2D5RA

Crystal structure of a tob-hcaf1 complex
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
RICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Structural basis for the antiproliferative activity of the Tob-hCaf1 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 7
total genus 82
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d5rA00
4Z0UA 1SKSA 2VWJA 1KFDA 1NOYA 3OS0A 4FJMA 2E6LA 4W5NA 5JS1A 3V1QA 3L2WA 1TKDA 3LANA 4N76A 2G8KA 4J2EA 4DTJA 4KHSA 3SNNA 4N5SA 1U4BA 3KK3A 3RR8A 4PY5A 1Z26A 3OYCA 3TWHA 3E01A 3QLHA 4DF4A 1JL1A 2KQ2A 3IRXA 3ZCMA 5E41A 3SV4A 1W0HA 1GOBA 2YNHA 4CECA 4DTNA 2RPIA 3PO4A 4PA1A 4DFPA 4E89A 4DWIA 1KVCA 4CHZA 4O5BA 3L2RA 3MEEA 3V9UA 4ELVA 1RTHA 3OYJA 4E7LA 1JXEA 4FK2A 3CG7A 4N56A 1U47A 1LV5A 1HYSA 3TARA 4CIFA 2HNZA 1SV5A 4OKJA 1VSHA 3QIPA 1A5WA 3QEXA 3VQ6A 4CF1A 3OYKA 3AO4A 3AVKA 4CJ5A 4C8MA 4CJVA 2Y1JA 3QEIA 4AHCA 4FK0A 2KFZA 4E19A 4DS4A 4TSXA 3V9ZA 4M3XA 4B9TA 2XY8A 1UAXA 3S9HA 1NK4A 4M3UA 3VQ9A 4CGGA 1RNHA 5KRSA 4DF8A 1KSPA 1WSEA 4I7FA 1FK9A 5KI6A 1RDCA 2QK9A 1TK8A 4CJEA 1EXQA 1DLOA 1RT3A 1TK0A 4CJKA 5CZ1A 3HXMA 1U45A 1NK0A 2HB5A 1WAJA 4CGIA 1L3VA 4KHQA 3KLIA 1TVRA 4HHTA 4CJWA 4Y1DA 4CEQA 3RMBA 2FBXA 3KD5E 1J5OA 2VG7A 1NJWA 3ITHA 3S3MA 1W9HA 1RT2A 3OY9A 1HQUA 3ZT4A 3DLKA 4E3SA 4B3OA 3B6OA 3VQBA 3LAKA 2HNYA 4B9NA 1U49A 3KKRA 3WNGA 4CEZA 3K5MA 3QESA 4KAZA 4K8XA 2XRIA 2KTQA 3I0SA 4CGJA 1D5AA 4OGEA 3K5LA 3TAFA 3P1GA 5SZTA 3ZT1A 2ZQBA 2BGGA 3AVHA 4HUFA 1ZYQA 3LWMA 4FM1A 5C25A 4DQRA 4FJ8A 3DLGA 4RW7A 1S1WA 3SJJA 2JLEA 3CFRA 3MXMA 4RG8A 1ASUA 2E6MA 4DU4A 2OYQA 1X9MA 1BGXT 3TI0A 3RTVA 2EHGA 3NH1A 4W5TA 4CHPA 3HM9A 4ZTJA 4Z4EA 1L3SA 3SZ2A 2B4JA 3KLHA 1RDAA 3KLGA 1JLGA 4C8LA 4FJHA 4BE1A 5DK5A 3ALYA 1JLQA 4DSLA 2HHSA 1RBVA 5HRRA 4CJQA 3OYLA 2ITGA 3OYAA 3LZIA 1RBSA 3LP1A 1LWFA 4E7JA 4OLBA 3M8SA 2DFEA 3SUOA 3KLFA 1HYZA 4KTZA 1VK0A 3C94A 1CXQA 3PUFA 4CIGA 4CHYA 2O4IA 3L8BA 2BE2A 1L5UA 4M42A 5HP1A 1RBRA 1HYVA 4CGDA 3S3OA 2PYJA 4IFYA 1VSLA 3PO5A 1CXUA 3AO3A 4M3RA 5HLFA 4CHNA 3LP0A 4BWMA 3PX4A 3FFIA 4OPJA 4FLVA 1HPZA 1GOCA 1LW2A 3ZSXA 3EY1A 4F3OA 4H8KA 1S5JA 5KGXA 4W5OA 1VSIA 4O0JA 3RWUA 4NCAA 2AJQA 2YHBA 4O44A 1VRTA 1A5XA 5FRMA 1RT7A 4Q5VA 2G8UA 1RTDA 4CEBA 3L2QA 4CERA 1XI1A 1XC9A 4DTRA 2PZSA 1Q9YA 2YNFA 1TL3A 1FKOA 2DY4A 3KJVA 1J54A 3O4QA 1RDDA 4CJUA 3SQ4A 4CHQA 1O1WA 4FJXA 1KVBA 1BI4B 4UQGA 1ZBLA 3O4NA 3SQ0A 3DOKA 1QSSA 1TV6A 4HCCA 4IG3A 4AHRA 1SL0A 3KTQA 3LP3A 3AVMA 4DQQA 3SI6A 4IKFA 1FXXA 2YKNA 4DFJA 4JLHA 4M41A 2LSNA 3QEWA 4QAGA 4I9LA 4XIUA 4E1MA 1SKRA 5CYQA 5D3GA 2QXFA 3AVFA 1REVA 4OGCA 1HNVA 3NE6A 3TAQA 4NYFA 1D9DA 1DTTA 1BQMA 4G1QA 4F4KA 3DLEA 4CEDA 5C24A 3HL8A 4Q0BA 3NHGA 1LAVA 3LPUA 1BCOA 4KKOA 2Z1IA 2ETJA 2G8FA 3AVAA 4KV8A 3ULDA 3BDPA 2D0BA 2HHWA 4RW9A 3LWLA 2HHUA 4CGFA 5HRNA 1KLMA 1CLQA 1XWLA 2ZD1A 5HBMA 4CF2A 1NK9A 2DTUA 4M3TA 3HPGA 1XHZA 3AVCA 3NF6A 4B9SA 3OJSA 1KLNA 2XHBA 4J2DA 4DSFA 2QKBA 1QSYA 4FLUA 1LWEA 4BDYA 1VRUA 4W5QA 1F21A 4FLZA 1NJXA 2PYLA 4C8KA 2FBYA 3TR8A 4CFCA 1S9EA 4KB0A 4Z4FA 4Z4IA 3VN5A 1MU2A 1HMVA 4KI4A 4FM0A 1RBUA 1S1TA 3QNNA 4EP5A 3OYBA 3V4IA 1X9SA 3AA5X 2OZMA 4CEOA 4PQUA 1BL3A 2IAJA 3MEDA 4EZ9A 4MQ3A 4DTPA 3HSTB 1T8EA 3RMDA 1L3TA 5CY4A 3DMJA 4LSLA 1IKXA 1NKEA 1EP4A 3ZSRA 3AA4A 4DFMA 3ZT2A 3NH0A 2F8SA 3AO5A 5KRTA 1N6QA 3OVNA 2G8IA 3NGIA 1WSHA 1EKEA 2YKMA 1NKCA 4J2BA 1J53A 3BGRA 4B9UA 3LAMA 2VWKA 2VG6A 4KRFA 3C6UA 1WSFA 3G10A 1TKZA 4DU3A 4DQIA 1JL2A 2XY6A 1CZ9A 4BDPA 4DQPA 1C6VA 2YNGA 3VQDA 1BISA 2HHVA 4KTQA 4MFBA 2WONA 4BE0A 1RILA 4KFBA 1NKBA 3IG1A 2YHAA 1C1BA 4J2AA 2GUIA 2X78A 1C0UA 3KKSA 4LH5A 4BDZA 2B5JA 4GMJB 1C1AA 4GVMA 3WNHA 1RT6A 4LSNA 2BDPA 4DLGA 2OPQA 1SL2A 2XO7A 3OYNA 1QTMA 1IKWA 4K8ZA 1ZBHA 3VQPA 4CEAA 3K2PA 4ID1A 3OYHA 4CJRA 3CQ8A 3HVTA 2OA8A 2HMIA 1HRHA 3L3VA 4RW4A 3NCIA 3TAGA 4HUGA 5FDLA 4RW8A 2HHXA 3T3FA 3D0PA 4KPYA 2E4LA 5KTQA 3RMAA 1T03A 1C0TA 4KI6A 4OJRA 3OYIA 3D45A 4JS5A 2IGIA 3ZSQA 4I2QA 4FM2A 4O0IA 4W5RA 3KD1E 3NF7A 4E7HA 3PX6A 3CM6A 1RDBA 3DM2A 1RBTA 3AV9A 3THVA 1NOZA 4CESA 5T7BA 1QE1A 2VG5A 1CZBA 3AO1A 4LY7A 1SKWA 1D9FA 4FJ5A 2WOMA 4CK2A 4CJFA 2X74A 1JLAA 3ZSYA 4CJ3A 3ZSWA 2IC3A 4Y1CA 3F73A 4FJKA 2D0AA 3QEPA 3V6DA 1RCHA 1YTUA 2HVHA 1WLJA 4DG1A 1JKHA 4IFVA 1ASWA 5I3UA 2RN2A 3HJFA 4M3ZA 1B9DA 3ASMA 4HTUA 2DFFA 2PY5A 2HVIA 3LDSA 4HUEA 4CK3A 4DTMA 1WAFA 2G8VA 4B9VA 2X6NA 2R7YA 1IKYA 3CYMA 1JLEA 5C42A 4DTSA 3OS1A 1KFSA 1J9AA 1NK7A 2GBZA 1D8YA 4F2RA 3A2FA 3IS9A 4Z4HA 1NJYA 2A1RA 4RW6A 5FROA 1UOCA 3NFAA 3OS2A 3ZSZA 1U04A 2W42A 3NDKA 3RMCA 1SL1A 1QS4A 3C6TA 4FZZA 1WNSA 5J2QA 4CCHA 1X9WA 3SUPA 3VQ8A 4DMNA 1LWCA 3OYEA 3O3HA 3KK1A 2HHTA 1QSLA 3MXJA 4E7KA 2KZZA 2ATQA 2OPSA 2JGUA 1S6PA 2Q3SA 3QNOA 3MECA 1KTQA 5CZ2A 5DMRA 4CEFA 1ZBFA 1UWBA 4KHNA 1BCMA 4CFBA 3AA3A 4CIEA 1NK8A 4KHUA 5KGWA 2NUBA 1VSJA 4AHSA 2A1SA 4H4OA 4JRQA 4M3YA 1RT4A 3K59A 4AH9A 1Q9XA 4OLAA 5I42A 1I3AA 2G8HA 2XY5A 3H08A 3K5OA 3HYFA 3S3NA 1IKVA 3NBPA 4BWJA 4H4MA 4FK4A 1FKPA 1NK6A 1EX4A 1ITGA 4BE2A 4ELTA 4JRPA 4BACA 3T19A 3ZSOA 3TAMA 1C1CA 1I39A 4AHTA 3LZJA 4DSIA 2D5RA 4PUOA 3U6FA 1YT3A 3QETA 3SQ2A 4N41A 4FCYA 2OPRA 1B9FA 1WSGA 3V1OA 3NH2A 3L2VA 2QKKA 2Z1GA 2FC0A 1LAWA 3DI6A 2F96A 3WNFA 1KVAA 4CE9A 4KO0A 2XY7A 2Y1IA 3SQ1A 1IG9A 3DLHA 4QOZB 1S1UA 4B9MA 1JLFA 3JYTA 3CFOA 3VQQA 5EU7A 4B08A 4DSKA 5JS2A 1RTJA 4FJJA 3I8DA 4WE1A 2GV9A 4M45A 3I0RA 3NF8A 4FXDA 1BIZA 2B6AA 3QEVA 4CK1A 1HQEA 2Z1HA 2P5GA 3P5JA 1BI4A 4O55A 1XHXA 3L2UA 4DTUA 3VQ7A 3SUNA 4YNQA 3CM5A 4B9LA 3K58A 1BIUA 3ZT3A 3WNEA 1DTQA 1S9GA 1G15A 4NCGA 3ISNC 3HVRA 4FLTA 4AHVA 1IH7A 4E1NA 3DRPA 3QO9A 1R0AA 1TL1A 1S1XA 3PX0A 2RF2A 4KTWA 3CFPA 4FZYA 4FLYA 1LW0A 1RT5A 4CF8A 4CGHA 3SV3A 3V9SA 3RR7A 4CJSA 2Z1JA 3LPTA 3TAEA 4DFKA 3KLEA 4F2SA 1HJRA 1X1PA 3HO1A 1VSMA 2DFHA 3P83D 4DLEA 3KIOA 4FLWA 4CJ4A 4QCLA 1RT1A 1YVUA 1WSIA 4KB1A 1QQCA 3EZ5A 4FLXA 3HP9A 3G0ZA 4FW2A 4ID5A 5K14A 3SPYA 1C0MA 3OJUA 2I5JA 2KW4A 3AVJA 2O4GA 4CFDA 4CJTA 1N5YA 4F8RA 4JS4A 4FJNA 3OYFA 4IBNA 3U3GA 3MXIA 1GOAA 3RRHA 4DS5A 1BHLA 3RRGA 3HPOA 2P1JA 4OKKA 4AILC 2BANA 1JLBA 1JXBA 3F9KA 3K5NA 3AO2A 2P51A 5J1EA 3PY8A 3B6PA 1U48A 1VSKA 3DOLA 2YV0X 4PWDA 3VQEA 1TGOA 4C8NA 3MAQA 3V81A 3IAYA 3NF9A 3AVLA 3UIQA 2EX3A 2F8TA 1Z25A 3MEGA 4FJIA 3PV8A 4FVMA 3DYAA 5HROA 2KZMA 1SUQA 4CF0A 3VQ4A 4F3TA 1B92A 3C95A 5CYMA 4CJPA 3EYZA 3M8PA 3OYGA 3DLBA 1ZBIA 1VSFA 2IDOA 3NAEA 3KK2A 1VSEA 3DRRA 3OYMA 1TK5A 4KHWA 4NYNA 4FJ7A 4B8CA 2IS3A 2KFNA 4B8AB 4CHOA 4M3WA 4LD0A 3M8QA 1TKTA 2OZSA 4DQSA 2HHQA 4HVJA 4C8OA 1TAQA 3QIOA 4EP4A 3HK2A 3AVBA 5SWMA 4DTOA 3U3YA 1RTIA 3K57A 1A5VA 3T1AA 1BQNA 4CEEA 3NGZA 3AA2A 4IG0A 4FZXC 1T7PA 1KCFA 2FBTA 2G8WA 3M8RA 4YFUA 2OPPA 5HRPA 1WSJA 3HPHA 4CF9A 4ELUA 1UA0A 1NK5A 4I2PA 3V9XA 4OPKA 1TAUA 4GW6A 3HP6A 2FBVA 1NJZA 4ICLA 4OKEA 3TAPA 4KREA 1WN7A 1QHTA 4DSEA 1YTAA 3QINA 3O3FA 2D0CA 3ZSVA 4I9QA 4EZ6A 3ZT0A 4CJLA 5HRSA 4O4GA 3AVIA 3V1RA 2HW3A 4ZHRA 4Z4CA 5J2MA 1L3UA 2ZE2A 4DSJA 2IOCA 4R5PA 3LP2A 1JLCA 4LH4A 1ZBUA 5J2PA 4FYDA 1HNIA 2HNDA 3AVGA 3LALA 4FJGA 3SYZA 4HCBA 3DRSA 3O3GA 4OVLA 1T05A 1UA1A 4N47A 1S6QA 3QERA 4NCBA 4DTXA 3DLRA 4IDKA 3NGYA 1IO2A 2X6SA 1VSDA 2YNIA 3VA0A 5FRNA 1Y97A 4Z4GA 3SCXA 1S1VA 3L3UA 3JSMA 3TANA 3V9WA 1Q8IA 1KRPA 4ZTFA 2P5OA 4FJLA 3TABA 1TKXA 4KHYA 1EETA 3VQAA 4CFAA 3VA3A 4E7IA 4FW1A 3HT3A 4FJ9A 3SPZA 1K6YA 5J2NA 3SUQA 3AVNA 4L8RB 4AHUA 3VQ5A 3VQCA 4DU1A 4E0DA 2RKIA 1ASVA 3OYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KFDA 4KHSA 3SNNA 4N5SA 1NJIO 4DKWA 3I56N 1Z26A 3ZEUB 3R9PA 3QLHA 1U2VB 2YNHA 3O9UA 2FF3B 4DTNA 4DFPA 4DWIA 4CHZA 1V4TA 3L2RA 1NGAA 1XMQK 1ILYA 3AAQA 3C65A 3UKUA 1LV5A 1HYSA 2A42A 3G4SN 4DR3K 3UKRA 1A5WA 3KWIA 4J8FA 4KHPK 1NGJA 4AHCA 2KFZA 1NK4A 1E3MA 4BRIA 3HSCA 1RDCA 2QK9A 3VF2A 5JMVA 4CJKA 3CCUN 1U45A 1WAJA 3QB0A 1OH6A 3C7NA 3S3MA 2F9WA 2E1YA 1IV0A 3A5LC 5I9EB 3ZT4A 3DLKA 4E3SA 4B3OA 3VQBA 2HNYA 3DXMA 3L4QA 3KKRA 4BRAA 4CZJA 3QESA 4CW7B 2XRIA 2KTQA 3TAFA 1N36K 3P1GA 1J5EK 2BGGA 4HUFA 3LWMA 5C25A 2A3ZA 3DLGA 1HUXA 3L0QA 4FJ8A 3MXMA 4RG8A 1ASUA 2E6MA 3WXKA 4DU4A 1VQKN 1X9MA 2OYQA 2H3GX 4FOIA 3RTVA 4CHPA 4Z4EA 1L3SA 2ZWHA 3KLHA 3KLGA 3B8AX 3QICA 4BE1A 3ALYA 2QWMA 1RBVA 1RBSA 1LWFA 2V7YA 2HSTA 3KLFA 1HYZA 2HBKA 1VK0A 1NM1A 5GAEP 3L8BA 2HOEA 4M42A 2PYJA 3IDHA 4WFBL 4CHNA 4BWMA 3PX4A 4DV1K 4FLVA 1LW2A 3ZSXA 1K9MO 4H8KA 1S5JA 1BDGA 5F2RA 4CZMA 3ULEA 3RSEB 5FRMA 1RT7A 2G8UA 3ZLJA 4CEBA 4DTRA 2F4VK 3TPQA 3GE1A 1TL3A 3HRGA 3WQUA 2DY4A 3KJVA 3HTVA 2QWRA 1J54A 1OH8A 5LL6Z 5LMNK 1KVBA 1BI4B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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