3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
b'GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
4CJKA 3V1RA 2GV9A 1S1XA 3AV9A 1HQEA 3SZ2A 4M3RA 3ZT0A 4Z4FA 4CJFA 4B9MA 3LPUA 4B9VA 1JLAA 3DOKA 3NF8A 4KTWA 2ZQBA 4W5NA 1KTQA 5I42A 3SV4A 1RDBA 4JRQA 1RDDA 4ZTJA 4RW9A 2PYLA 4CGFA 2HVIA 3SUOA 1VRUA 4CHNA 3K59A 2I5JA 4DFKA 1JLEA 3T19A 4DQQA 3KLGA 4FYDA 4FJ7A 1RT5A 4DSKA 4M3XA 4BDZA 1S6PA 4ELUA 5CYQA 3PV8A 4CJLA 3ZSZA 4FK2A 3T3FA 4FJLA 3HPOA 3AVBA 3HYFA 1LAVA 4F2SA 4M42A 1S5JA 1IO2A 3V6DA 4LY7A 3KLHA 1BCOA 2P1JA 4I9LA 1WN7A 4FK4A 1ZBIA 4JS5A 1CZBA 4FCYA 4DSLA 4C8MA 2HHVA 2JGUA 3DLHA 3MEDA 3TABA 1HQUA 3AVKA 3DMJA 4KFBA 2QKKA 2DFEA 2ATQA 4H4OA 2E6MA 3OS0A 1QSYA 3CYMA 1J54A 4PA1A 3VQ8A 3AO5A 1KFSA 1KRPA 4DMNA 3QEXA 2BDPA 4DSJA 5HRSA 4CGIA 3DLGA 1KVAA 1VSMA 1WAJA 2GUIA 4GVMA 3ZSYA 4EP5A 1KLNA 2F8TA 2FBTA 1TGOA 3O3GA 2KW4A 4RW8A 1C6VA 4W5QA 2FBYA 3KKSA 3AA4A 1QE1A 3M8RA 1RT4A 1NOZA 4CJEA 1GOCA 5FDLA 4ELTA 3VQ5A 1I39A 3CM6A 4UQGA 4RW6A 4DQIA 4CFAA 4DQSA 1NJZA 4DQPA 3L2VA 4DTUA 1BQNA 3OJSA 2IC3A 4CGHA 3DI6A 4B8CA 4E7KA 2QK9A 1A5WA 4E89A 3ZSRA 1RBRA 1WSEA 4OKJA 4CGDA 2OZMA 3AVMA 1U4BA 1LW0A 2DTUA 2R7YA 1SKRA 3G10A 4MQ3A 3CFRA 4HUGA 1TAUA 4OLAA 2HB5A 3ITHA 2IDOA 4CEBA 4CJ5A 3K58A 4DTOA 3SQ2A 4WE1A 5I3UA 4IKFA 1A5VA 4F3TA 2PZSA 3DRRA 1NJYA 3ASMA 1ASVA 1D9DA 2BE2A 1JL2A 1S1WA 3AO4A 4OVLA 4BWMA 4CEQA 1RCHA 3LPTA 4FW2A 3FFIA 4CF0A 4C8OA 4B9NA 4KAZA 2QXFA 4Z0UA 4CGGA 1XHZA 5HBMA 1TAQA 5SWMA 1X1PA 4R5PA 3SUNA 1Z26A 4EZ6A 4W5RA 3C94A 4FM1A 4O0JA 1N5YA 1C1BA 1YVUA 4LSLA 1RDCA 1RT6A 2HHQA 2P51A 1L3VA 3UIQA 2IAJA 4FJ5A 5HP1A 3TR8A 3TARA 3AVLA 1SL2A 1HYZA 4M3YA 1JXEA 4IBNA 2ETJA 4RG8A 4Y1DA 3NE6A 2ZD1A 2XO7A 3RWUA 3QEWA 1WLJA 1MU2A 5KGXA 4DTJA 1F21A 2G8HA 3V4IA 4BE1A 2EHGA 1J5OA 1JL1A 3OYGA 4DFPA 4FLXA 4E3SA 3SPZA 3NGYA 5DMRA 1HMVA 3AA3A 1IKXA 5HRNA 4RW4A 1RBSA 3VQBA 3TAPA 1IH7A 4DF4A 2VG6A 1XC9A 5KI6A 4OJRA 3HP6A 3L3UA 4LD0A 4C8LA 2IS3A 3V9UA 1ZYQA 3LAKA 2GBZA 2HNZA 3LALA 3M8PA 4CF1A 5JS2A 4FM0A 2WONA 4I2QA 1LAWA 1X9MA 4CGJA 4KTZA 1NJWA 1JLBA 2A1SA 4ID1A 4KHNA 4B3OA 4Q0BA 1YTAA 4IDKA 2B6AA 4CFBA 2P5OA 3DLRA 1WSFA 3KD5E 1D8YA 1SUQA 1TV6A 1B92A 1L3TA 1ASWA 4NYNA 5HROA 3VQDA 3KJVA 4N41A 2HHWA 2YHAA 4IG3A 4FLYA 1QTMA 4FJMA 4FLVA 2Z1HA 3QO9A 4HCCA 2WOMA 4PQUA 4I9QA 3HJFA 4PWDA 4CK1A 3RR7A 2XY5A 4DS4A 4J2DA 3NFAA 1TKZA 1JKHA 2E6LA 4I2PA 4HUEA 1WNSA 4N56A 3TAQA 3VQAA 4BE2A 4N76A 3DOLA 3KK2A 3L2WA 3BDPA 2HNDA 3HK2A 1WSIA 4E7HA 3MECA 3RRHA 2Y1JA 3M8SA 1JLFA 2RN2A 3K5NA 4NCAA 4M3WA 4DFJA 3ZSWA 3KKRA 5HRRA 3NF7A 4O0IA 2ITGA 1BL3A 3DLEA 4OKKA 3IAYA 1FK9A 4M3ZA 4HTUA 4KKOA 4CJRA 1TK0A 3AVHA 1NK9A 1TVRA 4O44A 1UA0A 3PY8A 2X78A 3VQ7A 3L2QA 3L3VA 1C1AA 1XI1A 3L2RA 1LWEA 3KLEA 3O3HA 4CJWA 4J2EA 4HVJA 3CM5A 2QKBA 4BACA 2VWJA 3G0ZA 1A5XA 2YNGA 4CF9A 1NK7A 1RBUA 4Y1CA 4EZ9A 3K5LA 3SNNA 1JXBA 4CHOA 4OGCA 3WNGA 4N47A 4AH9A 1RBVA 4DTNA 4ICLA 3AO1A 3F9KA 1ASUA 1LWCA 3DYAA 2Z1IA 3QETA 3QLHA 4FJIA 3AVNA 3DLBA 1ZBHA 1NK8A 3TAFA 2OPRA 1RNHA 3LDSA 2XRIA 4NYFA 1RT1A 1X9WA 4Z4IA 4H4MA 1KVCA 4QAGA 2KFNA 3KK1A 4CE9A 3LAMA 1ITGA 3OYNA 3NH2A 3OYLA 1IKVA 1UOCA 2YNHA 5FRNA 3AVAA 1BI4A 1JLCA 3ALYA 2G8FA 2KQ2A 1ZBLA 2HW3A 3SV3A 4JRPA 2D0CA 4E7IA 4DSIA 5KRSA 1WSHA 4FVMA 3LP0A 5E41A 1S1TA 1VSIA 2YKNA 4Q5VA 3L2UA 3VA3A 3V9XA 5FRMA 1XHXA 1U49A 4E1NA 3LP2A 3QEVA 4Z4HA 3H08A 3ZCMA 3OYFA 4K8ZA 1RT7A 4O4GA 1HYVA 4CJUA 3OS2A 3TAMA 1EP4A 3TANA 2HHUA 3HP9A 1KVBA 4M3TA 1N6QA 3I0SA 5T7BA 5J2PA 1RTDA 1WAFA 1VSFA 4C8NA 4FJGA 5J2MA 4KTQA 3LWLA 4FLTA 3V9WA 3VQ9A 2Z1GA 3NF6A 3U3GA 3VQEA 4DSEA 2HHSA 4Z4CA 4OPKA 1SL1A 3LWMA 4B9UA 1KLMA 2X6SA 1D5AA 4JLHA 4DF8A 4CEEA 3MEEA 1NOYA 4KHYA 4DLEA 2XY6A 3SJJA 4FJXA 2ZE2A 3ZT1A 4XIUA 3HM9A 2X74A 3AVCA 5FROA 2Y1IA 1VK0A 1NK6A 4OGEA 4KV8A 4IG0A 2D5RA 1BCMA 3NGIA 2OPQA 3OYAA 1TK8A 4M3UA 1C0UA 3I0RA 4DG1A 3HSTB 4FZZA 1VSEA 3QEPA 3QERA 1T05A 4F3OA 4DSFA 1IG9A 3HT3A 3V1QA 1NKEA 2HVHA 1S6QA 1S1VA 3PX4A 1C0MA 4CEFA 5JS1A 1T7PA 1QS4A 4OKEA 3C6UA 3QIPA 3OS1A 1GOAA 4CJ3A 1YT3A 1RT3A 3VQ6A 5KRTA 1EKEA 3AO3A 2OPSA 5J2QA 4O55A 4DTPA 3OYDA 3OYKA 1FKPA 1BHLA 1W0HA 2DFHA 2JLEA 4AHCA 3OYBA 4FM2A 4B8AB 5C25A 2OA8A 3CG7A 4E0DA 4FJJA 1HRHA 1WSJA 3IG1A 3TI0A 1QHTA 4LSNA 1GOBA 1REVA 2BANA 3SQ1A 4B9LA 3K5OA 3VQCA 2LSNA 4CF8A 2FBVA 3OYIA 3I8DA 4KHSA 1BI4B 4TSXA 4M41A 5HLFA 2YNFA 3PO4A 3E01A 1D9FA 3SQ0A 4J2AA 4CEZA 3OVNA 4NCBA 1C0TA 3OYJA 1FXXA 1X9SA 3V9ZA 3CFPA 4AHUA 4AHTA 2G8KA 1L3UA 4YNQA 1RILA 3OJUA 1SL0A 4IFYA 4KPYA 5CZ2A 4I7FA 1SV5A 4F8RA 1LW2A 2G8WA 3DRSA 2VWKA 3TAEA 4FLUA 3QNOA 4CJVA 3TAGA 2G8UA 1VSLA 1EETA 2YNIA 4GW6A 3ULDA 4FZYA 4QCLA 3T1AA 3WNFA 3LP1A 5K14A 2KZMA 4CESA 3VQ4A 3MXJA 2HHTA 1CXQA 1QSSA 1B9DA 3RTVA 3S3MA 1SKWA 1FKOA 4CJ4A 3KK3A 3SI6A 1LV5A 3RMDA 4AHVA 1HYSA 3V81A 2Q3SA 3C95A 4KHQA 1BISA 4DTRA 4CEOA 4CHZA 4ELVA 3ZSQA 5CZ1A 4CIEA 4E7LA 4DTXA 3VA0A 3KD1E 1Z25A 4JS4A 1TKTA 3B6PA 3NF9A 2F8SA 1DTQA 3D45A 3NH0A 1J9AA 3AVFA 4BDYA 1TL3A 4CERA 1XWLA 3P5JA 1S1UA 4ID5A 4CEDA 3RMBA 4CHQA 4FJ8A 3RRGA 2O4IA 3P1GA 1UAXA 3VQPA 3ZT4A 3THVA 1QQCA 1VSKA 2VG7A 2PY5A 3QESA 1T03A 4BE0A 4KB1A 4PUOA 2KZZA 4LH4A 2DFFA 4AILC 1RT2A 5C42A 5KTQA 3S9HA 3QIOA 1U45A 4MFBA 1WSGA 4DLGA 1S9GA 1R0AA 4DU3A 3LANA 4W5OA 3S3NA 1U48A 2EX3A 4J2BA 1C1CA 4FXDA 2Z1JA 3PO5A 3EZ5A 5EU7A 3SQ4A 3RR8A 1HNIA 1VSHA 4CK2A 3LZIA 1T8EA 2VG5A 4CEAA 3NH1A 1Q9YA 2W42A 3KIOA 3L8BA 4AHRA 3TWHA 4ZTFA 1HJRA 4F4KA 4O5BA 4PY5A 4E7JA 1HNVA 4CIGA 4OPJA 3HPGA 2FBXA 3DRPA 3HPHA 4KREA 3ZT2A 3AVGA 3MEGA 3QNNA 1JLQA 1NK4A 2E4LA 1QSLA 3HXMA 1IKWA 1B9FA 3C6TA 4CHYA 4CHPA 3AA2A 4DTSA 1TKDA 4B9TA 4EP4A 3VN5A 3P83D 4CFDA 4CJQA 3WNHA 3AVIA 3OYMA 3WNEA 3SYZA 4OLBA 2D0AA 4B9SA 4K8XA 5CYMA 3S3OA 2O4GA 3AVJA 4FJHA 1ZBUA 3O4QA 4LH5A 2OZSA 4Z4GA 3ZSOA 1L5UA 3B6OA 3NBPA 3O3FA 4DU1A 3SPYA 4B08A 4CECA 2A1RA 2KTQA 3KLFA 4N5SA 4CCHA 4FJNA 3V1OA 2G8VA 1K6YA 3NDKA 3DM2A 4NCGA 3ZSVA 4CJPA 3SUQA 1NK0A 1VSDA 4KHWA 1RTIA 4FLWA 3MXMA 2XHBA 5KGWA 4HHTA 2HNYA 1BIZA 5D3GA 2KFZA 3MAQA 4YFUA 3OYEA 1TKXA 4FLZA 5CY4A 4CFCA 1U47A 4H8KA 4IFVA 4G1QA 4FJ9A 1Q8IA 4M45A 3AO2A 4KB0A 5DK5A 1ZBFA 3SUPA 3RMCA 3MXIA 3DLKA 4DU4A 1BQMA 1RTHA 2RF2A 3ZSXA 4AHSA 2XY7A 4BDPA 2YKMA 2IGIA 3OYHA 3AA5X 4L8RB 4W5TA 1DTTA 1HPZA 3OYCA 1G15A 3LP3A 4HCBA 3IS9A 3O4NA 3NGZA 2RKIA 1JLGA 3EY1A 3CQ8A 1W9HA 2YHBA 3ZT3A 3SCXA 2OYQA 4KI6A 4F2RA 4FW1A 1U04A 4C8KA 3M8QA 3PX0A 1Y97A 4E1MA 1RDAA 1SKSA 1NJXA 4FJKA 3V9SA 2B4JA 1NKCA 3LZJA 3KLIA 2P5GA 3QINA 1KFDA 3HL8A 3HVRA 5SZTA 4CF2A 1S9EA 1VSJA 4DWIA 4DFMA 3K57A 2AJQA 3A2FA 4QOZB 4Z4EA 1TL1A 1UA1A 2PYJA 4KRFA 1RTJA 5J2NA 1CZ9A 3PX6A 4KO0A 3RMAA 1BGXT 1KSPA 2FC0A 2G8IA 2D0BA 5J1EA 3U6FA 2DY4A 4DQRA 1VRTA 4FK0A 3K2PA 5HRPA 3OY9A 2NUBA 2X6NA 2YV0X 3ISNC 4DS5A 4BWJA 3JSMA 1TK5A 4CK3A 2RPIA 3CFOA 3K5MA 2BGGA 5C24A 4RW7A 4KI4A 1DLOA 1O1WA 1YTUA 1EX4A 1I3AA 4CJSA 3NAEA 1L3SA 3VQQA 1BIUA 1UWBA 4HUFA 1Q9XA 4GMJB 4DTMA 4CIFA 1IKYA 3PUFA 4E19A 2F96A 2OPPA 3NCIA 4CJTA 3D0PA 3QEIA 1NK5A 3JYTA 2HMIA 1NKBA 3F73A 2B5JA 3BGRA 3HO1A 4ZHRA 2HHXA 2XY8A 1CXUA 1LWFA 3IRXA 1EXQA 3EYZA 4KHUA 3KTQA 1KCFA 2IOCA 3NHGA 3U3YA 4FZXC 1CLQA 3HVTA 1RBTA 1J53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X9JA 1VQLN 2GV9A 3AV9A 3SLCA 4JKGB 4CJFA 4B9MA 2V7ZA 3LPUA 4IEEA 3HOTA 3NF8A 3CCVN 3WXJA 1KTQA 5I42A 3J7AP 1RDBA 4K42A 4RW9A 4DFKA 1G99A 2KLAA 2IVPA 3VEWA 4DSKA 4M3XA 5AQRA 4CJLA 4FK2A 3T3FA 2Q2RA 3HYFA 1M1KO 4M42A 1GLBG 1S5JA 4K25A 1IO2A 4I9LA 4WCEL 3PLAA 4QS8A 4IOAL 3HRGA 4JS5A 3F5TA 4C8MA 3TABA 1N33K 3VEYA 5BPLA 3CYMA 2BDPA 3DLGA 2HBLA 3DXMA 1IV0A 2FBTA 2O8BB 2KW4A 2QM1A 4IFEA 2FBYA 4KBOA 3AA4A 4V19S 3IFRA 1NOZA 3CCSN 3VF4A 1GOCA 3H1VX 1W97L 4ISFA 1NJZA 4DQPA 3SMSA 4DTUA 4JI0K 1GLAG 2IC3A 4B8CA 4E7KA 1NGJA 3FGUA 4JI3K 4IXCA 2NRTA 3AVMA 2R7YA 3CFRA 1TAUA 1C0FA 1LOTB 2HB5A 3SQ2A 4DTOA 3VPZA 1OVYA 1GLEG 3MN7A 2I7PA 4H5TA 3ULEA 1JL2A 2YHWA 4OVLA 4C8OA 3LPTA 2HHHK 4CGGA 1E4FT 5SWMA 4EZ6A 4W5RA 1N5YA 4O0JA 1C1BA 1YVUA 2HHQA 4FJ5A 3QB0A 5HP1A 1HYZA 3CPEA 4DV0K 4Y1DA 3NE6A 4DTJA 3V4IA 2EHGA 1J5OA 4ILHA 4DFPA 4IO9L 4JD2B 5HRNA 5KI6A 3HP6A 3AY9A 4C8LA 2IS3A 4GVEA 4FM0A 4IOCL 1X9MA 2A1SA 3ZX2A 4B3OA 4KHNA 4Q0BA 1Q7YO 5FPEA 2B6AA 4CJ7A 1WSFA 4DR1K 4BC3A 1SUQA 3A5LC 3CIPA 4NYNA 3VQDA 1VQON 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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