4B1XB

Structure of the phactr1 rpel-2 bound to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
357
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 357
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1xB03
2A6AA 5FPNA 3CI5A 3W3DA 3VESA 4WQ5C 4IZ9A 3GDQA 2AA4A 1QQOA 1XQSC 5AQWA 1NWKA 3SK3A 3U8XA 5AQNA 1XC3A 3CQXA 1E4FT 4H0XB 1NGAA 3CJ9A 2D0OA 1QZ6A 3WT0A 3AAPA 1NGHA 1NM1A 2E2PA 4H5NA 1YAGA 1SZ2A 4BRNA 1KAYA 3R9PA 5AQQA 4DCHA 1XUPO 4YDUA 3U4LA 1ZXOA 2NRHA 5AFUH 4A2AA 1QZ5A 2Q31A 5AQPA 4BC3A 1K8KA 1GLLO 2IVOA 3VEYA 3VEZA 4BC5A 3O80A 5AQZA 3C0BA 4AM6A 4BRFA 5JMVA 2PBDA 3O8MA 2BTFA 1NLVA 2A5XA 5AQVA 5KPZA 2UYTA 4B1WB 3EKSA 3U9DA 3FGUA 4YDUC 2QM1A 3A0IX 3LDQA 3LL3A 5FPEA 4CZKA 3DJCA 2Q2RA 4FWMA 2IVPA 2Q97A 4H0TB 5BPMA 3CETA 3C7NA 4B1VA 2CGKA 1NGJA 4PL8A 1TUUA 3O1WA 3IMXA 3QMLA 1BDGA 5BPLA 2FSKA 3KHYA 1R59O 3BEXA 1IJJA 1MWKA 4LC9B 4DQ8A 4RCHA 4IXCA 2OANA 2D0PA 2YHWA 5JLHA 1NGFA 4CZHA 1MWMA 2ITMA 3FZMA 3MMVA 3FE1A 3QBXA 2EWSA 2PAVA 1DGKN 4H5TA 2CGJA 3IUCA 1ZC6A 3I8BA 1C0FA 4FWKA 3ZEUB 4H0YB 1ATNA 3G25A 4BVOA 2J4RA 3WUHA 2D4WA 3HM8A 5ELZA 3WXKA 2NZTA 3IFRA 1IG8A 2P9LB 3CERA 3HSCA 4MO4A 2E1ZA 4CZEA 4H5WA 3L4IA 4ISGA 2HF3A 4CZFA 2NLXA 2P9LA 1BU6O 3LDNA 4H5VA 4QS8A 1S22A 4BR0A 2YJEA 5BRDA 3D2EA 3JXUA 4JAXA 3TU5A 1GLCG 3ATUA 2P9KB 2P9NB 1DKGD 5AQJA 2I7NA 3VPZA 4CZIA 3UKRA 1MDUB 2Q0UA 5AQTA 4FOEA 2YHYA 4EAHD 4NO7A 4BGAA 3LDOA 3ZX0A 2WUSA 4XH1A 3DXMA 4BRAA 5EOYA 3IDHA 3SLCA 1HJOA 1G99A 4BC2A 2P9PB 4EIAA 4H03B 4B1XB 2D1KA 4HWIA 1H1VA 2P9PA 5B8HA 2ZF5O 3M3ZA 1QQNA 3A5MC 4CJ7A 3VF6A 5AQYA 1T44A 5AQXA 4CBXA 2GUPA 5AQKA 4CD3A 3SMSA 4BRHA 2GEMA 1P8ZA 2CGLA 3CQYA 3FLCO 2QWNA 5BRHA 3CJCA 3U9ZA 2VWBA 3A8YA 1HPMA 4FPBA 1NBWA 3A5LC 4FL9A 1QQMA 4AM7A 3RSEB 3AARA 4GNIA 2Q1NA 3ENHA 2A40A 4K41A 4RTFD 3OHRA 4GY2B 4WQ4A 4JN4A 3VETA 3VGKA 5ADXH 4BQLA 1K8KB 1HKBA 4FSVA 4PKHA 3FR0A 3CIPA 4FWOA 2ZWHA 3RSEA 5BR9A 5AZIB 2ZGYA 2E8AA 5JICA 3J8AA 5AQLA 2QXLA 1WUAA 4MLHA 2P9SB 1RGIA 5AFUA 2E2QA 2KHOA 3EN9A 3CJBA 1TUYA 3MN9A 4WYBA 5AZIA 4BG8A 1BG3A 3WXJA 3WEEA 2P9SA 3BUZB 3MN6A 4XH5A 1C0GA 4F9OA 1JCEA 3BF1A 3CJ1A 4M7YA 3B8AX 3WXLA 5CE3A 4WQ4C 3DXKB 5AQRA 2CH6A 3C7NB 4FWQA 4BREA 5AQSA 5AQMA 1ESVA 2IVNA 3CJAA 1QHAA 4BR5A 2A41A 3DXKA 5F0XA 4I6MA 4A62A 4HTLA 1X3MA 4ISFA 2ASOA 2E2OA 4C23A 4B1ZA 1GLBG 3UE5A 1ZBSA 1TYQB 4CBUA 2Q36A 3VEXA 1NGGA 2QWPA 1NGCA 1V4TA 1TYQA 5KPTA 4RWTA 4A2BA 2FLOA 3AY9A 5EX5A 2F9TA 1MA9B 1BA0A 1NGIA 3D7EO 1NGBA 1Z05A 4ISEA 4JD2B 4KBOA 3CJ7A 3MCPA 4CZJA 4BRDA 2P9UB 2VYPA 2Q0RA 1X3NA 5KPRA 2FSNA 1NGEA 2E20A 4JD2A 4BQZA 1BO5O 3EL2A 3HTVA 1SQKA 2P9UA 5KQ8A 4IWVA 1YUWA 2IIRA 2W40A 4B9QA 2GWKA 3D2EB 3VEVA 1HKCA 2HF4A 3R8EA 1HKGA 1BA1A 3CHWA 3MN7A 2V7ZA 3QBWA 5EVZA 3UKRB 3VOVA 3ZETB 3UB5A 3H6EA 1X9JA 5AQHA 3ZETA 5BPNA 3DXMB 3QFUA 3H3NO 3QFPA 3WXIA 4CD1A 3DWLA 4H0PA 4BROA 4FWLA 3VEWA 4PKIA 2YHXA 1ATRA 2I7PA 4QS9A 3VEOA 2VCPA 2V51B 3LDLA 4NB4A 3HI0A 3KZBA 4FWSA 1GLJO 5AR0A 3A5NC 2AP1A 2A42A 4Y0WA 3UKUA 3MK6A 1T6DA 5E26A 1E4GT 3BP8A 4O5FA 4IO8A 3M1FA 1NMDA 2P9IA 4FOIA 4K42A 1RFQA 2GTDA 1HUXA 4BRQA 3P4IA 4M63C 2ASPA 4BGBA 3D2FA 3ID8A 2FSJA 4K43A 3W0LA 1LOTB 5FPDA 3MDQA 5AZJA 4BRMA 4BG9A 3LDPA 3AAQA 2CH5A 3ENOA 5AQFA 4BRCA 5E84A 4H0VB 3VF2A 4JHDA 1EQYA 1Q18A 4E1JA 4DB3A 1BWFO 1U6ZA 4EFHA 4PKGA 4CZLA 3QICA 4EHTA 2YI1A 4FWNA 1U2VA 2QW9A 3HZ6A 4K25A 4B1YB 5ADXA 1KAXA 4FPAA 3WEEB 5LJWA 4DHYA 5BN8A 1YVNA 2GELA 2H3GX 1BOTO 3WQUA 4L3QA 4BRIA 1RDWX 3FFKB 3S41A 5I9EB 5JLFA 4BRKA 2QWMA 3MN5A 5EXWA 4MLEA 3L6QA 4BC4A 4EHUA 4I6MB 2E1YA 3LM2A 3SJHA 3BF3A 3O1BA 3F9MA 3VERA 2ZGZA 3H46O 4IJNA 3O6WA 1Y64A 4BRPA 2ASMA 2QWOA 1HX1A 3ATVA 5AQGA 4Z94A 1Z6RA 1J6ZA 4BR9A 5F1XA 4CZGA 5KQDA 1DEJA 1CZAN 1JCFA 2V52B 3H3OB 5AQUA 4MO5A 4B1UB 4BR2A 5LJVA 5TKYA 3KVGA 2QWLA 4QS7A 2A3ZA 3ULEB 4BRLA 4JNEA 4IJAA 3FZHA 3GE1A 1T6CA 1NGDA 4FWPA 3H1QA 1V4SA 1JCGA 3ULEA 1GLEG 3VGLA 1BUPA 1GLDG 5LY3A 1D4XA 2HOEA 3WQTA 1HLUA 4CBWA 4FO0A 3JS6A 4FWRA 3H45C 1GLAG 2E88A 3SMPA 2V7YA 2QWRA 2QWQA 3I33A 1KXPA 1KAZA 1WOQA 3FZLA 5F2RA 3TPQA 3O5BA 3EKUA 4XH4A 1GLFO 4H5RA 3A5OC 1YXQA 3GL1A 3LM9A 3ZEUA 4XEIA 3L0QA 3EZWA 5BRFA 3FZFA 2YCHA 3ZX2A 4CZMA 2BUPA 4J8FA 3R6MA 3M6GA 5EY4A 3GG4A 4A61A 2GWJA 3UKUB 3GBTA 4CI6A 2DPNA 3VF4A 3VGMA 2FXUA 1SAZA 2P9KA 2F9WA 2E2NA 2P9IB 2P9NA 2YJFA 4BVPA 1OKJA 3O4WA 3EO3A 5AQOA 3VENA 3D2FB 3QB0A 4WQ5A 3HBTA 5AZJB 3ZX3A 2FF6A 4BRGA 2FF3B 5AQIA 4M7XA 4BR4A 2HMPA 4JHDB 1LCUA 5FPMA 3H1VX 4O8KA 4H0OA 3O08A 1S3XA 3GOIA 4PL7A 1ATSA 1U2VB 5BN9A 3FZKA 4BR7A 3QDKA 5BREA 3DAWA 2W41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THYB 4M42A 3GDQA 2DFEA 2IC3A 4CK3A 1QQOA 3U8XA 4M3RA 2YNFA 1BL3A 1E4FT 4H0XB 3PX6A 1EP4A 3WT0A 2X6SA 4BDYA 4B3TK 3TSPA 2E2PA 3HVTA 3AO5A 4DQQA 1KAYA 4E0DA 2KLAA 4KB0A 4DCHA 3OYBA 1RBRA 1BI4B 1QZ5A 4BC3A 3V9ZA 3C6AA 3G10A 3VEYA 4BC5A 2W6KA 3C0BA 3F9KA 5JS2A 4B9UA 5JVHL 5JMVA 2PBDA 3LALA 3THVA 2BTFA 1NLVA 2A5XA 1RBVA 4K0KK 2UYTA 4B1WB 4CK2A 1TK8A 3SI6A 1RDCA 4YDUC 2HBMA 3A0IX 4B9TA 3AO1A 3JAMO 3LL3A 3MX5A 3J7ZO 1JLQA 4CZKA 2IVPA 4H0TB 5BPMA 3C7NA 4B1VA 3SV3A 4QOZB 4K8XA 4LF6K 2YNGA 5M1OA 3QMLA 1BDGA 2P51A 4AQYK 1MWKA 4DQ8A 4RCHA 4IXCA 1NGFA 1MWMA 3FE1A 3QBXA 2PAVA 1DGKN 4DSFA 1RT4A 1ZC6A 1Q82O 4ELTA 4H0YB 1ATNA 1YF5L 4N76A 4BVOA 4AF1A 4M41A 3PX0A 3HM8A 3PY8A 4RW4A 3LZIA 1IG8A 3O9UA 1A5VA 2AJQA 3L4IA 3DI6A 2E6LA 4CZFA 2F8SA 2P9LA 3DLKA 4QS8A 1VHXA 4U7BA 3R3LA 3JXUA 2ZJQL 3AO4A 3PO5A 2P9NB 3LZJA 4CZIA 4CJEA 1MDUB 2Q0UA 2NUBA 2YHYA 2WUSA 4HUGA 3RTVA 4CIFA 3EE8A 1HYSA 2ZJPL 4C1NI 1SKWA 4BACA 4CGGA 2ZJRL 3V9UA 2BANA 5M1KA 3ID6A 1W0HA 1BCMA 2P9PA 5AQYA 1T44A 2QXFA 1YITN 4CEOA 3SAHA 1VSLA 1D9FA 1P8ZA 3CQYA 4CEZA 3L2UA 2UXDK 3Q7CA 3P5JA 4X65K 2VWBA 1S6PA 2QKKA 1HPMA 3RSEB 3AARA 4GNIA 3SQ0A 3ZSZA 3ENHA 2A40A 4AHUA 4WQ4A 3VGKA 4CJWA 4BQLA 1HKBA 3EEQA 4YOXA 1IV0A 3SV4A 1OVYA 2ZGYA 2E8AA 4EP4A 4KO0A 1WUAA 4MLHA 5DM7L 2P9SB 1RGIA 1SL2A 1HRHA 1QSLA 4OKJA 3OYGA 1KFSA 3WXJA 4DR5K 2D0BA 4XH5A 3CFPA 1FK9A 4EZ6A 4LF7K 1JCEA 3BF1A 3CJ1A 3B8AX 3WXLA 2C1GA 3C7NB 3MEDA 1VSKA 3CJAA 2A41A 3NAEA 1VQMN 5F0XA 4JRPA 3KK3A 1NU0A 1QHTA 4A62A 2OZMA 2HHVA 1K73O 4CBUA 3CMAN 2KFNA 3VEXA 3VQDA 1NGGA 3CCQN 3L8BA 4XIUA 3AVKA 4A2BA 2FLOA 1Q9XA 3AY9A 1O13A 2F9TA 4FJXA 3IG1A 3D7EO 1QSYA 4HHTA 5DM6L 5KI6A 4PWDA 4BRDA 4KTWA 1ZBFA 2VYPA 2HHIA 4CF0A 1X3NA 4DR6K 3O4QA 4DSLA 1NGEA 4BQZA 3PV8A 2QKBA 2Q3SA 3AVCA 3EL2A 5KQ8A 3VQEA 4BWMA 4F2SA 5CZ1A 1QQCA 4KHUA 3AVMA 3C6HA 2HF4A 1N6QA 4FLYA 4B3MK 2YKMA 1BA1A 3ZETB 4EP5A 3VOVA 2Z1IA 3UB5A 3WXMB 2EX3A 2E5LK 4CGHA 2F4VK 3O9QA 3LAKA 4OGCA 2G8HA 3VQQA 3P39A 1J9AA 3SQ4A 3WXIA 3QESA 2UUAK 4IBNA 3DWLA 4CECA 1LWEA 1VSIA 2OA8A 1ATRA 2I7PA 4M3ZA 3DLLL 1HNWK 3QNOA 4IEEA 2R7YA 2V51B 4K8ZA 4NB4A 4FWSA 2ZD1A 3PLAA 5J2PA 1LV5A 5AR0A 5HL7L 3A5NC 1TAUA 4LH5A 4C8NA 1B9FA 3EZ5A 3AGKA 3ZSXA 1RDDA 4JKFA 3O3FA 4O5FA 2OPSA 1RT2A 4B9LA 3OYJA 4BRQA 3P4IA 4CF2A 2Z1GA 1LOTB 3E1YA 5AZJA 4N41A 4IO9L 3CM5A 3LDPA 3ENOA 4BRCA 5E84A 4Q5VA 4E7KA 1U6ZA 4CZLA 4CEBA 3NE6A 3QICA 4B8AB 4KH5A 1K8AO 2D0CA 4E7JA 1RT3A 1R0AA 4FZXC 4NXNK 4DU4A 3I0SA 1S6QA 4DHYA 5MLCQ 2H3GX 1BOTO 3WQUA 5J2NA 3S41A 3AVHA 3IS9A 3NF6A 4FJ8A 3MN5A 3NMUA 3QEWA 3S3OA 1Y97A 4CW7B 3CMEN 1DTTA 4A59A 4IJNA 5J2MA 4N56A 1UOCA 4J2EA 5AQGA 1YTUA 2VGNA 5A2QO 3EE9A 1JCFA 2V52B 4B1UB 5LJVA 4JI1K 3K58A 2QWLA 4QS7A 2IS3A 4DV6K 3ULEB 1YIJN 1JL2A 3OY9A 4DSEA 1XMQK 4U67L 1JCGA 4JKGA 3PX4A 4M3TA 1KLMA 3VGLA 3NGZA 1FXXA 2E6MA 1L3TA 4CJPA 1WSFA 4CBWA 4MDBA 3VQ6A 4JI0K 3OYAA 1GLAG 3DLBA 3NFAA 4HCBA 4A5BA 2QWQA 3DMJA 4ZTFA 3FZLA 3OYIA 3TPQA 3ASMA 4XH4A 1GLFO 1Q9YA 3GL1A 3OYNA 3ZEUA 4XEIA 5T7BA 2XHBA 3FZFA 4N5SA 4NCBA 3CFRA 1RILA 3THWA 4JI2K 4DS4A 4CJFA 1HNZK 4HCCA 4ILJA 3NH0A 1XHZA 3TAMA 4LF4K 4UQGA 4DR1K 1MU2A 4R5PA 4CI6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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