5CY4A

Crystal structure of an oligoribonuclease from acinetobacter baumannii
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
184
structure length
182
Chain Sequence
HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii
rcsb
source organism Acinetobacter baumannii
total genus 65
structure length 182
sequence length 184
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cy4A00
1HNIA 1VSEA 3KK1A 5KRSA 3NF8A 3K2PA 1XHXA 3SNNA 3AVFA 3THVA 1NK5A 1NKEA 1RTDA 4DSJA 4RW6A 4F4KA 3G0ZA 4KB1A 1TGOA 4E7JA 1IG9A 3V9ZA 4DSFA 2VG5A 1KRPA 4NYFA 3SZ2A 1QHTA 4CJ4A 1KVAA 3I0SA 5KTQA 4CE9A 3HT3A 4DSKA 1S1TA 4CJUA 4IG3A 4KHUA 1A5XA 5FDLA 3VQAA 4JLHA 3AVCA 1SL2A 2XO7A 4C8LA 4KB0A 2GBZA 4HVJA 1QS4A 1T05A 2HHUA 1TVRA 4F2RA 1LWEA 3LP3A 4LSNA 3EYZA 2Y1IA 5CY4A 2KZMA 4Y1DA 4C8NA 4BWMA 4NCAA 4M41A 3OS1A 4DF8A 2RF2A 3KLHA 1HYSA 4KHYA 4DWIA 2YKMA 4Q5VA 3JYTA 1RTJA 4E1MA 3OYMA 4FJXA 4I2PA 4E3SA 4FLYA 4IFVA 1NKCA 1C0MA 1SV5A 2I5JA 4CK3A 3S3MA 1L3SA 5KI6A 5KRTA 1NOYA 3RWUA 3AA2A 3I0RA 3QIOA 4E19A 3OYKA 3TAMA 4FK2A 1JLGA 4W5NA 5CYQA 4OKKA 4DU1A 4AHUA 2HNYA 1NOZA 4CHOA 3HP9A 4DG1A 2ITGA 3PX0A 3QETA 4WE1A 3QEWA 4Y1CA 5J2NA 1BHLA 3T19A 4QCLA 2GV9A 4CF2A 3HXMA 3DLHA 3EY1A 1KLNA 3BDPA 2F8SA 3QEXA 3WNHA 3DI6A 3AO4A 2WONA 3ALYA 3ISNC 1RBVA 1BL3A 4OGCA 4Z4HA 1TL3A 3ITHA 3DLRA 3DLGA 2Y1JA 4N5SA 5JS1A 2B4JA 1HYZA 3ZSRA 3KLIA 4W5RA 1ZBIA 5E41A 1JLQA 2A1RA 1TKTA 1X9MA 3V6DA 4KTWA 4CHQA 4OPKA 4KHQA 4CJ3A 5SWMA 3RR7A 1G15A 4KAZA 2HW3A 4ID5A 4AILC 2P5OA 4FJ9A 3DMJA 2DTUA 3VQEA 4CEEA 3V9WA 1WLJA 2PYJA 1WAJA 1R0AA 1Q8IA 4ID1A 4DU3A 3E01A 4BE0A 1CXQA 2X6SA 1KVBA 2O4IA 3FFIA 2HHTA 3NH1A 3LAMA 1RBRA 4K8ZA 1VSMA 2G8KA 2DFHA 2Z1HA 1NK6A 3O4NA 1B92A 1HMVA 3SUQA 4E7KA 3K5NA 3KLFA 4KPYA 4DLEA 4AHSA 3MXJA 2AJQA 4B8CA 4DF4A 4CJSA 3EZ5A 3HPGA 3NBPA 2IAJA 3LWMA 1RCHA 4FLVA 3OVNA 1TK0A 3NH2A 4E0DA 3NGYA 3LP1A 3T3FA 1J5OA 2YNIA 1LWCA 3LWLA 3ZSVA 1L3UA 3PO4A 3DLKA 3D45A 1RBTA 2FBYA 4MQ3A 3ZT2A 1L3VA 4B9SA 2OYQA 3KD5E 3HJFA 1RTHA 4CCHA 4CF9A 4CJVA 3PV8A 4RW9A 1S1XA 4AHTA 3ZSYA 3OYHA 5C42A 5HRPA 4JS5A 1EX4A 3L2VA 3QNOA 3K57A 3TAPA 2HHSA 2HHXA 1SKRA 1U47A 4CGHA 2Z1IA 4KV8A 5HRRA 1S9GA 4Z4EA 2KZZA 3M8QA 4I2QA 4CEOA 3OYFA 3AO5A 4CJLA 5EU7A 1TAUA 3DOKA 3C95A 1XI1A 4M3TA 1TV6A 1RT1A 1J53A 3LPUA 1YT3A 3VA3A 2ZD1A 5HRSA 4J2AA 2G8WA 2BE2A 3LZJA 2QK9A 4DU4A 3U3GA 4OGEA 2KFNA 2GUIA 5C25A 4C8MA 1X1PA 3MEEA 1RT5A 3L8BA 3SCXA 2G8VA 4F3TA 4W5OA 3ZSXA 1RDCA 1QE1A 1TKZA 3KLGA 1IO2A 1CZ9A 4CJWA 2IOCA 3NGZA 4M3XA 3CFPA 5J2QA 4E7HA 3V1RA 4CESA 2FBVA 3AVHA 1QSLA 4RW4A 4DTRA 4JRPA 3KTQA 2OPRA 4W5QA 4FM2A 2XY7A 3ZSQA 4FJ7A 2B6AA 1EETA 3NF7A 4FW2A 5DMRA 3RMDA 4HUGA 1KSPA 3S9HA 2DFEA 5CYMA 3QEPA 3AA3A 4O0JA 4KI4A 3DRRA 2HVIA 2BDPA 2P1JA 3TAFA 3OYBA 1RBSA 2F96A 2YNFA 2Z1GA 4AHVA 3C6TA 2IC3A 1JKHA 4OJRA 3NE6A 1C1CA 2D0BA 2WOMA 4B9TA 4CF1A 1X9WA 1DLOA 1ASWA 1JLFA 3RRGA 3LALA 1TKDA 1I39A 3ZCMA 2O4GA 3VA0A 3HP6A 2OPQA 1ITGA 3OS2A 1WSGA 4AHRA 1JXEA 2R7YA 4LY7A 4FJJA 5CZ1A 1GOCA 3L2QA 3QINA 3OYEA 1A5WA 4FM1A 3SPZA 3CFOA 1WAFA 1ZBUA 3AV9A 3VQPA 3SV4A 1QSSA 1BCMA 4J2DA 1WSHA 2HHQA 3T1AA 3NHGA 4H4OA 3O3HA 4FLWA 1LAVA 4I9LA 3L2UA 4O4GA 1FXXA 3SI6A 4DLGA 4B9LA 3IRXA 2ZE2A 3VQ6A 4CHNA 2P5GA 2XY8A 3MXIA 4C8KA 4EZ9A 2X74A 4DTMA 3K59A 3HVTA 1NKBA 1O1WA 4F2SA 3VQ7A 3V81A 3V4IA 1LWFA 3C94A 1SUQA 3SUNA 2KTQA 3LZIA 1JL2A 1CLQA 2QKBA 3SUOA 2RKIA 1TAQA 1GOBA 4KKOA 1QQCA 4BDYA 1U04A 5J1EA 4IG0A 3RMBA 3TR8A 3O3GA 1WSFA 4LH4A 4Z4IA 4CHPA 1VK0A 4B9NA 3HO1A 1LAWA 2IGIA 1LW2A 3MEDA 5HRNA 1K6YA 2B5JA 1HNVA 3KK3A 5KGWA 3KK2A 1SKWA 4DQIA 1GOAA 4F8RA 1RDBA 1VSHA 4CGJA 4XIUA 2P51A 4OLBA 2YNGA 3ULDA 4CEDA 4B08A 4DTXA 3AVNA 1IKWA 1KLMA 1JLBA 2EHGA 3TARA 1QSYA 4PQUA 4QAGA 1RDDA 4CECA 3QERA 3M8SA 3S3NA 4PUOA 3QEVA 1BGXT 3OYIA 3LDSA 1U4BA 1VSJA 2D0AA 3HVRA 4BE2A 3AA4A 1DTTA 2G8UA 4KREA 4DTUA 1WSEA 1XWLA 1ZBFA 1RT6A 1REVA 2E6MA 1WSJA 1W9HA 1BISA 2IDOA 3QO9A 4IFYA 1BIUA 1I3AA 1IH7A 2D5RA 3CM6A 4OKEA 3NGIA 4JS4A 4J2EA 3OYLA 5D3GA 5HBMA 2FBXA 2W42A 4CIGA 2QXFA 4DMNA 4B8AB 1B9DA 3DRSA 4DS5A 1XC9A 1SKSA 4QOZB 2A1SA 2YKNA 3AVJA 3VN5A 3MAQA 3I8DA 4FJ5A 1NK9A 3L3VA 4KTZA 1JXBA 5HP1A 1ZBLA 4I7FA 4AHCA 4N47A 2OZSA 2KQ2A 1BI4A 3RTVA 4ICLA 1L5UA 4I9QA 5SZTA 1S6QA 2KW4A 1S1VA 1N6QA 2JGUA 4K8XA 4YNQA 5HLFA 4DTOA 3OS0A 4O44A 4HHTA 3VQ4A 1FKPA 4PA1A 3RRHA 4E7IA 1VRTA 4HCBA 1D5AA 3RR8A 5HROA 3VQ8A 4OLAA 1Y97A 1T7PA 1SL0A 4M3RA 3ZT3A 4N56A 3SUPA 3KKRA 4BACA 1JL1A 4CJPA 4CIEA 3LP0A 4GW6A 4CJFA 3SYZA 2OZMA 2DY4A 3RMCA 3S3OA 4FZZA 5JS2A 4DTPA 4RW7A 2E4LA 3DRPA 1HRHA 3VQBA 4OKJA 2XY5A 4PWDA 4FYDA 3HSTB 4IBNA 4F3OA 3BGRA 4JRQA 2PY5A 1D8YA 5C24A 4O5BA 1UOCA 3OYGA 2XY6A 3CG7A 3PUFA 1VSFA 4LH5A 3V9UA 3O4QA 4CGDA 4CJEA 3F73A 4ZTFA 1TK5A 3OJSA 5T7BA 4FLUA 1D9FA 3PY8A 3CYMA 1S5JA 3QIPA 4FCYA 4FK4A 4AH9A 3NH0A 2VG7A 1Q9YA 4CGFA 1J9AA 1HJRA 3PX4A 2FBTA 2RN2A 4Z4FA 2HHVA 3V1OA 4B9VA 4FK0A 2HNDA 1T8EA 1EXQA 4CJTA 1TK8A 1C1BA 4CEQA 1S9EA 2PYLA 1U48A 3NF6A 1KFDA 3G10A 3TI0A 1U49A 1B9FA 5FROA 3U3YA 3A2FA 3PO5A 1Z25A 4DFMA 4CHZA 4O55A 1VSIA 2YHAA 1NK8A 3L3UA 1KFSA 3WNGA 4FJ8A 3TWHA 2G8IA 4BWJA 4FM0A 3TAQA 3SV3A 3IS9A 4OPJA 5FRNA 4KHSA 3NAEA 2EX3A 4DQRA 1W0HA 4G1QA 2VWJA 2IS3A 4DS4A 3SQ2A 4CERA 1N5YA 2Z1JA 4CGGA 3IAYA 2E6LA 4FZXC 4FLTA 3K5MA 1RTIA 1C1AA 1BIZA 4CF8A 4DFPA 3ZT4A 1BQMA 2QKKA 4DSIA 1BCOA 3AO2A 1C6VA 2HVHA 3ZT0A 3VQ5A 4W5TA 3TAGA 1HQEA 1FK9A 1NJZA 4CFBA 3CQ8A 3DLBA 5CZ2A 4CHYA 1WSIA 3ZT1A 1ZYQA 2OPPA 4M3WA 3P5JA 1T03A 3HYFA 1NK0A 3C6UA 3K5LA 3SPYA 4B9MA 4FZYA 4J2BA 1IKXA 1HYVA 1RBUA 3DOLA 1D9DA 2ZQBA 2JLEA 3M8RA 4Z4GA 3LAKA 3WNFA 5I42A 3VQDA 4NYNA 3QLHA 1YVUA 4LD0A 4E1NA 4DQSA 1ZBHA 2BANA 4BDZA 4IDKA 3AVLA 3L2RA 3HK2A 4CGIA 4Z0UA 4FW1A 4FVMA 5KGXA 3L2WA 4MFBA 1Z26A 1NJXA 3V9XA 2VG6A 2OPSA 1RILA 1TKXA 4M3ZA 3ASMA 1BI4B 1RDAA 1S6PA 1YTAA 4CEAA 1JLAA 4FJLA 4KO0A 4E89A 1L3TA 1RT7A 1NJYA 2Q3SA 4NCGA 3MECA 3KLEA 4CFAA 4HUFA 4FJNA 2YHBA 1VRUA 3F9KA 3P83D 1RNHA 4TSXA 4DQPA 4KHWA 2HHWA 4EP4A 1MU2A 2OA8A 3K58A 3AVBA 3O3FA 3OYAA 1CXUA 4ELTA 1RT4A 3K5OA 2HB5A 3LANA 4UQGA 3QESA 3SQ1A 3VQCA 4ZTJA 2X78A 4O0IA 5J2PA 3HL8A 2LSNA 4RG8A 4Z4CA 3ZSZA 4CJRA 3SQ0A 4IKFA 1ASVA 1JLEA 3NCIA 3AVKA 4CF0A 4GMJB 4HUEA 2PZSA 4PY5A 4CEZA 3SJJA 1S1UA 3WNEA 4NCBA 2KFZA 3VQQA 1RT2A 2YNHA 4H8KA 1A5VA 4CJQA 3D0PA 3V9SA 2HMIA 2BGGA 3NF9A 4DTNA 4CIFA 1UA0A 2XHBA 3B6OA 1WN7A 2ATQA 3M8PA 4CK2A 1BQNA 3ZSOA 3HM9A 4FJGA 4KHNA 3HPHA 4FLZA 2FC0A 4M45A 4GVMA 3AVAA 4FJKA 3TAEA 1DTQA 3TABA 1F21A 1VSDA 3DLEA 1C0UA 4BDPA 4DSLA 4M3YA 4H4MA 4E7LA 1UAXA 4DTJA 3DYAA 2ETJA 3U6FA 4BE1A 1Q9XA 4ZHRA 3AVMA 1HPZA 3V1QA 4FXDA 1EP4A 1JLCA 1C0TA 4ELUA 4DQQA 4CFCA 1VSKA 3TANA 3OYNA 3QEIA 1NK7A 4DFJA 4CEBA 4CFDA 4CK1A 4N76A 2RPIA 4R5PA 1KTQA 1NK4A 4M3UA 1TL1A 3AA5X 4LSLA 1WNSA 3LP2A 3KJVA 1QTMA 1J54A 3AO1A 3ZSWA 4N41A 2G8FA 1VSLA 3CFRA 1KVCA 3OY9A 2F8TA 4KRFA 3KKSA 2D0CA 4Q0BA 3H08A 2VWKA 1HQUA 3NDKA 3SQ4A 3UIQA 3PX6A 3AVGA 1IKYA 4CJKA 3OYDA 3OYCA 1X9SA 4C8OA 1RT3A 1IKVA 4DSEA 3OYJA 3AVIA 1S1WA 5I3UA 1KCFA 2X6NA 4CJ5A 1LW0A 4DTSA 3NFAA 4CEFA 4EZ6A 1FKOA 4HTUA 3KIOA 5FRMA 4OVLA 1LV5A 5K14A 3OJUA 3HPOA 2XRIA 1XHZA 4FLXA 4KI6A 4RW8A 2YV0X 3QNNA 4ELVA 1CZBA 1NJWA 4L8RB 3MEGA 2NUBA 2DFFA 1EKEA 3CM5A 3DM2A 4B9UA 4FJIA 3RMAA 3MXMA 1YTUA 4DFKA 1UA1A 2HNZA 3KD1E 1UWBA 3B6PA 3LPTA 4HCCA 1ASUA 4EP5A 3AO3A 3IG1A 3P1GA 4M42A 5DK5A 3JSMA 4FJHA 4KTQA 5J2MA 3VQ9A 2G8HA 4B3OA 4FJMA 1U45A 4YFUA 4KFBA 1SL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSEA 3BY5A 5KRSA 2KFNA 3THVA 3CCRN 3TTDA 3P39A 4NYFA 3M5RA 1KVAA 1MDUB 2NRZA 5KTQA 3P4IA 3P38A 5FDLA 1SL2A 4C8LA 1NGJA 2HHUA 2NZTA 4LSNA 3IUCA 2VQEK 4C8NA 4NCAA 4M41A 3KLHA 4JI7K 5AQPA 4KHYA 3LDPA 4H0OA 1NKCA 4FJKA 1SV5A 4CK3A 1NOYA 5KI6A 1M1KO 3RWUA 3PSIA 3OYKA 5CYQA 3EKUA 1IBKK 3T1YK 4B3SK 3PX0A 2ITGA 4IJNA 3QETA 1KC8O 1HKBA 4Y1CA 1GLAG 1BHLA 4GY2B 4DR6K 4CF2A 4H5TA 3EY1A 3BDPA 4AM7A 3DI6A 3AO4A 2WONA 1RBVA 1BL3A 3DLGA 1JLQA 3DJCA 4KHQA 4KTWA 2HW3A 4FJ9A 4FO0A 1YHQN 4B1YB 4X64K 2QA4N 4JI2K 4JKGA 3ATVA 2X6SA 2O4IA 1YJ9N 2HHTA 4CZJA 3LAMA 3CJBA 2G8KA 4GKKK 4FWOA 1SAZA 2AJQA 4YOWA 3HPGA 3NBPA 3LWMA 1RCHA 3WXIA 1TK0A 1WOQA 3NH2A 4E0DA 2YX6A 4LF5K 4B3MK 3PO4A 3VTIA 4FWQA 1KAZA 2OYQA 3KD5E 4AM6A 3PV8A 3FZKA 3QNOA 3TAPA 1HNZK 2HBLA 5HRRA 1S9GA 2KZZA 1W7AA 3AO5A 4CJLA 2IVNA 2HBMA 4M3TA 4BR0A 2NRRA 2P9IA 2ZD1A 3N4PA 2QI2A 2QK9A 5AQVA 3O5BA 2G8VA 4W5OA 1RDCA 3Q7BA 1CZ9A 4M3XA 5J2QA 4I6MA 2YHXA 4MO4A 5GAGP 3AVHA 4DTRA 2OPRA 1NGAA 2HBKA 2B6AA 4H5RA 1KSPA 4PKHA 1DGKN 3S9HA 3QEPA 3I55N 3WEEA 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 1VSE A;  3BY5 A;  5KRS A;  2KFN A;  3THV A;  3CCR N;  3TTD A;  3P39 A;  4NYF A;  3M5R A;  1KVA A;  1MDU B;  2NRZ A;  5KTQ A;  3P4I A;  3P38 A;  5FDL A;  1SL2 A;  4C8L A;  1NGJ A;  2HHU A;  2NZT A;  4LSN A;  3IUC A;  2VQE K;  4C8N A;  4NCA A;  4M41 A;  3KLH A;  4JI7 K;  5AQP A;  4KHY A;  3LDP A;  4H0O A;  1NKC A;  4FJK A;  1SV5 A;  4CK3 A;  1NOY A;  5KI6 A;  1M1K O;  3RWU A;  3PSI A;  3OYK A;  5CYQ A;  3EKU A;  1IBK K;  3T1Y K;  4B3S K;  3PX0 A;  2ITG A;  4IJN A;  3QET A;  1KC8 O;  1HKB A;  4Y1C A;  1GLA G;  1BHL A;  4GY2 B;  4DR6 K;  4CF2 A;  4H5T A;  3EY1 A;  3BDP A;  4AM7 A;  3DI6 A;  3AO4 A;  2WON A;  1RBV A;  1BL3 A;  3DLG A;  1JLQ A;  3DJC A;  4KHQ A;  4KTW A;  2HW3 A;  4FJ9 A;  4FO0 A;  1YHQ N;  4B1Y B;  4X64 K;  2QA4 N;  4JI2 K;  4JKG A;  3ATV A;  2X6S A;  2O4I A;  1YJ9 N;  2HHT A;  4CZJ A;  3LAM A;  3CJB A;  2G8K A;  4GKK K;  4FWO A;  1SAZ A;  2AJQ A;  4YOW A;  3HPG A;  3NBP A;  3LWM A;  1RCH A;  3WXI A;  1TK0 A;  1WOQ A;  3NH2 A;  4E0D A;  2YX6 A;  4LF5 K;  4B3M K;  3PO4 A;  3VTI A; 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 5KPZ A;  3NCI A;  3AVK A;  4GMJ B;  5AQO A;  4NCB A;  4JD2 A;  2BGG A;  1UA0 A;  2NRX A;  3A0I X;  1HKG A;  2UYT A;  3E1Y A;  3ZSO A;  4KHN A;  4FLZ A;  4JK7 A;  5AFU A;  4DR7 K;  1K8K A;  3TAB A;  1OH5 A;  1DT9 A;  1C0U A;  4E7L A;  5AQK A;  3DYA A;  3CJ9 A;  3U6F A;  4IO8 A;  1W97 L;  3AVM A;  3V1Q A;  3WEE B;  4DQQ A;  2CGJ A;  1VSK A;  3UB5 A;  3TAN A;  3QEI A;  3OHR A;  4K42 A;  4CFD A;  2RPI A;  1NK4 A;  4WCE L;  3AA5 X;  4LSL A;  3IDH A;  1WNS A;  1Q81 O;  2I7P A;  3LDO A;  4JKH A;  5HL7 L;  4A2B A;  4JKB A;  1JCF A;  2D0C A;  4F9O A;  1KD1 O;  4WQ5 A;  4XH4 A;  4CJK A;  5C10 A;  3OYD A;  3THX A;  4CJ5 A;  4DTS A;  4OVL A;  3DXM A;  2XRI A;  1XHZ A;  3MEG A;  1U2V B;  4DFK A;  3C6A A;  3KD1 E;  3B6P A;  2UUC K;  4H0V B;  5C15 A;  4EP5 A;  3AO3 A;  3IG1 A;  3P1G A;  5EOY A;  4M42 A;  5DK5 A;  2FSN A;  3M3Z A;  5J2M A;  3VQ9 A;  2G8H A;  2IVO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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