3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
1XHXA 3G0ZA 2RN2A 3O4QA 4RG8A 1TK0A 1KVAA 4B9NA 4FVMA 4DTOA 3ZSQA 4BDPA 4AH9A 3RTVA 3PO4A 4AHCA 3IAYA 3LAKA 3CG7A 1I3AA 1Q9XA 4ID1A 4KHNA 3TR8A 4ZHRA 1TK8A 3OS2A 3WNHA 4CK2A 1DTTA 3RMDA 4DWIA 3B6PA 3AA3A 3OYMA 3L2QA 2OZSA 4F3OA 4BE2A 2DY4A 2EX3A 2PZSA 1QHTA 4KTZA 4CF0A 5J2QA 5HLFA 4ELTA 3K2PA 4DQQA 1ZBFA 1VSFA 4CCHA 4FLYA 2OYQA 4K8XA 3AO3A 1S1UA 3KK2A 1S1WA 3BDPA 4DF8A 4FXDA 4O44A 2G8HA 2F96A 4N41A 4FZZA 1FXXA 4J2BA 3U3GA 3VQ4A 4CGGA 4IDKA 3RR7A 1JLEA 1RT3A 3ZSVA 4B3OA 2ZD1A 3IG1A 3O4NA 3LWLA 1RBVA 1SKWA 4DTSA 3AVJA 4FJGA 5J2MA 2HHUA 2B5JA 2IAJA 5CYMA 4FLUA 5C24A 4KTQA 4OLAA 2YV0X 3QNNA 3TAFA 1NK4A 5D3GA 1WNSA 1HJRA 1TL1A 2E4LA 3VQAA 3K5OA 3O3FA 3SYZA 3V9WA 4Y1CA 3PX0A 3V9SA 3TANA 1NK5A 2XO7A 3LPTA 3LDSA 1HQEA 1NKCA 4AHSA 3AVKA 3OS0A 3VQEA 1Z26A 3OYDA 5C25A 1CXQA 3CQ8A 1JLGA 2HB5A 3HPHA 3U3YA 4J2EA 3VQBA 5CZ1A 5KRTA 4DU1A 1WN7A 1XHZA 3PX4A 1BL3A 1XWLA 4CFCA 4I2PA 3UIQA 4KHQA 4BWJA 1HPZA 2E6LA 3DYAA 4JS5A 5CZ2A 4DFMA 3SQ0A 1T8EA 4PQUA 1F21A 4BDZA 2A1RA 3MXIA 4M3YA 3QO9A 2GUIA 4OKJA 2P51A 1WSJA 4BDYA 4CF9A 3RMAA 2QKBA 4FK2A 4E19A 3ZT3A 5KGXA 1A5VA 1NJWA 2OPRA 4IFYA 1K6YA 2GV9A 4HVJA 4ID5A 3M8SA 3OVNA 4JRQA 3H08A 4FYDA 2HHVA 1ITGA 5I3UA 1IKVA 1U48A 4ELVA 1Y97A 3MECA 4O0JA 4CFDA 4N56A 2KZMA 3OS1A 4MQ3A 3B6OA 1VSIA 1T7PA 2PY5A 4EZ6A 1VSLA 2FC0A 3A2FA 3QEIA 3KKSA 3QEPA 2Z1IA 4C8LA 3MEEA 1NK9A 1WSGA 4AILC 4C8NA 2W42A 4CJUA 2HHQA 1UOCA 3CFRA 1NJZA 4FCYA 1BHLA 1BQMA 5K14A 3O3HA 3NBPA 3NH0A 4FLXA 3T3FA 2G8FA 3HYFA 5HRRA 2DFHA 3L3UA 4LH4A 3O3GA 3QEXA 4Z4IA 5JS2A 1RBRA 4QCLA 3RMCA 4DFKA 4C8OA 4BE0A 4DSLA 1TL3A 4FJ9A 1B9FA 4M3ZA 1RT6A 3NGIA 4FJIA 4KTWA 3HSTB 4CJKA 1VRTA 1D9DA 4KHWA 5FRNA 1IO2A 4J2DA 1TV6A 1EKEA 2FBTA 3L3VA 3T1AA 5KI6A 4CHPA 3VQPA 4Q5VA 2YKNA 4JS4A 3VQ6A 1LWCA 3KJVA 4CJPA 3L2RA 1L3SA 4W5TA 1QTMA 4TSXA 2DFFA 1C6VA 1BQNA 3VQ9A 1LWEA 3LZJA 1CZ9A 1LW2A 4YNQA 3AA4A 4BWMA 4CEZA 3V4IA 3THVA 4OKEA 2IDOA 3PV8A 4B9MA 1FK9A 1RBTA 4FJ8A 2KFNA 1RBUA 3M8PA 2BANA 4E89A 4FM0A 1A5XA 3HXMA 1SKRA 2KZZA 4O4GA 2D0CA 1VSKA 1GOCA 4RW8A 3WNGA 1KSPA 3PO5A 5SWMA 3ZT4A 1B92A 3AA5X 3ZSYA 4CEBA 1SL2A 4G1QA 3QIPA 1JKHA 2G8IA 3NF8A 4KB0A 3FFIA 3VQQA 4CFAA 2VG5A 4AHUA 4M3RA 2D5RA 1BIZA 4HUGA 3RRHA 4DTPA 1BCOA 3TARA 1ZBIA 2X74A 4E7JA 3C6TA 3VQ7A 3OYJA 2P5GA 4KHYA 4CGHA 1MU2A 2Z1GA 2RKIA 3SUPA 2HHTA 1UAXA 4CHYA 1J5OA 4DSKA 2QK9A 1BCMA 2YKMA 2YNFA 3VQDA 3AO4A 1NJXA 2R7YA 4F3TA 3OY9A 3BGRA 4FLTA 1KRPA 4F2SA 1N5YA 4E0DA 1FKOA 4KFBA 1W9HA 2YNHA 4MFBA 4XIUA 2AJQA 1ZBHA 4Q0BA 1NK8A 1S9GA 3L2UA 1XI1A 1JLBA 4CEEA 1X9WA 3HPOA 1T03A 3AVIA 3I0SA 3L8BA 1NOYA 4QAGA 3V9UA 1UA0A 3LAMA 1A5WA 1X9SA 3NCIA 3TAGA 4DTXA 5J1EA 1KTQA 4DQRA 4IG3A 1O1WA 1RT2A 3MEDA 3LWMA 3RRGA 1NJYA 3DLGA 3DOKA 4Z0UA 4AHRA 4DTJA 4KPYA 4NCAA 1S6QA 4Z4CA 3V81A 1VSEA 4IG0A 4CJ4A 3HO1A 3TAMA 1EX4A 4DTUA 3DM2A 4Y1DA 3C6UA 1L3VA 4YFUA 4RW6A 1IH7A 3HP9A 1QSSA 3G10A 3WNEA 3K58A 4Z4GA 1BIUA 4F2RA 1RNHA 3SZ2A 4FJXA 1CZBA 1J9AA 3QEWA 4OPKA 1R0AA 5SZTA 3HT3A 3ZSOA 1I39A 4CGJA 4DTNA 3L2WA 4EP5A 4H4MA 1YVUA 2HNZA 5FROA 1Z25A 2IC3A 4CEOA 4FM2A 3QETA 4AHVA 2OPQA 4CEDA 1JLAA 1G15A 1C1BA 3QLHA 1NK0A 3NF7A 3E01A 1HNIA 3QINA 3ZT0A 4ELUA 3I0RA 1U47A 2XY8A 4DF4A 1LV5A 2O4IA 3SUNA 2Y1JA 1SUQA 2HVHA 3SV3A 4M3TA 4CIEA 3HVRA 4ZTJA 4I9LA 1RDAA 4B8AB 3VQCA 4IFVA 4OVLA 4CJEA 3OJSA 4I9QA 4ICLA 1UA1A 1RCHA 1WSFA 4M3WA 2X6NA 3NFAA 3OYEA 4KRFA 4CIFA 4FW2A 1RDBA 4N47A 3TWHA 3AO5A 3K5NA 2VG6A 3DMJA 4CJVA 3DRRA 4DLGA 3AVBA 3SJJA 3SPZA 3AVHA 4HCCA 4KHUA 4CEQA 1RTJA 1KLMA 4PY5A 1DTQA 3V9ZA 1KVBA 1SV5A 3DRSA 3PX6A 3S9HA 3DLBA 3C95A 1S5JA 2ETJA 4I2QA 4RW4A 4DSIA 1B9DA 5FDLA 3VQ8A 3VA3A 4N5SA 1NKBA 3DRPA 2PYLA 2RF2A 5I42A 4PUOA 4B9SA 1BI4B 3V1QA 4UQGA 1WAFA 1NK6A 3OYBA 2A1SA 1CXUA 3JYTA 4HTUA 3MXMA 2F8SA 2HHWA 3TAQA 4CHOA 1VRUA 1IKWA 4FM1A 4BACA 2Q3SA 3LP2A 4NYFA 1SL0A 1L3TA 3HJFA 2JLEA 4FLVA 3DLHA 3LANA 5HBMA 4HCBA 3KIOA 5DK5A 4FLZA 1W0HA 1VSHA 3DLRA 1FKPA 4BE1A 1S9EA 3OYIA 3MXJA 2LSNA 4CHQA 4F4KA 4FJKA 1WSEA 3TAEA 3KLHA 3C94A 1S6PA 4DFJA 1RBSA 3AVNA 3V1RA 3NDKA 1DLOA 2ZE2A 1WAJA 3KD5E 1ASVA 3NF6A 3TABA 4FW1A 2X78A 3SPYA 4DTRA 4KV8A 2D0BA 1REVA 4E7KA 2OPPA 1RTIA 1U04A 3AVFA 3DLKA 3ALYA 4FZXC 4DS4A 1GOBA 2B4JA 1TKDA 3L2VA 2WONA 4DG1A 3HVTA 4CHNA 1EETA 2GBZA 3SQ1A 4M3XA 1JLQA 2IGIA 4DSJA 4CJ3A 3OYHA 3V6DA 4W5QA 1U49A 4OPJA 2ATQA 4W5OA 2XY7A 4Z4FA 5E41A 2VWJA 4DQPA 4EP4A 4KI6A 3QEVA 2OA8A 4B9VA 1VSDA 3HM9A 5T7BA 1QSYA 2VWKA 1ASUA 3LP0A 3P1GA 1RILA 2JGUA 3WNFA 4FJNA 2KW4A 3CYMA 1TAUA 2FBYA 2IS3A 2QXFA 1U4BA 4CESA 2Z1JA 3ASMA 1N6QA 1EP4A 4CGDA 1ZBUA 4C8KA 1NOZA 4R5PA 4HUFA 4CIGA 4DMNA 4LH5A 5HROA 1WSIA 3AVCA 4CK3A 3AO1A 1ASWA 3ZSXA 1ZBLA 4DFPA 3RR8A 4O0IA 4AHTA 4NCBA 2X6SA 3MEGA 3T19A 5CYQA 1HMVA 2HHXA 3D0PA 1TKXA 3K59A 4CECA 4E1NA 3OYGA 3KTQA 2BE2A 2FBVA 2D0AA 3AVMA 2KFZA 4E7IA 5EU7A 1YTUA 4CK1A 1D5AA 4JRPA 3LPUA 3KLEA 1JLCA 4OJRA 3LZIA 2YNIA 4JLHA 3I8DA 3NH1A 1IG9A 2HMIA 4KO0A 1HNVA 3ZT2A 2B6AA 1IKYA 4RW9A 1QE1A 1YTAA 1TKZA 5C42A 3NAEA 4DS5A 2XY5A 4GVMA 2HW3A 1QS4A 1RT7A 4E7HA 4PA1A 3K5LA 3NF9A 4H4OA 3AV9A 4W5RA 2DFEA 1NK7A 4K8ZA 4H8KA 4C8MA 1HRHA 4CEFA 4Z4EA 3CM5A 1LAWA 3ZSRA 3RMBA 3OJUA 1L5UA 2OZMA 1BI4A 4CGIA 2KQ2A 4KB1A 2YHAA 4GW6A 5HP1A 4LSNA 4B9TA 3PY8A 5J2PA 3F9KA 3MAQA 3NGYA 3OYAA 3SQ4A 4OKKA 3SUOA 2BDPA 3SQ2A 1CLQA 3NHGA 1UWBA 2Y1IA 1SKSA 2FBXA 2ITGA 2ZQBA 2PYJA 4HHTA 3VN5A 4CGFA 4CFBA 3PUFA 2DTUA 4CERA 3OYKA 4B08A 3OYNA 3HK2A 2EHGA 4NCGA 3JSMA 1T05A 2QKKA 4FJLA 1JL2A 4DTMA 5CY4A 3AO2A 4F8RA 4B9LA 3P5JA 2KTQA 4B8CA 1TKTA 2F8TA 3OYLA 1U45A 1LAVA 4LY7A 2HNDA 2YHBA 3S3NA 5HRNA 4E7LA 3D45A 4I7FA 4DU4A 1JL1A 3CM6A 4B9UA 4KREA 1RDDA 1NKEA 3OYFA 4KI4A 1C0TA 5HRPA 4KAZA 1J54A 3S3MA 1Q9YA 4OGCA 1GOAA 4FJHA 2HVIA 4CF2A 4ZTFA 1L3UA 1KLNA 3KLGA 3VA0A 4J2AA 1LWFA 3ZSZA 3EY1A 3ZSWA 4E3SA 5KRSA 3NH2A 3ITHA 3DOLA 4CHZA 4L8RB 1X1PA 5DMRA 4FJ5A 4Z4HA 4O55A 3LP3A 4CJRA 4OLBA 3TAPA 3K57A 3OYCA 2E6MA 1S1XA 2HHSA 1QSLA 3ULDA 4DQSA 5FRMA 1JXBA 4IKFA 1RT1A 3KK3A 1RTHA 1HYZA 4FZYA 1C0UA 1VSMA 3S3OA 1RT5A 5KGWA 4CEAA 4OGEA 3SV4A 3TI0A 1ZYQA 1RT4A 2IOCA 2XRIA 4M41A 2WOMA 1S1TA 4FLWA 1D9FA 2P5OA 2YNGA 3F73A 3NGZA 4DQIA 2XY6A 3SCXA 3K5MA 3HP6A 3CFPA 3ZT1A 1KFDA 4N76A 4M42A 1JXEA 2P1JA 1KFSA 1VK0A 1Q8IA 2Z1HA 4LSLA 1C1CA 1J53A 4FJJA 3U6FA 1TVRA 1TAQA 2HNYA 4LD0A 3VQ5A 1WSHA 1KCFA 3HPGA 3ISNC 3LP1A 2O4GA 2RPIA 3HL8A 2G8WA 4IBNA 4CF1A 3KKRA 4CJ5A 4CJQA 2BGGA 3ZCMA 3SNNA 1HYVA 3DLEA 3M8QA 1XC9A 3AVLA 1SL1A 3LALA 4CJTA 4FJ7A 4QOZB 4PWDA 4DSFA 2OPSA 4M45A 5JS1A 3NE6A 4KHSA 3KLFA 4KKOA 1D8YA 1TGOA 4FK4A 1HYSA 4DU3A 1KVCA 4DLEA 4FK0A 1S1VA 3QERA 3AVGA 3P83D 4GMJB 3KLIA 3KK1A 1RTDA 1JLFA 1RDCA 4WE1A 2VG7A 4O5BA 4CJFA 4FJMA 2G8VA 4CF8A 4RW7A 2G8UA 2NUBA 1VSJA 1WLJA 1IKXA 1C1AA 4CJLA 4CJSA 2I5JA 1BGXT 3EZ5A 4NYNA 1EXQA 3M8RA 3SUQA 1X9MA 4W5NA 4HUEA 3QESA 3IRXA 1LW0A 2XHBA 4EZ9A 1HQUA 3IS9A 2G8KA 3KD1E 4E1MA 5KTQA 1QQCA 3DI6A 3QIOA 3SI6A 4DSEA 1C0MA 3CFOA 1TK5A 3RWUA 4M3UA 3AVAA 5J2NA 3EYZA 4CJWA 4CE9A 3QNOA 3AA2A 3V9XA 1YT3A 5HRSA 3V1OA 1BISA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ISEA 4H5RA 3VGMA 4AH9A 3G4SN 3IAYA 3LAKA 4B1VA 3CJ7A 1I3AA 4CVNE 4ID1A 4WF9L 2V52B 1NNEA 3OS2A 4CK2A 3G6EN 2DY4A 3AA3A 3OYMA 4F3OA 2PBDA 5HLFA 4DQQA 1XMOK 1ZBFA 3FZMA 1VSFA 4FWNA 1V4TA 3AO3A 3R9PA 2JWKA 5AFUH 1S3XA 3CF5L 5JVHL 3LDOA 3M5RA 4IDKA 3ZSVA 4JI1K 1EQYA 4DV0K 4IEEA 3QNNA 4DR6K 2EWSA 5D3GA 1HJRA 3PX0A 3SYZA 3TTDA 2W6LA 2XO7A 4CZEA 3LDSA 1HJOA 4AHSA 3OS0A 3OYDA 3VQBA 5KRTA 3LDQA 3THWB 1XWLA 3MCAB 1T6DA 1HPZA 2E6LA 3DYAA 1T8EA 5GAGP 4ISFA 1F21A 4BDZA 4M3YA 3QO9A 2GUIA 1WSJA 4O8KA 2QKBA 3VGLA 1WBDA 1K73O 4OX9K 2Q97A 3TTCA 1K6YA 4JRQA 3OVNA 1NGHA 3FZHA 4FYDA 4YOWA 1N36K 4LFAK 3NVKA 1IKVA 1U48A 4ELVA 4N56A 3Q7CA 2KZMA 1OH5A 4YOYA 3HM8A 3B6OA 2PY5A 3PLAA 4EZ6A 3QEPA 3KKSA 2Z1IA 3MEEA 1WSGA 4AILC 4CJUA 3WQUA 2ZJQL 5JLHA 4FCYA 2IIRA 3O3HA 5K14A 4FLXA 3NBPA 3NH0A 4R79A 4B3MK 2G8FA 5BPLA 2P9SB 4LH4A 3QEXA 4NLCA 1RBRA 5LJWA 2OANA 4M3ZA 1VAZA 3EEQA 1RT6A 3WXKA 3HSTB 1VRTA 1SS6A 2E2PA 5BR9A 1TV6A 5KI6A 1OH7A 3VQPA 4LF8K 2YKNA 4JS4A 3VQ6A 4X64K 3KJVA 3ID6A 1QTMA 1C6VA 4I6MB 3LZJA 2A41A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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