5CY4A

Crystal structure of an oligoribonuclease from acinetobacter baumannii
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
184
structure length
182
Chain Sequence
HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii
rcsb
source organism Acinetobacter baumannii
molecule tags Oxidoreductase
total genus 65
structure length 182
sequence length 184
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cy4A00
1DTQA 3ZSXA 1BHLA 3K59A 3KLIA 3IS9A 3DMJA 2RF2A 3AO2A 1J54A 4I2QA 5DMRA 1FXXA 2EX3A 2OA8A 4JLHA 3SQ4A 1RT3A 4FYDA 3TAMA 2FBYA 2YNGA 3VQ7A 4W5NA 4KHWA 4M3YA 1VRTA 2PYJA 1LWEA 2B5JA 3VQ9A 4IG3A 3VQDA 2OZMA 2F96A 4OPJA 1C0TA 3MEGA 1JXEA 1QSSA 4CJTA 3TAQA 3TI0A 4DSJA 4FJ9A 3K5NA 4HUEA 1NK4A 2VG5A 4LD0A 2ZQBA 4B9UA 2VWJA 2VG6A 4FJ5A 4KV8A 3SNNA 4IBNA 4F3TA 1FK9A 4CK3A 3VQ5A 3O3FA 1S6QA 4PA1A 4O0IA 3DRRA 1RT2A 4W5QA 2GV9A 3TANA 1HMVA 3QIPA 1RTJA 4C8MA 3V1QA 4CF1A 4FJKA 4Q0BA 3KTQA 4HUFA 4DFKA 3SI6A 1TK0A 3DOLA 4I9QA 2X74A 1X1PA 3HVTA 5I42A 1C0MA 1TL3A 1UOCA 3LAKA 3K58A 2IAJA 2IGIA 2KQ2A 4E0DA 4KB1A 4OKKA 4HUGA 1K6YA 1HQUA 1VSIA 3S3MA 3QO9A 1WSJA 5KTQA 4FJIA 4ICLA 4EZ6A 4MFBA 3O3HA 2WONA 4CF0A 1X9WA 5KRTA 4F2SA 3OY9A 4FZXC 4KHYA 5HRSA 4FJJA 4CFBA 1XHXA 4RW4A 1Q8IA 3VA3A 4CEBA 3O4NA 4M42A 1XWLA 5DK5A 1J9AA 2R7YA 4JRPA 1KFDA 4CGDA 1SUQA 4DS5A 1U48A 1WSIA 2ATQA 1VSJA 3L2VA 1GOAA 1ASWA 4AH9A 3VQ6A 1NK0A 4NCBA 3ZSWA 4WE1A 2P5OA 1ZBLA 3L2WA 1YT3A 4JRQA 3DYAA 3E01A 4M3RA 1LV5A 3TARA 3V9XA 1NKEA 3SV3A 4F3OA 4NYNA 1ZYQA 2HVHA 4BE2A 2YNIA 3AVFA 3V9ZA 3SUOA 3NF6A 2IS3A 1TK8A 3NH0A 3LP3A 4KAZA 3AO1A 5HROA 4CEFA 4E7LA 1FKOA 2B4JA 4EP4A 3HPHA 5SZTA 4R5PA 1T7PA 1HYSA 1KVAA 4BDPA 2LSNA 3KLHA 3U6FA 2QKBA 3OYLA 2X78A 4KKOA 5CZ1A 4CJUA 4O0JA 1UA0A 1VK0A 3CFRA 4Z4IA 1CLQA 1J53A 4O4GA 5EU7A 1IKYA 1DTTA 4KI6A 1S9GA 1O1WA 3OS2A 1HRHA 3RMBA 4DSIA 1JLEA 4RW9A 1NKCA 4E7IA 3K5LA 3NDKA 1G15A 1IKVA 3ALYA 5JS2A 5T7BA 1Q9YA 1WN7A 2HB5A 4RW8A 4B08A 3OS0A 3NGIA 3NBPA 5J2PA 4KHQA 4EZ9A 5FRMA 1KRPA 1S1WA 5HP1A 4FVMA 3MEDA 3OS1A 2HNZA 4CIEA 1EP4A 3VN5A 1D9FA 1QS4A 3DLRA 3F9KA 1RTHA 1EKEA 4DQQA 3SUNA 1T8EA 4M3XA 2HNYA 3PUFA 4CJSA 3HK2A 3ZT1A 4E7KA 2RN2A 4YNQA 1RDAA 4AHVA 4CJKA 1KFSA 3PO4A 4FJXA 2VG7A 1RBRA 2PYLA 3AA2A 2HHWA 2P1JA 4DTJA 1Y97A 4E1NA 2BE2A 4FLXA 3RWUA 2KZMA 4CEOA 4DQPA 4CK2A 4DLEA 1VSLA 4RW6A 3V9WA 2QKKA 1HJRA 3WNGA 1VRUA 3QETA 4ZTJA 4ID1A 5E41A 1SL2A 3MXIA 3C6UA 1T05A 4FW1A 3SPZA 4BWJA 3T19A 4CECA 1S1TA 3OYIA 1W9HA 3EYZA 4DFJA 1S5JA 1JLQA 1S1UA 3T3FA 1SKWA 4HCCA 4OLAA 4CHYA 3LP0A 4FLYA 4FLTA 1NK9A 1ITGA 3VQEA 1RT6A 4DTMA 1IKXA 4FXDA 3HPOA 1KLNA 4LSLA 4CJEA 1TVRA 3KLFA 1C1BA 3NH2A 1A5VA 4OPKA 4HTUA 2A1SA 4LY7A 3ULDA 1LAVA 5C24A 4M45A 4B8AB 3HP9A 4W5RA 2A1RA 1L5UA 3PX0A 4DTXA 3AVKA 1N5YA 3ZT4A 4TSXA 1ZBUA 4F8RA 4AHCA 4FZYA 2G8KA 2JLEA 1RBTA 2HHUA 3JYTA 2O4GA 1S1VA 3ZSOA 1NKBA 4CEAA 4IKFA 1VSFA 1JLAA 3RRHA 5J2QA 2Y1IA 1U47A 4B9NA 1J5OA 2X6NA 1C1AA 2HNDA 3A2FA 4DTUA 4KTQA 2ZE2A 3HXMA 3THVA 3ZCMA 2NUBA 4CESA 4C8LA 4KHNA 3ZT2A 4FJNA 3LALA 4FJ7A 4ZHRA 4KREA 4C8NA 1WLJA 4DLGA 3SQ0A 2FBTA 1X9SA 4NCAA 1RTIA 1VSDA 2OPPA 3WNEA 4BE0A 3OYDA 4DTRA 5J2NA 4FZZA 3OYBA 4M3TA 2F8SA 1MU2A 1RT5A 4F2RA 3V1OA 4CJRA 4HHTA 2IOCA 3ZSZA 3NE6A 1BIZA 1L3SA 3NGZA 3L8BA 1NJZA 3O3GA 1BCOA 4CEQA 4DTNA 3LANA 1TK5A 1CZ9A 3CM6A 1Q9XA 3HSTB 4M3ZA 1BIUA 4FLZA 3SCXA 3I8DA 4CGIA 4HVJA 4DU3A 1GOCA 3HO1A 1RTDA 1TV6A 1GOBA 3QIOA 3NGYA 1EETA 4QAGA 5CYQA 3PX4A 2F8TA 3V6DA 4H8KA 1LW0A 2FBXA 1ZBFA 4AILC 3V1RA 1JLFA 4E3SA 1YTUA 4PWDA 3KJVA 2XY7A 3S3NA 3NCIA 3RR7A 3HPGA 2E6LA 1XI1A 4IDKA 3QEWA 2KFZA 2BANA 4DSEA 3QNOA 4K8XA 3SZ2A 5C25A 4BDZA 1U49A 1U45A 1QHTA 4KTZA 1BL3A 3LAMA 1WSEA 4CGHA 1TGOA 1RILA 3L3UA 3KLGA 3MEEA 4KFBA 2G8HA 3ZT0A 2DY4A 3KKRA 5FDLA 4BDYA 1Z26A 3AVBA 3EZ5A 3QEVA 1BCMA 2HHTA 4DSLA 4M3UA 3PY8A 1HNIA 1RT7A 4CHZA 2D0CA 3RMCA 4IFVA 4IFYA 1U4BA 1VSKA 3KIOA 1HYVA 3OYMA 3QEPA 3PO5A 1JLGA 4O55A 3L2QA 1I39A 4N76A 1FKPA 3QINA 3MXJA 1L3TA 2B6AA 1QE1A 2D5RA 4FJMA 4E7JA 4LH4A 2YHAA 4OKEA 1RT4A 3M8RA 1ZBIA 1REVA 4DSFA 1TKXA 3AA5X 3SV4A 4FLVA 5CY4A 1BGXT 3OYNA 2W42A 3LWLA 3TAFA 3OJUA 2YNHA 2PZSA 1VSMA 4AHSA 1BQMA 3UIQA 4MQ3A 3IRXA 2JGUA 2RPIA 4B9SA 3LDSA 3AVCA 3CYMA 4FM1A 3RR8A 4N47A 2FC0A 1SKRA 4FCYA 3SUQA 2YNFA 3OYKA 4FJHA 4I7FA 1Z25A 4NCGA 3BGRA 3V9UA 1WSHA 4Z4GA 2Z1IA 4CJPA 4M3WA 3MECA 3VQ4A 4KTWA 3PX6A 4L8RB 1XHZA 3ITHA 3VQ8A 4CFDA 2FBVA 2XY8A 3IAYA 3SUPA 4ZTFA 1NK7A 3WNFA 1NK5A 4BACA 4B9LA 3DLEA 4CHPA 3DOKA 4RW7A 3DI6A 4AHRA 1KTQA 4OLBA 1NJYA 1NJWA 1QSLA 1BISA 1JL2A 3AVNA 3DRSA 3QESA 5J1EA 3P83D 3ZSYA 4B8CA 4FLWA 4FJLA 3L2RA 3HM9A 4DQSA 4KI4A 3KK1A 3AVGA 4Q5VA 3SJJA 3LWMA 4CCHA 4KHUA 3MXMA 4J2AA 3QEIA 1T03A 4EP5A 3VQCA 1S1XA 2WOMA 5HRRA 4O44A 1S6PA 2DTUA 1JLBA 1WAFA 3AO5A 1RCHA 3K57A 3TAPA 4Z4HA 4F4KA 5HBMA 4C8KA 3D0PA 1KLMA 3RTVA 2HHQA 3IG1A 1S9EA 1UWBA 4N5SA 4CK1A 4IG0A 5SWMA 4GMJB 4CJ4A 1B9FA 2XRIA 3HL8A 4FM0A 1WNSA 1RBVA 4DF8A 4I9LA 3NAEA 3AO4A 2ZD1A 4W5TA 5C42A 3WNHA 1VSEA 2I5JA 1EXQA 3VQAA 3MAQA 3S9HA 1RBSA 2E4LA 4CGGA 4CJQA 2O4IA 3HVRA 3AV9A 3AO3A 4FW2A 4CGFA 2AJQA 3OVNA 3QNNA 4FK2A 4CJVA 1QSYA 3V9SA 1R0AA 1ASVA 2HHXA 3CFPA 2OPSA 4B9MA 1RNHA 1NOZA 1TKZA 3NHGA 1WSGA 2EHGA 3SQ2A 3TR8A 5FRNA 3KKSA 2DFHA 2XO7A 1U04A 4DWIA 3AVMA 4I2PA 3PV8A 3VQQA 4J2DA 4CEEA 4J2BA 4CJFA 3L3VA 1QQCA 3AA3A 1LW2A 2KW4A 4GW6A 3ZSRA 1HPZA 4CJWA 2G8FA 2HHSA 1RDCA 4DFMA 4W5OA 1JLCA 2D0BA 4XIUA 3LZJA 2Y1JA 1SV5A 1KVBA 2Z1HA 3L2UA 1JXBA 2HVIA 4LSNA 4Z0UA 2HW3A 1NK8A 4CHQA 4ELVA 4PUOA 1RDDA 3VQBA 2E6MA 1ASUA 4AHUA 1BQNA 1HYZA 1YVUA 3ZSQA 4CERA 1W0HA 1EX4A 4CHNA 3K5MA 2OYQA 5D3GA 3DLBA 3QERA 1CXUA 3NF9A 4H4OA 1ZBHA 4RG8A 3M8PA 4DFPA 2D0AA 3SQ1A 4K8ZA 4Z4EA 4DTPA 1IH7A 3QLHA 5JS1A 4AHTA 3K5OA 1LWCA 3P1GA 4DQRA 1UA1A 2GBZA 4JS5A 1IKWA 1B92A 3G0ZA 3C95A 3M8QA 4CFAA 4CJ3A 1C6VA 3ASMA 1LWFA 3SYZA 4DSKA 1C1CA 5HRPA 2KTQA 2OPRA 4CIGA 4FK0A 3G10A 3LPTA 2G8UA 3HT3A 4OJRA 4OGCA 3LZIA 1NJXA 1CXQA 2VWKA 2YKNA 1HNVA 2BDPA 1IG9A 4G1QA 3NH1A 1A5XA 3SPYA 3I0SA 3OYCA 1TKTA 1A5WA 4QCLA 4PQUA 4OGEA 1KVCA 3TAGA 4KRFA 3RMDA 5FROA 5HRNA 4J2EA 4E89A 3P5JA 4Y1DA 5KI6A 1I3AA 2KZZA 3RRGA 1HQEA 3NFAA 5CZ2A 3ZSVA 3NF8A 4CIFA 3CG7A 3OYHA 2IC3A 3VA0A 2QK9A 1BI4B 4OVLA 4B9VA 1F21A 1RDBA 4N56A 1BI4A 2ETJA 3FFIA 4DF4A 1XC9A 4DQIA 2HMIA 5KGWA 1D5AA 3LP1A 4DTSA 4DG1A 1JKHA 4DU4A 3F73A 5J2MA 2YKMA 3OJSA 2YV0X 1L3VA 1D9DA 4O5BA 3ZT3A 3TWHA 3D45A 4CEDA 1WAJA 3OYEA 1SL0A 1JL1A 1SKSA 5KRSA 2OPQA 3JSMA 1NK6A 1D8YA 3V81A 2Q3SA 4C8OA 3CQ8A 4FJGA 2Z1GA 4E7HA 2ITGA 4KO0A 4N41A 4FK4A 4KHSA 2DFFA 1TL1A 1NOYA 1L3UA 3DLHA 1YTAA 4H4MA 2P51A 1LAWA 4CF9A 4ELTA 3AVAA 1TKDA 1B9DA 2IDOA 3K2PA 3O4QA 4Z4FA 2X6SA 4ID5A 3VQPA 4CHOA 4YFUA 4OKJA 1X9MA 3DM2A 3HJFA 3OYGA 4E19A 4JS4A 4FJ8A 4E1MA 1CZBA 4GVMA 4CGJA 3KK3A 1SL1A 4LH5A 4FLUA 2RKIA 1DLOA 3ISNC 3RMAA 3KLEA 4KPYA 4Y1CA 4UQGA 4NYFA 4KB0A 1RBUA 2DFEA 3V4IA 2PY5A 3AVIA 2P5GA 3KD5E 4B3OA 3CM5A 4BE1A 2G8IA 4B9TA 3NF7A 2KFNA 3KD1E 4HCBA 2YHBA 3DLKA 4DU1A 4Z4CA 2G8WA 1C0UA 4CEZA 1VSHA 2GUIA 3EY1A 2BGGA 5I3UA 4CF2A 1QTMA 3B6OA 1UAXA 4FM2A 3LPUA 4M41A 2G8VA 3OYFA 4CF8A 3OYAA 4PY5A 3TAEA 3KK2A 3U3GA 4CJLA 1WSFA 3DLGA 2XY6A 5KGXA 5HLFA 3DRPA 2QXFA 2Z1JA 4DS4A 3HYFA 4DTOA 3LP2A 4CFCA 3M8SA 3TABA 2HHVA 3B6PA 1N6QA 4QOZB 5CYMA 3AA4A 3C94A 1IO2A 3C6TA 3U3YA 3S3OA 1TAUA 1TAQA 1KCFA 3CFOA 4DMNA 3AVHA 2XHBA 3HP6A 3OYJA 3BDPA 3H08A 2XY5A 3AVLA 3I0RA 3AVJA 4CE9A 1RT1A 3T1AA 3QEXA 1KSPA 4ELUA 2OZSA 5K14A 4BWMA 4CJ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXKA 3A0IX 4QS9A 5IWAK 3DMJA 5DMRA 4CW7B 2EX3A 3SQ4A 2IVPA 4MO5A 4BG8A 4W5NA 1W97L 1VRTA 3SK3A 2B5JA 3CCEN 1WB9A 3WXJA 4CJTA 4DSJA 3K5NA 3J8AA 1HPMA 4O5FA 5CHIA 3N4QA 4FJ5A 4IBNA 5C0YA 3VQ5A 1QQOA 4PA1A 5LJVA 5AQKA 1RT2A 3CCQN 3R9PA 3V1QA 5AQHA 4HUFA 2X74A 3CQYA 3K58A 4BQLA 2UYTA 4KB1A 3RVCA 3QO9A 2E2QA 4MFBA 3O3HA 2WONA 3UE5A 1TYQB 1TYQA 4FJJA 3ZX0A 4JK8A 3VA3A 4CEBA 2WC9A 1XWLA 4A59A 1QVGM 1J9AA 3P4IA 3Q7CA 4CBWA 5JMVA 4CGDA 1SUQA 3WXLA 4DS5A 1GOAA 5AQXA 1YT3A 3L2WA 1LV5A 5GAEP 4K41A 2HVHA 4KHPK 3VEVA 1BWFO 2IS3A 1YF5L 2B4JA 4R5PA 1T7PA 5SZTA 2IVNA 3OYLA 5AQSA 4KKOA 4A2BA 3CFRA 2ASOA 1DTTA 1S9GA 1O1WA 4E7IA 3NDKA 3ZEUB 2KHOA 1IKVA 3ZEUA 1Y64A 5JS2A 1QQNA 3ZX3A 4KH4A 4B08A 4WF9L 3OS0A 2VYPA 4K25A 3NGIA 3EZWA 3NBPA 1KRPA 5BRFA 2P9UB 3EL2A 2P9UA 3DLRA 4FPBA 1EKEA 3HK2A 4E7KA 4YNQA 1RDAA 1KFSA 1RBRA 2P1JA 1Y97A 4YOWA 4FLXA 4DR1K 3CETA 2KZMA 3VERA 3V9WA 2QKKA 1NM1A 4ID1A 1NMNA 3C6UA 4FW1A 3SPZA 3T19A 4DFJA 3CCLN 1JLQA 4CZFA 1SKWA 3T3FA 4HCCA 4DR6K 4H5TA 4FLYA 1NK9A 4DV3K 4DTMA 1T3VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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