3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
molecule tags Transferase
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
5AQMA 3ZX3A 4Z94A 5KQDA 1RFQA 1QZ6A 3KVGA 3UB5A 3CJCA 1GLFO 4FWRA 3ULEA 3WUHA 4FOIA 3A0IX 4H0VB 1YVNA 3BEXA 2QWMA 4LC9B 3VETA 1X9JA 2CGJA 5KQ8A 1JCFA 3H3NO 2QWNA 3ULEB 4H0XB 5AQFA 4GNIA 5E84A 4CZFA 3UE5A 1NGIA 3O1BA 4NO7A 3R8EA 1NGBA 3CQXA 2P9IB 5AQXA 2CGKA 3HZ6A 4K41A 1T6CA 1QHAA 1C0GA 4H03B 3KHYA 2GWJA 4DHYA 3ENHA 1RGIA 2Q31A 3M1FA 3QMLA 1HKCA 3GE1A 3P4IA 1DGKN 4FPAA 1GLAG 3ZETB 5EVZA 3DXKA 3VF6A 1ESVA 3HTVA 4AM6A 4ISEA 3VOVA 4O8KA 1SAZA 3EN9A 4BC5A 3GBTA 4B1XB 1NGAA 5AQUA 1H1VA 3O5BA 5F1XA 3DXKB 1V4SA 3ENOA 4FWOA 3VESA 4CZIA 1C0FA 2QWRA 4CBUA 2P9UB 2GWKA 3MK6A 3MMVA 3A5MC 4CBWA 5AR0A 3L0QA 3UKUA 1P8ZA 4DB3A 2P9NA 2P9LA 3SMSA 4XH5A 3O1WA 4CZKA 3GOIA 2D1KA 3QB0A 2H3GX 1TYQB 2E8AA 3WEEA 3O80A 3UKUB 4FOEA 2KHOA 5AQNA 3FZMA 1BA0A 5FPEA 4JN4A 1NGGA 5CE3A 2AA4A 4F9OA 1GLBG 3IFRA 1BWFO 2E1YA 2FLOA 3L4IA 4B1UB 3DXMA 3A5LC 4BRHA 1DKGD 1HUXA 3FGUA 1ZXOA 3WT0A 5EX5A 2E2QA 3GDQA 5ADXA 3DXMB 1NGHA 5BRHA 3D2FB 3VPZA 3VEZA 1KAXA 2I7PA 1Z05A 3J8AA 3U4LA 2ZWHA 4H0YB 1T44A 3D7EO 2Q0UA 4K42A 1JCGA 3DJCA 3WXIA 1MDUB 1K8KB 3H1VX 4RTFD 2QWQA 3CETA 5E26A 4GY2B 4BRKA 1HKGA 2W41A 5AFUH 2P9KB 2D0OA 3GG4A 4IXCA 2CH5A 5BREA 4BREA 4BRPA 3FZHA 3H6EA 5TKYA 4A61A 3R9PA 3O6WA 2PAVA 3VGMA 4RWTA 3O08A 1R59O 4NB4A 3ZEUA 4EIAA 5AZJB 5BR9A 2QW9A 5AQWA 4A2BA 1BOTO 4H0PA 1QQNA 2FF3B 3IDHA 2Q97A 4M7XA 3MCPA 3MN6A 4H5NA 2IIRA 2D0PA 4BRFA 1KAZA 1LCUA 1YXQA 3L6QA 4H0OA 5AZIA 2GTDA 2P9SB 4PL8A 4H5WA 2IVOA 2YHWA 3RSEA 3ZX0A 4XH1A 2E2OA 3U9ZA 4CZHA 1Z6RA 4BR7A 1ZC6A 4BG9A 4CBXA 5AZIB 3QBXA 3U8XA 2GEMA 3RSEB 3B8AX 3I8BA 5AQYA 1MWMA 5ELZA 1KXPA 3O8MA 4MO4A 2NLXA 1ATRA 2FSNA 2YI1A 4QS8A 3LDOA 3M6GA 1DEJA 3CERA 3GL1A 2YHXA 3O4WA 3FR0A 2IVPA 2J4RA 3IUCA 4DQ8A 3HM8A 2CH6A 3U9DA 3G25A 4BR9A 3VF4A 4E1JA 3QBWA 1E4GT 3CHWA 1BG3A 1BU6O 5BN9A 4BC4A 3H46O 1GLDG 3FE1A 4FSVA 3EZWA 4IZ9A 1NGCA 2HF4A 1D4XA 2E2NA 2EWSA 3VERA 4A2AA 5F2RA 1CZAN 2VYPA 3SLCA 4BRNA 4BRMA 3UKRA 1RDWX 2FXUA 5AQOA 5BRFA 3HI0A 1NGDA 3HSCA 1HJOA 3CIPA 5AQRA 3TPQA 1XQSC 3M3ZA 3UKRB 2Q2RA 4K43A 3VEOA 1EQYA 2YJFA 1S22A 5FPDA 1NLVA 3ATUA 3R6MA 3BP8A 3WXLA 2FF6A 3DWLA 3EKUA 3LDPA 2OANA 4BC3A 3VENA 2V51B 2P9NB 1U6ZA 1WUAA 2P9LB 4FPBA 5LJWA 2ASPA 4H5TA 1SQKA 3HBTA 1NWKA 4WQ5C 2ITMA 5AQKA 3AARA 3WEEB 4HWIA 2A6AA 3FZFA 4WQ5A 4Y0WA 4ISFA 3DAWA 5LJVA 1IG8A 5BPNA 2Q0RA 4H0TB 3LL3A 4A62A 4XEIA 5AQLA 4O5FA 3VEYA 1ATSA 1QZ5A 3C0BA 3FLCO 5EXWA 4BRDA 2F9TA 2QWPA 4CZLA 1QQMA 4PKIA 3FZKA 4PKHA 4WQ4C 1X3MA 3H45C 5AQQA 4IO8A 4ISGA 4WQ4A 2NZTA 3JS6A 2V7ZA 3KZBA 4M7YA 3EKSA 3VEWA 3AY9A 5JICA 4FL9A 4RCHA 1MWKA 1GLEG 2HOEA 5AQSA 4YDUC 5FPNA 3WQUA 4BVOA 2A5XA 3IMXA 1HLUA 2A40A 1MA9B 1GLLO 4FWQA 4YDUA 4BRAA 1NM1A 2V52B 5KPTA 2YCHA 4BRGA 3D2EA 2F9WA 4KBOA 4B1WB 5AFUA 3QFPA 2FSKA 3ATVA 3WXKA 1NGEA 1U2VA 4FWPA 3F9MA 3EO3A 4PKGA 1TUYA 1HPMA 3FZLA 4JHDA 5AQTA 1GLCG 3ZEUB 3LDQA 4CZGA 2CGLA 4BR5A 4CD3A 4BR2A 1U2VB 4FWKA 3CJ7A 5JLFA 4BRQA 4H5VA 1YUWA 1KAYA 1HKBA 2PBDA 3VEXA 3VF2A 5EOYA 2QWLA 2GELA 3JXUA 5AQIA 5JMVA 3BF1A 4EHTA 1Q18A 3AAQA 4MLHA 2IVNA 4AM7A 5BPLA 3CJ9A 4BRLA 1E4FT 4B1ZA 5I9EB 4MO5A 3VGKA 2AP1A 2ASMA 3H1QA 2YHYA 5AQHA 4CZMA 1G99A 4BGBA 4DCHA 3OHRA 2HMPA 5F0XA 1BA1A 4PL7A 2P9IA 4FO0A 1SZ2A 4BVPA 3SK3A 5LY3A 2YJEA 3ZETA 4I6MA 1NMDA 2Q36A 1BDGA 4FWMA 3WXJA 5AQZA 4JAXA 1JCEA 2I7NA 4B1YB 2HF3A 2ASOA 4EAHD 1OKJA 4BG8A 5BN8A 3W0LA 2E88A 1NGJA 4I6MB 3QFUA 4HTLA 4J8FA 3SJHA 5KPRA 4BR0A 4EHUA 3MN5A 4WYBA 2P9UA 1J6ZA 2QXLA 2DPNA 3WQTA 1TUUA 4CI6A 2UYTA 3LM2A 4MLEA 4BROA 2W40A 1T6DA 1YAGA 1ZBSA 3BUZB 4BGAA 1S3XA 1TYQA 3I33A 4K25A 1NBWA 1WOQA 3CJ1A 4M63C 1LOTB 2VCPA 1QQOA 4BRIA 2WUSA 4B1VA 2E1ZA 2FSJA 3QDKA 4L3QA 5JLHA 4QS9A 3SMPA 5ADXH 5BPMA 1BUPA 1Y64A 5KPZA 2ZGZA 3QICA 5BRDA 1IJJA 3BF3A 3C7NA 5AQGA 2QM1A 2BUPA 2QWOA 4IWVA 2D4WA 3AAPA 3D2FA 3CJAA 2GUPA 1GLJO 3C7NB 3EL2A 4B9QA 4IJNA 1XUPO 4IJAA 2NRHA 2P9PA 4BC2A 3TU5A 5AQVA 4CJ7A 2A41A 2ZGYA 2A42A 4C23A 3FFKB 3MDQA 2BTFA 2Q1NA 1K8KA 4FWNA 3W3DA 3CI5A 2P9PB 3LDLA 3LM9A 2E2PA 2P9KA 3LDNA 2V7YA 4XH4A 1XC3A 3VGLA 4FWSA 1NGFA 5FPMA 3A5NC 5B8HA 4BQZA 4BRCA 1X3NA 4FWLA 4BQLA 1BO5O 4CZJA 4QS7A 2A3ZA 3D2EB 1ATNA 3ZX2A 3A5OC 2VWBA 5AZJA 2E20A 5AQJA 4EFHA 4JD2A 3S41A 4JNEA 4BR4A 1V4TA 4CD1A 4JHDB 4H5RA 1HX1A 3ID8A 3VEVA 3MN7A 3MN9A 5AQPA 3A8YA 3CJBA 3H3OB 4CZEA 2P9SA 2ZF5O 4JD2B 3CQYA 5EY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8OA 3M8RA 1BI4A 1SUQA 1RFQA 4M3RA 3CC2N 3KVGA 4Z4IA 3DLGA 5HRPA 4FWRA 4FOIA 4FZYA 1BI4B 3EZ5A 4CJFA 4GNIA 3LALA 1TKDA 4GVEA 3O1BA 2RN2A 3VMFB 3Q7BA 3R8EA 5T7BA 1RBVA 1G15A 2QI2A 4K41A 1T6CA 4CHZA 1QHAA 2WONA 2GWJA 4AHRA 4FPAA 3QMLA 2Q31A 3M1FA 4AILC 4DV0K 3KD1E 4KRFA 4FK4A 3O9TA 2HHSA 3J7YP 2HBMA 4KH4A 3PX0A 4DSEA 3QEXA 1ZBLA 4MDBA 2G8FA 4O8KA 4FK2A 1JL2A 3O5BA 4JLHA 1V4SA 3ENOA 1C0FA 3MK6A 3T7ZA 4CBWA 5AR0A 2HBLA 1RTIA 4CF8A 1VQ7N 4R5PA 2W6LA 3E9PA 3O80A 4I2PA 1QSLA 2OZSA 1SL1A 5AQNA 3FZMA 5FPEA 4FCYA 4KTZA 2O8FA 4CEAA 1GLBG 2E1YA 4B1UB 4I9LA 4DR2K 3A5LC 3RMCA 4BRHA 3P39A 1LWCA 4CJTA 4CHQA 4F2RA 5EX5A 2O8FB 3P83D 3CCLN 3OYHA 4A59A 3KD5E 4KFBA 3HYFA 5ADXA 2KW4A 5BRHA 4M3TA 1TKXA 4FM1A 4CJUA 4DUYK 2ZM6K 3D0PA 1KAXA 2HHXA 3PUFA 5CY4A 3U4LA 3K9JA 2ZWHA 1Q8IA 2D0CA 4K42A 1JCGA 1RBSA 5EU7A 3EEQA 3DOKA 3SQ0A 1QHTA 4RTFD 3CETA 5E26A 3THVA 3VQCA 1HYVA 3LAMA 4X66K 4IXCA 5LL6Z 3CCUN 3RWUA 2OCEA 4W5QA 1KFDA 4BREA 2ITGA 4BRPA 4WFBL 3AVNA 4E7IA 4DSLA 1RT6A 3RR7A 4B08A 2IDOA 1RDAA 4NYFA 2I5JA 5GINA 4RWTA 5DMRA 2NUBA 2QW9A 4A2BA 2FF3B 5CYQA 4IOCL 1S1VA 4HUFA 2IIRA 2D0PA 1X9MA 1A5XA 1RT7A 4H0OA 4DTRA 4FJHA 2IS3A 5JVHL 3RMDA 4XH1A 2E2OA 3CQ8A 4PUOA 5H1SQ 5HP1A 1U48A 1W7AA 2GEMA 1L3TA 3B8AX 3ITHA 4E0DA 3ZT2A 1KXPA 2NLXA 1VSHA 3HP9A 3V9WA 3M6GA 3CERA 2YHXA 3IUCA 3OVNA 4DFKA 2O8DB 5FRMA 3WXMB 4BR9A 1NJWA 2O8CA 4DS5A 4DS4A 2P5GA 1C1AA 1L3SA 4BC4A 5BN9A 1RCHA 3AVCA 4DQRA 2UXBK 4O55A 1NOZA 4CGHA 1N33K 4IZ9A 3OBYA 4DQSA 4Q0BA 2O8CB 1FW6A 1WSFA 3E9LA 4GMJB 5F2RA 4FM0A 1CZAN 1VQ8N 2ATQA 2VYPA 3SLCA 3AO4A 3LP3A 3ZSYA 2NRZA 5C2DA 1OH7A 1Z26A 4CF2A 4LF7K 3HI0A 4LH5A 1XQSC 3ZSVA 3J7ZO 1NJYA 3C94A 1BIUA 3HM9A 3SJJA 4FW1A 3R6MA 4M3UA 3WXLA 2FF6A 3ZYYX 2P9NB 4AHUA 3HBTA 2QXFA 4ILHA 4HWIA 1NK4A 2OYQA 1TK8A 2OTJN 4FW2A 4AHTA 1IG8A 3VQDA 2G8KA 5BPNA 4H0TB 3VQQA 5M1NA 3PX6A 1ATSA 3C0BA 3DRSA 2JLEA 1LW0A 4BDZA 3OW2M 4CK2A 3G4SN 3O3FA 4ICLA 3FZKA 3IKMA 4H4OA 3H45C 4IO8A 3NGYA 4ISGA 4JI7K 3VQ8A 4Y1DA 3U6FA 3KZBA 1A5WA 3AVHA 3N4PA 1K9MO 3KIOA 5FDLA 1MWKA 2HOEA 3CCJN 2OPQA 4M3YA 1MA9B 3DLLL 4CEOA 5KPTA 5KGXA 4KTQA 3IAYA 1WAJA 4DV3K 5J2PA 3CCMN 4KBOA 3O3HA 3WXKA 1NGEA 3VQEA 2O8EB 4B9UA 2G8IA 3ZEUB 4CW7B 1S6QA 4CZGA 4O0IA 3K58A 3DMJA 4H5VA 4C1NI 3CCRN 4E7KA 1N36K 5EOYA 1LWEA 5GAHP 3BF1A 2KZZA 1Q18A 4FK0A 4MLHA 2IVNA 4CGJA 3IS9A 4OLAA 2O4GA 3OYIA 3H08A 4GKJK 5I9EB 4MO5A 3VGKA 2ASMA 3MEEA 5AQHA 3OYDA 1KVBA 4DCHA 3LP0A 2P9IA 4DTMA 3TANA 2RKIA 4CJVA 4X62K 4LY7A 1J9AA 1SZ2A 3ZSWA 4BVPA 3SK3A 2OPRA 4E7LA 3LPUA 3ULDA 4AF1A 5AQZA 4JAXA 4B1YB 4AHSA 4X65K 3CMAN 3NGIA 1CZBA 4E3SA 1UWBA 4OKJA 3SJHA 2WC9A 3J81O 4BR0A 4EHUA 4N56A 2DPNA 1YJWN 1TUUA 1TAQA 2UYTA 1QSYA 3OJSA 3J80O 4IOAL 4Z0UA 1YAGA 1VSJA 4M3WA 1TYQA 2ZQBA 3V1RA 4DKWA 3LZJA 2VCPA 1QQOA 3AVLA 4BRIA 3QDKA 1VSDA 2GUIA 1A5VA 4QOZB 3K5OA 3SMPA 5ADXH 1BUPA 3LWMA 3QICA 4CERA 3QNOA 1E3MA 3OYMA 1HNXK 4DQIA 2Z1HA 2BUPA 1FKPA 2QWOA 4PA1A 1JLQA 2D4WA 4LF9K 4CJ5A 2QKBA 1F21A 4OGEA 2RF2A 2B4JA 3CJAA 4J2EA 2ZJQL 2FBYA 1XUPO 1KCFA 4BC2A 3TU5A 1LWFA 3HVRA 1S6PA 2ETJA 1XNQK 4OKKA 4ZTFA 2IC3A 1ITGA 2VG6A 1WAFA 4B3RK 2Q1NA 3VN5A 4FWNA 1SS6A 1EO1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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