3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
3QFUA 3HM8A 5AQOA 3VF6A 3LDLA 5BR9A 2ZWHA 3VEVA 3CJ9A 3FE1A 2E8AA 2P9PA 2PBDA 2EWSA 3HI0A 4Z94A 4H0YB 3FGUA 5LJVA 2CH5A 4BRDA 1NMDA 1SZ2A 4PL8A 2QWLA 3M3ZA 4GY2B 4Y0WA 1RFQA 4RTFD 1C0GA 2GWKA 5AQYA 4DQ8A 1GLLO 3WXLA 3SMSA 2E2OA 2CH6A 3DWLA 5BPLA 3D2EB 4BREA 4I6MB 4IZ9A 3EN9A 4BRMA 3OHRA 3FR0A 1YUWA 2FXUA 1E4GT 3BUZB 1NGIA 3UKRB 5AQTA 3ZX0A 3EKSA 3WEEB 5LJWA 3H3NO 3A5LC 3LDNA 3VENA 4YDUA 2NLXA 2VCPA 1EQYA 1NGFA 1V4SA 4WQ4C 5BRDA 3WQTA 3LDOA 3EKUA 2I7NA 1ZBSA 3U8XA 1GLJO 3R9PA 1GLFO 5KPTA 2E2NA 3B8AX 4FWRA 4IWVA 3VF2A 1GLDG 1XC3A 3GL1A 3CJ7A 1ESVA 1MA9B 3O80A 3QBWA 4XH1A 1Z6RA 4BRHA 5F1XA 4CJ7A 2GWJA 1KAXA 3FZHA 1MWKA 3CJAA 3EO3A 3CJ1A 3HZ6A 4FWQA 1KXPA 1NLVA 1H1VA 4CD3A 3UKUA 5BPNA 3VEOA 4GNIA 3QMLA 1WUAA 3CQXA 4BRLA 2ZF5O 4BRGA 4PKHA 2D4WA 3VEYA 3DXMB 1HUXA 4H0PA 3ZX2A 3L0QA 5AQPA 5FPDA 2A42A 3SK3A 3ZX3A 4BR2A 3DJCA 4WQ4A 1YVNA 2AP1A 1ZXOA 3I33A 1GLBG 1TUYA 3DXKA 1RGIA 1Y64A 5AQUA 3MDQA 1E4FT 4FO0A 1LCUA 1T6DA 3IMXA 2UYTA 2YI1A 3C0BA 4IJAA 2P9LA 5AQQA 4IJNA 5FPNA 1K8KB 5CE3A 5AQVA 3D7EO 1BO5O 3TPQA 2P9IA 5AQHA 2GTDA 3ULEB 2WUSA 4H5WA 5AZJB 4E1JA 3H3OB 2Q2RA 1ZC6A 5ELZA 3VEXA 5ADXA 3M6GA 4FWLA 4BG9A 3RSEB 3IUCA 5AZIB 1NGDA 5EXWA 2GUPA 5AQJA 1JCGA 1KAYA 2A40A 1JCFA 3O8MA 1TYQA 4CBWA 1DKGD 5AR0A 4BRCA 3WUHA 3MN7A 3VGMA 2ASPA 1X3MA 3FZLA 2FLOA 3U9DA 4FWPA 4L3QA 2E2PA 3A8YA 3FZMA 3FZKA 5KQDA 4JHDA 1U2VB 4XH4A 2E2QA 3R6MA 3MN6A 5FPMA 4H0TB 2P9PB 4DB3A 4BGAA 5JLFA 1YXQA 2IVPA 3G25A 3L4IA 4K42A 2V7ZA 4CZFA 4JD2A 5AFUA 4O5FA 3TU5A 4A61A 4ISFA 3VESA 3C7NA 1BUPA 3O1BA 2P9SA 3H45C 4BR0A 4EIAA 5FPEA 4YDUC 1IJJA 2NZTA 3H46O 5BN8A 2DPNA 1GLCG 2Q1NA 1QZ6A 1P8ZA 5BPMA 1MWMA 4RWTA 3LDPA 4CZLA 4B1XB 2I7PA 3ATVA 3SJHA 3ENOA 4MO4A 4LC9B 5F2RA 1GLAG 3ZEUA 3D2FA 3LM9A 3H1QA 4JNEA 1JCEA 4HTLA 1BDGA 4PKGA 3O08A 4RCHA 5EX5A 3GG4A 3HTVA 4BVOA 4MO5A 1NGAA 4FWSA 2V7YA 4BR9A 2CGKA 4EFHA 3O1WA 4CZMA 3W0LA 4M7XA 1ATRA 3JS6A 1SQKA 4KBOA 3J8AA 3VGKA 3GBTA 5E84A 5B8HA 3QB0A 1NGEA 1DEJA 5TKYA 4CBUA 4J8FA 2YJEA 4EHTA 1CZAN 1GLEG 3VPZA 4B1VA 2V52B 3R8EA 2Q0UA 1ATNA 3UKUB 3EZWA 3P4IA 4QS9A 2E88A 4B1ZA 3AARA 3VETA 4BG8A 2ASOA 4M63C 4BRQA 3SLCA 5EOYA 1OKJA 1BA0A 4CZIA 1NGBA 3KVGA 3AY9A 4PKIA 1T44A 5AQIA 1Q18A 5JLHA 3DXKB 3UE5A 1QQMA 3UB5A 5F0XA 3ATUA 1XUPO 2QW9A 3ENHA 4K41A 2YJFA 2BUPA 2CGLA 4BQZA 2QWRA 5AQKA 2P9KA 1KAZA 3MN9A 5JICA 2P9LB 3JXUA 1U6ZA 3AAQA 2QXLA 4BC5A 3DAWA 3GE1A 4B1WB 3VF4A 4M7YA 4FWKA 4BRFA 2ZGZA 2P9IB 2OANA 4FOIA 4DCHA 4BC4A 4CZEA 4BRIA 4B9QA 4JN4A 4CBXA 2P9UA 2VYPA 1BU6O 3ID8A 4QS8A 2PAVA 5AQSA 5BN9A 3LM2A 2FSJA 2P9NA 5I9EB 3A0IX 3HSCA 4BR5A 5EY4A 3ZETA 5AFUH 4A2BA 4EHUA 4FOEA 3A5NC 1TYQB 4BRPA 1X3NA 4FL9A 3M1FA 3CI5A 5AQXA 1RDWX 4XEIA 4A62A 2GELA 3CIPA 2BTFA 4K25A 5AQWA 4MLEA 4H5VA 2QWOA 1QQOA 4BC3A 2IVNA 3IDHA 2IVOA 1ATSA 3S41A 3WQUA 4JD2B 4CZKA 2QWPA 3IFRA 1NGHA 3C7NB 4BQLA 2P9SB 1TUUA 3O4WA 3GDQA 4H5TA 3MN5A 1HX1A 3QDKA 4FWOA 3A5OC 5AQGA 4PL7A 1QZ5A 2E1YA 1BA1A 4NO7A 4BGBA 3CJBA 3FFKB 2QWMA 3U9ZA 2QWQA 3SMPA 1YAGA 3CETA 2FF3B 1C0FA 3ZEUB 3D2EA 3D2FB 3VOVA 3FZFA 3MCPA 4FPBA 4I6MA 2F9TA 2YHWA 3WXIA 4CZHA 3WT0A 4IO8A 4FPAA 3UKRA 2HF4A 3WXKA 3WEEA 4AM7A 2HOEA 4BRNA 4EAHD 4FWMA 1WOQA 1HPMA 3QBXA 3H1VX 4JAXA 4H5RA 4H0XB 2F9WA 4QS7A 4CZGA 4H0OA 2QWNA 2D1KA 3BP8A 3BEXA 3VEWA 2ITMA 2IIRA 4BRAA 4BVPA 5LY3A 1NM1A 2YHXA 3QICA 1NGCA 4BRKA 1IG8A 3L6QA 3A5MC 1V4TA 1NBWA 5AQZA 5AQMA 1NGGA 2D0PA 1T6CA 4ISEA 2E20A 2FSKA 2QM1A 3H6EA 4H03B 1DGKN 1HKGA 3VGLA 2A5XA 1D4XA 4H0VB 2GEMA 3O5BA 4H5NA 4DHYA 3MK6A 2D0OA 4F9OA 3MMVA 2Q97A 5ADXH 4O8KA 3HBTA 1BOTO 3CERA 3LL3A 3KZBA 4WQ5C 4B1YB 2E1ZA 2HMPA 3CQYA 2ZGYA 1LOTB 5BRFA 1HKCA 1NGJA 1BG3A 2HF3A 5E26A 2FSNA 3DXMA 2FF6A 2J4RA 2A6AA 1NWKA 1SAZA 1S22A 1MDUB 2P9KB 2CGJA 4FSVA 3BF3A 3CHWA 4AM6A 3GOIA 3VEZA 2ASMA 4CD1A 4FWNA 3BF1A 4IXCA 3U4LA 5AQRA 4K43A 4CZJA 4ISGA 1R59O 2NRHA 1X9JA 2P9UB 1K8KA 3QFPA 4B1UB 4BR4A 5JMVA 1QHAA 1J6ZA 1Z05A 2Q0RA 3W3DA 5BRHA 5AQLA 2P9NB 1HLUA 3F9MA 5AQNA 4BC2A 2YCHA 3ULEA 4C23A 5AQFA 3ZETB 4A2AA 2A3ZA 5AZJA 3AAPA 4HWIA 4BR7A 1XQSC 5KPZA 2YHYA 3KHYA 1HKBA 2AA4A 2VWBA 3I8BA 4WYBA 2W41A 3RSEA 4BROA 5KPRA 3O6WA 4WQ5A 3LDQA 5BREA 2KHOA 4JHDB 5AZIA 3VERA 2Q31A 4MLHA 2A41A 4CI6A 1QQNA 5KQ8A 2Q36A 3FLCO 4NB4A 1S3XA 3EL2A 3CJCA 2W40A 2V51B 1BWFO 1HJOA 3WXJA 4XH5A 1U2VA 5EVZA 1G99A 2H3GX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP1A 4DQIA 4E1MA 3PSFA 1KC8O 3CCQN 2P9PA 3KKRA 3AVCA 5KRTA 4JI0K 2WBNA 3HI0A 1N32K 4A57A 2IOCA 2PYLA 3UIQA 1MU2A 4KHWA 1NMDA 4PQUA 4I2PA 1NK6A 1RT1A 4PL8A 2QWLA 1NJWA 2IC3A 4ZHRA 4GY2B 1HNXK 3AVJA 4DQ8A 1JKHA 2CH6A 2VGMA 4CW7B 5BPLA 4ELUA 5AJ3K 4FM1A 3V1QA 4BREA 4I6MB 4IZ9A 3PO4A 4EP5A 1C6VA 3EN9A 3OHRA 4A59A 2FXUA 4OPHA 1E4GT 3BUZB 1NGIA 1KCFA 5LJWA 4CF9A 1RT2A 2NUBA 1B9DA 3H3NO 3RMBA 1IKVA 3LDNA 1S5JA 4YDUA 1HMVA 3P1GA 2NLXA 4JK9A 2ZJPL 4KO0A 1V4SA 4RW9A 4WQ4C 1X1PA 5BRDA 4DWIA 2I5JA 1GLJO 5CR4A 1QHTA 5M1OA 4DMNA 1GLDG 3L2VA 1D9FA 3GL1A 1WBDA 4DSKA 3ZLJA 2XY6A 2DFFA 3CJ7A 1RBVA 1MA9B 3KLFA 4N41A 1Z6RA 4GKKK 5F1XA 2OYQA 4KB0A 3QETA 2O8EB 1MWKA 3EO3A 4FWQA 3CJ1A 5CYMA 4DR2K 4F3TA 1RBTA 2BGGA 1RDUA 4CD3A 1ASWA 5LMNK 2PY5A 4KHQA 1WUAA 4JI7K 3MECA 3HL8A 2HMIA 4LF4K 3VEYA 3DXMB 4BE1A 3L2UA 3SK3A 3O3GA 3L2RA 4BR2A 3DJCA 2HHVA 4WQ4A 1YVNA 2AP1A 2OZSA 4KTQA 3I33A 1GLBG 1RGIA 5HOOA 3T7ZA 3MDQA 3ZT1A 4CJFA 4DF8A 4F4KA 5GAEP 3IMXA 1ASVA 2UYTA 2YI1A 2P9LA 1QS4A 4LF5K 5FPNA 1K8KB 4BWJA 3TPQA 2IS3A 2GTDA 1FW6A 5LL6Z 3CPWM 5M1FA 4ELVA 2G8UA 3MX2A 4OLAA 4BG9A 3P31A 4OKEA 1RBSA 2YHBA 1NGDA 2P51A 1J54A 3O8MA 3OJSA 1S9EA 3KTQA 3WUHA 2ASPA 3DYAA 4CEQA 2XY5A 3FZKA 3DLKA 1U49A 5T7BA 4N5SA 1B92A 2E2QA 3THWB 2F7TA 4JK8A 3THXB 3KLGA 2Y1JA 2DFEA 4AHCA 3G25A 3RRHA 4JD2A 3IAYA 1KFSA 3ZT4A 3THYA 4B3OA 3MEDA 3OBYA 3O1BA 1RBUA 3NF8A 4IO9L 4ELTA 4DQQA 3P83D 3PSIA 2Q1NA 1VQLN 5J1EA 4CGJA 4CF0A 1ZBUA 4O8UA 2YNGA 4RWTA 1K8AO 5SZTA 1VQON 4IFVA 2I7PA 5HL7L 3MWPA 3ZEUA 3MXJA 2HSTA 3Q7BA 3MAQA 4G9ZA 3GG4A 4E89A 2D5RA 2NRWA 2V7YA 4BR9A 4J2DA 4CJQA 4JKDA 3W0LA 1ATRA 1BGXT 4CEFA 1SQKA 2YKMA 4C8KA 4FYDA 2IGIA 3GBTA 1DEJA 3AVGA 4F2RA 1J53A 1WBBA 4B1VA 2V52B 3KLIA 1Q7YO 3EZWA 3AARA 4FLXA 1IO2A 5KI6A 4BRQA 4IOAL 2IDOA 1UAXA 3KVGA 3KD5E 4PKIA 1S72N 5AQIA 1VQ5N 1QVFM 5GAHP 1TK0A 3QEXA 2UU9K 3ULDA 4WFAL 4CIEA 3EE8A 3K5MA 5JICA 2OTLN 4B1WB 3SUNA 4BRFA 2OANA 3F5TA 4FOIA 3OYAA 3RVCA 4CZEA 3VTHA 4B9QA 4CK2A 1R0AA 1M90O 4DR3K 1NK4A 2VYPA 3WNHA 3ZSZA 2PAVA 3VQ6A 4FJXA 4XIUA 4FZZA 1JLEA 3HSCA 4BR5A 5EY4A 3ZETA 4RW8A 5AFUH 2R7YA 4FJ9A 4ZTJA 1IH7A 3S3MA 4KH5A 1IKYA 1RDBA 1WN7A 4XEIA 3LANA 1EX4A 3OYEA 3S3NA 4OX9K 2HHWA 3CIPA 2UXBK 4Z4CA 2B6AA 4MLEA 3TTFA 2QWOA 3KWIA 1Q9XA 1EP4A 2E6LA 4DG1A 4H4MA 4AILC 3NH1A 4JI6K 3BZKA 2RKIA 1N34K 4DTJA 4JI5K 3THWA 3O4WA 3CCSN 3THXA 4NLBA 3GDQA 1K9MO 3OYKA 1D5AA 5AQGA 4H8KA 4NO7A 4HHTA 3LAMA 2QWMA 1VQ6N 3HVTA 3U9ZA 5GIOA 3MCAB 4CHPA 1G15A 4WFNL 4DTRA 4CEOA 2XO7A 3E9OA 3O9UA 3D45A 4NYFA 4B8AB 2RN2A 3FZFA 1SKRA 4CJKA 3EZ5A 2G8FA 2YHWA 4CZHA 4IO8A 2W6KA 2HF4A 3WEEA 2D0BA 2HOEA 4BRNA 2UXCK 1WOQA 1GOBA 3QBXA 3VQ8A 4JAXA 2OCEA 4B08A 4PY5A 1C1BA 3BEXA 3VEWA 2IIRA 5LY3A 3SAGA 1ASUA 3CCEN 3DOLA 3QICA 4LSLA 4CHNA 3SBTA 1CZBA 2NRZA 1QSSA 1NGGA 2X74A 3L4QA 1T6CA 2PYJA 2O8DA 2E20A 3H6EA 4H03B 3V4IA 4FZXC 1DGKN 4CJPA 4C8MA 4H0VB 4O44A 5IWAK 1Z26A 1YVUA 5ADXH 4O8KA 3HBTA 5GIPA 1BOTO 3R3LA 3KZBA 2HMPA 2YNHA 3CQYA 4DLEA 2ZGYA 5BRFA 1BQMA 1QSYA 4HVJA 2KLAA 5GAGP 4CF2A 2VG5A 2J4RA 1SAZA 1VRUA 2ETJA 1BI4B 4FSVA 1I94K 3CHWA 1WSEA 3SV4A 1ZBLA 3QEIA 3U4LA 3BF1A 1I39A 1JL2A 1VSIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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