5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
1BCOA 1HRHA 4CIEA 3K5MA 3KTQA 1SUQA 4C8LA 2OZMA 3HO1A 5KI6A 1C0UA 4CJQA 2KTQA 1TKDA 1LAWA 1RDAA 1Y97A 4CJSA 2XHBA 1DLOA 2G8VA 4FZYA 4RW8A 3TAMA 3P1GA 4BACA 2KZZA 3VQ4A 4ZTJA 1WNSA 1KVBA 4DSLA 4KTQA 2BDPA 4KB0A 1S1WA 2DFFA 4CGDA 4OLBA 1RNHA 2X6NA 2XRIA 4FJ7A 4FK0A 2HHSA 1TKTA 4CJRA 2G8WA 3FFIA 4KHNA 4CK2A 2FC0A 4KHWA 3ZT2A 1RBTA 1NJYA 2HMIA 3IS9A 4B08A 4Z0UA 4FW2A 3OYKA 2QXFA 3NF6A 4NCGA 4DTRA 4NCBA 3V9ZA 4C8MA 2E6LA 2RF2A 3VQ5A 3LP3A 4PY5A 2Y1JA 1ZBHA 1EX4A 4CEOA 3I8DA 4FLVA 1U49A 2I5JA 3HVTA 4IFYA 4C8NA 3CFPA 4BDZA 3DM2A 1ZBIA 4NCAA 4CFDA 4DS5A 2GBZA 4FJKA 3ZT0A 4DTXA 1N6QA 1KFDA 5CYMA 4W5QA 4CFCA 1SL2A 4M3XA 1BIUA 1RCHA 4O0JA 3MXMA 1X9WA 3TAPA 1X1PA 3CG7A 3L2WA 3CM5A 3ZT1A 1B92A 4RW6A 3OYCA 4FJ5A 1NJWA 3D0PA 4CIGA 3QEVA 3TABA 3AVLA 2XY5A 4FJGA 2OPRA 2ATQA 4DSFA 1SL0A 3VQPA 2B4JA 4I2PA 4JRQA 4E1NA 4BE2A 2G8UA 1R0AA 4M3YA 2F8SA 3TAFA 3B6PA 4FJIA 4CJ4A 2DFEA 1C1AA 3HL8A 4CF0A 1S1XA 4CEQA 3VA0A 1CZBA 5FRNA 5KTQA 4CF2A 1HMVA 1RTDA 3MEEA 1MU2A 2HHWA 3K2PA 4CF1A 1EKEA 5CZ1A 4AH9A 3L2VA 3DLKA 3K59A 2F8TA 1CXUA 1HYVA 4Y1CA 4M3WA 3NF7A 1KVCA 4OGCA 4CJ3A 4IKFA 3HJFA 3SQ4A 3ZCMA 1Q9XA 1VSMA 4KI6A 1J9AA 3MECA 3NBPA 3I0SA 1IH7A 3AO4A 3PY8A 4RW7A 3U6FA 3KLEA 4F3TA 1D9DA 4DFKA 5CY4A 2KFZA 3OYAA 3LPTA 3SQ2A 1RBUA 4DTJA 4ID1A 4ICLA 3HVRA 4DQSA 4FJJA 1T03A 2AJQA 3SUNA 1UAXA 1IG9A 4DU3A 4Q0BA 4N5SA 1TK0A 2X74A 3K5NA 2G8HA 1C6VA 3ZT3A 3SV4A 4FK4A 1TK8A 3ZSOA 3OJSA 4Z4FA 1YT3A 1NKCA 2KW4A 3TAEA 3ISNC 3DRSA 5CYQA 4UQGA 2IGIA 4FYDA 1J53A 2IDOA 4CHPA 3NH1A 3HM9A 2E6MA 5C42A 4JRPA 3OYIA 4NYFA 4QCLA 3VQBA 1RBRA 4QAGA 1VSLA 1WSIA 3NH0A 3HP9A 3O3FA 5SWMA 1U4BA 4WE1A 1KLNA 1KSPA 4AILC 3AVHA 1TKZA 4I9LA 3C95A 4CJEA 4E7JA 5I3UA 2HHTA 2B6AA 4F3OA 3RWUA 5CZ2A 3VQCA 4FK2A 1KVAA 5KRTA 3MAQA 2PYJA 3V9UA 1X9MA 4IBNA 4CJFA 4FJNA 3AVJA 3AVNA 1YTUA 4B9UA 2HNZA 3K57A 4G1QA 1NK6A 1TKXA 2VG6A 3L2QA 4Z4GA 2VWKA 2G8FA 1A5VA 1O1WA 4CFAA 1IKWA 4MQ3A 3RTVA 4OKKA 3SZ2A 5J1EA 3U3GA 3QLHA 4FLUA 3DOKA 3QEWA 3QEIA 4O5BA 4FXDA 3V1QA 1S1TA 2YNIA 1REVA 4L8RB 4KRFA 3LPUA 3VQ7A 1VSKA 1A5XA 4FJMA 4ELTA 3S3OA 3AO3A 3S3MA 3LWLA 4FJLA 4GMJB 1JLGA 4RW9A 4B9MA 3AA2A 3RRHA 4HHTA 1RTJA 1EXQA 5J2MA 3RMAA 3QNOA 2JGUA 3OS1A 4CCHA 4F4KA 2YV0X 4M42A 4HUFA 3RRGA 3RR7A 3PO5A 4Z4CA 1VSDA 1RT1A 1CXQA 4DWIA 5HP1A 4AHRA 3HPGA 5HRRA 1WSGA 3DLHA 3SQ0A 1Q9YA 4DQRA 3OVNA 4KB1A 4PWDA 4B9VA 2Z1GA 4E0DA 1WLJA 2KFNA 1RILA 1S9EA 3AVBA 1QS4A 3RMDA 1XC9A 1JXBA 3L3UA 5C24A 2KZMA 1BL3A 1L3SA 1GOBA 4J2BA 4LY7A 1QE1A 2O4IA 3PUFA 3ZSRA 1ASVA 4DTNA 4LH4A 2YNFA 4DTOA 1GOAA 4B8CA 1VRTA 2YKNA 1I39A 1TV6A 4MFBA 3QESA 1L3TA 1NOYA 5FRMA 4F8RA 4PA1A 1TAUA 4AHUA 2W42A 2R7YA 3RMCA 3KJVA 2BGGA 3OYGA 4DSKA 2O4GA 3M8RA 4KHSA 5JS1A 3V1OA 1QHTA 1CLQA 1WSJA 1RT3A 4GW6A 3NGIA 1VSHA 1NJXA 4FLYA 4FM2A 4CK1A 3ZSQA 2PZSA 4F2RA 4O4GA 1ZBFA 3G10A 3CQ8A 4FZXC 4OLAA 1JL2A 3A2FA 3AVKA 3DOLA 3OYNA 3RR8A 2NUBA 2VG7A 3SJJA 3BGRA 1HQUA 1LAVA 1RDCA 2P51A 3V1RA 4C8OA 1SKWA 3LP2A 1A5WA 1XI1A 4IG3A 4LD0A 4FM0A 4CEDA 3NDKA 4RW4A 4M3UA 1LWCA 1QTMA 1D8YA 4DTUA 3M8QA 3DYAA 3BDPA 4AHCA 4CEZA 2G8KA 1UA0A 4DFPA 1EETA 4DS4A 2ITGA 3V4IA 5SZTA 4DU4A 1S1UA 4OVLA 4KO0A 2YKMA 2RN2A 3L8BA 4CF9A 4KHQA 3ZT4A 3OYDA 4DTPA 1S1VA 4FJ9A 1SV5A 4FM1A 4B3OA 1TGOA 5HRSA 2OPPA 1SKSA 2EHGA 4EP5A 3PX4A 4CJTA 4EZ6A 4YFUA 3NF9A 3O3GA 4CJLA 3LAMA 1RT6A 4E89A 1JLQA 1HYZA 3O3HA 5HROA 1ITGA 4DTMA 3M8PA 5T7BA 1LW2A 1NK9A 3NH2A 4DLEA 4E7HA 1UOCA 5HRNA 2OYQA 1C1CA 2ZE2A 1D9FA 1FK9A 3QNNA 3SUOA 1LW0A 3K5OA 4W5NA 4K8XA 3OYJA 3VN5A 3AVMA 1WAFA 4M3TA 4Q5VA 3DRRA 3ASMA 3THVA 1U47A 4CEFA 2HVHA 1CZ9A 3VQ9A 1W9HA 1UA1A 4DF8A 2HHVA 1T05A 3TANA 3TAGA 3QETA 2D0BA 3SNNA 3HYFA 3S3NA 4BWMA 4ZHRA 1JLCA 1YVUA 1QQCA 2FBYA 2RPIA 2A1RA 1C0MA 2DFHA 4KV8A 3OY9A 3PX6A 1ZYQA 4J2DA 3KIOA 5HBMA 2YNGA 3TR8A 5FROA 4CHOA 5E41A 3P5JA 4E7KA 4O55A 3L3VA 5J2QA 2WOMA 5DK5A 2XY6A 3OYFA 3EY1A 1WSEA 4GVMA 2D0AA 3HSTB 3NGYA 4CFBA 4HUGA 4FCYA 3QEPA 2PY5A 4KREA 4CESA 3OYLA 3CFRA 4DSJA 4KTZA 3SYZA 4N41A 2FBXA 3KK3A 1TL3A 1HJRA 4RG8A 3K58A 3NFAA 3LAKA 4HVJA 1JLFA 4DU1A 1NK5A 2E4LA 1NKEA 5I42A 4FZZA 1HNIA 3TWHA 1FKOA 1Z25A 1JLEA 4DG1A 4H8KA 2P5GA 3ZSWA 4E3SA 4EP4A 4JLHA 5J2NA 4J2AA 3KD5E 3B6OA 3LALA 1J54A 4ELVA 3T19A 3VQEA 1RDBA 4BDYA 3KLGA 2ETJA 2RKIA 3TI0A 4FJ8A 3D45A 4CEBA 2HVIA 3HPOA 4M45A 4QOZB 4NYNA 4W5RA 3L2UA 4HUEA 1VSJA 3F9KA 1DTQA 1RT5A 4YNQA 2D0CA 1L5UA 3JYTA 3DRPA 2OPQA 1NKBA 2BE2A 1VSFA 2Z1HA 2QKKA 1U04A 4EZ9A 4DQQA 3CM6A 2BANA 3SPYA 3ITHA 5KGWA 3IG1A 4I2QA 4OPKA 1BQMA 1I3AA 3AO2A 1RBSA 2IS3A 4PQUA 2Z1IA 4E19A 4CHQA 4FLWA 2Q3SA 1BI4A 3SCXA 4B8AB 3HXMA 1WAJA 1BGXT 1TVRA 3IRXA 3U3YA 4LH5A 4Z4EA 3AVFA 3HP6A 3SQ1A 3LZIA 4C8KA 2OZSA 4HCCA 4F2SA 5KGXA 2X6SA 2VWJA 1ZBLA 2HHXA 2Y1IA 4HCBA 3AA3A 3UIQA 1IKVA 1XHZA 4CGHA 4Z4IA 3KK2A 2HW3A 3K5LA 3RMBA 4E1MA 1BIZA 5FDLA 1TAQA 1WN7A 3WNGA 3S9HA 4W5OA 3PX0A 1T7PA 5D3GA 1KFSA 1Q8IA 3AVAA 1F21A 3AO5A 3OYMA 1RTIA 4BWJA 3OS2A 3KD1E 4BDPA 3H08A 1EP4A 4OKEA 4M41A 2KQ2A 4I7FA 1RT4A 4OKJA 4JS5A 4TSXA 2GUIA 4CJPA 5HLFA 1BISA 4CECA 1VSIA 3NE6A 4LSLA 4DFMA 2HNDA 3HK2A 3TAQA 4KI4A 4H4MA 3MXJA 1NJZA 1RDDA 4O0IA 5JS2A 1XWLA 3T3FA 1IKXA 4FJXA 3LP0A 1VK0A 4H4OA 3SV3A 4E7LA 3KLHA 1JXEA 4KTWA 1KTQA 1U48A 2XY8A 1BQNA 3CYMA 1QSSA 3C6UA 4CK3A 4IFVA 1S5JA 3ZSVA 1JL1A 3OYEA 5K14A 4CF8A 3PO4A 4DF4A 1TK5A 2QKBA 4CJUA 2D5RA 3LDSA 3C6TA 2B5JA 4DFJA 4CERA 3VQ8A 4CJ5A 3QERA 2IAJA 1S6QA 3KKRA 4CGIA 3NGZA 1HYSA 1X9SA 4FLZA 1K6YA 1SL1A 4ID5A 3ALYA 3QIOA 3I0RA 1RTHA 2G8IA 3AA4A 4B9SA 1RT7A 2OA8A 4DQIA 2DTUA 4B9TA 4CJWA 3CFOA 1B9DA 4IDKA 4DLGA 2HHUA 4B9LA 2YHBA 2P1JA 3MXIA 1NK7A 1FXXA 1L3UA 4Z4HA 3DI6A 4J2EA 1DTTA 1ZBUA 4B9NA 1N5YA 2A1SA 4AHSA 3DLRA 2WONA 4FLTA 5J2PA 3SUQA 4XIUA 1BCMA 2LSNA 4CHNA 3ULDA 1VRUA 4CIFA 1C0TA 4FJHA 3ZSXA 1QSLA 1IO2A 1HNVA 3SI6A 1KRPA 1JLAA 2JLEA 3SUPA 3G0ZA 4Y1DA 4OPJA 2IOCA 2XO7A 4KKOA 3KK1A 2YNHA 4CE9A 1C1BA 5HRPA 3EYZA 4HTUA 4DTSA 3V6DA 1U45A 3VQQA 3AA5X 1T8EA 4OJRA 4CHYA 3ZSYA 4CHZA 3SPZA 3M8SA 3EZ5A 2EX3A 4DMNA 1GOCA 4IG0A 3NHGA 4FVMA 4K8ZA 4CGJA 4AHVA 1G15A 4DSIA 1WSHA 1JLBA 1HPZA 2DY4A 3QO9A 5KRSA 3JSMA 3T1AA 4BE1A 1LV5A 3MEGA 3LWMA 3DLBA 2F96A 4CJVA 1BI4B 4ELUA 1JKHA 1L3VA 3AVGA 4I9QA 1BHLA 3DMJA 4OGEA 4M3RA 1NK8A 3WNHA 3WNFA 3MEDA 3OS0A 4DSEA 4FW1A 3L2RA 1NK4A 1TL1A 1S9GA 1WSFA 1QSYA 2IC3A 3LP1A 3VQAA 3QIPA 4W5TA 4KAZA 1J5OA 4BE0A 1FKPA 4N56A 5DMRA 1YTAA 2XY7A 2X78A 3AO1A 2P5OA 3LZJA 3VQ6A 4CJKA 2FBVA 4KFBA 1NOZA 4AHTA 2ZD1A 3WNEA 2HHQA 3O4QA 4LSNA 4PUOA 4CEEA 3VA3A 2ZQBA 4O44A 3V9XA 1KLMA 1RBVA 3QEXA 3V9WA 3VQDA 5C25A 4ZTFA 2GV9A 2VG5A 3KLIA 5EU7A 1SKRA 3AVIA 1Z26A 1RT2A 1LWFA 1NK0A 1LWEA 1IKYA 3DLGA 3KKSA 4CEAA 4CGGA 4N76A 1ASUA 1S6PA 1VSEA 2Z1JA 3HT3A 4CGFA 1KCFA 4KHUA 4R5PA 3PV8A 3V9SA 3TARA 4KHYA 3OJUA 3NF8A 1B9FA 3OYBA 3AVCA 3KLFA 3NAEA 3ZSZA 4N47A 4E7IA 1W0HA 3IAYA 2FBTA 3HPHA 1XHXA 2OPSA 2HNYA 4DQPA 3O4NA 3LANA 4M3ZA 1D5AA 3DLEA 2YHAA 3P83D 3F73A 3E01A 4FLXA 2HB5A 3NCIA 1ASWA 4JS4A 2PYLA 4KPYA 1HQEA 3QINA 3C94A 1UWBA 3OYHA 2QK9A 3AV9A 3V81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN9A 1BCOA 3OHRA 4CIEA 3K5MA 3BY5A 3J81O 3KTQA 3QBXA 4DR4K 2XHBA 2KZZA 4KTQA 1KC8O 3CC2N 5AFUH 3VEWA 3FZHA 3FFIA 4A57A 4KHNA 3ZT2A 1RBTA 3IS9A 2VYPA 2QXFA 5GADP 4NCBA 4C8MA 2E6LA 2RF2A 4YOYA 2Y1JA 4IJNA 4JAXA 4CEOA 4FLVA 4C8NA 4IFYA 1ZBIA 4PKGA 2GBZA 3AARA 3UKRB 1KFDA 5CYMA 1VQON 4ILGB 4W5QA 4O0JA 4PL7A 3MXMA 1X9WA 3EE9A 3MWPA 1X1PA 4FWOA 1C0FA 3ZT1A 5AQJA 3SAHA 3AVLA 2XY5A 4FJGA 2JWKA 1VQ5N 4JKBA 4B3MK 4JRQA 4AF1A 4CBUA 3B6PA 4FJIA 4CEQA 1HMVA 1RTDA 3K2PA 5CHIA 1EKEA 2F8TA 4Y1CA 5GAHP 1HNWK 3NBPA 3ZX2A 3AO4A 2NRTA 1YAGA 4NO7A 5CY4A 3KVGA 2KFZA 3LPTA 3SQ2A 4DQSA 3HVRA 1UAXA 4K41A 3K5NA 1MWMA 4Z4FA 3UKRA 5C10A 2QA4N 3TAEA 5CYQA 4FYDA 3A5LC 3HI0A 3NH1A 3HM9A 3OW2M 5A2QO 3NH0A 5SWMA 1U4BA 4AILC 5I9EB 1YUWA 3C95A 2D0PA 2B6AA 1JJ2M 1W2BM 5CZ2A 3VQCA 4FK2A 1KVAA 1TUUA 3L4IA 5AQXA 4FJNA 3AVJA 4B9UA 1WBDA 4BRIA 3VTHA 1NK6A 5FPNA 2VWKA 2F9TA 1O1WA 4CFAA 1IKWA 5BN9A 3J80O 4PKHA 4OKKA 3SZ2A 3QEWA 5AQRA 3WQUA 5KPRA 3QEIA 4O5BA 4DV7K 3V1QA 2YNIA 1REVA 3LPUA 3VQ7A 1VSKA 1T3VA 2CGJA 3NVMA 1VHXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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