4BQZA

Rat ntpdase2 in complex with mg gmppnp
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 136
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bqzA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bqzA02
4BVOA 1IG8A 3FZKA 3FZHA 5AZJA 4B1VA 2P9IA 3MDQA 3UKUB 1J6ZA 4NO7A 1BA1A 2GEMA 1NGCA 4BC2A 1WOQA 4IWVA 4ISEA 3UE5A 1K8KB 3HBTA 3CERA 2QWNA 1NM1A 2Q36A 3VEOA 4DHYA 2Q31A 3R6MA 3EL2A 4FL9A 4J8FA 3WUHA 5ADXA 2YHXA 2IVNA 2ASPA 2EWSA 2V52B 4BRAA 4EHUA 4AM6A 5BRFA 5AQLA 1KAXA 3KVGA 3SMPA 2P9SA 1HX1A 3L6QA 3R8EA 2GTDA 3WEEB 1BUPA 3ATUA 1D4XA 2BTFA 3BF3A 3HSCA 3MN5A 4MO5A 3U4LA 3VGMA 4FWLA 4MLEA 5F0XA 2E1YA 5F2RA 5AZJB 3W3DA 2P9IB 2D1KA 5KPTA 3RSEA 1SZ2A 4EFHA 1SAZA 4B1XB 1T6DA 1GLCG 4XH5A 1NMDA 1C0FA 1X3MA 5FPEA 3HZ6A 3VEZA 1HPMA 4B9QA 1HUXA 3I33A 4L3QA 4E1JA 2QXLA 3BEXA 4WQ5C 2P9SB 3CQYA 2QWMA 1X9JA 4NB4A 4BR5A 1BA0A 4K41A 2FF6A 5ADXH 2I7PA 1C0GA 3IMXA 2E2QA 3D2FA 4RTFD 4JN4A 3CJCA 5FPDA 3FZMA 5BREA 3GG4A 5AQNA 4CZGA 4M7XA 3H1QA 3RSEB 3WQUA 3SLCA 4H5VA 4JHDB 2F9TA 2P9UB 1QHAA 2BUPA 5AQRA 5BN8A 2DPNA 4HWIA 2VYPA 2GWKA 4YDUA 2KHOA 2HMPA 2ZGYA 3WQTA 3A8YA 3H3NO 4IO8A 4LC9B 3ZX0A 5AQTA 3QBXA 4CBWA 4BRNA 1MA9B 3UKRA 4C23A 3LL3A 5AQMA 4M63C 2YJEA 1DGKN 4BR0A 5AFUH 3D2FB 2D0OA 2D4WA 2F9WA 5JLFA 4QS8A 2QM1A 1QQNA 3SK3A 4CZJA 1BWFO 3DWLA 1XQSC 2NLXA 3LDQA 4FOIA 2FSJA 3HM8A 3TU5A 2IIRA 3QB0A 5BPMA 3VESA 4FWOA 4BRLA 2WUSA 4H5RA 3CHWA 3J8AA 1NGHA 4CD3A 2A3ZA 4A61A 5KQDA 3AAPA 2A6AA 1BU6O 1BG3A 2GUPA 3KHYA 3IUCA 3UKRB 2FSNA 3LDLA 3LDPA 1GLAG 2HF3A 1DKGD 2E20A 3LM2A 2Q2RA 5BN9A 3R9PA 3CIPA 2OANA 1P8ZA 2YHYA 1NGGA 3QDKA 3O8MA 3BP8A 3WXLA 3FR0A 2QWLA 4MLHA 1KAZA 3VOVA 2YCHA 3O5BA 3U8XA 4EAHD 2Q0UA 1TUYA 4WQ4C 3MN9A 3ZEUA 4BROA 3VERA 2GWJA 1NGIA 1NGBA 4BRGA 2P9LA 1RFQA 2J4RA 3DXMB 2QW9A 2E2NA 3D2EA 2VCPA 4PKHA 3H1VX 3SMSA 4CI6A 3O1BA 3LDOA 4BRHA 4B1UB 2I7NA 1Z6RA 4EIAA 4Y0WA 3O6WA 3ZX2A 1JCEA 4BQLA 4I6MA 1ATNA 4BR2A 3O80A 3QFUA 1E4FT 1GLJO 4BRQA 1QZ6A 3CJAA 2ZGZA 4CBXA 5AQIA 1MWKA 3SJHA 4KBOA 4FPBA 3VF6A 1CZAN 4PL8A 3EO3A 3P4IA 5E26A 4BQZA 2P9PA 4CZMA 5AQGA 2QWRA 2QWQA 2FSKA 2P9LB 3WXJA 1Q18A 3D2EB 3AARA 2Q0RA 5FPNA 4DQ8A 4HTLA 2FF3B 1TYQA 2YI1A 2ASMA 3AAQA 4H0TB 4GNIA 2YHWA 5AQYA 4BVPA 3M1FA 4PKGA 1Z05A 5AQSA 4I6MB 3GE1A 4F9OA 1NLVA 1YXQA 3U9DA 1JCGA 3O4WA 4BGAA 1T6CA 2P9NA 3CJ9A 4BC5A 3FE1A 4BRDA 3BUZB 3MN7A 2GELA 3ATVA 2P9PB 1NBWA 3IDHA 4K25A 5AQHA 2ITMA 3VF4A 3O08A 3ULEA 4ISFA 3ZETA 3VF2A 3LDNA 4A2AA 3MK6A 1TYQB 1GLEG 1XUPO 3H3OB 5LY3A 2P9KA 4CJ7A 5LJWA 2UYTA 3MCPA 1GLDG 1DEJA 5FPMA 5AZIA 4BRMA 1SQKA 2Q97A 4FWRA 2H3GX 1RDWX 2Q1NA 2IVPA 1QZ5A 3CQXA 1X3NA 3C7NA 1NGJA 2V51B 4JAXA 3ZX3A 4H5WA 2P9NB 1KAYA 3A0IX 4XH1A 4FWQA 3VGLA 3B8AX 4M7YA 1LCUA 1YUWA 3CETA 1U6ZA 2W40A 5E84A 1IJJA 4YDUC 4BRKA 4EHTA 1NGEA 3M3ZA 1BDGA 3VGKA 3ULEB 2HF4A 2NRHA 1EQYA 4GY2B 3ZETB 1JCFA 5AQJA 1Y64A 2ZF5O 1ZC6A 1HKBA 4B1WB 1GLFO 3U9ZA 2P9KB 1YVNA 3A5MC 5JICA 4WYBA 5AZIB 3GOIA 3QMLA 2E1ZA 2HOEA 3VEWA 3WT0A 3C7NB 4BC4A 3S41A 3JXUA 4BC3A 3I8BA 4H5TA 1GLBG 4FWSA 4CBUA 5CE3A 5AQWA 1K8KA 1HKCA 3L0QA 4IJAA 5JLHA 4IZ9A 3MMVA 3WXIA 5EX5A 1NGFA 4DB3A 5B8HA 2ASOA 3QBWA 1LOTB 1XC3A 2E2PA 4QS7A 1YAGA 1NGAA 5AQFA 3ENHA 2PAVA 4XH4A 1MWMA 3EKSA 3TPQA 3F9MA 4CZLA 5KQ8A 5LJVA 3CJ1A 5TKYA 4PL7A 4AM7A 4FPAA 4IJNA 3VETA 5AQZA 3GL1A 1NWKA 2AA4A 1WUAA 4FOEA 4B1ZA 4QS9A 5ELZA 1HLUA 4B1YB 3FGUA 3JS6A 3VENA 5AQPA 1S3XA 4RWTA 4CZEA 4H0XB 2ZWHA 3ZEUB 4BR4A 5BRHA 3EKUA 2CGKA 2A42A 4BR9A 4H5NA 4CZKA 5EOYA 1BOTO 3VPZA 4CZIA 4WQ5A 1ATSA 5EXWA 3A5OC 4JD2A 2V7YA 1KXPA 4PKIA 5JMVA 5AQXA 4FWMA 5BPLA 2IVOA 4JHDA 2D0PA 2P9UA 1ZBSA 2A40A 3VEXA 1H1VA 3HI0A 3CI5A 1NGDA 4FSVA 3QFPA 4H0OA 5AQUA 1ATRA 1TUUA 3H6EA 4H03B 5AFUA 4H0VB 1G99A 3FZFA 3VEVA 2VWBA 1GLLO 3EZWA 4FWPA 2FXUA 3D7EO 1E4GT 2A41A 3O1WA 3UB5A 3WXKA 4JD2B 3C0BA 3VEYA 1U2VA 4BRIA 5BR9A 3LM9A 4FWKA 3BF1A 3H46O 5BRDA 1ZXOA 1OKJA 4A2BA 3EN9A 3GDQA 5KPRA 2YJFA 4BRFA 3G25A 3W0LA 4RCHA 2E2OA 3DXKA 4Z94A 1MDUB 2AP1A 2QWPA 3HTVA 2W41A 3MN6A 4CZHA 1BO5O 4DCHA 3L4IA 4BGBA 1ESVA 3FFKB 5AQVA 2NZTA 5F1XA 4CZFA 4O8KA 2PBDA 3A5NC 5KPZA 1RGIA 3FLCO 1R59O 1HJOA 1V4TA 5AQOA 5AQQA 5EVZA 3ENOA 3GBTA 4MO4A 1QQMA 1U2VB 4BRCA 2CGLA 2FLOA 2CGJA 1QQOA 3DAWA 3IFRA 4IXCA 3UKUA 2CH5A 2CH6A 3CJ7A 4FO0A 3H45C 2E88A 3DJCA 3DXKB 4BG8A 4BR7A 3A5LC 4H0YB 5EY4A 4K43A 2A5XA 3AY9A 3DXMA 3FZLA 4BREA 2V7ZA 4WQ4A 4XEIA 3OHRA 3KZBA 4H0PA 2E8AA 3QICA 5AR0A 4BG9A 5BPNA 3M6GA 5AQKA 4CD1A 1T44A 4BRPA 1V4SA 3CJBA 5I9EB 4A62A 2QWOA 4O5FA 4K42A 1HKGA 3WEEA 3ID8A 1S22A 4JNEA 4ISGA 4FWNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K0KK 2IC3A 5FRNA 4DFPA 4Z4GA 3IAYA 1BA1A 4BC2A 4IWVA 4ISEA 3UE5A 3ZSZA 1K8KB 4DSIA 3VEOA 2Q36A 4C8LA 5M1NA 2HBJA 4JEPA 1QHTA 2YHXA 3SQ4A 4CF2A 1SL0A 1REVA 1A5XA 4AM6A 4JS4A 3KVGA 3NMUA 1HX1A 2GTDA 1JLEA 1BUPA 4CIFA 1D4XA 3HSCA 1Q7YO 4ID5A 4I9QA 2E1YA 2WOMA 3L8BA 5AZJB 1GLCG 1DTQA 3RR7A 3VQDA 4RW9A 1C0FA 4DV7K 3AVIA 1HPMA 4AF1A 3VQPA 4XIUA 2NRRA 4DFJA 4DTUA 1NOZA 2QXLA 4M3XA 5DK5A 1RT3A 2P9SB 1BIZA 3RR8A 4JKGA 3PX0A 5DMRA 4FJGA 4KHNA 3D2FA 3CJCA 4GW6A 3VQ9A 3LP0A 5GIPA 1N36K 3C6HA 3CCSN 3KIOA 2RF2A 3AVLA 3PO5A 4H5VA 4U7BA 4CEBA 4FLYA 4ILGB 4IFVA 1JJ2M 4X65K 2BUPA 2KZZA 2Y1IA 1CZ9A 4DTXA 2HMPA 1NK4A 2ZGYA 2D0AA 4CESA 3QBXA 1LV5A 4CBWA 1N34K 5JS2A 4Z4FA 1E3MA 4C23A 5M1QA 4YNQA 3HP9A 3RMDA 1EWRA 2YJEA 2WTUA 1U47A 3L2RA 5J2MA 4QS8A 2QM1A 3M8PA 2DFEA 1QQNA 1NK0A 4CZJA 4B9UA 1QS4A 3VQBA 3LAMA 4Q5VA 1NJYA 4Y1CA 1XQSC 3LDQA 4FOIA 4PHTX 3V6DA 2FSJA 3HM8A 4YHHK 1RDBA 1JLGA 3VESA 2WUSA 1RT2A 4H5RA 4CEEA 3SV3A 1O1WA 3S3OA 1NGHA 2A3ZA 3G6EN 4M41A 3P38A 1BU6O 4CF8A 3KHYA 3HPOA 3LPUA 3LDLA 1GLAG 1OH5A 4M3RA 3R9PA 4CK2A 2D5RA 2HMIA 1EKEA 1NMNA 3BP8A 3WXLA 1XWLA 2XY6A 4H4OA 4FW1A 2Q0UA 4M3TA 3NVKA 2P5OA 4DV5K 4QOZB 3K0SA 1OVYA 1RFQA 3HOTA 3OYDA 3ITHA 3DXMB 2QW9A 3L2QA 1UA0A 3D2EA 1I39A 3KK3A 4CEZA 1O13A 3O1BA 2E6MA 4Y0WA 3PIPL 1WBDA 3HSTB 1ZBHA 3C6AA 4LY7A 1JCEA 4BQLA 4BR2A 3DOLA 3HVRA 3QFUA 2HHQA 3C6TA 2QXFA 3O4QA 3AA5X 4HVJA 3I0SA 4ELTA 5AQIA 2VGNA 1XNRK 1VQ8N 1TKDA 3DLKA 1WBBA 4BQZA 3CPEA 3ZT1A 3OYGA 3DLHA 1W97L 3SPZA 4F2SA 1Q18A 2W42A 4DR6K 3AARA 1QVFM 4B8AB 1TYQA 1RNHA 2IDOA 3VTIA 4CEDA 2E5LK 2X6NA 2HHTA 4F9OA 4KO0A 4NCBA 4GVMA 3CM6A 1T6CA 1VQ7N 3CJ9A 2NRXA 4IOAL 4JI0K 4CJWA 3TAFA 2BE2A 4HHTA 3AVJA 3MN7A 3D0PA 3IDHA 3C6UA 1N8RO 3VF4A 1K6YA 3E66A 4WFAL 4JYAK 1S9EA 1UA1A 1GOCA 2YNFA 3VF2A 3MK6A 1QQCA 2BH1A 2IAJA 5LJWA 5FPMA 4BRMA 1EO1A 4DR4K 1HYZA 4B3SK 4DQSA 1X3NA 4OLAA 4FJ9A 3CCLN 5HRPA 3TSUA 2XHBA 3T7ZA 4FWQA 4KHWA 1U6ZA 5JS1A 3TABA 1IJJA 4YDUC 1QTMA 3MXIA 4JKFA 1RTDA 4PWDA 1RT4A 2HF4A 4FLWA 1EQYA 3ZSOA 2PFUA 1JCFA 1RT6A 5M1PA 4IDHA 2Q3SA 1C1CA 1KCFA 4WYBA 4JKAA 3O3GA 2E1ZA 2HOEA 5KRSA 2O8BB 1NJIO 4ZTJA 3MAQA 4OX9K 1RILA 5CYQA 4GKKK 2E6LA 2O8FB 3SUQA 1RBTA 1L3SA 4PUOA 3R3LA 5EU7A 2Z1JA 3SAHA 3ZT3A 2ASOA 1XC3A 2E2PA 4QS7A 2F8SA 1YJ9N 4EP5A 5AJ3K 4CK3A 3AVBA 3G4SN 4CF1A 3M5RA 1MWMA 1TKXA 3F9MA 2ZE2A 3CJ1A 1WUAA 1LWEA 4B1ZA 4KHYA 4QS9A 5ELZA 3LZIA 3FGUA 2W6LA 5HBMA 3ULDA 3F9KA 3THWA 3RVCA 4Z4CA 5EOYA 4WQ5A 4CGFA 1RT5A 1IBKK 3QIOA 4FM2A 4JK8A 4RW4A 2OA8A 4PKIA 3PX4A 4FWMA 2VQFK 3R1XA 4JHDA 3KLHA 4YOWA 1ZBSA 2WFBA 3VEXA 2KW4A 4JRPA 3CI5A 2HHVA 4DKWA 5D3GA 2WBNA 4IEIA 2OTJN 2PYLA 3I0RA 3FZFA 1W2BM 2UU9K 4FJ7A 4KHPK 2JWKA 2FXUA 2YV0X 3BY5A 1HNIA 3O3HA 4OKEA 2KQ2A 4JD2B 4CCHA 4KB0A 3VEYA 5GADP 4DS4A 5HLFA 4FWKA 1KRPA 4CHYA 2XY7A 3SQ0A 4DSEA 4OKKA 2YJFA 1JXEA 3W0LA 3E1YA 4Z94A 4DU1A 1MDUB 3ZSRA 3M8SA 4B3TK 3E9PA 3L4IA 4BGBA 1KTQA 3FFKB 2LSNA 3E9OA 1KD1O 2KFZA 4CE9A 4JKHA 4DR5K 5CZ1A 4CEOA 4KI6A 4IEEA 2PBDA 4OKJA 5KPZA 3U6FA 4TSXA 1RGIA 4FJIA 1R59O 1V4TA 3LWLA 4MO4A 1RTJA 4B9TA 3EYZA 1WN7A 1QQMA 1U2VB 1Q8IA 1MU2A 4AHVA 1UWBA 5LMNK 4OO1J 1IKXA 4I2PA 4O8UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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