3ZSXA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsxA00
3HVTA 4CERA 3TAQA 4J2EA 2VG7A 3HPOA 2FBYA 4N5SA 1HYVA 3AVFA 3HO1A 5DK5A 4RW4A 3MECA 4N76A 5CY4A 3K5MA 2HHVA 2P51A 3CM5A 4FLVA 4FJMA 4O5BA 1JLQA 3V9XA 3ITHA 3T3FA 5T7BA 1T03A 3OYJA 3DLEA 3BGRA 5JS2A 3KLGA 3JYTA 4DG1A 3HM9A 3AO1A 1TAQA 3KLFA 4HCCA 3VQAA 2BE2A 4H4MA 4ID5A 4LH5A 3VQ7A 1D8YA 4PQUA 3M8PA 3ZCMA 1S9EA 1ZBFA 4HUEA 1FKPA 4RW8A 4B9VA 1RT1A 3ASMA 3QEPA 4CJLA 3HSTB 1RBVA 4BE1A 1WN7A 3CFPA 4O55A 1LAVA 3SQ2A 3PX4A 3RMBA 1WSEA 1Z26A 3DRRA 4M3XA 4KHYA 3OYMA 3M8QA 5D3GA 4DLGA 1RILA 5J2QA 5KRSA 4ZTFA 4HTUA 4DQPA 4KFBA 2FBXA 1UWBA 2B5JA 3QIOA 3OYIA 2OZMA 5C24A 3QNOA 4E1NA 4C8OA 3LP1A 4AILC 4CECA 4YNQA 2DTUA 3NE6A 4R5PA 1WSHA 1DTQA 3T19A 3NGIA 1TL3A 3L3VA 3LAMA 1UOCA 3ZSVA 1ZBUA 1TKZA 3HPHA 3U3GA 3OYLA 1L3UA 4PUOA 1C6VA 2DFFA 4JS5A 1BQNA 4B8CA 3VQCA 4DU1A 3AVAA 3TAGA 4BDPA 4LD0A 1RDBA 2GUIA 3MEDA 4MFBA 2XHBA 3TAPA 3DLHA 3RR8A 1WSGA 3LWMA 4FJNA 1QTMA 2XRIA 4FM2A 3HP6A 3NF6A 3TANA 3OVNA 3O3HA 4CF9A 5FRMA 1S1UA 1EXQA 3S3OA 1Q8IA 2I5JA 3TAMA 4JRPA 1KLNA 1HNIA 4RW7A 3SPZA 3QINA 4W5NA 3TAEA 1KLMA 3DLBA 3DOLA 3PV8A 1NK4A 1GOAA 2ATQA 1Y97A 2G8UA 3ZT2A 1CZBA 2EHGA 3ZT0A 3LWLA 4DQSA 3PX6A 4FW2A 1T8EA 1L5UA 2Z1GA 4Z0UA 3ZSOA 1R0AA 1RBTA 4KHUA 2X6SA 4CESA 4Z4IA 4C8MA 4KHSA 4M3TA 2F8SA 3VQPA 3OYHA 3M8RA 3K5OA 1L3TA 3UIQA 2DFHA 5FROA 4CHNA 3LZJA 5KRTA 1I39A 2QK9A 2LSNA 3AO2A 4CJUA 5FDLA 4JRQA 1BHLA 3AO5A 5CYQA 4F3OA 2EX3A 4I9LA 3V1QA 5HLFA 1S1TA 1N5YA 4IFVA 1NK9A 4RG8A 4F8RA 3VQ5A 1JKHA 3O4NA 1KVBA 4NCBA 2IDOA 3OYFA 1D9DA 1TK5A 4C8KA 1B9FA 4CEEA 4CF1A 3FFIA 5SWMA 5KGXA 4FJ7A 3ISNC 4PY5A 3KKRA 3L3UA 4DSIA 3HJFA 3SJJA 5I42A 4FXDA 4OLAA 4Z4EA 1RBUA 1QQCA 1WSFA 2D0AA 3L2QA 5I3UA 3SV4A 2NUBA 3AVIA 3SUNA 1S1XA 5HRSA 4OKKA 4FK2A 1C0UA 4BE2A 1JL1A 3AVGA 3QEVA 1LWFA 4FLZA 1SKWA 4K8XA 3AA5X 4FLUA 1B92A 2YNGA 1NKEA 2E4LA 4HVJA 3O3FA 3VQ4A 1TKXA 3HYFA 3ZSWA 3V81A 1RT4A 3ZT3A 1RT7A 2YNIA 3I0RA 5EU7A 1QSLA 1J54A 3AA4A 4CGIA 5J2NA 1LW2A 4W5RA 4O4GA 4I2PA 3PO4A 2IC3A 4CEDA 2X74A 1JLCA 1RDCA 4DFKA 1ZBIA 3C94A 2HHSA 4DSFA 4CIEA 4DSLA 1YVUA 4DTOA 4CHYA 1WSIA 2XY7A 2HW3A 1HNVA 4B08A 4CFAA 2YKMA 3NF9A 4CK3A 3LP0A 3QESA 4I2QA 1ZYQA 2B6AA 2P1JA 4FK4A 5E41A 1IH7A 4NYFA 4HHTA 1TL1A 4E7IA 1FKOA 2G8WA 2QKKA 4M42A 4CF0A 3SPYA 4CHQA 2BDPA 1Q9XA 1RDAA 2ZE2A 1QE1A 4BWJA 3V1RA 1HPZA 4ID1A 4FM0A 1J5OA 1HMVA 2G8HA 5SZTA 1VRUA 4CJ5A 1KFSA 3EYZA 1HJRA 4CEBA 4Q5VA 4DQIA 4M45A 4DLEA 4I7FA 1S6QA 3HK2A 1BISA 4ELUA 1KRPA 1BCMA 4DS5A 4LY7A 3L2WA 1WAJA 2F96A 3L2RA 4Z4FA 2RN2A 2WOMA 3O3GA 1RTIA 3SUOA 1LWCA 3KKSA 2XO7A 3OYDA 4CGDA 3L2VA 3NHGA 3CQ8A 2FBVA 5CZ2A 3WNHA 4AHUA 3AVNA 2HNYA 4E1MA 1U49A 2G8IA 4C8LA 2XY8A 1NJXA 1N6QA 1RT3A 1RBRA 3K2PA 3IRXA 2HVIA 1BIZA 4PWDA 1C0MA 3NCIA 3RWUA 1K6YA 4FJ9A 1C1BA 3DM2A 3C95A 4FZXC 2OZSA 2ETJA 4B9MA 1RT6A 3K5NA 4CFCA 4ICLA 4O0JA 3WNFA 2D0CA 2HB5A 3P5JA 3TWHA 1NK0A 4OLBA 5FRNA 1A5XA 1HQEA 2QKBA 1EX4A 1YTAA 1HRHA 5HBMA 4CK2A 3SCXA 1IG9A 3P83D 5KGWA 4BDZA 3AVLA 3SUPA 1TKDA 3LANA 1TV6A 1RBSA 2P5GA 3CM6A 2VG6A 4E89A 3THVA 4DSKA 4DWIA 3LPUA 3KD1E 1C1AA 1F21A 3OS0A 1ZBLA 4CEOA 1FK9A 1IKXA 2PY5A 1S6PA 4PA1A 5KTQA 2VWJA 3NF8A 3PX0A 2OYQA 2DFEA 2VWKA 4CJRA 4FJ5A 4CE9A 2FBTA 1VSLA 4OPJA 1T7PA 4FK0A 3L2UA 5DMRA 1LAWA 2ZD1A 4QAGA 3V9WA 4Q0BA 4FJHA 3E01A 4AHRA 4C8NA 4ZTJA 4B9LA 1SL1A 2HHWA 1NK8A 3AO3A 2O4IA 3IG1A 3MXMA 1J53A 1UAXA 1X1PA 1BIUA 4CJEA 3OJUA 1S1VA 2VG5A 4AHCA 4CF8A 3TR8A 4CJVA 1RTHA 4HUFA 4DTMA 1TAUA 1W0HA 1JLBA 4KHQA 2QXFA 1CZ9A 4W5QA 1UA1A 3G0ZA 2OPSA 1C1CA 1VSMA 1Q9YA 1ASVA 4TSXA 1RCHA 3AVHA 3KK1A 3DRSA 1WAFA 3NFAA 3TI0A 3LP2A 3QLHA 3ALYA 4OKEA 3ZSRA 2YV0X 4E7HA 3LZIA 3SQ1A 2P5OA 3A2FA 3VQDA 3BDPA 1BL3A 1IKWA 1CXQA 5CYMA 4N47A 3AVBA 2G8VA 4KHWA 2YNHA 4CHOA 4DTRA 2YKNA 1SKSA 2GBZA 1JLFA 3QEXA 4FLYA 1FXXA 3V9ZA 2Q3SA 4ELTA 2IOCA 1GOBA 4CGGA 3KLHA 4DF8A 4EZ9A 4I9QA 3ZT4A 1JLGA 3V4IA 2A1RA 1D5AA 3HP9A 4NCAA 3U3YA 3EY1A 1I3AA 3PY8A 4E0DA 3LP3A 3LAKA 1XC9A 4Y1CA 4M3RA 4NCGA 1QSYA 1VSKA 2B4JA 3NGYA 3V1OA 3VQBA 3AVKA 4CK1A 4KRFA 3LALA 1TK0A 1YTUA 2OPPA 2YHAA 4G1QA 3SNNA 4KI4A 4CJQA 1SL0A 3WNGA 4CGFA 2O4GA 2RKIA 3I0SA 1HYZA 3D45A 3KIOA 4H8KA 5J1EA 4XIUA 3MAQA 4FLTA 2Y1IA 2HHTA 2KFNA 3QNNA 1VSEA 3DRPA 1UA0A 1KVAA 1W9HA 1CLQA 4B9UA 4JLHA 1QS4A 4CF2A 4AHSA 5KI6A 1L3VA 4ZHRA 1KVCA 1NOYA 2FC0A 4KV8A 3HL8A 5HP1A 1EETA 1ASWA 3LPTA 4IBNA 3HT3A 3KK2A 4Z4GA 2HHUA 3P1GA 3MXIA 5HRNA 4CFBA 4KO0A 1JLEA 2YHBA 4FJKA 2IS3A 1VK0A 4CJSA 3V9UA 1TKTA 3HVRA 3O4QA 5CZ1A 4L8RB 2Y1JA 4CHZA 4LSLA 3QERA 3T1AA 4DTNA 2RF2A 3QEWA 2PYJA 3MXJA 4FZYA 4CIFA 1HYSA 3NAEA 1XHXA 3I8DA 4DFPA 2KZZA 3MEGA 4CJFA 1WLJA 3VQQA 1KTQA 3DLGA 4AHTA 1U04A 3RR7A 1S1WA 4FZZA 2ITGA 2A1SA 2HNZA 3DOKA 3OYEA 4KTZA 4OGEA 3LDSA 3ULDA 2HMIA 4HCBA 2HHXA 1BGXT 3G10A 4DTUA 4FYDA 1SV5A 2IAJA 1GOCA 2ZQBA 4KB0A 1JXEA 3KD5E 1RT5A 3NF7A 4E7LA 1XWLA 3KLIA 2G8FA 4M3YA 1IKYA 4DF4A 1NKCA 4F2RA 4IFYA 4AH9A 2PYLA 2E6MA 1IO2A 1WNSA 4CFDA 3IAYA 4FJGA 4IKFA 1EKEA 2GV9A 4M41A 4BE0A 4KTQA 2KZMA 3JSMA 1VSJA 4QCLA 1J9AA 4H4OA 3AA2A 1TGOA 4BDYA 4UQGA 3RMAA 3S3NA 1SUQA 2BANA 3VQ8A 4FJ8A 4B3OA 1A5WA 3ZSZA 3KLEA 1NOZA 3K57A 4CGJA 1BQMA 3VQ9A 4FVMA 3S3MA 4N41A 1LWEA 3SUQA 4DS4A 3SQ0A 3C6TA 1RT2A 4CEAA 1TVRA 2F8TA 3OYNA 1C0TA 3CG7A 3SZ2A 4DU3A 4B9SA 3V9SA 4DTXA 4CJKA 4F4KA 3RRHA 3OYKA 3SYZA 4OPKA 4CHPA 2W42A 3C6UA 4KPYA 1U47A 2X78A 1TK8A 3TARA 4DTSA 1X9WA 3ZT1A 4J2AA 4QOZB 3AA3A 3NH1A 1VSDA 1WSJA 3MEEA 1QHTA 3K5LA 2IGIA 1XHZA 1NJWA 4FM1A 4OKJA 1S9GA 4CCHA 4DFJA 1QSSA 4FJJA 2HNDA 2Z1JA 1NK5A 4J2DA 4EZ6A 1U48A 4M3ZA 4FLXA 5K14A 3AV9A 4LSNA 4CJ3A 3IS9A 3OS1A 4DQQA 4K8ZA 3H08A 4W5TA 4KKOA 4Z4HA 1SKRA 1XI1A 1DLOA 3AO4A 4DU4A 1U4BA 1G15A 4MQ3A 4DFMA 3RMDA 3K58A 3RMCA 4J2BA 1NK7A 4FLWA 1ZBHA 1REVA 3KK3A 2HVHA 4CEQA 1A5VA 4O0IA 4KAZA 2OPRA 4YFUA 1Z25A 4KTWA 4BWMA 4DQRA 1RTJA 1DTTA 1S5JA 3CYMA 3D0PA 4RW6A 1BCOA 1KFDA 2OPQA 4KREA 4E3SA 1SL2A 4CJTA 4DSEA 2DY4A 2D5RA 1JLAA 3WNEA 1EP4A 2R7YA 2X6NA 3TAFA 5HROA 2KW4A 1BI4B 3PO5A 3OY9A 3HPGA 2JLEA 3OJSA 4F3TA 3B6OA 1T05A 3HXMA 4ELVA 1X9MA 5JS1A 1VRTA 3DLRA 3OS2A 4W5OA 4CJWA 2HHQA 3QO9A 3NH2A 1NK6A 4DMNA 4FJIA 4FJLA 3V6DA 1RTDA 3QEIA 3VA0A 4F2SA 1IKVA 1O1WA 4CEZA 1KCFA 4IG3A 1VSFA 1VSIA 4OJRA 3OYCA 4DSJA 4FJXA 2KFZA 4FCYA 3AVCA 4IG0A 2D0BA 3U6FA 1YT3A 3PUFA 5C42A 1CXUA 4E7JA 3SQ4A 3CFOA 3DLKA 3VN5A 1JXBA 3SI6A 4DTPA 2G8KA 4M3WA 4CJPA 3NH0A 4M3UA 3K59A 4CIGA 4RW9A 1L3SA 2XY5A 1X9SA 4N56A 4AHVA 3B6PA 4EP5A 4HUGA 3TABA 4B9TA 2AJQA 2YNFA 3CFRA 1NKBA 3ZSQA 4E7KA 2OA8A 1VSHA 2KTQA 4O44A 4FW1A 2WONA 1RNHA 3QIPA 4KHNA 4Y1DA 1RDDA 4GW6A 3NBPA 4NYNA 1NJZA 1D9FA 4OVLA 4BACA 3M8SA 3SV3A 5C25A 3OYBA 2Z1IA 2PZSA 4B9NA 1ASUA 3AVJA 1B9DA 1LV5A 4E19A 3S9HA 4KI6A 2XY6A 1ITGA 4GVMA 4B8AB 3DI6A 2RPIA 4CJ4A 4EP4A 5HRRA 3ZSYA 3OYAA 3VQ6A 2E6LA 4WE1A 4Z4CA 3NGZA 5J2PA 3QETA 2KQ2A 1JL2A 3OYGA 1HQUA 4CEFA 4OGCA 3ZSXA 1KSPA 2BGGA 1NJYA 3F73A 3NDKA 3DYAA 1BI4A 4IDKA 5J2MA 3AVMA 3KJVA 3DMJA 3RRGA 4LH4A 3EZ5A 4DTJA 4KB1A 3RTVA 4JS4A 3F9KA 3KTQA 3L8BA 4GMJB 2JGUA 4CGHA 1LW0A 3VQEA 1U45A 2Z1HA 3VA3A 1MU2A 5HRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CERA 3TAQA 4J2EA 3HPOA 4N5SA 3AVFA 5DK5A 1OVYA 3TU5A 4RW4A 3LDOA 3K5MA 2P9PB 2P51A 4OPHA 3J80O 3A0IX 3KLGA 2ZJQL 4DG1A 5KQ8A 4FSVA 2V52B 4H4MA 4LH5A 4H0TB 3MX5A 3C0BA 5M1QA 3ASMA 5AQVA 3HSTB 3SQ2A 3PX4A 1IV0A 1Z26A 3OYMA 5J2QA 1UWBA 3OYIA 2GWKA 3VEZA 3VGKA 5AQZA 5BPLA 1WSHA 1DTQA 3G6EN 1C6VA 4YDUA 1S3XA 4B8CA 3TAGA 4DU1A 3AVAA 4BDPA 4QS8A 5EXWA 1HUXA 1VQMN 3RR8A 3MEDA 4MFBA 3J7ZO 3TAPA 1WSGA 2XRIA 3CMAN 2VGMA 3TANA 3OVNA 3O3HA 1R59O 1S1UA 5FPDA 3S3OA 2I5JA 3TAMA 4B1XB 4CBXA 4MO4A 3L0QA 1HNIA 1KLNA 3TAEA 2WFBA 2QWNA 3KWIA 3RSEA 4A57A 3ZT0A 3LWLA 2P9LB 4CD3A 1XNRK 5MLCQ 4KHUA 3IUCA 4Z4IA 4C8MA 4BRGA 4KHSA 4CW7B 4M3TA 5AQWA 3CI5A 4CHNA 1N32K 4KH6A 4JKAA 1NWKA 5FDLA 4F3OA 5CYQA 3C7NA 5EY4A 4JKGA 4RG8A 2O8EA 4K25A 4NCBA 3OYFA 1TK5A 1B9FA 5SWMA 4FJ7A 3HZ6A 3CC2N 3ISNC 3KKRA 4DSIA 3HJFA 3SJJA 4FXDA 1QQCA 3SV4A 4ISEA 1S1XA 4O8UA 3LDPA 4JK7A 2QTDA 3A5MC 4BVOA 2GTDA 3K9KA 1JL1A 1HKCA 1NGBA 2YHXA 4FLZA 1SKWA 4FLUA 1B92A 2YNGA 2E4LA 4H5TA 3ZSWA 1RT7A 2YNIA 3I0RA 3KWGA 3TSUA 4LF6K 2NRWA 1LW2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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