2D5RA

Crystal structure of a tob-hcaf1 complex
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
RICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the antiproliferative activity of the Tob-hCaf1 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 7
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d5rA00
3CM5A 3TWHA 4BWMA 4O0IA 3EZ5A 1KLNA 4AHRA 3F73A 3CG7A 4Y1CA 4HHTA 2HMIA 1UAXA 4DQIA 3BGRA 3HO1A 1VSJA 4GMJB 1I39A 3NF7A 3KLGA 1RBUA 3D0PA 3MXMA 4CJLA 3V1RA 1HJRA 2Q3SA 1T8EA 3VQ6A 1LAWA 3OYDA 1VRUA 1SKRA 1RT4A 5FRNA 2HVIA 1A5VA 3DOLA 3HL8A 3LWLA 3OJSA 3DMJA 1EX4A 3AVAA 4WE1A 3AO2A 3TAQA 3HPOA 4C8NA 1X9WA 2ZD1A 3AVFA 3DOKA 1VSMA 3L8BA 4DU3A 2FBXA 4CCHA 3KJVA 4FJNA 3RRGA 3DRSA 4DMNA 3S9HA 4DSLA 2VG6A 3QINA 2B4JA 3LAMA 3LP2A 1CXUA 3VQBA 1NK4A 5CYQA 4ZHRA 4CHYA 1HPZA 3OYGA 4M3WA 2IAJA 2IGIA 3VQEA 4AHUA 3V6DA 1NJWA 1ZYQA 4FK0A 3NF9A 2X78A 4GVMA 4HCCA 1KVAA 4FJIA 4J2BA 1DTTA 3G0ZA 3KLHA 1FKPA 4DQRA 4FW2A 4ZTJA 3L2RA 4DSIA 5KGXA 3HXMA 2IC3A 3S3NA 4DFMA 1UOCA 1NOZA 4FM1A 4O55A 5KGWA 3V9XA 2EX3A 3ZCMA 1U47A 1ASWA 4CHZA 1NK7A 1RTIA 4FM0A 2EHGA 4PQUA 2HB5A 4B9VA 2PZSA 2OA8A 3KLEA 3ZT1A 1ASVA 3SI6A 1Q9YA 4CF9A 4FLUA 4CGDA 4CJRA 1LV5A 3KD5E 2E6MA 1UWBA 3ZSWA 1LW0A 3RMAA 1JLBA 3HSTB 2HVHA 4O5BA 3VQAA 4E7HA 5HRRA 1ZBLA 3VQ5A 4CJPA 1REVA 1ZBHA 3CYMA 4UQGA 4CGHA 4CEZA 4E19A 4AHVA 1X9MA 4E3SA 1C0TA 2AJQA 1T03A 1B9DA 5CYMA 1VRTA 2F8TA 5HLFA 1IG9A 1QQCA 2YV0X 4DTNA 2G8FA 4FK2A 1SL0A 1BISA 2KW4A 4CECA 4CJWA 2XO7A 4BDYA 4ICLA 3OYEA 2BDPA 1TL1A 4DTXA 4CJ5A 4EZ9A 3MXIA 2OPSA 4TSXA 4I2QA 3OYIA 4M3ZA 1T7PA 2VWKA 3THVA 3AVIA 2F8SA 4JRPA 2PY5A 2IS3A 4ELUA 1RT7A 3AVCA 3KKSA 4DU4A 2QK9A 4FZYA 1TV6A 3B6PA 2VWJA 1NJYA 3LPUA 3DLGA 4CFCA 2P5GA 3FFIA 4FJ7A 1KFDA 1F21A 2D0AA 3LZJA 4QCLA 1JXBA 4IG3A 1JLEA 3QIOA 3ASMA 3KK3A 3PX4A 1B9FA 3K2PA 3OJUA 4KFBA 1NKCA 4N5SA 1IKWA 3BDPA 1HRHA 3T3FA 1SL2A 4CFDA 4N47A 1LWCA 4FJJA 4ID5A 3K58A 4PY5A 4PUOA 1TK0A 1Q9XA 4DSKA 2KZZA 2Z1JA 4CIFA 1WSGA 1ZBIA 3QO9A 2DTUA 4NCBA 2D0CA 2O4GA 4DU1A 4DF4A 3I8DA 3IG1A 3AVHA 2Y1JA 3MAQA 3SQ0A 3DLEA 3CFRA 1C0UA 4HUGA 1JLFA 1BL3A 1SL1A 3KTQA 4OGEA 1NK9A 1BQMA 2XY8A 3ZSOA 4KRFA 1KRPA 1C1CA 4I7FA 4FLYA 1NJXA 2OZSA 3EY1A 4M3RA 4FJ8A 4OLAA 3V9WA 3ZSXA 1BCOA 4PA1A 2HNDA 3B6OA 3SPZA 4KAZA 3OVNA 1YT3A 1ZBUA 5K14A 2KFNA 4E0DA 4O44A 1NOYA 4I9QA 1G15A 3NAEA 2P5OA 3MECA 2BANA 4Z4IA 3K57A 1Z25A 4Z4FA 4CE9A 1U49A 1SV5A 3QEIA 3DLKA 4I2PA 2B5JA 1HNVA 4CFAA 3U6FA 4RW4A 1QSSA 1EKEA 3SV4A 4Z4CA 3SUPA 3AVGA 3AA2A 4F2RA 1WSFA 1QHTA 3VA3A 3OYKA 2XRIA 3AVMA 4N56A 4GW6A 4E7IA 2HHUA 4B3OA 4BDZA 1S1VA 3KKRA 3KK1A 3QNNA 3DM2A 5D3GA 2VG5A 1NK0A 1BCMA 1U04A 1NK5A 1EETA 1Y97A 4B8CA 4KPYA 4Q0BA 1D9FA 5KI6A 4PWDA 1TGOA 3QIPA 4FLZA 3AA3A 3DRRA 1FXXA 1K6YA 3SQ2A 4R5PA 3KLIA 3NE6A 1TKZA 4CK2A 3RMDA 1HQEA 4H4OA 1D5AA 4CJTA 3HM9A 4E7LA 4E7KA 2YKNA 2R7YA 4JS5A 4IFVA 4KHYA 1QSLA 2OPPA 3QEPA 1KLMA 1XI1A 2X6SA 4Z4HA 3ZT2A 1S6PA 4CJ3A 1R0AA 1B92A 1XWLA 1CXQA 3E01A 3L3UA 5SWMA 3V9ZA 4E1NA 3PO4A 3L3VA 4M45A 4AHTA 3HPHA 1TK5A 2XY7A 4LH5A 1S1XA 5DK5A 2RPIA 3HT3A 1RTHA 3ZSZA 2ATQA 1S9EA 2YKMA 3IRXA 3L2QA 4ELTA 1XHXA 4FZZA 4CHQA 1RBSA 2RKIA 1VSKA 2Z1GA 4I9LA 3T19A 1RNHA 1S1TA 3HVRA 4W5RA 2QKKA 3MEDA 4YNQA 4K8ZA 1HYVA 1QE1A 4DFKA 4M42A 3T1AA 1C1BA 3TANA 1IKVA 3DRPA 3V1QA 1U45A 1SUQA 1WN7A 5HRSA 1U48A 4B9MA 3H08A 3NF6A 1RT2A 3V1OA 3WNEA 3EYZA 1YTAA 4RW8A 4F2SA 1C6VA 3LP0A 5C24A 2FBTA 4DQSA 3ULDA 2KTQA 1C0MA 2Z1HA 4OVLA 2IDOA 3SQ4A 3TAFA 1UA1A 2G8IA 1LW2A 4CIGA 3NH2A 2PYJA 1GOCA 2HHSA 3TR8A 1D8YA 4CF8A 5FRMA 3VQCA 2DFHA 4B9UA 1JLCA 4CIEA 1ITGA 4E7JA 4BE0A 2YHBA 2KFZA 2P51A 3HJFA 1VSEA 4ZTFA 4ID1A 1L3UA 2O4IA 1NK6A 1LAVA 4XIUA 4IG0A 2F96A 3NH0A 1W0HA 2RF2A 3LDSA 4LH4A 1VSDA 4AHCA 1S1WA 1RDAA 3OYHA 1KVCA 1N6QA 3HVTA 4DF8A 4O0JA 5J2NA 4Z4GA 4M41A 4Q5VA 1MU2A 3V9SA 3TAEA 3VQ8A 3S3OA 4KTQA 3NGIA 1BQNA 1WSIA 1RILA 2FBVA 4CERA 4CK1A 3K5NA 1CZBA 4CHPA 1L3TA 4B8AB 2FC0A 4FJMA 5FROA 4RG8A 4FCYA 4FLWA 2G8UA 4M3XA 2KZMA 3SZ2A 5CZ1A 4HVJA 1RDBA 4FJ5A 3MEGA 3QNOA 1GOBA 4L8RB 1VSHA 1FKOA 4CJSA 3LZIA 3V4IA 4FJ9A 3NF8A 3D45A 4JS4A 4OLBA 3JYTA 4W5TA 4DS5A 4KB0A 1LWFA 1D9DA 3C6UA 4CEEA 3AVLA 3SUQA 4C8KA 4CEAA 3LP3A 1L3VA 4KHSA 3KK2A 3HK2A 4FZXC 2Y1IA 2I5JA 2YNGA 3DYAA 3K5OA 3HYFA 3ZSYA 3SNNA 1KTQA 3VA0A 2HHXA 5KRTA 1IKXA 4KTZA 1T05A 4M3YA 2DFEA 3VQ7A 4FM2A 1W9HA 3F9KA 2W42A 1L5UA 1UA0A 1J5OA 4FJHA 4FJKA 3AA4A 4FLTA 4N76A 4KO0A 4OKJA 3KD1E 1KSPA 3RRHA 2E4LA 4EP4A 4DLEA 1JLAA 1JLQA 1WLJA 4DFPA 4CGJA 4CK3A 3TABA 3S3MA 1TAUA 5HP1A 1VSFA 4YFUA 3SCXA 4N41A 3AA5X 4CF0A 1ASUA 4NYNA 2WONA 4DQPA 2IOCA 2OPQA 3MXJA 4KTWA 3OYFA 4HTUA 1BIZA 3IAYA 4NCAA 1QSYA 3M8QA 2FBYA 2GUIA 3M8SA 4MQ3A 1NJZA 4OKKA 4CEBA 3ZSRA 3AO5A 3P5JA 5HRNA 3QEVA 4RW7A 1WAFA 3TARA 1SKSA 4DWIA 2X6NA 4RW9A 4C8OA 4E1MA 2ITGA 3PV8A 1Z26A 4C8LA 1TAQA 3HPGA 3ZT3A 3O3FA 2E6LA 1JLGA 4DTPA 1WSHA 3AVKA 4CJ4A 1S1UA 4CJKA 5J2MA 3WNGA 4CHNA 2G8HA 4OGCA 1A5XA 1VSLA 3LANA 1C1AA 3AVBA 4NYFA 1DTQA 4IDKA 3CQ8A 3U3YA 3NBPA 2GBZA 4DTOA 1RT3A 3TAMA 1TKXA 3DI6A 3RR7A 2WOMA 4B08A 4Y1DA 1JL2A 2YNHA 2RN2A 4B9TA 2YNFA 1HNIA 4J2AA 4FYDA 3KLFA 2VG7A 2XHBA 1U4BA 1J53A 1NK8A 3PY8A 1RBRA 1YTUA 3A2FA 1GOAA 1S5JA 4LY7A 1QTMA 1J9AA 3P83D 1RT1A 1RTDA 4CJEA 2QXFA 2A1SA 4CEOA 1YVUA 4DTMA 3WNFA 4B9NA 4AHSA 4BE1A 4F3TA 1NKBA 1TKTA 1BI4A 1A5WA 1RCHA 3PUFA 1RT5A 3SYZA 1FK9A 1BHLA 3OYNA 1QS4A 1XHZA 3DLRA 4HUEA 4JLHA 5EU7A 4QOZB 3QEWA 3U3GA 1BIUA 4HUFA 3OS0A 1JXEA 4H8KA 3K5LA 1JKHA 3PO5A 4M3TA 5JS1A 3NFAA 4DTRA 1LWEA 5SZTA 2ETJA 3I0SA 4OKEA 3LPTA 3NHGA 3OYBA 3SJJA 1S6QA 3OS1A 2BGGA 4KHNA 4KHUA 4CGGA 1VK0A 1S9GA 3CM6A 4CF2A 4F3OA 3RWUA 1KFSA 4E89A 3K59A 3KIOA 1WSJA 3SUOA 2OYQA 1O1WA 5I3UA 2JGUA 4DTUA 4OJRA 4C8MA 1Q8IA 4J2DA 1KVBA 4DTJA 5J2QA 2OZMA 2LSNA 3TAGA 1EP4A 1CZ9A 3MEEA 4O4GA 5CZ2A 1L3SA 4CEDA 2G8KA 1BI4B 2HHTA 3DLBA 3SUNA 3JSMA 2HHWA 3LAKA 3AVNA 5DMRA 4FJGA 1X1PA 2HNZA 3NDKA 3L2UA 2YNIA 3ALYA 1RBVA 1HYSA 1RDDA 4KB1A 3NGYA 4AILC 2BE2A 5HROA 1XC9A 2G8WA 2XY6A 4IBNA 2HHVA 3P1GA 3TAPA 4DSFA 3VN5A 4H4MA 1NKEA 3SPYA 2OPRA 1CLQA 3QEXA 1RTJA 3QLHA 4KKOA 2QKBA 1IH7A 4DFJA 3ITHA 4K8XA 3O3HA 3O3GA 3I0RA 3O4NA 4IKFA 2NUBA 3LP1A 4KHWA 4BE2A 4CJUA 1HMVA 4Z0UA 3G10A 5HBMA 3ZT0A 2A1RA 3VQ4A 4KREA 3PX6A 4CJVA 1DLOA 3NCIA 4FLVA 3QESA 4CHOA 4W5OA 4JRQA 1TVRA 4F4KA 2D0BA 3OS2A 3LALA 3CFPA 1RBTA 4BDPA 3VQPA 4EZ6A 5CY4A 2ZQBA 1WSEA 3OYAA 4CJQA 3PX0A 4CJFA 4G1QA 1TKDA 3RMBA 2G8VA 3QETA 4FXDA 5C42A 3OYCA 4BACA 1JL1A 3AO4A 4LD0A 2HNYA 3AV9A 2HHQA 5J2PA 3RMCA 3ZSVA 4CFBA 1IO2A 4ELVA 1SKWA 3HP9A 3IS9A 3UIQA 3VQQA 4KHQA 4CGIA 4W5QA 1RDCA 3OYJA 4EP5A 3M8RA 4FK4A 1ZBFA 3L2WA 2B6AA 3TI0A 4Z4EA 4CGFA 4FJLA 1TK8A 2YHAA 3ZT4A 3V9UA 3C94A 3RR8A 4DS4A 4LSLA 4DSEA 4QAGA 3VQDA 3NH1A 4BWJA 1J54A 2KQ2A 3NGZA 3K5MA 3RTVA 1HYZA 2D5RA 4DLGA 4F8RA 3OYMA 3O4QA 4KV8A 4M3UA 3SV3A 4CESA 2XY5A 3C95A 2PYLA 1I3AA 4MFBA 4AH9A 3CFOA 4J2EA 1KCFA 3L2VA 3AO3A 3ISNC 4RW6A 4OPKA 1X9SA 1HQUA 4KI6A 2JLEA 1WNSA 5C25A 4KI4A 4OPJA 3VQ9A 5JS2A 5KRSA 1IKYA 2X74A 5I42A 1BGXT 4B9SA 4HCBA 1N5YA 4DTSA 3AO1A 2DFFA 2GV9A 5J1EA 3AVJA 1EXQA 4IFYA 1TL3A 2ZE2A 4CEQA 4DG1A 1WAJA 3HP6A 4DQQA 1VSIA 4FVMA 4NCGA 4CF1A 5HRPA 4FLXA 3DLHA 3V81A 3OY9A 3M8PA 3QERA 4CEFA 5E41A 3C6TA 4W5NA 1RT6A 4B9LA 4DSJA 2P1JA 2DY4A 4LSNA 3WNHA 5FDLA 3ZSQA 5KTQA 4FW1A 5T7BA 4FJXA 2HW3A 3OYLA 3SQ1A 3LWMA 2Z1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM5A 4BWMA 2UYTA 2HMIA 4LFAK 4Y1CA 3HO1A 2E1ZA 1HR0K 1VSJA 3NF7A 3WXKA 3DXMA 4CJLA 2Q3SA 1T8EA 5LJVA 4G9ZA 1LAWA 3OYDA 5CE3A 5FRNA 1X3MA 4CD3A 2OCEA 1YUWA 3KK7A 3AVAA 3W3DA 1NBWA 2D0PA 4C8NA 1T6CA 4BR9A 3AVFA 4A61A 3KJVA 3N4QA 4YOVA 3I33A 3S9HA 4LFCK 4DSLA 2VG6A 3E1YA 3CD6N 2IGIA 1NJWA 3NF9A 2QWOA 3G0ZA 4FL9A 4BRLA 4ZTJA 2CGJA 5KGXA 2IC3A 1NWKA 4FM1A 4O55A 3V9XA 1ASWA 2EHGA 1YITN 4IJNA 3EE9A 3SI6A 4CF9A 5GAHP 4FLUA 1GLCG 3BZCA 4CJRA 3DXKA 3HTVA 5GAGP 3VQAA 3CCVN 1ZBLA 4BRGA 3WEEB 4UQGA 4CGHA 4E19A 5KQDA 4LC9B 1X9MA 3IMXA 3PSIA 4JI6K 1BWFO 3C7NB 2YV0X 3J7YP 1SL0A 1TL1A 4CJ5A 1T7PA 2IS3A 4ELUA 1YXQA 3KKSA 2ZF5O 2AA4A 1TV6A 2VWJA 4DR2K 2P5GA 4FJ7A 2D0AA 2P9PB 2ZGYA 3A8YA 3PX4A 3KK3A 2RE2A 2P9LA 1JJ2M 1HRHA 4CFDA 4N47A 2F9WA 2CGLA 3EZWA 1NJIO 4ID5A 4DSKA 4BC5A 5AJ3K 3J7AP 1WSGA 3HBTA 3QO9A 3DAWA 5JVGL 3ZLJA 3VEXA 2W6KA 5BPMA 2Y1JA 1G99A 3TTCA 5BRDA 4H0OA 5M1KA 3MWTA 4BRDA 1KRPA 4A2BA 4M3RA 3ZSXA 2Q0RA 5K14A 4E0DA 1J6ZA 3TPQA 5FPMA 1MWMA 2YX6A 1Z25A 3H46O 3U6FA 4PKHA 1QSSA 4OO1J 2QWMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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