3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
3VGKA 3O1BA 3VF6A 3ENOA 5AZJA 3ZETB 4WQ4C 2ASMA 3MN6A 4H0YB 2Q2RA 3ULEB 4XH5A 3L4IA 1GLFO 1ZXOA 2IVOA 3M1FA 4XEIA 2ZGZA 4A62A 3D2FA 3ZX0A 5KPZA 3FLCO 3D2FB 3HBTA 5BRFA 1BWFO 3HI0A 4WQ5C 5EVZA 5AR0A 3U8XA 1P8ZA 1ATNA 5BPMA 3CJBA 3OHRA 1JCEA 1HKGA 1E4GT 3D2EA 4GY2B 2PBDA 1GLLO 1Q18A 5AQPA 2QWQA 3CI5A 1U6ZA 2F9TA 5KPRA 3IDHA 1NGGA 5AQIA 4IWVA 4BG9A 3CJ9A 3CIPA 3CERA 3RSEB 3MN7A 1GLAG 4RWTA 3H1VX 2ZF5O 1YXQA 3O1WA 4WQ4A 1S3XA 4CBXA 1XQSC 5ADXA 1V4SA 3R6MA 5AQNA 4ISEA 1SZ2A 5AQLA 3FZLA 2YHXA 4WQ5A 4Y0WA 3LDNA 3LL3A 3MDQA 4AM7A 2H3GX 2AP1A 3QBWA 3GG4A 3L0QA 5EY4A 4BROA 1YUWA 4BRMA 4DB3A 4GNIA 4CZEA 4CZJA 4JD2B 5E84A 3LDLA 2P9IA 4MLHA 1OKJA 5KQDA 5AQMA 3F9MA 3DWLA 4RCHA 3VETA 5TKYA 3BP8A 4O5FA 4IJAA 2E2QA 4JAXA 5KPTA 1GLBG 1CZAN 3EO3A 1HJOA 3LM2A 5BRHA 1NGBA 4O8KA 5AFUH 3FZFA 1X9JA 1RDWX 2P9SB 4BR2A 2Q97A 2UYTA 3I33A 4BR4A 1LOTB 5AQUA 1TUUA 3MK6A 2BUPA 3UB5A 4B1VA 3WEEB 1DEJA 5EXWA 5BN9A 3O8MA 5F0XA 1MWKA 2FF3B 3A5MC 5JLHA 3VERA 5CE3A 1E4FT 4K43A 5F2RA 4F9OA 3H6EA 5AQSA 1Z05A 1IG8A 2D1KA 5EX5A 1ATRA 3C0BA 2YHYA 3MN9A 4HWIA 3VENA 3H1QA 1U2VB 4FWLA 3ATUA 1KAXA 3U4LA 1BOTO 4BC5A 2ASPA 2IVPA 5AQKA 2F9WA 3M3ZA 2Q0RA 3O5BA 2J4RA 3FZHA 1NGJA 2P9UA 2A5XA 1HX1A 3H3NO 2P9PB 3ZEUB 2E1YA 5FPDA 3VEZA 1ESVA 3U9ZA 4CZFA 1YAGA 3VF2A 2GTDA 4BC3A 2V51B 3ZETA 3S41A 3WQUA 4BRIA 3WQTA 4CD1A 3ULEA 2QW9A 3WT0A 4M7XA 3IUCA 4PL8A 3UKUA 1NGIA 2CGLA 4BQZA 4FWOA 2E2OA 3UKUB 3QFUA 4FWQA 1GLEG 3KZBA 4BVPA 3M6GA 5AQFA 2A42A 3LDOA 3DXKB 4FPBA 4FWPA 1BA0A 1LCUA 4A61A 3KHYA 3GE1A 4ISFA 2E20A 4BR7A 3IFRA 2GWKA 2QWPA 4WYBA 4BRNA 2GELA 4FWSA 3VESA 4IO8A 4J8FA 4RTFD 3D7EO 3MN5A 4FPAA 2A3ZA 2P9NB 4CJ7A 2OANA 3EZWA 3SK3A 4B9QA 2Q31A 4NB4A 3SMPA 1NGFA 3RSEA 2IVNA 3FZMA 3HM8A 4QS9A 3WXKA 3VEVA 2EWSA 4XH1A 3BF1A 4BRCA 5LJVA 1RGIA 4H5VA 4HTLA 3SJHA 3GL1A 5AZIB 2Q0UA 1QQMA 4BRKA 2FF6A 4YDUC 3B8AX 2E2PA 2QXLA 4FSVA 3GOIA 4KBOA 1H1VA 3SMSA 4B1XB 1XUPO 2WUSA 1ZBSA 4JD2A 4EHUA 3AARA 2FSNA 3ID8A 3UE5A 3UKRA 4BRDA 3UKRB 1T6CA 4IJNA 4BG8A 3EL2A 1NGDA 2V52B 3LM9A 4CBUA 3MMVA 4BQLA 5JICA 2ASOA 4EFHA 4B1UB 3AAQA 4BRGA 1MA9B 4DQ8A 1T6DA 3DJCA 5BR9A 3DXMB 5KQ8A 5ELZA 4BRQA 2KHOA 1BUPA 2V7YA 4BC2A 4I6MB 4M63C 4BR9A 1J6ZA 4BR5A 1NGCA 1HLUA 2P9SA 3GDQA 3FR0A 3LDPA 3HZ6A 1RFQA 2HMPA 2QM1A 2A40A 1BDGA 1XC3A 3P4IA 1QQOA 3WEEA 3VEOA 3VEYA 4BGAA 4YDUA 3EKSA 3I8BA 4IXCA 5F1XA 1NGEA 4ISGA 1YVNA 2V7ZA 4LC9B 3QMLA 3WUHA 1KAYA 2E88A 3EKUA 5AQJA 4FWRA 3CJAA 3QICA 1TYQA 3W3DA 3CJCA 1U2VA 4BVOA 3A5OC 3H3OB 1TYQB 3LDQA 4AM6A 5BPLA 3JS6A 1BU6O 2P9LB 4MO5A 1V4TA 2A41A 5AFUA 5BPNA 2P9KB 2NZTA 3A8YA 1TUYA 3VF4A 4CD3A 2YI1A 3GBTA 3MCPA 4PKIA 1S22A 3QDKA 3O80A 4BRAA 4CBWA 1NGAA 3O08A 2QWOA 3TU5A 4A2AA 4CZLA 2P9PA 3ZEUA 3CJ7A 2E1ZA 1G99A 3WXIA 3L6QA 1X3MA 4H0VB 4K41A 4M7YA 1BO5O 4H5NA 4BRHA 2FXUA 4PKHA 1IJJA 4H0OA 2PAVA 3FFKB 4PKGA 4BGBA 4FOEA 5AQWA 4A2BA 2VWBA 4CI6A 2NLXA 3VOVA 3G25A 3AAPA 5EOYA 5JLFA 1KAZA 2FLOA 1ZC6A 2E2NA 3C7NB 1GLJO 1C0FA 3DXKA 3ZX2A 1HKBA 2D0OA 3A0IX 4K42A 5AQQA 5AQHA 3O6WA 2HF4A 1WUAA 4NO7A 4FL9A 5AZJB 3CQYA 3EN9A 4JN4A 2P9NA 1MDUB 1SAZA 3J8AA 2BTFA 2GWJA 1HKCA 4BR0A 5ADXH 1NWKA 2ZGYA 5LY3A 3VEXA 4EIAA 1GLCG 2QWRA 4CZMA 1QQNA 3IMXA 4FOIA 4H5TA 4CZHA 2ITMA 4H0PA 5AQYA 3D2EB 3FE1A 1SQKA 5AZIA 3AY9A 1C0GA 2FSKA 3ENHA 3QBXA 1R59O 4B1YB 4CZGA 4JNEA 3JXUA 5I9EB 2YHWA 5FPMA 4H0TB 2NRHA 2GUPA 3H46O 3ZX3A 2VCPA 2W41A 1BG3A 1D4XA 5AQOA 2CH5A 4L3QA 2IIRA 2QWLA 2HF3A 1GLDG 4K25A 1EQYA 1QZ5A 1K8KA 4E1JA 1HUXA 2HOEA 1K8KB 1ATSA 4FWNA 4B1ZA 3DXMA 3U9DA 3R8EA 2GEMA 4H5WA 1WOQA 3BUZB 1JCGA 1NGHA 4DCHA 5BREA 4DHYA 4I6MA 3W0LA 4C23A 3QB0A 3R9PA 1NLVA 1QHAA 3O4WA 4MLEA 1QZ6A 4FWMA 4EHTA 1Z6RA 3QFPA 2I7PA 4FO0A 3VGLA 4BRLA 3H45C 4Z94A 5AQRA 2P9IB 5FPNA 4BREA 3CQXA 3WXLA 5B8HA 4B1WB 5LJWA 1NMDA 3TPQA 2VYPA 3VGMA 2YJFA 1HPMA 3CHWA 2QWMA 4EAHD 2CGKA 3A5LC 1MWMA 4JHDA 4XH4A 2E8AA 3ATVA 4H03B 4JHDB 2YCHA 4CZIA 4H5RA 2QWNA 2A6AA 5AQXA 2ZWHA 4CZKA 3HTVA 3VPZA 2P9LA 1NM1A 2Q1NA 2CGJA 5FPEA 2P9KA 3BEXA 1DGKN 5AQGA 5JMVA 3FGUA 5BRDA 4BRPA 4BRFA 3FZKA 2W40A 5BN8A 4QS8A 1Y64A 3SLCA 2Q36A 3HSCA 2YJEA 4MO4A 3DAWA 2CH6A 5AQTA 3CETA 1X3NA 1JCFA 4H0XB 4QS7A 4PL7A 2AA4A 2FSJA 4IZ9A 1KXPA 5AQVA 3A5NC 3VEWA 3BF3A 5AQZA 5E26A 3KVGA 1T44A 1DKGD 4BC4A 3C7NA 2D4WA 3WXJA 3CJ1A 2P9UB 1BA1A 2I7NA 4FWKA 2D0PA 2DPNA 1NBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RR8A 4FZXC 5AZJA 3ZETB 2B6AA 3VQ8A 4AILC 2Q2RA 3HP6A 4DTRA 4DF8A 1GLFO 1ASUA 2X78A 1ZXOA 2NRRA 4CHZA 2ZGZA 3D2FA 3FLCO 1TK8A 3D2FB 1S1UA 4YY3K 3HI0A 4CJ4A 4WF9L 5AR0A 1WN7A 4LSLA 2O8BA 3KLHA 2G8HA 1JCEA 2O8BB 4R5PA 1LW0A 3QERA 1GLLO 2OTLN 1TV6A 5AQPA 3CI5A 1IBKK 1HQUA 3CQ8A 4CFCA 4N5SA 4LSNA 3CERA 3RSEB 5CY4A 4X62K 2KZMA 5KI6A 1BHLA 3CCJN 4CBXA 5HLFA 1Q7YO 5M1NA 1Q82O 3DOLA 3R6MA 1BIUA 5AQLA 4WQ5A 3AVBA 1JLBA 3RMBA 3GG4A 3L0QA 4NCBA 3SQ4A 3K5OA 4CZJA 4JD2B 1BI4A 4Q0BA 4PWDA 3SAGA 2D0AA 5KQDA 4CK1A 4FJNA 5CZ2A 4O55A 4QOZB 2O8EA 1OH8A 4IJAA 2E2QA 4JAXA 1TK5A 2O8EB 4DTXA 2ZJQL 2BDPA 3FZFA 1X9JA 2QKKA 2UYTA 3E01A 5GAHP 1HPZA 5AQUA 3UB5A 3ULDA 4JI3K 1DEJA 4B3OA 1D9FA 1MWKA 1O13A 3K59A 3H6EA 5AQSA 3V9UA 1TVRA 4FCYA 1Z05A 3S3MA 1WSHA 1SL0A 3MN9A 1HRHA 1N6QA 4W5RA 4CIGA 4FWLA 4M42A 2ASPA 1NNEA 3AO1A 4F8RA 3AVKA 1VAZA 2E6LA 1J5EK 1EXQA 1KSPA 2J4RA 3IKMA 1XC9A 5H1SQ 1VQON 2P9PB 3ASMA 2E1YA 2RHKA 3MEEA 3NBPA 1ESVA 3U9ZA 4I2QA 3VF2A 4NLCA 3K57A 2F8SA 2V51B 2O8CB 3WQUA 3SUOA 3MEDA 4CEQA 2HVHA 3WT0A 5KRTA 5HRRA 3UKUA 3K58A 2JLEA 4KPYA 4HUGA 4DR1K 3SUNA 3UKUB 1QHTA 3RRGA 2HHTA 3G6EN 1X9WA 4CEBA 3CFPA 5AQFA 3LDOA 3F5TA 4DLGA 4BY9C 3KHYA 4RW4A 4ISFA 2E20A 3JYTA 4DTJA 1VSEA 4WYBA 3PX0A 4BRNA 4DSJA 3R1XA 4E7LA 1VSJA 4IO8A 1FW6A 4J8FA 1NK5A 4RTFD 3MN5A 4JI0K 2OANA 3CCUN 3LZJA 4B9QA 1Q9YA 2HVIA 3FZMA 1YF5L 3HM8A 4MQ3A 4LFAK 4AHRA 5DK5A 4EZ9A 3VEVA 4IFYA 4F2RA 4BRCA 4DSKA 2HB5A 3C6AA 4JEPA 3SQ0A 4KHQA 1QQMA 2FF6A 3KK2A 3U3YA 3NGYA 2DTUA 4CF8A 1KVCA 4TSXA 3O3FA 4KBOA 3SMSA 4DS5A 2WUSA 3AARA 3ID8A 4N41A 1NK6A 3OYAA 4JI5K 4BG8A 4PY5A 2W6LA 3EL2A 4KHNA 1RT4A 3LDSA 1EWQA 3VQEA 5ELZA 4B9NA 3OVNA 1TKDA 1IH7A 3I55N 1N34K 1BUPA 4CJVA 4I6MB 3E9PA 4IOCL 4M63C 1NGCA 1HLUA 4CJFA 3CC2N 4HVJA 4JV5K 3CC4N 3CPEA 3HZ6A 3E1YA 2HMPA 4KKOA 1WSEA 4FJJA 1JLAA 3WEEA 4DF4A 5C10A 1EETA 3MCAB 2P1JA 3OYKA 3P5JA 3G0ZA 1BCMA 4Z4CA 4CFBA 3WUHA 3CJAA 2F7TA 1HNIA 1TYQA 3CJCA 3HP9A 2XO7A 1TYQB 4DQRA 4KAZA 4DTUA 1UAXA 3AO4A 2O4GA 2P9LB 3WNEA 1V4TA 1YJWN 1C0MA 1L3SA 3SV3A 2NZTA 1JL1A 4CD3A 3MCPA 4PKIA 4BRAA 4JKAA 3SCXA 1W7AA 1NGAA 3IG1A 4A2AA 4WCEL 1G99A 4XIUA 3DLRA 4OPAA 1ILYA 4OGEA 4BRHA 2FXUA 4H0OA 1OVQA 4BGBA 3KKSA 4CF1A 1EKEA 1UA1A 4CEFA 2HBLA 2YNIA 4KV8A 2O8FA 5EOYA 1KAZA 2FLOA 1ZC6A 2E2NA 1S6PA 1GLJO 2D0OA 4K42A 4WFAL 2XHBA 1KCFA 3O6WA 2WOMA 2W42A 3K9JA 3PSFA 1WUAA 3JAMO 1RBUA 1RT6A 4NO7A 4FL9A 4DTSA 1RDCA 3OYFA 2HHWA 1B92A 2KTQA 4CFAA 3EN9A 1SAZA 1HKCA 2G8FA 1B9DA 2HBKA 3QEVA 5LY3A 1B9FA 1CZ9A 4RW9A 4DR4K 1QTMA 2XY6A 3SAFA 4FOIA 2GV9A 2ITMA 1LV5A 1SQKA 5AZIA 3AY9A 4DTOA 3ZT0A 1C0GA 1R59O 2OCEA 3WNFA 2RN2A 4CF2A 5I9EB 4IFEA 3H46O 1W0HA 1VQ6N 2UXBK 1XHXA 2KQ2A 4H4MA 1D4XA 1IO2A 4L3QA 2IIRA 4BACA 1J5OA 2KZZA 4DSIA 4E1JA 1SL1A 2HOEA 1NMNA 3KTQA 3I8DA 2XY5A 2AJQA 3AVGA 1YI2N 3BUZB 1JCGA 2G8WA 4M3UA 1N36K 4KTQA 4U7BA 3NH0A 2O8DA 3QB0A 1RT7A 2I7PA 4A5BA 5M1KA 4B08A 3H45C 4Z4HA 1T05A 1IKVA 4BREA 3K5LA 3WXLA 1RTDA 1DLOA 4B1WB 1NMDA 2HHXA 2XY8A 1HPMA 4E3SA 2F96A 3CHWA 2NRXA 4ELVA 5C25A 4JHDA 3QNOA 2E8AA 2QI2A 4JHDB 2YCHA 4IKFA 4EZ6A 2A6AA 5CHIA 1DT9A 1TAQA 4JI1K 3KWIA 3HVTA 3OYJA 3BEXA 3F2KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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