5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
4HUFA 4DFMA 1RCHA 2JLEA 4DG1A 4M3YA 1Z26A 2OZMA 3OS0A 4B8AB 1BCOA 1T03A 1RT5A 2YHBA 1XI1A 4N76A 3P83D 1NKCA 4F8RA 2F8TA 3QLHA 4LH4A 4FJIA 2PZSA 5J2MA 4CHZA 4FXDA 3F9KA 4FYDA 3SUQA 1HYVA 4IBNA 1C1BA 3ALYA 1S1WA 4FLVA 1T7PA 3HK2A 4KTZA 4FM0A 3AA3A 2YHAA 3MEDA 3O3GA 3K58A 3TAFA 1W9HA 2Y1JA 1HQUA 1ASUA 4CF0A 1VSHA 2YNGA 4O4GA 1SKRA 3VQ8A 3SUNA 3K5NA 4XIUA 3IRXA 5J2NA 2GUIA 4OPJA 3QERA 3OY9A 3V9WA 2YKNA 4O0IA 1LW0A 3AVLA 4CFBA 4FCYA 1UWBA 3LAMA 3QIPA 2E6MA 1T8EA 2OZSA 4PQUA 4CGJA 5HRNA 3K5MA 1LWEA 3KKRA 4CHOA 4CF2A 3OJUA 3NHGA 2ZQBA 3K59A 1SL0A 3ZSZA 5C42A 1RT6A 4DS4A 2FBYA 4KREA 4FJKA 1S1TA 2G8KA 4FJXA 1D9FA 3QEPA 3DYAA 3VA0A 2PYLA 1WAJA 3C6TA 3O3HA 3OYBA 2HHSA 4OPKA 1RT2A 4FM1A 3QEXA 1B9DA 3K57A 1QSSA 2HHUA 4DQSA 1JLGA 5JS2A 3PUFA 4CIGA 3RRHA 3SJJA 1NK6A 4KI4A 4NCAA 2RN2A 3HO1A 3AO1A 4J2AA 2KFZA 2OYQA 1S6QA 3V9SA 2G8FA 1C0MA 2R7YA 4KHNA 3OYDA 3HVTA 4LY7A 2KTQA 4CK1A 4IFVA 3KK3A 4Z4HA 1RDCA 5I3UA 1NOYA 1WAFA 4RW4A 4DSEA 4L8RB 1TL1A 1HNIA 2ZD1A 3WNEA 1KFSA 3S9HA 2OPSA 4BWJA 4DFKA 1ZBLA 3KIOA 4CHQA 1TGOA 2HHXA 4CJFA 3NFAA 1HMVA 3SQ4A 3TAMA 3WNHA 3NH1A 1IG9A 4B9MA 4EZ9A 3SUPA 5DMRA 3HM9A 4M3TA 3LZJA 2XY5A 4FM2A 4UQGA 1X9SA 1HNVA 1VSJA 1ZBFA 5D3GA 4H4OA 4M41A 4I7FA 4CJ5A 4FZZA 4CFAA 4QOZB 4FLWA 2HNYA 3EZ5A 3NDKA 3CYMA 3ZT1A 1QSLA 4E0DA 2KZMA 2FC0A 4DTRA 1KVBA 2VG5A 4LH5A 1JLQA 1CXQA 1EP4A 5J2QA 4C8OA 4FZYA 4JRQA 3B6OA 3ZCMA 3HP6A 3NE6A 4N5SA 2G8UA 4DF4A 3NBPA 3KLEA 1BI4B 2ITGA 4JLHA 5SWMA 3HT3A 1NJXA 1QSYA 4C8LA 4N41A 4Y1CA 2F8SA 1BHLA 3NH2A 4CHYA 2KFNA 4KFBA 1QS4A 4OGCA 5KI6A 3MXJA 2E6LA 4CGHA 3K5LA 4FLXA 3HSTB 4DU3A 2AJQA 1NJZA 4KV8A 3T1AA 2QKKA 4E1MA 1G15A 4CJPA 4OKKA 5KGWA 3L2UA 4CJEA 2XY7A 4F2RA 3NF9A 1FXXA 3AO2A 3KTQA 3QINA 3KK1A 3ZSYA 4CEOA 4FJ7A 3CQ8A 4EP5A 2E4LA 1WNSA 3PO4A 4KKOA 1A5XA 3DOLA 3LWLA 1VSFA 1TKDA 4FJLA 2KW4A 3NF7A 1VSLA 3HVRA 1NK9A 4KPYA 3V9ZA 4M3RA 3PY8A 3A2FA 3TAEA 4GMJB 5HRSA 5C24A 3M8SA 3L2VA 4HCCA 2KQ2A 1RTJA 1JL1A 3ITHA 2RF2A 1HQEA 4E7KA 3TAQA 1SL1A 2OPQA 4O55A 4O5BA 1NK0A 2YNIA 4J2DA 3NGYA 3KJVA 3WNFA 4BACA 4E7HA 1TKZA 3P5JA 3OYKA 1RBVA 1C0TA 2XRIA 3L8BA 1LAWA 2PYJA 4E7LA 4ICLA 1TKXA 4LSNA 4CEBA 1NK7A 1L3UA 3DLHA 3AVIA 4CGIA 3V1RA 1BISA 3ZT2A 3QNOA 1IO2A 3L3VA 3RR8A 2Z1GA 4HUGA 4CJRA 2IOCA 4CJ3A 4BE0A 1JLCA 4YFUA 1RTDA 4I9QA 5HROA 5CZ2A 1C6VA 3DRRA 1UOCA 4F3OA 1S9GA 4J2EA 1HYSA 1VSDA 3SV4A 4OJRA 2BGGA 4ZHRA 3OYLA 3KLFA 4OLAA 4AHSA 3MAQA 4DTUA 1KVCA 3C95A 1T05A 4E89A 3LDSA 3MXIA 4CEQA 2D0CA 2X78A 4C8NA 2A1SA 1S1XA 1ZYQA 2HVIA 3VQ6A 4BDPA 1LWFA 3O4NA 1REVA 3HP9A 3LANA 1JLBA 4FLYA 3DLBA 1CXUA 1RTIA 1NK8A 4Y1DA 4DTNA 1QE1A 4CF1A 1I3AA 3M8PA 2DTUA 3RMDA 4CCHA 4CJKA 3LP1A 4C8KA 2ZE2A 4QCLA 1JKHA 3OYHA 4ID1A 3V9UA 1YVUA 2QXFA 3QEWA 3UIQA 3LP2A 4IKFA 4KHUA 1JLAA 3I0SA 4MFBA 3U3YA 1KVAA 3PX4A 1TK5A 3EYZA 3TR8A 2JGUA 3D0PA 1IKXA 3VQBA 5C25A 1DLOA 1VRUA 1Z25A 4Z4CA 4ZTFA 4E1NA 3AVCA 1YT3A 4O44A 3G0ZA 1WSIA 4FJGA 2QKBA 4PY5A 1RT3A 3TAGA 3TABA 1Q9YA 4B9SA 1EXQA 4OVLA 1DTTA 3OYNA 1C1CA 2X6SA 4CK3A 3DLGA 1RBUA 3DM2A 3LZIA 3VA3A 3S3NA 1TAUA 3NGZA 3KLIA 4CGDA 3MECA 5J1EA 2HNDA 3RMBA 1U45A 2I5JA 1TK0A 4RW6A 4M3ZA 4CESA 1RBRA 1RT4A 4TSXA 2EHGA 1J5OA 3SV3A 4DU1A 4W5RA 1KRPA 3PX0A 4C8MA 3LALA 4CFCA 4JS4A 3CM5A 3S3OA 3ZT4A 1TV6A 4DQQA 3L2RA 1RILA 2HB5A 1O1WA 1Q8IA 2D5RA 3O4QA 2RKIA 3NCIA 1U47A 2GBZA 3ZSVA 4DFPA 4AHCA 4CJ4A 1HPZA 3ZT3A 1EKEA 4B9NA 2O4IA 4HTUA 3M8RA 2HHQA 1KFDA 4FJJA 1YTAA 4DSKA 1XHZA 1RT1A 5K14A 3PV8A 3SUOA 1UAXA 3C94A 4YNQA 3QO9A 3V4IA 5CY4A 2VG6A 4ZTJA 3AVAA 1RDDA 4M45A 1N6QA 4AHTA 4FK4A 3DMJA 3OJSA 4KO0A 4IG3A 3NH0A 1JLFA 2IC3A 3HXMA 4I2QA 1TL3A 3DRPA 4I2PA 4N47A 2P5OA 4BDYA 3I0RA 3F73A 1FK9A 4ELUA 5HLFA 4RG8A 4HCBA 1BCMA 2P51A 3AO5A 4RW8A 4RW7A 3LPUA 3ISNC 4AHUA 4BWMA 3OYFA 4FLTA 4CIFA 1D8YA 2B5JA 4CJQA 4NCBA 3OS2A 4ELTA 1U4BA 3AVMA 4CEAA 1VSIA 3K5OA 3M8QA 1RDAA 3U6FA 3SQ1A 3TWHA 4FLZA 4KB1A 4B3OA 1ASWA 3CM6A 2HMIA 1DTQA 5KTQA 3SPZA 1ZBIA 3AVKA 2OPPA 5I42A 4LD0A 2Z1HA 4KTQA 4Z4FA 4NYNA 4IG0A 4WE1A 4AH9A 3SQ2A 1ZBUA 2YNHA 5FROA 3O3FA 1N5YA 1RBSA 4M3WA 5CYQA 4AHRA 5SZTA 3AVJA 4O0JA 1NKBA 3LP0A 2DFHA 1U49A 3ZSOA 2HW3A 2FBVA 1HJRA 4OGEA 4Z4IA 5KRTA 1L3VA 4PUOA 2Y1IA 1EETA 3JSMA 4DSFA 4F2SA 4Q0BA 3S3MA 3EY1A 3TI0A 3H08A 3RMAA 1C1AA 1IKYA 1HYZA 2O4GA 3OYEA 3KK2A 4FJ8A 1SV5A 3KLGA 3VQAA 3SNNA 2KZZA 3AVNA 4E7JA 2XHBA 3LWMA 3BDPA 1F21A 3DI6A 4CF8A 4DFJA 3RR7A 4DSJA 3LAKA 4FW1A 1VK0A 4NCGA 3CFPA 5E41A 5T7BA 4KTWA 2W42A 1XHXA 3AVFA 4DTOA 4KB0A 3V1OA 1GOBA 4CHNA 4KHSA 3AVHA 2ETJA 3DLEA 3RTVA 1WSEA 3RRGA 4KI6A 1S1VA 3ASMA 3OYJA 4W5NA 3QIOA 1S1UA 3ZT0A 3AO4A 3DLRA 4IFYA 2XY6A 4F4KA 1TAQA 3B6PA 1BI4A 1LW2A 2HHTA 3AVGA 3V9XA 4B9LA 1SKWA 4CJUA 3ULDA 4KHYA 1L3SA 4ELVA 1UA1A 4CERA 1VSKA 4FJHA 3AV9A 1VSMA 5FRMA 2P1JA 4J2BA 4Z4GA 3T3FA 5JS1A 1J9AA 2QK9A 1IKVA 4M3UA 2HHVA 1NK4A 4CJTA 3I8DA 4AHVA 1FKPA 1K6YA 2G8HA 1VSEA 2HHWA 4DTSA 4DU4A 2WONA 4JS5A 1ZBHA 1C0UA 1D9DA 4B9VA 1JL2A 3G10A 4CF9A 3JYTA 1IH7A 1S9EA 4BE2A 5FRNA 2B6AA 4KAZA 2OA8A 1S6PA 5HP1A 1NJWA 5EU7A 3PX6A 2IGIA 4DTXA 3CG7A 3FFIA 3V1QA 2Q3SA 1U48A 4DQIA 1BIZA 4B8CA 3DOKA 2IS3A 1QTMA 1X9MA 4G1QA 1UA0A 4DQRA 1NK5A 1WN7A 4FW2A 4K8ZA 2DY4A 4E7IA 1EX4A 3OYIA 3K2PA 4FVMA 1TKTA 3TARA 4FK2A 4FJNA 4DTJA 4FJMA 2VG7A 3CFRA 1GOAA 2BANA 4FLUA 3SYZA 3IAYA 1YTUA 1IKWA 3AVBA 4LSLA 5DK5A 3ZSXA 3P1GA 3PO5A 2G8IA 4I9LA 1D5AA 3HJFA 1U04A 1BGXT 4CEEA 4OKEA 3TAPA 3KKSA 4CIEA 1GOCA 4DMNA 2G8WA 4CJVA 3ZSQA 4HHTA 1NJYA 1XWLA 4H8KA 4CEFA 3AA4A 3VQ5A 1CLQA 4EP4A 3L2QA 3NF8A 4KRFA 1X9WA 3OYCA 3RWUA 5HBMA 4DS5A 4IDKA 3C6UA 4CJLA 3T19A 3NF6A 4Q5VA 4FZXC 4N56A 1XC9A 3MEGA 3OS1A 1L5UA 4FJ9A 1X1PA 2XY8A 1TK8A 2FBTA 1Y97A 1VRTA 2RPIA 5HRPA 3SZ2A 4DTMA 4KHWA 3HL8A 3SPYA 1WLJA 2BDPA 3THVA 2F96A 4FJ5A 1SKSA 5J2PA 1MU2A 4CFDA 4HUEA 3MXMA 4B9TA 4FK0A 4CHPA 4AILC 4DF8A 3QEVA 1BIUA 3TANA 4H4MA 3SCXA 3NAEA 1J54A 1FKOA 1S5JA 3OYMA 2Z1IA 1R0AA 4DQPA 1JXEA 1B9FA 1SUQA 3OYGA 2Z1JA 2HNZA 3WNGA 3SQ0A 2YV0X 3OYAA 1KTQA 3DRSA 4K8XA 2XO7A 2IAJA 3ZSWA 3QNNA 4OKJA 3BGRA 4HVJA 4CJWA 4B08A 3V81A 4W5TA 4B9UA 1HRHA 4PWDA 4JRPA 3U3GA 3VQ7A 4E3SA 2A1RA 4RW9A 4ID5A 2OPRA 1Q9XA 4DSLA 4GW6A 3VQPA 3L3UA 2D0AA 3VN5A 1JLEA 2P5GA 3L2WA 3V6DA 2G8VA 2DFFA 4CEDA 3ZSRA 3AA5X 3VQCA 4CGFA 1W0HA 1CZ9A 2PY5A 2X6NA 3NGIA 4BDZA 3KLHA 3D45A 1ASVA 1CZBA 3AA2A 2HVHA 4CEZA 1LWCA 1A5WA 4MQ3A 3VQDA 3SI6A 3HPGA 3LP3A 3KD5E 4E19A 1B92A 5KGXA 2YNFA 3LPTA 1LAVA 4CJSA 4CGGA 4Z0UA 1L3TA 2BE2A 1QHTA 3DLKA 3VQQA 1QQCA 2FBXA 3E01A 3OVNA 4QAGA 4DWIA 1BQNA 4DLGA 3QETA 2X74A 3AO3A 1RTHA 1RDBA 1BQMA 3HPHA 1TVRA 2NUBA 3VQEA 4CECA 1A5VA 1J53A 1WSFA 2EX3A 3MEEA 1RT7A 4CE9A 3QEIA 5CYMA 4OLBA 2GV9A 4EZ6A 1RBTA 3VQ4A 1JXBA 4BE1A 2YKMA 5FDLA 4KHQA 1KLMA 3HYFA 3IS9A 1NKEA 4DSIA 2WOMA 3IG1A 1WSGA 4M3XA 1WSJA 4F3TA 1RNHA 2D0BA 2DFEA 3CFOA 5KRSA 1KLNA 1I39A 1NOZA 4CK2A 4W5OA 4DLEA 3QESA 1SL2A 4DTPA 5HRRA 1KSPA 4NYFA 2VWJA 1LV5A 1KCFA 4PA1A 1WSHA 4GVMA 2LSNA 4R5PA 3HPOA 4W5QA 4M42A 3KD1E 4Z4EA 1ITGA 2VWKA 3RMCA 2ATQA 2B4JA 5CZ1A 3VQ9A 1BL3A 2IDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AP1A 2H3GX 5LMUK 2AA4A 4M3YA 2OZMA 3EKSA 3OS0A 1YVNA 4BC2A 4N76A 1WOQA 3ATUA 3O9TA 4FJIA 4FYDA 2ZJPL 1C1BA 4KTZA 4CBXA 3E9PA 3MEDA 3K58A 1W9HA 2Y1JA 1HQUA 5GAHP 5FPMA 1SKRA 3VQ8A 1V4TA 3M6GA 3QERA 3V9WA 3AY9A 1LW0A 4XH5A 4CGJA 1LWEA 1GLAG 2E20A 4CHOA 3NHGA 4FO0A 2ZQBA 3ZSZA 1BU6O 3K9KA 1NGFA 4FJXA 1D9FA 1ILYA 3OYBA 2HHSA 1QSSA 3K57A 5JS2A 3RRHA 4K42A 2JWLA 2QI2A 1W2BM 1C0MA 3OYDA 4LY7A 4B9QA 1HUXA 2VQFK 1WAFA 2GUPA 2GWKA 4RW4A 3ZX0A 2O8FB 3C6HA 3WNEA 4L8RB 3VF2A 3S9HA 4BWJA 1TGOA 1HMVA 3SQ4A 3NH1A 4JKGB 3HM9A 3VGLA 2XY5A 1NGBA 4UQGA 2E88A 4K41A 1VSJA 4IWVA 5D3GA 1KAYA 4M41A 3ZX3A 4CFAA 4FLWA 3BUZB 2HNYA 1QSLA 4BQLA 4DTRA 4E1JA 2D1KA 5GAEP 4JRQA 3B6OA 3ULEA 3HP6A 2G8UA 5SWMA 3Q7BA 1U6ZA 1QS4A 2P9LA 5KI6A 2OANA 3HSTB 2AJQA 5AFUA 2QKKA 3D2FB 5KPZA 3L2UA 2P9UB 3NF9A 1FXXA 3AO2A 3KTQA 4H5NA 4LFAK 1WNSA 3LWLA 1A5XA 3VF4A 2KW4A 1NK9A 4FWPA 4M3RA 4BR0A 3A2FA 1T3VA 3L2VA 4DKWA 4HCCA 1JL1A 3H6EA 4CZFA 3JS6A 1HQEA 3TAQA 1WB9A 5BPMA 1I94K 4O55A 4BY9C 3N4QA 2CGKA 3CJBA 3THYB 2XRIA 3KHYA 5AQNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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