3G71N

Co-crystal structure of bruceantin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 41
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g71N00
3CF5L 3CCLN 1VQ9N 1KQSM 1JJ2M 1VQ4N 1YJNN 5JVHL 3CCSN 1KC8O 4WFNL 3CC4N 2ZJPL 1KD1O 3PIOL 3CCUN 5JVGL 5DM6L 1YJWN 1VQKN 5GAEP 1S72N 2OTLN 5GADP 3CPWM 1VQNN 4IO9L 2QA4N 4WFBL 1VQMN 4U67L 1VQ8N 3PIPL 3CCQN 1Q86O 1OVYA 1VQON 1K9MO 3CD6N 5GAGP 3CMEN 1M90O 2OTJN 4WCEL 1YHQN 3G4SN 1YJ9N 1Q81O 1QVFM 5H1SQ 3CCVN 1W2BM 1VQ5N 3OW2M 2ZJQL 1VQ7N 1NJIO 3I55N 3CC2N 3CC7N 3DLLL 3I56N 3CCRN 1QVGM 1N8RO 1YI2N 5MLCQ 1YIJN 3G6EN 4WF9L 1K73O 2ZJRL 3G71N 2QEXN 4UY8O 5HL7L 5GAHP 1YITN 1K8AO 3CMAN 1M1KO 4IOAL 3J7ZO 1VQPN 1Q82O 5DM7L 4IOCL 1VQ6N 1Q7YO 3CXCM 3CCJN 1ILYA 3CCMN 1VQLN 4WFAL 3CCEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THYA 1TYQB 1SQKA 4L3QA 1J5EK 4AF1A 5HRRA 4XIUA 2W40A 2A41A 3CCSN 4OJRA 1OH7A 2NZTA 1LOTB 3HTVA 1HRHA 2E1ZA 5I42A 4LSLA 5AQZA 2QK9A 3MCAB 2E6LA 1TK8A 4V19S 3L3UA 4GV3A 5BR8K 1N34K 2A1RA 4AHRA 3C94A 4CJLA 2AP1A 3WXKA 1DTQA 3EL2A 5I3UA 4WFBL 1LV5A 3AVIA 4E1JA 1WSFA 4J8FA 3C6TA 1L3TA 1RTHA 2YX6A 4KAZA 2O8CB 1VAZA 3VQBA 4BRMA 3AY9A 2I5JA 2IGIA 1BUPA 1HPMA 4Y1DA 1TVRA 3DXMA 2HHWA 4H5RA 2PBDA 4PKGA 4BWMA 3AA3A 1J9AA 3UB5A 2JWKA 2QTDA 3CCVN 4C8MA 3AVLA 1WSJA 4CEAA 3DJCA 4DS4A 3CC2N 1HKCA 2HHSA 4JI4K 2NLXA 3PLAA 3AVBA 5M1NA 1XMQK 4ISEA 4CESA 2P9SB 4CD1A 3PO4A 2NRVA 3PY8A 4JHDA 4DTXA 3VOVA 1D9DA 4GVMA 3THYB 2FBXA 5KRTA 4BC4A 2YHBA 3AO1A 3AVCA 3WNHA 5F1XA 3HM8A 4M3XA 1WLJA 2O8BA 2NRTA 3NF7A 3J7ZO 3H3NO 4NXMK 1SL2A 3HP9A 2CGKA 1DTTA 5C42A 2VWKA 1V4TA 4Z0UA 2W42A 2FBVA 2AA4A 4FL9A 5AQUA 3ZT1A 3KJVA 1SUQA 3VEOA 3ENHA 3MN9A 3J80O 1QHAA 4W5OA 3VETA 4DTJA 4CZJA 4M3RA 3T69A 4CF1A 3OYLA 5FROA 4WFNL 3OYDA 4CEOA 2E2PA 4BVPA 3CPEA 3AV9A 3SQ1A 1SKWA 4FSVA 4OLBA 1RNHA 3DXMB 1WN7A 2AJQA 3T1AA 2OPRA 3ZX3A 5E26A 5J2MA 3QFUA 4EAHD 3BGRA 1H1VA 3AVMA 5C10A 1LWEA 4YY3K 3T1YK 1HX1A 3MK6A 3CQYA 1ATSA 1J54A 3ID8A 4JHDB 4KKOA 1HLUA 4L8RB 1N33K 1TUYA 3G10A 3J8AA 5AQHA 3SLCA 1C6VA 4CF9A 1YJ9N 5EU7A 4FYDA 5LMNK 2O8BB 1W2BM 1GLDG 2ZJQL 4CBXA 3KK7A 1ZYQA 5JMVA 2GV9A 4JI5K 1U49A 2KQ2A 1KTQA 4FZYA 4IOXA 4F3OA 3ENOA 4BRAA 2XY7A 1VSHA 4W5QA 4FJ7A 2HF3A 5AQGA 3HRGA 4C8OA 4PKIA 5BRHA 2OPSA 4AH9A 1VSFA 3IDHA 1K8KA 4CHYA 1SAZA 3BY5A 4EHUA 1S5JA 5GAHP 3SJHA 5C2DA 3GL1A 1LW0A 4DQPA 3NE6A 4A2AA 4CECA 5DM7L 3S3NA 1CZ9A 1DT9A 1HJOA 1IBKK 1ATRA 4FPAA 1R59O 5AQWA 4DTMA 3CCMN 4RG8A 4JI2K 2XY5A 5AZJA 4CD3A 2W6LA 4KHQA 1SKRA 1UA1A 4CBWA 1NJWA 3C6AA 4DQQA 1HNWK 4O44A 1QZ6A 2GBZA 4DV1K 5JVHL 4BQLA 3U9DA 3LANA 5AQXA 1KRPA 3VF4A 4IKFA 4FWOA 4CCHA 1BDGA 2DFHA 4DHYA 5KPZA 4GMJB 4DUZK 5KGWA 1HKBA 3O1BA 3WQTA 2Q3SA 4M3YA 4FJ9A 1WB9A 1RTJA 4I6MA 3M6GA 3O5BA 5JS1A 4I9LA 1VQMN 1LWCA 1JLCA 1VQ8N 1NGCA 4HHTA 3RR7A 1HJRA 4C1NK 4G9ZA 1M90O 1LAWA 1WAFA 3LDQA 2KFZA 4Z4IA 3AARA 3ZEUA 1K8KB 3E9PA 3FZMA 4CI6A 3HT3A 4KI4A 1YVNA 5AQPA 1X9MA 1Q8IA 2HBMA 3LDOA 1NGEA 2D0CA 4YOTA 3J81O 1NGIA 5AQKA 3I55N 1P8ZA 2IDOA 4ZHRA 1BA1A 1KFSA 3KK2A 3OS1A 3BF1A 4H0TB 3LM9A 5AZJB 4YOVA 2YHAA 4Q5VA 1TGOA 1C1CA 2VWJA 4B1XB 1KSPA 4XH4A 1KCFA 3WUHA 3LAMA 1EETA 4FLXA 3TAGA 1K8AO 4HTLA 5HP1A 4IOAL 1EX4A 4LFCK 2HF4A 3C6UA 4CBUA 3JS6A 3LWLA 5C24A 1Q7YO 3HSCA 3KWIA 3NAEA 5C12A 1SL1A 4IZ9A 1S3XA 1QE1A 3C65A 3C95A 3E1YA 4I6MB 1HR0K 4Z4GA 1VQ9N 4BRFA 4GV9A 4X65K 2KZZA 4C1NI 5AQIA 4ISGA 4CGHA 3MCPA 1RDUA 3LDNA 3PO5A 1NK0A 2HHVA 3C7NA 3SUQA 1JL1A 4KPYA 1CLQA 3OVNA 3ZEUB 3FZHA 4G1QA 2V7ZA 2VG6A 3VEVA 2XY6A 3VQQA 3O3GA 4KHNA 5M1OA 2UUBK 4NYFA 1TUUA 3HP6A 3ZSRA 2ZWHA 1SS6A 3SAGA 1SV5A 4O5BA 4ISFA 5AQJA 2P9PA 4FM2A 5GAGP 1ZXOA 2Y1IA 4M45A 4EP5A 2QWLA 3CETA 3DLRA 2CH6A 1BQMA 2HHXA 5M1KA 2ITMA 1RDWX 4MO5A 3K2PA 3VQDA 1Q81O 1V4SA 1I3AA 5HBMA 3UE5A 2CGJA 3ASMA 4KB1A 4MLHA 3OJUA 3I56N 4IO8A 5AR0A 3J7YP 2NRHA 4KHPK 1TV6A 4BR7A 3RSEA 4CJFA 5AFUA 3H1QA 1KXPA 5MLCQ 2D0AA 3IFRA 4CZEA 1QTMA 4F2SA 4CJUA 3SMSA 4KREA 1IG9A 2ZJRL 1QSSA 2OPPA 4YDUA 5BPNA 3VESA 4CJWA 4IBNA 5K14A 4H8KA 2UU9K 4RTFD 1U48A 1E3MA 1MU2A 1EO1A 1XWLA 1GOCA 3C7NB 2ETJA 2HBLA 4J2EA 4KHUA 1VQPN 5D3GA 4CJKA 3ZLJA 4QS9A 4IOCL 1FK9A 4DR6K 3DMJA 3BZKA 3I8DA 4B9UA 3VA0A 3RVCA 2NNWA 1IBMK 2D5RA 2FSNA 3THXA 4BE0A 4BDZA 5FPEA 4PHTX 1FXXA 3SV3A 3MWTA 1VRUA 4DR1K 3A5OC 3CF5L 2G8HA 1XHXA 2G8IA 3SMPA 4AHCA 5BREA 3TARA 4K41A 3KK1A 2VG7A 4H0PA 1NNEA 3DLBA 4GKKK 2P9PB 3CJ7A 3VTIA 4GV6A 1S1TA 1BGXT 3BEXA 3QEXA 3ZT2A 1Q9XA 1NGDA 1WBBA 1GOAA 2XO7A 3NBPA 4DQ8A 2A3ZA 4O0JA 4IEIA 3WNFA 3L2RA 1IH7A 3SYZA 4CEDA 4NLCA 4BR5A 4CEBA 3JAMO 5T7BA 3MEGA 4YHHK 4JKAA 4JKHA 1S1UA 2E8AA 1TKDA 4BC3A 3RSEB 3LAKA 1D4XA 2IS3A 3SBTA 1X9WA 5IWAK 4BGBA 1NLVA 4KHWA 2UUAK 4A57A 2I7PA 5ADXA 3ID6A 1UAXA 3TAPA 4M7YA 1YHQN 2F8TA 2PZSA 1T8EA 4HCBA 3MXJA 4IFVA 3P83D 2A42A 5BN9A 2YCHA 3A2FA 1RGIA 3OW2M 1NJXA 3LDPA 3AVAA 3I0SA 2BH1A 4AM7A 4JI3K 2JLEA 3AA4A 4KHSA 3PUFA 3DLLL 1RBRA 1JLAA 4JKDA 1BO5O 1RBVA 3HJFA 3QIOA 3THXB 4TSXA 4BRDA 4DV3K 2R7YA 4FJMA 4RW6A 1TAUA 2WUSA 3QESA 3ZSVA 2HHTA 4IWVA 4DR4K 1VHXA 1XNQK 4EHTA 1D9FA 1JKHA 2G8VA 3KLIA 4A5BA 5CR4A 1NGAA 3ZSYA 3V4IA 1KVBA 3F73A 1IKYA 3HPOA 3L2UA 3TAFA 2E1YA 3NH0A 4DWIA 4LSNA 4JI7K 3HZ6A 4JK9A 3KHYA 5AQMA 2KFNA 3T1HK 4FZXC 3KWGA 2ASMA 5EXWA 4CF8A 1JJ2M 3AVJA 3W0LA 2Q1NA 4FM1A 3QERA 3FZFA 4LY7A 4RWTA 3VQCA 4DV7K 1B9FA 1C0MA 5F0XA 1EWQA 3OYCA 2E2NA 4FJKA 1VK0A 5F2RA 1BI4A 3QNNA 1NGGA 4KH5A 1S1WA 3MECA 3ZX2A 3PIOL 3U6FA 4FJLA 5FPNA 1B92A 3P31A 4FWLA 1S6QA 2QKKA 3O4NA 4Y1CA 5AQTA 1S72N 2FF3B 5AQOA 4Z94A 3IRXA 1VQNN 2X78A 3GOIA 4JKCA 4IO9L 2QA4N 3THWA 2J4RA 4MDBA 2G8WA 2WOMA 3EE8A 2BUPA 1IG8A 2A1SA 4B3OA 2P9NA 3QBWA 1GLLO 4JD2A 3LP0A 3PX6A 1WOQA 4FWMA 2OYQA 3F9MA 3AVGA 2HMPA 3OTOK 2LSNA 4NCGA 3E01A 4NLBA 1Z6RA 5EX5A 3SQ4A 3I0RA 3OHRA 4OPJA 3CQXA 2HVIA 4KI6A 3M8RA 4CGDA 5KQ8A 4KV8A 4LFBK 4YOUA 1I94K 1WSHA 1BHLA 4LF6K 3KD5E 3ZETA 5LJWA 3F9KA 4BREA 1BCMA 4ILJA 3LPUA 4ELTA 1S9GA 3SZ2A 3V6DA 4GY2B 1IKXA 4NCBA 1CZBA 3MAQA 1RDCA 4DG1A 5JLHA 3TWHA 2QM1A 1BI4B 4Z4HA 4NYNA 3CJ1A 3O8MA 3T3FA 4C8NA 2CGLA 1VQ6N 4N41A 1NG9A 3TSQA 1GLCG 3EEQA 3TSPA 1ILYA 4FWRA 4MO4A 3HK2A 5DK5A 1JLEA 1JL2A 4JNEA 5DMRA 1NKBA 4LC9B 3SV4A 3IUCA 1KQSM 1OH8A 3NGYA 3THWB 1HNXK 3ALYA 1VQ4N 3O4QA 3VQ7A 2OANA 3ATVA 3KKSA 3W3DA 3SUOA 4BR4A 4FLUA 3ZT0A 1W7AA 2BANA 2ZM6K 2P9NB 2DY4A 1WUAA 4DTSA 2RPIA 4JD2B 2HNDA 3CM6A 5KQDA 2P9UA 1XMOK 3OYGA 1TL3A 5GINA 4B1WB 1C1BA 5J2NA 1F21A 2D1KA 3LM2A 3N4PA 3EO3A 4IG3A 2EHGA 5AJ3K 1T3VA 4YNQA 3NMUA 1OVYA 1RDBA 5CYQA 1ZBIA 4CZHA 1KAXA 3KLGA 4PWDA 2VQEK 3A5MC 1RBUA 4H0YB 3ZETB 4DV5K 4B3TK 4FPBA 3EKUA 4NB4A 2E2QA 4DFJA 4DV6K 2IVPA 4E7JA 5AQVA 2VYPA 3ZSOA 3KLEA 3KVGA 4FJNA 1VSIA 3CC7N 3DXKA 1NMNA 4W5TA 5J2QA 5AQSA 4B9QA 2ZGZA 5C0YA 3V9UA 1RDAA 4J2DA 3K57A 5SZTA 1ATNA 1U04A 1YUWA 2FLOA 3FZLA 4KTZA 3U3YA 2YNGA 3AVKA 1SZ2A 3TABA 4DFPA 2UYTA 3RRGA 3VGLA 1CXQA 4E7IA 3SQ2A 1W9HA 4CHNA 3CFRA 3BZCA 3D2FA 1K6YA 1J6ZA 2DTUA 3H6EA 2O8DA 3K5MA 3PSFA 4MDAA 3IKMA 3T19A 3QLHA 3CI5A 2P9UB 4CJ4A 2KKZA 4FLZA 1VQLN 2XY8A 5CYMA 2Z1GA 3EZWA 3SUNA 3AO5A 4JEPA 3D0PA 1NMDA 1QQCA 4Z4FA 1U2VA 4CEEA 3TR8A 5C2FA 3MX2A 3U3GA 3TTCA 4JI0K 2PAVA 1HNZK 3IMXA 4ZTJA 2HHHK 1ZBHA 2YHYA 3OYJA 5DM6L 4CIEA 4PL7A 5GIOA 2W41A 3S41A 1WSIA 1XC3A 3AAPA 4FO0A 3HVRA 5LMUK 3J7AP 2F7TA 4CF0A 4AHUA 4PA1A 4CEFA 4QAGA 1UA0A 3DXKB 3VQ9A 4KO0A 2WTUA 1WSEA 5C25A 4CVNE 4FJXA 4BRGA 2Q97A 1RCHA 5M1FA 3E66A 2RHKA 2Y1JA 3FFKB 3KIOA 3KZBA 3FLCO 4BR0A 4GVEA 3CFOA 1QHTA 3OYMA 1HPZA 3HSTB 4E7HA 1WAJA 2ZF5O 5H1SQ 3D2FB 4XEIA 4DLGA 4DLEA 3LZJA 3MEEA 5J2PA 2O8DB 3OBWA 5AQQA 3R3LA 3RWUA 3VF6A 2GWKA 4Q0BA 1HYVA 1QZ5A 2HNYA 4M7XA 4CZKA 3EE9A 4CF2A 1GOBA 2PYLA 4OVLA 4WF9L 3DYAA 1ZBSA 4H5TA 1P90A 1U2VB 4FCYA 1UWBA 4OKJA 3OS2A 4BG9A 5A2QO 4BR2A 1W0HA 1GLJO 2YHXA 1N36K 3CG7A 4FVMA 2FC0A 2RE2A 3NFAA 4B8AB 3KLFA 3DLEA 4B3MK 1A5XA 5CE3A 3O3FA 3DRSA 3O1WA 2IVNA 2IC3A 1OVQA 1D8YA 4ILHA 4F2RA 5HOOA 4HTUA 3A5NC 3CERA 1Q9YA 1FJGK 3LZIA 1KAZA 4QS8A 3ZX0A 3DLKA 3DRRA 4DQRA 5HRNA 4BACA 1RT3A 1KC8O 5AFUH 3V1OA 4OLAA 5I9EB 2YI1A 3TTDA 4PY5A 3VQPA 2EX3A 4B08A 3TU5A 2ZE2A 4H03B 4DF8A 2QWPA 4FJHA 2B5JA 4JYAK 3MX5A 2WFBA 4DSKA 2IIRA 1QQOA 1RT7A 2BE2A 4CEZA 3HXMA 4DKWA 3RTVA 1U47A 2RF2A 2P5GA 4AHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3THY A;  1TYQ B;  1SQK A;  4L3Q A;  1J5E K;  4AF1 A;  5HRR A;  4XIU A;  2W40 A;  2A41 A;  3CCS N;  4OJR A;  1OH7 A;  2NZT A;  1LOT B;  3HTV A;  1HRH A;  2E1Z A;  5I42 A;  4LSL A;  5AQZ A;  2QK9 A;  3MCA B;  2E6L A;  1TK8 A;  4V19 S;  3L3U A;  4GV3 A;  5BR8 K;  1N34 K;  2A1R A;  4AHR A;  3C94 A;  4CJL A;  2AP1 A;  3WXK A;  1DTQ A;  3EL2 A;  5I3U A;  4WFB L;  1LV5 A;  3AVI A;  4E1J A;  1WSF A;  4J8F A;  3C6T A;  1L3T A;  1RTH A;  2YX6 A;  4KAZ A;  2O8C B;  1VAZ A;  3VQB A;  4BRM A;  3AY9 A;  2I5J A;  2IGI A;  1BUP A;  1HPM A;  4Y1D A;  1TVR A;  3DXM A;  2HHW A;  4H5R A;  2PBD A;  4PKG A;  4BWM A;  3AA3 A;  1J9A A;  3UB5 A;  2JWK A;  2QTD A;  3CCV N;  4C8M A;  3AVL A;  1WSJ A;  4CEA A;  3DJC A;  4DS4 A;  3CC2 N;  1HKC A;  2HHS A;  4JI4 K;  2NLX A;  3PLA A;  3AVB A;  5M1N A;  1XMQ K;  4ISE A;  4CES A;  2P9S B;  4CD1 A;  3PO4 A;  2NRV A;  3PY8 A;  4JHD A;  4DTX A;  3VOV A;  1D9D A;  4GVM A;  3THY B;  2FBX A;  5KRT A;  4BC4 A;  2YHB A;  3AO1 A;  3AVC A;  3WNH A;  5F1X A;  3HM8 A;  4M3X A;  1WLJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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