4B1XB

Structure of the phactr1 rpel-2 bound to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
357
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 123
structure length 357
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1xB03
4CD3A 4BGBA 3LL3A 2ASOA 1NLVA 5EOYA 3QBXA 5AQXA 4EIAA 3D2FA 1BOTO 3LM2A 1NGBA 3VETA 3VEZA 3CERA 3CJAA 3UKRB 3M1FA 5JLFA 4MLHA 2YJEA 4FWNA 3AY9A 3UKRA 2A42A 4BQZA 3H1QA 4B1VA 4WQ4A 3CJ9A 1T44A 4BQLA 5AQWA 1MWKA 4CZJA 2A41A 4IXCA 3MN6A 4ISGA 3ID8A 3J8AA 4HWIA 5AQTA 5EVZA 4CJ7A 2GUPA 3QBWA 3R6MA 3O1WA 4BROA 4O8KA 3DJCA 5BRHA 1YAGA 2ASPA 4XEIA 4BC5A 1QZ5A 3ZX2A 2IVNA 3H46O 2F9TA 3CJBA 1BWFO 3JS6A 1KXPA 3TPQA 1LOTB 3LDQA 1KAYA 1Y64A 4H0OA 3P4IA 1R59O 3R9PA 3BF3A 1GLBG 5AQGA 3M6GA 3QFUA 4H0VB 4ISEA 4PKIA 2E88A 2QW9A 2Q0UA 4H0TB 3UKUB 4CZIA 3BF1A 1J6ZA 4H0PA 1XQSC 3VEYA 4NB4A 3UKUA 5BN9A 5BRDA 3UE5A 4AM7A 4IJNA 3FZMA 1IG8A 4BVOA 5AQFA 2P9KA 2A6AA 1QZ6A 1HJOA 5EX5A 3MMVA 4DCHA 5JMVA 3QDKA 3FE1A 5E84A 4BVPA 1DEJA 3W3DA 1HKCA 1HKGA 1ZBSA 5AQKA 5LY3A 5AQOA 4BG8A 4CD1A 4FOEA 1ATSA 2I7NA 3O6WA 4CBUA 3O1BA 3CJ7A 4JN4A 4B1WB 3GOIA 3ULEB 1NGEA 4AM6A 3U9DA 2YI1A 4O5FA 3VF2A 5TKYA 3SK3A 4FWRA 3ULEA 3LDOA 4Z94A 2AA4A 2HF4A 3MN9A 3O4WA 4BRPA 5KPTA 4FSVA 4H0YB 3KZBA 1BDGA 3FFKB 2QWPA 4HTLA 2I7PA 4XH4A 3U8XA 2ZGZA 4YDUA 1U2VB 4BRIA 4CZFA 5BPMA 2ASMA 2HOEA 5FPDA 3A5LC 1U2VA 2P9SB 2P9IB 1QQOA 2QXLA 2P9SA 4EHUA 1BUPA 1IJJA 1ZXOA 2P9IA 5AQSA 4BRQA 1C0GA 2H3GX 4BREA 3WEEB 4LC9B 1GLJO 3KVGA 4JD2B 5AQLA 4XH5A 3EKUA 4B1ZA 4FWKA 4NO7A 1NGGA 4J8FA 3WEEA 3VPZA 1GLCG 1KAXA 3C7NB 3O08A 3H6EA 3IDHA 4JD2A 1S3XA 1K8KB 1X3MA 3C7NA 3H1VX 3JXUA 3WQTA 4BR5A 5CE3A 1K8KA 3MN5A 4BRGA 3LDNA 1WUAA 2CGKA 2QWLA 1MDUB 4Y0WA 4BRAA 3FLCO 3HM8A 1YUWA 2A5XA 1YVNA 3B8AX 3CETA 3HI0A 1DKGD 4WQ5A 4BRMA 3IUCA 2VCPA 4L3QA 4BR2A 4B1UB 1E4FT 5FPNA 3SLCA 2GELA 3A5MC 2V7ZA 5AZIB 3VEVA 3HBTA 4DQ8A 4FWLA 3CI5A 3LM9A 3VEXA 3WXLA 4K43A 2FLOA 5AZIA 2PBDA 3W0LA 2HMPA 4BC3A 5FPEA 3FZHA 1RDWX 1P8ZA 5KQ8A 4CI6A 3MDQA 2V52B 1CZAN 5KPRA 4BRDA 3QFPA 1NWKA 2YCHA 1BG3A 1HUXA 1XUPO 2IVOA 2Q0RA 1LCUA 1ATRA 1V4TA 3A5OC 1C0FA 3FR0A 1Z05A 1Q18A 1BO5O 3GE1A 1SZ2A 1HLUA 4RCHA 3AAPA 4BG9A 1KAZA 3HSCA 3BUZB 5AZJB 1MWMA 3VGKA 3WXKA 4QS8A 5AZJA 1GLEG 3WXIA 2GWJA 2FF6A 1BA0A 4K41A 3ZEUB 2QWOA 3FZLA 4BRKA 4B1XB 1YXQA 5F2RA 4PL8A 4A2BA 4A2AA 5E26A 4FO0A 3ZEUA 4CZEA 3VERA 4JHDB 3ZX3A 3UB5A 1T6DA 2E20A 2FSNA 4IZ9A 4ISFA 2FXUA 2P9NB 3DXMB 4JAXA 3ZETB 4JHDA 1NGFA 3WUHA 3RSEB 4M7YA 2P9KB 3ZETA 2E2QA 5EXWA 1NGJA 2P9NA 3DXMA 3CQXA 4FOIA 2D1KA 3RSEA 3EL2A 2IVPA 2V51B 3CJCA 3MK6A 3S41A 3SJHA 5AQYA 2E2PA 4H5NA 1Z6RA 3LDLA 3ENOA 4WQ4C 3TU5A 5KQDA 1D4XA 3G25A 2NZTA 3QB0A 4RTFD 4GY2B 4BRNA 4CZKA 4BC4A 4CBXA 4FWPA 2D4WA 5AQJA 5AQMA 3VF6A 2GTDA 4RWTA 4CZLA 3BEXA 3L4IA 2ZWHA 3ATVA 3C0BA 4C23A 2P9UB 2QWNA 2CGLA 4FPAA 1NGIA 4K25A 3U4LA 4GNIA 4MO5A 2Q1NA 2P9UA 5BPLA 2QM1A 1MA9B 1HPMA 2AP1A 1T6CA 2YHWA 4KBOA 3R8EA 5ADXH 2FSKA 5JICA 3IFRA 2D0OA 2BTFA 5KPZA 4XH1A 1XC3A 1X3NA 2E1ZA 1JCFA 5F1XA 2Q97A 3GG4A 3F9MA 1BA1A 1JCGA 1TUYA 3ENHA 2A3ZA 2DPNA 2D0PA 3A5NC 4IWVA 4WYBA 1GLDG 1S22A 1QHAA 3CIPA 4BRCA 3VF4A 3DAWA 3VENA 1NM1A 2Q2RA 1GLFO 1RGIA 2CH5A 3H3NO 4FPBA 3CJ1A 4F9OA 2CGJA 5FPMA 4H03B 3QICA 1G99A 5I9EB 4I6MB 3VGMA 2WUSA 3DXKB 3BP8A 5AFUH 2PAVA 3L0QA 4H5TA 2BUPA 4EFHA 5AQUA 4I6MA 4CZHA 3DXKA 5AQZA 1U6ZA 4BR4A 5LJWA 3KHYA 2ITMA 2OANA 2HF3A 1H1VA 3H3OB 1JCEA 1BU6O 4BC2A 3CHWA 2ZF5O 1QQMA 4YDUC 2QWQA 3O8MA 2CH6A 3A8YA 3LDPA 3ATUA 3I33A 5BREA 2UYTA 5EY4A 3VEWA 1NGDA 4PKGA 2W41A 4BRFA 2GEMA 3L6QA 2V7YA 5BN8A 5F0XA 5ELZA 5AQQA 1ESVA 3WXJA 4IJAA 3FGUA 3IMXA 3VGLA 4B1YB 5AR0A 5JLHA 4FWMA 3HZ6A 2QWMA 3O5BA 2NLXA 2W40A 3WT0A 5ADXA 5BRFA 4BR9A 5B8HA 2YHYA 2E8AA 4WQ5C 3D2EB 3GL1A 4EAHD 5AQIA 4CBWA 2IIRA 2KHOA 3A0IX 4FWSA 3ZX0A 3HTVA 1ATNA 2NRHA 3D2EA 4BR7A 4QS9A 3I8BA 2E1YA 1E4GT 1GLAG 2A40A 1TUUA 3CQYA 3SMSA 1NGCA 4M63C 5AQNA 5LJVA 1HKBA 2P9PB 4IO8A 3EZWA 4DB3A 2YHXA 1QQNA 2P9PA 3OHRA 5AQPA 3EO3A 4DHYA 2Q36A 4FWOA 5AQRA 1SQKA 2F9WA 4JNEA 3DWLA 4BGAA 3EKSA 2Q31A 4PL7A 1SAZA 1ZC6A 4A62A 4BRLA 1EQYA 2FF3B 2J4RA 4MO4A 3U9ZA 1NGHA 5AFUA 3QMLA 1OKJA 1RFQA 3MCPA 3GBTA 4A61A 1WOQA 5AQVA 5BPNA 4EHTA 1GLLO 3AARA 4H0XB 4H5RA 1X9JA 2FSJA 4M7XA 4FL9A 4B9QA 5AQHA 2EWSA 1TYQB 4BR0A 5BR9A 1NMDA 1DGKN 2E2OA 4MLEA 2GWKA 4QS7A 1TYQA 1NGAA 3VOVA 2VWBA 3AAQA 2YJFA 4E1JA 3MN7A 2P9LB 3M3ZA 3SMPA 2E2NA 1HX1A 3FZFA 2P9LA 3EN9A 3O80A 3VEOA 4H5WA 1V4SA 4H5VA 3FZKA 2QWRA 2VYPA 3VESA 4BRHA 4PKHA 2ZGYA 3GDQA 4CZMA 3D7EO 1NBWA 4K42A 3WQUA 4CZGA 4FWQA 3D2FB 3H45C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV6K 2B5JA 3LL3A 4FZYA 1YT3A 1WSHA 2ASOA 5AQXA 3NF6A 3HL8A 3ID6A 2OYQA 4KV8A 3K58A 4NCGA 1J5EK 2IAJA 4DR7K 1VSMA 1S72N 3VETA 1KD1O 3VEZA 5JLFA 3CM6A 4DTPA 3E01A 2HNDA 2HNZA 3AY9A 2EHGA 5LL6Z 2F4VK 4DV1K 3B6OA 2A42A 4JI2K 3P1GA 3ZSVA 4FLXA 1EO1A 1W0HA 1ZBHA 4CJVA 5M1OA 1MWKA 5FDLA 5CYMA 4BE2A 4B9TA 2X74A 4CZJA 4IXCA 1KC8O 4QCLA 4CJ7A 2OPRA 4CEFA 3R6MA 4CEZA 4AHCA 1CZBA 1YAGA 1TGOA 1WNSA 4KHPK 2IVNA 5JVHL 1IKXA 3H46O 3HK2A 3U6FA 4FW2A 1LOTB 4KHWA 2D0CA 1D9FA 2RE2A 3LDQA 4DSFA 3R9PA 4E1NA 3OYLA 4JI5K 1TK5A 4DTJA 5GAGP 4OPAA 1XQSC 1OH8A 1RT3A 1IG8A 3AVBA 2QA4N 2VG5A 5AQFA 2A6AA 5JMVA 4W5OA 1VSLA 3NDKA 2ZD1A 4HUFA 2F7TA 5AQKA 5LY3A 3J81O 1VQ9N 3P5JA 4FOEA 1ATSA 3QETA 1HYSA 3O1BA 5C2FA 4JN4A 2HW3A 4B1WB 3TAPA 2HBJA 4B8CA 4IOAL 3PX6A 3LDOA 4BRPA 3MN9A 4KHUA 3KZBA 5DMRA 3KKSA 2HHSA 3RVCA 4HTLA 3U8XA 3KD1E 5M1FA 4BRIA 5BPMA 1KFDA 1RT1A 2Z1HA 3CCRN 2E5LK 5FPDA 1U2VA 2P9SB 3E9PA 1QQOA 2QXLA 4DR3K 3LPTA 5HRNA 1BUPA 1IJJA 1ZXOA 2H3GX 4BREA 1VQNN 1GLJO 3KVGA 1QS4A 3K2PA 4JD2B 1T05A 1KLNA 4FWKA 2Z1IA 1NGGA 3OYEA 3VPZA 3AV9A 4M3RA 4BY9C 1K8KB 3C7NA 4GV6A 3MN5A 3LDNA 1WUAA 3KK7A 4O0JA 2CGKA 2XY6A 3TSPA 1L3UA 2QWLA 1MDUB 1B92A 3HM8A 3V9SA 4KRFA 1YUWA 3CETA 1BCMA 3LWLA 4FYDA 2VCPA 2FBVA 4B1UB 1E4FT 3D45A 5AZIB 2V7ZA 2UU9K 4C8KA 4CHZA 5DM7L 4FWLA 3WNEA 4BWJA 4K43A 1SL0A 4DTUA 2NRTA 3K9JA 3LZIA 5JVGL 1NOZA 1SKWA 1HRHA 2PYJA 3AA5X 4BRDA 1NWKA 1BG3A 2IVOA 2Q0RA 1LCUA 3VQEA 3ZT4A 1IBKK 1NK7A 3MXMA 4CEAA 4N76A 4LF4K 4RW4A 3FFIA 3AVNA 4RCHA 3KLGA 1FW6A 4CK3A 4M3WA 4OX9K 3HSCA 3BUZB 5I42A 4BECA 3CFRA 4QS8A 3TTCA 4W5NA 3CFOA 1NKCA 2DTUA 4K41A 1SUQA 3ZEUB 4AHRA 4BRKA 1YXQA 4IFVA 4CJTA 4A2AA 3QLHA 4FO0A 4CFBA 3ZX3A 3PIPL 1T6DA 2FSNA 4IZ9A 5A2QO 1C1CA 4JHDA 1NGFA 3RSEB 3ZSZA 3DOKA 3RMDA 4FOIA 2D1KA 2YNFA 5HLFA 1WSIA 3HVTA 1BGXT 1FK9A 4CJKA 1L3SA 1YJWN 3S41A 1A5XA 4B8AB 3LAKA 4H5NA 4JK9A 3LDLA 4WQ4C 4JKDA 1D4XA 3SV3A 3VQ8A 4B3TK 2ATQA 4CCHA 3SQ1A 2OZMA 5DK5A 4CBXA 1KRPA 3VQAA 3SQ0A 2GTDA 1TKXA 4CEOA 2ZWHA 1VQMN 3C0BA 4N41A 3G4SN 4FPAA 3DM2A 1KVAA 4CJEA 2HBKA 3RMBA 1RTHA 2OPPA 4JEPA 1L3VA 1LAVA 2O8BA 1T3VA 1T6CA 1TK8A 2ZJQL 3VQ4A 3KTQA 2D0OA 2BTFA 3PUFA 1UAXA 4XH1A 3NF8A 3M5RA 3QO9A 5CHIA 2VG6A 1BIUA 3RMAA 3UIQA 3NFAA 4B9MA 3KWIA 3O9UA 3Q7BA 3T1YK 2D0PA 1TAUA 3HXMA 1RTIA 1VSFA 1GLDG 4QAGA 3CIPA 3TR8A 3AO4A 5SWMA 2O4GA 4CK2A 1HNZK 4HCBA 1EP4A 3CPEA 3H3NO 4B3OA 4YOXA 3O3HA 4CJPA 3S3NA 2CGJA 5HBMA 3QESA 2KFZA 1G99A 4I6MB 4OLBA 3VGMA 2WUSA 3BP8A 3SCXA 1K9MO 5AQUA 2QEXN 4CZHA 1HNIA 3DXKA 2OANA 3V1RA 1S1TA 4BC2A 1VSHA 1WSFA 2BANA 2KTQA 4ELTA 3ZSWA 1IBMK 1NGDA 3IG1A 3DLGA 5K14A 4PKGA 4BRFA 4KH5A 3K59A 2RKIA 1QE1A 5KGWA 3SV4A 2W6KA 4K8XA 1UA0A 5F0XA 2G8KA 4F4KA 1WSJA 3VA0A 3FGUA 4O5BA 1YI2N 2GBZA 2O8DA 4CHNA 4E1MA 3O5BA 5GIPA 4IG3A 2W40A 5BRFA 4C1NI 3C94A 4WQ5C 2E8AA 4FJ9A 4CBWA 2F96A 2IIRA 2KHOA 4E19A 4CESA 3SMSA 2WTUA 1TUUA 4JKEA 2X78A 3B6PA 3J80O 3EE9A 4FK4A 4DQPA 4CGFA 4DB3A 1BQMA 2P9PA 5AQPA 4DHYA 3DRRA 4FWOA 1SQKA 4JNEA 3DWLA 3SUNA 3ISNC 2VGNA 3A2FA 3CC7N 5SZTA 4C8LA 1VQKN 3HRGA 4N47A 2O8EA 3CFPA 3MCPA 4A61A 4R79A 1CZ9A 2JWLA 4EHTA 1GLLO 4GV3A 4JYAK 4H0XB 3ZCMA 5HRPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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