5CY4A

Crystal structure of an oligoribonuclease from acinetobacter baumannii
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
184
structure length
182
Chain Sequence
HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii
rcsb
source organism Acinetobacter baumannii
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 65
structure length 182
sequence length 184
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cy4A00
3VN5A 3V4IA 4Y1DA 3VQ8A 3DRRA 1HQEA 2KW4A 4FZXC 1A5XA 1NOZA 2PYJA 3U6FA 4Z4FA 3IRXA 1Z25A 3DOKA 4DTPA 4NCBA 3MEEA 3HL8A 1KCFA 4GMJB 2KFZA 3JYTA 1N6QA 1ASUA 2G8KA 3OYIA 3F73A 3TR8A 4CJQA 4B8AB 4G1QA 4OPJA 5JS1A 4R5PA 1VRTA 2P5OA 4N41A 4HVJA 1WAJA 4CE9A 5I42A 3SI6A 1RILA 1W9HA 4UQGA 4E7KA 4KHNA 3KK3A 4I2PA 1ZBLA 3SV4A 4IDKA 4AHRA 3VQ7A 4Z4GA 4MQ3A 3WNFA 3S3NA 1SKSA 3KKRA 1JLFA 4DTNA 3MXIA 2FBTA 3PY8A 2P5GA 4OLBA 4AH9A 4H8KA 4BE2A 1Q9YA 2HW3A 5C42A 3HXMA 4F3OA 2F8SA 3NE6A 2O4IA 4BDPA 3QEWA 1RDDA 3K5MA 3EY1A 2VWJA 4FK0A 2QKBA 1IKWA 4FM0A 1U47A 3DI6A 4DU3A 4O44A 1BGXT 4CEEA 4CJ3A 4W5TA 1IG9A 3BGRA 3QLHA 3NH1A 4KI6A 4RW7A 3OYDA 2KFNA 3NF9A 4CFCA 3OYEA 4KHUA 3ZT0A 4N47A 3KJVA 2HHSA 2OPRA 4M3TA 4JRQA 2IDOA 3MXJA 3WNHA 5SZTA 2Z1GA 4CGHA 3QERA 4CEDA 2G8UA 2KZMA 2HNZA 3SUNA 3VQ5A 3AA5X 3ZT2A 4W5QA 3QEPA 4WE1A 4KB0A 1Q8IA 4J2AA 2YHBA 3NGIA 3NBPA 3RRGA 4CEFA 3C6TA 5KTQA 4CJLA 3RMAA 1RDBA 1XWLA 4HUEA 3K5NA 1QTMA 4DFPA 1WN7A 1TKZA 3ISNC 1L3UA 4OPKA 4Z4HA 4N56A 1REVA 3OS0A 1GOAA 3KKSA 1C0TA 5HRRA 4DFKA 1J5OA 2ETJA 1WSFA 2YHAA 3C94A 3DRPA 3DRSA 1RCHA 1EKEA 1EP4A 4GW6A 3AA2A 1IH7A 3OYGA 2E6LA 3CM6A 3NH0A 5J1EA 2NUBA 4KTWA 3THVA 1D5AA 3AA4A 2Q3SA 3CG7A 4FW1A 3QNOA 4KKOA 1X9WA 1L3SA 2IAJA 4OVLA 1HJRA 3L2QA 1L5UA 4FJ5A 4BWJA 2QK9A 3TAQA 3HPHA 3HVTA 2VG5A 4DLEA 4CK3A 3QNNA 5CY4A 4FJIA 4ZTJA 1R0AA 1HPZA 4EZ6A 1C1BA 3SJJA 3DYAA 4PA1A 4B3OA 1QSLA 4BACA 3SQ1A 2WOMA 2P51A 4CFBA 1VSKA 3AVHA 2BGGA 4OGEA 1NJZA 3L3VA 3NF7A 3WNEA 4W5RA 3VA0A 4I2QA 4AHTA 1RTJA 1MU2A 3AO5A 3OYBA 3LDSA 4AILC 4F3TA 1DTQA 1IO2A 3LPUA 3ZSWA 1VSIA 2GV9A 3P1GA 3LZJA 1WNSA 2JGUA 4M3RA 4FM1A 2YKNA 3O3FA 3HSTB 1ITGA 4JS4A 4M3UA 3U3GA 3VQCA 3OYNA 4CJPA 4DMNA 5KRSA 3V1OA 3NAEA 3LP0A 4CFDA 1KVBA 1ASVA 1D8YA 4H4OA 3SV3A 5CYQA 2G8WA 3OS2A 3LP1A 4CEBA 3KLEA 3PO4A 1X1PA 4FJ8A 1IKXA 3LZIA 4L8RB 3ZSZA 1CXUA 1JL1A 4NYFA 4AHCA 4KI4A 2FBXA 3VQ9A 2HVHA 2YNFA 1WSEA 4CERA 1Z26A 3RMDA 4FLZA 4EZ9A 4FJGA 3KLFA 4E1NA 1UWBA 1HMVA 3OS1A 1LV5A 2GBZA 3RRHA 1J53A 1IKVA 3MECA 4Z0UA 4FVMA 3ZSXA 4XIUA 3L3UA 3V9XA 1WAFA 4DFMA 1T05A 3QIOA 3L2UA 1LAWA 3ZT1A 1SKWA 4F2SA 1BIUA 4DTOA 3NGYA 2X6SA 1JXEA 1U45A 4HUGA 1NK7A 3CFPA 4CJWA 3NF8A 4E0DA 2B4JA 1EETA 1F21A 3VQAA 1LWEA 1TKXA 4C8NA 1TL1A 2GUIA 3QO9A 5E41A 1UA1A 4LSLA 4DF8A 5D3GA 3SQ0A 3QINA 5HRSA 4KV8A 2B5JA 5EU7A 4IBNA 2X6NA 2YNHA 4CF2A 3SYZA 4CGDA 1SL1A 4M42A 1WSGA 4Q0BA 1U48A 1BQMA 1BISA 1HQUA 4O0JA 4KHWA 2PY5A 1TV6A 3TARA 5FDLA 2D0CA 4LSNA 4CF1A 2HHVA 3DLEA 1TKTA 3KLGA 3LANA 2YNIA 1FKOA 1YT3A 4CJFA 3K5LA 1VSLA 4CGGA 1ASWA 2HHUA 2OZMA 3M8PA 4RW6A 2DFFA 4ID5A 2W42A 3SZ2A 3KLIA 2G8FA 3C95A 4CJ4A 5C25A 1DTTA 3V81A 4EP4A 4C8LA 4TSXA 4FJKA 1B9FA 4KO0A 4DG1A 2F8TA 5K14A 2RN2A 4LY7A 3ASMA 3PV8A 3AO1A 4KPYA 4DSJA 3CFOA 2YNGA 3SUOA 1TK8A 4IG0A 4RW4A 3V9WA 2XHBA 3VQEA 1BQNA 1ZYQA 4PWDA 1S6PA 1HYSA 3ALYA 1JL2A 1XC9A 1ZBHA 1NOYA 3L2WA 1VRUA 3AVKA 3AVBA 4ELTA 4N76A 4KHQA 3WNGA 4DSFA 3E01A 1X9MA 1B9DA 1QQCA 3S3OA 3K58A 1HYZA 1L3VA 2IOCA 3C6UA 3HT3A 4FJNA 4CIGA 1GOBA 5CZ2A 3HPOA 3M8RA 4CK1A 2OZSA 4F4KA 2EHGA 1ZBIA 3QEIA 3HYFA 1DLOA 1WSIA 2A1RA 1RT2A 3QIPA 4CEQA 4FJLA 4KREA 3AO3A 3T3FA 1JLGA 3TAFA 1HYVA 3ITHA 3NHGA 1CZBA 1BI4A 3T19A 1NKBA 2HHTA 5FRNA 1NK8A 1KLNA 3LP2A 1TK5A 1FK9A 4K8XA 1VSJA 1TL3A 3K5OA 4OKKA 4FYDA 3SUPA 3OYHA 4FLXA 4QOZB 3PX6A 5DK5A 3DLGA 1BI4B 3QEVA 4HCCA 4OGCA 1S1XA 4PY5A 4CHZA 4DS5A 1HNVA 4CJVA 1S9EA 3G0ZA 4KFBA 1RT5A 3KIOA 3RR8A 1C1AA 2RF2A 4DU4A 1Y97A 4M3WA 1EX4A 2VWKA 3AVJA 3DLRA 3AVIA 2Z1IA 2R7YA 3V6DA 2Y1JA 3ZT3A 1RNHA 4JS5A 1RT6A 3HPGA 3H08A 3NCIA 1C0UA 2A1SA 2G8VA 3VQQA 2ZQBA 2F96A 3IG1A 3P83D 3SUQA 3OJSA 1QSYA 4DTJA 4GVMA 1I3AA 3M8QA 3PUFA 2HHQA 1NK6A 3NH2A 4JLHA 3L2RA 3HVRA 3OYAA 1J54A 5I3UA 4RG8A 1QE1A 1RTHA 2WONA 1TKDA 2HHXA 2OYQA 4CF0A 4FJMA 1S1WA 1FKPA 1T8EA 1CLQA 4HUFA 2DTUA 1RBSA 1C6VA 4B08A 1XHZA 1SKRA 1WSJA 4M3ZA 4PQUA 1S1TA 1U04A 4DTSA 1EXQA 4CJSA 3OY9A 1X9SA 1WSHA 4KRFA 4M41A 4NCAA 4CGIA 3RMBA 4ELVA 1KVCA 1RBVA 1S9GA 2G8IA 4F8RA 1HNIA 2DFHA 2O4GA 1C1CA 3TWHA 4MFBA 2KZZA 2Y1IA 3D45A 3F9KA 4FW2A 4E1MA 3SPYA 5CZ1A 2KQ2A 3VQ6A 3KD1E 4OJRA 1S5JA 4B8CA 4CEZA 4PUOA 3EYZA 3CFRA 4CGJA 1RBUA 4O4GA 1XI1A 3TAMA 1NKEA 2BDPA 4FLTA 1LW2A 1S1UA 4EP5A 4CEOA 3FFIA 2YV0X 3CYMA 4J2DA 1J9AA 3ZCMA 5HRPA 3QEXA 3K57A 1JLBA 1VK0A 1SL2A 3ZT4A 4B9UA 1RTDA 4CCHA 3ZSQA 4H4MA 4CHOA 2PYLA 4OKJA 3SQ4A 3O4NA 3AVMA 4CHPA 1I39A 5KGXA 1RT1A 3DMJA 1UAXA 2PZSA 1SV5A 3V9ZA 4NCGA 3AO2A 3CM5A 4FM2A 1NK5A 3OYMA 1TAQA 1RBRA 3V1QA 1B92A 2G8HA 2Z1HA 1NKCA 4Z4IA 1RDCA 4HCBA 1L3TA 3DLHA 4DS4A 3SCXA 4B9NA 3I8DA 2ITGA 3RMCA 3LAKA 3A2FA 4O0IA 5HLFA 1S1VA 1YTAA 3HP6A 1JLCA 1KSPA 1SL0A 3KTQA 3S9HA 1JLAA 3LWLA 4OKEA 3AA3A 4DU1A 1QHTA 4B9VA 3AVFA 1RT4A 3T1AA 3U3YA 4KTQA 4B9MA 4M3YA 2HNYA 1KFDA 4LD0A 3PX4A 1VSMA 2FBVA 3OYLA 4M45A 2VG6A 1JKHA 4KTZA 4CF9A 4K8ZA 1QS4A 4E3SA 1KFSA 3LAMA 2D0BA 3QETA 3PO5A 4YFUA 1NJXA 4QCLA 1GOCA 3AV9A 4Q5VA 4E7HA 1FXXA 1W0HA 4E89A 3OYFA 3ULDA 1UOCA 1XHXA 3I0SA 3L2VA 4FJ7A 1VSFA 3SQ2A 3IS9A 2XY6A 2OPSA 3CQ8A 4IFYA 1TAUA 3K59A 1RTIA 4FLWA 4BE1A 3VQ4A 3TABA 3HP9A 3MEDA 2IS3A 1CZ9A 1IKYA 3VQPA 2X74A 5KI6A 3I0RA 4E7JA 4I9QA 4B9LA 5KRTA 4ID1A 4IG3A 3OYJA 3KK1A 1U4BA 2Z1JA 2HMIA 4KHYA 4I9LA 3TAEA 3KD5E 2DY4A 5J2MA 3RWUA 4CHQA 4O55A 5T7BA 3AVNA 3ZSRA 2XY5A 4IFVA 4ICLA 4E7LA 2OPQA 2IGIA 4BWMA 4FJJA 4J2EA 2VG7A 3LALA 2IC3A 5J2PA 4DSKA 4KHSA 3O3GA 4CESA 4DLGA 4B9TA 4OLAA 1KVAA 4FK4A 3AVGA 2HB5A 3DLKA 4DSIA 1KTQA 3DM2A 4DQIA 3SNNA 3DOLA 5JS2A 4W5OA 4CHNA 1D9DA 1CXQA 1RDAA 3LPTA 1BIZA 1S6QA 3P5JA 5C24A 4CGFA 4CJEA 2BE2A 2X78A 4CJ5A 1UA0A 1NK4A 4CK2A 4FZYA 3M8SA 3V1RA 3B6PA 1QSSA 4DWIA 5KGWA 2RPIA 3OYKA 4E7IA 3L8BA 4B9SA 1LAVA 3D0PA 4HHTA 5HP1A 4DSLA 1BL3A 4KB1A 4JRPA 1VSEA 1A5WA 1K6YA 2P1JA 4NYNA 1KRPA 1WLJA 3EZ5A 3ZSVA 4FJ9A 2AJQA 1G15A 1ZBUA 4J2BA 2QXFA 4F2RA 4FZZA 3V9SA 4DFJA 3KLHA 4DQRA 1TK0A 2E6MA 1YTUA 5HRNA 3TAGA 4CJKA 3UIQA 4FXDA 3VQBA 1BCMA 5HROA 1TVRA 3LP3A 4CF8A 1U49A 1LWCA 4FCYA 2OPPA 3RTVA 5J2NA 4ZTFA 3RR7A 1Q9XA 5J2QA 2FC0A 1LW0A 4CHYA 3MXMA 4ELUA 5FRMA 4O5BA 5SWMA 1RT7A 2HVIA 2D0AA 1RT3A 2ZE2A 3PX0A 3HO1A 3OYCA 3MEGA 3AVCA 3AVAA 3KK2A 4DQQA 1TGOA 3HM9A 1VSDA 3OVNA 4FLVA 4RW8A 4CJRA 3NF6A 4DTMA 4DSEA 1BHLA 2DFEA 1O1WA 2XY8A 3VA3A 4QAGA 4CEAA 4DTXA 1NJYA 1N5YA 4C8KA 4CECA 4C8OA 2XO7A 3MAQA 2B6AA 3OJUA 2RKIA 4I7FA 3TANA 1YVUA 5CYMA 1LWFA 1HRHA 4CIEA 4FK2A 3B6OA 5DMRA 2XRIA 4ZHRA 4YNQA 4HTUA 3ZSOA 3TI0A 4AHVA 2HNDA 4CIFA 3NDKA 5HBMA 1JLEA 4LH4A 4DF4A 3QESA 3TAPA 2ZD1A 4FJHA 2XY7A 3AVLA 4FLYA 5FROA 4M3XA 2LSNA 4DTUA 1C0MA 1BCOA 4FLUA 2BANA 1ZBFA 1VSHA 4IKFA 3ZSYA 2HHWA 1KLMA 2FBYA 3O3HA 2I5JA 4BDZA 2E4LA 2QKKA 4DTRA 2EX3A 4LH5A 2D5RA 3BDPA 4N5SA 1D9FA 4DQPA 4E19A 3HJFA 4FJXA 3HK2A 1T03A 1JXBA 4BE0A 3NGZA 2KTQA 2ATQA 4KAZA 3JSMA 4W5NA 3S3MA 4BDYA 2JLEA 1SUQA 3AO4A 4Z4EA 4C8MA 3LWMA 2OA8A 4CJTA 1NK9A 3VQDA 4CJUA 4AHUA 4Z4CA 1JLQA 4AHSA 4DQSA 1A5VA 3G10A 4RW9A 1RBTA 3K2PA 3O4QA 3V9UA 1T7PA 2YKMA 3NFAA 4CFAA 1NJWA 3DLBA 3SPZA 1NK0A 4Y1CA 3IAYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLDG 5AZJB 2IVPA 3DRRA 1HQEA 4IO8A 4H5NA 3DOKA 1N32K 3HL8A 4JI4K 5KPTA 4BR5A 3UKUB 3O9RA 2G8KA 3OYIA 4LF8K 4B8AB 2QWOA 3JXUA 4YOUA 4R5PA 3WXJA 5FPNA 3SI6A 1W9HA 2ASMA 4FSVA 3S3NA 1SKSA 3F9MA 4V19S 2FBTA 1K8KA 4BGBA 2OTLN 1FJGK 4F3OA 2F8SA 3NE6A 3QEWA 2VWJA 3DI6A 4DU3A 4AM6A 1BGXT 3BGRA 4KI6A 4RW7A 3C7NB 3NF9A 5AQQA 3KJVA 4M3TA 3MXJA 4CGHA 2IVNA 3N4PA 3AARA 4J2AA 4I6MA 3NBPA 3RRGA 3CETA 3C6TA 4HUEA 4DFPA 1NGAA 3ISNC 4ISGA 3KKSA 3G4SN 3WQUA 4JKDA 1WSFA 2DPNA 4GY2B 1C0GA 4KTWA 1D5AA 4RWTA 5AQJA 3CG7A 1L3SA 4CBXA 1X9WA 1L5UA 1HJOA 4FJIA 1R0AA 3CCVN 1I94K 4CZIA 4MLEA 4EZ6A 3MDQA 3J7ZO 3SJJA 3DYAA 3IKMA 4B3OA 1T6DA 1YJ9N 1VSKA 3NF7A 3MCAB 4CBWA 3WNEA 4I2QA 1RTJA 3GG4A 1IBMK 2OANA 4CZJA 1DTQA 3ZSWA 2GV9A 2E1ZA 4FM1A 3D6RA 5EVZA 2GWJA 3U3GA 5GAGP 4FJLA 3LM9A 3U8XA 4CFDA 3ATVA 4YOXA 1T6CA 3FZFA 1X1PA 4RTFD 3CMAN 3ZSZA 1CXUA 4KI4A 3MN5A 2FBXA 2KKZA 3VQ9A 1VQ6N 1NGDA 4FLZA 3KLFA 4E1NA 5EOYA 1UWBA 2GWKA 3E9OA 4CBUA 2YCHA 3RRHA 1J53A 3ZSXA 3EN9A 1Q86O 3QIOA 2X6SA 1U45A 3CFPA 4RCHA 4XH1A 4CD1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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