3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
3EKSA 4JHDA 1ZBSA 1BO5O 4H0YB 4JNEA 3FZKA 4BRNA 5AQFA 5AZIB 3MMVA 4I6MA 3OHRA 1S22A 1G99A 4H0XB 2CGKA 1V4SA 3AARA 3ULEB 3A8YA 1TYQB 4MLEA 2ZF5O 4H5TA 1WUAA 1X3MA 3AAPA 3VETA 3WXIA 5AQWA 4WQ4C 5LJWA 3EZWA 3WXKA 5BR9A 3D7EO 1X9JA 4BGBA 4FWMA 1BDGA 3QMLA 2QXLA 4JN4A 4FWKA 4ISFA 5TKYA 1DGKN 3F9MA 1E4GT 4IWVA 4B1UB 3ZETA 1KXPA 2Q2RA 2QWRA 1H1VA 1ATRA 4H0VB 3ZX3A 3FR0A 3O8MA 5KPRA 4CZEA 2BUPA 4CZGA 2CGJA 1J6ZA 4BC4A 3O4WA 2NLXA 3CI5A 5F1XA 4BRMA 2E2QA 1MWKA 4DQ8A 3ATVA 1GLLO 1HKBA 3SMSA 2P9UA 1KAYA 4FWOA 3L0QA 3UKRB 5EXWA 3VF2A 1Z05A 3LL3A 3QFUA 1ESVA 4JAXA 2E1ZA 5E26A 4AM7A 3FZHA 4MO5A 4BC3A 4H5NA 2A6AA 3WQUA 2E8AA 2P9NB 2VYPA 5AQKA 5AQVA 3S41A 3AAQA 1K8KA 3UKUB 4B1YB 4EHTA 1EQYA 2CH6A 2P9IA 4PL8A 3LDLA 2CGLA 4FPAA 4A62A 4WQ5C 5AQMA 2ZGYA 3ZX2A 2E2PA 5AQTA 5LY3A 3ID8A 1GLEG 3L4IA 3C7NB 1BWFO 2E2NA 2AA4A 2GEMA 4BROA 5JLFA 4BG8A 5AZJB 1YAGA 4PKIA 3U8XA 4FWQA 3SMPA 2E1YA 2DPNA 5BRFA 3TPQA 3VGMA 5AQXA 3KHYA 1XQSC 5AQNA 2FF3B 4Z94A 2V7ZA 5ADXH 1NGGA 4FWLA 4XH1A 2VCPA 1HKGA 3EO3A 3FZLA 1C0GA 4XEIA 4BQLA 1MA9B 3U4LA 4KBOA 4LC9B 2A5XA 3VEOA 4GY2B 4MLHA 3VEWA 4RCHA 1U2VA 1E4FT 3O80A 3IDHA 5EY4A 1GLBG 4CZHA 2I7PA 4YDUA 1HLUA 4EIAA 2P9PA 3WEEA 3LDNA 3O1BA 2FSKA 1GLAG 3VF6A 3MN6A 4PKHA 4CBWA 5AQIA 2VWBA 2YJFA 1ATSA 2WUSA 4O8KA 1XC3A 1Q18A 3TU5A 2W40A 5BRHA 2E88A 1YXQA 4EHUA 2GELA 2P9SA 2IVOA 3DXMA 3WQTA 1KAZA 3RSEB 3CJ7A 1P8ZA 3CHWA 4HWIA 5AQHA 5AQYA 4H5RA 4RTFD 4BRHA 4DHYA 3ENHA 3QBXA 3HTVA 4BRIA 2D1KA 4A61A 1QHAA 1DKGD 2P9LA 5BRDA 4RWTA 3D2FA 1JCFA 2YI1A 3KVGA 2QWMA 3VEVA 4BR7A 1HJOA 3MK6A 2P9UB 2P9KA 4DCHA 5AQPA 3SJHA 3GG4A 4XH5A 4BRKA 3LDOA 5AFUH 3O08A 1HX1A 3R9PA 1RDWX 4BVPA 3AY9A 4EAHD 3ATUA 2I7NA 4BR5A 3HSCA 1WOQA 3O5BA 4CBXA 1NGIA 3J8AA 3ENOA 4JD2B 1C0FA 2V52B 3H46O 3SK3A 1T6CA 4M7XA 2IVPA 3GDQA 4BQZA 2V7YA 4NB4A 4B1ZA 3D2EB 1K8KB 4H5WA 2GTDA 4CZFA 3LDQA 4CZMA 4FWRA 5AQJA 2FXUA 1NGEA 5AQRA 2F9WA 4BR4A 2QWPA 3R6MA 1QQOA 4M7YA 3U9DA 3LDPA 2V51B 3C0BA 3CJBA 2HOEA 3VGKA 5EVZA 3ULEA 2IVNA 4M63C 4CZLA 3M3ZA 1TYQA 3ZEUA 3A0IX 1HUXA 1LCUA 1QQMA 1BA1A 4A2BA 5BN8A 1GLCG 5I9EB 2ITMA 3WXJA 1CZAN 3BEXA 1R59O 5KPTA 1TUYA 5AQGA 4BRFA 5BN9A 1D4XA 3VEYA 4B1VA 1OKJA 3HI0A 3L6QA 2D0OA 4PL7A 3B8AX 4CZKA 4FWPA 4C23A 4FSVA 3A5OC 5KQ8A 4CI6A 4BRLA 1U2VB 5AQQA 2CH5A 2YHYA 1S3XA 3DAWA 4O5FA 3H3NO 5AQZA 3U9ZA 3FGUA 2Q31A 3HBTA 3A5LC 3SLCA 4BR2A 3EN9A 4IO8A 1IJJA 3G25A 3WEEB 1NGJA 2A40A 4H0PA 5BPNA 2A41A 2IIRA 4CJ7A 1XUPO 1QQNA 3VENA 5F2RA 1TUUA 4BRQA 5BREA 4YDUC 1BOTO 3DXKB 2YHWA 5LJVA 4IJNA 2W41A 4JHDB 4WYBA 1QZ5A 3IMXA 3MN7A 5JICA 1NGFA 2P9SB 3CJCA 3DXMB 3GL1A 2HF3A 4I6MB 4FPBA 2E20A 5CE3A 1YVNA 4BG9A 3MN5A 3W0LA 4WQ5A 1Z6RA 4CD1A 2PBDA 3O1WA 4BRCA 3CERA 2E2OA 3H45C 2QM1A 3UKUA 4Y0WA 3CJAA 1T44A 5FPDA 1JCGA 4BGAA 5FPEA 5JMVA 4NO7A 2A3ZA 3VPZA 4H03B 2ASPA 4A2AA 4B1XB 3UB5A 1BA0A 3LM9A 5FPNA 4BC5A 4CD3A 2P9KB 3JXUA 3CETA 3C7NA 3MCPA 3ZETB 1V4TA 5AZJA 2FSNA 1ZC6A 4FOEA 4MO4A 3W3DA 3CQYA 2GUPA 4BREA 2ASMA 2NZTA 4FO0A 4BRDA 1Y64A 5AQUA 3A5MC 2D4WA 3GBTA 2AP1A 4K42A 1QZ6A 3VF4A 3QBWA 3BUZB 3HZ6A 4ISEA 3FFKB 4FL9A 2ZGZA 3VGLA 3VEXA 2D0PA 4IZ9A 2QWOA 3LM2A 5EX5A 3CIPA 1NGDA 4ISGA 5BPMA 3BP8A 5JLHA 3A5NC 2QWQA 2GWKA 3ZEUB 1DEJA 2YCHA 4BRPA 2ZWHA 5ADXA 4BR0A 4QS8A 3H1VX 3I8BA 1KAXA 1YUWA 2PAVA 5F0XA 4BRGA 4EFHA 2A42A 3FLCO 4BVOA 5AQLA 3ZX0A 3WUHA 2KHOA 4H5VA 3UE5A 1LOTB 4K25A 2P9IB 1IG8A 2H3GX 3CJ1A 3IUCA 2Q1NA 1MDUB 4K41A 2ASOA 1ZXOA 2EWSA 5AZIA 2Q36A 4CZJA 1RFQA 3I33A 1MWMA 3RSEA 4WQ4A 3H6EA 1NGCA 3IFRA 2QW9A 3FZFA 4BRAA 5AR0A 5B8HA 5KQDA 2UYTA 4QS7A 4K43A 1ATNA 3M6GA 5FPMA 5KPZA 3CJ9A 1BUPA 1NBWA 1NGAA 4GNIA 4H0TB 4H0OA 4XH4A 1SZ2A 3VEZA 1GLFO 3VERA 1HKCA 4FWSA 4E1JA 3KZBA 3QFPA 4IJAA 3BF3A 1SAZA 3P4IA 3R8EA 3MN9A 4CBUA 4FWNA 4CZIA 3VESA 4JD2A 1JCEA 2GWJA 4B1WB 2P9PB 3D2EA 3H3OB 2Q97A 2FF6A 1RGIA 3FZMA 1NGHA 3DJCA 2NRHA 4BR9A 5AFUA 1SQKA 3O6WA 3EKUA 1NWKA 3UKRA 2QWNA 1BG3A 3HM8A 1T6DA 4DB3A 4QS9A 2HF4A 2P9NA 4L3QA 3WXLA 2OANA 4B9QA 3EL2A 1HPMA 4HTLA 5AQOA 5BPLA 4FOIA 3QICA 2P9LB 1U6ZA 2YHXA 3D2FB 4PKGA 3QB0A 2J4RA 1NLVA 5ELZA 5EOYA 4IXCA 2F9TA 2HMPA 1GLDG 1NM1A 3CQXA 3M1FA 3GOIA 1BU6O 1X3NA 4AM6A 4BC2A 4F9OA 2BTFA 1NGBA 2FSJA 3VOVA 1GLJO 3GE1A 4J8FA 1NMDA 2Q0UA 3WT0A 2Q0RA 2QWLA 3BF1A 2YJEA 3QDKA 5E84A 3DXKA 5AQSA 3JS6A 2FLOA 3FE1A 3MDQA 3DWLA 3H1QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBYA 3AVCA 4NXMK 5T7BA 1W97L 3I55N 3VQ9A 1RT5A 3OHRA 3LWLA 3A8YA 4CF8A 2HVHA 2WBNA 4BWMA 3I8DA 4FLYA 1WUAA 3EZWA 3T19A 4HUGA 3D7EO 1HNZK 2QXLA 1C1CA 1NK8A 1QS4A 4KTQA 3BZCA 5J2QA 2X74A 3ZETA 2Q2RA 4HHTA 4B3SK 1FXXA 4H0VB 3ZX3A 1WB9A 1Q86O 3FR0A 3LP2A 4IG0A 4GVEA 4DV4K 4N76A 4JK9A 4CZGA 4AHVA 1J6ZA 5CY4A 3CI5A 3OS2A 4OO1J 4X64K 1LV5A 3ATVA 2YNFA 3DRPA 1HKBA 4E7KA 1J9AA 1RT7A 5TKWA 1EP4A 3K5MA 5GAHP 1KAYA 2Z1HA 4AH9A 3NCIA 4CJLA 1Z05A 3J81O 1UOCA 4LF7K 5GAEP 1ESVA 4AM7A 2X6NA 1QQCA 2KW4A 4W5QA 4BC3A 1L5UA 3AVJA 1WBDA 4C8LA 4HVJA 4TSXA 1C0TA 1RBUA 2KFZA 3S41A 1VSEA 1BQMA 4Z4EA 1S6QA 4DV2K 4FPAA 5AQMA 3ZCMA 3V1OA 1NK5A 3SBGA 1BWFO 3S3MA 2GEMA 2AA4A 3TTDA 4BROA 5AZJB 3KD5E 3U8XA 4FWQA 4W5TA 3SMPA 4IO9L 5BRFA 1RBVA 1ITGA 2OPQA 4JI5K 3NDKA 4DQSA 3TWHA 1B9FA 5ADXH 5DM6L 3TABA 1N33K 1HKGA 4LD0A 3ULDA 1C0GA 1XMOK 4FJJA 1YITN 3U4LA 4F4KA 3AO3A 3CM5A 4GY2B 3VEOA 1HQEA 1VQLN 4I2PA 3SYZA 4IFYA 2FBVA 4DU4A 3V9XA 3O80A 3SPYA 3ISNC 3T1HK 4CZHA 2I7PA 4YDUA 4FVMA 2YNGA 3MN6A 3WNHA 4YOXA 4CVNE 1WSGA 2WUSA 1XC3A 1Q18A 3CCJN 2W40A 2XY8A 3EY1A 5BRHA 3ZSWA 4CHQA 4OX9K 1RDAA 4JEPA 4EHUA 3SQ0A 4LFAK 5SWMA 1YF5L 2QK9A 1NG9A 4KTWA 3RMAA 2OPSA 3K0SA 3E1YA 1VSMA 3QBXA 4BRIA 4B9VA 4ID1A 1IKXA 1DKGD 3D0PA 2P9LA 3D2FA 5HRSA 3VEVA 4O0JA 4BR7A 1IBKK 4E7HA 2UUAK 4PQUA 4CJFA 4X62K 3LP3A 4Z4GA 3SJHA 4BRKA 4FZXC 3O08A 2ZD1A 3R9PA 3KK7A 3AY9A 4EAHD 3CMEN 2I7NA 3SQ2A 1KVBA 1JXEA 3PSIA 1WOQA 3O5BA 1VK0A 4O55A 4Q5VA 3H46O 1RBSA 3SK3A 1C0MA 2BE2A 2IVPA 3JYTA 4B9MA 2V7YA 4B1ZA 2F4VK 3RRHA 3SCXA 5CR4A 1JLQA 4AF1A 1QVGM 5AQRA 2F9WA 4M7YA 3R6MA 1QQOA 3U9DA 2V51B 1WN7A 2OA8A 4KHQA 4DLGA 1JLCA 3ULEA 4CZLA 3HVRA 4B9NA 3PO5A 1QQMA 4AHSA 2VWJA 2ITMA 2WFBA 3BEXA 4DQQA 1BCOA 2YNHA 1R59O 3SUNA 1GOCA 3K2PA 1TUYA 1NJXA 4FK2A 1ZBIA 1EWRA 3SNNA 3LZIA 1D4XA 2KLAA 4FJXA 1OKJA 2E6LA 2XHBA 3ZSVA 3QIPA 3SZ2A 1JLGA 3HYFA 5CZ2A 3B8AX 4PL7A 1D8YA 4YOTA 4CZKA 1Y97A 2WONA 1T3VA 3L3UA 4DQPA 1N32K 2CH5A 2YHYA 3U9ZA 4O5FA 3HBTA 1RDCA 4KKOA 4IO8A 1TL3A 3E9PA 3L2QA 3VQEA 3CCRN 1QQNA 3CCEN 3VENA 2HB5A 4O0IA 4O4GA 3SUPA 1YJWN 4B3OA 5JICA 1NK9A 5DK5A 3ZSRA 2RPIA 3CJCA 3GL1A 4FJIA 4FPBA 1D9DA 1A5WA 1L3UA 1YVNA 3W0LA 4WQ5A 4CJUA 3O1WA 1RT4A 1LWCA 2Y1JA 3H45C 2QM1A 4PUOA 3UKUA 3C6TA 3CJAA 3EE8A 5FPDA 4NO7A 3VPZA 2AJQA 3UB5A 3OYJA 1BA0A 5JVHL 3MX2A 4FM2A 2O8FA 3CETA 3MCPA 3ZETB 3O9TA 4F3OA 3CCSN 1IKWA 1SS6A 2ITGA 2NZTA 1HPZA 1NKCA 3THVA 1QZ6A 3VF4A 1SL2A 3LPTA 3HZ6A 4F3TA 5HRRA 4LH5A 3T1AA 3D45A 2D0PA 3VA3A 3KIOA 5M1NA 1XHXA 5EX5A 3HT3A 1VQ6N 4CHOA 4ISGA 4CJ4A 3K9JA 5D3GA 2RHKA 3UIQA 1KC8O 4CIFA 3T1YK 4BR0A 4AHUA 5J2MA 5AQLA 3UE5A 1LOTB 4JI2K 1KLNA 3ZSYA 1IG8A 1Q82O 2H3GX 1J54A 4IDKA 2Q1NA 1I39A 1ZXOA 3ZLJA 3NE6A 4OPAA 1MWMA 4FJHA 3H6EA 3CC2N 3CCMN 5C2FA 3IFRA 3FZFA 4ID5A 1VSHA 4BRAA 2VG6A 4LF6K 1Q9XA 1ATNA 5KPZA 4DFMA 5KGXA 3J80O 5JS1A 3QEXA 4DSJA 2DFFA 3OW2M 4NCGA 1CLQA 3O9RA 3VEZA 1GLFO 1HKCA 2EHGA 1FJGK 3P4IA 2O8CA 3VESA 1RCHA 4UQGA 3AO5A 1Q8IA 4KI6A 3ENBA 4N47A 1X1PA 3QINA 5KI6A 4B9UA 4CGDA 4BR9A 5AFUA 1JLBA 3IRXA 3K57A 3OYMA 1WSIA 4GW6A 4LY7A 4ELUA 1ASUA 2QWNA 1S1TA 3VN5A 3OYEA 4DB3A 3HPOA 4M3WA 4QS9A 1VQNN 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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