4BQZA

Rat ntpdase2 in complex with mg gmppnp
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 136
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bqzA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bqzA02
1TYQA 3D2FA 3QFUA 4CZJA 4JD2B 2YI1A 3CJ7A 4B1ZA 4F9OA 5LJWA 3CQXA 3KVGA 1T6CA 3HSCA 3L4IA 4BC3A 1Z6RA 3ZETA 4FPAA 4I6MB 1TUYA 1NGFA 2V7YA 5AR0A 1YXQA 2I7NA 3WT0A 2GTDA 5BN9A 4CBUA 5EXWA 2A41A 1BOTO 3MCPA 5AQJA 3DAWA 3DXKB 3ZEUA 3UKRA 5LY3A 3SMPA 1ATRA 2I7PA 3VETA 4FWOA 3TU5A 3HTVA 2AP1A 3ENOA 3I33A 4CZIA 2WUSA 5KPTA 3UE5A 1HKGA 3GG4A 5E26A 1G99A 1U2VB 3MDQA 1P8ZA 3MMVA 4H0OA 5B8HA 1D4XA 4BR0A 1GLEG 5E84A 3H1VX 3LDNA 3H3OB 4K43A 3UKUB 4M7XA 5FPEA 3WUHA 3P4IA 2AA4A 3LM9A 3BF1A 3SMSA 3O5BA 3C0BA 1TYQB 4BRLA 3VENA 2W40A 3D2FB 3MN6A 3GBTA 3GL1A 1E4GT 3DWLA 3M6GA 3EL2A 2YJFA 1NGGA 4QS8A 1HKCA 3EN9A 2QWMA 4C23A 1C0FA 4CZKA 2FXUA 2GELA 4QS9A 3O6WA 5KQDA 4H0VB 4BRHA 5AQYA 3ZETB 1U6ZA 2HF4A 3QBXA 4BR4A 4YDUA 3FZKA 3U4LA 4BROA 3FZLA 3LL3A 1SZ2A 3CJ9A 1BG3A 3UKRB 2QWOA 4A2BA 1BA1A 1J6ZA 2V51B 3LM2A 2QWLA 1SQKA 1X3MA 4CZFA 5AZIB 2FF6A 3U9DA 4XH5A 4B1XB 1NMDA 1ATNA 3SK3A 4FL9A 3EKSA 1BO5O 3VF4A 3H6EA 4FWMA 5BPLA 5AQSA 4JHDA 5ADXA 3VESA 4BRNA 2E1ZA 1HLUA 3FZMA 3HBTA 1XQSC 3VPZA 1Q18A 5I9EB 3FZFA 1RDWX 1MDUB 4BRKA 2D0OA 3CIPA 4FOEA 1X3NA 1ZBSA 1HPMA 4XH4A 3UKUA 3CHWA 3VERA 1QHAA 5AQRA 4BC2A 3VEXA 5AQIA 3WQTA 1MWMA 3TPQA 3WQUA 3CJBA 1V4SA 3VOVA 3J8AA 4BC4A 3W3DA 5AQQA 4CD1A 5AQWA 2IVNA 5BRFA 1JCFA 2E2NA 4FWNA 1NM1A 4BGBA 3VF2A 3A5NC 3O08A 3FE1A 4H5RA 3ULEA 2P9KB 1ZXOA 3AAQA 1KAXA 4FWSA 1OKJA 2NLXA 3R6MA 2D0PA 4H0PA 1R59O 2ASPA 3ZX3A 4WQ4A 4EIAA 4NO7A 4H0XB 4IO8A 3FGUA 3CI5A 2A5XA 2ZGZA 4FWPA 2YJEA 4H03B 4RTFD 4FWRA 4RCHA 3VGLA 1GLDG 2QXLA 3R8EA 1NGEA 3FFKB 5JMVA 1GLCG 1CZAN 5BREA 5F0XA 2P9PA 3A5LC 4JHDB 2HF3A 2P9NA 4CBWA 5AZIA 3O8MA 2YHYA 2E8AA 3LDPA 2A42A 5AQPA 1NGDA 3WXIA 3VGKA 4CJ7A 4MO5A 4AM7A 4FO0A 3BP8A 4B1UB 4BRPA 1NGJA 2D1KA 2OANA 1K8KA 1QZ5A 4YDUC 3MN9A 3B8AX 4BGAA 4WQ5A 4H0YB 3GE1A 1DGKN 4PKIA 1DEJA 4EHTA 3WXLA 4WYBA 2FLOA 3HZ6A 2F9TA 3MN5A 5EOYA 4GY2B 2E20A 3S41A 2QWPA 2IIRA 3OHRA 4ISFA 3ULEB 3IFRA 3U8XA 1MWKA 3KZBA 4PKGA 4NB4A 4CZEA 3VEYA 2E88A 3KHYA 4B9QA 1SAZA 3CERA 1NLVA 4FWLA 4K25A 4BREA 4DQ8A 5ADXH 1ATSA 2E1YA 3QFPA 3CJAA 3WXKA 5KPRA 3EKUA 2P9KA 3AY9A 3MN7A 2E2OA 3QBWA 1NGHA 3ZX0A 1LOTB 1KAYA 4HTLA 4M63C 4Y0WA 2EWSA 5AQFA 1HUXA 1TUUA 2ZGYA 1Z05A 2P9PB 3QDKA 5AQTA 3VEVA 1KXPA 1T44A 2CGLA 4EHUA 2P9NB 5KQ8A 1H1VA 2J4RA 1EQYA 3F9MA 2Q2RA 3M1FA 3VGMA 4BRCA 3GOIA 5AFUA 3ATUA 4B1YB 1GLBG 2Q0UA 3O1BA 3L0QA 3O80A 3G25A 3BF3A 2E2QA 3CQYA 1NGAA 1K8KB 5EY4A 4O8KA 4IZ9A 3A0IX 5F1XA 4IWVA 3ATVA 4LC9B 5JICA 4EFHA 2P9SA 5AQOA 4BRGA 3RSEA 1XUPO 5FPDA 3VF6A 1WOQA 2DPNA 1JCGA 3H3NO 4K41A 5BN8A 3VEOA 4M7YA 3IMXA 4DB3A 4MO4A 4BC5A 3ZX2A 2P9LB 2A6AA 1NGIA 4PL8A 2QWNA 3IUCA 3D2EA 1V4TA 1QZ6A 3R9PA 3FR0A 4Z94A 4BVOA 3LDLA 3VEWA 4BR9A 4GNIA 1LCUA 3SLCA 4DCHA 3A8YA 2Q31A 3FLCO 4BR7A 1QQNA 4KBOA 4MLHA 2H3GX 3AARA 4XH1A 1YUWA 2E2PA 1IG8A 3QICA 1YAGA 2HMPA 2W41A 1RGIA 3JXUA 4JN4A 3VEZA 1GLAG 4FPBA 4EAHD 5CE3A 2NRHA 1GLFO 2Q0RA 4WQ5C 3JS6A 4CZHA 1C0GA 3DJCA 3M3ZA 2IVOA 3WEEA 3I8BA 5TKYA 4BRAA 1KAZA 2A40A 5F2RA 5AZJA 2QM1A 4BQLA 2QW9A 5EX5A 3EO3A 2Q36A 1DKGD 4A2AA 2P9IA 3CJ1A 4AM6A 2V7ZA 4BG8A 3CETA 2VYPA 4BRIA 3H1QA 4BRQA 4L3QA 4BR2A 3BEXA 2P9SB 5AQHA 3RSEB 2GWJA 3SJHA 4RWTA 1XC3A 5AQGA 2UYTA 3FZHA 5AQMA 3C7NA 5JLHA 1JCEA 2YHXA 1NGCA 4H5NA 1WUAA 2P9UA 5LJVA 2ASMA 2CGKA 3D2EB 2Q97A 4BRMA 3HM8A 4ISEA 4XEIA 5ELZA 4JAXA 2P9LA 3A5OC 3O4WA 5AFUH 2YCHA 5FPMA 2VCPA 3U9ZA 3H45C 5BPNA 5BR9A 4JNEA 3CJCA 5AQXA 2HOEA 3L6QA 4J8FA 2A3ZA 2QWRA 4CZLA 4PKHA 5BRDA 2ASOA 3DXMB 1Y64A 2D4WA 2FSKA 4B1VA 4FWQA 3A5MC 2Q1NA 4IJNA 1BUPA 2CH5A 4H5WA 2YHWA 5EVZA 5BPMA 2IVPA 3QMLA 1ESVA 4K42A 4CD3A 1YVNA 5FPNA 3LDOA 2KHOA 3ID8A 5JLFA 1S3XA 3WEEB 3ENHA 1X9JA 4CBXA 2GWKA 4HWIA 4E1JA 3GDQA 5AZJB 4IXCA 1HKBA 1NWKA 2CGJA 3O1WA 1BWFO 1E4FT 2GEMA 4BVPA 1BDGA 4JD2A 5AQKA 2P9IB 4PL7A 5AQLA 1MA9B 4BRFA 2FSJA 5KPZA 1BU6O 2FSNA 5AQNA 1HJOA 4BG9A 1T6DA 4B1WB 3H46O 2F9WA 3ZEUB 4I6MA 3IDHA 2BTFA 2ZWHA 5AQVA 4H5VA 2CH6A 4WQ4C 5BRHA 3C7NB 4MLEA 4FOIA 4O5FA 4ISGA 2ITMA 1GLJO 3DXKA 4CZMA 2P9UB 1QQOA 1S22A 4FWKA 2FF3B 1RFQA 1IJJA 1GLLO 4QS7A 1QQMA 4BQZA 4IJAA 3LDQA 3AAPA 1U2VA 4DHYA 4H0TB 2PAVA 2BUPA 4BRDA 2VWBA 4A62A 2PBDA 3EZWA 1BA0A 3QB0A 5AQUA 3HI0A 4CZGA 3BUZB 1HX1A 3D7EO 2GUPA 3WXJA 4FSVA 4H5TA 2V52B 3W0LA 4BR5A 1NBWA 4CI6A 1NGBA 2QWQA 3DXMA 3MK6A 3UB5A 5AQZA 1ZC6A 2NZTA 2ZF5O 4A61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQA 4N56A 3D2FA 3ZSQA 3CJ7A 1OH7A 3H08A 4BC3A 1Z6RA 3AO1A 1HNVA 1TAUA 4YFUA 3KLGA 4KTZA 4FM0A 4DSLA 3OVNA 4KTWA 4E1NA 2GUIA 1EKEA 2GTDA 1MU2A 2A41A 1JXBA 4E7IA 3NGYA 1ATRA 4M41A 3PIOL 3TU5A 3SQ2A 3NH0A 5M1KA 2AP1A 3ENOA 4Z4FA 5D3GA 3VA0A 4OPHA 4DMNA 4CHNA 3GG4A 2XY8A 4Y1DA 4LD0A 4H0OA 1P8ZA 5B8HA 2OPSA 3VTHA 2B4JA 1YHQN 1GLEG 5E84A 3H1VX 3V9XA 2QXFA 3RRGA 4E19A 4PHTX 1FW6A 5LMNK 4JI5K 4HUGA 4CFCA 4M3WA 4CJLA 1JLEA 3MWTA 3MN6A 2UUCK 3CC2N 4TSXA 4QS8A 4K0KK 2YNIA 3EN9A 2VWJA 3O4NA 2FXUA 4QS9A 4KI4A 3O6WA 3KWIA 4H0VB 4BRHA 1QQCA 1HNIA 1VSFA 1UWBA 3DLBA 4IDHA 4YDUA 1IBLK 3OYNA 4KHUA 3O9SA 3O9RA 4JLHA 3P83D 4ILJA 4FW2A 2NRVA 3R3LA 1SL1A 3OYBA 4BDYA 4A2BA 3KTQA 3L3UA 3ZLJA 3PSIA 2HW3A 4B9UA 4MFBA 3CPWM 4CIFA 4PWDA 3M5RA 4AHTA 3O9TA 4NCAA 2FF6A 4JRQA 2O8CB 4BWJA 5BR8K 5DM7L 1ATNA 4FL9A 4NLBA 3CCMN 3J7AP 3SAGA 2BE2A 4LH5A 3H6EA 4JI0K 4H4OA 3NHGA 1NKCA 4JK9A 1BCMA 1D9FA 1Q18A 2O8BB 1ASVA 1KC8O 3RMBA 3ZCMA 2NRXA 1ZBSA 3ZYYX 4XH4A 4GKKK 3UKUA 3U3YA 1OVQA 1ZBFA 3OTOK 4AHCA 4BC2A 3TPQA 3PLAA 3EE8A 3MEDA 1V4SA 4FVMA 3J8AA 2HHWA 3W3DA 4GKJK 3F73A 1HYZA 1YF5L 1BI4A 4DG1A 4OX9K 2E2NA 4FWNA 3WNGA 3I8DA 4MDBA 3SUNA 1QE1A 3O08A 3ULEA 1KRPA 2P9KB 4CHQA 3QEIA 4DTXA 4H0PA 4OLAA 4EIAA 4DV2K 4DTJA 3C6UA 2A5XA 3HPOA 4FWPA 4H03B 4U67L 5H1SQ 3VGLA 1YI2N 4FLYA 1GLDG 4ID5A 5M1OA 3P38A 1DTQA 1BL3A 1CZAN 2KZMA 4FJJA 5F0XA 4CJSA 1YJWN 1EX4A 4A5AA 2RE2A 5AZIA 3E9OA 1RILA 1NGDA 4CJ7A 1C0TA 3PX4A 4FO0A 1RT1A 2O4IA 2YNFA 3MN9A 1Q86O 4BGAA 4FLXA 1IO2A 1ASWA 2DTUA 1DEJA 4I7FA 3WXLA 1IKVA 3CG7A 4J2DA 1S1UA 3CCQN 3HZ6A 2F9TA 4JKGA 5EOYA 1KTQA 3QNNA 2E20A 3P1GA 3NAEA 1EO1A 2QWPA 4DV7K 3IFRA 3ASMA 3KZBA 3HPGA 4B9QA 1SAZA 3CERA 1NLVA 4FWLA 4BREA 3TAGA 2E1YA 4FLZA 4HUEA 3EKUA 2B5JA 1RTDA 1RT4A 4FJMA 3F5TA 3AY9A 4CFBA 1NK6A 1NGHA 3O9UA 3RMAA 4IDKA 5CYMA 4Y0WA 4E0DA 3MECA 1LWEA 3NVMA 4CFAA 3HJFA 2Z1GA 2ZGYA 1Z05A 5KI6A 4LF7K 3QDKA 3NF8A 1T44A 2CGLA 2KTQA 1SKWA 1XWLA 2P9NB 5KQ8A 2HNYA 1H1VA 1EQYA 3OYEA 3VQ4A 3GOIA 4ID1A 3ATUA 1TGOA 3O80A 5KGWA 1LW0A 4YORA 3MCAB 3OYLA 1NGAA 1TK8A 2P5OA 4IZ9A 3A0IX 5CY4A 2O8DB 4CF0A 5F1XA 4O4GA 5SZTA 2QI2A 3VF6A 4FJXA 4DR3K 3NVKA 1JCGA 3H3NO 4O5BA 3U3GA 4K41A 4C1NK 3IMXA 1EXQA 1ZBHA 4QAGA 2RPIA 4WCEL 3IUCA 3O3HA 1V4TA 4JI1K 2G8IA 3QEXA 4KAZA 4B9LA 4H4MA 4BVOA 3VQ5A 2A1RA 4KRFA 1LCUA 4DCHA 3A8YA 3FLCO 1QQNA 4KBOA 3AA2A 3N4QA 2W41A 3JXUA 1Y97A 1GLAG 4NYNA 1QTMA 2IGIA 3QERA 3AVAA 5CE3A 2NRHA 2Q3SA 4B3OA 3JS6A 3OJSA 4IBNA 4J2AA 1LW2A 1C0GA 4ZTJA 2G8WA 2HHXA 3M3ZA 3HXMA 2ZJPL 1JKHA 3I8BA 4BRAA 3HK2A 2A40A 3TTDA 4NCBA 5AZJA 5GAHP 3K59A 1XHXA 1IBKK 3CJ1A 4AM6A 4BG8A 4CJVA 3J80O 4RG8A 1N5YA 2VYPA 4BRIA 3H1QA 1WSGA 4ILHA 4BRQA 4BR2A 1W97L 3BEXA 3T7ZA 3ZSZA 4OPAA 3RSEB 3SJHA 4W5RA 1RBRA 3O4QA 3OYMA 3FZHA 3MXJA 4E7LA 4FLTA 3O3FA 4ISEA 4FJGA 3F2KA 5SWMA 3CCSN 1TV6A 1YVUA 3M8RA 2YCHA 1T7PA 3U9ZA 2A1SA 3MWPA 3PUFA 4CJ4A 5BPNA 5BR9A 1NK0A 3CJCA 3SV4A 2QWRA 5HRPA 1Q81O 3DXMB 1Y64A 4B1VA 2E5LK 3QETA 2ZM6K 3A5MC 2HBKA 3PIPL 3N4PA 4CJUA 5HP1A 1A5WA 1RT7A 3QLHA 2XY6A 4KB0A 5EVZA 3C95A 3BDPA 3AVCA 4CK3A 1ASUA 2F8TA 4BY9C 1E3MA 1QVFM 3D0PA 3SUPA 1X9JA 4CBXA 1CXUA 2GWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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