3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
4N5SA 3I0RA 4KHWA 2Z1GA 1C1AA 3NGYA 4DSIA 3TAPA 3H08A 3WNEA 4DSFA 1VRUA 1KLMA 4FJXA 1HJRA 2YNIA 4ELUA 3HO1A 1NKBA 3DRRA 2X6NA 3LPTA 4CEZA 3PX4A 3RMAA 2OZMA 1RBSA 1J9AA 4KHSA 4CHNA 2OPSA 1RDBA 4GW6A 1NK7A 5HLFA 4FJ8A 4F2SA 2KZZA 3NF9A 3SQ4A 3LZIA 4BWMA 4KTQA 4Z4IA 4KHYA 4QOZB 1TAUA 4M3ZA 4DLEA 3PV8A 3T19A 3QEWA 3F9KA 1CZBA 1HQEA 3CM6A 3LAKA 3MECA 3ZT4A 1ZBLA 4ID5A 4OPKA 1CLQA 4DF4A 4O0JA 4DU4A 3AA5X 2WOMA 3NH1A 4ZTFA 3OYNA 4ELVA 4N76A 1XHXA 4FCYA 3LP0A 3QESA 1BL3A 3MEEA 4OLAA 2KQ2A 3OYFA 4E89A 3ULDA 1UOCA 2ATQA 2IC3A 4IKFA 1QHTA 4AILC 5C25A 3ZSRA 1VSFA 1TKDA 1VSDA 1BI4B 1J5OA 2Y1IA 4KPYA 3SZ2A 3RTVA 3LP1A 2ITGA 5DMRA 2JGUA 4DTNA 1O1WA 1JKHA 3HP9A 2BANA 4DLGA 3RMBA 3AVBA 3NF7A 3NDKA 3KD5E 1BISA 4B8CA 2G8UA 1JLBA 4CEFA 2ZD1A 3AVJA 4CF9A 2DFFA 4GVMA 4AHSA 2HNDA 3TAQA 5FDLA 4CGFA 2OZSA 4FK0A 1QE1A 3MXIA 4NCGA 3UIQA 5KTQA 4B9VA 3IS9A 3IRXA 4KFBA 4F4KA 3OJUA 4C8NA 4UQGA 4RW8A 1QSYA 2DFEA 3KD1E 2R7YA 1ZYQA 4DTOA 4FYDA 5CZ2A 1WSIA 2G8IA 2QKBA 4JRQA 3FFIA 2VWJA 3K5MA 2YKNA 4J2BA 2A1SA 3DLRA 3M8PA 4C8MA 1BGXT 1NJWA 1VK0A 3TANA 2QK9A 4FJJA 1TKZA 2DY4A 1BIUA 4CJQA 1XC9A 1SL1A 5KGWA 4CEDA 3ZSZA 1ASUA 3EZ5A 3VQQA 4Z4HA 3S3OA 4IFVA 1VSIA 3O3FA 1CXQA 2PYJA 2IS3A 3VQ4A 1RT2A 4YNQA 3VQ7A 4ZHRA 3MAQA 1B92A 5CZ1A 4CJPA 4ELTA 3HP6A 4KTZA 4HHTA 3G0ZA 1KFSA 1BI4A 3SYZA 1TV6A 1HNIA 1U48A 3NH2A 1NK6A 1CXUA 2QXFA 4RW6A 3WNGA 1EETA 4CEAA 4B08A 5KRTA 1WNSA 4FM0A 1ASVA 2Z1JA 3L2WA 1UAXA 3SQ2A 4CF8A 4FM1A 1MU2A 3LANA 3MXMA 4B9NA 1WAJA 1RBTA 3KJVA 1L3SA 3DLEA 2YHBA 1RDCA 1JL2A 2D0AA 3OS2A 3K5LA 3NGIA 5HROA 3U6FA 4CF1A 3K5NA 4KHNA 4FK2A 1NK9A 3HK2A 3ITHA 4CCHA 2RPIA 4KHQA 1D9DA 3DM2A 3P83D 4Z0UA 3NGZA 3NE6A 4C8LA 4FJIA 4KHUA 5FRMA 3OS1A 1U04A 3C95A 3KLEA 3V1OA 4KI4A 1RT1A 4Z4CA 4HVJA 4CF0A 3SV3A 3OYAA 4CGIA 4DS5A 4DSJA 4FZXC 5CYMA 4HTUA 4M3TA 4CJLA 3AA2A 2PY5A 4W5QA 3QNOA 3ZSYA 1RNHA 1WSJA 3F73A 3RR8A 1S6QA 1KVBA 1LV5A 4M42A 4MQ3A 3SJJA 1NKCA 2OPPA 1REVA 1YVUA 3OYGA 4YFUA 1BCMA 4O44A 1KFDA 1TKXA 4CFDA 3AO3A 1RTIA 4ICLA 2RN2A 4CGJA 1IKXA 4CK2A 1LAWA 4E1NA 4CIFA 3SQ0A 4DTJA 1JXBA 2D0BA 3VQPA 3C94A 3PO4A 2P5GA 2F8SA 3KLFA 2O4GA 1RDDA 1FXXA 3CFOA 4OJRA 3AVMA 5KGXA 2GV9A 4E19A 4FLZA 1LW0A 1EX4A 1NOZA 3VQ9A 4PA1A 2BGGA 1B9DA 1IKWA 2BDPA 4DTXA 4M3UA 3VQAA 5J2NA 1XWLA 1U49A 2GUIA 3MEGA 1JLAA 1D9FA 3ZSXA 2HNZA 4IBNA 4DU1A 3SUOA 1SKWA 1N5YA 4C8OA 1VSMA 2HHSA 4NCBA 4N41A 1LAVA 1TAQA 4CK1A 4W5TA 4B9TA 1IKVA 3I0SA 1Q9YA 3AA3A 1HYVA 3AVNA 3AO5A 4CK3A 3L2UA 5KI6A 1NK0A 3RR7A 1QSLA 4DQPA 4BDYA 4EZ9A 3K59A 4CECA 3O4NA 3D0PA 3CQ8A 3WNFA 1TL3A 3VQ5A 4CFAA 3EYZA 4BACA 2DFHA 1L3TA 2KTQA 3KIOA 4J2AA 4DU3A 3DLKA 2RF2A 3L3UA 4OKJA 4DSEA 2EX3A 3OYBA 3OYJA 4FJNA 4KTWA 1RT7A 1Y97A 4FLUA 1JLEA 3DYAA 2ETJA 3LPUA 1LW2A 4QAGA 1VSEA 4AHTA 4O55A 4JS4A 1Z26A 2X6SA 4OKKA 1S1UA 1TVRA 2GBZA 1DTTA 2P1JA 2EHGA 1X1PA 1U47A 4Z4FA 3P5JA 1HNVA 1RCHA 5I42A 3OYMA 4I2QA 4CEEA 3DLBA 1J54A 5FROA 3SUQA 4WE1A 4M45A 3NFAA 3SUNA 3T1AA 1U45A 1TK0A 2HHQA 3V1QA 3T3FA 4E7HA 1VRTA 3QIPA 1C1BA 4O0IA 2VWKA 4QCLA 1KVCA 4BE1A 4F3TA 1G15A 1RTJA 3B6OA 3QIOA 3LZJA 1LWEA 1TK5A 3AVGA 5KRSA 1T8EA 4CERA 3P1GA 3V9UA 3LALA 3NH0A 1NJYA 4CJKA 1EXQA 1BIZA 1VSHA 3AO1A 3K5OA 3KLHA 4DTRA 4DTMA 1XHZA 3ZT1A 4FZYA 3OYDA 3D45A 2G8WA 4HUFA 4BE2A 4RG8A 3I8DA 2XY7A 4KB0A 2F96A 4BE0A 4KO0A 3BDPA 4JS5A 4Q5VA 2HB5A 4O5BA 2B6AA 1HPZA 1EKEA 1RBVA 4CJVA 4CF2A 5T7BA 3L8BA 4FJGA 4IG3A 4JLHA 4I9QA 2HHXA 2XO7A 2RKIA 3WNHA 1RBRA 5HP1A 1SKSA 4K8ZA 4PUOA 1TK8A 1R0AA 1ZBHA 1WAFA 2HHWA 1IH7A 4FM2A 3V6DA 5HBMA 1ZBUA 2VG5A 2Z1HA 1W9HA 1UA0A 2OYQA 1RT5A 2QKKA 4FK4A 4AHUA 2F8TA 3V9SA 2YHAA 1HQUA 1B9FA 4OGEA 3VQCA 5C24A 3S3NA 3VQDA 4OPJA 1SL0A 1HRHA 4E3SA 2AJQA 4FJHA 1X9WA 1RBUA 3OYIA 3KK1A 4DG1A 1D8YA 3RRHA 4FLVA 1JLCA 3BGRA 3AA4A 3HXMA 3HT3A 4KAZA 2DTUA 1Z25A 2FC0A 3C6UA 1X9SA 5HRNA 3OYLA 3ZSOA 4PY5A 4KKOA 4E7IA 3ZSQA 3G10A 2YNFA 4DQSA 4I7FA 2NUBA 4CJ3A 4E7LA 4DFPA 1A5VA 2HHTA 4RW9A 4ZTJA 1F21A 1C0MA 4B3OA 3ZT3A 4KB1A 3JYTA 3KTQA 4FJLA 3NCIA 5JS2A 2HHVA 2P5OA 4FW1A 2FBXA 1FKPA 3PO5A 3LP3A 4F3OA 1UA1A 1NOYA 4Q0BA 3HYFA 4DFJA 1T7PA 2HMIA 4C8KA 1C1CA 1BQNA 1Q8IA 2B5JA 2IGIA 3L2VA 3AVHA 4DS4A 4AHCA 4R5PA 3SPZA 3MEDA 3O4QA 1ASWA 1NJZA 1NKEA 4M3XA 4OVLA 3PX0A 4NCAA 3QLHA 4CHZA 5HRRA 1I39A 1C0UA 1J53A 3QETA 1S1XA 1DLOA 2B4JA 3OY9A 4E7KA 1T03A 1RTDA 4O4GA 1RT6A 3AVIA 4CJWA 4Z4GA 4CEBA 1VSLA 1I3AA 4FLTA 3SNNA 3PUFA 4CJEA 1WSGA 1BQMA 5SZTA 4B9UA 3RWUA 4CHQA 4M41A 3QEIA 2KFNA 5J2QA 4CJRA 3KK2A 4Y1DA 4F2RA 1S1WA 4AH9A 4LH5A 4W5RA 4Z4EA 1N6QA 2E6MA 1WN7A 1SKRA 3TAEA 4DSLA 4AHVA 4LY7A 3DRSA 3RMCA 5J2PA 3HVRA 1RT4A 3DI6A 3AO4A 1L3VA 4DQRA 2Y1JA 1CZ9A 1HMVA 1LWCA 1ZBFA 2YKMA 2I5JA 4LSLA 1NK4A 3ZT0A 3L2RA 4KRFA 2OPQA 1TKTA 2Q3SA 4CESA 3TWHA 1QQCA 5CYQA 4CFBA 3AV9A 3AVLA 4FLXA 2KZMA 4CJSA 3CG7A 3L3VA 3QO9A 4W5OA 3M8SA 4FJMA 4M3WA 1BHLA 1SV5A 3DMJA 4B8AB 4I9LA 3NAEA 1YTUA 1GOAA 2VG7A 2XY5A 4I2PA 3SUPA 1S9EA 1QS4A 3QERA 2FBVA 2X78A 1RT3A 4CGHA 3SV4A 4IDKA 3K58A 1S1VA 3THVA 4DQQA 3CFRA 1UWBA 4RW4A 1NK8A 3VQ6A 1JLGA 3V4IA 1JL1A 1IO2A 4H4OA 3ASMA 3K2PA 4H8KA 1EP4A 4HUGA 4N47A 5C42A 2G8KA 4DQIA 3LP2A 3V1RA 1VSKA 3VA0A 2O4IA 4FZZA 4J2DA 3LWMA 4E0DA 4EP5A 4BDZA 3JSMA 2E4LA 1HYSA 4F8RA 3ZSWA 3O3GA 3MXJA 3VQEA 3LDSA 3VQ8A 1C6VA 3DLGA 3NHGA 2D5RA 1JXEA 3CM5A 3QINA 4IFYA 3DLHA 4CIGA 3OS0A 4DTPA 2JLEA 4E7JA 4DTSA 3NF8A 3A2FA 2YV0X 3PX6A 1S1TA 4EP4A 4HUEA 4HCCA 3OJSA 1KCFA 3KLGA 2G8VA 3TR8A 1L5UA 1SUQA 3VQBA 1WSEA 4CJ4A 1TGOA 1NK5A 2BE2A 3V9ZA 4DFMA 4CGGA 2P51A 5EU7A 1TL1A 2XY8A 4CFCA 1T05A 4KI6A 2G8FA 1L3UA 2IOCA 2ZQBA 4PQUA 4Y1CA 3OYCA 3TAMA 3RMDA 3KK3A 3RRGA 1RDAA 1DTQA 4DSKA 5K14A 3SQ1A 1QTMA 2HW3A 3AVFA 2FBTA 3M8QA 2WONA 3ISNC 1ITGA 4M3RA 4CHPA 3EY1A 4FJ5A 2IDOA 4N56A 3V81A 3HPHA 5J2MA 2KFZA 2LSNA 2YNHA 2X74A 1IG9A 1WLJA 3TAFA 3CYMA 1HYZA 4E1MA 2HVHA 3QEXA 1IKYA 2PZSA 5J1EA 3IAYA 1GOCA 3AVKA 3TARA 3SI6A 3VN5A 4IG0A 4XIUA 3K57A 4FLYA 2VG6A 3ZT2A 3IG1A 4TSXA 4BWJA 3AVAA 1D5AA 2ZE2A 1WSFA 4AHRA 1K6YA 1W0HA 3ZSVA 4CJUA 5D3GA 1KSPA 4RW7A 3V9XA 2E6LA 1U4BA 1VSJA 2XRIA 4CEQA 3HJFA 4FJ7A 4L8RB 4NYNA 4CJFA 4OLBA 1YTAA 1FKOA 4FLWA 2OPRA 1S5JA 3DOLA 4CJTA 3O3HA 3QNNA 5CY4A 3CFPA 2PYLA 4FJKA 5FRNA 4ID1A 3SPYA 1C0TA 2OA8A 4DMNA 4CE9A 3DRPA 1BCOA 4K8XA 1KVAA 3LAMA 4LH4A 3TAGA 4FXDA 5JS1A 5DK5A 1RILA 4DF8A 4CHYA 5HRSA 2YNGA 1QSSA 3DOKA 3U3YA 1X9MA 4OKEA 3QEPA 3HPOA 3U3GA 1WSHA 1SL2A 3HSTB 1KRPA 4KREA 3B6PA 4LD0A 3KKSA 3C6TA 3PY8A 2D0CA 2A1RA 1NJXA 1JLFA 1S9GA 3KKRA 4B9SA 1JLQA 2HNYA 1XI1A 1A5WA 4CEOA 1LWFA 3ZCMA 1RTHA 2KW4A 4CGDA 3HM9A 3S9HA 1ZBIA 3NF6A 1GOBA 3SCXA 2FBYA 3OVNA 4DTUA 4GMJB 3L2QA 4CIEA 2G8HA 4G1QA 4EZ6A 4B9MA 4H4MA 4MFBA 3VA3A 3HPGA 2Z1IA 3LWLA 4J2EA 1YT3A 3TI0A 1Q9XA 4FJ9A 3QEVA 4B9LA 3ALYA 3V9WA 2W42A 3AVCA 4PWDA 4CHOA 3M8RA 5E41A 2XHBA 3HL8A 2XY6A 4W5NA 5HRPA 5SWMA 1A5XA 4FW2A 3KLIA 3E01A 4KV8A 3OYHA 4M3YA 4OGCA 3S3MA 4FVMA 1FK9A 4CJ5A 4HCBA 2IAJA 4BDPA 3AO2A 3TABA 3HVTA 4LSNA 3OYKA 4DWIA 3OYEA 4DFKA 4NYFA 1KLNA 5I3UA 4JRPA 2HVIA 2HHUA 1KTQA 1S6PA 3NBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QEXN 5HOOA 2F9WA 5C12A 5LJWA 2OZMA 1QZ6A 4GW6A 3VTIA 2D1KA 3SQ4A 1WBBA 4Z4IA 3QEWA 3ZT4A 4OPKA 1HKBA 4DF4A 2WOMA 4N76A 1VQPN 4LF4K 3ZETB 4FOEA 2IVOA 2KQ2A 3OYFA 3P38A 4E89A 2IC3A 3VOVA 3O5BA 5C25A 1VSFA 1BI4B 2Y1IA 5DMRA 3HP9A 4JNEA 4L8RB 2BANA 3NF7A 3KD5E 2ZD1A 4H0VB 4GVMA 2OZSA 3TAQA 2HNDA 5FDLA 1QE1A 3P39A 3GG4A 1GLEG 1QSYA 2DFEA 2R7YA 1Q82O 4B3MK 4FYDA 3HTVA 2QKBA 1D4XA 3AAPA 2CGLA 3FFIA 4J2BA 1K9MO 3O80A 1WBDA 1NJWA 2QK9A 4FSVA 1K8AO 1GLAG 3O9SA 3VQQA 1VSIA 3O9RA 1RT2A 1VHXA 4ELTA 3T69A 4IO8A 3G25A 4BR5A 3NH2A 1NK6A 1CXUA 2QXFA 3SMSA 3WNGA 5EVZA 4DV6K 5KRTA 1WNSA 2Z1JA 3L2WA 4GKJK 4BG8A 4CF8A 4FM1A 3KJVA 2O8DB 1YIJN 1OKJA 3BF1A 1JL2A 3OS2A 4CF1A 1NK9A 3HK2A 2RPIA 4KHQA 1W7AA 3P83D 4Z0UA 5FRMA 3OS1A 1U04A 3IFRA 1J5EK 5IWAK 3V1OA 3KLEA 3O1BA 3IKMA 3SV3A 4DSJA 4FZXC 4CJLA 3RR8A 4M42A 4MQ3A 4O44A 5GIPA 3HSCA 4ICLA 4CGJA 2QWNA 1LAWA 1JXBA 2F8SA 3KLFA 2O4GA 5KQ8A 4CJ7A 2P9IA 3AVMA 5ADXH 5C2FA 1NOZA 2E2NA 2YHXA 4BRIA 4M3UA 4WQ4C 4JYAK 3CIPA 1JLAA 4IBNA 3SUOA 1T6DA 1N5YA 1VAZA 5AQZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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