The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
28
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UU9 K; 4LF5 K; 4JI0 K; 4LF7 K; 5LMN K; 3J81 O; 2F4V K; 4LF6 K; 1IBL K; 4LF9 K; 4JI6 K; 4LF4 K; 2ZM6 K; 1HNX K; 4JI2 K; 4YHH K; 1XNQ K; 4V19 S; 4DR7 K; 1HNW K; 1FJG K; 3T1Y K; 1XMO K; 4LFA K; 4DV5 K; 4X64 K; 2UUB K; 2UXC K; 4B3M K; 4DV1 K; 4DV4 K; 4KHP K; 4DV3 K; 2UUC K; 1XMQ K; 4DR4 K; 4CW7 B; 4LFB K; 1HR0 K; 5LMU K; 4X65 K; 4JI7 K; 5LL6 Z; 4AQY K; 5BR8 K; 4X62 K; 1XNR K; 4B3R K; 4B3S K; 4YY3 K; 4LF8 K; 4DR5 K; 3T1H K; 4DR3 K; 1I94 K; 4JI4 K; 4JI1 K; 4OX9 K; 4DR2 K; 4DUY K; 4NXN K; 3JAM O; 4DR1 K; 4DV7 K; 4JI5 K; 4DR6 K; 4LFC K; 4K0K K; 1N36 K; 1HNZ K; 4GKK K; 4GKJ K; 3J7A P; 4DV2 K; 2UXB K; 2HHH K; 2VQF K; 4CVN E; 3OTO K; 3J7Y P; 5AJ3 K; 2UXD K; 5FLX O; 5IWA K; 4DV0 K; 4NXM K; 1IBM K; 1IBK K; 4B3T K; 4JV5 K; 5A2Q O; 1J5E K; 5IT9 O; 4DV6 K; 4DUZ K; 2VQE K; 4JYA K; 3J80 O; 4X66 K; 1N34 K; 2UUA K; 1N33 K; 2E5L K; 1N32 K; 4JI3 K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K6Y A; 3HL8 A; 1VSF A; 2VGM A; 4NLB A; 1J53 A; 1WAF A; 1KLN A; 2F7T A; 3OS0 A; 4DTP A; 3U3Y A; 3OVN A; 1EQY A; 3O08 A; 4YOU A; 1XWL A; 3ZEU B; 3QBW A; 3IAY A; 1HNX K; 1XNQ K; 3CC2 N; 3ZSO A; 5DM7 L; 2IC3 A; 1S1W A; 1YT3 A; 2ZJP L; 3WNH A; 3WEE B; 5LY3 A; 2XRI A; 4OPA A; 3VQC A; 1ATR A; 3PO5 A; 1VQ4 N; 1X3N A; 2QTD A; 1LCU A; 4EZ9 A; 4CHZ A; 4DF8 A; 3EYZ A; 4KHY A; 3SAG A; 1HR0 K; 3LWL A; 1NG9 A; 4LSL A; 3VQD A; 4C1N K; 3BP8 A; 1QQO A; 1LWF A; 4BR9 A; 2YHA A; 3MX5 A; 3J7Z O; 1ESV A; 4Z4F A; 3ZYY X; 4E7I A; 1BA1 A; 1GLF O; 3SMS A; 3SQ2 A; 1Y97 A; 4O44 A; 4BWM A; 4JI4 K; 3AA2 A; 1Z6R A; 1KTQ A; 3LP1 A; 3V9X A; 1WSE A; 1OH5 A; 4YOR A; 1K73 O; 4FYD A; 4LC9 B; 3VQ8 A; 1OH6 A; 4A5B A; 3OW2 M; 3EE8 A; 1U47 A; 2HHW A; 1WUA A; 3F9K A; 1F21 A; 2YCH A; 4CD1 A; 3OTO K; 2P9S B; 1C0U A; 1JLB A; 1WSJ A; 3M1F A; 1Z26 A; 3C6A A; 1SV5 A; 3NH2 A; 1LV5 A; 3BGR A; 4CEZ A; 1GLJ O; 3EEQ A; 4JKE A; 3CFP A; 1RBU A; 1NGH A; 3UE5 A; 3M8P A; 3WNE A; 4DKW A; 4GV3 A; 5IT9 O; 4C1N I; 3C6U A; 4H5R A; 5AQP A; 5HRS A; 3P83 D; 3NFA A; 3E9O A; 2KW4 A; 4JK8 A; 1CZA N; 2O4G A; 4DTU A; 2B6A A; 3GG4 A; 3EKU A; 2P9N A; 5M1F A; 4KI6 A; 3TAN A; 1NKE A; 3VET A; 1RDC A; 3LZJ A; 3HJF A; 4PUO A; 3P4I A; 4CZK A; 3U6F A; 3CCS N; 2KFN A; 3KWI A; 5FPN A; 4HCC A; 4FJJ A; 2Q3S A; 2W42 A; 4QS8 A; 2WON A; 3UKR A; 1D9F A; 1L3U A; 4LFA K; 3AA5 X; 3DLG A; 1Q7Y O; 3H46 O; 4DV1 K; 3FFI A; 4ZTJ A; 3HI0 A; 4UY8 O; 3DAW A; 3AVL A; 3D45 A; 4IWV A; 4HTL A; 4E3S A; 3AAP A; 2ITM A; 4FJL A; 4NB4 A; 5K14 A; 3GE1 A; 4AIL C; 3AA3 A; 3SUQ A; 3HRG A; 4FWS A; 2E2Q A; 4OKE A; 2A41 A; 2YKN A; 4OPK A; 1KAZ A; 4CF0 A; 3RR8 A; 3VER A; 4DR2 K; 4CK3 A; 1XI1 A; 3B6P A; 4NCG A; 3P31 A; 4CGH A; 1ZYQ A; 3PX0 A; 3L3U A; 5M1K A; 3KVG A; 4CED A; 1KC8 O; 4FVM A; 2FC0 A; 3QIN A; 4DTN A; 4F4K A; 3O4Q A; 2V51 B; 3CQ8 A; 3IUC A; 2G8I A; 4YFU A; 2YNH A; 1FK9 A; 3QIP A; 2KQ2 A; 3ALY A; 4IG3 A; 1WNS A; 4CK2 A; 4JEP A; 4BR5 A; 2G8F A; 4A61 A; 4C8K A; 2VWK A; 2HW3 A; 4CJU A; 5B8H A; 2X78 A; 4MO5 A; 2QK9 A; 4FM1 A; 3K0S A; 2GUI A; 2Q0U A; 2HHU A; 1VHX A; 2E20 A; 1NK5 A; 5J2P A; 3IS9 A; 3K9J A; 3M8R A; 1HNV A; 4AHS A; 1L3S A; 3OYK A; 1I3A A; 2D0P A; 5TKY A; 4FJ7 A; 4JI3 K; 1TK0 A; 2OPR A; 4IEI A; 4JI0 K; 1J6Z A; 4LF7 K; 1RDD A; 1GOC A; 2O8E B; 4I7F A; 4DSK A; 3GOI A; 5AZJ B; 1N5Y A; 4NO7 A; 4G9Z A; 1MWM A; 4KHN A; 2P9K B; 2HHQ A; 5GAH P; 2O8C A; 5AQI A; 4H0Y B; 4BRC A; 3VEZ A; 2YNF A; 4K41 A; 4IJA A; 3MN6 A; 4GVE A; 3CMA N; 1IKX A; 3I8D A; 5AZI A; 4CK1 A; 4C8M A; 3QEV A; 2UUB K; 2UXC K; 1HX1 A; 4IFV A; 4I2P A; 4JKD A; 4TSX A; 4DQP A; 4Y0W A; 4CJV A; 4LFB K; 2KTQ A; 5DK5 A; 4FM0 A; 1NKB A; 4CHY A; 3QET A; 1QSS A; 4JKG A; 1SKR A; 5LL6 Z; 4AQY K; 3LDO A; 2D0A A; 1NGD A; 5BR8 K; 3ITH A; 1QZ6 A; 3H6E A; 3MXI A; 4FJM A; 1FW6 A; 3BUZ B; 3I33 A; 2IS3 A; 1M1K O; 1VQ6 N; 2ZJQ L; 5T7B A; 3WXL A; 4BVP A; 4M7X A; 4BAC A; 2V7Z A; 1RIL A; 4CBU A; 2QWQ A; 1W7A A; 1SQK A; 2IDO A; 3ZSV A; 2E1Z A; 1NJW A; 3AO5 A; 3NVK A; 1U2V B; 2VG5 A; 3HOT A; 4E0D A; 4DHY A; 4K0K K; 4JRQ A; 1QS4 A; 2OAN A; 3SJJ A; 2VQF K; 4FWK A; 1L3T A; 2QKK A; 1HKB A; 5JMV A; 1BIU A; 5FLX O; 3FLC O; 4F2S A; 1S1V A; 1KQS M; 3DWL A; 4Z4G A; 2NRT A; 1VSH A; 1BI4 B; 1JJ2 M; 1TKZ A; 1QSY A; 4YDU A; 4I9L A; 1K9M O; 4BQL A; 4CHO A; 4JYA K; 1X1P A; 1NGE A; 1YF5 L; 3VEN A; 2W41 A; 5AQZ A; 1KD1 O; 5F2R A; 1RFQ A; 3OYH A; 3V81 A; 4CEA A; 4RW4 A; 4MFB A; 1EET A; 2GTD A; 3F5T A; 3OA9 A; 1NGG A; 4BC2 A; 4CZF A; 3MAQ A; 4MLH A; 2UU9 K; 3ZLJ A; 1YJW N; 3SBG A; 2NNW A; 3F73 A; 3U3G A; 3OYD A; 4B9V A; 4KAZ A; 1TYQ A; 4FW2 A; 4DG1 A; 1Q8I A; 2WFB A; 3NF6 A; 3C0B A; 1B9F A; 3LDS A; 4JI2 K; 4OPJ A; 2Y1I A; 4YNQ A; 1JLG A; 1FKP A; 4FLW A; 4B9L A; 1O13 A; 4M3Y A; 3M8Q A; 5C2D A; 5E41 A; 3PV8 A; 5C12 A; 5AQR A; 1JL1 A; 4WQ4 C; 1K8K B; 1HMV A; 1T05 A; 4AM6 A; 3CYM A; 2WC9 A; 2VYP A; 5AQJ A; 4BG8 A; 4WFB L; 1JL2 A; 1A5X A; 4M3T A; 1R59 O; 1VSE A; 4M3W A; 2AP1 A; 4KHS A; 1NOZ A; 4IOA L; 3V6D A; 1EXQ A; 5KPR A; 2HF4 A; 1JKH A; 2OZS A; 1LW2 A; 3VGL A; 4CHQ A; 1YJ9 N; 3E66 A; 4H0V B; 4ELV A; 2VWB A; 5E84 A; 3HM8 A; 2D0O A; 2A1R A; 1S6P A; 1TL1 A; 4G1Q A; 4KO0 A; 3L2V A; 4CF8 A; 2P9U B; 2QWR A; 4WQ4 A; 5AQK A; 1RTH A; 4DQS A; 4FLX A; 2WTU A; 5KGW A; 3UB5 A; 3DI6 A; 4H4O A; 2CGK A; 3AVK A; 2KKZ A; 3CJB A; 1UOC A; 2G8K A; 3A8Y A; 5EVZ A; 4B8C A; 4CEB A; 3RRH A; 3CJ1 A; 2ZGZ A; 4FJH A; 3KIO A; 5JVH L; 4H0T B; 1WB9 A; 4QS7 A; 5AFU A; 1WSF A; 5CYM A; 3M5R A; 3SZ2 A; 3H1V X; 2HMI A; 5TKW A; 2X6S A; 3LZI A; 3G10 A; 4J2A A; 4DUZ K; 4AF1 A; 1BO5 O; 4JKB A; 2NRR A; 1XUP O; 2ITG A; 3HP9 A; 4W5N A; 5HRN A; 4BG9 A; 1N33 K; 3LAL A; 1VSI A; 5BRH A; 3T19 A; 3CJ7 A; 3L4I A; 3OYB A; 3NF7 A; 3LAM A; 4M41 A; 1CZB A; 3AVA A; 4DLG A; 1HPM A; 4BWJ A; 3AO2 A; 4CIG A; 3FZH A; 4BE2 A; 4LF4 K; 2AA4 A; 5CYQ A; 5C42 A; 5AQW A; 5AQH A; 4DR7 K; 4PWD A; 4BC5 A; 1RDB A; 4GV9 A; 3D2E A; 4CJP A; 2E1Y A; 3AO3 A; 3NBP A; 4E1N A; 3CCR N; 4RW9 A; 1QSL A; 1NJY A; 2VG6 A; 1U04 A; 3AY9 A; 1NU0 A; 3CQX A; 1WSG A; 1M90 O; 4JD2 A; 2RN2 A; 5AQO A; 2A6A A; 4MO4 A; 1ZBL A; 1HQE A; 2HNY A; 5BR9 A; 3ENB A; 1YHQ N; 2V7Y A; 4EP5 A; 3VTI A; 3CCM N; 1TK8 A; 1QHA A; 1T3V A; 4BVO A; 4CJ5 A; 1XC3 A; 4NCB A; 1BDG A; 3DLE A; 4K42 A; 4YOW A; 3RTV A; 3SQ4 A; 3ZSX A; 1X3M A; 1ILY A; 4RCH A; 3CM5 A; 1S6Q A; 4PHT X; 3CET A; 3EL2 A; 3DMJ A; 3ZSW A; 3O5B A; 3THY A; 2P9P A; 4EHU A; 1N36 K; 4BRF A; 1T03 A; 3OYC A; 3BEX A; 3NAE A; 1LAV A; 4CD3 A; 4DSF A; 3SUN A; 1JCF A; 3CG7 A; 1ZBH A; 2ATQ A; 3K5L A; 1GLC G; 3H1Q A; 1SS6 A; 3FR0 A; 1NGA A; 5JLF A; 3MN9 A; 3NE6 A; 4Z0U A; 5M1O A; 3VQ7 A; 3THV A; 3FGU A; 3LPT A; 4I2Q A; 4PA1 A; 2ZJR L; 4DS4 A; 2E2P A; 2IVO A; 4DB3 A; 2P9N B; 4DF4 A; 4CJ7 A; 3ISN C; 3MWP A; 1RTI A; 1Y64 A; 4FWR A; 1BWF O; 4BGA A; 4KHW A; 2HVI A; 4JI8 K; 4KB1 A; 1V4T A; 3LP2 A; 4CFC A; 2E6L A; 4Z4E A; 3WXM B; 1NMN A; 1Q82 O; 3EE9 A; 3PIP L; 2Z1H A; 3CHW A; 3V9W A; 3L0Q A; 3UKR B; 3TAE A; 2YJF A; 3K5N A; 1Q9Y A; 1VQ9 N; 4BY9 C; 2OPS A; 3AAQ A; 3L6Q A; 3TTF A; 2NUB A; 4BR2 A; 4DU1 A; 2A42 A; 2IIR A; 5LJV A; 4A5A A; 5ADX H; 3FZM A; 4KTZ A; 4MDA A; 2Q36 A; 3MXJ A; 1QQN A; 5KRT A; 4DQR A; 3KK2 A; 3RSE A; 5BPN A; 3OYF A; 4CE9 A; 3CER A; 5GIP A; 4EZ6 A; 3HOS A; 5FPM A; 3L4Q A; 3L2W A; 2QWL A; 3V1O A; 2HST A; 2IVP A; 3U4L A; 3AGR A; 2H3G X; 1BU6 O; 3OHR A; 1K8A O; 1B92 A; 4BRK A; 1GOA A; 4BQZ A; 4CJF A; 3VPZ A; 4YOT A; 1BHL A; 5CZ2 A; 4JI1 K; 3T69 A; 4IZ9 A; 4WCE L; 4N5S A; 4BRN A; 4OKK A; 2QA4 N; 5CR4 A; 4F9O A; 4DR6 K; 1S1U A; 4JKH A; 1EWR A; 4ISE A; 4RW7 A; 4NYF A; 1NGB A; 4CGI A; 2Q2R A; 3MN7 A; 3HZ6 A; 4DWI A; 1JXB A; 3AVG A; 3CF5 L; 4B1X B; 4BRP A; 3DRP A; 3UIQ A; 2NRW A; 4FOE A; 4W5T A; 5FRM A; 4FK0 A; 1QVF M; 3MMV A; 2W40 A; 4CHP A; 4DV0 K; 1DTQ A; 1UA0 A; 2F8S A; 3SMP A; 4CBW A; 1IBK K; 3OBY A; 4CCH A; 2F8T A; 1SAZ A; 1GLD G; 4DTM A; 2NRH A; 5J1E A; 2GX9 A; 3MEC A; 1NK6 A; 4GMJ B; 2BDP A; 3I0R A; 3HT3 A; 1BGX T; 3KKS A; 3OS1 A; 3VEY A; 3KTQ A; 3W0L A; 4O0I A; 1W2B M; 3RRG A; 1Z25 A; 3BDP A; 4ZTF A; 2ASO A; 5FPD A; 1S5J A; 1G99 A; 4DQI A; 3SLC A; 2DY4 A; 1C0T A; 2O8C B; 2F9T A; 3K5O A; 4CZM A; 3OYE A; 3CJ9 A; 5J2M A; 3HYF A; 4OPH A; 3PIO L; 3DM2 A; 3ZT1 A; 5AZI B; 3AGK A; 3CJA A; 4AHT A; 4DTS A; 1C0G A; 3QIC A; 1HLU A; 5JLH A; 3KLF A; 4DV4 K; 5KPT A; 3NF8 A; 1JLF A; 4O8K A; 2YX6 A; 3GBT A; 4CW7 B; 3ENH A; 3PUF A; 3OYJ A; 3C7N A; 4A59 A; 4JKG B; 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3IFR A; 1VQM N; 1IH7 A; 4WQ5 A; 3NF9 A; 1YVN A; 3NGZ A; 4DTR A; 1ZC6 A; 2EHG A; 2ZQB A; 1YI2 N; 3LWM A; 1NLV A; 4CJL A; 3DLB A; 2E2N A; 2RKI A; 4B9S A; 2HHX A; 1NJX A; 2E2O A; 4E7J A; 3E9P A; 4O55 A; 2ZE2 A; 4KTW A; 3LM9 A; 2NLX A; 3K5M A; 2QXL A; 3DXK A; 3OY9 A; 1FKO A; 3MCP A; 3D2F A; 3AO1 A; 4DUY K; 3HSC A; 1HKG A; 2GWK A; 3JAM O; 3PSF A; 4HUE A; 3VQ9 A; 3PO4 A; 3ZX2 A; 4NLC A; 4FL9 A; 1VQP N; 3NH1 A; 4GKK K; 4BRO A; 2CGJ A; 4GKJ K; 2O8B A; 3V4I A; 3G4S N; 2B4J A; 2HMP A; 1XHZ A; 3GL1 A; 3QFP A; 3VEW A; 5AJ3 K; 5AQG A; 3KD1 E; 3Q7B A; 4BRE A; 2A5X A; 3MK6 A; 2F9W A; 1HKC A; 4YDU C; 4ILJ A; 1SUQ A; 1Q18 A; 4DQ8 A; 3TAQ A; 5BPM A; 3ENO A; 1YTA A; 4CGJ A; 3NGI A; 4HUG A; 5AQM A; 3I8B A; 4GNI A; 3EN9 A; 2CH6 A; 1SL0 A; 2NRX A; 3L2Q A; 1BOT O; 4DU4 A; 3A5M C; 2Z1I A; 2A40 A; 4BRA A; 1O1W A; 1U6Z A; 1C0M A; 3ID8 A; 4OGC A; 1QVG M; 4A57 A; 4HCB A; 1KVA A; 1OH8 A; 5LJW A; 3K57 A; 3LAN A; 3D2E B; 1W97 L; 3JSM A; 2D5R A; 3H45 C; 3QEX A; 1TUY A; 1HYZ A; 2IVN A; 4JD2 B; 2P5G A; 2CH5 A; 1VAZ A; 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