3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
molecule keywords Glucokinase
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
1BU6O 3P4IA 2IVNA 5EXWA 4MLHA 3FZFA 2A3ZA 1RFQA 4IO8A 4AM7A 3VERA 3OHRA 1G99A 4I6MB 5EY4A 4QS8A 2YHWA 4H0TB 3EKSA 4WQ5A 3W3DA 4M63C 1Z6RA 2P9IB 2A6AA 2Q36A 1IG8A 1E4FT 5AFUH 1GLLO 3I33A 2FSNA 3DXMA 2D4WA 3MDQA 1C0FA 5EOYA 3QFPA 1DEJA 2P9LB 3ATUA 5AQMA 5BN9A 3VF2A 1NGIA 2HF4A 3VENA 2GUPA 4FOEA 2W40A 3JS6A 4ISEA 4WQ5C 3U9ZA 3D2EA 4CZFA 4H5VA 3CHWA 3EN9A 5JICA 3CJCA 3IMXA 2CGJA 4BRFA 2FSKA 4A2BA 2D0OA 3VF6A 1KAZA 1GLBG 1S3XA 4FSVA 4RTFD 3UB5A 5I9EB 1D4XA 4XH5A 4K42A 1HPMA 2Q97A 4CD3A 3ZX3A 1J6ZA 5AQKA 1TUUA 2AP1A 5AQXA 3CJ9A 3IDHA 2ZF5O 4A62A 4FWSA 1YAGA 4FWOA 3M6GA 4BQLA 1S22A 3WXIA 1GLDG 2ASMA 3QICA 2ZWHA 1KAXA 3J8AA 2YI1A 1QQOA 2Q1NA 4L3QA 4FWNA 4B9QA 3JXUA 2F9WA 5F0XA 4FOIA 1YUWA 1ZXOA 1NBWA 2W41A 5KPZA 3SLCA 4FO0A 5AQSA 3VGKA 4O5FA 5BPMA 5FPNA 3A5OC 3O6WA 5KPRA 1NWKA 3VETA 4CZEA 1HKGA 5AQIA 4H0PA 4CJ7A 1NGEA 4BREA 5BRFA 4FL9A 3LDNA 3FFKB 3VESA 2YCHA 4FWLA 3VEXA 1KXPA 1NM1A 1BDGA 1XQSC 3QFUA 4PKIA 5AR0A 2E1YA 2FLOA 1HUXA 3GG4A 2CGKA 5ADXA 3C7NA 3ULEB 1EQYA 4DB3A 2P9NA 5AQYA 5BPLA 2Q31A 3QMLA 5AQNA 3QB0A 2BTFA 5AZIB 4MO4A 2QM1A 4DHYA 1JCEA 1X3NA 3CERA 4GY2B 4H5NA 2GEMA 1HX1A 2VYPA 4IXCA 4KBOA 3EKUA 5JLHA 1IJJA 4H5RA 2P9IA 3D2FB 3CQYA 1U2VB 4FWPA 4EAHD 1V4SA 3CIPA 3W0LA 3AY9A 4GNIA 1T6DA 3R6MA 5AQWA 2ITMA 4CBUA 4CZLA 4BRAA 3H45C 1MWMA 2GTDA 3SJHA 3LDPA 4EHUA 2YJFA 4BG9A 2ASOA 2P9LA 4BVPA 1MA9B 3DXKB 4BROA 5BN8A 3AAPA 5FPMA 2NLXA 4B1ZA 1HKCA 3AARA 2V7YA 1XC3A 4FWRA 4IJNA 5AQQA 1GLJO 4JNEA 5TKYA 3H3OB 3H46O 3A8YA 3QBXA 3F9MA 1JCFA 1WOQA 3GL1A 4C23A 3U8XA 4WYBA 4H0YB 4BRMA 2QWQA 2IIRA 4CD1A 3A5MC 2P9PB 4CZIA 5AQUA 1GLFO 2NRHA 4BC4A 1QHAA 1NGGA 4B1VA 1X3MA 3FZHA 4EHTA 3GBTA 4IWVA 5ADXH 4BRLA 2Q0UA 4QS7A 2E2QA 4BR2A 2A41A 2ASPA 2QW9A 3KHYA 5AZJB 3CJ7A 3WXLA 3FZLA 4IJAA 3MMVA 4BC2A 4HTLA 1TUYA 3ZX0A 3VEOA 5BPNA 4DCHA 1P8ZA 4AM6A 1BG3A 3MN6A 5F1XA 1BOTO 2FXUA 3ID8A 2HOEA 3CI5A 4QS9A 1QQNA 3GE1A 3DWLA 3I8BA 1QZ6A 3QBWA 4K43A 4JD2B 3HTVA 3WXKA 2E1ZA 3FGUA 4H5WA 4BG8A 4BRHA 5AQTA 3MK6A 4XH4A 3UKUB 1BO5O 4CZHA 1NGBA 3EL2A 1R59O 3ULEA 1NGDA 1RDWX 3O1BA 2D1KA 4PL8A 5AQLA 1RGIA 3O4WA 3CJAA 4CZGA 4M7YA 2PBDA 3HSCA 2E8AA 2HF3A 3VGLA 3SK3A 3MCPA 1MDUB 5AZIA 2GWJA 1K8KB 1NMDA 2FF3B 5KQDA 3VEYA 2V52B 3IUCA 5BREA 3U4LA 3BUZB 1QZ5A 2P9UA 3D2FA 1U2VA 4H03B 3WT0A 3ZETB 3CQXA 4HWIA 1T6CA 3L4IA 1YXQA 4JN4A 4BR5A 5CE3A 4PKHA 1CZAN 2OANA 1E4GT 3FE1A 1BWFO 4BRQA 3H1VX 3UE5A 4BRKA 2NZTA 3U9DA 5AQRA 3MN7A 4CZKA 3TU5A 4I6MA 4FWMA 4XH1A 5BRDA 4BR0A 3CETA 4J8FA 3HZ6A 2P9SB 1LOTB 3R9PA 3FZKA 4JHDB 3MN9A 3ZEUB 5AQFA 3WEEB 1Q18A 2E20A 3EZWA 3FR0A 5EX5A 4BQZA 2P9PA 3DAWA 5AQJA 4FWQA 3O1WA 3ENHA 3GOIA 1Y64A 1ATRA 3ATVA 2WUSA 1BUPA 2D0PA 5JMVA 5E26A 2QWOA 4WQ4A 1YVNA 2PAVA 1Z05A 3L6QA 3LM2A 1ATSA 5BRHA 4ISGA 3SMPA 3VOVA 2VCPA 2E2PA 2E88A 4B1XB 5AZJA 1DGKN 3M1FA 3D7EO 3H6EA 5KPTA 5KQ8A 1OKJA 3RSEB 4RWTA 3O5BA 5AQZA 2HMPA 2BUPA 2J4RA 4FPBA 4Z94A 2F9TA 4O8KA 5B8HA 3AAQA 5EVZA 1ATNA 4BR4A 3VEZA 2GELA 3SMSA 1T44A 4NO7A 4WQ4C 2H3GX 1ZBSA 2EWSA 2CH5A 3WQTA 4A2AA 4BRIA 4JD2A 3C0BA 1TYQB 2QWRA 3H3NO 4H5TA 3UKUA 2IVOA 2Q2RA 3IFRA 2Q0RA 3G25A 4BRDA 5E84A 5BR9A 2P9KB 4CI6A 2I7NA 4BGAA 3VEVA 1X9JA 1ZC6A 3CJ1A 3UKRB 2IVPA 4H0VB 4B1UB 3HI0A 4BR9A 3KVGA 1MWKA 1GLCG 3A5NC 3BP8A 4BGBA 4A61A 2CGLA 3WUHA 2A40A 4ISFA 3HM8A 4BRGA 4JAXA 1K8KA 1NGHA 2ZGZA 3LDLA 1V4TA 4BRPA 1NGJA 1HJOA 3B8AX 4BC5A 3A5LC 1LCUA 2E2NA 3CJBA 1SQKA 3BF1A 3M3ZA 3ZETA 4K25A 3A0IX 3DXMB 4EIAA 3R8EA 1KAYA 5ELZA 2QXLA 2FF6A 3S41A 2DPNA 5FPDA 5AQGA 4YDUA 3LM9A 3HBTA 5FPEA 1XUPO 4BRCA 1H1VA 3D2EB 4PKGA 4DQ8A 2A5XA 3LDQA 2AA4A 1NGAA 3LL3A 4BC3A 2P9SA 1SAZA 1HLUA 4FPAA 5AQVA 3DJCA 4JHDA 3ZEUA 2YHXA 3BF3A 1WUAA 2VWBA 3KZBA 3WEEA 4YDUC 3ZX2A 4M7XA 4EFHA 5LY3A 3WXJA 4B1YB 4PL7A 3ENOA 1C0GA 3VGMA 4FWKA 2I7PA 4E1JA 3DXKA 5AFUA 2CH6A 1QQMA 1NGCA 3VF4A 4MLEA 4CZJA 1SZ2A 1BA0A 2A42A 4K41A 1U6ZA 4CBXA 2FSJA 2YHYA 2YJEA 3QDKA 4XEIA 4LC9B 2GWKA 4H0OA 2QWNA 3LDOA 3VEWA 3RSEA 1NLVA 1GLEG 4BRNA 5AQOA 5F2RA 2UYTA 1HKBA 4Y0WA 4MO5A 1DKGD 2KHOA 3L0QA 4H0XB 2QWPA 3TPQA 1JCGA 5LJWA 4BVOA 2ZGYA 4IZ9A 4F9OA 2QWMA 2V51B 1BA1A 3BEXA 5LJVA 1TYQA 2E2OA 3O08A 3H1QA 4RCHA 3EO3A 4CBWA 3WQUA 2QWLA 2P9UB 1ESVA 2V7ZA 3O8MA 1GLAG 3O80A 2P9KA 4NB4A 5AQHA 3VPZA 3C7NB 4BR7A 3UKRA 4CZMA 5AQPA 1NGFA 2P9NB 4B1WB 3FLCO 3GDQA 5JLFA 3FZMA 3MN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BU6O 2EX3A 3EZ5A 2HSTA 4LD0A 1RT6A 3FZFA 1WSEA 5KGWA 2YKNA 5M1FA 2YHWA 2HHUA 4H0TB 3ID6A 3PIPL 1S1VA 2P9IB 2A6AA 1IBMK 3M8PA 5AFUH 4CEBA 3CCEN 3I33A 1C0UA 1RTHA 3L4QA 4FJGA 1Z25A 1SKSA 3CCUN 2JLEA 2HW3A 1TKTA 1WNSA 3VF2A 2F96A 4Z0UA 2GUPA 4DFMA 1CZ9A 4H5VA 5JICA 3IMXA 4X65K 1BL3A 1TK0A 4BRFA 3HJFA 2VG6A 4OPAA 5JVGL 4CF2A 2X74A 4C1NK 4FSVA 4KH4A 5I9EB 1YF5L 1HPMA 1RNHA 2G8VA 1LWEA 4GMJB 3ZX3A 1J6ZA 2AP1A 1D5AA 3KLHA 2O8FB 4CEAA 5H1SQ 3M6GA 3MWTA 3DYAA 5HBMA 4LF6K 3J8AA 2Q1NA 4E7LA 4L3QA 2Z1HA 4PUOA 1ZBIA 2P51A 4YOYA 1OH8A 4N47A 4FOIA 2KZMA 1GOCA 4OX9K 3DM2A 3VGKA 1WAJA 4RW4A 1JL1A 3HSTB 5FPNA 3A5OC 3VETA 4CZEA 3QO9A 1NOYA 3M8RA 1NGEA 2OCEA 3VQQA 3LDNA 3FFKB 3VESA 1TKZA 2WC9A 3G0ZA 1U47A 1WBBA 3QFUA 3DLHA 2FLOA 2BH1A 5LMNK 3LWMA 4JI2K 1HR0K 4DB3A 2G8FA 5AQNA 2PY5A 3QB0A 3NFAA 2NNWA 3KTQA 3MXIA 1LW0A 2DTUA 1EWQA 5AZIB 4MO4A 1JCEA 4LSLA 1LWFA 4I9QA 1RBTA 3EKUA 1IJJA 2FBTA 1FXXA 2P9IA 3D2FB 3CQYA 1U2VB 1V4SA 3CIPA 3W0LA 4DV1K 4LF4K 3C6TA 3AY9A 2ITMA 4L8RB 1L3VA 1BHLA 3SJHA 1Q9XA 3DXKB 4CHPA 1UWBA 4B1ZA 1HKCA 2V7YA 4FW2A 1B92A 4IBNA 2GX9A 5TKYA 1EETA 4JEPA 4B8CA 3A8YA 1KVCA 3QBXA 4W5TA 4IFVA 1JCFA 3VQ8A 3THYB 1S6QA 4NCBA 4DV4K 3A5MC 4M3TA 4HUFA 1NK7A 3MX2A 4GVEA 4B1VA 2O8FA 3NH0A 4Z4IA 3GBTA 4IWVA 5ADXH 1FKOA 4BRLA 2JGUA 4QS7A 2E2QA 1TKDA 4J2EA 3KHYA 2QW9A 1BQNA 3WXLA 3CJ7A 4DV6K 4PHTX 3MMVA 4HTLA 1TUYA 4GKJK 5BPNA 2UUAK 5F1XA 1BOTO 4U67L 1K9MO 4JI0K 1QQNA 4UQGA 3DWLA 1VSIA 4FM2A 1ZBUA 3HTVA 4FJ5A 4WF9L 5AQTA 3MK6A 1RDBA 1F21A 3ZCMA 3SPZA 1EP4A 1NGBA 3SBTA 4DV2K 4CJEA 1R59O 4FXDA 1NGDA 2QTDA 4B9UA 5M1OA 4DQQA 5C25A 1RGIA 3JYTA 2QKBA 2Y1IA 4M7YA 3HSCA 1FK9A 1JLAA 2E8AA 4FCYA 2HF3A 3VGLA 1MDUB 5AZIA 5C42A 3I8DA 1K8KB 3TTCA 2FF3B 5KQDA 3S3NA 4CK2A 3IUCA 4CK1A 3CC7N 1YI2N 3OS1A 1XNQK 4YORA 2P9UA 3D2FA 4IDHA 1U2VA 4H03B 4HWIA 1ZBFA 2P5OA 1YXQA 4BR5A 2QKKA 2JWLA 1RT1A 4PKHA 1VSKA 3TSUA 1BWFO 4Q0BA 3OYIA 4B9TA 2OTJN 4DSIA 1KCFA 4Z4CA 2XRIA 4O5BA 3ZSWA 3MN7A 4DTRA 4XH1A 3THWB 3F9KA 2P9SB 1HYZA 3VTIA 2Z1GA 2KQ2A 3R9PA 3THYA 2XY5A 3CMEN 2X6SA 1NKBA 3WEEB 4CJVA 1N34K 4DV0K 4BE0A 4DSEA 4CE9A 4CFCA 3S9HA 3ENHA 4CJ5A 4B3OA 5I3UA 4PA1A 1J5OA 3LP2A 3SAFA 4K8XA 4IG3A 4NYNA 5E26A 1X1PA 4WQ4A 3L2UA 2PAVA 3SNNA 2E5LK 4FLUA 4MQ3A 4A57A 4DWIA 2HB5A 3OYJA 5KQ8A 4RWTA 4LH4A 5B8HA 2BUPA 3HPGA 3NMUA 3IRXA 1U4BA 3CG7A 2GV9A 4IEEA 4FM0A 3WNEA 3DLEA 4B9LA 5C15A 1VSDA 1U48A 5HROA 3MEDA 2CH5A 4BRIA 4IOXA 1TYQB 2QWRA 4M3XA 3WNHA 3H3NO 3NVKA 4LFBK 1RCHA 3ZLJA 2IVOA 2Q2RA 1BQMA 4DU1A 2ITGA 5JS1A 5E84A 4KRFA 5BR9A 5M1KA 2P9KB 1CZBA 4DTSA 1X9JA 3CJ1A 4FJ7A 1SS6A 1VAZA 3LPTA 4H8KA 4DUYK 1MWKA 2OPPA 2BGGA 2HNDA 3SUQA 2IGIA 3QETA 2VWJA 2W6KA 4ISFA 4YOXA 1K8KA 5GAHP 3LDLA 4BRPA 4WFAL 4BDZA 3HOTA 1BCMA 3CJBA 4FVMA 1S9GA 3BF1A 5SWMA 5J2MA 3A0IX 1KAYA 1JLEA 2QXLA 2FF6A 2GBZA 2HHQA 3S41A 1RILA 1NJIO 2NRZA 3R3LA 1VSMA 4YDUA 3LM9A 3HBTA 5FPEA 1REVA 1IKXA 4CFBA 3I56N 3H08A 1HQUA 3THWA 2P9SA 4RG8A 5AQVA 3A2FA 3DOLA 1SUQA 4NXNK 3KZBA 5KRSA 3WEEA 2QXFA 3ZSRA 2HBMA 1L3TA 3G6EN 4FJXA 4PL7A 3V1QA 4M3YA 1C0GA 3VGMA 2I7PA 5AFUA 4B3MK 1JKHA 4DSLA 1U6ZA 1U04A 2FSJA 4CF8A 3TAQA 2HBLA 4BACA 3K5OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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