3G71N

Co-crystal structure of bruceantin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 41
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g71N00
5MLCQ 3CF5L 3CCUN 5HL7L 1K8AO 1VQ7N 1KC8O 2ZJPL 1VQPN 4UY8O 3CCVN 5GADP 1Q81O 3OW2M 1VQLN 4IOCL 5DM7L 3CC7N 1M90O 1VQ6N 3CPWM 3CCEN 1W2BM 5JVHL 1YJWN 2OTLN 1QVGM 5GAGP 1VQ5N 4WF9L 3CD6N 3I56N 3CCLN 3CMEN 1YJNN 3G6EN 4WFAL 3CC4N 3CCSN 4WFBL 1ILYA 1Q86O 3J7ZO 1VQ8N 3DLLL 3G71N 1NJIO 5DM6L 2QEXN 1Q7YO 1VQMN 1M1KO 1YJ9N 1VQ9N 3CCMN 1VQNN 5GAHP 4WFNL 5H1SQ 4WCEL 5GAEP 4IO9L 3PIPL 1KD1O 1Q82O 3I55N 2OTJN 1QVFM 1YIJN 3CCQN 3CCJN 1YITN 3CCRN 1K73O 1VQKN 2ZJRL 1YI2N 1JJ2M 1KQSM 4U67L 3PIOL 2QA4N 1VQON 1S72N 1YHQN 3G4SN 1K9MO 1OVYA 4IOAL 3CC2N 5JVGL 2ZJQL 3CMAN 1VQ4N 3CXCM 1N8RO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRGA 4DU3A 5JMVA 2ZM6K 1VQ7N 3VERA 5DK5A 1JLQA 1LWFA 3CJBA 3PO4A 1HYVA 4O44A 1TK5A 4GVEA 5FPEA 1NK5A 4MO5A 2E20A 1UWBA 2JWKA 4HUEA 4DCHA 3T7ZA 3KLEA 2V7ZA 4KTQA 3MDQA 2P9IB 4HTUA 5EY4A 5AQZA 3HOTA 1J6ZA 1HJRA 2W42A 4ELVA 4YFUA 2VQFK 1L3TA 4GV3A 4JNEA 4IEIA 1U4BA 4O55A 3WNHA 1T8EA 5AQUA 2D0OA 1HYSA 1N34K 1GOAA 1NKBA 2GV9A 4K8ZA 4BGAA 5HLFA 1SZ2A 4FJ5A 2BUPA 3LPTA 1S22A 3HP6A 4CJ3A 1R0AA 3TAQA 3LDLA 1JCFA 2VG7A 3EY1A 1OH5A 5KGWA 3KKSA 3D2EA 4JKCA 3MMVA 3QEIA 4OO1J 4Y0WA 4NYNA 5TKYA 1LV5A 3QDKA 1RT1A 2BH1A 4F2RA 4Z4CA 4GKKK 1JLAA 4YOVA 3IAYA 1Q8IA 3WXJA 3C6TA 4CJ5A 3TTFA 5AQWA 1KD1O 4IFEA 4BDZA 2QM1A 1YVUA 4FL9A 5I3UA 1OH8A 3K5LA 3SV4A 3KK1A 4E1MA 3CCQN 1ZBIA 2NLXA 2VGNA 2UU9K 3ALYA 2O8CB 4ISFA 2NRWA 2P9KA 2UXDK 1DEJA 4KHQA 1SKSA 2WFBA 3P83D 3QBWA 1SUQA 1I39A 3TAGA 4CHOA 1U04A 4RW7A 4WQ4A 4Q5VA 5JVGL 3NVMA 3CQ8A 2HBKA 4FJ7A 3ID8A 2A1SA 1IG8A 4JS5A 3HSCA 4CF2A 4E1JA 1GOBA 3DRSA 3K5OA 4J2AA 2A42A 1XWLA 4DR6K 4AQYK 5BR8K 4B1YB 5EOYA 2UUCK 3M8QA 2YKNA 5C2DA 3WEEA 2ZD1A 2P5GA 4CJFA 1E4FT 3V9SA 2F7TA 1TYQB 3V9ZA 3MAQA 2CH5A 5LMNK 2B4JA 5CYQA 1VQ6N 1BO5O 3MX2A 1LOTB 4DQQA 4BC3A 1QVGM 3HOSA 2RPIA 2Q1NA 2ASMA 2P1JA 4DV2K 2Z1HA 3QIOA 1IH7A 2Q3SA 3U4LA 1C1BA 1DGKN 1BA0A 1TUYA 4CJ4A 2G8VA 1A5VA 5FDLA 2GEMA 3A5OC 2Y1IA 3AVHA 3P31A 1S9EA 3C95A 1NK0A 2X6SA 2NRTA 3NF9A 5LMUK 4BRPA 2QEXN 2AP1A 2GWKA 3VQ9A 4OGEA 1VRTA 1C1AA 4OVLA 2IOCA 3LWLA 5H1SQ 3QERA 4IO9L 1Q82O 3IMXA 4BWMA 3AVAA 3C65A 3M6GA 3OBYA 1CZBA 4DTSA 1L3UA 2ZJRL 3L4IA 1SKWA 4OKKA 4U67L 4CIGA 5F1XA 1X9WA 3CQYA 3ULEA 3G4SN 1YT3A 4JKHA 5LJVA 4IXCA 4JS4A 5BPLA 3OY9A 2Y1JA 3L6QA 4AHTA 2ZJQL 1RNHA 4PY5A 4CZHA 1RT4A 1WBBA 5SWMA 3CXCM 4C8OA 1XC9A 3A5MC 3TR8A 1XI1A 3HZ6A 3HPOA 3HT3A 2AA4A 3L2RA 3RSEA 2RKIA 1D9DA 1S6QA 3VF2A 1JXBA 4EFHA 3T1YK 1T7PA 3M8RA 4FJMA 3DLGA 2RN2A 3AGKA 2IVPA 1W0HA 4OJRA 3VEWA 3O9QA 4LSLA 3S3MA 4CF0A 1BI4B 2HOEA 1KTQA 2UUBK 3NGYA 2JLEA 3A8YA 4BR9A 2XO7A 1WSHA 1UAXA 2HNDA 1D9FA 3CPWM 4CHNA 2A3ZA 3PX4A 4KHPK 4KB1A 1S6PA 1RBRA 4FLTA 2YX6A 4CK3A 1RILA 1J9AA 3QFPA 1J54A 3O5BA 4JEPA 2G8HA 1BQNA 3MXJA 3SBTA 4AM6A 3SQ4A 2PZSA 2NRZA 1NJZA 3CMEN 4AF1A 3RSEB 3SAFA 1ZBHA 1EX4A 2G8WA 1E4GT 3IRXA 1ASVA 4WFAL 4CEBA 2Q0RA 4PL8A 5DMRA 3DRRA 1C0UA 3LPUA 3QETA 3J7ZO 1JKHA 2HW3A 1OH7A 4X66K 3L8BA 2HF3A 3FFKB 3A5LC 1OH6A 3J81O 2VG5A 4AH9A 1WOQA 3M8PA 4NLCA 1DTQA 2RF2A 2CGLA 1HUXA 4DS5A 2CH6A 5BR9A 3FR0A 2P9UB 2YI1A 3AA3A 1LWCA 5AQNA 2BDPA 3W3DA 5GAEP 3K59A 1T6DA 4C23A 3SYZA 3HK2A 3V4IA 1YITN 3CCJN 2J4RA 3N4QA 1NGJA 2F9WA 4JI3K 4XH4A 1TKDA 3O1WA 1OVYA 4DTOA 2V51B 2D0AA 4JN4A 4Q0BA 1Y97A 1REVA 3AVJA 3AO1A 4DTNA 3OYAA 1CXQA 4JI0K 1EWQA 5I42A 1K8AO 2VGMA 5FPMA 3AA5X 1NM1A 3K57A 1VSEA 3NF7A 1S3XA 4QS7A 3AO3A 3NDKA 3GL1A 2FC0A 4FW2A 3TANA 1VSDA 4A5AA 4JHDA 3KLHA 1EKEA 3S3OA 1SL1A 4O4GA 2D0PA 4R79A 3EE8A 3MCAB 3ATUA 3L3UA 4RTFD 3F9KA 4IOXA 3VQCA 3QEXA 4B9SA 1BHLA 1C0MA 1TAQA 4EZ9A 4JKGA 4CJQA 4N5SA 1W2BM 1DTTA 4DHYA 4CZLA 4GKJK 1KAZA 1C6VA 4LF4K 4JI5K 2AJQA 4B9VA 5AQVA 4L3QA 3QESA 4OLAA 4CBXA 1X3NA 4H5VA 4ICLA 4FZZA 3HJFA 4CEZA 4DSIA 3PO5A 1FKPA 1SL2A 3VQ4A 3QEVA 1Q86O 1TK8A 1X9SA 5HRSA 3MN7A 1NK9A 5KRTA 2ZWHA 1IKVA 1RBSA 4BQZA 4B9UA 4ILHA 3P1GA 3EO3A 2PAVA 2A1RA 2P9PA 4CJRA 1WSGA 2X78A 3LDQA 3OYBA 4EHTA 4FO0A 5B8HA 2WTUA 5EX5A 5AQTA 3NAEA 4B1VA 4BRIA 1D8YA 1RT5A 3SI6A 4CFDA 3O3HA 2RHKA 3D2FB 3O8MA 3DLBA 3GBTA 5ELZA 3CPEA 4H03B 4MLEA 3P5JA 1W7AA 5J2PA 4ZTJA 4DTPA 1RBVA 2HB5A 2FXUA 1UA1A 4XH5A 3OYNA 3O9TA 3LDSA 4ID5A 4BC5A 4LF9K 4FLUA 1N8RO 3A0IX 4M42A 3DLEA 4DR5K 2E2OA 4CW7B 4BY9C 2ZE2A 4CZJA 2IIRA 1MWKA 1BA1A 1YXQA 4FLVA 2PYLA 4CJKA 1XUPO 4CEDA 4OX9K 3DOLA 3J7YP 4JI6K 3VESA 4PWDA 4CCHA 4E7LA 3SJHA 4FXDA 3M1FA 1P8ZA 3QMLA 3SCXA 3HVRA 1WBDA 1JCEA 2D4WA 4FJ8A 2BGGA 3R9PA 2VWKA 2HMPA 4JRQA 3LZJA 4JKAA 2O8FB 1HNVA 2Z1GA 1RT2A 3ITHA 1JL2A 5JVHL 4W5QA 1Z26A 3O9SA 1CXUA 4DLGA 3SUPA 5GIPA 4O5FA 3ZSXA 2D0BA 4CZMA 4RW9A 2D5RA 1TV6A 1QS4A 5KI6A 4OLBA 1HNXK 4AHVA 5HROA 4YOUA 5FRNA 3BF3A 1ILYA 2O4GA 3CI5A 4BRMA 5JLHA 4H5TA 3ISNC 2KLAA 1VQ8N 4BG8A 1Q9YA 4IBNA 3ENOA 3KK7A 4MQ3A 3G71N 1NKEA 1NJIO 2E6MA 4DSFA 1QHAA 3DRPA 4FK2A 1XHXA 5AR0A 4CEOA 4CD1A 3ZEUB 2BTFA 1U6ZA 5M1NA 3MX5A 1I94K 2QXFA 2QWOA 4DV1K 3LL3A 4B1ZA 5KPRA 1B9DA 2YV0X 1QVFM 1TL3A 2XHBA 4YHHK 2NRHA 3ZX2A 1NG9A 4DKWA 3EEQA 2QA4N 4Z4GA 3QNOA 1NK7A 1TUUA 4O0JA 3V9WA 1DLOA 2VYPA 1K9MO 2WUSA 4GY2B 1QTMA 3CQXA 2HBJA 1NJXA 4IOAL 4BC4A 3O9RA 3HRGA 4LC9B 4BE1A 3OYDA 5AQMA 5C42A 2GBZA 3S3NA 4N76A 3E9PA 1T6CA 1SKRA 1N36K 2ZJPL 4CHPA 1IKYA 3AV9A 2YCHA 1SL0A 4BWJA 3DI6A 1GLCG 3OS1A 4I2PA 3RTVA 5TKWA 1Q9XA 5AQSA 5AQQA 2ASPA 5KTQA 3CYMA 1NU0A 3D7EO 4GV6A 3O3FA 4G1QA 3JAMO 2EX3A 4HCCA 1NJWA 1GLFO 1HX1A 4DSLA 4CE9A 1H1VA 4K42A 3AVCA 3M3ZA 3TSPA 4QOZB 3WQTA 3NBPA 3FZLA 3J7AP 2ITMA 4BREA 2PFUA 1JLGA 2Q31A 4DR2K 1KAYA 1JLBA 4WF9L 2A40A 4CJTA 3ZSQA 3AY9A 3HYFA 3E9OA 4BDPA 3DM2A 3WNEA 3CIPA 3G6EN 1RT6A 1TL1A 1XNRK 3E01A 5CE3A 3THYB 4DS4A 4A2AA 2QW9A 2HBLA 4CZEA 4J8FA 3L2QA 1X1PA 3SNNA 4EP4A 3DLLL 1NBWA 3DJCA 1GLEG 1IKWA 2OPPA 3AVLA 3OJSA 3SPYA 4O5BA 3VGKA 3TAPA 4KH4A 4WFNL 2QK9A 2E2QA 5AQYA 4WCEL 1ATSA 2HNYA 2O8CA 4BRQA 2HHSA 4X62K 3LM9A 4UQGA 4FWQA 1GLBG 4PQUA 1S9GA 2NUBA 4CGDA 1QQCA 4B3OA 3SBGA 4IEEA 2E8AA 3I0RA 1A5XA 3AVKA 4F9OA 1BISA 4KTZA 4JK9A 5AZIA 3VA0A 5JS2A 4BROA 1RDBA 4H0PA 3U8XA 4M3ZA 4RW6A 2Q97A 2F4VK 3O08A 4CK2A 3AVIA 1N33K 2EWSA 4I9QA 3OHRA 1MDUB 3UE5A 4BRLA 1LW0A 3CJCA 2VWJA 1RTHA 4CJSA 4KHNA 1DT9A 4FM1A 1TYQA 4V19S 2Q2RA 5J2MA 4H4MA 1L3SA 1IBMK 3OW2M 2ZGYA 4KREA 1BQMA 1CLQA 5AZIB 1NK4A 4FSVA 2D1KA 5AQJA 3DMJA 1KFSA 3F73A 1NLVA 4DV4K 2YHBA 4BGBA 4KH5A 5C10A 4FJIA 3H45C 5AQKA 3CCEN 2GWJA 1GOCA 5AQIA 1NKCA 3KHYA 4CHZA 1QZ6A 3V1RA 4W5TA 3C94A 2VG6A 1JXEA 2ZGZA 4A62A 4Z4HA 4CJPA 1HNIA 3AGRA 3PUFA 5HP1A 4E7KA 4Z4IA 4IKFA 4F8RA 1O1WA 4DR1K 3VPZA 3D0PA 4JD2B 1NGEA 3QEPA 4KKOA 4OPKA 3DAWA 1C0GA 4BR7A 5DM6L 2NRVA 3O3GA 3KWIA 1M1KO 3DLRA 4N56A 1FW6A 3VQQA 1VHXA 4QCLA 4DFPA 3PLAA 1Q18A 3GE1A 4CECA 3U3GA 5LY3A 1LWEA 4AHUA 1LAWA 2NNWA 4FLZA 1HR0K 4DFKA 5C15A 3GG4A 4OPAA 4XH1A 3CCRN 5KQ8A 4M3XA 1ESVA 5CY4A 1P90A 2YJFA 1RDAA 4B3SK 3OYEA 2WBNA 1NNEA 3EYZA 1ZC6A 3I8DA 4DMNA 4A59A 1V4TA 1HQEA 5BRHA 1NGCA 5SZTA 1J5EK 3SPZA 1QSLA 3FGUA 3OYIA 4HUFA 1C0TA 4FWNA 5CZ2A 2O4IA 3KK3A 2KKZA 1NGDA 3CERA 5MLCQ 4CJWA 3CCUN 4LH4A 3JSMA 1TKTA 3THWB 3O4WA 5BPMA 3AARA 4PKGA 3O9UA 1NJYA 3SAGA 3ZCMA 1BI4A 3FZHA 3MCPA 2WOMA 3DXKB 1HPZA 1GLAG 3LP2A 1C1CA 2YJEA 4A5BA 4DR7K 4QS9A 1QHTA 2ETJA 3L2VA 4YOYA 4C1NI 4BVOA 2KFNA 4B1WB 5F2RA 4B9MA 1U47A 3C7NB 4H5WA 3DOKA 2FBTA 4N47A 5C24A 4CEQA 4CHQA 4C8LA 5BRDA 4JK8A 3VQ5A 3VQDA 5CYMA 3K9KA 3AVBA 5FPNA 4EHUA 4DTUA 2A41A 2CGKA 5C2FA 1N6QA 1BGXT 3QB0A 5AQRA 1ASUA 1KCFA 3OYHA 2HHTA 1QZ5A 4ILGB 4B9QA 3OYGA 2O8EB 1T05A 4CF9A 3UKUA 3VQ7A 4CD3A 1NMNA 1VSJA 2P9UA 2FF6A 5AQHA 3DYAA 3DXMB 2KTQA 2B6AA 4CBWA 4HCBA 1RBTA 3VTIA 5LJWA 4CFAA 4LH5A 3Q7CA 5AQXA 4AHSA 3TU5A 1X9JA 4BRDA 4DU1A 3H46O 3KLGA 4DR3K 2OTJN 3T1AA 1WNSA 3K58A 1IBLK 3K9JA 5BREA 2HHUA 1WUAA 3CETA 5KGXA 2F9TA 4CZKA 1S1VA 1S1WA 1HJOA 3VEZA 5HRNA 4FM0A 3P38A 4CF8A 3ZSWA 4CEFA 3AAPA 3UKUB 2Q36A 1ZBUA 3V81A 1RDWX 1W9HA 3QICA 3CMAN 4U7BA 2QKKA 3CFRA 3KWGA 3FZMA 1HKCA 1QSYA 5GINA 3CF5L 5HL7L 4FJHA 4H0VB 4YOTA 3ZSOA 1Z25A 3CM5A 3MN9A 5BN9A 1CZ9A 4JI2K 4M3WA 2YNFA 2G8FA 5E41A 3BUZB 3CJ7A 3LDPA 4IG0A 3O4NA 3LDNA 3TABA 2UXCK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  3CF5 L;  3CCU N;  5HL7 L;  1K8A O;  1VQ7 N;  1KC8 O;  2ZJP L;  1VQP N;  4UY8 O;  3CCV N;  5GAD P;  1Q81 O;  3OW2 M;  1VQL N;  4IOC L;  5DM7 L;  3CC7 N;  1M90 O;  1VQ6 N;  3CPW M;  3CCE N;  1W2B M;  5JVH L;  1YJW N;  2OTL N;  1QVG M;  5GAG P;  1VQ5 N;  4WF9 L;  3CD6 N;  3I56 N;  3CCL N;  3CME N;  1YJN N;  3G6E N;  4WFA L;  3CC4 N;  3CCS N;  4WFB L;  1ILY A;  1Q86 O;  3J7Z O;  1VQ8 N;  3DLL L;  3G71 N;  1NJI O;  5DM6 L;  2QEX N;  1Q7Y O;  1VQM N;  1M1K O;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  3CCM N;  1VQN N;  5GAH P;  4WFN L;  5H1S Q;  4WCE L;  5GAE P;  4IO9 L;  3PIP L;  1KD1 O;  1Q82 O;  3I55 N;  2OTJ N;  1QVF M;  1YIJ N;  3CCQ N;  3CCJ N;  1YIT N;  3CCR N;  1K73 O;  1VQK N;  2ZJR L;  1YI2 N;  1JJ2 M;  1KQS M;  4U67 L;  3PIO L;  2QA4 N;  1VQO N;  1S72 N;  1YHQ N;  3G4S N;  1K9M O;  1OVY A;  4IOA L;  3CC2 N;  5JVG L;  2ZJQ L;  3CMA N;  1VQ4 N;  3CXC M;  1N8R O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BRG A;  4DU3 A;  5JMV A;  2ZM6 K;  1VQ7 N;  3VER A;  5DK5 A;  1JLQ A;  1LWF A;  3CJB A;  3PO4 A;  1HYV A;  4O44 A;  1TK5 A;  4GVE A;  5FPE A;  1NK5 A;  4MO5 A;  2E20 A;  1UWB A;  2JWK A;  4HUE A;  4DCH A;  3T7Z A;  3KLE A;  2V7Z A;  4KTQ A;  3MDQ A;  2P9I B;  4HTU A;  5EY4 A;  5AQZ A;  3HOT A;  1J6Z A;  1HJR A;  2W42 A;  4ELV A;  4YFU A;  2VQF K;  1L3T A;  4GV3 A;  4JNE A;  4IEI A;  1U4B A;  4O55 A;  3WNH A;  1T8E A;  5AQU A;  2D0O A;  1HYS A;  1N34 K;  1GOA A;  1NKB A;  2GV9 A;  4K8Z A;  4BGA A;  5HLF A;  1SZ2 A;  4FJ5 A;  2BUP A;  3LPT A;  1S22 A;  3HP6 A;  4CJ3 A;  1R0A A;  3TAQ A;  3LDL A;  1JCF A;  2VG7 A;  3EY1 A;  1OH5 A;  5KGW A;  3KKS A;  3D2E A;  4JKC A;  3MMV A;  3QEI A;  4OO1 J;  4Y0W A;  4NYN A;  5TKY A;  1LV5 A;  3QDK A;  1RT1 A;  2BH1 A;  4F2R A;  4Z4C A;  4GKK K;  1JLA A;  4YOV A;  3IAY A;  1Q8I A;  3WXJ A;  3C6T A;  4CJ5 A;  3TTF A;  5AQW A;  1KD1 O;  4IFE A;  4BDZ A;  2QM1 A;  1YVU A;  4FL9 A;  5I3U A;  1OH8 A;  3K5L A;  3SV4 A;  3KK1 A;  4E1M A;  3CCQ N;  1ZBI A;  2NLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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