4BQZA

Rat ntpdase2 in complex with mg gmppnp
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 136
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bqzA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bqzA02
1BWFO 1HKBA 2P9KA 5BPNA 2P9UB 4DB3A 3VGMA 2PAVA 2AP1A 4A61A 5JLFA 3HBTA 4HTLA 5AQTA 5KQDA 1KAYA 3O4WA 5FPNA 4C23A 3IMXA 1JCFA 1HX1A 4B1VA 4FWMA 5AQKA 4BRNA 2ASMA 1ATNA 3HTVA 2P9SA 1X3NA 3ENHA 4QS7A 1TUUA 2E8AA 4O8KA 4CZGA 4NO7A 4K42A 2QWPA 1GLFO 1NGDA 2J4RA 3QDKA 1U2VB 4ISGA 4PKGA 4EAHD 2P9NB 3M6GA 4CZKA 4FWOA 2D1KA 2YHXA 2GWKA 2UYTA 3FFKB 1Z05A 3GE1A 3H1VX 2YHWA 3LDNA 4I6MA 3D2FB 4JAXA 1GLAG 3ZEUA 4FWNA 2QW9A 1U6ZA 5AZJB 3LM9A 3ZETA 3I8BA 4BRGA 3VEVA 2P9IB 5BPLA 4JNEA 2HF4A 1GLLO 3FZKA 4H0OA 2BUPA 1NGCA 4CI6A 5AQMA 3F9MA 4BGBA 5AQRA 1ZBSA 2QM1A 4H0XB 3L4IA 4XEIA 5BRDA 2KHOA 4FWLA 3R8EA 3VETA 3WT0A 4CZJA 3B8AX 4IZ9A 4J8FA 2D4WA 4O5FA 1TYQA 4BRDA 4M7YA 4BC3A 4DCHA 2IVOA 2BTFA 1HKCA 3LDQA 1NGGA 3D2EB 3EL2A 1Y64A 1G99A 4B1WB 4BR9A 1Z6RA 3O8MA 4BGAA 2QWLA 3QBXA 4AM6A 5AQOA 5AQPA 3UB5A 1NBWA 3MN6A 3QMLA 1E4GT 3WEEA 5AQWA 1RGIA 3D2EA 1H1VA 3KHYA 3VGLA 1BU6O 3VEZA 2FSNA 1S3XA 3M1FA 3CJBA 5FPMA 4PL8A 1HLUA 4EIAA 3CIPA 1QZ6A 5EVZA 2CGKA 1XUPO 3AAQA 5JMVA 5AQUA 1NMDA 4FOIA 3O5BA 3QBWA 3FZFA 5F1XA 5ADXH 2CH5A 2CGLA 3MK6A 2P9IA 5AQIA 4BRHA 4ISEA 3UKRA 4IJAA 1DKGD 4CD1A 5BR9A 3L0QA 1IG8A 4JHDA 4GY2B 3U8XA 1X3MA 3QICA 1C0GA 2EWSA 4BVPA 1YAGA 1ZXOA 1OKJA 3CJCA 3D7EO 3EN9A 3I33A 4CZHA 2ASOA 2FF6A 4IJNA 2AA4A 4L3QA 3HZ6A 1P8ZA 4KBOA 3EZWA 3BP8A 3IFRA 4CD3A 4MO4A 1NM1A 4B1XB 1EQYA 3HI0A 4I6MB 4Z94A 4PKHA 3W0LA 4BRLA 3DWLA 3MMVA 3SJHA 4BROA 3C7NA 4F9OA 2PBDA 5E26A 3A5LC 3CETA 1NGAA 2Q0RA 5AZIB 1ATRA 3EO3A 4YDUA 3LM2A 4A62A 5LY3A 2V7ZA 2HF3A 3AY9A 1SAZA 4BC2A 3CJAA 4BRMA 1ZC6A 1ATSA 1Q18A 2Q0UA 4BRIA 3WEEB 4ISFA 1NWKA 4B1ZA 4IO8A 2H3GX 2V7YA 1D4XA 3P4IA 4IXCA 3VF2A 2YI1A 5AQHA 2D0OA 2V52B 3UKRB 3DXKA 3MN7A 2I7NA 5I9EB 2E1YA 3DJCA 3UE5A 3VENA 3C7NB 4CZFA 1NGBA 1V4SA 4BR2A 3RSEB 2QWOA 4BR0A 4A2BA 3MDQA 1IJJA 3SLCA 1MWKA 4CJ7A 2FF3B 4B9QA 3GBTA 3CJ9A 3A8YA 4FO0A 2E2NA 3FLCO 1V4TA 4CBXA 4E1JA 5AFUA 5EOYA 1QQOA 1WOQA 3TPQA 2ASPA 3GDQA 1GLJO 3KZBA 4H5RA 2QWMA 4H0VB 4BG9A 4H0PA 2W41A 3CERA 4BR4A 3CJ7A 3C0BA 3CI5A 3H6EA 1XQSC 4BRQA 5BREA 5BRFA 5LJWA 2Q36A 2CGJA 1MA9B 1DEJA 2IVNA 5AQXA 2QWQA 3U4LA 1JCEA 3FZMA 3J8AA 3M3ZA 2E88A 4RCHA 3FR0A 1BUPA 1T6DA 4MO5A 4XH5A 1U2VA 1BA0A 1HUXA 3VEWA 4AM7A 4H5VA 3A5NC 2GUPA 2QXLA 3O6WA 4BR5A 1K8KB 3AAPA 2I7PA 1NLVA 1ESVA 4K41A 4WQ5C 1SZ2A 4BVOA 3WXKA 2Q1NA 4K43A 3LDOA 3H3OB 1YUWA 3KVGA 2A41A 3ULEA 3G25A 4BG8A 1QZ5A 5BN8A 3DAWA 3BF3A 4FWRA 3S41A 2CH6A 2A40A 2NRHA 3VGKA 2IVPA 3O1WA 5AQJA 5FPDA 5AZIA 3FZHA 5E84A 4K25A 1RDWX 3ZX0A 2FLOA 2QWRA 4RTFD 3MN9A 3AARA 2Q31A 1HJOA 2GEMA 1NGFA 3VERA 4EHTA 3QB0A 3EKSA 4B1YB 2ZGZA 4B1UB 4BQLA 3H3NO 3O80A 4M7XA 3VF4A 3W3DA 1KAXA 4CBUA 1QQMA 5BPMA 2ITMA 4IWVA 3U9DA 2YHYA 5AQNA 4WYBA 3OHRA 5JICA 1BA1A 3DXKB 2FSJA 3ID8A 3QFUA 2FSKA 1TUYA 2QWNA 4CZMA 5AQFA 5CE3A 3A5OC 3ZEUB 1BG3A 4YDUC 4JN4A 3ZX2A 2E1ZA 2A3ZA 1LOTB 3ZETB 1NGEA 4FSVA 4CZLA 3MCPA 3JXUA 1T44A 2P9KB 3WQUA 3FZLA 1MWMA 5F0XA 1SQKA 3VEXA 4FL9A 4H03B 2A6AA 4BC5A 3FE1A 3HM8A 1JCGA 3QFPA 1QHAA 2HOEA 2F9WA 2IIRA 3H1QA 4XH1A 4H0YB 3O1BA 1DGKN 3VEYA 5ADXA 4FWKA 1GLCG 4Y0WA 4HWIA 3WXIA 1C0FA 2E2OA 4H5WA 1E4FT 3WQTA 3U9ZA 3GL1A 3ENOA 1KXPA 5F2RA 4WQ5A 5FPEA 1XC3A 4BREA 2GWJA 4FPAA 4H0TB 4QS9A 3SMPA 2P9UA 3SK3A 2YCHA 3VF6A 4BRFA 1BOTO 2DPNA 5BN9A 4BR7A 4EFHA 2E20A 2ZWHA 3EKUA 5AR0A 4A2AA 5LJVA 4QS8A 1TYQB 3A0IX 2P9NA 4JD2A 3GG4A 2VCPA 1WUAA 1S22A 3ULEB 4H5TA 3CHWA 3A5MC 5AQYA 1RFQA 1BDGA 2NLXA 4FPBA 3HSCA 1K8KA 3UKUA 1NGJA 4M63C 2YJFA 2P9PA 3GOIA 1LCUA 3JS6A 4DQ8A 1MDUB 4H5NA 5AQSA 4MLEA 2Q97A 2W40A 1GLEG 5KPTA 5EY4A 1YVNA 5KPRA 4JHDB 5AZJA 4FWQA 3SMSA 4BRCA 3ATVA 2VYPA 2E2PA 2VWBA 5AQZA 5AQLA 3BEXA 1NGHA 2E2QA 3BF1A 2V51B 2WUSA 4PKIA 2A5XA 2P9LB 5EXWA 1YXQA 4CZEA 3ZX3A 3TU5A 5BRHA 3CQYA 4PL7A 5AQGA 3R6MA 3WXJA 3H45C 4LC9B 3LDLA 3VESA 2NZTA 3WXLA 3O08A 1BO5O 4FWSA 4WQ4C 1HPMA 4GNIA 3LDPA 5KQ8A 1R59O 4FOEA 4BC4A 5KPZA 2ZF5O 3WUHA 2Q2RA 1GLDG 3VPZA 4NB4A 4BQZA 5B8HA 3MN5A 5JLHA 5EX5A 2GELA 2OANA 3CJ1A 3D2FA 3L6QA 1J6ZA 3DXMA 3ATUA 3R9PA 4CBWA 2YJEA 4BRAA 4BRKA 4XH4A 2P9PB 5AQQA 4BRPA 1KAZA 3LL3A 3H46O 1GLBG 4JD2B 3CQXA 4CZIA 4FWPA 4RWTA 2GTDA 2ZGYA 1T6CA 2FXUA 1CZAN 2HMPA 1NGIA 4EHUA 5ELZA 3UKUB 4MLHA 4WQ4A 5AFUH 1QQNA 1X9JA 3RSEA 2D0PA 5AQVA 5TKYA 2A42A 3FGUA 3VOVA 2F9TA 3IDHA 3IUCA 1HKGA 2P9SB 3DXMB 3BUZB 2P9LA 4DHYA 3VEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ6N 4WFAL 2P9KA 5BPNA 4DB3A 3VGMA 2UXDK 3SJJA 3KIOA 5AQTA 1VSEA 1FW6A 3C6TA 1YTAA 3O4WA 4C23A 3NMUA 1EO1A 1K6YA 4FWMA 3HP6A 4DR6K 1WAJA 3PX6A 3HTVA 1YVUA 2P9SA 4QS7A 1TUUA 4NO7A 2Z1HA 4ICLA 4W5NA 3T3FA 2P9NB 3M6GA 4CZKA 5DM7L 3OYNA 3ZSYA 1W0HA 1NJZA 3FFKB 4O0IA 3LDNA 4B3SK 3CM5A 3KK3A 1GLAG 3ZEUA 3AO1A 3U3YA 3SQ1A 1HNXK 3LM9A 3ZETA 3I8BA 3MXMA 3TANA 2P9IB 2HBKA 1O1WA 3CMEN 2HHHK 1TK8A 5BPLA 3DLGA 1RBVA 3UIQA 1GLLO 3P39A 3TSPA 3VQ4A 4CI6A 4YORA 1J53A 2QM1A 3OBWA 5T7BA 3VETA 3WT0A 3K5NA 3EE8A 4IZ9A 2QEXN 5KI6A 1Q81O 3THYA 4KB1A 4FJ9A 4BRDA 4M7YA 4YOUA 4DCHA 4FJHA 4DFJA 3VQQA 3EL2A 3DLHA 3RR7A 4B1WB 2OPRA 1T3VA 1B9DA 4IBNA 2QWLA 1LV5A 4JKGA 3VQ5A 4N41A 3UB5A 2NRXA 3WEEA 5AQWA 3V9WA 3D2EA 3VGLA 1RBSA 4DQIA 1S3XA 3CJBA 1HLUA 3VTHA 3CIPA 1QZ6A 3NAEA 1HNZK 4B9TA 4IDHA 3JAMO 2CGKA 5GAHP 4OKJA 5KGWA 4AHSA 4N47A 4W5QA 3CXCM 4FOIA 3CPWM 4O55A 3FZFA 4YOYA 4BE0A 4IJAA 3HVTA 1DKGD 4B9SA 4CJWA 4JS5A 4N76A 4JHDA 1QVFM 1WSFA 3QINA 3QEXA 4FVUA 4C1NK 2E6MA 3TAGA 1KVBA 5C42A 3HZ6A 1P8ZA 4KBOA 4FCYA 2VG7A 1EX4A 3IFRA 4DR1K 3QEWA 2HHTA 1NM1A 4H8KA 2WFBA 1K8AO 3ZSVA 3W0LA 4C8KA 3CMAN 3C7NA 4F9OA 4E7LA 5E26A 3CCVN 1NGAA 4M45A 2Q0RA 1ATRA 3T1YK 1C0UA 1OVQA 4A62A 3RRHA 4OLAA 3BZKA 5M1KA 1T8EA 2Z1IA 4Z4GA 1SAZA 3ZT0A 4DQSA 4BC2A 3VQCA 1Q18A 4JEPA 1Z25A 4ISFA 3DLBA 2V7YA 1NG9A 3OYLA 1DT9A 1IKXA 2RHKA 5AQHA 3AV9A 3AVJA 2O4GA 4DSKA 2KLAA 1RBRA 1HNIA 1M1KO 1EETA 3AVHA 3MWPA 2QWOA 4ID5A 3V9ZA 3TR8A 4CJ7A 4B9QA 2RPIA 1KFDA 5JS1A 3SUOA 1V4TA 3LAKA 5EOYA 2OPPA 1U45A 2ASPA 3OYCA 3AVFA 1ITGA 4I2PA 2X6NA 1FXXA 1Y97A 3KZBA 3HPOA 1VQ7N 1N6QA 4JRQA 3CERA 5K14A 4DV0K 4FJMA 2A1SA 1XQSC 4BRQA 3VQ6A 2HVIA 4XIUA 5LJWA 3V9UA 1TKZA 2CGJA 1MA9B 5AQXA 3KK2A 3M8PA 2HNYA 2E88A 3FR0A 3LZIA 1T6DA 1HPZA 3CFOA 3O9UA 4MO5A 3NVKA 2RE2A 1BA0A 1HUXA 3KK7A 3L3UA 3HK2A 3A5NC 3THXB 3D0PA 1ILYA 4G1QA 3PX4A 1T05A 2F8TA 1ESVA 4WQ5C 2PYJA 4FW1A 2VQFK 4J2DA 4FLWA 4C1NI 1JXBA 3DAWA 5IT9O 3AO2A 2F96A 5KRTA 3O1WA 2PFUA 3M8RA 3SCXA 4PWDA 5FROA 1RDUA 1KTQA 3J7YP 2O8CA 1VQ8N 2GEMA 4M3RA 4KI4A 4CK1A 1N33K 2HHSA 1N34K 3EKSA 4CFAA 2ZGZA 4OPHA 4BQLA 4LF7K 3WNGA 3H3NO 3O80A 4CIFA 1QQMA 4GMJB 4FLUA 1FJGK 1NNEA 3OBYA 2ITMA 4IWVA 4F2SA 4KPYA 4IOXA 2YHYA 4B08A 3SPYA 3OHRA 1BA1A 2KFZA 3ZCMA 4CZMA 3ZT2A 2O8FA 4YDUC 4JN4A 2E1ZA 1NK6A 3THWA 4FSVA 4B8AB 4IFEA 3ZT1A 1MWMA 4FVMA 3DLRA 5F0XA 2FBXA 3VEXA 1XMQK 2A6AA 4BC5A 3MX5A 4JI0K 3FE1A 3QO9A 5CY4A 4WE1A 5D3GA 1UWBA 1JLAA 3I56N 3NH0A 4YOTA 1W2BM 2YHAA 3VQEA 1K73O 2IDOA 2O8BA 1SKSA 3OYAA 5ADXA 4FWKA 4X64K 4YFUA 4FK2A 1SUQA 4KH4A 3U9ZA 3SV3A 4CK2A 1NKBA 2ZE2A 1VRTA 2P9UA 3SK3A 3K9KA 4BR7A 4C8NA 3T7ZA 4FM0A 1IH7A 5AR0A 5C2DA 1W97L 3HSTB 3THYB 3A0IX 4JD2A 2DFFA 2VCPA 3OS2A 3VQAA 1S9GA 1BIUA 1RFQA 4LFBK 4LFAK 3UKUA 1K8KA 4DR2K 4M63C 2YJFA 1VQPN 3HT3A 3K5OA 1VQMN 3HO1A 1TL1A 3DLKA 4MDBA 1YVNA 1RTIA 3HOTA 3RTVA 4B9VA 3OYGA 4K8XA 1TKDA 1EWQA 2O8DA 2E6LA 4BY9C 2VYPA 1ZBUA 4B3RK 3CFRA 4LF8K 3BEXA 4LFCK 2E2QA 4M3TA 2V51B 4E7HA 1L3VA 2A5XA 3WNHA 3QEVA 3VMFB 2JLEA 3IG1A 3HJFA 4KI6A 4LH4A 1KFSA 2HBJA 3CQYA 3RMDA 3PX0A 3OS0A 4AQYK 3LDLA 1RT4A 3R3LA 4CIGA 4BE1A 3O08A 4JYAK 4H4MA 4FYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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