4BQZA

Rat ntpdase2 in complex with mg gmppnp
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 136
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bqzA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bqzA02
1DGKN 4YDUC 4XH1A 2HMPA 3HBTA 3IDHA 3TU5A 3GL1A 2P9SA 5AQPA 3LDQA 3WT0A 1NGAA 1RDWX 1X9JA 2I7NA 5AZJB 4BQLA 2YCHA 5I9EB 4BR5A 4IJNA 4CZHA 5LY3A 3L4IA 2CH6A 2E2NA 2E2PA 1Z05A 4LC9B 3IMXA 1YVNA 4CI6A 2A6AA 2P9IA 2A40A 1OKJA 3AAPA 5AZIB 1KAZA 2PBDA 5ELZA 3QMLA 4JHDB 3W0LA 1GLLO 3QFPA 1BA0A 3GE1A 4BVOA 3BUZB 3D7EO 5CE3A 1TUYA 2P9UA 4FPBA 3FR0A 3R9PA 5KQDA 1C0GA 1SZ2A 4FL9A 2YI1A 1JCGA 2CGLA 3U4LA 2J4RA 3CHWA 1RFQA 3M1FA 4CJ7A 5AFUA 2FSNA 3LDPA 1HKGA 3BF1A 5ADXA 2DPNA 3SMSA 3EKUA 3CQYA 1XUPO 4BG8A 2ZF5O 4BGBA 5LJWA 3VOVA 2EWSA 2NZTA 4CZKA 5BN9A 4XH4A 5JLFA 4DCHA 4BRQA 4DQ8A 2E88A 3WUHA 1SAZA 5AZJA 2QWQA 3D2FB 4CD3A 3F9MA 2WUSA 4EHTA 4QS7A 2I7PA 2P9NB 3VF4A 4BG9A 1S3XA 4JD2A 3O1BA 3MN6A 4H5RA 1ESVA 1U2VA 2HF3A 5AZIA 4B1XB 2E2QA 5E26A 4JHDA 3HZ6A 4BRCA 3G25A 4H0YB 4BRMA 4IXCA 5AQQA 3O5BA 3QBWA 4ISFA 3A8YA 3MN5A 5AQLA 3GDQA 5AQJA 3FZLA 3L6QA 2QWLA 4FWRA 1MA9B 3KHYA 5AQVA 4JNEA 1HPMA 4IWVA 3U9DA 4ISEA 4BVPA 2KHOA 2A42A 3M3ZA 1CZAN 2FLOA 3FZFA 4GY2B 4M7YA 5AQUA 4CZEA 1TYQA 2E8AA 2YHWA 3D2FA 1YXQA 4BC3A 4GNIA 1S22A 5AFUH 3H3OB 3ENOA 1QZ5A 2P9NA 3VF2A 5ADXH 2AP1A 4H0TB 5AQOA 1HUXA 2Q0UA 1HX1A 3MMVA 3VERA 5FPMA 5LJVA 5AQTA 5AQSA 3GG4A 3DAWA 1H1VA 3UKUB 4B9QA 3VEZA 4BRNA 5BRFA 4FOEA 2BUPA 2QWMA 4DHYA 3VEYA 1KAYA 1BO5O 2IVOA 4FWQA 3B8AX 2V7ZA 2IVNA 2E1YA 4FWMA 3VEWA 4M63C 4CZIA 4PKHA 4CBWA 5AQHA 3VPZA 3SK3A 4NB4A 4J8FA 4FO0A 3O1WA 5EXWA 3VEVA 3SMPA 3VF6A 5JLHA 2ZGYA 1LCUA 3CJCA 3CJAA 2FXUA 1JCFA 3A5NC 3LM9A 3ZX3A 2GEMA 1NGCA 3P4IA 1QHAA 1Z6RA 3FZMA 3ZX2A 2VCPA 4BC2A 5EOYA 2GUPA 4B1VA 3HI0A 4CD1A 2A3ZA 2V52B 4DB3A 1QQOA 3C7NA 5BPMA 3ENHA 3WQTA 3R6MA 3CJ9A 4F9OA 3WXJA 1NGHA 4EAHD 5AQNA 4A62A 2D0OA 5BRHA 1NGGA 2PAVA 2YJFA 2CH5A 1XC3A 3I33A 4I6MA 2GWJA 5F2RA 2ASMA 5KPRA 1TUUA 3QB0A 3ZEUB 4EFHA 3WXKA 1XQSC 1KAXA 1ZXOA 2BTFA 3H3NO 2P9KB 3DXMB 3M6GA 4FPAA 4RTFD 3W3DA 3WEEB 4BR4A 4K42A 3WXLA 1HLUA 2W41A 4FSVA 2VWBA 3QFUA 4PKGA 5AQXA 1NBWA 3FZHA 4BRKA 4H0VB 1X3NA 3HSCA 2V51B 3GBTA 3O4WA 5EY4A 1ATSA 1MWKA 5AQRA 3IFRA 1T44A 3TPQA 2D1KA 1NGBA 2YHXA 1YAGA 1NGEA 1X3MA 3A5OC 2W40A 4BQZA 3VESA 4CZMA 1JCEA 4H0PA 3WXIA 5KPZA 2D0PA 3QDKA 3JS6A 5AR0A 3UB5A 2QWOA 1RGIA 3SJHA 3EZWA 2E2OA 2YJEA 1GLAG 4AM6A 4O5FA 3FGUA 4K41A 2CGJA 4FOIA 2P9PB 1U6ZA 3MN7A 4H5VA 3UKRB 3CETA 4XEIA 3CIPA 1QZ6A 2Q36A 3C0BA 4B1YB 1HKCA 4EHUA 3CJ7A 4A2BA 5JMVA 3L0QA 4HWIA 3S41A 1BG3A 2P9KA 3BP8A 1BWFO 1QQNA 1WOQA 2HF4A 1NGDA 3ZX0A 2E1ZA 2GELA 4BR9A 2FF6A 2CGKA 4H5WA 1E4FT 3OHRA 4L3QA 4JAXA 5KPTA 1K8KB 5KQ8A 3ULEB 2VYPA 3EN9A 1BUPA 2ASOA 2V7YA 4B1WB 5EVZA 2FSJA 4K43A 2ZGZA 3I8BA 4FWKA 2P9SB 3ID8A 3LDOA 1GLBG 1BA1A 4BREA 4B1UB 2AA4A 4PKIA 2FF3B 3EKSA 3LDLA 3UE5A 3VETA 1MWMA 4C23A 1DKGD 5F0XA 5FPEA 3CQXA 5JICA 3LDNA 2IIRA 2HOEA 1GLCG 4ISGA 1GLFO 3CJBA 5FPDA 3UKRA 3AARA 4E1JA 1T6CA 1NM1A 5F1XA 5AQGA 4CZLA 1SQKA 1Q18A 1Y64A 2P9UB 3D2EB 5BPNA 1V4TA 5AQZA 4MLHA 1G99A 1YUWA 5E84A 3BEXA 3MK6A 1NGFA 3EL2A 5AQYA 1IJJA 1E4GT 3DJCA 1WUAA 4XH5A 4BRIA 1ZBSA 4CZFA 3O8MA 4K25A 2H3GX 3ULEA 4BRAA 3FZKA 3KVGA 1IG8A 2Q0RA 3UKUA 4MLEA 3A5LC 3BF3A 4RWTA 1MDUB 3O6WA 4JD2B 4WQ4A 1U2VB 1DEJA 1V4SA 3GOIA 2P9LB 3DXKB 4MO5A 4BRHA 1D4XA 1BOTO 3H1VX 2GWKA 3QBXA 4BR7A 4BRPA 5B8HA 4IZ9A 4H5TA 5AQIA 4AM7A 3KZBA 3D2EA 4NO7A 3MCPA 2QWNA 3MDQA 4H0OA 3HM8A 1R59O 3LM2A 4O8KA 1ATNA 2UYTA 2D4WA 4JN4A 1GLDG 5BRDA 4WQ5A 2A41A 3EO3A 3QICA 2ASPA 4EIAA 1QQMA 4PL7A 2F9WA 3LL3A 1T6DA 4YDUA 3ZETB 5BR9A 4Z94A 4FWPA 3FLCO 4QS8A 5FPNA 3ATVA 3VENA 3H6EA 1TYQB 3U8XA 2Q97A 1GLJO 5BREA 1NWKA 4BC5A 3VEXA 1C0FA 4IO8A 4CZGA 4H0XB 5AQKA 3RSEB 3O08A 1HJOA 2NRHA 1J6ZA 4IJAA 3IUCA 4WYBA 2Q2RA 2P9LA 2F9TA 3CERA 3DXKA 3ZEUA 2Q31A 4BC4A 3U9ZA 3VEOA 3CJ1A 1NGIA 4FWSA 1EQYA 5TKYA 2IVPA 3DXMA 4Y0WA 3WEEA 4BR0A 4M7XA 4H03B 3H1QA 4B1ZA 4BGAA 3AAQA 1NGJA 4BR2A 1BDGA 3CI5A 2QM1A 4BROA 4A2AA 5BPLA 2E20A 2ITMA 2QWRA 2QWPA 3MN9A 4BRFA 4BRLA 4PL8A 4H5NA 3ATUA 3FE1A 3O80A 2QXLA 2NLXA 3ZETA 5BN8A 1BU6O 4MO4A 3WQUA 3JXUA 5AQFA 4A61A 3VGMA 5AQWA 4CBUA 4CBXA 3H45C 2QW9A 3SLCA 1NLVA 3HTVA 5AQMA 3R8EA 4FWOA 1P8ZA 2GTDA 4WQ4C 3RSEA 2P9IB 4HTLA 2Q1NA 2P9PA 3C7NB 3VGKA 3A0IX 4CZJA 3VGLA 2FSKA 5EX5A 2ZWHA 2YHYA 3H46O 1NMDA 1LOTB 4RCHA 2OANA 2A5XA 1GLEG 1HKBA 1ATRA 1KXPA 4BRGA 4KBOA 4I6MB 3A5MC 3J8AA 4FWNA 1ZC6A 4WQ5C 4BRDA 3AY9A 4QS9A 3FFKB 1K8KA 4FWLA 3DWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ALYA 3HBTA 4M3UA 3VQCA 1C1AA 3LPTA 1QSLA 2P9SA 5AQPA 3WT0A 1RDWX 4BY9C 1SUQA 4BR5A 3VQ9A 4JEPA 1QS4A 1Z05A 2A6AA 3W0LA 2PBDA 5ELZA 3ZSVA 3QFPA 2HBKA 1R0AA 1BA0A 3BUZB 3S3NA 3D7EO 5CE3A 5HRPA 3OY9A 3LDSA 4KO0A 1JCGA 3P39A 3U4LA 3NCIA 4KI6A 2FSNA 4CEBA 5ADXA 2KLAA 3CQYA 3CM5A 1XUPO 4AHRA 1D9DA 1T05A 4BG8A 2F8TA 4DV5K 2ZF5O 3TAMA 4M3RA 1D9FA 4CEEA 2JLEA 4CE9A 2NZTA 4JRPA 4DCHA 1YTUA 2ZQBA 2YHBA 3NHGA 1NK7A 2E88A 3AVGA 3QEXA 4CF2A 1SAZA 2QWQA 3CXCM 2A1SA 1HRHA 3DLKA 3F9MA 3L4QA 3OYHA 2XO7A 4DQSA 3O1BA 1U2VA 1HJRA 2ZM6K 4FK0A 4FJ8A 5E26A 4KB0A 2D0BA 3CF5L 2OCEA 1VSMA 3G25A 4H0YB 4NXNK 4EZ9A 2F96A 3PUFA 3MN5A 4KH6A 4CEDA 3L8BA 3KKRA 3SPYA 2KTQA 1LAVA 4IWVA 3U9DA 4DTRA 3BGRA 4GY2B 3FZFA 5AQUA 3JAMO 1LW2A 2PZSA 3E66A 4CZEA 3KLFA 3VA3A 1I39A 4NCGA 4CEQA 4WFBL 1RBTA 2VG5A 3D2FA 3C65A 1A5WA 1YXQA 3CPWM 4IKFA 4BC3A 4GNIA 3DYAA 3NH2A 4RW6A 4CEFA 4FJXA 4DSEA 3SUOA 3WNEA 5ADXH 4O44A 1RTJA 3BZCA 1YJWN 5AQSA 3J7ZO 1H1VA 2OPRA 4BRNA 1QTMA 1QQCA 1WB9A 4JYAK 4FOEA 3G0ZA 4YY3K 2G8FA 1KAYA 3K2PA 2G8UA 1BO5O 1RT7A 1ZBHA 2IVOA 4CK1A 4FWQA 3AGKA 2E6LA 3ZSOA 4HUGA 1L3TA 1VQPN 4M63C 1J53A 4FM0A 3VPZA 4LFCK 1I3AA 3JYTA 4M3TA 4J8FA 3O1WA 5EXWA 4FJHA 4M3ZA 4ELTA 3HVRA 3JSMA 3OYEA 2GEMA 4DFPA 1UWBA 1BIUA 3MXJA 4E7HA 4B1VA 3ULDA 4CD1A 4AF1A 2EHGA 2HNZA 4DB3A 1QQOA 3ENHA 1DTTA 3WXJA 3O4NA 1WSIA 3O3HA 2X6NA 4E7LA 4C8KA 1LWCA 2GWJA 2YV0X 3KLHA 1C1CA 5KPRA 1TUUA 2HHXA 3C94A 4DTNA 3WXKA 1OVQA 4U7BA 1XQSC 1KAXA 4W5NA 2P9KB 4FPAA 3WEEB 1WSHA 4K42A 4FSVA 2VWBA 3LP0A 4H0VB 3MAQA 4CFCA 3GBTA 4O0JA 1L5UA 1MWKA 4KREA 2F8SA 1T44A 4KHUA 3C6HA 1K8AO 2D1KA 4FLUA 3THXB 1YAGA 3PIOL 4WE1A 3CYMA 1X3MA 2D0AA 2PYLA 4DSIA 4H0PA 1RT3A 3WXIA 3UB5A 3S3MA 1GLAG 4K41A 5J2PA 4FOIA 1U6ZA 4H5VA 2ZJRL 3PO5A 4DTXA 1QE1A 4JI7K 4CJKA 3QLHA 1QZ6A 3CJ7A 3CQ8A 1BWFO 1QQNA 4OO1J 3THYB 3IG1A 4E1MA 2CGKA 3OHRA 5KPTA 3ULEB 3M8PA 3MECA 2V7YA 4AHUA 3I8BA 4FVMA 4PHTX 2AA4A 4PKIA 2FF3B 4CESA 4JI0K 2A1RA 1VQON 4HVJA 3OYAA 5F0XA 1GLCG 3CJBA 4CEAA 3AARA 1JLQA 1NM1A 2XRIA 4GMJB 1TV6A 3TI0A 3VTHA 3OYKA 1X1PA 4B3RK 2KKZA 3K59A 4DUYK 3Q7CA 1G99A 1YUWA 3F2KA 4JKCA 3RR7A 5AQYA 3QIPA 1GOBA 4V19S 4DR2K 3O8MA 4BRAA 5JS1A 3FZKA 3KVGA 1ZBLA 1HQEA 1IG8A 2HHHK 4FJ7A 1RILA 4IDKA 5I3UA 2I5JA 3NBPA 3PV8A 3J80O 4L8RB 4MO5A 4ID5A 4CGFA 4BR7A 3QBXA 4I2QA 4J2DA 3MCPA 3SZ2A 3OA9A 1R59O 3LM2A 1ATNA 1SV5A 1RDBA 4JN4A 1GLDG 4JV5K 3ZT4A 4EIAA 1QQMA 4FZYA 1N34K 2F9WA 4KH5A 4GVMA 3LL3A 1T6DA 3AVKA 3C6AA 4OPAA 3V81A 3WXMB 3QNNA 4Z94A 4LSLA 4QS8A 3O9UA 2KFNA 3U8XA 1NK5A 2QA4N 1GLJO 3VQ7A 1NWKA 3VEXA 4UY8O 4NLCA 5AQKA 3VMFB 3PY8A 4FJLA 3IUCA 4CHOA 2P9LA 3LWMA 1KRPA 1D8YA 2ZJPL 3CCLN 1HPZA 1VQ9N 2YKNA 4OPHA 4IOXA 1NGIA 4FWSA 4Y0WA 3EY1A 3WEEA 3SV3A 4CVNE 1BDGA 3KWGA 5T7BA 2WTUA 1NMNA 4DV1K 2VQEK 2UUCK 5BPLA 2QXFA 3PX4A 4BRFA 3K9JA 2X6SA 4BRLA 1SKSA 2OTLN 3NF8A 4LF9K 4JI8K 1TK5A 3OYMA 3AV9A 4DF8A 3JXUA 3NF9A 4NLBA 5C2DA 2HB5A 4WFAL 3ZLJA 3F5TA 3TARA 5KGWA 1BQNA 5AQMA 1ZYQA 3RSEA 2Q1NA 3VGKA 4K0KK 3HT3A 4K8XA 4MFBA 2DFEA 2ZD1A 3EZ5A 2IS3A 1RDAA 4DV7K 3RRGA 3K5MA 1L3VA 1KVBA 4AH9A 1Q9XA 1MU2A 4YOUA 4FWNA 1ZC6A 3KIOA 4J2EA 4KHSA 1N5YA 4F2RA 3MWPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4MDB A;  4IJA A;  2Q2R A;  3ZEU A;  1KCF A;  3U9Z A;  2YNI A;  3CJ1 A;  1NJZ A;  1J5E K;  1EQY A;  5TKY A;  3DI6 A;  4MDA A;  3V9U A;  4BGA A;  3L2W A;  5GAG P;  1EX4 A;  3B6P A;  2E20 A;  4H8K A;  1SL0 A;  4GKK K;  4F4K A;  2QWP A;  4B9U A;  4OGE A;  3OW2 M;  1O1W A;  4DG1 A;  4AHC A;  4PL8 A;  4F8R A;  1NKC A;  3ATU A;  5LMU K;  5CZ2 A;  1SL2 A;  5BN8 A;  4MO4 A;  5C24 A;  2OPS A;  1U4B A;  4CJW A;  3VGM A;  5AQW A;  2X74 A;  4CBU A;  4DLE A;  3H45 C;  4DS5 A;  4CF8 A;  1TL3 A;  2QW9 A;  3SLC A;  3S3O A;  1S1U A;  1NLV A;  1BL3 A;  2RF2 A;  3R8E A;  2P5G A;  4HTL A;  1IH7 A;  2P9P A;  5JS2 A;  4CZJ A;  5H1S Q;  1NMD A;  1LOT B;  4RCH A;  3MX2 A;  2DTU A;  1JJ2 M;  1NKE A;  3T7Z A;  5CHI A;  5SZT A;  1FK9 A;  4KBO A;  4NYF A;  1VQK N;  5FRN A;  2YHA A;  3A5M C;  1U47 A;  1WLJ A;  5DK5 A;  2DFF A;  4OPJ A;  4QS9 A;  3FFK B;  1K8K A;  3HJF A;  3KK7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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