5CY4A

Crystal structure of an oligoribonuclease from acinetobacter baumannii
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
184
structure length
182
Chain Sequence
HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Acinetobacter baumannii
publication title Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 65
structure length 182
sequence length 184
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cy4A00
4H4MA 3KK3A 3NGZA 3IRXA 1RTJA 4CIEA 2AJQA 3NDKA 4W5NA 3L8BA 3M8SA 1WSEA 5FROA 3SUPA 3KD1E 3U6FA 1FXXA 4KI6A 4FZZA 3V1OA 4CGIA 2KZZA 4K8XA 1KRPA 1WAJA 1SL2A 2X78A 1S1UA 3MXMA 2YHBA 3NF8A 4EZ6A 4AH9A 2XY8A 1JXBA 5DMRA 4B3OA 3PX4A 2X6SA 2Z1HA 4DFJA 4BE0A 4E3SA 4L8RB 3AVFA 1U04A 3LP3A 4CF8A 4KHSA 3LANA 1HRHA 3VN5A 3K57A 3SQ2A 4E0DA 2R7YA 1BCMA 3KKRA 4DTUA 1W9HA 1RCHA 2ETJA 3AVLA 4TSXA 4O5BA 4CGJA 3VQPA 3K5MA 3K59A 2WOMA 1QSSA 4ELTA 1YTUA 3DLRA 1IKVA 2XRIA 4CFDA 3TAFA 4QCLA 1F21A 1LW2A 2HHXA 5CZ1A 4KPYA 1NJYA 3WNGA 3MECA 3KLEA 2JGUA 1A5WA 3U3YA 3AVCA 1LWCA 1C6VA 1ASUA 3NGIA 4C8LA 2DY4A 4NYNA 4IG3A 3TAGA 3SI6A 4DFMA 4FJIA 1ZBHA 1NK4A 4CIFA 3SYZA 3MEDA 4DU3A 3HVRA 3S9HA 4DSLA 1K6YA 4N56A 3U3GA 1I3AA 2O4IA 1TK0A 3AA4A 4KHNA 5HP1A 1XHZA 2B6AA 1UWBA 2YNHA 5KRSA 3AVIA 3NCIA 1L5UA 4KHYA 5D3GA 3I0RA 4CFCA 2B4JA 1HQEA 4I2QA 1HMVA 5C25A 3NF9A 4FJGA 1C1AA 3EYZA 5FDLA 1T03A 3T1AA 4B08A 1HYVA 2LSNA 2DTUA 3A2FA 4CHQA 2IC3A 4CF9A 4JRQA 3DLHA 3CFPA 3C6TA 3MXJA 3O3GA 4CJRA 4G1QA 4GMJB 3QEPA 5CZ2A 3TAPA 3KD5E 1JLAA 4YFUA 1TKTA 3OYFA 4FLTA 2E4LA 1C0TA 1GOCA 1RTDA 4FJHA 3HPHA 3AVMA 1BQNA 3VQCA 3T19A 3OS0A 4FLZA 2HMIA 3RR7A 3ZSVA 2BE2A 3VQBA 4CJWA 3SV4A 1JLFA 4M3XA 3V9WA 3B6OA 3RRHA 4ELUA 3ZSWA 5C42A 4OLAA 1G15A 3SV3A 2ZQBA 4F3OA 3LP1A 4GVMA 3DMJA 1X9MA 4Q5VA 2Z1JA 4O4GA 2HNZA 4UQGA 2O4GA 4CJVA 2PZSA 1CZ9A 1J53A 1B92A 1RT4A 3KK2A 4DQQA 4MQ3A 3VQ7A 4K8ZA 1KFDA 3L2VA 4M41A 2IDOA 1RT6A 4CJ5A 1NJZA 4DFKA 1S6PA 4CJ4A 5J2NA 4HUEA 2Q3SA 1LAVA 3PUFA 3LWMA 2G8FA 1B9DA 1TKDA 4OKJA 4CGHA 1UA0A 3P1GA 3OYAA 3AVBA 3SPZA 1XC9A 5JS1A 3UIQA 1BGXT 1HNIA 1Z25A 4EP5A 3L2WA 4B9NA 1BCOA 4OLBA 4IFVA 1YT3A 1IKXA 3JYTA 4M3WA 4CJUA 4E7HA 2VWKA 4FVMA 3HL8A 4FJXA 1TV6A 3IG1A 3QETA 1B9FA 1KTQA 4O0IA 1Q8IA 2VG5A 1RT2A 3RMDA 3SNNA 1HJRA 1KVAA 4CERA 3KKSA 2KFNA 2YKNA 1U4BA 3CQ8A 4C8OA 1S1TA 1GOBA 1RBRA 2ITGA 3AA2A 1EXQA 4HUFA 3V9UA 2XHBA 4FK2A 3AO3A 1S1XA 1RTHA 4AHRA 4FJ9A 2A1RA 3OYJA 1VSLA 2HHSA 1DTTA 4NCAA 5SZTA 1NOZA 1CZBA 3HT3A 3NBPA 4Y1CA 1D8YA 1YVUA 5FRMA 3SUOA 3AO2A 3SCXA 1WSHA 1RBUA 3G0ZA 4RW9A 3ASMA 3ULDA 3V81A 1NK9A 2HVIA 4NCGA 3LP2A 2FBVA 2QK9A 3NFAA 3VA0A 3AVHA 3ZT1A 1BL3A 5I42A 1J5OA 4KFBA 1BQMA 3ITHA 4JS5A 3QEXA 3S3MA 1X1PA 3VQ4A 4CHNA 3SZ2A 1LWFA 1Q9XA 1S1WA 4IBNA 1S9EA 2BGGA 3V1RA 3RWUA 3L2RA 2KQ2A 1I39A 1UOCA 3AA5X 1TVRA 3ZT3A 3QEIA 3QESA 3E01A 3RMBA 5FRNA 4DS5A 3P5JA 4F2SA 3AVNA 3LZIA 4KTZA 5J2PA 4FJ8A 4PQUA 1VSDA 2HHVA 2F8SA 3TARA 3VA3A 2OA8A 5J2MA 1EETA 4AHUA 1RT5A 4CEZA 4KHQA 3AVGA 3K5NA 3QINA 4DTOA 2OPSA 4M3YA 1EX4A 4E89A 4FJ5A 4CGGA 4Z4IA 4RW7A 4CGDA 4RG8A 1L3UA 4KKOA 3NE6A 4NYFA 3VQQA 4DMNA 4CESA 4H8KA 3I8DA 4IKFA 4DWIA 1DTQA 3LAMA 5EU7A 4CJTA 4DTJA 4F8RA 5HRRA 1FK9A 1QQCA 1UA1A 4DSEA 3TABA 3MEGA 5J1EA 4CEQA 4CF1A 1VSKA 3ZT4A 2XY7A 1ZBIA 4CK1A 1RDCA 2P1JA 3LP0A 4CJEA 4RW6A 3KLFA 2HHWA 4KTWA 2HW3A 4DG1A 4CJKA 4W5QA 3ZSZA 1C1BA 2HVHA 1JL2A 1JKHA 2GBZA 4ID5A 4CHPA 4CK3A 4BDZA 4DTPA 1T8EA 1KSPA 3TWHA 4HTUA 3OYDA 3CFRA 1NKEA 1BI4B 3KTQA 4PUOA 3DOLA 1RTIA 2HNDA 3SQ1A 4CEFA 1NK5A 4DQRA 1S6QA 3BDPA 2FBYA 3CFOA 2QKBA 2YNFA 4OKEA 2DFFA 3OYKA 4E7KA 4J2BA 1TL1A 3MEEA 4IDKA 4HUGA 4CIGA 4CHZA 4CFBA 3LDSA 1WNSA 4J2EA 2RPIA 2G8KA 4E19A 1L3VA 3ZCMA 4DQPA 1NK8A 3LPUA 3VQ8A 4B8CA 1IKWA 3G10A 1LWEA 4OVLA 2GUIA 2IGIA 3SJJA 3OS1A 1HNVA 2Y1IA 1X9WA 1GOAA 1VSEA 4FLWA 3V4IA 2F8TA 1Y97A 4ELVA 3QO9A 2OYQA 3M8PA 4FJKA 4Q0BA 1CXQA 1VSIA 4B9LA 3JSMA 3HP6A 3LALA 4DU1A 3QNOA 3CM6A 5T7BA 3VQAA 3QERA 2G8VA 1BHLA 4B8AB 4I2PA 1WSJA 1O1WA 4KV8A 2QKKA 1QE1A 2HB5A 2OZMA 4J2DA 3QEWA 3KIOA 4OPKA 2YV0X 4DSJA 4CGFA 4FLYA 4CJPA 2PYJA 3V9ZA 3AV9A 1NJXA 3AVAA 3SPYA 1C0UA 1KLMA 3F9KA 4PY5A 4FLXA 1RDDA 2ATQA 2EHGA 4O44A 1IG9A 3LPTA 3NAEA 4M45A 3OYIA 1BISA 3V6DA 1RILA 2P5OA 5SWMA 2XY5A 3MXIA 4JLHA 4DSFA 4KAZA 3I0SA 4BE1A 4E7IA 4I9QA 2D0BA 4N5SA 2PYLA 1LAWA 3OYNA 1RBTA 2OPQA 3HVTA 4CEEA 1TAUA 1J9AA 4BE2A 2G8UA 4CEAA 1KVBA 1TL3A 3TANA 1JLBA 1J54A 2FC0A 3QEVA 3RMCA 3KLGA 4OGEA 3PO4A 3SUNA 1RDAA 1XWLA 5KTQA 3F73A 1N6QA 2YNGA 1HPZA 3AVKA 3NH1A 4J2AA 2GV9A 1QSYA 1D5AA 4M42A 2HHUA 4EP4A 4CK2A 1FKOA 1XI1A 1JLCA 1KCFA 3DLKA 5KI6A 3V9XA 1U49A 1YTAA 4FM0A 1NKBA 1WN7A 3KLHA 4F2RA 4Z0UA 3OYGA 1VSMA 1BIZA 1LW0A 4H4OA 3ZSXA 3OJSA 1Z26A 4I9LA 3OY9A 1RT1A 4XIUA 4B9VA 4W5OA 3TAEA 4DU4A 4CHYA 3KK1A 4EZ9A 4B9TA 4FW2A 3HP9A 2PY5A 3OJUA 2VG6A 3VQDA 1S9GA 5HRPA 4W5RA 2W42A 1U45A 3NH2A 3QLHA 3FFIA 3NGYA 4DTSA 3T3FA 4O55A 1U47A 1ZBLA 4OKKA 5K14A 4DTRA 2FBTA 3AO5A 1ZBUA 4FYDA 1SL1A 1L3TA 3C94A 1TK8A 5C24A 5KRTA 4CF0A 2D0AA 3DRRA 3DI6A 5KGXA 1XHXA 1T7PA 2DFEA 3QIOA 3ALYA 3HYFA 1RBSA 3ZSRA 4AHSA 2X6NA 4LH5A 1SKRA 4FZYA 1TKXA 4M3RA 4HCCA 1NK7A 4FJNA 1D9FA 4CJSA 1SL0A 3L2QA 3EZ5A 3AA3A 3TAQA 1N5YA 3DLBA 2X74A 1SV5A 4CEBA 1RDBA 2BANA 4CFAA 4MFBA 5HRNA 3DRSA 4KB1A 3HM9A 4DTMA 4N76A 4QOZB 2A1SA 1ITGA 3K58A 4I7FA 3DRPA 3RMAA 1KVCA 3BGRA 4C8MA 4CJFA 3S3OA 1QSLA 3NF7A 3ZT0A 1BI4A 1IH7A 4FJ7A 4FM1A 2B5JA 3AO4A 2IAJA 3OYMA 3HXMA 4N41A 3SQ0A 3HJFA 4LSLA 5E41A 3S3NA 1CLQA 2P5GA 3IAYA 4FK0A 3O4QA 4KHUA 4CHOA 3TR8A 3PX6A 2BDPA 2XO7A 3MAQA 4KB0A 4Y1DA 4AHTA 4Z4EA 4C8KA 4FLVA 4KTQA 4B9MA 1QS4A 4FXDA 4ZTJA 3HK2A 3M8QA 2OPRA 3NHGA 2YKMA 1IO2A 3CG7A 2RN2A 3VQ5A 1EP4A 3KJVA 4DF4A 4AILC 4OPJA 5J2QA 4DSKA 1DLOA 3AVJA 3ISNC 1WSFA 1A5VA 1ZBFA 4RW8A 4N47A 3THVA 3O4NA 4DQIA 1HYSA 4LY7A 1JLEA 3HSTB 4ICLA 1TAQA 4W5TA 4Z4CA 2WONA 4LD0A 4M3TA 3QIPA 2FBXA 4CE9A 3OS2A 1NOYA 5HBMA 1EKEA 1BIUA 2Y1JA 2G8WA 3PX0A 1ZYQA 3CM5A 3K5LA 5I3UA 3RR8A 4FK4A 1C0MA 3ZSOA 1S1VA 1VRTA 2EX3A 1LV5A 4FJMA 1HQUA 4ID1A 4DFPA 4DSIA 2HHQA 4FM2A 2YHAA 1D9DA 3C95A 4Z4FA 3VQ9A 4CEDA 3QNNA 4F3TA 4PWDA 1QHTA 4BDPA 5DK5A 3CYMA 3TI0A 1CXUA 1JLGA 1HYZA 3DM2A 1FKPA 2OPPA 3HO1A 1VSFA 2QXFA 1A5XA 2KTQA 3ZSYA 3PY8A 2G8HA 3K2PA 3L3VA 1WSIA 2E6LA 4NCBA 3IS9A 1WLJA 1X9SA 4FJJA 2XY6A 3C6UA 5KGWA 2DFHA 4PA1A 3LZJA 1TK5A 4CCHA 1L3SA 4KHWA 4Z4HA 1JLQA 4GW6A 4R5PA 4M3ZA 4KREA 4HHTA 4ZTFA 1REVA 1T05A 3VQ6A 4CF2A 4HVJA 4LSNA 2NUBA 3O3FA 3M8RA 4CJQA 3OVNA 1NKCA 2I5JA 3OYBA 4CJ3A 2OZSA 3WNHA 1TGOA 5CYQA 3DYAA 1NJWA 3EY1A 1VSHA 5HLFA 1NK6A 4KO0A 2JLEA 3PO5A 3WNEA 4QAGA 4BWMA 4BACA 4FZXC 1ASWA 4E7JA 3WNFA 5HRSA 3LWLA 4IG0A 1SKSA 3RRGA 4M3UA 1IKYA 1VK0A 1VRUA 1C1CA 3DLGA 1WAFA 3V9SA 4AHCA 1U48A 1KLNA 4KI4A 3NF6A 3H08A 4OJRA 3ZT2A 1QTMA 4E1MA 4BDYA 4E7LA 4DS4A 1NK0A 4FW1A 4Z4GA 3P83D 3VQEA 1RNHA 2D0CA 2Z1GA 5CYMA 1S5JA 3RTVA 1MU2A 1TKZA 4JRPA 3B6PA 2IS3A 4O0JA 3SQ4A 3OYCA 3OYEA 4F4KA 1SUQA 3L2UA 1Q9YA 1R0AA 1RT3A 2IOCA 2P51A 2F96A 3OYHA 2HNYA 4DLEA 4B9SA 2HHTA 1RT7A 5JS2A 1JL1A 3DOKA 4CEOA 4CJLA 4JS4A 2RF2A 3TAMA 2KZMA 3D45A 1JXEA 2E6MA 4LH4A 4DQSA 4DF8A 4YNQA 3SUQA 1VSJA 1SKWA 2YNIA 2Z1IA 2RKIA 1WSGA 3ZSQA 3V1QA 4WE1A 4DTNA 2KFZA 4DLGA 2ZE2A 4CECA 3D0PA 4B9UA 4BWJA 4KRFA 3DLEA 2KW4A 4RW4A 4DTXA 3HPOA 2VWJA 2VG7A 4ZHRA 3NH0A 4C8NA 3O3HA 1W0HA 3L3UA 3KLIA 3LAKA 4E1NA 3OYLA 4FCYA 4OGCA 2G8IA 1ASVA 2D5RA 3AO1A 3K5OA 5CY4A 4AHVA 4IFYA 5HROA 1KFSA 4HCBA 2ZD1A 1RBVA 3PV8A 4FJLA 1UAXA 4FLUA 3HPGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IRXA 4W5NA 3NDKA 2I7PA 3QB0A 5BPMA 1HX1A 1MWMA 3M3ZA 3GL1A 4BRFA 2X6SA 4DFJA 4L8RB 5B8HA 4KHSA 3LANA 3VN5A 2O8EB 2I7NA 2PBDA 1NU0A 1BA0A 2DPNA 5BPLA 1W9HA 4CGJA 4TSXA 3K5MA 4O5BA 1RDUA 3F5TA 3EEQA 1IKVA 4CFDA 5ADXH 1LW2A 3A5OC 3CCJN 2HHXA 4KPYA 3KLEA 2HBJA 3U3YA 1C6VA 4JK8A 4C8LA 4IZ9A 4DU3A 4DSLA 1NGAA 3U3GA 1TK0A 3BY5A 4U7BA 1UWBA 1HQEA 1HMVA 5C25A 3NF9A 5CE3A 1C1AA 1T03A 1ZBSA 1HYVA 1XNQK 1IBLK 2DTUA 1YF5L 3DLHA 3CETA 3MXJA 1JLAA 1TKTA 1RTDA 2E4LA 1GOCA 3HPHA 3ZSVA 4CJWA 4M3XA 1SS6A 4DR3K 5C42A 5LMUK 2PAVA 3FZMA 4OLAA 3SV3A 4FWPA 3EL2A 3OW2M 3DMJA 2QM1A 4JHDB 3ZEUB 3Q7BA 1CZ9A 3J7ZO 3KK2A 1DGKN 4BRHA 3WXMB 4CJ5A 3P31A 1TKDA 1YUWA 4OKJA 4YDUA 4BR0A 4I6MA 3SPZA 5JS1A 1OKJA 5AQSA 2P9KA 4OLBA 1U2VB 3IUCA 4K43A 3VEZA 4KH5A 5C15A 1KTQA 1Q8IA 2VG5A 1RT2A 4FWKA 1HJRA 3KKSA 2KFNA 3CQ8A 1GOBA 1RBRA 2HHWA 3V9UA 1EXQA 4HUFA 2XHBA 1S1XA 3OYJA 4LF9K 4NCAA 1NMDA 1NOZA 4Y1CA 1CZAN 1DEJA 1YVUA 2FF3B 3CCLN 3AO2A 4RW9A 3V81A 2QK9A 3NFAA 3VA0A 3ITHA 3EE9A 1V4TA 3QEXA 5GIPA 4IOCL 3SZ2A 4IBNA 2BGGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RSE B;  3HOT A;  4GW6 A;  4KRE A;  4HHT A;  4ZTF A;  3JS6 A;  4CF2 A;  3S41 A;  4LSN A;  3M8R A;  2V52 B;  3FR0 A;  1NKC A;  4BR2 A;  3DYA A;  3PSF A;  3HSC A;  2JWK A;  4GNI A;  1VSH A;  5HLF A;  3PO5 A;  4BQL A;  1N33 K;  4QAG A;  3AY9 A;  4IEE A;  1BG3 A;  3O9R A;  4E7J A;  3O4W A;  4OX9 K;  3BUZ B;  1KLN A;  1VRU A;  3E66 A;  1U48 A;  3NVK A;  2P9P A;  3NF6 A;  4OJR A;  4YY3 K;  3O6W A;  1NK0 A;  4Z4G A;  2D0C A;  2Z1G A;  3A0I X;  1S5J A;  4IO9 L;  4O8K A;  1SUQ A;  3T1H K;  1Q9Y A;  1VQP N;  1R0A A;  4JI2 K;  4A5A A;  3OYH A;  1ILY A;  5JS2 A;  4CEO A;  1VSJ A;  4BRL A;  2RKI A;  3ZSQ A;  3L6Q A;  3V1Q A;  5DM6 L;  4GV3 A;  5A2Q O;  2ZE2 A;  3HOS A;  4KRF A;  2BH1 A;  2KW4 A;  4RW4 A;  1Q86 O;  4R79 A;  2VWJ A;  4JI4 K;  2E5L K;  2P9K B;  3KLI A;  2D5R A;  3AO1 A;  1VQK N;  1GLL O;  1RDW X;  2V51 B;  3ZX0 A;  5AQT A;  4FJL A;  1UAX A;  4FLU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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