4BQZA

Rat ntpdase2 in complex with mg gmppnp
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
b'PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 136
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bqzA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bqzA02
2GEMA 3WEEA 2CGKA 3DXMA 1V4TA 1NGCA 2V52B 4CZMA 3GL1A 3F9MA 2BTFA 2ZF5O 3M1FA 2NZTA 5BRFA 2OANA 4BROA 3I8BA 3BP8A 1GLAG 1SZ2A 5AFUH 1GLLO 3BEXA 3ATUA 1XC3A 2W41A 4HWIA 4JN4A 3VESA 4BRAA 2GUPA 2QWLA 3SLCA 2Q31A 3VF6A 1ATRA 4IO8A 3WXIA 4HTLA 5TKYA 4BC2A 1HUXA 3FGUA 3TU5A 3EZWA 5BRHA 4QS8A 5I9EB 1Y64A 2QWOA 5AQWA 3FZKA 1HJOA 5AQIA 1HKGA 3R6MA 2VYPA 3VENA 5KQDA 1KAZA 3LM9A 2YJFA 1RFQA 5BPNA 3MK6A 3MN5A 3CJBA 2IVOA 2YHYA 2NRHA 3HI0A 3ID8A 4K42A 3U4LA 1J6ZA 4QS7A 3QDKA 3TPQA 1LCUA 3AARA 3ZETA 4ISFA 3VF2A 3VEYA 4B1WB 4GNIA 3ZX3A 3H6EA 4H0VB 4CBWA 4BRGA 2VWBA 3BF3A 1BO5O 1NGGA 1NMDA 3BF1A 4WQ4C 4MO5A 5AZJB 2CGLA 3LDOA 4B1YB 4Y0WA 3WXKA 3CJ1A 4AM6A 1YAGA 5BRDA 4K43A 1HX1A 3WQUA 1S22A 3HM8A 3CJ9A 1NWKA 5ELZA 2Q36A 4PKHA 4H03B 2P9NA 4FWRA 3LDPA 4DB3A 4FWQA 3O1WA 1BOTO 2FF6A 2Q0RA 1GLJO 2E2PA 2F9WA 2HF3A 4IJAA 4EIAA 2A5XA 4WQ5A 1NGJA 3QFPA 4CZLA 2GWKA 1CZAN 4FL9A 2I7PA 4BR0A 2A3ZA 2AA4A 4B1ZA 3VGMA 5B8HA 4BGBA 5AQRA 4CZKA 3D7EO 4EHUA 1NBWA 1Z6RA 5ADXH 3L4IA 4MLEA 3CJCA 3EO3A 3IFRA 5BREA 4BRFA 3L6QA 2FSNA 1GLBG 5KPRA 4FWOA 2VCPA 3UB5A 1NGFA 4A2BA 5AQLA 5BPMA 3QICA 3RSEB 3SJHA 1RGIA 2P9LB 1HKBA 1Z05A 3I33A 3MN9A 1SAZA 4EFHA 3R8EA 1KAXA 2P9IB 2P9KA 3D2FA 4FWKA 4DCHA 2UYTA 1BWFO 2P9SA 2YCHA 2F9TA 5AQZA 2QWRA 3ZEUB 2YI1A 4BRPA 3FE1A 3UKUA 1RDWX 4BRNA 3ZX2A 5AFUA 4XH4A 4A61A 1HLUA 4IZ9A 4H0TB 3D2EB 4IXCA 1IG8A 1HPMA 4BRDA 2QW9A 1GLFO 1K8KB 5LJVA 1MA9B 1OKJA 4DQ8A 3GBTA 2ZWHA 1E4FT 4BVOA 4FWPA 1XUPO 1DEJA 3LL3A 3VGKA 4BRKA 4I6MA 3HZ6A 3MCPA 2ASPA 4RTFD 5JMVA 4YDUC 2E2OA 2BUPA 3CI5A 5AQTA 1BU6O 2ZGZA 3OHRA 1ZC6A 3A8YA 4JAXA 5FPMA 1BG3A 4ISGA 4BGAA 1QQMA 3VETA 1QZ5A 2DPNA 3A0IX 3GE1A 4BR2A 4CBUA 1TUUA 4M7XA 2HF4A 1BA0A 1TYQA 5BN8A 1U2VA 3QBXA 1YUWA 3CERA 4JD2A 3UKRA 3BUZB 5E84A 4O8KA 4FPBA 3WEEB 3EL2A 1V4SA 2GTDA 3DXMB 3JS6A 4H0PA 2D0PA 1DGKN 2CH6A 5AZIA 3KVGA 3DWLA 3LM2A 5AQJA 2QM1A 3WT0A 4BQLA 1G99A 1WOQA 4RCHA 5AQQA 3QB0A 4CZIA 2HOEA 4DHYA 4EHTA 5AQOA 4GY2B 2I7NA 2H3GX 3HBTA 2ASOA 5AQMA 5E26A 1Q18A 3LDQA 3M3ZA 1X3MA 3WUHA 4F9OA 5LJWA 3C7NA 3H45C 2V7ZA 3CETA 1MWMA 2P9PA 5AQHA 3GDQA 4A2AA 1IJJA 3HSCA 2D4WA 5AQNA 2P9UA 2A42A 2FXUA 4LC9B 5AQSA 4EAHD 3EN9A 3FZHA 3LDNA 5LY3A 4BREA 3ULEA 4B1UB 4CBXA 2D0OA 3DAWA 3EKSA 3KZBA 3U9ZA 4JHDA 5AQFA 3ZETB 1KXPA 3IUCA 1QQOA 4WQ4A 3L0QA 1NGAA 2ITMA 5FPDA 5AQXA 3S41A 1NGBA 3G25A 3ZX0A 5EVZA 4XH1A 3VEWA 3AY9A 3DXKA 4AM7A 4QS9A 3H1VX 1NLVA 2Q0UA 2ASMA 2Q97A 3VGLA 5AQPA 5F1XA 1ATNA 1NGEA 1TUYA 4H0OA 4BRCA 3IDHA 4PL7A 5F0XA 3MN6A 3O1BA 1LOTB 1P8ZA 2IIRA 4Z94A 1HKCA 4FWMA 2EWSA 2P9NB 3FR0A 5FPNA 4A62A 3MN7A 4BR9A 3WQTA 3A5LC 3A5OC 4H0YB 1YXQA 2IVNA 4NB4A 1T44A 3SK3A 1BA1A 4B1VA 3SMPA 3GOIA 2FLOA 2YHXA 3ATVA 1NGHA 1X3NA 4BC4A 3R9PA 3VEOA 2CH5A 2GWJA 3AAQA 2A6AA 4H0XB 1H1VA 1U6ZA 3KHYA 3CIPA 1GLCG 2E1ZA 3H3NO 4KBOA 2D1KA 3FFKB 3O5BA 3DJCA 1YVNA 1D4XA 4FOIA 2P9KB 3D2FB 3QFUA 3IMXA 3CJAA 3B8AX 3SMSA 5AQYA 4BRQA 2P9SB 3WXLA 4J8FA 5BR9A 4IWVA 1MWKA 1NM1A 3C0BA 4BG8A 4BR5A 3UKUB 2HMPA 3CQXA 4C23A 1R59O 2W40A 4BQZA 1QHAA 2E2QA 4H5RA 5KPTA 2FF3B 2V51B 5AZJA 3CJ7A 5JICA 3O80A 3VOVA 5AQVA 3EKUA 3VPZA 3ENOA 3VERA 3FZLA 2CGJA 1WUAA 1SQKA 3VF4A 3QMLA 4YDUA 2E88A 3O4WA 1JCGA 4WYBA 4FPAA 1T6DA 4BRMA 2ZGYA 4MO4A 4I6MB 3CQYA 4IJNA 1EQYA 4CZFA 4H5TA 1E4GT 2YHWA 4XEIA 4FOEA 3A5NC 4H5NA 5EOYA 1ESVA 4E1JA 3U9DA 1S3XA 3FZMA 4MLHA 4FWSA 3H46O 3WXJA 5ADXA 3ENHA 4WQ5C 2J4RA 5AR0A 3J8AA 5F2RA 2YJEA 3FZFA 3VEXA 5KPZA 4PKIA 3GG4A 4CD3A 4CI6A 1BDGA 1TYQB 4BR7A 1U2VB 4K25A 4B9QA 1KAYA 4JD2B 3UKRB 3UE5A 1BUPA 3MMVA 5AQKA 4L3QA 3RSEA 1JCFA 2P9LA 3P4IA 4JNEA 5KQ8A 3AAPA 5EY4A 1QQNA 2QWQA 5AZIB 2P9IA 2FSKA 2QXLA 2AP1A 4PL8A 3O6WA 4BRIA 4CZHA 4H5VA 2Q1NA 3VEVA 2A41A 2GELA 3VEZA 3ZEUA 2QWNA 5AQGA 4BRLA 5EXWA 1T6CA 3MDQA 1C0FA 3O08A 4CZJA 4ISEA 3CHWA 3H1QA 3D2EA 4CD1A 2PAVA 3C7NB 4FO0A 4M63C 2WUSA 2P9PB 2NLXA 4O5FA 2E2NA 1K8KA 1ZXOA 2QWMA 4XH5A 4FWNA 3LDLA 1ATSA 2IVPA 2P9UB 3H3OB 4M7YA 4RWTA 2FSJA 3U8XA 3W3DA 4B1XB 4CZEA 5AQUA 4BC5A 4BRHA 5BPLA 4FSVA 5JLHA 3JXUA 5BN9A 3A5MC 4BC3A 3ULEB 1DKGD 1QZ6A 1X9JA 1JCEA 3FLCO 4K41A 1NGDA 4JHDB 1GLEG 3QBWA 1MDUB 4H5WA 3HTVA 4PKGA 4FWLA 1ZBSA 2A40A 5FPEA 2PBDA 4NO7A 3DXKB 2Q2RA 2E8AA 5CE3A 3W0LA 2KHOA 1NGIA 4BVPA 1C0GA 4CJ7A 3M6GA 1XQSC 2E1YA 5JLFA 4CZGA 3O8MA 2E20A 1GLDG 5EX5A 4BG9A 4BR4A 2QWPA 2V7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GEMA 4FLWA 3DXMA 4M3XA 4FJIA 4Q5VA 4CIGA 3ZT3A 2JWLA 2NRWA 4IFEA 4KKOA 3NGZA 3TTFA 3CPEA 1GLAG 1SZ2A 1S6PA 3BEXA 2IS3A 4M3TA 1XC3A 4RW7A 4BRAA 2QWLA 4LF8K 4FZYA 1VQ5N 4DSFA 3TANA 2Q31A 3VF6A 2EX3A 1C0UA 4CGDA 2QI2A 4OO1J 3TU5A 1JLEA 3EZWA 2YV0X 1Y64A 2QWOA 1JXBA 3FZKA 1HJOA 1D9DA 2GX9A 2PFUA 3VENA 3LM9A 4DR4K 5J2NA 3EY1A 1EWQA 2IVOA 4DTPA 4K42A 4W5NA 2DY4A 2LSNA 3OYHA 1Q9XA 3AARA 4JKCA 3ZETA 5CYQA 2G8IA 3RMBA 4B1WB 4GNIA 3L2WA 1VQLN 1YF5L 3DMJA 1XC9A 3WXMB 1S5JA 1S1TA 3BF3A 2OPPA 4ELTA 4NCBA 3C95A 3ZSWA 1NKEA 4Y0WA 3WXKA 1VSJA 5DM7L 1YAGA 1LAVA 3CJ9A 2NRZA 5FRNA 1Z25A 4H03B 3VQCA 4DB3A 4NYFA 3NDKA 2E2PA 4IOCL 2A5XA 4JKEA 2BANA 2WFBA 4WQ5A 3V9SA 1L5UA 4F3TA 1D9FA 2IAJA 5AQRA 4EHUA 2E6MA 4B3TK 3CCRN 3IFRA 2NRXA 2ATQA 3EO3A 4HVJA 4WCEL 3CMAN 1KQSM 3L6QA 5KPRA 4FWOA 3JAMO 3G71N 3J7ZO 1IKWA 2KLAA 4FJKA 1S9EA 4CJTA 4KB1A 3I0SA 3VQ8A 3CCVN 3SJHA 1Z05A 5IWAK 3MN9A 1SAZA 3NH1A 3R8EA 5M1PA 1RTJA 3TWHA 1L3TA 3LP3A 2UXCK 3ZSXA 4FW1A 2P1JA 2P9SA 3CFPA 3KKRA 3O9RA 4CEZA 3ZEUB 1S6QA 3THYA 3FE1A 3KD5E 3NF7A 4CF1A 2VQFK 1VQ7N 3ZX2A 1Q82O 4XH4A 4LF6K 1HLUA 3U6FA 2HHSA 4H0TB 3B6PA 3D2EB 3HO1A 5HBMA 1BHLA 1IG8A 2QW9A 1QSYA 2BH1A 1K6YA 5LJVA 3C6HA 4LFBK 3ZT0A 3KWGA 4I9QA 3MWTA 4IDHA 4KV8A 3RWUA 4KHNA 1DEJA 1FKOA 2FBXA 5C0YA 3LL3A 4BWMA 3VGKA 2NUBA 3KJVA 3LP2A 1O13A 4CJVA 4RTFD 5C42A 2UUBK 4WF9L 3OA9A 2ZGZA 1ZC6A 3A8YA 3QINA 3DRRA 4H4OA 1BG3A 4BGAA 1WB9A 1QQMA 3T1YK 2DPNA 5GADP 1T8EA 2XHBA 3AO5A 3GE1A 3LWLA 3VA3A 1TUUA 5BN8A 1U2VA 2D0CA 3CERA 4JD2A 1J53A 3BUZB 5E84A 5C12A 3SI6A 3JS6A 2GTDA 2FBVA 2D0PA 3KVGA 5KRTA 1NK5A 2HHTA 2NRRA 1LW0A 1RT6A 1WOQA 2P51A 5AQQA 2I7NA 2YNHA 3QESA 1IO2A 1LW2A 1JLBA 3BDPA 2H3GX 1L3VA 3L3VA 3BZKA 5AQMA 1X9MA 3LDQA 3M3ZA 3Q7BA 3OS1A 3M8SA 5LJWA 4CGIA 3CCJN 3HSCA 2D4WA 2A42A 2RF2A 3AVAA 4JKAA 3AVIA 4KO0A 5AQSA 3LDNA 4BREA 4B1UB 3DAWA 3THXB 3ENBA 3K5MA 3D6RA 2HSTA 1HPZA 1JL1A 3O3FA 3C6TA 3PO5A 1QQOA 3L0QA 3V9ZA 5FPDA 4KPYA 3MX5A 3NVKA 3VEWA 3OYAA 2OTLN 2ZM6K 2QA4N 4FM1A 1N36K 4OPHA 2Q0UA 5AQPA 3RVCA 1R0AA 5F1XA 1NGEA 4BRCA 4BY9C 5F0XA 4U67L 3O1BA 2IIRA 2VWKA 1TAUA 2UUCK 4CESA 4A62A 5JS2A 4F2RA 3A5OC 1A5WA 4JK7A 4X66K 1W2BM 3G0ZA 4YY3K 4TSXA 1F21A 2YX6A 1NGHA 4Z4IA 3AAQA 3LP1A 5GAGP 4CECA 3JYTA 4FJJA 1JXEA 4H0XB 4OJRA 3LAKA 2ZE2A 1NNEA 1WSGA 2PZSA 2O8FA 2E1ZA 2UUAK 2B5JA 1IBMK 5T7BA 3NMUA 4DV5K 1NOYA 3FFKB 4IFVA 2HHVA 4YHHK 4NCAA 1VSEA 2P9KB 3D2FB 4FJ5A 1IBLK 4BRQA 1SKRA 3SQ0A 4LD0A 3WXLA 4CJ4A 3DRSA 1MWKA 4BR5A 5DM6L 3V9UA 2HMPA 4C23A 3E01A 4BQZA 5GAEP 1C1CA 4H5RA 1NOZA 4DTRA 1RTDA 3VQAA 2XY5A 3O80A 4Z4FA 3ID6A 1WUAA 3O4WA 4WYBA 2HMIA 3RRHA 4I6MB 4IJNA 3K0SA 1WBBA 4CZFA 4DTMA 1E4GT 3EE8A 4FOEA 3A5NC 4H5NA 2O8CA 1ESVA 4E1JA 3U9DA 1S3XA 1RCHA 1TAQA 1J5OA 3AVKA 3BY5A 4JS4A 3IAYA 3ENHA 3J8AA 2UXBK 3HOTA 5F2RA 3QIOA 4FJ9A 3FZFA 4IKFA 2R7YA 4CI6A 4BR7A 3DLLL 1YTUA 3QLHA 3K5OA 4KI4A 4K25A 4DV7K 4LF9K 1YTAA 5EU7A 3RSEA 2YKMA 3AV9A 4KHSA 4JNEA 4EP4A 1RT7A 3UIQA 3AAPA 5AZIB 2QWQA 1RT5A 4DWIA 4N41A 4CJSA 4DR7K 1NK7A 4PL8A 4M3YA 4DSLA 1O1WA 4AQYK 3VA0A 4OPJA 2QWNA 4CF8A 5EXWA 4A59A 1U4BA 3F2KA 3CHWA 1QSSA 3H1QA 2D0AA 1SL0A 4FO0A 4CEDA 4DSKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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