3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
2G8KA 4ELUA 5FRMA 1JLCA 4JRQA 1ZBLA 1J5OA 3B6OA 1RDAA 1RBTA 3MECA 1J9AA 4KHWA 4J2DA 3RRGA 3SZ2A 3TANA 1EP4A 3LP0A 4OLBA 1BHLA 4DFKA 4CJLA 4CK1A 1YVUA 1RBUA 5HRSA 3HXMA 3VA3A 1RTHA 4C8LA 4F4KA 1EX4A 4DSJA 3HK2A 1LAWA 2P51A 4F3TA 4RW8A 1GOAA 3FFIA 1S1WA 2FBYA 4M42A 2P5GA 4CGHA 1KSPA 4FJHA 4KO0A 3QEVA 1X9SA 1NJZA 1YT3A 1IG9A 3LANA 4DSLA 5FRNA 4RW4A 3RRHA 3LALA 3G0ZA 3KD5E 4CJEA 1NK7A 2KFZA 4DQPA 2ETJA 4KTWA 2IOCA 3V9WA 3U3YA 1VSIA 2HNYA 5DK5A 3DRSA 5SZTA 3OJSA 4F8RA 4I2PA 3HPHA 3HP9A 1L3TA 2VG5A 2G8WA 2HHUA 1ZBHA 4IDKA 1S9EA 1TKDA 1HQEA 3OYJA 4H4OA 4W5NA 3OYCA 3NBPA 4FZXC 3OYMA 1BGXT 1RBVA 1TL1A 4HUGA 1KLMA 3SQ1A 4OKEA 3VQ6A 5KTQA 4B9MA 4C8OA 4DSKA 4CIEA 4JS5A 4N56A 4DFJA 4CF8A 4B9UA 1BI4B 4RW7A 2HMIA 1RILA 1W9HA 4E7HA 1Q8IA 4FJ8A 2HNDA 3SCXA 2Z1IA 1KTQA 3KKSA 3QETA 1VSDA 2HB5A 2F8SA 4LSNA 4RG8A 4FLZA 2D0CA 3PO5A 4N41A 4CCHA 3RMDA 4FK0A 2IC3A 3TR8A 1JLBA 4HTUA 3I0SA 1X9MA 4E1NA 4AH9A 1BL3A 1C1BA 1WSGA 1LW0A 2BDPA 1YTUA 3AVBA 1NK0A 4FZYA 3CFOA 1EXQA 1WSEA 3AVNA 3L3VA 4CF1A 3OS1A 3U6FA 3S9HA 1BQNA 2YHAA 4CFDA 3QIPA 2Z1HA 4CEZA 1NOZA 1HYSA 1RDDA 4AHRA 4CGFA 5CZ2A 2DFHA 1D9FA 4FJJA 3VQCA 4Q5VA 2X6SA 2G8UA 4H8KA 1WSHA 4CJUA 3KLEA 2XRIA 4DQRA 3VQ5A 4M3YA 3VQ7A 1ITGA 4DMNA 4CIGA 4W5RA 2HHTA 1JLAA 2D0BA 1WAJA 1BQMA 3VQ9A 3QERA 4N47A 3ZT0A 4KHYA 3MXJA 3U3GA 1L5UA 2Y1IA 1KVBA 3ZSXA 5HRNA 4BDZA 4DTMA 2PZSA 2F8TA 1CLQA 4BWJA 1B92A 3SYZA 4DF8A 4HCBA 1BIUA 4BACA 1YTAA 2XY6A 1BIZA 4CGDA 3K5LA 1VSKA 2VG7A 4Z4FA 2QK9A 2KTQA 3UIQA 3O3HA 1JLFA 4OLAA 3M8PA 4CEEA 1RT7A 3QEPA 1NJWA 3DM2A 4CFAA 1JL2A 3RR7A 3ZT4A 3B6PA 3ZT3A 1S5JA 2D0AA 1R0AA 4DF4A 4OPKA 3VQQA 4KHSA 1JKHA 2A1SA 5HRRA 2KW4A 5HBMA 3T1AA 1VRTA 1DTQA 3HYFA 3WNHA 2YV0X 3MAQA 3ASMA 3TARA 1QSYA 3QIOA 1KLNA 3C95A 4ELVA 3V1RA 4PA1A 1KRPA 3AVFA 4CK2A 4CFBA 1UA0A 1Q9YA 3LAMA 3OVNA 1HMVA 4CGJA 3NGZA 3DLKA 4NCAA 3OYHA 3JYTA 5D3GA 1LV5A 3CM6A 4FLUA 1ASVA 5C42A 1NKCA 4IFYA 1X9WA 1Z25A 2EX3A 1CXUA 3LP3A 4EP4A 4HUEA 3ALYA 2X78A 4FJNA 4ICLA 4CERA 3PX6A 1TKTA 4C8KA 3M8RA 1SKWA 1RTDA 2G8VA 2ZQBA 4BDYA 3G10A 5J2PA 3NE6A 2Y1JA 2KZMA 2PY5A 3ZSZA 1I39A 3TAFA 2HHWA 1WSIA 4N5SA 3IS9A 3QNOA 2RKIA 1DTTA 5CZ1A 4LD0A 3ULDA 3KD1E 3ZSQA 1HYZA 2KQ2A 3AVIA 3NF9A 1RNHA 4ZHRA 1T05A 3SUPA 4FCYA 3HO1A 2ATQA 2HHXA 4CHPA 2E6LA 3PX4A 2QKBA 5KGXA 4KHUA 4IG3A 3L2VA 5FROA 2ITGA 3LWMA 4E7KA 1QHTA 3NF6A 4DTPA 1TVRA 4AHSA 4W5QA 5KRTA 4CJSA 1QE1A 4FM0A 3SUOA 4FK4A 1HJRA 1BCOA 1RTJA 3OYNA 5I3UA 1ASUA 2B5JA 1J54A 2Z1JA 1C0MA 3SQ4A 1TL3A 2FBXA 1A5VA 1JXBA 4CE9A 3AO1A 1U04A 3AO5A 1TAQA 3OYGA 1RDCA 4Y1CA 4E1MA 3RMCA 4KHQA 4H4MA 1NK5A 1S6QA 3K2PA 3QLHA 3OYAA 3AV9A 4M3WA 4MQ3A 4DU4A 3OYKA 4CEOA 4CESA 4IG0A 3L2WA 3NFAA 4YNQA 2VG6A 1UOCA 4O55A 1RTIA 1VK0A 1WSJA 2HVHA 2G8HA 3OYEA 3C94A 3BGRA 1TK0A 4CECA 4CJFA 3HJFA 1Q9XA 1ZBUA 4HCCA 3DRPA 4WE1A 3DOLA 1NK6A 4F2SA 1D9DA 1SKSA 4Z0UA 1J53A 4DSFA 2P5OA 4R5PA 4I9LA 4FM2A 3WNGA 4DS5A 3RR8A 1VSJA 2PYLA 4O0JA 3TI0A 1RT2A 4B8AB 2BGGA 4Q0BA 2IAJA 1SUQA 2Q3SA 3OS0A 1EETA 3V1QA 2P1JA 1Z26A 3WNFA 3KLGA 4HHTA 3AVKA 2YNFA 3TWHA 4AILC 4FJLA 1RT1A 2BANA 5FDLA 1U47A 4QCLA 2OPPA 3LAKA 4FJGA 3F73A 3HPOA 3PY8A 4PWDA 2FC0A 1CXQA 1S9GA 3HL8A 1RCHA 1IH7A 3LPTA 2HW3A 1HPZA 2OZSA 4DQIA 4CGIA 4CF2A 3HM9A 1WLJA 4N76A 2HHQA 4OGCA 1TK5A 1JL1A 1CZBA 1S6PA 5EU7A 4I2QA 4CEFA 3VQ4A 3SV4A 3NGYA 1KVCA 4GMJB 3PUFA 3M8QA 3ZSYA 4FVMA 5C24A 4OKKA 4FYDA 1HRHA 3ZT1A 1Y97A 4LY7A 3MXMA 3HSTB 1D5AA 2EHGA 1RT3A 3LZIA 1QTMA 4KB0A 4FJMA 4FW1A 3TAQA 1RT6A 2OA8A 3C6TA 3MEDA 3K5OA 1CZ9A 2NUBA 4FLTA 5J2MA 3V4IA 1ZBIA 3EY1A 3SUNA 4CJ4A 1ZYQA 2DTUA 2PYJA 4J2BA 4KFBA 3AO2A 3HVRA 3L2RA 4M3XA 3LPUA 2IS3A 3EYZA 4CK3A 2GBZA 3KLHA 3O4QA 1LWCA 3SUQA 1L3UA 2QXFA 3DLGA 3QNNA 3L2QA 4DTSA 3DLBA 1SV5A 1HNIA 3KK3A 2XY5A 2G8FA 4ID1A 4CJRA 5CY4A 3KK1A 5DMRA 3DLRA 3V9ZA 4MFBA 2W42A 3D0PA 3VN5A 3ZT2A 1JLGA 1LAVA 4AHUA 3SPYA 5KI6A 4KB1A 4M3TA 4DFPA 1QS4A 4KPYA 1VSHA 4E0DA 4FXDA 3VQEA 1O1WA 3VQPA 2JGUA 4KV8A 4EZ6A 4OVLA 4O4GA 3ZSVA 3OS2A 4ID5A 2RN2A 1GOBA 1C1AA 1IKWA 2YNIA 4CF9A 4W5TA 3MXIA 4K8ZA 3K59A 4DQQA 1IKYA 1HNVA 3OJUA 4DQSA 1S1TA 3F9KA 3TABA 1JXEA 4BWMA 3PX0A 4TSXA 4CEDA 4B9TA 1B9DA 1RT5A 3CG7A 4XIUA 1QSLA 4O44A 4E7IA 4C8NA 2XY7A 1NJXA 1TAUA 4B9SA 1JLQA 2IDOA 4KREA 3WNEA 4B8CA 1S1XA 4KTQA 1D8YA 3KLIA 1IKXA 4M41A 4ZTJA 2X6NA 4FJ5A 5E41A 3AVHA 1S1VA 3LDSA 2A1RA 2FBTA 1XWLA 4DTRA 1SL0A 4CHYA 1XHZA 4B9VA 4DSIA 3V9SA 1RDBA 1U45A 4J2AA 3IRXA 1FXXA 4NYNA 4OJRA 3KIOA 1XC9A 4Z4EA 1FKPA 1UAXA 2BE2A 4AHCA 2HNZA 4K8XA 1QSSA 3IAYA 4CJ5A 2WOMA 2XY8A 4E7LA 1EKEA 3AA4A 4FLYA 3SQ2A 4FW2A 4BE1A 2YKMA 5C25A 3HT3A 5T7BA 4CGGA 1WSFA 4E7JA 4DTXA 2O4GA 4KTZA 3OY9A 1JLEA 1UWBA 4B9LA 2YNHA 3CM5A 3OYDA 3AVJA 3OYFA 4CEBA 3EZ5A 3HPGA 3OYIA 4FLVA 3VA0A 1KCFA 3QEWA 1C6VA 4DSEA 4NCGA 3RMBA 3MEGA 3C6UA 3P83D 3ZCMA 2E4LA 3QESA 4PY5A 4FJ9A 3HVTA 4DLEA 4DTUA 1NK4A 1B9FA 4IBNA 3ZSRA 1TGOA 3TAEA 5HRPA 2B4JA 3CFPA 3L3UA 4Y1DA 1ZBFA 5HLFA 2ZE2A 4YFUA 4F3OA 4AHTA 3K5NA 3TAPA 2F96A 4LH5A 1IO2A 4ZTFA 3QEIA 4CHQA 2B6AA 3PO4A 1L3SA 4M3ZA 1QQCA 4FK2A 3DI6A 3LP2A 3NCIA 4CHOA 4DS4A 4I7FA 4QOZB 3OYLA 2HVIA 3NHGA 3V9UA 3L2UA 4M3RA 4Z4GA 3O3GA 3DRRA 4CEQA 3LP1A 1VSLA 1T8EA 1C0TA 1WAFA 3QINA 4FLWA 1N5YA 1TKXA 3IG1A 4KI6A 1TKZA 1F21A 4DTJA 1HYVA 4OGEA 2DFFA 4CHZA 4BDPA 3AO4A 1KFSA 3P1GA 4E3SA 3V81A 3ISNC 1SL2A 1TV6A 5KGWA 1TK8A 3CFRA 5KRSA 4IFVA 2E6MA 1GOCA 2KFNA 2YNGA 3P5JA 3SNNA 4FM1A 4W5OA 1LW2A 2VWKA 3A2FA 5CYMA 4DWIA 1C1CA 4CF0A 1UA1A 2D5RA 4Z4CA 4GW6A 4AHVA 4O0IA 1VSFA 1S1UA 2DFEA 3K5MA 3D45A 4CJPA 4LSLA 4KRFA 2XO7A 5J2QA 1NOYA 2OPRA 3K58A 2RPIA 3NGIA 3AVGA 4M3UA 3MEEA 1RT4A 4UQGA 4NCBA 1W0HA 3S3MA 4G1QA 2YHBA 3DYAA 4CJQA 4RW9A 3NH1A 3T3FA 3TAGA 1C0UA 3I8DA 1NKEA 1A5XA 3V6DA 1SL1A 1KVAA 3H08A 3NH2A 3HP6A 2LSNA 4NYFA 4BE0A 1A5WA 4E89A 3SI6A 1T7PA 4ELTA 5JS2A 4QAGA 4B08A 4FLXA 3KJVA 3SJJA 1LWFA 4KAZA 4FJXA 5I42A 2GUIA 1XHXA 3T19A 4DFMA 3V9XA 3NAEA 2OPQA 3AVCA 4RW6A 1WNSA 2HHSA 1VSEA 4JS4A 3AO3A 4PQUA 1G15A 4L8RB 1U49A 4PUOA 4KKOA 4CJTA 3DOKA 3VQAA 1N6QA 4FZZA 3SQ0A 1RBRA 3AVLA 2QKKA 3E01A 3KKRA 1FK9A 3AA3A 3VQ8A 3BDPA 1HQUA 4JLHA 4FJ7A 3AA2A 4DLGA 2ZD1A 4HVJA 3O3FA 1RBSA 2Z1GA 1K6YA 4CHNA 3JSMA 4FJIA 4KI4A 4F2RA 5HP1A 3NF8A 3SPZA 2JLEA 4CJKA 1XI1A 4B9NA 3S3OA 4CJVA 3O4NA 1BISA 2YKNA 4CJ3A 2OPSA 1BI4A 1FKOA 3LWLA 2XHBA 2IGIA 3LZJA 1T03A 4BE2A 3VQBA 2I5JA 3S3NA 1NJYA 2GV9A 3KLFA 3CQ8A 3V1OA 1REVA 4B3OA 3VQDA 5CYQA 2FBVA 4DU1A 1ASWA 4Z4IA 3RMAA 3QEXA 5JS1A 2R7YA 3AA5X 2O4IA 4CJWA 5J1EA 2VWJA 4FJKA 3NDKA 3I0RA 1WN7A 2OYQA 4CEAA 2G8IA 4JRPA 4CIFA 1VSMA 4O5BA 1KFDA 4DU3A 3CYMA 1MU2A 1VRUA 4M45A 3RTVA 5HROA 3K57A 1NK8A 3DLEA 1I3AA 1NKBA 2DY4A 3SV3A 3AVMA 2WONA 1LWEA 3PV8A 4J2EA 4KHNA 4DTOA 1U4BA 3KK2A 4OKJA 3THVA 1SKRA 4EZ9A 5J2NA 1IKVA 2X74A 1BCMA 5K14A 3ZSWA 4DG1A 3L8BA 3AVAA 1NK9A 3DLHA 1DLOA 3TAMA 5SWMA 2RF2A 3NF7A 4EP5A 4C8MA 2AJQA 2OZMA 2HHVA 1L3VA 4E19A 1X1PA 4LH4A 3ITHA 4OPJA 1U48A 3RWUA 2KZZA 3DMJA 3ZSOA 3KTQA 4HUFA 3M8SA 4CFCA 3QO9A 4I9QA 3NH0A 4IKFA 4Z4HA 3OYBA 4GVMA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R59O 2I7PA 4CBUA 1XQSC 3I56N 5FRMA 1W7AA 3B6OA 1RBTA 2ZJQL 2UXCK 2PAVA 4CJLA 1YVUA 4BG9A 4DSJA 1LAWA 1GLLO 3FR0A 1GOAA 2FBYA 3TTCA 3UB5A 1KSPA 3QEVA 1IG9A 4JN4A 4BVPA 3KD5E 3G0ZA 3GL1A 4KTWA 2IOCA 4CZGA 2QWNA 3MWTA 3OA9A 4JKAA 3E9OA 1BA0A 1L3TA 2G8WA 1QQOA 1GLBG 1KLMA 5ELZA 4OKEA 1RDWX 4C8OA 4DSKA 4JS5A 4N56A 3RVCA 3CMEN 3FZKA 1RILA 1Q8IA 2QW9A 1VQ9N 4FLZA 4N41A 2P9IB 1P90A 1HX1A 4PL7A 3U8XA 4V19S 1VQKN 2FXUA 2E88A 3CCLN 1ZXOA 3K0SA 3MMVA 3AVBA 3CFOA 3L3VA 2F9TA 3OS1A 2ITMA 2Z1HA 4FWRA 4JD2B 5CZ2A 2DFHA 5AZIA 4Q5VA 1P8ZA 1WSHA 4CJUA 2XRIA 3VQ5A 1ITGA 3VQ9A 3CPWM 3ZT0A 2FSNA 3MXJA 3U3GA 1L5UA 4BDZA 4WF9L 4HCBA 2RE2A 4G9ZA 3K5LA 3O08A 3O3HA 1JLFA 3QEPA 3VF4A 3JS6A 3RR7A 2QWQA 3B6PA 1MWMA 1JKHA 5HRRA 3T1AA 3THXA 1VRTA 4ELVA 2YV0X 4FZXC 3C95A 1NLVA 1KRPA 1Q9YA 3LAMA 1HMVA 1RFQA 4NCAA 5I9EB 3OTOK 2Q97A 3CPEA 4JI7K 4JK7A 5C42A 1NKCA 4B1WB 3MDQA 1X9WA 1Z25A 1DGKN 1DEJA 4EP4A 3LP3A 4HUEA 5FPEA 4CVNE 5B8HA 4ICLA 4Z94A 1SKWA 3J8AA 2ZQBA 5J2PA 3G10A 2KZMA 3TAFA 3L0QA 4BRMA 2WC9A 3ZSQA 1HYZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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