The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
123
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structure length |
123
|
Chain Sequence |
KKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RRNA
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| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
18
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV3 K; 4GKK K; 4DUY K; 5FLX O; 4DR1 K; 4JI4 K; 4CVN E; 4DR2 K; 4DV7 K; 4JI0 K; 4YHH K; 1IBK K; 5LL6 Z; 2UUB K; 1XMQ K; 4X65 K; 4JV5 K; 5LMN K; 5LMU K; 2E5L K; 4B3R K; 2HHH K; 1IBM K; 4DR4 K; 1XMO K; 5AJ3 K; 4JI1 K; 3T1H K; 4NXN K; 3T1Y K; 4DR7 K; 4CW7 B; 1J5E K; 4X62 K; 4DV2 K; 4GKJ K; 4LF8 K; 1N33 K; 5IT9 O; 2F4V K; 1HNW K; 4V19 S; 4JYA K; 3J80 O; 5A2Q O; 2UUA K; 4DV6 K; 2UXB K; 1FJG K; 2VQE K; 4LF6 K; 1HNZ K; 4AQY K; 4KHP K; 4JI5 K; 4B3M K; 4DR6 K; 2VQF K; 4DR5 K; 3J81 O; 5IWA K; 4B3S K; 4JI7 K; 4LF4 K; 2UXC K; 4LF7 K; 4DV5 K; 4LFA K; 4DV1 K; 4DUZ K; 4LF5 K; 1XNQ K; 4JI8 K; 1N34 K; 3J7Y P; 4X64 K; 4LFB K; 1N32 K; 4NXM K; 5BR8 K; 1I94 K; 1IBL K; 1HNX K; 4X66 K; 4JI3 K; 4JI6 K; 4YY3 K; 1XNR K; 3J7A P; 1HR0 K; 3OTO K; 4DV0 K; 4LFC K; 1N36 K; 4DR3 K; 4K0K K; 2UXD K; 4B3T K; 2ZM6 K; 2UUC K; 4DV4 K; 2UU9 K; 4OX9 K; 4LF9 K; 4JI2 K; 3JAM O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV3 K; 3AA5 X; 3F5T A; 4ICL A; 3B6O A; 4YOR A; 1RBV A; 2D0B A; 5J2M A; 2QM1 A; 1X9W A; 3OHR A; 4BGA A; 1NGG A; 4IO8 A; 3CCJ N; 2YNI A; 4J2B A; 3FZL A; 1NJZ A; 2RF2 A; 3CQX A; 4FPB A; 4RW9 A; 4CK2 A; 1EWQ A; 3TU5 A; 2QWO A; 4RW4 A; 2HHH K; 3ZX3 A; 1JCE A; 4CBW A; 5CHI A; 5KRT A; 1HNI A; 1QQC A; 4H0V B; 3UKR A; 3WT0 A; 2E2Q A; 1U4B A; 2QA4 N; 3TTF A; 4K42 A; 2CH6 A; 4WCE L; 1NGD A; 1JCG A; 1U04 A; 2G8H A; 4JKH A; 2XY8 A; 5ADX H; 1VSI A; 4BQL A; 1XUP O; 1BI4 A; 3V1R A; 4B9L A; 5IT9 O; 3ZEU A; 4PA1 A; 1F21 A; 4AF1 A; 4CGJ A; 3CJ1 A; 3MN9 A; 3QEI A; 4C1N K; 1KRP A; 4PWD A; 3WNF A; 4ISF A; 4DTU A; 4B8C A; 2ZE2 A; 3V1O A; 2X74 A; 4GW6 A; 4H5V A; 1NKB A; 4WFB L; 2QWM A; 3MX2 A; 3BF1 A; 3SJJ A; 2QEX N; 1RDU A; 3SAG A; 4DQ8 A; 4CZK A; 4DV1 K; 3MXJ A; 1RNH A; 4E7L A; 4K8X A; 1KVA A; 4CHY A; 1GLF O; 4JI8 K; 1WBB A; 4BQZ A; 3OS0 A; 1TUU A; 4IXC A; 4C1N I; 4F3T A; 3OYI A; 4KHY A; 4ELU A; 1XHZ A; 3OJU A; 2HST A; 1YJN N; 4CJW A; 1B9D A; 1VQ9 N; 1IG8 A; 1R0A A; 3OBY A; 2X6N A; 2YCH A; 4JI6 K; 3K5M A; 2Q36 A; 3E9L A; 2HHQ A; 2YHW A; 5AQZ A; 3UKU A; 1P90 A; 1XNR K; 5GAG P; 4FJ8 A; 4FWS A; 3LDN A; 4LFC K; 3RSE B; 3TR8 A; 3VGL A; 3QEV A; 4EAH D; 4FM2 A; 1ILY A; 3BDP A; 2UXD K; 4E1J A; 5C2D A; 2NZT A; 3TAN A; 2FSJ A; 1WAJ A; 3WNG A; 5FRN A; 1A5X A; 4IDK A; 3TTC A; 5GAE P; 3OYF A; 3PX0 A; 1SL0 A; 4NB4 A; 3RR8 A; 2V52 B; 3EEQ A; 4DSL A; 4FXD A; 3LP0 A; 4KRE A; 4R79 A; 4IG0 A; 2F7T A; 2FLO A; 2KKZ A; 3C6A A; 3P39 A; 3LAN A; 2D5R A; 1IKY A; 2P9U A; 2F9T A; 4QOZ B; 3MXI A; 3NF9 A; 3QML A; 3ZX0 A; 1TKX A; 4CEZ A; 5FPN A; 2YJE A; 4DR7 K; 3ZSW A; 4BRA A; 4BRM A; 5M1O A; 1QQN A; 2QWQ A; 3DI6 A; 3CIP A; 2VYP A; 4Z94 A; 1HPM A; 5ADX A; 5KPR A; 3H45 C; 3HP9 A; 4ILG B; 1QVF M; 2A6A A; 1X3N A; 1ZBH A; 1C0U A; 3KK3 A; 2UXB K; 4AH9 A; 4B9M A; 4FJM A; 1K8K A; 2WC9 A; 3MX5 A; 4KTW A; 4RW7 A; 5AQO A; 1U6Z A; 4Z4C A; 3OYD A; 4EP5 A; 3M8Q A; 4CBU A; 5KQD A; 3P5J A; 4DQP A; 3QFP A; 1SQK A; 3OY9 A; 4F3O A; 4DFP A; 5AQP A; 4BG9 A; 1S9E A; 2A1S A; 2YHY A; 2O8B A; 3L8B A; 4C8K A; 4MLE A; 3C65 A; 1D5A A; 4LFB K; 3MCA B; 4CGD A; 5BR8 K; 1HKG A; 3D6R A; 3CM5 A; 3EKU A; 2CGL A; 2E1Z A; 4YDU C; 2OYQ A; 3VGK A; 2P9S A; 2B6A A; 3SAH A; 3EYZ A; 1JCF A; 3BGR A; 5I42 A; 3BF3 A; 3VA0 A; 2DTU A; 2OPP A; 4KTQ A; 3MK6 A; 4DV0 K; 3ENB A; 1OH6 A; 5HRR A; 3TSQ A; 4FW1 A; 3VQ8 A; 3DLE A; 4H5N A; 3VQE A; 3OYG A; 4PY5 A; 3AVC A; 3VQQ A; 4BE0 A; 1E3M A; 3S41 A; 4AHU A; 1T05 A; 4FLZ A; 4GNI A; 4CVN E; 2OPR A; 2NRZ A; 4M3U A; 1Q82 O; 5KQ8 A; 2DFF A; 4KH4 A; 1IBK K; 2KTQ A; 4KI4 A; 5K14 A; 1NGE A; 5AQK A; 5C12 A; 2D0O A; 4Q0B A; 2G8K A; 3KKS A; 1NLV A; 1KC8 O; 2YNG A; 3EL2 A; 1VQO N; 3TAM A; 1HLU A; 3IMX A; 4JKE A; 4NXN K; 2DFH A; 3T1Y K; 2RKI A; 4RW6 A; 1NK5 A; 4CHO A; 5HOO A; 4CHP A; 1Z6R A; 1NOZ A; 3FZH A; 1DGK N; 3M5R A; 5LY3 A; 3IKM A; 1JLF A; 3I33 A; 4N5S A; 4B3O A; 1JLA A; 4J2D A; 4OPJ A; 4C8N A; 4CFB A; 1SAZ A; 5A2Q O; 3DRP A; 1KTQ A; 4UQG A; 3MN7 A; 4M3Z A; 2NRH A; 4JKD A; 4CER A; 4IJA A; 4JKG B; 4AQY K; 4GV3 A; 4KPY A; 2O8E B; 4DQS A; 2D0A A; 4CGF A; 3EE8 A; 1D9F A; 4B3M K; 2WFB A; 4J2A A; 4O8U A; 4JI7 K; 5LJW A; 1EO1 A; 3G71 N; 1RTD A; 4BAC A; 4FWO A; 3AA4 A; 3LPU A; 4RG8 A; 5SZT A; 5BN9 A; 5GIN A; 1YHQ N; 2FBT A; 2YNF A; 1JL1 A; 3AAR A; 3F73 A; 1I39 A; 1N32 K; 4DF4 A; 5CY4 A; 4BE1 A; 2O4I A; 2Z1G A; 3NFA A; 4NLB A; 2RPI A; 5AQY A; 3MDQ A; 1RTI A; 2HOE A; 2IS3 A; 2W42 A; 1C0G A; 1NWK A; 3W0L A; 4BRK A; 2KZM A; 3R3L A; 3SUO A; 3O1B A; 1IKW A; 3AVK A; 3O3G A; 3V4I A; 3ATV A; 3VA3 A; 1A5V A; 1W97 L; 2HBK A; 2G8F A; 1VSK A; 4I9Q A; 1UWB A; 5AQX A; 4KB1 A; 3V6D A; 5KGW A; 4DTP A; 1KCF A; 3DXM A; 1O13 A; 1NK6 A; 1LWF A; 1OKJ A; 1XQS C; 3ZSV A; 3RWU A; 3OYH A; 2ZJP L; 4H5W A; 5AQR A; 1QVG M; 4FLW A; 3ZT4 A; 4DTJ A; 4FK4 A; 4YDU A; 4CJQ A; 3F2K A; 4IZ9 A; 1C6V A; 3FZK A; 4PQU A; 3O1W A; 1BG3 A; 4CHZ A; 1HYV A; 3OYL A; 4XH4 A; 4QCL A; 3QES A; 3VQ6 A; 4E89 A; 3KHY A; 3FLC O; 2QW9 A; 5AZJ B; 1EET A; 2NNW A; 2Q1N A; 4GKJ K; 2B4J A; 3WQT A; 4H8K A; 3RMA A; 3TAG A; 2HNZ A; 3O5B A; 3HXM A; 4CD1 A; 5FRM A; 2V51 B; 2ASM A; 4B1X B; 3O80 A; 3DXK A; 5GIP A; 5DM7 L; 4ZTJ A; 1L3U A; 1K8A O; 3PUF A; 3AO4 A; 1NNE A; 1IJJ A; 4AHC A; 4BVP A; 4BR7 A; 3D2F B; 3VQ5 A; 3ZSZ A; 3VES A; 2UXC K; 4JKB A; 3NH1 A; 4LFA K; 3IFR A; 4L3Q A; 1JXE A; 2FBY A; 5CR4 A; 4BRP A; 1Q9X A; 3MCP A; 3TAF A; 3AO3 A; 4EZ9 A; 2KFZ A; 3J7Y P; 1X9S A; 3ZET A; 1YJW N; 5C0Y A; 2VWK A; 3MMV A; 2NUB A; 3OVN A; 3ZSY A; 3DAW A; 1J5O A; 5AQN A; 4FLT A; 3LP2 A; 1MWK A; 3VTH A; 5M1F A; 4FK2 A; 1HJO A; 3L4I A; 3HJF A; 1W7A A; 2P5O A; 3P4I A; 3HBT A; 1TAQ A; 3ULD A; 1SKW A; 4FL9 A; 4Y1C A; 1TYQ B; 1SV5 A; 1RTH A; 4E1N A; 3ID8 A; 5HRO A; 3ID6 A; 4DR3 K; 1IKX A; 3AVM A; 1WUA A; 3EN9 A; 4DS4 A; 2QKB A; 2ZM6 K; 3EO3 A; 2AA4 A; 4DU1 A; 3I0S A; 3CF5 L; 4IWV A; 1P8Z A; 2IVO A; 3ALY A; 2HHU A; 4LF9 K; 4O5B A; 1KAY A; 5TKW A; 1RCH A; 3BY5 A; 3SMP A; 3TAR A; 2YHB A; 3RMD A; 3H3O B; 3HRG A; 5KRS A; 4TSX A; 1ASU A; 3AVG A; 2UUB K; 3QET A; 3PLA A; 2FC0 A; 2E5L K; 4B3R K; 3IRX A; 3S3M A; 1GLA G; 3V1Q A; 2OTL N; 3HOT A; 4M3W A; 3T1H K; 2E6L A; 3HP6 A; 4IDH A; 4MQ3 A; 2FBX A; 3AA3 A; 3S3O A; 2Z1H A; 1L3V A; 3AVJ A; 3THY B; 3PIO L; 1N33 K; 1QE1 A; 1YIT N; 5JLF A; 4JKF A; 3NBP A; 4A61 A; 2UUA K; 3MAQ A; 1FJG K; 3QNN A; 3ZT3 A; 3OW2 M; 1BO5 O; 2IDO A; 1KAX A; 1L5U A; 4I6M B; 2P9L B; 3R6M A; 3CMA N; 2HNY A; 1XI1 A; 4FSV A; 1KXP A; 2KQ2 A; 3O4N A; 4E1M A; 2A41 A; 2V7Y A; 3K2P A; 5TKY A; 3BP8 A; 3CPW M; 1RT7 A; 3FE1 A; 4CF1 A; 4WFN L; 1XHX A; 4DKW A; 1U2V B; 4B1Z A; 1TV6 A; 4PKG A; 3SLC A; 5JS2 A; 4CGH A; 1RDC A; 4B1U B; 3L6Q A; 3NH0 A; 3HVR A; 1BWF O; 1FW6 A; 2PYJ A; 2KZZ A; 1WAF A; 4H0Y B; 1HQE A; 4NYN A; 5KPT A; 3IDH A; 4CF0 A; 2O8D B; 4DSK A; 2QWN A; 4CJ3 A; 3SUN A; 4M3T A; 5BPL A; 4CF2 A; 3KWI A; 5BRF A; 1XWL A; 4O0I A; 4KHS A; 2I5J A; 4FZY A; 1S1W A; 5J2P A; 3PIP L; 1RT2 A; 1NBW A; 3LDP A; 1LW0 A; 2P9K A; 4DSI A; 3HL8 A; 3CXC M; 3CME N; 3FGU A; 3U6F A; 3SYZ A; 2ZGY A; 4BRH A; 1IG9 A; 4OLA A; 3SV3 A; 2PAV A; 5AQV A; 2YI1 A; 1Z05 A; 2D0P A; 3FFI A; 3QIO A; 4PKH A; 3IS9 A; 4BVO A; 3ITH A; 3C0B A; 1N6Q A; 3RMC A; 4KHN A; 2Q0R A; 2QKK A; 5HLF A; 5EOY A; 2P1J A; 3CCU N; 2AJQ A; 2FF3 B; 4CJS A; 4DV2 K; 4KFB A; 1HX1 A; 1VSJ A; 4FJL A; 4IBN A; 1J53 A; 5M1K A; 1YVN A; 1HNW K; 3GDQ A; 1YI2 N; 2WOM A; 3CJA A; 1IKV A; 4H0T B; 3NF7 A; 3O3F A; 1HNZ K; 3C7N B; 4CFC A; 3CCR N; 1GLC G; 2EHG A; 3C6U A; 1UA0 A; 3ZT0 A; 1XC3 A; 4B3S K; 3H6E A; 3ZSQ A; 5JS1 A; 3L4Q A; 2BE2 A; 1JL2 A; 2VCP A; 5M1N A; 3ULE B; 4BWM A; 3KLH A; 3D0P A; 4NO7 A; 3WXI A; 1CLQ A; 5F1X A; 1NM1 A; 1YIJ N; 4M41 A; 1WBD A; 1C0T A; 2YX6 A; 1TGO A; 3VQB A; 4OKE A; 4JS5 A; 1ATS A; 4LC9 B; 3HO1 A; 3JS6 A; 4IOX A; 3THW B; 4CF8 A; 3ZX2 A; 1VQ6 N; 2OPQ A; 3OTO K; 4JRQ A; 4M63 C; 2VG5 A; 4YOY A; 4FVU A; 3KK2 A; 5J1E A; 1VK0 A; 1K9M O; 3AY9 A; 2GEM A; 4CI6 A; 3D45 A; 4NCB A; 4WQ4 A; 1BIZ A; 3SMS A; 4U67 L; 4CFD A; 3DLL L; 3QNO A; 3TAP A; 3TAE A; 3FZM A; 5AQF A; 5EXW A; 4BG8 A; 5EY4 A; 1FKP A; 2OAN A; 4JKC A; 3HM9 A; 4BRG A; 3KTQ A; 1EX4 A; 2ETJ A; 1CZB A; 3T7Z A; 4H0O A; 1YVU A; 4IJN A; 4CZG A; 3OYK A; 1ZXO A; 3QEP A; 3FZF A; 4A5B A; 3O08 A; 2P9N B; 4KTZ A; 1REV A; 1KFD A; 4H5R A; 4A62 A; 4FLV A; 4YHH K; 4WFA L; 1HRH A; 4FWL A; 4X65 K; 4DG1 A; 5LMN K; 5LMU K; 3RMB A; 1G99 A; 3M8P A; 2FBV A; 4FWM A; 1BIS A; 2QXL A; 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5C24 A; 3OA9 A; 1KLN A; 1RT6 A; 4I2Q A; 1XMQ K; 2Q0U A; 2WON A; 5HRS A; 5J2Q A; 4DB3 A; 3HPO A; 2F8S A; 4HVJ A; 3LAL A; 5AQI A; 5BPM A; 2NRV A; 4Q5V A; 5H1S Q; 5AQU A; 3CG7 A; 1NG9 A; 2E2P A; 4B08 A; 1KFS A; 1VSM A; 4Z0U A; 3O3H A; 1VSL A; 4N56 A; 3AA2 A; 3SV4 A; 3D7E O; 2JGU A; 4AHS A; 1EQY A; 4FWR A; 1C0F A; 4YNQ A; 4F8R A; 1S6Q A; 5DM6 L; 2QWR A; 1MU2 A; 4G1Q A; 4CEQ A; 1T6C A; 3O9S A; 3CCE N; 1NGI A; 1WN7 A; 3M6G A; 4CEO A; 1H1V A; 4LF4 K; 1BCO A; 3GL1 A; 3VET A; 1BQM A; 1NGB A; 3AGR A; 2F8T A; 2HHV A; 5CZ1 A; 3LZJ A; 1YJ9 N; 3OBW A; 3J8A A; 4CZM A; 4BRD A; 4DUZ K; 3A5O C; 4IO9 L; 5E41 A; 4HUE A; 2YHA A; 2E88 A; 1S22 A; 2GUP A; 2P9P B; 1N34 K; 3L0Q A; 1YTU A; 1LAW A; 3CET A; 5HP1 A; 1C1A A; 4K41 A; 3K0S A; 3DRS A; 4OPA A; 4BC4 A; 3MN6 A; 2FXU A; 1ZC6 A; 3ZSX A; 4X66 K; 3HYF A; 3WXL A; 3WXM B; 4BRE A; 2ZJQ L; 4DFJ A; 2P51 A; 1NOY A; 3VF6 A; 5HBM A; 4CJR A; 3NCI A; 3VF2 A; 3H08 A; 1ZBF A; 2P9I B; 4BY9 C; 4K0K K; 4G9Z A; 2OPS A; 1MWM A; 3O9Q A; 2IVN A; 3NMU A; 3G10 A; 1WLJ A; 3VPZ A; 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