5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
3NF7A 4E0DA 3KK2A 4FVMA 3VA3A 4J2DA 1RBUA 3V4IA 3IAYA 4FJGA 3NHGA 4FJNA 3SNNA 1WAFA 4WE1A 5CZ2A 4HUGA 3VQ6A 1C1BA 3I0SA 3K5OA 3LPUA 4IDKA 4DMNA 3CYMA 3V9SA 3TAQA 4KAZA 1O1WA 1XHXA 4KB0A 2KFNA 2JLEA 2KQ2A 4OKKA 1EP4A 2WONA 4DS5A 3RMBA 3BDPA 3TANA 3OS0A 3TR8A 4J2EA 2OPPA 3NF6A 2KZZA 2EHGA 1KVBA 1SUQA 4IG0A 4B9LA 2IS3A 1VSKA 3HT3A 1QSSA 4CEQA 4E1MA 4ID1A 3NDKA 4CEAA 4JRQA 4E19A 3SUQA 1NOYA 4OLAA 3OYBA 4KKOA 2DFHA 1JL2A 2BDPA 1TV6A 2Y1JA 3LZIA 1N6QA 4J2BA 4Z4IA 1SL2A 4JS5A 1L3VA 3NF9A 4FJ5A 2YHAA 1UA0A 3C6UA 5FDLA 1QTMA 4DSIA 1F21A 4PQUA 4B8AB 2D0BA 4YFUA 4NCBA 2RKIA 1VRTA 3L2WA 1XHZA 3F9KA 4Z4GA 4H8KA 1KVCA 1RTIA 2ETJA 2I5JA 3VQEA 4E7HA 4N41A 3LAKA 4ELTA 1C0MA 1L3UA 2EX3A 3ZSYA 3OS1A 2AJQA 4L8RB 1FK9A 4F2RA 3AVCA 3NFAA 1I3AA 1RDDA 3KK1A 4DQSA 2IDOA 2B5JA 3AA4A 4B9NA 1UWBA 3HPGA 1U4BA 1NK0A 4N5SA 1T05A 3QLHA 4PA1A 3NGZA 3HJFA 1UAXA 3IG1A 1RDBA 3OYMA 4N47A 4CEFA 3THVA 3SPZA 1TK0A 3RWUA 4FK4A 4DU1A 3EZ5A 3RR7A 2HHQA 3TAEA 2KZMA 1CZBA 3DLHA 3S3MA 4CIFA 5KGXA 4B9SA 4B9TA 3OYEA 3CM6A 4W5TA 4EZ6A 4FJIA 2F8TA 3WNEA 1RNHA 3LWMA 3P1GA 4RW7A 1J54A 1FKOA 3KD5E 3I8DA 4ZTJA 2FBTA 1Z26A 3SQ0A 3HSTB 4CJVA 4CGJA 1WSHA 4CERA 3NH0A 3ZSVA 3M8PA 4LSLA 3EYZA 3VA0A 4PY5A 1JLQA 3PO5A 2QKBA 1BI4B 1YTUA 3LDSA 4KREA 2XO7A 4E7KA 1JLCA 4B8CA 1J9AA 4Z4HA 3L2QA 4MFBA 4OJRA 2E6LA 1D8YA 2X78A 4W5QA 2HHUA 2Z1IA 3LANA 4E89A 3PY8A 5J2NA 5I3UA 3P83D 1U47A 1B9DA 3RRHA 4M3WA 5DK5A 3CFOA 3PX0A 3PX4A 4JRPA 1D5AA 2LSNA 3E01A 2XHBA 1VSHA 1SV5A 4FW2A 4FM2A 1LAVA 1EKEA 3V6DA 1BI4A 1U04A 4CJ4A 3AVAA 3LALA 1X1PA 3AVIA 1S1VA 3SYZA 2XY6A 4Z4FA 1VSDA 4I9LA 1A5VA 1BISA 3MXIA 4NCAA 3V9ZA 4CGFA 3RMAA 4ZTFA 1A5WA 4CJEA 1T8EA 2GBZA 3ZT0A 4AHRA 1BHLA 2G8FA 2GV9A 3K5LA 1S6QA 1BIUA 2ATQA 4FJ8A 3VQ9A 4DLGA 1HMVA 3KIOA 1CLQA 2P1JA 3RRGA 1Q8IA 1ZYQA 1JXBA 2G8KA 1KRPA 2HW3A 3NH1A 4CFBA 5EU7A 3NGIA 2W42A 3SI6A 1UA1A 2XY5A 4NYFA 3TWHA 4AHCA 3KJVA 2B4JA 1WSFA 4KHWA 4KRFA 3V81A 4KTQA 1TKZA 4DFPA 2PZSA 3AO5A 4FXDA 3AO4A 4CF9A 4OKJA 3K57A 3MXMA 1R0AA 1JXEA 3NAEA 5FROA 1RT2A 4FCYA 4CEEA 3V9XA 1A5XA 4QAGA 1K6YA 4FK0A 1J5OA 1WSGA 2VWKA 5HROA 3KD1E 3CM5A 3HYFA 3WNGA 3L3VA 4B9UA 4ELVA 4RW9A 2D5RA 3TARA 4ELUA 4B9MA 3ZSWA 3WNHA 1B92A 2IOCA 1Y97A 1HYSA 4HCBA 4FZZA 2DY4A 4DLEA 1LWEA 4BDYA 1YT3A 3AA2A 1Q9XA 3ISNC 4O4GA 3K59A 2DFEA 3AVFA 3LP2A 2HB5A 2ZQBA 4ID5A 3O4NA 4JLHA 3V1OA 1BCOA 1JKHA 2RF2A 4CJSA 1XC9A 1NJXA 4UQGA 4M42A 1HQEA 3TAPA 3SV3A 1KLNA 3PO4A 1ITGA 1GOCA 2ZE2A 3O3GA 1KSPA 3DLBA 1VSJA 3PX6A 3RR8A 1MU2A 3DLEA 1ZBHA 5C42A 1S1WA 1SL1A 1RDAA 4K8ZA 4LD0A 4FK2A 2QK9A 1LWFA 3SZ2A 1IKYA 3VQDA 5K14A 1IH7A 4KO0A 1X9MA 1LW2A 4CECA 1G15A 1VK0A 3QIPA 3MAQA 2RPIA 3LZJA 3ULDA 4BWJA 4DQIA 3QEWA 1JLAA 3JSMA 3DMJA 2BANA 3UIQA 4DTPA 2X6SA 4DFJA 1GOAA 4HVJA 3OYFA 3HVRA 3AVMA 5J2MA 3DI6A 4C8NA 2FBYA 2Q3SA 5SZTA 3K5MA 3SUOA 1RDCA 5CYQA 1BQNA 4CGDA 4DSJA 4I9QA 3HO1A 2DTUA 1YVUA 4KHYA 1FKPA 1FXXA 4OGEA 3HPHA 4CJQA 4FLVA 2G8HA 3OYNA 3IS9A 2G8WA 3OJUA 3T3FA 1Z25A 3RMCA 4F4KA 2O4GA 4CGIA 1KFDA 4CHQA 4DSFA 3SQ2A 5T7BA 1VSMA 3ALYA 4EZ9A 3C94A 1X9WA 3ZSRA 4Q5VA 4FLXA 3TABA 2G8IA 4LSNA 4F2SA 1JLGA 5KI6A 4CHNA 1ZBIA 3KKSA 5D3GA 1KFSA 3VQ7A 1BL3A 3QEIA 4W5NA 3LAMA 2XRIA 3QEVA 4GW6A 4KTWA 4TSXA 1DLOA 4MQ3A 2G8VA 2HHWA 1KVAA 4XIUA 5HRNA 1WSIA 4CFAA 1TVRA 3ZSOA 4FM0A 3EY1A 4FJ7A 3LWLA 4FM1A 3H08A 3KLGA 3HK2A 3NF8A 3ZSQA 3KLEA 4KB1A 1HYVA 5J2PA 1IKVA 1VSIA 3L3UA 1XI1A 1IKXA 1NJWA 1ASUA 5KTQA 4CHZA 4DSEA 1JLEA 4RW6A 1C0TA 5C24A 4FLYA 1C1AA 2ITGA 1IG9A 4Q0BA 5J1EA 1X9SA 4QCLA 3SQ1A 4KFBA 5HRRA 3AO1A 4FLUA 2X74A 3DOKA 3U3GA 4NYNA 3MECA 3OY9A 3O4QA 1BGXT 3B6OA 1EXQA 3S3NA 2PYJA 3OJSA 1LWCA 1TGOA 4H4MA 1XWLA 3L2RA 3KKRA 3V9WA 2A1SA 3AVHA 4AHTA 3VN5A 4JS4A 3HM9A 1WN7A 2DFFA 4AHUA 4HTUA 1CXQA 3DLRA 1S1XA 2G8UA 1RT1A 3ASMA 3ITHA 1QSLA 4DTXA 1TL3A 4RW8A 3VQAA 3F73A 3D45A 4FLTA 4CK2A 3NE6A 4CHPA 4DSKA 4KI4A 3QINA 4Z0UA 1I39A 1ASVA 4M3UA 3AVBA 3U3YA 4CF2A 1RT6A 2YHBA 1WSEA 2Z1JA 3DOLA 5HRSA 3QEXA 1RCHA 3V1QA 4YNQA 4CJ3A 1UOCA 3DLGA 4DFMA 1D9FA 1RT3A 3SCXA 1VRUA 1WSJA 2YNGA 2HMIA 3VQ4A 1NK7A 4DFKA 4DTJA 4CGGA 3OS2A 3ZSZA 3ZT4A 3ZT2A 3OYGA 3KK3A 4NCGA 4HHTA 1RTDA 4EP5A 2P5OA 1NK8A 2E4LA 3DYAA 3QO9A 1DTQA 1EX4A 1RT7A 4CK3A 4OPJA 2OZSA 4LH4A 1WAJA 3VQ5A 1U45A 4GMJB 2NUBA 5I42A 4CF0A 4CGHA 5HRPA 1HNVA 3OYDA 4E7LA 3NCIA 1ASWA 1S6PA 2OPQA 4C8LA 2QXFA 3A2FA 3P5JA 4O55A 2A1RA 2HVIA 2ZD1A 1HPZA 4CEDA 4ZHRA 1NOZA 3KLHA 5C25A 3SUPA 2BGGA 1CZ9A 4CJRA 1TKXA 2GUIA 5CY4A 1RBTA 4I7FA 3VQ8A 4ICLA 4FJ9A 2OPRA 3OYIA 5KGWA 4CF8A 4CIEA 3DRRA 3SQ4A 4DTRA 4FLWA 1NK9A 3OYJA 2X6NA 3C95A 3OYCA 1S1TA 3TAMA 3L8BA 1TAUA 3LP3A 4OPKA 2D0CA 4FJXA 4IG3A 4DS4A 3ZSXA 4BE0A 4CJ5A 4DQQA 1S9EA 3SV4A 4Z4EA 4OVLA 1TK5A 3VQBA 3ZT3A 1NJZA 4KPYA 1QQCA 4E7IA 3QNNA 4Z4CA 1RILA 4R5PA 2D0AA 2PYLA 5JS1A 3PV8A 4KHNA 4M3XA 1QS4A 4RG8A 2P5GA 1CXUA 2YV0X 2KW4A 3AVGA 4BWMA 3NH2A 1TL1A 1NKBA 2VG7A 5KRSA 4KTZA 4C8OA 4F8RA 3HPOA 3S3OA 1WNSA 3TAGA 1DTTA 3L2VA 3HXMA 3T19A 1BIZA 4CFCA 5FRMA 4O0IA 1KCFA 3QESA 4AHVA 2HHTA 4FZXC 1BQMA 2HNYA 1GOBA 3I0RA 4CEZA 3L2UA 4CESA 4FYDA 2OA8A 3OVNA 4Y1CA 2B6AA 5J2QA 3CQ8A 3AA5X 2YKMA 4FJKA 3KTQA 4I2PA 4B3OA 3JYTA 1SKWA 3LP0A 2VG5A 3DLKA 2KFZA 3M8QA 2OZMA 5SWMA 3O3FA 4FLZA 3ZT1A 3V9UA 1TKDA 4DF4A 4EP4A 1RBRA 1VSLA 4FJMA 2YNIA 1W0HA 2E6MA 4KI6A 1ZBFA 2Z1HA 4B9VA 4N56A 4F3TA 2WOMA 1NKCA 4W5RA 4DWIA 1C1CA 2BE2A 2FBVA 2YNFA 3AA3A 1B9FA 2IC3A 2OYQA 1S9GA 3DM2A 4I2QA 1T03A 3MEGA 4FZYA 4IFVA 4IBNA 4M41A 1N5YA 3QIOA 4PWDA 2Y1IA 3MXJA 3SJJA 1IKWA 4KV8A 4CJWA 4PUOA 1Q9YA 2HHXA 1RBVA 1RTJA 4C8MA 4M3TA 2HVHA 3FFIA 1NK5A 1S5JA 3QEPA 4LY7A 1T7PA 4CHOA 3U6FA 3K58A 3RMDA 3VQCA 4M45A 1WLJA 1D9DA 5DMRA 3WNFA 5HLFA 2HHSA 2O4IA 1TKTA 3OYHA 2HNZA 4FJLA 1TAQA 4OKEA 3O3HA 4FJHA 1NK4A 4CJKA 4E7JA 3CFPA 4DQRA 4IKFA 3BGRA 4DG1A 2JGUA 5HBMA 2HHVA 4BACA 1KLMA 4GVMA 4CJTA 1QSYA 2KTQA 4AHSA 1L3TA 4W5OA 3DRSA 3S9HA 5KRTA 1HYZA 3LP1A 4M3ZA 1JLFA 2HNDA 4DTMA 3TI0A 1JLBA 3G10A 3OYKA 3M8SA 2XY7A 1LAWA 4KHUA 3AVLA 1EETA 3C6TA 1YTAA 1U48A 4DTUA 1RBSA 1L3SA 2QKKA 3OYAA 3T1AA 4BDZA 1NK6A 3B6PA 3K5NA 4DF8A 3SPYA 4AILC 4K8XA 4O5BA 3V1RA 2F96A 2IGIA 4AH9A 3CG7A 4CF1A 1VSEA 4HUEA 4HUFA 4CK1A 3HP6A 3QNOA 3M8RA 4B08A 4CEOA 4DQPA 3HL8A 3HVTA 4H4OA 1ZBLA 4RW4A 4CJLA 5HP1A 1J53A 1QHTA 5CYMA 4CJFA 4CCHA 4BE2A 3SUNA 1SKRA 4BDPA 1JL1A 1RT5A 4M3RA 2Z1GA 1RT4A 3VQQA 3KLFA 1TK8A 4E3SA 2IAJA 1IO2A 4C8KA 3QETA 4CHYA 4IFYA 1HRHA 2RN2A 3CFRA 3MEEA 4CEBA 4DU4A 3RTVA 3QERA 1W9HA 1HQUA 1VSFA 1L5UA 4G1QA 3AV9A 4CIGA 3MEDA 1LV5A 2PY5A 4FW1A 5E41A 1NKEA 4KHQA 2XY8A 1HJRA 4DTOA 1ZBUA 4CJPA 4OLBA 2P51A 4CJUA 4DU3A 2VG6A 3D0PA 4J2AA 1REVA 4CE9A 4CFDA 4DTSA 4HCCA 3K2PA 4O44A 4KHSA 2YNHA 4LH5A 5JS2A 1U49A 2FBXA 2YKNA 3AVKA 4QOZB 5CZ1A 4DSLA 3VQPA 1C6VA 1C0UA 1S1UA 4FJJA 4Y1DA 2OPSA 1HNIA 3PUFA 1BCMA 3AO2A 1QE1A 3HP9A 3OYLA 4BE1A 1RTHA 1KTQA 3DRPA 4OGCA 4M3YA 5FRNA 3NGYA 3NBPA 3AVJA 3AVNA 3IRXA 4N76A 1SKSA 2R7YA 3AO3A 1NJYA 2FC0A 3LPTA 1SL0A 3KLIA 3G0ZA 2VWJA 4DTNA 3ZCMA 3TAFA 4F3OA 4O0JA 1LW0A 4E1NA 2F8SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2DA 2O8BB 3KK2A 3VA3A 4BC5A 4BR2A 3V4IA 3IAYA 4LF5K 3NHGA 3SNNA 4GY2B 4K0KK 2QM1A 4BRPA 2PAVA 2KZZA 3A5LC 1KVBA 2WC9A 1VQ6N 3J7ZO 4B9LA 4JYAK 3WXKA 1Q82O 4J8FA 1N34K 4CEAA 4JK8A 4KKOA 2DFHA 1JL2A 1NU0A 5EX5A 3KWIA 4X66K 4QS8A 3GG4A 1W2BM 5FDLA 2E2NA 1NMDA 4PKHA 4H0XB 3L2WA 4Z4GA 2ETJA 2I5JA 4E7HA 3ZSYA 3OS1A 2E88A 3AVCA 2UXDK 3KK1A 4H5WA 1DT9A 3HJFA 3IG1A 3THVA 3SPZA 2ZJQL 3N4QA 4X64K 4CW7B 3S3MA 5KGXA 4FJIA 2NRTA 3OYEA 1RNHA 1J54A 2OTJN 2FBTA 1Z26A 3SQ0A 2NRXA 4L3QA 4CERA 2FSJA 1Q86O 4LSLA 4ISFA 3VA0A 4PY5A 1BI4B 2QW9A 3LDSA 1WOQA 2VGMA 4JI5K 2XO7A 5AQWA 3A5NC 2GTDA 3L2QA 5JLHA 2D0OA 3D2FB 4O8UA 3PY8A 5J2NA 5I3UA 1HX1A 1B9DA 1ZBSA 1X9JA 1M1KO 1D5AA 2LSNA 3J8AA 4A57A 3E01A 4BQLA 1VSHA 1S3XA 4WFNL 4FW2A 1LAVA 3V6DA 4JI3K 1KAZA 1S1VA 3SYZA 2IVPA 2XY6A 4Z4FA 5AQKA 4KBOA 3MXIA 4A61A 1A5WA 5TKWA 2E8AA 2GBZA 2QWPA 2G8FA 2W6KA 3VQ9A 4UY8O 1BWFO 3RRGA 1Q8IA 1ZYQA 3NH1A 4CFBA 5EU7A 3NGIA 2W42A 1UA1A 2XY5A 4NYFA 3CD6N 3KJVA 1NBWA 4KTQA 3G71N 5LL6Z 3AGKA 4CEEA 4BRIA 3V9XA 1E4GT 1EO1A 3J7YP 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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