3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
b'GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
2HMPA 4FWQA 5BRHA 2VYPA 3MN6A 4NO7A 4B1UB 1QZ6A 4I6MA 4DHYA 3HBTA 4DCHA 3UE5A 3FLCO 2HF3A 4AM6A 1H1VA 2P9SB 3ZX2A 3ULEA 3VEWA 2ZGZA 3WXKA 3VEYA 3KZBA 2QWNA 3C7NA 2P9LB 5BN8A 1ATRA 3J8AA 1Y64A 1YVNA 1YAGA 2E88A 4BGBA 4BRAA 4FWKA 4CZLA 2P9UB 1ZXOA 4DB3A 2P9IA 3U8XA 2FSJA 1GLAG 1YXQA 3AAPA 3HZ6A 3L6QA 4H0YB 5CE3A 3IUCA 3VEOA 4CZFA 3OHRA 3TPQA 2YI1A 3O5BA 2NLXA 4WQ5A 3IDHA 4L3QA 2CGKA 2QWQA 2IVNA 3CJBA 3ZETB 3W0LA 4A62A 3GBTA 2GWJA 2E2QA 4IJAA 3QBXA 2CH5A 2FF6A 3CQYA 5AQYA 3LL3A 5AQGA 3SLCA 3MN7A 2KHOA 5EOYA 5AQTA 2FSKA 4BRLA 4JHDB 5JLHA 3CJ1A 3EN9A 3UKRB 1KXPA 3MCPA 3GDQA 3U9ZA 3A8YA 3H1VX 3MK6A 5AQSA 1HKBA 5AZIB 3O8MA 3VF4A 2E2PA 3UKUA 2P9NA 4B1ZA 4FWRA 4EIAA 3VESA 2CGJA 4PKIA 4CZJA 3DXKB 2QWRA 3DXMB 3GG4A 2D1KA 5BR9A 1WUAA 4QS8A 5EXWA 4A61A 4BRKA 3O4WA 5LJWA 4BRNA 3FZKA 2A3ZA 2E1YA 3VENA 3M3ZA 1CZAN 1LCUA 1J6ZA 3FE1A 4B1YB 3VERA 3SJHA 3ZEUA 2ZGYA 3MDQA 4MO5A 1SAZA 3CI5A 2YHWA 3WXJA 4PL7A 3GOIA 2DPNA 1IG8A 4FWSA 5EVZA 1U2VA 5JLFA 4CJ7A 4CBXA 2D0PA 3CIPA 3ATVA 3L4IA 2ZF5O 2VWBA 1BDGA 1R59O 1BA0A 2YJFA 4H03B 4H0PA 3R9PA 4CZEA 1ATSA 1MA9B 1NBWA 5BREA 2ASPA 5F0XA 1NM1A 4EHUA 1ESVA 2GWKA 3CERA 3R6MA 1X3NA 3LM9A 4BRPA 3BF1A 3O1WA 2PBDA 5KPTA 3CJ9A 4MLEA 1GLJO 4CZIA 5AQVA 1GLBG 3FR0A 4A2AA 3FZHA 1E4FT 2QW9A 3WXIA 4FL9A 3A5LC 2A6AA 3QDKA 1DEJA 5AZJB 1EQYA 3H6EA 4BRHA 4BRIA 4FWMA 5LJVA 4BVOA 3ENOA 3M1FA 4BRGA 4H5VA 4EHTA 2FF3B 2FLOA 2QWOA 2ASOA 5FPNA 1E4GT 3HI0A 1HKCA 1NMDA 4K25A 1GLFO 3A0IX 4BR7A 5AQZA 4B1VA 3SMPA 4H5NA 4A2BA 3BP8A 1TYQB 1Z05A 4E1JA 3L0QA 5AQWA 1NGBA 2HOEA 2P9SA 3WEEB 2OANA 2CGLA 1S22A 4BG9A 3JS6A 4FWOA 4FPAA 4HTLA 2P9LA 4M63C 1TUYA 3CQXA 5AQOA 3SK3A 5AQPA 3LM2A 5BN9A 2P9UA 4FOEA 5KQDA 4J8FA 4XH5A 4IZ9A 2BTFA 1MWKA 1U6ZA 1NGDA 3CJCA 3EL2A 4QS9A 2Q1NA 2IVOA 3FGUA 1Z6RA 4YDUC 5FPEA 4H5WA 3M6GA 1NGFA 2FSNA 4BQLA 4CZGA 3ZETA 4FWLA 1QZ5A 1ATNA 2P9KB 4FO0A 1T44A 3LDQA 3EKUA 1BO5O 5TKYA 4B1XB 3CETA 3QICA 1NWKA 2E8AA 2NRHA 3VGLA 2P9KA 4WQ4C 1C0FA 3IFRA 5AQMA 3FZFA 1TUUA 4AM7A 5BRDA 3BUZB 4BRCA 3WQTA 5BPLA 5E84A 5FPMA 2IIRA 3QBWA 4JHDA 1V4TA 2HF4A 1K8KB 3UKRA 4ISEA 3DAWA 4FWNA 1X3MA 3I33A 2ITMA 3FZMA 5AZIA 3GL1A 2Q2RA 1HJOA 2IVPA 3U4LA 3WUHA 1SQKA 4EAHD 2QM1A 4BVPA 2F9TA 3DXKA 3DXMA 3H46O 4BR5A 4C23A 2UYTA 2Q31A 5EY4A 3ATUA 1S3XA 5LY3A 2W41A 4CI6A 2EWSA 5AQRA 1G99A 4BR2A 4CBWA 2GUPA 1BA1A 2E1ZA 3G25A 2W40A 4IWVA 4JNEA 2NZTA 3UB5A 4O5FA 1DGKN 2H3GX 1BUPA 4BRDA 2Q97A 2V51B 4K43A 4Y0WA 4IXCA 4WYBA 3DWLA 1JCGA 4GNIA 3D2EB 4CD3A 1DKGD 1NLVA 3A5NC 5KPZA 4PL8A 4BRMA 5ADXA 2QWMA 3D7EO 2WUSA 2FXUA 4GY2B 3D2FB 3ZX0A 3VF6A 1QQNA 1XC3A 4WQ5C 3CJAA 4FPBA 5AQUA 2A5XA 4F9OA 1NGIA 4M7YA 3VEVA 4XH4A 2QXLA 2AP1A 3CJ7A 1GLCG 1BU6O 4FSVA 3WQUA 4BGAA 4BR0A 3RSEB 1HKGA 3MMVA 4WQ4A 5AQLA 4JD2B 4DQ8A 5AQHA 2V7YA 5E26A 1BG3A 1IJJA 3HM8A 4ISGA 4ISFA 3HTVA 4LC9B 4BC5A 2GELA 4PKGA 4BG8A 5AZJA 4EFHA 2GEMA 4CD1A 1HPMA 1WOQA 2P9PB 3H1QA 5AQXA 1NGCA 1QQMA 3ID8A 3ENHA 5ELZA 5B8HA 4H5RA 4MO4A 1BWFO 4CZMA 4I6MB 4BR4A 3JXUA 1XUPO 3IMXA 3S41A 3VETA 2A40A 5ADXH 5F1XA 4BROA 1TYQA 1GLDG 1MWMA 1HUXA 4H0OA 4FWPA 3ULEB 3VGMA 1XQSC 3QB0A 3EKSA 2F9WA 3WEEA 4B9QA 3C7NB 3QFPA 4M7XA 1KAYA 2YJEA 3FFKB 1T6CA 5AQFA 4B1WB 3VEZA 1JCFA 2P9IB 4IO8A 5AQNA 3H45C 1ZC6A 4CZKA 2V7ZA 2AA4A 3BF3A 3EZWA 2D0OA 2YHYA 2J4RA 4PKHA 4BQZA 2BUPA 1NGEA 4BC4A 1Q18A 1P8ZA 3A5OC 1T6DA 1RGIA 3C0BA 2QWLA 4IJNA 1HLUA 4BR9A 5JICA 2VCPA 1QQOA 3TU5A 2E2OA 2YCHA 2Q0UA 3LDLA 4JAXA 4H0XB 5AQIA 3O1BA 1NGAA 3CHWA 3ZX3A 5I9EB 3VPZA 3I8BA 1NGJA 5F2RA 2A42A 4XH1A 1MDUB 3U9DA 1K8KA 4CZHA 1D4XA 3FZLA 3O80A 4H0TB 3P4IA 3UKUB 1LOTB 5AR0A 4BREA 1KAXA 2P9NB 3KVGA 3AY9A 4NB4A 2ZWHA 5KPRA 4FOIA 2I7PA 2YHXA 1JCEA 3MN9A 5FPDA 2GTDA 1SZ2A 3B8AX 1OKJA 4RWTA 3GE1A 2A41A 1YUWA 4BC3A 1KAZA 2D4WA 2E2NA 5AFUA 4H5TA 4O8KA 3BEXA 4MLHA 2QWPA 3H3OB 1GLEG 3ZEUB 4BRFA 1RDWX 2E20A 4K42A 4HWIA 1V4SA 3DJCA 5BPMA 4XEIA 4YDUA 3AARA 1U2VB 3VOVA 3W3DA 3F9MA 1QHAA 2PAVA 3D2EA 4RCHA 5EX5A 5JMVA 3QFUA 2ASMA 3QMLA 2I7NA 1RFQA 5BPNA 3VGKA 3D2FA 4BRQA 4KBOA 2Q36A 1ZBSA 4K41A 3O08A 3LDNA 1NGHA 4CBUA 4RTFD 3RSEA 5AQKA 5BRFA 3WXLA 1BOTO 1X9JA 3VF2A 4Z94A 5KQ8A 4JD2A 1HX1A 3KHYA 4JN4A 3O6WA 5AFUH 3R8EA 3EO3A 5AQQA 3WT0A 4BC2A 3A5MC 2CH6A 2V52B 3MN5A 3AAQA 3LDPA 1C0GA 2Q0RA 4QS7A 3LDOA 4H0VB 5AQJA 1GLLO 1NGGA 2P9PA 3VEXA 3SMSA 3HSCA 3H3NO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KWIA 4CHZA 3L8BA 2HVIA 4DHYA 4ZTFA 3HBTA 1NK4A 1S6PA 3D0PA 3ZX2A 3C65A 3PX0A 3WXKA 4M42A 3WNFA 4OGCA 2P1JA 1HMVA 3O3GA 4GMJB 2P9UB 3F73A 2P9IA 3RMAA 4I2QA 3HZ6A 4PHTX 4PY5A 1KQSM 2YI1A 1IKWA 3O5BA 3OYMA 3DLLL 1WSHA 5J2PA 3KLHA 2CGKA 3RWUA 2GUIA 1K6YA 1WSJA 4IEIA 5DM6L 3NMUA 1EETA 1REVA 5M1PA 2QA4N 1KD1O 2KQ2A 3VQQA 4IJAA 3SAGA 5GIPA 1DLOA 3CQYA 4YOUA 3P83D 3LL3A 1LWFA 3SLCA 4IFEA 3MN7A 3NGZA 2KHOA 1RDAA 1RILA 2LSNA 2FSKA 4BRLA 5JLHA 4NXMK 1IO2A 3EN9A 3MXJA 4HHTA 1CXUA 1TL3A 4JLHA 3ULDA 2WC9A 2VG7A 3H1VX 3MK6A 3MXMA 3RR8A 1GOAA 3O8MA 1U48A 3PIOL 4Z4HA 3NAEA 3V9UA 4CEOA 4LF9K 2VQEK 2KFZA 4QCLA 2DFEA 4A61A 4OLAA 1TK5A 1HR0K 1S1WA 2E1YA 1YF5L 3P39A 4OPKA 3M3ZA 1JLFA 1LCUA 1J6ZA 5GIOA 1OVYA 4IG3A 3V9XA 1HYVA 2F7TA 2FBVA 4N5SA 2YHWA 3K0SA 4B9SA 4OJRA 3CCUN 1U2VA 2Y1IA 4CBXA 3L2UA 2ZJRL 3KKRA 4DSLA 5HRPA 3HL8A 1R59O 4WF9L 4H03B 5FDLA 4DR6K 4H4OA 3NVMA 4IDKA 4G9ZA 1NBWA 3VQ9A 4FJ8A 5BREA 2HHUA 4OKJA 1L5UA 1KLNA 2QK9A 3ASMA 2YHBA 2GWKA 2OZSA 3R1XA 2G8WA 1K73O 4JK8A 3HP9A 2RN2A 3THWB 4BWMA 1GLJO 3CCJN 1OH7A 2XRIA 3PX4A 1Q8IA 4DSIA 4A2AA 4ILJA 3FZHA 2BE2A 3F9KA 1QVFM 4KTZA 2E5LK 3H6EA 3IS9A 4JI2K 1RDCA 1RBVA 2Y1JA 4BRIA 1NJYA 4BVOA 3ENOA 3M1FA 4EHTA 2QWOA 1E4GT 1HKCA 1NMDA 3ZSQA 4BR7A 3G6EN 4H5NA 4EP5A 1TYQB 1Z05A 1WSFA 4E1JA 2PZSA 3DYAA 2HOEA 2NRRA 1LW2A 1S22A 2BDPA 3VTHA 4JKFA 4FPAA 4IOAL 1TUYA 3CQXA 5LMUK 2BANA 3LM2A 3J80O 4HUEA 1WSIA 1J54A 5KQDA 4LF8K 2RPIA 4CW7B 4KH6A 1NGDA 3ALYA 3CC4N 1ZBHA 3AVKA 4RW9A 4FCYA 4FZZA 2NRZA 1QZ5A 3AVBA 2P9KB 3THVA 3SUQA 1BO5O 2HMIA 3ZT1A 4KREA 3QICA 3PLAA 3VGLA 2R7YA 3IFRA 2OCEA 5AQMA 4FJXA 3FZFA 1S72N 4AM7A 2O4GA 3NH0A 2D0BA 4BRCA 1VSKA 3QBWA 4JHDA 2GX9A 1K8KB 3KTQA 4B9UA 3FZMA 2HVHA 1EP4A 5M1QA 1JLGA 1XWLA 3MECA 2QM1A 4BVPA 4DQPA 2HHWA 2Z1GA 3C6TA 1D9DA 4BDPA 4G1QA 5AQRA 2KZMA 1N6QA 4FZXC 2GUPA 4C8NA 2ATQA 2E1ZA 3G25A 4IWVA 3AVLA 4B3TK 1DGKN 3THYB 2Q97A 1TGOA 4Y0WA 1ZBLA 4DR4K 2X6NA 3AO2A 3DWLA 4GNIA 3V1QA 1IBMK 1XC9A 3D2EB 4DSFA 4CFCA 5KPZA 2ZM6K 2QWMA 1KCFA 1FKPA 1QE1A 5T7BA 2NUBA 4W5RA 4LF5K 2O8EA 4O44A 2Z1HA 3KD1E 4WFBL 3AVHA 3VEVA 4XH4A 4Z4FA 2AP1A 4JK9A 5HRRA 4CJUA 1GLCG 4FSVA 4CIEA 3DI6A 1NU0A 4GV9A 3TAGA 3AA2A 3ZCMA 2B4JA 4DSKA 3PIPL 1WAJA 2E6LA 4JKDA 4CGGA 2HHVA 4Z4GA 5AQHA 2V7YA 3TI0A 1IJJA 4BC5A 4CJ4A 4M3UA 4CD1A 4H4MA 1WOQA 3H1QA 3QEIA 4ID1A 4YY3K 4H5RA 1YJ9N 2HW3A 3JXUA 1XUPO 1VQON 5F1XA 3VQ8A 4BROA 3V1OA 1HUXA 3ULEB 4DTNA 2G8FA 3WEEA 3QB0A 3EKSA 1FW6A 3DLBA 3LAMA 1U45A 1RT3A 1T6CA 2D5RA 5AQFA 2PFUA 3V6DA 1JKHA 2G8VA 2UUAK 3T1YK 4ELUA 3PO4A 3MEGA 1RDDA 2AA4A 4DR3K 1VHXA 3VQDA 4A5BA 1SV5A 3BF3A 2VG5A 1TV6A 2D0OA 2YHYA 3HOSA 1M90O 4PKHA 2HHXA 4C8KA 2BUPA 1P8ZA 4AHRA 3O9QA 3K57A 4CEZA 3C0BA 5JICA 4BR9A 1BQNA 3C95A 1QQOA 3SZ2A 3O9TA 3L3VA 4FW1A 3LDLA 1CXQA 4KHSA 3OY9A 3CFOA 5AQIA 2KW4A 4DR1K 4F3TA 3J81O 2WONA 3QEXA 3VPZA 4M3YA 2OPSA 4AF1A 3C6HA 2OPQA 1FK9A 4H0TB 4E7HA 4DFMA 1X9WA 5AR0A 3DRSA 3J7AP 4FJMA 4E0DA 2I7PA 4AHUA 3VQCA 3HVRA 1JCEA 3OVNA 2UUBK 3MEDA 4WCEL 4FZYA 4RWTA 4O0JA 4BC3A 5C12A 1KAZA 1RCHA 3SV3A 4JRQA 1S1XA 2QWPA 3H3OB 2OA8A 3TARA 4MDBA 5BPMA 4PQUA 2FBXA 3AVNA 1ASWA 3F9MA 3EYZA 5JS2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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