  4C1N I;  2A40 A;  3OY9 A;  1RT5 A;  3AO3 A;  4M3Z A;  1JL2 A;  4DV6 K;  2QWQ A;  3QBW A;  3SNN A;  1T44 A;  5HLF A;  3ZX2 A;  3HRG A;  1IJJ A;  3VET A;  2YHY A;  1RIL A;  3VQ6 A;  1XUP O;  2EWS A;  3L2W A;  1IBL K;  2Q97 A;  2DFF A;  1XQS C;  1IG8 A;  3HM8 A;  4CF2 A;  2OPP A;  4E1N A;  1HLU A;  4IDK A;  2HHU A;  5ELZ A;  4BC4 A;  4HUE A;  2OZM A;  4KHN A;  4HVJ A;  2HMP A;  3VF6 A;  4CEZ A;  4FJX A;  2X74 A;  4NYN A;  1F21 A;  1S9G A;  1JLB A;  4M3U A;  3F5T A;  3EZ5 A;  3QIO A;  4DV0 K;  4OO1 J;  3OYK A;  5DM6 L;  1XNQ K;  3C6H A;  3ZT0 A;  3I33 A;  1SKW A;  5GAG P;  1TKT A;  5BPL A;  4DG1 A;  2ZGY A;  4LFB K;  2PFU A;  4B1W B;  2F9T A;  3OW2 M;  3K5M A;  3SPZ A;  4DU4 A;  4JS4 A;  3ZET A;  2F9W A;  1NOY A;  3FZF A;  5GIN A;  2Y1I A;  5BN8 A;  3P83 D;  4M3W A;  3O9U A;  4O0J A;  2ZJR L;  5EY4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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