3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
4FJXA 4Q0BA 3S3NA 4FLXA 3RMBA 3SJJA 4DLEA 3UIQA 4QOZB 1TV6A 4QCLA 2YNFA 1YTUA 1S1XA 3LAKA 2OPQA 5C25A 1L5UA 4F3TA 4CJPA 3AVAA 4IG3A 1HYZA 4DS5A 3LP1A 4IKFA 3DRRA 1QE1A 4CHZA 2VWJA 3U6FA 3OYNA 4OKJA 1U4BA 4O44A 4FM0A 3QNOA 1NK8A 1SKWA 1JLCA 2OZMA 2HHWA 3AVBA 4E3SA 3S9HA 3SV3A 4CE9A 4CHPA 1RT2A 3AA3A 3WNHA 3OYCA 1TKZA 4M3ZA 4C8NA 3P83D 4BE0A 4OKKA 4KI4A 2YKMA 4KHYA 2KW4A 3VN5A 1BCOA 2FBYA 3JYTA 2GV9A 2PZSA 5KI6A 4W5QA 3A2FA 3CM6A 2QK9A 3L2UA 1IKWA 1VSIA 3AO1A 2W42A 4HUEA 3DM2A 1ITGA 2D0AA 3S3OA 1QSLA 3SCXA 4FJMA 4KHUA 4KO0A 4PWDA 1TAUA 4IBNA 3OYMA 4R5PA 3HYFA 3QIPA 3KK2A 5FROA 3HM9A 1X9MA 2X78A 4PA1A 4C8MA 3V81A 4OPKA 3QEWA 4B9MA 4CGFA 4YNQA 3M8RA 4AILC 3LANA 1LW2A 4OPJA 1JLEA 5K14A 3TR8A 4AHRA 3RTVA 3SPZA 2HVIA 1RDDA 5J2PA 2X6NA 3NHGA 4ELVA 1WN7A 4IG0A 3VA3A 3TAGA 2AJQA 1SL0A 1S6QA 2OYQA 2ETJA 4O0IA 4AHUA 3IG1A 3TARA 2B5JA 4FZXC 1UWBA 4KB1A 3IRXA 4CECA 4W5TA 5I3UA 4RG8A 3NAEA 1NK7A 4KHQA 1JLQA 1IKVA 2E4LA 4B08A 5C42A 3SQ2A 3RR8A 4J2BA 4QAGA 3VQEA 2G8HA 3M8PA 4KKOA 3LAMA 1HYVA 1ZBUA 3KTQA 4DSKA 2EX3A 1QTMA 2IC3A 2DY4A 4ELTA 4B9NA 1ASUA 1VSMA 2X74A 4KTWA 1Z25A 4OLBA 3HPHA 1EX4A 2JLEA 3ZSXA 4Y1CA 1IG9A 5J1EA 3HL8A 1F21A 1N5YA 4ICLA 3CYMA 2KZMA 4CJWA 4O5BA 4CK3A 1RBUA 1WSIA 4O55A 1KVBA 3QLHA 5KTQA 4LD0A 5CYQA 3VQ5A 2HMIA 4ID5A 3QNNA 1TAQA 1JLAA 4OKEA 4BE1A 3L3VA 1RTIA 1T8EA 1RILA 4FLUA 4JS4A 3SZ2A 3B6OA 1JKHA 1IKYA 2NUBA 4KTZA 3OJSA 4DQPA 3CM5A 4E89A 3VQ7A 4E7LA 3PX0A 1TVRA 1ZBFA 1A5XA 1C1BA 2DFFA 3AVFA 3PV8A 5KGWA 4LH4A 1S1TA 5HLFA 2WONA 2P51A 3V1OA 1TK8A 3KLHA 1HNIA 1VSJA 3HPGA 3S3MA 5HRRA 4DQIA 2YHBA 5HRSA 3OYGA 3O4QA 1WSHA 3AA5X 5SWMA 5HROA 1B9DA 1SL2A 3AVKA 2XHBA 5J2NA 3THVA 2G8FA 2P5GA 3TAQA 4F2SA 3OS1A 1JL2A 3K5NA 3ULDA 3NBPA 1VSEA 1U04A 4KREA 2O4GA 1FKPA 5E41A 1J53A 2IAJA 2X6SA 3ZSRA 4CHYA 3CFRA 4Z4FA 1TL3A 3DLKA 4CGJA 3O3FA 4AHCA 3V9UA 3QEIA 2HVHA 4NCGA 3I8DA 3EYZA 2BE2A 3OYAA 2FBXA 4CF2A 2DTUA 3RR7A 3V9ZA 2F8SA 2A1RA 2P5OA 2ZQBA 4C8KA 3P1GA 1WSFA 4CCHA 3KLIA 3VQDA 4DTXA 1YT3A 2IS3A 4RW8A 4RW6A 3HVRA 3DLHA 4F3OA 4EZ6A 3EZ5A 1RBTA 1NJWA 5KGXA 4PY5A 4FM2A 1ZYQA 3SUPA 4RW4A 3PO5A 4IDKA 1XHXA 4NCAA 3ZT1A 3OYEA 1S5JA 1VSDA 1VRUA 3SQ0A 1T7PA 3HPOA 4B9UA 4E0DA 1KCFA 3KLFA 4DF4A 5FRNA 3KLGA 2XY5A 1VSKA 4FW2A 4CGGA 1TL1A 1TKDA 3T19A 2KTQA 4JLHA 4CJQA 3CFPA 3AVHA 1T05A 4DU1A 4DTSA 1J9AA 4MFBA 4DFMA 5I42A 1C0MA 1ZBIA 4NCBA 4JRQA 4ZHRA 1SL1A 3L2RA 4AHVA 1UAXA 1RT7A 4M41A 4CFAA 3OYKA 2Z1HA 3HVTA 3K5MA 3F9KA 4E7IA 1XI1A 3LP3A 4DQSA 3HK2A 4Q5VA 1JXEA 1C0UA 1HMVA 2YV0X 4N47A 2YNHA 3LZJA 4J2AA 1JLFA 4Y1DA 4L8RB 4KTQA 3OYJA 4FJKA 4CJLA 2I5JA 1TK5A 5HBMA 4IFYA 2O4IA 4FLTA 1BGXT 3M8QA 4GMJB 4CGDA 1B92A 3B6PA 2VWKA 1RDBA 3VA0A 1I39A 4TSXA 3TAFA 4LSNA 4CJSA 3QERA 3ZT0A 1W0HA 3NF7A 4FK4A 1S1WA 4M3WA 2KFNA 3DLRA 3G0ZA 1U48A 4CF9A 2WOMA 1WAFA 3KJVA 4I7FA 1WSEA 3AVMA 1DTTA 1S1VA 4B3OA 3DOKA 1I3AA 2HW3A 1BI4A 4MQ3A 3QESA 3D0PA 4BWMA 1U45A 1EETA 2HB5A 3HT3A 2D5RA 4CFBA 1KLMA 4N56A 3VQAA 4FLYA 1LV5A 3AVIA 3D45A 2KFZA 3K58A 1J54A 3T3FA 1RBSA 2HHQA 2ITGA 4DU3A 3KK3A 1VSFA 4CEEA 4E7JA 1N6QA 4OLAA 1LAWA 4OJRA 3ZSOA 3M8SA 5CY4A 3NH1A 4CJUA 4ID1A 3FFIA 4CJEA 3OYLA 4F2RA 4E7KA 1JLGA 4E1NA 4DTMA 3RMCA 1GOAA 2HHVA 3WNGA 1QQCA 1RDCA 1NKCA 3HXMA 3U3YA 1NK5A 1SKSA 4DSIA 2E6LA 3VQQA 4DFJA 4J2DA 3C6TA 4KHWA 1B9FA 4JRPA 4B9SA 4CJRA 4FM1A 1JL1A 3NFAA 3MXMA 2YKNA 4CF0A 3KD5E 3NDKA 2G8UA 1RT6A 3OYBA 5SZTA 3PX4A 5KRTA 2XY6A 4FLZA 2FBVA 1HRHA 1NOYA 4PQUA 1TGOA 4FZYA 1KVAA 4I9LA 1X9SA 2QKBA 1CZ9A 4FJLA 3SI6A 4DF8A 3LALA 4DMNA 1S6PA 4BDYA 4BDPA 3L3UA 4CFCA 4DSJA 2KZZA 4DTPA 4O0JA 4DTJA 2IOCA 2GBZA 3NH0A 2HHTA 3ZT4A 4B9TA 4FYDA 4DQQA 1QSYA 1IO2A 2A1SA 1BISA 1C0TA 4CIGA 5CYMA 3RRGA 1BI4B 4M3XA 4CJ5A 3ZSVA 1NJYA 2G8KA 3MEDA 4N5SA 4DTOA 4N41A 3RRHA 1IKXA 1HQUA 3LWMA 1IH7A 1KTQA 3MXJA 1U49A 1R0AA 1L3TA 2Q3SA 3DRPA 1DTQA 2GUIA 4I9QA 3LWLA 4FXDA 2HHXA 1Q8IA 3IS9A 4CIEA 4CJ3A 4FW1A 3VQ4A 5FRMA 4K8ZA 1WNSA 1XWLA 1LW0A 3AVLA 4CK1A 3MAQA 3E01A 3AVJA 4DTRA 4FJ8A 4W5OA 3LP0A 1QS4A 2VG6A 1RDAA 2ATQA 3KK1A 1TKXA 1BIUA 3L8BA 1BCMA 3LPUA 4CJFA 4DTUA 4E1MA 1C6VA 2QXFA 2Z1JA 3OYDA 4O4GA 2E6MA 5HRPA 4FJJA 4CJKA 2R7YA 3TAEA 4W5RA 1TK0A 3ZSZA 3TABA 1UA0A 4DWIA 4Z0UA 2PYJA 3OS0A 3AA2A 1EKEA 1VSHA 1A5WA 1T03A 4NYFA 1HPZA 4AHTA 4DSFA 2HHUA 3KIOA 3CFOA 3AO2A 1KLNA 1SKRA 3ISNC 4CEOA 3L2QA 3K5OA 4KRFA 1ZBLA 1LWEA 3C94A 4NYNA 1VSLA 1LWCA 5J2MA 3PX6A 3PY8A 1X9WA 3I0RA 1EXQA 3QINA 3HJFA 3LDSA 2DFEA 3O4NA 5CZ1A 4CJVA 1Y97A 2ZE2A 4AH9A 4YFUA 3TANA 1O1WA 4H4OA 1NKEA 4HTUA 3ZSWA 4FK2A 1WAJA 3QO9A 1RCHA 3SUOA 1Q9YA 4C8OA 1X1PA 1A5VA 4Z4HA 3TAPA 1HYSA 4CGHA 1DLOA 3SQ4A 4M3UA 3SYZA 3AO4A 4HHTA 3OY9A 3KLEA 4OGEA 5HRNA 1QSSA 1D9FA 1S1UA 3I0SA 4FLVA 4CERA 1FK9A 2RF2A 1CXQA 1NKBA 4FZZA 1W9HA 2HNDA 2VG7A 3MEEA 3O3HA 1HQEA 5KRSA 3LPTA 2Z1IA 4CESA 3P5JA 1NK0A 3NGIA 2FC0A 3V1RA 3ALYA 1KFDA 2DFHA 3SPYA 2G8WA 3V1QA 4DTNA 1GOBA 4LY7A 4FVMA 3OYIA 1HJRA 1FXXA 3OVNA 4HUFA 3VQ8A 4M45A 3HP6A 1ZBHA 4Z4CA 1L3SA 3RWUA 4LSLA 3CG7A 1KFSA 2XRIA 4FJ9A 4HCCA 1CXUA 3DLGA 4M3YA 4J2EA 1UA1A 1RTHA 4CJ4A 4GVMA 3K2PA 3DLBA 4PUOA 2HNYA 1EP4A 2IDOA 1SV5A 4WE1A 4DLGA 4ELUA 4EP5A 3QEXA 1LWFA 3AA4A 4FJ7A 3U3GA 4B8AB 4CHNA 3MXIA 3V9SA 3DRSA 1RTDA 1WLJA 3OYFA 3AVCA 3KKRA 2G8IA 4FCYA 3RMDA 4ZTJA 4EZ9A 4FJIA 2XY8A 4BDZA 4GW6A 4FJNA 3ZCMA 3WNFA 2PYLA 2D0CA 1MU2A 3O3GA 4M42A 4LH5A 1RT4A 2OPRA 4DFKA 3NGYA 1Q9XA 2G8VA 4KHNA 4I2QA 3ZSYA 3DYAA 3NCIA 3DI6A 2BGGA 3KD1E 1HNVA 1WSJA 1YVUA 4UQGA 3SQ1A 3NF9A 3AV9A 1C1AA 3WNEA 3QIOA 4H8KA 4CEZA 3LZIA 3IAYA 4RW7A 4DS4A 1TKTA 1K6YA 1UOCA 4M3RA 4FK0A 1C1CA 1D5AA 3ITHA 4CEAA 3SNNA 2RKIA 1KVCA 2ZD1A 2Y1IA 2PY5A 4M3TA 3OJUA 4F4KA 4CF8A 2YNIA 3SV4A 2YHAA 4JS5A 4Z4IA 4Z4EA 1JLBA 3CQ8A 3T1AA 3VQ6A 4OGCA 2D0BA 3BDPA 3V6DA 4HVJA 1D9DA 4IFVA 1NK4A 1VRTA 1RT5A 5D3GA 1RBRA 3HP9A 1BIZA 4DU4A 3TWHA 2YNGA 1BL3A 2F8TA 4BACA 1D8YA 3MEGA 4KPYA 4CJTA 1CZBA 3H08A 3L2VA 4Z4GA 1SUQA 2QKKA 4DQRA 3V4IA 3QETA 4KI6A 3KKSA 2OPPA 3DOLA 4HUGA 4B9VA 4H4MA 5T7BA 4CHQA 3OYHA 4C8LA 5HP1A 4DSEA 3EY1A 2BANA 3DMJA 4OVLA 3HO1A 4G1QA 3K5LA 1NJXA 1FKOA 4CK2A 5FDLA 1RBVA 2Z1GA 2XY7A 1G15A 3L2WA 4KFBA 3NF8A 2FBTA 4DG1A 4XIUA 1S9EA 4W5NA 4B9LA 2EHGA 3VQBA 3QEPA 1NJZA 1GOCA 3K59A 3NE6A 4KHSA 1WSGA 2IGIA 5DK5A 4CHOA 3AVGA 4DSLA 4RW9A 4BWJA 4CEQA 3QEVA 1ASWA 5EU7A 1Z26A 4I2PA 1NK6A 3VQ9A 4CFDA 4BE2A 1U47A 2OA8A 4K8XA 2RPIA 3VQPA 4KB0A 2OPSA 2HNZA 5JS1A 4F8RA 3F73A 3VQCA 4KV8A 1VK0A 1LAVA 3C6UA 4CF1A 4ZTFA 1S9GA 1JXBA 4CEFA 4FJGA 2BDPA 4KAZA 4HCBA 3TI0A 1CLQA 1RTJA 2XO7A 3V9WA 2B4JA 1NK9A 3NGZA 5J2QA 5C24A 1RNHA 2VG5A 4CIFA 3ZSQA 3AVNA 5DMRA 3PO4A 3G10A 4CEBA 4N76A 4B8CA 4FJ5A 4FJHA 3AO3A 1RT1A 5JS2A 2Y1JA 3MECA 1BHLA 1QHTA 3NH2A 1BQNA 2F96A 3RMAA 2LSNA 1XHZA 3BGRA 4E7HA 3ASMA 3V9XA 3DLEA 3NF6A 4AHSA 1KSPA 1XC9A 1L3UA 2OZSA 4E19A 3K57A 3SUQA 1NOZA 3OS2A 1L3VA 1KRPA 2RN2A 3SUNA 3PUFA 3AO5A 1REVA 1BQMA 3C95A 3LP2A 2KQ2A 4DFPA 2P1JA 3TAMA 5CZ2A 4FLWA 3ZT3A 4CEDA 1J5OA 2JGUA 1ASVA 1YTAA 3JSMA 1RT3A 4CGIA 2HHSA 3HSTB 3ZT2A 2B6AA 4EP4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJXA 3S3NA 4G9ZA 3RMBA 4JKDA 2VGMA 1NM1A 2W6LA 1S1XA 3O9UA 4CJPA 3AVAA 3VERA 4DS5A 3DRRA 3U6FA 1U4BA 1HNZK 2UXDK 3TSQA 1YJ9N 3SV3A 3DXKA 4KI4A 2YKMA 3MWPA 2P9IB 3VOVA 4FWOA 4H0TB 2VGNA 1HKCA 1VSIA 2NRRA 4LFAK 3S3OA 3OA9A 4JI3K 1BG3A 4KHUA 4KO0A 1TAUA 5AQRA 1X9MA 4WQ5C 4PA1A 3M8RA 3LANA 1LW2A 3O4WA 4EHTA 4OPJA 4BG9A 3RTVA 1MA9B 3SPZA 5J2PA 4MDAA 2OYQA 2CH5A 4AHUA 3TARA 1QQOA 2B5JA 3VF6A 4CECA 5I3UA 4A2BA 1NK7A 1IKVA 4B08A 5AQJA 1G99A 2W41A 3G6EN 3H3OB 3VQEA 2G8HA 3T69A 1NJIO 4H5TA 3S41A 1HNWK 3WXLA 2EX3A 4DSKA 1NGGA 1NMNA 3AY9A 2FF6A 3DXKB 4ELTA 2AA4A 1ASUA 4KTWA 1Z25A 3CC2N 3FZMA 3H46O 3ZETA 2KZMA 4CK3A 4O5BA 1WSIA 1EWRA 2UXBK 4NLBA 5CYQA 5AQZA 4ID5A 3QNNA 1TAQA 4OKEA 4FOIA 1RTIA 4DQPA 1IKYA 4FSVA 4LF6K 3U8XA 1A5XA 1C1BA 4JKHA 3PV8A 5KGWA 4LH4A 1S1TA 4JD2A 2WONA 3KLHA 1HNIA 1RDUA 2Q31A 3C6AA 2YHBA 3OYGA 1WSHA 3AA5X 5SWMA 5HROA 1B9DA 3AVKA 5J2NA 2QW9A 4CZMA 2PFUA 3TAQA 2P9UA 2P9KA 3FR0A 1HNXK 1KAXA 4EIAA 4KREA 4CHYA 4Z4FA 4AHCA 3QEIA 4WCEL 2F7TA 4NO7A 3CQYA 4CF2A 3M3ZA 4YY3K 1WSFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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