3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
b'GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
3DMJA 2W42A 1GOCA 3QINA 4JS5A 1BHLA 1BL3A 4CEQA 1TKTA 4RW4A 3VQ5A 4CF2A 1WSIA 4E7KA 1S1WA 3KK1A 3LP1A 1HJRA 4CGHA 4B9NA 3NGYA 4I9LA 4C8KA 1RNHA 2ITGA 3OYIA 1NKBA 1RTIA 1IH7A 1CLQA 1LW2A 2XY8A 4DFPA 4DSIA 3DLRA 1B92A 5HRNA 1CZBA 3ZSWA 4HUFA 4FM1A 1Q9XA 4KI6A 3AVMA 1TKDA 5CYMA 4EP5A 1LV5A 4FLYA 2HVIA 1LW0A 4FLXA 2QKBA 3OYLA 3L2VA 2B5JA 4DS5A 3SCXA 4CJTA 4Z4GA 4J2EA 5HBMA 2BGGA 3NGZA 2IOCA 2QK9A 4C8NA 4HTUA 1TL3A 1JLAA 4KV8A 4DLEA 3K58A 4RW7A 3S9HA 4F2SA 1HQUA 2ZQBA 3U3GA 3TAPA 2YNGA 1SV5A 1Y97A 1U49A 3AVFA 1N6QA 3AO3A 4DSLA 4E19A 3L3VA 3MECA 3S3MA 1EX4A 4AHTA 3NGIA 1YTUA 1TKZA 1R0AA 3U3YA 2WOMA 3V1OA 4JRPA 4DQRA 5J2MA 4DFJA 3VQAA 3QESA 4CJ3A 1HPZA 1LAVA 4Z4CA 3QERA 1QE1A 4DS4A 4UQGA 1JXBA 4OPJA 4M3ZA 2KW4A 1JLQA 4IG0A 3ZSQA 4CEFA 3AVBA 4FK0A 2F96A 1TVRA 1SL2A 4Z0UA 3OYMA 1KFSA 3ZSYA 2X78A 4HCBA 1GOBA 3RMCA 4MQ3A 4M41A 3VQBA 2XO7A 4DQSA 5FDLA 2P5GA 1D5AA 1J53A 4E3SA 4E7HA 1S1UA 4HUEA 2DFFA 3CG7A 3QIPA 4KHUA 1JLBA 3TABA 2BANA 3O4NA 1IKYA 1ZBUA 4JLHA 1VSDA 3NE6A 3I0RA 4O0JA 1RDAA 1TL1A 1C0MA 3DRRA 3VQQA 4CEZA 4DF8A 4BDPA 3S3OA 2YNIA 3ZT2A 4DQQA 3NCIA 2X6NA 3SUOA 1C1BA 1Q8IA 4CF9A 1NKCA 4M42A 1RBVA 2RF2A 4HCCA 3RMDA 2XHBA 3HM9A 1RT4A 5CYQA 5SZTA 4BACA 3VQPA 3PY8A 1VSLA 2YV0X 3DI6A 1SL1A 3THVA 3F73A 1QSSA 4LH4A 4CHPA 2JGUA 3SUQA 3OYKA 3K5LA 3ZCMA 4IKFA 4PUOA 3M8PA 4B8CA 4FJIA 2PY5A 2HW3A 1NOZA 2X6SA 3AVKA 4DTPA 2XY5A 2AJQA 4OVLA 3NF7A 4LSNA 2FBXA 2IS3A 1A5VA 3L3UA 4DSKA 4CFBA 3KLGA 1RDCA 1VRTA 2G8HA 4AHRA 4F4KA 5C25A 1WLJA 1WN7A 4OGEA 4CHQA 1RTHA 3OYEA 3L2QA 3KTQA 3QNNA 2G8KA 3ZT3A 4ZHRA 4OJRA 4QAGA 3VA0A 4B9VA 2GV9A 3MEEA 1RT7A 1JL2A 3IG1A 3CFPA 2EHGA 5KGXA 2G8UA 4DSJA 4H4MA 4KHYA 3HVRA 4QCLA 1J54A 3P5JA 3OYBA 1QHTA 3QEXA 3SV3A 3SUNA 1U45A 3KJVA 1RT2A 3HT3A 3DLEA 1J5OA 4OKEA 5J2PA 2PYLA 4EZ9A 2WONA 3ZSOA 1WAJA 3SI6A 4FJHA 2KQ2A 1HYVA 4W5NA 1HMVA 1U4BA 2OZSA 1DTQA 3AA3A 1KCFA 4E1MA 1F21A 4FJ8A 1TK5A 2E6LA 1SUQA 3PO5A 3M8QA 2YHBA 1HRHA 4ZTFA 4FZXC 1QTMA 3RTVA 3ZSZA 3BDPA 3C6TA 2DFEA 3QEWA 3U6FA 4KB0A 1IKWA 4O4GA 1C1CA 3QETA 1O1WA 4NYNA 3AVHA 1EXQA 1G15A 3O3GA 3O3HA 4CJSA 4CHNA 2G8FA 4CE9A 3EYZA 1YTAA 1UWBA 1N5YA 5HRSA 3T19A 2DY4A 3NH2A 4DTSA 3OYNA 1T05A 4C8LA 2FC0A 4ELTA 1FK9A 1NOYA 1C0UA 2R7YA 4DTNA 3V1QA 4CJVA 1D9DA 1BQNA 3P1GA 3LWLA 1SKRA 3G10A 4IG3A 3VQCA 3F9KA 4F8RA 1RDBA 4FJXA 1HNVA 3OY9A 4FJNA 4DWIA 4Y1CA 5KI6A 3L2RA 4E0DA 1FXXA 1X1PA 4B8AB 1QSYA 1BISA 2OA8A 1UOCA 1FKOA 2F8TA 3OJSA 3AA4A 1D9FA 3VQ9A 4EP4A 4KTZA 1B9DA 4WE1A 1X9SA 1ZBFA 1Q9YA 4Q5VA 1RBUA 3TAMA 4KHNA 4YNQA 1K6YA 4KFBA 3DOLA 2G8VA 1WSHA 1UA1A 5DMRA 3HP6A 1VSIA 3O3FA 1VSMA 3RRGA 2RKIA 4CF1A 3AA2A 3RMAA 4E7JA 3DRPA 4W5OA 3V81A 2O4GA 1T8EA 4TSXA 2D0AA 4CGFA 4G1QA 4CFAA 2IC3A 1IG9A 3PV8A 1NK8A 5D3GA 4Z4HA 1XWLA 5HLFA 1KVCA 1JLGA 1RDDA 3SQ1A 1NKEA 4DQPA 1BIUA 1C0TA 1TAQA 4DU3A 4CEOA 4IFYA 4BE0A 2HHWA 4C8OA 3L2UA 1BI4B 5JS2A 1EP4A 3OYFA 3SPZA 1NJZA 3LWMA 4FJGA 3OYDA 1RT6A 4HHTA 4LH5A 2P51A 2GUIA 1RTJA 3HSTB 3JYTA 4KAZA 1SKSA 5I3UA 3KD1E 4DSFA 1Z25A 3A2FA 1VSHA 3CFOA 3HPGA 4FJKA 4B08A 4M3WA 3PUFA 3TR8A 4CHOA 4OLBA 1QS4A 2X74A 4RW6A 4AHCA 1B9FA 1J9AA 1RT5A 3DLKA 2IGIA 2LSNA 2QKKA 4FLWA 4I9QA 2E6MA 1TK0A 3MEGA 4J2AA 3T3FA 1S6PA 1NK5A 4FXDA 3MAQA 3SQ4A 4CFCA 3QO9A 3AVIA 4GVMA 4H4OA 3LAKA 1NK0A 2DTUA 3LP2A 4IDKA 3NBPA 4FW2A 4RW8A 4N47A 3LANA 4I7FA 4M45A 3SYZA 3V1RA 4JRQA 1XI1A 3WNEA 3VQ8A 1RTDA 3MXIA 1ZYQA 2VG7A 1MU2A 5KTQA 4ID5A 3K57A 4B3OA 3C95A 3OYAA 4NCAA 4CJKA 4FJMA 4KRFA 1NK7A 2OZMA 2RPIA 5CZ1A 3KKRA 3EY1A 1TAUA 3ZT0A 1HNIA 4FYDA 3AO1A 3C6UA 2VWJA 1I39A 3OVNA 4DQIA 3FFIA 1NJXA 3HK2A 2XY7A 3SV4A 1CXUA 1VRUA 3QIOA 2FBTA 1ZBIA 3KD5E 1LWEA 4QOZB 3B6PA 5KGWA 4AILC 3VQ4A 1EKEA 4CJRA 4CJEA 2KTQA 4KI4A 4E89A 3LALA 3RR7A 4Z4IA 1WSFA 3K5NA 1A5WA 4DFMA 2D0BA 4CIGA 5J1EA 3V9SA 1UA0A 3CM6A 1WSJA 3NF6A 4BE1A 3LPUA 3NF9A 4CK3A 3KLHA 1BQMA 4EZ6A 2BE2A 3KK2A 3NAEA 3HO1A 4DTJA 3IRXA 3CQ8A 4E1NA 1UAXA 4AH9A 1BIZA 1RBSA 2Z1JA 1JKHA 3H08A 3KLFA 2PYJA 4DU1A 4HVJA 1KSPA 3AVGA 1NK4A 4Q0BA 4FJJA 2HNYA 4XIUA 4K8ZA 4B9MA 3AVAA 3ISNC 3KKSA 3TARA 1BI4A 3K2PA 4ZTJA 1ASUA 3ULDA 2YKNA 5FRNA 3LAMA 4BWJA 3S3NA 1I3AA 3DOKA 2P1JA 3OYGA 3QEVA 1KLMA 1VSKA 3AA5X 3O4QA 3AVLA 4DU4A 4F3TA 4KREA 5C42A 2ETJA 3RRHA 4K8XA 3LZJA 4C8MA 4CHYA 3WNHA 1L3SA 1RCHA 2HHUA 3VN5A 2YNFA 1RT1A 3OYCA 1RBRA 1LAWA 4DFKA 4F3OA 3E01A 2A1RA 4JS4A 2Z1HA 1YT3A 5C24A 4FLZA 4GW6A 1XC9A 1ASWA 4B9UA 3DLHA 3MXJA 4M3UA 3G0ZA 3KLEA 4FK2A 4R5PA 2ZE2A 5CY4A 3C94A 2HB5A 4CGDA 4DG1A 4B9LA 4KHSA 1HYZA 2YHAA 2Z1GA 5HRRA 4LSLA 1S1XA 3LP3A 3SJJA 3MXMA 1IKVA 1D8YA 1NJYA 3TAGA 4J2DA 4IFVA 3OS1A 4I2PA 4M3TA 1KTQA 4KKOA 2HHSA 3T1AA 5E41A 4FM0A 3I0SA 4Z4FA 4CJ5A 3PX4A 1S1TA 4OKKA 3VQEA 4B9TA 2B4JA 2OPPA 1XHZA 1S9EA 3TWHA 2DFHA 3ITHA 4CJWA 1HQEA 3KIOA 3DLBA 1LWCA 4M3XA 1JXEA 2XY6A 4OLAA 3HPHA 1REVA 3LZIA 4N56A 3ALYA 3HP9A 3VQ6A 1W0HA 2HHQA 3B6OA 1X9WA 4W5QA 1Z26A 4PWDA 3TANA 3P83D 3AVNA 4LD0A 4FCYA 3I8DA 4CGGA 4KTQA 2BDPA 1JLCA 3NF8A 1ZBHA 5HRPA 3NH1A 2D0CA 4RG8A 3AVJA 2XRIA 4CESA 3DLGA 3SZ2A 4CK2A 1C6VA 2HNZA 3HPOA 3SUPA 4F2RA 2KZZA 3DRSA 1VSJA 4N5SA 3PX6A 4CIFA 4YFUA 4DF4A 1WNSA 1FKPA 4CIEA 4CHZA 1KVAA 1KVBA 1DTTA 5CZ2A 4NCBA 1RILA 4BDZA 4KPYA 4Y1DA 4AHUA 2E4LA 2F8SA 5KRSA 4OGCA 1L3UA 1A5XA 3NFAA 2P5OA 4PQUA 1KLNA 3NH0A 1HYSA 3MEDA 1U04A 4FJ7A 4ICLA 1YVUA 3AO4A 2Y1JA 1KFDA 1X9MA 1VSEA 2GBZA 2NUBA 4CJ4A 2G8WA 2IAJA 3RR8A 4FJLA 3ZSVA 5K14A 1L5UA 2QXFA 4CJPA 2YNHA 2PZSA 4O0IA 4ELUA 4CGJA 1ASVA 4FK4A 4O55A 5T7BA 2KZMA 4DMNA 1BCOA 4M3RA 4GMJB 1BGXT 4BWMA 2HNDA 3SPYA 2B6AA 3TI0A 1NK9A 4O5BA 4DTRA 3RWUA 4DTUA 4FVMA 2KFZA 4DTOA 2VG6A 3NHGA 3LP0A 3TAEA 2FBVA 1T03A 1NK6A 4FZYA 4CF0A 4H8KA 2G8IA 1VK0A 3KLIA 4CEDA 1TKXA 2OPRA 4KHQA 4Z4EA 3WNGA 1T7PA 3EZ5A 1GOAA 1RT3A 3ZT4A 4NYFA 5FRMA 4CEAA 1QQCA 1WAFA 3HL8A 4CF8A 3OYHA 3M8SA 1EETA 5EU7A 3QNOA 3V9UA 4CJUA 4M3YA 1C1AA 3L8BA 4J2BA 1IKXA 4KTWA 3AO5A 4CGIA 4DSEA 1CZ9A 1XHXA 4IBNA 3HJFA 2KFNA 3V9WA 1L3VA 4CJFA 2A1SA 3CM5A 1VSFA 1U48A 1ZBLA 3M8RA 3OYJA 4CK1A 3PO4A 1S9GA 4FLVA 1JL1A 3ZSRA 3OJUA 5J2QA 3VQDA 2HVHA 2HHVA 4HUGA 4FJ9A 2VWKA 4MFBA 3VQ7A 4PY5A 4I2QA 5J2NA 3QLHA 4FLTA 4DTMA 1BCMA 1DLOA 3WNFA 3OS0A 3CYMA 4CEEA 3OS2A 3JSMA 1S5JA 3LDSA 1TV6A 4OPKA 1TK8A 5FROA 3RMBA 1RBTA 5HROA 3AV9A 4AHVA 1ITGA 3HXMA 3QEPA 4FJ5A 3IS9A 3TAFA 4BDYA 1SL0A 4CCHA 4CERA 1S1VA 2HHTA 4PA1A 3K59A 2OPQA 3CFRA 4BE2A 2JLEA 3SNNA 2EX3A 3ZT1A 3K5MA 4ID1A 1QSLA 5KRTA 4W5RA 4B9SA 2IDOA 1LWFA 1WSEA 1U47A 2I5JA 3K5OA 4CECA 1IO2A 3TAQA 4O44A 3QEIA 2Q3SA 2O4IA 2HMIA 4KB1A 3V9ZA 2HHXA 5JS1A 3V9XA 5HP1A 5DK5A 4L8RB 4W5TA 3ASMA 3V6DA 3SQ2A 4E7IA 1W9HA 3BGRA 4KHWA 3HYFA 1JLFA 4OKJA 4DTXA 2ATQA 4NCGA 1NJWA 4ELVA 3L2WA 4N41A 1TGOA 1SKWA 3HVTA 4FLUA 2Y1IA 2OYQA 2VG5A 2YKMA 4FM2A 4FZZA 4LY7A 2FBYA 4N76A 1L3TA 1S6QA 2OPSA 3PX0A 3DYAA 4CJLA 3D0PA 4RW9A 3ZSXA 3UIQA 2Z1IA 3AO2A 4KO0A 3IAYA 1JLEA 2D5RA 1CXQA 2ZD1A 3DM2A 4CJQA 4CFDA 3AVCA 3LPTA 4AHSA 4E7LA 4DLGA 3SQ0A 1KRPA 3NDKA 3V4IA 3VA3A 3D45A 2RN2A 5I42A 4CEBA 4FW1A 5SWMA 1WSGA 3KK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DMJA 4C1NK 1GOCA 3QINA 3QEPA 2KTQA 1ATRA 3LP1A 1C0FA 1HJRA 1NLVA 4CGHA 3NGYA 2QM1A 4B1XB 4C8KA 1RNHA 2BTFA 2ITGA 1NKBA 1RTIA 4DSIA 5EY4A 5HRNA 3ZSWA 3EKUA 4HUFA 3AVMA 1QQMA 3VTIA 4IJNA 2W6LA 2HVIA 1RGIA 2B5JA 2JWKA 5EXWA 2P9IA 3VETA 4Z4GA 3KZBA 5HBMA 4HTUA 4KV8A 3S9HA 4ILHA 3U3GA 4BC5A 2YNGA 2HBLA 4CZMA 3S3MA 4JRPA 3QESA 1BO5O 1LAVA 3K0SA 2GUPA 3AVBA 3WEEA 1KFSA 3ZSYA 3WXKA 2F9WA 1H1VA 2P5GA 1D5AA 3FGUA 3TSPA 4RWTA 4HUEA 4KHUA 4O5FA 1JLBA 5E26A 3UKRA 2BANA 1IKYA 3AARA 3VMFB 4BC4A 3I0RA 1RDAA 5AZIB 1C0MA 2ASMA 4CEZA 4K42A 1OH8A 4DR3K 3CD6N 3NCIA 1NKCA 4M42A 3MN6A 1N36K 3LM9A 2UYTA 4A2AA 5BR8K 5CYQA 4DUYK 4UY8O 3DXKA 4BRFA 1S22A 1QSSA 4DB3A 4ILJA 1XMOK 2JGUA 1HX1A 3K5LA 4IKFA 5AQNA 1NOZA 1BG3A 4LSNA 1M90O 2Q2RA 1U6ZA 4F4KA 3P38A 4CHQA 1WUAA 3KTQA 2G8KA 1RT7A 1JL2A 4YDUC 5CE3A 4JI2K 4JNEA 4DSJA 1DEJA 3HVRA 3P5JA 3QEXA 4IO9L 3VTHA 2GWJA 3DLEA 4OKEA 2E2QA 2PYLA 3Q7BA 3QDKA 1WAJA 4FWKA 3SI6A 4FJHA 2KQ2A 4W5NA 1HMVA 1U4BA 1KCFA 2E6LA 1SUQA 3M8QA 2YHBA 1MA9B 2AP1A 3ZSZA 5JMVA 4KB0A 3U6FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DMJ A;  4C1N K;  1GOC A;  3QIN A;  3QEP A;  2KTQ A;  1ATR A;  3LP1 A;  1C0F A;  1HJR A;  1NLV A;  4CGH A;  3NGY A;  2QM1 A;  4B1X B;  4C8K A;  1RNH A;  2BTF A;  2ITG A;  1NKB A;  1RTI A;  4DSI A;  5EY4 A;  5HRN A;  3ZSW A;  3EKU A;  4HUF A;  3AVM A;  1QQM A;  3VTI A;  4IJN A;  2W6L A;  2HVI A;  1RGI A;  2B5J A;  2JWK A;  5EXW A;  2P9I A;  3VET A;  4Z4G A;  3KZB A;  5HBM A;  4HTU A;  4KV8 A;  3S9H A;  4ILH A;  3U3G A;  4BC5 A;  2YNG A;  2HBL A;  4CZM A;  3S3M A;  4JRP A;  3QES A;  1BO5 O;  1LAV A;  3K0S A;  2GUP A;  3AVB A;  3WEE A;  1KFS A;  3ZSY A;  3WXK A;  2F9W A;  1H1V A;  2P5G A;  1D5A A;  3FGU A;  3TSP A;  4RWT A;  4HUE A;  4KHU A;  4O5F A;  1JLB A;  5E26 A;  3UKR A;  2BAN A;  1IKY A;  3AAR A;  3VMF B;  4BC4 A;  3I0R A;  1RDA A;  5AZI B;  1C0M A;  2ASM A;  4CEZ A;  4K42 A;  1OH8 A;  4DR3 K;  3CD6 N;  3NCI A;  1NKC A;  4M42 A;  3MN6 A;  1N36 K;  3LM9 A;  2UYT A;  4A2A A;  5BR8 K;  5CYQ A;  4DUY K;  4UY8 O;  3DXK A;  4BRF A;  1S22 A;  1QSS A;  4DB3 A;  4ILJ A;  1XMO K;  2JGU A;  1HX1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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