1A5WA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
b'GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5wA00
4JS4A 1WSEA 3VQBA 1SL2A 4AHCA 4XIUA 2YNIA 4O44A 1ASVA 3QNNA 3AVNA 4E7JA 2GV9A 1X9MA 3VQ8A 1D9DA 4LSNA 1GOAA 3TAGA 3RRGA 4AHSA 4FW1A 1NKCA 5I3UA 4FZYA 4FJ8A 3VA3A 3NF9A 5D3GA 3TAPA 3M8QA 4CE9A 1RT3A 4KO0A 2KW4A 1SV5A 4OPKA 4DFJA 5J2MA 5CZ1A 3T1AA 4CJUA 1WSIA 2OPRA 3ULDA 3V9SA 4CERA 1ZYQA 1VRTA 3DRSA 2HW3A 3WNFA 4HUEA 3SQ1A 3HP6A 2HVIA 4M3ZA 1U47A 3OY9A 3MECA 1BCMA 2QXFA 1KCFA 2RKIA 2JGUA 2E4LA 2XO7A 4CJRA 1S6PA 3L2RA 4J2BA 3OYNA 3QLHA 4LH5A 3H08A 1J53A 2FBTA 3HL8A 3I0SA 2DFFA 3LP0A 4JRPA 4DF4A 4NCBA 2FBXA 3ZSOA 3B6OA 4E1NA 1FKPA 4CJVA 5T7BA 1VSEA 1KVAA 2O4GA 4CHYA 3SJJA 4CGGA 4DTNA 3ZSZA 1WSHA 1NOZA 4DFMA 4N5SA 1RCHA 2XRIA 4CF0A 4CHZA 3SI6A 1LV5A 4HTUA 2Q3SA 1EP4A 4Z4HA 2X74A 2D0CA 3AVLA 2RF2A 4CHQA 5CY4A 1KRPA 3AVMA 3OYDA 4KHNA 4B8CA 3HXMA 4KAZA 2YKNA 1RBRA 4EZ6A 4HUGA 3AA2A 1VRUA 3SV3A 2EX3A 3DLRA 4PWDA 2ITGA 1HYVA 2D0BA 3G0ZA 2X78A 4RW6A 4CJSA 4R5PA 3QEWA 3PX6A 1MU2A 3LANA 3P83D 3HSTB 4E3SA 1U4BA 2BE2A 2ZE2A 4I7FA 1NJYA 4N41A 2KZMA 4AHVA 4Q5VA 3ZSVA 1IO2A 4DFKA 3V4IA 4CK2A 4DSEA 2PZSA 1B9FA 1JLBA 4HCBA 1C6VA 1UOCA 3KK1A 1S1UA 3L2QA 3L2UA 4CF1A 1TGOA 3SPZA 3ZCMA 1U48A 1NJWA 4B9LA 4F2RA 1WSJA 4LY7A 3VQ6A 1RTIA 3IS9A 1GOBA 3F73A 1EX4A 1FK9A 4HVJA 2ZQBA 4FLVA 4O0IA 1TAQA 4E7IA 3IAYA 1YTUA 1IKYA 3DRRA 3OJSA 1HMVA 4JS5A 2G8HA 2VG6A 3THVA 3MEDA 5CYMA 1BL3A 3I0RA 4CJ4A 2OPQA 5HBMA 4AHRA 1UA0A 1U04A 3U3GA 1NK8A 4F2SA 2HMIA 2IC3A 2YV0X 3S3NA 3PY8A 3NGIA 4M3UA 4B8AB 4BACA 4OVLA 4DTUA 3G10A 4KREA 1CZBA 3AVHA 4ID1A 1NOYA 1HPZA 4CF2A 3DM2A 4BDYA 1LAWA 3CYMA 3QEPA 1NK0A 4OLBA 2KQ2A 3U6FA 3ZSQA 3ZSRA 3OS0A 4DQQA 1VK0A 1C0TA 3SPYA 4Z4GA 1ZBIA 2PY5A 4KB0A 2HHVA 4KRFA 3NH2A 3LZIA 1BHLA 3NAEA 3MXIA 1TK8A 2WONA 2ZD1A 3LALA 4DSLA 3LP1A 4CIFA 5HRSA 1S1XA 4QOZB 2Z1GA 2P5GA 4OPJA 4DF8A 4Y1CA 4CJLA 4FLZA 4F4KA 4FLXA 3QEXA 3V9UA 3OVNA 1RT5A 4EZ9A 4O5BA 4QAGA 1BGXT 3VA0A 1J5OA 1XC9A 4KHYA 1B9DA 4LSLA 3NCIA 1Q9YA 4ID5A 3LDSA 4FLWA 3OYGA 3CFOA 3MEGA 3ALYA 3QNOA 2QK9A 1DTTA 2E6LA 1BQNA 1EETA 3ZT4A 2PYJA 1QS4A 1D5AA 2IDOA 4FJ9A 1Y97A 2G8WA 4CHOA 5KI6A 4F3OA 3SUQA 2GUIA 1RT1A 4CEEA 2D0AA 3VQ9A 1BI4A 4RG8A 3KLIA 5KRSA 4W5OA 3S9HA 2F8TA 4E89A 4EP5A 1K6YA 3K57A 1IKVA 2XY8A 3OYLA 5JS2A 4BDZA 3QERA 3DMJA 4NYNA 1S6QA 1X9SA 3KTQA 1R0AA 2OZSA 4C8NA 1HYSA 1L3SA 1LW0A 4DTMA 4E7HA 4CJPA 5KGWA 2F8SA 5JS1A 1ZBFA 1CXUA 3DRPA 4FJIA 3NFAA 2HHWA 1RT2A 1VSHA 4CGHA 4KHUA 4NCAA 2R7YA 3EZ5A 4AHUA 4CEDA 1RDBA 4IFVA 3MAQA 4CF8A 1N6QA 1F21A 2KTQA 2HHXA 1B92A 2OPSA 4KI6A 3NGZA 3KLEA 3TARA 3VQAA 3M8PA 4DS5A 2YNHA 4QCLA 1VSJA 5CYQA 1SL1A 4FJMA 4FJGA 1D9FA 1KLMA 3KK2A 4M45A 3KJVA 1L3UA 1W0HA 3AO2A 3T19A 4CK3A 3K5MA 5HRPA 4CHPA 3KKSA 4W5NA 4CIEA 1NK7A 4CJQA 4UQGA 2ATQA 4DLEA 1ZBHA 4YFUA 3NH1A 1T7PA 1KFDA 2F96A 2X6SA 1NK4A 4W5RA 4CESA 4CF9A 3MEEA 1ZBUA 5K14A 1TKXA 3TR8A 3TAQA 1UA1A 3K5NA 4CJ3A 3NDKA 5J2QA 4DTXA 2RN2A 4L8RB 2HNYA 3V1QA 1J54A 4IG3A 4CGFA 2VWJA 3SQ0A 1SKSA 4KB1A 1VSFA 4I2PA 2YKMA 4E7LA 4AILC 3OS2A 3CQ8A 3TABA 3RMBA 3RMDA 1TK5A 1KVCA 4MQ3A 3VQPA 3EY1A 2WOMA 3RMAA 1NKBA 1YVUA 2BGGA 1C1AA 1DLOA 3LP3A 3C95A 4OKEA 2G8VA 3QO9A 2KFNA 2G8FA 1G15A 1W9HA 1XI1A 3OJUA 4BE2A 3ZSWA 4FLYA 4M3RA 3HO1A 4RW7A 4Z4FA 1HRHA 1Q8IA 4NCGA 5KTQA 3O3HA 3HYFA 1S9GA 2Y1IA 4JLHA 2HHSA 4M3TA 3PX0A 1A5WA 1RDDA 4FLTA 3VQ4A 3OYAA 4BE1A 3WNGA 2LSNA 3L2WA 5SWMA 4BE0A 3QETA 1QSYA 1WLJA 3AVBA 3U3YA 3ITHA 1TK0A 3F9KA 1S9EA 3L2VA 4FJJA 3SQ2A 3HVTA 3DOKA 4M41A 4DFPA 1O1WA 5FROA 1TAUA 2B6AA 3UIQA 1JKHA 1KVBA 1HQUA 2HB5A 3LPTA 4FVMA 4OGCA 4CEFA 3NE6A 4CFDA 3VQ7A 3SUNA 5HLFA 4FJHA 4LD0A 3ASMA 1DTQA 3V9WA 4PA1A 1YT3A 3ZSXA 4DQRA 2JLEA 3K59A 5C25A 4CEZA 4C8OA 4G1QA 4KTQA 2B5JA 4DG1A 4J2AA 2E6MA 3VN5A 4FCYA 3C6TA 4KPYA 1S5JA 3QIPA 1S1WA 1I39A 3RTVA 2YNGA 4Z0UA 5EU7A 4FM0A 4FJLA 1VSMA 1FKOA 3WNHA 2QKKA 4CEAA 5CZ2A 4M3YA 3ZT0A 4CGDA 3AVIA 4IDKA 3RMCA 2A1RA 3HPGA 4CFAA 4CFBA 5FDLA 1IG9A 4BDPA 3AO3A 3ZT3A 4EP4A 4ZTJA 3M8RA 1RTDA 3CM5A 4FJ5A 4TSXA 4DTSA 3DLKA 4M42A 2AJQA 2P5OA 4KKOA 3NH0A 1XHZA 4FZZA 2P1JA 1SUQA 4Q0BA 5HRNA 2XY5A 3RR7A 1ASWA 4M3WA 5KGXA 3AVGA 3KLHA 1KTQA 1XWLA 3SV4A 1TV6A 4CJKA 4K8ZA 2RPIA 2X6NA 3JSMA 4AH9A 3OYFA 3D0PA 2Z1HA 4OLAA 4OJRA 2BDPA 1QSLA 4FLUA 2HHTA 3KD5E 1WNSA 3OYIA 4RW4A 3O3GA 5HP1A 1VSDA 3KD1E 4KHQA 4YNQA 1KFSA 3O4NA 1C1CA 1J9AA 3CM6A 3PUFA 1LAVA 4H4OA 4H8KA 1WN7A 3AVAA 4CJWA 2ETJA 4RW8A 4E19A 3T3FA 4DSKA 3AV9A 2A1SA 3NF8A 3KLFA 2QKBA 3LWMA 2DY4A 1Z25A 3OYMA 1GOCA 4FXDA 3OYCA 4DTPA 1QE1A 3V1RA 4CFCA 5SZTA 3PX4A 1D8YA 1JLAA 1A5VA 3NF7A 4O4GA 1RILA 4CEQA 3HPOA 1SKRA 2O4IA 1HQEA 4CHNA 1CZ9A 1JL2A 2HNZA 3KK3A 5E41A 4I9QA 1JLFA 3HT3A 4KI4A 2D5RA 2XY6A 5FRMA 3SQ4A 2BANA 1TL3A 1C0UA 4OGEA 2DFHA 4KHWA 3NGYA 4FM1A 5I42A 4J2DA 3WNEA 2G8IA 3OYHA 4FW2A 5C24A 3OS1A 3BDPA 2NUBA 1TKZA 1L3TA 2IGIA 2VG5A 1RTHA 1Z26A 3M8SA 2W42A 3PV8A 3K58A 4FK2A 3FFIA 1LWFA 1XHXA 4OKKA 1UWBA 3DLHA 4O55A 3V1OA 2OZMA 4Z4IA 4ELTA 3LAMA 3IRXA 3NBPA 3AVFA 1RDAA 1RT6A 4DMNA 3I8DA 3K2PA 3QINA 4IKFA 3LAKA 3SZ2A 2OA8A 4DLGA 3LZJA 4FZXC 1BCOA 3CG7A 4CJEA 4AHTA 2IOCA 2I5JA 3KKRA 4JRQA 4O0JA 3SNNA 1NKEA 3S3OA 4B9NA 4B9TA 1REVA 3B6PA 3MXJA 2KZZA 1I3AA 1VSLA 3VQEA 4FM2A 1L3VA 2EHGA 3LP2A 3L3VA 1QTMA 3HP9A 2G8KA 1EXQA 1IKWA 3ZT1A 4DS4A 3AA3A 3KIOA 3DOLA 4PUOA 1BI4B 3E01A 4KTZA 4DQIA 4DU3A 3ZT2A 1IKXA 1BISA 4HCCA 3RWUA 1X9WA 4B9VA 4B3OA 3DLGA 1TKTA 5C42A 3OYJA 1U45A 4FK4A 4K8XA 1RNHA 1VSIA 4OKJA 1FXXA 4ELUA 1ITGA 2FBVA 3MXMA 4FJNA 4ELVA 5KRTA 3HPHA 2XY7A 5J2PA 4KHSA 4PQUA 1S1TA 1HYZA 1HNVA 1VSKA 3VQ5A 5HROA 4C8LA 1BIZA 3QIOA 5HRRA 4M3XA 2G8UA 4FK0A 4PY5A 3DI6A 3IG1A 4CIGA 3L3UA 3ZSYA 3AA5X 2YHAA 4CJTA 4DSFA 1RT7A 1QHTA 4DSJA 3RRHA 1RBVA 3C94A 1LWCA 1CLQA 3AVCA 3P1GA 2OYQA 3DLEA 3LPUA 4E0DA 4C8MA 3K5LA 3OYKA 1T8EA 1JL1A 2FBYA 1TVRA 2XHBA 3HVRA 3RR8A 5DMRA 1TL1A 1T05A 1BIUA 4LH4A 2Y1JA 4N76A 3VQDA 4CGIA 1JLQA 1TKDA 1EKEA 3SUOA 2IS3A 4KV8A 4B08A 1WSFA 1JLEA 4DTOA 1ZBLA 3HJFA 4FJKA 3O4QA 1U49A 1HJRA 3TWHA 4IBNA 3HK2A 1WAJA 3D45A 1NJXA 4GVMA 4ZTFA 1HNIA 1JLGA 2DFEA 3C6UA 4W5QA 1RT4A 3QESA 3V6DA 3AVKA 2Z1IA 4B9UA 4I2QA 4J2EA 4N56A 1ASUA 2GBZA 3AO5A 4KFBA 3QEIA 1LWEA 4N47A 1N5YA 3V9XA 2HHUA 2HHQA 3OYEA 4BWJA 4BWMA 4CEOA 1KLNA 3S3MA 4CK1A 5J2NA 3JYTA 4KTWA 2P51A 3P5JA 1S1VA 1NK6A 1JXBA 1C1BA 1NK5A 4DTJA 1NJZA 1JLCA 2HVHA 2YNFA 1WAFA 1LW2A 1A5XA 3VQQA 3CFRA 1SKWA 3PO5A 4F8RA 3AO1A 1L5UA 3NHGA 3HM9A 4CEBA 4B9MA 4Y1DA 4ICLA 3TAFA 3EYZA 4CJ5A 4I9LA 2KFZA 4C8KA 3QEVA 4DSIA 4IFYA 4Z4CA 1C0MA 1RBTA 3AO4A 3DYAA 4IG0A 5J1EA 3CFPA 4GMJB 3VQCA 1T03A 4H4MA 1X1PA 3L8BA 1QQCA 1IH7A 3SYZA 4DU4A 4ZHRA 4GW6A 4DTRA 4NYFA 3V81A 3SCXA 2DTUA 1JXEA 1RTJA 3K5OA 4HHTA 3OYBA 5FRNA 2FC0A 4RW9A 1NK9A 2OPPA 2Z1JA 4W5TA 1QSSA 4MFBA 1RBSA 3O3FA 3ISNC 3KLGA 1WSGA 1UAXA 3LWLA 2PYLA 3A2FA 3PO4A 4DWIA 4F3TA 4FYDA 1RDCA 4DQSA 4HUFA 2IAJA 3V9ZA 3TANA 2B4JA 4CCHA 1KSPA 4E1MA 4DU1A 1BQMA 4CJFA 2VG7A 4E7KA 1SL0A 3DLBA 4CECA 3TI0A 3TAEA 4CGJA 4DQPA 4WE1A 4FJ7A 4Z4EA 2YHBA 2HNDA 5DK5A 4FJXA 3TAMA 1RBUA 3AA4A 3AVJA 3BGRA 2VWKA 1YTAA 3SUPA 3NF6A 1CXQA 1Q9XA 4B9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V7YA 2ZGZA 3ZEUA 1C0FA 4IFEA 4AHCA 1X3MA 2W40A 4E7JA 1Z6RA 3VEOA 2GV9A 1N36K 3VQ8A 1NGIA 5AQZA 5D3GA 4DFJA 1SV5A 3CCJN 2E2PA 5CZ1A 3PIOL 5M1FA 2GUPA 1ZYQA 4JNEA 2E88A 1W2BM 3HP6A 2NRWA 1U47A 3J8AA 3Q7BA 2E4LA 3LDPA 4J2BA 1J53A 3I0SA 1HR0K 4NCBA 3WXIA 3B6OA 2O4GA 4DTNA 3ZSZA 1NOZA 1RCHA 3C0BA 3AGKA 4Z4HA 2HBJA 3EN9A 4CHQA 1KRPA 4CBWA 4KAZA 3HXMA 1VRUA 3DLRA 4PWDA 2ITGA 1HYVA 3G0ZA 4RW6A 3O80A 3FZHA 2ZE2A 4EHUA 4Q5VA 3ZSVA 3V4IA 4CK2A 3ID8A 3HOTA 4HCBA 1ATRA 2VCPA 4J8FA 1H1VA 2QXLA 1S1UA 1TGOA 2BUPA 3QDKA 5M1QA 4LY7A 3IS9A 1TAQA 1NGAA 5JVGL 1IKYA 3OJSA 2G8HA 3GG4A 3JS6A 4DV0K 3OTOK 3THVA 2HSTA 3E1YA 4F2SA 3H1VX 2IC3A 2P9UA 3S3NA 3PY8A 3NGIA 4M3UA 3R9PA 4H03B 4OVLA 4BACA 5AJ3K 4KREA 1CZBA 3AVHA 4CZIA 2V51B 4PHTX 2HMPA 2IVOA 5C15A 1YJ9N 3CYMA 5KPTA 1T44A 4XH4A 4DQQA 1ZBIA 3QICA 4KRFA 3NH2A 3LZIA 4BGBA 4DV3K 4RTFD 3QFPA 2ZD1A 3LALA 4DSLA 3EEQA 2FXUA 5A2QO 4X62K 1S1XA 2P5GA 3O9TA 4K41A 3MN6A 1RT5A 1P8ZA 4QAGA 1BGXT 4LSLA 4B9SA 2QK9A 3F9MA 5CE3A 3BZKA 3MDQA 1Y97A 5KI6A 1QZ6A 3CD6N 1RT1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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