3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
3MN9A 3WQUA 5FPNA 1Z05A 1JCEA 2HF4A 3G25A 3ULEB 3WUHA 3AY9A 3FZLA 3ID8A 4JNEA 5AQYA 1KAYA 3H1VX 1SZ2A 1WOQA 3VESA 4BGAA 3UKRA 3CJ7A 1RDWX 3KZBA 3VGLA 2ZGYA 3FZMA 2CGLA 2P9IB 4CZKA 1YAGA 4BRNA 5AZJB 2FF3B 3GOIA 4BR9A 4DB3A 1V4SA 4XEIA 1YVNA 3EL2A 4E1JA 1BA0A 1QZ6A 1EQYA 5BN9A 2I7NA 5AZIA 3S41A 1WUAA 4BQZA 4ISEA 2QW9A 1KAXA 3O1BA 2Q97A 1ATNA 3BF1A 5E26A 4CZIA 3UE5A 1X3NA 1J6ZA 3BUZB 5FPMA 3TPQA 3UB5A 4A2BA 3IFRA 1T6DA 1H1VA 1HLUA 4IZ9A 3U9ZA 3ZX0A 3MCPA 3VF4A 2E2NA 3GE1A 1T6CA 4DQ8A 1IG8A 3KHYA 5BRDA 3ATUA 2YHYA 3M3ZA 4H03B 3A5LC 2E1YA 4IXCA 4MO4A 3WXIA 3EZWA 4BVPA 1TUYA 1TYQA 3AARA 2P9KA 1Q18A 1MA9B 1R59O 3U9DA 2P9IA 2DPNA 1E4GT 3H3OB 4BR0A 5AZJA 4BRHA 2GTDA 3EKUA 3L0QA 4H0VB 3GDQA 3LDQA 3O1WA 1GLBG 4YDUC 2CH6A 3VEYA 3FE1A 5AQGA 2ZWHA 2GWKA 5KPTA 1NGIA 4BRLA 4GY2B 3ZETB 1Y64A 2HF3A 4FWRA 4YDUA 3DXMB 3QMLA 3RSEB 2IVPA 5BREA 4BRAA 1NMDA 4I6MB 3WEEB 4RCHA 2D4WA 3C7NB 4H0PA 4BRIA 2GELA 4BGBA 2QWQA 4M7XA 4CZJA 2ASOA 5AQWA 4JHDA 1GLJO 4B1UB 3WQTA 4BRFA 4BVOA 1IJJA 1MWKA 1BA1A 2FSKA 3HZ6A 3SLCA 4A62A 4EHTA 3ENOA 3LM2A 4CI6A 4XH1A 1GLLO 3DWLA 3QICA 3DAWA 1RGIA 2P9UB 2IVOA 1P8ZA 3JS6A 3R6MA 2FSJA 3SJHA 3OHRA 3CQYA 1NM1A 3DJCA 3O08A 5AQLA 4JAXA 2CGJA 3QDKA 2H3GX 4FWKA 5AQIA 5AQUA 3EO3A 3MDQA 3H3NO 1BUPA 3ZETA 3AAQA 2A3ZA 2E20A 4FWQA 2A5XA 5EOYA 3FZFA 1DEJA 5AFUA 4IWVA 3DXMA 3UKUA 3SK3A 1GLFO 3DXKA 2CH5A 4I6MA 3D2EA 4IJNA 2PAVA 5AQRA 2YJEA 3H45C 1E4FT 3A5NC 3W3DA 5B8HA 1QZ5A 2V51B 1ZC6A 3EN9A 2P9PB 5BPNA 3VENA 4J8FA 4BRMA 3ZEUB 4JD2B 4BC5A 2I7PA 5KQ8A 1K8KB 1BU6O 1DGKN 5E84A 2QWMA 4L3QA 2Q2RA 5AQTA 4BRCA 2QWPA 2P9LA 1CZAN 1HPMA 4O5FA 1JCGA 1NGJA 4NO7A 3VGMA 2UYTA 5EX5A 2Q0RA 4BG9A 3H6EA 2QM1A 1XUPO 1GLDG 3VERA 1D4XA 1MDUB 2Q0UA 3FFKB 3LM9A 4C23A 4QS8A 2NRHA 3O5BA 4BRPA 4DHYA 3VEOA 1TUUA 5KPZA 2AP1A 3FLCO 1NBWA 5F1XA 3CETA 3VF2A 3ULEA 4DCHA 4K41A 5ELZA 3LDNA 4FOIA 1K8KA 4FOEA 2Q31A 4BRGA 4BRDA 5ADXA 2A41A 3O4WA 5EXWA 4A61A 5BPMA 3I8BA 5LJWA 5AQOA 4BRKA 3BF3A 3VEVA 4EIAA 3HBTA 5LY3A 4CZGA 2BUPA 3QBXA 3U8XA 4F9OA 1QQMA 4FPBA 2BTFA 2A6AA 4WYBA 1ESVA 4FWLA 4O8KA 3L4IA 3VOVA 4AM6A 3VETA 4XH5A 3C0BA 2YHXA 3H46O 4KBOA 4WQ4C 4H0YB 2QWOA 4CBUA 4HTLA 3H1QA 2F9TA 5AQXA 2KHOA 3FZHA 4M7YA 4WQ4A 3LDOA 1NGEA 4BRQA 3CQXA 5AQFA 3MN5A 3SMSA 4Y0WA 5TKYA 3MN6A 1YXQA 4M63C 3HM8A 4CJ7A 3A8YA 1Z6RA 5AQPA 3WXJA 1RFQA 3IMXA 3J8AA 1ATRA 1BG3A 3A5MC 1HX1A 4BROA 2OANA 2GWJA 1BDGA 3O8MA 4EAHD 4K43A 5FPDA 4EHUA 2IIRA 4MO5A 4MLEA 3GL1A 4PKGA 3B8AX 1NGGA 1NWKA 3M1FA 2P9SB 3O80A 3LDLA 3VEXA 4CD3A 5AR0A 5FPEA 1NGFA 3KVGA 1NGHA 2E2QA 2VYPA 4PKHA 4PKIA 3WT0A 3RSEA 2NZTA 3LDPA 3P4IA 2QWNA 5EVZA 3WEEA 3AAPA 4B1YB 4CZFA 3C7NA 3EKSA 5KQDA 1U2VB 3F9MA 4CBWA 2E88A 2Q1NA 5ADXH 4HWIA 4B1VA 3CI5A 2YJFA 4ISGA 1ZXOA 4WQ5C 5AZIB 5BRFA 1JCFA 1G99A 1KAZA 2P9UA 3LL3A 4H5WA 1GLCG 4WQ5A 1HKCA 1V4TA 4ISFA 2P9SA 3HTVA 2J4RA 3R8EA 2W41A 4B9QA 2QWRA 3BP8A 1NGDA 1NLVA 1LOTB 4MLHA 5AQZA 1NGAA 3MK6A 2HOEA 2E2OA 5BPLA 1NGBA 3CJCA 1BWFO 2W40A 2P9NB 4B1XB 1HKBA 4H5RA 4B1ZA 5JLFA 2VWBA 5LJVA 2NLXA 2Q36A 2D1KA 3JXUA 1U2VA 2E8AA 2YI1A 1SAZA 1LCUA 4A2AA 4FWPA 3VGKA 1BO5O 1TYQB 3QFUA 2P9KB 2P9PA 3VF6A 2EWSA 5AQVA 1OKJA 3W0LA 3HSCA 4CZMA 2FXUA 2IVNA 4FWMA 2A42A 3ZEUA 4JD2A 4BQLA 3BEXA 4JN4A 4LC9B 4RTFD 3ZX3A 5KPRA 3ATVA 4AM7A 4H0XB 2ZF5O 5AQMA 2QXLA 3GBTA 4BC2A 2ASMA 2D0PA 4BG8A 1MWMA 3U4LA 3D2FB 3CIPA 2VCPA 5AQHA 4B1WB 1HKGA 3CHWA 5AFUH 1HUXA 4FWSA 4BC4A 1KXPA 4NB4A 4PL7A 5JICA 5AQJA 3CJ9A 2AA4A 5AQQA 3FZKA 2GUPA 1X3MA 2P9NA 2WUSA 4PL8A 3SMPA 3I33A 4H0TB 1XC3A 4K42A 1QQNA 2CGKA 2FF6A 5JMVA 3TU5A 1DKGD 1S3XA 5JLHA 1T44A 4CBXA 4JHDB 3M6GA 5BN8A 4BR4A 5F2RA 2HMPA 2FSNA 2GEMA 4BREA 2V7ZA 4BR7A 4BR5A 1S22A 4FPAA 5AQKA 4IJAA 2V7YA 2A40A 2F9WA 4H5TA 3WXLA 2D0OA 3D2FA 3CJAA 1C0GA 5F0XA 3FR0A 1XQSC 1X9JA 5I9EB 2ITMA 1SQKA 3UKUB 4H0OA 3DXKB 1QHAA 2YCHA 3CJBA 3A0IX 3QBWA 5BRHA 3D2EB 3A5OC 4EFHA 3ENHA 2FLOA 4BC3A 5EY4A 4QS9A 3CERA 2QWLA 4FSVA 4IO8A 4CZHA 3QB0A 1BOTO 3IUCA 4FWOA 2YHWA 4H5VA 3MN7A 4H5NA 2ASPA 1HJOA 4CZEA 1QQOA 3VEWA 2E1ZA 3GG4A 3UKRB 3WXKA 4FL9A 2PBDA 5AQSA 1YUWA 3VEZA 2E2PA 5AQNA 2P9LB 5CE3A 4CZLA 4CD1A 1NGCA 4QS7A 2V52B 3IDHA 4GNIA 1U6ZA 4Z94A 3QFPA 4FWNA 3CJ1A 3MMVA 4FO0A 3VPZA 4BR2A 3D7EO 3O6WA 5BR9A 3HI0A 1ZBSA 1C0FA 4XH4A 3R9PA 1ATSA 4K25A 4RWTA 3L6QA 3ZX2A 2ZGZA 1GLEG 1GLAG 3FGUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WQUA 3T3FA 2QKKA 4CF2A 1B92A 3WUHA 1YF5L 4EZ9A 3LWLA 1NJIO 4FLTA 2Y1JA 3H1VX 1SZ2A 5GAHP 1RBUA 4CHYA 1BQNA 3CJ7A 4OO1J 1RDWX 1TV6A 4OKEA 3FZMA 3AO5A 1GOCA 3NBPA 4CZKA 1ZBIA 2FF3B 3DOLA 5GAGP 1KQSM 4E1JA 1QZ6A 2I7NA 3ZSWA 2UXDK 4ISEA 3K9KA 3AO1A 2I5JA 5HOOA 1ATNA 5LMNK 3MEEA 1XMOK 4F4KA 1T8EA 1HMVA 1J6ZA 4WF9L 1QSYA 3BUZB 5FPMA 3UB5A 4E7IA 1HYSA 2OTJN 4IFEA 3PV8A 3IFRA 1HLUA 3TAEA 3ZX0A 3VF4A 2E2NA 3FFIA 5J2MA 4J2BA 4CJRA 3A5LC 4MO4A 3EZWA 3DMJA 1TUYA 1TYQA 1WSIA 4CIFA 5HRSA 1Q18A 1FW6A 2DPNA 4BR0A 4JI4K 4BRHA 3CD6N 2HNYA 3L0QA 4PA1A 4DTPA 3O1WA 4DUYK 4YDUC 2X74A 3KLHA 4JKCA 3AVFA 4YY3K 5CZ2A 1NK6A 2GWKA 3K5LA 1QS4A 5C0YA 3ZETB 1JLGA 1OH7A 3DXMB 4E1NA 2W6LA 1NMDA 1HQUA 2Y1IA 1TKTA 3NF6A 1C1AA 4JKEA 4M3ZA 4HUEA 4DUZK 4X66K 3S3NA 1DTTA 4RW7A 3K58A 4M7XA 4CZJA 2PY5A 3WQTA 3E1YA 2WC9A 1IJJA 3ENOA 3R3LA 1SKRA 2HSTA 4W5NA 3JS6A 3R6MA 4JI1K 2FSJA 3CYMA 4U67L 3CQYA 1NM1A 3QEVA 1IKWA 4JAXA 4M3TA 2FC0A 3RMDA 1RBVA 3H3NO 3MDQA 4CECA 4Y1CA 3CPWM 3OBYA 4W5OA 3FZFA 5CYMA 5AFUA 2NRZA 3T1YK 3UKUA 1GLFO 3CC2N 2CH5A 1BQMA 4YOTA 3M8SA 4IJNA 1E4FT 3OYKA 4FLVA 3A5NC 4FK0A 3W3DA 2G8IA 4PY5A 3E66A 3S3OA 1QSSA 4KH4A 1NK0A 4CGJA 1QTMA 1J53A 4KI4A 2KW4A 3HOSA 4BC5A 4IO9L 2ZJQL 2RKIA 3K9JA 2UXCK 3OYEA 4IDHA 2QWPA 4OX9K 1CZAN 1HPMA 1S6PA 3LAKA 3NGYA 4O5FA 4CCHA 1NJXA 1SUQA 4Z4IA 4BG9A 3K59A 1XUPO 3OYGA 1VRTA 1D4XA 4CESA 3I56N 4B3MK 3T7ZA 4QAGA 1MDUB 4OGCA 4N47A 3MXJA 5I3UA 1N32K 2EHGA 4C1NI 3BY5A 4DHYA 4U7BA 3QESA 3VF2A 4DCHA 5ELZA 4CHOA 4FJJA 4FOIA 2HHXA 4BE0A 3TSUA 4KHSA 2X6NA 1VSFA 3TR8A 3O4WA 1LWFA 5BPMA 4IG3A 4B3RK 3M8RA 5LJWA 1TKZA 3NF7A 3OBWA 3QBXA 3ZCMA 4OLBA 4FPBA 2OPPA 1VSHA 3SBTA 4FZZA 4FWLA 4LH4A 1BI4B 3VETA 1U48A 3NH1A 4H0YB 4HTLA 4CJ5A 3HO1A 1RDCA 2DFHA 4DWIA 4KPYA 3TAPA 4N56A 4YNQA 4Y1DA 1S1XA 4WQ4A 1NG9A 2AJQA 1GOBA 3S3MA 4CW7B 2D0BA 4BRQA 3CQXA 3SMSA 4MDAA 3IRXA 3M8QA 4JKDA 1TL3A 4M63C 4CJ7A 4X62K 2P51A 2QK9A 3IMXA 3SV3A 4NXNK 3UIQA 4BROA 1IBMK 1CLQA 4DTOA 1C6VA 4PQUA 1WAJA 4LSNA 1NWKA 3M1FA 3O80A 1VQNN 3P39A 3ZT1A 3BGRA 1IKVA 4B3SK 1KVBA 4E7LA 2QXFA 4IG0A 2IS3A 4G1QA 4FZYA 1ASWA 1WBBA 3NF8A 5EVZA 3EKSA 2E88A 3CFRA 4BACA 3ASMA 3KK3A 4E3SA 3EEQA 4B8AB 4E19A 4WFBL 4C8KA 3VQBA 2O4GA 4GV3A 3KK1A 2D0AA 2WFBA 2P9UA 5FROA 4ISFA 4GKKK 1CXUA 2J4RA 3IAYA 4TSXA 4N76A 2X78A 2VG7A 3MK6A 4FJXA 2HOEA 3N4QA 3CMAN 4H8KA 1NGBA 3CJCA 5GINA 2W40A 2Z1JA 4FJ7A 5LJVA 4H5RA 4CJKA 2OPSA 3JXUA 1IKXA 2YI1A 1LCUA 4A2AA 1HNZK 1TYQB 1LWCA 5AQVA 3W0LA 1Z26A 4KAZA 1L3UA 3CCLN 4X65K 3P38A 2IVNA 3SZ2A 1ZBLA 2A42A 3ZEUA 3CC7N 5GIPA 3BEXA 1XHZA 5K14A 5KPRA 5CHIA 2EX3A 4FZXC 3ATVA 4AM7A 4CVNE 4V19S 1ZYQA 2ASMA 3G10A 4CF9A 2D0PA 4BG8A 2YHAA 3U4LA 3T1HK 4C8MA 3O3FA 2VCPA 3Q7CA 4DMNA 3PLAA 1HKGA 5AFUH 4FJ5A 3QNNA 1HUXA 4FWSA 4BC4A 4E7JA 3NAEA 4CIGA 4DQSA 4DV4K 4DV1K 5AQQA 2P9NA 2VGNA 4N41A 3AO4A 1HNIA 4AHRA 1XC3A 4LFBK 5JMVA 4YFUA 2RHKA 1KD1O 1DKGD 1S3XA 4CEQA 4CGDA 1T44A 3T19A 4CBXA 4DS5A 5BN8A 4J2AA 4F2RA 4HUFA 3PO4A 2FBYA 4LY7A 2A1RA 4NXMK 1RTDA 3VTHA 4WCEL 3DI6A 2KQ2A 4QOZB 4DR1K 4H5TA 1T7PA 2D0OA 3CJAA 3VQPA 3SUNA 3FR0A 2HHHK 4DTUA 3UKUB 1NOZA 1QHAA 2NRXA 3F73A 3CJBA 3A5OC 3E9PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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