3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
3L2QA 1NKEA 1U49A 4CF1A 2HNDA 5CY4A 3S3MA 3HVRA 5C42A 1X9WA 4DU3A 2IGIA 1ZBHA 3VQ4A 4HCCA 4FJ9A 4O0JA 3HP6A 3SUNA 1BQNA 1VSKA 3SUOA 3U3GA 4CEDA 3AVJA 4KTZA 3TAPA 4ID5A 4E89A 4M3YA 1U48A 1EETA 1HNIA 1KTQA 3K57A 3SPYA 1NJYA 2BE2A 1RNHA 1HMVA 1ITGA 3RMBA 2X74A 1A5XA 1D5AA 3VA0A 2G8FA 4DG1A 1VRUA 1RTHA 3D45A 3KLIA 2Q3SA 2X6NA 3WNHA 4BE0A 1J53A 1LWFA 3PUFA 5J2MA 4B9UA 4IFYA 3QEVA 4UQGA 4J2EA 1TVRA 3V9UA 4KV8A 3AVCA 5SWMA 1HPZA 3ZSXA 3CFRA 2DFFA 1VSLA 1WAJA 3LP3A 3DI6A 1RT5A 3MXJA 4CF0A 4CFBA 1N6QA 2ATQA 3B6PA 5HROA 4CFDA 4DTPA 4FK4A 2XO7A 2XY6A 1RDCA 3OJUA 3OS1A 1B9DA 4OGEA 4J2DA 2B4JA 1RT7A 3TABA 4FJ8A 4M42A 4CJKA 3F9KA 1IG9A 1CXUA 3SQ2A 1KRPA 5I3UA 3O3FA 1JLCA 3S3OA 1XC9A 1TAQA 1RDBA 3K58A 5KRTA 4C8KA 1ZYQA 4CJUA 1JXBA 3O4QA 4DWIA 2BGGA 5FRNA 1WSFA 1NKBA 4ZHRA 1S1XA 4CHZA 2IC3A 3HT3A 4ELTA 4K8ZA 4M3UA 2G8VA 2KW4A 4N56A 3HL8A 4FZXC 4HCBA 2F96A 4GW6A 2GBZA 4CGFA 4FM1A 4FJKA 1JXEA 4KRFA 1ZBFA 2G8HA 1HRHA 4TSXA 3V81A 2PYJA 2HMIA 4KTQA 2Z1JA 4JRPA 5HP1A 4F3OA 2PZSA 3KKRA 4EZ6A 3SI6A 4KAZA 3HO1A 5FDLA 4OLAA 4YFUA 4OKKA 1IO2A 3QEIA 1IKYA 1U04A 1HYZA 3C6TA 1EXQA 5HBMA 3OYLA 4IBNA 2G8UA 3SYZA 1NOZA 4M3XA 1JLBA 4ZTJA 1BGXT 4CEQA 1VSHA 3AVIA 4B9SA 3NCIA 1KFSA 3CYMA 2XY5A 1LWCA 2B6AA 1YTAA 4E19A 1S9EA 3EZ5A 1Z26A 2PYLA 3DRPA 4H8KA 3DLBA 3KD1E 3AO2A 4F8RA 2HHVA 1REVA 3DMJA 4M45A 3CM6A 4G1QA 1JLGA 4QAGA 1B92A 3VQQA 4CK3A 1L3UA 1HYVA 3CFOA 4I2PA 3VQ6A 2OPQA 3VQ7A 5J1EA 2VWKA 2A1RA 1X9SA 5DK5A 3IS9A 4NCBA 3KIOA 1NKCA 4MFBA 2X78A 2OYQA 3VQDA 4O5BA 4XIUA 3LP0A 2Y1JA 3RWUA 4EZ9A 3LDSA 5CZ2A 1O1WA 5I42A 3P1GA 3SJJA 3JYTA 4W5RA 1SL0A 2G8IA 3QEWA 3P83D 3VQAA 3K5NA 4FZYA 4PA1A 4GVMA 1LW0A 1UOCA 4E1NA 5CYQA 4E7KA 1SL1A 2XY7A 4KHQA 3RR8A 4KHNA 1FKPA 4N5SA 3M8RA 2OPPA 1Q9XA 1RT3A 1NJZA 5C25A 5EU7A 1VSIA 1D9DA 1RBVA 4O0IA 1TV6A 3DRSA 1BL3A 4O4GA 3HP9A 4KB1A 3TAMA 4Z4EA 4FCYA 2YKNA 4FYDA 4IG3A 1ASVA 3V4IA 1TKDA 1I39A 3OYIA 4OVLA 1C1BA 1L5UA 1GOCA 1KCFA 4J2AA 5FRMA 3AO5A 4HUGA 4DF8A 1IKXA 2JGUA 4BWJA 4I9LA 4AHSA 4CFCA 2GUIA 1R0AA 4Q0BA 5J2NA 1KSPA 3QEPA 4QCLA 4DLEA 2XY8A 3SQ1A 1XHZA 1D9FA 3RRGA 1RDDA 4E7IA 4CJWA 3AV9A 1JLEA 4B8AB 4B9NA 3SCXA 4O44A 4CEFA 3LWLA 4C8OA 4KREA 2LSNA 1Y97A 3IG1A 3DLRA 4DMNA 4NYNA 3I0SA 4CJ3A 4DU1A 2FC0A 3ZT2A 5KRSA 4DSIA 3C94A 4CIEA 3OYMA 4CEEA 2AJQA 3S3NA 1JLQA 4DTXA 3LANA 4CHOA 2BANA 1S1WA 4OJRA 4CJSA 4IG0A 4CHYA 3L2VA 2Y1IA 1D8YA 4KHWA 3TANA 3TR8A 2FBTA 3A2FA 1S5JA 3QESA 4BDPA 4B9LA 3WNEA 2D0CA 4W5TA 1T8EA 1TKZA 2XRIA 4B8CA 3NE6A 1YTUA 1S1VA 3V9XA 3V1OA 2HVHA 1G15A 1S9GA 4J2BA 3L3VA 1ASWA 3DLKA 4C8NA 4E1MA 1VSEA 1LAWA 3ITHA 3U3YA 3K2PA 4JRQA 4JS4A 3KK3A 1RTIA 1JKHA 2B5JA 2ITGA 1EP4A 1GOAA 1TL3A 1XWLA 2HB5A 4DQIA 4KB0A 2QK9A 3LAMA 3L2UA 1C0TA 4NCAA 4M3TA 4AHRA 1CZBA 3G0ZA 4CGGA 3B6OA 4FVMA 3KLGA 3MECA 2YNIA 3DLGA 2Z1HA 2YNGA 3AA3A 4CHQA 2G8WA 4I2QA 3EYZA 5HRNA 2KTQA 3ZSWA 3K5OA 2D5RA 2KFZA 1RBUA 1TGOA 2R7YA 1WN7A 4DFKA 4CHPA 3MXMA 1RT2A 4KPYA 3HSTB 3OYBA 3D0PA 4FJJA 1NK5A 1L3TA 4KHSA 3TAGA 5JS1A 3O3HA 1A5WA 2JLEA 3MEEA 4E7LA 1LV5A 1ZBLA 3NHGA 1U45A 4FM0A 3VQEA 3MXIA 1L3SA 4I7FA 4DFJA 4FLWA 3U6FA 3NDKA 2QKKA 1C1CA 3ZT0A 1VRTA 3KKSA 1ASUA 3HJFA 1C0UA 4B3OA 3LALA 3T3FA 3OYJA 1FXXA 4DSJA 4DLGA 1Z25A 2QXFA 3RMCA 4KI4A 2O4IA 3DOLA 1F21A 2X6SA 3ISNC 3SQ0A 4ZTFA 2FBXA 4CIGA 1WNSA 4RW9A 1RCHA 4PUOA 3OYDA 4DSKA 2Z1GA 3VQ9A 2Z1IA 3KLFA 4DQRA 3MEDA 1QSLA 4E7JA 4FLTA 1S1TA 5T7BA 2DTUA 1IKWA 3AVFA 4JLHA 3LP1A 3VQCA 4CIFA 1VSDA 4DFMA 3TAEA 3TAQA 3HVTA 3DLEA 4CF2A 2OA8A 4F2SA 3SV4A 3QNOA 3NH2A 2YHAA 3K59A 4CK1A 2HHWA 3OS0A 4LH4A 1T05A 2HVIA 2IOCA 3NH1A 1KVBA 3M8PA 3NH0A 5CYMA 3LP2A 2W42A 1BCMA 4DU4A 1J54A 1QHTA 2EX3A 2IDOA 3VA3A 3ALYA 3VQ5A 1TAUA 1JLAA 1JL2A 2VG7A 3I8DA 3EY1A 4H4OA 4LSLA 5DMRA 4BWMA 4PY5A 1VSFA 1BHLA 3HPHA 3ZSYA 5J2QA 3NF7A 4B9MA 4L8RB 1UWBA 4DSEA 1SV5A 3THVA 4FJ7A 3OY9A 1XHXA 1C0MA 1WSIA 4DFPA 3HK2A 1S6QA 4E7HA 4DSFA 1VK0A 3DOKA 2ZD1A 3H08A 4C8MA 3QETA 3QO9A 3K5LA 4Z4CA 3CG7A 4NYFA 3V6DA 3KK1A 1RDAA 3L3UA 5K14A 4CEAA 3VN5A 2HHQA 4ELVA 3AA4A 4CGIA 1RBRA 1BI4B 3I0RA 3OYNA 4FM2A 4FJLA 4OGCA 4N47A 3PX6A 2WONA 4BACA 1L3VA 4IKFA 2HHTA 2IAJA 3LWMA 4DS5A 2HHSA 3PV8A 1LWEA 4RW6A 1BISA 1KVCA 4CK2A 4FLYA 3OYEA 1BI4A 1SKRA 1VSJA 1NJWA 1RTDA 3PO4A 3ULDA 2XHBA 3NF8A 1TL1A 3OVNA 4RG8A 3JSMA 4GMJB 1C6VA 3VQBA 4NCGA 3M8SA 4DTRA 4DTMA 1NK8A 2P51A 1SKWA 1J9AA 4CJLA 2ETJA 3AVMA 4BE1A 4DQQA 4Z4FA 4OKJA 4FLVA 4FW2A 5KGWA 1QSSA 3V9ZA 3AVHA 3LZJA 2A1SA 5SZTA 1XI1A 3LAKA 2ZQBA 3ZSRA 3QERA 3WNFA 1TKTA 3FFIA 1NOYA 1J5OA 4DQSA 4BE2A 4LY7A 4F2RA 3NGZA 4DTJA 4BDYA 4DSLA 4FJMA 4IFVA 3AA5X 3LPTA 3L8BA 4DTOA 1HYSA 2KZZA 3VQPA 4AHTA 1SL2A 4F3TA 1KLNA 1FKOA 1W9HA 4CGJA 3OYAA 1MU2A 1QS4A 4ELUA 1YVUA 3V1QA 1WSGA 5C24A 4N76A 1RTJA 3NF6A 3DRRA 4Z4HA 4OKEA 3IAYA 4DF4A 2DFEA 4M3RA 3CQ8A 1UAXA 1RBSA 4WE1A 3ZSOA 3ZT4A 3OYGA 4FLZA 3V9SA 3PX0A 2VG5A 1NK4A 1DTQA 3QLHA 2PY5A 3DYAA 3HPGA 3HPOA 3DLHA 4CGHA 3KLHA 1TK8A 1RBTA 5KTQA 4CEOA 1T03A 4KFBA 3PO5A 3BGRA 3C6UA 1BCOA 1HJRA 2OPSA 3LPUA 3L2RA 1UA0A 4K8XA 3MAQA 3O3GA 2OZSA 4CF9A 1NK9A 4CECA 3SUQA 4LSNA 3WNGA 4OPJA 3TWHA 1C1AA 1NK7A 4IDKA 4FJIA 3V1RA 4C8LA 2HHUA 3MEGA 1CLQA 2F8SA 2HNYA 3SQ4A 2RN2A 3NBPA 3QIOA 3VQ8A 1U4BA 1DTTA 4CJ4A 4Y1CA 2OZMA 4E0DA 3KD5E 4CJEA 4CESA 5HRRA 5HRSA 4W5NA 2OPRA 3SZ2A 1NJXA 2I5JA 1BIZA 3CM5A 5KI6A 4W5QA 2O4GA 2P1JA 4FLXA 1WSJA 4O55A 4Z0UA 4HVJA 3RTVA 3ZSZA 2DFHA 2YV0X 3AVBA 1VSMA 4FK0A 1KFDA 4Z4IA 4M41A 1BQMA 3RRHA 3QNNA 4F4KA 4AHCA 3KJVA 2G8KA 2D0AA 4BDZA 5J2PA 4OLBA 5D3GA 4AILC 4CCHA 1LAVA 3AVGA 4FJHA 2E6MA 4FXDA 3T1AA 4CF8A 2HW3A 4LH5A 3ZT3A 1WAFA 2E4LA 4ICLA 4EP4A 3SNNA 2HNZA 2QKBA 2YHBA 4AHVA 1QSYA 4CJ5A 1EX4A 5HLFA 1TK5A 4HHTA 3QEXA 4CJQA 2E6LA 2FBYA 3M8QA 3TARA 4DTUA 3AO1A 3NAEA 4R5PA 4FLUA 5E41A 1IKVA 2ZE2A 1S1UA 3ASMA 4AHUA 3KTQA 1KLMA 4ID1A 3TI0A 1NK0A 1RT4A 1JL1A 4PWDA 3QINA 5HRPA 2RKIA 1BIUA 2EHGA 2WOMA 1SKSA 1YT3A 2IS3A 1QTMA 3G10A 4QOZB 1W0HA 4FW1A 3SUPA 5FROA 3KLEA 1NK6A 4CJRA 1K6YA 4H4MA 1Q8IA 4DTSA 4KHUA 4LD0A 1B9FA 1CXQA 1FK9A 3BDPA 4KTWA 1UA1A 4RW8A 3HXMA 4CHNA 4AH9A 1TKXA 4E3SA 1KVAA 3OYKA 3CFPA 3E01A 4I9QA 3C95A 4M3ZA 4DTNA 3AO3A 3RMAA 4KHYA 1QE1A 3OYFA 3AVAA 1DLOA 1SUQA 3DM2A 1ZBIA 3NFAA 3K5MA 3V9WA 2P5GA 1T7PA 1EKEA 4HUFA 1WLJA 3AVLA 2GV9A 2BDPA 1Q9YA 2KFNA 2DY4A 1RILA 4RW7A 3NGIA 4Y1DA 4JS5A 2FBVA 1TK0A 4CJVA 4MQ3A 3PX4A 1GOBA 1CZ9A 4EP5A 3AVNA 1LW2A 4CFAA 4KI6A 1IH7A 1HQUA 1WSHA 2D0BA 1S6PA 2RF2A 4HUEA 3HYFA 3IRXA 3NGYA 1HQEA 3OJSA 1A5VA 2KZMA 1RT6A 4RW4A 4CJFA 1RT1A 4HTUA 1X9MA 3P5JA 4M3WA 1JLFA 1ZBUA 2NUBA 2P5OA 3HM9A 4N41A 4CGDA 3F73A 3NF9A 3OYHA 4FJGA 4CE9A 3AVKA 3PY8A 5JS2A 3KK2A 2HHXA 3OYCA 2KQ2A 3LZIA 3SPZA 1WSEA 3T19A 3L2WA 2RPIA 1HNVA 4DS4A 3ZSVA 4KO0A 1N5YA 3ZT1A 4CJPA 4CEZA 2YNHA 2VG6A 3QIPA 3ZCMA 1U47A 4FK2A 1I3AA 4W5OA 4B9TA 4FJNA 2VWJA 4PQUA 2YKMA 2YNFA 3OS2A 2F8TA 4DQPA 3TAFA 4B9VA 4CEBA 4CJTA 4CERA 3AO4A 4FZZA 4FJ5A 3SV3A 4YNQA 4Q5VA 4KKOA 3RR7A 3S9HA 4B08A 4FJXA 3ZSQA 4Z4GA 5CZ1A 4OPKA 5KGXA 3AA2A 3RMDA 3O4NA 1X1PA 3UIQA 1QQCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NKEA 4CF1A 3S3MA 2JWKA 5KQ8A 3M1FA 1ZBHA 3VQ4A 4CW7B 4FJ9A 3CMAN 3SUNA 4YY3K 3U3GA 4CEDA 3DJCA 1XQSC 5AQRA 1BOTO 1U48A 3O80A 3O9TA 2PBDA 3K57A 2GUPA 1ITGA 4JI5K 4MLHA 4BE0A 2Q3SA 3WNHA 1J53A 1LWFA 3P38A 3PUFA 3QEVA 1TVRA 3KHYA 1YHQN 3M6GA 5GAGP 3B6PA 3THWA 4CVNE 1VQ7N 4JI1K 4CBWA 2XY6A 2FF6A 4OGEA 3RSEB 5MLCQ 4CBXA 4DV3K 5AQHA 5A2QO 2HBMA 3RSEA 4CJUA 1IBMK 2D0OA 4DWIA 1NKBA 4CHZA 1CZAN 2G8VA 4FZXC 3HL8A 1U2VB 4CGFA 4FM1A 4FJKA 3FZLA 2Z1JA 1U2VA 3C6HA 4K43A 3VEWA 1NGAA 3OW2M 4KAZA 3MWTA 4YFUA 2NRHA 2PAVA 1U04A 5HBMA 3C6TA 1VQ8N 1JLBA 4ZTJA 4CZJA 4NLBA 4C23A 4DKWA 4B9SA 3NCIA 1S22A 1KAYA 1LWCA 1YTAA 2B6AA 1QZ5A 5AQMA 3EZ5A 2PYLA 3DRPA 3KD1E 4F8RA 1KD1O 3CM6A 4H5NA 4BG9A 1B92A 1HYVA 1OVQA 5E26A 2VWKA 3KIOA 3ZX0A 4O5BA 4XIUA 3RWUA 3LDSA 1O1WA 5I42A 1IBKK 3HZ6A 4W5RA 3IFRA 3K5NA 4GVMA 2E88A 3TU5A 3O8MA 4PKIA 2XY7A 3H6EA 3EE8A 5EU7A 5LY3A 1D9DA 4O4GA 4K0KK 1T6DA 4FYDA 3O9UA 4IG3A 1BWFO 1K73O 1Q81O 1KCFA 1HLUA 3AO5A 3SAGA 1NMNA 4BWJA 2GUIA 1KSPA 3L4IA 4KH6A 3OBYA 5GAHP 3SQ1A 1D9FA 4BRCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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