3G71N

Co-crystal structure of bruceantin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 41
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g71N00
1YI2N 1YJ9N 1YJNN 1VQ9N 4IOAL 3I56N 4UY8O 1KQSM 3DLLL 3CCEN 3CCQN 4WFBL 3CD6N 1VQLN 1VQMN 3CCSN 4IO9L 1YJWN 1YHQN 1VQ5N 1VQ8N 4WFNL 3CC4N 1KD1O 3CPWM 1NJIO 1VQ7N 5GADP 5GAEP 1Q86O 2OTLN 1YITN 2ZJRL 4IOCL 5JVGL 2QEXN 1K73O 1QVGM 1Q82O 4WF9L 5GAGP 1VQNN 1N8RO 1VQPN 3CC7N 5DM6L 3PIPL 1K8AO 5GAHP 2ZJQL 5MLCQ 1VQ6N 1VQ4N 5DM7L 3CCRN 1QVFM 3CCJN 1M90O 3CCUN 1Q81O 3J7ZO 4U67L 1JJ2M 1KC8O 2ZJPL 3CMAN 4WCEL 1Q7YO 3CCMN 1VQKN 3G4SN 5JVHL 1S72N 2OTJN 3G6EN 1OVYA 3CC2N 3CF5L 5HL7L 1ILYA 3CCVN 3CCLN 2QA4N 1YIJN 3G71N 3PIOL 1M1KO 3OW2M 3CMEN 3CXCM 5H1SQ 1W2BM 4WFAL 3I55N 1K9MO 1VQON
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVJA 4JLHA 4H4MA 4DSKA 1RT6A 4DCHA 3NHGA 2Q97A 4QS7A 2KFZA 3V1QA 4U7BA 2D1KA 5C25A 3H3NO 1Q9YA 4A62A 4WFBL 4X64K 5KPTA 4E7IA 4CECA 1A5XA 4OKKA 3EZ5A 4H0PA 3VQ6A 4KHYA 3V9ZA 1HJRA 2KLAA 3AVLA 4DFMA 3PV8A 3MECA 1DKGD 4G9ZA 1WB9A 1S22A 3H1QA 4BWMA 4CEZA 3ZT4A 4IOCL 4FJGA 4CFCA 4CJ3A 4KV8A 2I7NA 3DMJA 5LL6Z 3WUHA 4CK2A 1N8RO 4ZHRA 1RDUA 2GX9A 4DTUA 3SMPA 4V19S 4BC5A 1U45A 5GAHP 2YKNA 3SBTA 1D4XA 4BC4A 5FLXO 3DI6A 3O1BA 3TPQA 4EP4A 4A57A 4ELVA 3DAWA 3ULEB 4PHTX 4CEEA 3DRPA 1RTJA 3TSUA 1M90O 3WXIA 4J2AA 3ZEUA 3RMDA 3SAGA 1Q81O 5HRRA 2F8SA 3NF9A 3PUFA 3F9KA 2HVHA 1X9MA 4ZTJA 3NF8A 1P90A 2E8AA 2KFNA 3KJVA 2YNGA 3O9QA 1RBUA 1TKZA 4DS5A 2NNWA 4I9QA 2Q0RA 1GLCG 5BN8A 2A1RA 3WQTA 3H3OB 2QA4N 4FZXC 1MA9B 4JHDA 1I39A 2VWKA 4ID5A 3CFRA 2D0OA 3LDNA 4JAXA 4B3OA 3WNGA 5JLHA 1KAXA 3OYHA 3EZWA 4M3YA 1U48A 2D4WA 4MFBA 2FBXA 1EETA 3D0PA 1VQ9N 4I6MA 5AQFA 3K5NA 3CPEA 4DSFA 4GV3A 1BIZA 1HNIA 1C0UA 3B8AX 1N36K 2KKZA 1XUPO 4A2BA 4KH5A 2DFFA 1D5AA 1VSDA 3HJFA 1SV5A 3SV3A 4EFHA 3RR8A 4FJIA 1XNQK 4FWOA 2O8FB 1NKEA 4JYAK 1TAUA 4AH9A 1ATSA 3OYNA 4PA1A 3E9OA 5J2QA 1HYSA 4OLAA 3OYCA 1RDBA 1YVNA 4KREA 3RMBA 1RDCA 1V4SA 3ASMA 3A2FA 2A1SA 5KQDA 1WNSA 1BI4B 3TR8A 3HM8A 4M41A 3VGLA 1Z6RA 3K2PA 3QO9A 1WAFA 3HZ6A 2IOCA 1HKGA 2O8BB 4FM0A 1K8AO 2BUPA 2JWKA 3QIPA 3ZSXA 2V7ZA 4PQUA 5AZIA 1HYZA 4CD1A 3E01A 1HUXA 2ZD1A 3LPTA 4Z94A 1KSPA 4YFUA 3AO2A 4JK7A 1WSFA 2HBLA 1JJ2M 4HUGA 1C0MA 3KKRA 3O9UA 4KRFA 1T6CA 4KHPK 1HR0K 4O0IA 3AVNA 3AGRA 4O55A 4B3RK 1TGOA 1LWFA 1VQKN 3HOSA 5JVHL 4O5BA 3VN5A 1OVYA 3LANA 4IXCA 4DKWA 2HOEA 4CFAA 4BRLA 1JL1A 5AZJA 1RT7A 3Q7CA 3VPZA 5AQKA 3VOVA 5CHIA 4Q5VA 3BEXA 1NK0A 2QK9A 3A5LC 1IG9A 3UKUB 1YIJN 2E2OA 4FLUA 4WE1A 4J8FA 1IBMK 3UKRB 3LAKA 4BC3A 2D5RA 1NM1A 1V4TA 3SPZA 4BRIA 3JAMO 1VSEA 1X9WA 4BRQA 3AGKA 1IKVA 4E7HA 4DLGA 4B9VA 3H45C 4NXNK 1REVA 1WUAA 4Q0BA 1XC9A 1BCMA 4B1YB 3JSMA 3CFOA 3A0IX 1XMOK 3KK1A 4EHUA 3A8YA 1B92A 1S6QA 2RE2A 1Z25A 4ILHA 4IO9L 4KI6A 2WTUA 1ZBIA 2O8CB 4B8CA 1HNWK 1LW0A 5F2RA 4CGIA 2IDOA 2P9KA 4JKAA 4JI7K 2P1JA 4JKBA 3BY5A 3SJHA 2O8EA 4M3XA 2KW4A 3LDQA 1Q86O 5KGWA 4N56A 3A5NC 4FJ8A 4LF6K 2WBNA 1KXPA 5AQMA 3S3MA 1NJXA 4LF5K 2HBMA 1T3VA 5M1PA 1JXBA 4FW2A 3P39A 2IIRA 4XH5A 3MEEA 5HRPA 3QFUA 4BWJA 5ADXH 1KAZA 2FBYA 2NRTA 3UIQA 4B3SK 2DPNA 3WXLA 4CK3A 4OGCA 4WQ4A 3VEVA 3THWB 3MEGA 4U67L 3TTCA 2E6MA 2GBZA 3ZX0A 2GEMA 4DFKA 4BRPA 4F4KA 1LW2A 1WSEA 1NLVA 4FO0A 4FCYA 2VWJA 3CHWA 5CZ2A 5JICA 3QLHA 3L2WA 3PO5A 2VG7A 3AVKA 4ILGB 4BE1A 4OGEA 3C6TA 4FLTA 1FJGK 3ZX2A 4BREA 4FLZA 1HKBA 3WNFA 4FYDA 3NAEA 3LZJA 1JKHA 4CEBA 1M1KO 4BR7A 1NGBA 2E4LA 1NKCA 4CHQA 1VRUA 1SQKA 1J6ZA 1HPMA 4CJSA 3AVBA 5A2QO 3FR0A 5ADXA 4R5PA 2WC9A 4DQRA 3O5BA 4PKGA 2P9UB 3SAFA 4Z4CA 4DFJA 4DSLA 2P9PA 3EE9A 4CBUA 2F9WA 3LZIA 2E2QA 1ZC6A 3D2EB 4GVEA 4LH4A 1NOYA 1VQLN 1NU0A 5I42A 4RTFD 4KHUA 3DXMB 4IDHA 4Z4GA 4CZLA 1TV6A 1BQMA 4KI4A 3AV9A 4QAGA 1E4FT 4E7KA 2IGIA 4DTXA 3OYJA 2E2PA 2ETJA 2OTLN 3QICA 4B9QA 4EAHD 4FJXA 4YOYA 1OH6A 4CERA 2XHBA 4DQPA 1TL3A 5M1NA 3NCIA 3IFRA 3LDOA 1EWQA 4M42A 2A5XA 5KQ8A 5DM6L 1WSIA 2OPRA 2VG5A 3FZKA 2P9LA 4AHVA 2NRRA 1X1PA 1RT1A 5GINA 5C2FA 3HT3A 2PYLA 4CZJA 3OYAA 2HHUA 3ENBA 3LM2A 4YY3K 4E3SA 3AA3A 1T6DA 3ZX3A 2QTDA 2IS3A 1RBVA 5AQOA 4W5TA 3OYGA 4DV7K 3NMUA 2YX6A 3ATUA 1BO5O 2V7YA 2G8WA 3RTVA 3MXJA 3MCPA 1LV5A 4B1VA 3DLHA 1MWMA 1ILYA 4B08A 2Z1JA 3O80A 2IAJA 3U4LA 5GIOA 1EWRA 4IWVA 3ZT2A 2QXFA 3ALYA 2E20A 2XY6A 4LFAK 3SK3A 3R3LA 4JRPA 2GELA 5EX5A 3L2VA 2BTFA 4W5NA 2QWMA 4JI6K 3CMEN 4JKGA 4WFAL 3IRXA 1TKTA 4DUYK 4CK1A 3G10A 3P31A 2PYJA 3KTQA 3R6MA 4IZ9A 3LDSA 4FK0A 2G8VA 4RW9A 2WUSA 4IG0A 1NGAA 3TTFA 4JKEA 1IKWA 1DEJA 1YT3A 1VQ5N 2O4IA 1CXUA 4MQ3A 1SZ2A 5BPNA 4LF7K 3DYAA 3M6GA 3CQXA 4ZTFA 4CJ7A 1N6QA 3VQ9A 2P9IB 2GV9A 2W40A 3CM6A 3OYLA 5ELZA 4QCLA 4XIUA 1S1UA 2GWKA 5LJVA 5LMNK 1D9DA 4CJKA 1U2VA 4K8XA 3OHRA 4JK8A 1KFSA 4B9SA 3JXUA 3SQ2A 3MX5A 3TU5A 1RDWX 3HSCA 1EXQA 1MWKA 3NF6A 2NRWA 1HMVA 5C0YA 1OKJA 1JLFA 4YNQA 3HL8A 2P9SB 2G8IA 4DQSA 1RT3A 3KLGA 2F96A 3QERA 1OH7A 1QHTA 1S5JA 2J4RA 3K5MA 3VTIA 3CMAN 3WXMB 4N5SA 3VEXA 1TK5A 3EO3A 4BY9C 3U9ZA 1HX1A 4UQGA 1U4BA 2YI1A 4CJFA 4CGFA 2YJEA 1ATNA 4BRFA 4PL7A 1BUPA 1Q8IA 1E4GT 4OJRA 2BE2A 4FWQA 4BC2A 4CHZA 4DV4K 3ZSWA 4LY7A 3KWGA 3CXCM 1LWCA 5H1SQ 3DLKA 2HBJA 1RTHA 4HTUA 3T19A 3SAHA 1EX4A 1S9GA 4AHCA 4BDPA 1B9FA 1RDAA 2CH5A 3I56N 1N32K 5HROA 3M8PA 4CEAA 3P38A 1YUWA 4H5RA 2IVOA 4DR7K 2Z1IA 1S6PA 4QOZB 3QIOA 3QDKA 3ZLJA 2I5JA 4I2QA 4DU3A 3I0RA 2Z1GA 3QINA 4HWIA 4KTZA 4LF8K 2QXLA 4ICLA 3CJBA 4OKJA 3O3FA 4NCGA 1TYQA 3MX2A 1MU2A 3J7AP 3ZETA 5JS2A 3M8SA 1W97L 1YVUA 1RBRA 3LWLA 3O4WA 2ATQA 2IVNA 1WAJA 4KTWA 2G8FA 3PSFA 3FZLA 4HTLA 3V9SA 1Q82O 5AQZA 1GLDG 3BUZB 5F1XA 3AVAA 2GUPA 4H5WA 5CY4A 2HF4A 3THXB 4BDZA 4JI4K 2AJQA 2YNHA 2PY5A 4ISGA 2CGKA 3LP3A 2BANA 2UYTA 2O8DA 3E9PA 3KLIA 1RBTA 3O9SA 1NK8A 2FSNA 4C8MA 4JV5K 1XMQK 4CF2A 3NVKA 3TAEA 1ASWA 1BI4A 1NK9A 1OH8A 5DMRA 4K25A 3V4IA 4LSLA 3WEEB 4Z4HA 4NLBA 5AQVA 1GOBA 1RT2A 3G4SN 3DOLA 3RRHA 1CZAN 3SUQA 1N34K 3T7ZA 4FZYA 3OJSA 4H8KA 3OYDA 4C1NI 3P1GA 1YAGA 4E1JA 4OPJA 4JD2B 4IO8A 4CW7B 2X78A 4RWTA 1QSLA 3RSEB 4H0YB 4BE2A 2IC3A 3N4QA 3WXJA 1RTIA 4I7FA 1G99A 1VSIA 3K9JA 1ZBUA 4PKIA 4YORA 4IFYA 1YI2N 1I94K 3TI0A 4Z4IA 2DTUA 5AQTA 3RMCA 3OY9A 4LF4K 4GVMA 3DLLL 3T69A 1IV0A 4BQZA 3BF3A 1QZ6A 1EP4A 3B6OA 5KRTA 3ULDA 1KVAA 3KLHA 3SI6A 2P5OA 4FWNA 3PX0A 4DU1A 3L2RA 4WQ4C 3L4QA 4YDUA 2NRXA 4GV6A 5LMUK 5BR9A 2Q31A 1P8ZA 5AQPA 2P9NB 2D0PA 3GOIA 5AQNA 4B9UA 3C95A 4X66K 4DV6K 1S1WA 3NGZA 4BGBA 4LFBK 3TAPA 2UUBK 4ELTA 1QQNA 4FJJA 3F73A 2WOMA 2X6SA 3SPYA 1C6VA 3T1YK 3RRGA 3VETA 4BR0A 3L4IA 2ZGZA 3CCJN 3O4QA 4KH4A 3S3NA 5EU7A 1KFDA 5BREA 3LDPA 3O08A 4IFVA 5C10A 1TAQA 3AA2A 3H08A 4DTOA 3C7NA 2IVPA 4ELUA 3LM9A 3ZYYX 2HBKA 4WCEL 2ZWHA 1L3VA 4PKHA 2NRHA 5LJWA 1W9HA 4I9LA 4WQ5A 3SCXA 3KKSA 1JCGA 3NGYA 4FWMA 4KH6A 3HYFA 1NWKA 1QHAA 2NUBA 4Z4FA 1JLEA 1T7PA 4M3TA 4IKFA 4JI8K 4AM7A 4NCAA 1FXXA 1BQNA 4DF8A 1Z05A 1DGKN 4LD0A 4YOTA 1TKXA 3C6UA 3M8RA 2YHXA 4FOIA 4EHTA 2FBVA 1W2BM 3I33A 1BOTO 1BIUA 4DQQA 4O4GA 3MN9A 3P5JA 1YJ9N 3NH2A 1C0TA 1SKRA 3ZEUB 3GG4A 2OYQA 2HHQA 4M45A 4N47A 4DSJA 2G8HA 3THYA 1O1WA 3MWPA 4X62K 4B1XB 1X3MA 2VYPA 3HTVA 4IEEA 4DSIA 4WFNL 3CJ1A 1ESVA 2VGMA 1KD1O 3I8DA 2G8KA 2RHKA 3VA3A 3CM5A 1RGIA 3G0ZA 4JHDB 2A42A 4ISFA 1NGFA 4GKKK 2UXCK 2D0BA 4CFDA 4MDAA 3M3ZA 3D2EA 4EP5A 3O1WA 1L3UA 5FDLA 4J2EA 1VSLA 4CJVA 2QWLA 3EKSA 3QMLA 3RWUA 5FRMA 3ZT3A 2QWRA 1HLUA 1D9FA 1VK0A 3ZT0A 5E26A 3CCRN 1XHZA 5AQLA 1I3AA 1O13A 4LSNA 1EKEA 3CJAA 1KC8O 2ZJPL 4CF0A 4CZKA 4CIEA 3DLGA 5GIPA 3HM9A 1SAZA 2A40A 4AHRA 3O3HA 3G6EN 1NGCA 3OS2A 5BRFA 1VRTA 4HVJA 5JLFA 1ZBFA 2W42A 4C8NA 1A5VA 3DJCA 2HB5A 1BL3A 3WQUA 1BA1A 4HCBA 3OYEA 4FJLA 4ISEA 3FGUA 2ZGYA 3W3DA 1TKDA 3CQYA 4DB3A 3SBGA 1HNZK 4N41A 4DR3K 3ATVA 3OYBA 2OPSA 4JI5K 2RPIA 3QBXA 2KTQA 5AZIB 3SNNA 1S3XA 3ZSQA 4XH1A 4CCHA 4R79A 2QKKA 3SLCA 4CHNA 2BH1A 4IDKA 3E66A 4RCHA 4HCCA 2HHWA 3MWTA 1SS6A 3J80O 3KK3A 4F3OA 3CD6N 2PFUA 2WONA 1J54A 3VQPA 3D2FA 4C8OA 4IOXA 4A5AA 2E2NA 5KPRA 1VQ8N 4CEFA 1U47A 2AP1A 3KD1E 3LL3A 4DTSA 1JCFA 3F9MA 4M3WA 4OLBA 3VA0A 1LAWA 3ITHA 4CBXA 2NZTA 5JVGL 2HHXA 4M7YA 5TKWA 3HPGA 4E19A 1NGJA 2AA4A 3KZBA 2H3GX 3SQ1A 1K8KB 2ZQBA 3OYFA 1HPZA 3CJ9A 4OVLA 1IO2A 1GLEG 3EY1A 2X74A 3ZSZA 2P51A 2XY5A 3DM2A 3QEIA 1W7AA 1X9JA 2HHHK 5D3GA 4MLHA 5AQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YI2 N;  1YJ9 N;  1YJN N;  1VQ9 N;  4IOA L;  3I56 N;  4UY8 O;  1KQS M;  3DLL L;  3CCE N;  3CCQ N;  4WFB L;  3CD6 N;  1VQL N;  1VQM N;  3CCS N;  4IO9 L;  1YJW N;  1YHQ N;  1VQ5 N;  1VQ8 N;  4WFN L;  3CC4 N;  1KD1 O;  3CPW M;  1NJI O;  1VQ7 N;  5GAD P;  5GAE P;  1Q86 O;  2OTL N;  1YIT N;  2ZJR L;  4IOC L;  5JVG L;  2QEX N;  1K73 O;  1QVG M;  1Q82 O;  4WF9 L;  5GAG P;  1VQN N;  1N8R O;  1VQP N;  3CC7 N;  5DM6 L;  3PIP L;  1K8A O;  5GAH P;  2ZJQ L;  5MLC Q;  1VQ6 N;  1VQ4 N;  5DM7 L;  3CCR N;  1QVF M;  3CCJ N;  1M90 O;  3CCU N;  1Q81 O;  3J7Z O;  4U67 L;  1JJ2 M;  1KC8 O;  2ZJP L;  3CMA N;  4WCE L;  1Q7Y O;  3CCM N;  1VQK N;  3G4S N;  5JVH L;  1S72 N;  2OTJ N;  3G6E N;  1OVY A;  3CC2 N;  3CF5 L;  5HL7 L;  1ILY A;  3CCV N;  3CCL N;  2QA4 N;  1YIJ N;  3G71 N;  3PIO L;  1M1K O;  3OW2 M;  3CME N;  3CXC M;  5H1S Q;  1W2B M;  4WFA L;  3I55 N;  1K9M O;  1VQO N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVJ A;  4JLH A;  4H4M A;  4DSK A;  1RT6 A;  4DCH A;  3NHG A;  2Q97 A;  4QS7 A;  2KFZ A;  3V1Q A;  4U7B A;  2D1K A;  5C25 A;  3H3N O;  1Q9Y A;  4A62 A;  4WFB L;  4X64 K;  5KPT A;  4E7I A;  4CEC A;  1A5X A;  4OKK A;  3EZ5 A;  4H0P A;  3VQ6 A;  4KHY A;  3V9Z A;  1HJR A;  2KLA A;  3AVL A;  4DFM A;  3PV8 A;  3MEC A;  1DKG D;  4G9Z A;  1WB9 A;  1S22 A;  3H1Q A;  4BWM A;  4CEZ A;  3ZT4 A;  4IOC L;  4FJG A;  4CFC A;  4CJ3 A;  4KV8 A;  2I7N A;  3DMJ A;  5LL6 Z;  3WUH A;  4CK2 A;  1N8R O;  4ZHR A;  1RDU A;  2GX9 A;  4DTU A;  3SMP A;  4V19 S;  4BC5 A;  1U45 A;  5GAH P;  2YKN A;  3SBT A;  1D4X A;  4BC4 A;  5FLX O;  3DI6 A;  3O1B A;  3TPQ A;  4EP4 A;  4A57 A;  4ELV A;  3DAW A;  3ULE B;  4PHT X;  4CEE A;  3DRP A;  1RTJ A;  3TSU A;  1M90 O;  3WXI A;  4J2A A;  3ZEU A;  3RMD A;  3SAG A;  1Q81 O;  5HRR A;  2F8S A;  3NF9 A;  3PUF A;  3F9K A;  2HVH A;  1X9M A;  4ZTJ A;  3NF8 A;  1P90 A;  2E8A A;  2KFN A;  3KJV A;  2YNG A;  3O9Q A;  1RBU A;  1TKZ A;  4DS5 A;  2NNW A;  4I9Q A;  2Q0R A;  1GLC G;  5BN8 A;  2A1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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