3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
1NGBA 2FSJA 4MO4A 5AQUA 3HZ6A 5BN9A 2A6AA 3D2EA 1HUXA 4BRPA 3IDHA 3TPQA 2VYPA 3UKRA 3KZBA 2HMPA 1NM1A 3DXKB 1K8KA 2FLOA 5FPDA 3DWLA 1R59O 4CZJA 1OKJA 4NO7A 3DAWA 3MK6A 3A5MC 3MCPA 4H0XB 4BG8A 4IO8A 5AQFA 1TUUA 2HF3A 1JCFA 4BR7A 1NGDA 2Q1NA 3SJHA 3GDQA 4FWPA 1E4GT 4JN4A 5AQHA 3VEWA 2P9KA 3W3DA 4YDUA 3O1WA 3G25A 5AQMA 2PAVA 5JLFA 4BGAA 2J4RA 2YHYA 5TKYA 4JHDB 3GE1A 5ADXH 5JMVA 3M3ZA 2FF3B 4H5VA 4QS9A 3WXJA 3LM9A 4BREA 1KAXA 1LOTB 4CZMA 3ZX0A 1HPMA 4FWRA 4BRAA 3CJAA 5AZIA 2P9NA 2V7ZA 4CBWA 1ZXOA 3FFKB 3LDNA 1NGEA 4BR2A 3VOVA 5BPNA 2YJEA 2GWKA 3ATVA 3GBTA 1NBWA 3KVGA 3SLCA 1HLUA 2KHOA 3O80A 4IJNA 4C23A 3H6EA 3VENA 3O6WA 3O08A 3BF3A 1WUAA 2A3ZA 1U2VB 4WQ5A 3CQXA 3L4IA 3MN9A 5AQJA 1ATRA 2E1ZA 3FLCO 3A8YA 3DJCA 5AZJB 2CH6A 3HBTA 3ZEUA 3WT0A 5JLHA 5E84A 1XUPO 4AM6A 4FPAA 3LDOA 4B1VA 1MDUB 4LC9B 1Z6RA 4EIAA 3A5NC 4FWKA 3VPZA 3ENHA 3WXKA 3MDQA 3CERA 4BR0A 2QW9A 3ZETA 2BTFA 2GWJA 3VERA 4CZIA 2YI1A 2HOEA 3MN6A 1HX1A 4WQ4C 3CI5A 4CZKA 2W41A 3VESA 4FWSA 4H5TA 4BRLA 3QFUA 1V4TA 2A41A 4FOEA 4H5WA 2AP1A 2QWNA 5B8HA 3H46O 3A5OC 3ZETB 1KXPA 2VWBA 4CBXA 4BC5A 3SMSA 4BVPA 2A5XA 4I6MB 5I9EB 3J8AA 2E2QA 2IVPA 3R8EA 2Q97A 4J8FA 2D4WA 3BUZB 3D7EO 2E88A 3AARA 2QWPA 2Q31A 2F9TA 3FZKA 4E1JA 2YJFA 3VGLA 3CETA 2IVOA 3LL3A 4XH1A 3FZLA 5AQZA 2P9PB 4BGBA 5EVZA 3VEOA 2E8AA 2ASPA 4HTLA 1CZAN 1HKGA 3QICA 3WEEB 3JS6A 4DQ8A 3SMPA 3L6QA 4JHDA 3DXMB 4B1YB 3QB0A 4A61A 5BPLA 4BR5A 3F9MA 2QWLA 5EOYA 2EWSA 4H5NA 1NGAA 4IXCA 2NZTA 1QZ6A 1C0FA 2WUSA 3AY9A 1DGKN 4BRKA 3CQYA 3U9ZA 1BA1A 3QDKA 4H0TB 3WUHA 4ISFA 1GLBG 4MO5A 1BDGA 1YVNA 4BC3A 2ZGYA 1IJJA 3CJ9A 4FOIA 4A2AA 3EL2A 5AQNA 1JCGA 3VEXA 4CJ7A 5AQKA 2Q2RA 1MWKA 3GL1A 4CD1A 1BWFO 2H3GX 3LDLA 2P9SB 1RFQA 1NWKA 1HJOA 1Z05A 1YUWA 2FSKA 2ZWHA 4Z94A 3HI0A 1U2VA 2CGJA 4XH5A 5AQIA 5BREA 4BC2A 2OANA 2FF6A 3ATUA 1IG8A 2D0OA 4WQ4A 4JAXA 4DB3A 3QFPA 3VF4A 4AM7A 4BRHA 5LY3A 5AQSA 5AZJA 5KPRA 2BUPA 5BRDA 5AQVA 3CJCA 4PKIA 3AAQA 4FWMA 1QZ5A 3U4LA 4XH4A 5F1XA 2CGLA 3CJ1A 4B1WB 4CD3A 3M1FA 4CZEA 4NB4A 3H45C 4PL7A 1NGJA 3VF2A 1E4FT 3WXLA 1YAGA 2P9UB 4M63C 5AQOA 2P9IB 4RCHA 2ZF5O 2FXUA 4IWVA 1QQMA 4GNIA 3R6MA 4CZGA 2D1KA 2Q36A 2QWOA 5AQRA 2IIRA 3FR0A 4FL9A 1Q18A 3CJBA 5AQWA 1Y64A 1MWMA 5AR0A 5EY4A 3IFRA 5KPZA 3B8AX 2QM1A 4I6MA 3VGKA 4A2BA 2A42A 1T6DA 5AQTA 4ISGA 1SAZA 3EN9A 1ATNA 1RDWX 4RTFD 4BRFA 4BRDA 4CBUA 1NGHA 4QS7A 4IJAA 2IVNA 3M6GA 2GEMA 3GOIA 5AQQA 4BRIA 1T6CA 4O8KA 4O5FA 3W0LA 1S22A 1ZBSA 3CIPA 1JCEA 4BRQA 3TU5A 5JICA 4BQLA 4EHTA 3FZFA 2P9PA 4L3QA 3R9PA 3P4IA 2YHWA 3HSCA 4K41A 3O1BA 1BOTO 4HWIA 3WEEA 2ASMA 1YXQA 4GY2B 3KHYA 3QMLA 3UE5A 4MLEA 3MMVA 2ZGZA 3DXMA 3ULEA 4PKGA 3VETA 3C7NB 4EAHD 4BR9A 3CJ7A 4F9OA 3WQTA 4PL8A 5CE3A 3C0BA 2Q0UA 5AQXA 4FPBA 4ISEA 2GELA 5FPNA 2E2NA 3RSEB 3ZX3A 2P9LA 3UKUB 1GLEG 5BPMA 3D2FA 4A62A 2P9SA 5ADXA 5BN8A 3O4WA 4XEIA 5BR9A 3ULEB 1J6ZA 3FE1A 5BRHA 1XQSC 1KAYA 3VEZA 3LDPA 4K25A 1S3XA 3VF6A 4M7YA 5KPTA 1NGGA 3OHRA 1WOQA 2ITMA 5F0XA 1BUPA 2P9LB 4CZHA 1QQOA 1DEJA 4FO0A 1X9JA 3D2FB 4JD2A 5LJVA 1X3MA 4BRCA 3O8MA 5ELZA 4BRMA 2QXLA 2E20A 1QQNA 3EKUA 3IUCA 3SK3A 2GTDA 1TYQA 3EZWA 4DCHA 3MN5A 5EX5A 1DKGD 1XC3A 1C0GA 1GLLO 2P9UA 3D2EB 2Q0RA 2P9IA 3IMXA 2E2PA 2FSNA 4WYBA 4FWNA 4BC4A 1V4SA 4EHUA 3UKRB 1K8KB 4KBOA 3H1QA 4M7XA 1RGIA 3H1VX 4FWLA 1BU6O 4H03B 4BROA 2W40A 2NLXA 3A0IX 3LM2A 4CZLA 4JD2B 1P8ZA 4H0PA 4B1XB 4BG9A 2QWQA 4B9QA 1H1VA 5EXWA 1NGCA 4FWOA 5AQPA 3VGMA 2I7NA 1TYQB 3GG4A 4BVOA 5AQYA 3MN7A 1GLDG 1ESVA 2QWMA 4CI6A 4EFHA 1NLVA 2P9KB 3CHWA 4H0YB 1GLCG 1KAZA 3H3NO 3BEXA 5F2RA 5AQGA 5KQDA 3EO3A 3BP8A 4H0VB 1GLJO 2VCPA 2V7YA 3U9DA 4B1ZA 4BRNA 3QBWA 5FPEA 5LJWA 4K42A 1D4XA 3EKSA 1BG3A 3FGUA 5AZIB 2P9NB 3I8BA 2V51B 5BRFA 4K43A 3L0QA 3ENOA 1X3NA 3O5BA 1ZC6A 1U6ZA 2E2OA 1G99A 3I33A 5AFUA 5KQ8A 3C7NA 1GLFO 4JNEA 1T44A 2I7PA 4YDUC 3JXUA 2GUPA 4Y0WA 1BA0A 1HKCA 2ASOA 3ID8A 2A40A 1SQKA 3WXIA 4IZ9A 4PKHA 2AA4A 3S41A 3WQUA 2QWRA 1SZ2A 2D0PA 3BF1A 3RSEA 3UB5A 3HM8A 3A5LC 3UKUA 4BRGA 4CZFA 1GLAG 3AAPA 4QS8A 3H3OB 1LCUA 3LDQA 1TUYA 3VEYA 3ZEUB 4DHYA 4FSVA 2CH5A 5E26A 5AQLA 3FZHA 1QHAA 4MLHA 2CGKA 4H5RA 2YHXA 1NGIA 1MA9B 2UYTA 4RWTA 3VEVA 4BR4A 4FWQA 1HKBA 2DPNA 2YCHA 2NRHA 1NGFA 2F9WA 4WQ5C 2V52B 3DXKA 4H0OA 5FPMA 1NMDA 2HF4A 2PBDA 1ATSA 4BQZA 3U8XA 5AFUH 1BO5O 3ZX2A 3HTVA 2E1YA 3QBXA 4B1UB 3FZMA 1EQYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ3A 1NGBA 1C0UA 2FSJA 3OS2A 3HZ6A 3PO4A 4CIFA 3U3YA 2A6AA 4CFAA 5FRNA 1HUXA 4IEEA 1VHXA 1X1PA 3SQ2A 3R1XA 2JGUA 1HYZA 3TPQA 3UKRA 3KZBA 1VQON 1LWCA 3PLAA 1OKJA 4NO7A 1UA1A 2YX6A 3ZSOA 4UQGA 5J2QA 4IO8A 2BDPA 3TAFA 3SJHA 2ZQBA 1E4GT 4B3TK 4FW2A 3VEWA 3S9HA 3LALA 3O1WA 4CJVA 2YHYA 5TKYA 4JHDB 1VRUA 3HYFA 1T8EA 3L2QA 4AQYK 4QS9A 1VSIA 3WXJA 3J7ZO 4X66K 4FJIA 1KAXA 2UXBK 5M1PA 1JL2A 5AZIA 5MLCQ 3SUQA 4CBWA 3KLGA 4JKDA 2PY5A 1YJNN 4U7BA 3FFKB 4YOTA 4KB0A 4DKWA 5BPNA 2YJEA 4KH5A 3KVGA 2KHOA 3VENA 4DUZK 4O0IA 1DTTA 2RE2A 2HVIA 3CFOA 3CQXA 4WQ5A 2DY4A 3L4QA 3MN9A 1ATRA 3RR8A 4J2EA 4BWJA 4N5SA 1JLBA 3HBTA 1FW6A 5JLHA 3TTFA 4JKBA 3VMFB 4AM6A 2Z1GA 4B1VA 1MDUB 4KFBA 4LC9B 1Z6RA 4EIAA 3VPZA 2X74A 3MDQA 3CERA 1ILYA 3OVNA 3AVFA 4DS5A 3S3NA 2GV9A 1S6PA 2QW9A 1NKBA 3VERA 3KWIA 2WONA 2HOEA 1W7AA 4YY3K 4WQ4C 3CI5A 2O8FB 4DQPA 2I5JA 4OVLA 3KLFA 3VESA 4FWSA 1RDAA 4H5TA 2VGMA 3F9KA 2BH1A 4FJKA 4CK2A 4FOEA 1K9MO 4ELTA 3VTHA 4IFYA 3AVIA 4OKEA 3VA3A 4FLYA 3AGRA 1KXPA 2VWBA 4IDKA 3MAQA 4I6MB 3O9TA 2E2QA 2BANA 4J8FA 4DR5K 3BUZB 3D7EO 5DMRA 4H8KA 1IKVA 4CFCA 4JK8A 4NYFA 3O9SA 1HPZA 3NCIA 5K14A 3TI0A 2BE2A 3FZKA 4KH4A 3CCSN 1SKSA 3NVKA 1HNIA 5GAEP 5AQZA 4BGBA 3NF7A 4HTLA 4FYDA 4DTUA 2NRRA 3JS6A 1XC9A 4JHDA 4B1YB 4A61A 4ID5A 4FZZA 3VA0A 4NXMK 2OPSA 5EOYA 1NGAA 2O8DB 2HHHK 1TAQA 5HRNA 3U9ZA 4H0TB 1HR0K 4ISFA 3SNNA 1IJJA 3VEXA 1X9MA 5AQKA 1MWKA 4CD1A 3C95A 2ZM6K 4F4KA 2WBNA 3VQCA 2YNHA 3CYMA 2OTLN 1RTJA 1RFQA 1TK8A 1HJOA 3DLRA 3M5RA 4Z94A 1JKHA 5AQIA 5BREA 4BC2A 2OANA 2FF6A 4LY7A 4WQ4A 2KZZA 4JAXA 3OBYA 3EE9A 4AM7A 1J54A 3T1YK 5AQSA 5KPRA 2BUPA 5BRDA 1S1TA 3CJCA 4PKIA 3J7YP 4DTSA 3CJ1A 4JV5K 3H45C 3SUNA 3MWTA 1ZBFA 1KVCA 1UOCA 4EZ9A 4JI8K 3OYJA 1HJRA 4KHNA 3V9SA 4DLEA 3ZT2A 2ZE2A 4RCHA 2O8FA 4IWVA 3ZT1A 4BDYA 1HNWK 1WAJA 4CZGA 3WNFA 1KLNA 5M1FA 1TAUA 2QKBA 3WXMB 4KV8A 1U45A 3KD5E 3CJBA 1WBBA 1IKWA 5AR0A 1J9AA 3K59A 2Z1IA 2IS3A 4I6MA 3VGKA 4LH5A 4YNQA 4M3XA 1O1WA 2KW4A 4JS5A 3RMCA 1T6DA 4CEEA 1NKCA 4ISGA 1L3VA 1RDWX 4BRFA 3CM6A 4DTRA 2Z1HA 1OVYA 4DTOA 2IVNA 3PX0A 3M6GA 2GEMA 2P5OA 1S22A 1CXUA 2HNYA 4E7IA 3CD6N 3ZSVA 3CCRN 4G1QA 4EHTA 3QERA 3R9PA 3CF5L 4YOXA 1RNHA 1BOTO 1RT1A 4HWIA 4FK2A 1RT6A 4K8ZA 1NK4A 1YXQA 4GVMA 4GY2B 3ITHA 3MX5A 3QMLA 3TTDA 3ULEA 4F8RA 1I39A 2QI2A 3QEVA 4GVEA 4PL8A 2VG6A 4CJ4A 3C0BA 2O8DA 3C65A 2OPRA 2Q0UA 4CGHA 2E5LK 2E2NA 2DFHA 3ZX3A 1SUQA 3UKUB 1GLEG 5C25A 3SQ0A 3MEDA 5BN8A 4XEIA 5C0YA 4LFBK 1K73O 3VQQA 5BRHA 4DV1K 3M8SA 1NMNA 1XQSC 1Y97A 1KAYA 3DLHA 3LDPA 1S3XA 3VF6A 4M7YA 1VSEA 2QTDA 4IOCL 4KI4A 5KPTA 2O8BA 1ZYQA 1NGGA 3BGRA 2VGNA 1ASWA 2ITMA 4DTNA 3OJUA 3B6OA 4DQSA 3NFAA 1DEJA 5C15A 4JD2A 4BRCA 1T03A 1CXQA 2RN2A 3K58A 1S72N 5ELZA 2QXLA 1VQ8N 1JLFA 1QQNA 1TL1A 1TKTA 1A5VA 2GTDA 1ZBUA 3EZWA 4KH6A 3MN5A 5EX5A 4CCHA 1KLMA 1DKGD 1XC3A 3OYKA 4E3SA 3D2EB 1U48A 4BC4A 2OCEA 1K8KB 4CHZA 4M7XA 3C6UA 4H03B 4FWLA 3CQ8A 2W40A 3A0IX 4AH9A 4CZLA 1UWBA 4U67L 4B1XB 4B9QA 2Y1IA 1NGCA 3K0SA 1M1KO 2I7NA 1Q9XA 5AQYA 3AVCA 1ESVA 1VSFA 1BI4B 4DTJA 1HNZK 3CCEN 2PYJA 5CYQA 3AO2A 3THWA 1KC8O 4GW6A 1QSLA 3H3NO 5T7BA 1RBSA 3K9JA 1Z26A 2IAJA 2R7YA 3SV3A 1XHZA 3N4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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