2D5RA

Crystal structure of a tob-hcaf1 complex
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
RICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 7
publication title Structural basis for the antiproliferative activity of the Tob-hCaf1 complex.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 82
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d5rA00
2E4LA 3P1GA 3SCXA 3SPZA 3AA4A 4B9TA 3SUNA 3I0SA 2HHVA 3NH0A 1TK5A 4DTNA 2HHSA 4FCYA 1QSYA 3O3FA 4FLTA 4RW9A 3ZSYA 3L2WA 5KGXA 4DU1A 4KB0A 3LP3A 3SI6A 1B9FA 1YT3A 2FBYA 4AHCA 4YNQA 3V81A 4FJHA 3DOLA 4W5TA 2Y1IA 4CJUA 1WSGA 5FRMA 1B92A 4KHYA 2XHBA 1T8EA 5J2MA 4KHWA 2KTQA 1BL3A 1IKYA 2HNZA 4CF2A 3SUPA 4OJRA 3OS0A 4B08A 4HTUA 3VA3A 3DLRA 4AHSA 1JLEA 3AVLA 3SPYA 1WAJA 2IAJA 3CFRA 3RRHA 2EX3A 3VQ4A 4FZZA 1NJXA 4BE2A 1RTHA 3OYDA 2AJQA 4FJGA 2ITGA 2X6NA 3B6PA 1LAWA 4Y1CA 1SKRA 4FM0A 3TAFA 1CXQA 1HRHA 4PQUA 3NF6A 2P5OA 2XY8A 3CM6A 4FW1A 2FBTA 4CESA 3VQ6A 3IG1A 4EP4A 4CEOA 5E41A 1BCOA 2D0BA 5CZ2A 3LWLA 1NJZA 2XRIA 3AVFA 4PWDA 3AA2A 2P5GA 1J54A 3KKSA 4FJ5A 2GUIA 3AVCA 3QIPA 1ZBHA 1CLQA 3VQ7A 4HHTA 2FC0A 3VQCA 4NCAA 4HUFA 2HMIA 3LAKA 1BI4B 3DLKA 4E7LA 4M41A 4M3TA 3AVKA 3UIQA 3ZT2A 3ZT0A 4KAZA 4CFBA 4QCLA 3IAYA 3WNHA 3LWMA 1XHZA 3VQAA 1VSDA 2VG5A 4DSKA 3CG7A 4RW6A 4IKFA 4OPJA 3OYGA 3C95A 4LSNA 1RBSA 3C94A 4CE9A 2YHBA 3F9KA 4OGEA 1ASVA 4XIUA 4DLEA 4M3WA 1S6PA 1S5JA 3V9SA 3NGZA 4Z4GA 2F8SA 3NHGA 3DMJA 2KQ2A 1UA1A 3KTQA 1C1BA 1NK6A 1BQMA 1S1WA 4F4KA 1QSLA 3O4NA 3PX0A 3ISNC 2ZE2A 4M45A 4C8KA 4IFVA 5HLFA 3U3GA 2RF2A 3AA3A 1S9GA 4Z0UA 4H4OA 1W0HA 4AHUA 4E1NA 4OKJA 3H08A 3SUQA 3K5OA 4JLHA 4FLXA 3O3HA 1FK9A 2KW4A 3RMBA 2R7YA 1D9FA 2G8IA 2YNGA 3VQBA 3TAEA 4KO0A 3L3UA 3T1AA 3ASMA 2D5RA 3SV4A 1GOCA 3PX4A 4ZTFA 2P1JA 4DWIA 3V4IA 4FJJA 3AVNA 3HP9A 3QNOA 1NK4A 3SQ4A 4HCBA 1RT5A 4Z4IA 5HRRA 3HO1A 4KRFA 5CYQA 3ZT4A 2OPPA 1LV5A 1BISA 4C8MA 1S1UA 4O0IA 3NGIA 1K6YA 3AO2A 3LPTA 4IFYA 4O5BA 5HP1A 4CFDA 1KVBA 3V9UA 1SL1A 4NYFA 3O3GA 3PO5A 3EZ5A 1RDCA 3D45A 1RBTA 3M8RA 3TAQA 1A5WA 1U04A 3OYIA 4J2BA 1RT7A 2Z1HA 4YFUA 3DOKA 3DRPA 2HNYA 2G8KA 3RWUA 4FLZA 1X9SA 4DSIA 2BE2A 3LP2A 1C1AA 5HBMA 4B9VA 3P83D 5SZTA 1TKXA 4FLYA 4W5NA 1EP4A 2HHUA 3SQ0A 4ID5A 3KIOA 3SYZA 1D8YA 4KHSA 3V1QA 4DSJA 3AVJA 4DU3A 5KTQA 2HW3A 4CEEA 3HJFA 1RDBA 2KZZA 1ZBFA 4DTUA 4CHPA 3ZSQA 4OLBA 3K2PA 5HRSA 1TAUA 2IOCA 3BGRA 3RMDA 4JS5A 3AVHA 3VQEA 3AO1A 1ZYQA 3K59A 1VRUA 1X9MA 3NGYA 1TK0A 4LD0A 1U45A 1SL0A 1X9WA 1B9DA 3LP0A 2KFZA 3HT3A 1TKTA 3DLEA 3OYHA 1NOZA 4DFMA 3SQ1A 4CJQA 4RW7A 3OYLA 3ZSVA 3NF7A 5C42A 2QK9A 4DF8A 1Y97A 4CK1A 3RR8A 4CJWA 3EYZA 1O1WA 4K8XA 4B9SA 4LH5A 3L2VA 3I0RA 4E3SA 5FDLA 1MU2A 4FM2A 3ZSRA 3HVRA 1LW2A 3HM9A 5C24A 3V9XA 4CF9A 3DLBA 4BDZA 3QETA 3RMAA 3DRSA 1IG9A 4UQGA 4OVLA 3AV9A 2X78A 5J2NA 5J1EA 3SUOA 4W5RA 1ASUA 5JS1A 3AA5X 5I3UA 4KTWA 3THVA 1U4BA 1N6QA 4CHNA 5C25A 1XWLA 2G8WA 4Z4HA 2DFFA 4AHVA 1RTJA 3L2UA 3TABA 4HUGA 2Z1GA 4DTRA 2YNHA 4Z4FA 2OZMA 3QEIA 2BDPA 4ZTJA 1RILA 5HROA 3TANA 2B5JA 2D0CA 4DSFA 4CGIA 1Q8IA 1RT6A 1WN7A 3KD5E 4FJIA 3VA0A 4RW8A 2QKBA 1CZBA 4N47A 4CHQA 3ZSWA 1L5UA 2IC3A 4HVJA 4CHOA 3NDKA 1SKSA 3L2RA 4ZHRA 2O4IA 1JL1A 5HRPA 2QXFA 3OYBA 4CIFA 4CK2A 4FJ8A 1ZBLA 2G8UA 4BDPA 4M3UA 4N56A 3HPHA 4FJMA 4DLGA 2DY4A 1SKWA 4ELTA 5KI6A 1DTTA 1IH7A 3JYTA 3MXJA 1NOYA 4KTQA 1TL1A 4F2RA 1IKWA 1QHTA 1KVCA 4KB1A 4L8RB 3L3VA 4FJKA 3QIOA 3ZCMA 4E7IA 4E19A 2RPIA 3CFOA 3K58A 4DQPA 4BE0A 1I39A 4KI4A 5HRNA 5CZ1A 1WSIA 1RDDA 4CJPA 1SL2A 4OKKA 3OYEA 2VWKA 2ATQA 1YTAA 4I9QA 3DI6A 2KZMA 3NE6A 1KVAA 3LANA 3FFIA 4N41A 5CY4A 1N5YA 1RBRA 2ZQBA 5FRNA 2DTUA 2ZD1A 3OYAA 4LSLA 4DG1A 4DFJA 4DQIA 1BHLA 2YNIA 4CJLA 5FROA 3ZT1A 1RT4A 3G10A 2HB5A 4N5SA 4E7JA 1QSSA 4PUOA 3HL8A 4BACA 3MXIA 2E6LA 1S1VA 4DFPA 4DFKA 1VRTA 3HK2A 3QESA 1C0TA 1BGXT 3CQ8A 4DS5A 4DF4A 1KRPA 4N76A 2OA8A 1Z26A 3KJVA 2FBXA 3RMCA 2BANA 4BWJA 3NH1A 2XY7A 2OPRA 2F96A 3E01A 1BIZA 3QEWA 3KLFA 1VK0A 4CCHA 3KD1E 2IGIA 3OS1A 4QOZB 4FZYA 1WNSA 1NK7A 1VSJA 4RG8A 4CEAA 1G15A 5EU7A 3OYCA 4ELUA 4CGFA 1WSFA 2QKKA 4IDKA 1C1CA 1EKEA 4KTZA 2P51A 1YVUA 3TAMA 3SJJA 1JLGA 4CJKA 1LW0A 4F3OA 1EX4A 3RTVA 4DTXA 4HCCA 2KFNA 1XHXA 4CFCA 5T7BA 4LY7A 4NYNA 4WE1A 4G1QA 4E7HA 3TR8A 3VQDA 4BWMA 4KV8A 1T03A 2A1SA 3VQ9A 3PX6A 4JS4A 1TAQA 4E89A 2OPSA 1QTMA 4CGDA 1J53A 4KPYA 3VQQA 4HUEA 1S9EA 2XY6A 1WSJA 2B4JA 3U6FA 3S9HA 3DLHA 1UAXA 1Q9YA 3WNFA 3OYKA 4KFBA 1JLFA 3HSTB 4CEFA 4C8OA 1UWBA 1FXXA 3NBPA 1JLQA 1TKDA 2DFHA 1VSIA 2I5JA 4DTPA 4FXDA 1RTIA 3HP6A 1UOCA 1C0UA 1JXEA 2RN2A 4ICLA 3LZJA 1J9AA 3CM5A 3AVBA 1WSHA 1KFDA 1HYVA 4IG0A 4O55A 5CYMA 4AHRA 1EETA 4W5OA 4JRQA 2NUBA 3MEEA 1KSPA 4ID1A 3PV8A 1S1TA 1SUQA 3L8BA 2VG6A 4FLVA 4Q0BA 4DS4A 3TARA 4CJ4A 2RKIA 3KK3A 5KRSA 3QO9A 4B9MA 4CEDA 1Z25A 4B9LA 1HQEA 3T19A 3T3FA 4GW6A 4O0JA 3NH2A 4CK3A 4B8CA 2Y1JA 3OJUA 3EY1A 4FK2A 4E1MA 2PY5A 1XC9A 2HHWA 1RDAA 3RRGA 1DLOA 1ZBUA 3IS9A 4I2PA 3VQ8A 3KK1A 5J2PA 2YV0X 1QS4A 4CFAA 4CJVA 3AO3A 4CIGA 3OYJA 4DSLA 1U48A 1GOBA 4FW2A 5K14A 4CGJA 4Z4CA 1ASWA 1D5AA 1TGOA 3LZIA 3QEPA 2YNFA 3NF9A 5J2QA 1HYZA 3CYMA 2YKMA 4KHUA 3AVMA 1KFSA 1YTUA 3QNNA 3AVGA 3SQ2A 1RBUA 3AO4A 4QAGA 3V9ZA 4M3XA 1BI4A 1NK8A 2WOMA 2EHGA 4M3RA 1TK8A 4DU4A 2HNDA 2FBVA 4Z4EA 1LWFA 3DRRA 3VQ5A 3SNNA 2G8FA 3AVAA 4J2EA 4IG3A 1NKCA 1NJYA 3L2QA 4M3ZA 3K5NA 1TV6A 2DFEA 4M42A 1BIUA 4AH9A 4MQ3A 4RW4A 3BDPA 1HJRA 4F8RA 4DQSA 4OKEA 4AHTA 4CEQA 1JLCA 4CJFA 3K5LA 3QEVA 1IKVA 3MXMA 2Z1JA 4CJSA 3V6DA 2HHQA 3ALYA 3OYNA 1HYSA 4I9LA 1NK0A 4B9UA 3B6OA 2E6MA 1HNIA 3A2FA 5KRTA 3KLGA 4DTOA 4F3TA 3ZSOA 3KKRA 1FKPA 1C6VA 3SV3A 1Q9XA 4NCGA 2HHTA 2Q3SA 4CEBA 1VSLA 4K8ZA 3SZ2A 3QEXA 4FJXA 1TKZA 3NAEA 3S3MA 3IRXA 5DMRA 4FVMA 1HNVA 4CERA 2JLEA 1RCHA 2XY5A 3S3OA 4Y1DA 4R5PA 1RBVA 4BE1A 3PY8A 2OZSA 1CXUA 4AILC 2VWJA 4FK4A 1L3VA 1VSMA 5SWMA 4C8LA 2BGGA 5JS2A 3S3NA 2G8VA 4FYDA 4CJTA 1CZ9A 4CF1A 4KI6A 1I3AA 4FK0A 3QINA 3OJSA 1F21A 3V1RA 3V9WA 3C6TA 4B9NA 3OYFA 3TAGA 4DQQA 3HXMA 3ZSXA 4NCBA 3OVNA 3DLGA 3KLEA 2IS3A 3WNGA 4CHZA 3TI0A 4CIEA 3KLHA 1IKXA 4E7KA 4W5QA 4EZ9A 1RT1A 1ITGA 4FLUA 1HQUA 1JLAA 1WAFA 2GBZA 2VG7A 3RR7A 2LSNA 2OYQA 4PY5A 4FLWA 3HPGA 4KKOA 4H8KA 4OPKA 3VQPA 3D0PA 2A1RA 3NF8A 4KREA 3MEDA 3M8QA 4TSXA 4CJ3A 3DYAA 1C0MA 3LPUA 3ITHA 4O4GA 4CF0A 5DK5A 3CFPA 1LWCA 3V1OA 3VN5A 1JXBA 2YKNA 3HPOA 2W42A 3LAMA 4DTJA 1TL3A 4FZXC 4OGCA 3AO5A 1X1PA 3F73A 4CHYA 2GV9A 1RT2A 4GVMA 4CF8A 2YHAA 3OYMA 3G0ZA 1T7PA 1RNHA 5D3GA 3PUFA 5I42A 1A5VA 2XO7A 1REVA 3M8PA 1HMVA 3HVTA 3LP1A 3QERA 2HHXA 3DM2A 4I7FA 4CGHA 1VSFA 1T05A 1FKOA 3NCIA 3AVIA 1IO2A 1U47A 1L3TA 4CJRA 1R0AA 1SV5A 2PZSA 4BDYA 1NJWA 3TWHA 4J2AA 4FM1A 4O44A 4DTSA 1QQCA 3MECA 1DTQA 1KLNA 1JLBA 3LALA 3M8SA 1HPZA 2WONA 4J2DA 3MEGA 3U3YA 1XI1A 1ZBIA 1UA0A 4E0DA 1LWEA 3ULDA 1WSEA 1GOAA 2HVIA 3ZT3A 1NKEA 3OY9A 4MFBA 3I8DA 1JKHA 4B3OA 1LAVA 1A5XA 4OLAA 1BCMA 3K5MA 2ETJA 3MAQA 1RT3A 3KK2A 1NKBA 1VSKA 1KCFA 3P5JA 5KGWA 4C8NA 4FJLA 4KHQA 4EP5A 3PO4A 1L3UA 1TVRA 2JGUA 2F8TA 4FJ7A 4GMJB 1S1XA 2OPQA 2X74A 2HVHA 3NFAA 2B6AA 3K57A 1W9HA 1KLMA 4ELVA 4CJEA 4I2QA 1WLJA 1U49A 4IBNA 1RTDA 4B8AB 2Z1IA 2D0AA 3ZSZA 3OS2A 2PYLA 4DQRA 2X6SA 1EXQA 4DSEA 4EZ6A 4CEZA 4CGGA 2PYJA 4Q5VA 1S6QA 3JSMA 4F2SA 4FJNA 3KLIA 4DTMA 1QE1A 4H4MA 4DMNA 2IDOA 4CECA 4PA1A 4JRPA 4CJ5A 1NK5A 1VSHA 3LDSA 4LH4A 4KHNA 3WNEA 1JL2A 3HYFA 3QLHA 1J5OA 1BQNA 2G8HA 1L3SA 3O4QA 3TAPA 1KTQA 1D9DA 1VSEA 4FJ9A 3C6UA 1NK9A 2O4GA 4M3YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPZA 1YJ9N 4FWNA 3T69A 2HHVA 3P39A 4G9ZA 1NGJA 4FLTA 1DGKN 1R59O 4DU1A 2ZF5O 3FR0A 3SI6A 5TKWA 4FJHA 1K8KB 3V81A 1Z6RA 1Q81O 5J2MA 4KHWA 2W40A 3SUPA 3DLRA 4AHSA 3BZCA 2GUPA 2EX3A 3VOVA 4BE2A 2ITGA 3QICA 1LAWA 1NBWA 5AQMA 4A59A 2P5OA 3CM6A 3ZEUB 4BC5A 4CESA 1NNEA 3VQ6A 4EP4A 5E41A 2D0BA 3LWLA 3HTVA 3M1FA 5BRDA 3AA2A 1J54A 2HHHK 1ZBHA 4YDUC 4WYBA 2FC0A 3J80O 3LAKA 1SAZA 4M41A 4AQYK 3UIQA 1MWKA 4KBOA 4CFBA 1RDWX 3IAYA 2PAVA 4DSKA 1ATRA 4FWKA 2W41A 3C95A 2YHBA 3EO3A 3WQUA 3NHGA 4DR1K 3KHYA 3TTDA 1C1BA 5AQGA 1S1WA 3IFRA 3L6QA 4Z94A 3O4NA 4H0XB 1LOTB 3GE1A 3PX0A 3VETA 4BRIA 2QWMA 5FPMA 4B1VA 4Z0UA 5TKYA 3EEQA 4K43A 5AQXA 4JKHA 4JLHA 3RMBA 1FK9A 2KW4A 3HZ6A 2R7YA 3T1AA 5M1FA 3ASMA 1NMDA 2WBNA 2P1JA 3V4IA 3HP9A 3SQ4A 3VESA 3HO1A 3ZT4A 2OPPA 1BISA 3NGIA 3AO2A 5HP1A 1KVBA 2GTDA 5JLFA 1QQOA 4WF9L 4JI2K 1A5WA 3OYIA 4J2BA 2E1YA 1RT7A 3DOKA 3JAMO 3LM2A 3P31A 4XEIA 1X9SA 5HBMA 1YUWA 5SZTA 4FLYA 3BY5A 1JCFA 3KIOA 3SYZA 4KHSA 4JN4A 3ZX3A 3AVJA 2HW3A 4CEEA 4CZGA 3ZSQA 4EFHA 3K2PA 5LMNK 2IOCA 2P9LA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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