4B1XB

Structure of the phactr1 rpel-2 bound to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
357
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 123
structure length 357
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1xB03
2V52B 3AY9A 4RTFD 4DB3A 4EFHA 3UB5A 1BO5O 4Z94A 5AQXA 3S41A 5FPEA 2H3GX 1T6CA 3P4IA 3LDQA 1KAYA 3SMPA 2A3ZA 1WOQA 3UKUB 3AAPA 1QQOA 4BR4A 1BDGA 3VEYA 3UKUA 3W0LA 2QWMA 4JD2B 4BRKA 2A40A 3J8AA 5KPZA 5LJWA 2QWNA 3CJBA 3HZ6A 1ATSA 4DQ8A 4PL7A 3O4WA 4GNIA 5AQRA 2A41A 4CZFA 3C0BA 3A5NC 2E1ZA 1J6ZA 4FWQA 4CBXA 3WXIA 4WYBA 1X3MA 2QWQA 4AM7A 1Q18A 1QQMA 4H03B 3LDPA 1IG8A 3MN7A 4H5NA 3UKRB 2EWSA 3DAWA 1NGDA 1ZXOA 3O80A 2E8AA 3UKRA 2HOEA 3QB0A 3ZEUB 3MK6A 1BG3A 2A6AA 5KQ8A 1HUXA 1NGHA 1MA9B 1YVNA 3IUCA 5B8HA 3SJHA 4BRFA 5AQPA 4FWPA 3VF6A 2YHXA 1GLAG 3FZMA 4MLHA 4BRMA 3C7NA 2D1KA 1LOTB 1QZ6A 3EKUA 4IO8A 3CQYA 3EKSA 4BRAA 4ISGA 2ITMA 2OANA 3LM2A 2CH6A 4WQ5A 1NM1A 2QWRA 2V7YA 1JCEA 3WXLA 1HKGA 4EAHD 2W41A 3BF1A 1NBWA 4H0XB 3BUZB 1DEJA 3U9DA 3KZBA 3MDQA 4BVOA 4BRNA 2IIRA 3HTVA 2P9NA 4DCHA 1RDWX 1BOTO 2F9WA 2HF4A 5AQJA 3KVGA 2FF3B 4FWRA 5AQZA 1E4FT 1QHAA 4FWSA 1NGFA 1GLLO 3SK3A 4FL9A 3F9MA 1E4GT 4BQZA 2E88A 4LC9B 4PKGA 5BN9A 1Y64A 1S22A 3LDOA 3GG4A 1NGBA 1T6DA 4ISFA 2Q2RA 4A2BA 4HTLA 2GELA 3H1QA 3M1FA 3VEWA 5ADXA 2CGLA 3FZHA 4WQ5C 1HJOA 3WEEB 5E84A 3SMSA 2PBDA 2P9PB 1MWMA 3WEEA 4JNEA 5CE3A 1T44A 2P9PA 4JHDB 5AQSA 3FGUA 3D2FB 3B8AX 4JHDA 5BPLA 3D2FA 2FSJA 3QICA 4K41A 3HBTA 1KAZA 5EX5A 3SLCA 2NZTA 4I6MA 3EO3A 3MN6A 3BF3A 3ENOA 5AQLA 2CGKA 4E1JA 2ZGZA 1X3NA 2CH5A 3A5MC 3EL2A 2QM1A 5BN8A 3QDKA 4B1VA 1KXPA 5BPMA 4FSVA 3U4LA 4BR2A 1C0FA 2YCHA 3U8XA 3LDLA 4FWOA 1SZ2A 4MLEA 3H3NO 2FF6A 1OKJA 3WQUA 5AR0A 4BC3A 3ZETB 2VYPA 5JMVA 3R8EA 3RSEA 1XQSC 1XUPO 3ZETA 1BWFO 4BRIA 5BRFA 4BRCA 2NLXA 4H0OA 3ZX2A 2AA4A 3L6QA 4NB4A 4BR0A 3WUHA 4BROA 2FXUA 3ATUA 3FZFA 5AQYA 4PKIA 4IJAA 5JLHA 3FLCO 2YHYA 4QS8A 5AQIA 5AZIB 1SQKA 1Z05A 4B9QA 4JD2A 4CZIA 5FPDA 4IJNA 1NLVA 5AZIA 3VEVA 1EQYA 2GEMA 4B1XB 3EZWA 2FSKA 1NGEA 2P9IB 3AARA 1NGCA 2P9IA 5EVZA 2BUPA 4IWVA 4XH1A 2HMPA 3MCPA 4BC5A 4H5TA 1BU6O 3QFPA 4J8FA 1U6ZA 3GBTA 4CZJA 3WXJA 1YUWA 2WUSA 4BRLA 3U9ZA 4HWIA 1ESVA 4CZGA 3ZEUA 5KPRA 3UE5A 3VF2A 3M3ZA 4BC4A 3A5LC 4H0PA 4BR5A 3VEXA 1GLBG 5AFUA 5LY3A 4B1ZA 1HKBA 3FE1A 4BC2A 4H5VA 5AQGA 5E26A 1NWKA 4RWTA 3VENA 3VGKA 1GLDG 4FWNA 2YJEA 4KBOA 4PL8A 2A5XA 1Z6RA 1MWKA 3O1WA 4FO0A 5AQMA 3L0QA 2ZWHA 2BTFA 4O5FA 3G25A 2YI1A 1NGIA 3CI5A 2QWOA 4FPBA 4O8KA 3VEOA 3ID8A 3WT0A 4B1WB 3ULEB 3TU5A 3CHWA 5AQWA 3ULEA 2P9LB 4K42A 5EY4A 2Q0UA 1G99A 3EN9A 2GWKA 4WQ4A 4EHTA 4BG9A 1GLEG 3ATVA 3IDHA 4CJ7A 5AZJB 3BP8A 4H0VB 1NGAA 4NO7A 2CGJA 3IMXA 4MO5A 5F0XA 5EOYA 1QQNA 2GTDA 1D4XA 3HM8A 4IXCA 1IJJA 3CJCA 3DWLA 1KAXA 4M63C 2I7NA 3A5OC 1BUPA 3TPQA 4H5RA 5AQVA 4C23A 3VGLA 2VCPA 5FPMA 5EXWA 4DHYA 2IVNA 4L3QA 4A2AA 3LM9A 4BR9A 4BRHA 3R6MA 2Q31A 4Y0WA 3FR0A 4XH5A 4BVPA 1HX1A 3O8MA 5BREA 2YHWA 1U2VB 1TYQB 3MN9A 4CZLA 4CZEA 1JCFA 1HPMA 1TYQA 3A8YA 3ZX0A 4EIAA 3VETA 2Q1NA 4WQ4C 4YDUC 3QMLA 4FWMA 3M6GA 3W3DA 2QXLA 1V4SA 3H46O 5ADXH 3DXKB 1GLCG 4B1YB 2Q0RA 4BQLA 2E20A 4BREA 3HI0A 3QBXA 4QS9A 4CBUA 3R9PA 5AQKA 2GWJA 2P9SB 1P8ZA 3QBWA 2P9SA 2I7PA 1H1VA 3H45C 4FWLA 2ASPA 4A61A 2HF3A 4BR7A 5KPTA 3CIPA 2E2PA 3LDNA 3KHYA 3VOVA 2Q97A 4CZMA 4MO4A 1HKCA 4QS7A 1K8KB 1XC3A 1K8KA 2QWPA 5ELZA 2QWLA 1DKGD 2F9TA 4B1UB 2D4WA 2E2OA 4FWKA 2ASOA 3VGMA 4BRPA 3LL3A 4RCHA 5I9EB 1GLFO 2E2QA 3ENHA 3H1VX 3DJCA 4XEIA 4BG8A 1WUAA 2V7ZA 1QZ5A 4FOIA 4F9OA 4EHUA 3GL1A 4BGBA 2ASMA 4BRGA 3A0IX 3CERA 1TUUA 1GLJO 3FZLA 1S3XA 2P9KB 3BEXA 4FPAA 3JS6A 3H6EA 2D0PA 2P9KA 2KHOA 3ZX3A 5TKYA 4ISEA 1BA1A 3DXMB 5AQQA 3DXMA 2P9UB 3C7NB 3CQXA 5F1XA 3VERA 2P9UA 2W40A 5BR9A 4BGAA 5BRHA 1ATRA 1NMDA 3O08A 1ZBSA 4K43A 3WQTA 5FPNA 4BRDA 1RGIA 2P9LA 4H0YB 5BRDA 4XH4A 2PAVA 1ZC6A 1NGGA 2V51B 4JN4A 4YDUA 5AFUH 2D0OA 5AQFA 4A62A 2P9NB 3L4IA 4CZKA 2QW9A 5JLFA 1MDUB 5AZJA 3MMVA 1SAZA 4BRQA 3QFUA 1CZAN 3I8BA 5LJVA 2FSNA 1DGKN 1LCUA 1RFQA 2DPNA 2NRHA 4CZHA 2IVOA 5AQTA 3VESA 2UYTA 3O5BA 1R59O 5AQOA 2FLOA 4CI6A 3MN5A 4JAXA 3VEZA 3OHRA 2Q36A 1BA0A 5KQDA 4M7YA 3FFKB 3WXKA 1X9JA 2VWBA 3VPZA 2ZGYA 5AQUA 1YXQA 2E2NA 4CD3A 1YAGA 1C0GA 2A42A 3CJ9A 1U2VA 3I33A 2IVPA 3IFRA 3H3OB 3VF4A 3GOIA 3HSCA 4CBWA 4H0TB 5F2RA 1HLUA 3CJ7A 2GUPA 4FOEA 3CETA 3JXUA 3FZKA 5BPNA 4I6MB 2YJFA 2E1YA 3GE1A 4IZ9A 1V4TA 3DXKA 1ATNA 2J4RA 4K25A 1JCGA 2ZF5O 5AQNA 5JICA 4H5WA 4CD1A 3AAQA 3D2EB 3GDQA 2AP1A 3D2EA 5AQHA 3CJAA 4M7XA 4AM6A 1TUYA 3D7EO 1NGJA 3O6WA 4PKHA 3CJ1A 3RSEB 3O1BA 4GY2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HVRA 3AO1A 4EFHA 1QS4A 4JK7A 4O4GA 4HVJA 5AQXA 3S41A 2XY6A 1T6CA 4FZYA 4YHHK 3P4IA 1RTDA 4FJJA 4BE2A 3HO1A 3AAPA 1BDGA 4WFAL 4YORA 5GIOA 4JD2B 1XWLA 4AILC 2VQEK 1FK9A 3THWB 3J8AA 1HQEA 5LJWA 1BGXT 1IBMK 3V9XA 4JI1K 3EE8A 1TAQA 1S1UA 4Z4FA 4KO0A 4CBXA 1CLQA 4H5NA 4EP5A 4LF6K 1NGDA 1KLNA 3KJVA 3M8RA 1U04A 4CVNE 2GUIA 3OS0A 2A6AA 5JVGL 2HVHA 1HUXA 3ZT3A 1YVNA 4M3UA 2WONA 3ZLJA 5B8HA 3CC7N 2E6LA 4BRFA 5AQPA 4FM0A 3FZMA 1RBVA 4JI0K 4JK8A 3PO4A 3QLHA 3TTFA 2ITMA 1B92A 3A2FA 4NYFA 3LM2A 2OZSA 4OGEA 1NMNA 2V7YA 3WXLA 1HKGA 4YNQA 1OH8A 4H0XB 3AVGA 4BE0A 4IDKA 3EYZA 2OPRA 3KZBA 4BVOA 3J81O 4B9VA 4BRNA 5KGWA 1J5EK 2B6AA 3VQ8A 2HF4A 5HP1A 5AQJA 1RT6A 3PSIA 1NGFA 1GLLO 3OYMA 4CFDA 3ALYA 2E88A 3C94A 3NF9A 4DFPA 1Y64A 3SCXA 5H1SQ 4Z4GA 4BY9C 2UXBK 3OYHA 3DOLA 3V1OA 4ISFA 5GAGP 3AVHA 4OO1J 2Q2RA 4IOCL 4E7JA 4A2BA 2ZE2A 1NJWA 5FROA 4FYDA 2D5RA 1FKPA 3FZHA 1HMVA 5E84A 3SMSA 2PBDA 4IDHA 4DR1K 2P9PB 4BWMA 1JJ2M 4JNEA 2ATQA 4CFBA 2P9PA 2UUAK 4CJTA 1QSSA 2LSNA 1K6YA 4FLXA 1XHZA 1WLJA 4CK1A 3L2WA 2FSJA 3CC2N 1QVGM 4CHPA 4FZZA 4E1NA 2HHUA 3Q7CA 4I6MA 3MN6A 3ENOA 4E1JA 2ZGZA 3PIOL 2QM1A 4J2DA 4F2SA 3SBGA 4B1VA 1KXPA 2O8CA 3KLIA 1LW0A 4BR2A 1C0FA 2YHBA 1SZ2A 4BC3A 2HHSA 2XY8A 2HNZA 4JI4K 4CEOA 5JMVA 3R8EA 3RSEA 4FLWA 1HNXK 4BRCA 5MLCQ 1EWQA 4ID5A 4BDPA 3QINA 1BQMA 3OYKA 4BR0A 3QNOA 4CK2A 4KI6A 4BROA 2FXUA 2HBKA 2JWLA 5AQYA 5JLHA 3L3UA 3FLCO 3TAMA 2YHYA 1SL1A 2F7TA 4LSLA 1N33K 1T3VA 2XY5A 2G8VA 3RRHA 1NLVA 3VEVA 3THVA 4J2EA 1T7PA 2HSTA 3LP3A 3D45A 1NGEA 4GW6A 5C42A 2P9IB 1NU0A 3QERA 2P9IA 4M3TA 4CHQA 2G8FA 1LAWA 4FZXC 1OVQA 3LAMA 1YTAA 4J8FA 1U6ZA 3TABA 2W6LA 4LH5A 1ASUA 4FK4A 3ZEUA 4BE1A 1NK9A 4AHUA 4BC4A 1VSLA 4GVEA 4H0PA 3V1QA 1SL2A 3CCUN 3TTCA 3D6RA 4BC2A 5AQGA 4RWTA 1KTQA 3VENA 3VGKA 2RE2A 4FJ7A 2YJEA 3E1YA 1E3MA 3KK1A 4X66K 5M1OA 4Z4HA 1FXXA 1XNRK 2QXFA 4DG1A 3G25A 1NGIA 4JRPA 4O8KA 3QEPA 4H4OA 3WT0A 2B5JA 4DS5A 2HHIA 3TU5A 1VQ5N 3U3YA 2OTLN 1J5OA 5EY4A 1RILA 4C8KA 3SQ4A 3EN9A 2WTUA 3AV9A 3C6UA 3IKMA 1NG9A 1GLEG 3ATVA 1TKDA 5JS1A 4JKHA 4JI8K 2AJQA 3IMXA 4IXCA 1HNIA 4AHVA 4M63C 4V19S 2HVIA 3OTOK 1HYZA 1BUPA 1IBLK 3VTIA 5J1EA 1QTMA 4OJRA 4DWIA 1IKYA 2KZZA 3LM9A 2O4GA 3R6MA 1IG9A 3TI0A 3MWPA 1OH7A 3FR0A 4GV9A 1HX1A 3O3FA 2XHBA 3CFPA 3DMJA 2YHWA 3E9OA 4M45A 3MN9A 4CZLA 3LWLA 1EKEA 1XMQK 4B3SK 3K2PA 4CECA 4PHTX 1GOAA 2Q1NA 4YDUC 4DTUA 4CIEA 5ADXH 4CF9A 4W5QA 4LSNA 1RBRA 1VQMN 4QS9A 3RMAA 2P9SB 3ULDA 3ZSZA 4B08A 2X74A 1VSJA 5IWAK 2P9SA 4DF4A 3H45C 5KPTA 4C8OA 4KPYA 2JLEA 3AGKA 1L3UA 2DY4A 2IS3A 4MO4A 2O4IA 1QHTA 1HNZK 3NFAA 1K8KB 1VRTA 4DV5K 3OYDA 1XC3A 4YFUA 1K8KA 3N4QA 2QWPA 2QEXN 4KB1A 4JKEA 1DKGD 2D4WA 3DLHA 5C0YA 4FWKA 3G4SN 2NRWA 3B6OA 3D0PA 3KIOA 2NRZA 5CR4A 2UXCK 3Q7BA 3OBWA 3ZSQA 2E4LA 1X1PA 3QEVA 1QZ5A 3M8QA 4JS4A 4OPJA 1DTTA 1C0TA 4BRGA 1S3XA 3NVKA 3S3OA 3JS6A 3NF8A 2D0PA 2KHOA 5DK5A 2NRRA 4IBNA 3L2QA 4ISEA 1YI2N 3DXMB 5DMRA 1GOBA 1BI4B 2PFUA 3DXMA 3L3VA 3P1GA 2P9UB 3OS2A 3I55N 1BI4A 5F1XA 2P9UA 2W40A 5BR9A 4BGAA 1ATRA 4M3XA 3O08A 5FPNA 4YOXA 1BL3A 1D9DA 1RGIA 4CESA 2PAVA 3QNNA 3RMBA 1NGGA 4KHNA 3IS9A 1XC9A 4N47A 2D0OA 3P31A 3KLHA 2A1SA 1UAXA 4E7LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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