The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
KKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S RRNA
|
| publication title |
Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
18
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMO K; 4KHP K; 4JI1 K; 2UXB K; 4JI6 K; 5IWA K; 4NXM K; 4AQY K; 1HNZ K; 1IBK K; 2VQF K; 5LMN K; 1XMQ K; 4X62 K; 2ZM6 K; 4NXN K; 4JI3 K; 1N34 K; 3J7Y P; 1IBL K; 1FJG K; 4DR6 K; 2F4V K; 4GKK K; 4GKJ K; 1N32 K; 4LF9 K; 4DV7 K; 4B3M K; 4LFA K; 1HNW K; 4DV6 K; 4DV1 K; 3OTO K; 4DUY K; 4LF8 K; 4LFB K; 1HR0 K; 3J7A P; 1HNX K; 4OX9 K; 2HHH K; 4B3S K; 3J80 O; 1N33 K; 2UUA K; 4YHH K; 5FLX O; 2UXD K; 3T1Y K; 2E5L K; 5LL6 Z; 4DV2 K; 4V19 S; 2UUC K; 4X65 K; 4LF4 K; 4DR7 K; 4B3T K; 4LFC K; 4JV5 K; 4DR1 K; 4K0K K; 4JI0 K; 1XNR K; 5BR8 K; 4X66 K; 5LMU K; 2VQE K; 4DUZ K; 3J81 O; 4JI7 K; 2UUB K; 4B3R K; 4YY3 K; 4X64 K; 4DV5 K; 4JI8 K; 4LF7 K; 3JAM O; 4DR3 K; 5A2Q O; 1J5E K; 2UU9 K; 4DR4 K; 4DV4 K; 4CW7 B; 4CVN E; 4JI2 K; 4DV0 K; 2UXC K; 4LF6 K; 4DV3 K; 4DR5 K; 4JI4 K; 1N36 K; 1IBM K; 5AJ3 K; 1I94 K; 4LF5 K; 5IT9 O; 4DR2 K; 3T1H K; 4JI5 K; 1XNQ K; 4JYA K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HNV A; 1WBD A; 2ZJQ L; 3KK3 A; 3C65 A; 3R8E A; 3L8B A; 1Z6R A; 2D1K A; 4GV6 A; 3UKR B; 4LY7 A; 3AVJ A; 3CG7 A; 4BR4 A; 4H5R A; 4BRH A; 4UY8 O; 4DCH A; 4CE9 A; 4H0T B; 3HM8 A; 5HRR A; 4JN4 A; 4ID1 A; 3BP8 A; 5E41 A; 4Z94 A; 5KRS A; 4J2A A; 4BDY A; 3ZT0 A; 4B1U B; 4CHN A; 3IRX A; 4KHS A; 3V9U A; 1VQ7 N; 2ZJP L; 5AQJ A; 1QS4 A; 4LC9 B; 3BDP A; 1NU0 A; 4KB0 A; 3JXU A; 3SAH A; 1QQM A; 1L3T A; 1LWE A; 1G99 A; 3K57 A; 2IIR A; 5J2Q A; 1NGB A; 5JLH A; 5AQW A; 1TAU A; 2Q31 A; 2YNI A; 1RIL A; 1KFD A; 4YHH K; 1NK0 A; 5FDL A; 3VGL A; 4FWS A; 4CEZ A; 4FK2 A; 1RT4 A; 2HNZ A; 4FWK A; 3VQ4 A; 3KLG A; 1ZBI A; 2HOE A; 3O1B A; 1C0F A; 1TK8 A; 1BIS A; 3CPE A; 3V9Z A; 4DLE A; 5FRN A; 2VGM A; 1EX4 A; 1XNR K; 1RT3 A; 1C0G A; 3NCI A; 2G8H A; 2V7Z A; 1DKG D; 3D7E O; 4O4G A; 3TTD A; 4M41 A; 4AIL C; 4CJR A; 1JL2 A; 3ISN C; 2E88 A; 4YY3 K; 2E8A A; 2DY4 A; 4EHT A; 4CIE A; 4BVO A; 4KAZ A; 3CCQ N; 1IV0 A; 3VET A; 3THY A; 2GUI A; 3A5M C; 3D6R A; 4FJJ A; 4E1M A; 1SV5 A; 3MMV A; 1WAF A; 3I33 A; 2KQ2 A; 1YI2 N; 2O8C B; 5FPE A; 1RT5 A; 2JWL A; 2F7T A; 3EE8 A; 2XY5 A; 2P9P A; 5GAE P; 3EO3 A; 3VQ5 A; 1VQN N; 3LP0 A; 3NDK A; 1XI1 A; 3MN5 A; 4KHW A; 1VSL A; 4CJV A; 1S3X A; 4ZTJ A; 3VES A; 2HHV A; 1X1P A; 2RF2 A; 4JKG A; 1ASV A; 4QS7 A; 4CFA A; 5HRN A; 4RW7 A; 5KPR A; 3O9Q A; 3AA4 A; 5AQT A; 3SBT A; 3TSQ A; 4YOX A; 3MCP A; 2HVI A; 1VSF A; 2E1Z A; 2V52 B; 4H5V A; 1WSH A; 2Z1H A; 1VQ4 N; 1FW6 A; 1NK6 A; 1ZYQ A; 4CZK A; 2V51 B; 4LSL A; 3DLH A; 4QOZ B; 3SMP A; 3T1A A; 1YJ9 N; 4OPJ A; 4B9L A; 2QTD A; 3CJ1 A; 2A3Z A; 4FLV A; 3CCL N; 4KH5 A; 3OYD A; 4GV9 A; 4CHO A; 3F9M A; 3BZK A; 2HBM A; 4CEQ A; 3LWL A; 4FW2 A; 3SUO A; 4FYD A; 3SV3 A; 2HVH A; 4JKB A; 3U3G A; 3J80 O; 3L2W A; 1P8Z A; 1Z25 A; 3CJ9 A; 4DTR A; 4EZ9 A; 4CZF A; 2OAN A; 1TUU A; 2UUC K; 3WEE B; 1O13 A; 5AQH A; 3NGZ A; 4LF4 K; 5KGX A; 3RR7 A; 4LFC K; 4CF1 A; 3L0Q A; 3M6G A; 2VCP A; 1RDW X; 4PUO A; 4NLB A; 1X9W A; 3ZSR A; 2A5X A; 3I55 N; 4CFD A; 3V1O A; 2J4R A; 4FWR A; 4IZ9 A; 4PWD A; 4R79 A; 5JIC A; 2QWR A; 3S41 A; 1S1W A; 2EX3 A; 4JLH A; 4FJK A; 3NGI A; 3CCV N; 3CPW M; 3HT3 A; 3OBY A; 3ZT4 A; 2RE2 A; 1VRU A; 3U8X A; 1S9G A; 4G1Q A; 2W6L A; 3O9U A; 4FK0 A; 2NUB A; 5AZJ B; 4H8K A; 2O8F B; 5CZ1 A; 3P38 A; 5I9E B; 1SL2 A; 4CGF A; 1EWQ A; 4DV0 K; 1QVG M; 5AQS A; 3WNF A; 5HBM A; 2A6A A; 3ZX3 A; 4JI4 K; 4CJ3 A; 1BQM A; 4F3O A; 3VMF B; 1Y97 A; 4FLX A; 1GLF O; 3KD5 E; 2Q2R A; 4CK1 A; 4FO0 A; 1JLG A; 5CE3 A; 4NO7 A; 3HVT A; 1BWF O; 4M3Z A; 3FFK B; 4GVM A; 4E7H A; 3K5L A; 4JI6 K; 5IWA K; 3CIP A; 2A1R A; 4U7B A; 1T8E A; 4B9T A; 5CYM A; 1WSI A; 3N4Q A; 5GIN A; 4NLC A; 3LM9 A; 1D4X A; 3JS6 A; 3VQC A; 2HHT A; 4WQ5 C; 3VA3 A; 3NH2 A; 3OA9 A; 3VQD A; 2ZGY A; 2YHB A; 4E1N A; 4FWN A; 3MN7 A; 3O8M A; 4HUF A; 3MWP A; 3P1G A; 3ATU A; 5TKW A; 4KFB A; 1Q18 A; 2QXL A; 4B1Z A; 1U48 A; 4RW6 A; 2P9U B; 1HMV A; 2PFU A; 5JVG L; 1HLU A; 3EY1 A; 2ZGZ A; 4BC2 A; 4FZY A; 4WQ4 C; 4BR5 A; 1W97 L; 3FFI A; 1RBT A; 3PO4 A; 4E19 A; 4PKH A; 2NLX A; 4KTZ A; 4Y1C A; 1BI4 A; 3PO5 A; 3AVM A; 2QK9 A; 4F2S A; 4KKO A; 4NYF A; 4X65 K; 3EN9 A; 4IWV A; 2IAJ A; 1KAX A; 4DR1 K; 1MWM A; 1SKR A; 2W41 A; 4X66 K; 4BGA A; 2OCE A; 3AVH A; 3CME N; 5C0Y A; 1E3M A; 4FLY A; 4IKF A; 1X3N A; 3FZH A; 2XHB A; 4OPA A; 3PV8 A; 4DR3 K; 2KFN A; 1SKS A; 3DXK B; 3A8Y A; 3SPZ A; 1N8R O; 1EO1 A; 2YHA A; 1SKW A; 3GL1 A; 4FM0 A; 4PQU A; 3FZF A; 3T3F A; 2QKK A; 1R59 O; 1HRH A; 3CCR N; 3FGU A; 2D0P A; 2NRR A; 5C15 A; 5I3U A; 3MDQ A; 1C0M A; 3VQQ A; 2UXC K; 3QBX A; 1ILY A; 4UQG A; 4OPH A; 2QXF A; 4JAX A; 3ZET B; 4BRG A; 2KW4 A; 4B9N A; 1KRP A; 2Q3S A; 4AF1 A; 2XY8 A; 4M3Y A; 4JI5 K; 2EWS A; 1E4F T; 3BUZ B; 2Q0R A; 3SMS A; 1C1C A; 3VEW A; 4DU4 A; 4KHQ A; 3DMJ A; 4FPA A; 3RR8 A; 1TKZ A; 4KHU A; 1CLQ A; 3O1W A; 3OYI A; 4EIA A; 4KV8 A; 2HMI A; 3S3N A; 4JD2 A; 3CER A; 3OYN A; 3HK2 A; 2E4L A; 3QB0 A; 4FSV A; 2NZT A; 3G0Z A; 4LD0 A; 3SLC A; 1IKX A; 2AP1 A; 4TSX A; 3H3O B; 4U67 L; 3M8S A; 4BR7 A; 3CC2 N; 1VQM N; 4GY2 B; 3EE9 A; 1BHL A; 3K59 A; 3VF4 A; 3QEW A; 3TAR A; 1RCH A; 3SV4 A; 3TWH A; 4FVU A; 1WSF A; 1YT3 A; 5SZT A; 1RDC A; 1C0T A; 3ZSQ A; 3IAY A; 1S1T A; 4JS4 A; 1BO5 O; 3QIC A; 3DLB A; 3MAQ A; 5BPM A; 1R0A A; 1ATN A; 4FW1 A; 5HOO A; 2VWB A; 5AQN A; 1HNI A; 4O8K A; 4CFC A; 3AVI A; 1Z05 A; 2WC9 A; 4DV2 K; 3ZSX A; 5GIO A; 3AO5 A; 3VEV A; 1U2V A; 3ZSO A; 3K5O A; 3Q7B A; 4DQ8 A; 1NGJ A; 4J2D A; 4W5O A; 2XY6 A; 1UA0 A; 2HBL A; 1WOQ A; 3PSF A; 1QQC A; 4OKJ A; 2QWN A; 3L2R A; 2OPR A; 2I7P A; 4KHN A; 2DFH A; 1NK5 A; 3FZK A; 3LZJ A; 1LV5 A; 4ELT A; 3RSE B; 4EP5 A; 1RBS A; 5ADX A; 3H1V X; 4B9S A; 1VSK A; 3O3F A; 3CCU N; 2A40 A; 2HHQ A; 1DGK N; 3VEY A; 1NGC A; 2QW9 A; 4BDP A; 4HHT A; 1MA9 B; 3FLC O; 4IO8 A; 3QEP A; 1FXX A; 4RWT A; 4FLZ A; 4DWI A; 1IKW A; 3BY5 A; 4WE1 A; 5AQP A; 3MXM A; 3P39 A; 4OPK A; 3DAW A; 5BRE A; 1TYQ B; 3C7N A; 1JLQ A; 4DSE A; 3HL8 A; 3LAL A; 3HI0 A; 4BVP A; 3KK1 A; 3OYJ A; 1RT6 A; 4CGH A; 3C94 A; 4FZX C; 1I94 K; 3R6M A; 1XNQ K; 1GLL O; 1WUA A; 2G8U A; 2E6M A; 3ULE B; 4E7J A; 4PHT X; 1HJR A; 3RMD A; 3L4I A; 1NGE A; 4Z4E A; 1MWK A; 1S1V A; 1XC9 A; 1RT7 A; 3NAE A; 2YHX A; 3AO4 A; 1NK9 A; 2FSK A; 3DLR A; 3CM5 A; 2WBN A; 2VG5 A; 3K2P A; 1F21 A; 4NYN A; 4XH5 A; 5ELZ A; 1RDU A; 2VG7 A; 1RT2 A; 3MCA B; 3L4Q A; 3E1Y A; 4RG8 A; 3LZI A; 4FXD A; 3HPH A; 2FBV A; 1KXP A; 3E01 A; 3B8A X; 4DV1 K; 3CJ7 A; 4DFM A; 3TAB A; 3AGR A; 4DSF A; 4DLG A; 2O8D B; 1HR0 K; 2P1J A; 3CXC M; 3OYL A; 3EL2 A; 4W5Q A; 4Z4I A; 3DLL L; 4I7F A; 4DF4 A; 3WXK A; 2DFE A; 3B6P A; 2O8E A; 5FLX O; 3VEN A; 2IVN A; 1ZBL A; 4K8X A; 3P5J A; 4JHD B; 3L2Q A; 5AZI A; 1KVC A; 4EZ6 A; 2B6A A; 3SUQ A; 2VGN A; 4DF8 A; 3DI6 A; 4FWP A; 3U9D A; 3THX B; 2GV9 A; 3PY8 A; 3OYA A; 1YXQ A; 3DOL A; 4HCC A; 3HPO A; 4DUZ K; 4YDU C; 3R3L A; 1ZBU A; 3IMX A; 4JK9 A; 4MLE A; 5AQI A; 2YNG A; 3ZSY A; 4DTX A; 2JLE A; 3LPU A; 1RGI A; 1B92 A; 5GAD P; 3SQ0 A; 1NLV A; 1VSI A; 1JJ2 M; 4CZI A; 4H5W A; 3P31 A; 1D5A A; 2A1S A; 3RRH A; 4BRD A; 3AVG A; 4CBU A; 3O4Q A; 3KHY A; 4BRN A; 1K8K B; 1QE1 A; 4HTL A; 4CZM A; 2AJQ A; 1IBM K; 4FLU A; 1N5Y A; 2BDP A; 5CY4 A; 1KFS A; 3I0R A; 4K42 A; 5JMV A; 3LM2 A; 5AQY A; 1HX1 A; 2Z1I A; 4O8U A; 4IEI A; 1CZA N; 3OYB A; 1G15 A; 3GDQ A; 3VGK A; 4CBW A; 4FL9 A; 1RBU A; 4FJ5 A; 3HTV A; 3TAN A; 3CHW A; 1N6Q A; 1YF5 L; 2OYQ A; 4HCB A; 4KHY A; 1NGG A; 4O5B A; 3SQ2 A; 5BR9 A; 4YOV A; 1N34 K; 2D0O A; 1WBB A; 4DR6 K; 3F73 A; 4JRP A; 5C42 A; 4K43 A; 1W9H A; 4JEP A; 1Q7Y O; 3VQP A; 3SUP A; 4DQS A; 4IJN A; 4QS9 A; 3ATV A; 2HHX A; 1T6D A; 4I6M B; 4FLT A; 2IS3 A; 3ENB A; 1BCO A; 4GNI A; 4BGB A; 2F8S A; 4B1W B; 3AVK A; 3UKR A; 3CQX A; 3TTC A; 2Z1G A; 2X6S A; 2E5L K; 4KH4 A; 4KTW A; 4M3T A; 2P5G A; 1X9S A; 1DTT A; 2XO7 A; 2WOM A; 1HPM A; 2ZE2 A; 4IFY A; 4ISF A; 3HYF A; 1RTI A; 3EZ5 A; 3K58 A; 4DSI A; 4CJW A; 5HRP A; 1NJI O; 3IDH A; 3J81 O; 4DTS A; 3ZCM A; 1K9M O; 2RPI A; 3ULD A; 4DV5 K; 5BRD A; 4CHZ A; 3NH0 A; 5GIP A; 4CEB A; 2PYJ A; 4DMN A; 3W3D A; 3QIO A; 4FOE A; 2IGI A; 4FJH A; 4BR9 A; 2P9I B; 4IG0 A; 2PZS A; 4WFB L; 1JCF A; 1XQS C; 3ZEU A; 1T05 A; 4E7I A; 1UAX A; 3O9R A; 1Q82 O; 3OHR A; 3DOK A; 5M1N A; 3MEC A; 4C8L A; 1X9M A; 3MX5 A; 4BQL A; 3AO3 A; 3A5L C; 4IOX A; 3ASM A; 3K9K A; 1XMO K; 4CED A; 5E26 A; 1VQL N; 3V1R A; 4E1J A; 1NK7 A; 1ASU A; 3C6T A; 4Z4C A; 4DTO A; 3HOS A; 2GTD A; 1VAZ A; 4H0O A; 3VQ8 A; 1IBK K; 4AHT A; 3QIN A; 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4H4O A; 3WXI A; 4CI6 A; 3VQ6 A; 1WN7 A; 4JI3 K; 1ITG A; 2O8F A; 1FJG K; 5BPN A; 2GUP A; 2HHU A; 4GKK K; 1VSM A; 5AQZ A; 3VQ9 A; 5H1S Q; 5M1Q A; 1NJY A; 2BGG A; 2OA8 A; 4AH9 A; 4B9U A; 4LF9 K; 4ICL A; 1NK4 A; 1NOY A; 3PIP L; 1YIT N; 4CEA A; 4LFB K; 1NGF A; 1QHT A; 3BF1 A; 1J9A A; 1LW2 A; 4OGC A; 2E2Q A; 3D2E B; 2ZD1 A; 4YOW A; 4ELV A; 4KI4 A; 2FF3 B; 1B9F A; 3BF3 A; 1TV6 A; 3IS9 A; 4Y0W A; 2P9K B; 3WT0 A; 1JKH A; 2OPQ A; 3LDP A; 1L3U A; 3L2U A; 3LAM A; 3V9W A; 3RVC A; 2KLA A; 4BDZ A; 1KLN A; 3TSU A; 3VOV A; 3IKM A; 2YNF A; 3ZYY X; 1VQP N; 5EVZ A; 4BWJ A; 3KD1 E; 1B9D A; 1J6Z A; 2VQE K; 4C1N K; 1XHZ A; 4B3R K; 3FZL A; 2F96 A; 2XRI A; 2P9U A; 3QEV A; 3VN5 A; 4LF7 K; 4ISE A; 2P9S A; 3SPY A; 3AVF A; 4CHQ A; 1QHA A; 1J5E K; 2BH1 A; 3O4N A; 1XUP O; 2HF4 A; 3OY9 A; 4IEE A; 1KVA A; 3CCS N; 1YVN A; 1SZ2 A; 1K73 O; 3B6O A; 4OO1 J; 1EQY A; 4CJS A; 3SI6 A; 2NNW A; 3HBT A; 5DM7 L; 1RBV A; 4F4K A; 3C6H A; 5AJ3 K; 3KK7 A; 1YTA A; 3CM6 A; 2Y1I A; 3ID6 A; 5IT9 O; 1VK0 A; 1C1B A; 4CJ5 A; 3E9P A; 4BRI A; 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